Eukaryote mrna Processering

Størrelse: px
Starte visningen fra side:

Download "Eukaryote mrna Processering"

Transkript

1 Eukaryote mrna Processering Splicing Capping Poly-adenylering Post-transkriptionel regulering af genexpression Simpel prokaryotisk gen-ekspression Alt RNA bliver syntetiseret af en enkelt RNA-polymerase mrna translateres under transkriptionen mrna et har præcis samme sekvens som DNA et mrna et er ofte polycistronisk Kompliceret gen-ekspression i eukaryoter Kompleks kromatinstruktur Gener er ofte afbrudte af ikkekodende sekvenser, kaldet introns. Tre klasser af RNA polymeraser syntetiser tre klasser af mrna. Transkription og translation er adskilt mrna syntesen forgår i to trin: pre-mrna (indh. exons/intons ) mrna (kodende, cappet og polyadenyleret) mrna et er monocistronisk. Eukaryote mrna Processering Splicing Capping Poly-adenylering Post-transkriptionel regulering af genexpression 1

2 Splicing Den proces, hvor ikke-kodende RNA fjernes fra det primære transkript R-looping forsøg viser, at genomisk DNA indeholder introns Exon Kodende sekvens af et eukaryot gen Intron Ikke-kodende sekvens, der afbryder den kodende sekvens af et eukaryot gen Fig 14.1 Bliver introns transkriberet? Simplificeret mekanisme for pre-mrna splicing Ja introns bliver transkriberet Fig 14.3 Fig

3 Splicing Signals Splicing processen Konsensus-sekvenser Alle introns i pre-mrna starter og slutter på samme måde: exon/gu-intron-ag/exon Splicing signalet er mere komplekst end som så: 5 AG/GUAAGU-intron-YNCURAC-Y n AG/G-3 A: forgrenings-punktet branchpoint (BP) Fig 14.4 Påvisning af forskellige splice intermediater Signal at the Branch Branchpoint konsensus sekvenser spiller en vigtig rolle sammen med konsensus sekvenserne i 5 - og 3 - enderne af introns Gær sekvens er altid: UACUAAC Højere eukaryote konsensus sekvens variere mere Det forgrenede (branched) nukleotid er det sidste A i denne sekvens 10 % polyacrylamid gel Fig Fig

4 Spliceosomer the spliceosome Splicing finder sted på en partikel kaldet et splisosom Gær spliceosomer and mammale spliceosomer har sedimentation koefficienter på 40S and 60S Spliceosomer indenholder premrna Sammen med snrnps og protein splicing faktorer Disse genkender splicing signalerne og styrer splicing processen Fig 14.9 Spliceosomet består af pre-mrna og 5 snrnps: U1, U2, U4, U5 og U6 Fig Snurps alias små nukleare ribonucleoproteiner alias snrnps består af små nukleare RNA molekyler (snrna) koblet til proteiner (ca. 145 ialt; 7 Sm proteiner, som findes i alle snrnps og en masse, der vil være specifikke for hver enkelt snrnp) Metoder til påvisning af RNAinteraktioner RNase protection assay Cross linking med f.eks. 4-thioU Introduktion af mutations i gær Det er snrna, der genkender konsensusområderne dvs snrna erne vil være komplementærer til de forskellige konsensus-sekvenser i exons og introns 4

5 RNase protection the spliceosome Commitment complex Fig 14.11, 12, 13 Spliceosomet består af pre-mrna og 5 snrnps: U1, U2, U4, U5 og U6 Fig Initiering af kommitment komplexet Yeast two hybrid screening Tre facts: Branchpoint Bridging Protein (BBP) og en anden faktor binder til pre-mrna et og initierer binding af de 5 snrnp A) Transcriptions-aktivatorer har typisk et DNA-bindende domæne og et transkriptions-aktiverende domæne B) De to domæner er aktive hver for sig; dvs. BD kan selv binde til DNA og AD kan selv interagere med basal komplexet. C) Rapporter-genet indeholder enhancer, promotor og rapporter-gen Fig Fig

6 Yeast two hybrid med GAL4 og lacz systemet Alternativ splicing Splicing af det samme pre-mrna på to eller flere måder, - giver ophav til to eller flere mrnas, - producerer to eller flere protein produkter Fig Hvordan styres alternativ splicing Alternative splicing is controlled by the binding of trans-acting protein factors to cis-acting sequences within the pre-mrna leading to differential use of splice sites. Many such sequences have been identified and are grouped as either enhancer or suppressor elements (for a review on splicing regulatory elements, see Ladd and Cooper 2002). These elements are generally short (8-10 nucleotides long) and are even less conserved than those present at exon-intron junctions. Control of alternative splice site recognition is mediated by members of the SR (serine rich) protein family of splicing factors which bind to the splicing enhancer and inhibitor elements. The interactions of these proteins with the pre-mrna substrate and with snrnp proteins have been intensively studied. Their role in regulating splice site selection is believed to occur in two (perhaps non-exclusive) modes arginine-serine (RS) domain dependent and RS domain independent (Cartegni et al., 2002) (see the animation below). Hvilken betydning har alternativ splicing? Efter sekventeringen af det humane genom skønnes det, at der findes mellem og gener. Fra ESTs (Expressed Sequence Tags) har man skønnet, at der er mellem gener Denne store forskel på reel gen-sekvens og mrna niveauet kan til dels - forklares med alternativ splicing. 6

7 En sidste bemærkning om splicing Nogle introns kan splice sig selv ud - uden hjælp fra protein Eukaryote mrna Processering Splicing Capping Poly-adenylering Post-transkriptionel regulering af gen-expression Capping Tagging af 5 enden af RNA med en struktur kaldet cap egentlig et blokerende nukleotid cap: en methyleret guanosin bundet gennem a 5-5 tri-fosfat binding til 5 enden af mrna, pre-mrna eller snrna The Cell by Cooper et al. 7

8 In vitro transkription + cap syntese: [ 32 P]-nucleotider ±[ 3 H]S adenosyl methionin (AdoMet) Papirskormatografi: - Mononukleotider (-2) - Methyleret CAP (-5) Cap strukturen Cap strukturen Mærkning med [β,γ- 32 P]ATP men ikke med [γ- 32 P]ATP -β-fosfat, men ikke γ-fosfat, sidder i cappen -cappen sidder i 5 enden af RNA et β-fosfat kan ikke fjernes med alkalisk fosfatase -β-fosfatet er blokeret Fig 15.1 Fig Cap strukturen Reoviral cap structure (cap1) Blokking agent fjernes med fosfodiesterase skær både α og β fosfat frigivet et produkt Xp fosfomonoesterase X tilbage Fig 15.2 Fig

9 cap syntesen Cap funktioner 1. Øger RNA ets stabilitet 2. Øger translabiliteten af mrna et 3. Øger transport af mrna et fra kernen til cytoplasmaet 4. Øger effektiviteten af mrna-splicing CAPPING forekommer inden pre-mrna er er 30 nt. langt Fig 15.4 Stabilitet Cappen beskytter mod RNaser: 5 -specifikke Trifosfat-bindinger er ikke substrat Forsøg I: m 7 GpppG m (grøn) GpppG (blå) ikke cappet (rød) Cap stimulerer translationen af mrna cap binding protein dirigerer ribosomerne på mrna ingen cap= ingen CBP-interaktion = dårlig translation Table 15.1 Synergism between Poly(A) and cap during translation of a luciferase mrna in Tobacco Protoplasts mrna Uncapped Luciferase mrna Half-life (min) Luciferase Activity (light units/mg protein) Relative Effect of poly(a) on Activity Relative Effect of Cap on Activity Glycerol gradient centrifugation Poly(A) , Poly(A) , Capped Poly(A) , Poly(A) ,333, Fig

10 transport af mrna et fra kernen til cytoplasma snrna U1 transkriberes af RNA polymerase II m 7 G og sendt ud i cytoplasma snrna U6 transkriberes af RNA polymerase III - capning (trifosfat i 5 enden) og den bliver i cellekernen U1 snrnaet syntetiseres i kernen, og processeres med m7cap og polya halen. Eksporters ud i cytosolet, hvor cappen bliver tri-methyleret og Sm proteiner binder til specifikke RNA sekvenser. Dette kompleks transporteres derefter tilbage i kernen, hvor snurp U1 er involveret i splicing processen. Capping af U1 snrna et er nødvendig for dets transport ud i cytoplasma Oocyte U1 genet under kontrol af humant RNA poliii U6 promotor WT og mutanter, med deletioner protein-interaktions områder. Injection i oocyter + [α 32 P]GTP + 5S rrna genet + α-amanitin (RNA polii inhibitor) RNA poliii -cap RNA polii +cap Cap kort methyleret guanosin bundet til 5 enden af RNA et via en 5-5 tri-fosfat binding funktioner: 1. Øger RNA ets stabilitet 2. Øger mrna ets translations-evne 3. Øger transport af mrna et fra kernen til cytoplasmaet 4. Øger effektiviteten af mrna-splicing (kommer senere) Fig

11 Eukaryote mrna Processering Splicing Capping Poly-adenylering Post-transkriptionel regulering af gen-expression Poly-adenylering Påsætning af AMP på 3 enden af et RNA molekyle Poly(A) halen 3 struktur, der består af en række AMP er - ca. 200 A-molekyler i 3 enden af et typisk eukaryotisk mrna Gennemsnitligt længde på 250 nukleotider Karakterisering af Poly(A) For at isolerer poly(a) halen, skæres mrna molekyler med RNase A og RNAse T1 dette efterlader de lange stræk af poly(a) RNase A skærer efter C og U RNase T1 skærer efter G Oprensning af radioaktivt mærket pre-mrna: Blå: kerne-poly(a) Rød: cytoplasma-poly(a) + RNase Gel-elektroforese Scintillations-tælling Fig

12 Poly(A) halen sidder på 3 enden af hnrna og mrna Hvor kommer poly(a) fra? Gener indeholder ikke lange poly(t) sekvenser, som kan kode for en poly(a) hale Actinomycin D hæmmer DNA transkription, men ikke polyadenylering poly(a)-halen sættes på post-transkriptionelt, af poly(a) polymerase (PAP) Fig 15.8 Poly(A) har samme funktioner som cappen! Poly(A) stabiliserer mrna i Xenopus leavis oocytter 1. Øger RNA ets stabilitet 2. Øger mrna ets translations-evne 3. Øger transport af mrna et fra kernen til cytoplasmaet 4. Øger effektiviteten af mrna-splicing globin mrna injektion i oocytter: Poly(A) + (grøn) Poly(A) - (rød) Fig

13 Beviser for at poly-adenylering øger translation af mrna et Tilsætttes et overskud af poly(a) til in vitro reaktion inhiberes translationen af cappet og polyadenyleret mrna. Poly(A) øger translationen Poly(A)-binding protein I (PABI) binder til Poly(A)-halen under translationen og booster translationseffektiviteten Effekt af polyadenylering på translationen af mrna i kanin retikulocyt extrakt Hvordan øger poly(a) halen translationen? Poly(A) + mrna er bedre til at danne polysomer end poly(a) - mrna Poly(A) øger translationen af både cappet og ikke cappet mrna Hvad er det lige et polysom er? et mrna med flere bundne ribosomer, der translaterer det samtidig Fig

14 Effekt af polyadenylering på rekruttering af mrna til polysomer Take home message Poly(A) halen øger både levetiden og translations-evnen af mrna hvad der lige er vigtigst afhænger af hvilket system man bruger. Mærk poly(a) + med 32 P og poly(a) - med 3 H! Inkuber i retikulocyt extraktet. Oprens polysomer - sucrosegradient ultracentrifugering Pil er monosome peak disomer, trisomer ect. til venstre Mekanismen bag poly-adenylering Bevis på at transkriptionen fortsætter forbi poly(a)-halen DMSO stimulation af erythroleukemia celler i nærværelse af [ 32 P]UTP Høj ekspression af globin pre-mrna (RUN on RNA). Hybridisering til DNA fragmenter A til F Fig Fig

15 Polyadenylerings-signaler Hvordan ved RNA-processeringsmaskineriet at nu skal der poly-adenyleres? Polyadenylerings-konsensus-sekvens i mammale cellers DNA: AATAAA bp inden polyadnylerings-sitet i RNA finder man AAUAAA ca. 20 nt up-strøms for poly(a) halen Forsøg der viser, at AAUAAA sekvensen er vigtig for skæringsprocessen af polyadenyleringen? S1 Mapping 1. Deletion af nukleotider mellem AATAAA og polyadenulerings sitet Deletioner flytter polyadenylerings-sitet længere downsteam med ca. samme det antal nukleotider som er deleteret 2. Bruge S1 analyse til at undersøge effekten af at indsætte flere AAUAAA sekvenser i RNA ets 3 ende Fig

16 S1 analyse af AAUAAA s funktion konsensus sekvensen Mutant SV40 virus (1471) med 2 AAUAAA sites, 240 nucleotider fra hinanden proben giver 680 bp bånd hvis 1. AAUAAA benyttes og 920 bp bånd hvis 2. AAUAAA benyttes AAUAAA i pre-rna et er nødvendig for polyadenylering Fig Fig AAUAAA er bare ikke nok Polyadenylerings-signalet Effektiv mammalian polyadenylerings signal består af et AAUAAA motiv ca. 20 nucleotider up-strøms et poly(a) site i premrna, efterfulgt af et GU-rigt motiv nukleotider senere, og derefter et U-rigt motiv Variationer i disse sekvenser resulterer i forskellige polyadenylerings-effektiviteter U-rich 16

17 Polyadenylering = to processer CPSF binder til AAUAAA-motivet i pre-mrna Polyadenylering består egentlig af to processer: Kløvning Polyadenylering Et protein er fælles for begge processer: Cleavage and polyadenylation specificity factor CPSF gele mobility shift assay SDS Page of cross linked protiens Fig Pre-mRNA skæring CPSF binder til AAUAAA Cleavage stimulating factor (CstF) binder til G/U regionen Cleavage factor I og II (CFI og CFII) Poly(A) polymerasen (PAP) RNA polii s involvering i skæringen af transkriptet Og så selvfølgelig lige RNA polymerase II 32 P mærket adeno-virus L3 pre-mrna inkuberet med CPSF, CstF, CFI-II og PAP og enten RNA pol IIA eller IIO Fig

18 CTD (carboxy-terminal domæne) er involveret i skæringen af det primære transkript Model af pre-cleavage komplex et CTD-GST fusionsprotein Glutathion affinitets kromotografi Fosforylering in vitro Fig Fig Påsætning af poly(a) halen Polyadenylerings-signalet er egentlig skæringssignalet initiering elongering Polyadenyleringsprocessen må have et andet signal Fig

19 AAUAAA er signalet for påsætning af poly(a)-halen Små syntetiske oligonukleotider, der indeholder AAUAAA sekvensen bliver polyadenyleret in vitro Polyadenylering af model RNA-substrater Både poly(a) polymerase og CPSF er nødvendig for poly-adenylering (CPSF) Optimale længde mellem AAUAAA og 3 - enden af RNA et er 8 nucleotider Fig Polyadenyleringen foregår i to faser: initiering og elongering Fase 1 (initiering): Afhængig af AAUAAA sekvensen og binding af CPSF Påsætning af ca. 10 A er 58 nt + SV 40 Late RNA 58 nt SV 40 Late RNA Fase 2 (elongering): Uafhængig af AAUAAA sekvensen og CPSF ( AAGAAA+40A blev polyadenyleret) Påsætning af A er til fuldlængden af poly(a) halen er nået 32 P mærket RNA, in vitro polyadenylering med HELA celle kerne ekstrakt Fig

20 Elongeringsprocessen I elongeringsprocessen indgår PAP og polya binding protein-ii (PABII) PABII kan stimulerer polyadenylering af et model substrat lige som CPSF men det binder til poly(a) halen og ikke AAUAAA L3 pre: substrat RNA L3 preδ: substrat RNA med AAGAAA L3 pre + oligo A: substrat RNA + oligo A på 3 enden L3 preδ +oligo A: substrat RNA med AAGAAA + do Fig Model for polyadenyleringen Poly(A) turn-over Poly(A) bliver nedbrudt i cytoplasma RNaser nedbryder poly(a) halen mens poly(a) polymeraser genopbygger poly(a) halen. Når poly(a) halen er væk, nedbrydes RNA et Fig

21 Polyadenylering kort Eukaryotiske mrna og pre-mrna har en kæde af AMP på ca. 250 nukleotider siddende på deres 3 ende. Polyadenyleringsprocessen forgår i to trin: skæring og polyadenylering Syntesen af polya halen forgår i to faser: Initiering (PAP, CPSF, AAUAAA) Elongering (PAP, PABII, min. 10 A er) CPSF & AAUAAA forstærker elongerings-processen Poly(A) halen nedbrydes i cytosolet. Koordination af de tre processering-begivenheder Cappen er essentiel for splicing af den første intron Poly(A) halen er essentiel for splicing af en sidste intron Capping, polyadenylering og splicing proteinerne associerer alle med CTD under transkriptionen mrna processering foregår cotranskriptionelt Poly(A) halen har samme funktioner som 5 cappen Cappens effekt på splicing In vitro transkription af δ-crystallin genet fra kylling +/- cap-analoger i tilstedeværelse af med 32 P rntp Derefter inkubation med kerne ekstrakt for at undersøge splicingsprocessen Fig Et cap-bindende komplex (CBC) er involveret i dannelse af det første spliceosome Fig

22 Poly(A) halens effekt på splicing af det sidste intron Capping starter når mrna et er ca. 30 nt langt Polyadenyleringen sker mens RNA strengen stadig bliver syntetiseret Splicing starter under transcriptionen Capping og Polyadenylering stimulerer splicing af hhv. første og sidste Intron Associering mellem RNA poli s CTD og mrna processeings-proteinerne Fig Binding af capping proteinet Guanylyl Transferase til CTD P Søjle med GST koblet til div. CTD former Hældt HeLa celle-ekstrakt på søjlen for at lave affinitetskromatografi. Testet eluatet med [ 32 P]GTP (GMP binder covalent til guanylyl transferasen: E+ GTP E-pG + PPi) Hvordan koordineres interaktionerne mellem CTD og de forskellige processerings-proteiner? De tre hovedklasser af processerings-proteinerne kommer og går afhængig af CTD s fosforyleringstilstand Fig

23 Chromatin Immunoprecipitering eller ChIP DNA-binding proteins cross-linkes til DNA med formaldehyde in vivo. Isolering af kromatinet. Skær DNA sammen med div. bundne proteiner i små fragmenter Bind antistoffer, der er specifikke for det DNA-bindende protein og isoler komplekset ved fældning med sekundære antistoffer bundet til sephadex kugler. Cross-linkingen reverteres for at frigive DNA et og derefter nedbryde proteinerne Brug PCR til at amplificere DNAspecifikke sekvenser for at se, om de er blevet fældet med antistoffet. Immunoprecipiteret kromatin med antistoffer rejst mod capping og polyadenylerings proteiner for derved at fange kromatin, der bliver transkriberet af RNA polymerase og samtidig binder disse proteiner Gyanylyl transferase Poly(A) faktori RNA polii subunit Fig 13.29, p 384 Fig ChIP analyse af fosforyleringsmønsteret af CTD under forskellige stadier af transkriptionen Hypotese om RNA-processering organiseret af CTD CTD indeholder Repeated heptadpeptides med konsensus sekvensen: Y-S-P-T-S-P-S Manglende/lidt fosforylering Interaktion i promotor region Høj fosforylering Interaktion længere ned i CDS Fig Fig

24 Transkriptions-terminering er tæt koblet til polyadenylering Transcriptions-termineringen er koblet til mrna 3 -ende processeringen pgcyc1: wt pgcyc1-512: polyadenylerings sekvens Assay for expressions-niveau (northern blot) Nuclear Run-On analyse Fig Nuclear run-on analyse Transkriptions-terminering er tæt koblet til polyadenylering pgcyc1: wt pgcyc1-512: polyadenylerings sekvens Assay for expressions-niveau (northern blot) Nuclear Run On analyse pgcyc1-512 terminerer ikke korrekt Fig 5.32 p 120 Fig

25 Termineringsmekanismen 1. Regionen downstream fra poly(a) sitet er essentielt for terminering 2. Skæring af transkriptet flere steder downstream for poly(a) sitet er nødvendig for terminering 3. Denne skæring foregår co-transkriptionelt og sandsynligvis inden skæring ved poly(a) sitet Hvad ved vi nu: mrna processering finder sted under transkriptionen: Capping-processen starter når mrna er ca. 30 nucleotider langt Poly-adenylering startes af skæring ved polyadenylerings-sitet på et mrna molekyle, der stadigvæk syntetiseres. Splicing starter under transkriptionen. Capping og poly-adenylering stimulerer splicning af hhv. den første og sidste intron. Terminering af transcriptionen er afhængig af et intakt poly(a) site og proteinerne der er involveret i skæring. Fig Eukaryote mrna Processering Splicing Capping Poly-adenylering Post-transkriptionel regulering af gen-expression 25

26 Prolactin regulerer primært casein genet på det post-transcriptionelle niveau Gen-ekspresions niveauet kan let kontrolleres via mrna stabilitet. Eksempel: cassein mrna Kontrol af stabiliteten af et mrna molekyle? Eksempel: Iron Response-Element Post-transkriptionel Silencing/RNA interference sirna Prolactin øger kun transkriptionen af casein genet 2-3 gange, mens koncentrationen casein-proteinet stiger meget mere Table 16.1 Species of RNA rrna poly(a) + RNA (short lived) poly(a) + RNA (long lived) Casein mrna Effect of Prolaction on Half-life of Casein mrna RNA half-life (h) -prolactin + prolactin > 790 > Table 16.1 Stabiliteten af transferrin receptor mrna et Jern homeostase i mammale celler styres af to proteiner transferrin receptoren og ferritin Transferrin receptoren (TfR) er et membran protein, der transporterer jern bundet til transferrin ind i cellen Ferritin er et cytoplasmatisk protein, der binder Fe og opbevarer det, til dårlige tider Fe mangel: TfR Ferritin Fe overskud: TfR Ferritin Post transkriptionel regulering: Translations-hastigheden af ferritin mrna stabiliteten af TfR TfR mrna et halveringstid ændres 26

27 Påvisning af Iron Response Elementer Sammenligning af fem stem-loop strukturer i TfR 3 UTR og IRE i 5 UTR af ferritin mrna et S1 analyse viser 678 nt downstream i 3 UTR indeholder Fe-response elementet Deleteres disse nucleotider bliver mrnaet super ustabilt Fig Fig EMSA assay til påvisning af IRE bindende proteiner i TfR s 3 UTR Lane 1: no competitor Lane 2: TfR mrna competitor Lane 3: ferritin mrna competitor Lane 4: β-globin mrna competitor Fe regulerer mrna stabiliteten: + Fe ustabilt TfR-RNA Hypotese: Proteiner binder til IRE i 3 UTR for at stabilisere mrna et Så mrna må i sig selv være ustabilt Og IRE binding proteins må binde ved lav [Fe] Viser sig at der i 3 enden er indeholder en RAPID TURNOVER DETERMINANT. 32 P mærket transkript, der svarer til 3 UTR med de 5 IRE Fig

28 rapid turn-over determinant? Syntetisk element uden A, E og central loop + Hemin + Desferrioxamine (Fe chelator) mrna niveau: Northern blot analyse Protein niveau: immunoprecipitering TRS-3: regulation + højt niveau af TfR protein TRS-4: lav regulation + lavt niveau af TfR protein Fig Fig Opsummering: IRE A og E, og det centrale loop kan ændres uden der sker noget med Fe-respons. Fjernes alle IRE er er TfR konstitutivt stabilt. Fe s effekt på stabiliteten af wt og mutant TfR mrnas Fig

29 Destabiliserings-model af TfR mrna et Fig Postranskriptionel Gen Silencing eller RNA Interference (RNAi) Injektion i en celle af ds-rna kan blokere ekspressionen af et gen Repression af gen-transkription eller nedbrydning af mrna et??? C elegans ovarium injiceret med antisense (c) eller ds (d) mrna til mex-3 In situ hybridisering Fig

30 En nuclease nedbryder trigger dsrna til små stykker (ca. 25 bp) RNAi model ds-rna bliver skåret i småstykker (sirnas) af nucleasen Dicer Derefter dannes et RISC (RNA-induced silencing Complex) der sørger for at strengene bliver separerede De små RNA stykker binder til target mrnaet. Nucelaser nedbryder hybriderne Fig Amplificering af sirna sirna bliver amplificeret under RNAi når antisense sirnas hybridiserer til target mrna et og primer syntesen af fuldlængde antisense RNA med RNA-dependent RNA polymerase. Det nye ds RNA blive choppet op til nye små sirna er af Dicer Fig

Spm. A: Hvad viser data i Figur 1?

Spm. A: Hvad viser data i Figur 1? Opgave 1 Leptin er et plasma proteinhormon der primært produceres af og secerneres fra fedtceller (adipocytter). Leptin, der er kodet af ob (obecity) genet, er 16 kda stort. Leptins fysiologiske funktion

Læs mere

Besvarelse af opgaverne til den Spm.A: efter TGA TCA Spm. B:

Besvarelse af opgaverne til den Spm.A: efter TGA TCA Spm. B: Besvarelse af opgaverne til den 20-9-06 Spm.A: Her vil vi gerne sætte et relativt lille stykke DNA (FLAG) sammen med et relativt stort stykke (PRB1). Det lille stykke er for lille til at vi kan PCR amplificere

Læs mere

CYP7A1 (0,1 nm) CYP7A1 (0nM) UBIC (0,1 nm)

CYP7A1 (0,1 nm) CYP7A1 (0nM) UBIC (0,1 nm) Opgave 1 Leveren spiller en central rolle i lipid metabolismen og i opretholdelse af lipid homeostasen i hele kroppen. Lipidmetabolismen er fejlreguleret hos blandt andet svært overvægtige personer samt

Læs mere

Løsninger til opgaverne den Spm. A: Spm. B Spm. C:

Løsninger til opgaverne den Spm. A: Spm. B Spm. C: Løsninger til opgaverne den 12-9-07 Spm. A: Her er vi i en situation at det eneste der kendes til vores receptor er, at den kan binde en ligand, som vi har til rådighed i en radioaktiv mærket version.

Læs mere

En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et:

En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et: F2011-Opgave 1. En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et: Forward primer: 5 CC ATG GGT ATG AAG CTT TGC AGC CTT

Læs mere

Biologi opgave Opsamling: Cellebiologi (Bioanalytiker modul3)

Biologi opgave Opsamling: Cellebiologi (Bioanalytiker modul3) 1 Delphine Bonneau Biologi opgave Opsamling: Cellebiologi 1-6 Pelle har spist en kæmpe stor kage, og efterfølgende stiger hans blodsukker. Derfor sender kroppen besked til de endokrine kirtler i bugspytkirtlen

Læs mere

August Krogh Building Copenhagen University. Universitetsparken 13 2100 Copenhagen OE PAPedersen@aki.ku.dk

August Krogh Building Copenhagen University. Universitetsparken 13 2100 Copenhagen OE PAPedersen@aki.ku.dk Per Amstrup Pedersen Institute of Molecular Biology August Krogh Building Copenhagen University Universitetsparken 13 2100 Copenhagen OE PAPedersen@aki.ku.dk En genteknologisk værktøjskasse. Version 2007

Læs mere

Struktur og funktion af gener

Struktur og funktion af gener Molekylærbiologi og genetik S4, F2008 f Malene Munk Jørgensen Emne: Struktur og funktion af gener Link: undervisningsplanen for S4-molekylærbiologi og genetik MMJ, VI niversity ollege Bioanalytikeruddannelsen

Læs mere

Differentieret genekspression

Differentieret genekspression Differentieret genekspression Hvordan fås differentieret genekspression udfra samme genrepertoire? Differentieret gentranskription (DNA-methylering, dosage compensation) Selektiv RNA processering i kernen

Læs mere

Besvarelse til opgave 1 januar 1999 Spm. A: Spm. B:

Besvarelse til opgave 1 januar 1999 Spm. A: Spm. B: Besvarelse til opgave 1 januar 1999 Spm. A: Vi må lave et genomisk bibliotek i en lambdafag, cosmid, BAC eller YAC plasmid. Til dette vil vi skære det genomiske DNA partielt med Sau3A, så vi får stykker

Læs mere

Menneskets væskefaser

Menneskets væskefaser Menneskets væskefaser Mennesket består af ca. 60% væske (vand) Overordnet opdelt i to: Ekstracellulærvæske og intracellulærvæske Ekstracellulærvæske udgør ca. 1/3 Interstitielvæske: Væske der ligger mellem

Læs mere

Løsninger til opgaverne den Opgave 2 januar 2003 Spm. 1:

Løsninger til opgaverne den Opgave 2 januar 2003 Spm. 1: Løsninger til opgaverne den 6-9-06 Opgave 2 januar 2003 Spm. 1: Fidusen er her at vi kender den primære struktur af glukoamylasen fra tre forskellige svampe, en ascomycet, en basidiomycet og en zygomycet.

Læs mere

Studienummer: MeDIS Exam 2015. Husk at opgive studienummer ikke navn og cpr.nr. på alle ark, der skal medtages i bedømmelsen

Studienummer: MeDIS Exam 2015. Husk at opgive studienummer ikke navn og cpr.nr. på alle ark, der skal medtages i bedømmelsen MeDIS Exam 2015 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Videregående biokemi og medicinudvikling Bachelor i Medis 5. semester Eksamensdato: 26-01-2015 Tid: kl. 09.00-11.00 Bedømmelsesform 7-trin Vigtige

Læs mere

datp, dctp, dgtp, dttp, [α 32 P]-dCTP urinstofholdig polyacrylamid gel røntgen film

datp, dctp, dgtp, dttp, [α 32 P]-dCTP urinstofholdig polyacrylamid gel røntgen film Opgave 1 Denne opgave omhandler osteoblast differentiering. Osteoblast celler er involveret i opbygning af knoglevæv. Osteoblast celler dannes ud fra såkaldte calvarial celler. For at forstå det molekylære

Læs mere

Proteiner. Proteiner er molekyler der er opbygget af "aminosyrer",nogle er sammensat af få aminosyrer medens andre er opbygget af mange tusinde

Proteiner. Proteiner er molekyler der er opbygget af aminosyrer,nogle er sammensat af få aminosyrer medens andre er opbygget af mange tusinde Proteiner Proteiner er molekyler der er opbygget af "aminosyrer",nogle er sammensat af få aminosyrer medens andre er opbygget af mange tusinde Der findes ca. 20 aminosyrer i menneskets organisme. Nogle

Læs mere

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere:

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Hvilke baser indgår i DNA? A. Adenin, Guanin, Cytosin,

Læs mere

Dansk resumé for begyndere

Dansk resumé for begyndere Dansk resumé for begyndere Dansk resumé for begyndere Dette afsnit introducerer bakteriel genregulation for enhver uden forudgående kendskab til dette emne. Alle nødvendige, videnskabelige betegnelser

Læs mere

Cellekernen (Nucleus) Sebastian Frische Anatomisk Institut

Cellekernen (Nucleus) Sebastian Frische Anatomisk Institut Cellekernen (Nucleus) Sebastian Frische Anatomisk Institut Cellekernen Cellekernens overordnede struktur kernemembranen/nucleolemma kromatin nucleolus Cellecyklus faser i cellecyklus faser i mitosen Størrelse:

Læs mere

Systems Biology of C. elegans. Stuart Kim Stanford University

Systems Biology of C. elegans. Stuart Kim Stanford University Systems Biology of C. elegans Stuart Kim Stanford University Overview Cell lineage Genome Mutant Phenotypes Protein interaction Gene Expression Early cell divisions B A S M E C D 4P C. elegans zygote

Læs mere

Spm. B: Hvad viser data i Figur 2?

Spm. B: Hvad viser data i Figur 2? Opgave 1 Kernereceptorer (nuclear receptors) udgør en familie af ligandaktiverede transkriptionsfaktorer, der regulerer transkription af en række gener, som respons på tilstedeværelse af f.eks.lipofile

Læs mere

Biomarkører ved neurologiske sygdomme. Thomas Christensen

Biomarkører ved neurologiske sygdomme. Thomas Christensen Biomarkører ved neurologiske sygdomme Thomas Christensen Biomarkører ved neurologiske sygdomme Identificere diagnostiske og prognostiske biomarkører for neurologiske sygdomme Biobank oprettet Samarbejde

Læs mere

Figur 1: Strukturelt kort over plasmiderne pyeast og pmamal anvendt til undersøgelse af

Figur 1: Strukturelt kort over plasmiderne pyeast og pmamal anvendt til undersøgelse af Opgave 2 juni 1999 DNA rekombination er vigtig for eukaryote celler i forbindelse med meiosen. Samtidig er rekombination mellem fremmed DNA og endogen DNA essentiel i fremstillingen af transgene organismer

Læs mere

Opgave 1 Spm. A: Spm. B:

Opgave 1 Spm. A: Spm. B: Opgave 1 Familien af TM7 receptorer (receptorer med 7 transmembrane segmenter) udgør ud fra genomsekvensen den største proteinfamile i C. elegans. Det samme må forventes at gælde i pattedyr. Imidlertid

Læs mere

Udarbejdet af Anna-Alexandra Grube Hoppe

Udarbejdet af Anna-Alexandra Grube Hoppe METODER - BIOKEMI For medicinstuderende - Panuminstituttet UDARBEJDET AF ANNA-ALEXANDRA GRUBE HOPPE RESTRIKTIONSENZYM ANALYSE (E: 329-330) Restriktionsenzym analyse er en metode, der bruges til at kortlægge

Læs mere

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Sebastian, Louise og Ana

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Sebastian, Louise og Ana Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Sebastian, Louise og Ana Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Dagens program 9:00 10:00 Introduktion

Læs mere

PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA

PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA PCR til at opkopiere bestemte DNA-sekvenser i en prøve er nu en af genteknologiens absolut vigtigste værktøjer. Peter Rugbjerg, Biotech Academy PCR (Polymerase

Læs mere

Restriktionsenzymer findes Genkendelsessekvens

Restriktionsenzymer findes Genkendelsessekvens Restriktionsenzymer Skanning Restriktionsenzymer findes i bakterier (forsvarsmekanisme) IKKE i eukaryote celler 3-5 - 5-3 - Restriktionsenzyme Genkendelsessekvens Palindromisk Otto, Anna, radar Madam I

Læs mere

Protokol for genetisk bestemmelse af ABO blodtyper

Protokol for genetisk bestemmelse af ABO blodtyper Page1 Udarbejdet i samarbejde mellem: Kåre Lehmann, Annabeth Høgh Petersen, Anne Rusborg Nygaard og Jørn M. Clausen Page2 VIGTIGT: SKIFT PIPETTE SPIDSER/TIPS EFTER HVER GANG!! Så undgår du at forurene

Læs mere

Energi, Enzymer & enzymkinetik.metabolisme

Energi, Enzymer & enzymkinetik.metabolisme (gruppeopgaver i databar 152 (og 052)) Energi, Enzymer & enzymkinetik.metabolisme Tirsdag den 17. september kl 13-14.15 (ca) Auditorium 53, bygning 210 Susanne Jacobsen sja@bio.dtu.dk Enzyme and Protein

Læs mere

at du trænes i at genkende aminosyrer i en simpel proteinstruktur (pentapeptid = lille protein bestående af 5 (penta) aminosyrer)

at du trænes i at genkende aminosyrer i en simpel proteinstruktur (pentapeptid = lille protein bestående af 5 (penta) aminosyrer) Elevvejledning til det Virtuelle Kræftlaboratorium Det Virtuelle Kræftlaboratorium stiller krav til en grundig forståelse af det centrale dogme inden for molekylærbiologien, hvordan DNA oversættes til

Læs mere

Kapitel 19. cell division. Søren Tvorup Christensen, Biokemisk afdeling, AKI, rum 526

Kapitel 19. cell division. Søren Tvorup Christensen, Biokemisk afdeling, AKI, rum 526 Kapitel 19 cell division Søren Tvorup Christensen, Biokemisk afdeling, AKI, rum 526 stchristensen@aki.ku.dk Vigtige MT koncepter MT tilhører gruppen af cytoskeletfilamenter, som er polære strukturer med

Læs mere

Genekspression. GENEKSPRESSION side 1

Genekspression. GENEKSPRESSION side 1 Genekspression 2006 GENEKSPRESSION side 1 Indholdsfortegnelse Kapitel 1... 3 Proteinsyntese... 3 Regulering af gener i E. coli.... 8 Transskription hos eukaryoter... 14 Eukaryot genregulering... 16 Efterbehandlig

Læs mere

Syv transmembrane receptorer

Syv transmembrane receptorer Syv transmembrane receptorer Receptoren som kommunikationscentral Cellemembranen definerer grænsen mellem en celles indre og ydre miljø, der er meget forskelligt. Det er essentielt for cellens funktion

Læs mere

Studienummer: MeDIS re-exam 2014

Studienummer: MeDIS re-exam 2014 MeDIS re-exam 2014 Course title: Programme: Semester: Videregående biokemi og medicinudvikling Bachelor in Medis 5. Semester Exam date: 25-2-2014 Time: Kl. 9.00 til 11.00 Evaluation form 7-point scale

Læs mere

LNA til behandling af Cancer mammae

LNA til behandling af Cancer mammae LNA til behandling af Cancer mammae LNA as treatment of Cancer mammae Hus 13.1 Gr. 5 Jvaria Afzal, Steffen Thorlund Bertelsen, Troels Godballe, Nanna Søndergaard Jeppesen, Pernille Damgaard Petersen og

Læs mere

Epigenetik Arv er andet end gener

Epigenetik Arv er andet end gener Epigenetik Arv er andet end gener Indhold Indledning Afsnit1: Epigenetik og DNA Afsnit 2: DNA, nukleosomer og kromatin Afsnit 3: Epigenetik og celledifferentiering Afsnit 4: Genetisk ens individer kan

Læs mere

Hvilket af efterfølgende udsagn er forkert? a) Golgi-proteiner syntetiseres i ER b) mitochondriale proteiner syntetiseres i cytosol c)

Hvilket af efterfølgende udsagn er forkert? a) Golgi-proteiner syntetiseres i ER b) mitochondriale proteiner syntetiseres i cytosol c) Test 3 Hvilket af efterfølgende udsagn er forkert? a) Golgi-proteiner syntetiseres i ER b) mitochondriale proteiner syntetiseres i cytosol c) plasmamembran-proteiner syntetiseres i cytosol d) lysosomale

Læs mere

TEST 1. Almen Cellebiologi 2004/2005

TEST 1. Almen Cellebiologi 2004/2005 TEST 1 Almen Cellebiologi 2004/2005 Hvilken af følgende udsagn er forkerte? a) kun planteceller har en cellevæg b) planteceller har microtubuli c) planteceller har chloroplaster d) planteceller har actin

Læs mere

Faktor V Leiden mutation

Faktor V Leiden mutation Faktor V Leiden mutation Formål: finde ud af om individ har mutation i faktor V Leiden gen (missense: arginin glutamin) Materiale: oprens DNA fra leukocytter Metode: PCR med specifikke primere, oprens,

Læs mere

Eksamen i. Cellebiologi (kandidatdelen): Cellebiologi - Cellers struktur og funktion - Membranbiokemi - Cellulær signaltransduktion

Eksamen i. Cellebiologi (kandidatdelen): Cellebiologi - Cellers struktur og funktion - Membranbiokemi - Cellulær signaltransduktion Eksamen i Cellebiologi (kandidatdelen): Cellebiologi - Cellers struktur og funktion - Membranbiokemi - Cellulær signaltransduktion Opgavesættet består af 5 sider inklusive denne forside. Sættet består

Læs mere

Intercellulær komponenter og transport

Intercellulær komponenter og transport Intercellulær komponenter og transport En eucaryotic celle har mange funktioner, men det kræver at alle komponenter i cellen er adskilt af endomembraner, hvor i procaryotic celle har kun en komponent,

Læs mere

Coordinator: Dr. Hsien-Ming Lee Coach Professor: Dr. Joseph J.-T. Huang Sit-in Professor: Dr. Su-Chang Lin. Presenter: Bagher Golzarroshan

Coordinator: Dr. Hsien-Ming Lee Coach Professor: Dr. Joseph J.-T. Huang Sit-in Professor: Dr. Su-Chang Lin. Presenter: Bagher Golzarroshan Coordinator: Dr. Hsien-Ming Lee Coach Professor: Dr. Joseph J.-T. Huang Sit-in Professor: Dr. Su-Chang Lin Presenter: Bagher Golzarroshan 1 Outline Introduction Cancer Apoptosis Apoptosis and disease Scope

Læs mere

FEN1 DNA DNA DNA DNA DNA DNA DNA DNA DNA DT40 DNA RNA H3-K36. RNA H3-K36 Set2 RNA. Set2 DNA H3-K36 RNA H3-K36 H3-K36 TBS-I, -II, -III 3 TBS-I TBS-II

FEN1 DNA DNA DNA DNA DNA DNA DNA DNA DNA DT40 DNA RNA H3-K36. RNA H3-K36 Set2 RNA. Set2 DNA H3-K36 RNA H3-K36 H3-K36 TBS-I, -II, -III 3 TBS-I TBS-II DNA DNA DNA DNA DNA RNA H3 36 Lys (K) H3-K36 H3-K36 24 DNA FEN1 DNA FEN1 DNA DNA 4 CAF1 DNA DNA DT40 DNA DNA RNA H3-K36 RNA H3-K36 Set2 Set2 RNA C RNA Set2 H3-K36 5 I 24 24 23 TBS-I, -II, -III 3 TBS-I

Læs mere

Opgave 1 Listeria. mørkviolette bakteriekolonier, se figur 1a. og b. 1. Angiv reaktionstypen for reaktion. 1 vist i figur 1b.

Opgave 1 Listeria. mørkviolette bakteriekolonier, se figur 1a. og b. 1. Angiv reaktionstypen for reaktion. 1 vist i figur 1b. Opgave 1 Listeria Bakterien Listeria monocytogenes kan være sygdomsfremkaldende for personer, der i forvejen er svækkede. For at identificere Listeria kan man anvende indikative agarplader. Her udnyttes

Læs mere

Forårseksamen 2014. Uddannelse: specialisering. Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel. Semester: 1. semester

Forårseksamen 2014. Uddannelse: specialisering. Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel. Semester: 1. semester Forårseksamen 2014 Titel på kursus: Uddannelse: specialisering Semester: Introduktion til basalfagene Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel 1. semester Eksamensdato: 6. januar 2014 Tid:

Læs mere

Side 1 af 14. Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13

Side 1 af 14. Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Side 1 af 14 Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Navn: Studie nummer: Dette eksamenssæt vil også kunne ses som en pdf fil nederst på kursus-hjemmesiden udfor den sidste dag d. 27 Jan

Læs mere

Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser

Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser SOP_24 Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser Initialer Navn Dato Udarbejdet af: TvOH Thomas v. O. Hansen 29. august 2013 Sidst revideret af: BB Birgitte Bertelsen 22. marts 2017 Gennemlæst af:

Læs mere

Gennemgang af genetikken

Gennemgang af genetikken Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab ASO-genhæmning spredes bedre i hjernen og virker længere Hæmning af huntingtingenet med ASO'er

Læs mere

Biomarkører. Lars P. Nielsen Professor, overlæge Speciallæge i klinisk mikrobiologi, Statens Serum Ins>tut, Biomarkørlaboratoriet. LPN@ssi.

Biomarkører. Lars P. Nielsen Professor, overlæge Speciallæge i klinisk mikrobiologi, Statens Serum Ins>tut, Biomarkørlaboratoriet. LPN@ssi. Biomarkører Lars P. Nielsen Professor, overlæge Speciallæge i klinisk mikrobiologi, Statens Serum Ins>tut, Biomarkørlaboratoriet. LPN@ssi.dk Biomarkører Molekyler, som afspejler forekomst og udvikling

Læs mere

DNA origami øvelse 2013. DNA origami øvelse

DNA origami øvelse 2013. DNA origami øvelse DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

Komplementsystemets fysiologi og patofysiologi. Søren Hansen, Cancer og Inflammationsforskning, WP21-1, SHansen@health.sdu.dk

Komplementsystemets fysiologi og patofysiologi. Søren Hansen, Cancer og Inflammationsforskning, WP21-1, SHansen@health.sdu.dk Komplementsystemets fysiologi og patofysiologi C3 Søren Hansen, Cancer og Inflammationsforskning, WP21-1, SHansen@health.sdu.dk Detaljeret - aktiveringsmekanismer - opbygning - effektorfunktioner (incl.

Læs mere

Udviklingsbiologi 2008 Livscyklus og tidlig udvikling hos padder

Udviklingsbiologi 2008 Livscyklus og tidlig udvikling hos padder Udviklingsbiologi 2008 Livscyklus og tidlig udvikling hos padder Aksedannelse hos padder: Spemann-Mangold organisatoren 1. Differentierer til dorsal mesoderm 2. Dorsaliserer omgivende mesoderm (som ellers

Læs mere

Forårseksamen Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering

Forårseksamen Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering Studienummer: 1/10 Forårseksamen 2014 Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Uddannelse: Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering Semester: 2. semester Eksamensdato:

Læs mere

BIOLOGI A-NIVEAU NY ORDNING. Tirsdag den 19. august 2008. Kl. 09.00 14.00 STX082-BIA STUDENTEREKSAMEN AUGUST 2008

BIOLOGI A-NIVEAU NY ORDNING. Tirsdag den 19. august 2008. Kl. 09.00 14.00 STX082-BIA STUDENTEREKSAMEN AUGUST 2008 STUDENTEREKSAMEN AUGUST 2008 BIOLOGI A-NIVEAU Tirsdag den 19. august 2008 NY ORDNING Kl. 09.00 14.00 Af opgaverne 1, 2, 3 og 4 skal tre og kun tre af opgaverne besvares STX082-BIA Undervisningsministeriet

Læs mere

DNA origami øvelse. Introduktion. DNA origami øvelse 3 timer 2018

DNA origami øvelse. Introduktion. DNA origami øvelse 3 timer 2018 DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

DNA origami øvelse DNA origami øvelse

DNA origami øvelse DNA origami øvelse DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

BIOLOGI OLYMPIADE 2006

BIOLOGI OLYMPIADE 2006 BIOLOGI OLYMPIADE 2006 Onsdag 11. januar 2006 Indledende runde Varighed: 90 minutter. Hjælpemidler: Kun lommeregner Husk at svare på alle 30 opgaver. Skriv dine svar på det vedlagte svarark 1. Forskellige

Læs mere

# Problemet med genetisk ustabilitet

# Problemet med genetisk ustabilitet Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Et DNA-reparerende protein ændrer stabiliteten af lange CAG-områder i det muterede gen for Huntingtons

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA-sekvens,

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Forsøgsvejledning Navn: Side 1 af 7 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA

Læs mere

Det lyder enkelt, men for at forstå hvilket ærinde forskerne er ude i, er det nødvendigt med et indblik i, hvordan celler udvikles og specialiseres.

Det lyder enkelt, men for at forstå hvilket ærinde forskerne er ude i, er det nødvendigt med et indblik i, hvordan celler udvikles og specialiseres. Epigenetik Men hvad er så epigenetik? Ordet epi er af græsk oprindelse og betyder egentlig ved siden af. Genetik handler om arvelighed, og hvordan vores gener videreføres fra generation til generation.

Læs mere

Sommereksamen 2012 Med korte, vejledende svar

Sommereksamen 2012 Med korte, vejledende svar 1 Sommereksamen 2012 Med korte, vejledende svar Titel på kursus: Uddannelse: Semester: ksamensdato: Tid: Bedømmelsesform Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA-sekvens,

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA

Læs mere

Dansk Selskab for Medicinsk Genetik s (DSMG) politik vedrørende klinisk anvendelse af genomisk sekventering

Dansk Selskab for Medicinsk Genetik s (DSMG) politik vedrørende klinisk anvendelse af genomisk sekventering Dansk Selskab for Medicinsk Genetik s (DSMG) politik vedrørende klinisk anvendelse af genomisk sekventering De sidste 10 års store fremskridt indenfor gensekventeringsteknologi har gjort det muligt at

Læs mere

Side%1%af%14% Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13

Side%1%af%14% Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Side1af14 Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Navn: Studie nummer: Dette eksamenssæt vil også kunne ses som en pdf fil nederst på kursus-hjemmesiden udfor den sidste dag d. 27 Jan

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA sekvens,

Læs mere

Biosensor Niveau 1. Teori

Biosensor Niveau 1. Teori Biosensor Niveau 1 Teori Inden du starter... For at kunne forstå teorien som ligger til grund for en biosensor er det vigtigt at du har styr på nogle generelle mikro/molekyler biologiske principper, begreber

Læs mere

Forsvar mod meldug i byg 8/1-07

Forsvar mod meldug i byg 8/1-07 Forsvar mod meldug i byg 8/1-07 Meldugsvampens angreb på bygplanten aktiverer en række interessante gener der fungerer i reguleringen af plantens forsvar. Modtagelig David B. Collinge, Michael K. Jensen

Læs mere

Bachelor i Medicin og Medicin med Industriel Specialisering

Bachelor i Medicin og Medicin med Industriel Specialisering Eksamen 2015 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Introduktion til basalfagene Bachelor i Medicin og Medicin med Industriel Specialisering 1. semester Eksamensdato: 09-02-2016 Tid: kl. 09.00-13.00 Bedømmelsesform:

Læs mere

Cisgen byg med bedre fosfatudnyttelse

Cisgen byg med bedre fosfatudnyttelse Cisgen byg med bedre fosfatudnyttelse Seniorforsker Inger Bæksted Holme Aarhus Universitet, Science and Technology, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Afgrødegenetik og Bioteknologi Hypotese Det

Læs mere

GAPDH PCR modul Manual

GAPDH PCR modul Manual GAPDH PCR modul Manual Katalog nr. 166-5010EDU explorer.bio-rad.com Kopiering kun tilladt til undervisningsbrug Bemærk: Kittet indeholder temperaturfølsomme dele. Åbn derfor straks kassen og læg de pågældende

Læs mere

Det innate virusforsvar. TLR7, TLR8, TLR9, MDA5, RIG I og type I interferoner

Det innate virusforsvar. TLR7, TLR8, TLR9, MDA5, RIG I og type I interferoner Det innate virusforsvar. TLR7, TLR8, TLR9, MDA5, RIG I og type I interferoner A kursus i teoretisk og immunologi TLR3 og LGP 2 Odense, 13. april 2015 Søren T. Lillevang Klinisk Immunologisk Afdeling Odense

Læs mere

Hvad i alverden er zinkfingre?

Hvad i alverden er zinkfingre? Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab At give fingeren til Huntingtons Sygdom - to forskningsgrupper har succes med zinkfingerlægemidler

Læs mere

VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI

VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI Specialeprojekt i Biologi-bioteknologi, KU Patricia Espenhain Sørensen 13. juni 2017 RATIONALE Verocytotoxin-producerende E. coli (VTEC) / (STEC) - Vigtig

Læs mere

Der er to hovedtyper af genhæmningsmedicin: antisenseoligonukleotider (ASO'er) og RNA-interferens (RNAi). Denne artikel handler om RNA-interferens.

Der er to hovedtyper af genhæmningsmedicin: antisenseoligonukleotider (ASO'er) og RNA-interferens (RNAi). Denne artikel handler om RNA-interferens. Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab At skyde budbringeren med enkeltstrenget RNA-genhæmning Ny 'enkelt-strenget' RNA-genhæmningsmedicin

Læs mere

Danmarks Tekniske Universitet

Danmarks Tekniske Universitet Side 1 of 13 Danmarks Tekniske Universitet Skriftlig prøve, den 22/2-2013 Kursus navn: Introduktion til SystemBiologi Tilladte hjælpemidler: Alle "Vægtning" Angivet ved de individuelle opgaver. Kursusansvarlig

Læs mere

Myelodysplastisk syndrom

Myelodysplastisk syndrom Myelodysplastisk syndrom Forskning og fremtidig MDS Foundation & LyLe København, d. 11. maj 2019 Stine Ulrik Mikkelsen Læge, ph.d.-studerende Hæmatologisk Klinik / Epigenom Laboratoriet Rigshospitalet

Læs mere

3u BI, terminsprøve (Bio A)

3u BI, terminsprøve (Bio A) 3.u BI, terminsprøve, 2018 MV 3u BI, terminsprøve (Bio A) Torsdag den 12/4, 2018, kl. 9-14. Af opgaverne 1, 2, 3, og 4 skal tre, og kun tre, afleveres Tilladte hjælpemidler: Bøger, kompendier, noter, lommeregner.

Læs mere

Re- eksamen 2012 Med korte, vejledende svar

Re- eksamen 2012 Med korte, vejledende svar Studienummer: 1 Re- eksamen 2012 Med korte, vejledende svar Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering

Læs mere

Leg med livets byggestene

Leg med livets byggestene Leg med livets byggestene Unaturlige aminosyrer i proteiner Kristian Strømgaard Kemisk biologi Institut for Medicinalkemi Farmaceutisk Fakultet, KU Livets byggestene Cellens byggeblokke Større enheder

Læs mere

Eukaryote celler arbejder

Eukaryote celler arbejder Eukaryote celler arbejder Niveau: 9. klasse Varighed: 5 lektioner Præsentation: I dette forløb skal eleverne arbejde med den eukaryote celle. I forløbet kommer vi omkring funktioner og kemiske processer

Læs mere

Afrapportering for projektet Helt nye stivelseskartofler genereret ved Præcis Genom-Editering

Afrapportering for projektet Helt nye stivelseskartofler genereret ved Præcis Genom-Editering Afrapportering for projektet Helt nye stivelseskartofler genereret ved Præcis Genom-Editering Projektperiode januar december 2018 Deltagere Andreas Blennow (projektleder), Bent Larsen Petersen, Elisabeth

Læs mere

Banan DNA 1/6. Formål: Formålet med øvelsen er at give eleverne mulighed for at se DNA strenge med det blotte øje.

Banan DNA 1/6. Formål: Formålet med øvelsen er at give eleverne mulighed for at se DNA strenge med det blotte øje. Banan DNA Formål: Formålet med øvelsen er at give eleverne mulighed for at se DNA strenge med det blotte øje. Baggrundsviden: Om vi er mennesker, dyr eller planter, så har alle organismer DNA i deres celler.

Læs mere

Opgave 1 Slankemidler

Opgave 1 Slankemidler Opgave 1 Slankemidler Overvægt er et stigende problem i den vestlige verden, og der er derfor udviklet forskellige slankemidler. Et eksempel på et slankemiddel er Orlistat. Den kemiske struktur af Orlistat

Læs mere

Regulation of Gene Expression

Regulation of Gene Expression 18 Regulation of Gene Expression K E Y C O N C E P T S Figure 18.1 What regulates the precise pattern of gene expression in the developing wing of a fly embryo? 18.1 Bacteria often respond to environmental

Læs mere

Identifikation af potentielle microrna gener ved hjælp af komparativ genomanalyse

Identifikation af potentielle microrna gener ved hjælp af komparativ genomanalyse Identifikation af potentielle microrna gener ved hjælp af komparativ genomanalyse Per Tøfting 11. juli 2008 Speciale i softwarekonstruktion IT-Vest Aarhus Universitet INDHOLD i Indhold 1 Indledning 1 1.1

Læs mere

MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT

MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT Lars Hestbjerg Hansen, Head of section EMBI @ENVS DCE 1 I dag: Hvad er e-dnas rolle generelt og i mikrobiologien? Hvad kan vi gøre? Hvordan gør vi? Spørgsmål &

Læs mere

Genhæmning: et overblik

Genhæmning: et overblik Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Genhæmning tager et målrettet skridt fremad Målrettet hæmning af det mutante Huntington's chorea-gen,

Læs mere

På grund af reglerne for copyright er det ikke muligt at lægge figurer fra lærebøger på nettet. Derfor har jeg fjernet figurerne fra slides ne, men

På grund af reglerne for copyright er det ikke muligt at lægge figurer fra lærebøger på nettet. Derfor har jeg fjernet figurerne fra slides ne, men På grund af reglerne for copyright er det ikke muligt at lægge figurer fra lærebøger på nettet. Derfor har jeg fjernet figurerne fra slides ne, men skrevet hvorfra de er taget. De tre bøger, hvorfra illustrationerne

Læs mere

Ekstraordinær re-eksamen 2015

Ekstraordinær re-eksamen 2015 Ekstraordinær re-eksamen 2015 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Introduktion til basalfagene Bachelor i Medicin og Medicin med Industriel Specialisering 1. semester Eksamensdato: 04-08-2016 Tid: kl.

Læs mere

Bioteknologi A. Gymnasiale uddannelser. Vejledende opgavesæt 1. Mandag den 31. maj 2010 kl. 9.40-14.40. 5 timers skriftlig prøve

Bioteknologi A. Gymnasiale uddannelser. Vejledende opgavesæt 1. Mandag den 31. maj 2010 kl. 9.40-14.40. 5 timers skriftlig prøve Vejledende opgavesæt 1 Bioteknologi A Gymnasiale uddannelser 5 timers skriftlig prøve Vejledende opgavesæt 1 Mandag den 31. maj 2010 kl. 9.40-14.40 Side 1 af 8 sider pgave 1. Genmodificeret ris Vitamin

Læs mere

Detection of gene doping. Roskilde Universitetscenter. 1.semesterprojekt, hus 13.1 Naturvidenskabelig Basisstudium Efteråret 2007

Detection of gene doping. Roskilde Universitetscenter. 1.semesterprojekt, hus 13.1 Naturvidenskabelig Basisstudium Efteråret 2007 Sporing af gendoping Detection of gene doping Roskilde Universitetscenter 1.semesterprojekt, hus 13.1 Naturvidenskabelig Basisstudium Efteråret 2007 Gruppe 8 Anders Samsøe-Petersen Annika Vilstrup Aras

Læs mere

MicroRNA-150 Inhibits the Activation of Cardiac Fibroblasts by Regulating c-myb

MicroRNA-150 Inhibits the Activation of Cardiac Fibroblasts by Regulating c-myb Original Paper 2016 The Author(s). 2016 Published The Author(s) by S. Karger AG, Basel Published online: May May 17, 17, 2016 2016 Published by S. Karger AG, Basel 2103 1421-9778/16/0386-2103$39.50/0 Accepted:

Læs mere

Gentest. Genetisk testning

Gentest. Genetisk testning enetisk testning entest Af Thomas J. orydon og Thomas. Jensen Der bliver flere og flere tilbud om gentestning både kommercielt og til klinisk brug. Patienterne efterspørger allerede nu vores råd, når det

Læs mere

Gældende fra: April 2014 (Hold SB512) Version: Endelig Side 1 af 5

Gældende fra: April 2014 (Hold SB512) Version: Endelig Side 1 af 5 Molekylærbiologiske analyser og teknikker har viden om teorien og principperne bag udvalgte molekylærbiologiske analyser og teknikker Analyser og analyseprincipper på biomolekylært, celle- og vævs- samt

Læs mere

Bakterier Venner eller fjender?

Bakterier Venner eller fjender? Akademiet for Talentfulde Unge 2013: Bakterier Venner eller fjender? Ole Skovgaard olesk@ruc.dk Ole Skovgaard, 2013 Bakterier: Er en ur-gammel livsform! Indeholder langt større variationer end de store

Læs mere

DNA origami øvelse DNA origami øvelse

DNA origami øvelse DNA origami øvelse DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

Re- eksamen Det hæmatologiske system og immunsystemet. Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering

Re- eksamen Det hæmatologiske system og immunsystemet. Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering Studienummer: 1 Re- eksamen 2012 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering 2. semester Eksamensdato:

Læs mere

Globale ændringer i proteinsyntese i tarmepitelet hos patienter med Inflammatory Bowel Disease

Globale ændringer i proteinsyntese i tarmepitelet hos patienter med Inflammatory Bowel Disease Maj 2014 Globale ændringer i proteinsyntese i tarmepitelet hos patienter med Inflammatory Bowel Disease Respons på ER stress, og ændringer i translationsinitieringen Heidi Hvid Nielsen Anders Birchvald

Læs mere