Udarbejdet af Anna-Alexandra Grube Hoppe

Størrelse: px
Starte visningen fra side:

Download "Udarbejdet af Anna-Alexandra Grube Hoppe"

Transkript

1 METODER - BIOKEMI For medicinstuderende - Panuminstituttet UDARBEJDET AF ANNA-ALEXANDRA GRUBE HOPPE

2 RESTRIKTIONSENZYM ANALYSE (E: ) Restriktionsenzym analyse er en metode, der bruges til at kortlægge DNA. Det essentielle i metoden er restriktionsenzymerne - udvundet fra bakterier, hvoraf deres navn kommer som kløver en palindrom DNA-sekvens (en DNA-sekvens, der er symmetrisk omkring et centralt punkt). Afhængig af hvilket restriktionsenzym, der bruges, vil kløvningen efterlade DNAsekvenserne med blunt ends eller sticky ends (korte enkeltstrengede 5-3 -overhæng), der hjælper det skårede DNA-molekyle med at sammensættes igen ved komplementær baseparring. DNA-sekvenserne varierer i den frekvens hvormed de vil optræde i DNA et. Eksempelvis kløver enzymet NotI en sekvens på 8 basepar, og optræder med en frekvens på 1 for hver 4 8 basepar. DNA-prøven kløves enten med et enkelt restriktionsenzym eller med en kombination af flere. Derefter separeres fragmenterne på en gel og deres størrelse bestemmes ved sammenligning med en størrelsesmarkør, og DNA et kortlægges. Anvendelse: Restriktionsenzym analyse bruges i molekylære diagnoser og restriktionsenzymer benyttes også til at lave fragmenter til DNA-kloning. GEL-ELEKTROFORESE (E: 331) Bruges til at separere proteiner eller nukleinsyre-molekyler på baggrund af deres længde, efter de er kløvet med restriktionsenzym. (Bruges i mange af de følgende metoder) Prøven med DNA-fragmenter loades på en tyk argarose eller polyacrylamid gel i den ene ende af gelen, hvor der er brønde prøven kan fordeles i. En strøm sendes gennem gelen og fordi DNA er negativt ladet vil fragmenterne vandre mod den positive elektrode i den modsatte ende. De store fragmenter migrerer langsommere og kortere igennem gelen, fordi de hæmmes mere af gelens matrix. Efter en tid (timer) vil DNA-fragmenterne være fordelt på gelen og ses som rækker af diskrete bånd, der hver især består af en samling af DNA-molekyler med identisk længde. Det er muligt fysisk at isolere et bestemt DNA-fragment fra gelen ved, med en skalpel, at skære et det stykke af gelen ud, der indeholder fragmentet og ekstrahere DNA et. Derudover kan gelen visualiseres ved farvning af DNA et. DNA et udsættes for en farve (fx ethidium bromid), der er fluorescerende når den udsættes for UV-lys, mens det er

3 bundet til DNA. Man får derved et gelprint. En mere sensitiv metode kan være at inkorporere en radioisotop i DNA-molekylerne før elektroforese. Hertil bruges ofte 32 P, som kan inkorporeres i DNA ets fosfat og afgive en energisk-beta-partikel, der kan spores ved autoradiografi (en fotografisk film, der placeres på gelen) HYBRIDISATIONS ANALYSE (E: 332) En metode, der bruges til at identificere det fragment, der har en nukelotidsekvens af interesse. Metoden bygger på det faktum, at enhver enkelt streng af DNA kan danne Watson-Crick basepar med en anden streng med en komplementær nukleotidsekvens. Under normale omstændigheder holdes de to strenge i en DNA-dobbelthelix sammen af hydrogenbinder. Ved at opvarme DNA et til omkring 90 grader celcius eller udsætte det for ekstreme ph-værdier, vil DNA et denaturere og strengene adskilles. Ved langsomt at reversere temperatur eller ph vil DNA-strengene gendanne dobbelthelix en dette kaldes hybridisering, og kan forekomme mellem hvilke som helt to enkeltstrengede nukleinsyrekæder (DNA/DNA, RNA/RNA, DNA/RNA) forudsat de har komplemtære nukleotidsekvenser. Til dette bruges en probe (enkeltstrenget DNA-molekyle, NT, typisk inkorporeret med en radioaktiv eller fluorescerende gruppe) der er komplementær til den nukleotidsekvens man ønsker at detektere à Denne metode benyttes ofte forbindelse med Southern, Nothern og Western blotting.

4 SOUTHERN, NOTHERN & WESTERN BLOT (E: Panel 4-3) SOUTHERN BLOT: Southern blotting er en metode til at lave restriktions analyse i situationer hvor DNA-prøven er så kompleks at de individuelle fragmenter ikke kan identificeres på en gel. A. Prøven med DNA fragmenter, generet ved restriktionsnuklease behandling af DNA, separeres efter længde ved gelelektroforese B. Et ark af nylonpapir eller nitrocellulosepapir lægges over gelen de separerede DNAfragmenter overføres på arket ved blotting. Gelen ligger på en svamp svøbet i alkali opløsning, som suges gennem gelen og nitrocellulosepapiret af et stak papirservietter placeret på toppen. Som bufferen suges igennem, denaturerer den DNA et og overfører de enkeltstrengede fragmenter fra gelen til overfladen på nitrocellulosepapiret hvortil de binder. C. Nitrocellulosepapiret fjernes forsigtigt fra gelen D. Og udsættes for en radioaktivt mærket DNA-probe - der specifik for DNA-sekvensen under betingelser, der favoriserer hybridisering. E. Arket vaskes grundigt så kun de prober, der er hybridiseret til DNA et på arket, vedbliver. Efter autoradiografi vil det DNA, der er hybridiseret til en probe, visualiseres som bånd på autoradiografiet. NOTHERN BLOT: Samme metode bruges til at detektere sekvenser i RNA. I dette tilfælde elektroforeseres mrna gennem gelen og proben er et enkeltstreget DNA-molekyle. Metoden bruges til at studere ekspressionen af gener på mrna niveau WESTERN BLOT: En metode analog til Southern og Nothern blotting dog er gelen en acrylamidgel (SDS-PAGE) og i stedet for DNA og RNA er det nu proteiner der separeres. Før elektroforese behandles proteinerne med SDS for at denaturere dem og give dem alle den samme ladning ved binding af SDS således, de separeres på baggrund af deres kæde-længde. Et specifikt antistof bruges til at detektere proteiner af interesse blandt alle de andre proteiner i prøven. Western blot bruges i mange forbindelser, men helt basalt bruges metoden til at analysere genekspression på proteinniveau.

5 SOUTHERN NOTHERN WESTERN FRAGMENTER DNA RNA Protein GEL Acrylamid eller agarose Agarose Acrylamid (SDS- PAGE) DETEKTION Radioaktiv/ Radioaktiv/ Antistof fluorescerende DNAprobe fluorescerende DNAprobe ANVENDELSE lave restriktions analyse i situationer hvor DNA-prøven er så kompleks at de individuelle fragmenter ikke kan identificeres på en gel studere ekspressionen af gener på mrna niveau analysere genekspression på proteinniveau. + anvendes sammen med basepar princippet i forbindelse med metoder i genteknologi fx primerbinding i PCR, sekventering + anvendes sammen med basepar princippet i forbindelse med metoder i genteknologi fx primerbinding i PCR, sekventering

6 DNA KLONING (E:347 + SAU) DNA kloning er en metode, der benyttes til at lave mange identiske kopier af et DNA-molekyle. Metoden i hovedtræk: DNA-fragmentet hvas end det er DNA, cdna eller et PCR-fragment insættes, ved brug af DNA ligase, i en vector (plasmid eller bakteriophag), der er blevet forberedt således at dets ender er kompatible med enderne på det fragment som skal klones. Det nu fremkomne rekombinante DNA-molekyle introduceres i en værts organisme (fx E.coli, human cellelinje, gærcelle) for formering. Udvalgte markører fx antibiotika resistance eller afhængighed af en vækstfaktor bruges til at udvælge den succesfulde rekombinant. Store mængder af DNA kan dannes fra en proteinkodende DNAsekvens klonet ind i en ekspressions vektor og introduceret i celler. En plasmid vektor er blevet konstrueret til at indeholde en meget aktiv promotor, der medfører at usædvanlig store mængder af mrna produceres fra det proteinkodende gen, der indsættes i vektoren. Vektoren indsættes i en organisme (bakterie, gær mm) hvor det indsatte gen transskriberes og translateres. Serie-DNA-kloning kan bruges til at sammen-splejse et sæt at DNA-fragmenter udvundet fra forskellige kilder. Efter hver DNA indsættelse, klones det rekombinante plasmid for at rense og op koncentrere det nye DNA. Det rekombinante molekyle kløves derefter med en restriktionsnuklease og bruges som vektor for det næste DNA-fragment.

7 SANGERSEKVENTERING (E:345) Sangersekventering er en metode udført in vitro - der benyttes til at bestemme den præcise rækkefølge af nukleotiderne (G, A, C, T/U) i et stykke af DNA eller RNA. Bruges oftest til at sekvensere få DNA templates ad gangen (fx plasmider eller PCR-produkter). Sekvensreaktionen kan analyseres på en polyacrylamid gelelektroforese kombineret med autoradiografi eller ved brug af kar elektroforese kombineret med laser detektion. KLASSISK METODE 1. Det dobbeltstrengede DNA separeres til dets to enkeltstrenge og en af strengene bruges som template for sekvensering. 2. De fire forskellige kæde-terminerende dideoxyribonucleosid trifosfater (ddatp, ddgtp, ddctp, ddttp mangler 3 hydroxyl gruppen (OH)) bruges i fire forskellige DNA-syntese reaktioner på kopier af den samme enkeltstrengede DNA-template. 3. Hver reaktion producerer et sæt DNA-kopier, der terminerer på forskellige tidspunkter i kæden. 4. Produktet af de fire reaktioner separeres ved elektroforese i fire parallelle baner på en polyacrylamid gel. 5. De nysyntetiserede fragmenter detekteres ved en radioaktiv eller fluorescerende label, der er blevet inkorporeret enten i primeren eller en af deoxyriboukleosid trifosfaterne, der bruges til at forlænge kæden. 6. I hver bane repræsenterer båndene DNA-fragmenter, der er blevet termineret i forskellige positioner. DNA-sekvensen læses fra bunden og op og er identisk med den fra originale dobbeltstrengede DNA.

8 MODERNE METODE Med den videre udvikling af sanger sekventering er de nu muligt at sekvensere på automatisk vis via en robot, der selv kan mikse reagenterne, loade dem, køre sekvenseringen og aflæse rækkefølgen på baggrund af gelen. De fire kæde-terminerende nukleotider er her mærket med forskelligfarvede fluorescerende farver og syntesen forløber samtidig og kan separeres på en enkelt bane på gelen. En detektor nær bunden af gelen læser og optager farverne af det fluorescerende label på hvert bånd og en computer gennem sekvensen. Bruges til at sekvensere fulde genomer og transskriptomer* * The transcriptome is the set of all RNA molecules, including mrna, rrna, trna, and other noncoding RNA produced in one or a population of cells. It differs from the exome in that it includes only those RNA molecules found in a specified cell population, and usually includes the amount or concentration of each RNA molecule in addition to the molecular identities.

9 DNA MICRO ARRAY (E: 352) DNA micro array er en stor skala hybridisationsanalyse, der bruges til at bestemme RNA niveauet af mange RNA er i en prøve samtidig fx alle mirna eller mrna I modsætning til notern blot analyse er det proberne som er fikseret til en matrix fx en glas plade mens prøven er i opløsningen. Prøven og en referenceprøve mærkes med forskellige fluorochromes og hybridiseres til proberne på gladpladen. Signalerne fra de to prøver trækkes fra hinanden for at afsløre op- og nedregulering. Proces: 1. mrna ekstraheres fra de celler, der studeres, og omdannes til cdna 2. cdna et mærkes med en fluorescerende probe 3. Mikroarray et inkuberes med den mærkede cdna prøve og hybridisering udføres. 4. Array et vaskes for at fjerne ubundne molekyler 5. Positionerne, hvortil de fluorescens mærkede DNA-fragmenter er hybridiseret ved komplementær baseparring, identificeres af et automatisk mikroskop. 6. Array positionerne matches med de bestemte gener, hvis DNA oprindelig var spottet på hver lokation. Anvendelse: 1. Måle ekspressionen af hvert gen i en celle samtidig 2. Måle mængder af RNA mm., der optræder samtidigt 3. Undersøgelse af alt fra ændringer i genekspression til genetiske signatur af forskellige typer af humane celler. 4. Eksempelvis kan genekspressions profil af humane Cancer bruges til at skelne mellem cancertyper hvilket afslutningsvis kan være med til at forudsige om patienten vil respondere på en specifik behandling. Forklaring til billede: mrna er samlet fra to forskellige celler for at sammenligne deres relative niveau af gen ekspression. mrna et ekstraheres, omdannes til cdna og markeres hhv. Med rod og grøn fluorescens. Prøverne hybridiseres til mikroarray et, der vasket og scannes. Røde prikker: indikerer at genet i prøve 1 ekspresseres på et højere niveau end det tilsvarende gen i prøve 2. Grønne prikker: Indikerer at genet i prøve 2 ekspresseres på et højere niveau end det tilsvarende gen i prøve 1 Gule prikker: Gen ekspressionen er på et lige niveau Mørke prikker: Indikerer ingen eller meget lille ekspression af genet hvis fragment er lokaliseret på denne position.

10 MASSE SPECTROMETRI Masse spektrometri er en metode, der kan bruges til at bestemme proteiner i komplekse miksture i proteomics* analyse. Proteinet fragmenteres af protease og massen af individuelle peptier bestemmet af instrumentet. Massen af fragmenterne bruges til at identificere hver fragment ved sammenligning med en database af forudbestemte masser, hvormed man kan identificere proteinet. Metoden tillader over tid at proteinerne bliver produceret i de store mængder, der er krævet for at bestemme deres 3-dimensionelle struktur. 1. Proteinet af interesse skæres ud af polyacrylamid gelen efter 2- dimensionel elektroforese 2. Derefter nedbrydes/kløves det med en protease (trypsin) 3. Peptid-fragmenterne loades i masse-spektrometeret og deres eksakte masse måles. 4. Der søges nu i en sekvens-database for at finde det protein, hvis profil (efter kløvning med trypsin) matcher de fremkomne værdier. Anvendelse: Kan anvendes til at identificere proteiner ved et bestemme den præcise masse af peptider udvundet fra dem. Analyse af miksture af proteiner * Proteomics is the large-scale study of proteins, particularly their structures and functions. PCR polymerase Chain Reaction (E: 340) PCR er en metode der bruges til at opformere en specifik DNA-sekvens fra en kompleks mikstur (fx genomisk DNA) således, at den kan blive analyseret ved simple biokemiske metoder (fx gel elektroforese, restriktionsanalyse, Sangersekventering) og bliver brugt til eksempelvis DNA kloning, EMSA eller Footprinting. Sekvensen, der opformeres defineres ud fra en skræddersyet primer, der binder sig til sekvensen og produktet refereres til som PCR-produkt. Så PCR kan kun bruges til at klone DNA hvis start og slut sekvens kendes. Den originale template der bruges i reaktionen kan være enten DNA eller RNA, så PCR kan bruges til at opnå enten en fuldt genomisk kopi (komplet med exons og introns) eller en cdna kopi. Hovedtræk: Metoden er baseret på brugen af DNA polymerase der kopierer en DNA template i gentagne runder af replikation. Polymerasen guides til sekvensen, der skal kopieres, af korte DNA primere, der tilføjes reaktionen og hybridiserer til DNA template i starten og slutningen af den ønskede DNA-skevens primerne forsyner DNA-polymerasen med de 3 ender, den har behov for, til at starte replikation på hver DNA-streng. Under hver runde af replikationen separeres de to DNA-strenge fra template og kopieres uafhængigt.

11 Anvendelse: 1. PCR bruges meget i forbindelse med research og diagnostiske tests for sygdomsgener 2. Opdagelse af infektioner af patogener på meget tidlige stadier. I dette tilfælde bruges korte sekvenser komplementære til petogenets genom som primer. 3. Bruges retsmedicinsk pga. den sensitivitet er det muligt at arbejde med meget små prøver af blod, væv mm., og stadig finde frem til DNA fingerprint af person det kommer fra. 4. PCR også kaldet kvantitativ PCR (gpcr) bruges til at kvantificere mængden af startmateriale til PCR reaktionen à opformering 5. Bruges i forbindelse med kloning af relativt korte DNA-fragmenter (under 10.00NT par) fra en celle PCR: (noter fra SAU) Metode til at opformere en given mængde af RNA eller RNA evt. i forbindelse med gel elektroforese. Ved PCR kan man ud fra et enkelt molekyle fremstille ubegrænsede mængder, såfremt noget af sekvensen kendes. Til PCR-analysen anvendes: 1. Template (DNA indeholdende det område, som skal amplificeres) 2. To primere (oligonukleotider på ca nukleotider, som baseparrer til to bestemte nukleotidsekvenser i template.) 3. Nukleotider (datp, dgtp, dctp, dttp) 4. Buffer (indeholdende salte samt et defineret ph) 5. En termostabil DNA polymerase termostabil så den ikke ødelægges ved opvarmning. Proces: Hver PCR-cyklus involverer tre steps: 1. DNA et denatureres ved opvarmning til 95grader 2. Afkøling til 55grader ved tilstedeværelse af primere, hvormed primerne hybridiserer til de to DNA-strenge. 3. Denne mixture inkuberes med DNA-polymerase og de fire dntp er, således at DNA-polymerasen forlænger hver primer ved at syntetisere en ny streng ved polymerisering af deoxynukleosidtrifosfater (dntp). Foregår ved 72grader Cyklus gentages mange gange og i praksis foregår det i en varmeblok med programmerbar temperaturstyring. I praksis opnås gange amplifikation i løbet af 30 reaktionscykler. Bemærkning: primernes 3 -ender skal vende mod hinanden, ellers kan der ikke syntetiseres DNA svarende til det, der ligger imellem dem. 5 -enderne af de to nye strenge starter ved hhv. A og B hvis man derfor gentager processen vil der, med disse molekyler som templates, opstå dobbeltstrengede DNAmolekyler.

12 De nysyntetiserede fragmenter fungerer som template Hver cyklus fordobler mængden af DNA syntetiseret i den foregående cyklus. Som illustreret på billede er der efter 3. Cyklus produceret 16 DNA kæder hvor de 8 highlighted med gul er sammen længde og svarer til den originale sekvens. At de andre er længere skyldes, at de indeholder ekstra DNA nedstrøms fra den oprindelige sekvens, hvilket replikeres i de første par runder. Efter mange cykler vil alle DNA-sekvenser være af samme længde som den originale. Hver cyklus tager ca. 5min og i praksis behøves for at opnår brugbart opformeret DNA. RT-PCR (E: 342) Reverse Transcription Polymerase chain Reaction er helt essentiel PCR på RNA. Undtagelsen er, at der tilføjet RT (revers transskriptase) hvormed der dannes cdna kopier af RNA et. En kvantitaion RT-PCR (qrt-pcr) bruges ofte til at bestemme mængden af specifikt RNA i en prøve. RT-PCR PCR kan udføres ud fra RNA ved at inkludere enzymet reverse transkriptase (RT). RT vil katalysere polymerisation af dntp til DNA med RNA som template i første cyklus, hvilket kaldes for RT-PCR. En metode, der bruges til analyse af genekspression. Forud for PCR-opformeringen udføre en revers transskriptase reaktion, hvor enkeltstrenget cdna syntetiseres ud fra mrna cdna et bruges derefter som template i en PCR. I en efterfølgende gel-elektroforese af PCR-produktet vil et kraftigt bånd betyde høj ekspression af genet, et svagt bånd vil betyde lav ekspression og intet bånd er ensbetydende med, at genet ikke ekspresseres. Proces: 1. mrna udrenses fra celler 2. Den første primer tilføjes til populationen af mrna og RT bruges til at lave en komplementær DNA-streng (cdna) 3. RNA-strengen nedbrydes nu med RNase H 5 -enden på mrna et bevares som primer for polymerasen. 4. Polymerasen laver en komplementær DNA-streng à dobbeltstrenget cdna kopi af original mrna 5. PCR-reaktionen kan nu forløbe som normalt. Det første af de nedenstående billeder viser RT-PCR, det næste viser princippet i begge to.

13 EMSA (SAU 19) Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) er en metode, der benyttes til at undersøge bindingen af en ligand fx bindingen af et protein til DNA. Kan bruges både med oprensede proteiner og celle ekstrakter. Metoden er baseret på princippet, at migrationsraten af et DNA-molekyle i en (polyacrylamid) gel reduceres ved binding af en ligand til DNA et dette skyldes den øgede størrelse af komplekset og/eller ændringer i DNA-struktur (bending/looping) eller dynamik (flexibility) Metode: Et mærket DNA fragment typisk mærket med 32 P fosfat inkuberes med liganden (eller en mikstur al ligander, eller (celle)ekstrakt), og analyseres efterfølgende ved gel elektroforese (A). DNA-fragmenterne med bundne ligander vil migrere langsommere og give ophav til individuelle bånd på gelen forskellige ligander vil have en forskellig effekt på migrationsraten og give individuelle bånd (A og B). Forholdet mellem mængden (bånd intensitet) af frit DNA og ligand-dna-kompleks afspejler direkte ligevægten for bindingsreaktionen og derfor kan ligevægts-konstanten bestemmes som koncentrationen ved hvilken lige mængder af frit DNA og ligand-dna-komplekser eksisterer. - Assay et kan udføres med mere end et DNA fragmenter hvilket tillader relative affiniteter for to (eller flere) forskellige DNA sekvenser at blive bestemt direkte (C).

14 Anvendelse: Bruges ofte til at undersøge bindingen af transskriptionsfaktorer til regulatoriske DNAsekvenser Analyse af multiprotein komponent DNA-komplekser kan blive analyseret ved EMSA (fx RNA polymerase, transskriptionsreulatorer) FOOTPRINTING (SAU 19) Footprinting bruges til at kortlægge bindingen af en ligand fx et proteins binding til et DNA fragment. Bruges oftest i forbindelse med EMSA, der fortæller om hvorvidt liganden er bundent, mens footprint fortæller hvor liganden er bundet. Ved footprinting opnås detaljer om det specifikke bindingssite på et DNA-molekyle. Metode: (A) Princippet er baseret på en høj (enkelt nukleotid) opløsning af DNA (gel- eller karelektroforese) analyse (fuldt analog til en sekvenserings analyse) ved at bruge et ende mærket DNA fragment der har været udsat for en DNA-kløvende reagent typisk DNase I. Hvert kløvningssite på DNA vil give ophav til tilsvarende DNA-bånd i gelen. Når en ligand er bundet vil DNA-helixen være beskyttet for kløvning i dette område og ikke give ophav til bånd, men i stedet efterlade et footprint. Således kan bindingssite på DNA for en given ligand blive bestemt ved at variere ligand koncentrationen (B). Også samtidig, medvirkende og udelukkende binding af mange proteiner kan studeres.

15 CHROMATIN IMMUNO PRECIPITATION, ChIP (SAU ) ChIP bruges overvejende til at kortlægge bindingssites for DNA-bindende proteiner. Metode: Først isoleres kromatin og fragmenteres ind til tilfældige fragmenter. Dernæst bruges et antistof specifikt for proteinet, man vil undersøge, til at udfælde alle fragmenter der har bundet til proteinet. Afslutningsvis karakteriseres alle fragmenterne fx ved DNA sekventering. Ved at lokalisere overlap mellem fragmenterne, kan sekvensen blive indsnævret til bindingssitet for proteinet. Der findes mange variationer af teknikken fx PoLII ChIP til at kortlægge aktiv transskription og ChIP af histonmodifikationer til at kortlægge komatinstatus.

16 X-RAY KRYSTALLOGRAFI (E: 158) X-Ray krystallografi bruges til at bestemme den tredimensionelle struktur af et molekylse ved atomisk opløsning. - Dette er en meget besværlig metode, der sjældent lykkes. Det kan tage år at finde de rigtige betingelser for at danne en krystal. Metode: 1. Aminosyresekvens skal kendes og der skal være produceret nok af proteinet til at der kan arbejdes med det. 2. Proteinet skal lokkes til at danne krystaller for at dets struktur kan bestemmes ved x- Ray krystallografi krystallerne er store, meget ordnede systemer af det rene protein hvori hvert molekyle har sammen konformation og er perfekt opstillet ved siden af dets nabo. 3. En smal stråle af X-Ray rettes på en proteinkrystal og atomerne i proteinet spreder den indkomne stråling. 4. Disse sprede bølger enten forstærker eller annullerer hinanden hvormed de danner et kompleks diffraktionsmønster der opsamles af elektroniske detektorer. 5. Positionen og intensiteten at hver spot i mønsteret indeholder information omkring positionen af atomerne i proteinkrystallen. (Mønsteret er så komplekst at selv små proteiner kan generere enkelte spots). 6. En computer bruges til at fortolke og transformere disse spots til kort over den relative rumlige position af atomerne, ved komplekse matematiske udregninger. 7. Ved at kombinere den opnåede information med proteinets aminosyresekvens kan en atomisk model over proteinets struktur genereres. Anvendelse: - Bestemmelse af strukturen af store komplekser (patikler) så som ribosomer

17 NMR SPECTROSKOPI (E: 159) NMR spektroskopi bruges til at bestemme 3D strukturen og dynamikken af mindre proteiner (< daltons hvis større kan man forsøge at opdele proteinet og analysere hvert domæne) Metode 1. En koncentreret opløsning af rent protein placeret i et stærkt magnetisk felt og bombaderes med radiobølger af forskellig frekvens. 2. Dets hydrogen kerne vil generere NMR signaler der kan bruges til at bestemme afstanden mellem atomerne i forskellige dele af proteinet. 3. Denne information bruges til at bygge en model af hvordan disse atomer er arrangeret i rum. 4. Kombineret med den kendte aminosyresekvens kan man beregne den tredimensionelle struktur af proteinet

PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA

PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA PCR til at opkopiere bestemte DNA-sekvenser i en prøve er nu en af genteknologiens absolut vigtigste værktøjer. Peter Rugbjerg, Biotech Academy PCR (Polymerase

Læs mere

Restriktionsenzymer findes Genkendelsessekvens

Restriktionsenzymer findes Genkendelsessekvens Restriktionsenzymer Skanning Restriktionsenzymer findes i bakterier (forsvarsmekanisme) IKKE i eukaryote celler 3-5 - 5-3 - Restriktionsenzyme Genkendelsessekvens Palindromisk Otto, Anna, radar Madam I

Læs mere

En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et:

En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et: F2011-Opgave 1. En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et: Forward primer: 5 CC ATG GGT ATG AAG CTT TGC AGC CTT

Læs mere

datp, dctp, dgtp, dttp, [α 32 P]-dCTP urinstofholdig polyacrylamid gel røntgen film

datp, dctp, dgtp, dttp, [α 32 P]-dCTP urinstofholdig polyacrylamid gel røntgen film Opgave 1 Denne opgave omhandler osteoblast differentiering. Osteoblast celler er involveret i opbygning af knoglevæv. Osteoblast celler dannes ud fra såkaldte calvarial celler. For at forstå det molekylære

Læs mere

Besvarelse af opgaverne til den Spm.A: efter TGA TCA Spm. B:

Besvarelse af opgaverne til den Spm.A: efter TGA TCA Spm. B: Besvarelse af opgaverne til den 20-9-06 Spm.A: Her vil vi gerne sætte et relativt lille stykke DNA (FLAG) sammen med et relativt stort stykke (PRB1). Det lille stykke er for lille til at vi kan PCR amplificere

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA sekvens,

Læs mere

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere:

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Hvilke baser indgår i DNA? A. Adenin, Guanin, Cytosin,

Læs mere

Løsninger til opgaverne den Spm. A: Spm. B Spm. C:

Løsninger til opgaverne den Spm. A: Spm. B Spm. C: Løsninger til opgaverne den 12-9-07 Spm. A: Her er vi i en situation at det eneste der kendes til vores receptor er, at den kan binde en ligand, som vi har til rådighed i en radioaktiv mærket version.

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Forsøgsvejledning Navn: Side 1 af 7 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA

Læs mere

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Sebastian, Louise og Ana

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Sebastian, Louise og Ana Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Sebastian, Louise og Ana Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Dagens program 9:00 10:00 Introduktion

Læs mere

DNA origami øvelse 2013. DNA origami øvelse

DNA origami øvelse 2013. DNA origami øvelse DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

Spm. A: Hvad viser data i Figur 1?

Spm. A: Hvad viser data i Figur 1? Opgave 1 Leptin er et plasma proteinhormon der primært produceres af og secerneres fra fedtceller (adipocytter). Leptin, der er kodet af ob (obecity) genet, er 16 kda stort. Leptins fysiologiske funktion

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA-sekvens,

Læs mere

Løsninger til opgaverne den Opgave 2 januar 2003 Spm. 1:

Løsninger til opgaverne den Opgave 2 januar 2003 Spm. 1: Løsninger til opgaverne den 6-9-06 Opgave 2 januar 2003 Spm. 1: Fidusen er her at vi kender den primære struktur af glukoamylasen fra tre forskellige svampe, en ascomycet, en basidiomycet og en zygomycet.

Læs mere

August Krogh Building Copenhagen University. Universitetsparken 13 2100 Copenhagen OE PAPedersen@aki.ku.dk

August Krogh Building Copenhagen University. Universitetsparken 13 2100 Copenhagen OE PAPedersen@aki.ku.dk Per Amstrup Pedersen Institute of Molecular Biology August Krogh Building Copenhagen University Universitetsparken 13 2100 Copenhagen OE PAPedersen@aki.ku.dk En genteknologisk værktøjskasse. Version 2007

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA-sekvens,

Læs mere

KRIMINALDETEKTIVEN GERNINGSSTEDETS GÅDE PCR

KRIMINALDETEKTIVEN GERNINGSSTEDETS GÅDE PCR KRIMINALDETEKTIVEN GERNINGSSTEDETS GÅDE Elevvejledning PCR PCR trin for trin PCR involverer en række gentagne cykler, der hver består af følgende tre trin: Denaturering, primer påsætning og forlængelse

Læs mere

CYP7A1 (0,1 nm) CYP7A1 (0nM) UBIC (0,1 nm)

CYP7A1 (0,1 nm) CYP7A1 (0nM) UBIC (0,1 nm) Opgave 1 Leveren spiller en central rolle i lipid metabolismen og i opretholdelse af lipid homeostasen i hele kroppen. Lipidmetabolismen er fejlreguleret hos blandt andet svært overvægtige personer samt

Læs mere

Materialeliste: Ready-to-loadTM DNA prøver til elektroforese. Medfølgende reagenser og tilbehør. Egne materialer

Materialeliste: Ready-to-loadTM DNA prøver til elektroforese. Medfølgende reagenser og tilbehør. Egne materialer Elevvejledning 1 Materialeliste: Ready-to-loadTM DNA prøver til elektroforese A B C D E F Plasmid DNA (uskåret) Plasmid skåret med Bgl I Plasmid skåret med Eco RI Lambda DNA (uskåret) Lambda DNA skåret

Læs mere

DNA origami øvelse DNA origami øvelse

DNA origami øvelse DNA origami øvelse DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

DNA origami øvelse DNA origami øvelse

DNA origami øvelse DNA origami øvelse DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

DNA origami øvelse. Introduktion. DNA origami øvelse 3 timer 2018

DNA origami øvelse. Introduktion. DNA origami øvelse 3 timer 2018 DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

Biologi opgave Opsamling: Cellebiologi (Bioanalytiker modul3)

Biologi opgave Opsamling: Cellebiologi (Bioanalytiker modul3) 1 Delphine Bonneau Biologi opgave Opsamling: Cellebiologi 1-6 Pelle har spist en kæmpe stor kage, og efterfølgende stiger hans blodsukker. Derfor sender kroppen besked til de endokrine kirtler i bugspytkirtlen

Læs mere

GAPDH PCR modul Manual

GAPDH PCR modul Manual GAPDH PCR modul Manual Katalog nr. 166-5010EDU explorer.bio-rad.com Kopiering kun tilladt til undervisningsbrug Bemærk: Kittet indeholder temperaturfølsomme dele. Åbn derfor straks kassen og læg de pågældende

Læs mere

Deltagermateriale 43230 OGM. PCR-teknikker 1

Deltagermateriale 43230 OGM. PCR-teknikker 1 Deltagermateriale 43230 OGM PCR-teknikker 1 POLYMERASE KÆDE REAKTION (PCR) Indholdsfortegnelse 04/02 2 af 36 1. INDLEDNING... 4 DNA's opbygning... 5 DNA-replikation.... 7 2. PCR METODEN... 10 PCR en oversigt...

Læs mere

BIOLOGI A-NIVEAU NY ORDNING. Tirsdag den 19. august 2008. Kl. 09.00 14.00 STX082-BIA STUDENTEREKSAMEN AUGUST 2008

BIOLOGI A-NIVEAU NY ORDNING. Tirsdag den 19. august 2008. Kl. 09.00 14.00 STX082-BIA STUDENTEREKSAMEN AUGUST 2008 STUDENTEREKSAMEN AUGUST 2008 BIOLOGI A-NIVEAU Tirsdag den 19. august 2008 NY ORDNING Kl. 09.00 14.00 Af opgaverne 1, 2, 3 og 4 skal tre og kun tre af opgaverne besvares STX082-BIA Undervisningsministeriet

Læs mere

Biosensor Niveau 1. Teori

Biosensor Niveau 1. Teori Biosensor Niveau 1 Teori Inden du starter... For at kunne forstå teorien som ligger til grund for en biosensor er det vigtigt at du har styr på nogle generelle mikro/molekyler biologiske principper, begreber

Læs mere

Analyse af proteiner Øvelsesvejledning

Analyse af proteiner Øvelsesvejledning Center for Undervisningsmidler, afdeling København Analyse af proteiner Øvelsesvejledning Formål At separere og analysere proteiner i almindelige fødevarer ved brug af gelelektroforese. Teori Alle dele

Læs mere

Besvarelse til opgave 1 januar 1999 Spm. A: Spm. B:

Besvarelse til opgave 1 januar 1999 Spm. A: Spm. B: Besvarelse til opgave 1 januar 1999 Spm. A: Vi må lave et genomisk bibliotek i en lambdafag, cosmid, BAC eller YAC plasmid. Til dette vil vi skære det genomiske DNA partielt med Sau3A, så vi får stykker

Læs mere

Bioteknologi A. Gymnasiale uddannelser. Vejledende opgavesæt 1. Mandag den 31. maj 2010 kl. 9.40-14.40. 5 timers skriftlig prøve

Bioteknologi A. Gymnasiale uddannelser. Vejledende opgavesæt 1. Mandag den 31. maj 2010 kl. 9.40-14.40. 5 timers skriftlig prøve Vejledende opgavesæt 1 Bioteknologi A Gymnasiale uddannelser 5 timers skriftlig prøve Vejledende opgavesæt 1 Mandag den 31. maj 2010 kl. 9.40-14.40 Side 1 af 8 sider pgave 1. Genmodificeret ris Vitamin

Læs mere

Studienummer: MeDIS Exam 2015. Husk at opgive studienummer ikke navn og cpr.nr. på alle ark, der skal medtages i bedømmelsen

Studienummer: MeDIS Exam 2015. Husk at opgive studienummer ikke navn og cpr.nr. på alle ark, der skal medtages i bedømmelsen MeDIS Exam 2015 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Videregående biokemi og medicinudvikling Bachelor i Medis 5. semester Eksamensdato: 26-01-2015 Tid: kl. 09.00-11.00 Bedømmelsesform 7-trin Vigtige

Læs mere

Formål At analysere for myosin i muskelvæv fra fisk ved brug af western blotting

Formål At analysere for myosin i muskelvæv fra fisk ved brug af western blotting Center for Undervisningsmidler, afdeling København Western blotting Øvelsesvejledning Formål At analysere for myosin i muskelvæv fra fisk ved brug af western blotting Teori Proteomik er studiet af celleproteiners

Læs mere

Bioteknologi A. Studentereksamen. Af opgaverne 1 og 2 skal begge opgaver besvares. Af opgaverne 3 og 4 skal en og kun en af opgaverne besvares.

Bioteknologi A. Studentereksamen. Af opgaverne 1 og 2 skal begge opgaver besvares. Af opgaverne 3 og 4 skal en og kun en af opgaverne besvares. Bioteknologi A Studentereksamen Af opgaverne 1 og 2 skal begge opgaver besvares. Af opgaverne 3 og 4 skal en og kun en af opgaverne besvares. frs111-btk/a-31052011 Tirsdag den 31. maj 2011 kl. 9.00-14.00

Læs mere

Protokol for genetisk bestemmelse af ABO blodtyper

Protokol for genetisk bestemmelse af ABO blodtyper Page1 Udarbejdet i samarbejde mellem: Kåre Lehmann, Annabeth Høgh Petersen, Anne Rusborg Nygaard og Jørn M. Clausen Page2 VIGTIGT: SKIFT PIPETTE SPIDSER/TIPS EFTER HVER GANG!! Så undgår du at forurene

Læs mere

Trin 1: Oprensning af genomisk DNA (DeoxyriboNucleicAcid)

Trin 1: Oprensning af genomisk DNA (DeoxyriboNucleicAcid) Trin 1: Oprensning af genomisk DNA (DeoxyriboNucleicAcid) (Denne del tager ca. 3 timer, max 14 prøver) ELEVVEJLEDNING forsøgskasse nr. 1 AAU Oprensning af DNA-prøven foregår gennem fem trin, se figur 1:

Læs mere

Cellekernen (Nucleus) Sebastian Frische Anatomisk Institut

Cellekernen (Nucleus) Sebastian Frische Anatomisk Institut Cellekernen (Nucleus) Sebastian Frische Anatomisk Institut Cellekernen Cellekernens overordnede struktur kernemembranen/nucleolemma kromatin nucleolus Cellecyklus faser i cellecyklus faser i mitosen Størrelse:

Læs mere

HOXA9 og CDX2 i relation til leukæmi

HOXA9 og CDX2 i relation til leukæmi HOXA9 og CDX2 i relation til leukæmi Gruppe 5 Kristina Berg, Mathilde Schmidt, Ninette Jensen, Sabrina Wielsøe & Sophie Tolstrup 2. Semesterprojekt, Forår 2013 Roskilde Universitet, Nat. Bach, 2. semester,

Læs mere

Spm. B: Hvad viser data i Figur 2?

Spm. B: Hvad viser data i Figur 2? Opgave 1 Kernereceptorer (nuclear receptors) udgør en familie af ligandaktiverede transkriptionsfaktorer, der regulerer transkription af en række gener, som respons på tilstedeværelse af f.eks.lipofile

Læs mere

Ekstraktion af proteiner fra kød, æg og mælkeprodukter

Ekstraktion af proteiner fra kød, æg og mælkeprodukter Ekstraktion af proteiner fra kød, æg og mælkeprodukter Udarbejdet af Lektor Lars Haastrup Pedersen, forskningsadjunkt Claus Gyrup Nielsen, Phd. Anders Bundgaard Sørensen, Phd. Malene Bredal Brohus samt

Læs mere

Faktor V Leiden mutation

Faktor V Leiden mutation Faktor V Leiden mutation Formål: finde ud af om individ har mutation i faktor V Leiden gen (missense: arginin glutamin) Materiale: oprens DNA fra leukocytter Metode: PCR med specifikke primere, oprens,

Læs mere

Biotechnology Explorer. Protein Fingerprinting

Biotechnology Explorer. Protein Fingerprinting Biotechnology Explorer Protein Fingerprinting Instruktionsmanual Katalognummer 166-0100EDU explorer.bio-rad.com Delene i dette kit er sendt i seperate æsker. Opbevar proteinstandarderne i fryseren, ved

Læs mere

Biologien bag epidemien

Biologien bag epidemien Biologien bag epidemien Af Niels Kristiansen, biologilærer, Grindsted Gymnasium Sygdomme kan smitte på mange måder. Enten via virus, bakterier eller parasitter. I det følgende vil vi koncentrere os om

Læs mere

Svarark for (navn) Skole: Opgave 22 besvares DIREKTE her i opgaven.

Svarark for (navn) Skole: Opgave 22 besvares DIREKTE her i opgaven. Opgave 22 besvares DIREKTE her i opgaven. 22. Den røde farve i kød skyldes myoglobin som er et globulært protein. Myoglobin indeholder ligesom hæmoglobin en organisk gruppe (hæm) med en tilknyttet jern(ii)-ion

Læs mere

at du trænes i at genkende aminosyrer i en simpel proteinstruktur (pentapeptid = lille protein bestående af 5 (penta) aminosyrer)

at du trænes i at genkende aminosyrer i en simpel proteinstruktur (pentapeptid = lille protein bestående af 5 (penta) aminosyrer) Elevvejledning til det Virtuelle Kræftlaboratorium Det Virtuelle Kræftlaboratorium stiller krav til en grundig forståelse af det centrale dogme inden for molekylærbiologien, hvordan DNA oversættes til

Læs mere

Banan DNA 1/6. Formål: Formålet med øvelsen er at give eleverne mulighed for at se DNA strenge med det blotte øje.

Banan DNA 1/6. Formål: Formålet med øvelsen er at give eleverne mulighed for at se DNA strenge med det blotte øje. Banan DNA Formål: Formålet med øvelsen er at give eleverne mulighed for at se DNA strenge med det blotte øje. Baggrundsviden: Om vi er mennesker, dyr eller planter, så har alle organismer DNA i deres celler.

Læs mere

Opgave 1 Slankemidler

Opgave 1 Slankemidler Opgave 1 Slankemidler Overvægt er et stigende problem i den vestlige verden, og der er derfor udviklet forskellige slankemidler. Et eksempel på et slankemiddel er Orlistat. Den kemiske struktur af Orlistat

Læs mere

Livets molekylære kode

Livets molekylære kode 4. ÅR R. 2 / 2006 Livets molekylære kode -kemi og biologi mødes D livets molekylære kode D findes i alle levende organismer og indeholder koden til organismen informationer, der afgør om organismen er

Læs mere

Protokol for genetisk bestemmelse af ABO blodtyper

Protokol for genetisk bestemmelse af ABO blodtyper Page1 Udarbejdet i samarbejde mellem: Kåre Lehmann, Annabeth Høgh Petersen, Anne Rusborg Nygaard og Jørn M. Clausen Page2 VIGTIGT: SKIFT PIPETTE SPIDSER/TIPS EFTER HVER GANG!! Så undgår du at forurene

Læs mere

Genekspression. GENEKSPRESSION side 1

Genekspression. GENEKSPRESSION side 1 Genekspression 2006 GENEKSPRESSION side 1 Indholdsfortegnelse Kapitel 1... 3 Proteinsyntese... 3 Regulering af gener i E. coli.... 8 Transskription hos eukaryoter... 14 Eukaryot genregulering... 16 Efterbehandlig

Læs mere

Proteiner. Proteiner er molekyler der er opbygget af "aminosyrer",nogle er sammensat af få aminosyrer medens andre er opbygget af mange tusinde

Proteiner. Proteiner er molekyler der er opbygget af aminosyrer,nogle er sammensat af få aminosyrer medens andre er opbygget af mange tusinde Proteiner Proteiner er molekyler der er opbygget af "aminosyrer",nogle er sammensat af få aminosyrer medens andre er opbygget af mange tusinde Der findes ca. 20 aminosyrer i menneskets organisme. Nogle

Læs mere

OPTIMERING AF PCR MHP. DETEKTION AF SNP ER I CERS6.

OPTIMERING AF PCR MHP. DETEKTION AF SNP ER I CERS6. OPTIMERING AF PCR MHP. DETEKTION AF SNP ER I CERS6. Bachelorprojekt Udarbejdet af Sandra Reinholt Nielsen 14.08.1981 Projektperiode: 6. April 9.juni 2009 Vejledere: Søren Jensen, Lektor, Professionshøjskolen

Læs mere

Regnskovens hemmeligheder

Regnskovens hemmeligheder Center for Undervisningsmidler, afdeling København Regnskovens hemmeligheder Øvelsesvejledning Formål Et gen for et kræfthelbredende protein er blevet fundet i nogle mystiske blade i regnskoven. Forskere

Læs mere

Nr 1. Fra gen til protein

Nr 1. Fra gen til protein Nr 1 Fra gen til protein Med udgangspunkt i vedlagte illustrationer bedes du besvare følgende: Hvordan er sammenhængen mellem DNA ets nukleotider og proteinets aminosyrer? Beskriv hvad der sker ved henholdsvis

Læs mere

DIAGNOSTISKE TEKNIKKER VED PGD (PGT) - MOLEKYLÆRBIOLOGI FOR LÆGER OG ANDRE

DIAGNOSTISKE TEKNIKKER VED PGD (PGT) - MOLEKYLÆRBIOLOGI FOR LÆGER OG ANDRE DIAGNOSTISKE TEKNIKKER VED PGD (PGT) - MOLEKYLÆRBIOLOGI FOR LÆGER OG ANDRE I N GE SØKILDE P E D E RSEN, K L I N I S K L A B ORATORIEGENETIKER, P H D AFSNIT FOR MOLEKYLÆR DIAGNOSTIK - AAUH PGT ARBEJDSGANG

Læs mere

Opgave 1 Spm. A: Spm. B:

Opgave 1 Spm. A: Spm. B: Opgave 1 Familien af TM7 receptorer (receptorer med 7 transmembrane segmenter) udgør ud fra genomsekvensen den største proteinfamile i C. elegans. Det samme må forventes at gælde i pattedyr. Imidlertid

Læs mere

Side 1 af 14. Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13

Side 1 af 14. Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Side 1 af 14 Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Navn: Studie nummer: Dette eksamenssæt vil også kunne ses som en pdf fil nederst på kursus-hjemmesiden udfor den sidste dag d. 27 Jan

Læs mere

Dansk Selskab for Medicinsk Genetik s (DSMG) politik vedrørende klinisk anvendelse af genomisk sekventering

Dansk Selskab for Medicinsk Genetik s (DSMG) politik vedrørende klinisk anvendelse af genomisk sekventering Dansk Selskab for Medicinsk Genetik s (DSMG) politik vedrørende klinisk anvendelse af genomisk sekventering De sidste 10 års store fremskridt indenfor gensekventeringsteknologi har gjort det muligt at

Læs mere

Epigenetik Arv er andet end gener

Epigenetik Arv er andet end gener Epigenetik Arv er andet end gener Indhold Indledning Afsnit1: Epigenetik og DNA Afsnit 2: DNA, nukleosomer og kromatin Afsnit 3: Epigenetik og celledifferentiering Afsnit 4: Genetisk ens individer kan

Læs mere

Gener, biologiske markører og valg af den rigtige behandling

Gener, biologiske markører og valg af den rigtige behandling Gener, biologiske markører og valg af den rigtige behandling Et spørgsmål om at udnytte viden, teknologi og sundhedsresurser optimalt Vi oplever i disse år en sand revolution i udviklingen af nye teknologier

Læs mere

Spm. 1.: Hvis den totale koncentration af monomer betegnes med CT hvad er så sammenhængen mellem CT, [D] og [M]?

Spm. 1.: Hvis den totale koncentration af monomer betegnes med CT hvad er så sammenhængen mellem CT, [D] og [M]? DNA-smeltetemperaturbestemmelse KemiF2-2008 DNA-smeltetemperaturbestemmelse Introduktion Oligonucleotider er ofte benyttet til at holde nanopartikler sammen med hinanden. Den ene enkeltstreng er kovalent

Læs mere

Energi, Enzymer & enzymkinetik.metabolisme

Energi, Enzymer & enzymkinetik.metabolisme (gruppeopgaver i databar 152 (og 052)) Energi, Enzymer & enzymkinetik.metabolisme Tirsdag den 17. september kl 13-14.15 (ca) Auditorium 53, bygning 210 Susanne Jacobsen sja@bio.dtu.dk Enzyme and Protein

Læs mere

Side%1%af%14% Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13

Side%1%af%14% Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Side1af14 Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Navn: Studie nummer: Dette eksamenssæt vil også kunne ses som en pdf fil nederst på kursus-hjemmesiden udfor den sidste dag d. 27 Jan

Læs mere

Isolering af DNA fra løg

Isolering af DNA fra løg Isolering af DNA fra løg Formål: At afprøve en metode til isolering af DNA fra et levende væv. At anvende enzymer.. Indledning: Isolering af DNA fra celler er første trin i mange molekylærbiologiske undersøgelser.

Læs mere

Proteiner: en introduktion. Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013

Proteiner: en introduktion. Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013 Proteiner: en introduktion Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013 4 facts om proteiner Proteiner udgør én af de vigtigste stofgrupper i vores organisme; de varetager en lang række forskellige funktioner.

Læs mere

Struktur og funktion af gener

Struktur og funktion af gener Molekylærbiologi og genetik S4, F2008 f Malene Munk Jørgensen Emne: Struktur og funktion af gener Link: undervisningsplanen for S4-molekylærbiologi og genetik MMJ, VI niversity ollege Bioanalytikeruddannelsen

Læs mere

3M Food Safety 3M Molecular Detection System. Patogentesting. Enkelt og nemt

3M Food Safety 3M Molecular Detection System. Patogentesting. Enkelt og nemt 3M Food Safety 3M Molecular Detection System Patogentesting Enkelt og nemt Fødevareproduktion er dit fagområde Fødevaresikkerhed er vores Forbrugerne stoler på at din virksomhed producerer fødevarer af

Læs mere

Menneskets væskefaser

Menneskets væskefaser Menneskets væskefaser Mennesket består af ca. 60% væske (vand) Overordnet opdelt i to: Ekstracellulærvæske og intracellulærvæske Ekstracellulærvæske udgør ca. 1/3 Interstitielvæske: Væske der ligger mellem

Læs mere

NOD2 ekspression i tarmepitelceller

NOD2 ekspression i tarmepitelceller Roskilde Universitet, Den Naturvidenskabelige Bacheloruddannelse, Hus nr. 14 NOD2 ekspression i tarmepitelceller 2. semesterprojekt - forår 2015 Gruppe 6: Joachim Wittrup Højris Jensen Nicholas Philip

Læs mere

Kromosomer med genet: Genotype (= arveformel): RR Rr rr Fænotype (= fremtoning): Rød Rød Hvid

Kromosomer med genet: Genotype (= arveformel): RR Rr rr Fænotype (= fremtoning): Rød Rød Hvid Kromosomer med genet: R R R r r r Genotype (= arveformel): RR Rr rr Fænotype (= fremtoning): Rød Rød Hvid P-generation: Kønsceller: RR rr Meiose R R r r Befrugtning F 1-generation: Meiose Rr Rr Kønsceller:

Læs mere

Identifikation af CYP2B6 Sekvensvarianter ved Brug af Restriktions analyse

Identifikation af CYP2B6 Sekvensvarianter ved Brug af Restriktions analyse Identifikation af CYP2B6 Sekvensvarianter ved Brug af Restriktions analyse Udarbejdet af: Susan Nørmann Andersen projektperiode: April 2009 Juni 2009 Projekttype: bachelorprojekt Vejledere: Henrik B Rasmussen

Læs mere

Danmarks Tekniske Universitet

Danmarks Tekniske Universitet Side 1 of 14 Danmarks Tekniske Universitet Skriftlig prøve, den 21/1-2013 Kursus navn: Kursus nr. 27633 Introduktion til Bioinformatik Tilladte hjælpemidler: Alle "Vægtning" Angivet ved de individuelle

Læs mere

Forårseksamen Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering

Forårseksamen Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering Studienummer: 1/10 Forårseksamen 2014 Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Uddannelse: Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering Semester: 2. semester Eksamensdato:

Læs mere

Elevvejledning pglo transformation

Elevvejledning pglo transformation Introduktion til transformation Elevvejledning pglo transformation I denne øvelse skal du lære fremgangsmåden ved genetisk transformation. Husk på, at et gen er et stykke DNA, der indeholder informationer

Læs mere

Opgave 1 Listeria. mørkviolette bakteriekolonier, se figur 1a. og b. 1. Angiv reaktionstypen for reaktion. 1 vist i figur 1b.

Opgave 1 Listeria. mørkviolette bakteriekolonier, se figur 1a. og b. 1. Angiv reaktionstypen for reaktion. 1 vist i figur 1b. Opgave 1 Listeria Bakterien Listeria monocytogenes kan være sygdomsfremkaldende for personer, der i forvejen er svækkede. For at identificere Listeria kan man anvende indikative agarplader. Her udnyttes

Læs mere

Enzymer og katalysatorer

Enzymer og katalysatorer Enzymer og katalysatorer Reaktionsligningen: viser den kemiske reaktion, der leverer energi til alle stofskifteprocesser i cellerne i kroppen. Kemisk er der tale om en forbrændingsproces, hvori atmosfærisk

Læs mere

Fotosyntetisk produktion af hydrogen med genmodificerede mikroorganismer

Fotosyntetisk produktion af hydrogen med genmodificerede mikroorganismer Fotosyntetisk produktion af hydrogen med genmodificerede mikroorganismer Forskerspirer 2009 Hovedområde: NAT Niels Christian Sanden ncsanden@hotmail.com Forskerkontakt: Poul Erik Jensen Værtsinstitution:

Læs mere

LNA til behandling af Cancer mammae

LNA til behandling af Cancer mammae LNA til behandling af Cancer mammae LNA as treatment of Cancer mammae Hus 13.1 Gr. 5 Jvaria Afzal, Steffen Thorlund Bertelsen, Troels Godballe, Nanna Søndergaard Jeppesen, Pernille Damgaard Petersen og

Læs mere

BIOTEKNOLOGI HØJT NIVEAU

BIOTEKNOLOGI HØJT NIVEAU STUDETEREKSAME 2006 2006-BT-2 BIOTEKOLOGI HØJT IVEAU Onsdag den 16. august 2006 kl. 9.00 14.00 Sættet består af 1 stor og 2 små opgaver. Alle hjælpemidler tilladt. STOR OPGAVE 1. Myoglobin A. Den røde

Læs mere

Gerningsstedets gåde Den usynlige sandhed - DNA PCR Basics Kit. Katalog nr. 166-2600EDU

Gerningsstedets gåde Den usynlige sandhed - DNA PCR Basics Kit. Katalog nr. 166-2600EDU 1 Gerningsstedets gåde Den usynlige sandhed - DNA PCR Basics Kit Katalog nr. 166-2600EDU Bemærk: Kittet indeholder temperaturfølsomme dele. Åbn derfor straks pakken og læg de dele, der er mærket med -20

Læs mere

Appendix 1: Udregning af mængde cellesuspention til udsåning. Faktor mellem total antal celler og antal celler der ønskes udsås:

Appendix 1: Udregning af mængde cellesuspention til udsåning. Faktor mellem total antal celler og antal celler der ønskes udsås: Appendix Appendix 1: Udregning af mængde cellesuspention til udsåning Fortyndingsfaktor: Efter trypsinering og centrifugering af celler fra cellestokken, opblandes cellerne i 1 ml medie. For at lave en

Læs mere

Biomarkører ved neurologiske sygdomme. Thomas Christensen

Biomarkører ved neurologiske sygdomme. Thomas Christensen Biomarkører ved neurologiske sygdomme Thomas Christensen Biomarkører ved neurologiske sygdomme Identificere diagnostiske og prognostiske biomarkører for neurologiske sygdomme Biobank oprettet Samarbejde

Læs mere

TEST 1. Almen Cellebiologi 2004/2005

TEST 1. Almen Cellebiologi 2004/2005 TEST 1 Almen Cellebiologi 2004/2005 Hvilken af følgende udsagn er forkerte? a) kun planteceller har en cellevæg b) planteceller har microtubuli c) planteceller har chloroplaster d) planteceller har actin

Læs mere

VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI

VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI Specialeprojekt i Biologi-bioteknologi, KU Patricia Espenhain Sørensen 13. juni 2017 RATIONALE Verocytotoxin-producerende E. coli (VTEC) / (STEC) - Vigtig

Læs mere

STUDERENDES ØVELSESARK TIL EKSPERIMENT A: NATURLIGE NANOMATERIALER

STUDERENDES ØVELSESARK TIL EKSPERIMENT A: NATURLIGE NANOMATERIALER STUDERENDES ØVELSESARK TIL EKSPERIMENT A: NATURLIGE NANOMATERIALER Navn: Dato:.. MÅL: - Lær om eksistensen af naturlige nanomaterialer - Lysets interaktion med kolloider - Gelatine og mælk som eksempler

Læs mere

Teknikken er egentlig meget simpel og ganske godt illustreret på animationen shell 4-5.

Teknikken er egentlig meget simpel og ganske godt illustreret på animationen shell 4-5. Fysikken bag Massespektrometri (Time Of Flight) Denne note belyser kort fysikken bag Time Of Flight-massespektrometeret, og desorptionsmetoden til frembringelsen af ioner fra vævsprøver som er indlejret

Læs mere

Protein identifikation ved hjælp af Matrix- Assisted Laser Desorption Masse Spektrometri (MALDI-MS).

Protein identifikation ved hjælp af Matrix- Assisted Laser Desorption Masse Spektrometri (MALDI-MS). Teori til elevforløb på Institut for Biokemi og Molekylærbiologi på Syddansk Universitet: Protein identifikation ved hjælp af Matrix- Assisted Laser Desorption Masse Spektrometri (MALDI-MS). Peter Windfeldt

Læs mere

Børsteormene Marenzelleria

Børsteormene Marenzelleria Børsteormene Marenzelleria - PCR optimering i forbindelse med identifikation af siblingearter Roskilde Universitet 2011 Bachelor projekt Safa Maarouf og Nanna Høegh Jensen. Samarbejde med Jasna Mozina

Læs mere

KOMMISSIONENS FORORDNING (EU) / af

KOMMISSIONENS FORORDNING (EU) / af EUROPA- KOMMISSIONEN Bruxelles, den 29.5.2018 C(2018) 3193 final KOMMISSIONENS FORORDNING (EU) / af 29.5.2018 om ændring af forordning (EF) nr. 847/2000 for så vidt angår definitionen af udtrykket "lignende

Læs mere

Spm. 1.: Hvis den totale koncentration af monomer betegnes med CT hvad er så sammenhængen mellem CT, [D] og [M]?

Spm. 1.: Hvis den totale koncentration af monomer betegnes med CT hvad er så sammenhængen mellem CT, [D] og [M]? DNA-smeltetemperaturbestemmelse KemiF2-2008 DNA-smeltetemperaturbestemmelse Introduktion Oligonucleotider er ofte benyttet til at holde nanopartikler sammen med hinanden. Den ene enkeltstreng er kovalent

Læs mere

LEKTION 2_ TEKST_ BIOLUMINESCENS. Bioluminescens. Alger der lyser i mørket

LEKTION 2_ TEKST_ BIOLUMINESCENS. Bioluminescens. Alger der lyser i mørket Bioluminescens Alger der lyser i mørket Alger bruges som sagt allerede i dag til at producere værdifulde stoffer, der indgår i mange af de produkter, vi køber i supermarkeder, på apoteker og tankstationer.

Læs mere

Dansk resumé for begyndere

Dansk resumé for begyndere Dansk resumé for begyndere Dansk resumé for begyndere Dette afsnit introducerer bakteriel genregulation for enhver uden forudgående kendskab til dette emne. Alle nødvendige, videnskabelige betegnelser

Læs mere

Undervisningsbeskrivelse fra august 2014

Undervisningsbeskrivelse fra august 2014 Undervisningsbeskrivelse fra august 2014 Stamoplysninger til brug ved prøver til gymnasiale uddannelser Termin Oktober 2015 Institution Hansenberg Gymnasium Uddannelse Fag og niveau Lærer(e) Hold HTX Bioteknologi

Læs mere

Figur 1: Strukturelt kort over plasmiderne pyeast og pmamal anvendt til undersøgelse af

Figur 1: Strukturelt kort over plasmiderne pyeast og pmamal anvendt til undersøgelse af Opgave 2 juni 1999 DNA rekombination er vigtig for eukaryote celler i forbindelse med meiosen. Samtidig er rekombination mellem fremmed DNA og endogen DNA essentiel i fremstillingen af transgene organismer

Læs mere

# Problemet med genetisk ustabilitet

# Problemet med genetisk ustabilitet Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Et DNA-reparerende protein ændrer stabiliteten af lange CAG-områder i det muterede gen for Huntingtons

Læs mere

Ordinær vintereksamen 2016/17

Ordinær vintereksamen 2016/17 Ordinær vintereksamen 2016/17 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Introduktion til basalfagene Medicin og Medicin med Industriel Specialisering 1. semester Eksamensdato: 04-01-2017 Tid: 9.00-13.00 Bedømmelsesform

Læs mere

Deoxyribonukleinsyre

Deoxyribonukleinsyre DNAs Forunderlige struktur Ved Rebecca E.-Sørensen stud.scient i medicinalkemi ved Aarhus Universitet Deoxyribonukleinsyre Strukturen af DNA findes af James D. Watson og Francis H. Crick i 1953 1 Nuklein

Læs mere

MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT

MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT Lars Hestbjerg Hansen, Head of section EMBI @ENVS DCE 1 I dag: Hvad er e-dnas rolle generelt og i mikrobiologien? Hvad kan vi gøre? Hvordan gør vi? Spørgsmål &

Læs mere

Syv transmembrane receptorer

Syv transmembrane receptorer Syv transmembrane receptorer Receptoren som kommunikationscentral Cellemembranen definerer grænsen mellem en celles indre og ydre miljø, der er meget forskelligt. Det er essentielt for cellens funktion

Læs mere