therascreen KRAS Pyro -kit Håndbog

Marts 2015 therascreen KRAS Pyro -kit Håndbog 24 Version 1 Til in vitro-diagnostisk brug 971460 1061825DA QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, TYSKLAND R3 1061825DA Sample & Assay Technologies

QIAGEN prøve- og analyseteknologier QIAGEN er den førende leverandør af innovative prøve- og analyseteknologier, der muliggør isolation og påvisning af indholdet i enhver biologisk prøve. Vore avancerede højkvalitetsprodukter og -service garanterer succes fra prøve til resultat. QIAGEN sætter standarder inden for: Oprensning af DNA, RNA og proteiner Nucleinsyre- og proteinanalyser microrna-undersøgelser og RNAi Automatisering af prøve- og analyseteknologier Vor opgave er at bringe Dem i stand til at opnå enestående succes og gennembrud. For yderligere information, se www.qiagen.com.

Indhold Tilsigtet anvendelse 5 Opsummering og forklaring 5 Procedureprincip 6 Medfølgende materialer 8 Kit-indhold 8 Nødvendige materialer, som ikke medfølger 10 Advarsler og sikkerhedsforanstaltninger 11 Sikkerhedsinformationer 11 Generelle forholdsregler 11 Opbevaring og håndtering af reagenser 13 Håndtering og opbevaring af prøver 13 Procedure 14 DNA-isolation 14 Protokoll 1: Kørselsopsætning for PyroMark Q24-systemet 15 2: PCR ved hjælp af de PCR-reagenser, der medfølger i therascreen KRAS-kittet 17 3: Immobilisering af PCR-produkter på Streptavidin Sepharose High Performance-kugler 20 4: Klargøring af prøver inden pyrosekventeringsanalyse på PyroMark Q24 22 5: Kørsel af PyroMark Q24-systemet 26 6: Analyse af en PyroMark Q24-kørsel 28 Fortolkning af resultater 31 Fortolkning af analyseresultater og påvisning af lavniveau-mutationer 31 Fejludbedringsvejledning 36 Kvalitetskontrol 38 Begrænsninger 38 Brugsegenskaber 40 Tomgrænse og påvisningsgrænse 40 Linearitet 42 Laboratorienøjagtighed 42 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 3

Diagnostisk evaluering 43 Referencer 44 Symboler 45 Kontaktoplysninger 45 Bilag A: Opsætning af therascreen KRAS Pyro-analyser 46 Bilag B: Tømning af affaldsbeholder og beholdere 49 Bestillingsinformation 50 4 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Tilsigtet anvendelse therascreen KRAS Pyro-kittet er en nucleinsyresekvensbaseret in vitropåvisningstest baseret på pyrosekvenseringsteknologi til kvantitativ påvisning af mutationer i codon 12, 13 og 61 i det humane KRAS-gen i genomisk DNA udledt af humane vævsprøver. therascreen KRAS Pyro-kittet er beregnet til brug som hjælpemiddel ved udredning af, om patienter med kolorektalcancer har udsigt til gavn af anti- EGFR-behandlinger som panitumumab og cetuximab. Til in vitro-diagnostisk brug. Kun til brug på PyroMark Q24-systemet. Der findes følgende PyroMark Q24- systemer: PyroMark Q24-instrumentet og PyroMark Q24 MDx-instrumentet. PyroMark Q24 Vacuum-arbejdsstationen og PyroMark Q24 MDx Vacuumarbejdsstationen. PyroMark Q24-software (version 2.0) og PyroMark Q24 MDx-software (version 2.0). Produktet er beregnet til brug af professionelle brugere, f.eks. teknikere og læger med kvalifikationer inden for in vitro-diagnostiske procedurer, molekylærbiologiske teknikker samt PyroMark Q24-systemet. Opsummering og forklaring I Europa er der betydeligt fokus på KRAS-mutationsanalyse, fordi Europa- Kommissionen har udstedt en betinget markedsføringstilladelse for panitumumab og cetuximab til behandling af metastaserende koloncancer hos patienter med et ikke-muteret KRAS-gen (vildtype). Det betyder, at panitumumab og cetuximab udelukkende kan administreres til patienter, der er screenet for at fastlægge mutationsstatus for KRAS. Det CE-IVD-mærkede therascreen KRAS Pyro-kit er beregnet til kvantitative målinger af mutationer i codon 12, 13 og 61 af det humane KRAS-gen. Kittet består af 2 analyser: én til påvisning af mutationer i codon 12 og 13 og én til påvisning af mutationer i codon 61 (figur 1). De to regioner forstærkes separat ved hjælp af PCR og sekvenseres i hele den definerede region. Sekvenserne omkring de definerede positioner fungerer som normaliserings- og referencespidser til kvantificering og kvalitetsvurdering af analysen. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 5

FP Seq GGT GGC GTA GG Codon 12 og 13 FPB RPB Codon 61 T CCA GTT CTC Seq RP Figur 1. Illustration af KRAS-analysen. Den afbildede sekvens er den analyserede sekvens for en vildtypeprøve. FP og FPB: Forward-PCR-primere (B står for biotinylering); RP og RPB: Reverse-PCR-primere (B står for biotinylering); Sekv.: Sekventeringsprimere. Bemærk: Codon 12 og 13 sekventeres forfra og codon 61 bagfra. Produktet består af en PCR-primerblanding og en sekventeringsprimer til hver analyse. Primerne leveres i en opløsning. Hvert hætteglas indeholder 24 µl af hver primer eller primerblanding. Procedureprincip Rutediagrammet illustrerer analyseproceduren. Efter PCR ved hjælp af primere rettet mod codon 12/13 og codon 61 immobiliseres amplikonerne på Streptavidin Sepharose High Performance-kugler. Der forberedes enkeltstrenget DNA, og de tilsvarende sekventeringsprimere afhærdes til DNA'et. Prøverne analyseres herefter på PyroMark Q24-systemet ved hjælp af en kørselsopsætningsfil og en kørselsfil. Det anbefales at bruge KRAS Plug-in'en Report til at analysere kørslen. KRAS Plug-in'en Report fås ved henvendelse via e-mail til pyro.plugin@qiagen.com. Kørslen kan dog også analyseres ved hjælp af det integrerede analyseværktøj i PyroMark Q24-systemet. Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres) kan tilpasses med henblik på påvisning af sjældne mutationer efter kørslen (se Protokol 6: Analyse af en PyroMark Q24-kørsel, side 28). Bemærk: Rutediagrammet er ændret en smule i forhold til Håndbogen til PyroMark KRAS-kit og revision R1 af håndbogen til therascreen KRAS Pyro-kit (se Protokol 2: PCR ved hjælp af de PCR-reagenser, der medfølger i therascreen KRAS-kittet, side 17 og Protokol 4: Klargøring af prøver inden pyrosekventeringsanalyse på PyroMark Q24, side 22). 6 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Rutediagram for therascreen KRAS Pyro-procedure Analyse- og kørselsopsætning Analysefilopsætning (bilag A) Kørselsfilopsætning (protokol 1) Prøveforberedelse PCR (protokol 2) Immobilisering (protokol 3) Forberedelse af prøver (protokol 4) Kontroller PyroMark Q24-kørsel (protokol 5) Analyse af PyroMark Q24-kørsel (protokol 6) Rapport Kittet indeholder umethyleret kontrol-dna som positiv kontrol til PCR og sekventeringsreaktioner. Denne kontrolprøve har en vildtype genotype i de regioner, der sekventeres med dette kit, og er påkrævet med henblik på korrekt fortolkning af resultaterne og identifikation af lavniveau-mutationer (se Fortolkning af resultater, side 31). Medtag en prøve med umethyleret kontrol- DNA for hver analyse i hver enkelt pyrosekventeringskørsel. Hertil kommer, at en negativ kontrol (uden skabelon-dna) skal medtages i PCR-opsætningen af mindst én analyse. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 7

Medfølgende materialer Kit-indhold therascreen KRAS Pyro-kit (æske 1/2) therascreen KRAS Pyro-kit (24) Katalognr. 971460 Antal reaktioner 24 Sekvenseringsprimer KRAS 12/13 24 µl Sekvenseringsprimer KRAS 61 24 µl PCR-primer KRAS 12/13 24 µl PCR-primer KRAS 61 24 µl PyroMark PCR-masterblanding, 2x 850 µl CoralLoad -koncentrat, 10x H 2 O 1,2 ml 3 x 1,9 ml Umethyleret kontrol-dna, 10 ng/µl 100 µl 8 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

therascreen-buffere og -reagenser (æske 2/2) therascreen-buffere og -reagenser PyroMark-bindingsbuffer PyroMark-afhærdningsbuffer PyroMark-denatureringsopløsning* PyroMark-vaskebuffer, 10x Enzymblanding Substratblanding 10 ml 10 ml 250 ml 25 ml 1 hætteglas 1 hætteglas datp S 1180 µl dctp 1180 µl dgtp 1180 µl dttp 1180 µl Håndbog 1 * Indeholder natriumhydroxid. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 9

Nødvendige materialer, som ikke medfølger Der skal altid anvendes en egnet laboratoriekittel, engangshandsker og beskyttelsesbriller, når der arbejdes med kemikalier. Der findes mere information i de tilhørende sikkerhedsdatablade (safety data sheets, SDSs), som kan fås hos den pågældende leverandør. DNA-isolationskit (se DNA-isolation, side 14) Pipetter (justerbare)* Sterile pipettespidser (med filtre til PCR-opsætning) Bordmikrocentrifuge* Termocykler* og egnede PCR-rør Streptavidin Sepharose High Performance (GE Healthcare, katalognr. 175113-01; www.gelifesciences.com) PyroMark Q24 (katalognr. 9001513 eller 9001514)* PyroMark Q24-software (katalognr. 9019063 eller 9019062) PyroMark Q24-plade (katalognr. 979301) PyroMark Q24-beholder (katalognr. 979302) PyroMark Q24-vakuumarbejdsstation (katalognr. 9001515 eller 9001517)* Plademikser* til immobilisering på kugler Varmeblok*, som kan nå op på 80 C 24-brønds PCR-plade eller strips Strip-hætter Rektificeret vand (Milli-Q 18,2 MΩ x cm eller tilsvarende). Bemærk: Der medfølger tilstrækkeligt vand i kittet til PCR, DNAimmobilisering og til at opløse enzymblandingen og substratblandingen. Der skal bruges yderligere rektificeret vand til fortynding af PyroMarkvaskebufferen 10x. Ethanol (70%) * Kontrollér, at instrumenterne er kontrolleret og kalibreret i henhold til producentens anbefalinger. CE-IVD-mærket i henhold til EU-direktiv 98/79/EF. De øvrige produkter på listen er ikke CE- IVD-mærkede i henhold til EU-direktiv 98/79/EF. Der må ikke bruges denatureret alkohol, som indeholder andre stoffer som f.eks. metanol eller methylethylketon. 10 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Anbefalede plademiksere De i tabel 1 viste plademiksere anbefales til brug sammen med therascreen KRAS Pyro-kittet. Table 1. Plademiksere anbefalet til brug med therascreen KRAS Pyrokittet Producent Produkt Katalognummer Eppendorf Thermomixer comfort (grundenhed) 5355 000.011 Thermoblock til mikrotiterplader 5363 000.012 H+P Labortechnik GmbH Adapterplade til 96 x 0,2 ml PCRrør til isætning i blokke til mikrotiterplader Variomag Teleshake Variomag Monoshake 5363 007.009 51410 (115 V = 51410 U) 51110 (115 V = 51110 U) Advarsler og sikkerhedsforanstaltninger Til in vitro-diagnostisk brug Sikkerhedsinformationer Der skal altid anvendes en egnet laboratoriekittel, engangshandsker og beskyttelsesbriller, når der arbejdes med kemikalier. Der henvises til de relevante sikkerhedsdatablade (SDS) for yderligere information. Disse er tilgængelige online i det praktiske og kompakte PDF-format på adressen www.qiagen.com/safety, hvor det er muligt at finde, få vist og udskrive et SDS til hvert enkelt QIAGEN -kit og samtlige kitkomponenter. Følgende farer og forholdsregler gælder for komponenterne i therascreen KRAS Pyro-kittet. PyroMark Denaturation Solution Advarsel! Forårsager hudirritation. Forårsager alvorlig øjenirritation. Kan ætse metaller. Absorber udslip for at undgå materielskade. Opbevares kun i den originale beholder. Bær beskyttelseshandsker/ beskyttelsestøj/ øjenbeskyttelse/ ansigtsbeskyttelse. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 11

PyroMark Enzyme Mixture Indeholder: (R*,R*)-1,4-Dimercaptobutane-2,3-diol; acetic acid. Fare! Forårsager hudirritation. Forårsager alvorlig øjenskade. VED KONTAKT MED ØJNENE: Skyl forsigtigt med vand i flere minutter. Fjern eventuelle kontaktlinser, hvis dette kan gøres let. Fortsæt skylning. VED eksponering eller mistanke om eksponering: Ring til GIFTINFORMATION eller en læge. Forurenet tøj tages af og vaskes, før det bruges igen. Bær beskyttelseshandsker/ beskyttelsestøj/ øjenbeskyttelse/ ansigtsbeskyttelse. PyroMark Substrate Mixture Indeholder: acetic acid. Advarsel! Forårsager hudirritation. Forårsager alvorlig øjenirritation. Ved vedvarende øjenirritation: Søg lægehjælp. Forurenet tøj tages af og vaskes, før det bruges igen. Bær beskyttelseshandsker/ beskyttelsestøj/ øjenbeskyttelse/ ansigtsbeskyttelse. Generelle forholdsregler Bemærk: Brugeren skal altid være opmærksom på følgende: Håndbogen skal følges fuldstændigt for at opnå optimale resultater. Det anbefales ikke at fortynde reagenserne, undtagen som det er beskrevet i denne håndbog, da det vil medføre tab af ydelse. Rutediagrammet er ændret en smule (se Protokol 2: PCR ved hjælp af de PCR-reagenser, der medfølger i therascreen KRAS-kittet, side 17 og Protokol 4: Klargøring af prøver inden pyrosekventeringsanalyse på PyroMark Q24, side 22) i forhold til håndbogen til PyroMark KRAS-kit og revision R1 af håndbogen til therascreen KRAS Pyro-kit. Komponenterne i dette produkt er tilstrækkelige til at udføre 24 reaktioner i op til 5 uafhængige kørsler. Brug sterile pipettespidser med filtre (til PCR-opsætning). Positive materialer (prøver, positive kontroller og amplikoner) skal opbevares og ekstraheres separat fra alle andre reagenser og tilsættes reaktionsblandingen på et separat sted. Alle komponenter skal omhyggeligt optøs til stuetemperatur (15 25 C), inden analysen startes. Efter optøning skal komponenterne blandes (ved gentagen pipettering op og ned eller ved pulsvortexing) og centrifugeres kortvarigt. 12 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Mislykkede resultater kan ikke bruges som udgangspunkt for vurdering af mutationsstatus. Opbevaring og håndtering af reagenser therascreen KRAS Pyro-kittet forsendes i to æsker. therascreen KRAS Pyro-kittet (æske 1/2) forsendes på tøris. PyroMark PCR-masterblandingen, CoralLoadkoncentratet, det umethylerede kontrol-dna og samtlige primere skal opbevares ved 30 til 15 C efter modtagelsen. therascreen buffere og reagenser (æske 2/2), der indeholder buffere, enzymblanding, substratblanding, datp S, dctp, dgtp og dttp (reagenserne til pyrosekventeringsanalyse) forsendes på køleelementer. Disse komponenter skal opbevares ved 2 8 C efter modtagelse. For at minimere aktivitetstabet anbefales det at opbevare både enzymblandingen og substratblandingen i de leverede hætteglas. Rekonstituerede enzym- og substratblandinger er stabile i mindst 10 dage ved 2 8 C. Rekonstituerede enzym- og substratblandinger kan nedfryses og opbevares i hætteglassene ved 30 til 15 C. Frosne reagenser bør ikke udsættes for mere end tre optønings- og indfrysningscyklusser. Bemærk: Nucleotider må ikke fryses. therascreen KRAS Pyro-kittet er stabilt indtil udløbsdatoen ved opbevaring under disse betingelser. Håndtering og opbevaring af prøver Alle prøver skal behandles som potentielt infektiøst materiale. Prøvematerialet er humant DNA ekstraheret fra blod eller fra formalinfikserede, paraffinindstøbte (FFPE) prøver. Prøver fra personer i heparinbehandling må ikke bruges. Blodprøver, der er opsamlet i rør tilsat heparin som antikoagulationsmiddel, må ikke bruges. Heparin påvirker PCR. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 13

Procedure DNA-isolation Systemets ydeevne er fastlagt ved hjælp af EZ1 DNA Tissue-kit og QIAamp DNA FFPE Tissue-kit til ekstrahering af humant DNA fra formalinfikserede, paraffinindlejrede tumorprøver. Ydelsen for QIAamp DSP DNA Blood Minikitsystemet er fastlagt ved hjælp af blodprøver fra raske donorer tilsat tumorceller. De QIAGEN kit, der er vist i tabel 2, anbefales til oprensning af DNA fra de angivne humane prøvetyper til brug med therascreen KRAS Pyro-kittet. DNAoprensningen skal udføres i henhold til instruktionerne i kit-håndbøgerne. Tabel 2. DNA-oprensningskit anbefalet til brug med therascreen KRAS Pyro-kit Prøvemateriale Isolationskit til nucleinsyre Katalognummer (QIAGEN) Paraffinindlejret væv QIAamp DNA FFPE Tissue-kit (50) 56404 EZ1 DNA Tissue-kit (48)* 953034 Blod QIAamp DSP DNA Blood Mini-kit 61104 * Følg protokollen for brug med paraffinindstøbt væv. EZ1 DNA Tissue-kit skal bruges sammen med EZ1 Advanced (kat. nr. 9001410 eller 9001411) og EZ1 Advanced DNA Paraffin Section Card (kat. nr. 9018298), med EZ1 Advanced XL (kat. nr. 9001492) og EZ1 Advanced XL DNA Paraffin Section Card (kat. nr. 9018700) eller med BioRobot EZ1 (kat. nr. 9000705 fås ikke længere) og EZ1 DNA Paraffin Section Card (kat. nr. 9015862). CE-IVD-mærket i henhold til EU-direktiv 98/79/EF. 14 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Protokol 1: Kørselsopsætning for PyroMark Q24-systemet Vigtig anvisning før start Hvis det er nødvendigt, kan LOB bekræftes ved hjælp af en vildtypeprøve, så der opnås en hel plade resultater. Yderligere oplysninger fås i CLSI's retningslinje EP17-A Protocol for determination of limits of detection and limits of quantitation; approved guideline. Ting, der skal gøres før start Hvis KRAS Plug-in'en Report ikke er blevet installeret, skal der oprettes en analyseopsætning (se bilag A, side 46). Dette må kun gøres én gang før kørsel af therascreen KRAS Pyro-analysen første gang. I tilfælde af at KRAS Plug-in'en Report er blevet installeret, er der adgang til prædefinerede analyseopsætninger i genvejsbrowseren i PyroMark Q24-softwaren ved at følge stien Example Files/PyroMark Setups/KRAS. KRAS Plug-in'en Report fås ved henvendelse via e-mail til pyro.plugin@qiagen.com. Procedure 1. Klik på på værktøjslinjen. Der oprettes en ny kørselsfil. 2. Angiv kørselsparametrene (se Kørselsparametre, side 16). 3. Klargør pladen ved at tilføje analyser for både codon 12/13 og codon 61 i de brønde, der svarer til de prøver, som skal analyseres. Bemærk: En negativ kontrolprøve (uden skabelon-dna) skal medtages i PCR-opsætningen af mindst én analyse. Bemærk: Medtag en prøve med umethyleret kontrol-dna for hver analyse i hver enkelt pyrosekventeringskørsel (se Kontroller, side 7). 4. Når kørslen er konfigureret og klar til at køre på PyroMark Q24- systemet, skal der udskrives en liste over de påkrævede volumener enzymblanding, substratblanding og nucleotider samt pladeopsætningen. Vælg Pre Run Information (Information før kørsel) i menuen Tools (Funktioner), og klik på, når rapporten vises. 5. Luk kørselsfilen, og kopiér den til en USB-nøgle (leveres med systemet) ved hjælp af Windows Stifinder. Bemærk: Den udskrevne information før kørsel kan bruges som skabelon for prøveopsætningen (se Protokol 3: Immobilisering af PCR-produkter på Streptavidin Sepharose High Performance-kugler, side 20). therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 15

Se Protokol 5: Kørsel af PyroMark Q24-systemet, side 26, for at køre pladen på PyroMark Q24-systemet. Kørselsparametre Run name (Kørselsnavn): Instrument method (Instrumentmetode): Plate ID (Plade-id): Bar code (Stregkode): Kit ID (Kit-id): Run note (Kørselsbemærkning): Navnet på kørslen angives, når filen gemmes. Hvis filen omdøbes, ændres navnet på kørslen også. Vælg instrumentmetode ud fra den beholder, der skal bruges til kørslen. Se instruktionerne til produkterne. Valgfrit: Angiv id'et for PyroMark Q24-pladen. Valgfrit: Angiv et stregkodenummer for pladen. Hvis der er en stregkodelæser tilsluttet computeren, kan du også placere markøren i feltet Barcode (Stregkode) ved at klikke i feltet og herefter scanne stregkoden. Valgfrit: Angiv lotnummeret for det therascreen KRAS Pyro-kit, der skal bruges. Lotnummeret fremgår af etiketten på produktet. Bemærk: Vi anbefaler at angive både reagens-id og kit-id, så eventuelle uventede problemer med reagenserne kan spores. Valgfrit: Angiv en bemærkning om indholdet af eller formålet med kørslen. Tilføj analysefiler En analyse kan føjes til en brønd på en af følgende måder: Højreklik på brønden, og vælg Load Assay (Indlæs analyse) i genvejsmenuen Marker analysen i genvejsbrowseren, klik på den, og træk den til brønden. En brønd har farve efter den analyse, der er anbragt i brønden. Angiv prøve-id'er og bemærkninger Der kan angives prøve-id'er eller bemærkninger ved at vælge den pågældende celle og indtaste teksten. Eksisterende prøve-id'er eller bemærkninger kan redigeres ved at markere cellen (det aktuelle indhold markeres) eller dobbeltklikke på cellen. 16 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Protokol 2: PCR ved hjælp af de PCR-reagenser, der medfølger i therascreen KRAS-kittet Denne protokol er til PCR-forstærkninger af en region, der indeholder codon 12 og codon 13, samt en separat PCR-forstærkning af en region, som indeholder codon 61, ved hjælp af therascreen KRAS Pyro-kittet. Vigtige anvisninger før start Rutediagrammet er ændret en smule i forhold til PyroMark KRAS Pyro Kithåndbogen (trin 5). HotStarTaq DNA-polymerasen i PyroMark-masterblandingen kræver et aktiveringstrin på 15 minutter ved 95 C. Alle reaktionsblandinger skal klargøres i et område, som er adskilt fra det område, der bruges til DNA-oprensning, tilføjelse af skabelon-dna i PCR, PCR-produktanalyse eller klargøring af prøver inden pyrosekvenseringsanalyse. Brug engangsspidser med hydrofobiske filtre for at minimere krydskontaminering. Ting, der skal gøres før start Inden rørene med PCR-primere åbnes, skal de centrifugeres kortvarigt, så indholdet samles i bunden af rørene. Juster evt. koncentrationen af kontrollen og prøve-dna'et til 0,4 2 ng/µl. Procedure 1. Optø alle nødvendige reagenser (se tabel 3). Bland dem godt inden brug. 2. Klargør en reaktionsblanding for hvert PCR-primersæt i henhold til tabel 3. Reaktionsblandingen indeholder som regel alle de komponenter, der er nødvendige ved PCR, undtagen prøven. Klargør en større mængde reaktionsblanding end den, der er nødvendig for det samlede antal PCR-analyser, som skal udføres. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 17

Tabel 3. Klargøring af reaktionsblanding til hver PCR-primerblanding Komponent Volumen/reaktion (µl) PyroMark PCR-masterblanding, 2x 12,5 CoralLoad-koncentrat, 10x 2,5 PCR-primer KRAS 12/13 eller PCR-primer KRAS 61 1,0 Vand (H 2 O, medfølgende) 4,0 Volumen i alt 20,0 3. Bland reaktionsblandingen grundigt, og dispenser 20 µl i hvert PCRrør. Det er ikke nødvendigt at opbevare PCR-rørene på is, da HotStarTaq-DNApolymerasen er inaktiv ved stuetemperatur. 4. Tilføj 5 µl skabelon-dna (2 10 ng genomisk DNA) i de enkelte PCRrør (se tabel 4), og bland grundigt. Bemærk: En negativ kontrolprøve (uden skabelon-dna) skal medtages i PCR-opsætningen af mindst én analyse. Bemærk: Medtag en prøve med umethyleret kontrol-dna for hver analyse i hver enkelt pyrosekventeringskørsel (se Kontroller, side 7). Tabel 4. Klargøring af PCR Komponent Volumen/reaktion (µl) Reaktionsblanding 20 Prøve-DNA 5 Volumen i alt 25 18 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

5. Programmér termocykleren i henhold til producentens instruktioner og de betingelser, der er skitseret i tabel 5. Tabel 5. Optimeret cyklusprotokol Kommentarer Første aktiveringstrin: 15 minutter 95 C HotStarTaq-DNApolymerasen aktiveres med dette opvarmningstrin. 3-trinscyklus: Denaturering 20 sekunder 95 C Afhærdning 30 sekunder 53 C Udvidelse 20 sekunder 72 C Antal cyklusser 42 Endelig udvidelse: 5 minutter 72 C 6. Anbring PCR-rørene i termocykleren, og start cyklusprogrammet. 7. Efter forstærkning skal der fortsættes med Protokol 3: Immobilisering af PCR-produkter på Streptavidin Sepharose High Performance-kugler, side 20. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 19

Protokol 3: Immobilisering af PCR-produkter på Streptavidin Sepharose High Performance-kugler Denne protokol er til immobilisering af skabelon-dna på Streptavidin Sepharose High Performance-kugler (GE Healthcare) inden analyse på PyroMark Q24-systemet. Ting, der skal gøres før start Lad de påkrævede reagenser og opløsninger nå stuetemperatur (15 25 C) inden start. Procedure 1. Ryst forsigtigt flasken med Streptavidin Sepharose High Performance fra side til side, til der opnås en homogen opløsning. 2. Klargør en masterblanding til DNA-immobilisering i henhold til tabel 6. Klargør et 10 % større volumen end det, der er nødvendigt for det samlede antal reaktioner, som skal udføres. Tabel 6. Masterblanding til DNA-immobilisering Komponent Volumen/prøve (µl) Streptavidin Sepharose High Performance 2 PyroMark-bindingsbuffer 40 Vand (H 2 O, medfølgende) 28 Volumen i alt 70 3. Tilsæt 70 µl masterblanding i brøndene på en PCR-plade eller strip med 24 brønde, som dette er defineret under kørselsopsætningen (se Protokol 1: Kørselsopsætning for PyroMark Q24-systemet, side 15). 4. Tilsæt 10 µl biotinyleret PCR-produkt fra protokol 2 i hver brønd med masterblanding, som dette er defineret under kørselsopsætningen (se Protokol 1: Kørselsopsætning for PyroMark Q24-systemet, side 15). Bemærk: Det samlede volumen pr. brønd skal være 80 µl efter tilsætning af masterblanding og PCR-produkt. 5. Forsegl PCR-pladen (eller strips) med strip-hætter. Bemærk: Kontrollér, at der ikke er risiko for lækage mellem brøndene. 20 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

6. Ryst PCR-pladen ved stuetemperatur (15 25 C) i 5 10 minutter ved 1.400 o/min. Bemærk: Under dette trin skal PyroMark Q24-vakuumarbejdsstationen klargøres til prøveforberedelse som beskrevet i PyroMark Q24 User Manual. 7. Fortsæt straks til Protokol 4: Klargøring af prøver inden pyrosekventeringsanalyse på PyroMark Q24, side 22. Bemærk: Sepharose-kugler sedimenterer hurtigt. Opfangning af kugler skal ske umiddelbart, når rystningen er færdig. Hvis der er gået mere end 1 minut, siden pladen (eller strips) blev rystet, rystes igen i 1 minut, før kuglerne opfanges. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 21

Protokol 4: Klargøring af prøver inden pyrosekventeringsanalyse på PyroMark Q24 Denne protokol er til klargøring af enkeltstrenget DNA og afhærdning af sekvenseringsprimeren til skabelonen inden pyrosekvenseringsanalyse på PyroMark Q24. Vigtige anvisninger før start Inden rørene med sekvenseringsprimere åbnes, skal de centrifugeres kortvarigt, så indholdet samles i bunden af rørene. De 2 forskellige sekvenseringsprimere skal tilsættes i det mønster, der er defineret for pladen under kørselsopsætningen (se Protokol 1: Kørselsopsætning for PyroMark Q24-systemet, side 15), afhængigt af analyseregionen (codon 12 og 13 eller codon 61). Rutediagrammet er ændret en smule i forhold til revision R1 af therascreen KRAS Pyro Kit-håndbogen (trin 18). Undgå at afkorte nedkølingstiden efter opvarmning af prøverne til 80 C. Udfør funktionstesten for filterproberne som beskrevet i PyroMark Q24- håndbogen med regelmæssige mellemrum, og udskift filterproberne, når det er påkrævet. Ting, der skal gøres før start Anbring én PyroMark Q24-pladeholder på en forvarmet varmeblok ved 80 C til brug i trin 17. Lad en anden PyroMark Q24-pladeholder stå ved stuetemperatur (15 25 C) til brug i trin 18. PyroMark-vaskebufferen leveres som 10x-koncentrat. Inden den bruges for første gang, skal den fortyndes til 1x-arbejdsopløsning ved at tilsætte 225 ml rektificeret vand i 25 ml 10x PyroMark-vaskebuffer (endeligt volumen på 250 ml). Bemærk: 1x PyroMark-vaskebufferopløsningen er stabil ved 2 8 C indtil den anførte udløbsdato. Procedure 1. Fortynd en tilstrækkelig mængde sekvenseringsprimer KRAS 12/13 og sekvenseringsprimer KRAS 61 i PyroMark-afhærdningsbuffer som vist i tabel 7. Klargør et større volumen fortyndet sekvenseringsprimer end det, der skal bruges til det samlede antal prøver, som skal sekvenseres (antallet af prøver + én ekstra). 22 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Tabel 7. Eksempel på fortynding af sekvenseringsprimere Komponent Sekvenseringsprimer KRAS 12/13 eller Sekvenseringsprimer KRAS 61 Volumen/prøve (µl) Volumen til 9 + 1 reaktioner (µl) 0,8 8 PyroMarkafhærdningsbuffer 24,2 242 Volumen i alt 25 250 2. Tilsæt 25 µl fortyndet sekvenseringsprimer i hver brønd på PyroMark Q24-pladen i henhold til kørselsopsætningen (se Protokol 1: Kørselsopsætning for PyroMark Q24-systemet, side 15). Bemærk: Lad én af PyroMark Q24-pladeholderne (leveres med PyroMark Q24-vakuumarbejdsstationen) være ved stuetemperatur (15 25 C), og brug den som underlag under klargøring og flytning af pladen. 3. Anbring PCR-pladen (eller strips) fra protokol 3 og PyroMark Q24- pladen på arbejdsbordet (figur 2). Bemærk: Kontroller, at pladen vender samme vej, som da prøverne blev isat. Figur 2. Placering af PCR-plade (eller strips) og PyroMark Q24-plade på vakuumarbejdsstationen. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 23

4. Sæt vakuum på værktøjet ved at åbne på vakuumkontakten. 5. Sænk forsigtigt filterproberne på vakuumværktøjet ned i PCR-pladen (eller strips) for at opfange kuglerne, der indeholder immobiliseret skabelon. Hold proberne på plads i 15 sekunder. Vær forsigtig, når vakuumværktøjet samles op. Bemærk: Sepharose-kugler sedimenterer hurtigt. Opfangning af kuglerne skal ske umiddelbart efter omrystning. Hvis der er gået mere end 1 minut, siden pladen (eller strips) blev rystet, rystes igen i 1 minut, før kuglerne opfanges. 6. Overfør vakuumværktøjet til beholderen med 40 ml 70 % ethanol (figur 2). Skyl filterproberne i 5 sekunder. 7. Overfør vakuumværktøjet til beholderen med 40 ml denatureringsopløsning (figur 2). Skyl filterproberne i 5 sekunder. 8. Overfør vakuumværktøjet til beholderen med 50 ml vaskebuffer (figur 2). Skyl filterproberne i 10 sekunder. 9. Løft vakuumværktøjet op og tilbage over 90 lodret i 5 sekunder for at dræne væsken fra filterproberne (figur 3). Figur 3. Illustration af vakuumværktøjet løftet til over 90 lodret. 10. Hold vakuumværktøjet over PyroMark Q24-pladen, og sluk for vakuumkontakten på værktøjet (Off). 11. Frigør kuglerne i PyroMark Q24-pladen ved at sænke filterproberne ned i den fortyndede sekventeringsprimer og bevæge værktøjet forsigtigt fra side til side. Bemærk: Pas på ikke at beskadige overfladen på PyroMark Q24-pladen ved at ridse den med filterproberne. 12. Overfør vakuumværktøjet til beholderen med rektificeret vand (figur 2), og ryst værktøjet i 10 sekunder. 13. Vask filterproberne ved at sænke proberne ned i rektificeret vand (figur 2) og sætte vakuum på. Skyl filterproberne med 70 ml rektificeret vand. 24 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

14. Løft vakuumværktøjet op og tilbage over 90 lodret i 5 sekunder for at dræne væsken fra filterproberne (figur 3). 15. Luk vakuumkontakten på værktøjet (Off), og sæt vakuumværktøjet i parkeringsstilling (P). 16. Sluk for vakuumpumpen. Bemærk: Når arbejdsdagen er slut, skal flydende affald og eventuelle resterende opløsninger kasseres, og PyroMark Q24- vakuumarbejdsstationen skal kontrolleres for støv og spild. Se bilag B, side 49). 17. Opvarm PyroMark Q24-pladen med prøverne ved 80 C i 2 minutter ved hjælp af den foropvarmede PyroMark Q24-pladeholder. 18. Fjern PyroMark Q24-pladen fra den varme pladeholder, og anbring den på den anden PyroMark Q24-pladeholder, som blev opbevaret ved stuetemperatur (15 25 C), for at lade prøverne køle af til stuetemperatur i 10 15 minutter. 19. Fortsæt med Protokol 5: Kørsel af PyroMark Q24-systemet, side 26. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 25

Protokol 5: Kørsel af PyroMark Q24-systemet Denne protokol beskriver klargøring og isætning af PyroMark Gold Q24- reagenser i PyroMark Q24-beholderen samt start og afslutning af en kørsel på PyroMark Q24. Detaljerede oplysninger om opsætning af en kørsel findes i PyroMark Q24-håndbogen. Vigtig anvisning før start Rapporten Pre Run Information (Information før kørsel), der findes i menuen Tools (Funktioner; se Protokol 1: Kørselsopsætning for PyroMark Q24-systemet, side 15), indeholder information om den mængde nucleotider samt de enzym- og substratbuffere, som er nødvendige til en bestemt kørsel. Ting, der skal gøres før start Tænd for PyroMark Q24. Tænd/sluk-knappen er placeret bag på instrumentet. Procedure 1. Opløs hver af de frysetørrede enzym- og substratblandinger i 620 µl vand (H 2 O, medfølger). 2. Bland ved at slynge hætteglasset forsigtigt rundt. Bemærk: Må ikke vortexes! Bemærk: For at sikre, at blandingen er helt opløst, skal den stå ved stuetemperatur (15 25 C) i 5 10 minutter. Sørg for, at opløsningen ikke er uklar, før PyroMark Q24-beholderen fyldes op. Hvis reagenserne ikke skal bruges med det samme, skal reagenshætteglassene lægges på is* eller sættes i køleskab. 3. Lad reagenserne og PyroMark Q24-beholderen nå stuetemperatur (20 25 C). 4. Anbring PyroMark Q24-beholderen, så etiketten vender ind mod dig. 5. Isæt PyroMark Q24-beholderen med de korrekte mængder nucleotider samt enzym- og substratblandinger som vist i figur 4. Sørg for, at der ikke overføres nogen luftbobler fra pipetten til beholderen. * Der skal altid anvendes en egnet laboratoriekittel, engangshandsker og beskyttelsesbriller, når der arbejdes med kemikalier. Der findes mere information i de tilhørende sikkerhedsdatablade (safety data sheets, SDSs), som kan fås hos den pågældende leverandør. 26 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Figur 4. Illustration af PyroMark Q24-beholderen set oppefra. Forklaringerne svarer til etiketten på reagenshætteglassene. Tilføj enzymblanding (E), substratblanding (S) og nucleotider (A, T, C, G) i overensstemmelse med den volumeninformation, der er oplyst i rapporten Pre Run Information (Information før kørsel), som findes i menuen Tools (Funktioner) ved kørselsopsætningen. 6. Åbn beholderåbningen, og isæt den fyldte reagensbeholder. Etiketten skal vende udad. Skub beholderen helt ind, og tryk den derefter nedad. 7. Kontrollér, at linjen er synlig foran beholderen, og luk lågen. 8. Åbn pladeholderrammen, og sæt pladen på varmeblokken. 9. Luk den ramme, der holder pladen, og instrumentets låg. 10. Sæt USB-nøglen (med kørselsfilen) i USB-porten på instrumentets forside. Bemærk: Tag ikke USB-nøglen ud, før kørslen er afsluttet. 11. Vælg Run (Kør) i hovedmenuen (ved hjælp af skærmknapperne og ) og tryk på OK. 12. Vælg kørselsfilen ved hjælp af skærmknapperne og. Bemærk: For at se indholdet af en mappe markeres mappen, og der trykkes på Select (Vælg). For at vende tilbage til det foregående billede trykkes på Back (Tilbage). 13. Når kørselsfilen er valgt, trykkes på Select (Vælg) for at starte kørslen. 14. Når kørslen er afsluttet, og instrumentet bekræfter, at kørselsfilen er gemt på USB-nøglen, trykkes på Close (Luk). 15. Fjern USB-nøglen. 16. Åbn instrumentlåget. 17. Åbn beholderåbningen, og tag reagensbeholderen ud ved at løfte den op og trække den ud. 18. Luk lemmen. 19. Åbn den ramme, der holder pladen, og tag pladen ud fra varmeblokken. 20. Luk den ramme, der holder pladen, og instrumentets låg. 21. Kassér pladen, og rengør beholderen i henhold til instruktionerne i produktarket til beholderen. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 27

22. Analysér kørslen i henhold til Protokol 6: Analyse af en PyroMark Q24-kørsel, side 28. Protokol 6: Analyse af en PyroMark Q24-kørsel Denne protokol beskriver mutationsanalyse for en afsluttet KRAS-kørsel ved hjælp af PyroMark Q24-software. Procedure 1. Sæt USB-nøglen med den behandlede kørselsfil i USB-porten på computeren. 2. Flyt kørselsfilen fra USB-nøglen til den ønskede placering på computeren ved hjælp af Windows Stifinder. 3. Åbn kørselsfilen i AQ-tilstand i PyroMark Q24-softwaren ved enten at vælge Open (Åbn) i menuen File (Filer) eller dobbeltklikke på filen ( ) i genvejsbrowseren. 4. Der findes 2 metoder til analyse af kørslen. Hvis der skal bruges KRAS Plug-in Report, skal du gå til trin 5. Hvis der skal bruges den integrerede AQ-analyse i PyroMark Q24-systemet, skal du gå til trin 6. Bemærk: Vi anbefaler på det kraftigste, at man bruger KRAS Plug-in'en Report til fortolkning af resultaterne. KRAS Plug-in'en Report fås ved henvendelse via e-mail til pyro.plugin@qiagen.com. Denne rapport sikrer, at de respektive LOD-værdier (tabel 8) og forskellige Sequences to Analyze (Sekvenser, der skal analyseres) bruges til automatisk at påvise alle mutationer. 5. Sådan bruges KRAS Plug-in Report: Vælg AQ Add On Reports (AQ-tilføjelsesrapporter), KRAS og Codon 12 and 13 (Codon 12 og 13) eller Codon 61 i menuen 28 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Reports (Rapporter) for at oprette en rapport. Figur 5. Skærmen AQ Run Analysis (AQ-kørselsanalyse). Brøndene analyseres automatisk for samtlige mutationer, hvor der er angivet en LOD i tabel 8. Resultaterne præsenteres i en oversigtstabel (figur 6) efterfulgt af de detaljerede resultater, som inkluderer pyrogrammer og analysekvalitet. Figur 6. Tabellen med resultatoversigt. 6. Sådan bruges AQ-analysen: Klik på en af analyseknapperne for at analysere kørslen og få et overblik over resultaterne. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 29

Analysér alle brønde. Analysér den markerede brønd. Analyseresultaterne (allelefrekvenser) og kvalitetsvurderingen vises over den variable position i Pyrogram -sporingen. Yderligere oplysninger om analyse af en kørsel findes i PyroMark Q24 User Manual. Vælg AQ Full Report (Fuld AQ-rapport) eller AQ Analysis Results (AQ-analyseresultater) i menuen Reports (Rapporter) for at oprette en rapport. Bemærk: De hyppigste mutationer i KRAS findes ved nucleotid 35 (anden base i codon 12). Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres) for analysen af KRAS-codon 12 og 13 som defineret i analyseopsætningen fokuserer derfor som standard på mutationer ved denne position (se bilag A, side 46). Hvis en prøve indeholder en mutation ved nucleotid 34 (første base i codon 12), kan Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres) ændres, så mutationsstatus også analyseres ved denne position som beskrevet i bilag A. Sequence to Analyze kan ligeledes ændres for analysen af KRAS-codon 61 som beskrevet i bilag A. Opdaterede hyppigheder for mutationer i det humane KRAS-gen i codon 12/13 og codon 61 er gjort tilgængelige online af Sanger Institute på adressen www.sanger.ac.uk/genetics/cgp/cosmic/. Bemærk: For at opnå pålidelige resultater anbefaler vi enkelte spidshøjder på over 30 RLU. Required peak height for passed quality (Påkrævet spidshøjde til godkendt kvalitet) skal indstilles til 30 RLU under analyseopsætningen (se bilag A og PyroMark Q24-håndbogen). Bemærk: Brug rapporten AQ Analysis Results (AQ-analyseresultater) til dokumentation og fortolkning af allelekvantificering. De viste antal i pyrogrammet er afrundede og viser ikke den nøjagtige kvantificering. Bemærk: Pyrogrammet skal altid sammenlignes med histogrammet, som kan vises ved at højreklikke i pyrogramvinduet. De målte spidser skal svare til højden af søjlerne i histogrammet. Ny analyse af prøver, hvor der ikke blev påvist mutationer i nucleotid 35 (codon 12) eller 183 (codon 61), eller hvor kvalitetsvurderingen endte med Check (Kontrollér) eller Failed (Ikke godkendt). Vi anbefaler på det kraftigste, at alle prøver, hvor der ikke blev påvist mutationer med standardindstillingen for Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres), samt prøver, hvor kvalitetsvurderingen endte med Check (Kontrollér) eller Failed (Ikke godkendt), analyseres igen. Kvalitetsvurderingerne Check (Kontrollér) og Failed (Ikke godkendt) kan 30 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

indikere, at der er en mutation i en anden position end nucleotid 35 eller 183, som resulterer i afvigelser af spidshøjder ved referencedispenseringerne. En spids i en af de første 3 dispenseringer viser f.eks., at der er en mutation ved nucleotid 34. Analysen kan gentages for mutationer ved nucleotid 34 ved at gå til Analysis Setup (Analyseopsætning) og skifte indstillingen for Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres) fra GNTGRCGTAGGC til NGTGRCGTAGGC. Klik på Apply (Anvend), og klik derefter på To All (På alle), når vinduet Apply Analysis Setup (Anvend analyseopsætning) vises. Analysen kan gentages for mutationer ved nucleotid 182 (anden position i codon 61) ved at skifte indstillingen for Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres) for codon 61-analysen til følgende sekvens. CTCTHGACCTG Analysen kan gentages for mutationer ved nucleotid 181 (anden position i codon 61) ved at skifte indstillingen for Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres) for codon 61-analysen til følgende sekvens. CTCTTSACCTG Bemærk: Kontrollér, at tærskelværdien for enkelt spidshøjde er indstillet til 30 RLU efter ændring af Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres). Bemærk: Hvis de målte spidser ikke svarer til højden af søjlerne i histogrammet, og dette ikke kan forklares med sjældne eller uventede mutationer, kan resultatet ikke bruges som basis for en vurdering af mutationsstatus. Det anbefales at køre prøven igen. Fortolkning af resultater Fortolkning af analyseresultater og påvisning af lavniveaumutationer Det anbefales på det kraftigste, at medtage umethyleret kontrol-dna i hver enkelt kørsel til sammenligning og kontrol af baggrundsniveauer. Den målte hyppighed for kontrolprøven skal være lavere end end lig med tomgrænsen (LOB). Alle prøver skal undersøges for så vidt angår påvisningsgrænsen (LOD, se tabel 8) og fortolkes som følger. Mutationshyppighed < LOD: Vildtype Mutationshyppighed LOD og LOD + 3 procentenheder: Potentiel lavniveau-mutation Bemærk: Hvis der anvendes Plug-in Report (trin 5 under Protokol 6: therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 31

Analyse af en PyroMark Q24-kørsel, side 28), vises der en advarsel, hvis dette sker. Prøver med en rapporteret potentiel lavniveau-mutation må kun betragtes som positive for mutationen, hvis de kan bekræftes ved at gentage kørslen i duplikeret form sammen med en prøve med umethyleret kontrol-dna. Resultatet af begge duplikater skal være LOD og forskelligt fra kontrolprøven. I modsat fald skal prøven vurderes som vildtype. Mutationshyppighed > LOD + 3 procentenheder: Mutation Hvis der anvendes KRAS Plug-in Report, gøres dette automatisk. Bemærk: Det anbefales på det kraftigste, at bruge KRAS Plug-in'en Report til fortolkning af resultaterne. Med henblik på en nærmere undersøgelse af prøver med en rapporteret, potentiel lavniveau-mutation, anbefaler vi, at prøven yderligere analyseres manuelt i applikationens software (f.eks. for at sammenligne med kontrolprøvens mutationshyppighed). Bemærk: En målt hyppighed over LOB i kontrolprøven antyder et højere baggrundsniveau end normalt i den pågældende kørsel, hvilket kan påvirke allelekvantificeringen især i tilfælde af lave mutationsniveauer. I dette tilfælde må de målte hyppigheder i området fra LOD (tabel 8) til LOD + 3 procentenheder ikke anvendes som grundlag for vurderingen af mutationsstatus. Det anbefales et køre prøver med en potentiel lavniveaumutation igen. Bemærk: LOB- og LOD-dataene blev udarbejdet ved hjælp af KRAS Plug-in Report-algoritmen. Manuel analyse ved hjælp af PyroMark applikationssoftwaren som beskrevet i protokol 6 (side 28) kan resultere i lidt andre værdier. Bemærk: Beslutninger om behandling af cancerpatienter må aldrig baseres udelukkende på KRAS-mutationsstatus. 32 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Tabel 8. Fastlagt LOB og LOD for specifikke mutationer Codon 12 (GGT) Nukleinsyresubstitution Aminosyresubstitution LOB (procentenheder) LOD (procentenheder) COSMICid* (V42) GAT G12D 0,6 2,2 521 GTT G12V 0,0 1,0 (7) 520 TGT G12C 0,5 2,1 516 AGT G12S 0,4 1,9 517 GCT G12A 0,7 2,3 522 CGT G12R 0,3 1,8 518 Codon 13 (GGC) GAC G13D 0,3 1,9 532 Codon 61 (CAA) som analyseret bagfra (TTG) GTG Q61H 0,8 2,8 554 TAG Q61L 1,2 3,1 553 TCG Q61R 1,6 3,5 552 ATG Q61H 0,7 2,6 555 TTC Q61E 1,2 3,1 550 * Fra Catalogue of Somatic Mutations in Cancer, der er tilgængeligt online på Sanger Institutes websted på www.sanger.ac.uk/genetics/cgp/cosmic/. Laveste mutationsniveau i en prøve, der resulterer i en målt hyppighed LOD. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 33

Repræsentative resultater ved brug af den integrerede AQ-analyse i PyroMark Q24-systemet Figur 7 11 viser repræsentative pyrogramresultater. 125 100 75 50 25 0 A: 0% C: 0% G: 100% T: 0% A: 1% G: 99% E S T A C G A 5 C T C A G 10 A T C G T 15 Figur 7. Pyrogramsporing opnået efter analyse af en prøve med vildtype genotype i codon 12 og 13. A G A: 0% G: 1% T: 99% 200 150 100 50 0 E S G C T C A 5 G T C A G 10 A C T Figur 8. Pyrogramsporing opnået efter analyse af en prøve med vildtype genotype i codon 61. A: 40% C: 0% G: 60% T: 0% A: 1% G: 99% 100 75 50 25 0-25 E S T A C G A 5 C T C A G 10 A T C G T 15 A G Figur 9. Pyrogramsporing opnået efter analyse af en prøve med en GGT GATmutation i base 2 af codon 12 (nucleotid 35, angivet med en pil). 34 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

A: 1% C: 1% G: 92% T: 6% A: 1% G: 99% 125 100 75 50 25 0 E S T A C G A 5 C T C A G 10 A T C G T 15 A G Figur 10. Pyrogramsporing opnået efter analyse af prøver med en GGT TGTmutation i base 1 af codon 12 (nucleotid 34, angivet med en pil), hvor Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres) er GNTGRCGTAGGC ved base 2 i codon 12 (nucleotid 35). Den gule farve indikerer, at sekvensen er uventet og skal kontrolleres. A: 2% C: 1% G: 78% T: 20% A: 1% G: 99% 125 100 75 50 25 0 E S T A C G A 5 C T C A G 10 A T C G T 15 A G Figur 11. Pyrogramsporing og resultat opnået efter ny analyse af prøven i figur 10. Mutationen GGT TGT blev analyseret igen, hvor Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres) var NGTGRCGTAGGC ved base 1 i codon 12 (nucleotid 34). therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 35

Fejludbedringsvejledning Denne fejlfindingsguide kan være nyttig til at afhjælpe eventuelle problemer. For yderligere information henvises også til siden Frequently Asked Questions (Hyppigt stillede spørgsmål) hos vores Technical Support Center: www.qiagen.com/faq/faqlist.aspx. Derudover svarer personalet fra QIAGENs tekniske service gerne på spørgsmål vedrørende enten informationen og protokollerne i denne håndbog eller prøve- og analyseteknologier (kontaktinformation: se bagsiden, eller besøg www.qiagen.com). Bemærk: Se PyroMark Q24 User Manual for at få en generel fejlfindingsguide for instrumentet. Kommentarer og forslag Der er signaler i kontrollen uden skabelon-dna (negativ kontrol) a) Krydstale mellem brønde Signalet fra én brønd blev påvist i en brønd ved siden af. Undgå at placere prøver med høje signalintensiteter tæt på kontrolbrønde uden skabelon-dna. b) PCR-kontaminering Brug sterile pipettespidser med filtre. Materialer som prøver, kontroller og amplikoner skal opbevares og ekstraheres separat fra PCRreagenserne. Der blev påvist en dårlig eller uventet sekvens a) Genomisk DNA af lav kvalitet Genomisk DNA af lav kvalitet kan få PCR til at mislykkes. Analysér PCR-prøverne ved hjælp af en elektroforeseteknik (f.eks. QIAxcel -systemet eller agarose-gel-elektroforese) 36 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Kommentarer og forslag Resultatet var Check (Kontrollér) eller Failed (Ikke godkendt) a) Lav spidshøjde Håndteringsfejl under PCR-opsætningen eller prøveforberedelsen inden pyrosekventering kan resultere i lave spidser. Udfør funktionstesten for filterproberne som beskrevet i PyroMark Q24- håndbogen med regelmæssige mellemrum, og udskift filterproberne, når det er påkrævet. I tilfælde af en Check -advarsel skal pyrogrammet omhyggeligt sammenlignes med histogrammet, som kan vises ved at højreklikke i pyrogramvinduet. Hvis de målte spidser svarer til højden på søjlerne i histogrammet. er resultatet gyldigt. I modsat fald anbefales det at køre prøven igen. b) Mutation ikke defineret i Sequence to Analyze (Sekvens, der skal analyseres): c) Uventet, sjælden mutation d) Advarsel om store afvigelser af spidshøjder ved dispensering Høj baggrund a) Nucleotider opbevaret forkert Juster den sekvens, der skal analyseres, i analyseopsætningen (se bilag A, side 46), og analysér kørslen igen. Hvis kvalitetsvurderingen ender med Check (Kontrollér) eller Failed (Ikke godkendt), kan det skyldes et uventet spidsmønster. Dette kan indikere en uventet mutation, der ikke analyseres i Plug-in Report. Sådanne prøver bør analyseres manuelt ved hjælp af PyroMark Q24-softwaren og med hensyntagen til uventede mutationer. Pyrogrammet skal omhyggeligt sammenlignes med histogrammet, som kan vises ved at højreklikke i pyrogramvinduet. I tilfælde af at de målte spidser ikke svarer til højden af søjlerne i histogrammet, og dette ikke kan forklares med sjældne mutationer, anbefales det at køre prøven igen. Nucleotider skal opbevares ved 2 8 C. Opbevaring ved 15 til 25 C kan give anledning til en forøgelse af baggrunden. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 37

b) Kort afkølingstid for prøver forud for pyrosekventeringsanaly se c) Kontaminering af beholder Kommentarer og forslag Lad prøverne stå på en PyroMark Q24- pladeholder ved stuetemperatur i 10 15 minutter. Undgå at afkorte nedkølingstiden. Sørg for at gøre beholderen grundigt ren som beskrevet i produktarket. Opbevar beholderen beskyttet mod lys og støv. Der er ingen signaler i den positive kontrol (umethyleret kontrol-dna) a) Utilstrækkelig enzymeller substratblanding i alle brønde PyroMark Q24-beholderen skal fyldes i henhold til Pre Run Information (Information før kørsel) i menuen Tools (Funktioner). b) Reagenser opbevaret eller fortyndet forkert c) Utilstrækkelig aktivering af HotStarTaq DNApolymerase d) Mislykket PCR eller prøveklargøring PyroMark Q24 Gold-reagenserne skal forberedes i henhold til de instruktioner, der leveres med reagenserne. HotStarTaq DNA-polymerasen i PyroMark PCRmasterblandingen kræver et aktiveringstrin på 15 minutter ved 95 C. Håndteringsfejl under PCR-opsætningen, programmering af PCR-cyklusanordningen eller prøveforberedelsen inden pyrosekventering kan resultere i manglende signal. Udfør funktionstesten for filterproberne som beskrevet i PyroMark Q24-håndbogen, og udskift filterproberne, når det er påkrævet. Gentag PCR og pyrosekventeringsanalysen. Kvalitetskontrol I overensstemmelse med QIAGENs ISO-certificerede kvalitetsstyringssystem testes hvert lot af therascreen KRAS Pyro-kittet efter fastlagte specifikationer for at sikre en ensartet produktkvalitet. Begrænsninger De fremkomne diagnostiske resultater skal fortolkes i forbindelse med andre kliniske fund eller laboratoriefund. 38 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015

Det er brugerens ansvar at kontrollere systemets egnethed til eventuelle procedurer, der udføres i laboratoriet og ikke er omfattet af QIAGENs ydelsesundersøgelser. therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015 39

Brugsegenskaber Tomgrænse og påvisningsgrænse Tomgrænsen (LOB) og påvisningsgrænsen (LOD) er fastlagt for en række mutationer ved hjælp af blandinger af plasmider (tabel 9). LOB og LOD er fastlagt i henhold til anbefalingerne i CLSI's (Clinical and Laboratory Standards Institute) retningslinje EP17A Protocol for determination of limits of detection and limits of quantitation; approved guideline. - og -fejl (hhv. falsk-positiv- og falsk-negativfejl) blev indstillet til 5 %. LOB-værdierne repræsenterer den målte hyppighed, der opnås med en vildtypeprøve. LOD-værdierne repræsenterer det laveste signal (målt hyppighed), der kan betragtes som positivt for den pågældende mutation. Mutationen GGT GTT i codon 12: For denne mutation var tomme målinger konsekvent tæt på 0 procentenheder (n=72), hvilket resulterede i en ikke-gaussiansk fordeling. LOD blev derfor fastlagt ved hjælp af en anden metode i henhold til anbefalingerne i CLSI's retningslinje EP17-A. Det laveste signal, der indikerer tilstedeværelsen af en mutation (LOD) i denne position, blev angivet til 1 procentenhed, hvilket tydeligt er over det konsekvente baseline-niveau på 0 procentenheder. Under analyse af en prøve med et mutationsniveau på 7 % gav 95 % af resultaterne (n = 89) et signal, der kan betragtes som positivt ( LOD, dvs. 1 procentenhed). 40 therascreen KRAS Pyro-kit Håndbog 03/2015