DNA-smeltetemperaturbestemmelse
|
|
- Leif Brodersen
- 7 år siden
- Visninger:
Transkript
1 DNA-smeltetemperaturbestemmelse Introduktion Oligonucleotider er ofte benyttet til at holde nanopartikler sammen med hinanden. Den ene enkeltstreng er kovalent bundet til den ene partikel, og den anden er kovalent bundet til den anden, og når de to enkeltstrenge er komplementære, vil de to nanopartikler kunne bindes til hinanden ved duplexdannelse. Styrken af bindingen mellem de to nanopartikler afhænger af bindingsstyrken/ stabiliteten af den duplex, der dannes, når hybridiseringen sker. Når man skal sammenligne stabiliteten af forskellige hybridiserede oligonucleotider (= to komplementære, enkeltstrengede oligonucleotider, der har dannet en duplex) bestemmer man den såkaldte smeltetemperatur, T m. I modsætning til en rigtig DNA-duplex, der under biologiske forhold ikke splitter totalt men kun i bidder (under replikation og transscription), så kan den proces der sker, når man opvarmer en oligonucleotid duplex, betragtes som en all-or-none proces, dvs. enten er alle baser bundet til hinanden, eller også er duplexen fuldstændig adskilt. Det betyder, at den termodynamiske beskrivelse af processen bliver meget simplere, da processen kan betragtes som en simpel ligevægt mellem to monomerer, M, og en dimer, D: 2 M D og K = [ D] [ M] 2 Spm. 1.: Hvis den totale koncentration af monomer betegnes med C T, hvad er så sammenhængen mellem C T, [D] og [M]? I denne øvelse benyttes oligonucleotidet 5 -GTGGCCAC-3. Spm. 2: Hvad er det specielle ved dette oligonucleotid? Smeltetemperaturen, T m, defineres som den temperatur, hvor præcis halvdelen af monomererne findes på monomerform og den anden halvdel på duplexform, som illustreret i figuren på næste side. Spm. 3: Udtryk ligevægtskonstanten ved T m (K Tm ) vha. C T, når der er tale om et oligonucleotid, som det der er anvendt i denne øvelse. Spm. 4: Udled udtrykket o 1 R! S = ln C o T + T o m! H! H Denne øvelse har til formål at bestemme de termodynamiske parametre for smelteprocessen af oligonucleotidet 5 -GTGGCCAC og dens komplementære streng. Da selve målingen af T m for en enkelt koncentration af en duplex tager næsten 4 timer, kan I ikke nå at bestemme T m for mere end en enkelt koncentration, men på hjemmesiden findes en txt-fil med data for 6 koncentrationer, som andre har målt. Hvilken koncentration, I skal måle på, fremgår af tabellen på side 5 i vejledningen. Bestemmelsen af T m er baseret på måling af UV-absorptionen ved λ = 260 nm som funktion af temperaturen. Se FK: ; Spm. 5: Hvilke dele af nucleotiderne absorberer ved λ = 260 nm? Metoden er baseret på, at absorptionskoefficienterne, ε 260, afhænger af, om oligonucleotiderne indgår i en duplex, eller om de indgår i en monomer
2 Spm. 6: Opskriv Lambert-Beers lov. Hvad kan være den molekylære forklaring til, at værdien af ε 260 afhænger af om de er i duplex- eller monomerform? Der er to måder at bestemme T m på ud fra de eksperimentelle data: enten som illustreret i figuren, ved at finde de to (lineære) basislinier og korrigere de eksperimentelle med dem, eller ved at finde maximum for den 1. afledede af den eksperimentelle Abs vs. T kurve. En mulig måde at analysere kurvernes maximum er at bruge funktionen SLOPE i Excel (I den danske udgave hedder funktionen: STIGNING men er beskrevet i HJÆLP under HÆLDNING). Prøv for eksempel hvor du inkluderer 5 eller 3 datapunkter. I må gerne vælge et andet analyseprogram hvis I vil. Hvis punkterne er ækvidistante kan I plotte STIGNING som funktion af det midterste x, ellers må I tage middelværdien af x erne. Praktiske anvisninger De to opløsninger bufferopløsningen (ultrarent vand, 1,00 M NaCl, 0,1 mm Na 2 EDTA, fosfatbuffer ph 7) og stamopløsningen indeholdende oligonucleotidet i førnævnte bufferopløsning findes i en excicator, og har afgasset ca 15-20min ved øvelsens start. Stamopløssningens koncentrationen er ca. 50 µm 5 -GTGGCCAC-monomer (den nøjagtige koncentration fås til øvelsen) Dette gøres for at forhindre boble-dannelse ved opvarmning af oligonucleotidduplexen i spektrofotometeret. Der anvendes kuvetter med en vejlængde 5 mm og det totale volumen skal være 1 ml. Spm. 7: Beregn hvor stor en mængde oligonucleotidstamopløsning og hvor stor en mængde bufferopløsning I skal anvende for at få den anviste C T -værdi (se tabellen side 5). Når I kommer har vi startet vandbadet ved 20 C og tændt spektrofotometerlamperne. I henter prøverne i excikatoren og tænder for computeren og spektrofotometret. 1) Åbn softwaren: OOIBase32. 2) Indstil den rigtige integrationstid ved at åbne shutteren på lampen, være i Scope-mode (S) i programmet og indstil tiden så detektoren ikke overmættes (3500 counts)
3 3) For ikke at få alt få meget støj kan antallet gennemsnit (average) med fordel øges, fx til ) Optag et referencespektrum mod luft (uden kuvette) ved at være i scope-mode (S), sørge for at der kommer lys igennem til detektoren og trykke på ikonet til venstre med den lysende pære. 5) Luk shutteren igen. Optag et mørkespektrum ved nu at trykke på ikonet med den slukkede pære. 6) I kan nu skifte til Absorbance-mode (A) og så er I klar til optage spektrene. Kuvetten vi anvender er af kvarts og har en teflonprop. Berør aldrig de blanke sider (det er dem, lyset skal passere) med fingrene. Pas også godt på at I ikke ridser kuvettens sider med termometret. Når kuvetten sættes i kuvetteholderen er det vigtigt at kobberskiven og kuvetten holdes parallelle og sættes i holderen samtidigt kobberskiven længst ind mod midten. Optag først et spektrum af kuvetten uden noget i og se efter om den giver et rent spektrum, dvs at der ikke er nogle mærkelige buler og toppe i spektret. Optag derefter et af kuvetten med bufferopløsning. Dette spektrum anvendes senere som reference, dvs at I i databehandlingen subtraherer bufferspektret fra alle jeres målte spektre. Når I gemmer spektrene vælges formatet Processed Spectra (diskette-ikonet). Kuvetten rengøres med deioniseret vand, skylles med etanol og tørres grundigt med luft. Derefter fylder I den med buffer og DNA-opløsning til den ønskede koncentration. Vælg den rigtige størrelse pipette til at afmåle den beregnede mængde oligonucleotidopløsning. Fyld den afmålte mængde oligonucleotidopløsning i kuvetten. Afmål på samme måde den beregnede mængde bufferopløsning (HUSK at skifte pipettespids!) og anbring det i kuvetten (hvor det samlede volumen nu er 1,0 ml). Sæt prop på og vend forsigtigt kuvetten nogle gange for at få en homogen blanding. Tør ydersiden af kuvetten af med et linsepapir og kontroller, at der ikke er luftbobler i kuvetten. Anbring kuvetten og kobberskiven i spektrofotometeret. Smeltekurven optages ved at måle et spektrum af DNA-opløsningen ved bestemte temperaturer. I starter ved 20 C og fortsætter i spring af ca 5 C op til 70 C. Springene må gerne være tættere omkring det forventede smeltepunkt (se spm. 10). Det er ikke vigtigt at springene er eksakt 5 C, men det er vigtigt at de ikke er for store, og at I ved hvert målepunkt bestemmer den nøjagtige temperatur af prøven lige inden I optager spektret. Pas på at der ikke kommer for meget af opløsningen med op hver gang i tager termometret op alternativt kan man få termometeret til at stå så det ikke generer strålegangen. Når I har nået 70 C køles opløsningen ned igen til 20 C, evt. i spring af ca. 10 C hvis meget af øvelsestiden allerede er gået. Temperaturen i vandbadet ændres ved at indstille termostaten. Når termostaten er tæt ved den satte temperatur ventes i passende lang tid (4-5 min) så hele systemet opnår en ny konstant temperatur. Ved de højeste temperaturer er der 3-4 C forskel mellem det I måler i kuvetten og det I har indstillet termostaten til. Ved nedkøling er det en fordel at tilsætte små mængder is. Spm. 8: Hvorfor er det observerede smeltepunkt ikke nødvendigvis det samme under opvarmning som under nedkøling? Når I har fået målepunkter og gemt alle spektre (enten på egen USB eller diskette eller på fysikserveren) fra både opvarming og nedkøling slukkes vandbadet og programmet og I kan logge ud fra computeren. Kuvetten rengøres grundigt med vand og skylles efter med etanol
4 Databehandling Foruden jeres egne data skal I også benytte de data der findes på hjemmesiden for jeres DNA i 6 forskellige koncentrationer (DNA.txt). I disse data er den første kolonne temperatur ( C) og de andre absorbans ved 260 nm for forskellige koncentrationer af DNA. Jeres egne data består af hele spektre (ca nm) for hver temperatur. Ved at plotte alle spektre for opvarmningen og/eller alle data fra nedkølingen, ser man forhåbentlig hvilken bølgelængde det er smart at anvende for smeltepunktsanalysen. Det enkleste er at lægge alle data ind i ét Excel-regneark (eller andet databehandlingssoftware efter eget valg), fratrække bufferspektret fra alle data og så kopiere data ved fx 260 nm til en nyt regneark. Her kan I så transponere jeres data så de kommer som en kolonne samt lave en kolonne med x-data, dvs jeres sammenhørende temperaturdata. I importen til Excel er det smart at starte ved linje 20, samt at ændre decimal-separator til punkt (.) og tusind-separator til komma (,). Nu gælder det om at finde T m både for jeres egne data, og for de 6 udleverede smeltekurver. Prøv enten at normere med hjælp af basislinjer, eller find ud af hvordan man kan beregne den første afledede af kurven (se tips side 2). Har man bestemt den 1. afledede, svarer T m til maximum, dvs. til det stejleste sted på Abs vs. T kurven. Spm. 9: Hvordan stemmer T m for jeres måling overens med de givne data for den samme koncentration? Er det op- eller nedturen som stemmer bedst overens? Når man har T m -værdien for de forskellige koncentrationer, kan de termodynamiske størrelser bestemmmes, jf. spm. 4. Bestem ΔH o og ΔS o for duplexdannelsen. Sammenligning med andre værdier Da DNA og oligonucleotider har været et centralt emne i forskningen i over 50 år (dobbelthelixstrukturen blev publiceret i 1953), er der arbejdet meget på at kunne beregne T m samt ΔH o og ΔS o ud fra en kendt sekvens. Det viser sig, at de nærmeste naboer i π-stacken har stor betydning. Nedenstående tabel giver anvisning på, hvordan ΔH o og ΔS o (og dermed T m ) kan beregnes for duplexdannnelse for givne oligonucleotider og deres komplementære. Table 1: Nearest-Neighbor Termodynamic Parameters for Watson-Crick Base Pair Formation in 1 M NaCl a propagation ΔH (kcal/mol) ΔS (eu) ΔG 37 (kcal/mol) sequence AA/TT = TT/AA -7.9 ± ± ± 0.01 AT/TA -7.2 ± ± ± 0.04 TA/AT -7.2 ± ± ± 0.06 CA/GT = TG/AC -8.5 ± ± ± 0.06 GT/CA = AC/TG -8.4 ± ± ± 0.04 CT/GA =AG/TC -7.8 ± ± ± 0.03 GA/CT = TC/AG -8.2 ± ± ± 0.03 CG/GC ± ± ± 0.05 GC/CG -9.8 ± ± ± 0.03 GG/CC -8.0 ± ± ± 0.04 Init. w. term. C-G b 0.1 ± ± ± 0.05 Init. w. term. A-T b 2.3 ± ± ± 0.05 Symmetry corr a Errors are resempling standard deviations (see text). b See text for how to apply the initiation parameters Data og tekst taget fra: H.T. Allawi, J. SantaLucia, Termodynamics and NMR of Internal G T Mismatches in DNA, Biochemistry, 36 (1997) Se også side i lærebogen (FK) Tabeltext fortsættes næste side
5 Two parameters are introduced: initiation with terminal G-C and initiation with terminal A-T (Table 1). A duplex with two terminal G-C pairs would use total initiation ) 2 (initiation with terminal G-C). A duplex with one terminal G-C and one terminal A-T would use total initiation = (initiation with terminal G-C) + (initiation with terminal A-T). A duplex with two terminal A-T pairs would use total initiation = 2 (initiation with terminal A-T). Exempel: 5 -GGAATT-3 3 -CCTTAA-5 ΔH o = Σ ΔH o (naboer) + ΔH o (init) = ΔH o (GG/CC)+ΔH o (GA/CT)+ ΔH o (AA/TT)+ ΔH o (AT/TA)+ ΔH o (TT/AA) +ΔH o (C-G-init)+ΔH o (A-T-init) = (-8.2) + (-7.9) + (-7.2) + (-7.9) = kcal/mol Spm. 10: Hvad er værdierne af ΔH o og ΔS o for den i øvelsen anvendte sekvens, når man benytter dataene i ovenstående tabel? Der findes på internettet adskillige hjemmesider, hvor både T m og ΔH o og ΔS o kan beregnes for givne sekvenser under standardbetingelser. Spm. 11: Hvad er fx forudsigelserne for T m og ΔH o og ΔS o for den i øvelsen anvendte oligonucleotid på hjemmesiderne, og Og hvad er grundlaget for deres estimater? Spm. 12: Hvordan forholder disse værdier sig til dem, I har bestemt eksperimentelt og i spm. 8? Oversigter Koncentration, C T Hold 1 35,0 µm Hold 2 28,0 µm Hold 3 20,0 µm Hold 4 15,0 µm Hold 5 12,0 µm
Spm. 1.: Hvis den totale koncentration af monomer betegnes med CT hvad er så sammenhængen mellem CT, [D] og [M]?
DNA-smeltetemperaturbestemmelse KemiF2-2008 DNA-smeltetemperaturbestemmelse Introduktion Oligonucleotider er ofte benyttet til at holde nanopartikler sammen med hinanden. Den ene enkeltstreng er kovalent
Læs mereSpm. 1.: Hvis den totale koncentration af monomer betegnes med CT hvad er så sammenhængen mellem CT, [D] og [M]?
DNA-smeltetemperaturbestemmelse KemiF2-2008 DNA-smeltetemperaturbestemmelse Introduktion Oligonucleotider er ofte benyttet til at holde nanopartikler sammen med hinanden. Den ene enkeltstreng er kovalent
Læs mereDNA-smeltetemperaturbestemmelse
DA-smeltetemperaturbestemmelse DA-smeltetemperaturbestemmelse Introduktion Smeltetemperaturen af oligonucleotider kan være en meget interessant størrelse at kende. Hvis man f.eks. ønsker at amplificerer
Læs mereDNA smeltepunktsbestemmelse
DNA smeltepunktsbestemmelse Troels Linnet Christine Hartmann Mads Topp 29. november 2006 Resumé DNA smeltepunktet bestemmes teoretisk og praktisk til sammenligning. Ved opvarmning forventes et højere smeltepunkt
Læs mereForsøgene udføres ved betingelserne: ph 7.6, 0.1 M phosphatpuffer, ved stuetemperatur.
KemiF2 nzymkinetik Trypsin er en serinproteinase, der katalyserer hydrolyse af peptid- og esterbindinger, hvor Arg eller Lys leverer carbonylgruppen. Ved øvelsen bestemmes de kinetiske parameterværdier,
Læs mereKemiF2 Enzymkinetik. Ved en overfladisk beskrivelse af denne type enzymkatalyseret reaktion, angives reaktionen som (4):
KemiF2 nzymkinetik Trypsin er en serinproteinase, der katalyserer hydrolyse af peptid- og esterbindinger, hvor Arg eller Lys leverer carbonylgruppen. Ved øvelsen bestemmes de kinetiske parameterværdier,
Læs mereTitel: OPLØSELIGHEDEN AF KOBBER(II)SULFAT. Litteratur: Klasse: Dato: Ark 1 af. Helge Mygind, Kemi 2000 A-niveau 1, s. 290-292 8/9-2008/OV
Fag: KEMI Journal nr. Titel: OPLØSELIGHEDEN AF KOBBER(II)SULFAT Navn: Litteratur: Klasse: Dato: Ark 1 af Helge Mygind, Kemi 2000 A-niveau 1, s. 290-292 8/9-2008/OV Formålet er at bestemme opløseligheden
Læs meremens mange enzymkatalyserede reaktioner er to-substrat reaktioner (2):
KemiF2 Enzymkinetik Trypsin er en serinproteinase, der katalyserer hydrolyse af peptid- og esterbindinger, hvor Arg eller Lys leverer carbonylgruppen. Ved øvelsen bestemmes de kinetiske parameterværdier,
Læs mereSom substrat i forsøgene anvender vi para nitrophenylfosfat, der vha. enzymet omdannes til paranitrofenol
Enzymkinetik Introduktion I disse forsøg skal I arbejde med enzymet alkalisk fosfatase. Fosfataser er meget almindelige i levende organismer og er enzymer med relativt bred substrat specificitet. De katalyserer
Læs mereMatematiske modeller Forsøg 1
Matematiske modeller Forsøg 1 At måle absorbansen af forskellige koncentrationer af brilliant blue og derefter lave en standardkurve. 2 ml pipette 50 og 100 ml målekolber Kuvetter Engangspipetter Stamopløsning
Læs mere[BESØGSSERVICE INSTITUT FOR MOLEKYLÆRBIOLOGI OG GENETIK, AU]
Enzymkinetik INTRODUKTION Enzymer er biologiske katalysatorer i alle levende organismer som er essentielle for liv. Selektivt og effektivt katalyserer enzymerne kemiske reaktioner som ellers ikke ville
Læs mereKvantitativ bestemmelse af reducerende sukker (glukose)
Kvantitativ bestemmelse af reducerende sukker (glukose) Baggrund: Det viser sig at en del af de sukkerarter vi indtager med vores mad er hvad man i fagsproget kalder reducerende sukkerarter. Disse vil
Læs mereVerniers spektrofotometer SPRT-VIS USB 650
Verniers spektrofotometer SPRT-VIS USB 650 Bølgelængdeinterval: 350 nm 1000 nm, nøjagtighed: < 1 nm. Brug Logger Pro s nyeste udgaver (3.6.0 eller 3.6.1). Hent evt. opdateringer fra Verniers hjemmeside
Læs mereForsøgene udføres ved betingelserne: ph 7.6, 0.1 M phosphatpuffer, ved stuetemperatur.
KemiF2 nzymkinetik Trypsin er en serinproteinase, der katalyserer hydrolyse af peptid- og esterbindinger, hvor Arg eller Lys leverer carbonylgruppen. Ved øvelsen bestemmes de kinetiske parameterværdier,
Læs mereBestemmelse af koffein i cola
Bestemmelse af koffein i cola 1,3,7-trimethylxanthine Koffein i læskedrikke Læs følgende links, hvor der blandt andet står nogle informationer om koffein og regler for hvor meget koffein, der må være i
Læs mereDNA origami øvelse 2013. DNA origami øvelse
DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der
Læs mereProjektopgave Observationer af stjerneskælv
Projektopgave Observationer af stjerneskælv Af: Mathias Brønd Christensen (20073504), Kristian Jerslev (20072494), Kristian Mads Egeris Nielsen (20072868) Indhold Formål...3 Teori...3 Hvorfor opstår der
Læs merePCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA
PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA PCR til at opkopiere bestemte DNA-sekvenser i en prøve er nu en af genteknologiens absolut vigtigste værktøjer. Peter Rugbjerg, Biotech Academy PCR (Polymerase
Læs mereBIOZYMER ØVELSE 1 ENZYMKINETIK
BIZYME ØVELE 1 EZYMKIETIK FAGLIG BAGGUD Det forudsættes, at teorien bag enzymer og enzymkinetik er bekendt. ertil kan bl.a. henvises til kapitlet om antibiotika og resistens i Bioteknologiske orisonter,
Læs mere[BESØGSSERVICE INSTITUT FOR MOLEKYLÆRBIOLOGI OG GENETIK, AU]
Enzymkinetik INTRODUKTION Enzymer er biologiske katalysatorer i alle levende organismer som er essentielle for liv. Selektivt og effektivt katalyserer enzymerne kemiske reaktioner som ellers ikke ville
Læs mereJernindhold i fødevarer bestemt ved spektrofotometri
Bioteknologi 4, Tema 8 Forsøg www.nucleus.dk Linkadresserne fungerer pr. 1.7.2011. Forlaget tager forbehold for evt. ændringer i adresserne. Jernindhold i fødevarer bestemt ved spektrofotometri Formål
Læs mereKvantitativ bestemmelse af glukose
Kvantitativ bestemmelse af glukose Baggrund: Det viser sig at en del af de sukkerarter, vi indtager med vores mad, er, hvad man i fagsproget kalder reducerende sukkerarter. Disse vil i en stærk basisk
Læs mereRøntgenspektrum fra anode
Røntgenspektrum fra anode Elisabeth Ulrikkeholm June 24, 2016 1 Formål I denne øvelse skal I karakterisere et røntgenpektrum fra en wolframanode eller en molybdænanode, og herunder bestemme energien af
Læs mereDNA origami øvelse DNA origami øvelse
DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der
Læs mereTeknisk anvisning for marin overvågning
NOVANA Teknisk anvisning for marin overvågning 2.3 Klorofyl a Britta Pedersen H Afdeling for Marin Økologi Miljøministeriet Danmarks Miljøundersøgelser 2.3-1 Indhold 2.3 Klorofyl-a 2.3-3 2.3.1 Formål 2.3-3
Læs mere0 Indhold. Titel: Klorofyl a koncentration. Dokumenttype: Teknisk anvisning. Version: 1
Titel: Klorofyl a koncentration Dokumenttype: Teknisk anvisning Forfattere: Stiig Markager og Henrik Fossing TA henvisninger TA. nr.: M07 Version: 1 Oprettet: 20.12.2013 Gyldig fra: 20.12.2013 Sider: 10
Læs mere1. Installere Logger Pro
Programmet Logger Pro er et computerprogram, der kan bruges til at opsamle og behandle data i de naturvidenskabelige fag, herunder fysik. 1. Installere Logger Pro Første gang du installerer Logger Pro
Læs mereDNA origami øvelse. Introduktion. DNA origami øvelse 3 timer 2018
DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der
Læs mereKemi F2- Laboratorieøvelse nr. 9 Ulla Christensen, Biofysisk Kemi ENZYMKINETIK
1 Kemi F2- Laboratorieøvelse nr. 9 Ulla Christensen, Biofysisk Kemi ENZYMKINETIK Formål: Steady state hastighedsmålinger og kinetisk analyse til undersøgelse af enzymkatalyseret reaktion. Der gøres rede
Læs mereDNA origami øvelse DNA origami øvelse
DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der
Læs mereEpidemiologi og Biostatistik Opgaver i Biostatistik Uge 10: 13. april
Århus 8. april 2011 Morten Frydenberg Epidemiologi og Biostatistik Opgaver i Biostatistik Uge 10: 13. april Opgave 1 ( gruppe 1: sp 1-4, gruppe 5: sp 5-9 og gruppe 6: 10-14) I denne opgaveser vi på et
Læs merePARTIELT MOLÆRT VOLUMEN
KemiF1 laboratorieøvelser 2008 ØvelseF1-2 PARTIELT MOLÆRT VOLUMEN Indledning I en binær blanding vil blandingens masse være summen af komponenternes masse; men blandingens volumen vil ikke være summen
Læs mereLineære sammenhænge, residualplot og regression
Lineære sammenhænge, residualplot og regression Opgave 1: Er der en bagvedliggende lineær sammenhæng? I mange sammenhænge indsamler man data som man ønsker at undersøge og afdække eventuelle sammenhænge
Læs mereNewtons afkølingslov
Newtons afkølingslov miniprojekt i emnet differentialligninger Teoretisk del Vi skal studere, hvordan temperaturen i en kop kaffe aftager med tiden. Lad T ( t ) betegne temperaturen i kaffen til tiden
Læs mereSTUDERENDES ØVELSESARK TIL EKSPERIMENT A: NATURLIGE NANOMATERIALER
STUDERENDES ØVELSESARK TIL EKSPERIMENT A: NATURLIGE NANOMATERIALER Navn: Dato:.. MÅL: - Lær om eksistensen af naturlige nanomaterialer - Lysets interaktion med kolloider - Gelatine og mælk som eksempler
Læs mereAnalyse af en lineær regression med lav R 2 -værdi
Analyse af en lineær regression med lav R 2 -værdi Denne gennemgang omhandler figur 13 i Regn med biologi. Man kan sagtens lave beregninger på egne data. Forsøgsmæssigt kræver det bare en tommestok tapet
Læs mereØvelse: Analyse af betanin i rødbede
Forløb: Smagen af frugt og grønt: Kemimateriale modul 2-8 Aktivitet: Øvelse: Analyse af betanin i rødbede Fag: Kemi Klassetrin: 1. g, 2. g, 3. g Side: 1/14 Øvelse: Analyse af betanin i rødbede Forfattere:
Læs mereTeoretiske Øvelser Mandag den 13. september 2010
Hans Kjeldsen hans@phys.au.dk 6. september 00 eoretiske Øvelser Mandag den 3. september 00 Computerøvelse nr. 3 Ligning (6.8) og (6.9) på side 83 i Lecture Notes angiver betingelserne for at konvektion
Læs mereBRUGERVEJLEDNING VER.
Dr.CropStore Styring af lager-temperatur BRUGERVEJLEDNING VER. 2.00 1 2 INDHOLDSFORTEGNELSE 1.0 Indledning....4 1.1 Knapindstilling, taster og display...................... 4 1.2 Indstilling, ændring af
Læs mereBilag til Kvantitativ bestemmelse af glucose
Bilag til Kvantitativ bestemmelse af glucose Det synlige formål med øvelsen er at lære, hvorledes man helt præcist kan bestemme små mængder af glucose i en vandig opløsning ved hjælp af målepipetter, spektrofotometer
Læs mereDyr i bevægelse. Måling af iltforbrug hos fisk. Arbejdsark til eleverne. Naturhistorisk Museus Århus
Måling af iltforbrug hos fisk Tanker før forsøget I atmosfærisk luft er der ca. 21% ilt? Er det anderledes i vand? Hvorfor? Hvad bruger levende dyr ilt til? Forklar kort iltens vej i kroppen hos dyr, der
Læs mereAnvendt Statistik Lektion 7. Simpel Lineær Regression
Anvendt Statistik Lektion 7 Simpel Lineær Regression 1 Er der en sammenhæng? Plot af mordraten () mod fattigdomsraten (): Scatterplot Afhænger mordraten af fattigdomsraten? 2 Scatterplot Et scatterplot
Læs mereOpholdstidsfordeling i Kemiske Reaktorer
Opholdstidsfordeling i Kemiske Reaktorer Køreplan 01005 Matematik 1 - FORÅR 2005 Introduktion Strømningsmønsteret i kemiske reaktorer modelleres ofte gennem to ydertilfælde, Ideal stempelstrømning, hvor
Læs mereJulehygge. Stearinlys
Julehygge Til juletiden hører hygge med familien og hvad er bedre end at tænde nogle stearinlys, se en julefilm i TV, spise chokolade og måske tage en lille morfar på sofaen i al ubemærkethed? Stearinlys
Læs mereTOMOGRAFIKOGEBOGEN. Elisabeth Ulrikkeholm
TOMOGRAFIKOGEBOGEN Elisabeth Ulrikkeholm 1 Princip og teori Man kan bruge røntgenstråling til at lave en 3-d model af et objekt. Dette kan gøres fordi forskellige materialer absorberer røntgenstråling
Læs mereTest Canvas: Eksamen i BMB502 Januar 2012
BMB502, Enzymer og membraner, efterår 11. f Tests, Surveys and Pools Tests Test Canvas : Eksamen i BMB502 Januar 2012 Edit Mode is: Test Canvas: Eksamen i BMB502 Januar 2012 Create Reuse Upload s Settings
Læs mereLineær regression. Simpel regression. Model. ofte bruges følgende notation:
Lineær regression Simpel regression Model Y i X i i ofte bruges følgende notation: Y i 0 1 X 1i i n i 1 i 0 Findes der en linie, der passer bedst? Metode - Generel! least squares (mindste kvadrater) til
Læs mereLøsninger til udvalgte opgaver i opgavehæftet
V3. Marstal solvarmeanlæg a) Den samlede effekt, som solfangeren tilføres er Solskinstiden omregnet til sekunder er Den tilførte energi er så: Kun af denne er nyttiggjort, så den nyttiggjorte energi udgør
Læs mereFORSØG ØL verdens første svar på anvendt
FORSØG ØL verdens første svar på anvendt bioteknologi Biotech Academy BioCentrum-DTU Søltofts Plads DTU - Bygning 221 2800 Kgs. Lyngby www.biotechacademy.dk bioteket@biocentrum.dtu.dk INDHOLDSFORTEGNELSE
Læs mereGuide til CraftBot2-3D printere
AARHUS SCHOOL OF ENGINEERING Guide til CraftBot2-3D printere Udarbejdet af: Jens Mejdahl j.mejdahl@post.au.dk Side 1 af 12 Gem din model Når dit emne er tegnet færdig i CAD-programmet (fx SolidWorks) skal
Læs mereSpørgsmål 1 Struktur og egenskaber
Spørgsmål 1 Struktur og egenskaber Der ønskes en gennemgang af de forskellige former for intermolekylære bindinger, samt deres betydning for stoffernes fysiske og kemiske egenskaber. Inddrag øvelsen Carbonhydrider
Læs mereØvelse med tarmkræftceller i kultur.
Øvelse med tarmkræftceller i kultur. Baggrund Hver 3. dansker bliver ramt af kræft, inden de er blevet 75 år. Tyktarmskræft er den 3. hyppigste kræftform hos både mænd og kvinder, hvor henholdsvis 7.3
Læs mereUndervisningsbeskrivelse
Undervisningsbeskrivelse Stamoplysninger til brug ved prøver til gymnasiale uddannelser Termin Institution Uddannelse Fag og niveau Lærer(e) Termin hvori undervisningen afsluttes: maj-juni 2010 Københavns
Læs mereKemi A. Højere teknisk eksamen
Kemi A Højere teknisk eksamen htx131-kem/a-31052013 Fredag den 31. maj 2013 kl. 9.00-14.40 Kemi A Ved bedømmelsen lægges der vægt på eksaminandens evne til at løse opgaverne korrekt begrunde løsningerne
Læs mereADDA/ADACDT vejledning
ADDA/ADACT vejledning 1 ADDA/ADACDT vejledning Formål Fysikundervisningen ved VIA University College Bioanalytikeruddannelsen modul 6 inkluderer måling af ioniserende stråling ved brug af en scintillationsdetektor.
Læs mereResidualer i grundforløbet
Erik Vestergaard www.matematikfysik.dk 1 Residualer i grundforløbet I dette lille tillæg til grundforløbet, skal vi kigge på begreberne residualer, residualplot samt residualspredning. Vi vil se, hvad
Læs mereIntroduktion til CD ere og Arkivdeling Gammel Dok - September-oktober 2003. Jonas Christiansen Voss
Introduktion til CD ere og Arkivdeling Gammel Dok - September-oktober 2003 Jonas Christiansen Voss 2. marts 2004 Indhold 1 CD ere 2 1.1 Brænde dokumenter til CD....................... 2 1.2 Disk Copy.................................
Læs mereVejledning til LoggerPro med Newtons 2. lov på luftpudebane + LabQuest + Smart Pulley
Vejledning til LoggerPro med Newtons 2. lov på luftpudebane + LabQuest + Smart Pulley Til en start skal tingene forbindes rigtigt Tænd for LabQuest! ( On/Off i øverste venstre hjørne). Tænd for din computer
Læs mereRegneark til bestemmelse af CDS- regn
Regneark til bestemmelse af CDS- regn Teknisk dokumentation og brugervejledning Version 2.0 Henrik Madsen August 2002 Miljø & Ressourcer DTU Danmark Tekniske Universitet Dette er en netpublikation, der
Læs mereEksempel Multipel regressions model Den generelle model Estimation Multipel R-i-anden F-test for effekt af prædiktorer Test for vekselvirkning
1 Multipel regressions model Eksempel Multipel regressions model Den generelle model Estimation Multipel R-i-anden F-test for effekt af prædiktorer Test for vekselvirkning PSE (I17) ASTA - 11. lektion
Læs mereMåling af ph i syrer og baser
Kemiøvelse 1 1.1 Måling af ph i syrer og baser Øvelsens pædagogiske rammer Sammenhæng Denne øvelse er tilpasset kemiundervisningen på modul 1 ved bioanalytikeruddannelsen. Øvelsen skal betragtes som en
Læs mereBrugervejledning til Graph
Graph (brugervejledning) side 1/17 Steen Toft Jørgensen Brugervejledning til Graph Graph er et gratis program, som ikke fylder meget. Downloades på: www.padowan.dk/graph/. Programmet er lavet af Ivan Johansen,
Læs mereJodoptagelsesmåling Dato: 2004.02.20
Dokument nr.: 11.2.HH.1 Procedurevejledning Side 1 af 5 Formål Før radiojodbehandling af thyreotoksikose eller struma bestemmes thyreoideas jodoptagelse 24 timer efter peroral indgift af 131 J. Dette med
Læs mereKRIMINALDETEKTIVEN GERNINGSSTEDETS GÅDE PCR
KRIMINALDETEKTIVEN GERNINGSSTEDETS GÅDE Elevvejledning PCR PCR trin for trin PCR involverer en række gentagne cykler, der hver består af følgende tre trin: Denaturering, primer påsætning og forlængelse
Læs mereKAN PLASTIK NEDBRYDES?
KAN PLASTIK NEDBRYDES? Øvelsen består af flere dele Lav selv bioplast Design et nedbrydningsforsøg 1. Lav selv bioplast Teori Den plastik, der er i din smartphone, er forskellig fra plasten i din tandbørste
Læs mereStatistisk modellering og regressionsanalyse
Statistisk modellering og regressionsanalyse Claus Thorn Ekstrøm KU Biostatistik ekstrom@sund.ku.dk Oktober 25, 2018 Slides @ biostatistics.dk/talks/ 1 2 Hvad er statistik? Statistics is a science, not
Læs mereManual til Statistik. ShopStatistics. Med forklaring og eksempler på hvordan man håndterer statistik. Consulo ApS 20-03-2009
2012 Manual til Statistik ShopStatistics Med forklaring og eksempler på hvordan man håndterer statistik Consulo ApS 20-03-2009 1 Introduktion... 3 1.1 Formål... 3 1.2 Anvendelse... 3 2 Referencer... 4
Læs mereAnalyse af måledata II
Analyse af måledata II Usikkerhedsberegning og grafisk repræsentation af måleusikkerhed Af Michael Brix Pedersen, Birkerød Gymnasium Forfatteren gennemgår grundlæggende begreber om måleusikkerhed på fysiske
Læs mereGruppemedlemmer gruppe 232: Forsøg udført d. 21/ Erik, Lasse, Rasmus Afleveret d.?/ LYSETS BRYDNING. Side 1 af 10
LYSETS BRYDNING Side 1 af 10 FORMÅL Formålet med disse forsøg er at udlede lysets brydning i overgangen fra et materiale til et andet materiale. TEORI For at finde brydningsindekset og undersøge om ()
Læs mereLaboratorieprotokol for manuel isolering af DNA fra 0,5 ml prøve
Laboratorieprotokol for manuel isolering af DNA fra 0,5 ml prøve Til isolering af genomisk DNA fra indsamlingssætserierne Oragene - og ORAcollect. Du kan finde flere sprog og protokoller på vores webside
Læs mereHurtigbrugsanvisning til Dynomet 6.31 for Windows 7
Hurtigbrugsanvisning til Dynomet 6.31 for Windows 7 Tilslut usb boksen til en usbport, og start programmet. Efter kort tid står der Boks OK, og en grøn lampe tænder imellem 4 og 5 knap. Effektmåling: Gå
Læs mereNitrat sticks AquaChek 0-50 Bilag 3 Nitrat sticks
Notat SEGES P/S SEGES Planter & Miljø Test af måleudstyr til måling af nitrat i drænvand Ansvarlig KRP Oprettet 12-10-2016 Projekt: [3687, TReNDS] Side 1 af 5 Test af måleudstyr til måling af nitrat i
Læs mereImpuls og kinetisk energi
Impuls og kinetisk energi Peter Hoberg, Anton Bundgård, and Peter Kongstad Hold Mix 1 (Dated: 7. oktober 2015) 201405192@post.au.dk 201407987@post.au.dk 201407911@post.au.dk 2 I. INDLEDNING I denne øvelse
Læs mereVINTERTILBUD TILBUDDENE GÆLDER HELT FREM TIL 15.02.16
VINTERTILBUD TILBUDDENE GÆLDER HELT FREM TIL 15.02.16 LABORATORIEUDSTYR Binder BD inkubatorer Elektronisk controller APT.line Temperatur område stuetemp. +5⁰C op til 100⁰C Indvendig glasdør Binder BD 53
Læs mereBetydning af revision af en DS/EN ISO standard
By- og Landskabsstyrelsens Referencelaboratorium Betydning af revision af en DS/EN ISO standard Bestemmelser af total cyanid og fri cyanid i vand med flow analyse By- og Landskabsstyrelsen Rapport Juni
Læs mereSimpel Lineær Regression
Simpel Lineær Regression Mål: Forklare variablen y vha. variablen x. Fx forklare Salg (y) vha. Reklamebudget (x). Vi antager at sammenhængen mellem y og x er beskrevet ved y = β 0 + β 1 x + u. y: Afhængige
Læs mere[H 3 O + ] = 10 ph m [OH ] = 10 poh m K s = 10 pks m K b = 10 pk b. m ph + poh = 14 [H 3 O + ][OH ] = m 2 pk s + pk b = 14 K s K b = m 2
ph = -log [H 3 O + ] poh = -log [OH ] pk s = -log K s pk b = -log K b [H 3 O + ] = 10 ph m [OH ] = 10 poh m K s = 10 pks m K b = 10 pk b m ph + poh = 1 [H 3 O + ][OH ] = 10 1 m 2 pk s + pk b = 1 K s K
Læs mereBudgettet Drivhusgasbudgettet og 2 graders målet NOAHs Forlag
Budgettet Drivhusgasbudgettet og 2 graders målet I 10.000 år der været et ret stabilt klima på Jorden. Drivhuseffekten har været afgørende for det stabile klima, og den afgøres af mængden af kuldioxid
Læs mereHjemmesiden er opdelt i et sidehoved, en sidefod og mellem disse 3 kolonner: venstre, midterste og højre. Højre kolonne vises dog kun på forsiden.
Hjemmesiden er opdelt i et sidehoved, en sidefod og mellem disse 3 kolonner: venstre, midterste og højre. Højre kolonne vises dog kun på forsiden. VENSTRE kolonne indeholder flere elementer (se illustration
Læs mereErik Vestergaard 1. Opgaver. i Lineære. funktioner. og modeller
Erik Vestergaard www.matematikfsik.dk Opgaver i Lineære funktioner og modeller Erik Vestergaard www.matematikfsik.dk Erik Vestergaard, Haderslev. www.matematikfsik.dk Teknik. Aflæse forskrift fra graf...
Læs mereAlgedråber og fotosyntese
Algedråber og fotosyntese Fotosyntesen er en utrolig kompleks proces, som kan være svær at forstå. Heldigvis kan fotosyntesen illustreres på en måde, så alle kan forstå, hvad der helt præcist foregår i
Læs mereKemiøvelse 2 1. Puffere
Kemiøvelse 2 1 Puffere Øvelsens pædagogiske rammer Sammenhæng Denne øvelse er tilpasset kemiundervisningen på modul 3 ved bioanalytikeruddannelsen. Kemiundervisningen i dette modul indeholder blandt andet
Læs mereØvelse 17 - Åbne økonomier
Øvelse 17 - Åbne økonomier Tobias Markeprand 20. januar 2009 Opgave 21.2 Betragt et land, der opererer under faste valutakurser, med den samlede efterspørgsel og udbud givet ved ligninger (21.1) og (21.2)
Læs mereStudieretningsprojekter i machine learning
i machine learning 1 Introduktion Machine learning (ml) er et område indenfor kunstig intelligens, der beskæftiger sig med at konstruere programmer, der kan kan lære fra data. Tanken er at give en computer
Læs mereTeori og opgaver med udgangspunkt i udvalgte områder i Køge Bugt regionen
Modeller af befolkningsudvikling Teori og opgaver med udgangspunkt i udvalgte områder i Køge Bugt regionen Af Mikkel Rønne, Brøndby Gymnasium Forord. Data er udtrukket fra Danmarks Statistiks interaktive
Læs mereSeriediagrammer - Guide til konstruktion i LibreOffice Calc
Seriediagrammer - Guide til konstruktion i LibreOffice Calc På forbedringsvejlederuddannelsen anvender vi seriediagrammer til at skelne mellem tilfældig og ikketilfældig variation. Med et seriediagram
Læs mereAfprøvning af betoners styrkeudvikling ved forskellige lagringstemperaturer Test til eftervisning af prøvningsmetode TI-B 103
Afprøvning af betoners styrkeudvikling ved forskellige lagringstemperaturer Test til eftervisning af prøvningsmetode TI-B 103 Baggrund Modenhedsbegrebet, som beskriver temperaturens indflydelse på hærdehastigheden,
Læs mereStatistik (deskriptiv)
Statistik (deskriptiv) Ikke-grupperede data For at behandle ikke-grupperede data i TI, skal data tastes ind i en liste. Dette kan gøres ved brug af List, hvis ikon er nr. 5 fra venstre på værktøjsbjælken
Læs mereVelkommen til 1. omgang af IT for let øvede
Velkommen til 1. omgang af IT for let øvede Kursus er hjælp til selvhjælp og I får mest ud af det, hvis I også derhjemme afsætter nogle timer til øvelser på jeres computer. Vi sørger for hjemmeopgaver!!
Læs mereHubble relationen Øvelsesvejledning
Hubble relationen Øvelsesvejledning Matematik/fysik samarbejde Henning Fisker Langkjer Til øvelsen benyttes en computer med CLEA-programmet Hubble Redshift Distance Relation. Galakserne i Universet bevæger
Læs mereDialyse og carbamidanalyse
C.12.1 Dialyse og carbamidanalyse Formål: Ved dialyse af en vandig opløsning af proteinet albumin og det lavmolekylære stof carbamid trænes forskellige laboratorieprocedurer (afpipettering, tidtagning,
Læs mereUndersøgelse af forskellige probiotiske stammer
Undersøgelse af forskellige probiotiske stammer Formål Formålet med denne øvelse er: 1. At undersøge om varer med probiotika indeholder et tilstrækkeligt antal probiotiske bakterier, dvs. om antallet svarer
Læs mereGrätzel Solcellen. - Fremstil din egen solcelle
Grätzel Solcellen - Fremstil din egen solcelle Find Instruktionsvideo på: http://inano.au.dk/schools/bestil-et-besoeg/ Det er relativt simpelt at fremstille sin egen Grätzel solcelle, næsten udelukkende
Læs mereBeregning af SCOP for varmepumper efter En14825
Antal timer Varmebehov [kw] Udført for Energistyrelsen af Pia Rasmussen, Teknologisk Institut 31.december 2011 Beregning af SCOP for varmepumper efter En14825 Følgende dokument giver en generel introduktion
Læs mereExoterme og endoterme reaktioner (termometri)
AKTIVITET 10 (FAG: KEMI) NB! Det er i denne øvelse ikke nødvendigt at udføre alle forsøgene. Vælg selv hvilke du/i vil udføre er du i tvivl så spørg. Hvis du er interesseret i at måle varmen i et af de
Læs mereTOTALVÆRDI INDEKLIMA DOKUMENTATION
& TOTALVÆRDI INDEKLIMA DOKUMENTATION Til understøtning af beregningsværktøjet INDHOLDSFORTEGNELSE Introduktion 01 Beregningsværktøj - temperatur 02 Effect of Temperature on Task Performance in Office
Læs mereHvordan importerer jeg stamdata?
Hvordan importerer jeg stamdata? I Untis har du mulighed for at importere stamdata fra menuen Filer. Stamdataene (Klasser, Lærere, Lokaler, Fag og Elever) skal importeres enkeltvis. Du vælger selv, hvilke
Læs mereEksponentielle sammenhænge
Eksponentielle sammenhænge Udgave 009 Karsten Juul Dette hæfte er en fortsættelse af hæftet "Lineære sammenhænge, udgave 009" Indhold 1 Eksponentielle sammenhænge, ligning og graf 1 Procent 7 3 Hvad fortæller
Læs mereRENTES REGNING SIMULATION LANDMÅLING MÅLSCORE I HÅNDBO . K R I S T I A N S E N KUGLE G Y L D E N D A L
SIMULATION 4 2 RENTES REGNING F I NMED N H REGNEARK. K R I S T I A N S E N KUGLE 5 LANDMÅLING 3 MÅLSCORE I HÅNDBO G Y L D E N D A L Faglige mål: Anvende simple geometriske modeller og løse simple geometriske
Læs mere