Påvisning af patogene bakterier i vand ved anvendelse af DNA-chipprototype. dyrkningsmetoder. Pernille Skouboe Bioneer A/S

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Størrelse: px
Starte visningen fra side:

Download "Påvisning af patogene bakterier i vand ved anvendelse af DNA-chipprototype. dyrkningsmetoder. Pernille Skouboe Bioneer A/S"

Transkript

1 Påvisning af patogene bakterier i vand ved anvendelse af DNA-chipprototype og mikrobiologiske dyrkningsmetoder Pernille Skouboe Bioneer A/S Inger Guldbæk Andersen Eurofins Danmark A/S Miljøprojekt Nr

2 Miljøstyrelsen vil, når lejligheden gives, offentliggøre rapporter og indlæg vedrørende forsknings- og udviklingsprojekter inden for miljøsektoren, finansieret af Miljøstyrelsens undersøgelsesbevilling. Det skal bemærkes, at en sådan offentliggørelse ikke nødvendigvis betyder, at det pågældende indlæg giver udtryk for Miljøstyrelsens synspunkter. Offentliggørelsen betyder imidlertid, at Miljøstyrelsen finder, at indholdet udgør et væsentligt indlæg i debatten omkring den danske miljøpolitik.

3 Indhold FORORD 5 SAMMENFATNING OG KONKLUSIONER 7 SUMMARY AND CONCLUSIONS 9 1 FORMÅL OG VALG AF MODELORGANISMER BAGGRUND OG FORMÅL VALG AF MIKROORGANISMER 11 2 ANALYSEMETODER PATOGEN DNA-CHIP-PROTOTYPE: DESIGN OG OPBYGNING BESKRIVELSE AF DNA-CHIP-ANALYSEN BESKRIVELSE AF DE ANVENDTE DYRKNINGSANALYSER Bestemmelse af mesofile Aeromonas arter: NMKL 150: Bestemmelse af Pseudomonas aeruginosa: DS 268: Bestemmelse af termofile Campylobacter: ISO 17995: Bestemmelse af Salmonella: DS 266: Bestemmelse af Legionella: DS 3029: OVERSIGT OVER ANALYSETIDER 18 3 EKSPERIMENTELT DESIGN FORSØGSPLAN DIREKTE DETEKTION AF PATOGENER I SUSPENSIONSPRØVER DETEKTION AF PATOGENER I SPIKEDE VANDPRØVER Valg af filtermateriale 20 4 PRØVEFORBEREDELSE TIL DNA-CHIP-ANALYSE 21 5 RESULTATER FREMSTILLING AF SUSPENSIONSPRØVER OG PRØVEFORBEREDELSE OPFORMERING AF PCR PRODUKTER TIL DNA-CHIP-ANALYSE RESULTATER OPNÅET MED PATOGEN DNA-CHIP-PROTOTYPEN Kontrolforsøg Analyse af prøve A, C og A+C Diskussion og konklusion af DNA-chip-analyseresultater RESULTATER AF PRØVE A, C OG A+C ANALYSERET VED DE ALMINDELIGE DYRKNINGSMETODER Konklusion fra de mikrobiologiske analyseresultater 30 6 SAMMENLIGNING AF ANALYSEMETODER 31 7 KONKLUSION 33 Bilag A 35 3

4 4

5 Forord Der er igennem de seneste år udviklet en række forskellige hurtigmetoder til analyse for patogene mikroorganismer i vand. Disse hurtigmetoder er typisk anvendelige til påvisning af en mindre gruppe af bakterier som f.eks. E. coli eller Legionella. Hvis en vandprøve skal screenes for flere patogene bakterier samtidigt, er det nødvendigt at anvende flere forskellige analysemetoder. Formålet med denne undersøgelse var at analysere, hvorvidt en ny molekylærbiologisk hurtigmetode baseret på DNA-chip-teknologi kan anvendes til hurtig og simultan detektion af mange forskellige vandbårne patogene bakterier, dvs. det er kun nødvendigt at anvende én metode til analyse for flere forskellige bakterier. Projektet er gennemført som et samarbejdsprojekt mellem Miljøstyrelsens referencelaboratorium Eurofins Danmark A/S og Bioneer A/S. Projektets eksperimentelle arbejde er gennemført i perioden november-december 2005, hvorefter databehandling og diskussion af projektets resultater er foregået inden den endelige afrapportering. Rapporten beskriver resultatet af undersøgelsen. Rapporten indledes med en kort beskrivelse af projektets formål og valg af modelorganismer. Derefter gennemgås den pågældende DNA-chip-metode og de almindelige mikrobiologiske dyrkningsmetoder, som i projektet er anvendt til påvisning af 5 forskellige vandbårne patogene bakterier. Herefter gennemgås prøveforbehandling og resultater af undersøgelsen, og efterfølgende sammenlignes analyseresultaterne opnået med DNA-chip-metoden og de almindelige dyrkningsmetoder. 5

6 6

7 Sammenfatning og konklusioner Baggrunden for denne indledende undersøgelse er, at Bioneer A/S har udviklet en molekylær hurtigmetode baseret på DNA-chip-teknologi til hurtig og simultan detektion af patogene mikroorganismer. Proof-of-concept for anvendelse af en DNA-chip-prototype til påvisning af patogene bakterier er etableret, og næste skridt er at teste anvendeligheden af et sådant koncept i praksis. Formålet er at undersøge DNA-chip-metodens potentiale og anvendelighed som en hurtig screeningsanalyse for udvalgte patogene mikroorganismer i vand. I projektet sammenlignes DNA-chip-prototypen i dens nuværende form og design (med de begrænsninger prototypen har på specificitet og følsomhed) med almindelige mikrobiologiske dyrkningsmetoder til påvisning og identifikation af patogene bakterier. Til undersøgelsen er udvalgt 5 modelorganismer. Mikroorganismerne er valgt med den begrundelse, at de kan være årsag til vandbårne sygdomsudbrud samt at de forekommer i vandmiljøer som drikkevand og i badevand. De nævnte mikroorganismer er Campylobacter jejuni, Aeromonas hydrophila, Pseudomonas aeruginosa, Legionella pneumophila og Salmonella spp.. Det eksperimentelle design og forsøgsplanen til undersøgelsen er delt i 2 parallelle blokke, hvor den første del omhandler direkte detektion af patogene bakterier i suspensionsprøver, mens den anden del af forsøget omhandler detektion af patogener spiket i sterilt vand. DNA-chip-analysen er baseret på en enzymatisk polymerase kæde-reaktion (PCR) opformering af DNA vha. en såkaldt konsensus 16S rdna-pcr reaktion med endemærkede, ribosomale primere. Resultatet af DNA-chip-analyse af suspensionsprøver og spikede vandprøver indeholdende blandinger af test-organismer viste, at der opnås de forventede (korrekte) signaler for alle patogene bakterier i prøver bestående af 10 8 og 10 6 celler pr. patogen pr. prøve. Konklusionen på de mikrobiologiske analyseresultater er, at dyrkningsmetoderne generelt genfinder de forventede patogene bakterier i både suspensionsprøver og spikede vandprøver indeholdende hhv. 10 8, 10 6, 10 4 og 10 2 af hver test-bakterie pr. prøve. Generelt er der overensstemmelse imellem resultaterne opnået med DNAchip-prototypen og de mikrobiologiske dyrkningsmetoder for bakterieblandingerne indeholdende 10 8 og 10 6 celler pr. prøve. DNA-chipmetoden kan i dens nuværende design og assay-format ikke detektere specifikke bakterier ned til 10 2 celler pr. prøve, men i nogle tilfælde var det muligt at detektere 10 4 specifikke bakterier. Signaler for positive kontrolprober fås fra alle prøver (også prøverne) i DNA-chip-analysen. DNA-chip-metodens følsomhed skal forbedres, hvis metoden skal anvendes til analyse af patogene bakterier i f.eks. drikkevand. Optimering af DNA-chipmetodens følsomhed skal bl.a. gennemføres ved at udvikle en prøveforbehandlingsmetode, der er målrettet til DNA-analyse af patogene bakterier i vandprøver. I dette projekt var det nødvendigt at anvende en 7

8 8 prøveforbehandlingsprocedure, som betød tab af udgangsmateriale, og dermed blev DNA-chip-metodens følsomhed reduceret i forhold til de mikrobiologiske dyrkningsmetoder.

9 Summary and conclusions The background for this preliminary investigation is that Bioneer A/S has developed a molecular method based on DNA chip technology for rapid and simultaneous detection of pathogenic microorganisms. This rapid method makes is possible to detect and at the same time identify the various pathogenic bacteria that are relevant in relation to water. Proof-of-concept for use of a DNA chip prototype for detection of pathogenic bacteria is established, and the next step is testing the applicability of the concept. The aim is to establish the potential and applicability of the DNA chip method as a rapid screening analysis for selected pathogenic microorganisms in water. In the project, the DNA chip prototype in its present form and design (with the prototype's limits concerning specificity and sensitivity) is compared to usual microbiological cultivation methods for detection and identification of pathogenic bacteria. For this investigation 5 model organisms have been selected because of their capability of causing water-borne diseases and their occurrence in drinking water as well as in bathing water. The organisms are Campylobacter jejuni, Aeromonas hydrophila, Pseudomonas aeruginosa, Legionella pneumophila, and Salmonella spp. The experimental plan run in two parallel blocks; the first covering direct detection of pathogenic bacteria in suspension samples, the second covering detection of pathogens spiked in sterile water. The DNA chip analysis is based on an enzymatic polymerase chain reaction (PCR) amplification of DNA by means of a so-called consensus 16S rdna- PCR reaction with end-labelled ribosomal primers. The result of DNA chip analysis of suspension samples and spiked water samples containing mixtures of test organisms shows that the expected (correct) signals for all pathogenic bacteria in tests of 10 8 and 10 6 cells per pathogen per sample are obtained. Following the microbiological analysis results it is conclusive that the growing methods generally retrieve the expected pathogenic bacteria in suspension samples and spiked water samples containing 10 8, 10 6, 10 4 and 10 2 cells per sample. Generally, the results obtained from the DNA chip prototype are in accordance with the results from the microbiological growing methods for the bacterial mixtures containing 10 8 and 10 6 cells per sample. In its present design and assay size, the DNA chip method cannot detect specific bacteria as few as 10 2 cells per sample, but in some cases it was possible to detect 10 4 specific bacteria. 9

10 10

11 1 Formål og valg af modelorganismer 1.1 Baggrund og formål Baggrunden for denne indledende undersøgelse er, at Bioneer A/S har udviklet en molekylær hurtigmetode baseret på DNA-chip-teknologi til simultan detektion af forskellige patogene mikroorganismer. Denne hurtigmetode gør det i princippet muligt at påvise og samtidig identificere de patogene bakterier, der er relevante i relation til vand. Proof-of-concept for anvendelse af en DNA-chip-prototype til påvisning af patogene bakterier er etableret, og næste skridt er at teste anvendeligheden af et sådant koncept i praksis. Formålet med dette forprojekt er at undersøge DNA-chip-metodens potentiale og anvendelighed som en hurtig screeningsanalyse for 5 udvalgte patogene mikroorganismer i vandprøver. Det skal bemærkes, at der til dette forprojekt er anvendt en DNA-chipprototype, som ikke er færdigudviklet. Den nuværende udgave af DNA-chipprototypen har begrænsninger mht. specificitet samt indeholder nogle ekstra DNA-kontroller, der har vist sig ikke at fungere optimalt i test-forsøg. Disse begrænsninger har ingen betydning for konklusionerne i dette projekt, og DNA-kontrollerne vil blive korrigeret på næste version af DNA-chippen. 1.2 Valg af mikroorganismer Mikroorganismerne er valgt med den begrundelse, at de kan være årsag til vandbårne sygdomsudbrud samt at de forekommer i vandmiljøer som drikkevand og i badevand. De nævnte mikroorganismer er Campylobacter jejuni, Aeromonas hydrophila, Pseudomonas aeruginosa, Legionella pneumophila og Salmonella spp.. Mikroorganismerne er opdelt i følgende tre grupper: A) Patogene bakterier relevante for drikkevand (Drikkevandsgruppen): Campylobacter jejuni, Aeromonas hydrophila og Pseudomonas aeruginosa. B) Patogene bakterier relevante for varmtvand (Varmtvandsgruppen): Legionella spp. C) Patogene mikroorganismer relevante for diverse vandmiljøer (Diversegruppen): Campylobacter jejuni/coli, Salmonella spp. og Legionella pneumophila, serotype 1. Legionella er eneste mikroorganisme i gruppe B, og det blev besluttet ikke at analysere gruppe B særskilt, fordi slægten Legionella også indgår i gruppe C. 11

12 Til de eksperimentelle analyser i denne undersøgelse er der derfor valgt følgende tre blandinger af bakteriekulturer: Blanding A): Blanding C): Drikkevandsgruppen; Campylobacter jejuni + Aeromonas hydrophila + Pseudomonas aeruginosa. Diverse-gruppen; Campylobacter jejuni + Salmonella spp. + Legionella pneumophila, serotype 1. Blanding A+C): Alle. Det eksperimentelle design i undersøgelsen er beskrevet i afsnit 3. 12

13 2 Analysemetoder Denne indledende undersøgelse har fokus på at sammenligne en ny DNAchip-metode (prototype) med de gældende mikrobiologiske dyrkningsmetoder. I dette afsnit gives en detaljeret beskrivelse af patogen DNA-chip-metoden samt en kort beskrivelse af analyseprincip og analysetider for de mikrobiologiske dyrkningsmetoder, som er anvendt i projektarbejdet. 2.1 Patogen DNA-chip-prototype: Design og opbygning Bioneer A/S har udviklet en DNA-chip-prototype til simultan detektion af forskellige patogene mikroorganismer. Patogen-DNA-chippen består af et glas-slide, hvorpå der er påsat i alt 24 DNA-prober, som har en længde på mellem nukleotider. DNA-proberne er designet udfra bakteriers 16S ribosomale DNA (rdna), hvilket gør det muligt at opbygge et hierarkisk design af DNA-prober på chippen, som sikrer, at der for hver enkelt bakterieart detekteres positivt signal fra flere forskellige prober, dvs. en slags intern kvalitetskontrol. Oversigt over udvalgte bakterier med tilhørende DNA-prober er givet i tabel 1. 13

14 Tabel 1: Liste over bakterier med tilhørende 16S rdna-probe, som er anvendt til udvikling af DNA-chippen (prototype). I kolonnen med 16S rdna prober er markeret, hvilke prober der aktuelt er anvendt til detektion af de 5 udvalgte patogener i projektet. Hver enkelt DNA-probe på DNA-chippen giver enten Cy3 (grønne signaler) eller Cy5 (røde signaler) alt afhængig af, hvilket af de 2 PCR produkter, som DNA-proben hybridiserer til (se figur 2). De forventede signal-farver for de enkelte DNA-prober er angivet i tabellen med et kryds. Som det fremgår af tabel 1 veksler probernes specificitetsniveau fra at være specifikke for få arter (f.eks. Psa150 og Camp185r) til at være slægtsspecifikke (f.eks. Aer63 og Leg705) eller generelle (f.eks. UNIVER, Univ1390 og Eub338). Specificitetsniveauet er bestemt ud fra sekvens-analyser med anvendelse af internationale databaser, som indeholder 16S ribosomale DNAsekvenser fra tusindvis af bakterier. I projektet anvendtes Camp185r-DNA-proben til påvisning og identifikation af Campylobacter jejuni, men denne DNA-probe kan også detektere C. coli og C. lari, jf tabel 1. Der er 2 prober på DNA-chip-prototypen til detektion af Pseudomonas aeruginosa (Psa150 og Pae997), og ligeledes 2 DNA-prober til detektion af Legionella pneumophila, serotype 1 (LegPne1 og Leg705). Aeromonas hydrophila påvises ved hjælp af Aeromonas-slægtsproben (Aer63). DNA-proben for Enterobacteriaceae (Eco180) anvendes til detektion af Salmonella i dette projekt, fordi DNA-chip-prototypen ikke indeholder en Salmonella-specifik probe. Tidligere test-forsøg har vist, at Enterobacteriaceae-proben ENT1 ikke virker, hvorfor denne probe ikke inddrages i projektet. De 3 DNA-prober UNIVER, Univ1390 og Eub338 er anvendt som positive kontroller på DNA-chippen. I figur 1 er placeringen af de enkelte 16S rdna-prober på chippen angivet. Patogen DNA-chippen har en standard opbygning med positive kontrol- 14

15 prober i alle 4 hjørner, der giver positive signaler for hhv. alle bakterier (UNIVER) og Eu-bakterier (Eub338). Derudover er kontrolproben Univ1390 placeret midt på øverste og nederste række, jf. figur 1. Hver DNA-probe er spottet på DNA-chip-prototypen i duplikat i 2 forskellige positioner, dvs. hver DNA-probe er repræsenteret med 4 spots pr. chip. Figur 1: Placering af 16S rdna-prober på patogen DNA-chip (prototype). DNA-prober til detektion af de 5 udvalgte patogene bakterier i projektet samt kontrol-prober er markeret med gul/grøn/rød farve svarende til det forventede signal på DNAchippen (se tabel 1 og figur 2). Alle øvrige prober er markeret med sort. Spots uden probe-navn er tomme positioner på DNA-chippen. Fremstillingen af patogen DNA-chips foregik i praksis ved, at DNA-proberne blev spottet på Epoxid-coatede glasslides (Corning) ved hjælp af en Genetix Q-Pix microarrayer. 2.2 Beskrivelse af DNA-chip-analysen Udgangspunktet for selve DNA-chip-analysen er en enzymatisk polymerase kæde-reaktion (PCR) opformering af DNA vha. en såkaldt konsensus 16S rdna-pcr reaktion med endemærkede, ribosomale primere. I praksis gennemføres PCR reaktionen ved amplifikation af hhv. et 530 bp fragment (mærket med Cy3) og et 1000 bp fragment (mærket med Cy5), der tilsammen dækker hele 16S rdna-regionen (illustreret som den øverste stang i figur 2). De 2 fluorescens-mærkede PCR produkter oprenses, blandes og anvendes til hybridisering til DNA-chippen (figur 2). Resultatet af analysen visualiseres ved fluorescens-scanning, f.eks. på en ArrayWoRx scanner (Applied Precision). Hvis en given bakterie er til stede i prøven, vil de tilsvarende DNA-prober immobiliseret på DNA-chippen give et positivt Cy3- eller Cy5-signal afhængig af den pågældende DNA-probes placering, dvs. mærkning med to forskellige signal-molekyler giver en intern grøn/rød kvalitetskontrol for diskrimination mellem korrekte og falske-positive signaler i assayet. Gule spots opstår som et mix af grøn og rød, fordi de to PCR produkter hybridiserer lige effektivt til den samme DNA-probe. Dette er tilfældet for en enkelt probe 15

16 (UNIVER) i det nuværende design af DNA-chippen, fordi proben har et overlap med begge PCR produkter. Figur 2: Skematisk fremstilling af detektionsprincippet i DNA-chip-analysen. Patogen-DNA-chippen har været testet under en lang række kontrollerede betingelser, hvor DNA-chippens evne til at give et korrekt respons på blandingsprøver af renkulturer bestående af 2-7 forskellige bakteriearter har været undersøgt og valideret inden starten på dette projekt. Anvendelse af DNA-chip-metoden til påvisning af i alt 5 patogene bakterier i blanding A, C og A+C (jf afsnit 1.2) er beskrevet i afsnit Beskrivelse af de anvendte dyrkningsanalyser Analyseprincip, arbejdsgangen for at nå frem til det færdige resultat og analysetid er kort beskrevet for hver enkelt mikrobiologisk dyrkningsmetode således, at det er muligt at foretage en samlet vurdering af fordele og ulemper ved DNA-chip-analysen sammenlignet med de mikrobiologiske metoder på baggrund af de metode-tekniske oplysninger i dette afsnit Bestemmelse af mesofile Aeromonas arter: NMKL 150:2004 Analyseprincip: Kvantitativ bestemmelse af Aeromonas foretages ved overfladeudsæd af prøven på Stivelse-Ampicillin Agar (SAA) og inkubering ved 37,0 C i 24 timer. Aflæsning: Aeromonas suspekte kolonier ses som gule eller honningfarvede kolonier med en diameter på 2-3 mm. Kolonierne er omgivet af en lys zone med en bredde på 2-3 mm. Verifikation foretages efter rendyrkning på Luria Bouillon agar(lb agar) uden og med 6% salt. LB-agarpladerne inkuberes ved 37,0 C i 24 timer både aerobt og anaerobt. Før inkubation tilsættes den aerobe skål vibriostatica. Analysetid: Bestemmelse af Aeromonas-arter efter NMKL 150:2004 tager 2 døgn, inklusiv verifikation af kolonierne, før det endelig resultat foreligger. 16

17 2.3.2 Bestemmelse af Pseudomonas aeruginosa: DS 268:1990 Analyseprincip: Kvantitativ bestemmelse af Pseudomonas aeruginosa foretages ved membranfiltrering af prøven, hvorefter filteret anbringes på overfladen af selektivt agar Cetrimid-nalidixinsyre-agar (CN-agar) og inkuberes ved 42 C i 48 timer. Aflæsning: Fremvoksede kolonier tælles. Pladen anbringes under UV-lys, og der foretages verifikation af fluoriserende kolonier ved subkultivering på mælkeagar. Pladerne inkuberes ved 42 C i 24 timer. Pseudomonas aeruginosa er katalase- og oxidase-positive, nedbryder glucose oxidativt, hydrolyserer kasein (klar zone omkring kolonien på mælkeagar) og danner fluoriserende kolonier. Analysetid for påvisning og aflæsning af Pseudomonas aeruginosa er 2 døgn plus 1 døgn til subkultivering/verifikation, dvs. i alt 3 døgn, før det endelig resultat foreligger Bestemmelse af termofile Campylobacter: ISO 17995:2005 Analyseprincip: Kvalitativ bestemmelse af termofile Campylobacter foretages ved, at prøven membranfiltreres. Filtrene overføres til to selektive opformeringsbouilloner (Bolton bouillon og Preston bouillon), der inkuberes ved 37 C i 2 døgn i mikroaerofil atmosfære. Efter inkubation udstryges fra hver bouillon på overfladen af et selektivt fast substrat, modificeret Charcoal Cephoperazone Desoxycholate Agar, mccda, der inkuberes ved 41,5 C i 2 døgn i mikroaerofil atmosfære. Aflæsning: Suspekte kolonier undersøges for vækst under aerobe forhold. Isolater, der ikke vokser aerobt, undersøges ved mikroskopi. Herefter kan enkeltliggende kolonier verificeres ved subkultivering på blodagarplader med efterfølgende inkubering aerobt og anaerobt ved 41,5 C i 1 døgn. Kolonierne undersøges ved mikroskopi. Campylobacter vokser ikke aerobt, men mikroaerofilt. Campylobacter er stærkt bevægelige, spiralformede (proptrækker-agtige) stave. Analysetid for termofile Campylobacter inkluderer et selektivt præopformeringstrin på 2 døgn. Den samlede analysetid for termofile Campylobacter er 4 døgn plus ét døgn til verifikation, dvs. i alt 5 døgn, før det endelig resultat foreligger Bestemmelse af Salmonella: DS 266:1988 Analyseprincip: Kvalitativ bestemmelse af Salmonella foretages ved, at prøven membranfiltreres. Filtrene overføres til non-selektiv opformeringsbouillon (buffered pepton vand, BPW), der inkuberes ved 37 C i timer. Herefter overføres blandingen til 2 selektive opformeringsbouilloner (Rappaport Vassiliadis (RV) bouillon og Müller-Kauffmann bouillon (MK)), der inkuberes ved 42 C i 24 timer. Efter inkubation udstryges fra opformeringen på overfladen af selektive plader, brilliantgrønt-laktosesaccharose-phenolrødt-agar (BLSF) og phenolrødt-mannitol-agar. Pladerne inkuberes ved 37 C i 24 timer. Aflæsning: På BLSF-agar er typiske kolonier transparente til rødlige, substratet skifter farve fra lys orange til rød. På phenolrødt-mannitol-agar er typiske 17

18 kolonier gule. Suspekte kolonier rendyrkes på PCA (Plate Count Agar), hvorefter der foretages biokemisk og serologisk verifikation af disse kolonier. Analysetid: Metoden til påvisning af Salmonella inkluderer to præopformeringstrin samt rendyrkning af suspekte kolonier. Den samlede analysetid er 5 døgn, inkl. verifikation, før det endelig resultat foreligger Bestemmelse af Legionella: DS 3029:2001 Analyseprincip: En aliquot af prøven (0,1 ml) udsås direkte på GVPC agar (Modificeret Charcoal Yeast Extract agar med selektivt supplement). Den resterende prøve opkoncentreres dels ved membranfiltrering (100x opkoncentrering), dels ved efterfølgende centrifugering (i alt 1000x opkoncentrering) og udsås derefter på GVPC. Pladerne inkuberes ved 37 C. Såfremt pladerne ikke kan aflæses pga. baggrundsvækst udføres syre- og varmebehandling af prøverne før fornyet udsæd. Aflæsning: GVPC-pladerne aflæses efter ca. 4 og ca. 7 dage. Slutaflæsning foretages efter 10 dage. De fremkomne kolonier tælles og verificeres. Typiske kolonier er konvekse, helrandede, glinsende med kornet overflade. Grå, hvide, blå-violette eller lime-grønne. Nogle kan fluorescere. Kolonierne er små (pinpoint) efter 2 3 dage, men vokser derefter til ca. 3 4 mm. Suspekte kolonier rendyrkes på PCA, hvorefter der foretages biokemisk og serologisk verifikation. Analysetid for bestemmelse af Legionella er 10 døgn plus 2 døgn til verifikation, før det endelig resultat foreligger. 2.4 Oversigt over analysetider Overordnet set er der meget stor forskel på den samlede analyse- og verifikationstid for de mikrobiologiske dyrkningsmetoder, jf tabel 2. Tabel 2: Oversigt over analysetid (døgn) og verifikationstid (døgn) for de anvendte mikrobiologiske dyrkningsmetoder. Analysetid, døgn Verifikation, døgn Aeromonas spp. 1 1 Pseudomonas aeruginosa 2 1 Campylobacter spp. 4 1 Salmonella spp. 3 2 Legionella spp Til sammenligning kan DNA-chip-metoden anvendes til analyse og verifikation af alle 5 udvalgte patogene bakterier inden for 1 døgn. 18

19 3 Eksperimentelt design 3.1 Forsøgsplan Det eksperimentelle design til undersøgelsen er delt i 2 parallelle blokke, hvor den første del omhandler direkte detektion af patogene bakterier i suspensionsprøver (dvs. uden prøveforberedelse), mens den anden del af forsøget omhandler detektion af patogener spiket i sterilt vand. Prøveforberedelse i form af et membranfiltrerings-trin er inkluderet i analysen af vandprøverne, som skitseret nedenfor. FORSØGSPLAN Fremstilling af suspensionsprøver af blanding A, C og A+C Fremstilling af spikede vandprøver tilsat blanding A, C og A+C Analyse af prøver vha. DNA-chip og mikrobiologiske referencemetoder (ingen prøveforberedelse) Analyse af prøver vha. DNA-chip og mikrobiologiske referencemetoder (med prøveforberedelse) 3.2 Direkte detektion af patogener i suspensionsprøver Først blev hver af de 5 patogene bakterie-isolater podet i et optimalt vækstmedium med henblik på fremstilling af overnatskulturer. Dernæst blev koncentrationen (bakterieceller/ml) af de enkelte overnatskulturer bestemt ved pladespredning/tælling i tællekammer, og suspensionskultur-blandinger af A, C og A+C indeholdende hhv. 10 8, 10 6, 10 4 og 10 2 bakterieceller af hver af testorganismerne blev fremstillet efter nedenstående skema. Eksempelvis blev der tilsat i alt 10 6 bakterieceller af Campylobacter jejuni, 10 6 bakterieceller af Aeromonas hydrophila og 10 6 bakterieceller af Pseudomonas aeruginosa til suspensionsprøve A (10 6 ). Indholdet af bakterier i blandingerne A, C og A+C er angivet nedenfor og i afsnit 1.2. Blanding A): Campylobacter jejuni + Aeromonas hydrophila + Pseudomonas aeruginosa. Blanding C): Campylobacter jejuni + Salmonella spp. + Legionella pneumophila, serotype 1. Blanding A+C): Alle. Suspensionsprøverne blev efterfølgende analyseret efter de mikrobiologiske dyrkningsmetoder beskrevet i afsnit 2. Parallelt hermed blev suspensionsprøverne også analyseret ved anvendelse af DNA-chip- 19

20 prototypen. De herved opnåede samlede analyseresultater er gennemgået i afsnit 5. Tabel 3: Oversigt over antallet af suspensionsprøver fremstillet til hhv. mikrobiologisk analyse og DNA-chip-analyse. De mikrobiologiske dyrkningsmetoder kræver flere analyser i de lave koncentrationer, hvorfor der er forskel på antallet af prøver. Antal celler pr. patogen Antal suspensionsprøver til mikrobiologisk analyse Antal suspensionsprøver til DNA-chip-analyse A, 2 C, 2 A+C 2 A, 2 C, 2 A+C A, 2 C, 2 A+C 2 A, 2 C, 2 A+C A, 8 C, 8 A+C 2 A, 2 C, 2 A+C A, 10 C, 10 A+C 2 A, 2 C, 2 A+C 3.3 Detektion af patogener i spikede vandprøver Spikede vandprøver blev fremstillet ved, at sterilt vand (100 ml) blev spiket med blanding A, C og A+C indeholdende hhv. 10 8, 10 6, 10 4 og 10 2 bakterieceller for hver af de udvalgte patogene testorganismer (jf. 1.2 og 3.1). I praksis foregik det ved, at der blev fremstillet endnu 4 ekstra sæt af bakterieblandingerne A, C, og A+C for hver koncentration. Herefter blev bakterieblandingerne fortyndet i sterilt vand til et slutvolumen på 100 ml, som blev filtreret igennem et 0.45 µm filter. Dette prøveforbehandlingstrin resulterede i, at bakterierne blev opsamlet på et filtermateriale, som herefter blev anvendt til analyse med hhv. mikrobiologiske dyrkningsmetoder og DNA-chip-metoden Valg af filtermateriale Til de mikrobiologiske referenceanalyser anvendtes et standard Millipore MF filter, type HAWG (=mixed cellulose acetate og cellulose nitrat, porestørrelse 0.45 µm, filterdiameter 47 mm). HAWG filtermateriale kan ikke anvendes til DNA-forsøg, fordi denne filtertype har en relativ høj uspecifik bindingskapacitet, idet DNA, protein, cellerester og lignende bindes til filteret. Desuden anvendes detergent (Triton) til fremstilling af filteret, som inhiberer DNA-chip-analysen. Spikede vandprøver, som skulle analyseres ved hjælp af DNA-chipprototypen, blev derfor i stedet filtreret igennem et Durapore HVLP filtermateriale (Millipore) med samme porestørrelse og diameter som MFfiltermaterialet til de mikrobiologiske referencemetoder. Durapore-materialet minder i opbygning og egenskaber om et teflon-filter, (dog med 2 i stedet for 4 Fluor-radikaler påsat), og der er ikke brugt detergent under fremstillingsproceduren. Tidligere undersøgelser har vist, at Durapore ikke har nogen signifikant inhiberende effekt på PCR, dvs. det er muligt at anvende Durapore-filtermaterialet direkte i en DNA-analyse (Oyofo og Rollins, Appl Environ Microbiol. 59(12):4090-5). 20

21 4 Prøveforberedelse til DNA-chipanalyse Første trin i prøveforbehandling er ekstraktion af DNA i en form, som gør det muligt at gennemføre en PCR- og DNA-chip-analyse. Til lysering af bakterier anvendes tilsætning af 0.006N NaOH og varmebehandling ved 95 0 C. Den lyserede prøve kan anvendes direkte til PCR, dvs. der undgås et tidskrævende DNA-oprensningstrin, hvor der kan mistes udgangsmateriale undervejs. I denne undersøgelse er den ovenfor nævnte lyseringsmetode anvendt til lysis af cellerne i alle prøver, og prøverne er herefter direkte anvendt til PCR opformering af ribosomalt DNA efterfulgt af DNA-chip-analyse, jf. figur 3. Figur 3: Flow-diagram over prøveforbehandling til DNA-chip-analyse af hhv. suspensionsprøver og filtermateriale fra spikede vandprøver. 21

22 Som det fremgår af figur 3 verificeres PCR-produkterne ved agarosegelelektroforese før DNA-chip-analyse. Til analyse af vandprøverne (sterilt vand spiket med blanding A, C og A+C) blev der indledningsvist testet 4 forskellige prøveforbehandlingsmetoder, idet DNA-chip-analysen ikke tidligere har været testet med et filter som prøvemateriale, hvor filterdiameteren var større end 1 cm. Resultaterne af disse indledende tests viste, at den mest effektive prøveforbehandlingsteknik var direkte lysis af cellerne på filteret med 95ºC/0.006N NaOH, hvilket i praksis blev testet ved udstansning af en mindre filterdisc, som herefter kunne anvendes til lysis og PCR (figur 3). Ulempen ved denne fremgangsmåde er, at der kun analyseres på et mindre areal af filteret: Filter-disc (11 mm) udgør 7,6% af totalt filterareal (diameter estimeret til 40 mm, når filterkanten uden påsat prøve er klippet fra), hvilket giver et tab i analysens følsomhed. 22

23 5 Resultater 5.1 Fremstilling af suspensionsprøver og prøveforberedelse Suspensionskultur-blandinger af A, C og A+C indeholdende hhv. 10 8, 10 6, 10 4 og 10 2 celler af hver af testorganismerne blev fremstillet, som beskrevet i forsøgsplanen (afsnit 3), bortset fra enkelte afvigelser, som er beskrevet i dette afsnit. Udgangsmaterialet for forsøget er overnatskulturer af hver af de 5 testorganismer. Ved forsøgsstart viste det sig, at start-kulturen af Campylobacter jejuni, Aeromonas hydrophila og Legionella pneumophila ikke var vokset op til den forventede celletæthed, hvilket gav mangel på materiale i forsøget. Som resultat heraf måtte nogle prøver udgå; således indeholder prøve A (10 8 ) kun 10 8 celler af Pseudomonas aeruginosa, og ikke 10 8 celler af hhv. Campylobacter jejuni og Aeromonas hydrophila. På tilsvarende vis blev der ikke tilsat Campylobacter jejuni til prøve C (10 8 ) og til halvdelen af prøverne A+C (10 8 ). Dette gælder for både suspensionsprøver og spikede vandprøver. Endvidere betød mangel på materiale, at det ikke var muligt at gennemføre DNA-chip-analyse direkte på suspensionsprøver uden prøveforberedelse, som der ellers var lagt op til i den oprindelige forsøgsplan. Suspensionsprøverne skulle efter planen have haft et max. volumen på ca. 60 µl, men dette viste sig ikke at være praktisk muligt, fordi celletætheden af udgangsmaterialet var for lav. Det blev derfor nødvendigt at inkludere et ekstra opkoncentreringstrin (centrifugering) af suspensionsprøverne inden DNA-analyse for at reducere prøvevolumen fra ca. 250 µl til 60 µl. Dette ekstra opkoncentreringstrin vil betyde et tab af materiale (primært for Campylobacter, som er vanskelige at spinde ned), og dermed vil DNA-chip-metodens følsomhed blive reduceret. Til prøveforbehandling af filtermateriale til DNA-chip-analyse blev der i projektet valgt en procedure med direkte anvendelse af filtermaterialet i PCR. Denne prøveforbehandling kan anvendes på næsten alle bakterier, og prøveforbehandlingen tager kun 10 minutter. Ulempen ved denne metode er, at prøveforbehandlingen til DNA-chipanalysen på nuværende tidspunkt kun er skaleret til filterdiscs med en diameter på max. 11 mm. Det betyder, at der kun anvendes 7,6 % af det totale filterareal til DNA-chip-analysen, hvilket giver mere end en 10x faktors forringelse af analysens følsomhed. Prøveforbehandlingsteknikken kan opskaleres til at kunne håndtere større filtermaterialer eller der kan anvendes alternative forbehandlingstrin, men et sådant udviklingsarbejde lå ikke inden for rammerne af dette projekt. 5.2 Opformering af PCR produkter til DNA-chip-analyse Som det fremgår af figur 2 (se afsnit 2.2) foregår en DNA-chip-analyse ved, at ét kort PCR produkt (530 bp) og ét langt PCR produkt (1000 bp) blandes 23

24 og hybridiseres til DNA-chippen, dvs. der skal fremstilles to PCR produkter fra hver prøve til DNA-chip-analysen. Alle PCR-produkter visualiseres og kontrolleres ved agarosegelelektroforese inden brug (figur 3). Resultatet af en agarosegelelektroforese illustreret i figur 4 afspejler det generelle resultat for alle PCR-opformeringer af suspensionsog filterdisc-prøver for 530 bp-fragmentet i projektet: Specifikke PCRprodukter af korrekt størrelse blev amplificeret fra A, C og A+C-prøver indeholdende 10 8 og 10 6 celler, mens det ikke var muligt at detektere PCRprodukterne fra 10 4 og 10 2 celler ved agarosegelelektroforese, dvs. PCR produkterne var til stede i en koncentration, der ligger under detektionsgrænsen på en agarosegel. Figur 4: Billede af PCR produkter (530 bp fragmenter) efter agarosegel-elektroforese, hvor produkterne kontrolleres inden videre brug til DNA-chip-analyse. (Prøven M længst til højre på gelen er en størrelsesmarkør). Dette resultat er i overensstemmelse med, at detektionsgrænsen for 16S konsensus PCR-assayet på rent DNA er ca celler i en agarosegel (se bilag A) samt at prøveforbehandlingen, (dvs. en ekstra centrifugering af suspensionsprøver og anvendelse af mindre filter-disc fra spikede vandprøver) medfører en reduktion af metodens følsomhed. 5.3 Resultater opnået med patogen DNA-chip-prototypen Kontrolforsøg Før gennemførelse af DNA-chip-analyse af suspensionsprøver og vandprøver blev DNA-chippen testet i kontrolforsøg: Der blev oprenset rent DNA fra de 5 patogene bakterier i undersøgelsen og test af PCR/DNA-chip-analyse blev udført på kontrolprøver indeholdende kun én patogen samt på prøver indeholdende udvalgte blandinger af de 5 patogene bakterier. Resultaterne viste, at der generelt opnås de forventede signaler med patogen DNA-chipprototypen. I enkelte tilfælde kan der forekomme krydshybridisering mellem PCR-produkt fra Legionella og DNA-probe GV for slægten Vibrio. Desuden gav Legionella- DNA-proben generelt svagere signaler på DNA-chip-prototypen end de øvrige prober. Der skal derfor optimeres på Legionella/Vibrio-detektionen før prototypen kan anvendes til specifik detektion af begge disse 2 patogener. 24

25 5.3.2 Analyse af prøve A, C og A+C Figur 5 og 6 viser nogle eksempler på de resultater, der er opnået med patogen DNA-chip-prototypen til analyse af bakterieblanding A, C og A+C. Som allerede nævnt har patogen DNA-chip-prototypen en standard opsætning med positive kontrol-prober i alle 4 hjørner, der giver positive signaler for hhv. alle bakterier (2 gule spots fra UNIVER-proben i de øverste hjørner) og Eu-bakterier (2 grønne spots fra Eub338-proben i de nederste hjørner), jf. figur 5. De øvrige røde spots på øverste og nederste række på DNA-chippen i figur 5 er signaler fra Univ1390-kontrolproben (til venstre) og et falsk positivt signal fra proben for Archae-bakterier (til højre), som er velkendt fra tidligere testforsøg med denne prototype. Resultatet af DNA-chip-analyse af suspensionsprøve A+C (10 8 ) er illustreret i figur 5, hvor den øverste del af figuren viser et billede af selve DNA-chippen, mens den tilhørende databehandling er illustreret nederst. Af DNA-chippen øverst ses, at der opnås de forventede (korrekte) signaler for alle patogene bakterier i denne prøve A+C (10 8 ) (fra venstre på billedet): Legionella pneumophila /Legionella sp. (blå kasser), Aeromonas spp. (blå cirkler), Pseudomonas aeruginosa (hvide cirkler) og Salmonella spp. (hvide kasser). Figur 5: Resultat af DNA-chip-analyse, hvor patogen DNA-chip-prototypen er anvendt til analyse af suspensionsprøve A+C (10 8 ). Prøven indeholder følgende bakterier: Aeromonas spp., Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp. og Legionella pneumophila, serotype 1. Campylobacter jejuni blev ikke tilsat pga. materialemangel, jf. afsnit

26 Nederst i figur 5 er illustreret den databehandling, som ligger til grund for alle analyseresultaterne. Ved fluorescens-scanning registreres signalerne fra de Cy3- eller Cy5-molekyler, som PCR produkterne (bundet på chippen) er mærket med. Den efterfølgende databehandling resulterer i en værdi (gennemsnit) for signalintensiteten for hvert enkelt spot på DNA-chippen. Det er disse gennemsnitsværdier, som er afbilledet i figur 5 nederst. Negative kontroller anvendes til at fastlægge en tærskelværdi for hvert slide, og alle signaler over denne tærskelværdi defineres som værende positive, dvs. over baggrundsniveau på det pågældende slide. På figur 5 ses baggrundssignaler som små bitte kolonner lige omkring 0. Figur 6 viser resultatet af DNA-chip-analyse af suspensionsprøverne A (10 6 ) og C (10 6 ). Der opnås de forventede (korrekte) signaler for alle patogene bakterier i prøve A (10 6 ) (fra venstre): Campylobacter jejuni (hvide kasser), Aeromonas spp. (blå cirkler) og Pseudomonas aeruginosa (blå kasser). Ligeledes viser figur 6 (nederst), at der opnås de forventede signaler for alle patogene bakterier i prøve C (10 6 ), fra venstre: Campylobacter jejuni (hvide kasser), Legionella pneumophila /Legionella spp. (grønne kasser) og Salmonella spp. (gule kasser). Figur 6: Resultat af DNA-chip-analyse af suspensionsprøver: Prøve A (10 6 ) (øverst) og prøve C (10 6 ) (nederst). Prøve A (10 6 ) indeholder Campylobacter jejuni, Aeromonas spp. og Pseudomonas aeruginosa. Prøve C (10 6 ) indeholder Campylobacter jejuni, Legionella pneumophila og Salmonella spp. 26

27 De øvrige positive signaler på chip-analysen af suspensionsprøve A (10 6 ) og C (10 6 ) i figur 6 fås fra kontrolproberne UNIVER, Univ1390 og Eub338 (som tidligere beskrevet i afsnit 5.3.2). Derudover fås falske positive signaler (figur 6, prøve A) fra DNA-proberne Alf968, Arch915 og Non-Eub338 (se figur 1 for placering af prober på chippen). Disse falske positive signaler er velkendte fra tidligere test-forsøg med DNA-chip-prototypen og fremkommer på grund af krydshybridisering til enten den mærkede eller umærkede PCR-produkt-streng. Der ses også falske positive signaler for prøve C (10 6 ) i figur 6, (med intensitets-forskelle for specielt Non-Eub338). Derudover ses krydshybridisering til GV-proben (røde spots nederst i højre hjørne og 2. række midt), som beskrevet under kontrolforsøg, afsnit I Tabel 4 er summeret alle DNA-chip-analyseresultater af suspensionsprøver og spikede vandprøver. Resultaterne er opdelt i 3 skemaer svarende til analyse af bakterieblanding A (øverst), C (midt) og A+C (nederste skema) indeholdende hhv. 10 2, 10 4, 10 6 og 10 8 celler pr. patogen. Tabel 4: Resultaterne af DNA-chip-analyse af i alt 24 suspensionsprøver/ spikede vandprøver. I resultatskemaerne er angivet, hvorvidt en given patogen er påvist, ikke påvist ( ) eller om prøven ikke er analyseret (-). Prøve A indeholdende Campylobacter, Aeromonas og Pseudomonas Antal Campylobacter i prøven Aeromonas cfu/ml Pseudomonas cfu/ml celler pr. celle spiket celle spiket celle spiket patogen suspension prøve suspension prøve suspension prøve påvist påvist *** 10 6 påvist påvist påvist *** påvist påvist 10 8 * * ** ** påvist påvist *) udgik pga. materiale-mangel **) forurenet med bl.a. Aeromonas (ikke tilsat denne prøve pga. materiale-mangel) ***) forurenet Prøve C indeholdende Campylobacter, Salmonella og Legionella Antal celler pr. Campylobacter i prøven Salmonella i prøven Legionella cfu/ml patogen celle suspension spiket prøve celle suspension spiket prøve celle suspension spiket prøve påvist påvist ** påvist påvist*** 10 6 påvist påvist påvist påvist påvist påvist 10 8 påvist * påvist påvist påvist *) udgik pga. materiale mangel **) Påvist Salmonella samt forurening med Aeromonas. ***) Legionella påvist med svagt signal fra én probe. Prøve A+C; Campylobacter, Aeromonas, Pseudomonas, Salmonella og Legionella. Campylobact. i prøven Aeromonas cfu/ml Pseudomonas cfu/ml Salmonella i prøven Legionella cfu/ml celle susp. spiket prøve celle susp. spiket prøve celle susp. spiket prøve celle susp. spiket prøve celle susp. spiket prøve 27

28 ** påvist ** ** påvist ** 10 6 påvist påvist påvist påvist påvist påvist påvist påvist påvist * 10 8 *** påvist påvist påvist påvist påvist påvist påvist påvist * *) ikke påvist, men generelt svagt Cy5- signal på slide, hvilket ses af manglende signal fra Legionella (og Pseudomonas-slægtsprobe). **) ikke påvist; generelt lave hybridiseringssignaler på dette slide. ***) Campylobacter blev kun tilsat til halvdelen af prøverne pga. materiale-mangel. Campylobacter er påvist i de prøver, hvortil bakterierne er tilsat Diskussion og konklusion af DNA-chip-analyseresultater Resultatet af DNA-chip-analyse af suspensionsprøver og spikede vandprøver indeholdende blandinger af test-organismer viste, at der opnås de forventede (korrekte) signaler for alle patogene bakterier i prøver bestående af 10 8 og 10 6 celler pr. patogen pr. prøve. DNA-chip-metoden kan i dens nuværende design og assay-format ikke påvise specifikke patogener ned til 10 2 celler pr. prøve, men i nogle tilfælde var det muligt at detektere 10 4 specifikke patogener, jf. tabel 4. Til gengæld giver de 3 kontrolprober UNIVER, Eub338 og Univ1390 positive signaler for og prøverne, dvs. det er muligt at få signaler på DNA-chip-prototypen for disse prøver med kontrolprober, som fanger alle bakterier i prøven. Som eksempel herpå er DNA-chip-analyseresultaterne for kontrolproben Eub338 angivet i tabel 5. Tallene i tabel 5 er Cy3- signalintensiteten (gennemsnit) for kontrolproben Eub338 på DNA-chippen efter analyse af suspensionsprøve A, C og A+C indeholdende 10 2, 10 4 og 10 6 celler pr. patogen pr. prøve. I tabellen er også vist Cy3- signalintensiteten for Camp185r-proben, som er specifik for een patogen (Campylobacter) i dette forsøg. Negative kontroller anvendes til at fastlægge en tærskelværdi for hver DNAanalyse, og alle signaler over denne tærskelværdi defineres som værende positive, dvs. over baggrundsniveau på den pågældende DNA-chip. Tærskelværdien (Cy3- gennemsnit) for DNA-chips anvendt til analyse af hhv. 10 2, 10 4 og prøver er vist i tabel 5, og alle signaler over disse tærskelværdier regnes for positive. Eksempelvis er tærskelværdien (gennemsnit) for alle prøver i tabel 5 lig med 26, dvs. alle signaler derover er positive. Konklusionen er, at signalerne for Eub338-kontrolproben ligger over eller lige omkring tærskelværdien for prøverne, dvs. det er muligt at få positive signaler fra disse prøver. Tabel 5: Resultaterne af DNA-chip-analyse (Cy3- signalværdier) af suspensionsprøver for kontrolproben Eub338 (generel probe) og Camp185r-proben (specifik for Campylobacter). Antal celler pr. patogen Tærskelværdi (snit) i analysen Prøve A Prøve C Prøve A+C Eub338 Camp185 r Eub338 Camp185 r Eub338 Camp

29 Af tabel 5 ses, at det generelt er gældende, at signal-værdien for begge prober er afhængig af antallet af bakterier i prøven, og at signalerne for kontrolproben (som fanger alle bakterier) er højere end signalerne for den specifikke probe Camp185r, (som kun fanger Campylobacter). 5.4 Resultater af prøve A, C og A+C analyseret ved de almindelige dyrkningsmetoder Resultaterne af de mikrobiologiske analyser af suspensionsprøver og spikede vandprøver af bakterieblanding A, C og A+C (indeholdende hhv. 10 2, 10 4, 10 6 og 10 8 celler pr. patogen) er summeret i resultatskemaerne i tabel 6 nedenfor. Analyserne for de 5 patogene bakterier er udført ifølge de almindelige dyrkningsmetoder beskrevet i afsnit 2.3. Tabel 6: Resultater af de mikrobiologiske dyrkningsanalyser af i alt 24 suspensionsprøver/spikede vandprøver. I resultatskemaerne er angivet, hvorvidt en given patogen er påvist, ej påvist ( ) eller om prøven ikke er analyseret (-). Prøve A indeholdendecampylobacter, Aeromonas og Pseudomonas Antal Campylobacter i prøven Aeromonas cfu/ml Pseudomonas cfu/ml celler pr. Celle spiket Celle spiket celle spiket patogen suspension prøve suspension prøve suspension prøve 10 2 påvist påvist 5,0 x , påvist påvist 6,7 x ,5 x ,0 x ,7 x påvist påvist 3,8 x ,8 x ,0 x ,0 x * * * * 8,0 x ,0 x 10 7 *) udgik pga. materiale-mangel Prøve C indeholdende Campylobacter, Salmonella og Legionella Antal celler pr. Campylobacter i prøven Salmonella i prøven Legionella cfu/ml patogen Celle suspension spiket prøve Celle suspension spiket prøve celle suspension spiket prøve 10 2 påvist påvist påvist påvist 1,6 x10 2 7,8 x påvist påvist ** *** ingen 1,9 x påvist påvist påvist påvist 6,0 x ,5 x * * påvist påvist 2,3 x ,0 x 10 7 *) udgik pga. materiale-mangel **) ingen Salmonella, forurenet med Aeromonas ***) ingen vækst Prøve A+C indeholdende Campylobacter, Aeromonas, Pseudomonas, Salmonella og Legionella Campylobact. i prøven Aeromonas cfu/ml Pseudomonas cfu/ml Salmonella i prøven Legionella cfu/ml celle susp. spiket prøve celle susp. spiket prøve celle susp. spiket prøve celle susp. spiket prøve celle susp. spiket prøve 10 2 påvist påvist 1,1 x ,2 x 10 1 påvist påvist 4,8 x ,9 x påvist påvist 1,2 x ,8 x ,1 x 10 3 påvist påvist 9,0 x 10 3 >

30 10 6 påvist påvist 8,6 x ,2 x ,5 x ,3 x 10 4 * påvist påvist 7,5 x 1,3 x 1,5 x 6,0 x 10 8 påvist påvist påvist påvist *) anslået, grundet sammenflydende kolonier er kolonitallet svært at aflæse 1,0 x 10 2 >10 6 5,0 x 4,9 x Konklusion fra de mikrobiologiske analyseresultater Konklusionen på de mikrobiologiske analyseresultater er, at dyrkningsmetoderne generelt genfinder de forventede patogene bakterier i blanding A, C og A+C for både suspensionsprøver og spikede vandprøver indeholdende hhv. 10 8, 10 6, 10 4 og 10 2 celler pr. prøve. Der er enkelte prøver, som ikke har givet de forventede analyseresultater på grund af forskellige tekniske detaljer, jf. kommentarer under resultatskemaerne i tabel 6. De mikrobiologiske standardmetoder til kvantitativ bestemmelse af hhv. Campylobacter spp. og Salmonella spp. er baseret på en semikvantitativ procedure, som inkluderer fremstilling af 10-folds fortyndinger efterfulgt af en kvalitativ analyse af 10-folds-fortyndingerne. Denne procedure giver en semikvantitativ bestemmelse, der ikke direkte kan sammenlignes med de andre kvantitative bestemmelser af Legionella spp., Aeromonas spp. og Pseudomonas spp. i projektet. Desuden kræves større mængder prøvemateriale til semikvantitative analyser. Campylobacter spp. og Salmonella spp. er derfor kun påvist ved en kvalitativ bestemmelse i denne undersøgelse, jf. tabel 5. De mikrobiologiske analyseresultater og kvantitative bestemmelser af antal bakterier pr. prøve anvendes som udgangspunkt for sammenligning af patogen DNA-chip-prototypen med almindelige dyrkningsmetoder, jf. afsnit 6. 30

31 6 Sammenligning af analysemetoder Analyseresultaterne opnået med DNA-chip-prototypen (tabel 4) skal sammenlignes med resultaterne af de mikrobiologiske dyrkningsmetoder (tabel 6) for både suspensionsprøver og spikede vandprøver for bakterieblanding A, C og A+C. Generelt er der overensstemmelse imellem resultaterne opnået med DNAchip-prototypen og de almindelige dyrkningsmetoder for bakterieblandingerne A, C og A+C indeholdende 10 8 og 10 6 celler pr. prøve. DNA-chip-metoden kan i dens nuværende design og assay-format ikke detektere specifikke bakterier ned til 10 2 celler pr. prøve, men i nogle tilfælde var det muligt at detektere 10 4 specifikke bakterier, jf. tabel 4. Det skal bemærkes, at prøveforberedelsen (dvs. en ekstra centrifugering af suspensionsprøver og anvendelse af mindre filter-disc fra spikede vandprøver) i begge tilfælde resulterede i en forringet følsomhed for DNA-chip-analysen i dette projekt. Der skal således optimeres på prøveforbehandlingsdelen af projektet for at opnå en forbedret følsomhed. I figur 8 sammenlignes analyseresultaterne opnået med DNA-chip-prototypen og de mikrobiologiske dyrkningsmetoder for suspensionsprøver og spikede vandprøver indeholdende hhv. 10 8, 10 6, 10 4 og 10 2 celler pr. patogen pr. prøve. I figuren repræsenterer et grønt felt, at der er 100% (eller meget tæt på 100%) overensstemmelse mellem analysemetoderne. Et gult felt betyder delvis overensstemmelse, mens et rødt felt markerer de prøver, hvor der kun er påvist specifikke bakterier med de mikrobiologiske metoder. Farverne for de enkelte prøver i figur 8 gennemgås i detaljer nedenfor. Figur 8: Sammenligning af analyseresultaterne opnået med Patogen DNA-chipprototypen og de mikrobiologiske analysemetoder. Generelt for prøve A, C og A+C indeholdende 10 6 eller 10 2 celler pr. patogen gælder; 10 6 : Fuldstændig overensstemmelse mellem DNA-chip-metoden og de mikrobiologiske dyrkningsmetoder (markeret med grønt) : Kun påvist specifikke patogene bakterier med de mikrobiologiske dyrkningsmetoder (markeret med rødt). Signaler for positive kontrolprober fås i DNA-chip-analysen, jf. tabel 5. 31

32 Kommentarer til prøver indeholdende 10 8 eller 10 4 celler pr. patogen; Prøve A: 10 8: Pseudomonas påvises med begge metoder. Prøven indeholder derudover (ved en fejl) Aeromonas og Salmonella, hvilket kan ses af DNA-chip-analysen : I suspensionsprøven påvises Campylobacter og Aeromonas med begge metoder. Pseudomonas påvises kun med dyrkningsmetoden (derfor markeret med gult), hvilket sandsynligvis skyldes, at der kun er tilsat 400 Pseudomonas-bakterier til denne prøve, jf. tabel 6. I den spikede vandprøve detekteres kun specifikke patogener med dyrkningsmetoderne (rød). Prøve C: 10 8: Legionella (~10 7 celler) påvises med begge metoder i suspensionsprøven, men kun med dyrkningsmetoden i den spikede vandprøve (derfor markeret med gult i figur 8). Her ses tydeligt effekten af prøveforbehandlingen, som forringer følsomheden for DNA-chip-analysen. Salmonella fundet med begge metoder i begge prøver. Påvisning af Campylobacter i suspensionsprøve er kun udført med DNA-chip-analyse (udgik af de mikrobiologiske analyser) : Ens resultater med begge metoder for Campylobacter og Legionella. Salmonella og forurening med Aeromonas er fundet med DNA-chip-analysen. Den mikrobiologiske analyse finder også Aeromonas, men ikke Salmonella. I den spikede vandprøve detekteres Legionella med begge metoder, Campylobacter påvises kun med dyrkningsmetoden og Salmonella kun med DNA-chippen. Prøve A+C: 10 8: Fuldstændig overensstemmelse i mellem de 2 metoder for alle 5 patogener i prøverne med undtagelse af Legionella i den spikede vandprøve, hvilket sandsynligvis skyldes generelt lave signalværdier i denne DNA-chip-analyse, (jf. figur 8**) : Med dyrkningsmetoderne påvises alle 5 patogener. Med DNAchip-prototypen detekteres Aeromonas (jf. figur 8*), mens de øvrige signal-værdier for de 5 patogene testorganismer ligger lige omkring detektionsgrænsen, hvilket ses som +/- svage spots på DNA-chippen. 32

Metodeafprøvning. Bestemmelse af coliforme bakterier og E. coli i spildevand. Naturstyrelsens Referencelaboratorium. Miljøanalyser

Metodeafprøvning. Bestemmelse af coliforme bakterier og E. coli i spildevand. Naturstyrelsens Referencelaboratorium. Miljøanalyser Metodeafprøvning Bestemmelse af coliforme bakterier og E. coli i spildevand Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Mikrobiologiske Miljøanalyser Titel: Metodeafprøvning, bestemmelse af coliforme bakterier

Læs mere

Undersøgelse for Legionella i drikkevand

Undersøgelse for Legionella i drikkevand Undersøgelse for Legionella i drikkevand Dorthe Olsen & Vibeke From Jeppesen Eurofins Danmark A/S Linda Bagge Miljøstyrelsen Miljøprojekt Nr. 994 2005 Miljøstyrelsen vil, når lejligheden gives, offentliggøre

Læs mere

Screeningsundersøgelse for campylobacter i vand. Vibeke From Jeppesen og Inger Guldbæk Eurofins Danmark A/S

Screeningsundersøgelse for campylobacter i vand. Vibeke From Jeppesen og Inger Guldbæk Eurofins Danmark A/S Screeningsundersøgelse for campylobacter i vand Vibeke From Jeppesen og Inger Guldbæk Eurofins Danmark A/S Miljøprojekt Nr. 1081 2006 Miljøstyrelsen vil, når lejligheden gives, offentliggøre rapporter

Læs mere

Susanne Mansdal Teamleder Mikrobiologisk laboratorium

Susanne Mansdal Teamleder Mikrobiologisk laboratorium Årsrapport 2012 31. marts 2013 Proj.nr. 2000207 SUM/JUSS Mikrobiologisk beredskab Sammendrag I projektet Mikrobiologisk beredskab sikres opdateret viden om mikrobiologiske analysemetoder. Virksomhederne

Læs mere

Hurtigmetoder til screening for coliforme bakterier og E. coli i drikkevand. Vibeke From Jeppesen Eurofins Danmark A/S

Hurtigmetoder til screening for coliforme bakterier og E. coli i drikkevand. Vibeke From Jeppesen Eurofins Danmark A/S Hurtigmetoder til screening for coliforme bakterier og E. coli i drikkevand Vibeke From Jeppesen Eurofins Danmark A/S Miljøprojekt Nr. 934 2004 Miljøstyrelsen vil, når lejligheden gives, offentliggøre

Læs mere

Forsøgsprotokol til larveforsøg: Tilsætning af 3 dage gamle larver til gødning inficeret med patogene bakterier

Forsøgsprotokol til larveforsøg: Tilsætning af 3 dage gamle larver til gødning inficeret med patogene bakterier Forsøgsprotokol til larveforsøg: Tilsætning af 3 dage gamle larver til gødning inficeret med patogene bakterier Formål: at undersøge udviklingen i mængden af tilsatte patogene bakterier til hønsegødning.

Læs mere

Trine Rolighed Thomsen (seniorkonsulent, lektor, mikrobiolog) Center for Kemi- og Bioteknik, TI, Afd. for Bioteknologi, AAU, 7220 1828,

Trine Rolighed Thomsen (seniorkonsulent, lektor, mikrobiolog) Center for Kemi- og Bioteknik, TI, Afd. for Bioteknologi, AAU, 7220 1828, Hvorfor opstår legionella i varmt brugsvand og hvorfor er det farligt? Trine Rolighed Thomsen (seniorkonsulent, lektor, mikrobiolog) Center for Kemi- og Bioteknik, TI, Afd. for Bioteknologi, AAU, 7220

Læs mere

Nye hurtigmetoder til påvisnings af mikrobielle forureninger i drikkevand

Nye hurtigmetoder til påvisnings af mikrobielle forureninger i drikkevand Nye hurtigmetoder til påvisnings af mikrobielle forureninger i drikkevand Peter Sektion for Miljøteknologi Institut for Kemi og Bioteknologi Aalborg Universitet Slide 1 1 af 31 Nye hurtigmetoder Tak til

Læs mere

GAPDH PCR modul Manual

GAPDH PCR modul Manual GAPDH PCR modul Manual Katalog nr. 166-5010EDU explorer.bio-rad.com Kopiering kun tilladt til undervisningsbrug Bemærk: Kittet indeholder temperaturfølsomme dele. Åbn derfor straks kassen og læg de pågældende

Læs mere

Drikkevandssensorer 2016

Drikkevandssensorer 2016 Drikkevandssensorer 2016 Teknisk gennemgang af målemetoder Vandhuset, 27. januar 2016 Loren Ramsay, VIA Engineering Monitering Vi vil gerne monitere for bakterier i vores drikkevand. Men kan vi blive mere

Læs mere

PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA

PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA PCR til at opkopiere bestemte DNA-sekvenser i en prøve er nu en af genteknologiens absolut vigtigste værktøjer. Peter Rugbjerg, Biotech Academy PCR (Polymerase

Læs mere

Bestemmelse af celletal

Bestemmelse af celletal Bioteknologi 2, Tema 3 Forsøg 4 Bestemmelse af celletal Mange klassiske mikrobiologiske metoder har til formål at undersøge hvor mange mikroorganismer man har i sin prøve. Det undersøger man gennem forskellige

Læs mere

Regnskovens hemmeligheder

Regnskovens hemmeligheder Center for Undervisningsmidler, afdeling København Regnskovens hemmeligheder Øvelsesvejledning Formål Et gen for et kræfthelbredende protein er blevet fundet i nogle mystiske blade i regnskoven. Forskere

Læs mere

NMKL. Harmonisering af mikrobiologiske metoder. Model for udarbejdelse af mikrobiologiske metoder i NMKL

NMKL. Harmonisering af mikrobiologiske metoder. Model for udarbejdelse af mikrobiologiske metoder i NMKL NMKL NORDISK METODIKKOMITÉ FOR LEVNEDSMIDLER www.nmkl.org NMKL-PROTOKOLL NR. 2, 2006 (erstatter NMKL-RAPPORT NR. 19, 1998: Harmonisering af mikrobiologiske metoder) Harmonisering af mikrobiologiske metoder

Læs mere

Statusrapport for projektet: Afprøvning af den nye PCR teknik til test for virus i kartoffelknolde til erstatning for den gamle ELISA-teknik

Statusrapport for projektet: Afprøvning af den nye PCR teknik til test for virus i kartoffelknolde til erstatning for den gamle ELISA-teknik Bilag 2 Statusrapport for projektet: Afprøvning af den nye PCR teknik til test for virus i kartoffelknolde til erstatning for den gamle ELISA-teknik ved forsker Mogens Nicolaisen, Danmarks JordbrugsForskning,

Læs mere

Rapport December Miljøstyrelsen. BOD 5 på lavt niveau. Evaluering af BOD 5 metoder til anvendelse på detektionsgrænseniveau i spildevand

Rapport December Miljøstyrelsen. BOD 5 på lavt niveau. Evaluering af BOD 5 metoder til anvendelse på detektionsgrænseniveau i spildevand Rapport December 2000 Miljøstyrelsen BOD 5 på lavt niveau Evaluering af BOD 5 metoder til anvendelse på detektionsgrænseniveau i spildevand Agern Allé 11 2970 Hørsholm Tel: 4516 9200 Fax: 4516 9292 E-mail:

Læs mere

DNA origami øvelse 2013. DNA origami øvelse

DNA origami øvelse 2013. DNA origami øvelse DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA sekvens,

Læs mere

Dette er en kladde til et genoptryk af Eksperimentel Genteknologi fra 1991. Ideer, rettelser og forslag modtages gerne. Kh Claudia.

Dette er en kladde til et genoptryk af Eksperimentel Genteknologi fra 1991. Ideer, rettelser og forslag modtages gerne. Kh Claudia. Transformation af E.coli K 12 Version 3. marts 2009 (C) Claudia Girnth-Diamba og Bjørn Fahnøe Dette er en kladde til et genoptryk af Eksperimentel Genteknologi fra 1991. Ideer, rettelser og forslag modtages

Læs mere

Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT

Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT Til: Følgegruppen for Naturstyrelsens Referencelaboratorium cc: Fra: Maj-Britt Fruekilde Dato: 26. november 2014

Læs mere

6.6. Substratoversigt

6.6. Substratoversigt substrater geblomme, antibiotika m.v.. l) Ophældning på plader, 8-15 ml pr. plade. m) Eventuel tørring af plader. n) Plader, der ikke bruges med det samme, kan gemmes i køleskab, indpakket i plastposer.

Læs mere

Årsrapport 2014. Mikrobiologisk beredskab og laboratoriefaciliteter. Sammendrag

Årsrapport 2014. Mikrobiologisk beredskab og laboratoriefaciliteter. Sammendrag Årsrapport 2014 Mikrobiologisk beredskab og laboratoriefaciliteter 31. marts 2015 Proj.nr. 2000207 SUM/RS/JUSS Sammendrag I projektet Mikrobiologisk beredskab og laboratoriefaciliteter sikres virksomhederne

Læs mere

FLEXICULT PRODUKTINFORMATION S T A T E N S S E R U M I N S T I T U T. forebygger og bekæmper smitsomme sygdomme og medfødte lidelser

FLEXICULT PRODUKTINFORMATION S T A T E N S S E R U M I N S T I T U T. forebygger og bekæmper smitsomme sygdomme og medfødte lidelser FLEXICULT SSI-urinkit S T A T E N S S E R U M I N S T I T U T forebygger og bekæmper smitsomme sygdomme og medfødte lidelser Statens Serum Institut Artillerivej 5 2300 København S Tlf.: 3268 3268 Fax:

Læs mere

Kortlægning af migration af nikkel fra mobiltelefoner

Kortlægning af migration af nikkel fra mobiltelefoner Kortlægning af migration af nikkel fra mobiltelefoner Jane Pors, Mette Damgaard og Inge Bondgaard Eurofins Danmark Kortlægning af kemiske stoffer i forbrugerprodukter Nr. 101 2009 Miljøstyrelsen vil, når

Læs mere

FORSØG ØL verdens første svar på anvendt

FORSØG ØL verdens første svar på anvendt FORSØG ØL verdens første svar på anvendt bioteknologi Biotech Academy BioCentrum-DTU Søltofts Plads DTU - Bygning 221 2800 Kgs. Lyngby www.biotechacademy.dk bioteket@biocentrum.dtu.dk INDHOLDSFORTEGNELSE

Læs mere

Undersøgelse af forskellige probiotiske stammer

Undersøgelse af forskellige probiotiske stammer Undersøgelse af forskellige probiotiske stammer Formål Formålet med denne øvelse er: 1. At undersøge om varer med probiotika indeholder et tilstrækkeligt antal probiotiske bakterier, dvs. om antallet svarer

Læs mere

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere:

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Hvilke baser indgår i DNA? A. Adenin, Guanin, Cytosin,

Læs mere

Mikrobiologiske processer og sundhed

Mikrobiologiske processer og sundhed Mikrobiologiske processer og sundhed 1. CASE: Hjælp en landmand med sundhedsproblemer i svinebesætning En landmand, der fodrer sine grise med vådfoder, oplever døde grise og grise med diarre. Han frygter

Læs mere

FLEXICULT SSI-URINKIT

FLEXICULT SSI-URINKIT FLEXICULT SSI-URINKIT Udarbejdet af Niels Frimodt-Møller, Overlæge dr.med. Aase Meyer, Produktspecialist Layout Anja Bjarnum 2 FLEXICULT SSI-URINKIT er et dyrkningskit til diagnosticering af urinvejsinfektioner

Læs mere

Test dit eget DNA med PCR

Test dit eget DNA med PCR Test dit eget DNA med PCR Forsøgsvejledning Navn: Side 1 af 7 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA

Læs mere

DNA origami øvelse DNA origami øvelse

DNA origami øvelse DNA origami øvelse DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der

Læs mere

Mælkesyrebakterier og holdbarhed

Mælkesyrebakterier og holdbarhed Mælkesyrebakterier og holdbarhed Formål Formålet med denne øvelse er at undersøge mælkesyrebakteriers og probiotikas evne til at øge holdbarheden af kød ved at: 1. Undersøge forskellen på bakterieantal

Læs mere

Procedure Test og træning af lugtdommere til hangrisesortering

Procedure Test og træning af lugtdommere til hangrisesortering Procedure Test og træning af lugtdommere til hangrisesortering 20. September 2011 Proj.nr. 2000666 LME/CB/MT 1. Generelt Denne protokol omhandler test og træning af lugtdommere til påvisning af hangriselugt

Læs mere

Agenda. Livsbetingelser. Biofilm. Kontrol. Råvarekvalitet. Plaque er dannelse af biofilm på tænder. Eksempler

Agenda. Livsbetingelser. Biofilm. Kontrol. Råvarekvalitet. Plaque er dannelse af biofilm på tænder. Eksempler Agenda Plaque er dannelse af biofilm på tænder. Livsbetingelser Biofilm Kontrol Formeringshastighed, næringskrav mm. Hvilke mikroorganismer Hvad er biofilm Dannelse af biofilm Anlæg Hvilke muligheder Råvarekvalitet

Læs mere

Drikkevandssediment en kilde til bekymring?

Drikkevandssediment en kilde til bekymring? Drikkevandssediment en kilde til bekymring? Sarah C.B. Christensen I samarbejde med VandCenter Syd og Halsnæs Vandforsyning A.m.b.a. Medforfattere: Marta Munk Tønder, Lene Crafack, Erik Arvin, Erling Nissen

Læs mere

DNA fingeraftryk: Hvordan kan vi bruge DNA - baserede metoder ved drikkevandsforureninger? Anna Krestine Nørgaard Teknologisk Institut

DNA fingeraftryk: Hvordan kan vi bruge DNA - baserede metoder ved drikkevandsforureninger? Anna Krestine Nørgaard Teknologisk Institut DNA fingeraftryk: Hvordan kan vi bruge DNA - baserede metoder ved drikkevandsforureninger? Anna Krestine Nørgaard Teknologisk Institut INTRODUKTION Teknologisk Institut; - Hvem er vi?! Anvendte metoder

Læs mere

Probiotika i akvakultur en strategi til forebyggelse af fiskesygdom

Probiotika i akvakultur en strategi til forebyggelse af fiskesygdom Bettina Spanggaard & Lone Gram Danmarks Fiskeriundersøgelser, Afdeling for Fiskeindustriel Forskning Probiotika i akvakultur en strategi til forebyggelse af fiskesygdom Sygdom hos fisk i opdræt behandles

Læs mere

Protokol for genetisk bestemmelse af ABO blodtyper

Protokol for genetisk bestemmelse af ABO blodtyper Page1 Udarbejdet i samarbejde mellem: Kåre Lehmann, Annabeth Høgh Petersen, Anne Rusborg Nygaard og Jørn M. Clausen Page2 VIGTIGT: SKIFT PIPETTE SPIDSER/TIPS EFTER HVER GANG!! Så undgår du at forurene

Læs mere

Vurdering af metodeskifte for coliforme bakterier i drikkevand

Vurdering af metodeskifte for coliforme bakterier i drikkevand Vurdering af metodeskifte for coliforme bakterier i drikkevand Inger Guldbæk Miljøstyrelsens Mikrobiologiske Referencelaboratorium Linda Bagge Miljøstyrelsen Miljøprojekt Nr. 1162 2007 Indhold FORORD

Læs mere

Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske Miljømålinger NOTAT

Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske Miljømålinger NOTAT Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske Miljømålinger NOTAT Til: Brugere af Bekendtgørelse om kvalitetskrav til miljømålinger udført af akkrediterede laboratorier, certificerede personer mv.

Læs mere

Danske sensorteknologier

Danske sensorteknologier Danske sensorteknologier Hans-Jørgen Albrechtsen Prof. ZENZOR 14 Eigtveds Pakhus, København 16. Januar 2014 Hvad er en sensor? Hvad så om natten? Hvad er en sensor? Hvad vil vi måle? Specifik organisme

Læs mere

FYSISKE MÅLINGER PÅ MÆLK

FYSISKE MÅLINGER PÅ MÆLK FYSISKE MÅLINGER PÅ MÆLK Fysiske målinger på mælk - Hvordan måler man, om koen er syg? 1 Introduktion til forsøget Yverbetændelse, også kaldet mastitis, er en ofte forekommende produktionssygdom hos malkekøer

Læs mere

Teknisk anvisning for marin overvågning

Teknisk anvisning for marin overvågning NOVANA Teknisk anvisning for marin overvågning 2.3 Klorofyl a Britta Pedersen H Afdeling for Marin Økologi Miljøministeriet Danmarks Miljøundersøgelser 2.3-1 Indhold 2.3 Klorofyl-a 2.3-3 2.3.1 Formål 2.3-3

Læs mere

Nitrat sticks AquaChek 0-50 Bilag 3 Nitrat sticks

Nitrat sticks AquaChek 0-50 Bilag 3 Nitrat sticks Notat SEGES P/S SEGES Planter & Miljø Test af måleudstyr til måling af nitrat i drænvand Ansvarlig KRP Oprettet 12-10-2016 Projekt: [3687, TReNDS] Side 1 af 5 Test af måleudstyr til måling af nitrat i

Læs mere

Fjernelse af grundvandsforurening med mikroorganismer fremtidens løsning på fortidens synder?

Fjernelse af grundvandsforurening med mikroorganismer fremtidens løsning på fortidens synder? Fjernelse af grundvandsforurening med mikroorganismer fremtidens løsning på fortidens synder? Christian Nyrop Albers De Nationale Geologiske Undersøgelser for Danmark og Grønland Klima- Energi- og Bygningsministeriet

Læs mere

artus EBV QS-RGQ-kit Ydelsesegenskaber Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analysefølsomhed plasma artus EBV QS-RGQ-kit, Version 1,

artus EBV QS-RGQ-kit Ydelsesegenskaber Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analysefølsomhed plasma artus EBV QS-RGQ-kit, Version 1, artus EBV QS-RGQ-kit Ydelsesegenskaber artus EBV QS-RGQ-kit, Version 1, 4501363 Kontroller, om der er nye revisioner med elektronisk mærkning på www.qiagen.com/products/artusebvpcrkitce.aspx inden udførelse

Læs mere

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Sebastian, Louise og Ana

Velkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Sebastian, Louise og Ana Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Sebastian, Louise og Ana Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Dagens program 9:00 10:00 Introduktion

Læs mere

BAGGRUND OG FORMÅL METODE OG RESULTATER

BAGGRUND OG FORMÅL METODE OG RESULTATER KAMPAGNER OG PROJEKTER - SLUTRAPPORT Slagtehygiejne i små slagtehuse. SVIN 2010-2011 J. nr.: 2008-20-64-00914 BAGGRUND OG FORMÅL Formålet med projektet var at undersøge om små slagtehuse overholder gældende

Læs mere

Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT

Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT Til: Følgegruppen for Naturstyrelsens Referencelaboratorium cc: Fra: Maj-Britt Fruekilde Dato: 25. november 2014

Læs mere

Validering af gramfarvning af bakterier

Validering af gramfarvning af bakterier Valideringsrapport Gramfarvning af bakterier Formålet med valideringen At dokumentere at KMA, OUHs kan anvende gramfarvning til at identificere grampositive og negative bakterier, samt karakterisere morfologi/lejring.

Læs mere

En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et:

En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et: F2011-Opgave 1. En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et: Forward primer: 5 CC ATG GGT ATG AAG CTT TGC AGC CTT

Læs mere

Proteiner: en introduktion. Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013

Proteiner: en introduktion. Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013 Proteiner: en introduktion Modul 1; F13 Rolf Andersen, 18/2-2013 4 facts om proteiner Proteiner udgør én af de vigtigste stofgrupper i vores organisme; de varetager en lang række forskellige funktioner.

Læs mere

FORSØG ØL verdens første svar på anvendt

FORSØG ØL verdens første svar på anvendt FORSØG ØL verdens første svar på anvendt bioteknologi Biotech Academy BioCentrum-DTU Søltofts Plads DTU - Bygning 221 2800 Kgs. Lyngby www.biotechacademy.dk bioteket@biocentrum.dtu.dk INDHOLDSFORTEGNELSE

Læs mere

Betydning af erstatning af DS metoder med EN metoder - Bestemmelse af biokemisk oxygenforbrug (BOD) Miljøstyrelsens Referencelaboratorium

Betydning af erstatning af DS metoder med EN metoder - Bestemmelse af biokemisk oxygenforbrug (BOD) Miljøstyrelsens Referencelaboratorium Betydning af erstatning af DS metoder med EN metoder - Bestemmelse af biokemisk oxygenforbrug (BOD) Miljøstyrelsens Referencelaboratorium Miljøstyrelsen Rapport December 2005 Betydning af erstatning af

Læs mere

Krav vedrørende Miljøprøvning og DS-mærkning gældende for INSTA-CERT certificerede PE- og PVC-rør til anvendelse for drikkevandsforsyning i Danmark.

Krav vedrørende Miljøprøvning og DS-mærkning gældende for INSTA-CERT certificerede PE- og PVC-rør til anvendelse for drikkevandsforsyning i Danmark. 2008-06-11 Krav vedrørende Miljøprøvning og DS-mærkning gældende for INSTA-CERT certificerede PE- og PVC-rør til anvendelse for drikkevandsforsyning i Danmark. Dette bilag beskriver de miljøkrav, der skal

Læs mere

Evaluering af Biogas som Bæredygtig Energikilde til Masanga hospitalet

Evaluering af Biogas som Bæredygtig Energikilde til Masanga hospitalet 2008 Evaluering af Biogas som Bæredygtig Energikilde til Masanga hospitalet Lars Rønn Olsen DTU biosys Ingeniører Uden Grænser Udarbejdet for Masangas Venner Introduktion Som behovet for bæredygtig energi

Læs mere

Konkurrence mellem to bakteriearter

Konkurrence mellem to bakteriearter 1 Biologi-forsøg: Populationsbiologi/evolution Konkurrence mellem to bakteriearter Forsøget undersøger, hvordan en ydre miljøfaktor (temperatur) påvirker konkurrencen mellem to forskellige arter. I dette

Læs mere

LUP Fødende læsevejledning til afdelingsrapporter

LUP Fødende læsevejledning til afdelingsrapporter Indhold Hvordan du bruger læsevejledningen... 1 Oversigtsfigur... 2 Temafigur... 3 Spørgsmålstabel... 4 Respondenter og repræsentativitet... 6 Uddybende forklaring af elementer i figurer og tabeller...

Læs mere

LUP læsevejledning til afdelingsrapporter

LUP læsevejledning til afdelingsrapporter Indhold Hvordan du bruger læsevejledningen... 1 Oversigtsfigur... 2 Temafigur... 3 Spørgsmålstabel... 4 Respondenter og repræsentativitet... 6 Uddybende forklaring af elementer i figurer og tabeller...

Læs mere

Studienummer: MeDIS Exam 2015. Husk at opgive studienummer ikke navn og cpr.nr. på alle ark, der skal medtages i bedømmelsen

Studienummer: MeDIS Exam 2015. Husk at opgive studienummer ikke navn og cpr.nr. på alle ark, der skal medtages i bedømmelsen MeDIS Exam 2015 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Videregående biokemi og medicinudvikling Bachelor i Medis 5. semester Eksamensdato: 26-01-2015 Tid: kl. 09.00-11.00 Bedømmelsesform 7-trin Vigtige

Læs mere

Rapport. Optimal brug af ressourcer i den sorte ende Forsøg med recirkulering af vand i hårstødere. Hardy Christensen og Vinnie H.

Rapport. Optimal brug af ressourcer i den sorte ende Forsøg med recirkulering af vand i hårstødere. Hardy Christensen og Vinnie H. Rapport Optimal brug af ressourcer i den sorte ende Forsøg med recirkulering af vand i hårstødere 26. november 2013 Proj.nr. 2002277 Version 01 HCH/VHR/JUSS Hardy Christensen og Vinnie H. Rasmussen Sammendrag

Læs mere

BAGGRUND OG FORMÅL METODE OG RESULTATER

BAGGRUND OG FORMÅL METODE OG RESULTATER KAMPAGNER OG PROJEKTER - SLUTRAPPORT Salmonella i svinekød i detail J. nr.: 2010-20-64-00219 BAGGRUND OG FORMÅL CKL projekter fra 2002 og 2006 viser, at Salmonella forekomsten i hele svinekødstykker steg

Læs mere

Isolering af DNA fra løg

Isolering af DNA fra løg Isolering af DNA fra løg Formål: At afprøve en metode til isolering af DNA fra et levende væv. At anvende enzymer.. Indledning: Isolering af DNA fra celler er første trin i mange molekylærbiologiske undersøgelser.

Læs mere

Opformeringsmedie til identifikation af MRSA

Opformeringsmedie til identifikation af MRSA Opformeringsmedie til identifikation af MRSA Contrast MRSA broth fra Oxoid versus ChromID MRSA fra Biomerieux Forfatter: Sofie Skov Frost (60080212) Fødselsdato: 24/7 1988 Periode for bachelorprojekt:

Læs mere

Som substrat i forsøgene anvender vi para nitrophenylfosfat, der vha. enzymet omdannes til paranitrofenol

Som substrat i forsøgene anvender vi para nitrophenylfosfat, der vha. enzymet omdannes til paranitrofenol Enzymkinetik Introduktion I disse forsøg skal I arbejde med enzymet alkalisk fosfatase. Fosfataser er meget almindelige i levende organismer og er enzymer med relativt bred substrat specificitet. De katalyserer

Læs mere

OPGØRELSE OVER OMLØBER- UNDERSØGELSERNE

OPGØRELSE OVER OMLØBER- UNDERSØGELSERNE OPGØRELSE OVER OMLØBER- UNDERSØGELSERNE NOTAT NR. 1417 Undersøgelser af sæd fra ornestationer i Danmark har vist, at der er antibiotikaresistente bakterier, bl.a. Proteus og Chlamydier, til stede i en

Læs mere

Procesteknologisk overvågning. Nyhedsbrev nr. 22

Procesteknologisk overvågning. Nyhedsbrev nr. 22 Procesteknologisk overvågning Juli 2014 Proj.nr. 2000204 KABM Nyhedsbrev nr. 22 Juli 2014 Formålet med nyhedsbrevet fra DMRI Hygiejne og Forædling er at viderebringe og perspektivere viden om alternative

Læs mere

Recipient og Sundhed. -Kvantitativ evaluering af vandkvaliteten og sundhedsrisiko ved overvømmelser i Danmark

Recipient og Sundhed. -Kvantitativ evaluering af vandkvaliteten og sundhedsrisiko ved overvømmelser i Danmark Recipient og Sundhed -Kvantitativ evaluering af vandkvaliteten og sundhedsrisiko ved overvømmelser i Danmark PhD studerende Signe Tanja Andersen EVA temadag 11 Mar 2013 Vejledere Professor Hans-Jørgen

Læs mere

Kvalitetskontrol i molekylærbiologisk rutinediagnostik

Kvalitetskontrol i molekylærbiologisk rutinediagnostik i molekylærbiologisk rutinediagnostik Respirationsvejsvirus som model Mette Høgh, cand. scient, ph.d. Klinisk Mikrobiologisk Afdeling, Hvidovre Hospital Mette.hoegh@hvh.regionh.dk Oversigt Introduktion

Læs mere

Studiepraktik Vejledninger til Laboratoriearbejdet i mikrobiologi E 2013/BIS

Studiepraktik Vejledninger til Laboratoriearbejdet i mikrobiologi E 2013/BIS Studiepraktik Vejledninger til Laboratoriearbejdet i mikrobiologi E 2013/BIS 1 Makroskopisk og mikroskopisk undersøgelse af bakterier Formål: At udføre makroskopiske og mikroskopiske bakterieundersøgelser.

Læs mere

PRØVNINGSRAPPORT. Undersøgelse af vandprøver. Udarbejdet for: Greve Vandværk Håndværkerbyen 1 2670 Greve Att.: Preben Fogd Jørgensen 2011.11.

PRØVNINGSRAPPORT. Undersøgelse af vandprøver. Udarbejdet for: Greve Vandværk Håndværkerbyen 1 2670 Greve Att.: Preben Fogd Jørgensen 2011.11. PRØVNINGSRAPPORT Undersøgelse af vandprøver Udarbejdet for: Greve Vandværk Håndværkerbyen 1 2670 Greve Att.: Preben Fogd Jørgensen 2011.11.07 Center for Mikroteknologi og Overfladeanalyse, Teknologisk

Læs mere

Testet i udlandet. Oversigt af udenlandske analyser rekvireret fra Færøerne i 2013 11-11-2013. Forfatter: Janus Vang, Ph.D.

Testet i udlandet. Oversigt af udenlandske analyser rekvireret fra Færøerne i 2013 11-11-2013. Forfatter: Janus Vang, Ph.D. 11-11-2013 Testet i udlandet Oversigt af udenlandske analyser rekvireret fra Færøerne i 2013 Forfatter: Janus Vang, Ph.D. ANSVARLIG: REGIN W. DALSGAARD, BESTYRELSESFORMAND FOR VINNUFRAMI INTRODUKTION Færøernes

Læs mere

Mikrobiologisk overvågning og beredskab

Mikrobiologisk overvågning og beredskab 30. september 2010 Proj. nr.: 1378570-02 SUM/LHAN Værktøjsområde Mikrobiologisk overvågning og beredskab Årsrapport 2010 Susanne Mansdal Hovedansvarlig for værktøjsområdet Flemming Hansen Medansvarlig

Læs mere

Biotechnology Explorer

Biotechnology Explorer Biotechnology Explorer Oprensning af genomisk DNA fra plantemateriale Manual Katalog nr. 166-5005EDU explorer.bio-rad.com Oversat og bearbejdet af Birgit Sandermann Justesen, Nærum Gymnasium, februar 2009

Læs mere

Regulatoriske mekanismer i energistofskiftet

Regulatoriske mekanismer i energistofskiftet Regulatoriske mekanismer i energistofskiftet Regulatoriske mekanismer i energistofskiftet Resultatskemaer: Biopsi Muskel- 0 Muskel- 1 Muskel- 2 Muskel- 3 Vægt [g] 1,32 1,82 1,35 1,58 PCA tilsat [ml] 12,42

Læs mere

UDVASKNING AF PATOGENER GENNEM LERJORDE

UDVASKNING AF PATOGENER GENNEM LERJORDE UDVASKNING AF PATOGENER GENNEM LERJORDE Forskningsprofessor Carsten Suhr Jacobsen 1&2 Specialestuderende Tina Bech 1&2 Konsulent Kaare Johnsen 3 Projektforsker Mette Lægdsmand 4 Forskningsleder Ole H.

Læs mere

OPGAVER ØL -verdens første svar på anvendt bioteknologi

OPGAVER ØL -verdens første svar på anvendt bioteknologi OPGAVER ØL -verdens første svar på anvendt bioteknologi Biotech Academy BioCentrum-DTU Søltofts Plads DTU - Bygning 221 2800 Kgs. Lyngby www.biotechacademy.dk bioteket@biocentrum.dtu.dk SMÅ OPGAVER Nedskriv

Læs mere

Opgave 1 Listeria. mørkviolette bakteriekolonier, se figur 1a. og b. 1. Angiv reaktionstypen for reaktion. 1 vist i figur 1b.

Opgave 1 Listeria. mørkviolette bakteriekolonier, se figur 1a. og b. 1. Angiv reaktionstypen for reaktion. 1 vist i figur 1b. Opgave 1 Listeria Bakterien Listeria monocytogenes kan være sygdomsfremkaldende for personer, der i forvejen er svækkede. For at identificere Listeria kan man anvende indikative agarplader. Her udnyttes

Læs mere

Online Coli Detection

Online Coli Detection Online Coli Detection Kolofon Titel: Online coli detection ISBN nr. 978-87-92708-29-8 (PDF) Emneord: Målinger I vand, coli, drikkevand. Udgiverkategori: Statslig Projektmidler: Projektet er gennemført

Læs mere

Mælkesyrebakterier og holdbarhed

Mælkesyrebakterier og holdbarhed Mælkesyrebakterier og holdbarhed Navn: Forsøgsvejledning Mælkesyrebakterier og holdbarhed Formål med forsøget Formålet med denne øvelse er at undersøge mælkesyrebakteriers og probiotikas evne til at øge

Læs mere

I dette nyhedsbrev forsætter vi hvor vi slap i det forgående, hvor vi havde følgende spørgsmål

I dette nyhedsbrev forsætter vi hvor vi slap i det forgående, hvor vi havde følgende spørgsmål Nyhedsbrev d. 29. maj 2015 I dette nyhedsbrev forsætter vi hvor vi slap i det forgående, hvor vi havde følgende spørgsmål Hej Koi Team Enghavegaard Jeg har en bakki shower med en sieve foran, som jeg ikke

Læs mere

BD CLED Agar / MacConkey II Agar (Biplate)

BD CLED Agar / MacConkey II Agar (Biplate) BRUGSANVISNING PLADEMEDIER KLAR TIL BRUG PA-257562.01 Rev.: Jan. 2016 BD CLED Agar / MacConkey II Agar (Biplate) TILSIGTET BRUG BD CLED Agar / MacConkey II Agar (Biplate) anvendes til mikrobiologisk urinanalyse.

Læs mere

Rapport. God slagtehygiejne ved høj hastighed. Bestemmelse af nølefase for udvalgte salmonella isolater. Hardy Christensen og Vinnie H.

Rapport. God slagtehygiejne ved høj hastighed. Bestemmelse af nølefase for udvalgte salmonella isolater. Hardy Christensen og Vinnie H. Rapport God slagtehygiejne ved høj hastighed 13. november 2013 Proj.nr. 2001472 Version 1 VHR/JUSS Bestemmelse af nølefase for udvalgte salmonella isolater Hardy Christensen og Vinnie H. Rasmussen Sammendrag

Læs mere

Læring af test. Rapport for. Aarhus Analyse Skoleåret

Læring af test. Rapport for. Aarhus Analyse  Skoleåret Læring af test Rapport for Skoleåret 2016 2017 Aarhus Analyse www.aarhus-analyse.dk Introduktion Skoleledere har adgang til masser af data på deres elever. Udfordringen er derfor ikke at skaffe adgang

Læs mere

Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT

Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT Naturstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske og Mikrobiologiske Miljømålinger NOTAT Til: Følgegruppen for Naturstyrelsens Referencelaboratorium cc: Fra: Maj-Britt Fruekilde Dato: 9. november 2015

Læs mere

Vandundersøgelse Vurdering af membranfiltre til mikrobiologiske analyser

Vandundersøgelse Vurdering af membranfiltre til mikrobiologiske analyser Dansk standard DS/ISO 7704 + NA 1. udgave 2007-08-10 Vandundersøgelse Vurdering af membranfiltre til mikrobiologiske analyser Water quality Evaluation of membrane filters used for microbiological analyses

Læs mere

Vurdering af hygiejniseringseffekten af nedsivning af viral hæmorrhagisk septikæmi virus (VHSV) under eksperimentelle forhold.

Vurdering af hygiejniseringseffekten af nedsivning af viral hæmorrhagisk septikæmi virus (VHSV) under eksperimentelle forhold. Vurdering af hygiejniseringseffekten af nedsivning af viral hæmorrhagisk septikæmi virus (VHSV) under eksperimentelle forhold. Juni 2011 Helle Frank Skall og Niels Jørgen Olesen Veterinærinstituttet, Danmarks

Læs mere

Den Danske Akkrediterings- og Metrologifond

Den Danske Akkrediterings- og Metrologifond Dato: 14. august 2005/ LLU Sag: 21-06-02 Referat af 17. møde i sektorudvalget for teknisk prøvning på fødevareområdet: Sted: DANAK, Den Danske Akkrediterings- og Metrologifond, Dyregårdsvej 5B, Skovlunde

Læs mere

Vejledning i brugen af det digitale plantesøgningsprogram

Vejledning i brugen af det digitale plantesøgningsprogram Vejledning i brugen af det digitale plantesøgningsprogram Opsætning af pc Brugen af det digitale plantesøgningsprogram og kortet forudsætter at din computer tillader popups fra netadressen www.gis.slnet.dk

Læs mere

Diagnosticering af Clostridium perfringens type C infektion i neonatale grise

Diagnosticering af Clostridium perfringens type C infektion i neonatale grise Diagnosticering af Clostridium perfringens type C infektion i neonatale grise med real-time PCR og ELISA DVHS 3. maj 2013 Speciale af cand.med.vet. Camilla Bjørn Olesen 1 De næste 25 min Baggrund Formål

Læs mere

Test af mikrobiologiske hurtigmetoder DANVA Forsknings- og Udredningsprojekt nr. 3. DANVA Dansk Vand- og Spildevandsforening

Test af mikrobiologiske hurtigmetoder DANVA Forsknings- og Udredningsprojekt nr. 3. DANVA Dansk Vand- og Spildevandsforening Test af mikrobiologiske hurtigmetoder DANVA Forsknings- og Udredningsprojekt nr. 3 DANVA Dansk Vand- og Spildevandsforening Test af Mikrobiologiske hurtigmetoder Februar 2006 Test af Mikrobiologiske hurtigmetoder

Læs mere

Undersøgelse af PCB, dioxin og tungmetaller i eksporteret slam til Tyskland. Miljøprojekt nr. 1433, 2012

Undersøgelse af PCB, dioxin og tungmetaller i eksporteret slam til Tyskland. Miljøprojekt nr. 1433, 2012 Undersøgelse af PCB, dioxin og tungmetaller i eksporteret slam til Tyskland Miljøprojekt nr. 1433, 212 Titel: Undersøgelse af PCB, dioxin og tungmetaller i eksporteret slam til Tyskland Redaktion: Linda

Læs mere

Påvisning av methicillinresistens i Stafylokokker. Truls Leegaard NordicAST workshop Göteborg 27. mai

Påvisning av methicillinresistens i Stafylokokker. Truls Leegaard NordicAST workshop Göteborg 27. mai Påvisning av methicillinresistens i Stafylokokker Truls Leegaard NordicAST workshop Göteborg 27. mai Bakgrunn Methicillin/oxacillin resistente stafylokokker, både Staphylococcus aureus (MRSA) og koagulase

Læs mere

Betydning af erstatning af DS metoder med EN metoder - Farvetal

Betydning af erstatning af DS metoder med EN metoder - Farvetal Betydning af erstatning af DS metoder med EN metoder - Farvetal Miljøstyrelsens Referencelaboratorium Miljøstyrelsen Rapport December 2004 Betydning af erstatning af DS metoder med EN metoder - Farvetal

Læs mere

Læsevejledning til resultater på regions- og sygehusplan

Læsevejledning til resultater på regions- og sygehusplan Læsevejledning til resultater på regions- og sygehusplan Indhold 1. Overblik...2 2. Sammenligninger...2 3. Hvad viser figuren?...3 4. Hvad viser tabellerne?...6 6. Eksempler på typiske spørgsmål til tabellerne...9

Læs mere

Miljøstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske Miljøanalyser NOTAT

Miljøstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske Miljøanalyser NOTAT Miljøstyrelsens Referencelaboratorium for Kemiske Miljøanalyser NOTAT Til: Styringsgruppen for Miljøstyrelsen Referencelaboratorium cc: Fra: Kirsten Jebjerg Andersen Dato: 16. marts 2005 Emne: Bestemmelser

Læs mere

[BESØGSSERVICE INSTITUT FOR MOLEKYLÆRBIOLOGI OG GENETIK, AU]

[BESØGSSERVICE INSTITUT FOR MOLEKYLÆRBIOLOGI OG GENETIK, AU] Enzymkinetik INTRODUKTION Enzymer er biologiske katalysatorer i alle levende organismer som er essentielle for liv. Selektivt og effektivt katalyserer enzymerne kemiske reaktioner som ellers ikke ville

Læs mere

FYRTÅRNSPROJEKT FREMTIDENS DRIKKEVANDSFORSYNING: ONLINE MIKROBIEL OVERVÅGNING

FYRTÅRNSPROJEKT FREMTIDENS DRIKKEVANDSFORSYNING: ONLINE MIKROBIEL OVERVÅGNING FYRTÅRNSPROJEKT FREMTIDENS DRIKKEVANDSFORSYNING: ONLINE MIKROBIEL OVERVÅGNING Gør tanke til handling VIA University College DITTE A. SØBORG, FORSKERGRUPPEN FOR ENERGI OG MILJØ, VIA UNIVERSITY COLLEGE NOVEMBER

Læs mere

Staphylococcus aureus (MRSA) i

Staphylococcus aureus (MRSA) i Effektiv og økonomisk rentabel påvisning af methicillinresistente Staphylococcus aureus (MRSA) i svinebesætninger Summary To identify a cost-effective and practical method for detection of methicillin

Læs mere

Undervisningsbeskrivelse

Undervisningsbeskrivelse Undervisningsbeskrivelse Stamoplysninger til brug ved prøver til gymnasiale uddannelser Termin Institution Uddannelse Fag og niveau Lærer(e) Termin hvori undervisningen afsluttes: maj-juni, 2013 Skive

Læs mere