ANBEFALINGER FOR URIN TIL DANSK CANCERBIOBANK URIN

Transkript

1 ANBEFALINGER FOR URIN TIL DANSK CANCERBIOBANK URIN DCB anbefaler én af nedenstående procedurer, alt efter om man indsamler urin supernatant og pellet, urin supernatant alene eller urin (ucentrifugeret). Procedure 1. Urin supernatant og pellet (Figur 1) Ref.: Tilpasset fra Esgueva et al. Next-generation prostate cancer biobanking: toward a processing protocol amenable for the International Cancer Genome Consortium. Diagn Mol Pathol June; 21(2): (Urinopsamling se Procedure 2A: Urin supernatant eller Procedure 2B: Urin supernatant) Centrifugen til urin tændes og nedkøles ved modtagelse af DCB prøver. Falconrør (50 ml) med urin centrifugeres ved 4 C, 1000g, 10 min. Sæt et mærke på røret ud for pellets position Fordel 4 x ~2ml urin supernatant i 4 cryorør mærket urin sup. Fjern supernatanten uden at forstyrre pellet Genopslem og vask pellet i ~10ml kold PBS (PBS uden Ca og Mg) Centrifuger ved 4 C, 1000g, 5 min Fjern supernatanten uden at forstyrre pellet Genopslem pellet i ~1,0 ml kold PBS Overfør til et safe-lock eppendorfrør mrk. urin pellet Centrifuger ved 4 C, 1000g, 5 min. Fjern supernatanten, frys pellet DCB Tekniske anbefalinger URIN/v Side 1

2 Figur 1. Procedure 1.Urin supernatant og pellet 1 50 ml falconrør med urin. Prøvetid noteres Centrifuger 4 C, 1000g, 10 min Fjern resten af supernatanten ~2ml urin supernatant Vask pellet i 10 ml kold PBS (uden Ca/Mg) Centrifuger 4 C, 1000g, 5 min Fjern supernatant Genopslem pellet i ~1 ml PBS Overfør til 1 mikrorør Centrifuger 4 C, 1000g, 5 min Fjern supernatanten 05 1 urin pellet Opbevaring: Alle rør ved -80 C DCB Tekniske anbefalinger URIN/v Side 2

3 Procedure 2A: Urin supernatant Ref.: Procedure SCAPIS fra KI Biobank, Karolinska Institutet Ca. 10 ml urin opsamles i hvidt plastbæger (f.eks. Duni ) Biobank: Overfør ca. 2 3,6ml urin til 2 separate 4ml cryorør (f.eks. Simport cryovial) Opbevar rørene ved stuetemperatur indtil centrifugering ved 2000g, 5 min. Overfør supernatanten til nye cryorør, frys disse Procedure 2B: Urin supernatant Ref.: Procedure LifeGene fra KI Biobank, Karolinska Instituttet Prøveopsamlingskop BD art nr eller tilsvarende. Vask hænderne Åbn låget på urinbægeret. Placér låget med sugerøret opad Opsaml midtstråleurin (lad den første urin løbe ned i toilettet) bægeret fyldes ca. ¼. Skru låget fast Stilles på køl indenfor 1t. Biobank: Centrifugér ved 2000g, 5 min i egnede rør Overfør supernatanten til nye cryorør, frys disse Procedure 3: Urin Biobank: Velblandet urin (ingen centrifugering) fryses, eks. 2 2ml i Sarstedt micro tubes DCB Tekniske anbefalinger URIN/v Side 3

4 Anbefalinger til laboratoriet Dato og klokkeslæt for prøvetagning, modtagelse i laboratoriet og nedfrysning noteres. Mikrorør til opbevaring af prøver bør være forsynet med tætsluttende skruelåg med gummi O- ring. Det anbefales at anvende mikrorør og skruelåg, der er certificeret fri for DNaser, RNaser og humant DNA. Det anbefales at bruge handsker ved håndtering af prøver i laboratoriet. Se dokumentet Forslag til utensilier og reagenser for vejledende indkøbsinformationer. Opbevaring Urin supernatant og -pellet opbevares ved -80 C. Fryser, racks og bokse i fryser mærkes med etiketter udskrevet fra DCB registreringsmodul (Tabel 1.Etiketter til fryser). Frysere tilkobles alarm for temperaturstigning samt instruks for aktion ved driftsstop. Det anbefales endvidere at udarbejde instruks for manuel overvågning af frysere, samt at tilslutte frysere et system for enten temperatur logning, hvor den absolutte temperatur hen over døgnet fremgår, eller et system hvor evt. afvigelser udover fastsatte grænseværdier kan ses. Fyldte vanddunke placeret i en halvtom fryser kan forsinke optøning af prøver i tilfælde af driftsstop. En tom -80 C reservefryser skal være til rådighed til brug ved driftsstop; reservefryseren anbefales at være forafkølet. DCB registreringsmodul I DCB registreringsmodul oprettes på forhånd flg.: Klassifikationer: Beholder type, katalognummer og producent for prøverør, mikrorør og fryser. Fryser: Frysere oprettes lokalt eller centralt afhængig af brugerrettigheder i registreringsmodulet. Til urin kan man evt. oprette en virtuel fryser i en eksisterende DCB fryser. Fryser indrettes med antal søjler (racks), bokse og antal positioner i den enkelte boks. Fryser navngives; forkortelse tildeles automatisk af registreringsmodulet. Fryser, racks og æsker mærkes med etiketter udskrevet fra DCB registreringsmodul (Tabel 1.Etiketter til fryser). Fraktionssæt: Urinsæt 1, 2 eller 3 med relevante fraktioner og angivelse af evt. centrifugeringstid, g-tal 1 og centrifugeringstemperatur. Det er af tekniske årsager kun muligt at registrere én centrifugering pr. fraktion i et fraktionssæt. For pellet kan man derfor registrere den samlede tid for centrifugering (Tabel 2.Materiale i DCB) Registrering og mærkning af urinprøver Urin fraktioner registreres online i DCB registreringsmodul via patientens CPR-nr. Det anbefales at registrere urin som en selvstændig prøve med ét materiale (Urinsæt 1, 3 eller 3), hvorved man kan registrere de specifikke prøvetagnings- og nedfrysningstider for materialet. Som basisoplysninger for den enkelte prøve registreres følgende: Prøvetagende Laboratorium (SHAKkode, Sygehus afdelingsklassifikation), evt. Eksternt prøvenr. (står nederst på etiketten), Patient CPR-nr., evt. Rekvirerende afd. (SHAKkode), tidspunkter for Materiale 1 g=0, *r*rpm 2, eksempelvis 4500 RPM ved rotorradius 9 cm svarer til 2038 g. DCB Tekniske anbefalinger URIN/v Side 4

5 udtaget af patient og for Materiale modtaget i laboratoriet, kræfttype i form af Formodet primært organ [Tabel 4.Formodet primært organ (cancertype) i Dansk CancerBiobank], Patientsamtykke til biobank, Transporttemperatur samt Projektoplysninger ved tilknytning til forskningsprojekt (navn på projektet samt evt. projektpatientid). Evt. afvigelser fra nærværende standard operating procedures (fx temperaturændring, apparatursvigt, optøningsepisoder) noteres under Supplerende oplysninger. Registreringsmodulet tildeler hver prøve, materiale og fraktion et unikt ID (Tabel 3.Unikke ID er og etiket til fraktion). Fra registreringsmodulet udskrives etiketter til cryorør/mikrorør til opbevaring af prøver. Af etiketten fremgår FraktionsID (årstal og DCB fortløbende nummer, materiale- og fraktionsnummer, laboratorium SOR kode), centerafdeling, formodet primært organ, fraktionstype og evt. eksternt prøvenummer. FraktionsID er samtidig indeholdt i 2D stregkoden. Det eksterne prøvenummer (valgfrit) kan anvendes til at sikre prøveidentitet ved håndtering af flere prøver på én gang ved at koble en prøve med den medfølgende blodprøveseddel fra Labka (Tabel 3.Unikke ID er og etiket til fraktion). DCB Tekniske anbefalinger URIN/v Side 5

6 Tabel 1.Etiketter til fryser Fryser Rack Boks Påsættes bund og låg (2 etiketter udskrives automatisk) Tabel 2.Materiale i DCB Procedure Materiale i DCB Fraktion Antal Standardværdier 1. Urin supernatant urin supernatant 4 4 C, 1000g, 10 min Urinsæt 1 og pellet urin pellet 1 4 C, 1000g, i alt 20 min 2A og 2B. Urin supernatant Urinsæt 2 urin supernatant 2-4 RT, 2000g, 5 min 3. Urin Urinsæt 3 Urin 2 0 (Ingen centrifugering) Tabel 3.Unikke ID er og etiket til fraktion Unikke ID er i DCB registreringsmodul Etiket til fraktion DCB Tekniske anbefalinger URIN/v Side 6

7 Tabel 4.Formodet primært organ (cancertype) i Dansk CancerBiobank Analregionen Andet Appendix Binyre Blod Blodkar Bronchie og lunge Cervix uteri Colon Corpus uteri Esophagus Galdeveje Hjerte Hud og subcutis Knoglemarv Knogler og led Lever Lymfeknude Mamma Milt Mund, læbe og tunge Muskler, sene og bløddele Nervesystem Nyre Næse, bihule og nasopharynx Ovarium Pancreas Penis Pharynx Placenta Pleura Prostata Rectum Spytkirtel Testis Thyreoidea og parathyreoidea Tonsil Tuba Uterina, parametrium Tyndtarm Urinveje og blære Vagina Ventrikel og oment Vulva Øje Øre DCB Tekniske anbefalinger URIN/v Side 7