Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Transkript

1 Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger Delprojekt af Brugbare Data Kevin Byskov, Jørn Pedersen og Anders Fogh

2 Disposition Baggrund for projekt Indsamling af data Hvordan er test foregået Resultater Sammenligning - andre forældreskabsundersøgelser Effekt i avlsværdivurdering Hvordan følger vi op

3 Baggrund for delprojektet 1. Udvikling af ny SNP baseret forældreskabstest Billigere end nuværende microsatellit-metode 2. Genbestemmelse af fejlrate i afstamningen hos dansk malkekvæg I forbindelse med udvikling CVM-testen blev der estimeret en fejlrate mellem far og afkom på 3,8 % hos Holstein 3. Undersøge sammenhænge mellem fejlrate og forskellige besætningsfaktorer

4 Data Øreklipprøver indsamlet i kalve og 1184 køer i 54 besætninger Tvillinger, koen kunne ikke findes mm. Data fra 3 besætninger gik tabt under oprensning af DNA (74 ko-kalv par) Manglende DNA på mor/far for dårlig/lidt DNA 996 kombinationer af kalv-ko-tyr testet

5 Test af øreklip-dna Alle dyr er testet med den nyudviklede metode (VeraCode) DNA-mængde og kvalitet var ikke altid tilstrækkelig til VeraCode-metoden Øreklipene, som metoden var testet på inden dette projekt, indeholdt mere DNA-meteriale SNPs udvalgt så test skulle kunne anvendes på tværs af racer (kød og malkekvæg) For få informative SNPs inden for race, når en del SNPs samtidig udgik på grund af dårlig DNA-kvalitet

6 Testresultater VeraCode

7 Test af øreklip-dna Resultat af VeraCode Udvalgt til microsatellit Korrekt VeraCode Ej microsatellit Fejl VeraCode Udvalgt microsatellit

8 Test af øreklip-dna Ekstra blodprøve er indsamlet fra 10 kalve og deres mødre, for at verificere at den afviste afstamning på basis af øreklipprøven er korrekt afvist Kontrol af prøveudtagningen i første runde Mødre med microsatellit-test er sammenhold MF Finder vi omtrent samme resultater?

9 Resultater KALV-MOR-FAR (996 obs.) Fejlrate Verificerede - Mor-fejl 5,6 % Verificerede - Rene Far-fejl 2,8 % Verificerede fejl - Ej muligt at afgøre 0,3 % Verificerede fejl i alt (minimum) 8,7 % Estimeret fejl i alt (forventet) 12,4 % MOR-MF (385 obs.) Fejlrate Far-fejl + Mor-far-fejl (minimum) 8,1 % Estimerede fejl i alt (forventet) 9,2 %

10 Hvor opstår fejlene Da ikke alle dyr er testet med en sikker metode, er det svært at påvise sammenhænge mellem fejlrate og besætningsfaktorer Meget forskelligt fra besætning til besætning hvor mange dyr, som er testet med microsatelliter Der er alligevel nogle ting, som står klart på baggrund af de resultater, vi har til rådighed

11 Hvor opstår fejlene Ca. 2/3 af de fundne fejl skyldes fejlmatch mellem ko og kalv Obs! Undersøgelsen er foretaget i store besætninger, hvor denne type fejl muligvis er hyppigere Fejlmatch af ko og kalv tæller dobbelt En Ko-fejl kommer sjældent alene Svag tendens til, at besætninger med fælleskælvningsboks har en højere fejlrate Men også mange ko-kalv fejl i besætnigner med enkeltkælvningsbokse

12 Hvor opstår KO-KALV fejlene I 19 af de 50 undersøgte besætninger er der ikke fundet tilfælde af fejlmatch mellem ko og kalv I de resterende 31 besætninger har der i gennemsnit ved de testede dyr været 1 fejl for ca. hver 11. kviekalv For hver 22 fødte kalve sker der én ombytning

13 Tyrfejl Kun ca. 1/3 af de fundne fejl skyldes alene fejl mellem tyr og kalv Oftest vil kalven også optræde med forkert far, hvis mor er forkert 1/3 af de fundne fejl mellem tyr og kalv er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør Kun 1/9 af de undersøgte kalvene er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør højere fejlrate hos ejerinseminører

14 Niveau i andre lande Land Fejlrate Kilde Danmark 4% CVM-undersøgelse Israel 11,7 % Weller et al. (2004) USA 18,2 % Dechow et al. (2008) Storbritanien 10 12,5 % Visscher et al. (2002) Tyskland 4,1-11,6 %* Sanders et al. (2006) * Fejlrate i 5 afkomsgrupper af Angeltyre

15 Effekt i avlsværdiberegningerne

16 Effekt i avlsværdiberegningerne

17 Effekt i avlsværdiberegningerne

18 Effekt i avlsværdiberegningerne

19 Effekt i avlsværdiberegningerne Endvidere bliver estimater for fx heritabilitet mindre, hvis der er fejl i afstamning (Van Vleck (1970) ) hvor p = andelen af korrekt identificerede afkom USA: 11 % af døtre fik påsat ny far tilfældigt lavere trend i forhold til rutine avlsværdivurdering (Banos et al. 2001)

20 Effekt i avlsværdiberegningerne Eksempel: Arvbarhed 0,30 Antal døtre 100 Ingen fejl i afst: Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,89 10 % fejl I afstamning h 2 = (1-0,10) 2 *0,30 Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,87 Reduktion i avlsfremgang ~ 1-1,5%

21 Konklusion udvikling af ny test VeraCode-metoden er billigere og arbejdsmæssigt nemmere at gennemføre end microsatellit-metoden VeraCode-metoden er ikke velegnet på små øreklip Metoden er velegnet til blod- og sædprøver VeraCode-metoden er allerede overhalet af nye metoder Stor udvikling inden for området bl.a. pga. genomisk selektion

22 Konklusion Fejlrate og besætningsfaktorer Fejlraten er højere end forventet Specielt flere fejl mellem ko og kalv end forventet Der er for mange fejl Lavere sikkerhed på avlsværdivurdering Para TB sanering? Salg af levedyr eksport Bekendtgørelse om mærkning, registrering og flytning af kvæg, svin, får eller geder 17 stk. 3 4) Moders CKR-nummer. I tilfælde af embryotransplantation indberettes både donor- og recipientmoder

23 Hvordan forholder vi os fremadrettet På lang sigt: Forældreskabstest tænkes ind i nye projekter Genomisk selektion - Storskalaindsamling af DNA På kort sigt: Information om resultater Hvad er det der skal speciel fokus på registrering af kalvens mor Rutiner

24 Standard Operationel Procedures

25 Anerkendelse Det Europæiske Fællesskab og Fødevareministeriet ved Direktoratet for FødevareErhverv har deltaget i finansieringen af denne aktivitet.

26 Spørgsmål?