Angiogenese i coloncancer

Størrelse: px
Starte visningen fra side:

Download "Angiogenese i coloncancer"

Transkript

1 Professions Bachelor Projekt 2012 Immunhistokemiske farvninger med markørerne Endocan, CD105 og CD34 Bioanalytikerstuderende: Studienummer: Vejledere: Judith Jensen, Klinisk Patologisk Afdeling, Vejle Sygehus Louise Nørgaard, VIA University College, Århus Antal tegn: tegn inkl. mellemrum

2 Indhold Forord...2 Resumé...3 Introduktion...4 Problemformulering...5 Målformulering...5 Teoretisk baggrund...5 Angiogenese...5 Immunhistokemisk teknik...8 Immunhistokemiske markører...11 Statistik...14 Materialer...15 Metode...16 Før projektstart Efter projektstart d Immunfarvninger...17 Optælling i mikroskop...17 Statistiske beregninger...19 Resultater...20 Immunfarvninger...20 Optællinger...22 Statistiske beregninger...26 Intraobservant sammenligning...26 t-test...27 MVD sammenligningsplot...28 Histogrammer...30 Differensplot...32 Procentvise afvigelser...33 Diskussion...34 Immunfarvninger...35 Statistik...39 Endocan...39 CD CD Dobbeltbestemmelse med Endocan...41 Perspektivering...42 Konklusion...42 Referencer...44 Bilag

3 Forord Denne projektrapport er resultatet af 9-10 ugers studietid, modul 14 på bioanalytikeruddannelsen. Tiden blev dels brugt på praktisk laboratoriearbejde, på Klinisk Patologisk Afdeling (KPA) på Vejle Sygehus og dels rapportskrivning. Det praktiske arbejde foregik i samarbejde med M14-bioanalytikerstuderende Anette W.R. Larsen. Følgende personer vil jeg gerne sige tak for vejledning, hjælp og mange gode råd: Forskningsbioanalytiker Birgit Sørensen, bioanalytiker Helle Johnsen, bioanalytiker Lone Nielsen, alle KPA i Vejle. Tak til professor Flemming Brandt Sørensen for ide og opstart af projekt og uvurderlig undervisning undervejs. En stor tak til Troels Wind, VIA University College, der ledte mig igennem statistikkens begrebsjungle. En særlig tak til Judith fordi hun holdte os ud og holdt mig oppe., 96420@viauc.dk Dato Underskrift 2

4 Resumé Dette projekt omhandler en sammenligning af 3 immunhistokemiske markører, Anti- Human Endocan, CD105 og CD34. Alle tre antistoffer er rettet mod antigener på endothelceller. Vores undersøgelse gik på, om Endocan var bedre og lettere at reproducere resultaterne for end de 2 gammelkendte markører. Vi undersøgte omkring 150 colorectal cancer snit fra 50 patienter, som i 2004 var blevet opereret på Vejle Sygehus. Snittene var skåret som nabosnit for at øge sammenligningsgraden. Vi brugte Micro Vessel Density (MVD) metoden til at tælle karrene efter. Vi brugte et okular med et tællekammer med et areal på 0,06825 mm 2. Vi var 2 i gruppen og talte alle 150 snit uafhængigt af hinanden og sammenlignede først til slut resultaterne. Vi brugte samme mikroskop og samme okular. Vi skulle hver finde 3 hotspots i overgangen mellem normalvæv og cancervæv og så tælle ved 200x forstørrelse. Resultaterne viste sig at være så forskellige, at vi må sige, at reproducere hinandens resultater, kunne vi ikke. Som en lille ekstra undersøgelse, prøvede jeg om jeg kunne reproducere mig selv. Jeg lavede en dobbeltbestemmelse på 20 Endocan snit, hvor jeg på 2 forskellige dage talte karrene på disse. Resultaterne var noget bedre end ved interobservant, men der var stadig store differencer på enkelt tilfælde. Endocan var lettere og mere behagelig at tælle, da cellerne her var mere afgrænset og lettere at skelne, end for de andre 2 markører. Men ikke lettere at reproducere resultaterne for. 3

5 Introduktion En af de hyppigst forekommende cancerformer i verden i dag er colorectal cancer, i Danmark er der hvert år ca nye tilfælde, på verdens plan omkring 1 million (Zou, et al., 2008) (Kræftens-Bekæmpelse). På trods af mange gode og nyttige medicinske såvel som kirurgiske behandlingsformer, er det alligel en cancerform med forholdsvis kort overlevelsesrate efter diagnosen er stillet, over 40% er døde, som følge af sygdommen efter 5 år. Angiogenese er nydannelsen af blodkar ud fra eksisterende blodkar (Foghsggaard, et al., 2001). Denne funktion er meget vigtig også for tumorer, da al vækst afhænger af tilførsel af næringsstoffer og drænage af affaldsstoffer. Dette kræver en konstant nydannelse af endothelceller, som danner grundlaget for nye kapillærer. Hurtigt voksende tumorer kræver en øget mængde næringsstoffer og derfor vil angiogenesen naturligt være større i disse tumorer. Ved immunhistokemisk farvning anvendes antistoffer mod helt specifikke antigener i cellerne. Ved at vælge et antistof mod et antigen på nydannede endothelceller, kan farvningen give et billede af, hvor stor angiogenesen er i vævet og dermed, hvor hypervaskulær og aggressiv canceren er. Denne udvælgelse af antistoffer er imidlertid ikke så enkelt, da de nuværende kendte antigener ikke kun findes dette ene sted eller de udtrykkes ikke på alle nydannede endothelceller, nogle er vævsspecifikke. Vi har udvalgt 3 angiogenese immunmarkører for at sammenligne disse og vi har lagt vægten på antallet af kapillærer i overgangen mellem cancervæv og normalvæv. Dette har vi valgt, da det er blodtilførslen udenpå tumoren, der er afgørende for væksten (Foghsggaard, et al., 2001). Differentieringen mellem de forskellige tumor-typer kan gøre det muligt, for lægerne, at tilbyde en mere målrettet, men også kostbar antistof-behandling (antineoplastiske antistoffer) til patienter med en særligt hurtigt voksende cancer. Behandlingen virker antiangiogenetisk ved at nedregulere vækstfaktorerne på endothelcellerne (DLI). Vi vælger at bruge den differentieringsmetode, der i en årrække har været anset som morfologisk guld standard på dette område, Micro Vessel Density (MVD) (Nico, et al., 2008). 4

6 Problemformulering Hvorledes adskiller Endocan sig i evnen til at farve specifikt for angiogenese i coloncancer i forhold til CD34 og CD105, og hvor godt kan det lade sig gøre at reproducere resultatet? Målformulering Begge gruppemedlemmer vil, uafhængigt af hinanden, finde 3 hot-spots og tælle endothelceller på alle 150 glas. Derefter vil jeg udføre forskellige statiske beregninger såsom t-tests og optegne differensplots på disse resultater. Her ud fra vil jeg vurdere reproducerbarheden. Jeg vil måle objektivets tællekammer op ved hjælp af et micrometer grid og beregne arealet. Dette skal bruges til beregning af Micro Vessel Density (MVD), for hvert enkelt snit. Jeg vil give min vurdering af, hvilken markør, der er mest reproducerbar ved angiogenese i coloncancer. Teoretisk baggrund Angiogenese Angiogenese er nydannelse af blodkar ud fra eksisterende blodkar. Der forskes meget i dette område især inden for cancerbiologien. En tumor kan ikke vokse sig større end 1 mm 3, hvis ikke den kan formå at tiltrække sig nye blodkar. Hvis en tumor skal kunne metastasere kræver det, at den har forbindelse ud til resten af organismen via kapillærnettet. Men tumorer stimulerer ikke kun til den almindelige form for angiogenese, de kan også opnå kapillærer med flere specialiseringer og anderledes udseende end ikkepatologiske kar (Azam, et al., 2010). Angiogenese er en kompliceret proces, hvor mange proangiogene og antiangiogene faktorer spiller ind, se figur 1. 5

7 Figur 1: Oversigt over nogle af de faktorer, der spiller ind ved angiogenesen, både for og imod (InforMEDical). Behovet for angiogenese opstår oftest, når der opstår hypoksiske tilstande, altså iltmangel i vævet. Hypoksi stimulerer til en mængde forskellige faktorer og signalveje, jeg vil i det følgende kun koncentrere mig om 2 af de vigtigste, nemlig Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF) og NitrogenOxid (NO). I cellerne i det hypoksiske væv opreguleres ekspressionen af VEGF og der secerneres store mængder af dette protein ud i den ekstra cellulære matrix. Hvor stor effekt VEGF får på endothelcellerne bestemmes af receptorerne på cellerne. Der findes 2 slags receptorer til VEGF, VEGFR-1 og VEGFR-2. VEGFR-1 sender ikke signalet fra VEGF ind i cellen, det gør kun VEGFR-2, receptor-1 virker altså hæmmende på VEGF, ved at binde det uden signalafgivelse. Det signal VEGF blandt andet sender medvirker til at endothelcellen stimuleres til at danne nogle actinholdige udløbere, filopodia. Derved bliver cellen til en endothelial tipcelle, der kan migrere mod det hypoksiske væv ved hjælp af kemotaxi. Disse nydannede blodkar er meget skrøbelige og kræver stabilisering og modning for ikke at undergå apoptose, programmeret celleselvmord. Dette sker blandt andet ved, at tipcellen udskiller Plateled derived Growth Factor (PdGF), der tiltrækker pericytter, der omgiver og støtter endothellaget. VEGF har også en anti-apoptosisk virkning på disse nye endothelceller (Ferrara, et al., 2003) (Azam, et al., 2010). 6

8 Figur 2: Illustration over angiogenesen (Folkman, 2007) Som tidligere nævnt spiller NO også en rolle i angiogenesen. NO udskilles fra cellerne i det hypoksiske væv og VEGF stimulerer yderligere endothelcellerne til syntese af dette stof. VEGF blev tidligere kaldt Vascular Permeability Factor (VPF) på grund af dens stimuli mod at gøre karret mere permeabelt. NO indvirker yderligere på denne funktion blandt andet ved at få karret til at dilatere og nedsætte blodtrykket i det omkringliggende område. Det betyder, at flere små plasmaproteiner kan passere ud gennem blodkarrets væg og ud i vævet. Nogle af disse plasmaproteiner er vigtige komponenter flere steder i processen, som er langt mere kompliceret end her opgjort i hovedtræk (Olsson, et al., 2006). Tumorceller benytter sig af de veje og signalstoffer, som ovenfor beskrevet, der er den normale vej til angiogenese. Men tumorceller kan opregulere syntesen nogle af signalstofferne fx VEGF (Hansen, 2010). Denne massive udskillelse af VEGF har 4 7

9 hovedfunktioner: Anti-apoptose virkning på de nydannede endothelceller Forhindre modning af dendritiske celler, som har en vigtig funktion i immunforsvaret Gøre blodkarrene mere permeable og derved flere plasmaproteiner i den ekstra cellulære matrix, som blandt andet kan bruges til tumor vækst Stimulerer til lymfe-angiogenese, hvor der dannes nye lymfekar og altså mulighed for integrering af lymfekar i tumoren og derved øget risiko for metastasering. Immunhistokemisk teknik Immunhistokemiske teknikker er en række af forskellige parametre, der tilsammen betyder, at mængden af et bestemt antigen i et givent væv kan ses og vurderes i lysmikroskop. Processen kan opdeles i trin, og den valgte oversigt viser den anbefalede vej til de to detektionssystemer vi anvendte, ultraview og EnVision+. Forudsætningen er: Vævsudsnit, der er fikseret i 4% neutral buffet formaldehyd i mindst 12 timer Dehydreret og indstøbt i paraffin Paraffin-snit Varmebehandling Afparaffinering og rehydrering Blokering af naturlig aktivitet Naturligt forekommende peroxidase HRP Blokering af naturlig aktivitet: Peroxidase er naturligt forekommende i granulocytter, monocytter og makrofager og erythrocytter har en virkning, der minder om peroxidases, pseudopeoxidase aktivitet. I formalinfikserede præparater er det hovedsagligt erythrocytterne pseudoaktivitet, der skal blokeres. Men da de valgte detektionssystemer benytter Horse-Radish-Peroxidase (HRP) i 8

10 visualiserings-systemet, skal den naturligt forekommende peroxidase aktivitet blokeres. Hvis ikke blokeringen sker effektivt kan der forekomme uspecifik farvning i de områder, hvor den naturligt forekomne peroxidase befinder sig. Blokeringen sker ved at udsætte vævet for brintperoxid og derved forbruge peroxidasen. Demaskering HIER ph, temperatur og tid Heat Induced Epitope Retrieval (HIER) er som navnet siger en demaskering af epitoper, altså at gøre dem immunaktive igen, ved hjælp af varmebehandling (Nielsen, 2005). Indvirkningen på vævet er følgende: Tværbindinger (methenbroer) mellem proteiner i vævet fjernes. Disse bindinger er opstået i forbindelse med formalinfikseringen, hvor aminosyrer kan reagere med formaldehyd: Figur 3: Methenbro mellem 2 proteiner under formalinfiksering (ICHS) Kationer, især Ca + -ioner, danner komplekse bindinger til epitoperne og derved afskæres de fra at reagere med antistoffet. Ved at bruge et kogemedium tilsat enten Ethylen-Diamin-Tetra-Acetat (EDTA) eller Ethylen-Glycol-Tetra-Acetat (EGTA) udnyttes disse saltes store affinitet for metalioner. Derved bindes Ca + - ionerne og epitoperne fritlægges. Proteindenaturering kan blotlægge maskerede epitoper. 9

11 Primært antistof - monoklonalt Inkubationstid Koncentration Skylleprocedure ph og tid Bindingerne mellem antigen og antistof eller nærmere mellem epitop og paratop baserer sig hovedsagligt på elektrostatiske kræfter, forårsaget af elektrostatisk ladning (Boenisch, 2006). Disse kræfter er meget svage og kræver at epitop og paratop er fysisk meget tæt på hinanden før, der vil dannes et kompleks og at de naturligvis har modsat ladning. Den binding, der opstår kaldes ofte for ionbinding. Boenisch et al lægger stor vægt på ph i forbindelse med styrken på disse ladninger. Hvis ph ligger omtrent midt mellem epitopens og paratopens isoelektriske punkter, vil kræfterne imellem dem være stærkest. Mange proteiner har deres isoelektriske punkt omkring ph = 6-7, positivt ladet under og negativt over (Hallager, et al., 2006). ultra View (Endocan CD34) Multimer / HRP Kromogen: DAB Kobbersulfat Kernefarvning Sekundært antistof, antimus HRP- molekyle Linker, Roche oplyser ikke hvad det består af. Figur 4: Multimer molekyle konjugeret med HRP og sekundært antistof, bruges i detektionssytemet ultraview. Frit tegnet efter (Roche) 10

12 EnVision+ (CD105) Polymer / HRP Kromogen: DAB+ Kobbersulf at Kernefarvn ing Enzym, HRP Dextran polymer Sekundært antistof Figur 5: EnVision+ detektionssystemet: Polymer dextan, carbonhydrat, konjugeret med HRP og sekundært antistof (Wiedorn, et al., 2001) HRP er et enzym, der reducerer brintperoxid til vand og samtidig oxiderer en hydrogendonor (Andersen, et al., 2008): 2 Donor-H + H 2 O 2 2 Donor ox + 2 H 2 O Denne evne udnyttes ved at tilsætte en opløsning af et positivt ladet kromogen (DAB + ) og H 2 O 2 efter inkubationen med det sekundære antistof (Nielsen, 2005). HRP vil oxidere brintperoxid ved at bruge H + fra kromogenet og derved udfældes DAB som et brunt tungtopløseligt stof. Dette vil ske i umiddelbar nærhed af antigen-antistofkomplekset. Det er dette brune farvestof, der kan ses i lysmikroskop. Immunhistokemiske markører Der er rigtigt mange immunhistokemiske markører, der bruges til undersøgelse for angiogenese kan opdeles i følgende kategorier (Duff, et al., 2003) (R&DSystems): En øget mængde markører ved endothel celledeling eller øget aktivitet Fx Endocan 11

13 Opregulering af en markør forårsaget af stress på grund af for lavt iltindhold i væv, hypoxi Fx CD105 Vækstfaktor-receptorer Fx VEGF Udefinerede endothel celle antigener Fx CD34 Proteiner udtrykt på nydannede eller re-modellerede basal membraner Endocan, ESM-1 Endothelial cellespecifik molekyle-1, (ESM-1) også kaldet Endocan er et proteoglykan (Lunginnov). Et proteoglykan er komplekse makromolekyler, der er karakteriseret ved at indeholde en proteinkæde med ofte flere lange kæder af glykosaminoglycan bundet kovalent på. Endocan er påvist at blive opreguleret i voldsom grad ved tilstedeværelse af pro-angiogene molekyler, som fx VEGF eller pro-inflammatoriske molekyler som fx Tumor Nekrose Faktor-ά (TNF-ά) (Sarrazin, 2010). Endocan vil altså være tilstede både i tumorvæv og inflammatorisk væv. Sarrazin et al. har fundet en overekspression af Endocan i tumorvæv fra flere forskellige vævstyper blandt andre mamma, nyrer og lever og at tilstedeværelsen, der betyder en dårligere prognose for patienten. Zho et al. har undersøgt forekomsten af Endocan i colorectal cancervæv (Zou, et al., 2008). Deres konklusion er, at Endocan er rigt udtrykt i normal colonslimhinde og i højt og moderat differentieret colorectalt cancervæv. Men i lavt differentieret cancervæv var det kun svagt udtrykt. Grunden til det høje indhold af Endocan i normal colonslimhinde er ifølge Zou et al. det høje indhold af mikroorganismer i tyktarmen og dens indhold. Mikroorganismerne producerer nogle virulente stoffer, som tiltrækker og aktiverer fx makrofager og monocytter. Aktiveringen består blandt andet i produktion af Interleukin-1 (IL-1), som er et meget vigtigt enzym i den inflammatoriske kaskade. Som tidligere nævnt kan de proinflammatoriske molekyler være årsag til opregulering af Endocan og derfor kan Endocan forefindes i normalt colonslimhinde. 12

14 Figur 6: IHC farvning, Endocan. Venstre: negativt kontrolsnit fra snit nr Højre: Normal væv fra snit nr Tydelig immunreaktion i epitelcellerne. CD105, Endoglin CD105 er et transmembrant glykoprotein, der er udtrykt på angiogenetiske endothel celler i rigelige mængder (Duff, et al., 2003). Det fungerer blandt andet som receptor for vækstfaktor-familien, Transforming Growth Factor (TGF-β). Hvordan og om CD105 er involveret i signalvejen for TGF-β er endnu ikke afklaret. Men at CD105 er en vigtig komponent i receptorkomplekset til TGF-β er der ingen tvivl om. Men dette vil være for komplekst at komme ind på her. Immunhistokemisk har CD105 vist sig, at være stærkt udtrykt på endothel celler i tumor væv. CD105 findes i vaskulære endothelceller, hematopoietiske progenitor celler, fibroblaster, stromal og vaskulær glat muskulatur, makrofager og mesangiale celler. Da CD105 ikke er specifikt på nydannede endothelceller, benyttes der ofte en dobbeltfarvning med fx Caldesmon, som farver glatmuskulatur fx rundt om blodkar. Figur 7: CD105 IHC farvning. Det store kar til venstre er ikke svært at tælle forbi, men de små blodkar til højre havde været lettere med en Caldesmon dobbeltfarvning. 13

15 CD34 CD34 kaldes også myeloidt stamcelle antigen (NordiQC). Det er et stort glycosyleret transmembranprotein med en molekylevægt på 110 kda. Hvilken funktion CD34 egentlig har, er ukendt, men et forslag er, at det har en hæmmende indvirkning på hæmatopoiesen. CD34 findes især i stamceller, megakaryocytter og endothelceller. I endothelcellerne udtrykkes det hovedsagligt på den luminale overflade på hvilende endothelceller (Siemerink, et al., 2012). Ny hollandsk forskning viser, at endotheliale tipcellers filopodia udtrykker CD34, hvilket er nyt i forhold til den hidtidige opfattelse, at CD34 kun udtrykkes i hvilende endothelceller. Filopodia vender væk fra lumen og ind mod hypoksiske væv. Karakteristisk er det, at CD34 kun udtrykkes på endothelceller i små kar, ikke i vener og arterier. Statistik Om forskellen mellem 2 populationers middelværdier er signifikant forskellige, kan afgøres ved hjælp af en t-test, der er en hypotesetest (Bendsen, 2012). Differencerne mellem middelværdierne beregnes og en t-test med én stikprøve benyttes. Signifikantniveau sættes til 5%, det betyder, at hvis differencerne afviger med mere end 5% er der signifikant forskel på populationerne. Opstilling af hypoteser gøres ud fra betragtningen om, at populationerne gerne skulle være ens, derfor sættes den sande værdi til 0: H 0 : µ = 0, hvor µ er middelværdien af differencerne H 1 : µ 0 En forudsætning for at bruge den test er, at stikprøven skal stamme fra en population, der er normalfordelt. Differencer, der udelukkende stammer fra analyseusikkerheder, altså i vores tilfælde, hvordan vi fx har fået placeret tællekammeret, stammer altid fra en normalfordelt population. t-værdien beregnes ud fra følgende formel: hvor x er 0, da dette er den sande værdi for differencer, når min hypotese er opstillet som 14

16 den er. µ o er den beregnede middelværdi af differencerne. (SD/ ) kaldes også SEM, Standard Error of Mean analyseusikkerheden på middelværdien. n er lig antallet af målinger. Hvis den beregnede t-værdi er større end den værdi, der findes i en tabel ved 5% signifikantniveau og det rette antal frihedsgrader, må H 0 forkastes. Der er altså signifikant forskel på de 2 populationer. Materialer 4x50 coloncancer vævssnit, 3µm. Snittene er skåret som 4 nabosnit. Skåret på rotationsmikrotom. 150 Dako Flex glas til immunfarvninger 50 Thermo Scientific Superfrost glas til HE-farvning Lunginnov Anti-Human Endocan antistof (klon-mep08). Monoklonalt IgG2a, kappa Dako CD34 antistof (klon:qbend-10) Kode: M7165. Monoklonalt mus IgG1, kappa Trichem CD 105 antistof (klon: 4G11) Kode: JA01 08/09 Lot nr Monoklonalt mus IgG2a Dako Antibody Diluent, Kode S2022, ph=7,2 (Dako) Reagenser til Ventana BenchMark ULTRA, UltraView detektionssystem til Anti- Human Endocan og CD34 Reagenser til farvning med CD105, EnVision+ (T-EG buffer med EGTA ph=9; 3% H 2 O 2 ; TBS-Tween vaskebuffer; EnVision+ reagenser (Linker/polymer og DAB+); CuSO 4 ; Mayers sure Hæmalun) PAP-pen Varmeskab til varmebehandling af snit Sæbe til afvaskning af glas Tissue Tek Prisma-maskinen til afparaffinering af CD105-snit og dehydrering og påsætning af dækfilm på alle 150 glas 15

17 Olympus mikroskop med tællekammer-okular Pannoramic Viewer Excel 2010 og Analysis toolpack til statistikberegninger Metode Før projektstart Vi udvalgte lidt over 60 blokke med coloncancer fra patienter opereret i 2004, de havde tidligere været brugt, som en del af et ph.d. studie. Vi skar 4 nabosnit á 3µm, for på den måde at sikre størst mulig sammenlignelighed. Det første snit farves på Tissue Tek Prisma umiddelbart efter skæring med en Hæmatoxylin-Eosin farvning (HE), der er en oversigtsfarvning. De andre 3 snit mærkes med rækkefølge straks efter skæring (Endocan - CD34 - CD105). Rækkefølgen på snittene valgte vi ud fra CD34 markøren. Den farver flest strukturer og bruges som en gylden standard til farvning af endothelceller. Derfor valgte vi at bruge det midterste af de 3 snit, til CD34. Indtil farvningen nedfryses disse ca. 180 snit til -20 C, individuelt indpakket i stanniol. Ved optøning forbliver snittene indpakkede indtil alle har nået stuetemperatur, dette for at undgå kondensdannelse. På glassene til immunfarvning blev der påsat kontrolsnit fra en blok vi selv fremstillede. Den bestod af 2 udstansninger, én med tumorvæv fra colon, med angiogenese, og én med normalvæv fra colon, uden angiogenese. Før udstansningerne farvede vi snit fra de oprindelige blokke med Endocan og CD34 og fandt de bedst egnede områder til udstansning, altså et område med mange positive celler og et område uden positive celler. Vi havde desværre ikke CD105 til rådighed på det tidspunkt. Men da vi senere farvede med CD105, viste det sig, at den var positiv i det samme område som de 2 andre farvninger. Vi sikrede os, at der var endothelceller hele vejen igennem kontrolblokken ved at farve et af de sidste snit inden vi satte colonvæv på glassene. Vi vurderede de farvede HE-snit for at frasortere de blokke, hvor overgangen mellem cancervæv og normalvæv var svær at skelne eller ikke-eksisterende. Numre på disse 16

18 blokke blev noteret og så kunne immunfarvningssnittene tages fra inden farvning. Efter denne sortering endte vi på 50 blokke. Som Modul13 projekt validerede vi Anti-Human Endocan MEP08 på Ventana BenchMark ULTRA. CD34 er valideret på samme maskine, som en rutinefarvning. Begge farvninger bruger detektionssystemet UltraView. CD105 skal farves i hånden med detektionssystemet EnVision+. Den multiblok vi brugte i vores validering af Endocan afprøvede vi også på farvninger med CD34 og CD105. Dette som en sammenligning af farvningerne og for at lære disse farvningerne at kende. Vi farvede også snit fra en vilkårlig blok med alle 3 farvninger til dette formål. Efter projektstart d Immunfarvninger Farvning af alle 3x50 snit med Endocan, CD34 og CD105. De 2 førstnævnte på Ventana BenchMark ULTRA og sidstnævnte som håndfarvning, protokoller se bilag 2-4. Vi vurderede alle færdigt farvede snit med henblik på: Kvalitet af snit, fx artefakter Kvalitet af farvningen, fx store farveudfældninger Kontrolsnit, var endothelcellerne farvet i de områder, hvor vi vidste de skulle være, fra de tidligere farvninger, eller var der andre celler der var farvet eller var der slet ingen farve? Var kontrolsnittet fra det normale væv farvet mere end der, hvor det var forventet? Optælling i mikroskop Jeg opmålte tællekammeret i 2 dimensioner ved 200xforstørrelse ved hjælp af et micrometer grid, der er et objektglas med en målestreg på. Professor Flemming Brandt Sørensen, underviste os i teknikkerne for optælling i mikroskop med tællekammerokular: 1. Morfologisk overblik ved hjælp af HE-snit, find overgangen mellem cancervæv og normalvæv (grænsezonen) ved 40xforstørrelse 2. Immunfarvet snit: finde hotspots ud fra erfaringen fra HE-snittet på 40xforstørrelse. Ved 100xforstørrelse rettes objektbordet ind, så flest 17

19 mulige endothelceller er med i tællekammeret. Derefter til 200xforstørrrelse og her må objektbordet ikke flyttes. Antal kar blev talt og noteret. 3. Hotspots skulle ligge +/- 1 mm fra skellet mellem normalvæv og tumorvæv. 4. Hvis ikke der var hotspots i præparatet, udvalgte vi 3 forskellige steder i grænsezonen, og proceduren fra punkt 1 og 2 blev fulgt. 5. Snittene fra samme præparat måtte ikke mikroskoperes efter hinanden. 6. Vi skulle tælle blodkarrene uafhængigt af hinanden og først til sidst sammenligne resultaterne. 7. Samme mikroskop og okular. Vores regler for tællingen af antal blodkar var følgende: Hvis vi var i tvivl om antallet af kar, talte vi kun ét. I mange tilfælde var det svært at vurdere, om endothelcellerne rørte hinanden eller om der var afstand mellem dem, det var i disse tvivlstilfælde vi brugte denne regel. De kar der krydsede den øvre kant i tællekammeret, talte vi med De kar der krydsede den højre kant, talte vi med. Hvis karret igen krydsede forlængelsen af enten højre eller øvre kant, talte vi det ikke med. Figur 8: CD105 farvning med indtegnet tællekammer. De stiplede linier markerer, de "åbne" linier, altså der, hvor kar måtte krydse og stadig tælles med. 18

20 Både Anette og jeg talte på alle knap 150 snit og vores tidsforbrug var minutter pr. snit. Vi mikroskoperede højst 4 timer på en dag, for ikke at koncentrationen skulle svigte undervejs. Derudover valgte vi at mikroskoperede 20 snit 2 gange til sammenligning af egen reproducerbarhed. Vi noterede datoerne ned for hvornår vi mikroskoperede de enkelte snit. Statistiske beregninger Jeg har valgt at lave en t-test på én stikprøve til at kontrollere om der er signifikant forskel på Anettes og mine optællingsresultater. Beregning af t-værdien vælger jeg at gøre ud fra differencerne, jeg kunne også vælge at opstille en parret t-test, hvor Analysis Toolpack (tilføjelsesprogram til Excel) fodres med vores MVD-værdier. Resultatet bliver det samme. Jeg har valgt at lave 4 forskellige grafiske afbildninger, der siger noget forskelligt om vores optællinger: 1. En grafisk sammenligning af vores beregnede MVD. Laves ved at sætte mine MVD-værdier i forhold til Anettes tilsvarende værdier. Værdierne på x-aksen burde i denne slags plot være en uafhængig variabel, altså sande værdier (Bendsen, 2012). Sådanne værdier findes ikke i vores forsøg, så resultatet vil kun være et estimat af den sande værdi. I plottene har jeg, ved hjælp af en funktion i Excel, indsat en tendenslinie, der laves som bedste rette linie ud fra middelværdier for hvert snit. Korrelationskoefficienten (R 2 ) beregnes ud fra tendenslinien og den koefficient siger noget om sammenhængen mellem de 2 tal-serier. Jo tættere den koefficient er på 1 jo større sammenhæng er der mellem serierne. Ved at omregne R 2 til procent fås den procentsats af variationen mellem værdierne, der svarer til biologisk variation, altså variationen mellem snittene. Den resterende del af variationen svarer til analyseusikkerheden af vores tællinger. 2. Histogrammer for differencerne mellem Anettes og mine målinger. Dels for grafisk at kunne vurdere forholdet mellem positive og negative differencer, da alle beregninger er foretaget ved at trække Anettes tal fra mine. Samtidig giver histogrammerne også overblik over, hvordan fordelingen af differencerne er i givne 19

21 intervaller. Angiogenese i coloncancer Herudfra kan normalfordelingsforholdene også ses, som den klokkeformede kurve. 3. Differensplot. Her sættes differencen som funktion af middelværdien for at kunne vurdere om antal kar/mm 2 har betydning for størrelsen af differencen. 4. Den procentvise afvigelse sat i forhold til middelværdien af differencerne. Jeg har udført følgende beregning: %-vis afvigelse = * 100% Resultater Immunfarvninger Efter vores gennemgang af alle snittene efter immunfarvningen måtte vi tage nogle få snit fra. Især var der nogle CD105-snit, der var blevet skadet under farvningen, vi endte op med 47 snit af Endocan og CD34 og 45 snit af CD105. Figur 7-9 er eksempler på farvningerne: Figur 9: IHC farvning Endocan. Pilene markerer eksempler på endothelceller/blodkar. 20

22 Figur 10: IHC farvning, CD105. Pilene markerer nogle eksempler på endothelceller/kar. Lidt uskarpe i kanterne og hvis de lå tættere kunne det give problemer med at skelne antallet. Figur 11: IHC farvning CD34. Pilene markerer nogle eksempler på endothelceller/blodkar. Vanskelig at skelne hvor, der er én eller to celler. Fnuller i kanterne. 21

23 Optællinger Opmåling af tællekammeret gav følgende resultat: 0,21mm x 0,325mm = 0,06825 mm 2 Dette resultat bruger jeg til beregning af MVD, kar/mm 2 som er den værdi, jeg vil lave mine beregninger ud fra. Eks på beregning: Blok nr farvet med Endocan havde jeg talt følgende: 2,3,2 middelværdi =2,33 kar MVD ved 1 mm 2 = 2,33 kar/0,06825 mm 2 = 34,19 kar/mm 2 Tabel 1-4 viser MVD resultaterne og de beregnede differencer for hver af de 3 farvninger og mit eget forsøg med 20 Endocan snit. Jeg har for hver af de 3 farvninger beregnet differencen ved at trække Anettes resultater fra mine. Endocan: Blok nr. MVD kar/mm 2 Tina MVD kar/mm 2 Anette Difference Blok nr. MVD kar/mm 2 Tina MVD kar/mm 2 Anette Difference ,19 107,45-73, ,22 97,68 19, ,49 107,45-43, ,72 126,98-73, ,26 68,38 4, ,33 78,14 34, ,72 102,56-48, ,72 58,61-4, ,30 53,72-24, ,26 175,82-102, ,45 234,43-126, ,14 131,87-53, ,33 102,56 9, ,56 141,64-39, ,80 131,87-39, ,84 73,26-24, ,88 244,20 97, ,64 180,71-39, ,24 385,84-185, ,38 190,48-122, ,94 185,59-14, ,37 307,69 97, ,71 385,84-205, ,26 92,80-19, ,10 117,22 4, ,10 87,91 34, ,33 117,22-4, ,68 185,59-87, ,14 166,06-87, ,61 92,80-34, ,30 24,42 4, ,43 278,39-43, ,46 156,29 161, ,91 122,10-34, ,03 122,10-39, ,26 97,68-24, ,26 92,80-19, ,42 39,07-14, ,48 190,48 0, ,61 63,49-4, ,62 141,64 126, ,74 263,74 0, ,30 117,22-87, ,55 249,08-19, ,06 166,06 0, ,19 97,68-63, ,38 92,80-24,42 Tabel 1: Beregnet MVD/mm2 ud fra optællingerne og disses middelværdi på Endocan-snit 22

24 CD105: Blok nr. MVD kar/mm 2 Tina MVD kar/mm 2 Anette Difference Blok nr. MVD kar/mm 2 Tina MVD kar/mm 2 Anette Difference ,87 87,91-43, ,29 112,33-43, ,33 78,14-34, ,68 102,56 4, ,72 63,49 9, ,07 87,91 48, ,94 87,91-83, ,10 87,91-34, ,22 122,10 4, ,68 58,61-39, ,98 112,33-14, ,52 92,80-53, ,07 53,72 14, ,64 214,90 73, ,26 68,38-4, ,69 229,55-78, ,49 73,26 9, ,07 112,33 73, ,26 43,96-29, ,82 210,01 34, ,45 117,22 9, ,91 83,03-4, ,26 19,54-53, ,72 43,96-9, ,14 78,14 0, ,58 224,66-87, ,56 39,07-63, ,49 87,91 24, ,82 102,56-73, ,36 136,75-58, ,72 102,56 48, ,48 122,10-68, ,26 58,61-14, ,68 87,91-9, ,82 87,91-87, ,38 68,38 0, ,75 92,80-43, ,56 102,56 0, ,91 78,14-9, ,49 53,72-9, ,98 87,91-39, ,68 78,14-19, ,26 112,33 39, ,72 97,68 43, ,68 126,98 29,30 Tabel 2: Beregnet MVD/mm2 ud fra optællingerne og disses middelværdi på CD105-snit 23

25 CD34: Blok nr. MVD kar/mm 2 Tina MVD kar/mm 2 Anette Difference Blok nr. MVD kar/mm 2 Tina MVD kar/mm 2 Anette Difference ,90 268,62 53, ,82 185,59 9, ,85 332,11 73, ,00 234,43-102, ,08 307,69-278, ,40 229,55 78, ,66 190,48-34, ,71 234,43 53, ,74 239,32-24, ,92 380,95 83, ,29 234,43 78, ,17 200,24 39, ,23 341,88 14, ,04 244,20-48, ,29 214,90 58, ,24 175,82-24, ,13 185,59-19, ,11 385,84 53, ,87 224,66 92, ,24 253,97 53, ,11 219,78-112, ,46 249,08-68, ,24 263,74 63, ,08 219,78-29, ,74 224,66-39, ,29 293,04 136, ,71 185,59 4, ,11 493,28 161, ,32 175,82-63, ,08 293,04 43, ,55 268,62 39, ,42 219,78-141, ,78 234,43 14, ,01 229,55 19, ,69 346,76 39, ,33 253,97 141, ,88 253,97-87, ,92 219,78-78, ,29 283,27 126, ,75 312,58 175, ,50 239,32-34, ,40 205,13 53, ,20 175,82-68, ,40 312,58 161, ,52 180,71 34, ,45 214,90 107, ,71 268,62 87,91 Tabel 3: Beregnet MVD/mm 2 ud fra optællingerne og disses middelværdi på CD34-snit 24

26 Endocan, dobbeltbestemmelse: Blok nr. MVD kar/mm 2 Endocan Tina (27. marts) MVD kar/mm 2 Endocan Tina (18.april) Tabel 4:Beregnet MVD/mm2 ud fra 2x3 optællinger på 20 Endocan-snit Difference ,72 53,72 0, ,26 131,87-58, ,14 97,68-19, ,56 58,61 43, ,84 73,26-24, ,64 136,75 4, ,38 58,61 9, ,71 263,74-83, ,10 136,75-14, ,33 112,33 0, ,14 107,45-29, ,30 73,26-43, ,46 156,29 161, ,03 146,52-63, ,26 58,61 14, ,48 97,68 92, ,62 234,43 34, ,30 43,96-14, ,06 146,52 19, ,38 107,45-39,07 25

27 Statistiske beregninger Intraobservant sammenligning Jeg har valgt at lave et scoringssystem til sammenligning af mine MVD middelværdier, for på den måde, at vurdere om farvningerne viser samme tendens for hvert enkelt snit: Blok nr. Endocan MVD Kar/mm 2 CD105 MVD Kar/mm 2 CD34 MVD Kar/mm 2 Scoringssystem 0,1, ,19 214, ,49 156,29 258, ,26 97,68 586, ,72 53,72 224, ,30 170,94 263, ,45 117,22 156, ,33 126,98 327, ,80 146,52 156, ,88 141, ,24 307,69 332, ,94 39,07 200, ,37 175,82 317, ,26 87,91 249, ,10 53,72 156, ,68 312,58 332, ,61 63,49 249, ,43 195,36 361, ,91 190,48 210, ,26 97,68 112, ,42 68,38 297, ,61 102,56 136, ,74 63,49 151, ,55 97,68 151, ,19 53,72 107, ,22 131,87 175, ,72 112,33 337, ,33 151, ,72 39,07 180, ,26 122,10 297, ,14 97,68 161, ,56 293, ,84 39,07 200, ,64 73,26 205, ,38 63,49 131, ,26 332, ,71 107,45 200, ,10 73,26 263,

28 ,33 78,14 180, ,14 102,56 239, ,30 175,82 229, ,46 53,72 219, ,03 73,26 307, ,26 175,82 341, ,48 136,75 156, ,62 87,91 273, ,30 126,98 244, ,06 73,26 146, ,38 97,68 180,71 1 Tabel 5: : Sammenligning af MVD middelværdier for de 3 farvninger. Kun mine egne tællinger er med i tabellen. 0: ingen overensstemmelse mellem resultaterne. 1: lidt overensstemmelse. 2: acceptabel overensstemmelse. t-test Endocan-værdier: Middelværdi af differencerne -26,29 kar/mm 2 Spredning, SD 67,44 SEM 9,837 Beregnet t-værdi 2,673 t-tabel, 46 frihedsgrader 2,013 CD105-værdier: Middelværdi af differencerne -14,33 kar/mm 2 Spredning, SD 42,08 SEM 6,273 Beregnet t-værdi 2,284 t-tabel, 44 frihedsgrader 2,015 CD105-værdier, hvis de 2 højeste differencer fratages: Middelværdi af differencerne -10,90 kar/mm 2 Spredning, SD 39,82 SEM 6,072 Beregnet t-værdi 1,796 t-tabel, 42 frihedsgrader 2,011 27

29 Tina MVD kar/mm Angiogenese i coloncancer CD34-værdier: Middelværdi af differencerne -19,12 kar/mm 2 Spredning, SD 88,47 SEM 12,90 Beregnet t-værdi 1,482 t-tabel, 46 frihedsgrader 2,013 Endocan, dobbeltbestemmelse: Middelværdi af differencerne -0,49 kar/mm 2 Spredning, SD 55,481 SEM 12,406 Beregnet t-værdi 0,039 t-tabel, 19 frihedsgrader 2,093 MVD sammenligningsplot Endocan interobservans Anette MVD kar/mm y = 0,7431x + 11,137 R² = 0,4744 Figur 12: Sammenligning af MVD-værdierne for 2 observatører 28

30 Tina MVD kar/mm Tina MVD Angiogenese i coloncancer CD105 interobservans y = 0,9544x + 18,778 R² = 0, Anette MVD Figur 13: Sammenligning af MVD-værdierne for 2 observatører CD34 Interobservans y = 0,4846x + 111,39 R² = 0, Anette MVD kar/mm Figur 14: Sammenligning af MVD-værdierne for 2 observatører 29

31 Antal differencer Antal differencer Angiogenese i coloncancer Histogrammer Histogram, Endocan ] ] ] ] ] ] ]0-30] ]-30-0] Interval ]30-60] ]60-90] ]90-120] ] ] Figur 15: Fordeling af differencer ved Endocan optællingerne Fordeling, Endocan: 20 ud af 47 målinger ligger i området 0 ± 30 kar/mm 2 = 42,6 % 10 ud af 47 målinger ligger i området 0 ± 10 kar/mm 2 = 21,3 % Ved 8 ud af 47 målinger er differencen > 90 kar/mm 2 = 17,0 % Histogram, CD ]90-120] ]60-90] ]30-60] ]0-30] ]-30-0] ] ] ] ] ] ] Interval Figur 16: Fordeling af differencer ved CD105 optællingerne Fordeling, CD105: 21 ud af 45 målinger ligger i området 0 ± 30 kar/mm 2 = 46,7 % 14 ud af 45 målinger ligger i området 0 ± 10 kar/mm 2 = 31,1 % Ingen værdier er > 90 kar/mm 2 30

32 Antal differencer Angiogenese i coloncancer Histogram, CD ] ] ]90-120] ]60-90] ]30-60] ]0-30] ]-30-0] ] ] ] ] ] ] ] ] Interval Figur 17: Fordeling af differencer ved CD34 optællingerne Fordeling, CD34: 9 ud af 47 målinger ligger i området 0 ± 30 kar/mm 2 = 19,1 % 2 ud af 47 målinger ligger i området 0 ± 10 kar/mm 2 = 4,3 % Ved 12 ud af 47 målinger er differencen > 90 kar/mm 2 = 25,6 % Histogram, Endocan dobbeltbestemmelse Antal differencer ] ] ] ] ] ] ]-30-0] ]0-30] ]30-60] ]60-90] ]90-120] ] ] Interval Figur 18: Fordeling af differencer ved Endocan dobbelt-tællingerne Fordeling, Endocan dobbeltbestemmelse: 9 ud af 20 målinger ligger i området 0 ± 20 kar/mm 2 = 45,0 % 4 ud af 20 målinger ligger i området 0 ± 10 kar/mm 2 = 20,0 % Ved 2 ud af 20 målinger ligger differencen > 90 kar/mm 2 = 10,0 % 31

33 Difference kar/mm2 Angiogenese i coloncancer Differensplot 200 Difference kar/mm Endocan -250 Middelværdi af A+T's middelværdier kar/mm 2 Figur 19: Differensplot for Endocan 150 CD Difference kar/mm Middelværdi af A+T's middelværdier kar/mm 2 Figur 20: Differensplot for CD CD Middelværdi af A+T's middelværdier kar/mm2 Figur 21: Differensplot for CD34 32

34 %-afvigelse %-afvigelse Angiogenese i coloncancer 200 Differensplot, dobbeltbestemmelse Differencer kar/mm , ,00 100,00 150,00 200,00 250,00 300, Middelværdien af middelværdier for de 2 tællinger Figur 22: Differensplot over de 2x20 Endocan snit. Talt uafhængigt af hinanden Procentvise afvigelser Endocan Middelværdi af Anette +Tinas middelværdier Figur 23: Procentvise afvigelser som funktion af middelværdien for Endocan optællingerne CD Middelværdi af Anette + Tinas middelværdier Figur 24: Procentvise afvigelser som funktion af middelværdien for CD105 optællingerne 33

35 %-vise afvigelser %-afvigelse Angiogenese i coloncancer CD Middelværdi af Anette + Tinas middelværdier Figur 25: Procentvise afvigelser som funktion af middelværdien for CD34 optællingerne %-afvigelse, dobbeltbestemmelse Middelværdi af middelværdierne fra de 2 datoer Figur 26: Procentvise afvigelser i det intraobservante forsøg, hvor 20 snit blev mikroskoperet og talt 2 gange uafhængigt af hinanden Diskussion Patologisk histologi er på mange måder et speciale med mange subjektive vurderinger, udfaldet afhænger af øjnene, der ser. De små detaljer i vævet kan let opfattes forskelligt afhængigt af hvilken person, der studerer det. Erfaring indenfor området, både med hensyn til vævstype og den specifikke farvning har meget stor betydning. Hverken Anette eller jeg var i besiddelse af nogen erfaring, hverken med hensyn til colonvæv eller nogle af de 3 immunfarvninger. Dette kommer også til udtryk i vores resultater. Kun ved én af de tre farvninger er der ikke umiddelbart signifikant forskel på vores differencer. Men mere om statistikken senere. Vermeulen et al. har, for år tilbage, opstillet et forsøg, hvor observatørernes ekspertise blev 34

36 sat i forhold til hinanden (Vermeulen, et al., 1997). 3 erfarne og 1 uerfaren observatør talte kar i hotspots på 38 præparater ved x200 forstørrelse. Forsøget var sat op på den måde, at hotspots var udvalgt på forhånd og fotograferet og så skulle de 4 observatører bagefter tælle karrene. På den måde er det kun de tælletekniske differencer, der observeres. Den uerfarne observatør klarer sig rimeligt og derfor konkluderes det, at det ikke er i det tælletekniske vanskelighederne er, men derimod i det at finde og udvælge hotspots. I samme undersøgelse sættes fokus på, hvilken indflydelse tællekammerets størrelse har på korrektheden. Alle de studier de henviser til har et tællekammer, der er større end vores, de fleste er endda væsentligt større. Ifølge Flemming Brandt Sørensen skyldes det, at man tidligere ofte talte i hele synsfeltet, fremfor i et markeret tællekammer. Tællerammen blev indført for at gøre tællingen nemmere og mere overskuelig. Vermeulen et al. konkluderer i deres forsøg, at et tællekammer på under 0,61 mm 2 er for lille og vil betyde tab af vigtig information. Da vores tællekammer kun er en tiendedel af dette, kan det ikke andet end give stof til eftertanke, hvor stor en del af analyseusikkerheden, der skyldes størrelsen på tællekammeret. Immunfarvninger Da vores kliniske periode af Modul 13 også foregik på KPA i Vejle havde vi mulighed for at forberede en del til dette projekt. Det betød for eksempel, at vi havde tid til at fremstille vores egen kontrolklods. Vi ville gerne have haft væv med fra flere patienter, men i den periode, var der ikke meget coloncancervæv til rådighed. Derfor måtte vi nøjes med en enkelt patient. Vi valgte at lave vores negative kontrol fra samme patient, bare fra noget ikke-patologisk colonvæv. Vi kunne også have valgt noget tumorvæv uden angiogenese eller en helt anden type væv. Vi havde den negative kontrol med for at kontrollere om den epiteliale farvning var for fremherskende. Endocan er i et forsøg af Zhang et al og Zou et al. fundet at være udtrykt i ikke-patogene epitelceller i mavetarmkanalen (Zhang, et al., 2011) (Zou, et al., 2008). Der var ikke tale om den samme antistofklon, som i vores forsøg og protokollen var på nogle punkter anderledes end vores. Men tendensen til at farve noget i epitelcellerne, var også noget vi observerede i vores validering af Endocan i Modul13, og som figur 6 også viser. Den positive kontrol kunne have været udvidet med flere typer væv, fx ulcusvæv, hvor angiogenesen må formodes at være fremtrædende. På den måde havde vi fået en mere sikker kontrol, især fordi den skulle bruges til 3 forskellige farvninger. Men af tidsmæssige årsager valgte vi løsningen med colonvæv alene. Hvis vi skulle lave udstandsninger i 35

37 gamle patientblokke, ville det kræve forskellige tilladelser og et stort forarbejde med at finde frem til et godt snit. Vigtigt for en positiv kontrol er også at have væv med, hvor ekspressionen i vævet er sparsom, da man så må formode, at hvis de celler er farvet, vil langt de fleste celler i vævet også være det (Ventana). Der er rigtigt mange parametre i dette forsøg, hvor kvaliteten kan forskydes i enten positiv eller negativ retning. Jeg vil her forsøge at komme ind på nogle af de vigtigste: Præanalytisk: Skæring Vævet i colon er ofte fedtrigt, hvilket besværer skæringen, da det adipøse væv krakelerer, når det kommer i forbindelse med det ca. 40 C varme vand på rotationsmikrotomen. Men dette kunne til dels løses ved at skære manuelt, altså ved at undlade at lade maskinen skære. Det betød så desværre, at noget af nøjagtigheden på snittykkelsen forsvandt, idet manuel skæring ikke sker med samme kraft hele vejen igennem snittet og derfor ikke samme tykkelse. Hvis nogle snit har været 1-2 µm tykkere end andre i samme serie, vil der være flere celler i det tykke snit og derved flere, der er farvet. Dette er en fejlkilde, der er rigtig svær at undgå, men alligevel en fejlkilde. Hvor stor betydning, det har haft i vores forsøg er umuligt at sige, men vores manglende erfaring med at skære, vil jo være en indvirkende faktor. Til gengæld har vi talt på de samme snit, så tælleteknisk har det ikke stor indflydelse. Analytisk: Håndfarvning af CD105 Manuel farvning vil altid medføre en større risiko for fejl end maskinel farvning. Dermed ikke sagt at maskinel farvning nødvendigvis er bedre end håndfarvning, men risikoen for usystematiske fejl er størst ved håndfarvning. Flere af vores reagenserne fremstillede vi lige inden brug og her vil der altid være risiko for fejlopmåling/vejning og regnefejl. Ved at bruge kontrolsnit vil de fleste fejl kunne opdages. Et andet meget vigtigt parameter ved immunfarvning er udtørring (Nielsen, 2005). Snittene må ikke udtørre efter HIER, da udtørring kan føre til uspecifik farvning og en højere grad af baggrundsfarvning. Vi brugte fugtkamre og var meget 36

38 omhyggelige med at dryppe reagenserne på hele snittet. Vi så heller ingen artefakter, der kunne minde om fejl af denne type. Farvning på Ventana Benchmark ULTRA Vi kunne disponere frit over én immunfarvemaskine i 1½ døgn og der farvede vi de 2x50 snit. Det betød, at vi kunne farve 30 af samme serie ad gangen og altså mindske analytiske fejlkilder betydeligt. Der var ingen skift af reagenser undervejs, så alle havde samme lot-nummer ved alle farvninger. Vi observerede ingen uregelmæssigheder under kørslerne og har derfor ingen grund til at tro, at der skulle være sket noget uforudset undervejs. Efterfølgende vurdering af snittene gav heller ikke grund til at tro det. Forskellen på de 2 detektionssystemer er måden HRP er bundet til det sekundære antistof. Roche, Ventana sætter de 2 metoder op mod hinanden og ikke overraskende postulerer de, at deres eget alternativ med multimer er mest sensitiv (Roche). Polymer har en tendens til at binde sig til sig selv og dermed begrænse funktionaliteten og sensitiviteten. Ved at kigge på de intra-observante optællinger har jeg ikke kunnet finde nogen forskel, der giver grund til at tro, at CD105 skulle være farvet mindre sensitivt. Jeg har optalt de tilfælde hvor en af farvningernes MVD er væsentligt mindre end de andre: CD105 ligger i 8 tilfælde væsentligt lavere end Endocan og CD34 Endocan ligger i 10 tilfælde væsentligt lavere end CD105 og CD34 Grunden til, at denne forskel i så mange tilfælde er så stor, er svær at finde. Men en grund er jo nok de utrænede øjne, der talte. Ved CD105 og Endocan, bestod hotspots i mange tilfælde ikke af ret mange endothelceller og derfor kan selv en lille tællefejl have store konsekvenser. En anden parameter er tællekammerets placering. Vi valgte altid at sætte det horisontalt, men hvis vi havde placeret det skråt eller vertikalt, havde vi i mange tilfælde øget antallet af endothelceller i tællekammeret. 37

39 15 10 Figur 27: IHC farvning af CD34. Forsøg med at placere 2 tællerammer vilkårligt og antallet af kar er noteret i rammen. Men også intra-observant har placeringen af tællekammeret betydning. Hvis ikke koncentrationen er i top, når kammeret indstilles ved 100x forstørrelse, kan det betyde af måske 2-3 endothelceller ikke ligger indenfor rammen, ved 200x, og derfor ikke skal tælles med. Hvis de andre snit med samme nummer, er talt med friske øjne, kan differencen blive udtalt. Ud fra min intra-observante bedømmelse fik jeg følgende resultater: 0 - ingen overensstemmelse mellem resultaterne: 8 snit 1 - lidt overensstemmelse mellem resultaterne: 23 snit 2 - acceptabel overensstemmelse mellem resultaterne: 12 snit Kun 2 ud af 3 farvninger, bedømmes ikke: 5 snit Kun ved en fjerdedel af snittene (12/48) finder jeg, at der er acceptabel overensstemmelse mellem mine resultater. Min vurdering har taget udgangspunkt i, at alle 3 farvningers MVD enten skulle ligge ret højt eller ret lavt og samtidig i nærheden af samme værdi. Da CD34 farver flere celler, ligger den også generelt en del højere end de andre 2. Bedømmelsen har altså været ud fra en vurdering af tendenserne. Når jeg har kigget på 38

40 rådata (bilag 1) for de 12 snit, er der, for de fleste af dem, noget der minder om et system, i hotspots. Enten er der ét eller to hotspot, der ved alle 3 farvninger er en del større end de andre. Eller også er de 3 hotspots omtrent lige store, gælder for 2 eller 3 af 12 snit. For kun ét snit (nr ) er de 3x3 tællinger meget ens og her er alle tællinger under 10 kar i tællekammeret. Det betyder, at alle hotspots har været overskuelige og sandsynligvis lette at tælle. Altså også et præparat med begrænset angiogenese. Statistik Ved de grafiske afbildninger histogram og differensplot er det tydeligt, at mine optællinger i de fleste tilfælde er mindre end Anettes. Hvad dette skyldes ved jeg ikke. Vi har brugt samme mikroskop, samme okular, samme tælleregler. Vi talte på nogle snit, sammen med Flemming Brandt Sørensen, inden vi begyndte for at øve os i teknikken og for at se om vi kunne ramme samme antal og det gik rimeligt. Men igen må tællerammen og indstilling af den stå for skud, måske satte jeg den generelt lavere eller højere end Anette og når vi så øgede forstørrelsen, betød det så dette udsving. Den ene af os, kan også have haft en tendens til at søge længere ind i cancervævet for at finde hotspots, men det ville næppe have haft så stor betydning. Figur 28: Endocan. Acceptabelt at sætte tællekammeret, dette stykke inde i tumorvævet Endocan t-testen for Endocan optællingerne viser, at den beregnede t-værdi er højere end tabel- 39

3.600 kg og den gennemsnitlige fødselsvægt kg i stikprøven.

3.600 kg og den gennemsnitlige fødselsvægt kg i stikprøven. PhD-kursus i Basal Biostatistik, efterår 2006 Dag 1, onsdag den 6. september 2006 Eksempel: Sammenhæng mellem moderens alder og fødselsvægt I dag: Introduktion til statistik gennem analyse af en stikprøve

Læs mere

EnVision G/2 dobbeltfarvning med antistofferne CD31 og DBA44.

EnVision G/2 dobbeltfarvning med antistofferne CD31 og DBA44. EnVision G/2 dobbeltfarvning med antistofferne CD31 og DBA44. Bachelorprojekt Projektperiode: November 2008 januar 2009 Forfatter: Winni Pedersen CPR nr. 230362 Bivejleder: Lone Bojesen, Herlev patologi

Læs mere

EnVision FLEX, High ph, (Dako Autostainer/Autostainer Plus)

EnVision FLEX, High ph, (Dako Autostainer/Autostainer Plus) EnVision FLEX, High ph, (Dako Autostainer/Autostainer Plus) Kode K8010 5. udgave Sættet indeholder reagenser til 400 600 analyser. Til Dako Autostainer/Autostainer Plus. Valgfri reagenser: Kode Produktnavn

Læs mere

IHC påvisning af CD3 og F4/80 antigen i CIA musepotevæv

IHC påvisning af CD3 og F4/80 antigen i CIA musepotevæv IHC påvisning af CD3 og F4/80 antigen i CIA musepotevæv Bachelorprojekt af Mikkel Malik Høegh Nygaard Nielsen Kilde Billede fra laboratoriet på Novo Nordisk Bioanalytikeruddannelsen CVU Øresund Nordisk

Læs mere

Konfidensintervaller og Hypotesetest

Konfidensintervaller og Hypotesetest Konfidensintervaller og Hypotesetest Konfidensinterval for andele χ -fordelingen og konfidensinterval for variansen Hypoteseteori Hypotesetest af middelværdi, varians og andele Repetition fra sidst: Konfidensintervaller

Læs mere

Gennemsnit og normalfordeling illustreret med terningkast, simulering og SLUMP()

Gennemsnit og normalfordeling illustreret med terningkast, simulering og SLUMP() Gennemsnit og normalfordeling illustreret med terningkast, simulering og SLUMP() John Andersen, Læreruddannelsen i Aarhus, VIA Et kast med 10 terninger gav følgende udfald Fig. 1 Result of rolling 10 dices

Læs mere

Dako REAL EnVision Detection System, Peroxidase/DAB+, Rabbit/Mouse

Dako REAL EnVision Detection System, Peroxidase/DAB+, Rabbit/Mouse Dako REAL EnVision Detection System, Peroxidase/DAB+, Rabbit/Mouse Kode K5007 3. udgave Til brug sammen med automatiske Dako instrumenter til immunfarvning. Sættet indeholder reagenser til 500 analyser.

Læs mere

Herlev og Gentofte Hospital. The influence of different fixatives and preparation methods on morphology, immunohistochemistry and molecular analyses

Herlev og Gentofte Hospital. The influence of different fixatives and preparation methods on morphology, immunohistochemistry and molecular analyses Herlev og Gentofte Hospital The influence of different fixatives and preparation methods on morphology, immunohistochemistry and molecular analyses Problem Rutinemæssigt bruges 10% neutralbuffet formalin

Læs mere

Hypotesetest. Altså vores formodning eller påstand om tingens tilstand. Alternativ hypotese (hvis vores påstand er forkert) H a : 0

Hypotesetest. Altså vores formodning eller påstand om tingens tilstand. Alternativ hypotese (hvis vores påstand er forkert) H a : 0 Hypotesetest Hypotesetest generelt Ingredienserne i en hypotesetest: Statistisk model, f.eks. X 1,,X n uafhængige fra bestemt fordeling. Parameter med estimat. Nulhypotese, f.eks. at antager en bestemt

Læs mere

Tissue micro array en udfordring. Molekylærenheden Patologiafdelingen Herlev Hospital Danmark

Tissue micro array en udfordring. Molekylærenheden Patologiafdelingen Herlev Hospital Danmark Tissue micro array en udfordring Molekylærenheden Patologiafdelingen Herlev Hospital Danmark Kræft og kræftrelateret behandling UDFORDRING: Flere tilbud til medicinsk behandling Individuel behandling Antallet

Læs mere

Citat Det synes altid umuligt, indtil det er gjort. Professionsbachelorprojekt

Citat Det synes altid umuligt, indtil det er gjort. Professionsbachelorprojekt 1 Citat Det synes altid umuligt, indtil det er gjort. NELSON MANDELA Professionsbachelorprojekt Titel : Gordon and Sweets overfor CD271 ved farvning af retikulære fibre Engelsk : Staining for reticular

Læs mere

Dako REAL Detection System, Peroxidase/DAB+, Rabbit/Mouse

Dako REAL Detection System, Peroxidase/DAB+, Rabbit/Mouse Dako REAL Detection System, Peroxidase/DAB+, Rabbit/Mouse Kode K5001 6. udgave Til brug sammen med automatiske Dako instrumenter til immunfarvning. Sættet indeholder reagenser til 500 analyser. (129655-001)

Læs mere

9. Angiogenese. Dannelse af nye blodkar

9. Angiogenese. Dannelse af nye blodkar 9. Angiogenese Dannelse af nye blodkar Dette kapitel fortæller om, blodkarrene, som er livlinen for cellerne i kroppen hvordan kræftcellerne er afhængige af, at blodtilstrømningen forøges hvordan kræftcellerne

Læs mere

En intro til radiologisk statistik. Erik Morre Pedersen

En intro til radiologisk statistik. Erik Morre Pedersen En intro til radiologisk statistik Erik Morre Pedersen Hypoteser og testning Statistisk signifikans 2 x 2 tabellen og lidt om ROC Inter- og intraobserver statistik Styrkeberegning Konklusion Litteratur

Læs mere

Schweynoch, 2003. Se eventuelt http://www.mathematik.uni-kassel.de/~fathom/projekt.htm.

Schweynoch, 2003. Se eventuelt http://www.mathematik.uni-kassel.de/~fathom/projekt.htm. Projekt 8.5 Hypotesetest med anvendelse af t-test (Dette materiale har været anvendt som forberedelsesmateriale til den skriftlige prøve 01 for netforsøget) Indhold Indledning... 1 χ -test... Numeriske

Læs mere

Hvis α vælges meget lavt, bliver β meget stor. Typisk vælges α = 0.01 eller 0.05

Hvis α vælges meget lavt, bliver β meget stor. Typisk vælges α = 0.01 eller 0.05 Statistik 7. gang 9. HYPOTESE TEST Hypotesetest ved 6 trins raket! : Trin : Formuler hypotese Spørgsmål der ønskes testet vha. data H : Nul hypotese Formuleres som en ligheds hændelse H eller H A : Alternativ

Læs mere

Proteiner: en introduktion. Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013

Proteiner: en introduktion. Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013 Proteiner: en introduktion Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013 4 facts om proteiner Proteiner udgør én af de vigtigste stofgrupper i vores organisme; de varetager en lang række forskellige funktioner.

Læs mere

Optimering af detektionen til diagnosticering. ved anvendelse af antistofferne HMB45 og Melan A

Optimering af detektionen til diagnosticering. ved anvendelse af antistofferne HMB45 og Melan A 20-12-2016 Optimering af detektionen til diagnosticering af maligne melanomer ved anvendelse af antistofferne HMB45 og Melan A Optimization of the detection to the diagnosis of malignant melanoma by use

Læs mere

Trin 1: Formuler hypotese Spørgsmål der ønskes testet vha. data H 0 : Nul hypotese Formuleres som en ligheds hændelse

Trin 1: Formuler hypotese Spørgsmål der ønskes testet vha. data H 0 : Nul hypotese Formuleres som en ligheds hændelse Statistik 7. gang 9. HYPOTESE TEST Hypotesetest ved 6 trins raket! : Trin : Formuler hypotese Spørgsmål der ønskes testet vha. data H 0 : Nul hypotese Formuleres som en ligheds hændelse H eller H A : Alternativ

Læs mere

Hvad er så vigtigt ved målinger?

Hvad er så vigtigt ved målinger? Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Spændende opdagelse i blodceller fra patienter med Huntingtons Sygdom Mængden af huntingtinprotein

Læs mere

Personlig stemmeafgivning

Personlig stemmeafgivning Ib Michelsen X 2 -test 1 Personlig stemmeafgivning Efter valget i 2005 1 har man udspurgt en mindre del af de deltagende, om de har stemt personligt. Man har svar fra 1131 mænd (hvoraf 54 % har stemt personligt

Læs mere

Matematik A. Studentereksamen. Forberedelsesmateriale til de digitale eksamensopgaver med adgang til internettet

Matematik A. Studentereksamen. Forberedelsesmateriale til de digitale eksamensopgaver med adgang til internettet Matematik A Studentereksamen Forberedelsesmateriale til de digitale eksamensopgaver med adgang til internettet stx11-matn/a-080501 Tirsdag den 8. maj 01 Forberedelsesmateriale til stx A Net MATEMATIK Der

Læs mere

Supplement til kapitel 7: Approksimationen til normalfordelingen, s. 136

Supplement til kapitel 7: Approksimationen til normalfordelingen, s. 136 Supplement til kapitel 7: Approksimationen til normalfordelingen, s. 36 Det er besværligt at regne med binomialfordelingen, og man vælger derfor ofte at bruge en approksimation med normalfordeling. Man

Læs mere

Sandsynlighedsfordelinger for kontinuerte data på interval/ratioskala

Sandsynlighedsfordelinger for kontinuerte data på interval/ratioskala 3 5% 5% 5% 0 3 4 5 6 7 8 9 0 Statistik for biologer 005-6, modul 5: Normalfordelingen opstår når mange forskellige faktorer uafhængigt af hinanden bidrager med additiv variation til. F.eks. Højde af rekrutter

Læs mere

Tissue micro array til klinisk rutine analyse. Molekylærenheden Patologiafdelingen Herlev Hospital Danmark

Tissue micro array til klinisk rutine analyse. Molekylærenheden Patologiafdelingen Herlev Hospital Danmark Tissue micro array til klinisk rutine analyse Molekylærenheden Patologiafdelingen Herlev Hospital Danmark Brug af TMA i forskning TMA er hovedsageligt brugt indenfor forskning, typisk til analyse af større

Læs mere

Studieplan Bioanalyse Semester 1

Studieplan Bioanalyse Semester 1 OMRÅDET FOR SUNDHEDSUDDANNELSER Studieplan Bioanalyse Semester 1 Bioanalytikeruddannelsen i Odense Efterår 2017 Semester 1 Indhold 1. Fagets fokus og emner... 3 2. Lektionsplan... 4 3. Litteraturliste:...

Læs mere

Påvisning af collagen colitis ved lymfocytær colitis diagnosticeret væv

Påvisning af collagen colitis ved lymfocytær colitis diagnosticeret væv Påvisning af collagen colitis ved lymfocytær colitis diagnosticeret væv - udført med masson trichrom, picrosiriusrød og optimering af anti-tenascin Detection of collagenous colitis in lymphocytic colitis

Læs mere

Kemiøvelse 2 C2.1. Buffere. Øvelsens pædagogiske rammer

Kemiøvelse 2 C2.1. Buffere. Øvelsens pædagogiske rammer Kemiøvelse 2 C2.1 Buffere Øvelsens pædagogiske rammer Sammenhæng Denne øvelse er tilpasset kemiundervisningen på modul 3 ved bioanalytikeruddannelsen. Kemiundervisningen i dette modul indeholder blandt

Læs mere

Bilag til Statistik i løb : Statistik og Microsoft Excel tastevejledning / af Lars Bo Kristensen

Bilag til Statistik i løb : Statistik og Microsoft Excel tastevejledning / af Lars Bo Kristensen Bilag til Statistik i løb : Statistik og Microsoft Excel tastevejledning / af Lars Bo Kristensen Microsoft Excel har en del standard anvendelsesmuligheder i forhold til den beskrivende statistik og statistisk

Læs mere

Forårseksamen Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering

Forårseksamen Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering Studienummer: 1/10 Forårseksamen 2014 Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Uddannelse: Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering Semester: 2. semester Eksamensdato:

Læs mere

Mikro-kursus i statistik 1. del. 24-11-2002 Mikrokursus i biostatistik 1

Mikro-kursus i statistik 1. del. 24-11-2002 Mikrokursus i biostatistik 1 Mikro-kursus i statistik 1. del 24-11-2002 Mikrokursus i biostatistik 1 Hvad er statistik? Det systematiske studium af tilfældighedernes spil!dyrkes af biostatistikere Anvendes som redskab til vurdering

Læs mere

Sommereksamen 2012 Med korte, vejledende svar

Sommereksamen 2012 Med korte, vejledende svar 1 Sommereksamen 2012 Med korte, vejledende svar Titel på kursus: Uddannelse: Semester: ksamensdato: Tid: Bedømmelsesform Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin

Læs mere

Re- eksamen 2014. Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering. kl. 09.00-11.

Re- eksamen 2014. Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering. kl. 09.00-11. 1/10 Re- eksamen 2014 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Eksamensdato: Tid: Bedømmelsesform Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering

Læs mere

Opgavens omfang: anslag. Klinisk Diagnostisk Afdeling, Patologi, Finsensgade 35, 6700 Esbjerg. Vejledere: Liselotte Olesen og Inge Marie Bayer

Opgavens omfang: anslag. Klinisk Diagnostisk Afdeling, Patologi, Finsensgade 35, 6700 Esbjerg. Vejledere: Liselotte Olesen og Inge Marie Bayer Optimering af immunhistokemisk metode til diagnosticering af maligne melanomer ved brug af antistofferne Mel A og HMB45. Optimization of immunohistochemical method for the diagnosis of malignant melanoma

Læs mere

Spørgsmål Svar # 2. af d vedrørende. Offentligt udbud vedr. sag nr. MT2008/1042

Spørgsmål Svar # 2. af d vedrørende. Offentligt udbud vedr. sag nr. MT2008/1042 Udbud af automatiseret til håndtering af immunhisto- og cytokemiske analyser på 1 Spørgsmål Svar # 2 af d. 03.03.2009 vedrørende Offentligt udbud vedr. sag nr. MT2008/1042 Udbud af automatiseret til håndtering

Læs mere

Fig. 1 Billede af de 60 terninger på mit skrivebord

Fig. 1 Billede af de 60 terninger på mit skrivebord Simulation af χ 2 - fordeling John Andersen Introduktion En dag kastede jeg 60 terninger Fig. 1 Billede af de 60 terninger på mit skrivebord For at danne mig et billede af hyppighederne flyttede jeg rundt

Læs mere

Studiespørgsmål til blod og lymfe

Studiespørgsmål til blod og lymfe Studiespørgsmål til blod og lymfe 1. Beskriv de kræfter, der regulerer stofudveksling i kapillærerne 2. Hvad er det, der gør at kapillærer, men ikke arterier og vener, tillader stofudveksling? 3. Hvad

Læs mere

Statistik viden eller tilfældighed

Statistik viden eller tilfældighed MATEMATIK i perspektiv Side 1 af 9 DNA-analyser 1 Sandsynligheden for at en uskyldig anklages Følgende histogram viser, hvordan fragmentlængden for et DNA-område varierer inden for befolkningen. Der indgår

Læs mere

Translationel kræftforskning og individbaseret behandling med udgangspunkt i brystkræft og et konkret forskningsprojekt

Translationel kræftforskning og individbaseret behandling med udgangspunkt i brystkræft og et konkret forskningsprojekt Translationel kræftforskning og individbaseret behandling med udgangspunkt i brystkræft og et konkret forskningsprojekt Anne-Sofie Schrohl Rasmussen, cand.scient. (humanbiologi) Faggruppen Patobiologi,

Læs mere

EnVision FLEX+, Mouse, High ph, (Link)

EnVision FLEX+, Mouse, High ph, (Link) EnVision FLEX+, Mouse, High ph, (Link) Kode K8002 5. udgave Sættet indeholder reagenser til 400 600 analyser. Til Autostainer Link-instrumenter. Valgfri reagenser Kode Produktnavn Analyser K8004 EnVision

Læs mere

5.11 Middelværdi og varians Kugler Ydelse for byg [Obligatorisk opgave 2, 2005]... 14

5.11 Middelværdi og varians Kugler Ydelse for byg [Obligatorisk opgave 2, 2005]... 14 Module 5: Exercises 5.1 ph i blod.......................... 1 5.2 Medikamenters effektivitet............... 2 5.3 Reaktionstid........................ 3 5.4 Alkohol i blodet...................... 3 5.5

Læs mere

Skolevægring. Resultater fra en spørgeskemaundersøgelse blandt skoleledere på danske folkeskoler og specialskoler

Skolevægring. Resultater fra en spørgeskemaundersøgelse blandt skoleledere på danske folkeskoler og specialskoler Skolevægring Resultater fra en spørgeskemaundersøgelse blandt skoleledere på danske folkeskoler og specialskoler Udarbejdet af Analyse & Tal for Institut for Menneskerettigheder juli 017 Indledning Udsendelse

Læs mere

EnVision FLEX, High ph (Dako Omnis)

EnVision FLEX, High ph (Dako Omnis) EnVision FLEX, High ph (Dako Omnis) Code GV800 2. udgave Sættet indeholder reagenser til 600 analyser. Til Dako Omnis-instrumenter. Valgfri reagenser: Kode Produktnavn Analyser GV804 GV805 EnVision FLEX

Læs mere

Test'af'EML4.ALK'fusion'i'lungeadenokarcinom.

Test'af'EML4.ALK'fusion'i'lungeadenokarcinom. Test'af'EML4.ALK'fusion'i'lungeadenokarcinom. Anbefalingerne udarbejdede af: Overlæge,Dr.Med.BirgitGuldhammerSkov.BispebjergHospital,PatologiskAfdeling. Professor,overlægeMogensVyberg.AalborgUniversitetshospital,PatologiskInstitut.

Læs mere

En intro til radiologisk statistik

En intro til radiologisk statistik En intro til radiologisk statistik Erik Morre Pedersen Hypoteser og testning Statistisk signifikans 2 x 2 tabellen og lidt om ROC Inter- og intraobserver statistik Styrkeberegning Konklusion Litteratur

Læs mere

MÅLRETTET BEHANDLING AF LUNGEKRÆFT PATIENTINFORMATION OM NYESTE BEHANDLINGSMULIGHEDER

MÅLRETTET BEHANDLING AF LUNGEKRÆFT PATIENTINFORMATION OM NYESTE BEHANDLINGSMULIGHEDER MÅLRETTET BEHANDLING AF LUNGEKRÆFT PATIENTINFORMATION OM NYESTE BEHANDLINGSMULIGHEDER I løbet af det seneste årti har vi fået langt mere viden om, hvordan kræft udvikler sig. På baggrund af denne viden

Læs mere

Atomic force mikroskopi på blodceller

Atomic force mikroskopi på blodceller 1 Atomic force mikroskopi på blodceller Problemstilling: Problemstillingen eleven bliver sat overfor er: Hvad er atomic force mikroskopi, og hvordan kan det bruges til at studere blodceller på nanometerskala?

Læs mere

Matematik A og Informationsteknologi B

Matematik A og Informationsteknologi B Matematik A og Informationsteknologi B Projektopgave 2 Eksponentielle modeller Benjamin Andreas Olander Christiansen Jens Werner Nielsen Klasse 2.4 6. december 2010 Vejledere: Jørn Christian Bendtsen og

Læs mere

Note til styrkefunktionen

Note til styrkefunktionen Teoretisk Statistik. årsprøve Note til styrkefunktionen Først er det vigtigt at gøre sig klart, at når man laver statistiske test, så kan man begå to forskellige typer af fejl: Type fejl: At forkaste H

Læs mere

En sammenligning af farvekvalitet og økonomi

En sammenligning af farvekvalitet og økonomi Evaluering af monoklonale murine og kaninantistofkloner til Desmin, TTF-1 og CD1a En sammenligning af farvekvalitet og økonomi Udarbejdet af bioanalytikerstuderende fra VIA University College, December

Læs mere

Løsning til eksaminen d. 14. december 2009

Løsning til eksaminen d. 14. december 2009 DTU Informatik 02402 Introduktion til Statistik 200-2-0 LFF/lff Løsning til eksaminen d. 4. december 2009 Referencer til Probability and Statistics for Engineers er angivet i rækkefølgen [8th edition,

Læs mere

Anvendelse af antistofpool til differentiering af adenocarcinom og planocellulært carcinom ved sparsomt materiale ved lungecancer

Anvendelse af antistofpool til differentiering af adenocarcinom og planocellulært carcinom ved sparsomt materiale ved lungecancer Anvendelse af antistofpool til differentiering af adeno og plano ved sparsomt materiale ved lungecancer The utility of an antibody pool for differentiation of adenoa and squamous cell a for use by small

Læs mere

Øvelse med tarmkræftceller i kultur.

Øvelse med tarmkræftceller i kultur. Øvelse med tarmkræftceller i kultur. Baggrund Hver 3. dansker bliver ramt af kræft, inden de er blevet 75 år. Tyktarmskræft er den 3. hyppigste kræftform hos både mænd og kvinder, hvor henholdsvis 7.3

Læs mere

Afstande, skæringer og vinkler i rummet

Afstande, skæringer og vinkler i rummet Afstande, skæringer og vinkler i rummet Frank Villa 2. maj 202 c 2008-20. Dette dokument må kun anvendes til undervisning i klasser som abonnerer på MatBog.dk. Se yderligere betingelser for brug her. Indhold

Læs mere

Skriftlig tværfaglig mappe-eksamen. onsdag den 25. aug. 2010 kl. 10.00 torsdag den 26. aug. kl. 10.00

Skriftlig tværfaglig mappe-eksamen. onsdag den 25. aug. 2010 kl. 10.00 torsdag den 26. aug. kl. 10.00 Skriftlig tværfaglig mappe-eksamen S5 onsdag den 25. aug. 2010 kl. 10.00 torsdag den 26. aug. kl. 10.00 Væsentligste hjælpemidler: Mappen, Dansk Laboratoriemedicin, Databog i fysik og kemi og lommeregner.

Læs mere

EnVision FLEX+, Mouse, High ph, (Dako Autostainer/Autostainer Plus)

EnVision FLEX+, Mouse, High ph, (Dako Autostainer/Autostainer Plus) EnVision FLEX+, Mouse, High ph, (Dako Autostainer/Autostainer Plus) Kode K8012 6. udgave Sættet indeholder reagenser til 400 600 analyser. Til Dako Autostainer/Autostainer Plus. Valgfri reagenser: Kode

Læs mere

Studieplan Biostatistik Semester 2

Studieplan Biostatistik Semester 2 OMRÅDET FOR SUNDHEDSUDDANNELSER Studieplan Biostatistik Semester 2 Bioanalytikeruddannelsen i Odense Forår 2017 Semester 2 Indhold 1. Fagets fokus og emner... 3 2. Lektionsplan... 4 3. Litteraturliste...

Læs mere

Skriftlig reeksamen august 2017

Skriftlig reeksamen august 2017 Studienummer: 1/10 Skriftlig reeksamen august 2017 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Det hæmatologiske system og immunsystemet Medicin og medicin med industriel specialisering 2. semester Eksamensdato:

Læs mere

Bilag 7. SFA-modellen

Bilag 7. SFA-modellen Bilag 7 SFA-modellen November 2016 Bilag 7 Konkurrence- og Forbrugerstyrelsen Forsyningssekretariatet Carl Jacobsens Vej 35 2500 Valby Tlf.: +45 41 71 50 00 E-mail: kfst@kfst.dk Online ISBN 978-87-7029-650-2

Læs mere

For at få tegnet en graf trykkes på knappen for graftegning. Knap for graftegning

For at få tegnet en graf trykkes på knappen for graftegning. Knap for graftegning Graftegning på regneark. Ved hjælp af Excel regneark kan man nemt tegne grafer. Man åbner for regnearket ligger under Microsoft Office. Så indtaster man tallene fra tabellen i regnearkets celler i en vandret

Læs mere

Program. Konfidensinterval og hypotesetest, del 2 en enkelt normalfordelt stikprøve I SAS. Øvelse: effekt af diæter

Program. Konfidensinterval og hypotesetest, del 2 en enkelt normalfordelt stikprøve I SAS. Øvelse: effekt af diæter Program Konfidensinterval og hypotesetest, del 2 en enkelt normalfordelt stikprøve Helle Sørensen E-mail: helle@math.ku.dk I formiddag: Øvelse: effekt af diæter. Repetition fra sidst... Parrede og ikke-parrede

Læs mere

En statistikstuderendes bekendelser Søren Wengel Mogensen

En statistikstuderendes bekendelser Søren Wengel Mogensen Oplysning 23 En statistikstuderendes bekendelser Søren Wengel Mogensen Om at skrive BSc-opgave i anvendt statistik. Der findes matematikere (i hvert fald matematikstuderende), der mener, at den rene matematik

Læs mere

Statistik. Peter Sørensen: Statistik og sandsynlighed Side 1

Statistik. Peter Sørensen: Statistik og sandsynlighed Side 1 Statistik Formålet... 1 Mindsteværdi... 1 Størsteværdi... 1 Ikke grupperede observationer... 2 Median og kvartiler defineres ved ikke grupperede observationer således:... 2 Middeltal defineres ved ikke

Læs mere

Tema. Dagens tema: Indfør centrale statistiske begreber.

Tema. Dagens tema: Indfør centrale statistiske begreber. Tema Dagens tema: Indfør centrale statistiske begreber. Model og modelkontrol Estimation af parametre. Fordeling. Hypotese og test. Teststørrelse. konfidensintervaller Vi tager udgangspunkt i Ex. 3.1 i

Læs mere

Immunhistokemi kombineret med special farvninger

Immunhistokemi kombineret med special farvninger BACHELOR 2015 Immunhistokemi kombineret med special farvninger - Udført med CD3, Alcian Blue, PAS og DPAS med henblik på diagnosticering af MB Sjögrens Syndrom Maria Villadsen Studienummer 60080725 Vejleder

Læs mere

Studiespørgsmål til blod og lymfe

Studiespørgsmål til blod og lymfe Studiespørgsmål til blod og lymfe 1. Hvor meget blod har du i kroppen (ca.)? 2. Hvad forstås ved plasma og hvad består plasma af? 3. Giv eksempler på vigtige plasmaproteiner og redegør for deres funktioner

Læs mere

Statistik ved Bachelor-uddannelsen i folkesundhedsvidenskab. Introduktion

Statistik ved Bachelor-uddannelsen i folkesundhedsvidenskab. Introduktion Statistik ved Bachelor-uddannelsen i folkesundhedsvidenskab Introduktion 1 Formelt Lærere: Esben Budtz-Jørgensen Jørgen Holm Petersen Øvelseslærere: Berivan+Kathrine, Amalie+Annabell Databehandling: SPSS

Læs mere

Reflektometrisk cholesterolmåling

Reflektometrisk cholesterolmåling cq1.1 Reflektometrisk cholesterolmåling Øvelsens pædagogiske rammer Sammenhæng Denne øvelse indgår på modul 9 ved Bioanalytikeruddannelsen i et undervisningsforløb der er sammensat af kemi og patofysiologi.

Læs mere

Eks. 1: Kontinuert variabel som i princippet kan måles med uendelig præcision. tid, vægt,

Eks. 1: Kontinuert variabel som i princippet kan måles med uendelig præcision. tid, vægt, Statistik noter Indhold Datatyper... 2 Middelværdi og standardafvigelse... 2 Normalfordelingen og en stikprøve... 2 prædiktionsinteval... 3 Beregne andel mellem 2 værdier, eller over og unden en værdi

Læs mere

Referencelaboratoriet for måling af emissioner til luften

Referencelaboratoriet for måling af emissioner til luften Referencelaboratoriet for måling af emissioner til luften Rapport nr.: 77 Titel Hvordan skal forekomsten af outliers på lugtmålinger vurderes? Undertitel - Forfatter(e) Arne Oxbøl Arbejdet udført, år 2015

Læs mere

Forældretilfredshed 2015

Forældretilfredshed 2015 Antal svar:, svarprocent: 2% INFORMATION OM UNDERSØGELSEN Forældretilfredshed 2015 er et samarbejde mellem Daginstitutionernes Lands-Organisation (DLO) og konsulentvirksomheden SURVIO. Formålet er at udbrede

Læs mere

Måling af turbulent strømning

Måling af turbulent strømning Måling af turbulent strømning Formål Formålet med at måle hastighedsprofiler og fluktuationer i en turbulent strømning er at opnå et tilstrækkeligt kalibreringsgrundlag til modellering af turbulent strømning

Læs mere

Løsning til eksamensopgaven i Basal Biostatistik (J.nr.: 1050/06)

Løsning til eksamensopgaven i Basal Biostatistik (J.nr.: 1050/06) Afdeling for Biostatistik Bo Martin Bibby 23. november 2006 Løsning til eksamensopgaven i Basal Biostatistik (J.nr.: 1050/06) Vi betragter 4699 personer fra Framingham-studiet. Der er oplysninger om follow-up

Læs mere

Ovenstående figur viser et (lidt formindsket billede) af 25 svampekolonier på en petriskål i et afgrænset felt på 10x10 cm.

Ovenstående figur viser et (lidt formindsket billede) af 25 svampekolonier på en petriskål i et afgrænset felt på 10x10 cm. Multiple choice opgaver Der gøres opmærksom på, at ideen med opgaverne er, at der er ét og kun ét rigtigt svar på de enkelte spørgsmål. Endvidere er det ikke givet, at alle de anførte alternative svarmuligheder

Læs mere

1. Hvad er kræft, og hvorfor opstår sygdommen?

1. Hvad er kræft, og hvorfor opstår sygdommen? 1. Hvad er kræft, og hvorfor opstår sygdommen? Dette kapitel fortæller om, cellen, kroppens byggesten hvad der sker i cellen, når kræft opstår? årsager til kræft Alle levende organismer består af celler.

Læs mere

Hypotese test. Repetition fra sidst Hypoteser Test af middelværdi Test af andel Test af varians Type 1 og type 2 fejl Signifikansniveau

Hypotese test. Repetition fra sidst Hypoteser Test af middelværdi Test af andel Test af varians Type 1 og type 2 fejl Signifikansniveau ypotese test Repetition fra sidst ypoteser Test af middelværdi Test af andel Test af varians Type 1 og type fejl Signifikansniveau Konfidens intervaller Et konfidens interval er et interval, der estimerer

Læs mere

Emneopgave: Lineær- og kvadratisk programmering:

Emneopgave: Lineær- og kvadratisk programmering: Emneopgave: Lineær- og kvadratisk programmering: LINEÆR PROGRAMMERING I lineær programmering løser man problemer hvor man for en bestemt funktion ønsker at finde enten en maksimering eller en minimering

Læs mere

Anvendt Statistik Lektion 4. Hypotesetest generelt Test for middelværdi Test for andele

Anvendt Statistik Lektion 4. Hypotesetest generelt Test for middelværdi Test for andele Anvendt Statistik Lektion 4 Hypotesetest generelt Test for middelværdi Test for andele Hypoteser og Test Hypotese I statistik er en hypotese en påstand om en populationsparameter. Typisk en påstand om

Læs mere

lys har potentiale til diagnose af sygdom i nethinden og synsnerven

lys har potentiale til diagnose af sygdom i nethinden og synsnerven Nyt fra forskningsfronten Måling af pupilreaktionen for farvet lys har potentiale til diagnose af sygdom i nethinden og synsnerven Kristina Herbst Læge, ph.d.-studerende Øjenafdelingen, Glostrup Universitetshospital

Læs mere

Kursus 02402 Introduktion til Statistik. Forelæsning 7: Kapitel 7 og 8: Statistik for to gennemsnit, (7.7-7.8,8.1-8.5) Per Bruun Brockhoff

Kursus 02402 Introduktion til Statistik. Forelæsning 7: Kapitel 7 og 8: Statistik for to gennemsnit, (7.7-7.8,8.1-8.5) Per Bruun Brockhoff Kursus 02402 Introduktion til Statistik Forelæsning 7: Kapitel 7 og 8: Statistik for to gennemsnit, (7.7-7.8,8.1-8.5) Per Bruun Brockhoff DTU Compute, Statistik og Dataanalyse Bygning 324, Rum 220 Danmarks

Læs mere

Epidemiologi og Biostatistik. Mogens Erlandsen, Institut for Biostatistik Uge 1, tirsdag d. 5. februar 2002

Epidemiologi og Biostatistik. Mogens Erlandsen, Institut for Biostatistik Uge 1, tirsdag d. 5. februar 2002 Epidemiologi og Biostatistik Mogens Erlandsen, Institut for Biostatistik Uge 1, tirsdag d. 5. februar 2002 1 Statestik Det hedder det ikke! Statistik 2 Streptomycin til behandling af lunge-tuberkulose?

Læs mere

Mitokondrier og oxidativt stress

Mitokondrier og oxidativt stress Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab At gå målrettet mod oxidativ stress i Huntingtons Sygdom Skade på celler skabt af oxidativt stress

Læs mere

Projekt 1 Spørgeskemaanalyse af Bedst på Nettet

Projekt 1 Spørgeskemaanalyse af Bedst på Nettet Projekt 1 Spørgeskemaanalyse af Bedst på Nettet D.29/2 2012 Udarbejdet af: Katrine Ahle Warming Nielsen Jannie Jeppesen Schmøde Sara Lorenzen A) Kritik af spørgeskema Set ud fra en kritisk vinkel af spørgeskemaet

Læs mere

Følgende tabel (fra Fisher) giver forøgelsen af sovetiden i timer fra et eksperiment med 10 patienter vedrørende 2 sovemidler A og B.

Følgende tabel (fra Fisher) giver forøgelsen af sovetiden i timer fra et eksperiment med 10 patienter vedrørende 2 sovemidler A og B. Modul 7: Exercises 7.1 Sovemidler......................... 1 7.2 Egetræer.......................... 2 7.3 Stofs trækstyrke..................... 3 7.4 Laboranters titreringsusikkerhed............ 5 7.5

Læs mere

Re- eksamen 2012 Med korte, vejledende svar

Re- eksamen 2012 Med korte, vejledende svar Studienummer: 1 Re- eksamen 2012 Med korte, vejledende svar Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering

Læs mere

Evaluering af antistofferne p63 og p40

Evaluering af antistofferne p63 og p40 VIA UNIVERSITY COLLEGE BIOANALYTIKERUDDANNELSEN Evaluering af antistofferne p63 og p4 Kernemarkører til at differentiere mellem adenokarcinom og planocellulært karcinom 18-12-213 Antal tegn inkl. mellemrum:

Læs mere

Lars Andersen: Anvendelse af statistik. Notat om deskriptiv statistik, χ 2 -test og Goodness of Fit test.

Lars Andersen: Anvendelse af statistik. Notat om deskriptiv statistik, χ 2 -test og Goodness of Fit test. Lars Andersen: Anvendelse af statistik. Notat om deskriptiv statistik, χ -test og Goodness of Fit test. Anvendelser af statistik Statistik er et levende og fascinerende emne, men at læse om det er alt

Læs mere

Psykiatriske sengedage efter endt behandling er faldende. Marts 2019

Psykiatriske sengedage efter endt behandling er faldende. Marts 2019 Psykiatriske sengedage efter endt behandling er faldende Marts 19 1. Resumé Analysens formål er at belyse omfanget og varigheden af psykiatriske indlæggelser, hvor patienter fortsat er indlagt efter endt

Læs mere

Forsøgsplanlægning Stikprøvestørrelse

Forsøgsplanlægning Stikprøvestørrelse Basal statistik Esben Budtz-Jørgensen 6. november 2007 Forsøgsplanlægning Stikprøvestørrelse 1 41 Planlægning af et studie Videnskabelig hypotese Endpoints Instrumentelle/eksponerings variable Variationskilder

Læs mere

Produkt og marked - matematiske og statistiske metoder

Produkt og marked - matematiske og statistiske metoder Produkt og marked - matematiske og statistiske metoder Rasmus Waagepetersen Institut for Matematiske Fag Aalborg Universitet February 19, 2016 1/26 Kursusindhold: Sandsynlighedsregning og lagerstyring

Læs mere

Fra mutationer til sygdom

Fra mutationer til sygdom Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Nyt antistof afslører farlige dele af huntingtinproteinet Et nyt antistof gør forskere i stand

Læs mere

Elektroforese. Navne: Rami Kassim Kaddoura Roman Averin Safa Sarac Magnus Høegh Jensen Frederik Gaarde Lindskov

Elektroforese. Navne: Rami Kassim Kaddoura Roman Averin Safa Sarac Magnus Høegh Jensen Frederik Gaarde Lindskov Elektroforese Navne: Rami Kassim Kaddoura Roman Averin Safa Sarac Magnus Høegh Jensen Frederik Gaarde Lindskov Klasse: 1.4 Fag: Biologi Vejleder: Brian Christensen Skole: Roskilde tekniske gymnasium, Htx

Læs mere

t-fordeling Boxplot af stikprøve (n=20) fra t(2)-fordeling Program ( ): 1. repetition: fordeling af observatorer X, S 2 og t.

t-fordeling Boxplot af stikprøve (n=20) fra t(2)-fordeling Program ( ): 1. repetition: fordeling af observatorer X, S 2 og t. t-fordeling Boxplot af stikprøve (n=20) fra t(2)-fordeling Program (8.15-10): 1. repetition: fordeling af observatorer X, S 2 og t. 2. konfidens-intervaller, hypotese test, type I og type II fejl, styrke,

Læs mere

Afstande, skæringer og vinkler i rummet

Afstande, skæringer og vinkler i rummet Afstande, skæringer og vinkler i rummet Frank Nasser 9. april 20 c 2008-20. Dette dokument må kun anvendes til undervisning i klasser som abonnerer på MatBog.dk. Se yderligere betingelser for brug her.

Læs mere

Normalfordelingen og Stikprøvefordelinger

Normalfordelingen og Stikprøvefordelinger Normalfordelingen og Stikprøvefordelinger Normalfordelingen Standard Normal Fordelingen Sandsynligheder for Normalfordelingen Transformation af Normalfordelte Stok.Var. Stikprøver og Stikprøvefordelinger

Læs mere

How to do in rows and columns 8

How to do in rows and columns 8 INTRODUKTION TIL REGNEARK Denne artikel handler generelt om, hvad regneark egentlig er, og hvordan det bruges på et principielt plan. Indholdet bør derfor kunne anvendes uden hensyn til, hvilken version

Læs mere

Naturvidenskabelig metode

Naturvidenskabelig metode Naturvidenskabelig metode Introduktion til naturvidenskab Naturvidenskab er en betegnelse for de videnskaber der studerer naturen gennem observationer. Blandt sådanne videnskaber kan nævnes astronomi,

Læs mere

Eksamen i Modul 2.2, Det hæmatologiske system og immunforsvaret MEDIS, AAU, 2. semester, juni 2010

Eksamen i Modul 2.2, Det hæmatologiske system og immunforsvaret MEDIS, AAU, 2. semester, juni 2010 MedIS, AAU. Det hæmatologiske system og immunforsvaret, 7. Juni 2010 1 Navn: Studienummer: Eksamen i Modul 2.2, Det hæmatologiske system og immunforsvaret MEDIS, AAU, 2. semester, juni 2010 Dette eksamenssæt

Læs mere

Leucocyt-forstyrrelser

Leucocyt-forstyrrelser Leucocyt-forstyrrelser Udarbejdet af KLM med inspiration fra Kako S4 pensum fra bogen Hæmatologi af H. Karle Granulocytsygdomme Lymfocytsygdomme Leukæmier M-proteinæmi Analyser Referenceområde [LKC]: 3.0

Læs mere

Brugsvejledning for 7827.10 dialyseslange

Brugsvejledning for 7827.10 dialyseslange Brugsvejledning for 7827.10 dialyseslange 14.06.07 Aa 7827.10 1. Præsentation Dialyseslangen er 10 m lang og skal klippes i passende stykker og blødgøres med vand for at udføre forsøgene med osmose og

Læs mere