Genomisk Selektion Fra DNA til genomisk avlsværdi

Transkript

1 Genomisk Selektion Fra DNA til genomisk avlsværdi præsenteret af Gert Pedersen Aamand Personalemøde

2 Genomisk selektion historien kort genmarkører kan bestemmes for hvert dyr Første avlsværdital ud fra genmarkører for Holstein 2009 Første avlsværdital ud fra genmarkører for RDC og Jersey 2010 Udveksling af referencedyr Holstein - Eurogenomics

3 30 kromosomer Hvert kromosom er et langt DNA molekyle baser

4 Gen 1 Gen 2 ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCTAGCTAGCTAGGTACCACATATAGATACATC sekvens : opskriften på en given egenskaben Gen = en sekvens (ORD) som påvirker egenskaben Omkring gener

5 Gen 1 Gen 2 Tyr 1 Tyr 2 ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCTAGCTAGCTAGGTACCACATATAGATACATC ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCTAGCTAGCTAGGTACCACATATAGATACATC Tyr 3 Tyr 4 ATGACTAGGTCTCGATCGTCGCTATAGGGCTAGCTAGCTAGCTAGGTACCACATATAGATACATC ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCTAGCTAGCTAGGTACCACATATAGATACATC SNP 1-2 Million SNPer Avlsværdi De fleste uden effekt Vi ved ikke hvilke

6 Gen 1 Tyr 1 Tyr 2 ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCT AGCTAGCTAGG GACCACATATAGATACATC ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCT AGCTAGCTAGG TACCACATATAGATACATC Tyr 3 Tyr 4 ATGACTAGGTCTCGATCGTCGCTATAGGGCTCGCT TGCTAGCTAGG GACCACATATAGATACATC ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCT AGCTAGCTAGG TACCACATATAGATACATC SNP Avlsværdi

7 Gen 1 Tyr 1 Tyr 2 ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCT AGCTAGCTAGG CACCACATATAGATACATC ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCT AGCTAGCTAGG AACCACATATAGATACATC Tyr 3 Tyr 4 ATGACTAGGTCTCGATCGTCGCTATAGGGCTCGCT TGCTAGCTAGG CACCACATATAGATACATC ATGACTAGGTCTCGATCGTAGCTATAGGGCTAGCT AGCTAGCTAGG AACCACATATAGATACATC SNP Vi bruger ca jævnt fordelte SNPer Avlsværdi

8 Tyre med kendte avlsværdier og deres genmarkører skaber en DNA-ordbog DNA-ordbog Høj kvalitet af registreringer i praksis Genmarkører SNP er Kendte avlsværdier

9 Tyre med kendte avlsværdier og deres genmarkører skaber en DNA-ordbog DNA-ordbog Tyre der anvendes til at skrive ordbogen med kaldes reference tyre har både genmarkører og kendte avlsværdier Genmarkører Kendte avlsværdier

10 Tyre med kendte avlsværdier og deres genmarkører skaber en DNA-ordbog DNA-ordbog Ordbogen bliver bedre jo flere referencetyre der er! Genmarkører Kendte avlsværdier

11 Tyre med kendte avlsværdier og deres genmarkører skaber en DNA-ordbog Holstein Eurogenomics reference tyre DNA-ordbog +10% sikkerhed (50 til 60%) Genmarkører Kendte avlsværdier

12 Bulls with known EBVs and SNPs create the DNA-dictionary Reference bulls: SNPs DNA-dictionary 16,000 Eurogenomics (HOL) 12,000 US+CDN (HOL) 5,000 Brown Swiss More cooperations will be established EBVs

13 Racerne har forskellig DNA-dialekt DNA-ordbog Holstein DNA-ordbog Røde racer DNA-ordbog Jersey

14 Referencepopulationer - andre samarbejdsmuligheder Holstein flere lande RDC Norge Jersey USA/CDN

15 Genmarkører fra unge dyr bliver oversat til genomiske avlsværdier HOL 40-60% DNA-ordbog JER 30-50% RDC 25-45% Genmarkører fra unge dyr genomiske avlsværdier

16

17 Avlsmål og genomisk selektion Avlsmålet er det samme med og uden genomisk selection men: Sammensætningen af den genetiske fremgang er forskellig Større fremgang for funktionelle egenskaber relativ til ydelse og type/eksteriør Større fremgang for senere laktationer relativ til første laktation 17

18 I fremtiden vælger vi alle tyrefædre Christian Sørensen, DJF blandt de genomisk selekterede ungtyre 90% Andel af valgte tyre 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% Nordisk Avlsværdi 1 Vurdering 2 3 4Nordic 5Cattle 6Genetic 7 Evaluation Tyrens alder 18

19 Forkortelser DGV (SNP effekter) Direct Genomic Value EBV (registreringer i praksis) vores nuværende indeks - Estimated breeding value DGV & EBV = GEBV GEBV (SNP effekter + registreringer i praksis) Genomic Enhanched Breeding value

20 Hvad bruges i praksis i dag Ungtyre og GenVikplus tyre valgt efter DGV er (DGV er angives med +/-) Tyremødre vælges i et vist omfang også efter DGV er

21 Hvad arbejder avlsgruppen med? Beregning af DGV for alle egenskaber Sammenregning af DGV & EBV Validering af metode til genomisk avlsværdivurdering Planlægning af rutine drift og publicering Information omg genomisk avlsværdivurdering

22 Hvad indeholder genomiske avlsværdital? En masse afstamningsinformation som også er inkluderet i det traditionelle afstamningsindeks (PA) Værdifuld information om mendelsk udspaltning 22

23 Kritiske punkter ved Genomisk Selektion Sammenligning af genomisk testede et år gamle tyre og tyre med døtregruppe bedømmelse. Stabilitet DGV Sikkerhed DGV 23

24 Registrations Today High quality and lots of data Future with genomic selection High quality and lots of data Data from practice will still be the key!!

25 Future DNA-dictionary SNPs 3K,50K,700K (whole genome) Phenotypes Number of animals tested depends on prices: Today in total about 300 Euro Future prices for 3K, 50K, 700K?

26 Future DNA-dictionary SNPs EBVs Low prices Large scale testing/screening Large scale DNA collection DNA available on females with new registrations 3 year ahead!

27 Future DNA-dictionary Statistical methods will be improved SNPs EBVs

28 Samarbejdsprojekt ligger bag Forskningsinstitutioner i Danmark, Finland og Sverige VikingGenetics Nordisk Avlsværdivurdering