artus EBV QS-RGQ-kit Ydelsesegenskaber Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analysefølsomhed plasma artus EBV QS-RGQ-kit, Version 1,

Transkript

1 artus EBV QS-RGQ-kit Ydelsesegenskaber artus EBV QS-RGQ-kit, Version 1, Kontroller, om der er nye revisioner med elektronisk mærkning på inden udførelse af test. Den aktuelle revisionsstatus angives af udstedelsesdatoen (format: måned/år). Analysefølsomhed plasma Den analytiske detektionsgrænse med hensyn til oprensningen (sensitivitetsgrænse) blev vurderet for artus EBV QS-RGQ-kit ved hjælp af EBV-positive kliniske prøver i kombination med ekstraktion på QIAsymphony SP. For plasma blev analysefølsomheden for fuldblod med hensyn til oprensningen af artus EBV QS- RGQ-kittet bestemt ved hjælp af en fortyndingsserie af EBV-virusmateriale fra 3160 til nominelt 1 EBV-kopi/ml tilsat i kliniske plasmaprøver. Disse blev underkastet DNA-ekstraktion ved hjælp af QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-kit i kombination med Cellfree1000-protokollen (ekstraktionsvolumen: 1 ml, elueringsvolumen: 60 µl). Hver af de 10 fortyndinger blev analyseret med artus EBV QS-RGQ-kittet på 4 forskellige dage i 4 kørsler med hver 8 replika. Resultaterne blev bestemt med en probit-analyse. En grafisk illustration af probit-analysen er vist i Figur 1. Den analytiske detektionsgrænse med hensyn til oprensningen af artus EBV QS-RGQ-kittet i kombination med Rotor-Gene Q er 157 kopier/ml (p = 0,05). Det vil sige, at der er 95 % sandsynlighed for, at 157 kopier/ml vil blive detekteret. Maj 2012 Sample & Assay Technologies

2 1.0 95% Proportioner Proportions , ~ kopier/ml copies/ml (95%) (95%) ( copies/ml) ( kopier/ml) log (dosis) (dose) Figur 1. Probit-analyse: plasma, EBV (Rotor-Gene Q). Analysefølsomheden med hensyn til oprensningen (plasma, vha. QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-kit) af artus EBV QS-RGQ-kit på Rotor-Gene Q. Specificitet plasma Specificiteten af artus EBV QS-RGQ-kittet sikres først og fremmest af valget af primere og prober samt valget af stringente reaktionsbetingelser. Primere og prober blev kontrolleret for mulige homologier med alle sekvenser, der er publiceret i genbanker efter sekvenssammenligningsanalyse. Detektérbarheden for alle relevante genotyper er således blevet sikret. Desuden blev specificiteten valideret med 30 forskellige EBV-negative plasmaprøver. Disse genererede ikke nogen signaler med EBV-specifikke primere og prober, som indgår i EBV RG Master. En mulig krydsreaktivitet af artus EBV QS-RGQ-kittet blev testet vha. kontrolgruppen angivet i Tabel 1 (nedenfor). Ingen af de testede patogener har været reaktive. Der vistes ingen krydsreaktiviteter med blandede infektioner. Ydelsesegenskaber: artus EBV QS-RGQ Kit side 2 af 8

3 Tabel 1. Testning af kittets specificitet med potentielle krydsreaktive patogener Kontrolgruppe EBV (Cycling Green) Intern kontrol (Cycling Yellow) Human herpesvirus 1 (herpes simplex virus 1) + Human herpesvirus 2 (herpes simplex virus 2) + Human herpesvirus 3 (varicellazoster virus) + Human herpesvirus 5 (cytomegalovirus) + Human T-celle-leukæmivirus 1 + Human T-celle-leukæmivirus 2 + Lineært område plasma Det lineære område hvad angår oprensning af artus EBV QS-RGQ-kittet blev bestemt ved at analysere en fortyndingsserie af EBV-virusmateriale fra 1,00 x 10 7 kopier/ml til 1,00 x 10 2 kopier/ml i plasma. Oprensningen blev udført i replika (n = 4 for koncentrationer 1,00 x 10 6 kopier/ml; n = 8 for koncentrationer <1,00 x 10 6 kopier/ml) ved brug af QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-kit i kombination med Cellfree1000 protokol (ekstraktionsvolumen: 1 ml, elueringsvolumen: 60 µl). Hver enkelt af prøverne blev analyseret ved hjælp af artus EBV QS-RGQ-kittet. Det lineære område hvad angår oprensningen af artus EBV QS-RGQ-kittet er blevet bestemt at dække koncentrationer fra 3,16 x 10 2 kopier/ml til 1,00 x 10 7 kopier/ml for plasma (Figur 2). Ydelsesegenskaber: artus EBV QS-RGQ Kit side 3 af 8

4 log log skønnet estimated koncentration concentration (copies/ml) (kopier/ml) y y = 1,0528x x ,1729 R 2 = R 2 = 0, log 10 log nominel 10 nominal koncentration concentration (kopier/ml) (copies/ml) Figur 2. Lineært område med artus EBV QS-RGQ-kittet (plasma). Beregning af det lineære område. Den lige linje blev bestemt ved en lineær regression af log 10 beregnede koncentrationer med log 10 nominelle koncentrationer. Regressionslinjens ligning er inkluderet i figuren. Robusthed plasma Verificeringen af robustheden muliggør bestemmelse af den samlede fejlrate for artus EBV QS- RGQ-kittet. For at verificere robustheden fik 30 EBV-negative plasmaprøver tilsat 500 kopier/ml EBV (cirka tre gange koncentrationen af den analytiske sensitivitetsgrænse). Efter ekstraktion med QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-kit i kombination med Cellfree1000_DSP-protokollen (ekstraktionsvolumen: 1 ml, elueringsvolumen: 60 µl), blev disse prøver analyseret med artus EBV QS-RGQ-kittet. Desuden blev robustheden af den interne kontrol vurderet ved oprensning og analyse af de 30 plasmaprøver med tilsætning. Der blev ikke observeret nogen hæmninger. Robustheden af artus EBV QS-RGQ-kit er således 99 %. Analysefølsomhed fuldblod Analysefølsomheden for fuldblod med hensyn til oprensningen af artus EBV QS-RGQ-kittet blev bestemt ved hjælp af en fortyndingsserie af EBV-virusmateriale fra 3160 til nominelt 3,16 EBVkopier/ml tilsat i humane fuldblodsprøver. Disse blev underkastet DNA-ekstraktion vha. QIAsymphony DNA Mini-kittet i kombination med VirusBlood200-protokollen (ekstraktionsvolumen: 200 µl, elueringsvolumen: 60 µl). Hver af de 10 fortyndinger blev analyseret med artus EBV QS- RG-kittet på 3 forskellige dage i 3 kørsler med hver 11 replika. Resultaterne blev bestemt med en probit-analyse. En grafisk illustration af probit-analysen er vist i Figur 3. Ydelsesegenskaber: artus EBV QS-RGQ Kit side 4 af 8

5 Den analytiske detektionsgrænse med hensyn til oprensningen af artus EBV QS-RGQ-kittet i kombination med Rotor-Gene Q er 288,42 kopier/ml (p = 0,05). Det vil sige, at der er 95 % sandsynlighed for, at 288,42 kopier/ml vil blive detekteret % 0.8 Proportioner Proportions , ~ 288, kopier/ml copies/ml (95%) ( copies/ml) log log (dosis) (dose) Figur 3. Probit-analyse: fuldblod, EBV (Rotor-Gene Q). Analysefølsomheden med hensyn til oprensningen (fuldblod, vha. QIAsymphony DNA Mini-kittet) af artus EBV QS-RGQ-kit på Rotor- Gene Q. Specificitet fuldblod Specificiteten af artus EBV QS-RGQ-kittet sikres først og fremmest af valget af primere og prober samt valget af stringente reaktionsbetingelser. Primere og prober blev kontrolleret for mulige homologier med alle sekvenser, der er publiceret i genbanker efter sekvenssammenligningsanalyse. Detektérbarheden for alle relevante genotyper er således blevet sikret. Desuden blev specificiteten valideret med 30 forskellige EBV-negative fuldblodsprøver. Disse genererede ikke nogen signaler med EBV-specifikke primere og prober, som indgår i EBV RG Master. En mulig krydsreaktivitet af artus EBV QS-RGQ-kittet blev testet vha. kontrolgruppen angivet i Tabel 1 (se side 3). Ingen af de testede patogener har været reaktive. Der vistes ingen krydsreaktiviteter med blandede infektioner. Ydelsesegenskaber: artus EBV QS-RGQ Kit side 5 af 8

6 Lineært område fuldblod Det lineære område hvad angår oprensning af artus EBV QS-RGQ-kittet blev bestemt ved at analysere en fortyndingsserie af EBV-virusmateriale fra 5,00 x 10 7 kopier/ml til 1,00 x 10 2 kopier/ml i fuldblod. Oprensningen blev udført i replika (n = 4 for koncentrationer 1,00 x 10 7 kopier/ml; n = 8 for koncentrationer <1,00 x 10 7 kopier/ml) ved brug af QIAsymphony DNA Mini-kittet i kombination med VirusBlood-protokollen (ekstraktionsvolumen: 200 µl, elueringsvolumen: 60 µl). Hver enkelt af prøverne blev analyseret ved hjælp af artus EBV QS-RGQ-kittet. Det lineære område hvad angår oprensningen af artus EBV QS-RGQ-kittet er blevet bestemt at dække koncentrationer fra 1,00 x 10 3 kopier/ml til 5,00 x 10 7 kopier/ml for fuldblod (Figur 4). log log estimated skønnet concentration koncentration (copies/ml) (kopier/ml) y = y = 1,0261x x ,0477 R 2 = R 2 = 0, log 10 nominel log 10 nominal koncentration concentration (kopier/ml) (copies/ml) Figur 4. Lineært område med artus EBV QS-RGQ-kittet (fuldblod). Beregning af det lineære område. Den lige linje blev bestemt ved en lineær regression af log 10 beregnede koncentrationer med log 10 nominelle koncentrationer. Regressionslinjens ligning er inkluderet i figuren. Robusthed fuldblod Verificeringen af robustheden muliggør bestemmelse af den samlede fejlrate for artus EBV QS- RGQ-kittet. For at verificere robustheden fik 30 EBV-negative fuldblodsprøver tilsat 750 kopier/ml EBV (cirka tre gange koncentrationen af den analytiske sensitivitetsgrænse). Efter ekstraktion vha. QIAsymphony DNA Mini-kittet i kombination med VirusBlood200-protokollen (ekstraktionsvolumen: 200 µl, elueringsvolumen: 60 µl), blev disse prøver analyseret med artus EBV QS-RGQ-kittet. Desuden blev robustheden af den interne kontrol vurderet ved oprensning og analyse af de 30 fuldblodsprøver med tilsætning. Der blev ikke observeret nogen hæmninger. Robustheden af artus EBV QS-RGQ-kit er således 99 %. Ydelsesegenskaber: artus EBV QS-RGQ Kit side 6 af 8

7 Reproducérbarhed Reproducérbarhedsdata muliggør en jævnlig præstationsvurdering af artus EBV QS-RGQ-kit samt en effektivitetssammenligning med andre produkter. Disse data indhentes ved at deltage i etablerede færdighedsprogrammer. Krydskontamination Fravær af krydskontamination mellem prøverne for hele arbejdsgangen blev bevist ved korrekt detektion af alle kendte positive og negative prøver i skiftende positioner (skakbrætmønster) for et repræsentativt artus QS-RGQ-system. Ydelsesegenskaber: artus EBV QS-RGQ Kit side 7 af 8

8 For opdateret licensinformation og produktspecifikke ansvarsfraskrivelser henvises til den aktuelle QIAGEN kit-håndbog eller brugervejledning. QIAGEN kit-håndbøger og brugervejledninger kan findes på eller rekvireres fra QIAGENs tekniske serviceafdeling eller den lokale leverandør. Varemærker: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); Acrometrix (Life Technologies). Maj QIAGEN, alle rettigheder forbeholdes. France The Netherlands Australia Austria 0800/ Belgium Canada China Denmark Finland Germany Hong Kong Ireland Italy Japan Korea (South) Luxembourg Norway Singapore Spain Sweden Switzerland UK USA Sample & Assay Technologies