LABORATORIEBASERET OVERVÅGNING AF SALMONELLA Mia Torpdahl Fødevarebårne Infektioner Mikrobiologi & Infektionskontrol
SALMONELLA OVERVÅGNINGEN Registrering: Laboratoriet: Registrering af patienter i TarmBakteriologisk Register (TBR) Karakterisering af isolater: Serotypning, PFGE, MLVA, resistens SSI KMA
SALMONELLA TILFÆLDE I TBR (1991-2011) http://www.ssi.dk/smitteberedskab/sygdomsovervaagning.aspx
HYPPIGSTE SEROTYPER 3500 3000 Det store udbrud 2500 2000 1500 1000 500 0 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 Salmonella Enteritidis Salmonella Typhimurium Others
SEROTYPER 500-2000 TILFÆLDE 1200 1000 Svin 800 600 Ukendt kilde Fjerkræ 400 Lucernespirer 200 0 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 Salmonella Infantis Salmonella Newport Salmonella Sandiego Salmonella Virchow Salmonella Hadar Salmonella Agona Salmonella Stanley Salmonella Saintpaul Salmonella Dublin
SEROTYPER 200-400 TILFÆLDE 200 180 160 Salmonella Oranienburg i chokolade fra Tyskland Første gang PFGE bruges til at linke tilfælde fra DK til andet land Langvarig Bovismorbificans ophobning 140 120 100 80 Flere serotyper i stigning samtidig med det store udbrud 60 40 20 0 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 Salmonella Bovismorbificans Salmonella Oranienburg Salmonella Braenderup Salmonella Berta
UDBRUD BASERET PÅ SEROTYPE 50 45 Skiveskåret filet Italienske tomater (Dankort-undersøgelse) Linket via PFGE til tyske og italienske patienter 40 35 Lucernespirer, fælles nordisk udbrud Link via PFGE 30 25 20 15 10 5 0 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 Salmonella Strathcona Salmonella Uganda Salmonella Manhattan Salmonella Javiana Salmonella Kottbus Salmonella Weltevreden
FAGTYPNING Registreret på SSI fra1995 Bruges til Annual Report til smittekilderegnskab Stoppet fra 2013
HYPPIGSTE TYPHIMURIUM-FAGTYPER 1995-2011 1200 1000 800 Det store udbrud 2008-2009 U292 135 Slagteri - svin 600 400 200 0 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 12 u292 120 104 193 135 U302 170 U323 u288 66
PULSED FIELD GEL ELECTROPHORESIS (PFGE) Udviklet og standardiseret af PulseNet US Metoden bruges ikke til real-time surveillance i DK Bruges når der findes serotype ophobninger Bruges til opklaring af udbrud - Profiler sammenlignes med fødevare- og veterinær profiler i fælles database - Internationalt bruges profiler til forespørgsler på EPIS (ECDC urgent enquiries) og PulseNet International
MLVA Typhimurium metoden er udviklet i Norge og standardiseret på SSI - Brugt til real-time overvågning af Typhimurium og monofasiske varianter siden 2003 i DK Enteritidis metode udviklet af CDC og standardiseret af HPA - Brugt til real-time overvågningen af Enteritidis siden 2009 i DK Evaluering af generic Salmonella MLVA (Ph.d) Bruges til opklaring af udbrud - Profiler sammenlignes med fødevare- og veterinær profiler i fælles database - Internationalt bruges profiler til forespørgsler på EPIS (ECDC urgent enquiries) og PulseNet International
MLVA Multi-locus variable number of tandem repeat analysis
LOCUS - STTR6
MLVA TYPHIMURIUM
HYPPIGE TYPHIMURIUM-MLVA TYPER
UDBRUD FUNDET MED MLVA
OG SÅ LIGE. 1400 1200 1000 800 600 400 200 0 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 Ikke opklaret Slagteri Ikke opklaret Fundet i fersk svinekød og fødevare Fødevareproducent Nordjylland Ikke opklaret Ejby Svin Fundet i fersk svinekød og fødevare Fyn restaurant Carpaccio Shawarma (svin)- Århus Lokal slagter - Nordjylland Cafe Latte - København
ENTERITIDIS HYPPIGE FAGTYPER
ENTERITIDIS-MLVA Æg Rejserelaterede inkluderet
MLVA-ENTERITIDIS VERDENSDELE Danmark Mellemøsten
BAREILLY UDBRUD I DK 2012
BAREILLY UDBRUD 2012 SNP TRÆ
BAREILLY - TÆTTERE PÅ
FREMTIDENS OVERVÅGNING WGS? Erstatte virulens detektion og typning med WGS - Projekter til at implementere nye metoder - Bioinformatik - Nationalt/Internationalt samarbejde Nyt flow af isolater og data Optimisere dataanalysen til WGS overvågning Nye databaser til store mængder af data - Databaser til isolater og link til deskriptiv patient information - Samarbejde på tværs af instituter og afdelinger
TAKE HOME MESSAGE Undgå spirer og svinekød Den laboratoriebaserede overvågning og cluster detektion fungerer i DK fordi.. - Isolater og deskriptiv patientinformation indsendes fra KMA erne til den nationale overvågning TAK