ViewDEX Guide. Helle Precht University College Lillebælt

Transkript

1 ViewDEX Guide Helle Precht University College Lillebælt

2 Indhold Intro... 1 Imagedb billeder til brug i billedanalysen... 2 Ressources programmering af billedanalysen... 3 Opsætning af billeder til billedanalysen... 5 Opsætning af billedkriterier... 5 Definition af observatører... 8 Logfilen resultater af billedanalysen... 9 Import data til Excel resultat log filen eksporteres og gøres brugbar I Excel... 9 Vigtige tips og tricks Intro Denne guide tager udgangspunkt i ViewDEX version 2.0 rel. 2.48, som kan hentes fra hjemmesiden: Man skal blot udfylde felterne nederst på siden. Hvorefter man kommer til siden, hvor man kan hente programmet. Når man har hentet filen, åbner man den og pakker programmet ud. Sådan ser mappen med ViewDEX ud:

3 De mapper man skal bruge til at programmere ViewDEX til udførelse af billedanalyse er: 1. Imagedb: billeder uploades til analysen 2. Resources: programmering af selve analysen med billedkriterier, score etc. samt oprettelse af observatørerne Imagedb billeder til brug i billedanalysen Inde i mappen imagedb vælges enten en eksisterende mappe (x-main) eller laves en ny mappe med navnet på projektet, my study I mappen gemmes billederne som dicom (f.eks. xxx.dcm) filer, hvis de skal vises enkelt vis:

4 Er der tale om en CT scanning, tomosyntese eller andre undersøgelser med en serie af billeder, gemmes serien af billeder i individuelle mapper i den valgte mappe fra guiden herover, f.eks. my study, på følgende måde: Vigtigt er det at navngive billederne således at de kan genkendes i analysens score og samtidig er blindet for observatørerne. F.eks. forsøgsbillede nr_kv_mas_intraobs (primært billede:1 eller gentaget billede: 2) kunne se således ud: 10_50_2_1.dcm. Ressources programmering af billedanalysen I mappen ressources findes en række filer med navnet: xxxxx.properties. Filerne indeholder forskellige analyse metoder såsom VGC, ROC eller FROC og det er her man sætter hele programmet op. Hvilken en af filerne man vælger afhænger af hvad der skal analyseres, som udgangspunkt for langt de fleste radiografiske projekter er VGC det bedste valg og en modificeret VGA. Det anbefales ikke at ændre i disse filer, men kopiere f.eks. filen VGC 1280x1024.properties og bruge denne som skabelon, og omdøbe til navnet my study.properties. Hele programmet er baseret på computer programmet notesblok, som bør kunne findes på alle pc er.

5 Når man åbner filen my study.properties ser det sådan ud:

6 Der er forklaringer på hvordan man opsætter ViewDEX i filen selv, men herunder bliver hoved reglerne gennemgået. Opsætning af billeder til billedanalysen I kapilet IMAGEDB LOCATION Ændres linjen fra VGC-main til my study, eller tilhørende navn som billederne er gemt under. Dette gør at billederne fra mappen my study bliver vist i ViewDEX under billedanalysen: I kapitlet IMAGES AND/OR IMAGE STACKS Tages der stilling til om billederne skal komme i tilfældig rækkefølge eller i den rækkefølge de kommer i mappen hvori billederne ligger. Dette vælges ved at skrive sequence eller random hvor der er en blå markering. Opsætning af billedkriterier Kriterierne der ønskes analyseret i billedanalysen skal skrives ind under kapitlet TASK DEFINITION PANEL

7 En generel regel er at findes der # foran teksten er det information eller en guide i programmet og det bliver ikke vist, er disse # slettet bliver teksten en del af programmet. Derfor er kriterierne i ViewDEX programmeret her: Hvert kriterie består af følgende 5 linjer: Linje 1: her skrives kriteriets nummer og herefter selve kriteriet

8 Linje 2: angiver skrifttype og skriftstørrelse til linje 1 Linje 3: angiver svarmuligheder, hvor der frit kan vælges om det skal være tal, bokstaver, ja/nej eller navne på ting Linje 4: er igen skrifttype og skriftstørrelse til linje 3 Linje 5: beskriver om der skal defineres en lokalisation i forblindelse med analysen Obs: når man laver sine svar kategorier, skal man huske at det første svar vil få værdien 1 i logfilen uanset om der står 1, 5, A eller Ja/Nej. F.eks. svarer observatør A, 5 fra første svarkategori som analyse på billed X, men i logfilen får besvarelsen værdien 1. Der kan laves lige som mange kriterier som er ønsket, man skal bare huske at ændre tallet fra task1 til task2 osv: Det kommer til at se således ud i ViewDEX:

9 Definition af observatører Angivelse af observatører der skal udføre billedanalysen i ViewDEX skal programmeres i filen user.properties der ligger i mappen ressources. Der kan programmeres det antal observatører som er ønsket angivet med det individuelle navn. Linje 1: navn på observatøren, som bruges til log-in i ViewDEX Linje 2: navnet på den analysemetode observatøren skal analysere, i dette tilfælde: my study

10 Logfilen resultater af billedanalysen ViewDEX laver en logfil hvor dataene fra billedanalyserne bliver gemt, og ser således ud: Logfilen skal læses på følgende måde: Linje 1: dato for besvarelsen, bruger navn, version af ViewDEX Linje 2: navn på det analyserede billede (som defineres i navnet på billedfilen der er placeret i Imagedb Linje 3: nummer i rækkefølgen under analysen: mappen billedet ligger i; lokalisation på billedet: resultater (lokalisation), kriterie 1,analyse resultat kriterie 2, analyse resultat..; og til sidst brugte WW og WL; tid brugt på analyse af det enkelte billede. Obs: husk at besvarelsen i logfilen er nummereret på svarkategorien og ikke svar værdien, observatørerne analyserede billedet til. Billedet herunder viser besvarelsen i CaseNo: 1 hvor man kan se spørgsmål 1 er besvaret med 5 men har fået værdien 1 i logfilen. Import data til Excel resultat log filen eksporteres og gøres brugbar I Excel Trin 1: Når man skal have log filen ind i Excel skal man gå til fanebladet DATA og bruge funktionen hent eksterne data fra tekst. Logfilerne ligger i mappen my study i log mappen.

11 Trin 2: Vælg afgrænset som herunder Trin 3: Der vælges afgrænsere, hvor man i feltet andet sætter: hvorefter man klikker på udfør.

12 Trin 4: Man indsætter det hvor det passer på siden i Excel arket. Vigtige tips og tricks Ift. svar kategorier skal man huske at den første svar mulighed vil få værdien 1 i logfilen uanset om der står: 1, 5, A, ja/nej Vis man har ændret i my study.properties skal man huske at slette alt data i mapperne: history, log og log2 før disse ændringer træder i kraft inde i ViewDEX Enkelte gange kan man ikke få lov til at åbne programmet eller vise billederne. Sker dette så prøv at omdøbe billederne til: xx.dcm, eller slet history og log filer, så virker brugernavnet typisk igen. I filen my study.properties betyder # før en linje, denne ikke bliver brugt i ViewDEX men oftest er en forklaring på hvordan det skal sættes op.