Til in vitro-diagnostik Til brug med BD MAX-systemet Dansk

Transkript

1 B MAX StaphSR Til in vitro-diagnostik P0207(01) Til brug med BD MAX-systemet Dansk 4 I TILSIGTET BRUG BD MAX StaphSR-analysen udført på BD MAX-systemet er en automatisk kvalitativ in vitro-diagnostisk test til direkte påvisning og differentiering af Staphylococcus aureus (SA) DNA og methicillin-resistente Staphylococcus aureus (MRSA) DNA fra næsepodninger hos patienter med risiko for næsekolonisering. Testen anvender polymerasekædereaktion (PCR) i realtid til opformering af MRSA/SA-DNA og fluorogene, mål-specifikke hybridiseringsprober til påvisning af det opformerede DNA. BD MAX StaphSR-analysen er tiltænkt som en hjælp til at forhindre og kontrollere MRSA- og SA-infektioner i hospitalsmiljøer. Den er hverken beregnet til diagnosticering af MRSA- eller SA-infektioner eller til vejledning eller overvågning af behandling af MRSA- og SA-infektioner. Et negativt resultat udelukker ikke kolonisering i næsen. Konkomitante dyrkninger er nødvendige for at regenerere organismer til epidemiologisk typebestemmelse eller til yderligere følsomhedstestning. RESUMÉ OG FORKLARING AF PROCEDUREN Staphylococcus aureus er en meget hyppig årsag til nosokomielle infektioner, såsom infektioner i blodbanerne og kirurgiske infektioner med kliniske manifestationer, der spænder fra pustler til sepsis og dødsfald. 1 De findes normalt i næsen eller på huden hos raske personer (asymptomatiske bærere). Behandlingen af Staphylococcus aureus-infektioner stiller store krav med udviklingen af stammer, som er resistente over for antimikrobielle stoffer, som tidligere virkede effektivt. Methicillinresistente stammer af Staphylococcus aureus registreres ofte i sundhedsmiljøer og repræsenterer over 60 % af hospitalserhvervede Staphylococcus aureus-isolater på visse nordamerikanske europæiske hospitaler. 2,3 I hospitalsmiljøer kan MRSA overføres fra patient til patient via sundhedspersonalets kontaminerede hænder. Risikofaktorer for kolonisering med MRSA i hospitalsmiljøer inkluderer længerevarende hospitalsophold, kontakt med patienter, som er inficeret med MRSA, hyppig og langvarig behandling med bredspektret antibiotika samt MRSA-bærersmitte. MRSA-infektioner forøges hos patienter, der er koloniseret med MRSA. Staphylococcus aureus er en af de førende årsager til infektioner på operationsstedet (SSI). Den er ansvarlig for 20 % til 56 % af SSI, hvoraf MRSA repræsenterer op til 57 % af isolater. 4 Dødeligheden forbundet med begge patogener varierer fra 5 til 22 %. 4,5 Hos de fleste patienter med SSI stammer Staphylococcus aureus-infektionen fra en endogen kilde. 4,6 Traditionelle teknikker anvendt til påvisning af Staphylococcus aureus og MRSA kræver dyrkningstrin og isolering af rene kolonier efterfulgt af agglutinationstestning for at identificere Staphylococcus aureus og enten test af følsomhed for oxacillin, påvisning af meca-genet for methicillinresistens eller påvisning af det penicillinbindende protein (PBP 2a) for at identificere MRSA. Der kræves mindst 24 timer for at fastslå status for Staphylococcus aureus og MRSA med en gennemsnitlig tid på mere end 48 timer ved brug af traditionelle metoder. Med den øgede morbiditet og dødelighed forbundet med Staphylococcus aureus-infektioner er forekomsten af de såkaldte mecadropout-stammer og spredningen af et nyt methicillinresistent gen (dvs. mecc-genet), muligheden for at påvise og differentiere Staphylococcus aureus og MRSA inden for timer i stedet for dage en klar fordel i forhold til nuværende metoder og muliggør mere effektiv patientbehandling og -administration. 1

2 Et nasalt podningspræparat udtages og sendes til laboratoriet ved brug af den anbefalede type podepind (se afsnittet Nødvendigt udstyr og materialer, der ikke er vedlagt). Podepinden placeres i et BD MAX StaphSR-prøvebufferrør. Prøvebufferrøret vortexblandes for at frigøre cellerne fra podepinden til bufferen. Prøvebufferrøret placeret i BD MAX-systemet, hvorefter følgende automatiserede procedurer foretages: Bakteriecellerne lysesres, DNA ekstraheres på magnetiske perler og koncentreres og derefter tilsættes en afmåling af den eluerede DNA til PCR-reagenser, som indeholder SA- og MRSA-specifikke primere, der bruges til at amplificere de genetiske mål, hvis de er til stede. Analysen omfatter også en prøvebearbejdningskontrol. Prøvebearbejdningskontrollen er til stede i ekstraktionsrøret og udsættes for ekstraktions-, koncentrations- og amplifikationstrinnene for at kunne overvåge for hæmmende stoffer og procesineffektivitet, som skyldes instrument- eller reagensfejl. Operatørindgriben er ikke nødvendig, så snart den kliniske prøve, en BD MAX Unitized Reagent Strip og BD MAX PCR-kassetten er sat i BD MAX-systemet. BD MAX-systemet automatiserer prøvelysis, DNA-ekstraktion og -koncentration, reagensrehydrering, nukleinsyre-amplifikation og påvisningen af målnukleinsyresekvensen vha. polymerasekædereaktion (PCR) i realtid. Amplificerede mål påvises med hydrolyseprober mærket med hæmmede fluoroforer. Amplificering, påvisning og tolkning af signaler udføres automatisk af BD MAX-systemet. PROCEDURENS PRINCIPPER BD MAX systemet anvender en kombination af lytiske og ekstraktionsreagenser til at udføre cellelysis og DNA-ekstraktion. Efter enzymatisk cellelysering ved forhøjet temperatur indfanges de frigjorte nukleinsyrer af magnetiske affinitetsperler. Perlerne med de bundne nukleinsyrer vaskes, og nukleinsyrerne elueres vha. varme i elueringsbuffer. Elueret DNA neutraliseres med neutraliseringsbuffer og overføres til Master Mix-røret for at rehydrere PCR-reagenserne. Det rekonstituerede amplifikationsreagens dispenseres i BD MAX PCR-kassetten. Mikroventiler i BD MAX PCR-kassetten forsegles af systemet, inden PCR igangsættes, for at forhindre fordampning og amplikonkontaminering. De amplificerede DNA-mål påvises vha. hydrolyseprober (TaqMan), som er mærket med en fluorescerende reporterfarvestof (fluorofor) i den ene ende og med en quencherdel. Sonder, der er mærket med forskellige fluoroforer anvendes til at påvise en specifik amplikon i SCCmec MREJ (Right Extremity Junction), generne for methicillin-resistens meca og mecc, genet nuc, der koder en termostabil nuklease af Staphylococcus aureus og amplikonerne til prøvebearbejdning i fire forskellige optiske kanaler på BD MAX systemet: MREJ-amplikoner påvises i FAM-kanalen, meca- og mecc-amplikoner påvises i ROX-kanalen, nuc-amplikoner påvises i VIC-kanalen, og amplikoner til prøvebearbejdningskontrol påvises i Cy5.5-kanalen. Når proberne er i deres normale tilstand, kvæles fluoroforen af fluorescensen pga. dens nærhed til quencheren. Ved tilstedeværelsen af mål-dna hybridiseres proberne dog til deres komplementære sekvenser og hydrolyseres af DNA-polymerasens 5 3 exonukleaseaktivitet, da den syntetiserer den nydannede streng langs DNA-skabelonen. Som følge heraf adskilles fluoroforerne fra quenchermolekylerne, og fluorescensen afgives. Mængden af fluorescens, der påvises i de fire optiske kanaler, som anvendes til BD MAX StaphSR-analysen, er direkte proportional med mængden for den tilsvarende probe, som hydrolyseres. BD MAX-systemet måler disse signaler i slutningen af amplifikationscyklussen og tolker dataene for at levere et resultat. REAGENSER REF. Indhold Antal BD MAX StaphSR Master Mix (B7) Tørret PCR Master Mix, der indeholder polymerase, nukleotider og specifikke molekylære prober og primere 24 test sammen med en prøvebearbejdningskontrolspecifik molekylærprobe. BD MAX StaphSR Unitized Reagent Strip Unitized Reagent Strip, der indeholder alle de flydende reagenser og engangspipettespidser, der er 24 test nødvendige til DNA-ekstraktion og prøvebearbejdning. BD MAX StaphSR Extraction Tube (B8) Tørret ekstraktionsreagens, der indeholder DNA-magnetiske affinitetsperler, achrompeptidase 24 test og prøvebearbejdningskontrol. BD MAX StaphSR Sample Buffer Tube 24 test Membranhætter 25 NØDVENDIGT UDSTYR OG MATERIALER, DER IKKE ER VEDLAGT BD BBL CultureSwab Liquid Stuart enkelt eller dobbelt podepind (Becton Dickinson-katalognummer eller ), Copan (Venturi) Transystem* Liquid Stuart enkelt eller dobbelt podepind (Copan, katalognummer. 141C eller 139C) VWR Multi-Tube Vortexer (VWR-katalognummer ) NALGENE Cryogenic Vial Holder (VWR, katalognummer ) Engangshandsker, pudderfri Steril saks (valgfri) Steril gaze Stopur eller timer BD MAX PCR-kassetter (BD Diagnostic Systems katalognummer ) 2

3 ADVARSLER OG FORHOLDSREGLER BD MAX StaphSR-analysen er til in vitro-diagnostik. Dette produkt kan kun bruges i BD MAX-systemet. Anvend ikke reagenser og/eller materialer, der er for gamle. Sættet må ikke bruges, hvis mærkaten, der forsegler den ydre emballage, er brudt ved modtagelse. Reagenser må ikke bruges, hvis de beskyttende poser er åbne eller defekte ved modtagelse. Anvend ikke reagenser, hvis tørremidlet ikke er til stede eller er brudt inden i reagensposerne. Tørremidlet må ikke tages ud af reagensposerne. De beskyttende poser med reagenser skal straks lukkes til med lynlåsen efter hver brug. Fjern eventuel overskydende luft i poserne, inden de lukkes. Beskyt reagenser mod varme og fugt. Længere tids eksponering over for fugt vil påvirke produktets ydelse. Reagenserne må ikke anvendes, hvis folien er blevet brudt eller beskadiget. Bland ikke reagenser fra forskellige poser og/eller kits og/eller partier. Hætter fra de forskellige reagenser må ikke ombyttes eller genbruges, da dette kan medføre kontaminering og kompromittere testresultaterne. Kontroller Unitized Reagent Strips for korrekt væskefyldning (sørg for, at væskerne befinder sig i bunden af rørene) (se figur 1). Kontroller Unitized Reagent Strips for at sikre, at alle pipettespidser er til stede (se figur 1). Vær forsigtig, når der bruges kemiske opløsninger, da læsbarheden for stregkoden på Master Mix- og ekstraktionsrør kan ændres. God laboratorieteknik er afgørende for korrekt udførelse af denne analyse. Pga. høj analytisk sensitivitet for denne test skal der udvises meget stor forsigtighed for at opretholde renheden for alle materialer og reagenser. I tilfælde, hvor der foretages andre PCR-test i samme umiddelbare område af laboratoriet, skal der udvises forsigtighed for at sikre, at BD MAX StaphSR-analysen, eventuelle nødvendige reagenser til testning og BD MAX systemet ikke kontamineres. Undgå altid mikrobiologisk kontaminering og deoxyribonucleasekontaminering (DNase) af reagenser. Der skal skiftes handsker, inden der håndteres reagenser og kassetter. For at undgå kontaminering af miljøet med amplikoner må BD MAX PCR-kassetter ikke adskilles efter brug. Forseglingerne af BD MAX PCR-kassetter er udviklet for at forhindre kontaminering. Laboratoriet skal rutinemæssigt udføre miljømæssig overvågning med henblik på at minimere risikoen for krydskontaminering. BD MAX Microfluidic-kassetterne kan bruges i op til to kørsler. Udførelse af BD MAX StaphSR-analysen uden for de anbefalede tidsrammer kan resultere i ugyldige resultater. Analyser, som ikke udføres inden for de specificerede tidsrammer, bør gentages. Yderligere kontroller kan testes i henhold til retningslinjer eller regler fra lokale eller offentlige myndigheder eller akkrediteringsorganisationer. Alle præparater skal altid håndteres som værende smittefarlige og i henhold til sikre laboratorieprocedurer, som f.eks. dem, der er beskrevet i CLSI Document M29 7 og i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. 8 Benyt egnet beskyttelsestøj og engangshandsker ved håndtering af alle former for reagenser. Vask hænderne grundigt efter udførelse af testen. Undgå pipettering med munden. Undgå at ryge, drikke, tygge eller spise inden for områder, hvor der behandles prøver eller analysekitreagenser. Bortskaf ubrugte reagenser og affald i overensstemmelse med lokale og/eller nationale regler. Se brugervejledningen til BD MAX-systemet 11 for yderligere advarsler, forholdsregler og procedurer. OPBEVARING OG STABILITET Indsamlede præparater skal opbevares ved en temperatur på mellem 2 C og 25 C under transport. Skal beskyttes mod frost eller for kraftig varme. Præparaterne kan opbevares ved 25 ±2 C i maksimalt 48 timer eller ved 2 8 C i maksimalt 120 timer (5 dage) inden testning. BD MAX StaphSR-analysereagenser og -komponenter er stabile ved 2 25 C inden den angivne udløbsdato. Anvend ikke komponenter, der er for gamle. BD MAX StaphSR Master Mix- og ekstraktionsrør leveres i forseglede poser. Produktet skal forsegles igen umiddelbart efter åbning for at beskytte det mod fugt. Reagensrør er stabile i op til 14 dage ved 2 25 C efter første åbning og genforsegling af posen. Ikke-rekonstituerede ekstraktions- og Master Mix-reagensrør er stabile i op til 5 timer ved 2 25 C efter fjernelse fra beskyttelsesposen. BRUGSANVISNING Præparatindsamling/-transport Brug en anbefalet podepind med transportanordning (se afsnittet Nødvendigt udstyr og materialer, der ikke er vedlagt) til at indsamle næsepræparater i henhold til instituttets og laboratoriets standardprocedurer og/eller følgende: 1. Fugt podepinden(e) med to dråber (ca. 50 µl) sterilt fysiologisk saltvand, eller brug den tør. 2. Før podepinden(e) forsigtigt ind i patientens næsebor (spidsen af podepinden skal indføres op til 2,5 cm fra næseborskanten). 3. Rul podepinden(e) 5 gange langs slimhinden inden i næseboret. 3

4 4. Før de(n) samme podepind(e) ind i det andet næsebor, og gentag trin 2 og Anbring podepinden(e) i transportrøret. 6. Sæt en mærkat på transportrøret. 7. Transporter podepinden(e) til laboratoriet i henhold til instituttets og laboratoriets standardprocedurer (se afsnittet Opbevaring og stabilitet). Klargøring af præparater BEMÆRK: Der kræves ét (1) prøvebufferrør, én (1) hætte med membran, én (1) Master Mix (B7), ét (1) ekstraktionsrør (B8) og én (1) reagensstrimmel til hvert præparat og hver ekstern kontrol, der skal testes. BEMÆRK: Ved dyrkning af kliniske præparater inden udførelse af BD MAX StaphSR-analysen henvises der til afsnittet Dyrkning af kliniske præparater. 1. Indsaml det antal prøvebufferrør, der svarer til antallet af præparater og eksterne kontroller, der skal køres. 2. Mærk hvert prøvebufferrør med den relevante patientidentifikation, og sørg for, at stregkoderne ikke skjules, overskrives eller mærkes. 3. Tag hætten af prøvebufferrøret. 4. Fjern podepinden fra prøvetransportrøret, og anbring podepinden i det tilsvarende prøvebufferrør. 5. Hold fast i podepinden tæt ved rørets kant (brug sterilt gaze for at mindske risikoen for kontaminering). Løft podepinden ca. én (1) cm fra bunden af prøvebufferrøret, og bøj strimlen mod rørets kant for at knække den. Alternativ metode: Brug en steril saks til at klippe strimlen over. 6. Luk prøvebufferrøret med en membranhætte. 7. Anbring prøvebufferrøret i en NALGENE Cryogenic Vial Holder, og vortexbland ved maksimal hastighed i ét (1) minut med Multi-Tube Vortexer. Der kan bearbejdes op til 24 prøve på én gang med Multi-Tube Vortexer. Betjening af BD MAX-systemet BEMÆRK: Der henvises til brugervejledningen til BD MAX-systemet 11 for detaljerede instruktioner (afsnittet Betjening). BEMÆRK: Testning af BD MAX StaphSR-analysen skal udføres umiddelbart efter slyngestrinnet ovenfor (Klargøring af præparater, trin 7). Hvis det er nødvendigt at udføre testen igen, skal prøven(-erne) vortexblandes igen. 1. Tænd BD MAX-systemet (hvis det ikke allerede er gjort), og log på ved at angive <username> (brugernavn) og <password> (adgangskode). 2. Der skal skiftes handsker, inden der håndteres reagenser og kassetter. 3. Fjern det påkrævede antal Unitized Reagent Strips fra BD MAX StaphSR-kittet. Bank forsigtigt hver Unitized Reagent Strip på en hård overflade for at sikre, at al væske befinder sig i bunden af rørene. 4. Fjern det nødvendige antal ekstraktionsrør og Master Mix-rør fra beskyttelsesposerne. Fjern eventuel overskydende luft, og luk poserne vha. lynlåsen. 5. For hvert præparat, der skal testes, skal der placeres én (1) Unitized Reagent Strip på BD MAX-systemstativet. Start med position 1 på stativ A, og fortsæt fortløbende. 6. Klik ét (1) ekstraktionsrør (hvid folie) i hver Unitized Reagent Strip i position 1, som det er vist på figur Klik ét (1) Master Mix-rør (grøn folie) i hver Unitized Reagent Strip i position 2, som det er vist på figur 1. Klik på-rør Affaldsbeholder Pipettespidser #1 #2 #3 Lysisrør Ekstraktionsrør StaphSR Master Mix Elueringsbuffer Vaskebuffer Neutraliseringsbuffer Figur 1: Klik BD MAX StaphSR Master Mix- og ekstraktionsrør ind i Unitized Reagent Strips. 8. Klik på kørselsikonet, og indtast kittets lotnummer for BD MAX StaphSR-analysen (så partiet kan spores) ved enten at scanne stregkoden med scanneren eller indtaste det manuelt. BEMÆRK: Gentag trin 8 for hver gang, der anvendes et nyt kitlotnummer. 9. Gå til Worklist (Arbejdsliste). Brug rullemenuen til at vælge <BD MAX StaphSR 55>. 10. Angiv id for prøvebufferrøret, patient-id og accessionsnummer (hvis relevant) på arbejdslisten ved enten at scanne stregkoden med scanneren eller ved at indtaste oplysningerne manuelt. 11. Vælg det relevante kit-lotnummer (findes på den ydre emballage) på rullemenuen. 4

5 12. Gentag trin 9 til 11 for alle resterende prøvebufferrør. 13. Anbring prøvebufferrøret i BD MAX-systemstativ(er) svarende til de Unitized Reagent Strips, der blev samlet i trin 5 til 7. BEMÆRK: Anbring prøvebufferrørene i prøvestativ(er) med 1D-stregkodeetiketterne udad (det gør det lettere at scanne prøvebufferrørene, når prøverne logges på). 14. Anbring det påkrævede antal BD MAX PCR-kassetter i BD MAX-systemet (se figur 2). Hver kassette passer til 2 kørsler med op til 12 prøver for i alt 24 prøver. BD MAX-systemet vælger automatisk positionen og rækken på PCR-kassetten for hver kørsel. BD MAX PCR-kassetter kan bruges flere gange, indtil alle baner er anvendt. For at maksimere brugen af BD MAX PCR-kassetter med 2000 Sample Mode skal du vælge Run Wizard (Kørselsguide) under fanen Worklist (Arbejdsliste) for banetildelinger. Se brugervejledningen til BD MAX-systemet for at få flere oplysninger. Figur 2: Isæt BD MAX PCR Cartridges-kassetter. 15. Sæt stativ(er) i BD MAX-systemet (figur 3). Side A Side B Figur 3: Sæt stativ(er) i BD MAX-systemet. 5

6 16. Luk låget på BD MAX-systemet, og klik på <Start> for at starte behandlingen. 17. Når kørslen er færdig, skal resultaterne kontrolleres med det samme, eller prøvebufferrørene skal opbevares ved 2 8 C i op til 5 dage ELLER ved 25 ± 2 C i maksimalt 48 timer, indtil resultaterne er kontrolleret. BEMÆRK: Hvis en membranhætte blev beskadiget under kørslen, skal den udskiftes med en ny, inden prøven stilles til opbevaring. BEMÆRK: Forberedte BD MAX StaphSR-prøvebufferrør kan opbevares ved 2 8 C i maksimalt 120 timer (5 dage) ELLER ved 25 ±2 C i maksimalt 36 timer, efter at prøven er føjet til prøvebufferrørene. Når der opnås inkonklusive (IND), uafklarede (UNR) eller ufuldstændige (INC) resultater, eller når der opstår en ekstern kontrolfejl, skal der inden for denne tidsramme udføres en gentagen test fra det klargjorte prøvebufferrør (se afsnittet Gentagen testprocedure ). KVALITETSKONTROL Kvalitetskontrolprocedurer overvåger udførelsen af analysen. Laboratorierne skal etablere antallet, typen og hyppigheden for testning af kontrolmaterialer i henhold til retningslinjerne eller kravene i de nationale, statslige eller lokale regler eller akkrediterede organisationer. For at finde en generel vejledning om kvalitetskontrol kan brugeren vælge at se CLSI MM3 og EP12. 9,10 1. Eksterne kontrolmaterialer leveres ikke af BD. Eksterne positive og negative kontroller anvendes ikke af BD MAX-systemsoftwaren med henblik på tolkning af prøvetestresultater. Eksterne kontroller behandles på samme måde som patientprøver. (Se tabellen i afsnittet Tolkning af resultater for at få oplysninger om tolkning af resultater for eksterne kontrolanalyser). 2. Én (1) ekstern positiv kontrol og én (1) ekstern negativ kontrol skal mindst køres dagligt, indtil der er opnået tilstrækkelig procesvalidering på BD MAX-systemet i hvert laboratoriemiljø. Nedsat hyppighed for kontroltestning skal ske i henhold til gældende lovgivning. 3. Den eksterne positive kontrol er beregnet til overvågning med henblik på alvorlige reagensfejl. Den eksterne negative kontrol er beregnet til påvisning af kontaminering af reagenser eller miljø (eller carry-over) fra målnukleinsyrer. 4. Kontrolstammer kan testes i hht. retningslinjer eller krav fra lokale eller offentlige myndigheder eller akkrediteringsorganisationer for at overvåge effektiviteten for hele den analytiske proces. 5. Diverse typer eksterne kontroller anbefales, for at brugeren kan vælge den mest relevante til vedkommendes kvalitetskontrolprogram for laboratoriet. a. Ekstern negativ kontrol: Kommercielt tilgængelige kontrolmaterialer (f.eks. en Staphylococcus epidermidis-stamme (ATCC 12228)) eller en tidligere karakteriseret prøve, som er påvist at være negativ. BD anbefaler, at den eksterne negative kontrol klargøres inden den eksterne positive kontrol for at reducere potentiel kontaminering pga. kontrolklargøring. b. Ekstern positiv kontrol: Kommercielt tilgængelige kontrolmaterialer (f.eks. en MRSA-referencestamme (ATCC 43300) og methicillin-følsomme stammer af Staphylococcus aureus (f.eks.atcc 29213)) eller en tidligere karakteriseret prøve, som er påvist at være positiv. I forbindelse med klargøring af eksterne kontrolsuspensioner skal isolater resuspenderes i en saltvandsopløsning til en klarhed på 0,5 McFarland (~1 X 10 8 CFU/mL). Udfør serielle fortyndinger med saltvand for at få en endelig suspension på ~1,0 X 10 4 CFU/mL. Dyp en podepind i den fortyndede bakteriesuspension, tryk overskydende væske af, og placer podepinden i det tilsvarende prøvebufferrør. Bearbejd og test som en prøve (se afsnittene Klargøring af prøver og Betjening af BD MAX-systemet). 6. Alle eksterne kontroller skal give de forventede resultater (positiv for ekstern positiv kontrol, negativ for ekstern negativ kontrol) og ingen mislykkede eksterne kontroller (uafklarede eller inkonklusive resultater). 7. En ekstern negativ kontrol, som viser et positivt testresultat, viser, at der er et problem med prøvehåndtering og/eller kontaminering. Gennemgå præparathåndteringsteknikken for at undgå sammenblanding og/eller kontaminering. En ekstern positiv kontrol, som viser et negativt testresultat, viser, at der er et problem med prøvehåndtering/-klargøring. Gennemgå præparathåndterings-/klargøringsteknikken. 8. En ekstern negativ kontrol, som viser inkonklusive, uafklarede eller ufuldstændige testresultater, indikerer en fejl i reagenset eller BD MAX systemet. Kontrollér BD MAX-systemets skærm for eventuelle fejlmeddelelser. Der henvises afsnittet Oversigt over systemfejl i brugervejledningen til BD MAX-systemet 11 for tolkning af advarsels- og fejlkoder. Hvis problemet fortsætter, skal der anvendes reagenser fra en uåbnet pose eller et nyt analysekit. 9. Hvert ekstraktionsrør indeholder en prøvebearbejdningskontrol, som er et plasmid, der indeholder en syntetisk mål-dna-sekvens. Prøvebearbejdningskontrollen overvåger effektiviteten for DNA-opsamling, -vask og -eluering under prøvebearbejdningstrinnene samt effektiviteten for DNA-amplifikation og -påvisning under PCR-analyse. Hvis resultatet for prøvebearbejdningskontrollen ikke opfylder godkendelseskriterierne, rapporteres resultatet for præparatet som uafklaret. Eventuelle positive (POS) analyseresultater rapporteres dog, og ingen mål kaldes NEG. Et uafklaret resultat viser, at der er en prøverelateret hæmning eller reagensfejl. Gentag alle præparater, der rapporteres som uafklarede, i henhold til afsnittet Gentagen testprocedure. 6

7 TOLKNING AF RESULTATER Resultaterne findes på fanen Results (Resultater) i vinduet Results (Resultater) på BD MAX-systemets skærm. BD MAXsystemsoftwaren tolker automatisk testresultaterne. Et testresultat kan angives som [SA NEG, MRSA NEG (negativ)], [SA POS, MRSA POS (MRSA-positiv)], [SA POS, MRSA NEG (SA-positiv)] eller [SA UNR, MRSA UNR] (uafklaret) på baggrund af amplikationsstatussen for målet og for prøvebearbejningskontrollen. Resultaterne IND (inkonklusive) eller INC (ufuldstændige) skyldes en fejl i BD MAX-systemet. Resultaterne er baseret på følgende bestemmelsesalgoritme (tabel 1): Rapporteret analyseresultat SA POS MRSA POS SA POS MRSA NEG SA NEG MRSA NEG SA UNR MRSA UNR IND INC Tabel 1: Tolkning af resultater for BD MAX StaphSR-analyse Tolkning af resultat MRSA DNA påvist SA DNA påvist; intet MRSA DNA påvist Intet SA og intet MRSA DNA påvist Uafklaret hæmmende præparat eller reagensfejl ingen amplifikation af mål eller prøvebearbejdningskontrol Inkonklusivt resultat, som skyldes en fejl i BD MAX-systemet (med advarsels- og fejlkoder a ) Ufuldstændig kørsel (med advarsels- og fejlkoder a ) a Der henvises til afsnittet Fejlfinding i brugervejledningen til BD MAX-systemet 11 vedrørende tolkning af advarsler og fejlkoder. SA POS, MRSA POS (MRSA DNA påvist) Fluorescenssignal er påvist for både MREJ (Staphylococcus aureus-specifik) og meca- eller mecc-mål, og Nuc-målgenet påvises eller påvises muligvis ikke, da det i sjældne tilfælde har vist sig, at nuc-genet kan være fraværende for MRSA 12, og Prøvebearbejdningskontrollen ignoreres, da MRSA-målamplifikation tilsidesætter denne kontrol. SA POS, MRSA NEG (SA DNA påvist, ingen MRSA DNA påvist) Fluorescenssignal er kun påvist for nuc-genet (indikation på en SA-stamme), eller Fluorescenssignal er påvist for nuc-genet og meca eller mecc-målet under fravær af MREJ-sekvenser (hvilket indikerer, at en SA-stamme er til stede med co-kolonisering af en ikke-sa methicillinresistent bakteriestamme), eller Fluorescenssignal er kun påvist for nuc-genet og MREJ-mål (indikation på en tom kassettevariant), eller Fluorescenssignal er kun påvist for MREJ-mål (indikation på en kassettevariant uden Staphylococcus aureus). MREJ er specifik for Staphylococcus aureus-arter og er derfor en indikation på en SA-stamme. Påvisning af nuc-genet er ikke nødvendigt for at opnå et SA POS-, MRSA NEG-resultat for en tom kassettevariant, Prøvebearbejdningskontrollen ignoreres, da SA-målamplifikation tilsidesætter denne kontrol. SA NEG, MRSA NEG (Ingen SA og ingen MRSA DNA påvist) Fluorescenssignal er ikke påvist af BD MAX StaphSR-analysen for noget mål (nuc-, meca-, mecc- og MREJ-mål), og fluorescenssignal er påvist for prøvebearbejdningskontrollen, eller Fluorescenssignal er kun påvist for meca- eller mecc-genet (meca- og mecc -generne er ikke unikke for Staphylococcus aureus-arter og kan findes i andre bakterieslægter (f.eks. Staphylococcus epidermidis)). SA UNR, MRSA UNR (uafklarede resultater) Fluorescenssignal er ikke påvist for nuc-genet, meca/mecc- eller MREJ-mål, og Fluorescenssignal er ikke påvist for prøvebearbejdningskontrol (hæmmende prøve eller reagensfejl). IND (Inkonklusivt resultat) Fejl i BD MAX systemet med advarsel eller fejlkoder. Der henvises afsnittet Fejlfinding i brugervejledningen til BD MAX-systemet 11 for tolkning af advarsels- og fejlkoder. INC (Ufuldstændig kørsel) Fejl i BD MAX systemet med advarsel eller fejlkoder. Der henvises afsnittet Fejlfinding i brugervejledningen til BD MAX-systemet 11 for tolkning af advarsels- og fejlkoder. GENTAGEN TESTPROCEDURE BEMÆRK: Mængden er udelukkende tilstrækkelig til at udføre én gentagen test med prøvebufferrøret på BD MAX-systemet. For prøvebufferrør, der opbevares ved 25 ±2 C, skal den gentagede test udføres inden for 36 timer efter de trin, der er beskrevet i afsnittet Klargøring af præparater ovenfor. For prøvebufferrør, der opbevares ved 2 8 C, kan den gentagede test alternativt udføres inden for 120 timer (5 dage) efter de trin, der er beskrevet i afsnittet Klargøring af præparater ovenfor. BEMÆRK: Nye prøver kan testes i samme kørsel som gentagne prøver. 7

8 UAFKLARET RESULTAT Uafklarede resultater kan opnås i tilfælde af, at et hæmmende stof eller en reagensfejl forhindrer korrekt amplifikation af mål eller prøvebearbejdningskontrol. En prøve(r) kan gentages fra deres tilsvarende prøvebufferrør inden for tidsrammerne, der er defineret ovenfor. Vortexbland prøven(-erne) i ét (1) minut, og genstart ved at følge vejledningen i afsnittet Betjening af BD MAX-systemet. INKONKLUSIVT RESULTAT Inkonklusive resultater kan forekomme, hvis der opstår en systemfejl. En prøve(r) kan gentages fra deres tilsvarende prøvebufferrør inden for tidsrammerne, der er defineret ovenfor. Vortexbland prøven(-erne) i ét (1) minut, og genstart ved at følge vejledningen i afsnittet Betjening af BD MAX-systemet. Se brugervejledningen til BD MAX 11 vedrørende tolkning af advarsler eller fejlkoder (afsnittet Fejlfinding). UFULDSTÆNDIGT RESULTAT Ufuldstændige resultater kan opstå, hvis der opstår en afsluttende advarsel eller fejlkode, eller hvis klargøringen af præparatet eller PCR nåede de forventede tidspunkter. De ufuldstændige resultater kan gælde for en kørsel eller en bane. En prøve(r) kan gentages fra deres tilsvarende prøvebufferrør inden for tidsrammerne, der er defineret ovenfor. Vortexbland prøven(-erne) i ét (1) minut, og genstart ved at følge vejledningen i afsnittet Betjening af BD MAX-systemet. Se brugervejledningen til BD MAX 11 vedrørende tolkning af advarsler eller fejlkoder (afsnittet Fejlfinding). EKSTERN KONTROLFEJL Eksterne kontroller skal resultere i de forventede resultater, når de testes. Hvis prøverne skal gentages pga. et forkert eksternt kontrolresultat, skal de gentages fra deres prøvebufferrør sammen med de nyligt klargjorte eksterne kontroller inden for de tidsrammer, der er angivet ovenfor. Vortexbland prøven(-erne) i ét (1) minut, og genstart ved at følge vejledningen i afsnittet Betjening af BD MAX -systemet. DYRKNING AF KLINISKE PRØVER For at udføre antimikrobiel følsomhedsbestemmelse eller epidemiologisk typebestemmelse kan kliniske prøver dyrkes fra prøvetagningsanordningen (podepind), inden præparatklargøringsproceduren udføres (vha. en udstrygningsmetode), eller efter at præparatklargøringsproceduren er udført (vha. en berigelsesbouillonmetode). Podepinde kan opbevares umiddelbart efter afslutningen af den første PCR-kørsel ved 2 8 C i op til 36 timer i prøvebufferrørene inden dyrkning ved at følge hospitalets procedurer. PROCEDURENS BEGRÆNSNINGER Dette produkt er beregnet til brug ved analyse af nasale podningspræparater udtaget vha. de prøvetagnings- og transportanordninger, der er beskrevet i afsnittet Nødvendigt udstyr og materialer, der ikke er vedlagt. Udførelse af BD MAX StaphSR-analysen ved hjælp af flydende Amies enkelt eller dobbelt podepind er ikke fastslået. Dette produkt må kun bruges sammen med BD MAX systemet. Der kan dannes forkerte testresultater som følge af forkert præparatindsamlingsmetode, håndtering eller opbevaring, tekniske fejl, sammenblanding af præparater, eller fordi antallet af organismer i præparatet ligger under testens analytiske følsomhedsniveau. Det er nødvendigt omhyggeligt at overholde anvisningerne i indlægssedlen og i brugervejledningen 11 til BD MAX-systemet for at undgå fejlagtige resultater. Screening bestemmer kolonisationens status på et givent tidspunkt. Kolonisering kan variere afhængigt af patientens behandling (f.eks. dekolonisationsregime), patientens status (f.eks. forbigående SA- og MRSA-kolonisering) eller eksponering for højrisikomiljøer (f.eks. kontakt med SA- eller MRSA-bærere og/eller langvarigt hospitalsophold). Koloniseringsstatus skal overvåges i henhold til institutionens retningslinjer. Et positivt BD MAX StaphSR-resultat er ikke nødvendigvis en indikation på fejlagtig udryddelsesbehandling, da tilstedeværelsen af DNA kan være vedvarende. Et negativt resultat efter et tidligere positivt testresultat kan være tegn på vellykket udryddelsesbehandling eller kan opstå som følge af intermitterende kolonisering. Et positivt testresultat er ikke nødvendigvis ensbetydende med forekomsten af levedygtige organismer. Et positivt resultat indikerer tilstedeværelsen af SA eller MRSA DNA. BD MAX StaphSR-analysen påviser samtidig meca- eller mecc-genet, der bæres i SCCmec-kassetten og en Staphylococcus aureus-specifik sekvens ved forbindelsesstedet mellem SCCmec-kassetten og orfx-genet (MREJ). BD MAX StaphSR-analysen påviser også det Staphylococcus aureus-specifikke nuc-gen. BD MAX StaphSR-analysen er beregnet til at påvise MREJ-genotyperne i, ii, iii, iv, v, vi, vii, ix, xiii, xiv og xxi, repræsenterer størstedelen af meca og mecc, som besidder MRSA-stammer (der tilhører forskellige SCCmec-/MREJ-typer), hvilket til dato gælder for mere end 98 % af testede stammer af BD på verdensplan. Evnen for BD MAX StaphSR-analysen til at påvise andre MREJ-genotyper er ukendt. BD MAX StaphSR-analysen rapporterer ikke borderline-oxacillinresistent Staphylococcus aureus (BORSA) som MRSA (den rapporterer udelukkende SA). Mekanismen for oxacillinresistens i BORSA-stammer skyldes en øget produktion af β-lactamaser, ikke meca- eller mecc-genet. BORSA-stammer er sjældne. Funktionen for BD MAX StaphSR-analysens evne til at påvise modificeret Staphylococcus aureus (MOD-SA) kendes ikke, da disse stammer ikke er evalueret. Mekanismen for oxacillin-resistens i MOD-SA-stammer skyldes ændringer i affiniteten for penicillinbindende proteiner for oxacillin. MOD-SA-stammer er sjældne. BD MAX StaphSR-analysen vil generere et falsk positivt MRSA-resultat ved test af en co-koloniseret nasal prøve, der indeholder både et methicillinresistent coagulase-negative Staphylococcus (MRCoNS) og en tom kassette med methicillinfølsom SA-variant. Co-kolonisering med MRCoNS og en tom kassette med methicillinfølsom SA er sjældent. Som med alle PCR-baserede in vitro-diagnostiske test, kan der påvises meget lave mål under LoD for analysen, men resultaterne er ikke nødvendigvis reproducerbare. Tobramycin kan forårsage hæmning i BD MAX StaphSR-analysen (se afsnittet Interfererende stoffer for at få yderligere oplysninger). 8

9 Falsk negative resultater kan opstå pga. tab af nukleinsyre fra utilstrækkelig indsamling, transport eller opbevaring af præparaterne, eller de kan skyldes utilstrækkelig bakteriecellelysering. Prøvebearbejdningskontrollen er føjet til testen for at bidrage til identifikationen af præparater, som indeholder hæmmere af PCR-amplifikation og som en kontrol af reagensintegritet samt af analysesystemet som helhed. Prøvebearbejdningskontrollen viser ikke, om der er opstået tab af nukleinsyre pga. utilstrækkelig indsamling, transport eller opbevaring af præparaterne, eller om bakterieceller er tilstrækkeligt lyseret. I en blandet dyrkning er påvisning af MRSA eller SA variabel, når høje koncentrationer af MRSE er til stede. Konkurrence fra MRSE blev observeret ved et MRSA:MRSE-forhold på 1: 1 X 10 2 og et SA:MRSE-forhold på 1: 1 X I en blandet dyrkning er påvisningen af MRSA variable, når der forekommer meget høje koncentrationer af MSSA. Konkurrence fra MSSA blev observeret ved et MRSA:MSSA-forhold på 1: 1 X BD MAX StaphSR-analyseresultater vil undertiden ikke kunne afklares pga. en ugyldig prøvebearbejdningskontro eller være inkonklusiv eller ufuldstændig pga. instrumentfejl og derfor kræve gentaget testning, hvilket kan medføre forsinket indsamling af de endelige resultater. Mutationer eller polymorfismer i primer- eller probebindende områder kan påvirke påvisningen af nye eller ukendte MRSA- eller SA-varianter og resultere i et falsk negativt resultat med BD MAX StaphSR-analysen. Som med alle in vitro-diagnostiske test er positive og negative værdier stærkt afhængige af prævalens. Funktionen for BD MAX StaphSR-analysen kan variere afhængigt af den testede prævalens og population. BD MAX StaphSR-analysen kræver brug af fire (4) optiske kanaler fra BD MAX-systemet; FAM-kanal ( nm), ROX-kanal ( nm), VIC-kanal (530/565 nm) og Cy5.5-kanal (680/715 nm) Effektiviteten af den sidste optiske kanal er ikke undersøgt i forbindelse med denne analyse. FORVENTEDE VÆRDIER I BD MAX StaphSR-analysen et klinisk studie blev der opnået i alt rapporterbare resultater fra præparater, der overholder præparat- og PCR-niveauer, fra 3 geografisk forskellige steder og sammenlignet med direkte og beriget dyrkning. Studiepopulationen blev grupperet i indlagte og ikke-indlagte patientkategorier. Antallet og procentdelen af positive tilfælde, som bestemt ved BD MAX StaphSR-analysen, er præsenteret i tabel 2. Tabel 2: Opsummering af overensstemmende inklusion i klinisk undersøgelse efter patientgruppe Gruppe Hospitalsindlagte patienter Ambulante patienter Antal præparater i alt a Antal MRSA-positive Antal SA-positive I alt a a Samlet antal præparater baseret på overensstemmende PCR-resultater. Procent MRSA-positive 10,2 % (172/1.683) 3,9 % (28/710) 8,4 % (200/2.393) Procent SA-positive 32,4 % (545/1.683) 25,6 % (182/710) 30,4 % (727/2.393) FUNKTIONSDATA Klinisk funktion BD MAX StaphSR-analysens kliniske funktionsdata blev fastlagt i en prospektiv forskningsundersøgelse på flere centre (3). Tre (3) forsøgscentre deltog i undersøgelsen. For at kunne deltage i undersøgelsen skulle patienterne være kvalificeret til MRSA- eller SA-test i henhold til institutionens politikker. Kravene til egnethed for målrettet screening i henhold til forsøgscentrets politikker omfattede, men var ikke begrænset til: patienter, der er indlagt i det pågældende sundhedssystem; patienter, der er indlagt på intensivafdeling; patienter, der er overført til intensivafdeling; patienter til præ-elektiv kirurgi og patienter, der indlægges fra plejeinstitutioner. Præparater fra patienter, der tidligere har været inkluderet i undersøgelsen, blev ekskluderet. Den komparative referencemetode bestod af direkte dyrkning suppleret med beriget dyrkning. Beriget dyrkningsanalyse blev udført for alle præparater, som var negative for MRSA eller SA ved direkte dyrkning. Formodet Staphylococcus aureus-kolonier observeret på selektivt (Staphylococcus aureus) kromogent medium blev videredyrket på blodagar (BA). Identifikation blev bekræftet med agglutinationstest, mens methicillin-resistens blev bekræftet med Cefoxitindiskdiffusionstest (30 μg). Berigelse i trypticase-sojabouillon med 6,5 % NaCl (TSB 6,5 % NaCl) blev udført, hvis MRSA eller SA ikke blev bekræftet af den første direkte dyrkningsmetode. Uklar TSB 6,5 % NaCl-bouillon blev brugt til inokulering af yderligere kromogent medium og BA-plader. MRSA-bekræftelse blev udført, som det er beskrevet ovenfor. Resultater opnået med BD MAX StaphSR-analysen sammenlighed med referencemetoden I alt præparater indgik i undersøgelsen. Af disse blev 94 præparater betragtet som ikke-overensstemmende i henhold til protokolkriterierne, og fire (4) fuldt overensstemmende præparater gav endelige, ikke-rapporterbare PCR-resultater. I alt præparaterresultater blev anvendt til at bestemme den kliniske ydeevne for BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med referencemetoden (tabel 3 til 6). Sammenlignet med referencemetoden (direkte/beriget dyrkning) identificerede BD MAX StaphSR-analysen 93,1 % af de MRSA-positive prøver og 97,8 % de MRSA-negative prøver (tabel 3 og 4). Resultatet af dette for den testede population var en negativ prædikativ værdi (NPV) på 99,5 % og en positiv prædikativ værdi (PPV) på 75,5 %. 9

10 Tabel 3: Resultater opnået for MRSA med BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med referencemetoden Alle steder Referencemetode MRSA Positiv Negativ I alt Positiv a 197 BD MAX StaphSR-analyse Negativ 11 a I alt Sensitivitet: 93,1 % (149/160) (95 % CI: 88,1 %, 96,1 %) Specificitet: 97,8 % (2.145/2.193) (95 % CI: 97,1 %, 98,3 %) PPV: 75,5 % (95 % CI: 70,0 %, 80,5 %) NPV: 99,5 % (95 % CI: 99,1 %, 99,7 %) a Yderligere undersøgelse blev udført på præparater med disharmoniske resultater mellem referencemetoden og BD MAX StaphSR-analysen. 11 af 48 MRSA-falske positive BD MAX StaphSR-præparater blev ligeledes fundet at være positive efter gentagelse af referencemetoden 5 af 11 MRSA-falske negative BD MAX StaphSR-præparater blev ligeledes fundet at være negative efter gentagelse af referencemetoden. Tabel 4: Ydeevne fra sted til sted opnået for MRSA med BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med referencemetoden Kliniske steder Prævalens a Sensitivitet (95 % CI) b Specificitet (95 % CI) b Sted 1 4,3 % (41/960) Sted 2 5,8 % (38/650) Sted 3 10,6 % (81/765) Samlet 6,7 % (160/2.375 c ) a Prævalens udelukkende baseret på referencemetoden b Konfidensinterval c præparater stemte overens med referencemetoden 92,7 % (38/41) (80,6 %, 97,5 %) 86,8 % (33/38) (72,7 %, 94,2 %) 96,3 % (78/81) (89,7 %, 98,7 %) 93,1 % (149/160) (88,1 %, 96,1 %) 99,0 % (909/918) (98,1 %, 99,5 %) 98,6 % (584/592) (97,4 %, 99,3 %) 95,5 % (652/683) (93,6 %, 96,8 %) 97,8 % (2.145/2.193) (97,1 %, 98,3 %) Sammenlignet med referencemetoden (direkte/beriget dyrkning) identificerede BD MAX StaphSR-analysen 92,0 % af de SA-positive prøver og 93,2 % de SA-negative prøver (tabel 5 og 6). Resultatet af dette for den testede population var en NPV på 96,9 % og en PPV på 83,8 %. Tabel 5: Resultater opnået for SA med BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med referencemetoden Alle steder BD MAX StaphSR-analyse Referencemetode SA Positiv Negativ I alt Positiv a 714 Negativ 52 a I alt Sensitivitet: 92,0 % (599/651) (95 % CI: 89,7 %, 93,9 %) Specificitet: 93,2 % (1.587/1.702) (95 % CI: 92,0 %, 94,3 %) PPV: 83,8 % (95 % CI: 81,3 %, 86,1 %) NPV: 96,9 % (95 % CI: 96,0 %, 97,6 %) a Yderligere undersøgelse blev udført på præparater med disharmoniske resultater mellem referencemetoden og BD MAX StaphSR-analysen. 28 af 115 SA-falske positive BD MAX StaphSR-præparater blev ligeledes fundet at være positive efter gentagelse af referencemetoden 23 af 52 SA-falske negative BD MAX StaphSR-præparater blev ligeledes fundet at være negative efter gentagelse af referencemetoden. 10

11 Tabel 6: Ydeevne fra sted til sted opnået for SA med BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med referencemetoden Kliniske steder Prævalens a Sensitivitet med 95 % CI b Specificitet med 95 % CI b Sted 1 27,2 % (261/960) Sted 2 27,5 % (179/650) Sted 3 27,8 % (213/765) Samlet 27,5 % (653/2.375 c ) a Prævalens udelukkende baseret på referencemetoden b Konfidensinterval c præparater stemte overens med referencemetoden 90,0 % (235/261) (85,8 %, 93,1 %) 91,5 % (162/177) (86,5 %, 94,8 %) 94,8 % (202/213) (91,0 %, 97,1 %) 92,0 % (599/561) (89,7 %, 93,9 %) 96,3 % (672/698) (94,6 %, 97,4 %) 90,9 % (412/453) (88,0 %, 93,3 %) 91,3 % (503/551) (88,6 %, 93,4 %) 93,2 % (1.587/1.702) (92,0 %, 94,3 %) Resultater opnået med BD MAX StaphSR-analysen sammenlighed med direkte dyrkning I alt præparater indgik i undersøgelsen. Af disse blev 54 præparater betragtet som ikke-overensstemmende i henhold til protokolkriterierne, og seks (6) fuldt overensstemmende præparater gav endelige, ikke-rapporterbare PCR-resultater. I alt præparaterresultater blev anvendt til at bestemme den procentvise positive og negative overensstemmelse mellem BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med direkte dyrkning (tabel 7 til 10). Sammenlignet med direkte dyrkning identificerede BD MAX StaphSR-analysen 96,5 % af de MRSA-positive præparater og 97,2 % af de MRSA-negative præparater (tabel 7 og 8). Tabel 7: Resultater opnået for MRSA med BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med direkte dyrkning Alle steder Direkte dyrkning Positiv Negativ I alt Positiv BD MAX StaphSR Negativ I alt Positiv procentvis overensstemmelse: 96,5 % (137/142) (95 % CI: 92,0 %, 98,5 %) Negativ procentvis overensstemmelse: 97,2 % (2.186/2.249) (95 % CI: 96,4 %, 97,8 %) Tabel 8: Ydeevne opnået fra sted til sted for MRSA med BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med direkte dyrkning Kliniske steder Sted 1 Sted 2 Sted 3 Samlet a Konfidensinterval Positiv procentvis overensstemmelse med 95 % CI a Negativ procentvis overensstemmelse med 95 % CI a 100 % (35/35) (90,1 %, 100 %) 93,5 % (29/31) (79,3 %, 98,2 %) 96,1 % (73/76) (89,0 %, 98,6 %) 96,5 % (137/142) (92,0 %, 98,5 %) 98,7 % (912/924) (97,7 %, 99,3 %) 98,0 % (587/599) (96,5 %, 98,9 %) 94,6 % (687/726) (92,7 %, 96,0 %) 97,2 % (2.186/2.249) (96,4 %, 97,8 %) Sammenlignet med direkte dyrkning identificerede BD MAX StaphSR-analysen 95,1 % af de SA-positive præparater og 91 % af de SA-negative præparater (tabel 9 og 10). Tabel 9: Resultater opnået for SA med BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med direkte dyrkning Alle steder Direkte dyrkning Positiv Negativ I alt Positiv BD MAX StaphSR Negativ I alt Positiv procentvis overensstemmelse: 95,1 % (564/593) (95 % CI: 93,1 %, 96,6 %) Negativ procentvis overensstemmelse: 91,0 % (1.637/1.798) (95 % CI: 89,6 %, 92,3 %) 11

12 Tabel 10: Ydeevne fra sted til sted opnået for SA med BD MAX StaphSR-analysen sammenlignet med direkte dyrkning Kliniske steder Sted 1 Sted 2 Sted 3 Samlet a Konfidensinterval Negativ procentvis overensstemmelse med Positiv procentvis overensstemmelse med 95 % CI a 95 % CI a 93,0 % (213/229) 93,4 % (682/730) (89,0 %, 95,7 %) (91,4 %, 95,0 %) 94,9 % (149/157) 88,6 % (419/473) (90,3 %, 97,4 %) (85,4 %, 91,1 %) 97,6 % (202/207) 90,1 % (536/595) (94,5 %, 99,0 %) (87,4 %, 92,2 %) 95,1 % (564/593) (93,1 %, 96,6 %) 91,0 % (1.637/1.798) (89,6 %, 92,3 %) Ud af nasale podningspræparater testet med BD MAX StaphSR-analysen, der stemte overens på præparater- og PCRniveau, blev 17 (0,7 %) rapporteret som uafklarede efter indledende test. Den uafklarede forekomst efter gentaget testning er 0,1 % (3/2.399) (tabel 11). Uafklaret forekomst efter første test 0,7 % (17/2.399) a (95 % CI: 0,4 %, 1,1 %) Tabel 11: Uafklaret forekomst a Samlet antal baseret på overensstemmende præparater og BD MAX StaphSR-analyseresultater Uafklaret forekomst efter gentagelse 0,1 % (3/2.399) (95 % CI: 0 %, 0,4 %) Ud af de samme nasale podningspræparater testet med BD MAX StaphSR-analysen, blev kun 14 (0,6 %) rapporteret som inkonklusive. Ingen resultater forblev inkonklusive efter gentagelse (to præparater blev ikke testet igen). Otte (8) (0,3 %) blev rapporteret som ufuldstændige efter første testning. Ingen resultater forblev ufuldstændige efter gentagelse (et præparat blev ikke testet igen). Tomme kassettevarianter For at en prøve kan identificeres som MRSA-positiv med BD MAX StaphSR-analysen, skal et positivt resultat opnås for både MREJ og meca eller mecc (nuc-genet er ikke obligatorisk). En prøve, der bærer MREJ, men hverken meca- eller mecc-genet, er MRSA-negativt, da det er methicillinfølsomt. Denne situation opstår, når meca- eller mecc-genet fjernes fra SCCmec-kassetten, men fragmentet i den højre ekstremitet (MREJ) forbliver, hvilket giver et positivt MREJ-resultat. Denne præparattype henvises nogle gange til som tom kassettevariant. Evnen til at påvise meca og mecc-generne giver mulighed for, at BD MAX StaphSR-analysen på korrekt vis kan skelne og identificere denne variant som SA POS; MRSA NEG. Blandt de kvalificerede præparater medtaget i denne bestemmelse af klinisk ydeevne (tabel 3), svarer i alt 10 præparater til profilen for tom kassette, hvilket resulterer i påvisning af MREJ uden påvisning af meca eller mecc-genet. Alle de 10 præparater blev verificeret som ægte negative MRSA og ægte positive SA i forhold til referencemetoden. Analytisk sensitivitet Den analytisk sensitivitet (påvisningsgrænse eller LoD (Limit of Detection)) for BD MAX StaphSR-analysen blev fastlagt på følgende måde: Positive præparater blev klargjort ved at gennemvæde podepinde med en bred række af MRSA- eller MSSAbakteriesuspensioner klargjort og kvantificeret fra dyrkninger. De testede stammer inkluderede 11 MRSA-stammer repræsenterende 11 MREJ-genotyper (i, ii, iii, iv, v, vi, vii, ix, xiii, xiv og xxi), svarende til 5 SCCmec-typer (I, II, III, IV og XI) samt 2 MSSA-stammer. Podepindene blev elueret i simuleret nasal matrix. Hver MRSA- og MSSA-stamme blev testet i replikater på 24 pr. koncentration af 2 forskellige operatører ved hjælp af 3 forskellige produktionslots af BD MAX StaphSR-analysen. Analytisk følsomhed (LoD), defineret som den laveste koncentration ved hvilken mindst 95 % af alle replikater testede positive, varierede fra 71 til 454 CFU/ podepind (tabel 12) for påvisning af MRSA-stammer og fra 174 til 211 CFU/podepind (tabel 13) for påvisning af MSSA-stammer. 12

13 Tabel 12: Påvisningsgrænsen for MRSA-genotyper for BD MAX StaphSR-analysen MRSA-stamme MREJ-genotype SCCmec-type a LoD-koncentration (CFU/podepind (95 % Cl b )) 1 Type i I 91 (55, 150) 2 Type ii II 110 (68, 176) 3 Type iii III 181 (102, 322) 4 Type iv III 81 (48, 136) 5 Type v IV 128 (74, 224) 6 Type vi ND c 454 (246, 839) 7 Type vii II 269 (134, 538) 8 Type ix ND c 199 (111, 356) 9 Type xiii ND c 71 (41, 121) 10 Type xiv ND c 96 (57, 163) 11 Type xxi d XI 108 (64, 183) a SCCmec-type korrelerer ikke med MREJ-typen, da disse er to forskellige metoder til typebestemmelse. b Cl: Konfidensintervaller c ND = ikke fastslået d mecc-indeholdende MRSA-stammer (og kendt som meca LGA251 -stamme) Tabel 13: Påvisningsgrænsen for MSSA for BD MAX StaphSR-analysen a Cl: Konfidensintervaller MSSA-stamme LoD-koncentration (CFU/podepind (95 % Cl a )) (88, 346) (104, 429) Analytisk inklusivitet Der blev foretaget en analytisk inklusivitetsundersøgelse vha. flere forskellige MRSA- og MSSA-stammer, hvor der blev taget hensyn til den geografiske oprindelse, MREJ-genotype (vildtype og mutant), SCCmec-type, PFGE-type (Pulsed-Field Gel Electrophoresis), midlertidig mangfoldighed og følsomhedsmønster. Syvoghalvfjerds (77) MRSA-stammer fra 27 lande og 51 MSSA-stammer fra 16 lande blev testet i denne undersøgelse, herunder stammer fra offentlige indsamlinger, og fra velkarakteriserede kliniske isolater, herunder vancomycin-resistent Staphylococcus aureus (VRSA) og vancomycin-intermediær Staphylococcus aureus (VISA). BD MAX StaphSR-analysen påviste MREJ-typer i, ii, iii, iv, v, vi, vii, ix, xiii, xiv og xxi ved test med lav bakteriebelastning (2 3 x LoD). BD MAX StaphSR-analysen påviste alle MRSA SCCmec-typerne I, II, III, IV, V, VI, VII, VIII og XI samt MRSA PFGE-typerne USA 100 til 800, og ved 2 3 x LoD. Alle MRSA-stammer, der viste yderligere resistens over for vancomycin (VRSA og VISA), blev også påvist. BD MAX StaphSR-analysen påviste alle testede 51 MSSA-stammer, herunder meca-tomme kassettevarianter. Evaluering af veldefineret panel med anfægtede stammer En yderligere analytisk analyse blev udført for at evaluere den analytiske funktion for BD MAX StaphSR-analysen vha. et veldefineret panel med anfægtede stammer. Sytten (17) ud af 17 MRSA-stammer med høje og lave minimalt hæmmende koncentrationer (MIC'er) for oxacillin, herunder PFGE-typerne USA 100 til 800, 1.000, PFGE-typerne IV/IBERIAN og mecc-variant (Staphylococcus aureus-stamme LGA251, der indeholder meca), som blev testet ved en koncentration på 2 3 x LoD, viste SA POS, MRSA POS-resultater. Fire (4) ud af 4 BORSA-stammer (borderline-oxacillinresistent Staphylococcus aureus), som blev testet ved 10 6 CFU/podepind, viste SA POS-, MRSA NEG-resultater. Fem (5) ud af 5 MSSA-stammer, som blev testet ved 10 6 CFU/podepind, viste SA POS-, MRSA NEG-resultater. En (1) ud af 1 methicillin-resistent Staphylococcus epidermidis-stamme (MRSE), som blev testet ved 10 6 CFU/podepind, viste et negativt resultat (SA NEG, MRSA NEG). Analytisk specificitet BD MAX StaphSR-analysen blev udført på prøver, der indeholder høje niveauer af ikke-målorganismer og MSSA-stammer vha. BD MAX-systemet, for at demonstrere analysens specificitet med henblik på påvisning af MRSA og SA. Femten (15) ud af 15 tomme kassettevariant for MSSA-stammer, som blev testet ved 10 6 CFU/podepind, viste SA POS-, MRSA NEG-resultater. Syvoghalvtreds (57) ud af 57 stammer af diverse ikke-stafylokokarter, som blev testet ved en koncentration på mindst 10 6 CFU/mL (bortset fra Cryptococcus neoformans, som blev testet ved 3 x 10 5 CFU/podepind), viste negative-resultater (SA NEG, MRSA NEG). Femogfyrre (45) koagulase-negative stafylokokstammer (CoNS) og koagulase-positive stafylokokstammer (CoPS), som repræsenterer 28 arter, blev testet ved en koncentration på 0,5 McFarland med BD MAX StaphSR-analysen. Femogfyrre (45) ud af 45 stammer, som blev testet, viste negative resultater (SA NEG, MRSA NEG). Halvtreds (50) ud af 50 MSSA-stammer, som blev testet ved høje koncentrationer ( 10 6 CFU/podepind), viste SA POS-, MRSA NEG-resultater. Sytten (17) vira, der repræsenterede 12 forskellige virusarter, blev testet ved 10 5 PFU/mL. Alle 17 virusser viste negative resultater (SA NEG, MRSA NEG). 13