APTIMA COMBO 2 analyse

Transkript

1 APTIMA COMBO 2 analyse Til in vitro diagnostisk brug. Kun til eksport fra USA. Generel information Tilsigtet anvendelse Resumé og forklaring af testen Funktionsprincip Advarsler og forholdsregler Krav til opbevaring og håndtering af reagenser Indsamling og opbevaring af prøver Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater Begrænsninger Forventede værdier i DTS-systemerne DTS-systemers kliniske præstation DTS-systemers analytiske præstation Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet Analytiske præstation for TIGRIS DTS-systemet Analytiske præstation for PANTHER-systemet Bibliografi DTS-systemer Vedlagte reagenser og materialer Nødvendige materialer, der skal anskaffes separat...11 Ekstraudstyr Fremgangsmåde ved testning på DTS-systemer Bemærkninger til fremgangsmåden TIGRIS DTS-system Vedlagte reagenser og materialer...22 Nødvendige materialer, der skal anskaffes separat...23 Ekstraudstyr...24 Fremgangsmåde ved testning på TIGRIS DTS-systemet...24 Bemærkninger til fremgangsmåden...27 PANTHER-systemet Vedlagte reagenser og materialer Nødvendige materialer, der skal anskaffes separat Ekstraudstyr Fremgangsmåde ved testning på PANTHER-systemet Bemærkninger til fremgangsmåden DA Rev. C

2 Generel information Generel information Tilsigtet anvendelse APTIMA COMBO 2-analysen er en targetamplifikationstest med nukleinsyreprobe, der anvender target capture til in vitro kvalitativ detektion og differentiering af ribosom RNA (rrna) fra Chlamydia trachomatis (CT) og/eller Neisseria gonorrhoeae (GC) som hjælp til diagnosticering af urogenital Chlamydia- og/eller gonokokinfektion vha. TIGRIS DTSsystemet eller PANTHER-systemet eller vha. DTS-systemets halvautomatiske instrumenter, som angivet. Analysen kan anvendes til testning af følgende prøver fra symptomatiske personer: Endocervikal, vaginal og mandlig uretral podning udtaget af kliniker; og urinprøver fra kvinder og mænd. Analysen kan også anvendes til testning af følgende prøver fra asymptomatiske personer: Endocervikal, vaginal og mandlig uretral podning udtaget af kliniker; prøver fra vaginal podning udtaget af patienten 1 ; og urinprøver fra kvinder og mænd. Denne assay er også beregnet til brug ved testning af gynækologiske prøver, både fra symptomatiske og asymptomatiske patienter. Disse cervikale prøver indsamlet i reagensglas med PreservCyt opløsning kan testes enten før eller efter Pap-behandling. Testning af prøver efter Pap-behandling er begrænset til prøver, der kun behandles på ThinPrep 2000 System. 1 Prøver fra vaginal podning udtaget af patienten er en mulighed for screening af kvinder, når en bækkenundersøgelse ellers ikke er indiceret. Prøveudtagningskittet til vaginal podning er ikke til hjemmebrug. Resumé og forklaring af testen Chlamydia trachomatis-infektion (CT) og Neisseria gonorrhoeae-infektion (GC) er to af de mest almindelige seksuelt overførte infektioner i hele verden. Alene i USA rapporteredes et anslået antal på (426,0 pr. population på ) nye tilfælde af CT- og (100,8 pr. population på 100,000) nye tilfælde af GC-infektioner til Centers for Disease Control i 2010 (5). Chlamydiae er ubevægelige, Gram-negative, obligate intracellulære bakterier. CT-typen består af femten serovarer (A, B, Ba, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L1, L2 og L3), der kan forårsage sygdom hos mennesker (34). Serovar D til K er den betydeligste årsag til genitale chlamydiainfektioner hos mænd og kvinder (26). C. trachomatis kan forårsage ikke-gonokok urethrit, epididymitis, proktit, cervicit, akut salpingit og adnexinflammation (PID) (3, 15, 28, 29). C. trachomatis-infektioner er ofte asymptomatiske hos både mænd og kvinder. Børn født af inficerede mødre har væsentlig større risiko for inklusionskonjunktivit og Chlamydia Pneumoniae (1, 11, 27). Op igennem tiden har der været benyttet adskillige metoder til detektion af CT i kliniske laboratorier, inkl. celledyrkning, direkte fluorescerende antistoftestning og enzymimmunoassay. Nyere metoder til detektion af CT omfatter direkte DNA-probeanalyser og nukleinsyreamplifikationtest (nucleic acid amplification test, NAAT) med DNAprobeanalyse. Celledyrkning blev engang betragtet som "standarden" for detektion af CT. Dyrkning er ret specifik, men det er blevet vist i videnskabelige publikationer, at NAAT med DNA-probeteknologi har højere klinisk sensitivitet end dyrkning (2, 9, 17, 30). Fordi dyrkning har lavere klinisk sensitivitet, og fordi præstationen varierer fra laboratorium til laboratorium, er denne metode i mange laboratorier blevet udskiftet med direkte DNA-probe og NAAT er. N. gonorrhoeae er årsagsfaktor ved gonorrélidelse. N. gonorrhoeae er ubevægelige, Gram-negative diplokokker. De fleste gonorréinfektioner er ukomplicerede infektioner i nedre kønsveje og kan være asymptomatiske. Men hvis infektionen ikke behandles hos kvinder, kan den stige op og forårsage PID. PID kan manifestere sig som endometrit, salpingit, pelveoperitonit og tuboovarial absces. En lille procentdel af personer med gonokokinfektion APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

3 Generel information kan udvikle dissemineret gonokokinfektion (Disseminated Gonococcal Infection, DGI) (14, 20). Til konventionel diagnose af GC-infektion kræves der isolering af organismen på selektive medier eller observation af diplokokker i Gram-farvede udstrygningspræparater (16). Dyrkningsmetoder kan have god klinisk sensitivitet, men er meget afhængige af korrekt prøvehåndtering. Forkert opbevaring og transport af prøver kan resultere i, at organismeoverlevelsesevnen går tabt og giver falsk negative resultater. Desuden kan dårlig prøveudtagningsteknik, toksisk prøvemateriale og væksthæmning forårsaget af bestanddele af kroppens udskillelser også resultere i falsk negative resultater (7, 18). Almindeligt anvendte ikke-dyrkningsmetoder til detektion af GC omfatter direkte DNA-probetests og NAAT'er. Første generation af NAAT'er for CT og GC har tekniske forhold, der har begrænset præstationen. Disse forhold omfatter besværlig prøvebehandling og hæmning af prøver, der kan give falsk negative resultater (6, 10, 13, 19, 25, 31, 32, 33). APTIMA COMBO 2- analysen er en anden generations NAAT, der anvender target capture-, transkriptionsmedieret amplifikations- (TMA) og Dual Kinetic Assay- (DKA) teknologier til henholdsvis at strømline prøvebehandling, amplificere target rrna og detektere amplicon. Nye undersøgelser, der sammenligner forskellige amplifikationssystemers præstation og hæmning af prøver, har vist fordelene ved target capture-, TMA- og DKA-teknologierne (8, 12). APTIMA COMBO 2-analysen detekterer kvalitativt CT og/eller GC rrna i prøver fra endocervikal, vaginal og mandlig uretral podning udtaget af kliniker, i prøver fra vaginal podning udtaget af patienten, i PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver og i urinprøver fra kvinder og mænd fra både symptomatiske og asymptomatiske personer. Funktionsprincip APTIMA COMBO 2-analysen kombinerer target capture-, TMA- og DKA-teknologierne. Prøver indsamles og overføres til deres respektive transportrør til prøver. Transportopløsninger i disse rør udløser target rrna'er og beskytter dem mod nedbrydning under opbevaring. Når APTIMA COMBO 2-analysen udføres i laboratoriet, isoleres target rrna-molekylerne fra prøver ved anvendelse af capture-oligomere via target capture, som anvender magnetiske mikropartikler. Capture-oligomere indeholder sekvenser, der er komplementære til specifikke regioner i target-molekylerne samt en streng af deoxyadenosinrester. Der anvendes et separat capture-oligomer til hvert target. Under hybridiseringstrinnet binder de sekvensspecifikke capture-oligomerregioner til specifikke target-molekyleregioner. Capture-oligomer- og target-komplekset indfanges dernæst fra opløsningen ved at sætte temperaturen på reaktionen ned til stuetemperatur. Denne temperaturreduktion bevirker, at der kan forekomme hybridisering mellem deoxyadenosinregionen på capture-oligomeret og polydeoxythymidin-molekylerne, der er kovalent forbundet til de magnetiske partikler. Mikropartiklerne, inkl. de indfangede targetmolekyler, der er bundet til dem, trækkes til side i reaktionsbeholderen med magneter, og supernatantet aspireres. Partiklerne vaskes, så restprøvematrix, der kan indeholde amplifikationsreaktionshæmmere, fjernes. Når target capture-trinnene er færdige, er prøverne klar til amplifikation. Target-amplifikationsanalyser er baseret på komplementære oligonukleotide primeres kapacitet til specifikt at anneale og muliggøre enzymatisk amplifikation af target nukleinsyrestrenge. APTIMA COMBO 2-analysen gentager en specifik region af 23S rrna'et fra CT og en specifik region af 16S rrna'et fra GC via DNA-mellemled. Der anvendes et unikt primersæt til hvert target-molekyle. Detektion af rrna-amplifikationproduktsekvenser (amplicon) opnås vha. nukleinsyrehybridisering. Enstrengede kemiluminiscerende DNA- APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

4 Generel information prober, der er komplementære til en region af hvert target-amplicon, er mærket med forskellige acridiniumestermolekyler. De mærkede DNA-prober kombineres med amplicon og danner stabile RNA-DNA hybrider. Selektionsreagenset skelner mellem hybridiseret og ikke hybridiseret probe og eliminerer generering af signal fra ikke hybridiseret probe. Under detektionstrinnet måles lyset, der udsendes fra de mærkede RNA-DNA hybrider, som fotonsignaler i et luminometer og rapporteres som relative lysenheder (RLU). Ved DKA tillader forskelle i de CT- og GC-mærkede probers kinetiske profiler signaldifferentiering; kinetiske profiler udledes af foton output-målinger under detektionsmålingstiden. Den kemiluminescente detektionsreaktion på CT-signal har meget hurtig kinetik og er af kinetisk "flasher" typen. Den kemiluminescente detektionsreaktion på GC-signal er forholdsvis langsom og er af kinetisk "glower" typen. Analyseresultater bestemmes ud fra en cut-off værdi på grundlag af total RLU og bevægelseskurvetypen. Advarsler og forholdsregler A. Til in vitro diagnostisk brug. B. Der henvises endvidere til særlige advarsler, forholdsregler og fremgangsmåder til kontrol af kontaminering vedr. TIGRIS DTS-systemet i brugervejledningen til TIGRIS DTSsystemet (TIGRIS DTS System Operator s Manual). C. Der henvises endvidere til særlige advarsler, forholdsregler og fremgangsmåder til kontrol af kontaminering vedr. PANTHER-systemet i brugervejledningen til PANTHER-systemet (PANTHER System Operator s Manual). Vedr. laboratoriet D. Analysen er ikke blevet evalueret i patientpopulationer med lav prævalens af CT-sygdom; præstation i rammer med lav prævalens er derfor ikke blevet bestemt. E. Brug kun medfølgende eller specificerede laboratorieartikler til engangsbrug. F. Rutinemæssige laboratorieforholdsregler skal følges. Der må hverken spises, drikkes eller ryges i arbejdsområdet. Brug engangshandsker uden pudder, beskyttelsesbriller og laboratoriekittel ved håndtering af prøver og kitreagenser. Vask hænderne grundigt efter håndtering af prøver og kitreagenser. G. Advarsel: Irriterende og ætsende stoffer: Undgå, at Auto Detect 1 og Auto Detect 2 kommer i kontakt med huden, øjnene og slimhinderne. Hvis disse væsker kommer i kontakt med huden eller øjnene, vaskes det pågældende sted med vand. Hvis disse væsker spildes, skal den spildte væske fortyndes med vand, inden den tørres op. H. Arbejdsflader, pipetter og andet udstyr skal regelmæssigt dekontamineres med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypochloritopløsning. Vedr. DTS-systemer I. Det anbefales stærkt, at der benyttes et separat område til DKA, så ampliconkontaminering i analysen minimeres. Dette særlige område skal være i afstand af området, der benyttes til reagensklargøring, target capture og amplifikation. J. Laboratorieområdet skal indrettes med arbejdsgang i én retning, fra reagensklargøring til DKA, for at bidrage til at forhindre, at områder af laboratoriet bliver kontamineret med amplicon. Prøver, udstyr og reagenser bør ikke føres tilbage til det område, hvor et APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

5 Generel information tidligere trin blev udført. Personalet bør heller ikke gå tilbage til et tidligere arbejdsområde uden at tage korrekte foranstaltninger imod kontaminering. Vedr. prøver K. Denne analyse er kun blevet testet vha. prøver fra endocervikal og mandlig uretral podning, PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver, prøver fra vaginal podning og urinprøver fra kvinder og mænd. Præstation i forbindelse med andre prøver end de, der er angivet under Indsamling og opbevaring af prøver er ikke blevet evalueret. Laboratorierne kan validere andre udtagningsanordninger (21, 23). På DTS-systemerne er PACE prøveudtagningskit kun valideret til anvendelse sammen med APTIMA adapterkit. Anvendelse af PACE prøveudtagningskit og APTIMA adapterkit er ikke for øjeblikket godkendt til TIGRIS DTS-systemet eller PANTHER-systemet. Gynækologiske prøver, der er udtaget til klargøring på ThinPrep 2000-systemet, skal udtages med anordninger af børstetypen eller en kombineret endocervikal børste og plastspatel. L. Udløbsdatoerne på indsamlingskittene vedrører behandlingsenheden hvor prøverne tages og ikke testlaboratorierne. Prøver, der er indsamlet forud for udløbsdatoen på indsamlingskittet, og som transporteres og opbevares i henhold til indlægssedlen, er godkendt til testning, selv hvis udløbsdatoen på reagensglasset er overskredet. M. PreservCyt opløsningen er blevet godkendt som et alternativt medie til testning med APTIMA COMBO 2-analysen. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver, der behandles på ThinPrep 3000-processoren eller andre instrumenter, er ikke evalueret til testning for Chlamydia trachomatis og Neisseria gonorrhoeae vha. APTIMA COMBO 2-analysen. N. Efter at urin er blevet tilsat i transportrøret til urin, skal væskeniveauet stå mellem de to sorte indikatorstreger på etiketten på røret. Hvis det ikke er tilfældet, skal prøven kasseres. O. Under forsendelse af prøver skal korrekte opbevaringsforhold bevares for at sikre prøvens integritet. Prøvestabilitet under forsendelsesforhold, der er anderledes end de anbefalede forhold, er ikke blevet vurderet. P. Prøver kan være infektiøse. Der skal tages generelle forholdsregler ved udførelse af denne analyse. Korrekte håndterings- og bortskaffelsesmetoder bør etableres af laboratorielederen. Kun personale, der er korrekt oplært i håndtering af infektiøse materialer, bør have tilladelse til at udføre denne diagnostiske procedure. Q. Undgå krydskontaminering under håndtering af prøver. Prøver kan indeholde meget høje niveauer af organismer. Pas på, at prøvebeholdere ikke rører hinanden, og kassér brugte materialer uden at føre dem hen over åbne beholdere. Skift handsker, hvis de kommer i kontakt med prøvemateriale. R. Hvis laboratoriet modtager et transportrør til podning uden podepind, med to podepinde, en rengøringspodepind eller en podepind, der ikke er leveret af Gen-Probe, skal prøven kasseres. Inden et transportrør til podning uden podepind kasseres, skal det kontrolleres, at det ikke er et APTIMA reagensglas til prøveoverførsel, da dette ikke indeholder en podepind. S. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver indsamles i overensstemmelse med fremstillerens instruktioner. Aliquoter, der herefter fjernes fra PreservCyt-hætteglasset til testning vha. APTIMA COMBO 2-analysen, skal behandles vha. APTIMA prøveoverførselskit alene. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

6 Generel information T. Under visse forhold kan der trænge væske ud af hætterne på APTIMA transportrør, når de gennembores. Følg anvisningerne i den relevante Fremgangsmåde ved testningfor at forebygge, at dette sker. Vedr. analyse U. Præstationen vedr. prøver fra vaginal podning er ikke blevet evalueret hos gravide kvinder. V. Præstation for endocervikale, vaginale og mandlige uretrale podningsprøver, mandlige og kvindelige urinprøver og PreservCyt Liquid Pap-prøver er ikke blevet evalueret hos unge under 16 år. W. Dette kit må ikke anvendes efter udløbsdatoen. X. Reagenser fra kit med forskellige lotnumre må ikke byttes om med hinanden, blandes eller kombineres. APTIMA-kontroller og analysevæsker kan være fra forskellige lotnumre. Vedr. DTS-systemer Y. Der skal anvendes spidser med hydrofobiske propper. Der skal anvendes mindst to gentagelsespipetter til denne analyse: en til anvendelse i target capture- og amplifikationstrinnene og en til anvendelse i DKA-trinnene. Der skal anvendes to mikropipetter i denne analyse: en til anvendelse ved prøveoverførsel og en til anvendelse ved klargøring af reagens. Alle pipetter skal renses regelmæssigt som anvist i Fremgangsmåde ved testning på DTS-systemer, Bemærkninger til fremgangsmåden. Z. Når der anvendes gentagelsespipetter til reagenstilsætning, må pipettespidsen ikke røre ved reagensglasset, så overførsel fra et glas til et andet undgås. AA.Korrekt blanding er nødvendig for at opnå nøjagtige analyseresultater. Der henvises til komplet anvisning i Fremgangsmåde ved testning på DTS-systemer, Bemærkninger til fremgangsmåden. AB.Der skal anvendes separate vandbade til target capture-, amplifikations- og DKA-trinnene i analysen. AC.Afdækningspapir skal bortskaffes i affaldsbeholderen straks efter at de er fjernet fra reaktionsrørene. Der skal altid anvendes frisk afdækningspapir: det må aldrig genbruges fra et tidligere trin. Afdækningspapiret skal sidde ordentligt fast øverst på reaktionsrøret. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

7 Generel information Krav til opbevaring og håndtering af reagenser A. Følgende reagenser er stabile ved opbevaring ved 2 C til 8 C (nedkølet): APTIMA COMBO 2-amplifikationsreagens APTIMA COMBO 2-enzymreagens APTIMA COMBO 2-probereagens APTIMA COMBO 2-Target capture-reagens B APTIMA positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC APTIMA positiv kontrol, GC/negativ kontrol, CT B. Følgende reagenser er stabile ved opbevaring ved 2 C til 30 C: APTIMA COMBO 2-amplifikationsrekonstitutionsopløsning APTIMA COMBO 2-enzymrekonstitutionsopløsning til APTIMA COMBO 2-proberekonstitutionsopløsning APTIMA COMBO 2-selektionsreagens C. Følgende reagenser er stabile ved opbevaring ved 15 C til 30 C (stuetemperatur): Target capture-reagens APTIMA vaskeopløsning APTIMA buffer til deaktiveringsvæske APTIMA oliereagens D. Target capture arbejdsreagens (Working Target Capture Reagent, wtcr) er stabilt i 30 dage ved opbevaring ved 15 C til 30 C. Må ikke sættes i køleskab. E. Efter rekonstituering er enzymreagens, amplifikationsreagens og probereagens stabile i 30 dage ved opbevaring ved 2 C til 8 C. F. Kassér evt. ubrugte rekonstituerede reagenser og wtcr efter 30 dage, eller når udløbsdatoen på hovedlottet er nået, alt efter hvad der indtræder først. G. Kontroller er stabile indtil den dato, der er angivet på hætteglassene. H. Reagenser, der opbevares på TIGRIS DTS-systemet har 48 timers stabilitet, mens de er på systemet. I. Reagenser, der opbevares på PANTHER-systemet har 72 timers stabilitet, mens de er på systemet. J. Probereagens og rekonstitueret probereagens er lysfølsomme. Reagenserne skal opbevares beskyttet mod lys. Specificeret rekonstitueret stabilitet er baseret på følgende: Rekonstitueret probereagens blev udsat for to 60 W fluorescerende pærer i en afstand af 43 cm (17 tommer) og en temperatur på under 30 C i 12 timer. Rekonstitueret probereagens skal beskyttes mod lys iht. dertil. K. Ved opvarmning til stuetemperatur kan visse kontrolreagensglas blive uklare eller få udfældning. Uklarhed eller udfældning i forbindelse med kontroller indvirker ikke på kontrolpræstationen. Kontrollerne kan anvendes, hvad enten de er klare eller uklare/har APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

8 Generel information udfældning. Hvis der ønskes klare kontroller, kan solubilisering fremskyndes ved at inkubere dem i den øvre ende af stuetemperaturområdet (15 C til 30 C). L. Reagenserne må ikke fryses. Indsamling og opbevaring af prøver APTIMA COMBO 2-analysen er beregnet til at detektere tilstedeværelse af CT og GC i følgende prøver: endocervikal og mandlig uretral podning, vaginal podning, PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver og i urinprøver fra kvinder og mænd. Præstationen i forbindelse med andre prøver end dem, der er indsamlet vha. følgende prøveudtagningskit, er ikke blevet evalueret: APTIMA prøveudtagningskit til unisex-podning til endocervikale og mandlige uretrale podninger APTIMA urinprøveudtagningskit til urinprøver fra mænd og kvinder APTIMA prøveudtagningskit til vaginal podning APTIMA prøveoverførselskit (til gynækologiske prøver indsamlet i PreservCyt opløsning) Vedr. DTS-systemer PACE prøveudtagningskit til uretrale prøver eller konjunktivale prøver fra mænd (sammen med APTIMA adapterkit) PACE prøveudtagningskit til endocervikale prøver (sammen med APTIMA adapterkit) A. Anvisning i prøveudtagning: Der henvises til anvisning i prøveudtagning i indlægssedlen til det relevante prøveudtagningskit. B. Prøvetransport og -opbevaring inden testning: 1. Podninger: a. Efter udtagning transporteres og opbevares podepinden i transportrør til podning ved 2 C til 30 C, indtil den bliver testet. Prøver skal analyseres med APTIMA COMBO 2-analyse i løbet af 60 dage efter udtagning. Hvis længere opbevaring er nødvendig, kan prøven nedfryses til -20 C til -70 C i op til 12 måneder efter indsamling (se Undersøgelser af prøvestabilitet). 2. Urinprøver: a. Urinprøver, der stadigvæk er i de primære opsamlingsbægre, skal transporteres til laboratoriet ved 2 C til 30 C. Urinprøver skal overføres til APTIMA transportrør til urinprøver i løbet af 24 timer efter opsamling. Opbevares ved 2 C til 30 C og testes i løbet af 30 dage efter opsamling. b. Efter opsamling transporteres urinprøverne i APTIMA transportrør til urinprøver ved 2 C til 30 C og opbevares ved 2 C til 30 C, indtil de bliver testet. Behandlede urinprøver skal analyseres med APTIMA COMBO 2-analysen i løbet af 30 dage efter opsamling. Hvis længere opbevaring er nødvendig, kan prøven nedfryses til -20 C til -70 C i op til 12 måneder efter indsamling (se Undersøgelser af prøvestabilitet). APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

9 Generel information 3. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver: a. PreservCyt Solution Liquid Pap -prøver, der er beregnet til CT- og/eller GC-testning, skal behandles for cytologi og/eller overføres til et APTIMA reagensglas til prøveoverførsel i løbet af 30 dage efter udtagning ved opbevaring ved 2 C til 30 C (se Undersøgelser af prøvestabilitet). b. Hvis ThinPrep fremgangsmåden til aliquotfjernelse skal anvendes, henvises der til tillægget til brugervejledningen til ThinPrep eller ThinPrep 3000-processoren (ThinPrep 2000 eller ThinPrep 3000 Processor Operator s Manual Addendum) vedrørende anvisning i aliquotfjernelse. Overfør 1 ml af den fjernede aliquot til et APTIMA reagensglas til prøveoverførsel iht. anvisningerne i indlægssedlen til APTIMA prøveoverførselskit. c. Hvis prøven testes efter behandling på ThinPrep 2000-processoren, behandles PreservCyt Solution Liquid Pap-prøven iht. brugervejledningen til ThinPrep processoren (ThinPrep 2000 Processor Operator's Manual) og indlægssedlen til APTIMA prøveoverførselskit. Overfør 1 ml af væsken, der er tilbage i hætteglasset med PreservCyt opløsning, til APTIMA reagensglasset til prøveoverførsel iht. indlægssedlen til APTIMA prøveoverførselskit. d. Når PreservCyt Solution Liquid Pap-prøven er overført til APTIMA reagensglasset til prøveoverførsel, skal prøven analyseres med APTIMA COMBO 2 Assay i løbet af 30 dage ved opbevaring ved 2 C til 8 C eller i løbet af 14 dage ved opbevaring ved 15 C til 30 C. Hvis længere opbevaring er nødvendig, kan prøven nedfryses til -20 C til -70 C i op til 12 måneder efter overførslen (se Undersøgelser af prøvestabilitet). C. Opbevaring af prøver efter testning: 1. Prøver, der er blevet analyseret, skal opbevares lodret i et stativ. 2. Transportrør til prøver skal dækkes med en ny og ren plastfilm eller foliebarriere. 3. Hvis de analyserede prøver skal fryses eller sendes, tages de gennemtrængelige hætter af transportrørene til prøver, og der sættes nye uigennemtrængelige hætter på. Hvis prøver skal sendes til testning på et andet laboratorium, skal de anbefalede temperaturer opretholdes. Inden hætten tages af tidligere testede prøver og prøver, der har fået fjernet hætten og sat hætte på igen, skal transportrørene til sådanne prøver centrifugeres i 5 minutter ved 420 RCF (relativ centrifugalkraft) for at bringe al væsken ned i bunden af røret. Undgå sprøjtning og krydskontaminering. Bemærk: Prøver skal forsendes i henhold til gældende nationale og internationale transportregulativer. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

10 DTS-systemer DTS-systemer Reagenser til APTIMA COMBO 2-analysen for CT og GC er angivet nedenfor for DTS-systemerne. Reagenssymbolerne er ligeledes angivet ved siden af reagensbetegnelsen. Vedlagte reagenser og materialer APTIMA COMBO 2-analysekit, 100 test (2 æsker) (kat. nr ) APTIMA COMBO 2 nedkølet æske (æske 1 af 2) (opbevares ved 2 C til 8 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet A E P TCR-B PCT/NGC PGC/NCT APTIMA COMBO 2-amplifikationsreagens Ikke-infektiøse nukleinsyrer tørret i bufferopløsning, der indeholder < 5 % volumenforøgende middel. APTIMA COMBO 2-enzymreagens Revers transkriptase og RNA-polymerase tørret i HEPES bufferopløsning, der indeholder < 10 % volumenforøgende middel. APTIMA COMBO 2-probereagens Ikke-infektiøse kemiluminiscerende DNA-prober tørret i succinatbufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. APTIMA COMBO 2-Target capture-reagens B Ikke-infektiøse nukleinsyrer i en bufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. APTIMA positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC Ikke-infektiøs CT-nukleinsyre i en bufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl indeholder anslået rrna tilsvarende 1 CT IFU (5 fg/analyse*). APTIMA positiv kontrol, GC/negativ kontrol, CT Ikke-infektiøs GC-nukleinsyre i en bufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl indeholder anslået rrna tilsvarende 50 GC-celler (250 fg/analyse*). 1 hætteglas 1 hætteglas 1 hætteglas 1 x 0,35 ml 3 x 1,7 ml 3 x 1,7 ml *rrna-ækvivalenserne er beregnet på grundlag af genom-størrelse og anslået DNA-RNA-forhold pr. celle i organismen. Følgende er ligeledes inkluderet i den nedkølede æske (Opbevaringsbakke): (opbevares ved 2 C til 30 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet AR ER PR S APTIMA COMBO 2-amplifikationsrekonstitutionsopløsning Vandig opløsning, der indeholder konserveringsmidler. APTIMA COMBO 2-enzymrekonstitutionsopløsning HEPES bufferopløsning, der indeholder overfladeaktivt stof og glycerol. APTIMA COMBO 2-proberekonstitutionsopløsning Succinatbufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. APTIMA COMBO 2-selektionsreagens 600 mm boratbufferopløsning, der indeholder overfladeaktivt stof. 1 x 9,3 ml 1 x 3,3 ml 1 x 12,4 ml 1 x 31 ml APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

11 DTS-systemer Følgende er ligeledes inkluderet i den nedkølede æske (Opbevaringsbakke): (opbevares ved 2 C til 30 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet Rekonstitueringsmanchetter 3 Afdækningspapir 1 pakke APTIMA COMBO 2 æske til stuetemperatur (æske 2 af 2) (opbevares ved 15 C to 30 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet TCR W DF O APTIMA COMBO 2-Target capture-reagens Buffersaltopløsning, der indeholder fastfase og capture-oligomere. APTIMA vaskeopløsning 10 mm HEPES bufferopløsning, der indeholder < 2 % opvaskemiddel. APTIMA buffer til deaktiveringsvæske 800 mm bikarbonatbufferopløsning. APTIMA oliereagens Silikoneolie. 1 x 22 ml 1 x 402 ml 1 x 402 ml 1 x 24,6 ml Nødvendige materialer, der skal anskaffes separat Bemærk: For materialer, der fås fra Gen-Probe, er katalognummeret anført, med mindre andet er angivet. Kat. nr. LEADER HC+ luminometer GEN-PROBE Target Capture System (TCS) Inkubatorer og vortexmixere: 2 multireagensglas-vortexmixere cirkulerende vandbade (62 ºC ± 1 ºC, 42 ºC ± 1 ºC, 62 ºC ± 1 ºC) 3 afstandsholdere til vandbad ELLER: 2 SB100 tør varme bad/vortexmixere Der kan rekvireres yderligere SB100 bade, efterhånden som testvolumen øges APTIMA Auto Detect Kit eppendorf Repeater Plus pipetter pipetter, 1000 µl RAININ PR eppendorf pipette, 20 µl til 200 µl Spidser til gentagelsespipetter, 2,5 ml Spidser til gentagelsespipetter, 5,0 ml Spidser til gentagelsespipetter, 25,0 ml APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

12 DTS-systemer Kat. nr. Spidser, type P1000 spids med speciel diameter fås kun hos Gen-Probe Pipettespidser 20 µl til 200 µl Enheder med ti reagensglas (TTU) (Fisher) TU0022 Ti-spids-kassetter (TTC) APTIMA prøveudtagningskit til unisex-podning til endocervikale og mandlige uretrale podninger APTIMA urinprøveudtagningskit til urinprøver fra mænd og kvinder APTIMA transportrør til urinprøver fra mænd og kvinder APTIMA prøveudtagningskit til vaginal podning APTIMA prøveoverførselskit C SysCheck kalibreringsstandard Blegemiddel, 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypochloritopløsning Standard urinindsamlingsbeholdere uden konserveringsmidler Store plastbeholdere med låg APTIMA gennemtrængelige hætter Uigennemtrængelige udskiftningshætter A Ekstraudstyr Kat. nr. PACE prøveudtagningskit til uretrale og konjuktivale prøver fra mænd PACE prøveudtagningskit til endocervikale prøver APTIMA adapterkit GEN-PROBE blegemiddelforstærker til rutinemæssig rengøring af overflader og udstyr APTIMA kontrolkit APTIMA analysevæsker C (APTIMA vaskeopløsning, APTIMA buffer til deaktiveringsvæske og APTIMA oliereagens) STD kvalifikationspanel Spidser, 1000 μl ledende, væskefølsom TECAN Freedom EVO 100/4 DTS 800-systemer APTIMA COMBO 2 Overfladeplade Reagensbeholder (40 ml kvart modul) Delt reagensbeholder (19 ml x 2 kvart modul) (Tecan) APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

13 DTS-systemer Fremgangsmåde ved testning på DTS-systemer A. Klargøring af udstyr 1. Justér et vandbad til 62 C ± 1 C (til target capture og primer annealing), et andet vandbad til 42 C ± 1 C (til amplifikation) og et tredje vandbad til 62 C ± 1 C (til DKA). Hvis der anvendes SB100 tør varme bad/vortexmixer, henvises der til brugsvejledningen til SB100 tør varme bad/vortexmixer (brugsvejledningen til SB100). 2. Inden analysen startes, tørres arbejdsoverfladerne og pipetterne af med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypochloritopløsning. Lad natriumhypochloritopløsningen blive på kontaktfladerne i mindst 1 minut, og skyl dernæst efter med vand. Natriumhypochloritopløsningen må ikke tørre. Dæk bordoverfladen, hvor testen skal udføres, med rene, absorberende afdækningsstykker med plastbagbeklædning til laboratorieborde. 3. Sæt et tilstrækkeligt antal ti-spids-kassetter i Target Capture System (TCS). Kontrollér, at TCS-vaskeflasken er fyldt med APTIMA vaskeopløsning, og at aspirationsmanifolden er forbundet til vakuumpumpen. (Jf. brugervejledningen til Target Capture System (Target Capture System Operator s Manual). B. Reagensrekonstituering Bemærk: Reagensrekonstituering skal udføres inden prøveoverførsel påbegyndes. 1. Til rekonstituering af amplifikations-, enzym- og probereagenser kombineres flaskerne med frysetørret reagens og rekonstitutionsopløsningen. Hvis rekonstituerede opløsninger er i køleskab, skal de have stuetemperatur inden brug. a. Gruppér den pågældende rekonstitutionsopløsning sammen med det frysetørrede reagens. Etiketterne er farvekodede, så de kan grupperes korrekt. b. Åbn hætteglasset med frysetørret reagens, og sæt den udskårne ende af rekonstitueringsmanchetten fast i hætteglasåbningen (Figur 1, trin 1). c. Åbn den tilhørende flaske med rekonstitutionsopløsning, og læg låget på et rent, afdækket arbejdsbord. d. Hold flasken med rekonstitutionsopløsning på bordet, og sæt den anden ende af rekonstitureringsmanchetten i flaskehalsen med fast hånd (Figur 1, trin 2). e. Vend forsigtigt den samlede flaske og hætteglas. Vent på, at opløsningen går fra flasken over i hætteglasset (Figur 1, trin 3). f. Hvirvl forsigtigt opløsningen i hætteglasset rundt. Pas på ikke at få indholdet til at skumme, mens hætteglasset hvirvles rundt (Figur 1, trin 4). g. Vent på, at det frysetørrede reagens går i opløsning; vend dernæst den samlede flaske og hætteglas igen, idet de tippes i en vinkel på 45, så der bliver mindst muligt skum (Figur 1, trin 5). Vent på, at al væsken går tilbage i flasken. h. Tag rekonstitueringsmanchetten af flasken (Figur 1, trin 6). i. Sæt hætten på flasken igen. Skriv operatørens initialer og rekonstitueringsdato på etiketten (Figur 1, trin 7). APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

14 DTS-systemer j. Kassér rekonstitueringsmanchet og hætteglas (Figur 1, trin 8). Figur 1. Rekonstitueringsprocessen på DTS-systemer 2. Tidligere rekonstituerede amplifikations-, enzym- og probereagenser skal have stuetemperatur (15 C til 30 C), inden analysen påbegyndes. Hvis probereagenser indeholder udfældning, der ikke bliver opløst ved stuetemperatur, opvarmes de til 62 C i 1 til 2 minutter. Efter en sådan opvarmning kan probereagensen anvendes, selv om der er rester af udfældning. Efter resuspension skal de blandes ved at vende dem forsigtigt om; pas på, at der ikke dannes skum. Bemærk: Hætteglasset skal altid vendes, når der kommer udfældning i opløsningen enten ved opvarmning til 62 C eller ved opvarmning til stuetemperatur. 3. Klargør Target capture arbejdsreagenset (Working Target Capture Reagent, wtcr) a. Overfør 20 ml TCR til en separat, ren og tør beholder af passende størrelse. b. Tilsæt, vha. af en mikropipette, 200 µl TCR-B til TCR. c. Bland opløsningen grundigt ved at hvirvle den rundt. d. Sæt en etiket på beholderen. Skriv operatørens initialer, klargøringsdatoen og begge lotnumre på etiketten. Bemærk: Brug følgende til at udregne volumen af TCR og TCR-B for et mindre antal reaktioner (prøver og kontroller): Volumen af TCR (ml) = (antal reaktioner + 5 ekstra reaktioner) x 0,1 ml Volumen af TCR-B (ml) = Volumen af TCR (ml)/100 C. Target capture Gentagelsespipetten, der anvendes til target capture og amplifikation, må kun benyttes i disse trin af processen. Se Advarsler og forholdsregler for at få yderligere oplysninger. Klargøring af stativ 1. Vent på, at kontroller og prøver kommer på stuetemperatur, inden behandlingen påbegyndes. 2. Prøver må ikke blandes i vortexmixer. 3. Bekræft visuelt, at hvert præparatreagensglas opfylder et af følgende kriterier: a. Tilstedeværelse af en enkelt blå APTIMA podepind til prøveudtagning i et prøvetransportrør til unisex podning, b. Tilstedeværelse af en enkelt lyserød APTIMA podepind til prøveudtagning i et prøvetransportrør til vaginal podning. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

15 DTS-systemer c. En endelig urinmængde, der befinder sig mellem de sorte indikatorstreger på transportrøret til urinprøver. d. Fravær af podepind i APTIMA prøvetransportrør til PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. 4. Efterse præparatreagensglas, inden de gennembores: a. Hvis der er bobler i rummet mellem væsken og hætten på et præparatreagensglas, skal dette centrifugeres i 5 minutter ved 420 RCF, så boblerne elimineres. b. Hvis der er en mindre mængde i præparatreagensglasset, end der er normalt, når udtagningsanvisningen er blevet fulgt, centrifugeres reagensglasset i 5 minutter ved 420 RCF for at sikre, at der ikke er væske i hætten. c. Hvis væskemængden i et præparatreagensglas til urinprøver ikke er mellem de to sorte indikatorstreger, skal prøven afvises. Overfyldte rør må ikke gennembores. d. Hvis der er udfældning i urinprøver, skal prøven opvarmes til 37 C i op til 5 minutter. Hvis udfældninget ikke bliver opløst, skal det visuelt sikres, at udfældninget ikke forhindrer, at prøven overføres. Bemærk: Hvis trin 4a-c ikke følges, kan det resultere i, at der spildes væske fra hætten på præparatreagensglasset. 5. Hvis der skal testes prøver med standard hætter (uigennemtrængelige hætter), skal de centrifugeres 5 minutter ved 420 RCF (relativ centrifugalkraft), så al væsken bringes ned til bunden af reagensglasset, inden hætten tages af. Undgå sprøjtning og krydskontaminering. 6. Sæt et tilstrækkeligt antal enheder med ti reagensglas (TTU er) til kontrollerne og prøverne i stativet til TTU'er. 7. Hvis der ønskes en arbejdsliste, oprettes denne på dette tidspunkt. Der er anvisning i oprettelse af en arbejdsliste i brugervejledningen til APTIMA analysesoftwaren (APTIMA Assay Software Operator s Manual). 8. Bland wtcr grundigt. Fyld 100 μl i hvert reaktionsrør med gentagelsespipetten. 9. For at kunne virke korrekt sammen med APTIMA-analysesoftware skal positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC være i første position i første TTU. a. Hold reagensglasset med den positive kontrol, CT/negative kontrol, GC i den ene hånd, eller hold det i stativet. Denne etiket er lyserød. Etiketteksten er CONTROL + CT PCT / CONTROL GC NGC. Gennembor hætten med en mikropipette; pas på ikke at stikket spidsen ned i bunden af glasset. Tilsæt 400 µl positiv kontrol, CT/ negativ kontrol, GC til det første reaktionsrør. b. På samme måde og med en ny pipettespids, tilsættes 400 µl af den positive kontrol, GC/negative kontrol, CT til det andet reaktionsrør. Etiketten på den anden kontrol er blågrøn. Etiketteksten er CONTROL + GC PGC / CONTROL CT NCT. 10. Forsæt klargøring af stativet ved at fylde 400 µl af hver prøve i de resterende reaktionsrør. Der skal bruges en ny pipettespids til hver prøve og kontrol. Det acceptable prøve- eller kontrolvolumen, der kan tilsættes et reaktionsrør, er 400 µl ± 100 µl. Se Bemærkninger til fremgangsmåden, Pipettering af kontrol og prøve for at få yderligere oplysninger. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

16 DTS-systemer Target capture Anvendelse af GEN-PROBE Target Capture System er beskrevet i brugervejledningen til Target Capture System (Target Capture System Operator s Manual). Hvis der anvendes SB100 tør varme bad/vortexmixer, henvises der til brugsvejledningen til SB Tildæk TTU-rørene med afdækningspapir, og ryst stativet forsigtigt med håndkraft. Må ikke blandes i vortexmixer. Inkubér stativet ved 62 C ± 1 C i vandbad i 30 ± 5 minutter. 12. Tag stativet op af vandbadet, og dup bunden af reagensglassene tørre med absorberende materiale. 13. Kontrollér, at afdækningspapiret sidder godt fast. Udskift evt. afdækningspapiret med nyt, og luk TTU-glassene stramt til. 14. Bland stativet i 60 sekunder i multireagensglas-vortexmixer. Se Bemærkninger til fremgangsmåden, Blanding i vortexmixer for at få nærmere oplysninger. Påbegynd blanding i vortexmixer i løbet af 2 minutter efter, at stativet er taget op af vandbadet. 15. Lad afdækningspapiret sidde på glassene, og inkubér stativet ved stuetemperatur i 30 ± 5 minutter. 16. Anbring stativet på en TCS magnetisk sokkel i 5 til 10 minutter. 17. Udluft slangen på dispenseringsstationspumpen ved at pumpe APTIMA vaskeopløsning gennem dispenseringsmanifolden. Pump så meget væske gennem systemet, at der ikke er luftbobler i slangen, og der kommer en jævn væskestrøm ud af alle ti dyser. 18. Tænd vakuumpumpen, og tag aspirationsmanifolden af ved den første studs mellem aspirationsmanifold og opfangningsflaske. Kontrollér, at vakuummeteret holder specifikationen for tæthedsafprøvning. 1 Det kan tage 15 sekunder at få denne måling. Forbind aspirationsmanifolden igen, og kontrollér, at vakuummeteret holder specifikationen for vakuumniveau. Lad vakuumpumpen køre, indtil alle target capturetrinnene er afsluttet, og slangen til aspirationsmanifolden er tør. 19. Sæt aspirationsmanifolden godt fast i det første sæt spidser. Aspirér al væske ved at sænke spidserne ned i den første TTU, til spidserne rører let ved bunden af reagensglassene. Spidserne må ikke holdes i kontakt med bunden af glassene. 20. Når aspirationen er færdig, kastes spidserne ud i den originale TTC. Gentag anvisningen i aspiration på de resterende TTU'er; der skal bruges en ny spids til hver prøve. 21. Sæt dispenseringsmanifolden over hver TTU, og tilfør 1,0 ml APTIMA vaskeopløsning i hvert glas i TTU en vha. dispenseringsstationspumpen. 22. Dæk reagensglassene til med afdækningspapir, og tag stativet af den magnetiske TCS-sokkel. Bland stativet én gang i multireagensglas-vortexmixer. Se Bemærkninger til fremgangsmåden, Blanding i vortexmixer for at få nærmere oplysninger. 23. Anbring stativet på en TCS magnetisk sokkel i 5 til 10 minutter. 24. Aspirér al væske som i trin 19 og Efter den sidste aspiration tages stativet af den magnetiske TCS-sokkel, og reagensglassene ses efter for at sikre, at al væske er blevet aspireret, og alle glas indeholder magnetisk partikelpellet. Hvis der kan ses væske, sættes stativet tilbage i den magnetisk TCS-sokkel i 2 minutter; gentag aspirationen for den TTU, idet de samme spidser, som tidligere blev brugt til hver prøve, bruges igen. Bemærk: Hvis der er synlig magnetisk partikelpellet, når aspirationen er færdig, kan reagensglasset accepteres. Hvis der ikke er pellet synligt, skal prøven testes igen. Hvis den samme prøve ikke indeholder et magnetisk partikelpellet på dette trin i en 1 Se specifikationerne for vakuum på Target Capture System, der står bag i brugervejledningen til Target Capture System (Target Capture System Operator s Manual), eller kontakt teknisk support. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

17 DTS-systemer efterfølgende kørsel, kan dette indicere et prøvespecifikt problem. Udtagning af en ny prøve anbefales i denne situation. D. Amplifikation Hvis der anvendes SB100 tør varme bad/vortexmixer, henvises der til brugsvejledningen til SB Tilsæt 75 µl rekonstitueret amplifikationsreagens til hvert reaktionsrør med gentagelsespipetten. Alle reaktionsblandinger i stativet skal nu blive røde. 2. Tilsæt 200 µl oliereagens til hvert reaktionsrør med gentagelsespipetten. 3. Tildæk reagensglassene med afdækningspapir, og bland dem på multireagensglasvortexmixeren. 4. Inkubér stativet ved 62 C ± 1 C i vandbad i 10 ± 5 minutter. 5. Overfør stativet til et vandbad ved 42 C ± 1 C og inkubér i 5 ± 2 minutter. 6. Med stativet i vandbadet fjernes afdækningspapiret forsigtigt, og der tilsættes 25 µl rekonstitueret enzymreagens til hvert af reaktionsrørene med gentagelsespipetten. Alle reaktionsblandinger skal nu blive orange. 7. Tildæk omgående reagensglassene med nyt afdækningspapir, tag stativet op af vandbadet, og bland reaktionsrørene ved forsigtigt at ryste stativet med håndkraft. 8. Inkubér stativet ved 42 C ± 1 C i vandbad i 60 ± 15 minutter. E. Dual Kinetic Assay (DKA) Hvis der anvendes SB100 tør varme bad/vortexmixer, henvises der til brugsvejledningen til SB100. Gentagelsespipetten, der anvendes til hybridiserings- og selektionstrinnene må kun benyttes i disse trin af processen. Se Advarsler og forholdsregler. 1. Hybridisering a. Tag stativet op af vandbadet, og overfør det til DKA-området. Fyld 100 µl rekonstitueret probereagens i hvert reaktionsrør med gentagelsespipetten. Alle reaktionsblandinger skal nu blive gule. b. Tildæk reagensglassene med afdækningspapir, og bland stativet på multireagensglas-vortexmixeren. c. Inkubér stativet ved 62 C ± 1 C i vandbad i 20 ± 5 minutter. d. Tag stativet op af vandbadet, og inkubér det ved stuetemperatur i 5 ± 1 minut. 2. Selektion a. Tilsæt 250 µl selektionsreagens til hvert reaktionsrør med gentagelsespipetten. Alle reaktionsblandinger skal nu blive røde. b. Tildæk reagensglassene med afdækningspapir, bland stativet i 10 sekunder i vortexmixer, eller til farven er ensartet, og inkubér stativet i et vandbad ved 62 C ± 1 C i 10 ± 1 minut. c. Tag stativet op af vandbadet. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

18 DTS-systemer 3. Detektion Detektion skal udføres ved 18 C til 28 C. a. Inkubér stativet ved 18 C til 28 C i 15 ± 3 minutter. Bemærk: Dette temperaturområde er kritisk for analysepræstation. b. Der henvises til betjeningsvejledningen til LEADER HC+ luminometer (LEADER HC+ Luminometer Operator s Manual) og betjeningsvejledningen til APTIMA analysesoftwaren (APTIMA Assay Software Operator s Manual) ang. anvendelse af LEADER HC+ luminometer og APTIMA analysesoftwaren. c. Kontrollér, at der er tilstrækkelig mængde Auto Detect 1 og 2 til udførelse af testerne. d. Klargør LEADER HC+ luminometeret ved at anbringe én tom TTU i kassetteposition nr. 1 og udføre Wash (vaske-) protokollen. e. Sæt TTU'erne i luminometeret. f. Log på computeren. Klik på New Run (ny kørsel), vælg APTIMA COMBO 2- analyseprotokol og indtast antallet af reagensglas (kontroller og prøver). Klik på Next (næste) for at starte kørslen. Bemærk: Kørslen skal være færdig i løbet af 2 timer efter slutningen af inkubationen i selektionstrinnet. g. Klargør deaktiveringsvæske ved at blande lige dele 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypochloritopløsning og APTIMA buffer til deaktiveringsvæske i en stor plastbeholder med låg. Sæt etiket på plastbeholderen, og skriv udløbsdatoen på den. Deaktiveringsvæsken er stabil i 4 uger ved stuetemperatur. Bortskaf deaktiveringsvæsken efter 4 uger eller efter deaktivering af 100 behandlede prøver (alt efter hvad der kommer først). h. Når de brugte TTU er er fjernet fra luminometeret, anbringes TTU'erne i beholderen med deaktiveringsvæsken. Lad TTU erne stå i beholderen i 15 minutter, inden de kasseres. Korrekte håndterings- og bortskaffelsesmetoder bør etableres af laboratorielederen. Bemærkninger til fremgangsmåden A. Kontroller For at kunne virke korrekt sammen med APTIMA-analysesoftware skal positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC være i første position i første TTU. Denne kontroletiket er lyserød. Etiketteksten er CONTROL + CT PCT / CONTROL GC NGC. Den positive kontrol GC/negative kontrol CT skal være i anden position i første TTU. Denne kontroletiket er blå-grøn. Etiketteksten er CONTROL + GC PGC / CONTROL CT NCT. Hvis de anbringes i forkert position, mislykkes kørslen. Yderligere kontroller skal indsættes som patientprøver, og operatøren skal overvåge, om de kan accepteres. B. Pipettering af kontrol og prøve Mængden af kontrol- og prøvemateriale, der fyldes i reaktionsrøret skal være 400 µl ± 100 µl. Det anbefales at foretage visuel inspektion af den mængde, der pipetteres i reaktionsrøret for at sikre overførsel af korrekt mængde. Korrekt kontrol- og prøvemængde er nødvendig for at give nøjagtige resultater. Hvis der ikke er blevet pipetteret korrekt mængde, skal wtcr og kontrollen eller prøven ompipetteres i et nyt reaktionsrør. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

19 DTS-systemer C. Reagenser Proberekonstitutionsopløsning kan danne udfældning ved opbevaring. Hvis det sker, skal proberekonstitutionsopløsningen opvarmes til 62 C i 1 til 2 minutter. Efter en sådan opvarmning kan proberekonstitutionsopløsningen anvendes, selv om der er rester af udfældning. Efter resuspension skal reagensglasset blandes ved at vende det forsigtigt om; pas på, der ikke dannes skum. D. Temperatur 1. Target capture-, amplifikations-, hybridiserings- og selektionstrinnene er temperaturafhængige. Derfor er det yderst vigtigt, at vandbadene holdes på deres specificerede temperaturområder. 2. Stuetemperatur vil sige 15 C til 30 C. 3. Detektionstrinnene i analysen skal udføres ved 18 C til 28 C. E. Tidsrum Target capture-, amplifikations-, hybridiserings- og selektionstrinnene er tidsafhængige. De anførte tider i Fremgangsmåde ved testning på DTS-systemer skal overholdes. F. Blanding i vortexmixer Korrekt blanding i vortexmixer er vigtig for at få en vellykket APTIMA COMBO 2-analyse. Når der opnås korrekt vortexbevægelse, roterer suspensionen ved en hastighed, der hæver opløsningen op i den øverste halvdel af reagensglasset. Denne manipulation (vortexmixning) opretholdes i specificerede tidsrum. Til blanding i vortexmixer af reaktioner stilles multireagensglas-vortexmixeren på laveste hastighed; sæt stativet fast, og tænd for strømmen. Sæt langsomt hastigheden op, til væsken går halvvejs op i glasset. Lad vortexmixeren gå i 10 sekunder, det angivne tidsrum, eller til farven er ensartet. Dernæst stilles vortexmixeren på laveste hastighed, inden den slukkes, og stativet tages ud. Reaktionsblandingerne bør aldrig røre ved afdækningspapiret. G. Vandbade 1. Vandet i vandbadene skal holdes i en dybde på 3,8 cm til 5 cm (1,5 tommer til 2 tommer) målt fra metalbakken (i bunden af vandbadet) til vandoverfladen. Derved sikres der korrekt varmeoverførsel. 2. Vandbade må kun anvendes til et bestemt analysetrin for at undgå krydskontaminering. H. Dekontaminering 1. Overflader og pipetter Laboratoriebordflader og pipetter skal jævnligt dekontamineres med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypochloritopløsning. Lad natriumhypochloritopløsningen blive på kontaktfladerne i mindst 1 minut, og skyl dernæst efter med vand. Natriumhypochloritopløsningen må ikke tørre. Klorinopløsninger kan lave huller i udstyr og metal. Skyl udstyret grundigt med vand for at undgå huller. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

20 DTS-systemer 2. TCS-aspirationsmanifolden a. Placér en ny TTC i TTC-stativet. Tænd for vakuumpumpen. Tilslut aspirationsmanifolden til spidserne i TTC'en. Aspirér al overskydende vaskeopløsning i primingbeholderen på vaskeopløsningens dispenseringsstation (læg dispenseringsmanifolden til side). b. Fyld mindst 100 ml 0,5 % til 0,7 % (0,07 M til 0,1 M), eller hvis det foretrækkes 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M), natriumhypochloritopløsning i primingbeholderen. Aspirér hele opløsningen gennem aspirationsmanifolden. c. Hæld mindst 100 ml demineraliseret vand på primingbeholderen. Aspirér alt vandet gennem aspirationsmanifolden. d. Skub spidserne ind i deres oprindelige TTC. e. Lad vakuumpumpen være slået til indtil manifoldslangen er tør. Dette forhindrer tilbagestrømning. f. Dekontaminér aspirationsmanifoldens overflader som beskrevet i TCS-apparatur. 3. TCS-affaldsbeholder Når affaldsflasken er 25 % fuld eller ugentligt, fjernes affaldsflasken fra Target Capture System. a. Slå vakuumpumpen fra og lad vakuumtrykket udligne sig. b. Frigør lynkoblingerne mellem affaldsflasken og overløbsflasken og affaldsflasken og aspirationsmanifolden. c. Fjern affaldsflasken fra vakuumlåsens hus. d. Fjern hætten og tilsæt forsigtigt 400 ml 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypochloritopløsning til flasken (eller 1 L, hvis der anvendes en 10 L affaldsflaske). Bemærk: Dette kan foretages under en udsuger for at undgå dampudslip i laboratoriet. e. Sæt hætten på affaldsflasken og hvirvl forsigtigt indholdet rundt, indtil det er blandet. f. Lad affaldsflasken stå i 15 min. og bortskaf så indholdet (affald). g. Skyl affaldsflasken med vand for at fjerne al overskydende affald. h. Sæt hætten på affaldsflasken og placér den i vakuumlåsens hus. Fastgør lynkoblingerne til TCS-enheden. Bortskaf forsigtigt handskerne. 4. TCS-apparatur Tør overfladerne på TCS-apparaturet, aspirationsmanifolden og vaskebufferudløserspidserne af med papirservietter fugtet med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypochloritopløsning. Efter trinnet med natriumhypochlorit skylles med vand og overfladerne tørres helt tørre med papirservietter. 5. Stativer Nedsænk stativerne i 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypochloritopløsning, idet det sikres at de er dækket med natriumhypochloritopløsningen Stativerne skal være nedsænket i opløsningen i 10 minutter. Længere tid i opløsningen kan skade stativerne. Skyl stativerne grundigt med vand, placér stativerne på et rent, absorberende underlag og lad stativerne lufttørre til de er helt tørre. Stativernes levetid forlænges, hvis de får lov at tørre stående op og ikke vendt på hovedet. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

21 DTS-systemer I. Analysekontaminering 1. Der kan indføres kontaminerende materialer, hvis der ikke udvises tilstrækkelig omhu under analyseprotokollen. 2. TTU'er skal dekontamineres i deaktiveringsvæske, som beskrevet under Detektion. TTU'er må ikke genanvendes. 3. Der skal, som beskrevet i Bemærkninger til fremgangsmåden, Dekontaminering, udføres regelmæssig dekontaminering af udstyr og arbejdsflader. 4. Som i alle reagenssystemer kan for meget pudder på visse handsker forårsage kontaminering af åbnede reagensglas. Det anbefales at bruge handsker uden pudder. J. Overvågningsprotokol for laboratoriekontaminering til DTS-systemer Der er mange laboratoriespecifikke faktorer, der kan bidrage til kontaminering, inkl. testningsvolumen, arbejdsgangen, sygdomsprævalens og diverse andre laboratorieaktiviteter. Disse faktorer skal tages i betragtning, når hyppigheden af kontamineringsovervågningen fastsættes. Intervaller for kontamineringsovervågning bør fastsættes på grundlag af det enkelte laboratoriums praksis og arbejdsmetoder. Til overvågning af laboratoriekontaminering kan følgende udføres vha. APTIMA prøveudtagningskit til unisex-podning til prøver fra endocervikal og mandlig uretral podning: 1. Afmærk transportrør til podninger med numre, der svarer til de områder, der skal testes. 2. Tag podepinden til prøveudtagning (blå podepind med grøn skrift) ud af emballagen, væd podepinden i prøvetransportmediet, og pensl det pågældende område med en cirkulær bevægelse. 3. Sæt omgående podepinde i transportrøret. 4. Knæk forsigtigt podepinden ved markeringslinjen; pas på indholdet ikke sprøjter. 5. Sæt hætten godt fast på transportrøret til podning. 6. Gentag anvisningen i trin 2 til 5 for hvert område, der podes. 7. Test podningen vha. APTIMA COMBO 2-analysen iht. Fremgangsmåde ved testning på DTS-systemer. Hvis resultaterne er CT- eller GC-positive eller tvetydige (se Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater), kan overfladen være kontamineret og bør dekontamineres ved behandling med natriumhypochloritopløsning som anvist i Fremgangsmåde ved testning på DTS-systemer, Klargøring af udstyr. Bemærk: Hvis der er mistanke om kontaminering af vandbadet, kan vandbadet testes efter fremgangsmåden ved testning af urinprøver, ved at fylde 2,0 ml vand i et transportrør til urinprøver. K. Fejlfinding 1. Lave positive kontrolværdier kan være forårsaget af forkert temperatur i diverse trin i analysen eller ved at gøre selektionstiden i selektionstrinnet længere end anbefalet. 2. Der kan forekomme høj baggrund, hvis selektionstiden i selektionstrinnet afkortes, hvis selektionstemperaturen ikke er korrekt, eller hvis blandingen ikke er tilstrækkelig efter tilsætning af selektionsreagens. 3. Hvis den positive kontrol, CT/negative kontrol, GC er positiv eller tvetydig for GC, eller den positive kontrol, GC/negative kontrol, CT er positiv eller tvetydig for CT, henvises der til Bemærkninger til fremgangsmåden, Analysekontaminering for yderligere oplysninger. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

22 TIGRIS DTS-system TIGRIS DTS-system Reagenserne til APTIMA COMBO 2-analysen for CT og GC er anført nedenfor for TIGRIS DTS-systemet. Reagenssymbolerne er ligeledes angivet ved siden af reagensbetegnelsen. Vedlagte reagenser og materialer APTIMA COMBO 2 analysekit, 250 test (2 æsker og 1 kontrolkit) (Kat. nr og B) APTIMA COMBO 2 nedkølet æske (Æske 1 af 2) (opbevares ved 2 C til 8 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet A E P TCR-B APTIMA COMBO 2-amplifikationsreagens Ikke-infektiøse nukleinsyrer tørret i bufferopløsning, der indeholder < 5 % volumenforøgende middel. APTIMA COMBO 2-enzymreagens Revers transkriptase og RNA-polymerase tørret i HEPES bufferopløsning, der indeholder < 10 % volumenforøgende middel. APTIMA COMBO 2-probereagens Ikke-infektiøse kemiluminiscerende DNA-prober tørret i succinatbuffer-opløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. APTIMA COMBO 2-Target capture-reagens B Ikke-infektiøse nukleinsyrer i en bufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. 1 hætteglas 1 hætteglas 1 hætteglas 1 x 0,61 ml APTIMA COMBO 2 æske til stuetemperatur (Æske 2 af 2) (opbevares ved 15 C til 30 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet AR ER PR S TCR APTIMA COMBO 2-amplifikationsrekonstitutionsopløsning Vandig opløsning, der indeholder konserveringsmidler. APTIMA COMBO 2-enzymrekonstitutionsopløsning HEPES bufferopløsning, der indeholder overfladeaktivt stof og glycerol. APTIMA COMBO 2-proberekonstitutionsopløsning Succinatbufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. APTIMA COMBO 2-selektionsreagens 600 mm boratbufferopløsning, der indeholder overfladeaktivt stof. APTIMA COMBO 2-Target capture-reagens Buffersaltopløsning, der indeholder fastfase og capture-oligomere. 1 x 27,7 ml 1 x 11,1 ml 1 x 35,4 ml 1 x 108 ml 1 x 54 ml Rekonstitueringsmanchetter 3 Stregkodeliste for hovedlot 1 liste APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

23 TIGRIS DTS-system APTIMA kontrolkit (opbevares ved 2 C til 8 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet PCT/NGC APTIMA positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC Ikke-infektiøs CT-nukleinsyre i en bufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl indeholder anslået rrna tilsvarende 1 CT IFU (5 fg/analyse*). 5 x 1,7 ml PGC/NCT APTIMA positiv kontrol, GC/negativ kontrol, CT Ikke-infektiøs GC-nukleinsyre i en bufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl indeholder anslået rrna tilsvarende 50 GC-celler (250 fg/analyse*). 5 x 1,7 ml *rrna-ækvivalenserne er beregnet på grundlag af genom-størrelse og anslået DNA-RNA-forhold pr. celle i organismen. Nødvendige materialer, der skal anskaffes separat Bemærk: For materialer, der fås fra Gen-Probe, er katalognummeret anført, med mindre andet er angivet. Kat. nr. TIGRIS DTS-system APTIMA analysevæskekit (APTIMA vaskeopløsning, APTIMA buffer til deaktiveringsvæske og APTIMA oliereagens) APTIMA Auto Detect Kit APTIMA konserveringsmiddelkit til systemvæske Spidser, 1000 µl ledende, væskefølsomme TIGRIS DTS System kørselskit indeholdende Multireagensglasenheder (MTU) MTU-Spidsaffaldsposekit MTU affaldsdeflektorer MTU afdækningsstykker for affald APTIMA prøveoverførselskit til brug med prøver i PreservCyt opløsning (Tecan) C APTIMA prøveudtagningskit til vaginal podning APTIMA prøveudtagningskit til unisex-podning til endocervikale og mandlige uretrale podninger APTIMA urinprøveudtagningskit til urinprøver fra mænd og kvinder APTIMA transportrør til urinprøver fra mænd og kvinder Blegemiddel, 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypochloritopløsning Vand til TIGRIS DTS systemet jf. TIGRIS DTS System Operator's Manual (brugervejledningen til TIGRIS DTS-systemet) vedrørende specifikationer Engangshandsker APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

24 TIGRIS DTS-system Kat. nr. SysCheck kalibreringsstandard APTIMA gennemtrængelige hætter Uigennemtrængelige udskiftningshætter A Ekstra hætter til kittene med 250 test Rekonstitutionsopløsninger til amplifikations- og probereagens CL0041 (100 hætter) Rekonstitutionsopløsning til enzymreagens (100 hætter) TCR og selektionsreagens CL0040 (100 hætter) Ekstraudstyr Kat. nr. APTIMA kontrolkit GEN-PROBE blegemiddelforstærker til rutinemæssig rengøring af overflader og udstyr Fremgangsmåde ved testning på TIGRIS DTS-systemet Bemærk: Der henvises til brugervejledningen til TIGRIS DTS-systemet (TIGRIS DTS System Operator s Manual) ang. yderligere oplysninger vedr. anvendelse af dette system. A. Klargøring af arbejdsområde 1. Rengør de arbejdsoverflader, hvor reagenser og prøver skal klargøres. Tør arbejdsoverfladerne af med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypochloritopløsning. Lad natriumhypochloritopløsningen blive på kontaktfladerne i mindst 1 minut, og skyl dernæst efter med vand. Natriumhypochloritopløsningen må ikke tørre. Dæk bordoverfladen, hvor reagenserne og prøverne skal klargøres, med rene, absorberende afdækningsstykker med plastbagbeklædning til laboratorieborde. B. Reagensrekonstituering/klargøring af et nyt kit Bemærk: Reagensrekonstituering skal udføres, inden der påbegyndes arbejde på TIGRIS DTS-systemet. 1. Til rekonstituering af amplifikations-, enzym- og probereagenser kombineres flaskerne med frysetørret reagens og rekonstitutionsopløsningen. Hvis rekonstituerede opløsninger er i køleskab, skal de have stuetemperatur inden brug. a. Gruppér hver enkelt rekonstitutionsopløsning med det tilhørende frysetørrede reagens. Kontrollér, at rekonstitutionsopløsningen og det frysetørrede reagens har samme etiketfarve, inden rekonstitueringsmanchetten sættes på. b. Kontrollér lotnumrene på hovedlotstregkodelisten for at sikre, at de korrekte reagenser er grupperet. c. Åbn hætteglasset med det frysetørrede reagens, og sæt den udskårne ende af rekonstitueringsmanchetten fast i hætteglasåbningen (Figur 2, trin1). d. Åbn den tilhørende flaske med rekonstitutionsopløsning, og læg låget på et rent, afdækket arbejdsbord. e. Hold flasken med rekonstitutionsopløsning på bordet, og sæt den anden ende af rekonstitureringsmanchetten i flaskehalsen med fast hånd (Figur 2, trin 2). APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

25 TIGRIS DTS-system f. Vend langsomt op og ned på de samlede flasker. Vent på, at opløsningen går fra flasken over i hætteglasset (Figur 2, trin 3). g. Hvirvl forsigtigt opløsningen i hætteglasset rundt, så den blandes. Pas på ikke at få indholdet til at skumme, mens hætteglasset hvirvles rundt (Figur 2, trin 4). h. Vent på, at det frysetørrede reagens går i opløsning; vend dernæst de samlede flasker igen, idet de tippes i en vinkel på 45, så der dannes mindst muligt skum (Figur 2, trin 5). Vent på, at al væsken går tilbage i plastflasken. i. Fjern rekonstitueringsmanchetten og hætteglasset (Figur 2, trin 6). j. Sæt låg på plastflasken igen. Registrér operatørinitialer og rekonstitueringsdato på etiketten (Figur 2, trin 7). k. Bortskaf rekonstitueringsmanchet og hætteglas (Figur 2, trin 8). Advarsel: Undgå at der dannes skum, når reagenserne rekonstitueres. Skum påvirker niveauregistreringen i TIGRIS DTS-systemet. Figur 2. Rekonstitueringsbehandling på TIGRIS DTS-systemet eller PANTHER-systemet 2. Klargør target capture arbejdsreagenset (Working Target Capture Reagent, wtcr) a. Gruppér de relevante flasker med TCR og TCR-B. b. Kontrollér reagenslotnumrene på hovedlotstregkodelisten for at sikre, at de korrekte reagenser i kittet er grupperet. c. Åbn flasken med TCR, og læg låget på et rent, afdækket arbejdsbord. d. Åbn flasken med TCR-B, og hæld hele indholdet på flasken med TCR. Det kan forventes, at der bliver en lille mængde væske tilbage i flasken med TCR-B. e. Sæt låg på flasken med TCR, og hvirvl forsigtigt opløsningen rundt, så den blandes. Pas på, at der ikke dannes skum i dette trin i processen. f. Skriv operatørens initialer og dags dato på etiketten. g. Kassér TCR-B-flasken og låget. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

26 TIGRIS DTS-system 3. Klargør selektionsreagens a. Kontrollér lotnummeret på reagensflasken for at sikre, at det svarer til lotnummeret på hovedlottets stregkodeliste. b. Skriv operatørens initialer og dags dato på etiketten. Bemærk: Bland alle reagenser omhyggeligt ved at vende dem forsigtigt om, inden de sættes i systemet. Pas på, der ikke dannes skum, mens reagenserne vendes om. C. Klargøring af reagens for tidligere rekonstituerede reagenser 1. Tidligere rekonstituerede amplifikations-, enzym- og probereagenser skal have stuetemperatur (15 C til 30 C), inden analysen påbegyndes. 2. Hvis det rekonstituerede probereagens har udfældning, der ikke bliver opløst ved stuetemperatur, skal flasken med låg opvarmes til en temperatur på højst 62 C i 1 til 2 minutter. Efter en sådan opvarmning kan probereagensen anvendes, selv om der er rester af udfældning. Probereagenser blandes ved at vende dem om; pas på, der ikke dannes skum, inden de sættes i systemet. 3. Bland hvert reagens omhyggeligt ved at vende det forsigtigt om, inden det sættes i systemet. Pas på, der ikke dannes skum, mens reagenserne vendes om. 4. Reagensflaskerne må ikke fyldes helt op. TIGRIS DTS systemet bemærker og afviser flasker, der er helt fyldt op. D. Prøvehåndtering 1. Vent på, at kontroller og prøver kommer på stuetemperatur, inden behandlingen påbegyndes. 2. Prøver må ikke blandes i vortexmixer. 3. Bekræft visuelt, at hvert præparatreagensglas opfylder et af følgende kriterier: a. Tilstedeværelse af en enkelt blå APTIMA podepind til prøveudtagning i et prøvetransportrør til unisex podning, b. Tilstedeværelse af en enkelt lyserød APTIMA podepind til prøveudtagning i et prøvetransportrør til vaginal podning. c. En endelig urinmængde, der befinder sig mellem de sorte indikatorstreger på transportrøret til urinprøver. d. Fravær af podepind i APTIMA prøvetransportrør til PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. 4. Efterse præparatreagensglassene, inden de sættes i stativet: a. Hvis der er bobler i rummet mellem væsken og hætten på et præparatreagensglas, skal dette centrifugeres i 5 minutter ved 420 RCF, så boblerne elimineres. b. Hvis der er en mindre mængde i præparatreagensglasset, end der er normalt, når udtagningsanvisningen er blevet fulgt, centrifugeres reagensglasset i 5 minutter ved 420 RCF for at sikre, at der ikke er væske i hætten. c. Hvis væskemængden i et præparatreagensglas til urinprøver ikke er mellem de to sorte indikatorstreger, skal prøven afvises. Overfyldte rør må ikke gennembores. d. Hvis der er udfældning i et urinpræparatreagensglas, skal prøven opvarmes til 37 C i op til 5 minutter. Hvis udfældninget ikke bliver opløst, skal det visuelt sikres, at udfældninget ikke forhindrer, at prøven overføres. Bemærk: Hvis trin 4a-c ikke følges, kan det resultere i, at der spildes væske fra hætten på præparatreagensglasset. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

27 TIGRIS DTS-system Bemærk: Der kan testes op til 3 separate aliquoter fra hvert præparatreagensglas. Forsøg på at pipettere mere end 3 aliquoter fra præparatreagensglasset kan føre til fejl pga. utilstrækkelig mængde. E. Klargøring af systemet Sæt systemet og arbejdslisten op iht. brugervejledningen til TIGRIS DTS systemet (TIGRIS DTS System Operator s Manual) og afsnittet Bemærkninger til fremgangsmåden. Bemærkninger til fremgangsmåden A. Kontroller 1. Start- og slutkontroller er påkrævet, for at TIGRIS DTS-systemet APTIMAanalysesoftewaren kan fungere korrekt. Positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC skal være i første position og i andensidste position på en arbejdsliste. Denne kontroletiket er lyserød. Etiketteksten er CONTROL + CT PCT / CONTROL GC NGC. Positiv kontrol, GC/negativ kontrol, CT skal være i anden position og i sidste position på en arbejdsliste. Denne kontroletiket er blå-grøn. Etiketteksten er CONTROL + GC PGC / CONTROL CT NCT. 2. Alle APTIMA kontrolreagensglas kan testes én gang. Forsøg på at pipettere mere end en gang fra præparatreagensglasset kan føre til fejl pga. utilstrækkelig mængde. B. Temperatur Stuetemperatur vil sige 15 C til 30 C. C. Handskepudder Som i alle reagenssystemer kan for meget pudder på visse handsker forårsage kontaminering af åbnede reagensglas. Det anbefales at bruge handsker uden pudder. D. Overvågningsprotokol for laboratoriekontaminering til TIGRIS DTS-systemer Der er mange laboratoriespecifikke faktorer, der kan bidrage til kontaminering, inkl. testningsvolumen, arbejdsgangen, sygdomsprævalens og diverse andre laboratorieaktiviteter. Disse faktorer skal tages i betragtning, når hyppigheden af kontamineringsovervågningen fastsættes. Intervaller for kontamineringsovervågning bør fastsættes på grundlag af det enkelte laboratoriums praksis og arbejdsmetoder. Til overvågning af laboratoriekontaminering kan følgende udføres vha. APTIMA prøveudtagningskit til unisex-podning til prøver fra endocervikal og mandlig uretral podning: 1. Afmærk transportrør til podninger med numre, der svarer til de områder, der skal testes. 2. Tag podepinden til prøveudtagning (blå podepind med grøn skrift) ud af emballagen, væd podepinden i prøvetransportmediet, og pensl det pågældende område med en cirkulær bevægelse. 3. Sæt omgående podepinde i transportrøret. 4. Knæk forsigtigt podepinden ved markeringslinjen; pas på indholdet ikke sprøjter. 5. Sæt hætten godt fast på transportrøret til podning. 6. Gentag anvisningen i trin 2 til 5 for hvert område, der podes. Se Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater, hvis resultaterne er CTeller GC-positive eller tvetydige. Der henvises til betjeningsvejledningen til TIGRIS DTSsystemet (TIGRIS DTS System Operator s Manual) ang. yderligere oplysninger om kontamineringsovervågning specielt for TIGRIS DTS-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

28 PANTHER-systemet PANTHER-systemet Reagenser til APTIMA COMBO 2-analyse for CT og GC er beskrevet nedenfor for PANTHER-systemet. Reagenssymbolerne er ligeledes angivet ved siden af reagensbetegnelsen. Vedlagte reagenser og materialer APTIMA COMBO 2 analysekit 100 test (2 æsker og 1 kontrolkit) (Kat. nr ) 250 test (2 æsker og 1 kontrolkit) (Kat. nr ) APTIMA COMBO 2 nedkølet æske (æske 1 af 2) (opbevares ved 2 C til 8 C ved modtagelsen) Symbol A E P TCR-B Komponent APTIMA COMBO 2-amplifikationsreagens Ikke-infektiøse nukleinsyrer tørret i bufferopløsning, der indeholder < 5 % volumenforøgende middel. APTIMA COMBO 2-enzymreagens Revers transkriptase og RNA-polymerase tørret i HEPES bufferopløsning, der indeholder < 10 % volumenforøgende middel. APTIMA COMBO 2-probereagens Ikke-infektiøse kemiluminiscerende DNA-prober tørret i succinatbuffer-opløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. APTIMA COMBO 2-Target capture-reagens B Ikke-infektiøse nukleinsyrer i en bufferopløsning, der indeholder <5 % rengøringsmiddel. Kvantitet Kit med 250 test Kvantitet Kit med 100 test 1 hætteglas 1 hætteglas 1 hætteglas 1 hætteglas 1 hætteglas 1 hætteglas 1 x 0,61 ml 1 x 0,30 ml APTIMA COMBO 2 æske til stuetemperatur (æske 2 af 2) (opbevares ved 15 C til 30 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet Kit med 250 test Kvantitet Kit med 100 test AR APTIMA COMBO 2- amplifikationsrekonstitutionsopløsning Vandig opløsning, der indeholder konserveringsmidler. ER APTIMA COMBO 2- enzymrekonstitutionsopløsning HEPES bufferopløsning, der indeholder overfladeaktivt stof og glycerol. PR APTIMA COMBO 2- proberekonstitutionsopløsning Succinatbufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. 1 x 27,7 ml 1 x 11,9 ml 1 x 11,1 ml 1 x 6,3 ml 1 x 35,4 ml 1 x 15,2 ml APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

29 PANTHER-systemet APTIMA COMBO 2 æske til stuetemperatur (æske 2 af 2) (opbevares ved 15 C til 30 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet Kit med 250 test Kvantitet Kit med 100 test S TCR APTIMA COMBO 2-selektionsreagens 600 mm boratbufferopløsning, der indeholder overfladeaktivt stof. APTIMA COMBO 2-Target capture-reagens Buffersaltopløsning, der indeholder fastfase og capture-oligomere. 1 x 108 ml 1 x 43,0 ml 1 x 54 ml 1 x 26,0 ml Rekonstitueringsmanchetter 3 3 Stregkodeliste for hovedlot 1 liste 1 liste APTIMA kontrolkit (opbevares ved 2 C til 8 C ved modtagelsen) Symbol Komponent Kvantitet PCT/NGC APTIMA positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC Ikke-infektiøs CT-nukleinsyre i en bufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl indeholder anslået rrna tilsvarende 1 CT IFU (5 fg/analyse*). 5 x 1,7 ml PGC/NCT APTIMA positiv kontrol, GC/negativ kontrol, CT Ikke-infektiøs GC-nukleinsyre i en bufferopløsning, der indeholder < 5 % rengøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl indeholder anslået rrna tilsvarende 50 GC-celler (250 fg/analyse*). 5 x 1,7 ml *rrna-ækvivalenserne er beregnet på grundlag af genom-størrelse og anslået DNA-RNA-forhold pr. celle i organismen. Nødvendige materialer, der skal anskaffes separat Bemærk: For materialer, der fås fra Gen-Probe, er katalognummeret anført, med mindre andet er angivet. Kat. nr. PANTHER-systemet APTIMA analysevæskekit (APTIMA vaskeopløsning, APTIMA buffer til deaktiveringsvæske og APTIMA oliereagens) APTIMA Auto Detect Kit (1000 test) (1000 test) Multireagensglasenheder (Multi-tube units, MTU) PANTHER affaldsposekit PANTHER afdækningsstykke til affaldsbeholder Eller PANTHER kørselskit indeholder MTU, affaldsposer, afdækningsstykker til affaldsbeholder, analysevæsker og auto detect (5000 test) APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

30 PANTHER-systemet Spidser, 1000 µl ledende, væskefølsomme (Tecan) APTIMA prøveoverførselskit C til brug med prøver i PreservCyt opløsning APTIMA prøveudtagningskit til vaginal podning APTIMA prøveudtagningskit til unisex-podning til endocervikale og mandlige uretrale podninger APTIMA urinprøveudtagningskit til urinprøver fra mænd og kvinder APTIMA transportrør til urinprøver fra mænd og kvinder Blegemiddel, 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypochloritopløsning Engangshandsker SysCheck kalibreringsstandard APTIMA gennemtrængelige hætter Uigennemtrængelige udskiftningshætter A Ekstra hætter til kittene med 250 test Rekonstitutionsopløsninger til amplifikations- og probereagens CL0041 (100 hætter) Enzymreagens-rekonstitutionsopløsning (100 hætter) TCR og selektionsreagens CL0040 (100 hætter) Ekstra hætter til kittene med 100 test Amplifikations-, enzym- og probereagens- rekonstitutionsopløsninger TCR og selektionsreagens CL0041(100 hætter) (100 hætter) Ekstraudstyr Kat. nr. APTIMA kontrolkit GEN-PROBE blegemiddelforstærker til rutinemæssig rengøring af overflader og udstyr APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

31 PANTHER-systemet Fremgangsmåde ved testning på PANTHER-systemet Bemærk: Se betjeningsvejledningen til PANTHER-systemet (PANTHER System Operator s Manual) for oplysninger vedr. fremgangsmåden. A. Klargøring af arbejdsområde 1. Rengør de arbejdsoverflader, hvor reagenser og prøver skal klargøres. Tør arbejdsoverfladerne af med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypochloritopløsning. Lad natriumhypochloritopløsningen blive på kontaktfladerne i mindst 1 minut, og skyl dernæst efter med vand. Natriumhypochloritopløsningen må ikke tørre. Dæk bordoverfladen, hvor reagenserne og prøverne skal klargøres, med rene, absorberende afdækningsstykker med plastbagbeklædning til laboratorieborde. B. Reagensrekonstituering/klargøring af et nyt kit Bemærk: Reagensrekonstituering bør udføres, inden der påbegyndes arbejde på PANTHER-systemet. 1. Til rekonstituering af amplifikations-, enzym- og probereagenser kombineres flaskerne med frysetørret reagens og rekonstitutionsopløsningen. Hvis rekonstituerede opløsninger er i køleskab, skal de have stuetemperatur inden brug. a. Gruppér hver enkelt rekonstitutionsopløsning med det tilhørende frysetørrede reagens. Kontrollér, at rekonstitutionsopløsningen og reagenset har samme etiketfarve, inden rekonstitueringsmanchetten sættes på. b. Kontrollér lotnumrene på hovedlotstregkodelisten for at sikre, at de korrekte reagenser er grupperet. c. Åbn det frysetørrede reagenshætteglas, og sæt den udskårne ende af rekonstitueringsmanchetten fast i hætteglasåbningen (Figur 3, trin1). d. Åbn den tilhørende flaske med rekonstitutionsopløsning, og læg låget på et rent, afdækket arbejdsbord. e. Hold flasken med rekonstitutionsopløsning på bordet, og sæt den anden ende af rekonstitueringsmanchetten i flasken med fast hånd (Figur 3, trin 2). f. Vend langsomt op og ned på de samlede flasker. Vent på, at opløsningen går fra flasken over i hætteglasset (Figur 3, trin 3). g. Hvirvl forsigtigt opløsningen i flasken rundt, så den blandes. Undgå at der dannes skum, når flasken hvirvles rundt (Figur 3, trin 4). h. Vent på, at det frysetørrede reagens går i opløsning; vend dernæst de samlede flasker igen, idet de tippes i en vinkel på 45, så der dannes mindst muligt skum (Figur 3, trin 5). Vent på, at al væsken går tilbage i plastflasken. i. Tag rekonstitueringsmanchetten og hætteglasset af (Figur 3, trin 6). j. Sæt låg på plastflasken igen. Skriv operatørens initialer og rekonstitueringsdatoen på etiketten (Figur 3, trin 7). k. Bortskaf rekonstitueringsmanchet og hætteglas (Figur 3, trin 8). APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

32 PANTHER-systemet Advarsel: Undgå at der dannes skum, når reagenserne rekonstitueres. Skum påvirker niveauregistreringen i PANTHER-systemet. Figur 3. Rekonstitueringsbehandling på TIGRIS DTS-systemet eller PANTHER-systemet 2. Klargør target capture arbejdsreagenset (Working Target Capture Reagent, wtcr) a. Gruppér de relevante flasker med TCR og TCR-B. b. Kontrollér reagenslotnumrene på hovedlotstregkodelisten for at sikre, at de korrekte reagenser i kittet er grupperet. c. Åbn flasken med TCR, og læg låget på et rent, afdækket arbejdsbord. d. Åbn flasken med TCR-B, og hæld hele indholdet på flasken med TCR. Det kan forventes, at der bliver en lille mængde væske tilbage i flasken med TCR-B. e. Sæt låg på flasken med TCR, og hvirvl forsigtigt opløsningen rundt, så den blandes. Pas på, at der ikke dannes skum i dette trin i processen. f. Skriv operatørens initialer og dags dato på etiketten. g. Kassér TCR-B-flasken og låget. 3. Klargør selektionsreagens a. Kontrollér lotnummeret på reagensflasken for at sikre, at det svarer til lotnummeret på hovedlottets stregkodeliste. b. Skriv operatørens initialer og dags dato på etiketten. Bemærk: Bland omhyggeligt ved at vende alle reagenser forsigtigt om, inden de sættes i systemet. Pas på, der ikke dannes skum, mens reagenserne vendes om. C. Klargøring af reagens (for tidligere rekonstituerede reagenser) 1. Tidligere rekonstituerede amplifikations-, enzym- og probereagenser skal have stuetemperatur (15 C til 30 C), inden analysen påbegyndes. 2. Hvis det rekonstituerede probereagens har udfældning, der ikke bliver opløst ved stuetemperatur, skal flasken med låg opvarmes til en temperatur på højst 62 C i 1 til 2 minutter. Efter en sådan opvarmning kan probereagensen anvendes, selv om der er rester af udfældning. Probereagenser blandes ved at vende dem om; pas på, der ikke dannes skum, inden de sættes i systemet. 3. Bland hvert reagens omhyggeligt ved at vende det forsigtigt om, inden det sættes i systemet. Pas på, der ikke dannes skum, mens reagenserne vendes om. 4. Reagensflaskerne må ikke fyldes helt op. PANTHER-systemet bemærker og afviser flasker, der er helt fyldt op. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

33 PANTHER-systemet D. Prøvehåndtering 1. Vent på, at kontroller og prøver kommer på stuetemperatur, inden behandlingen påbegyndes. 2. Prøver må ikke blandes i vortexmixer. 3. Bekræft visuelt, at hvert præparatreagensglas opfylder et af følgende kriterier: a. Tilstedeværelse af en enkelt blå APTIMA podepind til prøveudtagning i et prøvetransportrør til unisex podning, b. Tilstedeværelse af en enkelt lyserød APTIMA podepind til prøveudtagning i et prøvetransportrør til vaginal podning. c. En endelig urinmængde, der befinder sig mellem de sorte indikatorstreger på transportrøret til urinprøver. d. Fravær af podepind i APTIMA prøvetransportrør til PreservCyt Solution Liquid Papprøver. 4. Efterse præparatreagensglassene, inden de sættes i stativet: a. Hvis der er bobler i rummet mellem væsken og hætten på et præparatreagensglas, skal dette centrifugeres i 5 minutter ved 420 RCF, så boblerne elimineres. b. Hvis der er en mindre mængde i præparatreagensglasset, end der er normalt, når udtagningsanvisningen er blevet fulgt, centrifugeres reagensglasset i 5 minutter ved 420 RCF for at sikre, at der ikke er væske i hætten. c. Hvis væskemængden i et præparatreagensglas til urinprøver ikke er mellem de to sorte indikatorstreger, skal prøven afvises. Hvis der er en mindre mængde i transportrøret til urin, end der er normalt, centrifugeres røret i 5 minutter ved 420 RCF for at sikre, at der ikke er væske i hætten. Overfyldte rør må ikke gennembores. d. Hvis der er udfældning i et urinpræparatreagensglas, skal prøven opvarmes til 37 C i op til 5 minutter. Hvis udfældninget ikke bliver opløst, skal det visuelt sikres, at udfældninget ikke forhindrer, at prøven overføres. Bemærk: Hvis trin 4a-c ikke følges, kan det resultere i, at der spildes væske fra hætten på præparatreagensglasset. Bemærk: Der kan testes op til 3 separate aliquoter fra hvert præparatreagensglas. Forsøg på at pipettere mere end 3 aliquoter fra præparatreagensglasset kan føre til behandlingsfejl. E. Klargøring af systemet 1. Sæt systemet op iht. brugervejledningen til PANTHER-systemet (PANTHER System Operator s Manual) og afsnittet Bemærkninger til fremgangsmåden. Sørg for, at der anvendes reagensstativer og TCR-adaptere af passende størrelse. 2. Isæt prøverne. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

34 PANTHER-systemet Bemærkninger til fremgangsmåden A. Kontroller 1. For at kunne virke korrekt sammen med PANTHER-systemet APTIMAanalysesoftwaren, kræves der et par kontroller. De positive kontrol, CT/negative kontrol, GC og positive kontrol, GC/negative kontrol, CT præparatreagensglas kan isættes i enhver position i stativet eller i enhver prøvegang på PANTHER-systemet. Pipettering af patientprøver begynder, når et af de to følgende forhold er blevet opfyldt: a. Et par kontroller bliver i øjeblikket behandlet i systemet. b. Der er registreret gyldige resultater for kontrollerne i systemet. 2. Når kontrolrørene er blevet pipetteret og behandles for et specifikt reagenskit, kan patientprøverne køres med det tilknyttede kit i op til 24 timer, medmindre: a. Kontrollernes resultater er ugyldige. b. Det tilknyttede analysereagenskit fjernes fra systemet. c. Det tilknyttede analysereagenskit har overskredet stabilitetsgrænserne. 3. Alle APTIMA kontrolreagensglas kan testes én gang. Forsøg på at pipettere mere end en gang fra præparatreagensglasset kan føre til behandlingsfejl. B. Temperatur Stuetemperatur vil sige 15 C til 30 C. C. Handskepudder Som i alle reagenssystemer kan for meget pudder på visse handsker forårsage kontaminering af åbnede reagensglas. Det anbefales at bruge handsker uden pudder. D. Overvågningsprotokol for laboratoriekontaminering til PANTHER-systemer Der er mange laboratoriespecifikke faktorer, der kan bidrage til kontaminering, inkl. testningsvolumen, arbejdsgangen, sygdomsprævalens og diverse andre laboratorieaktiviteter. Disse faktorer skal tages i betragtning, når hyppigheden af kontamineringsovervågningen fastsættes. Intervaller for kontamineringsovervågning bør fastsættes på grundlag af det enkelte laboratoriums praksis og arbejdsmetoder. Til overvågning af laboratoriekontaminering kan følgende udføres vha. APTIMA prøveudtagningskit til unisex-podning til prøver fra endocervikal og mandlig uretral podning: 1. Afmærk transportrør til podninger med numre, der svarer til de områder, der skal testes. 2. Tag podepinden til prøveudtagning (blå podepind med grøn skrift) ud af emballagen, væd podepinden i prøvetransportmediet, og pensl det pågældende område med en cirkulær bevægelse. 3. Sæt omgående podepinde i transportrøret. 4. Knæk forsigtigt podepinden ved markeringslinjen; pas på indholdet ikke sprøjter. 5. Sæt hætten godt fast på transportrøret til podning. 6. Gentag anvisningen i trin 2 til 5 for hvert område, der podes. Se Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater hvis resultaterne er CTeller GC-positive eller tvetydige. Kontakt teknisk support hos Gen-Probe for yderligere oplysninger om specifik kontamineringsovervågning for PANTHER-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

35 Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater A. Fortolkning af test Analyseresultaterne fortolkes automatisk af APTIMA analysesoftwaren vha. APTIMA COMBO 2-protokollen og vises som individuelle CT- og GC-testresultater. Et testresultat kan være negativt, tvetydigt, positivt eller ugyldigt bestemt efter kinetisk type og total RLU i detektionstrinnet (jf. nedenfor). Et testresultat kan være ugyldigt pga. en parameter uden for de normalt forventede områder. Tests, der første gang er tvetydige eller ugyldige, skal tages igen. Total RLU (x1000) der giver CT-resultat Kinetisk type Negativ Tvetydig Positiv Kun CT 1 til < til < til < 4500 CT og GC 1 til < til < til < 4500 CT ubestemt 1 til < til < 4500 N/A Total RLU (x1000) der giver GC-resultat Kinetisk type Negativ Tvetydig Positiv Kun GC 1 til < til < til < 4500 GC og CT 1 til < til < til < 4500 GC ubestemt 1 til < til < 4500 N/A B. Kvalitetskontrolresultater og accept Den positive kontrol, CT/negative kontrol, GC og den positive kontrol, GC/negative kontrol, CT er kontroller for target capture-, amplifikations- og detektionstrinnene i analysen. Yderligere kontroller for cellelysering og RNA-stabilisering kan inkluderes iht. retningslinjer eller krav iht. gældende regulativer eller fra akkrediteringsorganisationer. Den positive kontrol, CT/negative kontrol, GC fungerer som negativ kontrol af GCtestresultaterne. Den positive kontrol, GC/negative kontrol, CT fungerer som negativ kontrol af CT-testresultaterne. Der kan benyttes endnu en negativ kontrol, som brugeren selv skaffer, til overvågning af analysen, hvis dette ønskes. Korrekt klargøring af prøver bekræftes visuelt ved tilstedeværelse af en enkelt APTIMA podepind til prøveudtagning i et transportrør til podninger, en endelig urinmængde mellem de sorte indikatorstreger på transportrøret til urinprøver eller fravær af podepind i et APTIMA reagensglas til prøveoverførsel af flydende Pap-prøver. De positive kontroller skal give følgende testresultater: Kontrol Total RLU (x1000) CT-resultat GC-resultat Positiv kontrol, CT/ negativ kontrol, GC 100 og < 3000 Positiv Negativ Positiv kontrol, GC/ negativ kontrol, CT 150 og < 3000 Negativ Positiv 1. APTIMA analysesoftware evaluerer automatisk kontrollerne efter ovenstående kriterier og rapporterer kørselsstatus som PASS (GODKENDT), hvis kørselskontrolkriterierne er opfyldt, og som FAIL (FEJL), hvis kørselskontrolkriterierne ikke er opfyldt. 2. Hvis kørselsstatus er FAIL (FEJL), er alle testresultater i den pågældende kørsel ugyldige og må ikke rapporteres. 3. Hvert enkelt laboratorium skal implementere hensigtsmæssige kontrolmetoder, der opfylder kravene iht. CLIA-reglerne (afsnit ). Bemærk: Se Fejlfinding, eller kontakt teknisk support hos Gen-Probe for at få hjælp med kontroller, der er uden for området på DTS-systemer. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

36 Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater 4. Et TIGRIS DTS-systemparameter gør det muligt for de enkelte behandlingsenheder at angive en "kontrolgrupperingsfrekvens", således at der kan placeres yderligere kontrolsæt med nærmere bestemte intervaller på arbejdslisten. Hvis dette parameter indstilles, kræver TIGRIS DTS-systemet, at der placeres et kontrolsæt efter det givne antal prøver i kontrolgruppen. TIGRIS DTS-systemet evaluerer automatisk hver enkelt kontrol på arbejdslisten iht. ovenstående kriterier og ugyldiggør alle prøver i de pågældende kontrolgrupper, hvis kontrolkriterierne ikke opfyldes. Der er nærmere oplysninger herom i brugervejledningen til TIGRIS DTS-systemet (TIGRIS DTS System Operator s Manual). 5. Negative kontroller er muligvis ikke effektive mht. overvågning af tilfældig overførsel. Se Analytiske præstation for TIGRIS DTS-systemet ang. resultater af undersøgelse af højtarget analyseoverførsel, der er blevet foretaget for at påvise kontrol af overførsel på TIGRIS DTS-systemet. Se Analytiske præstation for PANTHER-systemet ang. resultater af undersøgelse af høj-target analyseoverførsel, der er blevet foretaget for at påvise kontrol af overførsel på PANTHER-systemet. C. Prøveklargøringskontrol (valgfrit) Den positive kontrol, CT/negative kontrol, GC og den positive kontrol, GC/negative kontrol, CT er inkluderet i kittet som kontroller for target capture-, amplifikations- og detektionstrinnene i analysen og skal inkluderes i hver analysekørsel. Kontroller for cellelysering og RNA-stabilisering i relevante transportmedier (PreservCyt opløsning, STM) kan, hvis dette ønskes, testes iht. kravene fra relevante akkrediteringsorganisationer eller iht. individuelle laboratoriemetoder. Kendte positive prøver kan fungere som kontroller ved at klargøre og teste dem sammen med ukendte prøver. Prøver, der anvendes som klargøringskontroller, skal opbevares, håndteres og testes iht. indlægssedlen. Prøveklargøringskontroller skal fortolkes på samme måde, som anvist til patienttestprøver. Se Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater, Resultater af patienttest. D. Resultater af patienttest 1. Hvis kontrollerne i en kørsel ikke giver de forventede resultater, må testresultaterne fra patientprøver i den pågældende kørsel ikke rapporteres. 2. Resultater af prøver fra podning, PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver og urinprøver. (Se Noter nedenfor.) a. Indledende resultater CT pos CT neg CT tvetydig GC pos GC neg GC tvetydig Ugyldig Positiv for CT rrna. Formodet negativ for CT rrna. Prøven skal testes igen. Positiv for GC rrna. Formodet negativ for GC rrna. Prøven skal testes igen. Prøven skal testes igen. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

37 Fortolkning af test kvalitetskontrol (QC) Patientresultater b. Resultater fra gentagne tests CT pos CT neg CT tvetydig GC pos GC neg GC tvetydig Ugyldig Positiv for CT rrna. Formodet negativ for CT rrna. Ubestemt, der skal udtages en ny prøve. Positiv for GC rrna. Formodet negativ for GC rrna. Ubestemt, der skal udtages en ny prøve. Ubestemt, der skal udtages en ny prøve. Noter: Det anbefales, at præstationsdataene tages med i en grundig overvejelse af fortolkningen af APTIMA COMBO 2-analyseresultater for asymptomatiske personer og personer fra populationer med lav prævalens. Det første gyldige resultat for hver analyt er det resultat, der skal rapporteres. Et negativt resultat udelukker ikke tilstedeværelse af en CT- eller GC-infektion, fordi resultaterne er afhængige af korrekt prøveudtagning, fravær af hæmmere og tilstrækkeligt rrna til detektering. Testresultater kan være påvirket af forkert prøveudtagning, forkert opbevaring af prøver, tekniske fejl og sammenblanding af prøver. Som det er tilfældet ved alle ikke-dyrkningsmetoder kan en positiv prøve fra en patient efter terapeutisk behandling ikke fortolkes som værende en indikation af tilstedeværelse af levedygtig CT eller GC. Som det er tilfældet for alle urinprøvemetoder udelukker et negativt urinresultat fra en kvindelig patient, som er klinisk mistænkt for at have en Chlamydia- eller en gonokokinfektion, ikke tilstedeværelse af CT eller GC i urogenitalsystemet. Det anbefales at teste en endocervikal prøve i sådanne tilfælde. Et negativt urinresultat for GC fra kvinder har en lavere negativ prædiktiv værdi end resultatet af en endocervikal podning. Testning af en endocervikal prøve anbefales for kvindelige patienter, som er klinisk mistænkt for at have Chlamydia- eller gonokokinfektion. Hvis der både udtages en Papprøve og en endocervikal podning, skal PreservCyt Solution Liquid Pap-prøven udtages inden den endocervikale podning. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

38 Begrænsninger Begrænsninger A. Kun personale, som er oplært i fremgangsmåden til denne analyse, må udføre analysen. Hvis anvisningerne i denne indlægsseddel ikke følges, kan det føre til fejlagtige resultater. B. Podningsprøver blev evalueret i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne for interferens fra blod, gynækologiske smøremidler og spermicider. Urinprøver blev evalueret for interferens fra blod, almindeligt brugte vitaminer, mineraler og smertestillende midler uden recept. Interferens fra blod blev også evalueret på TIGRIS DTS-systemet og PANTHER-systemet. Dataene indicerede ingen analyseinterferens fra disse substanser. C. Anvendelse af tamponer, douche og variabler ved prøveudtagning er ikke blevet vurderet mht. indvirkning på detektion af CT eller GC. D. Tilstedeværelse af slim i endocervikale prøver indvirker ikke på detektion af CT eller GC i APTIMA COMBO 2-analysen. For at sikre udtagning af celler, der er inficeret med CT, skal prøven tages i cylinderepitelceller på indersiden i endocervix. Hvis kraftigt slim ikke fjernes, er det ikke sikkert der fås prøver fra disse celler. E. Denne analyse er blevet testet med følgende prøver: Prøver fra endocervikal, vaginal og mandlig uretral podning udtaget af kliniker. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver udtaget af kliniker. Prøver fra vaginal podning udtaget af patienten. Urinprøver fra kvinder og mænd opsamlet af patienten. Præstationen i forbindelse med andre prøver end dem, der er indsamlet vha. følgende prøveudtagningskit, er ikke blevet evalueret: APTIMA prøveudtagningskit til unisex-podning til endocervikale og mandlige uretrale podninger APTIMA urinprøveudtagningskit til urinprøver fra mænd og kvinder APTIMA prøveudtagningskit til vaginal podning APTIMA prøveoverførselskit (til gynækologiske prøver indsamlet i PreservCyt opløsning) Vedr. DTS-systemer PACE prøveudtagningskit til uretrale prøver eller konjunktivale prøver fra mænd (sammen med APTIMA adapterkit) PACE prøveudtagningskit til endocervikale prøver (sammen med APTIMA adapterkit) F. Urinprøve, vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøve er ikke beregnet til at erstatte cervixundersøgelser og endocervikale prøver til diagnosticering af urogenital infektion hos kvinder. Patienter kan have cervicit, urethrit, infektion i urinvejen eller vaginale infektioner, der skyldes andre årsager, eller samtidige infektioner med andre agenter. G. APTIMA COMBO 2 analysen er ikke beregnet til evaluering af mistanke om seksualvold eller til andre retsmedicinske indikationer. For de patienter, for hvem et falsk positivt resultat kan have alvorlige psykosociale følger, anbefaler CDC omtestning (4). H. Pålidelige resultater afhænger af korrekt prøveudtagning. Da transportsystemet, der anvendes til denne analyse, ikke tillader mikroskopisk vurdering af prøvens egnethed, er det nødvendigt at oplære klinikerne i korrekt udtagning af prøver. Der henvises til indlægssedlen til det pågældende GEN-PROBE prøveudtagningskit. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

39 Begrænsninger I. Om en behandling slår fejl eller lykkes, kan ikke bestemmes med APTIMA COMBO 2- analysen, da nukleinsyre kan vedvare efter hensigtsmæssig antimikrobiel terapi. J. Resultater fra APTIMA COMBO 2-analysen skal fortolkes sammen med andre laboratorie- og kliniske data, som klinikeren har til rådighed. K. Et negativt resultat udelukker ikke en mulig infektion, fordi resultaterne afhænger af korrekt prøveudtagning. Testresultaterne kan være påvirket af forkert prøveudtagning, tekniske fejl, sammenblanding af prøver og target-niveauer, der er under analysens detektionsgrænse. L. APTIMA COMBO 2-analysen giver kvalitative resultater. Der kan derfor ikke påvises korrelation mellem størrelsen af et positivt analysesignal og antallet af organismer i en prøve. M. I kliniske undersøgelser af vaginale podninger, endocervikale podninger, mandlige uretrale podninger og urinprøver er præstation for detektering af CT og GC udledt ud fra populationer med høj prævalens. Positive resultater i populationer med lav prævalens bør omhyggeligt fortolkes ud fra forståelsen af, at sandsynligheden for falsk positiv kan være større end for sand positiv. N. I kliniske undersøgelser af PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver er APTIMA COMBO 2- analysepræstation af detektering af CT og GC primært udledt ud fra populationer med lav prævalens. Positive resultater i populationer med lav prævalens bør ikke desto mindre omhyggeligt fortolkes ud fra forståelsen af, at sandsynligheden for falsk positiv kan være større end for sand positiv. O. APTIMA prøveoverførselskittets præstation blev ikke evalueret mht. testning af den samme PreservCyt Solution Liquid Pap-prøve både før og efter ThinPrep Pap-behandling. P. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver behandlet med andre instrumenter end ThinPrep 2000-processoren er ikke blevet evalueret med henblik på anvendelse i APTIMA analyser. Q. Prøver fra vaginal podning udtaget af patienten er en mulighed for screening af kvinder, når en bækkenundersøgelse ellers ikke er indiceret. R. Anvendelse af prøver fra vaginal podning udtaget af patienten er begrænset til klinikker, der har rådgivningspersonale, som kan forklare fremgangsmåden og forholdsreglerne, der skal tages. S. APTIMA COMBO 2-analysen er ikke valideret til anvendelse med prøver fra vaginal podning, som patienter har udtaget hjemme. T. Præstationen vedr. prøver fra vaginal podning er ikke blevet evalueret hos gravide kvinder. U. Præstation for endocervikale, vaginale og mandlige uretrale podningsprøver, mandlige og kvindelige urinprøver og PreservCyt Liquid Pap-prøver er ikke blevet evalueret hos unge under 16 år. V. TIGRIS DTS-systemets præstation er ikke blevet bestemt ved højder over 2240 m (7355 fod) over havets overflade. Yderligere volumetriske verifikationer og analysespecifikke undersøgelser vil blive foretaget forud for eller som del af installationsog accepteringsprocessen i laboratorier i højder over 2240 m (7355 fod) over havets overflade. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

40 Begrænsninger W. PANTHER-systemets præstation er ikke blevet evalueret ved højder over 2000 m (6561 fod) over havets overflade. X. Der er ingen evidens for nedbrydning af nukleinsyre i PreservCyt opløsning. Hvis en PreservCyt Solution Liquid Pap-prøve har mindre CT og GC-cellemateriale, kan der forekomme uensartet distribution af dette cellemateriale. Sammenlignet med direkte prøvetagning med APTIMA prøvetransportmedie resulterer den yderligere mængde PreservCyt opløsning i større fortynding af prøvematerialet. Disse faktorer kan indvirke på evnen til at detektere små antal organismer i det indsamlede materiale. Hvis negative resultater fra prøven ikke stemmer overens med det kliniske indtryk, kan det være nødvendigt at udtage en ny prøve. Y. Kunder skal uafhængigt validere en LIS-overførselsproces. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

41 Forventede værdier i DTS-systemerne Forventede værdier i DTS-systemerne Prævalens Prævalens af CT og/eller GC i patientpopulationer afhænger af risikofaktorer, såsom alder, køn, tilstedeværelse af symptomer, kliniktype og testmetode. En oversigt over prævalens af tre CT og GC sygdomsudfald bestemt med APTIMA COMBO 2-analysen vises i Tabel 1a, 1b og 1c for tre kliniske multicenterundersøgelser efter behandlingsenhed og generelt. Prævalens for C. trachomatis- og/eller N. gonorrhoeae-infektion bestemt med APTIMA COMBO 2-analyse efter behandlingsenhed Tabel 1a: Prøver fra endocervikal og mandlig uretral podning og urinprøver Endocervikal og mandlig uretral podning % prævalens (antal positive/antal testede) Urin % prævalens (antal positive/antal testede) Sted CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ 1 10,0 (39/392) 12,8 (50/392) 14,5 (57/392) 8,4 (33/395) 12,9 (51/395) 13,9 (55/395) 2 7,0 (13/186) 12,9 (24/186) 6,5 (12/186) 5,3 (13/245) 13,9 (34/245) 8,6 (21/245) 3 10,4 (48/462) 22,9 (106/462) 14,3 (66/462) 10,3 (48/465) 20,9 (97/465) 12,7 (59/465) 4 3,3 (9/270) 12,2 (33/270) 7,0 (19/270) 3,3 (9/270) 11,5 (31/270) 6,7 (18/270) 5 1,9 (10/533) 8,4 (45/533) 2,3 (12/533) 2,1 (12/567) 9,4 (53/567) 1,8 (10/567) 6 6,3 (43/678) 12,8 (87/678) 16,2 (110/678) 5,9 (40/681) 10,9 (74/681) 13,5 (92/681) 7 4,4 (11/252) 8,7 (22/252) 21,8 (55/252) 4,1 (12/295) 9,2 (27/295) 18,0 (53/295) Alle 6,2 (173/2773) 13,2 (367/2773) 11,9 (331/2773) 5,7 (167/2918) 12,6 (367/2918) 10,6 (308/2918) Tabel 1b: Prøver fra vaginal podning udtaget af patienten og fra vaginal podning udtaget af kliniker Vaginal podning udtaget af patienten % prævalens (antal positive/antal testede) Vaginal podning udtaget af kliniker % prævalens (antal positive/antal testede) Sted CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ 1 1,8 (4/220) 16,4 (36/220) 4,1 (9/220) 3 (7/230) 15,7 (36/230) 3,5 (8/230) 2 9,6 (19/198) 18,7 (37/198) 6,6 (13/198) 9,5 (19/199) 18,1 (36/199) 7 (14/199) 3 0,9 (1/111) 9 (10/111) 2,7 (3/111) 0,9 (1/113) 9,7 (11/113) 1,8 (2/113) 4 0,4 (1/266) 9 (24/266) 1,9 (5/266) 0,4 (1/267) 11,2 (30/267) 2,2 (6/267) 5 0,5 (1/199) 7,5 (15/199) 0,5 (1/199) 0,5 (1/199) 7 (14/199) 0,5 (1/199) 6 2,8 (8/290) 10 (29/290) 5,5 (16/290) 2 (6/296) 12,2 (36/296) 5,4 (16/296) 7 0 (0/102) 11,8 (12/102) 0 (0/102) 0 (0/102) 9,8 (10/102) 0 (0/102) 8 0 (0/48) 8,3 (4/48) 2,1 (1/48) 0 (0/51) 7,8 (4/51) 2 (1/51) Alle 2,4 (34/1434) 11,6 (167/1434) 3,3 (48/1434) 2,4 (35/1457) 12,1 (177/1457) 3,3 (48/1457) APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

42 Forventede værdier i DTS-systemerne Tabel 1c: PreservCyt Solution Liquid Pap-prøve Sted PreservCyt Liquid Pap % prævalens (antal positiv/antal testet) CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ 1 3,0 (3/100) 13,0 (13/100) 2,0 (2/100) 2 0 (0/124) 3,2 (4/124) 0,8 (1/124) 3 0,4 (2/475) 6,1 (29/475) 0,4 (2/475) 4 0,4 (1/287) 4,2 (12/287) 0 (0/287) 5 0 (0/297) 5,1 (15/297) 1,0 (3/297) 6 0 (0/364) 5,5 (20/364) 0,6 (2/364) ALLE 0,4 (6/1647) 5,6 (93/1647) 0,6 (10/1647) CT- og GC-prævalens blev beregnet vha. APTIMA COMBO 2- analyseresultater af PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. Positive og negative prædiktive værdier for hypotetiske prævalensgrader i Nordamerika Anslåede positive og negative prædiktive værdier (PPV og NPV) for diverse prævalensgrader ud fra APTIMA COMBO 2-analysen vises i Tabel 2 og 3 for henholdsvis CT og GC. Disse beregninger er baseret på en hypotetisk prævalens og generel sensitivitet og specificitet anslået ud fra patientinfektionsstatus i to kliniske multicenterundersøgelser. Generel sensitivitet og specificitet for CT var hhv. 96,1 % og 98,0 % (Tabel 2). Generel sensitivitet og specificitet for GC var hhv. 97,8 % og 99,2 % (Tabel 3). De faktiske PPV og NPV beregnet vha. de kliniske forsøgsdata vises i Tabel 6a og 10a (podnings- og urinprøver), Tabel 6b og 10b (vaginale podningsprøver) og Tabel 6c og 10c (PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver). Tabel 2: Hypotetisk PPV og NPV for CT Prævalensgrad (%) Sensitivitet (%) Specificitet (%) Positiv prædiktiv værdi (%) Negativ prædiktiv værdi (%) Tabel 3: Hypotetisk PPV og NPV for GC Prævalensgrad (%) Sensitivitet (%) Specificitet (%) Positiv prædiktiv værdi (%) Negativ prædiktiv værdi (%) 1 96,1 98,0 33,1 100,0 1 97,8 99,2 55,3 100,0 2 96,1 98,0 50,0 99,9 2 97,8 99,2 71,4 100,0 5 96,1 98,0 72,0 99,8 5 97,8 99,2 86,6 99, ,1 98,0 84,5 99, ,8 99,2 93,2 99, ,1 98,0 89,6 99, ,8 99,2 95,6 99, ,1 98,0 92,4 99, ,8 99,2 96,8 99, ,1 98,0 94,2 98, ,8 99,2 97,6 99, ,1 98,0 95,4 98, ,8 99,2 98,1 99,0 APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

43 DTS-systemers kliniske præstation DTS-systemers kliniske præstation Se Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet efter afsnittet DTS-systemers analytiske præstation ang. kliniske præstation specielt for TIGRIS DTSsystemer. Resultater af kliniske undersøgelser Præstation for APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemer blev fastsat i tre kliniske multicenterundersøgelser i Nordamerika. I den første kliniske multicenterundersøgelse blev endocervikale og mandlige uretrale podninger udtaget af kliniker samt urinprøver fra mænd og kvinder fra 1363 mandlige og 1569 kvindelige forsøgspersoner tilmeldt syv geografisk forskellige behandlingsenheder evalueret. I den anden kliniske multicenterundersøgelse blev prøver fra vaginal podning udtaget af patienten og af kliniker fra 1464 kvindelige forsøgspersoner tilmeldt otte geografisk forskellige behandlingsenheder evalueret. I den tredje kliniske multicenterundersøgelse blev PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver fra 1647 forsøgspersoner tilmeldt seks behandlingsenheder evalueret. I præstationsberegninger baseret på symptomstatus blev forsøgspersoner, som rapporterede symptomer, såsom sekretion, dysuri og bækkensmerter, klassificeret som symptomatiske. Forsøgspersonerne, som ikke rapporterede symptomer, blev klassificeret som asymptomatiske. Klinisk undersøgelse af prøver fra endocervikal podning og mandlig uretral podning samt urinprøver I den kliniske multicenterundersøgelse af prøver fra endocervikal podning og uretral podning samt urinprøver, var der tilmeldt 2932 symptomatiske og asymptomatiske mandlige og kvindelige forsøgspersoner, som kom på klinikker til seksuelt overførte sygdomme (STD), OB/GYN-klinikker og børnebegrænsningsklinikker, til undersøgelsen. Der blev udtaget op til tre uretrale podninger og én urinprøve fra de mandlige forsøgspersoner og fire endocervikale podninger og én urinprøve fra kvindelige forsøgspersoner. For mænd, der bidrog med én uretral podning, inkluderede testning kun GC-dyrkning. For mænd, der bidrog med tre podninger, inkluderede testning GC-dyrkning, APTIMA COMBO 2-analyse og en NAAT-test, der fås i handlen, for CT og GC. Testning af endocervikale podninger inkluderede APTIMA COMBO 2-analyse, to NAAT'er, der fås i handlen, for CT, én NAAT, der fås i handlen, for GC og GC-dyrkning. Podningen til GC-dyrkning blev udtaget først, og udtagningsrækkefølgen for de resterende podninger blev roteret for at minimere udtagningsbias. Urin blev testet med APTIMA COMBO 2-analyse, to NAAT'er, der fås i handlen, for CT og én amplifikationsanalyse, der fås i handlen, for GC. De amplifikationsanalyser, der fås i handlen, blev benyttet som referenceanalyser i denne kliniske undersøgelse af APTIMA COMBO 2-analyse. Alle præstationsberegninger blev foretaget på grundlag af det samlede antal resultater af APTIMA COMBO 2-analyser af prøver fra endocervikal og mandlig uretral podning og urinprøver fra mænd og kvinder, sammenlignet med en algoritme for patientinfektionsstatus for hvert køn. I hver kønsspecifik algoritme blev angivelsen af en forsøgsperson som værende inficeret, ikke-inficeret eller ikke konklusiv baseret på en kombination af resultaterne af referencetests med NAAT af endocervikal og mandlig uretral podning samt urinprøver. Mht. CT-infektion blev forsøgspersonen betegnet som inficeret, hvis der var to positive resultater af referencetests med NAAT i en hvilken som helst kombination af podning og urinprøve. Hvis alle referenceanalyseresultater var negative, blev forsøgspersonen betegnet som ikke-inficeret. Forsøgspersonen blev betegnet som ikke konklusiv, hvis der kun var ét positivt resultat. Mht. GC-infektion blev forsøgspersonen betegnet som inficeret, hvis der var en positiv dyrkning og positive resultater af podning eller urinprøver i referenceamplifikationsanalysen. En negativ dyrkning og et enkelt positivt resultat af referenceamplifikationsanalyse resulterede i en ikke APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

44 DTS-systemers kliniske præstation konklusiv status. Hvis alle referenceanalyseresultater var negative, blev forsøgspersonen betegnet som ikke-inficeret. Tabel 7a, 7b, 7c, 8, 11a, 11b, 11c, og 12 giver en oversigt over udfald af test for de to reference NAAT er og APTIMA COMBO 2-analysen for forsøgspersoner i kliniske forsøg. Resultater af APTIMA COMBO 2-analyse af prøver fra endocervikal og mandlig uretral podning udtaget af kliniker og af urinprøver fra mænd og kvinder blev sammenlignet med algoritmen for patientinfektionsstatus til bestemmelse af sensitivitet, specificitet og prædiktive værdier. Der blev anvendt i alt CT- og GC-testresultater i dataanalysen. Sensitivitet og specificitet for CT efter køn, prøvetype og symptomstatus fremgår af Tabel 5a. Tabel 6a viser APTIMA COMBO 2-analysens sensitivitet, specificitet og prædiktive værdier for CT sammenlignet med patientinfektionsstatus for hver behandlingsenhed og generelt. Sensitivitet og specificitet for detektion af GC efter køn, prøvetype og symptomstatus fremgår af Tabel 9a. Tabel 10a viser sensitivitet, specificitet og prædiktive værdier for GC i APTIMA COMBO 2-analyse sammenlignet med patientinfektionsstatus for hver behandlingsenhed og generelt. Prøver, der var positive i APTIMA COMBO 2-analysen og havde negativ patientinfektionsstatus (dvs. tilsyneladende falsk positive prøver), blev testet i alternative GEN-PROBE amplifikationsanalyser for CT og GC. Disse analyser amplificerer CT- og GCsekvenser, der er forskellige fra de sekvenser, der amplificeres i APTIMA COMBO 2- analysen. Testningen blev udført på prøverne hver for sig (dvs. ikke nødvendigvis på grupperede podnings- og urinprøver), og resultaterne af de alternative amplifikationsanalyser blev ikke brugt til at ændre den originale patientkategorisering (Tabel 5a og 9a). Prøver fra endocervikal podning blev evalueret for indvirkning af blod på CT- og GCanalysepræstation. Af de 2454 prøver, der blev evalueret for CT-præstation, indeholdt 234 (9,5 %) blod. Af de 2829 prøver, der blev evalueret for GC-præstation, indeholdt 247 (8,7 %) blod. Hverken CT- eller GC-analysepræstationen var statistisk anderledes for prøver, der indeholdt blod, end for prøver, der ikke indeholdt blod. Der er yderligere data vedr. testning af blod i afsnittet Interfererende stoffer. Analysepræstationen vedr. prøver fra endocervikal podning og urinprøver fra gravide kvinder blev vurderet i den kliniske undersøgelse. For CT var sensitivitet for prøver fra endocervikal podning og urinprøver henholdsvis 100 % (8/8) og 100 % (8/8). Specificitet for prøver fra endocervikal podning og urinprøver var henholdsvis 95,8 % (23/24) og 100 % (24/24). For GC var sensitivitet for prøver fra endocervikal podning og urinprøver henholdsvis 100 % (8/8) og 100 % (8/8). Specificitet for prøver fra endocervikal podning og urinprøver var henholdsvis 100 % (26/26) og 100 % (26/26). Af de testresultater af APTIMA COMBO 2-analyse fra denne kliniske multicenterundersøgelse var tre CT-resultater og ni GC-resultater tvetydige ved gentagen testning og blev udelukket fra analysen. Èn prøve var ugyldig både mht. resultater for CT og GC og blev udelukket fra undersøgelsen. Klinisk undersøgelse af prøver fra vaginal podning I den kliniske multicenterundersøgelse af vaginal podning blev 1464 symptomatiske og asymptomatiske kvindelige forsøgspersoner, som kom på klinikker til seksuelt overførte sygdomme (STD), OB/GYN-klinikker, ungdomsklinikker og børnebegrænsningsklinikker, tilmeldt den kliniske undersøgelse. Af de 646 asymptomatiske forsøgspersoner, der deltog i undersøgelsen, var to under 16 år, 158 var mellem 16 og 20, 231 var mellem 21 og 25, og 255 var over 25 år. Af de 818 symptomatiske forsøgspersoner, der deltog i undersøgelsen, var 160 mellem 16 og 20 år, 324 var mellem 21 og 25, og 334 var over 25 år. Der blev indsamlet fem prøver fra hver egnet forsøgsperson; én urinprøve, én vaginal podning udtaget af patienten; én vaginal podning udtaget af kliniker og to randomiserede endocervikale APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

45 DTS-systemers kliniske præstation podninger. Resultater af APTIMA COMBO 2-analyse blev genereret fra de to vaginale podninger, én af de endocervikale podninger og en aliquot fra urinprøven. Den anden endocervikale podning og en anden aliquot fra urinprøven blev testet med en anden NAAT, der fås i handlen, for CT og med en anden NAAT, der fås i handlen, for GC. Prøver fra endocervikal podning og urinprøver, der blev testet med APTIMA COMBO 2-analyse og de andre NAAT'er, der fås i handlen, blev anvendt som reference-naat'er til bestemmelse af infektionsstatus for hver enkelt forsøgsperson i den kliniske undersøgelse af prøver fra vaginal podning. Prøvetestning blev udført enten på den behandlingsenhed, hvor forsøgspersonen var tilmeldt, eller på et eksternt teststed. Alle præstationsberegninger blev baseret på det samlede antal APTIMA COMBO 2- analyseresultater af vaginale podninger udtaget af patienten og af kliniker sammenlignet med en algoritme for patientinfektionsstatus. Der blev anvendt i alt 2073 testresultater af vaginale podninger for CT- og 2073 testresultater af vaginale podninger for GC i dataanalysen. I algoritmen blev angivelsen af en forsøgsperson som værende inficeret eller ikke-inficeret med CT eller GC baseret på resultater af endocervikal podning og urinprøver fra APTIMA COMBO 2-analysen, der fås i handlen, og den anden NAAT-test, der fås i handlen. Forsøgspersonerne blev betragtet som inficeret med CT eller GC, hvis to af de fire endocervikale podnings- og urinprøver var positive i APTIMA COMBO 2-analysen og den anden reference-naat (én prøve var positiv i hver NAAT). Forsøgspersonerne blev betragtet som ikke-inficerede, hvis mindre end to resultater af reference-naat var positive. Tabel 7b og 11b giver en oversigt over antallet af resultater fra symptomatiske og asymptomatiske forsøgspersoner betegnet som inficerede eller ikke-inficerede med henholdsvis CT eller GC, iht. algoritmen for patientinfektionsstatus. I denne kliniske undersøgelse blev der anvendt to NAAT'er, der fås i handlen, til bestemmelse af GC-infektionsstatus. Dyrkning blev ikke anvendt som referencetest, da APTIMA COMBO 2-analysen allerede er blevet evalueret i forhold til dyrkning for andre prøvetyper (se afsnittet Klinisk undersøgelse af prøver fra endocervikal podning og mandlig uretral podning samt urinprøver vedr. nærmere oplysninger). Sensitivitet og specificitet for CT efter køn, prøvetype og symptomstatus fremgår af Tabel 5b. Tabel 6b viser APTIMA COMBO 2-analysens sensitivitet, specificitet og prædiktive værdier for CT sammenlignet med patientinfektionsstatus for hver behandlingsenhed og generelt. Sensitivitet og specificitet for detektion af GC efter køn, prøvetype og symptomstatus fremgår af Tabel 9b. Tabel 9b viser sensitivitet, specificitet og prædiktive værdier for GC i APTIMA COMBO 2-analyse sammenlignet med patientinfektionsstatus for hver behandlingsenhed og generelt. Prøver, der var positive i APTIMA COMBO 2-analysen og havde negativ patientinfektionsstatus (dvs. tilsyneladende falsk positive prøver) blev testet i alternative TMA-analyser for CT and GC; disse alternative TMA-analyser er rettet mod sekvenser, som er unikke i forhold til sekvenser, APTIMA COMBO 2-analysen rettes mod. Resultaterne af de alternative TMA-analyser blev ikke brugt til at ændre den oprindelige patientkategorisering (Tabel 5b og 9b). Af de 1464 forsøgspersoner, der deltog, var der 13 forsøgspersoner med ukendt patientinfektionsstatus mht. CT og 14 forsøgspersoner med ukendt patientinfektionsstatus mht. Forsøgspersoner blev betegnet med ukendt patientinfektionsstatus, hvis resultaterne manglede, så en konklusiv bestemmelse af infektionsstatus ikke kunne foretages. Disse forsøgspersoners resultater blev ikke inkluderet i præstationsberegninger. Af de 5782 resultater af APTIMA COMBO 2-analyse af vaginale podninger fra den kliniske multicenterundersøgelse var der en lille procentdel (28, 0,5 %) af prøverne fra vaginal podning, der ved den første test var ugyldige eller tvetydige mht. CT eller GC. Ved gentagen testning var kun tre CT-resultater og to GC -resultater tvetydige, og de blev udelukket fra analysen. Ingen prøver var ugyldige ved gentaget testning. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

46 DTS-systemers kliniske præstation Klinisk undersøgelse af PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver En prospektiv klinisk multicenterundersøgelse blev foretaget til evaluering af anvendelse af PreservCyt opløsning (en komponent i ThinPrep 2000-systemet) som et alternativt medie til gynækologiske prøver til detektion af CT og GC. Ettusindesekshundredeogsyvogfyrre (1647) symptomatiske og asymptomatiske kvindelige forsøgspersoner, der kom på OB/GYNklinikker, børnebegrænsningsklinikker, offentlige sundhedsklinikker, kvindeklinikker og klinikker til seksuelt overførte sygdomme (STD) blev evalueret i den kliniske undersøgelse. Af 1647 tilgængelige forsøgspersoner var 1288 asymptomatiske og 359 var symptomatiske. Der var tilmeldt forsøgspersoner fra behandlingsenheder med CT-prævalens i området 3,2 % til 14,0 % og GC-prævalens i området 0 % til 5,0 %. Der blev udtaget to prøver fra hver egnet forsøgsperson: én PreservCyt Solution Liquid Pap-prøve og én endocervikal podning. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver blev behandlet iht. brugervejledningen til ThinPrep 2000-processoren (ThinPrep 2000 Processor Operator s Manual) og indlægssedlen til APTIMA prøveoverførselskit. Efter behandling af PreservCyt Solution Liquid Pap-prøven på ThinPrep 2000-processoren, blev prøven overført til APTIMA prøveoverførselskittet til testning med APTIMA COMBO 2-analysen. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøverne og prøverne fra endocervikal podning blev testet med APTIMA COMBO 2-analysen. Sensitivitet og specificitet for PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver blev beregnet ved at sammenligne resultaterne med en algoritme for patientinfektionsstatus. I algoritmen var angivelsen af en forsøgsperson som værende inficeret eller ikke-inficeret med CT eller GC baseret på resultater af prøver af endocervikal podning fra to NAAT'er, der fås i handlen (Tabel 7c og Tabel 11c). For CT, inkluderede reference-naat'er APTIMA COMBO 2-analysen og APTIMA CT-analysen. For GC inkluderede reference-naat'er APTIMA COMBO 2- analysen og APTIMA GC-analysen. Der skulle være positive resultater fra begge reference NAAT'er for at fastsætte, at en patient var inficeret. Det blev fastsat, at en patient var ikkeinficeret, hvis resultaterne fra de to reference-naat'er ikke stemte overens eller var negative. Sensitivitet og specificitet for CT i PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver, der blev testet med APTIMA COMBO 2-analysen, vises i Tabel 5c efter symptomstatus og generelt. For CT var den generelle sensitivitet 96,7 % (87/90). Hos symptomatiske og asymptomatiske forsøgspersoner var sensitiviteten henholdsvis 96,7 % (29/30) og 96,7 % (58/60). Generel specificitet for CT i PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver var 99,2 % (1545/1557). Hos symptomatiske og asymptomatiske forsøgspersoner var specificiteten henholdsvis 98,5 % (324/329) og 99,4 % (1221/1228). Tabel 6c viser APTIMA COMBO 6-analysens sensitivitetsog specificitetsværdier for CT i PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver efter behandlingsenhed og generelt. For CT ligger sensitiviteten i området 92,9 % til 100 %. Specificiteten ligger i området 97,7 % til 100 %. Sensitivitet og specificitet for GC i PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver, der blev testet med APTIMA COMBO 2-analysen, vises i Tabel 9c efter symptomstatus og generelt. For GC var den generelle sensitivitet 92,3 % (12/13). Hos symptomatiske og asymptomatiske forsøgspersoner var sensitiviteten henholdsvis 100 % (7/7) og 83,3 % (5/6). Generel specificitet for GC i PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver var 99,8 % (1630/1634). Hos symptomatiske og asymptomatiske forsøgspersoner var specificiteten henholdsvis 100 % (352/352) og 99,7 % (1278/1282). Tabel 10c viser APTIMA COMBO 2-analysens sensitivitets- og specificitetsværdier for GC i PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver efter behandlingsenhed og generelt. For GC ligger sensitiviteten i området 80,0 % til 100 %. Specificitet ligger i området 99,0 % til 100 %. Der er en oversigt over distributionen af cervikale prøveudtagningsanordninger, der er anvendt i denne kliniske undersøgelse, efter behandlingsenhed i Tabel 4. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

47 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 4: Oversigt over cervikale prøveudtagningsanordninger, der er anvendt i undersøgelsen af PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver Cervikal Klinisk indsamlingssted prøveudtagningsanordning I alt Spatel/cyto-børste Anordning af børstetypen Præstationstabeller vedr. Chlamydia trachomatis Sensitivitet og specificitet vedr. C. trachomatis Tabel 5a: APTIMA COMBO 2-analyseprøver i forhold til patientinfektionsstatus Mænd Prøve Podning Urin Symptomstatus N SP FP 4 SN FN Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) Sympt a ,4 % (92,8 98,6) 96,9 % (94,9 98,2) Asympt b ,6 % (86,7 98,5) 98,4 % (96,3 99,5) Alle c ,9 % (92,9 98,0) 97,5 % (96,1 98,5) Sympt d ,5 % (95,7 99,7) 98,4 % (96,8 99,3) Asympt e ,3 % (89,4 99,2) 98,8 % (96,8 99,7) Alle f ,9 % (95,4 99,2) 98,5 % (97,4 99,2) Kvinder I alt Podning Urin Podning Urin Sympt g ,4 % (86,7 96,1) 96,7 % (95,1 97,9) Asympt h ,4 % (91,3 100) 98,8 % (97,4 99,6) Alle i ,2 % (90,1 97,0) 97,6 % (96,6 98,4) Sympt j ,8 % (88,5 97,1) 98,8 % (97,7 99,5) Asympt k ,8 % (88,8 99,6) 99,0 % (97,7 99,7) Alle l ,7 % (90,7 97,3) 98,9 % (98,1 99,4) Sympt m ,7 % (91,8 96,8) 96,8 % (95,6 97,7) Asympt n ,3 % (91,6 98,8) 98,7 % (97,6 99,3) Alle o ,2 % (92,9 96,9) 97,6 % (96,8 98,2) Sympt p ,5 % (94,0 98,2) 98,6 % (97,8 99,2) Asympt q ,5 % (92,0 98,8) 98,9 % (97,9 99,5) Alle r ,5 % (94,5 98,0) 98,7 % (98,2 99,2) SP = sand positiv; FP = falsk positiv; SN = sand negativ; FN = falsk negativ. 1 Inkluderer 1 mandlig forsøgsperson, som der ikke blev rapporteret symptomer for. 2 Inkluderer 1 kvindelig forsøgsperson, som der ikke blev rapporteret symptomer for. 3 Inkluderer 1 mandlig og 1 kvindelig forsøgsperson, som der ikke blev rapporteret symptomer for. 4 Alternative TMA-resultater for CT står for antal positive resultater/antal prøver testet: a: 11/14; b: 3/5; c: 14/19; d: 4/8; e: 0/4; f: 4/12; g: 18/22; h: 4/6; i: 22/28; j: 2/8; k: 1/5; l: 3/13, m: 29/36, n: 7/11, o: 36/47, p: 6/16, q: 1/9 og r: 7/25. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

48 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 5b: Prøver fra vaginal podning testet med APTIMA COMBO 2-analyse i forhold til patientinfektionsstatus Udtaget af patienten Udtaget af kliniker Prøve Vaginal podning Vaginal podning Symptomstatus N SP FP 1 SN FN Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) Asympt a ,4 % (91,2 100) 96,8 % (95,0 98,1) Sympt b ,5 % (91,3 99,0) 96,4 % (94,7 97,7) Asympt c ,7 % (88,7 99,6) 97,2 % (95,5 98,4) Alle d ,6 % (92,7 98,7) 96,8 % (95,6 97,7) SP = sand positiv; FP = falsk positiv; SN = sand negativ; FN = falsk negativ. 1 Alternative TMA-amplifikationsresultater for CT står for antal positive resultater/antal prøver testet: a: 15/18, b: 17/25, c: 15/16 og d: 32/41. Tabel 5c: PreservCyt-prøver testet med APTIMA COMBO 2-analyse i forhold til patientinfektionsstatus Symptomstatus Asympt. AC2/CT PreservCyt-resultat +/+ +/- -/+ -/- Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) Positiv Negativ I alt ,7 % (88,5-99,6) 99,4 % (98,8-99,8) Sympt. Alle Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt ,7 % (82,8-99,9) 98,5 % (96,5-99,5) 96,7 % (90,6-99,3) 99,2 % (98,7-99,6) +/+ = positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i ACT-analysen. +/- = positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i ACT-analysen. -/+ = negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i ACT-analysen. -/- = negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i ACT-analysen. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

49 DTS-systemers kliniske præstation Præstation efter behandlingsenhed for C. trachomatis Tabel 6a: APTIMA COMBO 2-analyseprøve i forhold til Patientinfektionsstatus Mænd Prøve Sted N SP FP SN FN Podning Urin Præv (%) Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) ,9 97,2 % (85,5 99,9) 95,0 % (89,5 98,2) 85,4 99, ,4 100 % (82,4 100) 97,3 % (90,6 99,7) 90, ,5 97,4 % (91,0 99,7) 97,1 % (93,3 99,0) 93,8 98, ,5 100 % (73,5 100) 97,4 % (86,5 99,9) 92, ,1 96,0 % (79,6 99,9) 100 % (96,8 100) , ,4 93,7 % (85,8 97,9) 97,8 % (95,3 99,2) 92,5 98, ,0* 90,9 % (70,8 98,9) 100 % (29,2 100) ,0 Alle ,4 95,9 % (92,9 98,0) 97,5 % (96,1 98,5) 92,9 98, ,9 97,2 % (85,5 99,9) 95,0 % (89,5 98,2) 85,4 99, ,9 100 % (84,6 100) 98,6 % (92,7 100) 95, ,3 100 % (95,4 100) 100 % (95,8 99,9) 97, ,5 100 % (73,5 100) 98,8 % (91,0 100) ,1 100 % (88,8 100) 98,5 % (94,6 99,8) 93, ,4 93,7 % (85,8 97,9) 99,6 % (98,0 100) 98,7 98, ,9* 100 % (85,8 100) 100 % (29,2 100) Alle ,8 97,9 % (95,4 99,2) 98,5 % (97,4 99,2) 95,8 99,3 PPV (%) NPV (%) Kvinder Podning Urin ,0 94,4 % (81,3 99,3) 96,5 % (91,3 99,0) 89,5 98, ,8 91,7 % (61,5 99,8) 98,6 % (92,2 100) 91,7 98, ,0 89,5 % (78,5 96,0) 89,8 % (83,1 94,4) 79,7 95, ,8 100 % (87,2 100) 98,8 % (95,8 99,9) 93, ,6 96,4 % (81,7 99,9) 99,7 % (98,4 100) 96,4 99, ,5 94,6 % (81,8 99,3) 97,0 % (94,0 98,8) 83,3 99, ,5 100 % (69,2 100) 100 % (97,1 100) Alle ,9 94,2 % (90,1 97,0) 97,6 % (96,6 98,4) 87,4 99, ,0 94,4 % (81,3 99,3) 96,5 % (91,3 99,0) 89,5 98, ,8 100 % (73,5 100) 98,6 % (92,2 100) 92, ,8 94,7 % (85,4 98,9) 97,7 % (93,3 99,5) 94,7 97, ,8 88,9 % (70,8 97,6) 98,8 % (95,8 99,9) 92,3 98, ,9 96,6 % (82,2 99,9) 99,4 % (97,9 99,9) 93,3 99, ,4 94,6 % (81,8 99,3) 99,6 % (97,7 100) 97,2 99, ,5 100 % (69,2 100) 100 % (97,1 100) Alle ,0 94,7 % (90,7 97,3) 98,9 % (98,1 99,4) 93,8 99,1 SP = sand positiv; FP = falsk positiv; SN = sand negativ; FN = falsk negativ. * Prævalens er overvurderet, fordi indledende indsamling var begrænset til screening for symptomatiske forsøgspersoner. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

50 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 6b: Prøver fra vaginal podning testet med APTIMA COMBO 2-analyse i forhold til patientinfektionsstatus Udtaget af patienten Prøve Sted N SP FP SN FN Vaginal podning Præv. (%) Sensitivitet (95% C.I.) Specificitet (95% C.I.) ,0 100 % (76,8 100) 94,6 % (85,1 98,9) 82, ,9 100 % (75,3 100) 90,6 % (75,0 98,0) 81, ,9 100 % (39,8 100) 95,1 % (83,5 99,4) 66, ,6 85,7 % (42,1 99,6) 99,7 % (94,1 99,6) 66,7 99, ,4 100 % (59,0 100) 97,6 % (93,0 99,5) 70, ,7 100 % (63,1 100) 97,0 % (89,6 99,6) 80, ,4 100 % (47,8 100) 98,4 % (91,5 100) 83, ,0 100 % (29,2 100) 97,5 % (86,8 99,9) 75,0 100 Alle ,7 98,4 % (91,2 100) 96,8 % (95,0 98,1) 76,9 99,8 PPV (%) NPV (%) Udtaget af kliniker Vaginal podning ,9 94,4 % (81,3 99,3) 95,3 % (91,2 97,8) 79,1 98, ,5 96,2 % (86,8 99,5) 96,5 % (92,1 98,9) 90,9 98, ,0 100 % (66,4 100) 97,1 % (91,8 99,4) 75, ,6 95,0 % (75,1 99,9) 95,5 % (92,0 97,7) 63,3 99, ,5 100 % (75,3 100) 98,9 % (96,2 99,9) 86, ,1 100 % (89,4 100) 96,6 % (93,6 98,4) 78, ,8 90,0 % (55,5 99,7) 98,9 % (94,1 100) 90,0 98, ,0 100 % (29,2 100) 97,9 % (88,7 99,9) 75,0 100 Alle ,2 96,6 % (92,7 98,7) 96,8 % (95,6 97,7) 80,6 99,5 SP = sand positiv; FP = falsk positiv; SN = sand negativ; FN = falsk negativ. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

51 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 6c: PreservCyt-prøver testet med APTIMA COMBO 2-analyse i forhold til patientinfektionsstatus Sted Alle AC2/CT PreservCytresultat +/+ +/- -/+ -/- Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Præv (%) Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) PPV (%) NPV (%) 14,0 100 % (76,8-100) 97,7 % (91,9-99,7) 87, ,2 100 % (39,8-100) 100 % (97,0-100) ,5 93,5 % (78,6-99,2) 99,5 % (98,4-99,9) 93,5 99,5 2,8 100 % (63,1-100) 98,2 % (95,9-99,4) 61, ,7 92,9 % (66,1-99,8) 99,3 % (97,5-99,9) 86,7 99,6 5,2 100 % (82,4-100) 99,7 % (98,4-100) 95, ,5 96,7 % (90,6-99,3) 99,2 % (98,7-99,6) 87,9 99,8 +/+ = positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i ACT-analysen. +/- = positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i ACT-analysen. -/+ = negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i ACT-analysen. -/- = negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i ACT-analysen. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

52 DTS-systemers kliniske præstation Chlamydia trachomatis-analyse for patientinfektionsstatus for kvinder Tabel 7a: Prøver fra endocervikal podning og urinprøver APTIMA COMBO 2- NAAT 1 NAAT 2 Patientinfektionsstatus analyse Symptomstatus FU FS FU FS FU FS Sympt. Asympt. Inficeret N/A N/A Inficeret N/A + N/A Inficeret N/A Inficeret - + N/A Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret + N/A Inficeret + - N/A Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret + + N/A Inficeret N/A Inficeret Inficeret N/A Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret N/A 1 0 Inficeret Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret N/A 2 1 Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret I alt FU = urin fra kvinde; FS = endocervikal podning fra kvinde. "N/A" står for prøver, der ikke er indsamlet eller ikke tilgængelig til testning. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

53 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 7b: Prøve fra vaginal podning udtaget af patienten og udtaget af kliniker Patient- NAAT 2 (APTIMA APTIMA COMBO NAAT 1 Symptomstatus infektions- COMBO 2) 2- analyse I alt status FS FU FS FU PVS CVS Sympt. Asympt. Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret N/A Inficeret Inficeret Inficeret N/A Inficeret + = Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret - N/A Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret = Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret N/A N/A Ikke-inficeret N/A = Ikke-inficeret = Ikke-inficeret - N/A Ikke-inficeret - N/A - - N/A Ikke-inficeret - = Ikke-inficeret - = N/A Ikke-inficeret = APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

54 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 7b: Prøve fra vaginal podning udtaget af patienten og udtaget af kliniker (forts.) Patientinfektionsstatus Patientinfektionsstatus Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret - - N/A Ikke-inficeret - - = Ikke-inficeret - - = I alt FS = endocervikal podning fra kvinde; FU = urin fra kvinde; PVS = vaginal podning udtaget af asymptomatisk patient; CVS = vaginal podning udtaget af kliniker. "N/A" står for prøver, der ikke er indsamlet eller ikke tilgængelig til testning. Lighedstegnet (=) står for tvetydig ved gentagen testning. Tabel 7c: PreservCyt Solution Liquid Pap-prøve klinisk undersøgelse resultat af patientinfektionsstatus for C. trachomatis NAAT 1 NAAT 2 (APTIMA COMBO 2) APTIMA COMBO 2- analyse Resultat af endocervikal Symptomstatus podning AC2 ACT Sympt. Asympt. Inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret I alt Symptomstatus FS FU FS FU PVS CVS Sympt. Asympt. I alt C. trachomatis-analyse for patientinfektionsstatus for mænd Tabel 8: C. trachomatis-analyse af prøver fra uretral podning og urinprøver for patientinfektionsstatus for mænd APTIMA COMBO 2- NAAT 1 NAAT 2 Patientinfektionsstatus analyse Symptomstatus MU MS MU MU MS Sympt. Asympt. Inficeret N/A Inficeret Inficeret + N/A + + N/A 4 6 Inficeret + N/A Inficeret + N/A Inficeret Inficeret Inficeret + + N/A Inficeret + + N/A Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret N/A 1 0 Inficeret Inficeret Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret N/A 13 8 Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret I alt MU = urin fra mand; MS = mandlig uretral podning. "N/A" står for prøver, der ikke er indsamlet eller ikke tilgængelig til testning. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

55 DTS-systemers kliniske præstation Præstationstabeller vedr. Neisseria gonorrhoeae Sensitivitet og specificitet vedr. N. gonorrhoeae Tabel 9a: APTIMA COMBO 2-analyseprøver i forhold til patientinfektionsstatus Mænd Prøve Symptomer N SP FP 4 SN FN Podning Urin Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) Sympt a ,0 % (97,2 99,8) 98,8 % (97,2 99,6) Asympt b % (78,2 100) 96,7 % (94,3 98,3) Alle c ,1 % (97,3 99,8) 97,8 % (96,5 98,7) Sympt d ,4 % (96,3 99,5) 99,8 % (98,7 100) Asympt e % (75,3 100) 99,5 % (98,1 99,9) Alle f ,5 % (96,5 99,5) 99,6 % (98,9 99,9) Kvinder I alt Podning Urin Podning Urin Sympt g % (96,2 100) 98,1 % (96,9 98,9) Asympt h ,9 % (83,8 99,9) 99,6 % (98,7 100) Alle i ,2 % (95,7 100) 98,7 % (98,0 99,3) Sympt j ,6 % (85,3 97,0) 99,1 % (98,2 99,6) Asympt k ,5 % (71,0 96,5) 99,5 % (98,5 99,9) Alle l ,3 % (85,0 95,6) 99,3 % (98,6 99,6) Sympt m ,3 % (97,8 99,8) 98,3 % (97,4 99,0) Asympt n ,9 % (88,7 99,9) 98,5 % (97,5 99,2) Alle o ,1 % (97,7 99,8) 98,4 % (97,8 98,9) Sympt p ,1 % (94,9 98,5) 99,3 % (98,7 99,7) Asympt q ,1 % (78,8 97,5) 99,5 % (98,8 99,8) Alle r ,5 % (94,4 98,0) 99,4 % (99,0 99,7) SP = sand positiv; FP = falsk positiv; SN = sand negativ; FN = falsk negativ. 1 Inkluderer 1 mandlig forsøgsperson, som der ikke blev rapporteret symptomer for. 2 Inkluderer 1 kvinde, som der ikke blev rapporteret symptomer for. 3 Inkluderer 1 mand og 1 kvinde, som der ikke blev rapporteret symptomer for. 4 Alternative TMA-resultater for GC står for antal positive resultater/antal prøver testet: a: 5/5, b: 12/12, c: 17/17, d: 0/1, e: 2/2, f: 2/3, g: 13/15, h: 2/2, i: 15/17, j: 4/7, k: 0/2, l: 4/9, m: 18/20, n: 14/14, o: 32/34, p: 4/8, q: 2/4 og r: 6/12. Tabel 9b: Prøver fra vaginal podning testet med APTIMA COMBO 2-analyse i forhold til patientinfektionsstatus Udtaget af patienten Udtaget af kliniker Prøve Vaginal podning Vaginal podning Symptomstatus N SP FP 1 SN FN Sensitivitet (95% C.I.) Specificitet (95% C.I.) Asympt a % (83,9 100) 99,5 % (98,6 99,9) Sympt b ,2 % (87,0 99,5) 99,1 % (98,1 99,6) Asympt c ,5 % (77,2 99,9) 99,3 % (98,3 99,8) Alle d ,0 % (88,8 99,2) 99,2 % (98,6 99,6) SP = sand positiv; FP = falsk positiv; SN = sand negativ; FN = falsk negativ. 1 Alternative TMA-amplifikationsresultater for GC står for antal positive resultater/antal prøver testet: a: 3/3, b: 6/7, c: 3/4 og d: 9/11. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

56 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 9c: PreservCyt-prøver testet med APTIMA COMBO 2-analyse i forhold til patientinfektionsstatus Symptomstatus Asympt. Sympt. Alle AC2/GC PreservCytresultat +/+ +/- -/+ -/- Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) 83,3 % (35,9-99,6) 99,7 % (99,2-99,9) 100 % (59,0-100) 100 % (99,0-100) 92,3 % (64,0-99,8) 99,8 % (99,4-99,9) 1 Én prøve havde et diskordant resultat: Tvetydigt resultat for prøve fra endocervikal podning i APTIMA COMBO 2- analyse/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i APTIMA GC-analyse. +/+ = positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AGC-analysen. +/- = positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AGC-analysen. -/+ = negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AGC-analysen. -/- = negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AGC-analysen. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

57 DTS-systemers kliniske præstation Præstation vedr. Neisseria gonorrhoeae efter behandlingsenhed Tabel 10a: APTIMA COMBO 2-analyseprøver i forhold til patientinfektionsstatus Mænd Prøve Sted N SP FP SN FN Podning Urin Præv (%) Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) ,8 98,2 % (90,6 100) 99,0 % (94,7 100) 98,2 99, ,4 100 % (75,3 100) 100 % (95,7 100) ,9 100 % (94,9 100) 96,9 % (93,4 98,9) 92, ,7 100 % (83,2 100) 100 % (89,4 100) ,6 100 % (73,5 100) 100 % (97,1 100) ,3 98,9 % (94,3 100) 95,9 % (92,5 98,0) 90,4 99, ,2* 98,1 % (90,1 100) 100 % (2,5 100) ,0 Alle ,2 99,1 % (97,3 99,8) 97,8 % (96,5 98,7) 94,9 99, ,0 98,3 % (90,8 100) 100 % (96,5 100) , ,3 100 % (82,4 100) 100 % (95,8 100) ,8 100 % (94,9 100) 99,0 % (96,3 99,9) 97, ,7 100 % (83,2 100) 100 % (89,4 100) ,8 100 % (76,8 100) 100 % (97,5 100) ,8 95,7 % (89,4 98,8) 99,6 % (97,7 100) 98,9 98, ,4* 100 % (93,4 100) 100 % (15,8 100) Alle ,0 98,5 % (96,5 99,5) 99,6 % (98,9 99,9) 99,1 99,4 PPV (%) NPV (%) Kvinder Podning Urin ,3 100 %(88,4 100) 98,8 % (95,7 99,9) 93, ,0 90,0 % (55,5 99,7) 98,6 % (92,6 100) 90,0 98, ,2 100 % (88,8 100) 98,8 % (95,6 99,8) 93, ,3 100 % (59,0 100) 100 % (98,2 100) ,1 100 % (63,1 100) 99,7 % (98,5 100) 88, ,9 100 % (90,3 100) 96,7 % (93,6 98,6) 81, ,7 100 % (47,8 100) 97,7 % (93,4 99,5) 62,5 100 Alle ,6 99,2 % (95,7 100) 98,7 % (98,0 99,3) 88,1 99, ,3 80,0 % (61,4 92,3) 98,8 % (95,7 99,9) 92,3 96, ,0 90,0 % (55,5 99,7) 98,6 % (92,6 100) 90,0 98, ,2 96,8 % (83,3 99,9) 98,8 % (95,6 99,8) 93,8 99, ,3 71,4 % (29,0 96,3) 99,0 % (96,6 99,9) 71,4 99, ,1 100 % (63,1 100) 100 % (99,0 100) ,8 97,2 % (85,5 99,9) 99,2 % (97,1 99,9) 94,6 99, ,7 100 % (47,8 100) 99,2 % (95,8 100) 83,3 100 Alle ,6 91,3 % (85,0 95,6) 99,3 % (98,6 99,6) 92,1 99,2 SP = sand positiv; FP = falsk positiv; SN = sand negativ; FN = falsk negativ. * Prævalens er overvurderet, fordi indledende indsamling var begrænset til screening for symptomatiske forsøgspersoner. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

58 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 10b: APTIMA COMBO 2-analyse af prøver af vaginal podning i forhold til Patientinfektionsstatus Udtaget af patienten Prøve Sted N SP FP SN FN Vaginal podning Præv (%) Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) ,1 100 % (47,8-100) 98,5 (91,7-100) 83, ,2 100 % (59,0-100) 100 % (91,0-100) ,4 100 % (15,8-100) 100 % (91,8-100) ,7 100 % (2,5-100) 100 % (97,6-100) ,8 100 % (2,5-100) 100 % (97,2-100) ,7 100 % (47,8-100) 97,1 (90,1-99,7) 71, ,0 N/A 100 % (94,7-100) N/A ,0 N/A 100 % (91,8-100) N/A 100 Alle ,3 100 % (83,9-100) 99,5 (98,6-99,9) 87,5 100 PPV (%) NPV (%) Udtaget af kliniker Vaginal podning ,3 100 % (73,5-100) 98,6 % (96,0-99,7) 80, ,8 100 % (88,8-100) 98,8 % (95,7-99,9) 93, ,5 75,0 % (19,4-99,4) 100 % (96,7-100) , ,9 100 % (47,8-100) 99,2 % (97,2-99,9) 71, ,0 100 % (15,8-100) 100 % (98,1-100) ,8 90,0 % (68,3-98,8) 98,6 % (96,3-99,6) 81,8 99, ,0 N/A 100 % (96,4-100) N/A ,0 100 % (2,5-100) 100 % (92,7-100) Alle ,2 96,0 % (88,8-99,2) 99,2 % (98,6-99,6) 86,7 99,8 SP = sand positiv; FP = falsk positiv; SN = sand negativ; FN = falsk negativ. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

59 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 10c: PreservCyt-prøver testet med APTIMA COMBO 2-analyse i forhold til patientinfektionsstatus Sted Alle AC2/GC PreservCytresultat +/+ +/- -/+ -/- Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Positiv Negativ I alt Præv (%) Sensitivitet (95 % C.I.) Specificitet (95 % C.I.) PPV (%) NPV (%) 5,0 100 % (47,8-100) 100 % (96,2-100) ,8 100 % (2,5-100) 100 % (97,0-100) ,1 80,0 % (28,4-99,5) 100 % (99,2-100) ,8 0,3 100 % (2,5-100) 100 % (98,7-100) ,0 N/A 99,0 % (97,1-99,8) 0, ,3 100 % (2,5-100) 99,7 % (98,5-100) 50, ,8 92,3 % (64,0-99,8) 99,8 % (99,4-99,9) 75,0 99,9 1 Én prøve havde et diskordant resultat: Tvetydigt resultat for prøve fra endocervikal podning i APTIMA COMBO 2- analyse/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i APTIMA GC-analyse. +/+ = positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AGC-analysen. +/- = positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AGC-analysen. -/+ = negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/positivt resultat for prøve fra endocervikal podning i AGC-analysen. -/- = negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AC2-analysen/negativt resultat for prøve fra endocervikal podning i AGC-analysen. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

60 DTS-systemers kliniske præstation Neisseria gonorrhoeae-analyse for patientinfektionsstatus for kvinder Tabel 11a: Prøver fra endocervikal podning og urinprøver Patientinfektionsstatus APTIMA COMBO NAAT Dyrkning Symptomstatus 2- analyse FU FS FS FU FS Sympt. Asympt. Inficeret N/A Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret + N/A Inficeret Inficeret + + N/A Inficeret Inficeret Inficeret Ikke-inficeret N/A 2 3 Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret I alt FU = urin fra kvinde; FS= endocervikal podning fra kvinde; "N/A" står for prøver, der ikke er indsamlet eller ikke tilgængelig til testning. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

61 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 11b: Analyse af prøver fra vaginal podning udtaget af patienten og udtaget af kliniker Patientinfektionsstatus APTIMA COMBO NAAT 1 NAAT 2 Symptomstatus 2-analyse FS FU FS FU PVS CVS Sympt. Asympt. Inficeret Inficeret Inficeret N/A Inficeret Inficeret + N/A Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret = Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret N/A N/A Ikke-inficeret - N/A Ikke-inficeret - N/A - - N/A Ikke-inficeret - = Ikke-inficeret - = N/A Ikke-inficeret = Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret - - N/A Ikke-inficeret - - = I alt FS = endocervikal podning fra kvinde; FU = urin fra kvinde; PVS = vaginal podning udtaget af asymptomatisk patient; CVS = vaginal podning udtaget af kliniker. "N/A" står for prøver, der ikke er indsamlet eller ikke tilgængelig til testning. Lighedstegnet (=) står for tvetydig ved gentagen testning. I alt APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

62 DTS-systemers kliniske præstation N. gonorrhoeae-analyse for patientinfektionsstatus for kvinder Tabel 11c: PreservCyt Solution Liquid Pap-prøve klinisk undersøgelse patientinfektionsstatus resultat af N. gonorrhoeae Resultat af endocervikal Symptomstatus podning AC2 AGC Sympt. Asympt. Inficeret Ikke-inficeret = Ikke-inficeret Ikke-inficeret I alt N. gonorrhoeae-analyse for patientinfektionsstatus for mænd Tabel 12: Prøver fra uretral podning og urinprøver Patientinfektionsstatus Patientinfektionsstatus APTIMA COMBO NAAT 1 Dyrkning Symptomstatus 2- analyse MU MS MS MU MS Sympt. Asympt. Inficeret N/A Inficeret - N/A + N/A Inficeret - N/A Inficeret Inficeret Inficeret + N/A + N/A Inficeret + N/A + + N/A 8 0 Inficeret + N/A Inficeret + N/A Inficeret Inficeret + + N/A Inficeret Inficeret Inficeret Inficeret N/A 1 0 Inficeret Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret N/A Ikke-inficeret N/A 17 9 Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret Ikke-inficeret I alt MU = urin fra mand; MS = mandlig uretral podning; N/A = prøver er ikke indsamlet eller er ikke tilgængelig til testning. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

63 DTS-systemers kliniske præstation RLU-distribution af APTIMA-kontroller Distributionen af RLU'er for APTIMA positiv kontrol, GC/negativ kontrol, CT og APTIMA positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC fra alle de APTIMA COMBO 2-analysekørsler, der blev foretaget under den kliniske undersøgelse af prøven, vises i Tabel 13. Tabel 13: Distribution af total RLU for APTIMA COMBO 2-analysekontroller Kontrol Positiv kontrol, CT/negativ kontrol, GC Positiv kontrol, GC/negativ kontrol, CT Statistik Klinisk undersøgelse af prøver fra endocervikal podning og mandlig uretral podning samt urinprøver Total RLU (x1000) Klinisk undersøgelse af prøver fra vaginal podning Klinisk undersøgelse af PreservCyt Liquid Pap-prøver Maksimum percentil Gennemsnitlig percentil Minimum Maksimum percentil Gennemsnitlig percentil Minimum Præcisionsundersøgelse Der blev udført præcisionstestning på tre behandlingsenheder for at få resultater for gentagelighed og reproducerbarhed. Der blev foretaget præcisionsundersøgelser som en del af den kliniske undersøgelse af endocervikal podning, mandlig uretral podning og urinprøver og den kliniske undersøgelse af PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. Ved den førstnævnte undersøgelse blev hver behandlingsenhed udstyret med tre identiske paneler med 13 prøver, der indeholdt 0 til 500 fg CT rrna, 0 til fg GC rrna eller en kombination af både CT og GC rrna. Der blev udført testning i tre dage med et forskelligt analysekitlot hver dag. Der er en oversigt over statistiske resultater for generel RLU, inden for samme kørsel, fra kørsel til kørsel og fra behandlingsenhed til behandlingsenhed i Tabel 14a. I sidstnævnte præcisionsundersøgelse blev reproducerbarhed fastslået vha. et panel med 12 elementer tilsat PreservCyt opløsning med 0 til 2000 fg/analyse af CT og 0 til 5000 fg/analyse af GC rrna; 1,0 ml blev fyldt i et APTIMA reagensglas til prøveoverførsel. To (2) operatører på hver af de tre behandlingsenheder foretog en kørsel pr. dag i hver af de tre dage, dvs. i alt tre gyldige kørsler pr. operatør. Testningen blev udført med ét analysekitlot. Der er en oversigt over resultaterne af denne præcisionsundersøgelse i Tabel 14b. I begge undersøgelser blev reproducerbarhed godtgjort ved tilsætning af rrna til det relevante transportmedie (STM, PreservCyt opløsning). Reproducerbarhed, når der testes kliniske prøver fra podning, urinprøver eller PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver med target organisme, er ikke blevet fastsat. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

64 DTS-systemers kliniske præstation Tabel 14a: Prøvetransportmedie Høj Middel Lav Negativ Panelelement N Middel- RLU (x1000) Inden for samme Fra kørsel til kørsel Fra sted til sted kørsel SD (RLU) CV (%) SD (RLU) CV (%) SD (RLU) CV (%) CT-podning , , ,2 Dobbelt podning* , , ,1 Dobbelt urinprøve* , , ,7 GC-podning , , ,7 CT-podning , , ,0 Dobbelt podning* , , ,2 GC-podning , , ,7 CT-podning , , ,0 Dobbelt podning* , , ,8 Dobbelt urinprøve* , , ,9 GC-podning , , ,5 Podning , , ,8 Urin , , ,9 * Dobbelt positive panelelementer, der indeholder både CT og GC rrna. Tabel 14b: PreservCyt opløsning Koncentration (fg/analyse) CT GC N Overensstemmelse Middel- RLU (x1000) Inden for samme kørsel SD (x1000) CV (%) Fra kørsel til kørsel SD (x1000) CV (%) Fra sted til sted SD (x1000) CV (%) Fra operatør til operatør SD (x1000) ,5 % 9,7 31,6 N/A 3,4 N/A 6,4 N/A 4,7 N/A ,3 % ,3 54,8 4,2 0,0 0,0 0,0 0, % ,1 4,7 79,8 7, ,9 2,4 0, % ,6 3,4 78,0 3,3 94,7 4,0 37,9 1, % ,0 0,0 0, ,9 90,7 9, % ,3 6,0 71,7 7,4 22,8 2,4 85,0 8, % ,0 88,9 3, ,7 0,0 0, ,1 % , , ,2 39,7 2, % , ,1 98,8 4, , ,3 % , , ,6 26,9 1,3 RLU = relative lysenheder; SD = standardafvigelse; CV = variationskoefficient; N/A står for prøver, der ikke er relevante for negative panelelementer. Prøver med diskordante og tvetydige resultater blev inkluderet i analyse af signalvariabilitet. For CV- og SD-værdier lig med 0,0 er variabiliteten pga. denne kilde meget lille i forhold til andre variationskilder. CV (%) APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

65 DTS-systemers analytiske præstation DTS-systemers analytiske præstation Se Analytiske præstation for TIGRIS DTS-systemet efter afsnittet Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet ang. analytiske præstation specielt for TIGRIS DTSsystemer. Se Analytiske præstation for PANTHER-systemet ang. analytiske præstation specielt for PANTHER-systemer. Analytisk sensitivitet Analytisk sensitivitet for Chlamydia trachomatis (detektionsgrænser) blev bestemt ved direkte sammenligning af fortyndinger af CT-organismer i cellekulturer og i analysen. Fastsættelsen af analytisk sensitivitet for analysen er én IFU (Inclusion-Forming Unit) pr. analyse (7,25 IFU/podning, 5,0 IFU/mL urin og 9,75 IFU/mL PreservCyt Solution Liquid Pap) for alle 15 CT-serovarer (A, B, Ba, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L1, L2 og L3). Fortyndinger på under 1,0 IFU/analyse af alle serovarer var imidlertid alle positive i APTIMA COMBO 2-analysen. Analytisk sensitivitet for Neisseria gonorrhoeae blev bestemt ved direkte sammenligning af fortyndinger af 57 forskellige kliniske isolater i dyrkning og i APTIMA COMBO 2-analysen med podnings- og urinprøver og 20 kliniske isolater med PreservCyt Solution Liquid Papprøver. Den analytiske fastsættelse af sensitivitet for analysen er 50 celler/analyse (362 celler/ podning, 250 celler/ml urin og 488 celler/ml PreservCyt Solution Liquid Pap). Alle testede stammer var imidlertid positive ved under 50 celler/analyse. Analytisk specificitet I alt 154 kulturisolater blev evalueret vha. APTIMA COMBO 2-analysen. Disse isolater inkluderede 86 organismer, der kan isoleres fra urogenitalsystemet, og 68 yderligere organismer, der repræsenterer et fylogenetisk tværsnit af organismerne. De testede organismer omfattede bakterier, svampe, gær, parasitter og virusser. Alle organismer undtagen C. psittaci, C. pneumoniae og virusser blev testet ved 1,0 x 10 6 celler/analyse både i podning og urintransportmedie. Chlamydia- og Neisseria-organismerne blev testet i PreservCyt opløsning-medie. C. psittaci og C. pneumoniae blev testet ved 1,0 x 10 5 IFU/analyse. Virusserne blev testet på følgende måde: (a) herpes simplex virus I og II: 2,5 x 10 4 TCID 50 /analyse, (b) human papilloma virus 16: 2,9 x 10 6 DNA-kopier/analyse og (c) cytomegalovirus: 4,8 x 10 5 celler/analyse i inficeret cellekultur. Kun CT- og GC-prøver producerede positive resultater i APTIMA COMBO 2-analysen. Listen over testede organismer vises i Tabel 15. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

66 DTS-systemers analytiske præstation Tabel 15: Analytisk specificitet Organisme Organisme Organisme Achromobacter xerosis Escherichia coli Neisseria mucosa (3) Acinetobacter calcoaceticus Flavobacterium meningosepticum Neisseria sicca (3) Acinetobacter Iwoffi Fusobacterium nucleatum Neisseria subflava (14) Actinomyces israelii Gardnerella vaginalis Neisseria perflava Actinomyces pyogenes Gemella haemolysans Neisseria polysaccharea Aerococcus viridans Haemophilus ducreyi Paracoccus denitrificans Aeromonas hydrophila Haemophilus influenzae Peptostreptococcus anaerobius Agrobacterium radiobacter Herpes simplex virus I Peptostreptococcus productus Alcaligenes faecalis Herpes simplex virus II Plesiomonas shigelloides Bacillus subtilis Human papilloma virus 16 Propionibacterium acnes Bacteriodes fragilis Kingella dentrificans Proteus mirabilis Bacteriodes ureolyticus Kingella kingae Proteus vulgaris Bifidobacterium adolescentis Klebsiella oxytoca Providencia stuartii Bifidobacterium brevi Klebsiella pneumoniae Pseudomonas aeruginosa Branhamella catarrhalis Lactobacillus acidophilus Pseudomonas fluorescens Brevibacterium linens Lactobacillus brevis Pseudomonas putida Campylobacter jejuni Lactobacillus jensonii Rahnella aquatilis Candida albicans Lactobacillus lactis Rhodospirillum rubrum Candida glabrata Legionella pneumophila (2) Saccharomyces cerevisiae Candida parapsilosis Leuconostoc paramensenteroides Salmonella minnesota Candida tropicalis Listeria monocytogenes Salmonella typhimurium Chlamydia pneumoniae Micrococcus luteus Serratia marcescens Chlamydia psittaci (2) Moraxella lacunata Staphylococcus saprophyticus Chromobacterium violaceum Moraxella osloensis Staphylococcus aureus Citrobacter freundii Morganella morganii Staphylococcus epidermidis Clostridium perfringens Mycobacterium smegmatis Streptococcus agalactiae Corynebacterium genitalium Mycoplasma genitalium Streptococcus bovis Corynebacterium xerosis Mycoplasma hominis Streptococcus mitis Cryptococcus neoformans N. meningitidis serogruppe A Streptococcus mutans Cytomegalovirus N. meningitidis serogruppe B Streptococcus pneumoniae Deinococcus radiodurans N. meningitidis serogruppe C (4) Streptococcus pyogenes Derxia gummosa N. meningitidis serogruppe D Streptococcus salivarius Eikenella corrodens N. meningitidis serogruppe Y Streptococcus sanguis Enterobacter aerogenes N. meningitidis serogruppe W135 Streptomyces griseinus Enterobacter cloacae Neisseria cinerea (4) Trichomonas vaginalis Entercoccus avium Neisseria dentrificans Ureaplasma urealyticum Entercoccus faecalis Neisseria elongata (3) Vibrio parahaemolyticus Entercoccus faecium Neisseria flava Yersinia enterocolitica Erwinia herbicola Neisseria flavescens (2) Erysipelothrix rhusiopathiae Neisseria lactamica (9) "(n)" står for antal testede stammer. Alle testede organismer producerede et negativt resultat i APTIMA COMBO 2-analysen baseret på kinetisk profiltype og RLU. Interfererende stoffer Følgende interfererende stoffer blev enkeltvis tilsat podnings- og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver: 10 % blod, kontraceptiv gel, spermicid, fugtighedslotion, anæstetika til hæmorider, kropsolie, pudder, anti-svampe creme, vaginale smøremidler, vaginalspray og leukocytter (1,0 x 10 6 celler/ml). Følgende interfererende stoffer blev enkeltvis tilsat urinprøver: 30 % blod, urinanalytter, protein, glucose, ketoner, bilirubin, nitrat, urobilinogen, ph 4 (sur), ph 9 (alkalisk), leukocytter (1,0 x 10 6 celler/ml), cellulært debris, vitaminer, mineraler, acetaminophen, aspirin og ibuprofen. Alle blev testet for potentiel analyseinterferens ved fravær og tilstedeværelse af CT og GC ved en estimeret rrna- APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

67 DTS-systemers analytiske præstation ækvivalens på 1,0 CT IFU/analyse (5 fg/analyse) og 50 GC celler/analyse (250 fg/analyse). rrna-ækvivalenserne er beregnet på grundlag af genom-størrelse og anslået DNA-RNAforhold/celle i hver organisme. Der blev ingen interferens observeret med nogen af de testede stoffer. Der blev ingen amplifikationshæmmere observeret i APTIMA COMBO 2-analysen. Genfinding Escherichia coli og Gardnerella vaginalis (2,4 x 10 5 celler/analyse) og Lactobacillus acidophilus, Gardnerella vaginalis, Bacteroides ureolyticus og Staphylococcus epidermis (1,0 x 10 8 celler/analyse) blev tilsat til prøver, der indeholdt rrna-ækvivalens på ca. 1,0 CT IFU (5 fg) og 50 GC celler (250 fg). Disse tilsætninger interfererede ikke med amplifikation og detektion af CT eller GC rrna med APTIMA COMBO 2-analysen. Undersøgelser af prøvestabilitet A. Prøver fra endocervikal podning Data til underbyggelse af anbefalede forsendelses- og opbevaringsbetingelser for endocervikale podningsprøver blev genereret med kombinerede negative podningsprøver. Fem kombinerede prøver blev tilsat CT og GC i endelige koncentrationer på henholdsvis 10 IFU og 100 CFU pr. reaktion. Prøverne med tilsætning blev holdt ved -70 C, -20 C, 4 C og 30 C. Prøver blev testet i duplikat på dag 0, 20, 35, 60 og 90. Alle testbetingelser var positive for både CT og GC på alle tidspunkter og ved alle temperaturer. B. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver Data til underbyggelse af anbefalede forsendelses- og opbevaringsbetingelser for PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver blev genereret med kombinerede negative PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. Fire kombinerede prøver blev tilsat CT og GC i endelige koncentrationer på henholdsvis 10 IFU og 100 CFU pr. reaktion. PreservCyt Solution Liquid Pap-prøverne blev anbragt ved 30 C i 7 dage, hvorefter 1,0 ml af prøven blev fyldt i et APTIMA reagensglas til prøveoverførsel. Prøverne med tilsætning blev holdt ved 4 C, 10 C og 30 C. Prøver, der blev opbevaret ved 4 C og 10 C, blev testet i duplikat på dag 0, 6, 13, 26, 30 og 36. Prøver, der blev opbevaret ved 30 C, blev testet i duplikat på dag 0, 5, 8, 14 og 17. Fire PreservCyt Solution Liquid Pap-prøvepools med tilsætning blev fyldt i APTIMA reagensglas til prøveoverførsel og anbragt ved 30 C i 14 dage, inden de blev opbevaret ved enten -20 C eller -70 C. -20 C prøverne og -70 C prøverne blev testet i duplikat efter 0, 30, 60, 90 og 106 dages opbevaring. Alle testbetingelser var positive for både CT og GC på alle tidspunkter og ved alle temperaturer. C. Prøver fra vaginal podning Data til underbyggelse af anbefalede forsendelses- og opbevaringsbetingelser for vaginale podningsprøver blev genereret med kombinerede negative podningsprøver. Femten vaginale podningspools blev tilsat CT og GC i endelige koncentrationer på henholdsvis 1,0 IFU og 50 CFU pr. reaktion. Prøverne med tilsætning blev holdt ved -70 C, -20 C, 4 C og 30 C. En aliquot af prøverne blev testet på dag 0, 20, 36, 73 og 114. Alle testbetingelser var positive for både CT og GC på alle tidspunkter og ved alle temperaturer. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

68 DTS-systemers analytiske præstation D. Urinprøver Data til underbyggelse af anbefalede forsendelses- og opbevaringsbetingelser for urinprøver blev genereret med ti negative urinprøver fra kvinder og ti fra mænd. Urinprøverne blev tilsat CT og GC i endelige koncentrationer på henholdsvis 10 IFU og 100 CFU pr. reaktion. To sæt urinprøver med tilsætning blev holdt ved 4 C og 30 C i 24 timer, inden de blev tilsat til urintransportmediet (UTM). De to sæt UTM-prøver blev holdt ved 4 C og 30 C og testet i triplikat på dag 0, 1, 5, 20 og 35. Alle prøver var positive for både CT og GC, når urinprøverne blev holdt ved 4 C, inden tilsætning til UTM. Når urinprøverne blev holdt ved 30 C inden tilsætning til UTM, var alle prøverne positive for CT, og 95 % af prøverne var positive for GC på dag 35. Disse samme prøver blev testet efter 116 dages opbevaring ved -20 C og -70 C. Alle prøverne var positive for både CT og GC under begge opbevaringsbetingelser. E. Yderligere undersøgelse af stabilitet af frossen prøve (ved -20 C) Data til underbyggelse af anbefalede opbevaringsbetingelser ved -20 C for endocervikal podning, uretral podning, vaginal podning, urin fra kvinder, urin fra mænd og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver blev genereret ved brug af 90 prøver for hver type med negativt resultat, hvor 30 prøver fik tilsat CT og GC ved hhv. 1,0 IFU og 50 CFU pr. reaktion; 30 prøver fik tilsat hhv. 0,1 IFU og 5 CFU pr. reaktion og 30 prøver blev ikke tilsat noget. Prøverne blev opbevaret ved -20 C og blev testet ved 0, 200 og 400 dage. Alle tilsatte prøver opfyldte acceptkriteriet på 95 % overensstemmelse med de forventede resultater. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

69 Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet Overensstemmelse på TIGRIS DTS-systemet Overensstemmelse mellem resultater af APTIMA COMBO 2-analyse genereret på det fuldautomatiske TIGRIS DTS-system og det halvautomatiske DTS-system blev evalueret ved testning af endocervikal podning, mandlig uretral podning, urin fra mænd og kvinder, vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. Alle de kliniske prøver blev testet enkeltvis med APTIMA COMBO 2-analysen på både TIGRIS DTS-systemet og på DTSsystemer hos Gen-Probe. Klinisk undersøgelse af prøveoverensstemmelse prøver fra endocervikal podning, mandlig uretral podning og fra urinprøver fra kvinder og mænd Mandlige og kvindelige forsøgspersoner, der kom på klinikker for seksuelt overførte sygdomme (STD), skadestuer, offentlige sundhedsklinikker og børnebegrænsningsklinikker, blev tilmeldt på syv geografisk forskellige behandlingsenheder med lav til høj prævalens for CT og GC. Den kliniske undersøgelse af prøveoverensstemmelse evaluerede overensstemmelse mellem de to systemer vha. podnings- og urinprøver fra 485 mandlige og 576 kvindelige forsøgspersoner. Af de 1991 prøver, der blev testet, var der en lille procentdel, der ved den første test var ugyldig eller tvetydig for CT eller GC på TIGRIS DTSsystemet (20, 1,0 %) og på DTS-systemerne (14, 0,7 %). Ved gentagen testning var der to (2) kliniske prøver med tvetydige resultater for GC på TIGRIS DTS-systemet, som ikke er inkluderet i ækvivalensberegningerne. Der blev beregnet generel procent overensstemmelse og procent positive og negative overensstemmelser. Prøver, der gav diskordante resultater mellem DTS- og TIGRIS DTS-systemet, blev testet med alternative TMA-amplifikationsanalyser for CT og GC, som er nukleinsyreamplifikationtests (NAAT'er), der rettes mod CT eller GC rrna-sekvenser, der er forskellige fra de sekvenser, APTIMA COMBO 2-analysen rettes mod. Der blev også udført gentagen testning med APTIMA COMBO 2-analyse på DTSsystemerne på prøver, der gav diskordante resultater mellem TIGRIS DTS-systemet og DTSsystemerne. Tabel 16 og 17 viser den generelle overensstemmelsesprocent for alle grupperede testresultater på henholdsvis TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemerne for podnings- og urinprøver. Generel overensstemmelse var 98,3 % for prøver fra podning og 99,2 % for urinprøver. Der henvises til Tabel 5a og 9a ang. anslået APTIMA COMBO 2- analysepræstation for prøver fra endocervikal podning og fra mandlig uretral podning samt urinprøver fra kvinder og mænd, der testes på DTS-systemer. Anslået klinisk præstation for TIGRIS DTS-systemet med prøver fra endocervikal podning og mandlig uretral podning samt urinprøver fra mænd og kvinder forventes at blive den sammen under forudsætning af overensstemmelsesresultaterne. Klinisk undersøgelse af prøveoverensstemmelse prøver fra vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver Kvindelige forsøgspersoner, som kom på klinikker til seksuelt overførte sygdomme (STD), offentlige sundhedsklinikker og OB/GYN-klinikker bidrog med prøver fra vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. Prøverne fra vaginal podning blev overført direkte til Gen-Probe til testning, mens PreservCyt Solution Liquid Pap-prøverne blev behandlet på 2 cytopatologiske laboratorier, inden de blev overført. Hos Gen-Probe blev prøver fra vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver først screenet med APTIMA COMBO 2- analysen på DTS-systemerne. Prøver med endelige ugyldige eller tvetydige resultater på DTS-systemerne blev ikke udvalgt til videre testning på TIGRIS DTS-systemet. Positive APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

70 Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet APTIMA COMBO 2-analyseprøver og en delmængde af negative APTIMA COMBO 2- analyseprøver blev udvalgt til sammenligningstestning på TIGRIS DTS-systemet. Ethundredeoghalvfjerds (170) prøver fra vaginal podning og 170 PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver fra 181 kvindelige forsøgspersoner blev testet på begge systemer. De fleste prøver (110 prøver fra vaginal podning og 107 PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver), der blev udvalgt til sammenligningstestning, var fra symptomatiske kvinder. Sytten (17) arbejdslister blev initieret: 13 (76,5 %) var gyldige, og 4 (23,5 %) blev ugyldiggjort, fordi instrumentet registrerede høj baggrund ved luminometeret. Instrumentet havde løse Detect 1- og 2-studse, så der muligvis trængte luft ind i slangerne, eller der blev muligvis injiceret forkert mængde detekteringsreagens. Arbejdslisterne var gyldige ved omtestning. Af de 340 prøver, der blev testet, havde ingen ugyldige eller tvetydige resultater ved første testning på TIGRIS DTS-systemet. Tabel 18 og 19 viser den generelle overensstemmelsesprocent for CT- og GC-detektion for alle grupperede testresultater på TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemerne for henholdsvis prøver fra vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. Generel overensstemmelse var 98,2 % for prøver fra vaginal podning og 98,2 % for PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver. Se Tabel 5b, 5c, 9b, og 9c ang. APTIMA COMBO 2-analysens anslåede præstation for prøver fra vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Papprøver, der testes på DTS-systemerne. Anslået klinisk præstation for TIGRIS DTS-systemet med prøver fra vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver forventes at blive den samme under forudsætning af overensstemmelsesresultaterne. Overensstemmelsesundersøgelse af kliniske CT/GC-paneler - prøver fra endocervikal podning, mandlig uretral podning og fra urinprøver fra kvinder og mænd Overensstemmelsesundersøgelsen af kliniske CT/GC-paneler evaluerede overensstemmelsen mellem de to systemer vha. 13 kliniske CT/GC-paneler, der indeholdt 0 til 2500 IFU'er (Inclusion Forming Units)/mL CT og/eller 0 til CFU'er (Colony Forming Units)/mL GC klargjort hos Gen-Probe. De kliniske CT/GC-paneler blev fremstillet af prøver fra podning og urinprøver fra 222 mandlige og 117 kvindelige forsøgspersoner, som blev konstateret at være ikke-inficerede på grundlag af negative resultater af APTIMA COMBO 2-analysen af podnings- og urinprøver på DTS-systemerne. Hver af de 13 CT/GCpaneler bestod af 5 replikater af hver prøvetype (endocervikal podning, mandlig uretral podning, urin fra kvinde, urin fra mand), dvs. i alt 20 replikater pr. panel. Tabel 20 viser overensstemmelsesprocenten med forventede CT- og GC-resultater på TIGRIS DTS-systemet og på DTS-systemerne for hver af de 13 CT/GC-paneler. Koncentrationen lå fra tifold under til tusindfold over APTIMA COMBO 2-analysens analytisk fastsatte grænser på 1 IFU/analyse for CT og 50 CFU/analyse for GC. Tabel 20 viser også den generelle overensstemmelsesprocent (99,3 %) mellem resultater for CT/GC-paneler på TIGRIS DTS-systemet og på DTS-systemerne. Positive og negative overensstemmelser vises i Tabel 21 og 22 for henholdsvis CT- og GC-panelresultater. For podnings- og urinpaneler var positive overensstemmelser henholdsvis 100 % og 96,2 % for CT, og begge 100 % for GC. For podnings- og urinpaneler var negative overensstemmelser henholdsvis 100 % og 98,0 % for CT, og begge 100 % for GC. Tre af 5 kvindelige urinpanelreplikater, som var en log under APTIMA COMBO 2-analysens analytiske fastsatte sensitivitet på 1 IFU/analyse for CT, var CT- på TIGRIS DTS-systemet. En af 5 kvindelige urinpanelreplikater fra et separat panel var CT- på DTS-systemerne. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

71 Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet Tabel 16: Klinisk undersøgelse af prøveoverensstemmelse: Resultater af prøver fra endocervikal og mandlig uretral podning 1 DTS-systemer TIGRIS DTS-system CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT-/GC- I alt CT+/GC CT+/GC CT-/GC CT-/GC I alt Overensstemmelsesprocent (95 % C.I.) 96,8 % (83,3-99,9) 90,0 % (83,2-94,7) 97,1 % (89,9-99,6) 99,7 % (99,1-100) N/A Generel overensstemmelsesprocent (95 % C.I.): 98,3 % (97,3-99,0) + står for positiv, - står for negativ, N/A = Ikke relevant. 1 Data, der ikke vises: To prøver var tvetydige for CT-/GC både på TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemerne. Èn prøve var CT-/GC- på TIGRIS DTS-systemet, men CT-/GC tvetydig på DTS-systemerne. Ved omtestning i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne var denne prøve CT-/GC-. Prøven var også GC- i den alternative TMAamplifikationsanalyse. 2 1/1 var CT+/GC+ ved omtestning på DTS-systemerne og var CT+ i den alternative TMA-amplifikationsanalyse. 3 11/12 blev omtestet. 11/11 var CT-/GC- ved omtestning i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne. 9/11 var CT- ved testning i den alternative TMA-amplifikationsanalyse, og 2/11 var CT+. 4 2/2 var CT-/GC- ved omtestning i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne og var GC- i den alternative TMA-amplifikationsanalyse. 5 2/2 var CT-/GC- ved omtestning i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne og var CT- i den alternative TMA-amplifikationsanalyse. Tabel 17: Klinisk undersøgelse af prøveoverensstemmelse: Resultater af kvindelige og mandlige urinprøver DTS-systemer TIGRIS DTS-system CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT-/GC- I alt CT+/GC CT+/GC CT-/GC CT-/GC I alt Overensstemmelsesprocent (95 % C.I.) 100 % (89,1-100) 92,6 % (85,9-96,7) 98,1 % (89,9-100) 99,9 % (99,3-100) N/A Generel overensstemmelsesprocent (95 % C.I.): 99,2 % (98,1-99,5) + står for positiv, - står for negativ, N/A = anvendes ikke. 1 7/8 var CT-/GC- ved omtestning i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne og var CT- i den alternative TMA-amplifikationsanalyse. 1/8 var CT+/GC- ved omtestning i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne og var CT+ i den alternative TMA-amplifikationsanalyse. 2 1/1 var CT-/GC- ved omtestning i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne og var GC- i den alternative TMA-amplifikationsanalyse. 3 1/1 var CT-/GC- ved omtestning i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemerne og var CT+ i den alternative TMA-amplifikationsanalyse. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

72 Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet Tabel 18: Klinisk undersøgelse af prøveoverensstemmelse: Resultater af prøver fra vaginal podning DTS-systemer TIGRIS DTS-system CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT-/GC- I alt CT+/GC CT+/GC CT-/GC CT-/GC I alt Overensstemmelsesprocent (95 % C.I.) 100 % (86,8-100) 100 % (92,0-100) 96,0 % (79,6-99,9) 97,3 % (90,7-99,7) N/A Generel overensstemmelsesprocent (95 % C.I.): 98,2 % (94,9-99,6) + står for positiv, - står for negativ, N/A = anvendes ikke. Tabel 19: Klinisk undersøgelse af prøveoverensstemmelse: Resultater af PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver DTS-systemer TIGRIS DTS-system CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT-/GC- I alt CT+/GC CT+/GC CT-/GC CT-/GC I alt Overensstemmelsesprocent (95 % C.I.) 100 % (86,8-100) 97,8 % (88,2-99,9) 96,0 % (79,6-99,9) 98,6 % (92,7-100) N/A Generel overensstemmelsesprocent (95 % C.I.): 98,2 % (94,9-99,6) + står for positiv, - står for negativ, N/A = anvendes ikke. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

73 Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet Tabel 20: Overensstemmelsesundersøgelse af kliniske CT/GC-paneler: Overensstemmelse med forventede CT- og GC-resultater for paneler med endocervikale podninger, mandlig uretrale podninger og urin fra kvinder og mænd Panelelement CT/GC Panelelementkoncentration 1 CT IFU/mL GC CFU/mL Replikater TIGRIS % overensstem. CT DTS % overensstem. TIGRIS % overensstem. GC DTS % overensstem. Lav/lav 2, Lav/høj 2, Høj/lav Høj/høj Meget lav/neg 0, Lav/neg 2, Middel/neg Høj/neg Neg/meget lav 0 12, Neg/lav Neg/middel Neg/høj Neg/neg Generel overensstemmelsesprocent mellem TIGRIS og DTS (95 % C.I.): 99,3 % (98,3-99,8) IFU = Inclusion Formatting Units (Inklusionsdannende enheder), CFU = Colony Forming Units (Kolonidannende enheder), TIGRIS % overensstem. = Overensstemmelse mellem TIGRIS DTS-systemet og forventede resultater, DTS % overensstem. = Overensstemmelse mellem DTS-systemerne og forventede resultater. 1 Et reagensglas indeholder ca. 2,9 ml transportmedie til podningsprøver og 4,0 ml transportmedie/urinblanding til urinprøver. 2 CT-koncentrationen i dette kliniske CT/GC-panelelement er en log under APTIMA COMBO 2-analysens analytiske fastsatte sensitivitet på 1 IFU/analyse (7,25 IFU/podning, 5 IFU/mL urin). 3 Et af 5 kvindelige urinpanelreplikater var CT- på DTS-systemerne. 4 Tre af 5 kvindelige urinpanelreplikater var CT- på TIGRIS DTS-systemet. Tabel 21: Klinisk undersøgelse af CT/CG-paneloverensstemmelse: CT resultater for endocervikal og mandlig uretral podnings- og kvindelig og mandlig urinpaneler Prøve N DTS+ TIGRIS+ n DTS+ TIGRISn DTS- TIGRIS+ n DTS- TIGRISn Positiv overensstemmelse (95% C.I.) Negativ overensstemmelse (95 % C.I.) Podning (95,5-100) 100 (92,7-100) Urin ,2 (89,3-99,2) 98,0 (89,6-100) + står for positiv, - står for negativ, C.I. = konfidensinterval. 1 Tre af 5 kvindelige urinpanelreplikater, som var en log under APTIMA COMBO 2-analysens analytiske fastsatte sensitivitet på 1 IFU/analyse for CT, var CT- på TIGRIS DTS-systemet. 2 Et af 5 kvindelige urinpanelreplikater var CT- på DTS-systemerne. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

74 Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet Tabel 22: Klinisk undersøgelse af CT/CG-paneloverensstemmelse: GC resultater for endocervikal og mandlig uretral podnings- og kvindelig og mandlig urinpaneler Prøve N DTS+ TIGRIS+ n DTS+ TIGRISn DTS- TIGRIS+ n DTS- TIGRISn Positiv overensstemmelse (95 % C.I.) Negativ overensstemmelse (95 % C.I.) Podning (95,4-100) 100 (92,9-100) Urin (95,5-100) 100 (92,9-100) + står for positiv, - står for negativ, C.I. = konfidensinterval, TIGRIS = TIGRIS DTS-systemet. Præcisionsundersøgelse TIGRIS DTS-systemets præcision (dvs. reproducerbarhed) blev evalueret på en ekstern behandlingsenhed og hos Gen-Probe. APTIMA COMBO 2-analysers præcision blev evalueret på tværs af tre TIGRIS DTS-systemer, to behandlingsenheder, to APTIMA COMBO 2-analysekitlot og fire operatører. Tabel 23 viser RLU-dataenes præcision udtrykt som middelværdi, standardafvigelse, variationskoefficient (CV) og procent overensstemmelse med forventede resultater for beregninger af variabilitet fra behandlingsenhed til behandlingsenhed, fra operatør til operatør, fra lot til lot, fra kørsel til kørsel og inden for samme kørsel. På den eksterne behandlingsenhed udførte to operatører tre arbejdslister (dvs. kørsler) pr. APTIMA COMBO 2-analysekitlot på et TIGRIS DTS-system og udførte således i alt 6 arbejdslister hver. Hos Gen-Probe udførte to operatører tre arbejdslister pr. APTIMA COMBO 2-analysekitlot hver på to TIGRIS DTS-systemer og udførte således i alt 12 arbejdslister hver. Der blev således udført i alt 36 arbejdslister. Hver arbejdsliste bestod af seks identiske præcisionspaneler med 12 elementer, der indeholdt 0 til 2000 fg/analyse af CT rrna og/eller 0 til 2433 fg/analyse af GC rrna. Hver arbejdsliste bestod af seks identiske præcisionspaneler med 12 elementer, der indeholdt 0 til 2000 fg/analyse af CT rrna og/eller 0 til 5000 fg/analyse af GC rrna. Panelelementer, der indeholdt CT og GC blev kategoriseret som havende lave (5 eller 100 fg/analyse), middel (1000 fg/analyse) eller høje ( 2000 fg/analyse) koncentrationer af CT og som havende lave ( 250 fg/analyse), middel (ca fg/analyse) eller høje (5000 fg/analyse) koncentrationer af GC. Reproducerbarhed blev fastsat vha. prøvetransportmedie tilsat rrna. Reproducerbarhed af testning af prøver fra podning og urinprøver med target organismer er ikke fastsat. Præcision blev vurderet iht. NCCLS-retningslinjer (NCCLS-dokument EP5-A [22]). APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

75 Overensstemmelse mellem kliniske prøver på TIGRIS DTS-systemet Tabel 23: Præcisionsdata for TIGRIS DTS-systemet Konc. Inden for samme kørsel Fra sted til sted Fra lot til lot Fra operatør til operatør Fra kørsel til kørsel CT GC Middelværdi for % SD SD SD SD SD RLU Overensstem. (%) (%) (%) (%) (%) CV CV CV CV CV (RLU (RLU (RLU (RLU (RLU N (x1000) x1000) x1000) x1000) x1000) x1000) Neg Neg ,25 26,2 0,66 13,9 0,05 1,0 0,08 1,7 0,30 6,4 Neg Høj ,5 2,3 61,2 5,0 10,0 0, ,1 1,4 Høj Neg ,8 3, ,1 7,3 40,8 3,2 40,4 3,1 Høj Høj ,2 2,2 40,0 1,6 110,3 4,5 28,4 1,1 52,3 2,1 Neg Lav ,3 2,6 61,0 5,3 0 0,0 20,7 1,8 18,5 1,6 Lav 1 Neg ,8 6,9 1,5 0,1 73,8 7,0 28,5 2,7 26,9 2,5 Middel Middel ,8 2,0 40,0 1,6 101,1 4, ,9 2,1 Lav 1 Lav ,5 112,3 5,3 84,1 3,9 33,2 1,5 34,2 1,6 52,9 2,5 Lav 1 Høj ,3 3,3 97,8 4,2 59,3 2, ,7 1,8 Høj Lav ,1 2,6 50,7 2,1 86,2 3,7 4,6 0,2 42,4 1,8 SD = standardafvigelse, % CV = procent variationskoefficient, % overensstem. = overensstemmelsesprocent, Konc. = koncentration. Bemærk: Variabiliteten pga. visse faktorer kan være numerisk negative, hvilket kan forekomme, hvis variabiliteten pga. disse faktorer er meget lille. Når det sker, stilles variabilitet, der måles med standardafvigelse og % CV, til 0. Se NCCLS-godkendte retningslinjer EP5-A (22). 1 Lave panelelementer fik tilsætning der svarede til analysens analytisk fastsatte sensitivitet (5 fg CT rrna/analyse, 250 fg GC rrna/analyse eller begge dele ved dobbelt positive panelelementer). For CT svarer det testede target-niveau til ca. 36 fg/podning og 25 fg/ml urin. For GC svarer det testede target-niveau til ca fg/podning og 1250 fg/ml urin. På grundlag af genom-størrelse og anslået DNA-RNA-forhold/celle af hver organisme svarer 5 fg til 1 IFU CT, og 250 fg svarer til 50 celler GC. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

76 Analytiske præstation for TIGRIS DTS-systemet Analytiske præstation for TIGRIS DTS-systemet Se Analytiske præstation for PANTHER-systemet ang. analytiske præstation specielt for PANTHER-systemer. Analytisk undersøgelse af sensitivitetsækvivalens Fortyndinger af tre CT-serovarer (E, F, G) associeret med urogenital sygdom blev testet på tre TIGRIS DTS-systeminstrumenter og i parallelle analyser på DTS-systemerne. CTserovarerne blev fortyndet i prøvetransportmedier og en pool af behandlede urinprøver. Koncentrationer lå fra 3 IFU (Inclusion-Forming Units) pr. analyse til 0,1 IFU pr. analyse, som er én log under den analytisk fastsatte sensitivitet for analysen af én IFU pr. analyse (7,25 IFU/podning, 5 IFU/mL urin). Procent positivitet mellem TIGRIS DTS- og DTSsystemerne svarede til 95 % konfidens for alle tre serovarer ned til det analytisk fastsatte niveau. Fortyndinger under niveauet var også positive på begge platforme. Generelt set blev tilsvarende sensitivitet påvist ved et detektionsniveau på én IFU pr. analyse på TIGRIS DTSog DTS-systemerne. Et sensitivitetspanel i poolen med prøver fra vaginal podning og et sensitivitetspanel i poolen med efterbehandlede PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver blev klargjort med CT 5 fg rrna og testet i 60 replikater på TIGRIS DTS-systemet. Procent positivitet (95 % C.I.) på TIGRIS DTS-systemet for prøver fra vaginal podning var 100 % (95,1 100) og for efterbehandlede PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver 100 % (95,1 100). Fortyndinger af tre kliniske GC-isolater blev testet på tre TIGRIS DTS-systemer og i parallelkørsler på DTS-systemerne. GC-isolaterne blev fortyndet i prøvetransportmedier og en pool af behandlede urinprøver. Koncentrationerne lå fra 150 celler pr. analyse til 5 celler pr. analyse, som er én log under den analytisk fastsatte sensitivitet for analysen på 50 celler/ analyse (362 celler/podning, 250 celler/ml urin). Procent positivitet mellem TIGRIS DTS- og DTS-systemerne svarede til 95 % konfidens for alle tre isolater ned til det analytisk fastsatte niveau. Fortyndinger under niveauet var også positive på begge platforme. Generelt set blev tilsvarende sensitivitet påvist ved et detektionsniveau på 50 celler pr. analyse på TIGRIS DTS- og DTS-systemerne. Et sensitivitetspanel i poolen med prøver fra vaginal podning og et sensitivitetspanel i poolen med efterbehandlede PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver blev klargjort med GC 250 fg rrna og testet i 60 replikater på TIGRIS DTS-systemet. Procent positivitet (95 % C.I.) på TIGRIS DTS-systemet for prøver fra vaginal podning var 100 % (95,1 100) og for efterbehandlede PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver 100 % (95,1-100). Undersøgelse af klinisk CT/GC-panel tilsat rrna prøver fra vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver Undersøgelsen af kliniske CT/GC-paneler tilsat rrna evaluerede overensstemmelse mellem de to systemer vha. to kliniske CT/GC-paneler tilsat 0 til fg rrna/analyse af CT og/ eller 0 til fg rrna/analyse af GC klargjort hos Gen-Probe. De kliniske CT/GCpaneler blev fremstillet af prøver fra vaginal podning og PreservCyt Solution Liquid Papprøver fra 309 kvindelige forsøgspersoner, hvis prøver havde negative APTIMA COMBO 2- analyseresultater på DTS-systemet, når de blev testet hos Gen-Probe. De negative prøver blev kombinerede efter prøvetype, tilsat eller ikke tilsat CT og/eller GC rrna og opdelt i aliquoter som replikater af hvert enkelt panelelement. Replikater af hver af de 13 panelelementer med forskellige niveauer af tilsat rrna blev kombineret, så der blev dannet ét klinisk panel for hver prøvetype. Hvert panel indeholdt i alt 132 replikater. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

77 Analytiske præstation for TIGRIS DTS-systemet Én vaginal podningsreplikat fra panelelementet med meget lav CT-koncentration (0,05 fg rrna/analyse) havde et tvetydigt CT-resultat på DTS-systemerne. Tabel 24 viser overensstemmelseprocenten for hvert niveau af rrna i henholdsvis vaginal podnings- og PreservCyt Solution Liquid Pap-panelerne i forhold til forventede CT- og GCresultater for TIGRIS DTS-systemet og for DTS-systemerne. Koncentrationen lå fra 1 log under til 3 logs over de 5 fg rrna/analyse for CT og 250 fg rrna/analyse for GC. Tabel 24 viser også den generelle overensstemmelsesprocent (99,2 % for vaginal podningspanelet og 100 % for PreservCyt Solution Liquid Pap-panelet). Tabel 24: Klinisk overensstemmelsesundersøgelse af CT/GC-paneler tilsat rrna: Overensstemmelse med forventede CT- og GC-resultater for vaginal podningspanel og PreservCyt Solution Liquid Pap-panel Panelelement CT/GC Koncentration (fg rrna/ analyse) CT GC Replikater TIGRIS % overensstem. Vaginal podningspanel PreservCyt Solution Liquid Pap-panel CT GC CT GC DTS % overensstem. TIGRIS % overensstem. DTS % overensstem. TIGRIS % overensstem. DTS % overensstem. TIGRIS % overensstem. DTS % overensstem. Lav/lav Lav/høj Høj/lav Høj/høj Meget lav/neg 0, , Lav/neg Middel/neg Høj/neg Neg/meget lav Neg/lav Neg/middel Neg/høj Neg/neg Generel overensstemmelsesprocent mellem TIGRIS og DTS (95 % C.I.): 99,2 % (95,8-100) Generel overensstemmelsesprocent mellem TIGRIS og DTS (95 % C.I.): 100 % (97,2-100) DTS % overensstem. = overensstemmelse mellem DTS-systemerne og forventede resultater. TIGRIS % overensstem. = overensstemmelse mellem TIGRIS DTS-systemet og forventede resultater. 1 1/10 replikater havde tvetydige CT-resultater på DTS-systemerne og blev udelukket fra denne analyse. 8/9 stemte overens med forventede resultater. 1/9 var CT- på DTS-systemerne. CT-koncentrationen i dette panelelement er 1 log under 5 fg rrna/ analyse. Analytisk undersøgelse af specificitetsækvivalens For analyser med nukleinsyreamplifikation bestemmes analytisk specificitet mht. individuelle organismer stort set af analysekemien (f.eks. oligonukleotide sekvenser) snarere end af platformen. Da reagenserne til APTIMA COMBO 2-analysen er identisk på TIGRIS DTSsystemet og DTS-systemerne, blev analytiske specificitetseksperimenter på TIGRIS DTSsystemet konstrueret til at fokusere på de mest udfordrende kulturisolater. Disse organismer inkluderede dem, der er kendt for at krydsreagere i andre amplifikationsanalyser. Fireogtyve (24) kulturisolater blev udvalgt fra organismepanelet i Tabel 15, inkl. 3 organismer, der er nært beslægtet med CT, og 17 organismer, der er nært beslægtet med GC. Alle de testede organismer gav negative resultater på TIGRIS DTS-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

78 Analytiske præstation for TIGRIS DTS-systemet Undersøgelse af interferensstoffers ækvivalens Blod, der almindeligvis findes i urogenitale prøver, kan interferere med visse amplifikationsanalyser. Der blev anvendt fuldblod til at fastsætte graden af interferens af blod på TIGRIS DTS-systemet og ækvivalensen mellem TIGRIS DTS-systemet og DTSsystemerne mht. dette potentielt interfererende stof. Der blev tilsat frisk blod til pools af kliniske podninger, vaginale podninger, efterbehandlede PreservCyt Solution Liquid Papprøver og urinprøver, som så blev testet for potentiel analyseinterferens ved fravær og tilstedeværelse af CT- og GC-target. Den estimerede rrna-ækvivalens af én CT IFU/analyse (5 fg/analyse) og 50 GC celler/analyse (250 fg/analyse) blev brugt, da disse repræsenterer analysens analytiske sensitivitet. rrna-ækvivalenserne er beregnet på grundlag af genomstørrelse og anslået DNA-RNA-forhold/celle i hver organisme. Prøverne blev testet på to TIGRIS DTS-systemer. Alle prøver med target-nukleinsyre var positive ved testning med et niveau på 10 % (vol/vol) blod i prøver fra podning, prøver fra vaginal podning og efterbehandlede PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver og 30 % (vol/vol) blod i urinprøver. Alle prøver, der ikke indeholdet target, blev korrekt identificeret som negative både mth. CT og GC. Disse resultater er identiske med resultaterne påvist for DTS-systemerne ved tilsætning af samme mængde blod. Blod, der tilsættes til prøver fra podning og vaginal podning, efterbehandlede PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver og urinprøver i niveauer, der er meget højere, end der kan forventes ved normal prøveudtagning, interfererede ikke med resultater på TIGRIS DTSsystemet. Overførselsundersøgelser for TIGRIS DTS-systemet Der blev udført en analytisk multidagsundersøgelse vha. paneler med tilsætning på tre TIGRIS DTS-systemer for at godtgøre, at TIGRIS DTS-systemet minimerer risiko for falsk positive resultater fra overførselskontaminering. Undersøgelsen anvendte 20 % høj-target GC-prøver, der indeholdt 1,0 x 10 9 celler/reaktion, som blev vilkårligt fordelt mellem 80 % negative prøver, der indeholdt podningstransportmedie. I løbet af undersøgelsen blev 1372 høj-target prøver og 5516 negative prøver testet på tværs af tre TIGRIS DTS-systemer. Gennemsnittet af den generelle overførselsgrad, inkl. både falsk positive og tvetydige resultater, var 0,3 % (18/5491). I alt 25 negative prøver blev rapporteret som ugyldige og blev udelukket fra beregningen. Der blev udført en separat analyse på en delmængde af undersøgelsespopulationen, der bestod af de negative prøver, der fulgte umiddelbart efter en høj-target positiv prøve. Denne gennemsnitlige overførselsgrad for denne delmængde af populationen, inkl. både falsk positive og tvetydige resultater, var 1,1 % (12/1097). For falsk positive resultater i denne delmængde lå overførselsgraden fra 0 %-1,1 % på tværs af de tre TIGRIS DTS til systemer. For tvetydige resultater i denne delmængde lå overførselsgraden fra 0 % til 0,9 % på tværs af de tre TIGRIS DTS-systemer. Resultaterne viser, at overførselskontaminering er minimal på TIGRIS DTS-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

79 Analytiske præstation for PANTHER-systemet Analytiske præstation for PANTHER-systemet Klinisk undersøgelse af overensstemmelse af paneler med tilsætning Individuelle negative urinprøver blev tilsat CT serovar G, GC eller en kombination af CT og GC for at skabe et panel af 120 CT positive, 120 GC positive og 120 dobbelt positive panelelementer. CT positive panelelementer blev tilsat organismer ved 0,25 IFU/mL, 2,5 IFU/mL eller 25 IFU/mL (0,5 fg/analyse, 5 fg/analyse, eller 50 fg/analyse). GC positive panelelementer blev tilsat organismer ved 12,5 CFU/mL, 125 CFU/mL eller 1250 CFU/mL (25 fg/analyse, 250 fg/analyse, eller 2500 fg/analyse). Dobbelt positive blev tilsat CTorganismer ved 2,5 IFU/mL (5 fg/analyse) og GC organismer ved CFU/mL ( fg/analyse) eller CT ved 25 IFU/mL (50 fg/analyse) og GC ved 1250 CFU/mL (2500 fg/analyse) eller CT ved IFU/mL ( fg/analyse) og GC ved 125 CFU/mL (250 fg/analyse) eller CT ved 2,5 IFU/mL (5 fg/analyse) og GC ved 125 CFU/mL (250 fg/analyse). Yderligere blev der opsamlet 120 CT og GC negative urinprøver. De positive og negative paneler blev testet på tre PANTHER-systemer og tre TIGRIS DTS-systemer. Positiv overensstemmelsesprocent mellem PANTHER-systemet og TIGRIS DTS-systemet var 100 % med et nedre 95 % konfidensinterval på 99,5 for CT og GC. Negativ overensstemmelses-procent mellem PANTHER-systemerne og TIGRIS DTS-systemerne var 99,9 % med et nedre 95 % konfidensinterval på 99,5. Undersøgelsens resultater vises i Tabel 25. Tabel 25: Klinisk undersøgelse af overensstemmelse af paneler med tilsætning: Overensstemmelse med forventede CT og GC resultater Koncentration (IFU eller CFU/mL) Koncentration (fg/analyse) CT GC Panelelement Replikater TIGRIS PANTHER TIGRIS PANTHER CT GC CT GC % overensstemstemstem. % overens- % overens- % overensstem. CT/GC-paneler 1,2 Lav/lav 2, Med/med Lav/høj 2, Høj/lav GC-paneler 2,3 Neg/meget lav 0 12, * Neg/lav Neg/middel 0 1, , CT-paneler 1,3 Meget lav/neg 0,25 0 0, Lav/neg 2, Middel/neg Negative paneler 3 Neg/neg ,7 99,7 *Et panelelement blev fremstillet forkert og blev udelukket fra analysen. 1 Generel CT positiv procent overensstemmelse mellem TIGRIS DTS-systemet og PANTHER-systemet (95 % C.I.): 100 % (99,5-100). 2 Generel GC positiv procent overensstemmelse mellem TIGRIS DTS-systemet og PANTHER-systemet (95 % C.I.): 100 % (99,5-100). 3 Generel negativ procent overensstemmelse mellem TIGRIS DTS-systemet og PANTHER-systemet (95 % C.I.): 99,9 % (99,5-100). APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

80 Analytiske præstation for PANTHER-systemet Undersøgelse af analytisk sensitivitet APTIMA COMBO 2-analysens analytiske sensitivitet blev testet vha. tre repræsentative prøvematricer. Disse bestod af urin behandlet med urintransportmedie (UTM), PreservCyt Liquid Pap-opløsning fortyndet med podningstransportmedie (STM) og STM. CT og GC rrna blev tilsat pools af disse tre matricer ved følgende koncentrationer ved RNAækvivalenskoncentrationer 0,5 fg/analyse, 5 fg/analyse og 50 fg/analyse (rrna-ækvivalens på 0,25 IFU/mL, 2,5 IFU/mL eller 25 IFU/mL) for CT eller 25 fg/analyse, 250 fg/analyse, eller 2500 fg/analyse for GC (rrna-ækvivalens på 12,5 CFU/mL, 125 CFU/mL eller 1250 CFU/mL). rrna-ækvivalenserne er beregnet på grundlag af genom-størrelse og anslået DNA-RNA-forhold/celle i hver organisme. Disse paneler blev testet på tre PANTHERsystemer vha. tre reagenslot i replikater på 96. Overensstemmelse med det forventede resultat blev beregnet. Overensstemmelse med de forventede resultater var 100 % (95 % C.I. 96,1 100 %) for alle urinpaneler, 100 % (95 % C.I. 96,0 100 %) for alle PreservCyt Liquid Pap-opløsningpaneler og 100 % (95 % C.I. 96,1 100 %) for alle STM-paneler. Den analytiske sensitivitet for analysen er 2,5 IFU/mL for CT og 125 CFU/mL for GC. Reproducerbarhedsundersøgelse APTIMA COMBO 2-analysens præcision blev evalueret på tværs af tre PANTHER-systemer og tre APTIMA COMBO 2-analysekitlot over en periode på 24 dage. Panelerne blev dannet ved at tilsætte CT og/eller GC rrna til STM ved de i Tabel 26 viste koncentrationer. Operatører udførte to kørsler pr. dag og kørte hvert panelelement i replikater af to pr. kørsel. Overensstemmelsen med det forventede resultat beregnet, og præcisionen blev vurderet iht. NCCLS-retningslinjer EP5-A2 (24). Det samlede antal replikater for hvert panel var 96. Tabel 26 viser RLU-dataenes præcision udtrykt som middelværdi, standardafvigelse, variationskoefficient (CV) og procent overensstemmelse med forventede resultater og beregninger af variabilitet fra instrument til instrument, fra lot til lot, fra kørsel til kørsel og inden for samme kørsel, såvel som samlet variabilitet. APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

81 Analytiske præstation for PANTHER-systemet Tabel 26: PANTHER-systemet præcision for APTIMA COMBO 2-analyse Matrice STM Urin PreservCyt Fra instrument Fra kørsel til Inden for Middel- % Fra lot til lot I alt CT GC til instrument kørsel samme kørsel N* RLU Overensstem. (IFU/mL) (CFU/mL) SD CV SD CV SD CV SD CV SD CV (x1000) (x1000) (%) (x1000) (%) (x1000) (%) (x1000) (%) (x1000) (%) ,06 1 0,88 13, ,02 15,7 1,3 20,1 0, ,03 5,7 20,03 1,6 8,43 0,7 47,05 3,8 87,1 7,1 2, ,97 6,2 6,11 0, ,87 2,6 84,8 6, ,85 5,7 15,3 1, ,58 3,1 84,3 6,6 0 12, ,44 1,7 28,59 2, ,68 2,5 43, ,81 2, ,86 0,7 27,58 2,2 41,6 3, ,41 2, ,83 0,8 31,83 2,4 44,4 3,4 2, ,58 3, ,99 2,2 101,5 4,1 2, ,13 2, ,8 0,8 46,77 1,9 89 3, ,72 1,3 6,14 0, ,66 7,8 196,3 7, ,63 3,4 9,36 0, ,35 2,1 99, ,2 3,2 0,66 10,8 0,36 5,9 1 16,3 1,3 21,2 0, ,73 8,2 165,65 19,2 47,97 5,6 132,27 15,3 228,6 26,5 2, , ,56 7,9 8,56 0,8 74,19 6,6 129,4 11, ,45 4,9 13,97 1,1 13,36 1,1 43,03 3,5 76,7 6,2 0 12, ,83 1,9 31,81 3,1 7,88 0,8 49,53 4,9 62,3 6, ,32 4,1 23,5 1,9 1,68 0,1 40,28 3,3 67,9 5, ,01 4,2 40,34 3,2 7,72 0,6 40,23 3,2 78,2 6,2 2, ,92 3,2 40,88 1,8 10,43 0,5 56,12 2,5 101,9 4, ,8 11, ,54 22,4 1,7 24,7 0, ,29 8,3 30,08 2, ,57 5, ,4 2, ,54 5,2 24,83 2, ,01 3,9 82,1 6, ,14 5,3 26,36 2,2 14,67 1,2 34,97 2,9 79,8 6,5 0 12, ,28 3,3 36,92 3,7 15,97 1,6 26,15 2,6 58,4 5, ,1 3,4 4,45 0,4 10,87 0,9 21,44 1, ,69 3 7,47 0,6 13,61 1,1 18,04 1,5 44,6 3,6 2, ,68 4,3 35,27 1,5 12,61 0,5 48,86 2,1 117,2 5 Bemærk: Variabiliteten pga. visse faktorer kan være numerisk negative, hvilket kan forekomme, hvis variabiliteten pga. disse faktorer er meget lille. Når dette forekommer, er SD=0 og CV=0 %. *Samlet antal replikater for hvert panel = 96. I udvalgte kørsler blev enkelte ugyldige replikater ikke omtestet. Analytisk specificitet Analytisk specificitet blev ikke testet på PANTHER-systemet. Der henvises til Analytiske præstation for TIGRIS DTS-systemet ang. Analytisk undersøgelse af specificitetsækvivalens. Undersøgelse af interferensstoffers ækvivalens Blod, der almindeligvis findes i urogenitale prøver, kan interferere med visse amplifikationsanalyser. Der blev anvendt fuldblod til at fastsætte graden af interferens af blod på PANTHER-systemet mht. dette potentielt interfererende stof. Der blev tilsat frisk blod til kliniske pools af prøver fra vaginal podning, efterbehandlede PreservCyt Solution Liquid Papprøver eller urinprøver, som så blev testet for potentiel analyseinterferens ved fravær og tilstedeværelse af CT- og GC-target. De estimerede rrna-ækvivalenser af én CT IFU/ analyse (5 fg/analyse) og 50 GC celler/analyse (250 fg/analyse) blev brugt som targetkoncentrationer, da disse repræsenterer analysens analytiske sensitivitet. Prøverne blev testet på PANTHER-systemet. Alle prøver med target-nukleinsyre var positive ved APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

82 Bibliografi testning med et niveau på 10 % (vol/vol) blod i prøver fra podning eller PreservCyt Solution Liquid Pap-prøver eller 30 % (vol/vol) blod i urinprøver. Alle prøver, der ikke indeholdet target, blev korrekt identificeret som negative både mth. CT og GC. Disse resultater er identiske med resultaterne påvist for TIGRIS DTS-systemerne ved tilsætning af samme mængde blod. Blod, der tilsættes til prøver fra podning, PreservCyt Solution Liquid Papprøver og urinprøver i niveauer, der er meget højere, end der kan forventes ved normal prøveudtagning, interfererede ikke med resultater på PANTHER-systemet. Overførselsundersøgelser for PANTHER-systemet Der blev udført en analytisk multikørselundersøgelse vha. paneler med tilsætning på tre PANTHER-systemer for at godtgøre, at PANTHER-systemet minimerer risiko for falsk positive resultater fra overførselskontaminering. Overførsel blev vurderet vha. ca. 20 % højtiter GC-prøver spredt mellem negative prøver. Kørslerne omfattede klynger af høj-positive prøver med klynger af høj-negative prøver, såvel som enkelte høj-positive spredt i et specifikt mønster inden for samme kørsel. Høj-titer prøver blev dannet vha. GC rrna tilsat til STM for at give en endelig koncentration på 5 x 10 5 fg rrna/reaktion (rrna ækvivalens på 2,5 x 10 5 CFU/mL). Testen blev udført vha. 5 kørsler på hvert af tre PANTHER-systemer med et samlet antal negative prøver på Den generelle overførselsgrad var 0 % med et 95 % konfidensinterval på 0 0,1 %. Fire negative prøver blev rapporteret som ugyldige og blev udelukket fra beregningen. Bibliografi 1. Beem, M. O., and E. M. Saxon Respiratory tract colonization and a distinctive pneumonia syndrome in infants infected with Chlamydia trachomatis. NEJM 296: Buimer, M., G. J. J. Van Doornum, S. Ching, P. G. H. Peerbooms, P. K. Plier, D. Ram, and H. H. Lee Detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae by Ligase chain reaction-based assays with clinical specimens from various sites: implications for diagnostic testing and screening. J. Clin. Microbiol. 34: Cates, Jr., W., and J. N. Wasserheit Genital chlamydia infections: epidemiology and reproductive sequelae. Am. J. Obstet. Gynecol. 164: Centers for Disease Control and Prevention Screening Tests to Detect Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae infections. United States Morbid. and Mortal. Weekly Rep. 51 (RR-15). 5. Centers for Disease Control and Prevention Sexually Transmitted Disease Surveillance Atlanta, GA: U.S. Department of Health and Human Services. November. 6. Chernesky, M. A., D. Jang, J. Sellors, K. Luinstra, S. Chong, S. Castriciano, and J. B. Mahony Urinary inhibitors of polymerase chain reaction and Ligase chain reaction and testing of multiple specimens may contribute to lower assay sensitivities for diagnosing Chlamydia trachomatis infected women. Mol. Cell. Probes. 11: Ching, S., H. Lee, E. W. Hook, III, M. R. Jacobs, and J. Zenilman Ligase chain reaction for detection of Neisseria gonorrhoeae in urogenital swabs. J. Clin. Microbiol. 33: Chong, S., D. Jang, X. Song, J. Mahony, A. Petrich, P. Barriga, and M. Chernesky Specimen processing and concentration of Chlamydia trachomatis added can influence false-negative rates in the LCx assay but not in the APTIMA COMBO 2 Assay when testing for inhibitors. J. Clin. Microbiol. 41: Crotchfelt, K. A., B. Pare, C. Gaydos, and T. C. Quinn Detection of Chlamydia trachomatis by the Gen-Probe AMPLIFIED Chlamydia Trachomatis assay (AMP CT) in urine specimens from men and women and endocervical specimens from women. J. Clin. Microbiol. 36: Farrel, D. J Evaluation of AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae PCR using cppb nested PCR and 16S rrna PCR. J. Clin. Microbiol. 37: Frommell, G. T., R. Rothenberg, S. Wang, and K. McIntosh Chlamydial infection of mothers and their infants. Journal of Pediatrics 95: Gaydos, C. A., T.C. Quinn, D. Willis, A. Weissfeld, E. W. Hook, D. H. Martin, D. V. Ferraro, and J. Schachter Performance of the APTIMA COMBO 2 Assay for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in female urine and endocervical swab specimens. J. Clin. Microbiol. 41: Goessens, W. H. F., J. W. Mouton, W. I. Van Der Meijden, S. Deelen, T. H. Van Rijsoort-Vos, N. L. Toom, H. Verbrugh, and R. P. Verkooyen Comparison of three commercially available amplification assays, AMP CT, LCx, and COBAS AMPLICOR, for detection of Chlamydia trachomatis in first-void urine. J. Clin. Microbiol. 35: Holmes, K. K., G. W. Counts, and H. N. Beatz Disseminated Gonococcal infection. Ann. of Intern. Med. 74: APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

83 Bibliografi 15. Holmes, K. K., H. H. Handsfield, S. P. Wang, B. B. Wentworth, M. Turck, J. B. Anderson, and E. R. Alexander Etiology of nongonococcal urethritis. NEJM 292: Hook, E. W., III, and H. H. Handsfield Gonococcal infections in the adult. p In K. Holmes et al. (eds.) Sexually Transmitted Diseases. McGraw Hill, New York, NY. 17. Jaschek, G., C. A. Gaydos, L. E. Welsh, and T. C. Quinn Direct detection of Chlamydia trachomatis in urine specimens from symptomatic and asymptomatic men by using a rapid polymerase chain reaction assay. J. Clin. Microbiol. 31: Krauss, S. J., R. C. Geller, G. H. Perkins, and D. L. Rhoden Interference of Neisseria gonorrhoeae growth by other bacterial species. J. Clin. Microbiol. 4: Mahony, J., S. Chong, D. Jang, K. Luinstra, M. Faught, D. Dalby, J. Sellors, and M. Chernesky Urine specimens from pregnant and nonpregnant women inhibitory to amplification of Chlamydia trachomatis nucleic acid by PCR, Ligase chain reaction, and transcription-mediated amplification: identification of urinary substances associated with inhibition and removal of inhibitory activity. J. Clin. Microbiol. 36: Masi, A. T., and B. I. Eisenstein Disseminated Gonococcal Infections (DGI) and Gonococcal Arthritis (GCA): II Clinical Manifestations, Diagnosis, Complications, Treatment and Prevention. Semin. Arthritis Rheum. 10: McCurdy, Brenda W Cumitech Guide on Verification and Validation of Procedures in the Microbiology Laboratory. February, 1997, American Society for Microbiology. ASM Press. 22. National Committee for Clinical Laboratory Standards NCCLS EP5-A: Evaluation of Precision Performance of Clinical Chemistry Devices; Approved Guideline (Vol. 19, No. 2). 23. National Committee for Clinical Laboratory Standards User Protocol for Evaluation of Qualitative Test Performance: Approved Guideline for additional Guidance on Appropriate Internal Quality Control Testing Practices. 24. National Committee for Clinical Laboratory Standards NCCLS EP5-A2: Evaluation of Precision Performance of Quantitative Measurement Methods: Approved Guideline (2nd edition, Vol. 24, No. 25). 25. Peterson E. M., V. Darrow, J. Blanding, S. Aarnaes, and L. M. de La Maza Reproducibility problems with the AMPLICOR PCR Chlamydia trachomatis test, J. Clin. Microbiol. 35: Schachter, J Chlamydiae (Psittacosis-Lymphogranuloma Venereum-Trachoma group), p In E. H. Lennette, et al. (ed.), Manual of Clinical Microbiology, 4 th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. 27. Schachter, J., and M. Grossman Chlamydial infections. Ann. Rev. Med. 32: Schachter, J Medical progress: chlamydial infections (third of three parts). NEJM 298: Schachter, J., E. C. Hill, E. B. King, V. R. Coleman, P. Jones, and K. F. Meyer Chlamydial infection in women with cervical dysplasia. Am. J. Obstet. Gynecol. 123: Stary, A., E. Schuh, M. Kerschbaumer, B. Gotz, and H. Lee Performance of transcription-mediated amplification and Ligase chain reaction assays for detection of chlamydial infection in urogenital samples obtained by invasive and noninvasive methods. J. Clin. Microbiol. 36: Toye, B., W. Woods, M. Bobrowska, and K. Ramotar Inhibition of PCR in genital and urine specimens submitted for Chlamydia trachomatis testing. J. Clin. Microbiol. 36: Verkooyen, R. P., A. Luijendijk, W. M. Huisman, W. H. F. Goessens, J. A. J. W. Kluytmans, J. H. Rijsoort-Vos, and H. A. Verbrugh Detection of PCR inhibitors in cervical specimens by using the AMPLICOR Chlamydia trachomatis assay. J. Clin. Microbiol. 34: Vincelette, J., J. Schirm, M. Bogard, A. Bourgault, D. Luijt, A. Bianchi, P. C. Van Voorst Vader, A. Butcher, and M. Rosenstraus Multicenter evaluation of the fully automated COBAS AMPLICOR PCR test for detection of Chlamydia trachomatis in urogenital specimens. J. Clin. Microbiol. 3: Yuan, Y., Y-X. Zhang, N. G. Watkins, and H. D. Caldwell Nucleotide and deduced amino acid sequences for the four variable domains of the major outer membrane proteins of the 15 Chlamydia trachomatis serovars. Infect. Immun. 57: APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C

84 Bibliografi Gen-Probe Incorporated San Diego, CA USA Kontaktoplysninger i USA og andre lande: Kundeservice: [email protected] Teknisk service: [email protected] Gratis opkald i USA og Canada: Kundeservice: Teknisk service: EMERGO EUROPE Molenstraat BH, Haag Holland GEN-PROBE, GEN-PROBE og design, APTIMA, APTIMA og design, APTIMA COMBO 2, DTS, LEADER, PACE, PANTHER, SB100 og TIGRIS er varemærker, der tilhører Gen-Probe Incorporated. eppendorf (stiliseret) og REPEATER er varemærker, der tilhører Eppendorf AG. PRESERVCYT og THINPREP er varemærker, der tilhører Hologic, Inc. TECAN og FREEDOM EVO er varemærker, der tilhører Tecan Group AG. Evt. andre varemærker i denne indlægsseddel tilhører deres respektive ejere Gen-Probe Incorporated DA Rev. C APTIMA COMBO 2-analyse DA Rev. C