IVD Bacterial Test Standard

Transkript

1 Brugsanvisning IVD Bacterial Test Standard Standard for massekalibrering, som viser en typisk Escherichia coli DH5- alfapeptid- og -proteinprofil plus yderligere proteiner. Til anvendelse ved matrix-assisteret-laser-desorption-ionisering time-of-flightmassespektrometri (MALDI-TOF-MS). CARE- produkterne er designet til at støtte vores kunder verden over med forbrugsvarer, tilbehør og dedikerede kits af høj kvalitet. CARE-produktsortimentet er specifikt optimeret og certificeret til brug med alle systemer fra Bruker Daltonics. Sprog: da Revision 1 (Februar 2014)

2 1 Tilsigtet anvendelse 2 2 Produktbeskrivelse 2 3 Kontrol, opbevaring og stabilitet Kontrol efter modtagelse Opbevaring efter modtagelse Opbevaring efter portionering 3 4 Risiko- og sikkerhedsinformation 3 5 Softwarekrav 4 6 IVD BTS prøvepræpareringsprocedure Opløsning og præparering af IVD BTS-portioner Præparering af IVD BTS-prøve på et MALDI-target 5 7 Kalibrering af Bruker MALDI-TOF-massespektrometer ved hjælp af IVD BTS Anvendte kalibreringspunkter Kalibreringsprocedurer Manuel kalibreringsprocedure Automatisk kalibreringsprocedure 9 8 Producent 12 1 Tilsigtet anvendelse IVD Bacterial Test Standard er et in vitro-diagnostisk produkt til kalibrering og optimering af Bruker MALDI-TOF-massespektrometre samt til performance-kontrol ved identifikation af mikroorganismer, der er dyrket på humane prøver. 2 Produktbeskrivelse IVD Bacterial Test Standard (benævnt IVD BTS ) indeholder et omhyggeligt produceret ekstrakt af Escherichia coli DH5 alfa, som viser en karakteristisk peptid- og proteinprofil i MALDI- TOFmassespektre. Ekstraktet er forsynet med to yderligere proteiner, som udvider den øvre grænse for det masseinterval, der dækkes af IVD BTS. Det overordnede masseinterval, der dækkes af IVD BTS, er 3,6 til 17 kda. Hvert rør indeholder tilstrækkeligt materiale til præparering af ca. 40 MALDI target-pladespots. Dette kit er en in vitro-diagnostisk anordning. Bestillingsoplysninger Produkt Delnummer IVD Bacterial Test Standard, 5 rør eller Side 2 af 12 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Revision 1

3 3 Kontrol, opbevaring og stabilitet 3.1 Kontrol efter modtagelse Kontrollér IVD BTS- pakken efter modtagelse. Kontrollér rørene, hvis pakken er beskadiget. Hvis rørene er beskadiget, må IVD BTS ikke bruges. Bortskaf IVD BTS (rør og pakke) i henhold til de skitserede retningslinjer i materialesikkerhedsdatabladet for produktet, og kontakt Bruker Daltonik GmbH serviceafdeling (biotyper.support@bdal.de) for at få en ny levering. 3.2 Opbevaring efter modtagelse -18 C IVD BTS sendes ved stuetemperatur, men skal opbevares ved - 18 C eller derunder straks efter modtagelse. Udløbsdatoen på pakken er gældende for den medfølgende IVD BTS, når den opbevares ved - 18 C eller derunder efter modtagelse. 3.3 Opbevaring efter portionering IVD BTS skal opløses inden brug. Vi anbefaler kraftigt, at opløst IVD BTS portioneres og fryses i 0,5 ml-mikrorør med skruehætter. -18 C Frossen, opløst IVD BTS kan opbevares i op til 5 måneder ved - 18 C eller derunder. Med tiden kan der detekteres oxideringsprodukter. Disse oxideringsprodukter indvirker ikke væsentligt på kvaliteten af spektrene. 4 Risiko- og sikkerhedsinformation Dette produkt er ikke klassificeret i henhold til forskrift (EF) nr. 1272/2008 og er derfor ikke klassificeret i henhold til det globalt harmoniserede system for klassificering og mærkning af kemikalier (GHS). Efter producentens erfaring har produktet ingen sundhedsskadelig virkning, når det anvendes og håndteres i henhold til specifikationerne. Imidlertid kan alle materialer medføre ukendte farer og skal håndteres med forsigtighed. Læs materialesikkerhedsdatabladet, der kan hentes på hvis du ønsker flere oplysninger. Yderligere kemikalier kan være påkrævet til procedurer, der beskrives i denne brugsanvisning. Læs omhyggeligt materialesikkerhedsdatabladet fra leverandøren, og følg de generelle sikkerhedsforskrifter ved håndtering af kemikalier og biologisk farligt materiale. Revision 1 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Side 3 af 12

4 5 Softwarekrav Visse softwareversioner/-kombinationer kræver en gratis softwarerettelse (patch) for at understøtte IVD BTS (se tabel 1). Kontakt dit lokale Bruker Daltonics serviceteam for at få installationssupport. Table 1 Krav om softwarerettelse Softwareversion Compass-version flexcontrol-version Softwarerettelse påkrævet? Nej Nej Ja Ja Ja Ja Ja Ja 6 IVD BTS prøvepræpareringsprocedure Bemærkning Nedenstående procedure bør ikke anvendes, hvis dit procesforløb indeholder foreskrevne IVD BTS prøvepræpareringsmetoder (for eksempel IVD MALDI Biotyper- SOP'er). Indledende bemærkninger Dårlig prøvepræparering vil forringe følsomheden og give lav opløsning samt dårlig reproducerbarhed. Genereringen af ioner ved hjælp af MALDI afhænger af eksistensen af et optimalt forhold mellem matrixsubstansen og analysen. For at opnå de bedst mulige resultater skal der anvendes frisk klargjorte opløsninger og kemikalier af den højeste tilgængelige renhed (f.eks. CHROMASOLV LC-MS-opløsningsmidler). Påkrævede kemikalier og materialer IVD Matrix HCCA-portioned (benævnes IVD HCCA ) (nr eller ) eller matrix HCCA-portioneret (benævnt HCCA, HCCA = α-cyano-4-hydroxykanelsyre) (nr eller ), som skal klargøres som beskrevet i den relevante brugsanvisning. Standardopløsningsmiddel (acetonitril 50%, vand 47,5% og trifluoreddikesyre 2,5%) fra Sigma- Aldrich (nr ), som er testet af Bruker Daltonik GmbH og anbefales til opløsning af IVD BTS. Mikrorør (Sarstedt, nr ) med skruehætter (Sarstedt, nr ). MALDI-target af den type, der er valgt til dit procesforløb. Påkrævet udstyr og værktøj Centrifuge, pipetter, pipettespidser Side 4 af 12 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Revision 1

5 6.1 Opløsning og præparering af IVD BTS-portioner 1. Føj 50µL standardopløsningsmiddel til IVD BTS-pelleten, og opløs den ved at pipettere op og ned mindst 20 gange ved rumtemperatur. Undgå, at opløsningen skummer! 2. Inkuber IVD BTS-opløsningen i 5 minutter ved rumtemperatur, og bland derefter ved at pipettere op og ned mindst 20 gange. 3. Centrifugér ved o./min. i 2 minutter ved rumtemperatur. 4. Pipettér 5 µl-portioner af supernatanten i mikrorør med skruehætter, og luk rørene godt til. 5. Opbevar portionerne ved -18 C eller lavere. 6.2 Præparering af IVD BTS-prøve på et MALDI-target Bemærkning Frosne IVD BTS-portioner skal tøs op ved rumtemperatur og blandes ved at bevæge mikrorøret med skruehætte hurtigt frem og tilbage med fingrene. Mikrorør med skruehætter skal være lukkede og opbevares ved - 18 C eller lavere straks efter præparering af IVD BTS- prøvespots. Hver 5 µl- portion indeholder tilstrækkeligt materiale til mindst fire prøvespots. 1. Kom 1 µl IVD BTS-opløsning på en vilkårlig position på MALDI-target. 2. Lad IVD BTS-prøvespotten tørre ved rumtemperatur. 3. Belæg IVD BTS-prøvespotten med 1 µl IVD HCCA- eller HCCA-opløsning straks efter tørring. 4. Lad prøvespotten tørre ved rumtemperatur. Der skal kunne observeres et homogent præparat. Revision 1 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Side 5 af 12

6 7 Kalibrering af Bruker MALDI-TOFmassespektrometer ved hjælp af IVD BTS 7.1 Anvendte kalibreringspunkter Table 2 Kalibreringspunkter med en massetolerancegrænse på ±300 ppm Protein Referencemasse (gennemsnitlig masse) ±300 ppm-interval RL29 [M+2H] ,8 Da 3.636, ,8 Da RS32 [M+H] ,8 Da 5.095, ,3 Da RS34 [M+H] ,4 Da 5.379, ,0 Da RS33meth [M+H] ,4 Da 6.253, ,3 Da RL29 [M+H] ,5 Da 7.272, ,7 Da RS19 [M+H] ,1 Da , ,2 Da RNAse A [M+H] ,2 Da , ,3 Da Myoglobin [M+H] ,3 Da , ,4 Da 7.2 Kalibreringsprocedurer Der er både en manuel og en automatisk kalibreringsprocedure til rådighed. Den manuelle procedure kan benyttes ved alle versioner af flexcontrol, mens den automatiske procedure kræver flexcontrol 3.3 eller nyere Manuel kalibreringsprocedure 1. Indsæt det MALDI- target, der er klargjort med IVD BTS- prøven, i MALDI- TOFmassespektrometeret. 2. Kontrollér, at flexcontrol kører. 3. Anvend standard-flexcontrol- metoden MBT_FC.par (lineær og positiv tilstand) til måling og kalibrering. 4. Mål manuelt et samlet spektrum ved at sammenlægge 6 x 40 laserstråler fra forskellige rasterpositioner på IVD BTS- spotten. Klik ved hver ønsket rasterposition på knappen Start som vises som og derefter på knappen Add. Laserens energiniveau skal optimeres. for at registrere i alt 240 laserstråler, Side 6 af 12 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Revision 1

7 Ikke obligatorisk: Som alternativ kan et samlet spektrum måles automatisk på følgende måde: Klik på fanebladet AutoXecute, vælg autox-metoden MBT_AutoX i rullelisten Method (Figure 1), klik på knappen Run method on current spot. Figure 1 AutoXecute-faneblad med valg af MBT_AutoX-metoden til automatisk måling af samlet spektrum Herved måles et samlet spektrum automatisk. 5. Klik på værktøjslinjeknappen Single Buffer for at skjule det aktuelt viste enkeltspektrum. Herved aktiveres værktøjslinjeknappen Sum Buffer, og det målte samlede spektrum vises. 6. Klik på værktøjslinjeknappen Smooth Spectrum for at udjævne det samlede spektrum (Figure 2). Figure 2 Udjævnet samlet spektrum for IVD BTS 7. Klik på fanebladet Calibration, og vælg kalibreringsfilen MBT_Standard i rullelisten Mass Control List (Figure 3). Figure 3 Fanebladet Calibration, som viser Mass Control List 8. Klik på knappen Automatic Assign for automatisk at vælge de korrekte kalibreringspeaks. Revision 1 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Side 7 af 12

8 9. Kontrollér, om den automatiske tildeling af kalibreringspeaks fungerede korrekt. Listen over kalibreringspeaks skal vise, at alle peaks er tildelt, og at den maksimale afvigelse Err/ppm ikke er over ±300 ppm for noget peak (Figure 4). Figure 4 Resultat af automatisk tildeling af kalibreringspeaks, hvor alle peaks er tildelt, og den maksimale afvigelse er under ±300 ppm for alle peaks'ene. Gå videre som følger, afhængigt af resultatet: Hvis alle peaks er tildelt, og den maksimale afvigelse Err/ppm er under ±300 ppm for alle peaks'ene, var den automatiske tildeling af kalibreringspeaks succesfuld. Gå videre til trin (12). Hvis alle peaks er tildelt, men den maksimale afvigelse Err/ppm er over ±300 ppm for et eller flere af peaks'ene, skal du gentage trin (4) til (9). Hvis nogle få peaks er tildelt, og den maksimale afvigelse Err/ppm er under ±300 ppm for alle peaks'ene, skal du gå videre til trin (10). Hvis nogle få peaks er tildelt, men den maksimale afgivelse Err/ppm er over ±300 ppm for et eller flere af peaks'ene, skal du gentage trin (4) til (9). Hvis ingen af peaks'ene er tildelt, skal du gå videre til trin (11). 10. Klik på knappen Apply, og gentag automatisk tildeling af peaks ved at klikke på knappen Automatic Assign. Kontrollér, om alle peaks er tildelt, og om den maksimale afvigelse Err/ppm er under ±300 ppm for alle peaks'ene. Hvis alle peaks er tildelt, og den maksimale afvigelse Err/ppm er under ±300 ppm for alle peaks'ene, var den automatiske tildeling af kalibreringspeaks succesfuld. Gå videre til trin (12). Hvis ikke alle peaks er tildelt, eller hvis den maksimale afvigelse Err/ppm er over ±300 ppm for et eller flere af peaks'ene, skal du gentage trin (4) til (9). Side 8 af 12 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Revision 1

9 11. Vælg manuelt peak'et på m/z 6.255,4 Da ved at klikke til venstre for peak'et i spektret. Den lodrette linje ved siden af peak'et skal skifte fra rød til grøn som tegn på succesfuld peak-tildeling (de tilsvarende data indtastes i kalibreringspeaklisten). Klik på knappen Apply, gentag automatisk tildeling af peaks ved at klikke på knappen Automatic Assign. Kontrollér, om alle peaks er tildelt, og om den maksimale afvigelse Err/ppm er under ±300 ppm for alle peaks'ene. Hvis alle peaks er tildelt, og den maksimale afvigelse Err/ppm er under ±300 ppm for alle peaks'ene, var den automatiske tildeling af kalibreringspeaks succesfuld. Gå videre til trin (12). Hvis ikke alle peaks er tildelt, eller hvis den maksimale afvigelse Err/ppm er over ±300 ppm for et eller flere af peaks'ene, skal du gentage trin (4) til (9). 12. Når alle peaks er blevet tildelt automatisk med en maksimal afvigelse Err/ppm på under ±300 ppm for alle peaks'ene, skal du klikke på knappen Apply. 13. Gem de nye kalibreringsværdier i flexcontrol- metoden ( MBT_ FC.par ). Hvis du klikker på værktøjslinjeknappen Save method as, åbnes dialogboksen Save flexcontrol Method As. Klik på knappen Save. Bekræft erstatningen af filen (MBT_FC.par) ved at klikke på knappen Yes i bekræftelsesdialogboksen (Figure 5). og Figure 5 Bekræftelsesdialogboks vedrørende erstatning af den specificerede metodefil Automatisk kalibreringsprocedure Bemærkning flexcontrol 3.3 eller nyere er påkrævet til den automatiske kalibreringsprocedure. 1. Indsæt det MALDI- target, der er klargjort med IVD BTS- prøven, i MALDI- TOFmassespektrometeret. 2. Kontrollér, at flexcontrol kører. 3. Anvend standard-flexcontrol- metoden MBT_FC.par (lineær og positiv tilstand) til måling og kalibrering. Revision 1 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Side 9 af 12

10 4. Vælg Tools > Method Calibration Parameters ( Figure 6 ) for at indstille eller kontrollere flexcontrol-metodens kalibreringsindstillinger. Bemærkning Indstilling af kalibreringsparametre er kun påkrævet ved den første (indledende) kalibrering. Ved senere kalibreringer er det kun valget af den korrekte autoxmetode (MBT_AutoX), der skal kontrolleres. Figure 6 Kommandoen Method Calibration Parameters i menuen Tools 5. Indtast eller kontrollér parameterindstillingerne for automatisk kalibrering, som er vist i Figure 7. Klik derefter på knappen OK. Figure 7 Dialogboksen Edit Auto Calibration Parameters Side 10 af 12 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Revision 1

11 6. Kontrollér på fanebladet Calibration (Figure 3), at parameteren Peak Assignment Tolerance er indstillet til maksimumværdien på ppm (Figure 8). Figure 8 Parameteren Peak Assignment Tolerance 7. Klik på knappen Calibrate for at starte kalibreringsproceduren. Et samlet spektrum fremkaldes automatisk ved at sammenlægge de 6 x 40 laserstråler fra forskellige positioner på IVD BTS- spotten, og kalibrering udføres automatisk. Efter succesfuld kalibrering åbner en dialogboks med kalibreringsinformation (Figure 9). Klik på knappen OK for at afslutte kalibreringen. Figure 9 Dialogboks med kalibreringsinformation 8. Hvis kalibreringen er mislykkedes, skal du gentage den automatiske kalibreringsprocedure, trin (4) til (7), eller følge den manuelle kalibreringsprocedure, der er beskrevet i afsnit Revision 1 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Side 11 af 12

12 8 Producent Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße Bremen Tyskland Support biotyper.support@bdal.de Tlf.: +49 (421) Fax: +49 (421) Salgsinformation care@bdal.de Tlf.: +49 (421) Internet: Nr eller Beskrivelser og specifikationer erstatter al tidligere information og kan ændres uden varsel. Copyright 2014 Bruker Daltonik GmbH Side 12 af 12 IVD Bacterial Test Standard Brugsanvisning Revision 1