Årsrapport 2015 Laboratorieundersøgelser af materiale fra KVÆG på DTU Veterinærinstituttet Maj 2016
Indholdsfortegnelse 1. Indledning... 1 2. Data... 1 2.1 Materialer... 1 2.2 Besætningstyper... 5 2.3 Geografisk fordeling af besætninger, som har indsendt materiale til DTU-Vet... 7 3. Resultater... 11 3.1 Bakteriologiske undersøgelser... 11 3.2 Parasitologiske undersøgelser... 13 3.3 Histopatologiske undersøgelser... 14 3.4 Virologiske undersøgelser... 15 3.5 Serologiske undersøgelser... 15
1. Indledning Denne rapport indeholder opgørelser af laboratorieundersøgelser for diverse sygdomme på materialer fra kvæg indsendt til DTU-veterinærinstituttet (DTU-Vet) i 2015. Dog er prøver indsendt fra udlandet ikke medtaget, medmindre undersøgelserne blev foretaget i forbindelse med import. Rapporten fokuserer på oprindelse og omfang af materialer, undersøgelsernes art og antal samt resultater af undersøgelserne. I forhold til Årsrapport 2014 er der suppleret med nye data og nye grafiske fremstillinger af resultater. 2. Data 2.1 Materialer Tabel 1 viser antal indsendelser, prøver og undersøgelser. Indsendelser til DTU-Vet vedrører alle laboratoriemæssige discipliner vedrørende infektiøse sygdomme (bakteriologi, parasitologi, virologi, histopatologi og serologi). Antal indsendelser fra kvæg har generelt været på et relativt lavt niveau gennem mange år og faldt yderligere med 20 % i 2015 i forhold til 2014. Tabel 1. Antal indsendelser, prøver og analyser Antal Antal indsendelser 2 096 Antal prøver 8 507 Antal analyser 17882 Antal prøver per indsendelse Median 2 (1-10) 1 Gennemsnit 4,1 (1-164) 2 1 Median (5-95 percentiler). 2 Gennemsnit (minimum; maximum). Figur 1-2 viser henholdsvis indsendelser og prøver fordelt på måneder (grå søjler) og uger (blå kurver). Indsendelserne er jævnt fordelt hen over året, men for prøver er der større udsving. Stigninger i antal prøver i marts og august skyldes primært serologiske undersøgelser for brucella, IBR, BVD, leukose og leptospira. Det er typisk indsendelser med mange prøver og analyser i forbindelse med eksport af avlsdyr. 1
Antal indsendelser / uge 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 400 350 300 250 200 150 100 50 Antal indsendelser / måned 0 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 42 44 46 48 50 52 Jan Feb Mar Apr Maj Jun Jul Aug Sep Okt Nov Dec 0 Figur 1: Antal indsendelser i løbet af 2015 Antal prøver / uge 450 400 350 300 250 200 150 100 50 0 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 42 44 46 48 50 52 Jan Feb Mar Apr Maj Jun Jul Aug Sep Okt Nov Dec 1800 1600 1400 1200 1000 800 600 400 200 0 Antal prøver / måned Figur 2: Antal prøver i løbet af 2015 2
Langt hovedparten af indsendelser kommer fra praksis (figur 3), og anledningen for de fleste indsendelser er diagnostik (figur 4). Avl, eksport og overvågning er også hyppige anledninger til indsendelse. For indsendelser fra/via Fødevarestyrelsen er antal prøver pr. indsendelse relativt højt, men der udføres typisk kun én analyse pr. prøve (figur 3). Det kan forklares ved, at der i forbindelse med lovomfattede sygdomme, både ved mistanker og ved overvågning, oftest kun er ét specifikt agens involveret pr. prøve. Derimod er der ved diagnostiske indsendelser fra praktiserende dyrlæger ofte tale om bredere undersøgelser, og de indsender gennemsnitligt omkring 4 prøver, men på disse udføres typisk flere analyser pr prøve (Figur 3). Indsendelser 1000 Indsendelsestyper excl. praksis. 15000 Antal 10000 500 Indsendelser Prøver Analyser 5000 0 Praksis Andre 0 Private laboratorier FVST Figur 3: Indsendelsernes oprindelse Indsendelseshensigt Diagnostik Avl Eksport Overvågning Mistanke Import 0 500 1000 1500 Antal indsendelser Figur 4: Antal indsendelser til DTU-Vet fordelt på forskellige anledninger 3
Størstedelen af prøvemateriale til DTU-Vet er blodprøver til serologiske undersøgelser, efterfulgt af fæces til undersøgelse for bakterier og parasitter (Tabel 2 og Figur 5). Indsendelser af organer er faldet betydeligt de seneste år, blandt andet fordi dyrlægerne selv skal obducere dyrene, og der kan være forskellige praktiske problemer forbundet med obduktioner på stedet. De 65 organsæt og 79 fostre, der blev modtaget i 2015, kan sammenlignes med antal kadavere/organsæt i 1990 erne, hvor det omfattede 800-1000 pr. år. Tabel 2: Antal prøver fordelt på materialer indsendt til DTU-Vet i 2015 Næsesvaber fostre skyl Aborterede Forhuds- Sæd Blod Fæces Organer Mælk Antal 6468 977 65 28 7 79 493 336 prøver Endvidere 54 prøver af materiale udover nævnte kategorier Blod Fæces og tarmindhold 76% 11% 6% 7% 4% 1% 1% 1% Forhudsskyl Sæd Organpool (abort) Organer Mælk Andet Figur 5: Andel af forskellige materialer indsendt til DTU-Vet 4
2.2 Besætningstyper I 2015 var der i alt 16.711 aktive besætninger, defineret som besætninger med kvæg registreret i CHR. Tabel 3 viser antal besætninger fordelt på forskellige kategorier, og heraf fremgår det også, at det er en meget begrænset andel af besætningerne, som har sendt materiale til laboratoriemæssig undersøgelse i 2015. Indsendelser til DTU-Vet kom fra i alt 844 af disse besætninger. Kødkvægsbesætninger udgjorde 61 % af alle aktive besætninger, mens besætninger med malkekvæg udgjorde 25 %. Størstedelen af prøverne kom fra malkekvægs besætninger, hvorfra 14 % indsendte prøver. Alle tyrestationer/individafprøvning (i alt 4) og 25 % af karantænestationer og isolationsstalde indsendte prøver. Tabel 3: Antal aktive kvægbesætninger fordelt på besætningstyper og antal besætninger med indsendelser til DTU-Vet i 2015 Besætningstyper Antal CHR numre Antal (%) CHR som har indsendt prøver Kødkvægbesætninger 1 10185 194 (2 %) Slagtekalvebesætninger 1 643 56 (9 %) Malkekvægsbesætninger 1 og kviehoteller 1 4125 569 (14 %) Hobbykvæghold, afgræsning mv. 2 1681 15 (1 %) Tyrestationer 4 4 (100 %) Handelsbesætninger og samlesteder 31 1 (3 %) Slagteri og forarbejdning 20 0 Karantænestation 12 4 (33 %) Isolationsstalde 10 1 (10 %) 1: Konventionelle og økologiske. 2: Inkl. naturpleje og zoologiske haver 5
1200 1000 Antal indsendelser 800 600 400 200 0 Malkekvæg Kødkvæg Slagtekalve Tyrestation Karantæne Handel Kviehoteller indgår under malkekvæg; Hobbybesætninger og naturpleje under kødkvæg; isolationsstalde under karantæne. Figur 6: Antal af indsendelser fra forskellige besætningstyper 100 Procent indsendende besætninger 80 60 40 20 0 Malkekvæg Kødkvæg Slagtekalve Tyrestation Karantæne Handel Kviehoteller indgår under malkekvæg ; hobbybesætninger og naturpleje under kødkvæg; individprøver under tyrestationer; isolationsstalde under karantæne. Figur 7: Proportion af aktive besætninger som har indsendt prøver i 2015 6
2.3 Geografisk fordeling af besætninger, som har indsendt materiale til DTU-Vet Den geografiske placering af besætninger, der har indsendt prøver til analyse på DTU-Vet, fremgår af Figur 8. En cluster-analyse viste at proportionen af besætninger der sender prøver ind til analyse var højere i Sydvestjylland, men lavere på Sjælland, det nordøstlige Fyn og omkring den vestlige del af Limfjorden. Analyseres typerne af kvægbesætningerne adskilt, viser det sig at clusteret i Sydvestjylland hænger sammen med den høje tæthed af malkekvægbesætninger i dette område (Figur 9), idet der langt oftere indsendes prøver i fra malkekvægsbesætninger ift. kød- og hobby besætninger (Figur 10). Dette understøttes af, at ser man udelukkende på malkekvægsbesætninger (inkl. kviehoteller) er der ikke nogle områder af Danmark med høj eller lav proportion af indsendende besætninger (figur 9). Dog må det bemærkes at den lave proportion af indsendende besætninger i Nordvestjylland (Figur 9), hænger sammen med en lav proportion af indsendende kødkvægsbesætninger i dette område (Figur 10). 7
Figure 8. Analyse af kvægbesætningers placering i forhold til indsendelse af prøver til DTU-Vet. Aktive kvægbesætninger i hele landet (grå) i 2015 og besætninger som har indsendt prøver til DTU-vet (blå). Fra Sydvest-Jylland (blåt område) var der indsendelser fra en signifikant større andel af besætninger (RR=1,7, p<0.001), i forhold til resten af landet. Fra Sjælland/Østfyn (grøn) var der indsendelser fra signifikant (p<0.001) færre besætninger end fra resten af landet (RR=0,51). Indenfor dette cluster var der på Østsjælland et subcluster (lysegrøn) med endnu lavere niveau af indsendelser (RR=0,32; p<0.0001). Tilsvarende var der i Nordvestjylland et cluster (grøn) med signifikant lavere andel af besætninger med indsendelser (RR=0,40; p=0.011), og et overlappende mindre cluster (lysgrøn) omkring vestligste del af Limfjorden (RR=0; p=0.016), helt uden indsendelser. 8
Figur 9. Analyse af indsendende malkekvægsbesætninger i forhold til placering af aktive malkekvægbesætninger i Danmark i 2015. Blå besætninger indsendte prøver til DTU-Vet og grå besætninger indsendte ikke prøver til DTU-Vet. Analyse af malkekvægbesætningers placering i forhold til indsendelse af prøver til DTU-Vet viste ikke nogle clustre, dvs. ingen områder med højere eller lavere relativ risiko for indsendelse til DTU-vet. 9
Figur 10. Analyse af indsendende kvægbesætninger i forhold til placering af aktive kødkvægs og hobbykvæg- besætninger i Danmark i 2015. Blå besætninger indsendte prøver til DTU-Vet og grå besætninger indsendte ikke prøver til DTU-Vet. Analyse af besætningers placering i forhold til indsendelse af prøver til DTU-Vet Viste to mindre clustre (blå områder) med signifikant højere proportion(p<0,001) af indsendende besætninger i Sønderjylland (RR=11) og Østjylland (RR=3.4). I området omkring den vestlige del af Limfjorden sås to sammenhængende clustre (grønne) hvor en mindre proportion af besætninger sende ind til DTU vet (RR = 0,05 og RR=0) 10
3. Resultater 3.1 Bakteriologiske undersøgelser Undersøgelser for salmonella vedrører dels indsendelser i forbindelse med kliniske mistanker og dels indsendelser i forbindelse med intensiveret overvågning for Salmonella Dublin, som er opfølgende undersøgelser ved positive blodprøver (jf. bekendtgørelse nr. 1192 om Salmonella hos kvæg). Fordeling af Salmonella typer fremgår af tabel 7. Undersøgelser for Camplylobacter fetus vedrører overvågningsprøver fra Viking Genetics (tyrestationer). Tabel 4: Antal indsendelser til nogle specifikke bakteriologiske undersøgelser Patogen Antal indsendelser Antal positive Salmonella 182 36 Mycoplasma bovis 20 4 Campylobacter fetus 101 0 Tabel 5: Antal indsendelser med forskellige fund af bakterier i 75 aborter Pathogen Antal positive Antal positive fostre prøver Acinetobacter spp. 5 12 Aerococcus spp. 1 9 Aeromonas spp. 5 10 Bacillus licheniformis 5 5 Brucella spp. 0 0 Listeria monocytogenes 2 4 Hæmolytisk E.coli og Klebsiella 1 2 Non-hæmolytiske E. coli 13 26 Staphylococcus spp. 3 4 Trueperella pyogenes 3 7 Andet 1 16 39 1: hos 7 af disse 16 fostre blev også fundet en af ovenstående specifikke bakterier. I 2015 blev der modtaget 79 aborter, som indgår i overvågning for brucellose iht. aftale med Fødevarestyrelsen. Det er dermed et bidrag til dokumentation af Danmarks status for frihed for brucellose. Kun 75 var egnede til bakteriologisk undersøgelse, jf. resultater i tabel 5. I 44 fostre fandtes 11
ovennævnte specifikke bakterier. I 14 fostre fandtes uspecifik blandingsflora og i 17 fostre var prøverne sterile. I 2015 blev der modtaget 77 fæcesprøver (46 indsendelser) til bakteriologisk undersøgelse (typisk samtidig undersøgt for virus og cryptosporidier), herunder isolation af E. coli. Undersøgelser for E. coli er kun relevant for prøver, der hidrører fra kalve yngre end ca. 10 dage. For kalve er det primært fimbrietype F5 (tidligere K99), som har betydning for adhæsion til tarmepitelet og for udvikling af diarre. Der blev kun påvist F5 positive E. coli i 5 ud af 44 indsendelser. Betydningen af F5-negative E. coli er usikker/tvivlsom. Derimod er forekomsten af protozoer og virus væsentlig større i relation til diarre, jf. tabel 8 og 10. Tabel 6: Typebestemmelse af non-hæmolytiske E. coli fra fæces/tarm 1 Non-hæmolytiske E. coli Antal prøver (indsendelser) Positive for F5 (K99+) 6 (5) Negativ for F5 (K99-) 73 (44) Spontan agglutinerende 1 (1) Antal undersøgte prøver 80 (49) 1: omfatter også 6 indsendte bakterieisolater (alle negative for F5) fra 5 indsendelser fra SEGES, Kjellerup. Salmonella undersøgelser foretages dels på prøver med klinisk mistanke om salmonella, men især i forbindelse med intensiveret overvågning for Salmonella Dublin, som er opfølgende undersøgelser ved positive blodprøver (jf. bekendtgørelse nr. 1192 om Salmonella hos kvæg). Dette er årsagen til den relativt hyppige forekomst at Salmonella Dublin, jf. tabel 7. Tabel 7: Typebestemmelse af Salmonella fund 1 Type Antal isolater (sager) 4,12:i:- 3(3) 4_5_12_i_- 5(5) Salmonella Dublin 35(27) Salmonella Newport 1(1) Salmonella Stourbridge 1(1) Salmonella Havana 3(1) 1: Salmonella er påvist i 47 prøver fra 39 sager. Typning er foretaget på 47 salmonella-isolater fra de 39 sager; herunder 4 sager med 2-4 isolater, inkl. en prøve med mere end én påvist type. 12
3.2 Parasitologiske undersøgelser I 2015 blev der undersøgt i alt 491 forhuds-skylleprøver (96 indsendelser) for Tritrichomonas foetus, som alle blev fundet negative. Herudover var der i 2015 kun 129 indsendelser med anmodning om parasitologisk undersøgelse. Antal indsendelser af prøver til parasitologiske undersøgelser er faldet betydeligt i de senere år. Til sammenligning blev der i år 2000 foretaget 5000 parasitologiske undersøgelser. En del af forklaringen er utvivlsomt, at mange dyrlægepraksis selv udfører McMaster undersøgelser m.m., men andre private laboratorier er også kommet til på området. Tabel 8: Antal prøver og indsendelser med fund af forskellige parasitter Analyser Indsendelser Parasit ialt positive ialt positive Dictyocaulus larver (lungeorm) 30 1 2 11 1 1 Capillariaæg (hårorm) 2 1 Nematoder Nematodirusæg (tarmorm) 6 6 Strongylideæg 39 9 175 2 74 2 Strongyloidesæg (trådorm) 12 19 Toxocara æg (spolorm) 0 0 Trichuris æg 8 7 Trematoder Fasciola æg (leverikte) 25 3 3 13 3 3 Cestodes Moniezia æg 2 1 Protozoer Oocyster Cryptosporidium 4 127 30 55 22 Eimeria 5 185 113 74 52 Giardia 1 1 1: Baermans analyser. 2: Analyser ved McMaster. Nogle indsendelser var positive for flere parasitter. Der blev ikke påvist nematoder/nematodeæg i materialet fra 49 indsendelser. 3: Sedimentering. 4: Ziehl-Neelsen. 5: McMaster 13
Antallet af indsendte prøver er for lavt til at vurdere prævalensen i populationen, og da prøverne oftest indsendes til undersøgelse for bestemte parasitter, kan den relative betydning af de forskellige parasitter heller ikke vurderes. Dog kan antallet af intestinale nematoder sammenlignes indbyrdes (Figur 12), da prøverne undersøges ved McMaster, dvs. for alle parasitter samtidig.; forskellene er dog ikke nødvendigvis statistisk signifikante. 100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% 2014 2015 Trichuris æg Strongyloidesæg (trådorm) Strongylideæg Nematodirusæg (tarmorm) Capillariaæg (hårorm) Figur 12: Relativ forekomst af tarm-nematode arter i indsendelser hvor nematoder blev påvist. Fordelingerne er baseret på 29 positive af 69 indsendelser i 2014 og 22 positive af 71 indsendelser i 2015. I en del indsendelser blev der fundet flere forskellige nematodearter. 3.3 Histopatologiske undersøgelser Tabel 9: Antal prøver til histopatologiske undersøgelser Analyse Antal prøver Abort kvæg 79 1 Histologisk undersøgelse Andet materiale 12 1: 75 fosterindsendelser undersøgt ved makroskopisk og histologisk undersøgelse, jvf Tabel 5. 14
3.4 Virologiske undersøgelser Tabel 10: Antal indsendelser til undersøgelse for virus Virus Bovin virusdiarré virus (BVD) Infektiøs bovin rhinotracheitis virus (IBR) Bovin respiratorisk syncytial virus (BRS) Metode Antal indsendelser Antal prøver Ialt Positive Ialt Positive Cellekultur 268 0 780 0 RT-PCR 31 2 169 2 1 Antigen ELISA 65 0 131 0 PCR (RT,G) 6 0 60 0 PCR 24 12 25 12 Coronavirus Antigen ELISA 78 9 143 10 Rotavirus Antigen ELISA 54 30 108 46 Bluetongue virus RT-PCR 37 0 57 0 Mund- og klovesyge virus PCR (RT-, G-) 8 2 0 62 2 0 Schmallenberg virus RT-PCR 13 0 339 0 Rabies virus PCR-G 2 0 2 0 1: Fra samme besætning, som var kendt positive. 2: Omfatter 3 prøver (3 besætninger) undersøgt differential-diagnostisk grundet kliniske BTmistanker på kvæg efter aftale med FVST. Øvrige MKS-undersøgelser er sædprøver.. De forskellige undersøgelser for virus har forskellige anledninger. Eksempelvis undersøges der for coronavirus og rotavirus ved diarrepakke på fæceprøver fra kalve, for BRS virus på lunger og trachealskyl i forbindelse med kalvepneumonier. Nogle kalvelunger undersøges også for coronavirus. For lovomfattede virus kan der være tale om mistanker, overvågning og eksport. 3.5 Serologiske undersøgelser Der er mange forskellige anledninger til de serologiske undersøgelser; tabel 11 indeholder summen af indsendelser vedrørende mistanker, overvågning, eksport/import og diagnostik. Det skal nævnes, at prøver i forbindelse med den nationale overvågning for BVD, IBR, leukose og Salmonella primært foretages på Eurofins laboratorium, jf. tabel 12. 15
Tabel 11: Serologiske undersøgelser Påvisning af antistof overfor følgende agens: Bluetongue virus Antistof-test ved ELISA Bovin Leukose virus Antistof-test ved indirekte ELISA Bovin virusdiarre Antistof-test ved ELISA BTV BLV BVD SBV IBR MKS Brucella Leptospira M. bovis Myco bac. Salmonella Q- Feber Antal indsendelser Antal analyser Ialt Positive Ialt Positive 217 4 1 1087 4 1 367 0 1262 0 498 5 1743 5 Schmallenberg virus 214 36 Antistof-test ved ELISA 39 11 Virusneutralisation 592 30 Infektiøs Bovin Rhinotracheitis Antistof-test ved ELISA 423 2 1 1713 2 1 Mund-og-klovsyge virus Antistof-test ved ELISA 10 2 0 63 0 Brucella (abortus/suis/melitensis) Antistof-test ved agglutination 342 3,4 4 4 1297 3 4 4 Antistof-test ved CF 47 4 0 174 0 Antistof-test ved Elisa 10 4 0 11 0 L. hardjo / interrogans (MAT) Diagnostik 96 0 Eksport 108 0 Leptospira spp. 5 56 0 194 0 Mycoplasma bovis, 94 289 93 Antistoftest ved indirekte ELISA 46 Mycobacterium paratuberculosis 130 705 30 Antistof-test ved absorberet ELISA 22 Salmonella Typhimurium/Dublin 18 2 78 5 Antistof-test ved Mix-ELISA Salmonella Dublin 334 70 2136 221 Antistof-test ved ELISA Coxiella burnetii På blod 61 2 207 7 Antistof-test ved ELISA På mælk 13 8 95 6 10 1: Prøver fra tre besætninger undersøgt foranlediget af klinisk BT mistanke, efter aftale med FVST; heraf blev to prøver fra 2 bes;tninger fundet positive serologisk, men smitte blev afkræftet ved PCR. To andre prøver blev fundet seropositive i forbindelse med eksport, begge fra vaccinerede dyr (afkræftet ved PCR eller cellekulturteknik) 2: Omfatter 3 prøver (3 besætninger) undersøgt differential diagnostisk for MKS, grundet for kliniske BT-mistanker på kvæg, efter aftale med FVST; disse er også testet ved PCR (Tabel 10). Øvrige sager er diagnostik udført for praksis. 3: Inkluderer 75 prøver (1 sag) fra Island, heraf ingen positive. 4: I alt 354 sager undersøgt for Brucella spp., ved nogle sager er anvendt flere test. Positive reagenter ved agglutination blev gentestet og fundet negative ved CF og ELISA 5: Test ved MAT for antistoffer overfor L. canicola, L. grippotyphosa, L. hebdomadis, L. ichterohaemorrhagica og L. pomona 6: Inkluderer 78 prøver (1 sag) fra Island, heraf ingen positive 16
Tabel 12: Overvågningsprøver analyseret serologisk på Eurofins laboratorium i 2015 Sygdom Materiale Antal prøver Antal positive BVD Blod 24.928 430 Tankmælk 14.012 96 IBR Blod 13.132 0 Tankmælk 13.934 1 Leukose Blod 204 0 Tankmælk 15 0 Salmonella Dublin Blod 41.209 3030 Tankmælk 18.296 1.813 Mycoplasma bovis Tankmælk 5.558 248 1 1 Ved anvendelse af kit-producentens cut-off værdi. 17