ANBEFALINGER FOR VÆVSPRØVER TIL DANSK CANCERBIOBANK VÆV

Transkript

1 ANBEFALINGER FOR VÆVSPRØVER TIL DANSK CANCERBIOBANK VÆV Data om laboratoriet Som baggrundsinformation om prøvetagning registreres følgende i registreringsmodulet for Dansk CancerBiobank (DCB): Producent og katalognummer for mikrorør/låg og fryser Indfrysningsmetode (flydende kvælstof eller tørisafkølet isopentan) O.C.T. Tissue-Tek metode (folieforme eller rør) Fryserindretning i form af antal søjler (racks), bokse og antal positioner i den enkelte boks. Fryser kan navngives, mens forkortelse tildeles automatisk af registreringsmodul. Fryser, racks og bokse i fryser mærkes med etiketter udskrevet fra DCB registreringsmodul (Tabel 1). Frysere oprettes lokalt eller centralt afhængig af brugerrettigheder i registreringsmodulet. Praktisk procedure Håndtering Dato og klokkeslæt for fjernelse af væv registreres på operationsstuen af operatør eller sygeplejerske. Fremsendelse af operationspræparater/biopsier til patologiafdelingen anbefales at foregå på is så hurtigt som muligt. Alternativt kan udtagning af væv til biobank ske på operationsafdelingen, hvis lokale forhold nødvendiggør dette. Der udtages straks væv fra tumor og - hvis muligt - normalvæv til direkte nedfrysning (tørt nedfrosset), til formalinfiksering med efterfølgende paraffinindstøbning, til montering i O.C.T. Tissue-Tek samt til behandling i RNAlater (Figur 1: to modeller for udskæring af væv til samtlige anbefalede fraktioner). Væv skal lynfryses hurtigst muligt efter udtagning fra patienten og optimalt indenfor 60 min., men også væv, der ikke kan nedfryses indenfor 60 min., medtages i indsamlingen. Afhængig af præparatets størrelse udtages optimalt tumor- og normalvævsstykker på mm til komplet standard fraktionssæt á 8 frosne fraktioner og 1 paraffinblok (i alt 9 fraktioner/deltager, Figur 1 og Tabel 2). Såfremt tumorstørrelsen er lille i en af dimensionerne, kan størrelsen tilpasses tilsvarende. Der udtages væv til biobank, såfremt der er nok til blot en enkelt tumor fraktion. Såfremt der ikke er tumorvæv nok til alle 9 fraktioner, er prioriteringsrækkefølgen almindelig nedfrysning (tørt nedfrosset, nabo til diagnostisk materiale) paraffinindstøbt væv O.C.T. Tissue-Tek monteret væv RNAlater behandlet væv. Det enkelte biobankcenter afgør selv, om der i så fald udtages til f.eks. 4 tørt eller til én af hver af ovennævnte fraktioner.

2 Det normale væv kan være fra det parrede organ (uden tumor væv) eller kan være fra samme tumorbærende organ med angivelse af afstand (cm) til tumor. Udtagning af væv til biobanken må ikke forhindre optimal diagnostik. Skønnes dette at være tilfældet, undlades vævsudtagning helt eller delvist. Dette registreres i så fald i modulet som deltager uden materiale og med oplysning om årsag i supplerende oplysninger. Det anbefales at bruge handsker ved håndtering af vævsmateriale i laboratoriet. Almindelig nedfrysning (tørt nedfrosset): Nedfrysningsdato og klokkeslæt noteres. Antal vævsstykker samt placering i biobank fryseren registreres. Væv indfryses i rør ved anvendelse af tøris-afkølet isopentan (2-methyl butan) eller flydende kvælstof. Transport af indfrosset væv til fryser skal ske på tøris. Paraffinindstøbt væv: Dato og klokkeslæt for start og slut af formalinfiksering registreres. Fikseringstiden anbefales at være 24 timer, maksimalt 48 timer. For nogle tumortyper kan det anbefales altid at lave paraffinblok trods sparsom materialemængde. Udtaget tumor og normalvæv verificeres efterfølgende i registreringsmodulet ud fra et H&E farvet vævssnit af det paraffinindstøbte væv. Såfremt der kun findes nedfrosne materialer, verificeres vævet ud fra H&E farvet diagnostisk nabosnit til materialet udtaget til biobank. O.C.T. Tissue-Tek monteret væv: Dato og klokkeslæt for montering af væv i O.C.T. Tissue- Tek noteres. Væv monteres enten direkte i O.C.T. Tissue-Tek i specialrør eller monteres i O.C.T. Tissue-Tek i folieforme, der efterfølgende placeres i microrør (A eller B som beskrevet nedenfor) (Tabel 3. Indkøbsinformationer (vejledende)). For begge metoder anvendes tørisafkølet isopentan (2-methyl butan, Bilag 1) eller flydende kvælstof til indfrysning. Transport af monteret væv til opbevaring i -80 C fryser skal foregå på tøris. Antal vævsstykker samt placering i biobankfryser registreres. A. Indstøbning af væv i Tissue-tek rør. Prøveidentifikationsoplysninger (f.eks. CPR-nr., tumor/normal) noteres med tusch på røret. Der skal anvendes specielle Tissue-Tek rør 1. Kom Tissue-Tek i bunden af røret, ca. 3-5 mm. Læg vævet ned oven på Tissue-Tek en Fyld røret ca. ¾ op med Tissue-Tek. Vævet skal være fuldstændigt dækket, også hvis røret ligger på siden under indfrysningen. Overfør prøven til flydende kvælstof så hurtigt som muligt. Indfrysningstid ca. 2 min. (max. 15 min.) Prøven overføres til -20 C fryser. Herved opvarmes prøven til en håndterbar temperatur. Prøve ID label påføres røret. Husk: rørets overflade skal være tør, for at labelen kan binde. Prøven overføres til -80 C (langtidsopbevaring) Når prøven skal anvendes, skæres bunden af røret og præparatet skubbes ud. 1 Prøve ID labelen falder af Tissue-Tek røret, hvis det placeres i flydende kvælstof

3 B. Indstøbning af væv i folieforme. Der benyttes folieforme fra NH Technology. En metalkop fyldes med isopentan og sættes ned i en termospand. Tøris knuses og fyldes i termospanden rundt omkring metalkoppen med isopentan. Der fyldes lidt O.C.T. Tissue-Tek i en folieform, hvorefter vævet lægges ovenpå. O.C.T. Tissue-Tek kan evt. forfryses så vævet kan orienteres i formen. Der fyldes efter med O.C.T. Compound til randen af formen. Alt vævet skal være dækket. På en lille hvid seddel skrives præparatnummer og undernummer. Dette lægges ovenpå O.C.T. Compound i formen med nummeret opad, så det er synligt. Alternativt skrives præparatnummer og undernummer direkte på folieformen. Vævet i O.C.T. Tissue-Tek sænkes ned i isopentan omgivet af tøris vha. holder eller pincet (holder=bakke med håndtag hvorved bakken kan nedsænkes i isopentan), og fryses ned i 30 sek.-1 min. Efterfølgende placeres foliebakke indeholdende monteret væv i rør påsat biobank label. Efter indfrysning transporteres vævet til -80 C fryser på tøris. Væv til senere RNA analyse: Dato og klokkeslæt for start og slut af behandling i RNAlater registreres. De enkelte vævsstykker placeres straks i rør indeholdende ½ ml RNAlater, og henstilles minimum et døgn/maksimum 2 uger ved 4 C. Før det RNAlater behandlede væv nedfryses, afpippeteres RNAlater bufferen fra røret. Datoer og klokkeslæt, antal vævsstykker samt placering i biobankfryser registreres i registreringsmodulet. Gemmeglas bør være forsynet med tætsluttende skruelåg med gummi O-ring. De anbefalede mikrorør og skruelåg er certificeret fri for DNaser, RNaser og humant DNA. Se Tabel 3 for vejledende indkøbsinformationer vedr. utensilier. Registrering og mærkning af vævsprøver Patologiafdelingen opretter biobank paraffinblokken med tilhørende H&E farvede snit i patologisystemet under rutine rekvisitionsnummeret. Vævsmateriale oprettes online i DCB registreringsmodul via rekvisitionsnummeret eller via patientens CPR-nr. Som basisoplysninger for den enkelte prøve registreres følgende: laboratorium (SOR afdelingskode), eksternt prøvenr. som udgøres af 8-cifret patologisystem rekvisitions nr., tidspunkter for materiale udtaget af patient og for materiale modtaget i laboratoriet, kræfttype i form af formodet primært organ (Tabel 4), oplysninger om patientsamtykke til opbevaring af materiale i biobank, transporttemperatur samt projektoplysninger ved evt. tilknytning til forskningsprojekt (Navn på projektet samt eventuelt projekt ID). Evt. afvigelser fra nærværende standard operating procedures (f.eks. temperaturændring, apparatursvigt, optøningsepisoder) registreres i registreringsmodulet under supplerende oplysninger.

4 Registreringsmodulet tildeler hver prøve et unikt biobank løbenummer, hvori patologisystemets rekvisitionsnummer indgår, f.eks. 01DK : metodik for vævsnummer DK: Nationalitet : Afdelingsklassifikationskoden (SKS) for indleverende afdeling = laboratorium 00: anvendes ikke for væv : patologisystem rekv.nr. = eksternt prøvenr. (årstal indgår som første 2 cifre i nummeret [10]) 01: Eksternt materialenummer (anvendes kun for væv) 01: Biobank materialenummer, ingen reference til type, da det tildeles fortløbende. 01=Fraktionsnummer starter altid med 01 og stiger til antal fraktioner, der er udtaget fra materialet (anbefalet 9 fraktioner hørende til hvert materiale). Fra registreringsmodulet udskrives etiketter til cryorør til opbevaring af prøver. Af etiketten fremgår biobank prøvenummer, biobankcenter, formodet primært organ og fraktionstype. Biobank prøvenummeret er samtidig indeholdt i 2D stregkoden (Tabel 2). Opbevaring Vævsprøver (tørt nedfrosset, O.C.T. Tissue-Tek monteret og RNAlater behandlet) opbevares i -80 C fryser i nummererede racks/søjler i bokse. Fryser, racks og bokse i fryser mærkes med etiketter udskrevet fra DCB registreringsmodulet (Tabel 1). Frysere tilkobles alarm for temperaturstigning samt instruks for aktion ved driftsstop. Det anbefales endvidere at udarbejde instruks for manuel overvågning af frysere, samt at tilslutte frysere et system for enten temperatur logning, hvor den absolutte temperatur hen over døgnet fremgår, eller et system hvor evt. afvigelser udover fastsatte grænseværdier kan ses. Fyldte vanddunke placeret i en halvtom fryser kan forsinke optøning af prøver i tilfælde af driftsstop. En tom -80 C reservefryser skal være til rådighed til brug ved driftsstop; reservefryseren anbefales at være forafkølet. Paraffinindstøbte klodser, mærket med Dansk CancerBiobank, opbevares sammen med afdelingens rutine paraffinindstøbte væv; H&E farvede snit, anvendt til verifikation, mærkes med Dansk CancerBiobank, gemmes og opbevares sammen med afdelingens øvrige snit udtaget til diagnostisk brug. Biobankmaterialer skal opbevares for eftertiden og må ikke kasseres i forbindelse med patologiafdelingens oprydning i andre glas/præparater.

5 Figur 1. Vævsfraktioner Dansk CancerBiobank To modeller for udskæring af væv til samtlige anbefalede fraktioner

6 Vævsfraktioner i Dansk CancerBiobank Tabel 1. Etiketter til fryser Fryser Rack Boks Påsættes bund og låg (2 etiketter udskrives automatisk) Tabel 2. Klargøring af 8 rør + 1 kapsel for hvert fuldt fraktionssæt af tumor- og normalvæv pr. deltager. Fraktion Antal Etiket eksempel Oplysninger på etiket Almindelig nedfrysning (tørt) 4 Patologisystem rekv.nr. afdelingskode, materiale- og Paraffin indstøbt væv 1 fraktionsnummer O.C.T. Tissue-Tek monteret væv 2 biobankcenter formodet primært organ RNAlater behandlet væv 2 fraktionstype 2D kode med biobank prøvenummer

7 Tabel 3. Indkøbsinformationer (vejledende) Etiket til 2,0ml mikrorør Etiket til 2,0ml mikrorør Produkt Størrelse Producent Katalognr. Leverandør Kontakt Polyamide coated nylon, klæbestof permanent akryl, godkendt til -196 C Polyester klæbestof akryl 310 testet til -40 C 38,1mm 19,05mm Rullestørrelse stk. 20mm 25mm Brady 3M THT (3M label 7816E) Chemo Electric A/S Klimax A/S Folieforme Til nedfrysning 5000 stk NH-technology NH-technology Fryserrack Fryseæske Mikrorør 2,0 ml til 11 æsker/bokse PP Hvid U.skruelåg Polypropylene u.fod m.grad. Neutr. 52x130mm 9x9rum 2,0ml pose á 500 stk Scientific Specialties Inc Buch & Holm Tlf Tlf NA-KEA50- C81WH SS RNAlater 500 ml Ambion AM7021 Skruelåg Skruelåg til mikrorør Neutral, m. O- ring (findes også i farver) Scientific Specialties Inc. SS In Vitro In Vitro Applied Biosystems In Vitro Tlf Tlf Tlf info@in-vitro.dk Tlf info@in-vitro.dk Tlf biosystems.dk Tlf info@in-vitro.dk Pris, DKK (marts 2013) DKK 1.905,- Stykpris 25 øre ved min stk. (okt. 2009) Stykpris 4,90 v/min ,70 98,- Listepris 2318,- (maj 2011) 186,- Obs. Etiketten overlapper sig selv rundt om mikrorør Overlap laves ved at låse med blank etiket rundt om mikrorør Stykpris ved køb af min. 15 stk. Oplys tilbud nr Pris pr. pose ved køb af min. 10 poser. Oplys tilbud nr Pris pr. pose ved køb af min. 10 poser. Oplys tilbud nr

8 Tissue-Tek Produkt Størrelse Producent Katalognr. Leverandør Kontakt Tissue-Tek O.C.T Compound 118 ml flaske Sakura Finetek SAK 4583 Sakura Prohosp Tlf Pris, DKK (marts 2013) Obs. Tissue-Tek rør Tissue-Tek folieforme Prøvebeholder med snap-låg, flad bund Folieform 2,5ml, pose á 100 stk. Individuelt tilpasset Kartell VWR & Bie & Berntsen nh-tehnology - nh-technology Tlf Tlf ,- (maj 2011) kr v/5000 stk. kr v/1000 stk. (maj 2011) Specialrør til Tissue-Tek. Bund kan skæres af, forsegles igen med Tissue-Tek Prisen afhænger af antal

9 Tabel 4. Formodet primært organ (cancertype) i Dansk CancerBiobank Analregionen Andet Appendix Binyre Blod Blodkar Bronchie og lunge Cervix uteri Colon Corpus uteri Esophagus Galdeveje Hjerte Hud og subcutis Knoglemarv Knogler og led Lever Lymfeknude Mamma Milt Mund, læbe og tunge Muskler, sene og bløddele Nervesystem Nyre Næse, bihule og nasopharynx Ovarium Pancreas Penis Pharynx Placenta Pleura Prostata Rectum Spytkirtel Testis Thyreoidea og parathyreoidea Tonsil Tuba Uterina, parametrium Tyndtarm Urinveje og blære Vagina Ventrikel og oment Vulva Øje Øre

10 Bilag 1