TEKNISK VEJLEDNING Maxwell CSC DNA FFPE Kit Brugsanvisning for produktet AS1350 Forsigtig: Håndter cartridges forsigtigt; kanterne af forseglingen kan være skarpe. BRUGSANVISNING FOR PRODUKTET AS1350 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA MDSS GmbH Schiffgraben 41 30175 Hannover, Germany Revideret 5/18 TM395
Maxwell CSC DNA FFPE Kit Al teknisk litteratur er tilgængelig på: www.promega.com/protocols/. Du er velkommen til at besøge vores websted, hvor du kan verificere, at du anvender den nyeste version af denne tekniske vejledning. Kontakt teknisk service hos Promega via e-mail, hvis du har spørgsmål om brugen af dette system: techserv@promega.com 1. Beskrivelse... 1 2. Produktkomponenter, opbevaringsforhold og symboler... 2 3. Tilsigtet anvendelse af produktet... 3 4. Begrænsninger i brugen... 4 5. Inden du går i gang... 4 5.A. Klargøring af FFPE prøver... 5 5.B. Forberedelse af Maxwell FFPE cartridge... 6 6. Instrumentprocedure... 7 7. Post-oprensning... 9 8. Fejlfinding... 10 9. Reference... 11 10. Liste over ændringer... 11 The Maxwell CSC DNA FFPE Kit fås kun i bestemte lande. Dette produkt opfylder de grundlæggende krav i EU-direktiv 98/79/EF vedrørende medicinsk udstyr til in vitro diagnostik. 1. Beskrivelse Maxwell CSC DNA FFPE Kit (a) benyttes sammen med Maxwell CSC instrumentet og er en nem metode til effektiv, automatisk oprensning af genomt DNA (gdna) fra humane FFPE (formalin-fikserede, paraffinindkapslede) vævsprøver fra bryst, lunge eller tyktarm. Maxwell CSC instrument leveres med forprogrammerede oprensningsmetoder, og det er konstrueret til brug med de prædispenserede reagenscartridges og yderligere reagenser, der følger med sættet, hvilket maksimerer let betjening og bekvemmelighed. Instrumentet kan behandle op til 16 prøver på under 60 minutter, og det oprensede DNA kan benyttes direkte i efterfølgende forstærker-baserede procedurer så som PCR. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 1 www.promega.com TM395 Revideret 5/18
Maxwell CSC DNA FFPE Kit oprenser nukleinsyre ved hjælp af paramagnetiske partikler, som giver en mobil fast fase, som optimerer prøvetagning, vask og oprensning af gdna. Maxwell CSC instrumentet er håndteringsinstrument for magnetisk partikel. Dette system muliggør effektiv binding af gdna til de paramagnetiske partikler i den første brønd i en prædispenseret cartridge og fører prøven gennem cartridges brønde og omrører under behandlingen. Denne metode med magnetisk indsamling undgår normale problemer så som tilstoppede spidser eller partiel overføring af reagenser, som medfører en suboptimal rensningsproces, som det er tilfældet for andre udbredte, automatiserede systemer. 2. Produktkomponenter, opbevaringsforhold og symboler PRODUKT STØRRELSE KAT.# Maxwell CSC DNA FFPE Kit 48 preps AS1350 Til in vitro diagnostik. Kun til professionel anvendelse. Tilstrækkelig til 48 automatiserede isoleringer fra FFPE prøver. Maxwell FFPE cartridges er kun beregnet til éngangsbrug. 15 C 30 C 6010TB 48 Indhold: 25ml Mineral Oil 20ml Lysis Buffer 2 1ml Proteinase K (PK) 100µl Blue Dye 1ml RNase A 48 Maxwell FFPE Cartridges 50 CSC/RSC Plungers 50 Elution Tubes (0.5ml) 25ml Nuclease-Free Water Opbevaringsforhold: Maxwell CSC DNA FFPE Kit opbevares ved 15 30 C. Sikkerhedsinformation: Reagenscartridges indeholder etanol og isopropanol. Disse stoffer er brændbare, skadelige og irriterende. Maxwell FFPE cartridges er beregnet til brug med potentielt infektiøse stoffer. Brugerne skal bære korrekt beskyttelsesudstyr (f.eks. handsker og beskyttelsesbriller) under håndteringen af potentielt infektiøse stoffer. Brugerne skal overholde institutionens retningslinjer vedrørende håndtering og bortskaffelse af alle potentielt infektiøse stoffer, som anvendes med dette system. Forsigtig: Håndter cartridges forsigtigt; kanterne af forseglingen kan være skarpe. 2 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Revideret 5/18 www.promega.com
Supplerende information: Maxwell CSC DNA FFPE Kit komponenterne er beregnet til og kvalitetskontrolleret til at fungere sammen. Det frarådes at blande kit-komponenter fra forskellige kits. Brug kun de komponenter, der findes i det pågældende kit. Symbolforklaring Symbol Forklaring Symbol Forklaring Medicinsk udstyr til in vitro diagnostik Repræsentant 15 C 30 C Opbevares ved 15-30 C. 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA Fabrikant Forsigtig Irriterende Karcinogen Indeholder tilstrækkeligt til n tests Conformité Européenne Advarsel. Biologisk betinget fare. Advarsel. Klemningsfare. Bestillingsnummer Lotnummer Må ikke genbruges 3. Tilsigtet anvendelse af produktet Maxwell CSC DNA FFPE Kit er beregnet til brug sammen med Maxwell CSC instrumentet og Maxwell CSC FFPE DNA oprensningsmetoden som et medicinsk udstyr til in vitro diagnostik (IVD) til at foretage automatisk isolation af DNA fra humane FFPE (formalin-fikserede, paraffin-indkapslede) vævsprøver fra bryst, lunge eller tyktarm. Det oprensede DNA er egnet til brug i forstærker-baserede in vitro diagnoseprocedurer. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 3 www.promega.com TM395 Revideret 5/18
Maxwell CSC DNA FFPE Kit er beregnet til brug ved en temperatur på 15 30 C. Brug uden for dette temperaturinterval kan medføre suboptimale resultater. FFPE prøver, der er forberedt ved brug af 10% neutral-bufferet formalin kan benyttes til Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Maxwell CSC DNA FFPE Kit er ikke beregnet til brug som en del af en specifik diagnostisk test. Maxwell CSC DNA FFPE Kit er kun beregnet til professionel brug. De diagnostiske resultater, som opnås ved brug af DNA, der er oprenset med dette system, skal fortolkes sammen med andre kliniske data eller laboratoriedata. 4. Begrænsninger i brugen Maxwell CSC DNA FFPE Kit er kun beregnet til brug med humane FFPE vævsprøver fra bryst, lunge eller tyktarm. Det er ikke beregnet til brug med ikke-ffpe vævsprøver, så som friske eller frosne vævsprøver, eller med FFPE vævsprøver fra andre steder end humant bryst, lunge eller tyktarm. Maxwell CSC DNA FFPE Kit er ikke beregnet til brug med andre typer af prøver, herunder ikke-humane prøver, eller til oprensning af RNA. Maxwell CSC DNA FFPE Kit er ikke beregnet til brug med vævsprøver, der er forberedt med andre fixativer end 10% neutral-bufferet formalin. Maxwell CSC DNA FFPE Kit præstationerne er evalueret ved at isolere DNA fra FFPE vævsprøver med størrelser fra 0,1mm 3 til 2,0mm 3. Det er ikke beregnet til brug med prøver uden for dette interval. Brugeren er ansvarlig for etableringen af de ydelseskarakteristika, der er nødvendige for efterfølgende diagnostiske anvendelser. Der skal inkluderes kontroller i alle efterfølgende diagnostiske anvendelser, som gør brug af DNA, der er oprenset vha. Maxwell CSC DNA FFPE Kit. 5. Inden du går i gang Materialer, som skal leveres af brugeren mikrocentrifuge pipetter og pipettespidser til forberedende overføring af prøver til på forhånd fyldte reagenscartridges 1,5 2,0 ml prøveglas til inkubering af prøver (f.eks., Microtubes, 1,5 ml [Cat.# V1231]) varmeblokke indstillet til 56 C og til 80 C (Bemærk: Varmeblokken skal indstilles til den påkrævede temperatur. Varmeblokkens temperatur skal måles med et kalibreret termometer. Kontroller, at temperaturen er nøjagtig inden for termometrets fejlmargin). FFPE prøver med et samlet vævsvolumen på 0,1 til 2,0 mm 3 (Bemærk: Prøverne skal opbevares ved rumtemperatur [15 30 C].) barberblade (Bemærk: Vær forsigtig ved brug af barberblade til at skrabe prøver af objektglasset). 4 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Revideret 5/18 www.promega.com
5.A. Klargøring af FFPE prøver Forbehandling af sektionsprøver 1. Placer sektionen i et 1,5 ml mikrocentrifugeglas. Hvis der benyttes vævssektioner på objektglas, skrabes sektionen af glasset med et rent barberblad. 2. Tilsæt 300 µl mineralolie til vævsglassene. Kør glasset i vortex-mixeren i 10 sekunder. 3. Opvarm prøverne til 80 C i 2 minutter. Placer prøverne ved rumtemperatur, mens masterblandingen forberedes. 4. Forbered en masterblanding af lysisbufferen, proteinase K og blåt farvestof som vist herunder. Reagens Mængde/reaktion Reaktioner (antal der skal behandles + 1) Total Lysisbuffer 224 µl n + 1 224 (n + 1) µl Proteinase K 25 µl n + 1 25 (n + 1) µl Blåt farvestof 1µl n + 1 1 (n + 1) µl 5. Tilsæt 250 µl af masterblandingen til hvert prøveglas, og kør dem i vortex-mixeren i 5 sekunder. 6. Centrifuger ved 10,000 g i 20 sekunder for at separere lagene. Hvis der kan ses en kugle i vandlaget (det nederste, blå lag), omrøres vandfasen forsigtigt med en pipette. 7. Placer prøveglassene i varmeblokken på 56 C, og inkuber dem i 30 minutter. 8. Placer prøveglassene i varmeblokken på 80 C, og inkuber dem i 4 timer. 9. Placer prøveglassene på arbejdsbordet, og lad prøven afkøle til rumtemperatur i 5 minutter. 10. Tilsæt 10 µl RNase A til hvert prøveglas. Omrør ved pipettering. 11. Inkuber i 5 minutter ved rumtemperatur (15 30 C). 12. Centrifuger ved fuld hastighed i en mikrocentrifuge i 5 minutter. 13. Overfør straks den blå, vandige fase, der indeholder DNA til brønd nr. 1 i Maxwell FFPE cartridge før afsnit 6, trin5. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 5 www.promega.com TM395 Revideret 5/18
5.B. Forberedelse af Maxwell FFPE cartridge 1. Skift handsker inden håndtering af Maxwell FFPE cartridges, CSC/RSC plungers og elueringsrør. Cartridges placeres på Maxwell CSC bakken uden for instrumentet, og bakken med cartridges og prøverne føres derpå ind i instrumentet til oprensning. Placer de cartridges, der skal benyttes, i Maxwell CSC bakken (fig. 2). Placer hver enkelt cartridge i bakken med brønd nr. 1 (den største brønd i cartridge) længst væk fra elueringsrørene. Tryk cartridge ned og klik den fast. Kontroller, at begge ender af cartridge er helt på plads i bakken. Træk forsigtigt forseglingen tilbage, således at hele forseglingen fjernes fra toppen af cartridge. Sørg for at fjerne al forseglingstape og eventuelt tilbageværende klæbemiddel, inden cartridges anbringes i instrumentet. Forsigtig: Cartridges skal håndteres forsigtigt. Kanterne af forseglingen kan være skarpe. 2. Anbring én plunger i brønd nr. 8 i hver cartridge. Bemærk: Der må kun bruges de plungers, der følger med Maxwell CSC FFPE Kit. Plungers til Maxwell 16 LEV og SEV Kits er ikke kompatible med Maxwell CSC instrumentet. 3. Placer et tomt elueringsrør på elueringsrørpladsen for hver enkelt cartridge i Maxwell CSC bakken. Bemærk: Der må kun bruges de elueringsrør, der følger med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Andre elueringsrør er muligvis ikke kompatible med Maxwell CSC instrumentet og kan påvirke DNA oprensningen. 4. Tilfør 50 µl nukleasefrit vand til bunden af hvert elueringsrør. Bemærk: Der må kun bruges det nukleasefrie vand, der følger med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Brug af andre elueringsbuffere kan evt. påvirke DNA oprensningen. Forberedelse af Maxwell FFPE cartridge 1. Anbring cartridges centralt på bakken, hvis du behandler færre end 16 prøver. 2. Tør spild af prøver eller reagens på Maxwell CSC bakken af som angivet i Maxwell CSC Instrument Operating Manual. Anvend ikke blegemiddel på instrumentets dele. 11339TC 1 2 3 4 5 6 7 8 1. Bindingsbuffer Buffer 2. Magnetiske Magnetic Particles partikler 3. Vaskeopløsning Wash Solution 4. Vaskeopløsning Wash Solution 5. Vaskeopløsning Wash Solution 6. Vaskeopløsning Wash Solution Empty 7. Tom 8. Empty 8. Tom Well Content User Adds: Brugertilsætning 1. Preprocessed til sample brønde: 1. 8. Forbehandlet CSC/RSC Plunger prøve 8. CSC/RSC Plunger Fig. 1. Maxwell FFPE cartridge Denne illustration viser indholdet i en cartridge. En prøve af forberedt FFPE tilføres brønd nr. 1, og der placeres en plunger i brønd nr. 8. 6 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Revideret 5/18 www.promega.com
10828TB Fig. 2. Opsætning og konfiguration af Maxwell CSC bakke. Der tilsættes nukleasefrit vand til elueringsrørene som angivet. 6. Instrumentprocedure Maxwell CSC FFPE metoden kan downloades fra the Promega websiden: www.promega.com/resources/ tools/maxwellcscmethod. Se Maxwell CSC Methods Installation Technical Manual #TM401 for mere detaljeret information. 1. Tænd for Maxwell CSC instrumenter og tablet-pcen. Instrumentets brugerinterface starter automatisk, og instrumentet gennemfører en selvkontrol og sætter alle bevægelige dele tilbage til udgangspositionen. 2. Vælg Start på hjem-skærmbilledet. 3. Scan eller indtast metode-stregkoden på Maxwell CSC DNA FFPE Kit mærkaten for automatisk at vælge den metode, der skal køre (fig. 3). Bemærk: Maxwell CSC DNA FFPE Kit metode-stregkoden kræves for at køre DNA oprensning på Maxwell CSC instrumentet. Kittets mærkat indeholder to stregkoder. Metode-stregkoden er vist i fig. 3 herunder. Hvis stregkoden ikke kan scannes, kontakt Promega Technical Services. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 7 www.promega.com TM395 Revideret 5/18
6. Instrumentprocedure (fortsat) Fig. 3. Kit-mærkat, der viser den metode-stregkode, der skal scannes. Den røde ramme angiver den metodestregkode på mærkaten, der skal scannes for at starte en oprensningsprocedure. 4. Vælg de positioner i cartridges, der skal behandles (se Maxwell CSC Instrument Operating Manual), og indscan eller indtast manuelt de nødvendige informationer til sporing af prøverne. Fravælg evt. ubenyttede positioner. Vælg Fortsæt når du er klar. 5. Verificer, at prøverne er påfyldt brønd nr. 1 i cartridges (som angivet i afsnit 5 A), at cartridges er indført i instrumentet, at elueringsrør med 50 μl nukleasefrit vand er isat, og at plungers er placeret i brønd nr. 8. 6. Placer Maxwell CSC bakken med de forberedte cartridges på Maxwell CSC instrumentets platform. Kontroller, at bakken er anbragt således i Maxwell CSC instrumentet, at elueringsrørene er tættest på døren. Bakken kan kun være i instrumentet, når den vendes på denne måde. Kontroller at du har vendt bakken korrekt, hvis du har svært ved at anbringe bakken på platformen. Kontroller, at bakken står vandret på instrumentets platform. Bemærk: Hold Maxwell CSC bakken i siderne for at undgå at cartridges flytter sig fra deres plads i bakken. Advarsel: Klemningsfare. 7. Bekræft, at alle anførte forberedelser er udført, og tryk på Start for at lukke instrumentets dør og starte processen. 8. Maxwell CSC instrumentet starter oprensningsproceduren med det samme. Skærmen viser de udførte trin og den omtrentlige tid, der er tilbage af processen. Bemærk: Hvis processen standses, inden den er afsluttet, vasker instrumentet partiklerne af plungers og skubber plungers ned i brønd nr. 8 i cartridge. Prøverne går tabt. Forsøg ikke at oprense prøver igen, for hvilke instrumentproceduren blev afbrudt. 9. Når den automatiske oprensning er udført, vil tablet-pc-skærmen vise en meddelelse om, at metoden er afsluttet. Afslutning af processen. 11588TA 8 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Revideret 5/18 www.promega.com
Afslutning af processen 10. Følg skærminstruktionerne efter afslutning af metoden for at åbne døren. Kontroller, at plungers befinder sig i brønd nr. 8 i cartridges, når processen er afsluttet. Tag bakken ud af instrumentet, og tag de eluerede prøver ud af bakken. Hvis ikke alle plungers er fjernet fra plunger bar: Følg informationerne på skærmen for at foretage Clean-Up-proceduren for en afbrudt proces, eller vælg Clean-Up proceduren fra indstillingsskærmbilledet for en korrekt afsluttet proces for at fjerne de resterende plungers. 11. Tilluk og tag elueringsrørene med DNA ud af instrumentet straks efter afslutningen af processen for at forhindre fordampning af eluaterne. Tag Maxwell CSC bakken ud af instrumentet. Bemærk: Efter den automatiske oprensningsprocedure kan Maxwell CSC bakken være varm. Tag fat i bakkens sider, når den fjernes fra instrumentets platform. Sørg for at fjerne prøverne fra instrumentet, inden der køres UV-sanitering, for at undgå at beskadige den oprensede nukelinsyre. 12. Fjern cartridges og plungers fra Maxwell CSC bakken, og bortskaf dem som farligt affald i henhold til din institutions procedurer. Cartridges, plungers og elueringsrør er beregnet til engangsbrug. Maxwell FFPE cartridges, CSC/RSC plungers og elueringsrør må ikke genbruges. 7. Post-oprensning Verificer, at udbyttet af de oprensede DNA prøver opfylder de krav, der stilles af den efterfølgende diagnoseprocedure, inden de benyttes i den pågældende procedure. Kittets præstationer er evalueret på basis af oprensningen af forstærkningsbart DNA. Andre midler til kvantificering som absorbens eller binding af fluorescerende farvestof vil ikke nødvendigvis korrelere med forstærkning (1). Absorbensresultater for oprensede FFPE-prøver kan overestimere udbyttet; vi anbefaler at benytte andre metoder til at bestemme udbyttet (1). Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 9 www.promega.com TM395 Revideret 5/18
8. Fejlfinding Kontakt venligst det lokale Promega-filialkontor eller -distributør, hvis du har spørgsmål, som ikke behandles her. Kontaktinformation kan findes på: www.promega.com. E-mail: techserv@promega.com Symptomer Koncentrationen af DNA i eluatet er lavere end forventet En typisk FFPE sektion bør give et udbytte af forstærkningsbar DNA afhængigt af vævsstørrelse, cellularitet, forholdene ved formalinfiksering og håndtering. Årsager og kommentarer Kittets præstationer er evalueret ved at isolere DNA fra FFPE vævsprøver med størrelser fra 0,1 mm 3 til 2,0 mm 3. Det er ikke konstrueret til prøver uden for dette interval. Brug sektioner, der ligger inden for dette interval. Kittet er beregnet til brug med humane FFPE vævsprøver fra bryst, lunge eller tyktarm. Det er ikke beregnet til brug med ikke-ffpe vævsprøver, så som friske eller frosne vævsprøver, eller med FFPE vævsprøver fra andre steder end humant bryst, lunge eller tyktarm. Inkubationstider og -temperaturer er kun testet for humant væv fra bryste, lunge og tyktarm. Kittet er ikke beregnet til brug med vævsprøver, der er forberedt med andre fixativer end 10% neutral-bufferet formalin. Kontroller hos det patologiske laboratorium eller leverandøren, at der ikke er benyttet andre fixativer. Der stilles ikke krav om farvede objektglas eller sektioner. Gentag oprensningen med ufarvet objektglas eller sektion. Kittets præstationer er evalueret på basis af oprensningen af forstærkningsbart DNA. Andre midler til kvantificering som absorbens eller binding af fluorescerende farvestof vil ikke nødvendigvis korrelere med forstærkning. Brug en forstærknings-kvantificering til at evaluere renheden. 10 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Revideret 5/18 www.promega.com
Symptomer Kvaliteten er lavere end forventet Eluatet indeholder stærkt fragmenteret DNA eller inhibitorer for efterfølgende processer. Årsager og kommentarer Den vævssektion, der er benytte til oprensning, kan indeholde fragmenteret DNA som følge af forholdene ved formalinfiksering eller håndtering. Hvis DNA er fragmenteret inden ekstraktionsoprensningen, vil der blive oprenset fragmenteret DNA med dette kit. Gentag processen med en tilstødende sektion for at konstatere, om der er problemer med sektionen eller med processen. Nogle forstærknings-baserede tests er særdeles følsomme over for tilstedeværelsen af inhibitorer. Kontroller af efterfølgende tests bør identificere tilstedeværelsen af en forstærkningsinhibitor i eluatet. Det er brugerens ansvar at verificere kompatibiliteten af dette produkt med de efterfølgende tests. 9. Reference 1. Bonin, S. et al. (2010) Multicentre validation study of nucleic acids extraction from FFPE tissues. Virchows Arch. 457, 309 17. 10. Liste over ændringer Der er foretaget følgende ændringer i version 5/18 af dette dokument: 1. Opdateret til at indeholde kravene i EU IVD direktiv (98/79/EF). (a) U.S. Pat. Nos. 6,027,945, 6,368,800 og 6,673,631, European Pat. Nos. 0895546, 1367137 og 1204741, Japanese Pat. Nos. 3253638 og 4425513. 2013 5, 2018 Promega Corporation. Alle rettigheder forbeholdes. Maxwell er et registreret varemærke tilhørende Promega Corporation. Produkterne kan være dækket af anmeldte eller udstedte patenter eller kan have visse begrænsninger. Du er velkommen til at besøge vores hjemmeside for yderligere information. Alle priser og specifikationer kan ændres uden forudgående varsel. Produktfordringer kan ændres. Kontakt teknisk service hos Promega eller gå ind i Promegas online-katalog for at få de mest aktuelle informationer om Promega-produkterne. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Toll Free in USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 11 www.promega.com TM395 Revideret 5/18