Hvor kommer du fra? Hvordan kan vi bruge data fra projektet i undervisningssammenhæng?

Transkript

1 Hvor kommer du fra Hvordan kan vi bruge data fra projektet i undervisningssammenhæng Slutkonference ulaen på arhus Universitet, d. 31 marts 2014 Frank Grønlund Jørgensen Ph.d. i biologi fra U med fokus på molekylær evolu on Lektor på ørring Gymnasium i biologi og fysik fg@toerring- gym.dk Fem ideer l undervisning Bestem genotype- & allelfrekvenser Eleverne kan bestemme genotype- og allelfrekvenser i hele popula onen eller i mindre subpopula oner (region, klasse mm) est for Hardy- Weinberg propor oner F S & UPGM For hver enkelt SNP- loci er det muligt at teste om en popula on udviser HW- propor oner. Det samme gælder for subpopula oner. F S kan bruges l at sammenligne forventede genotypefrekvenser i forskellige popula oner. Ud fra en F S afstandsmatrice kan man lave et UPGM- træ over subpopula oner. Retsgene ske undersøgelser Ud fra de enkelte elevers genotype profil i udvalgt SNP- loci kan man undersøge simple retsgene ske spørgsmål. Hvad skyldes egenskaben Ved hjælp af et simpelt associa onskortlægningsstudie kan eleverne bruge egne data l at undersøge om genotypen i forskellige SNPs er korreleret med en bestemt egenskab. Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

2 Hvilke typer data får vi En SNP (Single Nucleo de Polymorphism) er en bestemt posi on i genomet vi ved varierer når man sammenligner forskellige mennesker. 6 SNPs er markeret med rødt herunder. Op mod en million variable steder (SNPs) i genomet genotypes ved hjælp af en DN- chip GG G GC CC C CG GG GG GC CC CC CG G GG GG G GC CC C CG GGG G GC CCC C CG G GG GGG G GC CCC C CG GGG G GC CCC C CG GG GG GC CGC C CG GCG G GC CGC C CG GCG G GCG CGGC C CGC GCCG G GCC CGGC CC CGG GCCG GG GC GG C GC CGC C CG GCG G GCG CGC C CGC GCG G G Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Hvordan ser data ud i virkeligheden Rådata kommer som en simpel tekst fil med følgende informa oner for hver enkelt person # rsid chromosome posi on genotype rs rs G rs G rs G rs CC rs CC GG G C CC C G GC CGCC CC CG GCGG GG GG GG GC CC CC CG GCG CGCC CC CGC GCGG GG G G G CC CC rs Ca rækker for hver person Vi får ca. 800 personers rådata rs rs Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

3 Hvilke typer data får I Studiet er anonymiseret så I kan ikke få fri adgang l jeres personlige data! Udvalgte dele af data anonymiseres og frigives l brug i undervisningen. Udvalgt data og lhørende vejledninger kan hentes på hvorkommerdufra.dk e erhånden som de bliver færdigudviklet. GCCGC CGG GCCG C GGCCG CGG CCCC GCCG CCCCC CCG CGCCCC GGG CGCCCC CCGC CGCG CGGG Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Bestem genotype- og allelfrekvenser og allelfrekvenser (hyppigheder) er grundlæggende for mange popula onsgene ske undersøgelser Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

4 Bestem genotype- og allelfrekvenser og allelfrekvenser (hyppigheder) er grundlæggende for mange popula onsgene ske undersøgelser f() = 5 / 10 = 0,5 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Bestem genotype- og allelfrekvenser og allelfrekvenser (hyppigheder) er grundlæggende for mange popula onsgene ske undersøgelser f() = 5 / 10 = 0,5 f() = 2 / 10 = 0,2 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

5 Bestem genotype- og allelfrekvenser Hvad bliver f(). 0,2 B. 0,3 C. 0,4 D. 0,5 E. 1 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Bestem genotype- og allelfrekvenser og allelfrekvenser (hyppigheder) er grundlæggende for mange popula onsgene ske undersøgelser f() = 5 / 10 = 0,5 f() = 2 / 10 = 0,2 f() = 3 / 10 = 0,3 = I et enkelt locus skelner vi ikke mellem og Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

6 Bestem genotype- og allelfrekvenser og allelfrekvenser (hyppigheder) er grundlæggende for mange popula onsgene ske undersøgelser f() = 5 / 10 = 0,5 f() = 2 / 10 = 0,2 f() = 3 / 10 = 0,3 I alt: f() + f() + f() = 1 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Bestem genotype- og allelfrekvenser f() = 5 / 10 = 0,5 f() = 2 / 10 = 0,2 f() = 3 / 10 = 0,3 Hvad bliver allelfrekvensen f(). 0 B. 0,50 C. 0,55 D. 0,65 E. 0,75 F. 1 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

7 Bestem genotype- og allelfrekvenser og allelfrekvenser (hyppigheder) er grundlæggende for mange popula onsgene ske undersøgelser f() = 5 / 10 = 0,5 f() = 2 / 10 = 0,2 f() = 3 / 10 = 0,3 I alt: f() + f() + f() = 1 llelfrekvenser Optæl allelantal og divider med popula onens samlede antal alleller f() = 13 / 20 = 0,65 f() = 7 / 20 = 0,35 I alt: f() + f() = 0,65 + 0,35 = 1 I forbindelse med undersøgelser af Hardy- Weinberg propor oner kaldes de to allelfrekvenser normalt for p og q (lige meget hvilke type bi- allel SNP vi arbejder med). Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Bestem genotype- og allelfrekvenser Man kan bestemme og sammenligne genotype- og allelfrekvenser fra forskellige subpopula oner. Subpopula on 1 f() = 5 / 10 = 0,5 f() = 2 / 10 = 0,2 f() = 3 / 10 = 0,3 llelfrekvenser f() = 13 / 20 = 0,65 f() = 7 / 20 = 0,35 Subpopula on 2 f() = 3 / 10 = 0,3 f() = 2 / 10 = 0,2 f() = 5 / 10 = 0,5 llelfrekvenser f() = 11 / 20 = 0,55 f() = 9 / 20 = 0,45 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

8 Bestem genotype- og allelfrekvenser Eller man kan se på de samlede genotype- og allelfrekvenser i den totale popula on Subpopula on 1 Subpopula on 2 f() = 5 / 10 = 0,5 f() = 2 / 10 = 0,2 f() = 3 / 10 = 0,3 llelfrekvenser f() = 13 / 20 = 0,65 f() = 7 / 20 = 0,35 f() = 3 / 10 = 0,3 f() = 2 / 10 = 0,2 f() = 5 / 10 = 0,5 llelfrekvenser f() = 11 / 20 = 0,55 f() = 9 / 20 = 0,45 otalpopula on f() = 8 / 20 = 0,4 f() = 4 / 20 = 0,2 f() = 8 / 10 = 0,4 llelfrekvenser f() = 24 / 40 = 0,60 f() = 16 / 40 = 0,40 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Hardy- Weinberg propor oner Hvis man har en uendelig stor lukket popula on uden muta on og selek on opstår der e er en genera on med lfældig parring en bestemt sammenhæng mellem allelfrekvenserne og genotypefrekvenserne i popula onen Denne sammenhæng kaldes for Hardy- Weinberg propor oner. I et SNP- locus med to alleller (1,2) er der tre mulige genotyper (11, 12, 22) Vi kalder de to allelfrekvenser f(1) og f(2) i det undersøgte SNP- locus for henholdsvis p og q p + q = 1 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

9 Hvilke af følgende sammenhænge beskriver HW- propor oner. p 2 + q 2 = 1 B. p 2 + q 2 = 2pq C. p 2 + pq + q 2 = 1 D. p 2 + 2pq + q 2 = 1 E. p + q + 2pq = 0 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Hardy- Weinberg propor oner Hvis man har en uendelig stor lukket popula on uden muta on og selek on opstår der e er en genera on med lfældig parring en bestemt sammenhæng mellem allelfrekvenserne og genotypefrekvenserne i popula onen Forventede genotypefrekvenser ved HW- propor oner f(11) = p 2 f(12) = 2pq f(22) = q 2 p 2 + 2pq + q 2 = 1 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

10 est for Hardy- Weinberg propor oner Eksempel baseret på en lfældig SNP Subpopula on 1 Østjylland (n = 117) f() = 65 / 117 = 0,56 f() = 46 / 117 = 0,39 f() = 6 / 117 = 0,05 llelfrekvenser p = f() = 176 / 234 = 0,75 q = f() = 58 / 234 = 0,25 Subpopula on 2 København (n = 59) f() = 40 / 59 = 0,68 f() = 16 / 59 = 0,27 f() = 3 / 59 = 0,05 llelfrekvenser p = f() = 96 / 118 = 0,81 q = f() = 22 / 118 = 0,19 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 est for Hardy- Weinberg propor oner χ 2 test kan bruges l at teste nulhypotesen: H 0 = Popula onen udviser HW- propor oner Subpopula on 1 Østjylland (n = 117) f() = 65 / 117 = 0,56 f() = 46 / 117 = 0,39 f() = 6 / 117 = 0,05 llelfrekvenser p = f() = 176 / 234 = 0,75 q = f() = 58 / 234 = 0,25 Forventet antal af hver genotype ved HW- propor oner : p 2 N = 0, = 65,8 : 2pq N = 2 0,75 0, = 43,9 : q 2 N = 0, = 7,3 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

11 est for Hardy- Weinberg propor oner χ 2 test kan bruges l at teste nulhypotesen: H 0 = Popula onen udviser HW- propor oner Subpopula on 1 Østjylland (n = 117) f() = 65 / 117 = 0,56 f() = 46 / 117 = 0,39 f() = 6 / 117 = 0,05 llelfrekvenser p = f() = 176 / 234 = 0,75 q = f() = 58 / 234 = 0,25 Forventet antal af hver genotype ved HW- propor oner : p 2 N = 0, = 65,8 : 2pq N = 2 0,75 0, = 43,9 : q 2 N = 0, = 7,3 χ 2 - test K 2 2 ( observerede forventede ) χ teststørrelsen = i= 1 forventede Der er 1 frihedsgrad i en χ 2 - test for HW- propor oner. Χ 2 - teststørrelsen ( ) 2 ( ) 2 ( ) , ,9 6 7,3 χ teststørrelsen = + + = 0, ,8 43,9 7,3 eststørrelsen skal vurderes i en χ2- fordeling med 1 frihedsgrad hvilket giver p- værdi = 0,56. ltså afviger subpopula on 1 (Østjylland) ikke signifikant fra HW- propor oner. Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 est for Hardy- Weinberg propor oner Er der HW- propor oner når man betragter den totale s kprøve af danskere lle elever på tværs af landet lle syv geografiske regioner (n = 499) Genotypefordeling : 304 : 157 : 38 I alt: = 499 llelfrekvenser p = f() = 765 / 998 = 0,77 q = f() = 233 / 998 = 0,23 Forventet antal under HW- propor oner : 0, = 295,9 : 2 0,77 0, = 176,7 : 0, = 26, ( ,9) ( ,7) ( 38 26,4) χ teststørrelsen = + + = 7, ,9 176,7 26,4 p- værdi = 0,007 Den totale popula on afviger signifikant fra HW- propor oner på et 5 % signifikansniveau. Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

12 Årsager l afvigelse fra HW- propor oner Den totale popula on afviger signifikant fra HW- propor oner (p = 0,007) ilfældigheder Med en p- værdi på 0,007 forventer vi at komme l at forkaste nulhypotesen (HW- propor oner) selvom den er sand 7/1000 gange. Vi undersøger ca SNPs så vi forventer at se ekstreme resultater ind i mellem ved et lfælde. Derfor korrigerer man normalt p- værdien når man laver mange tests! Regionale forskelle Korter viser at allelfrekvenserne p (og q) varierer en smule fra region l region. Måske afspejler de e reel gene ske differen ering mellem landsdelene, men det er i så fald meget lidt og vi kan ikke sige det med sikkerhed uden yderligere undersøgelser. Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Regionale forskelle kan de måles Regionale forskelle Hvis afvigelsen fra HW- propor oner afspejler reel gene sk differen ering kan man bruge parvise F S mål som en slags afstandsmål mellem popula onerne. Først es meres H S for et par af subpopula oner som et vægtet gennemsnit af de forventede antal heterozygoter under antagelse af HW- propor oner. H S (1,2) = (N 1 2p 1 q 1 + N 2 2p 2 q 2 ) / (N 1 +N 2 ) = (95 0, ,3218) / ( ) = 0,3384 Dere er es meres H for samme par. De e gøres ved at lægge alle observa oner sammen, es mere p 1+2 og q 1+2 for den samlede popula on (1+2) og udregne 2p 1+2 q 1+2. H (1,2) = 2p total q total = 2 0, , = 0,3387 F F S S H HS = H 0,3387 0,3384 (1,2) = 0,3387 = 0,00088 Parvis F S , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,00904 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

13 Regionale forskelle kan de måles Regionale forskelle Hvis afvigelsen fra HW- propor oner afspejler reel gene sk differen ering kan parvise F S værdier bruges som en slags afstandsmål mellem popula onerne. Parvis F S , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , UPGM træ tegnet i MEG på baggrund af ovenstående afstandsmatrice Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Retsgene ske undersøgelser Normalt beny es SR- baserede metoder, men SNP- baserede bliver mere almindeligt Varia on mellem mennesker per locus SR- baseret Høj SNP- baseret Lav ype polymorfi Længe Baseforskelle ntal alleller per locus Mange ypisk kun 2 ntal mulige genotyper Mange ypisk kun 3 per locus Muta onsrate Høj ( ) Lav ( ) ntal loci der normalt beny es Mulige undersøgelsesmetode (i DK 10 fra forskellige kromosomer + amelogenin gen) Kan laves med PCR og gelelektroforese ua ængige (ikke koblede) SNP. ypisk PCR e erfulgt af DN- sekventering eller genotyping med fx DN- chip. Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

14 Retsgene ske undersøgelser (1) 11 (2) 12 (3) 11 (4) 12 (5) 11 (6) 11 (7) 22 (1) 11 (2) 12 (3) 11 (4) 12 (5) 11 (6) 12 (7) 22 Blodspor fundet på gerningssted Kan vi frikende nogen. Den lilla B. Den grønne C. Ingen af dem D. Dem begge Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Retsgene ske undersøgelser Udvalgte bi- allelle SNPs er undersøgt fra jeres DN. llel 1 er al d den mest almindelige allel i popula onen, 2 al d den mindst almindelige i det pågældende locus. Locus Genotype (11) Genotype (12) Genotype (22) I alt genotypet Hvilket af ovenstående 10 loci er mindst brugbar l at iden ficere en person. Locus 1 B. Locus 2 C. Locus 3 D. Locus 4 E. Locus 5 F. Locus 6 G. Locus 7 H. Locus 8 I. Locus 9 J. Locus 10 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

15 Retsgene ske undersøgelser Udvalgte bi- allelle SNPs er undersøgt fra jeres DN. llel 1 er al d den mest almindelige allel i popula onen, 2 al d den mindst almindelige i det pågældende locus. Locus Genotype (11) Genotype (12) Genotype (22) I alt genotypet Vi kan udregne allelfrekvenserne p = f(1) og q = f(2) på sædvanlig vis for hvert locus Hvis der er HW- propor oner i popula onen kan vi udregne de forventede genotypefrekvenser HW- propor oner f(11) = p 2 0,7062 0,5190 0,7412 0,3290 0,8303 0,5787 0,3017 1,0000 0,6543 0,4525 f(12) = 2pq 0,2683 0,4028 0,2395 0,4892 0,1618 0,3640 0,4951 0,0000 0,3092 0,4404 f(22) = q 2 0,0255 0,0782 0,0193 0,1818 0,0079 0,0572 0,2031 0,0000 0,0365 0,1071 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Retsgene ske undersøgelser Locus HW- propor oner f(11) = p 2 0,7062 0,5190 0,7412 0,3290 0,8303 0,5787 0,3017 1,0000 0,6543 0,4525 f(12) = 2pq 0,2683 0,4028 0,2395 0,4892 0,1618 0,3640 0,4951 0,0000 0,3092 0,4404 f(22) = q 2 0,0255 0,0782 0,0193 0,1818 0,0079 0,0572 0,2031 0,0000 0,0365 0,1071 Hvad er sandsynligheden for at finde en person, med nedenstående genotype, i popula onen ved et lfælde Locus DN- profil Eksempel på beregning for de første to loci Locus 1: p 2 = 0,7062 Locus 2: 2pq = 0,4028 Samlet sandsynlighed, antagelse af ua ængighed: Pr(11(1), 12(2)) = 0,7062 0,4028 = 0,2845 ilføjer vi locus 8 fås: Pr(11(1), 12(2), 11(8)) = 0,7062 0, = 0,2845 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

16 Retsgene ske undersøgelser Locus HW- propor oner f(11) = p 2 f(12) = 2pq f(22) = q 2 0,7062 0,5190 0,7412 0,3290 0,8303 0,5787 0,3017 1,0000 0,6543 0,4525 0,2683 0,4028 0,2395 0,4892 0,1618 0,3640 0,4951 0,0000 0,3092 0,4404 0,0255 0,0782 0,0193 0,1818 0,0079 0,0572 0,2031 0,0000 0,0365 0,1071 Locus DN- profil Sandsynlighed 0,7062 0,4028 0,7412 0,4892 0,8303 0,5787 0,2031 1,0000 0,6543 0,1071 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Retsgene ske undersøgelser Locus DN- profil Sandsynlighed 0,7062 0,4028 0,7412 0,4892 0,8303 0,5787 0,2031 1,0000 0,6543 0,1071 Hvilke af ovenstående 10 loci ser ud l at bidrage mest l at iden ficere personen. Locus 1 B. Locus 2 C. Locus 3 D. Locus 4 E. Locus 5 F. Locus 6 G. Locus 7 H. Locus 8 I. Locus 9 J. Locus 10 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

17 Retsgene ske undersøgelser Locus HW- propor oner f(11) = p 2 f(12) = 2pq f(22) = q 2 0,7062 0,5190 0,7412 0,3290 0,8303 0,5787 0,3017 1,0000 0,6543 0,4525 0,2683 0,4028 0,2395 0,4892 0,1618 0,3640 0,4951 0,0000 0,3092 0,4404 0,0255 0,0782 0,0193 0,1818 0,0079 0,0572 0,2031 0,0000 0,0365 0,1071 Locus DN- profil Pr (loci) 0,7062 0,4028 0,7412 0,4892 0,8303 0,5787 0,2031 1,0000 0,6543 0,1071 Pr (akkumuleret) 0,7062 0,2844 0,2108 0,1031 0,0856 0,0496 0,0101 0,0101 0,0066 0, / Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Retsgene ske undersøgelser DN- profil Pr (loci) 0,7062 0,4028 0,7412 0,4892 0,8303 0,5787 0,2031 Pr (akkumuleret) 0,7062 0,2844 0,2108 0,1031 0,0856 0,0496 0,0101 (1) 11 (2) 12 (3) 11 (4) 12 (5) 11 (6) 11 (7) 22 Blodspor fundet på gerningssted Kan vi frikende den blå eller grønne person Har vi fat i den rig ge person (1) 11 (2) 12 (3) 11 (4) 12 (5) 11 (6) 12 (7) 22 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

18 Har vi fat i den rig ge person DN- profil Pr (loci) 0,7062 0,4028 0,7412 0,4892 0,8303 0,5787 0,2031 Pr (akkumuleret) 0,7062 0,2844 0,2108 0,1031 0,0856 0,0496 0,0101 (1) 11 (2) 12 (3) 11 (4) 12 (5) 11 (6) 11 (7) 22 (1) 11 (2) 12 (3) 11 (4) 12 (5) 11 (6) 12 (7) 22 1 / 100 Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Hvad skyldes egenskaben DN chip data kan bruges l at undersøge gene kken bag forskellige egenskaber Fx kan vi undersøge arvegangen for grøn / orange hudfarve og se om det korrelerer med en af de to forskellige SNPs vist (en sort SNP og en hvid SNP) Princippet er simpelt Vi inddeler popula onen e er hvorvidt de er grønne og orange og ser om der er et mønster i de to gruppers genotyper. G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

19 Hvad skyldes egenskaben DN chip data kan bruges l at undersøge gene kken bag forskellige egenskaber Fx kan vi undersøge arvegangen for grøn / orange hudfarve og se om det korrelerer med en af de to forskellige SNPs vist (en sort SNP og en hvid SNP) Princippet er simpelt Vi inddeler popula onen e er hvorvidt de er grønne og orange og ser om der er et mønster i de to gruppers genotyper. G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Hvad skyldes egenskaben G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G Hvilke af følgende sætninger tror du er mest korrekt. t have genotypen I SNP- 2 (hvid) er posi vt korreleret med grøn hud B. t have genotypen GG I SNP- 1 (sort) er giver al d grøn hud C. Ingen af de undersøgte SNPs ser ud l at være posi vt korreleret med grøn hud D. t have genotypen GG I SNP- 1 (sort) ser ud l at være posi vt korreleret med grøn hud. Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts

20 Hvad skyldes egenskaben Mange egenskaber er ikke enten/eller egenskaber Ikke mange egenskaber styres 100% af en SNP O e samspil mellem flere SNPs (gener) O e samspil med miljøet Vi bliver hele den klogere men mange ng er meget komplekse. G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts 2014 Hvad er din mening om at studiet er anonymt. Det har jeg det bedst med B. Jeg ville gerne have kendt mit eget data C. Det har jeg ikke nogen mening om Response Counter 75

21 Hvad synes du om det faglige niveau i projektet. Det har været passende B. Det har været for højt C. Det har været for lavt Response Counter Hvad er dit overordnede indtryk af projektet. Det har været interessant og lærerigt B. Det har ikke givet mig noget fagligt eller personligt C. Det har jeg ingen mening om Response Counter 76

22 usind tak fordi I deltog i projektet Følg med i projektet på hvorkommerdufra.dk GCCGC CGG GCCG C SPØRGSMÅL Hvor kommer du fra Frank Grønlund Jørgensen ørring Gymnasium & Centre for Biocultural History arhus Universitet Marts