Introduktion til mikrobiel genomsekventering. mikrobiologer

Størrelse: px
Starte visningen fra side:

Download "Introduktion til mikrobiel genomsekventering. mikrobiologer"

Transkript

1 Introduktion til mikrobiel genomsekventering (NGS) for kliniske mikrobiologer Mette Voldby Larsen DTU Center for biologisk sekvensanalyse Henrik Hasman DTU - Fødevareinstituttet

2 Presentation Henrik Hasman Uddannet på DTU med Bioteknologi som hovedfokus (1996) Ph.D. inden for molekylær mikrobiologi (1999) Har arbejdet på SVS/DVI/DFVF/DTU (i samme gruppe) fra 2000 Har i mange år arbejdet med karakterisering og typning af resistens og resistente bakterier. Fokus har været på VRE, MRSA samt ESBL- (og nu carbapenemase-) prod. Enterobacteriaceae Har de sidste 4 år været involveret i anvendelse af NGS til typning og karakterisering.

3 Antimicrobial resistance and molecular epidemiology 1 Professor (Frank Møller Aarestrup) 5 Seniorforskere/lektorer 5 post doc, mikrobiologer, AC-TAP 9 Ph.d. studerende 9 laboranter 3-5 masterstuderende/gæster

4 Hvad laver vi normalt? WHO Collaborating Center European Community Reference Laboratory (EU RL) for antibiotikaresistens i bakterier fra dyr og fødevarer. Godt (og meget stort) globalt netværk. Bredt favnende forskningskoncept Fra basal mikrobiologi til global epidemiolgi Fra høstak til hospital

5 Mette Voldby Larsen 2002: Cand. scient. i biologi fra Københavns Universitet 2007: PhD i Immunologisk Bioinformatik fra Center for Biologisk Sekvensanalyse (CBS), DTU : Adjunkt på CBS, DTU : Lektor på CBS, DTU Forskningsområde: Udvikling af metoder til forudsigelse af bakteriers type, fænotype, phylogeni m.m. ud fra helgenom data > Undervisning, studieleder for studieretningen Teknisk Biomedicin

6 Mere end 150 ansatte = en af de største bioinformatiske grupper indenfor academia i Europa. Web-services kører tilsammen mere end 1 million jobs per måned. Flagskibet er SignalP, der forudsiger lokalisering af proteiner (citeret mere end 3000 gange).

7 Målgruppen og kurset Kurset forventes at dække følgende emner: Introduktion til de mest almindelige NGS teknologier og terminologier Introduktion til forberedelse af prøver og kørsel af bench-top sekvensmaskine Klargøring af data efter sekventering Globale og lokale metoder til at klon-bestemme bakterier (SNP, ND, MLST) Værktøjer til In silico plasmid, resistens- og virulensgen identifikation. Cases og diskussion af relevant litteratur Metagenomics i klinisk mikrobiologi Gruppearbejde og diskussion omkring NGS s anvendelighed i klinikken

8 Introduktion til NGS I dag Velkommen Introduktion til Next Generation Sequencing Illumina præsentation Frokost (Sandwishes) Gennemgang af klargøring af prøver til sekventering Demonstration af MiSeq (bygning 204) Kaffepause Journal club VTEC diagnostik overfor NGS diagnostik Tak for i dag. (eller vi mødes i Lyngby kl 17.30)

9

10 Introduktion til NGS I morgen Velkommen tilbage - repetition Post-sekventering datahåndtering Kaffepause Introduktion til SNP konceptet Kort introduktion til øvelsesstammerne SNP øvelsen del 1 Frokost (Sandwishes) SNP øvelsen del 2 Intro til Metagenomer Kaffepause PGM Iontorrent sekventering Case: Urinvejsinfektioner og metagenomer Case: Fæces og metagenomer Tak for i dag.

11 Introduktion til NGS Onsdag Introduktion til CGE serverne NGS øvelsen del 1 Kaffepause NGS øvelsen del 2 Frokost (Sandwishes) Implementering af NGS i et klinisk laboratorium Case: ESBL producerende Salmonella Typhi Gruppearbejde: Hvor kan NGS hjælpe allerede i dag og i morgen? Kaffepause Grupperne præsenterer deres ideer. Erfaringer med NGS i klinikken Kursusevaluering Tak for denne gang :o)

12 Hvad laver I normalt? Hvem er I? Hvor kommer I fra? Hvad arbejder I med til dagligt? Har I erfaring med NGS arbejde? Hvad er motivationen for at deltage på dette kursus?

13 Introduction to NGS

14

15

16 Ray Kurzweil for App

17 Workflow today at the clinical laboratory

18 Family Genus Species (Subspecies) Serovar Phagetype Ribotype Resistograms PFGE type MLVA type MLST type DNA Microarray analysis Full genomic DNA sequence Identification Typing Selecting an appropriate typing method can be depending on initial (less discriminatory) pretyping. And going directly for the most discriminatory method can sometimes be misleading.

19 Typing methods Phenotypic Serotyping (antibodies) Phage typing (virus susceptibility) Biotyping (ability to grow in different substrates) Antimicrobial resistance Protein profiles Genotypic DNA fingerprint (RAPD, AFLP, ERIC, MLVA) DNA sequencing (MLST, spa, dru, full genome) 19

20 Workflow with WGS at the clinical laboratory Didelot et al, 2012.

21 DNA sequencing 21

22 DNA sequencing Applied Biosystems (ABI) Genetic analyser First Generation Sequencing machine (capillary Sanger sequencing) 22

23 23

24 Limitations Limitation The size of DNA fragments that can be read in this way is about 700 bps Problem Most genomes are enormous (e.g 10 8 base pair in case of human). So it is impossible to be sequenced directly! This is called Large- Scale Sequencing 24

25 Solution Solution Break the DNA into small fragments randomly Sequence the readable fragment directly Assemble the fragment together to reconstruct the original DNA Scaffolder gaps 25 Solving a one-dimensional jigsaw puzzle with millions of pieces(without the box)!

26 NGS output Huge numbers of small fragments ( bp)

27 Second generation sequencing

28 Loman et al, 2012 Platforms

29 Loman et al, 2012 Platforms

30 Next generation sequencing machines 454 Life Sciences (Roche) First Next Generation Sequencing machine Illumina HiSeq/GAII systems High throughput systems Ion Torrent PGM system Low/medium throughput system Illumina MiSeq system Medium throughput system Oxford Nanopore (MinION) Single-molecule sequencing 30

31 All platforms have errors and artefacts Illumina SoLID/ABI-Life Roche 454 Ion Torrent 1. Removal of low quality bases 2. Removal of adaptor sequences 3. Platform specific artefacts (e.g homopolymers)

32 Single-end, Mate-pair and paired-end Often causes confusion Single-end only reads one side of a fragment Paired-end usually refers to sequencing of both ends of libraries prepared for the Illumina platform with insert sizes bp. Mate-pair is sequencing og both ends of a different library preparation protocol and usually produces insert sizes 2kb-20kb.

33 Sequencing Types Single Read Paired-end read Mate-pair read

34 Paired end (PE) bp

35 Mate pair (MP) 2-15 (4-6) kb

36 Paired-end reads are important Known Distance Read 1 Read 2 Repetitive DNA Unique DNA Paired end Mate pair Mate pair Mate pair

37 Server side Client side Raw DNA sequences Rough assembly and compression Fine assembly Identification Gene finding Comparison Summary of: What it is? Has it been seen before? How we can fight/treat? What is new/unusual? What is already known? Pathogenicity islands Virulence genes Resistance genes MLST type What is novel? Vaccine targets Virulence genes Resistance genes SNPs Google maps like view Reports Outbreaks

38 Workflow with WGS at the clinical laboratory 4-6 hours Modified from Didelot et al., 2012.

39 Illumina MiSeq system Medium throughput system

40

MiSeq i den daglige rutine. MRSA og VRE Isolater.

MiSeq i den daglige rutine. MRSA og VRE Isolater. MiSeq i den daglige rutine. MRSA og VRE Isolater. 4. juni 2014 DTU Peder Worning, KMA Hvidovre Hvorfor Genomsekventere i Rutinen? Hvad bruger vi DNA-sekvenser til? Typning og bestemmelse af MRSA PCR baserede

Læs mere

SMITTESPORING MED MIKROBIOLOGISKE METODER nye muligheder med fuldgenom-sekvensering

SMITTESPORING MED MIKROBIOLOGISKE METODER nye muligheder med fuldgenom-sekvensering SMITTESPORING MED MIKROBIOLOGISKE METODER nye muligheder med fuldgenom-sekvensering Eva Møller Nielsen cand.brom., PhD Sektionsleder, Fødevarebårne Infektioner Afdeling for Mikrobiologi og Infektionskontrol

Læs mere

Danish Consortium for Neuromuscular Diseases. Genomsekventering klinisk anvendelse

Danish Consortium for Neuromuscular Diseases. Genomsekventering klinisk anvendelse Danish Consortium for Neuromuscular Diseases Genomsekventering klinisk anvendelse Odense, 2. september, 2013 Jens Michael Hertz, MD, DMSc Professor, consultant Phone: +45 6541 3191 (dir.), or +45 2027

Læs mere

MODERNE METAGENOMANALYSER MIKROBIEL NEDBRYDNING AF MILJØFREMMEDE STOFFER I JORD OG GRUNDVAND

MODERNE METAGENOMANALYSER MIKROBIEL NEDBRYDNING AF MILJØFREMMEDE STOFFER I JORD OG GRUNDVAND AARHUS UNIVERSITY DEPARTMENT OF ENVIRONMENTAL SCIENCE ENVIRONMENTAL MICROBIAL GENOMICS GROUP MODERNE METAGENOMANALYSER MIKROBIEL NEDBRYDNING AF MILJØFREMMEDE STOFFER I JORD OG GRUNDVAND Aarhus Universitet,

Læs mere

Afholdt d. 18. maj 2017

Afholdt d. 18. maj 2017 Diagnostiske muligheder: SSI perspektiv Anette M. Hammerum, Seniorforsker Referencelaboratoriet for Antibiotikaresistens Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe Statens Serum Institut eller Brug af

Læs mere

Opbygning af et kursus fra bunden

Opbygning af et kursus fra bunden Opbygning af et kursus fra bunden Rammerne Introduktion til eksperimentel biomedicin 3 ugers kursus i januar måned Læringsmål og kerneelementer skal passe til uddanelsen Sundhed og Produktion To nye undervisere

Læs mere

PARALLELIZATION OF ATTILA SIMULATOR WITH OPENMP MIGUEL ÁNGEL MARTÍNEZ DEL AMOR MINIPROJECT OF TDT24 NTNU

PARALLELIZATION OF ATTILA SIMULATOR WITH OPENMP MIGUEL ÁNGEL MARTÍNEZ DEL AMOR MINIPROJECT OF TDT24 NTNU PARALLELIZATION OF ATTILA SIMULATOR WITH OPENMP MIGUEL ÁNGEL MARTÍNEZ DEL AMOR MINIPROJECT OF TDT24 NTNU OUTLINE INEFFICIENCY OF ATTILA WAYS TO PARALLELIZE LOW COMPATIBILITY IN THE COMPILATION A SOLUTION

Læs mere

Afholdt d. 23. maj 2019

Afholdt d. 23. maj 2019 DANMAP monitorering af antibiotikaforbrug og resistens - Og hvorfor det er så vigtigt at få infektionshygiejnen med Veterinary & food populations Design, adjustment & optimisation Laboratory analysis Data

Læs mere

Engelsk. Niveau C. De Merkantile Erhvervsuddannelser September 2005. Casebaseret eksamen. www.jysk.dk og www.jysk.com.

Engelsk. Niveau C. De Merkantile Erhvervsuddannelser September 2005. Casebaseret eksamen. www.jysk.dk og www.jysk.com. 052430_EngelskC 08/09/05 13:29 Side 1 De Merkantile Erhvervsuddannelser September 2005 Side 1 af 4 sider Casebaseret eksamen Engelsk Niveau C www.jysk.dk og www.jysk.com Indhold: Opgave 1 Presentation

Læs mere

Basic statistics for experimental medical researchers

Basic statistics for experimental medical researchers Basic statistics for experimental medical researchers Sample size calculations September 15th 2016 Christian Pipper Department of public health (IFSV) Faculty of Health and Medicinal Science (SUND) E-mail:

Læs mere

Next Generation Sequencing

Next Generation Sequencing Next Generation Sequencing For 60 år siden blev DNA opdaget. I øjeblikket afprøver vi NGS, og til sommer kører vi BRCA-gener med den nye metode I år er det 60 år siden, at DNA s struktur blev erkendt,

Læs mere

Design til digitale kommunikationsplatforme-f2013

Design til digitale kommunikationsplatforme-f2013 E-travellbook Design til digitale kommunikationsplatforme-f2013 ITU 22.05.2013 Dreamers Lana Grunwald - svetlana.grunwald@gmail.com Iya Murash-Millo - iyam@itu.dk Hiwa Mansurbeg - hiwm@itu.dk Jørgen K.

Læs mere

MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT

MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT MILJØ DNA FRA EN MIKROBIOLOG S SYNSPUNKT Lars Hestbjerg Hansen, Head of section EMBI @ENVS DCE 1 I dag: Hvad er e-dnas rolle generelt og i mikrobiologien? Hvad kan vi gøre? Hvordan gør vi? Spørgsmål &

Læs mere

Get Instant Access to ebook Udleveret PDF at Our Huge Library UDLEVERET PDF. ==> Download: UDLEVERET PDF

Get Instant Access to ebook Udleveret PDF at Our Huge Library UDLEVERET PDF. ==> Download: UDLEVERET PDF UDLEVERET PDF ==> Download: UDLEVERET PDF UDLEVERET PDF - Are you searching for Udleveret Books? Now, you will be happy that at this time Udleveret PDF is available at our online library. With our complete

Læs mere

Titel: Barry s Bespoke Bakery

Titel: Barry s Bespoke Bakery Titel: Tema: Kærlighed, kager, relationer Fag: Engelsk Målgruppe: 8.-10.kl. Data om læremidlet: Tv-udsendelse: SVT2, 03-08-2014, 10 min. Denne pædagogiske vejledning indeholder ideer til arbejdet med tema

Læs mere

The X Factor. Målgruppe. Læringsmål. Introduktion til læreren klasse & ungdomsuddannelser Engelskundervisningen

The X Factor. Målgruppe. Læringsmål. Introduktion til læreren klasse & ungdomsuddannelser Engelskundervisningen The X Factor Målgruppe 7-10 klasse & ungdomsuddannelser Engelskundervisningen Læringsmål Eleven kan give sammenhængende fremstillinger på basis af indhentede informationer Eleven har viden om at søge og

Læs mere

Black Jack --- Review. Spring 2012

Black Jack --- Review. Spring 2012 Black Jack --- Review Spring 2012 Simulation Simulation can solve real-world problems by modeling realworld processes to provide otherwise unobtainable information. Computer simulation is used to predict

Læs mere

CV OG ANSØGNING TIPS OG TRICKS FRA HR KONSULENTEN OG KARRIEREKONSULENTEN

CV OG ANSØGNING TIPS OG TRICKS FRA HR KONSULENTEN OG KARRIEREKONSULENTEN CV OG ANSØGNING TIPS OG TRICKS FRA HR KONSULENTEN OG KARRIEREKONSULENTEN Page 1 Anne Junker Mörck-Larsen Assistant Director, Head of Recruitment and Employer Branding Rekrutteringskonsulent, Forskningscenter

Læs mere

Esben N. Flindt, platformskoordinator Danske Regioner Personlig Medicin 10. december 2014. Danske Regioner - Personlig Medicin 10/12-2014

Esben N. Flindt, platformskoordinator Danske Regioner Personlig Medicin 10. december 2014. Danske Regioner - Personlig Medicin 10/12-2014 Esben N. Flindt, platformskoordinator Danske Regioner Personlig Medicin 10. december 2014 Danske Regioner - Personlig Medicin 10/12-2014 GenomeDenmark Platformen En national platform for stor-skala sekventering

Læs mere

Heuristics for Improving

Heuristics for Improving Heuristics for Improving Model Learning Based Testing Muhammad Naeem Irfan VASCO-LIG LIG, Computer Science Lab, Grenoble Universities, 38402 Saint Martin d Hères France Introduction Component Based Software

Læs mere

Danish Language Course for International University Students Copenhagen, 12 July 1 August Application form

Danish Language Course for International University Students Copenhagen, 12 July 1 August Application form Danish Language Course for International University Students Copenhagen, 12 July 1 August 2017 Application form Must be completed on the computer in Danish or English All fields are mandatory PERSONLIGE

Læs mere

Engelsk. Niveau D. De Merkantile Erhvervsuddannelser September Casebaseret eksamen. og

Engelsk. Niveau D. De Merkantile Erhvervsuddannelser September Casebaseret eksamen.  og 052431_EngelskD 08/09/05 13:29 Side 1 De Merkantile Erhvervsuddannelser September 2005 Side 1 af 4 sider Casebaseret eksamen Engelsk Niveau D www.jysk.dk og www.jysk.com Indhold: Opgave 1 Presentation

Læs mere

VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI

VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI VEROCYTOTOKSIN-PRODUCERENDE BAKTERIOFAGER I E. COLI Specialeprojekt i Biologi-bioteknologi, KU Patricia Espenhain Sørensen 13. juni 2017 RATIONALE Verocytotoxin-producerende E. coli (VTEC) / (STEC) - Vigtig

Læs mere

Hvor er mine runde hjørner?

Hvor er mine runde hjørner? Hvor er mine runde hjørner? Ofte møder vi fortvivlelse blandt kunder, når de ser deres nye flotte site i deres browser og indser, at det ser anderledes ud, i forhold til det design, de godkendte i starten

Læs mere

Den uddannede har viden om: Den uddannede kan:

Den uddannede har viden om: Den uddannede kan: Den uddannede har viden om: Den uddannede kan: Den uddannede kan: Den studerende har udviklingsbaseret viden om og forståelse for Den studerende kan Den studerende kan Den studerende har udviklingsbaseret

Læs mere

PCR-baserede typningsmetoder anvendt i tarmbakteriologien eller Erfaringer med brug af MLVA i overvågningen af bakterielle zoonoser

PCR-baserede typningsmetoder anvendt i tarmbakteriologien eller Erfaringer med brug af MLVA i overvågningen af bakterielle zoonoser PCR-baserede typningsmetoder anvendt i tarmbakteriologien eller Erfaringer med brug af MLVA i overvågningen af bakterielle zoonoser teen Ethelberg, set@ssi.dk eniorforsker i epidemiologi Typningscenteret,

Læs mere

Oliver Hendricks Overlæge, ph.-d. Klinisk lektor Syddansk Universitet

Oliver Hendricks Overlæge, ph.-d. Klinisk lektor Syddansk Universitet Oliver Hendricks Overlæge, ph.-d. Klinisk lektor Syddansk Universitet Compounds which are chemically foreign or hostile to a biological system Eukaryotic drugs Other chemical compounds Drugs Eukaryotedirected

Læs mere

Forslag til implementering af ResearcherID og ORCID på SCIENCE

Forslag til implementering af ResearcherID og ORCID på SCIENCE SCIENCE Forskningsdokumentation Forslag til implementering af ResearcherID og ORCID på SCIENCE SFU 12.03.14 Forslag til implementering af ResearcherID og ORCID på SCIENCE Hvad er WoS s ResearcherID? Hvad

Læs mere

Generalized Probit Model in Design of Dose Finding Experiments. Yuehui Wu Valerii V. Fedorov RSU, GlaxoSmithKline, US

Generalized Probit Model in Design of Dose Finding Experiments. Yuehui Wu Valerii V. Fedorov RSU, GlaxoSmithKline, US Generalized Probit Model in Design of Dose Finding Experiments Yuehui Wu Valerii V. Fedorov RSU, GlaxoSmithKline, US Outline Motivation Generalized probit model Utility function Locally optimal designs

Læs mere

Sport for the elderly

Sport for the elderly Sport for the elderly - Teenagers of the future Play the Game 2013 Aarhus, 29 October 2013 Ditte Toft Danish Institute for Sports Studies +45 3266 1037 ditte.toft@idan.dk A growing group in the population

Læs mere

Skriftlig Eksamen Kombinatorik, Sandsynlighed og Randomiserede Algoritmer (DM528)

Skriftlig Eksamen Kombinatorik, Sandsynlighed og Randomiserede Algoritmer (DM528) Skriftlig Eksamen Kombinatorik, Sandsynlighed og Randomiserede Algoritmer (DM58) Institut for Matematik og Datalogi Syddansk Universitet, Odense Torsdag den 1. januar 01 kl. 9 13 Alle sædvanlige hjælpemidler

Læs mere

Danish Language Course for Foreign University Students Copenhagen, 13 July 2 August 2016 Advanced, medium and beginner s level.

Danish Language Course for Foreign University Students Copenhagen, 13 July 2 August 2016 Advanced, medium and beginner s level. Danish Language Course for Foreign University Students Copenhagen, 13 July 2 August 2016 Advanced, medium and beginner s level Application form Must be completed on the computer in Danish or English All

Læs mere

H2020 DiscardLess ( ) Lessons learnt. Chefkonsulent, seniorrådgiver Erling P. Larsen, DTU Aqua, Denmark,

H2020 DiscardLess ( ) Lessons learnt.   Chefkonsulent, seniorrådgiver Erling P. Larsen, DTU Aqua, Denmark, H2020 DiscardLess (2015-2019) Lessons learnt www.discardless.eu Chefkonsulent, seniorrådgiver Erling P. Larsen, DTU Aqua, Denmark, Fra ændrede fiskeredskaber til cost-benefit analyser Endnu et skifte i

Læs mere

Resistens. Er Danmark på vej ud af det gode selskab?

Resistens. Er Danmark på vej ud af det gode selskab? Resistens Er Danmark på vej ud af det gode selskab? Robert Skov, overlæge Anette Hammerum, Seniorforsker Mikrobiologisk Overvågning og Forskning Statens Serum Institut Disposition Baggrund Antibiotikaforbrug

Læs mere

Vind Seminar Fredericia 4. april 2013 JOB2SEA

Vind Seminar Fredericia 4. april 2013 JOB2SEA Vind Seminar Fredericia 4. april 2013 JOB2SEA Rekrutteringsstrategi i et svært marked. Helle Drachmann Baggrund Job- & CV database Outplacement & transition management Koncern HR Selvstændig virksomhed

Læs mere

Personlig medicin: Styr på teknologien og de kloge hoveder

Personlig medicin: Styr på teknologien og de kloge hoveder Personlig medicin: Styr på teknologien og de kloge hoveder Onsdag den 26. oktober kl. 13:00 17:30 i Aulaen på Aarhus Universitet Hvordan sikrer vi os de kloge hoveder, vi skal bruge? Anders Børglum Professor

Læs mere

CPO Carbapenemaseproducerende. Mikala Wang Overlæge, PhD Klinisk Mikrobiologi Aarhus Universitetshospital

CPO Carbapenemaseproducerende. Mikala Wang Overlæge, PhD Klinisk Mikrobiologi Aarhus Universitetshospital CPO Carbapenemaseproducerende organismer Mikala Wang Overlæge, PhD Klinisk Mikrobiologi Aarhus Universitetshospital Multiresistente bakterier MRSA (methicillin-resistente S. aureus) VRE (vancomycin-resistente

Læs mere

SAMLEVEJLEDNINGER / COLLECTION GUIDES

SAMLEVEJLEDNINGER / COLLECTION GUIDES SAMLEVEJLEDNINGER / COLLECTION GUIDES INDHOLDSFORTEGNELSE GENERELT 1 MONTERINGSHULLER 3 ANGLE BORDBEN 5 PIN BORDBEN 9 LINK U - BEN 11 CROSS BUKKE 13 INDEX GENERAL 2 MOUNTING SPOTS 4 ANGLE TABLE LEGS 6

Læs mere

Help / Hjælp

Help / Hjælp Home page Lisa & Petur www.lisapetur.dk Help / Hjælp Help / Hjælp General The purpose of our Homepage is to allow external access to pictures and videos taken/made by the Gunnarsson family. The Association

Læs mere

ALLROUND 360 ONE 360 ONE SOFT SQUARY BLOCKY OWI TUBO EASY B75 EASY B100

ALLROUND 360 ONE 360 ONE SOFT SQUARY BLOCKY OWI TUBO EASY B75 EASY B100 ALLROUND 360 ONE 360 ONE SOFT SQUARY BLOCKY OWI TUBO EASY B75 EASY B100 Since the dawn of time, man has depended on the existence of light. The sun forced darkness to retreat into the shadows and made

Læs mere

Application form for access to data and biological samples Ref. no

Application form for access to data and biological samples Ref. no Application form for access to data and biological samples Ref. 2016-02 Project title: Applicant: Other partners taking part in the project Names and work addresses: "Skilsmisse og selvvurderet mentalt

Læs mere

Flemming Scheutz Collaborating Centre for Reference and Research on Escherichia and Klebsiella

Flemming Scheutz Collaborating Centre for Reference and Research on Escherichia and Klebsiella WGS af IpaH positive stammer: E. coli/shigella klassifikation Flemming Scheutz Collaborating Centre for Reference and Research on Escherichia and Klebsiella Fødevarebårne infektioner Afdeling for bakterier,

Læs mere

X M Y. What is mediation? Mediation analysis an introduction. Definition

X M Y. What is mediation? Mediation analysis an introduction. Definition What is mediation? an introduction Ulla Hvidtfeldt Section of Social Medicine - Investigate underlying mechanisms of an association Opening the black box - Strengthen/support the main effect hypothesis

Læs mere

To the reader: Information regarding this document

To the reader: Information regarding this document To the reader: Information regarding this document All text to be shown to respondents in this study is going to be in Danish. The Danish version of the text (the one, respondents are going to see) appears

Læs mere

Applications. Computational Linguistics: Jordan Boyd-Graber University of Maryland RL FOR MACHINE TRANSLATION. Slides adapted from Phillip Koehn

Applications. Computational Linguistics: Jordan Boyd-Graber University of Maryland RL FOR MACHINE TRANSLATION. Slides adapted from Phillip Koehn Applications Slides adapted from Phillip Koehn Computational Linguistics: Jordan Boyd-Graber University of Maryland RL FOR MACHINE TRANSLATION Computational Linguistics: Jordan Boyd-Graber UMD Applications

Læs mere

Business Opening. Very formal, recipient has a special title that must be used in place of their name

Business Opening. Very formal, recipient has a special title that must be used in place of their name - Opening English Danish Dear Mr. President, Kære Hr. Direktør, Very formal, recipient has a special title that must be used in place of their name Dear Sir, Formal, male recipient, name unknown Dear Madam,

Læs mere

Business Opening. Very formal, recipient has a special title that must be used in place of their name

Business Opening. Very formal, recipient has a special title that must be used in place of their name - Opening Danish English Kære Hr. Direktør, Dear Mr. President, Very formal, recipient has a special title that must be used in place of their name Kære Hr., Formal, male recipient, name unknown Kære Fru.,

Læs mere

Professor Anders Miki Bojesen University of Copenhagen Research Centre for Control of Antibiotic Resistance

Professor Anders Miki Bojesen University of Copenhagen Research Centre for Control of Antibiotic Resistance Professor Anders Miki Bojesen University of Copenhagen Research Centre for Control of Antibiotic Resistance Høj belægningsgrad Forebyggelse (biosecurity & vaccination) Immunologisk sårbare Antibiotika

Læs mere

Vina Nguyen HSSP July 13, 2008

Vina Nguyen HSSP July 13, 2008 Vina Nguyen HSSP July 13, 2008 1 What does it mean if sets A, B, C are a partition of set D? 2 How do you calculate P(A B) using the formula for conditional probability? 3 What is the difference between

Læs mere

SCHOOL OF COMMUNICATION AND CULTURE AARHUS UNIVERSITY MARIANNE PING HUANG 12 APRIL 2018 DEVELOPMENT COORDINATOR

SCHOOL OF COMMUNICATION AND CULTURE AARHUS UNIVERSITY MARIANNE PING HUANG 12 APRIL 2018 DEVELOPMENT COORDINATOR Viden- og innovationsmiljøer i Aarhus SCHOOL OF COMMUNICATION AND CULTURE Fødevarer / Agro Food Park +1000 medarbejdere 75 virksomheder og videninstitutioner 100 ha. + 5 ha. forsøgsmarker +45.000 m 2 -

Læs mere

Challenges for the Future Greater Helsinki - North-European Metropolis

Challenges for the Future Greater Helsinki - North-European Metropolis Challenges for the Future Greater Helsinki - North-European Metropolis Prof. Dr.-Ing. / M.A. soc. pol. HafenCity University Hamburg Personal introduction background: - urban and regional planning - political

Læs mere

Indholdsfortegnelse. Side 1 af 10

Indholdsfortegnelse. Side 1 af 10 Den uddannelsesspecifikke del af studieordningen for bacheloruddannelsen i biologi-bioteknologi ved Det Natur- og Biovidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet 2007 (Rev. 2015) Indholdsfortegnelse

Læs mere

how to save excel as pdf

how to save excel as pdf 1 how to save excel as pdf This guide will show you how to save your Excel workbook as PDF files. Before you do so, you may want to copy several sheets from several documents into one document. To do so,

Læs mere

Portal Registration. Check Junk Mail for activation . 1 Click the hyperlink to take you back to the portal to confirm your registration

Portal Registration. Check Junk Mail for activation  . 1 Click the hyperlink to take you back to the portal to confirm your registration Portal Registration Step 1 Provide the necessary information to create your user. Note: First Name, Last Name and Email have to match exactly to your profile in the Membership system. Step 2 Click on the

Læs mere

mandag den 23. september 13 Konceptkommunikation

mandag den 23. september 13 Konceptkommunikation Konceptkommunikation Status... En række koncepter, der efterhånden har taget form Status......nu skal vi rette os mod det færdige koncept idé 1 idé 2 How does it fit together Mixing and remixing your different

Læs mere

Genomisk Selektion Fra DNA til genomisk avlsværdi

Genomisk Selektion Fra DNA til genomisk avlsværdi Genomisk Selektion Fra DNA til genomisk avlsværdi præsenteret af Gert Pedersen Aamand Personalemøde 20-8-2010 Genomisk selektion historien kort 2008 50.000 genmarkører kan bestemmes for hvert dyr Første

Læs mere

Adgang til den mikrobiologiske sorte boks via DNA analyser

Adgang til den mikrobiologiske sorte boks via DNA analyser Workshop Aarhus, 15. maj 2017 Adgang til den mikrobiologiske sorte boks via analyser Per Halkjær Nielsen CENTER FOR MICROBIAL COMMUNITIES INSTITUT FOR KEMI OG BIOVIDENSKAB AALBORG UNIVERSITET, DANMARK

Læs mere

CHAPTER 8: USING OBJECTS

CHAPTER 8: USING OBJECTS Ruby: Philosophy & Implementation CHAPTER 8: USING OBJECTS Introduction to Computer Science Using Ruby Ruby is the latest in the family of Object Oriented Programming Languages As such, its designer studied

Læs mere

Motorway effects on local population and labor market

Motorway effects on local population and labor market Motorway effects on local population and labor market Per Homann Jespersen Associate Professor, Roskilde University Jean P. Endres phd student, Roskilde University Trafikdage 23-08-16 Motorways and the

Læs mere

Kunstig intelligens. Thomas Bolander, Lektor, DTU Compute. Siri-kommissionen, 17. august Thomas Bolander, Siri-kommissionen, 17/8-16 p.

Kunstig intelligens. Thomas Bolander, Lektor, DTU Compute. Siri-kommissionen, 17. august Thomas Bolander, Siri-kommissionen, 17/8-16 p. Kunstig intelligens Thomas Bolander, Lektor, DTU Compute Siri-kommissionen, 17. august 2016 Thomas Bolander, Siri-kommissionen, 17/8-16 p. 1/10 Lidt om mig selv Thomas Bolander Lektor i logik og kunstig

Læs mere

Timetable will be aviable after sep. 5. when the sing up ends. Provicius timetable on the next sites.

Timetable will be aviable after sep. 5. when the sing up ends. Provicius timetable on the next sites. English Information about the race. Practise Friday oct. 9 from 12.00 to 23.00 Saturday oct. 10. door open at 8.00 to breakfast/coffee Both days it will be possible to buy food and drinks in the racecenter.

Læs mere

LESSON NOTES Extensive Reading in Danish for Intermediate Learners #8 How to Interview

LESSON NOTES Extensive Reading in Danish for Intermediate Learners #8 How to Interview LESSON NOTES Extensive Reading in Danish for Intermediate Learners #8 How to Interview CONTENTS 2 Danish 5 English # 8 COPYRIGHT 2019 INNOVATIVE LANGUAGE LEARNING. ALL RIGHTS RESERVED. DANISH 1. SÅDAN

Læs mere

Resistente bakterier

Resistente bakterier Resistente bakterier Udgør fødevarer en væsentlig risiko? Robert Skov, overlæge Statens Serum Institut BAGGRUND OM MIG SELV Læge, speciallæge i klinisk mikrobiologi Områdechef for bakteriologisk overvågning

Læs mere

Bilag. Resume. Side 1 af 12

Bilag. Resume. Side 1 af 12 Bilag Resume I denne opgave, lægges der fokus på unge og ensomhed gennem sociale medier. Vi har i denne opgave valgt at benytte Facebook som det sociale medie vi ligger fokus på, da det er det største

Læs mere

Project Step 7. Behavioral modeling of a dual ported register set. 1/8/ L11 Project Step 5 Copyright Joanne DeGroat, ECE, OSU 1

Project Step 7. Behavioral modeling of a dual ported register set. 1/8/ L11 Project Step 5 Copyright Joanne DeGroat, ECE, OSU 1 Project Step 7 Behavioral modeling of a dual ported register set. Copyright 2006 - Joanne DeGroat, ECE, OSU 1 The register set Register set specifications 16 dual ported registers each with 16- bit words

Læs mere

Studerendes viden om og forståelse af begrebet plagiat

Studerendes viden om og forståelse af begrebet plagiat Studerendes viden om og forståelse af begrebet plagiat Mikkel Willum Johansen Sektion for videnskabsteori, videnskabshistorie og videnskabsstudier Institut for Naturfagenes Didaktik Plagiering: Typer og

Læs mere

(BA Biologi-Bioteknologi) Dato 26./ Klokken 14:00

(BA Biologi-Bioteknologi) Dato 26./ Klokken 14:00 for offentliggørelsen: 15. oktober 2017 Tværgående kurser udbudt fra SUND foråret 2018 Karakterer Ordinær eksamen ordinær eksamen* Syge/reeksamen (BA Biologi-Bioteknologi) Karakterer syge/reeksamen* Advanced

Læs mere

CS 4390/5387 SOFTWARE V&V LECTURE 5 BLACK-BOX TESTING - 2

CS 4390/5387 SOFTWARE V&V LECTURE 5 BLACK-BOX TESTING - 2 1 CS 4390/5387 SOFTWARE V&V LECTURE 5 BLACK-BOX TESTING - 2 Outline 2 HW Solution Exercise (Equivalence Class Testing) Exercise (Decision Table Testing) Pairwise Testing Exercise (Pairwise Testing) 1 Homework

Læs mere

Pro et Cons for akkreditering af højt specialiseret forsknings- og referencelaboratorium. Dorte Lau Baggesen, dyrlæge, Ph.D., MPG Afdelingschef

Pro et Cons for akkreditering af højt specialiseret forsknings- og referencelaboratorium. Dorte Lau Baggesen, dyrlæge, Ph.D., MPG Afdelingschef Pro et Cons for akkreditering af højt specialiseret forsknings- og referencelaboratorium Dorte Lau Baggesen, dyrlæge, Ph.D., MPG Afdelingschef Kort om og afd. for Fødevaremikrobiologi Den nationale referencelaboratorie

Læs mere

Syllabus. On-Line kursus. POSitivitiES. Learning. Applied Positive Psychology for European Schools

Syllabus. On-Line kursus. POSitivitiES. Learning. Applied Positive Psychology for European Schools PositivitiES Applied Positive Psychology for European Schools POSitivitiES Positive European Schools On-Line kursus Learning This project has been funded with support from the European Commission.This

Læs mere

CPO Carbapenemaseproducerende. Mikala Wang Overlæge, PhD Klinisk Mikrobiologi Aarhus Universitetshospital

CPO Carbapenemaseproducerende. Mikala Wang Overlæge, PhD Klinisk Mikrobiologi Aarhus Universitetshospital CPO Carbapenemaseproducerende organismer Mikala Wang Overlæge, PhD Klinisk Mikrobiologi Aarhus Universitetshospital 10 million dødsfald om året i 2050 1 dødsfald hvert 3. sekund Review on Antimicrobial

Læs mere

Get Instant Access to ebook Madkundskab PDF at Our Huge Library MADKUNDSKAB PDF. ==> Download: MADKUNDSKAB PDF

Get Instant Access to ebook Madkundskab PDF at Our Huge Library MADKUNDSKAB PDF. ==> Download: MADKUNDSKAB PDF MADKUNDSKAB PDF ==> Download: MADKUNDSKAB PDF MADKUNDSKAB PDF - Are you searching for Madkundskab Books? Now, you will be happy that at this time Madkundskab PDF is available at our online library. With

Læs mere

On the complexity of drawing trees nicely: corrigendum

On the complexity of drawing trees nicely: corrigendum Acta Informatica 40, 603 607 (2004) Digital Object Identifier (DOI) 10.1007/s00236-004-0138-y On the complexity of drawing trees nicely: corrigendum Thorsten Akkerman, Christoph Buchheim, Michael Jünger,

Læs mere

Terese B. Thomsen 1.semester Formidling, projektarbejde og webdesign ITU DMD d. 02/11-2012

Terese B. Thomsen 1.semester Formidling, projektarbejde og webdesign ITU DMD d. 02/11-2012 Server side Programming Wedesign Forelæsning #8 Recap PHP 1. Development Concept Design Coding Testing 2. Social Media Sharing, Images, Videos, Location etc Integrates with your websites 3. Widgets extend

Læs mere

2018 DSMG. Policy paper: Klinisk anvendelse af omfattende genomisk sekventering. Dansk Selskab for Medicinsk Genetik

2018 DSMG. Policy paper: Klinisk anvendelse af omfattende genomisk sekventering. Dansk Selskab for Medicinsk Genetik Policy paper: Klinisk anvendelse af omfattende genomisk sekventering 2018 DSMG Dansk Selskab for Medicinsk Genetik Arbejdsgruppens medlemmer: Allan Højland, reservelæge, Klinisk Genetisk Afdeling, Aalborg

Læs mere

LUL s Flower Power Vest dansk version

LUL s Flower Power Vest dansk version LUL s Flower Power Vest dansk version Brug restgarn i bomuld, bomuld/acryl, uld etc. 170-220 m/50 g One size. Passer str S-M. Brug større hæklenål hvis der ønskes en større størrelse. Hæklenål 3½ mm. 12

Læs mere

Avancerede bjælkeelementer med tværsnitsdeformation

Avancerede bjælkeelementer med tværsnitsdeformation Avancerede bjælkeelementer med tværsnitsdeformation Advanced beam element with distorting cross sections Kandidatprojekt Michael Teilmann Nielsen, s062508 Foråret 2012 Under vejledning af Jeppe Jönsson,

Læs mere

Strategisk forvaltning af det grønne med borger og for borger: erfaringer fra Danmark og udlandet

Strategisk forvaltning af det grønne med borger og for borger: erfaringer fra Danmark og udlandet Strategisk forvaltning af det grønne med borger og for borger: erfaringer fra Danmark og udlandet Natalie Gulsrud, PhD, cand. scient. Adjunkt IGN Sektion for landskabsarkitektur og planlægning Københavns

Læs mere

Sektion for Mikrobiologi & Center for Geomikrobiologi

Sektion for Mikrobiologi & Center for Geomikrobiologi Sektion for Mikrobiologi & Center for Geomikrobiologi Ca. 60 personer, 60% internationale, i bygning 1540 + 1535, 1.sal Hans Røy Rikke Meyer (inano) Niels Peter Revsbech Kai Finster Kjeld Ingvorsen Kasper

Læs mere

Blok 3 (BA Biologi-Bioteknologi) Dato 23./ Klokken 14:00

Blok 3 (BA Biologi-Bioteknologi) Dato 23./ Klokken 14:00 Tværgående kurser udbudt fra SUND foråret 2018 Karakterer Ordinær eksamen ordinær eksamen* Syge/reeksamen (BA Biologi-Bioteknologi) Karakterer syge/reeksamen* Advanced Mammalian Biology SASB10139 Monday

Læs mere

FACULTY OF SCIENCE :59 COURSE. BB838: Basic bioacoustics using Matlab

FACULTY OF SCIENCE :59 COURSE. BB838: Basic bioacoustics using Matlab FACULTY OF SCIENCE 01-12- 11:59 COURSE BB838: Basic bioacoustics using Matlab 28.03. Table Of Content Internal Course Code Course title ECTS value STADS ID (UVA) Level Offered in Duration Teacher responsible

Læs mere

Meget formel, modtager har en meget speciel titel som skal bruges i stedet for deres navne

Meget formel, modtager har en meget speciel titel som skal bruges i stedet for deres navne - Åbning Engelsk Dansk Dear Mr. President, Kære Hr. Direktør, Meget formel, modtager har en meget speciel titel som skal bruges i stedet for deres navne Dear Sir, Formel, mandelig modtager, navn ukendt

Læs mere

Shooting tethered med Canon EOS-D i Capture One Pro. Shooting tethered i Capture One Pro 6.4 & 7.0 på MAC OS-X 10.7.5 & 10.8

Shooting tethered med Canon EOS-D i Capture One Pro. Shooting tethered i Capture One Pro 6.4 & 7.0 på MAC OS-X 10.7.5 & 10.8 Shooting tethered med Canon EOS-D i Capture One Pro Shooting tethered i Capture One Pro 6.4 & 7.0 på MAC OS-X 10.7.5 & 10.8 For Canon EOS-D ejere der fotograferer Shooting tethered med EOS-Utility eller

Læs mere

Den store fortælling om nature og det grønne: erfaringer fra Danmark og udlandet

Den store fortælling om nature og det grønne: erfaringer fra Danmark og udlandet Den store fortælling om nature og det grønne: erfaringer fra Danmark og udlandet Natalie Gulsrud, PhD, cand. scient. Adjunkt IGN Sektion for landskabsarkitektur og planlægning Københavns Universitet Oversigt

Læs mere

IBM Network Station Manager. esuite 1.5 / NSM Integration. IBM Network Computer Division. tdc - 02/08/99 lotusnsm.prz Page 1

IBM Network Station Manager. esuite 1.5 / NSM Integration. IBM Network Computer Division. tdc - 02/08/99 lotusnsm.prz Page 1 IBM Network Station Manager esuite 1.5 / NSM Integration IBM Network Computer Division tdc - 02/08/99 lotusnsm.prz Page 1 New esuite Settings in NSM The Lotus esuite Workplace administration option is

Læs mere

Bioinformatik Open Source Software i biologiens tjeneste

Bioinformatik Open Source Software i biologiens tjeneste Bioinformatik Open Source Software i biologiens tjeneste Kenneth Geisshirt kneth@silex.dk Silex Science ApS Bioinformatik p.1/19 Om Silex Science ApS Grundlagt maj 2002 Ejeren er Cortex Holding Fokusområderne

Læs mere

Meget formel, modtager har en meget speciel titel som skal bruges i stedet for deres navne

Meget formel, modtager har en meget speciel titel som skal bruges i stedet for deres navne - Åbning Dansk Engelsk Kære Hr. Direktør, Dear Mr. President, Meget formel, modtager har en meget speciel titel som skal bruges i stedet for deres navne Kære Hr., Formel, mandelig modtager, navn ukendt

Læs mere

Learnings from the implementation of Epic

Learnings from the implementation of Epic Learnings from the implementation of Epic Appendix Picture from Region H (2016) A thesis report by: Oliver Metcalf-Rinaldo, oliv@itu.dk Stephan Mosko Jensen, smos@itu.dk Appendix - Table of content Appendix

Læs mere

Idrættens Eventmanagement Uddannelse: Hvervekampagne / Building a bid strategy. Dragør April 29, 2013

Idrættens Eventmanagement Uddannelse: Hvervekampagne / Building a bid strategy. Dragør April 29, 2013 Idrættens Eventmanagement Uddannelse: Hvervekampagne / Building a bid strategy Dragør April 29, 2013 Program: 13:30-15:00 Om hvervekampagner 15:00-15:15 Introduktion to Group Work 15:15-16:15 Kaffe / Group

Læs mere

Professionsbachelor 2020 et globalt perspektiv Uddannelsespolitisk Konference Roskilde 11. april 2013

Professionsbachelor 2020 et globalt perspektiv Uddannelsespolitisk Konference Roskilde 11. april 2013 Professionsbachelor 2020 et globalt perspektiv Uddannelsespolitisk Konference Roskilde 11. april 2013 Hans Lund lektor, studieleder, Syddansk Universitet professor, Høgskolen i Bergen Nationale og Internationale

Læs mere

Patientinddragelse i forskning. Lars Henrik Jensen Overlæge, ph.d., lektor

Patientinddragelse i forskning. Lars Henrik Jensen Overlæge, ph.d., lektor Patientinddragelse i forskning Lars Henrik Jensen Overlæge, ph.d., lektor BMC Health Services Research 2014, 14:89 142 studies that described a spectrum of engagement Engagement was feasible in most settings

Læs mere

(BA Biologi-Bioteknologi) Dato 2./5. Klokken 14:00

(BA Biologi-Bioteknologi) Dato 2./5. Klokken 14:00 Eksamensplan for kurser udbudt af SUND til tværgående uddannelser på SCIENCE (BA og KA) for offentliggørelsen: 15. oktober 2016 Tværgående kurser udbudt fra SUND foråret 2017 Karakterer Ordinær eksamen

Læs mere

Sygdomsudbrud skal udredes i fællesskab! præsentation af Den Centrale Udbrudsgruppe (DCUG) og parallelle aktiviteter i EU

Sygdomsudbrud skal udredes i fællesskab! præsentation af Den Centrale Udbrudsgruppe (DCUG) og parallelle aktiviteter i EU Sygdomsudbrud skal udredes i fællesskab! præsentation af Den Centrale Udbrudsgruppe (DCUG) og parallelle aktiviteter i EU Dorte Lau Baggesen, DVM, Ph.D. Afdeling for Produktion og Mikrobiologi DTU Fødevareinstituttet

Læs mere

Privat-, statslig- eller regional institution m.v. Andet Added Bekaempelsesudfoerende: string No Label: Bekæmpelsesudførende

Privat-, statslig- eller regional institution m.v. Andet Added Bekaempelsesudfoerende: string No Label: Bekæmpelsesudførende Changes for Rottedatabasen Web Service The coming version of Rottedatabasen Web Service will have several changes some of them breaking for the exposed methods. These changes and the business logic behind

Læs mere

Our activities. Dry sales market. The assortment

Our activities. Dry sales market. The assortment First we like to start to introduce our activities. Kébol B.V., based in the heart of the bulb district since 1989, specialises in importing and exporting bulbs world-wide. Bulbs suitable for dry sale,

Læs mere

VidenForum Fokus på viden Viden i fokus

VidenForum Fokus på viden Viden i fokus VidenForum inviterer til seminarrække - Learn how to improve your intelligence and market analysis capabilities VidenForum har fornøjelsen at præsentere en række spændende seminarer i samarbejde med Novintel

Læs mere

Measuring Evolution of Populations

Measuring Evolution of Populations Measuring Evolution of Populations 2007-2008 5 Agents of evolutionary change Mutation Gene Flow Non-random mating Genetic Drift Selection Populations & gene pools Concepts a population is a localized group

Læs mere

The EAL Jobportal. How to get started

The EAL Jobportal. How to get started The EAL Jobportal How to get started Be prepared Before you start You need to know the ID of your Uni login (WAYF login) You need a browser like Firefox, Safari, Google Chrome (or IE 9 or higher) You need

Læs mere

Kriterie for at bestå: Deltagelse i undervisningstiden, udarbejdelse af e-magasin, deltagelse i fælles fremlægning.

Kriterie for at bestå: Deltagelse i undervisningstiden, udarbejdelse af e-magasin, deltagelse i fælles fremlægning. 1. E-MAGASINER (Herning) Hvem kan deltage: Studerende i Herning Kriterie for at bestå: Deltagelse i undervisningstiden, udarbejdelse af e-magasin, deltagelse i fælles fremlægning. På kurset lærer du at

Læs mere

Engelsk 6. klasse årsplan 2018/2019

Engelsk 6. klasse årsplan 2018/2019 Måned Uge nr. Forløb August 32 American Summer 33 Camp 34 Antal Kompetencemål og lektioner færdigheds- og vidensområder 9 Tekst og medier (fase 1) Samtale (fase 2) Læringsmål I can use information from

Læs mere