NYE SPECIALEPLADSER i marinbiologi og mikrobiologi ved MARINBIOLOGISK SEKTION (

Transkript

1 SPECIALE-MULIGHEDER i 2013 indenfor MICROENVIRONMENTAL ECOLOGY: Min forskergruppe studerer det fysisk-kemiske mikromiljøs betydning for akvatiske samfunds og organismers økologi. Vi undersøger hvordan mikromiljøet påvirker og spiller sammen med organismernes/cellernes stofskifte, adfærd, og rumlige organisation og vi undersøger hvordan eksterne miljø- og stress-faktorer påvirker dette samspil. (se publikationer her: Vi er på forkant med den teknologiske udvikling, hvor vi udvikler og anvender mikrosensorer og forskellige billeddannende teknikker (bioimaging) til direkte at beskrive det fysisk-kemiske mikromiljø og stofskifteprocesser i væv, biofilm og andre overflade-associerede systemer. Vi arbejder specielt meget med fotosyntetiserende systemer (biofilm, sedimenter, makrofytter og forskellige symbioser) men har også mange samarbejder med andre fagområder f.eks. omkring studier af biofilms rolle i kroniske infektioner. Vi har et stort internationalt netværk og de fleste forskningsprojekter involverer internationale samarbejder (pt. specielt med universiteter i Australien, USA og Singapore) - og ofte feltarbejde i spændende miljøer (pt. Ikka-fjorden på Grønland, varme kilder i Yellowstone nationalpark, og koralrev på Great Barrier Reef). Jeg er associeret med klimaforskningscenteret Plant Functional Biology and Climate Change Cluster ( ved University of Technology Sydney (Australien), samt et nyt forskningscenter om biofilm Singapore Centre on Environmental Life Sciences Engineering ( ved Nanyang Technological University (Singapore). Her er der specielt gode muligheder for at arrangere forskningsophold ifm. bachelor- eller specialeprojekter. Jeg har også god erfaring med fælles studenter-projekter på Univ. of Queensland, Brisbane (Australien). Der er gode muligheder for at skrue et spændende projekt sammen, enten på basis af de her nævnte muligheder eller ved at bringe din projektide i spil ift. vores ekspertise og internationale netværk. Vi har også gode erfaringer med projekter på tværs af sektioner på Biologisk Institut og projekter med medicinske mikrobiologer på KU. Du/I er altid velkommen til en snak om projekt- og/eller specialemuligheder. Kontakt professor Michael Kühl (mkuhl@bio.ku.dk).

2 Specialeprojekter indenfor koralbiologi og symbiose Der udbydes 2 specialeprojekter omkring tropiske koralrevs fotobiologi, stress fysiologi og mikrobielle økologi med projektstart i foråret/sommeren Der kan arbejdes eksperimentelt med koraller i Helsingør, men projekterne kan planlægges til at indeholde 2-4 måneders arbejde i Australien ved University of Technology Sydney i løbet af 2013/2014 inkl. evt. feltabejde på Heron Island Research Station, Great Barrier Reef eller andre steder. Et sådant forløb vil foregå i samarbejde med kolleger ved Plant Functional Biology and Climate Change Cluster, University of Technology Sydney ( Specialeforløbet vil typisk involvere 1-4 måneders opstart og metodetræning i DK (ved Marinbiologisk Sektions faciliteter i Helsingør) efterfulgt af 2-4 måneders eksperimentel arbejde i Australien, samt 3-4 måneders data analyse og sammenskriving af specialet på videnskabelig manuskript form. Bench fees, indenrigsrejser og evt. ophold på feltstationen ifm feltarbejdet vil blive dækket, mens du selv skal finansiere din rejse til/fra Australien og boligomkostninger i Sydney (hjælp til at ansøge relevante fonde gives gerne). Marinbiologi eller andre fag på den marinbiologiske specialisering Kontakt en snak om muligheder og konkrete projektideer. Postdoc Daniel Nielsen, PhD studerende Daniel Wangpraseurt og Kasper E. Brodersen (alle med permanent arbejdsplads i Sydney) vil fungere som medvejledere på projektet.

3 Specialeprojekter om eksotiske cyanobakterier Der udbydes 1-2 speciale projekter omkring cyanobakteriers vækst, fotosyntese og ultrastruktur med projektstart i foråret/sommeren Din primære arbejdsplads vil være ved Marinbiologisk Sektions faciliteter i Helsingør. Cyanobakterier i slægten Acaryochloris har erstattet deres klorofyl a med klorofyl d, hvilket tillader Acaryochloris at udnytte infrarødt lys til iltdannende fotosyntese. Disse unikke cyanobakteriers økofysiologi er stort set ukendt, men Acaryochloris trives tilsyneladende i naturlige habitater med forekomst af infrarødt lys, hvor synligt lys er dæmpet kraftigt eller helt fraværende. En række isolater er tilgængelige og vi kan nu dyrke dem som biofilm. I projekterne sammenlignes alle kendte Acaryochloris isolater for første gang mht deres cellulære ultrastruktur, planktonisk og biofilm vækstform, pigmentindhold og dynamik, fotosyntesesaktivitet og kulstofdynamik. Arbejdet involverer mikrobiologiske dyrkningsmetoder, pigmentanalyser fotosynteseaktivitet, samt brug af moderne lysmikroskopiske og elektronmikroskopiske metoder. Sidstnævnte vil foregå ved Panum Instituttets Core Facility for Integrated Microscopy i samarbejde med Prof. Klaus Qvortrup, Biomedicinsk Institut. en snak om muligheder og konkrete projektideer. Lektor Niels Ulrik Frigaard, Postdoc Lars Behrendt og PhD studerende Erik Trampe vil fungere som medvejledere på projektet.

4 Specialeprojekt med feltarbejde på Grønland Der udbydes 1 speciale projekt omkring Arktiske cyanobakteriers diversitet, vækst og fotosyntese med projektstart i foråret/sommeren Din primære arbejdsplads vil være Marinbiologisk Sektions faciliteter i Helsingør men involverer feltarbejde i Ikka-fjorden på Grønland i løbet af sommeren Det mærkværdige kalkmineral ikait dannes omkring undersøiske kildevæld i Ikka-fjorden på det sydvestlige Grønland. Ikaiten udfælder når basisk (ph 10) vand med højt fosfatindhold møder koldt havvand og over tid dannes der store søjleformationer der kan blive op mod 20 meter høje. Mineralet er dog kun stabilt under ca. 6 grader og omdannes til kalcit ved højere temperaturer. Ikka-fjorden er det eneste sted hvor sådanne massive ikaitudfældninger er fundet og søjlerne er hjemsted for mange unikke mikroorganismer. I toppen af søjlerne hvor frisk ikait udfældes dannes der et tæt grønligt lag ca. 1 cm inde i den hvide ikait. Specialeprojektet skal være med til at belyse hvilke mikroorganismer der forekommer i dette lag, og hvordan tilstedeværelsen af mikroorganismer påvirker ikait-udfældningen. Arbejdet involverer mikrobiologiske dyrkningsmetoder, pigment-analyser fotosynteseaktivitet, samt brug af moderne lys- og elektron-mikroskopiske metoder. Endvidere vil der indgå molekylærbiologiske og biokemiske analyser, som udføres i samarbejde med Institut for Plante- og Miljøvidenskab, KU. Feltarbejdet (prøvetagning m.m.) støttes af en erhvervsdykker: ( en snak om muligheder og konkrete projektideer. Lektor Peter Stougaard og PhD studerende Erik Trampe vil fungere som medvejledere på projektet.

5 Specialeprojekt med feltarbejde i Yellowstone Nationalpark Der udbydes 1 speciale projekt omkring fotosyntetiserende bakterier i varme kilder med projektstart i foråret/sommeren Din primære arbejdsplads vil være Marinbiologisk Sektions faciliteter i Helsingør men kan involvere feltarbejde i Yellowstone Nationalpark i løbet af sensommeren I varme kilder med vandtemperaturer >45 grader betyder fraværet af flercellede organismer at der dannes flerårige rent mikrobielle biofilmsamfund, såkaldte mikrobielle måtter med cyanobakterier der udnytter synligt lys og andre fotosyntetiserende bakterier der udnytter infrarødt lys som de væsentligste primærproducenter. Disse samfund er vigtige naturlige modelsystemer indenfor mikrobiel økologi, og især Octopus Spring og Mushroom Spring i Yellowstone Nationalpark er nogle af de bedst undersøgte mikrobielle samfund overhovedet. I projektet skal den relative betydning af synligt og infrarødt lys for fotosynteseaktiviteten samt brint-produktionen i måtterne belyses gennem specifikke eksperimenter med kulturer og målinger direkte i kilderne. Arbejdet involverer mikrobiologiske dyrkningsmetoder, pigmentanalyser fotosynteseaktivitet, samt brug af moderne lysmikroskopiske og elektronmikroskopiske metoder. Feltarbejdet udføres med amerikanske kolleger fra Montana State University, Bozeman, USA i sensommeren Rejse og ophold dækkes af projektet. en snak om muligheder og konkrete projektideer. Lektor Niels Ulrik Friggard og PhD studerende Erik Trampe vil fungere som medvejledere på projektet. h