COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test CT TIL IN VITRO-DIAGNOSTIK. Bestillingsoplysninger AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 US: 83315 AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 Tests P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 US: 83319 COBAS AMPLICOR CT DK 100 Tests P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR DK 100 Tests P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 US: 83276 COBAS AMPLICOR WB 500 Tests P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 US: 83314 Nedenstående kit kan bruges til detektion af neisseria gonorrhoeae i prøver, der er amplificeret ved hjælp af AMPLICOR CT/NG Amplification Kit. Detektion af neisseria gonorrhoeae er valgfrit for brugeren. COBAS AMPLICOR NG DK 100 Tests P/N: 20757535 122 Neisseria gonorrhoeae ART: 07 5753 5 Detection Kit US: 83278 Nedenstående kit kan bruges til detektion af CT/NG-intern kontrol, der er amplificeret ved hjælp af AMPLICOR CT/NG Amplification Kit. Detektion af CT/NG-intern kontrol er valgfrit for brugeren ved test af urinprøver eller podeprøver, der er indsamlet i chlamydia-kulturtransportmedier. Detektion af intern kontrol er påkrævet ved test af podeprøver, der er indsamlet og transporteret ved hjælp af AMPLICOR STD Swab Specimen Collection og Transport Kit. COBAS AMPLICOR IC DK 100 Tests P/N: 20757608 122 Internal Control Detection Kit ART: 07 5760 8 US: 83281 Nedenstående kit kan anvendes til indsamling og transport af intracervikale og uretrale podeprøver. AMPLICOR STD STD SWAB 50 Tests P/N: 20753920 122 Swab Specimen Collection and ART: 07 5392 0 Transport Kit US: 83075 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 1/35 P/N: 037886791 190
Tilsigtet brug COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis (CT) -testen er en kvalitativ in vitro-diagnosticering til bestemmelse af C. trachomatis-dna i kliniske prøver på COBAS AMPLICOR-analyseinstrumentet. Testen anvender nukleinsyreamplifikationsmetoden PCR (Polymerase Chain Reaction) og nukleinsyrehybridisering til detektion af C. trachomatis i urogenitale prøver. Oversigt over og forklaring af testen Chlamydia er en gram-negativ, ikke-motil bakterie, der lever som obligate intracellulære parasitter i eukaryoter på grund af deres manglende evne til at syntetisere ATP. Chlamydia-slægten består af fire beskrevne arter: C. trachomatis, C. psittaci, C. pecorum og C. pneumoniae (TWAR). C. psittaci og C. pecorum er primært patogener hos dyr 1-3. C. trachomatis-infektioner betragtes nu som den næststørste årsag til seksuelt overførte sygdomme (STD) i verden med ca. 89,1 millioner tilfælde årligt. 4 I USA er der ca. 3 millioner tilfælde om året 5. C. trachomatis er kendt for at forårsage cervicitis, underlivsbetændelse (PID), infant conjunctivitis, infant pneumonia, urethritis, epididymitis og proctitis 1,6. C. trachomatis er også den mest almindelige årsag (ca. 25-55% af tilfældene) til non-gonorroisk uretrit (NGU) hos mænd (ca. 55% af tilfældene). Konsekvenserne for chlamydia-infektioner hos kvinder er alvorlige, hvis de ikke behandles. Da ca. tre fjerdedele af disse infektioner er uden symptomer, opdages og behandles sygdommen i mange tilfælde ikke, hvilket fører til yderligere problemer hos især gravide kvinder. Børn født af chlamydia-smittede mødre har stor risiko for at udvikle indesluttet conjunctivitis og pneumoni. Der findes flere metoder til detektion af C. trachomatis i kliniske prøver. Metoderne omfatter direkte Giemsa-farvning af inficeret væv, detektion af indesluttede chlamydia-legemer i inficerede dyrkningsceller ved hjælp af fluorescerende antistoffarvning, direkte antigen-detektion ved hjælp af fluorescerende antistoffarve og nukleinsyreprober 1,7-9. Kulturen er meget specifik, men er mindre end 100% sensitiv, når den anvendes i klinisk praksis. Da chlamydia-dyrkning ikke er 100% sensitiv, er det blevet foreslået, at der bruges flere ikke-dyrkningstest for at identificere inficerede prøver, der ikke detekteres via dyrkning 10. Ikke-dyrkningstestmetoder bruges til at identificere organismedele (proteiner eller nukleinsyrer), der forventes at korrelere med smitsomme organismer. Disse metoder kan detektere yderligere positive prøver, der ikke detekteres via dyrkning. Da metoderne er mindre end 100% specifikke anbefales det at verificere C. trachomatis-antigenet eller nukleinsyren med en alternativ metode (handling anbefalet af CDC, 1993) 4. Principper for proceduren COBAS AMPLICOR CT-testen er baseret på fire hovedprocesser: Prøveforberedelse, PCR-amplifikation 11,12 af target-dna ved hjælp af CTspecifikke komplementære primere, hybridisering af de amplificerede produkter til oligonukleotide prober, der er specifikke for target, samt detektion af de probebundne, amplificerede produkter ved kolorimetrisk bestemmelse. Udviklingen i en PCR-analyse omfatter identifikation af det bestemte område af target-dna, der skal amplificeres, og en syntese af to korte biotinylerede 2/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis oligonukleotide primere, der er komplementære til de områder, der ligger ved siden af targetsekvensen. De biotinylerede primere bindes til det komplementære tilstødende område, og DNA-polymerasen udvider sekvensen i retningen 5' til 3' ved hjælp af overskydende deoxynukleosid trifosfater (dntp er) i reaktionsblandingen og danner derved en biotinyleret, komplementær DNA-sekvens, der kaldes et amplikon. En oligonukleotid probe, der er specifik for amplikonet, er bundet til en fast støtte (mikropartikler) og bruges til hybridisering (opfangning) af amplikonet. Detektionssystemet i analysen anvender et avidin/horseradish-peroxidasekonjugat (HRP), som bindes til det biotinylerede amplikon, der er opfanget af mikropartiklerne. Et brintoveriltesubstrat og tetramethylbenzidin (TMB)-kromofor bruges til at danne farve. COBAS AMPLICOR CT-testen er en multiplex-analyse, der tillader samtidig amplifikation af C. trachomatis-target-dna, Neisseria gonorrhoeae-target-dna og CT/NG-intern kontrol (CT/NG IC)-DNA. Master Mix-reagenset indeholder to biotinylerede primere, der er specifikke for C. trachomatis, N. gonorrhoeae og CT/NG IC Detektionen af N. gonorrhoeae-amplificeret DNA kan udføres, når brugeren vælger det. Detektionen af CT/NG-intern kontrol skal udføres ved test af podeprøver, der er indsamlet og transporteret ved hjælp af AMPLICOR STD Swab Specimen Collection og Transport Kit Detektionen af CT/NG-intern kontrol kan udføres, når brugeren vælger det, ved test af urinprøver eller podeprøver, der er indsamlet og transporteret i chlamydia-kulturtransportmedier. Forberedelse af prøver PCR-amplifikation Urogenitale epitelceller, der er indsamlet via podeprøver eller pelleteret fra urin, behandles med en rensemiddelopløsning for at frigøre chlamydia-dna et i de retikulære chlamydia-legemer. En anden rensemiddelopløsning tilføjes derefter for at klargøre den lyserede prøve til amplifikation. Valg af target C. trachomatis indeholder ud over kromosom-dna et kryptisk plasmid-dna på ca. 7500 basepar, der er almindelig for alle serotyper af C. trachomatis 13,14. COBAS AMPLICOR CT-testen bruger primerne CP24 og CP27 til at definere en DNAsekvens på ca. 208 nukleotider i det kryptiske plasmid-dna fra C. trachomatis. Targetamplifikation Behandlede prøver tilsættes amplifikationsblandingen i amplifikationsrørene (A-rør), hvor PCR-reaktionen foregår. Reaktionsblandingen opvarmes for at adskille den dobbeltstrengede DNA-helix og vise den specifikke primers targetsekvenser på det kryptiske plasmid-dna fra C. trachomatis. Når blandingen afkøler, bindes de biotinylerede primere, CP24 og CP27, til target-dna et. Ved tilstedeværelsen af overskydende deoxynukleosid trifosfater (dntp er), herunder deoxyadenosin, deoxyguanosin, deoxycytocin og deoxyuridin (i stedet for deoxythymidin) trifosfater, forlænger den termostabile Thermus aquaticus DNA-polymerase (Taqpol) de bundne primere langs targetskabelonerne for at producere et dobbeltstrenget DNA-molekyle på 208 basepar, der kaldes et amplikon. COBAS AMPLICORanalyseinstrumentet gentager automatisk denne proces et bestemt antal gange, hvor mængden af amplikon-dna teoretisk fordobles for hver cyklus. Intern kontrol-amplifikation I enzymbaserede amplifikationprocesser, som f.eks. PCR, kan effektiviteten reduceres af de inhibitorer, der kan forekomme i den kliniske prøve. CT/NGintern kontrol gør det muligt at identificere behandlede prøver, der indeholder 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 3/35
stoffer, som kan give interferens med PCR-amplifikationen. CT/NG-intern kontrol er et ikke-smitsomt, rekombinant DNA-plasmid med primerbindingsområder, der er identiske med dem i C. trachomatis-targetsekvensen, en randomiseret intern sekvens, der har samme længde og basesammensætning som C. trachomatis-targetsekvensen, samt et unikt probebindingsområde, der adskiller CT/NG-intern kontrol-amplikonet fra targetamplikonet. Disse funktioner er valgt for at sikre en ensartet amplifikation af CT/NG-intern kontrol- og C. trachomatistarget-dna et. CT/NG-intern kontrolreagensen medfølger i AMPLICOR CT/NG Amplification Kit og tilsættes hver enkelt amplifikationsreaktion og coamplificeres med target-dna fra den kliniske prøve. Det valgfri COBAS AMPLICOR Internal Control Detection Kit indeholder en IC-specifik oligonukleotid-opfangningsprobe, der kan bruges til at identificere et positivt ICsignal i reaktionsblandingen. CT/NG-intern kontrol er udviklet til at identificere prøver, der indeholder inhibitorer, som påvirker amplifikationen og detektionen af 20 eller flere kopier af C. trachomatis-targetnukleinsyre som er bestemt ved Poisson-analyse. Detektionen af CT/NG-intern kontrol kan udføres, når brugeren vælger det, ved test af urinprøver eller podeprøver, der er indsamlet og transporteret i chlamydia-kulturtransportmedier. Detektion af CT/NG-intern kontrol er påkrævet ved test af podeprøver, der er indsamlet og transporteret ved hjælp af AMPLICOR STD Swab Specimen Collection og Transport Kit. Selektiv amplifikation Selektiv amplifikation af targetnukleinsyren fra den kliniske prøve opnås i COBAS AMPLICOR CT-testen ved hjælp af AmpErase (uracil-n-glycosylase)-enzym og deoxyuridin trifosfat (dutp). AmpErase registrerer og katalyserer nedbrydningen af DNA-strenge, der indeholder deoxyuridin 15, men ikke DNA-strenge, der indeholder deoxythymidin. Deoxyuridin findes ikke i naturligt forekommende DNA, men findes altid i amplikon på grund af, at deoxyuridin trifosfat bruges i stedet for deoxythymidin trifosfat som en af dntp erne i Master Mix-reagensen. Det er derfor kun amplikonet, der indeholder deoxyuridin. Deoxyuridin gør forurenende amplikon modtagelig for nedbrydning med AmpErase-enzym før amplifikationen af target-dna et. AmpEraseenzym, der findes i Master Mix-reagenset, katalyserer spaltningen af deoxyuridinholdigt DNA ved deoxyuridin-resterne ved at åbne deoxyribosekæden ved positionen C1. Ved opvarmning i den første termiske cyklus ved basisk ph i Master Mix brækker amplikonets DNA-kæde ved positionen for deoxyuridin, og dermed kan DNA et ikke amplificeres. AmpErase-enzym er inaktivt ved temperaturer over 55 C, dvs. i de termiske cyklusser, og derfor ødelægges target-amplikonet ikke. Efter amplifikation denatureres resterende enzym ved at tilsætte denatureringsopløsningen, hvilket forhindrer nedbrydningen af target-amplikoner. Det er påvist, at AmpErase-enzym i COBAS AMPLICOR CT Test deaktiverer mindst 10 3 kopier af deoxyuridin-holdigt C. trachomatis-amplikon pr. PCR. Hybridiseringsreaktion Efter PCR-amplifikation tilsætter COBAS AMPLICOR-analyseinstrumentet automatisk denatureringsopløsning til A-rørene for at denaturere CT-amplikonet og CT/NG-intern kontrol-amplikonet kemisk. Derved dannes enkeltstrenget DNA. Aliquoter af denatureret amplikon overføres derefter til detektionskopper (Dkopper). En opløsning af magnetiske partikler, der er belagt med en oligonukleotid detektionsprobe for C. trachomatis (eller intern kontrol, når brugeren vælger det), tilsættes de enkelte D-kopper. Det biotinmærkede CT og CT/NG-intern kontrolamplikon hybridiseres til de targetspecifikke oligonukleotidprober, der er bundet til de magnetiske partikler. Hybridiseringen af amplikonet til den targetspecifikke probe øger den samlede specificitet for testen. 4/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis Detektionsreaktion Efter hybridiseringsreaktionen skyller COBAS AMPLICOR-analyseinstrumentet de magnetiske partikler i D-kopperne for at fjerne ubundet materiale og tilsætter derefter avidin/horseradish-peroxidasekonjugat. Avidin/horseradish-peroxidasekonjugatet bindes til det biotin-mærkede amplikon, der er hybridiseret af de targetspecifikke oligonukleotid-detektionsprober, der er bundet til de magnetiske partikler. COBAS AMPLICOR-analyseinstrumentet fjerner ubundet konjugat ved at skylle de magnetiske partikler og tilsætter derefter en substratopløsning, der indeholder brintoverilte og 3,3',5,5'-tetramethylbenzidin (TMB) i hver D-kop. Ved tilstedeværelsen af brintoverilte katalyserer den partikelbundne horseradishperoxidase oxideringen af TMB for at danne et farvet kompleks for hvilket, der måles absorbans ved hjælp af COBAS AMPLICOR-analyseinstrumentet ved en bølgelængde på 660 nm. Reagenser AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 test P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 AMPLICOR CT/NG prøveforberedelseskit US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG-urinvaskebuffer) Tris-HCl-buffer 300 mm natriumklorid < 0,1% rensemiddel 0,09% natriumazid CT/NG LYS (CT/NG-lysisreagens) Tris-HCl-buffer < 1% emulgator 0,09% natriumazid CT/NG DIL (CT/NG-prøvediluent) Tris-HCl-buffer 6 mm magnesiumklorid < 25% rensemiddel 0,05% natriumazid 1 x 50 ml 1 x 25 ml 2 x 50 ml AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 test P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG amplifikationskit US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG Master Mix) Tris-HCl-buffer EDTA 100 mm kaliumklorid Glycerol < 0,016% dutp < 0,01% AmpliTaq (Taq DNA-polymerase, mikrobiel) < 0,005% datp, dctp, dgtp < 0,01% AmpErase (uracil-n-glycosylase)-enzym (mikrobiel) < 0,0004% SS01-, SS02-, CP24- og CP27-primere, biotinylerede 0,05% natriumazid 3 x 1,8 ml 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 5/35
CT/NG IC (CT/NG-intern kontrol) Tris-HCl-buffer < 0,001% ikke-smitsom, rekombinant plasmid-dna (mikrobiel) indeholdende CT-primerbindingssekvenser og et unikt probebindingsområde < 0,005% Poly ra RNA (syntetisk) EDTA Amaranth-farve 0,05% natriumazid CT (+) C [C. trachomatis (+)-kontrol] Tris-HCl-buffer < 0,001% ikke-smitsomt, rekombinant plasmid-dna (syntetisk) indeholdende C. trachomatis-sekvenser < 0,005% Poly ra RNA (syntetisk) < 0,5% rensemiddel EDTA 0,05% natriumazid NG (+) C [C. trachomatis ( )-kontrol] Tris-HCl-buffer < 0,001% ikke-smitsomt, rekombinant plasmid-dna (syntetisk) indeholdende N. gonorrhoeae-sekvenser < 0,005% Poly ra RNA (syntetisk) < 0,5% rensemiddel EDTA 0,05% natriumazid 3 x 0,1 ml 1 x 0,8 ml 1 x 0,8 ml COBAS AMPLICOR CT DK 100 test P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis detektionskit CT PS1 (CT-probeopløsning 1) MES-buffer < 0,3% opløsning af Dynabeads (paramagnetiske partikler), der er belagt med C. trachomatis-specifik oligonukleotid-opfangningsprobe (CP35) 0,9% natriumazid CT4 (CT-probeopløsning 2) Natriumfosfatbuffer 25% natriumthiocyanat < 0,2% emulgator + Xn 25% (w/w) natriumthiocyanat 1 x 100 test 1 x 100 test Sundhedsskadelig 6/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis COBAS AMPLICOR DK 100 test P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR detektionsreagenskit US: 83276 DN4 (Denatureringsopløsning) 1,6% natriumhydroxid EDTA Thymolblå + Xi 1,6% (w/w) natriumhydroxid 1 x 100 test Lokalirriterende CN4 (Avidin/horseradish-peroxidasekonjugat) Tris-HCl-buffer < 0,001% Avidin/horseradish-peroxidasekonjugat Serumalbumin fra kvæg (fra pattedyr) Emulsit 25 (Dai-ichi Kogyo Seiyaku Co., Ltd.) 0,1% Phenol 1% ProClin 150 SB3 (Substrat A) Citratopløsning 0,01% brintoverilte 0,1% ProClin 150 SB (Substrat B) 0,1% 3,3',5,5'-tetramethylbenzidin (TMB) 40% dimethylformamid (DMF) T 40% (w/w) dimethylformamid (DMF) 1 x 100 test 5 x 75 test 5 x 5 ml Giftig R: 61-20/21-36 Kan skade barnet under graviditeten. Farlig ved indånding og ved hudkontakt. Irriterer øjnene. S: 53-45 Undgå enhver kontakt - indhent særlige anvisninger før brug. Ved ulykkestilfælde eller ved ildebefindende er omgående lægebehandling nødvendig; vis etiketten, hvis det er muligt. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 7/35
COBAS AMPLICOR WB 500 test P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR vaskebuffer US: 83314 WB (10X-skyllekoncentrat) < 2% fosfatbuffer < 9% natriumklorid EDTA < 2% rensemiddel 0,5% ProClin 300 2 x 250 test Advarsler og forholdsregler Til in vitro-diagnosticering. Udtrykket kopi refererer til 1 kopi af C. trachomatis-targetnukleinsyre i denne metodemanual. Én (1) kopi svarer til den mindste mængde C. trachomatistargetnukleinsyre, der kan generere et positivt PCR-testresultat. Denne test er kun beregnet til intracervikal-, uretral- og urinprøver. Testen er ikke beregnet til hals-, rektal- eller andre prøvetyper, end dem der er angivet. Undgå at pipettere med munden. Der må ikke spises, drikkes eller ryges i laboratoriets arbejdsområder. Anvend engangsbeskyttelseshandsker, kitler og sikkerhedsbriller ved håndtering af prøver og reagenser. Vask hænderne grundigt efter at have håndteret prøver og reagenser. Undgå bakteriekontaminering af reagenser, når der fjernes aliquoter fra reagensflaskerne. Det anbefales at bruge sterile engangspipetter og pipettespidser. Reagenser fra forskellige lot eller fra forskellige flasker fra det samme lot må ikke blandes sammen. Reagenser og affald skal bortskaffes i overensstemmelse med nationale, regionale og lokale bestemmelser. Et kit må ikke anvendes efter udløbsdatoen. Du kan rekvirere MSDS er (Material Safety Data Sheets) hos den lokale Rocheforhandler. Arbejdsgangen i laboratoriet skal være envejs, idet der startes i preamplifikationsområdet og fortsættes i post-amplifikationsområdet (amplifikation / detektion). Pre-amplifikationsaktiviteterne skal starte med klargøring af reagenser og fortsætte med klargøring af prøver. Beholdninger og udstyr skal være specielt beregnet til pre-amplifikationsaktiviteten og må ikke bruges til andre aktiviteter eller flyttes mellem områder. Der skal bæres handsker i hvert enkelt område, og de skal skiftes, før området forlades. Udstyr og beholdninger, der bruges til forberedelse af reagenser, må ikke bruges til forberedelse af prøver eller til pipettering eller behandling af amplificeret DNA eller andre target-dna-kilder. Beholdninger og udstyr til post-amplifikation skal altid bibeholdes i postamplifikationsområdet. 8/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis Prøver skal håndteres som smittefarligt materiale i overensstemmelse med laboratoriesikkerhedsprocedurer som dem, der er beskrevet i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 16 og i CLSI-dokument M29-A 17. Rengør grundigt og desinficer alle arbejdsflader med en nyfremstillet 0,5% natriumhypochlorit-opløsning i demineraliseret eller destilleret vand. Almindelig tilgængeligt flydende blegemiddel til husholdningsbrug indeholder typisk natriumhypochlorid med en koncentration på 5,25%. En 1:10 fortynding af blegemidlet giver en 0,5% natriumhypochloridopløsning. Prøver, der er modtaget i laboratoriet med vatpinden bibeholdt i AMPLICOR STM, kan ikke godkendes til test. Disse prøver skal kasseres, og der skal indsamles en ny prøve. Prøver, der er indsamlet og transporteret ved hjælp af AMPLICOR STD Swab Specimen Collection og Transport Kit kan muligvis inbibere PCR. Der skal udføres detektion af CT/NG-intern kontrol ved test af disse prøver. Podeprøver, der transporteres i kulturtransportmedier til Chlamydia, skal opbevares i transportrøret som visuel bekræftelse af prøvepodningen. COBAS AMPLICOR CT/NG-testen for Chlamydia trachomatis er evalueret ved hjælp af prøver, der er transporteret med podeprøven i Chlamydia-kulturtransportmedie (CTM)-røret. CTM-prøver, der transporteres uden podeprøver, er ikke evalueret og anbefales ikke til denne test. Opbevaring af urinprøver ved stuetemperatur i mere end 24 timer kan resultere i forringelse af prøverne. Urinprøver, der er opbevaret i mere end 24 timer ved stuetemperatur, må ikke bruges til test. CT/NG URINE WASH, CT/NG LYS, CT/NG DIL, CT/NG MMX, CT/NG IC, CT (+) C, NG (+) C, CT PS1 og IC PS1 indeholder natriumazid. Natriumazid kan reagere med bly- og kobberinstallationer og danne højeksplosive metalazider. Når natriumazid-holdige opløsninger hældes ud i laboratorievasken, skal afløbet skylles med store mængder vand for at undgå ophobning af azider. Brug beskyttelsesbriller, kitler og engangshandsker ved håndtering af DN4, CN4, SB3, SB og arbejdssubstrat (blandet SB3- og SB-reagens). Undgå, at hud, øjne og slimhinder kommer i kontakt med disse materialer. Hvis der opstår kontakt, skal du straks skylle med store mængder vand. Der kan opstå ætsninger, hvis det ikke behandles. Hvis disse reagenser spildes, skal du fortynde med vand, før de tørres op. Undgå kontakt mellem hud eller slimhinder og SB eller arbejdssubstratet. Hvis der opstår hudkontakt, skal du straks skylle med store mængder vand. SB og arbejdssubstratet indeholder dimethylformamid, der er rapporteret som giftigt ved høje orale doser og kan virke fosterskadende. Undgå hudkontakt, indånding af dampe samt indtagelse. Hvis der opstår hudkontakt, skal du vaske grundigt med vand og sæbe samt straks søge læge. Der skal bruges rør med skruelåg til klargøring af prøver og kontroller for at undgå stænk og potentiel krydskontaminering af prøver. Brug ikke rør med snaplukning. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/35
Krav til opbevaring og håndtering Reagenser må ikke nedfryses. CT/NG LYS opbevares ved 2-25 C. CT/NG URINE WASH og CT/NG DIL opbevares ved 2-8 C. Hvis der dannes bundfald i disse reagenser under opbevaringen, skal de opvarmes til den omgivende temperatur og blandes grundigt før brug. Reagenserne kan holde sig til den angivne udløbsdato. CT/NG MMX og CT/NG IC opbevares ved 2-8 C. Uåbnet kan disse reagenser holde sig indtil den angivne udløbsdato. Arbejds-Master Mix (forberedes ved tilsætning af CT/NG IC til CT/NG MMX) skal opbevares ved 2-8 C og kan holde sig i 4 uger. CT (+) C og NG (+) C opbevares ved 2-8 C. Reagenserne kan holde sig indtil den angivne udløbsdato. CT PS1 og CT4 opbevares ved 2-8 C. Reagenserne kan holde sig indtil den angivne udløbsdato. Når først CT PS1 og CT4 er blandet, kan arbejdsreagensen holde sig i 30 dage ved 2-8 C. Arbejdsreagensen kan anvendes i højst 6 instrumentcyklusser (12 timer pr. cyklus) og skal opbevares ved 2-8 C mellem instrumentcyklusser. DN4 opbevares ved 2-25 C. DN4 kan holde sig indtil den angivne udløbsdato. Efter åbning kan DN4 holde sig i 30 dage ved 2-8 C eller indtil udløbsdatoen afhængig af, hvad der indtræder først. DN4 kan anvendes i højest 6 instrumentcyklusser (12 timer pr. cyklus) og skal opbevares ved 2-8 C mellem instrumentcyklusser. CN4 opbevares ved 2-8 C. CN4 kan holde sig indtil den angivne udløbsdato. Efter åbning kan CN4-reagens holde sig i 30 dage ved 2-8 C eller indtil udløbsdatoen afhængig af, hvad der indtræder først. CN4 kan anvendes i højest 6 instrumentcyklusser (12 timer pr. cyklus) og skal opbevares ved 2-8 C mellem instrumentcyklusser. SB3 og SB opbevares ved 2-8 C. Uåbnet kan disse reagenser holde sig indtil de angivne udløbsdatoer. Der skal forberedes arbejdssubstrat hver dag ved blanding af SB3 med SB. Arbejdssubstratet kan holde sig i 16 timer på COBAS AMPLICORanalyseinstrumentet. Udsæt ikke SB3, SB eller arbejdssubstrat for metaller, oxideringsmidler eller direkte lys. WB opbevares ved 2-30 C. WB kan holde sig indtil den angivne udløbsdato. Undersøg WB, og opvarm ved 30-37 C for at opløse evt. bundfald igen, hvis det er nødvendigt. Arbejdsvaskebuffer (1X), der er forberedt ved 1:10 fortynding af WB med destilleret eller demineraliseret vand, skal opbevares ved 2-25 C i COBAS AMPLICOR-vaskebufferreservoiret og kan holde sig i 2 uger fra forberedelsesdatoen. Detektionsreagenser, der ikke er helt opbrugt, skal opbevares ved 2-8 C mellem instrumentkørsler. Kontroller udløbsdatoen på åbnede reagenser eller arbejdsreagenser, før de indsættes i COBAS AMPLICOR-analyseinstrumentet. 10/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis Medfølgende materialer AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 AMPLICOR CT7NG prøveforberedelseskit US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG-urinvaskebuffer) CT/NG LYS (CT/NG-lysisreagens) CT/NG DIL (CT/NG-prøvediluent) AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG amplifikationskit US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG Master Mix) CT/NG IC (CT/NG-intern kontrol) CT (+) C [C. trachomatis (+)-kontrol] NG (+) C [C. trachomatis ( )-kontrol] COBAS AMPLICOR CT DK P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis Detection Kit ART: 07 5749 7 COBAS AMPLICOR US: 83277 Chlamydia trachomatis detektionskit CT PS1 (CT-probeopløsning 1) CT4 (CT-probeopløsning 2) COBAS AMPLICOR DK P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR detektionsreagenskit US: 83276 DN4 (Denatureringsopløsning) CN4 (Avidin/horseradish-peroxidasekonjugat) SB3 (Substrat A) SB (Substrat B) 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 11/35
COBAS AMPLICOR WB P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR vaskebuffer US: 83314 WB (10X-skyllekoncentrat) Nødvendige, men ikke medfølgende materialer Indsamling af prøver Intracervikale og uretrale podeprøver: Brug kun vatpinde med dacron-, rayoneller kalciumalginatspidser med skafter af plastik eller ikke-aluminium. Chlamydia Culture Transport Media (Chlamydia-transportmedium eller CTM): Brug kun 2SP CTM, Bartels ChlamTrans CTM (Bartels, Inc.), SPG CTM eller M4 CTM (MicroTest, Inc.) Urinindsamlingskopper af polypropylen uden konserveringsmidler Pre-amplifikation Reagensklargøringsområde COBAS AMPLICOR-A-ring monteret med 12 A-rør (ART: 10 4563 6; P/N: 21045636001) Holder til COBAS AMPLICOR-A-ring Eppendorf Multipette -pipette med 1,25 ml Combitip -reservoir (steril, enkeltpakket) Pipetter (kapacitet 100 µl)* med aerosolfilter eller stempelspidser Vortex-mixer Engangshandsker, uden pulver Pre-amplifikation Prøve- og kontrolforberedelsesområdet 2,0 ml polypropylen-rør med skruelåg, sterile, ikke-silikoniseret, konisk (Sarstedt 72.693.005 eller tilsvarende)** Glasrack (Sarstedt 93.1428 eller tilsvarende) Sterile overførselspipetter med målestreger Pipetter (kapacitet 50 µl, 100 µl, 200 µl, 250 µl, 500 µl og 1000 µl)* med aerosolfilter eller stempelspidser Mikrocentrifuge (maks. RCF 16.000 x g, min. RCF 12.500 x g), Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M eller tilsvarende Forlængede aerosolfilterspidser (Matrix 7055 eller tilsvarende) til prøver, der transporteres i kulturtransportmedier til AMPLICOR STM, M4 eller Bartels ChlamTrans 37 C ± 2 C varmeblok Vortex-mixer Trækpapir Engangshandsker, uden pulver 12/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis Post-amplifikation Amplifikations-/detektionsområdet COBAS AMPLICOR-analyseinstrument og printer Brugerhåndbog til COBAS AMPLICOR-analyseinstrumentet Metodemanual til COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis-testen Rack med D-kopper (ART: 10 4564 4; P/N: 21045644001) Destilleret eller demineraliseret vand 5 ml serologiske pipetter Cylinder med målestreger (min. 1 liter) Vortex-mixer Engangshandsker, uden pulver * Pipetter må højst afvige 3% fra den angivne volumen. Der skal anvendes aerosolfilter eller stempelspidser, hvor det er angivet, for at undgå krydskontaminering af prøver og amplikoner. ** Der skal bruges rør med skruelåg til klargøring af prøver og kontroller for at undgå stænk og potentiel krydskontaminering af prøver og kontroller. Brug ikke rør med snaplukning. Indsamling, transport og opbevaring af prøver Alle prøver skal håndteres som potentielt smittefarlige. De eneste acceptable prøver er: 1. Urinprøver (fra mænd og kvinder), der transporteres i rene polypropylenbeholdere. Brug ikke urinprøver, der er indsamlet i beholdere, som indeholder konserveringsmidler. 2. Endocervikale og uretrale podeprøver, der er indsamlet ved hjælp af AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. Der skal udføres detektion af CT/NG-intern kontrol ved test af disse prøver. 3. Endocervikale og uretrale podeprøver, der er indsamlet og transporteret i: 2SP Culture Transport Medium, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Bartels, Inc), SPG CTM, M4 Culture Transport Medium (MicroTest, Inc.). Medielot skal være godkendt til brug i hvert laboratorium (se afsnittet Kvalitetskontrol for at få yderligere oplysninger). Følg instruktionerne om korrekt prøveindsamling nedenfor for at opnå pålidelige testresultater. Testen er ikke beregnet til hals-, rektal- eller andre prøvetyper, end dem der er angivet. For at sikre levering af prøver til testlaboratoriet i høj kvalitet, skal urinprøver og urogenitale podeprøver transporteres til laboratoriet så hurtigt som muligt. Prøver bør kun transporteres under kontrollerede temperaturforhold. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 13/35
Indsamling af prøver Urinprøver Patienten må ikke have urineret de sidste 2 timer. 1. Indsaml 10-50 ml af første del af urinen (første del af strømmen) i en ren polypropylenbeholder uden konserveringsmidler. 2. Forsegl prøvebeholderen, og påsæt en etiket med de relevante oplysninger. Følg laboratoriets procedurer for indsamling og transport. Prøven kan transporteres til testlaboratoriet ved stuetemperatur 18-25 C. Podeprøver indsamlet i AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Fjern mucus fra exocervix med en af de medfølgende store vatpinde, og kasser den. 2. Indfør den anden store vatpind i den intracervikale kanal, indtil spidsen af vatpinden ikke længere kan ses. 3. Rotér i 3-5 sekunder, træk vatpinden ud, og undgå kontakt med de vaginale overflader. 4. Placer podeprøven i AMPLICOR STM-røret, og ryst eller omrør vatpinden kraftigt i væsken i 15 sekunder. Der kan forekomme inhibering af PCR, hvis vatpinden forbliver i kontakt med STM i mere end 15 sekunder. 5. Fjern væsken fra vatpinden ved at presse vatpinden mod rørets sider. Eventuel overskydende mucus i prøven skal på dette tidspunkt fjernes ved hjælp af vatpinden. Fjern eventuel resterende væske fra mucus ved at presse vatpinden mod siden af røret. Fjern vatpinden med eventuel resterende mucus, og kasser den. Sæt låg på røret. 6. Forsegl prøvebeholderen, og påsæt en etiket med de relevante oplysninger. Følg laboratoriets procedurer for transport. Opbevar prøverne ved stuetemperatur, før de transporteres til laboratoriet. Podeprøver indsamlet i kulturtransportmedier (CTM) 1. Endocervikale og uretrale podeprøver kan indsamles og transporteres i 1-3 ml 2SP Culture Transport Medium, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Bartels, Inc.), SPG Culture Transport Medium eller M4 Culture Transport Medium (MicroTest, Inc.). Brug de anbefalede metoder til prøvetagning af cervikale- og squamo-cervikale celler efter fjernelse af cervikal mucus 16. 2. Brug kun vatpinde med dacron-, rayon- eller kalciumalginatspidser med skafter af plastik eller ikke-aluminium. Brug ikke prøvevatpinde med træeller aluminimumsskafter. 3. Efterlad vatpindene i kulturtransportmediet. Forsegl prøvebeholderen, og påsæt en etiket med de relevante oplysninger. Følg laboratoriets procedurer for indsamling og transport. Nedkøl podeprøverne, hvis transporten til laboratoriet sker mere end én time efter prøveindsamlingen. 14/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis Transport af prøver Urinprøver 1. Urinprøver kan transporteres til laboratoriet ved 18-25 C. Urinprøver kan holde sig i 24 timer ved 18-25 C. Urinprøver, der ikke skal behandles inden 24 timer efter prøveindsamlingen, skal opbevares ved 2-8 C og skal behandles inden 7 dage efter indsamlingen. Urinprøver, der ikke skal behandles inden 7 dage efter prøveindsamlingen, kan opbevares ved -20 C eller lavere og skal testes inden 30 dage efter indsamlingen. 2. Urinprøver, der kræver forsendelse til testcentre uden for laboratoriet, skal sendes med dag-til-dag-levering med garanti for ankomst inden 24 timer. Forsendelsen kan ske ved 18-25 C. Hvis urinprøverne sendes ved 18-25 C, skal de opbevares ved 2-8 C indtil afsendelsestidspunktet for at sikre, at opbevaringen ved 18-25 C ikke overstiger 24 timer. Transport af prøver skal foregå i overensstemmelse med nationale, regionale og lokale bestemmelser for transport af ætiologiske stoffer 18. Podeprøver indsamlet i AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Podeprøver kan holde sig i 10 dage ved 18-25 C. Podeprøver skal opbevares ved stuetemperatur og behandles inden 10 dage efter indsamlingen. 2. Podeprøver, der kræver forsendelse til testcentre uden for laboratoriet, skal opbevares ved stuetemperatur indtil forsendelsestidspunktet. De skal sendes ved stuetemperatur og skal ankomme til testlaboratoriet, så de kan blive behandlet inden 10 dage efter indsamlingen. Transport af prøver skal foregå i overensstemmelse med nationale, regionale og lokale bestemmelser for transport af ætiologiske stoffer 18. Podeprøver indsamlet i kulturtransportmedier (CTM) 1. Podeprøver kan transporteres til testlaboratoriet ved 18-25 C, hvis den samlede opbevarings- og forsendelsestid ved 18-25 C er mindre end 1 time. Nedkøl podeprøverne, hvis transporten til laboratoriet sker mere end én time efter prøveindsamlingen. 2. Podeprøver, der kræver forsendelse til testcentre uden for laboratoriet, skal sendes nedkølet hurtigst muligt efter indsamlingen i overensstemmelse med laboratoriets procedurer for transport af chlamydia-dyrkningsprøver. Transport af prøver skal foregå i overensstemmelse med nationale, regionale og lokale bestemmelser for transport af ætiologiske stoffer 18. Opbevaring af prøver Rutinemæssig nedfrysning eller længerevarende opbevaring af prøver kan påvirke funktionsevnen. Urinprøver 1. Urinprøver, der ikke skal behandles i løbet af 24 timer efter indsamlingen, skal opbevares ved 2-8 C og skal behandles inden 7 dage efter indsamlingen. Urinprøver, der ikke kan behandles inden 7 dage efter indsamlingen kan opbevares ved -20 C eller koldere i op til 30 dage. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 15/35
Podeprøver indsamlet i AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Podeprøver kan holde sig i 10 dage ved 18-25 C. Podeprøver skal opbevares ved 18-25 C og behandles inden 10 dage efter indsamlingen. 2. Podeprøver skal opbevares ved stuetemperatur indtil forsendelsestidspunktet. De skal sendes ved 18-25 C og skal ankomme til testlaboratoriet, så de kan blive behandlet inden 10 dage efter indsamlingen. Podeprøver indsamlet i kulturtransportmedier (CTM) 1. Nedkøl podeprøverne, hvis transporten til laboratoriet eller prøvebehandlingen forsinkes i mere end én time efter prøveindsamlingen. Podeprøver, der kræver forsendelse til testcentre uden for laboratoriet, skal sendes hurtigst muligt efter indsamlingen i overensstemmelse med laboratoriets procedurer for transport af chlamydia-dyrkningsprøver. 2. Podeprøver, der ikke skal testes umiddelbart efter ankomst til testlaboratoriet, skal opbevares ved 2-8 C og skal behandles inden 7 dage. Podeprøver, der ikke kan behandles inden 7 dage efter prøveindsamlingen, skal opbevares ved -20 C eller koldere og skal testes inden 30 dage efter indsamlingen. Brugsvejledning Kørselsstørrelse Se brugerhåndbogen til COBAS AMPLICOR-analyseinstrumentet for at få en detaljeret brugsvejledning. Alle reagenser skal have den omgivende temperatur før brug. Brug pipetter med aerosolfilter eller stempelspidser, når dette er angivet. Vær yderst forsigtig med at sikre selektiv amplifikation. Urin- og podeprøver skal have den omgivende temperatur før brug. Brug pipetter med aerosolfilter eller stempelspidser, når dette er angivet. Vær yderst forsigtig med at sikre selektiv amplifikation. Inhiberingen af PCR kan reduceres ved at opbevare de behandlede prøver natten over ved 2-8 C, før prøven tilsættes arbejds-master Mix 21. Der skal bruges rør med skruelåg til forberedelse af prøver og kontroller for at undgå stænk og potentiel krydskontaminering af prøver. Brug ikke rør med snaplukning. Hvert kit indeholder reagenser til to kørsler af 12 test, der kan udføres separat eller samtidigt. Hver testkørsel skal inkludere mindst én kopi af C. trachomatis (+)-kontrollen og én kopi af C. trachomatis ( )-kontrollen (se afsnittet Kvalitetskontrol ). NG (+)-kontrollen fungerer som CT ( )-kontrollen for COBAS AMPLICOR CT -testen. 16/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis Prøveforberedelsesreagenserne er pakket til udførelse af 100 test. CT (+)- og NG (+)-kontrollerne leveres i enkeltstående flasker med tilstrækkeligt materiale til forberedelse af 8 sæt behandlede kontroller. CT/NG Master Mix og CT/NG-intern kontrol leveres i tre flasker, der hver indeholder tilstrækkeligt materiale til at foretage en kørsel med op til 32 test, inklusive prøver og kontroller. Den mest effektiv brug af reagenser, prøver og kontroller fås ved at behandle dem i batches, der kan ganges med 12. Arbejdsgang Reagensforberedelse COBAS AMPLICOR CT-testen kan udføres i løbet af én dag eller over to dage. Hvis testen skal afsluttes på en enkelt arbejdsdag, skal du følge instruktionerne under Reagensforberedelse, Prøveforberedelse, Kontrolforberedelse, Amplifikation og Detektion i rækkefølge. Testen kan udføres over 2 dage ved at starte med Prøveog kontrolforberedelse dag 1 efterfulgt af Reagensforberedelse, Amplifikation og Detektion dag 2. Testen kan også udføres ved at starte med Reagensforberedelse, Prøve- og kontrolforberedelse og tilsætte forberedte prøver og kontroller til Master Mix dag 1 efterfulgt af Amplifikation og Detektion dag 2. Udført i: Pre-amplifikation Reagensforberedelsesområdet 1. Fastlæg det relevante antal A-ringe, der skal bruges til testen af patientprøver og kontroller. Placer A-ringen(e) i A-ring-holderen eller -holderne. Selvom der ikke foretages detektion af CT/NG-intern kontrol, skal der tilsættes CT/NG IC til Master Mix. 2. Forbered arbejds-master Mix ved at tilsætte 100 µl CT/NG IC til ét rør med CT/NG MMX. Det er ikke nødvendigt at måle Master Mix-volumen. Tilsæt 100 µl CT/NG IC til hele flasken med CT/NG MMX. Sæt låg på røret, og bland godt ved at vende røret 10-15 gange. Bland ikke arbejds-master Mix i en vortex-mixer. Den lyserøde farve i CT/NG IC bruges som visuel bekræftelse af, at CT/NG IC er blevet tilsat til CT/NG MMX. Kasser det resterende CT/NG IC. Bland godt ved at vende røret 10-15 gange. Arbejds- Master Mix skal opbevares ved 2-8 C og anvendes højst 4 uger efter forberedelsen. 3. Tilsæt 50 µl arbejds-master Mix i hvert A-rør med en repetitionspipette eller en pipette med aerosolfilter- eller stempelspids. Luk ikke A-rør-lågene endnu. 4. Placer den eller de A-ring(e), der indeholder arbejds-master Mix, i en genlukkelig plastikpose, og luk posen omhyggeligt. Flyt A-ringen eller -ringene til Pre-amplifikation-prøveforberedelsesområdet. Opbevar A-ringen/-ringene med arbejds-master Mix ved 2-8 C i pre-amplifikation-prøveforberedelsesområdet, indtil forberedelsen af prøver og kontroller er fuldført. Arbejds-Master Mix kan holde sig i 48 timer ved 2-8 C i A-rør, der er lukket inde i plastikposen. Forberedelse af prøver Udført i: Pre-amplifikation Prøveforberedelsesområdet Urinprøver 1. Sæt en etiket på et 2,0 ml rør med skruelåg til hver patientprøve. Brug ikke rør med snaplukning. 2. Tilsæt 500 µl CT/NG URINE WASH til hver af de mærkede rør. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 17/35
3. Bland urinen grundigt (3-10 sekunder) i en vortex-mixer. Hvis der bruges frosne prøver, skal prøverne optøs til stuetemperatur, før de blandes i en vortexmixer (mængder på mere end 2 ml skal optøs natten over ved 2-8 C). Fortsæt behandlingen, selv om der forekommer bundfald. Fjern forsigtigt lågene fra beholderne med urinprøve. Undgå at kontaminere handskerne med urin fra låget. Hvis handskerne kontamineres, skal de udskiftes med nye, før der fortsættes til næste prøve. 4. Tilsæt 500 µl af hver patienturinprøve til det relevant mærkede rør med CT/NG URINE WASH. Brug en ny aerosolfilterspids til hver prøve. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortex-mixer. 5. Inkubér ved 37 C i 15 minutter. 6. Centrifuger ved 12.500 x g i 5 minutter. 7. Hæld supernatanten ud, og tryk hvert rør af med et separat ark trækpapir. 8. Ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids til hver prøve tilsættes 250 µl CT/NG LYS til hvert rør. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortex-mixer. 9. Inkubér rørene i 15 minutter ved stuetemperatur. 10. Ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids til hver prøve tilsættes 250 µl CT/NG DIL til hvert rør. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortexmixer. 11. Centrifuger rørene i 10 minutter ved 12.500 x g. 12. Behandlede prøver kan opbevares ved stuetemperatur i op til 2 timer, før der overføres aliquoter til A-rørene med arbejds-master Mix. De behandlede prøver skal opbevares ved 2-8 C, hvis der ikke tilsættes aliquoter til A-rørene inden 2 timer. Behandlede prøver, der opbevares ved 2-8 C, skal testes inden 7 dage. 13. Hvis de behandlede prøver blev opbevaret ved 2-8 C, skal de opvarmes til stuetemperatur og blandes godt i en vortex-mixer, før de amplificeres. Centrifuger de behandlede prøver i 10 minutter ved 12.500 x g, efter de er blandet i vortex-mixeren. 14. Overfør ved hjælp af en pipette med aerosolfilterspids 50 µl af supernatanten til det relevante A-rør. Brug en ny aerosolfilterspids til hver prøve. Undgå at forstyrre pelleten (pelleten er muligvis ikke synlig). Noter patientprøvernes position på kortet over A-ringen. Sæt låg på A-rørene. 15. Resten af de behandlede prøver opbevares ved 2-8 C, hvis testen skal køres igen. Omkørsel af testen skal udføres inden 7 dage efter prøvebehandlingen. Podeprøver Podeprøver transporteret i AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) Der skal udføres detektion af CT/NG-intern kontrol ved test af disse prøver. 1. Kontroller AMPLICOR STM-prøvetransportrøret. Hvis en prøve er transporteret i et rør med en vatpind, skal prøven kasseres, og der skal indsamles en ny prøve. 18/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis 2. Pipetttér 1 ml CT/NG DIL til hvert transportrør ved hjælp af en separat, steril pipette til hvert rør. 3. Sæt låg på røret. Bland i 5-10 sekunder i en vortex-mixer. 4. Inkubér ved stuetemperatur i 10 minutter. 5. Behandlede prøver kan opbevares ved stuetemperatur i op til 2 timer, før der overføres aliquoter til A-rørene med arbejds-master Mix. De behandlede prøver skal opbevares ved 2-8 C, hvis der ikke tilsættes aliquoter til A-rørene inden 2 timer. Behandlede prøver, der opbevares ved 2-8 C, skal testes inden 4 dage. 6. Hvis de behandlede prøver er opbevaret ved 2-8 C, skal de opvarmes til stuetemperatur og blandes godt i en vortex-mixer, før de amplificeres. 7. Overfør ved hjælp af en pipette med aerosolfilterspids 50 µl af hver behandlet prøve til det relevante A-rør. Noter patientprøvernes position på kortet over A-ringen. Sæt låg på rørene. 8. Resten af de behandlede prøver opbevares ved 2-8 C, hvis testen skal køres igen. Omkørsel af testen skal udføres inden 4 dage efter prøvebehandlingen. Podeprøver transporteret i kulturtransportmedier (CTM) COBAS AMPLICOR CT-testen er evalueret med 2SP Culture Transport Medium, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Bartels, Inc.), SPG CTM og M4 Culture Transport Medium (MicroTest, Inc.). Brug af alternative transportmedier skal evalueres af laboratoriet. 1. Kontroller, at kulturtransportmediet indeholder en vatpind. Der er ikke udviklet specifikationer for funktionsevnen af denne test for prøver uden vatpinde. 2. Sæt en etiket på et 2,0 ml rør med skruelåg til hver patientprøve. Brug ikke rør med snaplukning. 3. Tilsæt 100 µl CT/NG LYS til de relevant mærkede 2 ml polypropylenrør. 4. Bland prøverne grundigt i en vortex-mixer. Hvis prøverne blev opbevaret nedfrosset, skal de optøs til stuetemperatur, før de blandes. Fjern forsigtigt lågene fra prøverørene. Undgå at kontaminere handskerne. Hvis handskerne kontamineres, skal de udskiftes med nye, før der fortsættes til næste prøve. 5. Tilsæt ved hjælp af en pipette med en ny aerosolfilterspids 100 µl godt blandet prøve til det relevante rør med CT/NG LYS. Brug en ny aerosolfilterspids til hver prøve. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortex-mixer. 6. Inkubér ved stuetemperatur i 10 minutter. 7. Ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids til hver prøve tilsættes 200 µl CT/NG DIL til hvert rør. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortex-mixer. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 19/35
8. Inkubér ved stuetemperatur i 10 minutter. 9. Behandlede prøver kan opbevares ved stuetemperatur i op til 2 timer, før der overføres aliquoter til A-rørene med arbejds-master Mix. De behandlede prøver skal opbevares ved 2-8 C, hvis der ikke tilsættes aliquoter til A-rørene inden 2 timer. Behandlede prøver, der opbevares ved 2-8 C, skal testes inden 7 dage. 10. Hvis de behandlede prøver blev opbevaret ved 2-8 C, skal de opvarmes til stuetemperatur og blandes godt i en vortex-mixer, før de amplificeres. 11. Overfør ved hjælp af en pipette med aerosolfilterspids 50 µl af hver behandlet prøve til det relevante A-rør. Brug en ny aerosolfilterspids til hver prøve. Noter patientprøvernes position på kortet over A-ringen. Sæt låg på A-rørene. 12. Resten af de behandlede prøver opbevares ved 2-8 C, hvis testen skal køres igen. Omkørsel af testen skal udføres inden 7 dage efter prøvebehandlingen. Forberedelse af kontroller Udført i: Pre-amplifikation Kontrolforberedelsesområdet Der skal forberedes nye arbejdskontroller til hver dag, testen udføres. Arbejdskontroller kan anvendes til at forberede flere behandlede kontroller i løbet af dagen, men de skal kasseres ved dagens slutning. CT (+)-kontrollen fungerer som den positive kontrol for CT-testen. NG (+)- kontrollen fungerer som den negative kontrol for CT-testen. Del A. Arbejdskontroller: Hvis der både testes pode- og urinprøver, skal der forberedes ét sæt kontroller til hver prøvetype. Forbered følgende arbejds-ct (+)- og CT ( )-kontroller. A1. Brug en steril pipettespids til at tilsætte 1 ml CT/NG DIL til hver af de to 2 ml polypropylen-rør med skruelåg. Mærk det ene rør med CT (+)- arbejdskontrol og det andet rør med CT ( )-arbejdskontrol. A2. Bland CT (+) C og NG (+) C i 5 sekunder i en vortex-mixer ved maksimal hastighed. Fjern forsigtigt lågene fra rørene. Undgå at kontaminere handskerne. Hvis handskerne kontamineres, skal de udskiftes med nye, før der fortsættes. A3. Tilsæt ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids 100 µl CT (+) C til røret med etiketten CT (+)-arbejdskontrol. A4. Tilsæt ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids 100 µl NG (+) C til røret med etiketten CT ( )-arbejdskontrol. A5. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortex-mixer. Opbevar kontrollen ved stuetemperatur, og kasser den ved arbejdsdagens ophør. 20/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0
Chlamydia trachomatis Del B. Urin og AMPLICOR STD-podeprøver: Forbered følgende behandlede CT (+)- og CT ( )-kontroller. B1. Brug en steril pipettespids til at tilsætte 250 µl CT/NG LYS til hver af de to 2 ml polypropylen-rør med skruelåg. Mærk det ene rør med Behandlet CT (+)-kontrol og det andet rør med Behandlet CT ( )-kontrol. B2. Tilsæt ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids 250 µl CT (+)- arbejdskontrol til røret med etiketten Behandlet CT (+)-kontrol. B3. Tilsæt ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids 250 µl CT ( )- arbejdskontrol til røret med etiketten Behandlet CT ( )-kontrol. B4. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortex-mixer. Inkubér ved stuetemperatur i 10 minutter. Opbevar kontrollen ved stuetemperatur, og kasser den ved arbejdsdagens ophør. B5. Overfør ved hjælp af en pipette med aerosolfilterspids 50 µl af hver behandlet kontrol til det relevante A-rør. Sæt låg på A-rørene, og noter kontrollernes position på kortet over A-ringen. B6. Flyt de behandlede prøver (patientprøver og kontroller) i A-ringene til postamplifikationsområdet. Disse PCR-forberedte prøver kan opbevares ved 2-8 C i op til 16 timer. Del C. CTM-podeprøver: Forbered følgende behandlede CT (+)- og CT ( )-kontroller. C1. Brug en steril pipettespids til at tilsætte 100 µl CT/NG LYS til hver af de to 2 ml polypropylen-rør med skruelåg. Mærk det ene rør med Behandlet CT (+)-kontrol og det andet rør med Behandlet CT ( )-kontrol. C2. Brug en steril pipettespids til at tilsætte 100 µl kulturtransportmedium til hvert rør med CT/NG LYS. C3. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortex-mixer. C4. Tilsæt ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids 200 µl CT (+)- arbejdskontrol til røret med etiketten Behandlet CT (+)-kontrol. C5. Tilsæt ved hjælp af en pipette med ny aerosolfilterspids 200 µl CT ( )- arbejdskontrol til røret med etiketten Behandlet CT ( )-kontrol. C6. Sæt låg på rørene, og bland grundigt i en vortex-mixer. Inkubér ved stuetemperatur i 10 minutter. Opbevar blandingen ved stuetemperatur, og kasser den ved arbejdsdagens ophør. C7. Overfør ved hjælp af en pipette med aerosolfilterspids 50 µl af hver behandlet kontrol til det relevante A-rør. Sæt låg på A-rørene, og noter positionen af de behandlede prøver og kontroller på kortet over A-ringen. C8. Flyt de behandlede prøver (patientprøver og kontroller) i A-ringene til postamplifikationsområdet. Disse PCR-forberedte prøver kan opbevares ved 2-8 C i op til 16 timer. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 21/35