Tabel 1. Detektionsgrænse med hensyn til RespiFinder RG Panels oprensning (QIAamp MinElute Virus Spin-kit)

Transkript

1 RespiFinder RG Panel Ydeevnekarakteristikker RespiFinder RG Panel, version 1, Detektionsgrænse (LOD) Kontrollér tilgængelighed af nye elektroniske mærkningsrevisioner på før udførelse af test. Den aktuelle revisionsstatus er angivet med udstedelsesdatoen (format: måned/år). Detektionsgrænsen (LOD) med hensyn til oprensningen (sensitivitetsgrænse) blev vurderet for RespiFinder RG Panel ved hjælp af helvirus- og bakterieprøver i universalt transportmedium (UTM) i kombination med QIAamp MinElute Virus Spin-kitekstraktionen. Detektionsgrænsen med hensyn til RespiFinder RG Panels oprensning blev bestemt ved hjælp af en fortyndingsserie af virus- og bakteriestammer (ATCC, Zeptometrix, viruskultur) i UTM. De blev underkastet RNA/DNA-ekstraktion ved hjælp af QIAamp MinElute Virus Spin-kittet (ekstraktionsvolumen: 200 µl, elueringsvolumen: 60 µl). Hver af de 5 fortyndinger blev analyseret med RespiFinder RG Panel med hver 11 replika. Resultaterne blev bestemt med en træfprocent (en træfprocent på 95 % var defineret som den analytiske detektionsgrænse for det pågældende patogen). En oversigt over detektionsgrænsen for alle testede patogener er vist i tabel 1. Tabel 1. Detektionsgrænse med hensyn til RespiFinder RG Panels oprensning (QIAamp MinElute Virus Spin-kit) Patogen Undertype/stamme Kilde LOD-titer Træfprocent Vira ATCC* 10(0,40) 95 Rekombinant Bocavirus i.r. plasmid 4 x 10-3 fg/µl Coronavirus 229E ATCC 10( 3,95) * American Type Culture Collection, USA. Tabellen fortsættes på næste side i.r.: ikke relevant. November 2013 Sample & Assay Technologies

2 Tabel 1. Fortsat Patogen Undertype/stamme Kilde LOD-titer Træfprocent Vira (fortsat) Coronavirus OC43 ATCC* 10( 2,25) Coronavirus NL63 Zeptometrix i.r. Coxsackievirus A9 ATCC 10( 0,60) 95 hmpv B3 Zeptometrix i.r. Influenza A H3N2 Victoria ATCC Influenza A H1N1 Virginia ATCC Influenza B Maryland ATCC Parainfluenza 1 ATCC Parainfluenza 2 ATCC Parainfluenza 3 ATCC Parainfluenza 4a ATCC Rhinovirus 16 ATCC 10( 1,50) 10(0,10) 10( 1,17) 10( 3,25) 10( 1,25) 10( 0,25) 10( 0,75) 10(1,50) 95 RSV-A 2 ATCC 10( 2,25) RSV-B ATCC 10( 1,75) 95 * American Type Culture Collection, USA. i.r.: ikke relevant. Performance Characteristics: RespiFinder RG Panel page 2 of 9

3 Tabel 1. Fortsat Patogen Undertype/stamme Kilde LOD-titer Træfprocent Bakterier B. pertussis i.r. ATCC 8 x 10 4 L. pneumophila i.r. ATCC 10( 1,70) bact/0,2 ml M. pneumoniae i.r. ATCC 10 2 Specificitet Specificiteten af RespiFinder RG Panel sikres først og fremmest af valget af primere og prober samt valget af stringente reaktionsbetingelser. Primere og prober blev kontrolleret for mulige homologier med alle sekvenser, der er publiceret i genbanker efter sekvenssammenligningsanalyse. Detektérbarheden for alle relevante genotyper er således sikret ved RespiFinder RG Panel-kørsler på et Rotor-Gene Q MDx-instrument med følgende genotyper (se Tabel 2). Tabel 2. Testning af relevante stammers specificitet Patogen Kilde FAM /ROX FAM/Cy 5 (FAM/BHQ )) Adenovirus B7 ATCC* Adenovirus B11 ATCC Adenovirus B14 ATCC Adenovirus C1 ATCC Adenovirus C5 ATCC Adenovirus C6 ATCC Adenovirus E4 ATCC Coxsackievirus A10 ATCC + + Coxsackievirus A24 ATCC + + Coxsackievirus B1 ATCC + + * American Type Culture Collection, USA. Tabellen fortsættes på næste side Performance Characteristics: RespiFinder RG Panel page 3 of 9

4 Tabel 2. Fortsat Patogen Kilde FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ)) Coxsackievirus B2 ATCC + + Coxsackievirus B3 ATCC + + Coxsackievirus B5 ATCC + + Echovirus 4 ATCC + + Echovirus 11 ATCC + + Echovirus 30 ATCC + + Influenza A H1N1 New Jersey ATCC Parainfluenza 4b ATCC* Rhinovirus 1A ATCC + + Rhinovirus 1B ATCC + + Rhinovirus 2 ATCC + + Rhinovirus 30 ATCC + + Rhinovirus 39 ATCC + + Rhinovirus 60 ATCC + + RSV-A lang ATCC RSV-B WV ATCC * American Type Culture Collection, USA. En potentiel krydsreaktivitet i RespiFinder RG Panel blev testet med den kontrolgruppe, der er angivet i tabel 3. Ingen af de testede patogener var reaktive. Performance Characteristics: RespiFinder RG Panel page 4 of 9

5 Tabel 3. Testning af kittets specificitet med potentielle krydsreaktive patogener Patogen FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ) Vira Cytomegalovirus + Epstein-Barr-virus + Herpes simplex-virus + Varicella zoster-virus + Bakterier A. baumannii + A. fumigatus + Tabel fortsættes på næste side Performance Characteristics: RespiFinder RG Panel page 5 of 9

6 Tabel 3. Fortsat Patogen FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ) Bakterier (fortsat) C. albicans + C. krusei + C. lusitaniae + E. cloacae + E. coli + H. influenzea + K. pneumoniae + K. oxytoca + M. catarrhalis + M. tuberculosis + P. aeruginosa + S. aureus + S. marcescens + S. pneumoniae + Samtidige infektioner RespiFinder RG Panel er valideret til flere infektioner for at bekræfte detektion af relevante samtidige infektioner. Som vist i tabel 4 er samtidig infektion med influenza A, influenza B, RSV-A eller RSV-B og adenovirus eller rhinovirus testet ved forskellige koncentrationer af begge patogener. Alle samtidige infektioner blev detekteret. Performance Characteristics: RespiFinder RG Panel page 6 of 9

7 Tabel 4. Testning af kittets specificitet med multiplex-infektioner Patogen 1 Patogen 2 FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ)) Influenza A H3N2 Victoria Influenza B Maryland RSV-A 2 x LOD x LOD x LOD x LOD x LOD x LOD Tabel fortsættes på næste side Performance Characteristics: RespiFinder RG Panel page 7 of 9

8 Tabel 4. Fortsat Patogen 1 Patogen 2 FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ)) RSV-B x LOD x LOD Robusthed Verificeringen af robustheden muliggør bestemmelse af den samlede fejlrate for RespiFinder RG Panels interne kontrol. For at verificere robustheden blev 30 negative nasofaryngealprøver i universalt transportmedium (UTM) testet med RespiFinder RG Panel. Efter ekstraktion med QIAamp MinElute Virus Spin-kittet (ekstraktionsvolumen: 200 µl, elueringsvolumen: 60 µl), blev disse prøver analyseret med RespiFinder RG Panel. I alle prøver blev den interne kontrol detekteret og var gyldig. Robustheden af RespiFinder RG Panel er således 99 %. Interfererende stoffer RespiFinder RG Panel blev testet for interferens af næsespray (Otrivin, Novartis ) og humant genom-dna. Alle patogener i tabel 1 (side 1-2) er testet ved en koncentration på 3x LOD ved tilstedeværelse af 50 ng humant DNA. Yderligere negative kontrolprøver blev testet ved tilstedeværelse af humant DNA. De korrekte patogener blev detekteret i alle prøver med yderligere humant DNA, og den interne kontrol blev detekteret i de negative kontrolprøver. Der blev ikke fundet nogen interferens af humant DNA med RespiFinder RG Panels resultater. 10 repræsentative patogener fra tabel 1 (adenovirus B3, coronavirus OC43, hmpv B3, influenza A H1N1 Virginia, influenza B Maryland, parainfluenza 1, rhinovirus 16, RSV-A 2, L. pneumophila og M. pneumoniae) blev testet ved en koncentration på 3x LOD ved tilstedeværelse af 10 % (v/v) næsespray. Yderligere negative kontrolprøver blev testet ved tilstedeværelse af 10 % næsespray. De korrekte patogener blev detekteret i alle prøver med næsespray, og den interne kontrol blev detekteret i de negative kontrolprøver. Der blev ikke fundet nogen interferens af næsepray (10 % af prøve: vatpind i universalt transportmedium) med RespiFinder RG Panels resultater. Performance Characteristics: RespiFinder RG Panel page 8 of 9

9 For up-to-date licensing information and product-specific disclaimers, see the respective QIAGEN kit handbook or user manual. QIAGEN kit handbooks and user manuals are available at or can be requested from QIAGEN Technical Services or your local distributor. Trademarks: QIAGEN, QIAamp, MinElute, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); BHQ (Biosearch Technologies, Inc.); Cy (GE Healthcare); FAM, ROX (Life Technologies); Novartis, Otrivin (Novartis); RespiFinder (PathoFinder BV); Zeptometrix (Zeptometrix Corp.). Nov QIAGEN, all rights reserved. Denmark Italy Singapore Australia Finland Japan Spain Austria France Korea (South) Sweden Belgium Germany Luxembourg Switzerland Brazil Hong Kong Mexico Taiwan Canada India The Netherlands UK China Ireland Norway USA Sample & Assay Technologies