DIAGNOSTISKE TEKNIKKER VED PGD (PGT) - MOLEKYLÆRBIOLOGI FOR LÆGER OG ANDRE

Transkript

1 DIAGNOSTISKE TEKNIKKER VED PGD (PGT) - MOLEKYLÆRBIOLOGI FOR LÆGER OG ANDRE I N GE SØKILDE P E D E RSEN, K L I N I S K L A B ORATORIEGENETIKER, P H D

2 AFSNIT FOR MOLEKYLÆR DIAGNOSTIK - AAUH

3 PGT ARBEJDSGANG I AALBORG Opsætning af genetisk analyse (AfMD) In Vitro Fertilisering - ICSi Embryoer dyrkes til Blastocyststadiet Transferrering Optøning Foster Moderkage Normale Blastocyster biopteres på 5. eller 6. dagen Embryoner Nedfryses Resultat Skræddersyet genetisk analyse Biopsier til AfMD

4 NOGLE BEGREBER PGT-M præimplantations genetisk testning for monogene sygdomme PGT-SR præimplantations genetisk testning for strukturelle forandringer (translokationer) PGT-A præimplantations genetisk testning for aneuploidier (tidligere PGS)

5 PGT-M (MONOGENE SYGDOMME) Multiplex PCR: - Informative genetiske markører (repeats) og patogene variant analyseres - Analysen designes til hvert enkelt par Karyomapping: - Informative genetiske markører (single nukleotid polymorfier - SNPs) - Analysen er generisk og gør brug af SNParray

6 DESIGN OG UDVÆLGELSE AF PRIMERE TIL MARKØRER NF1 c.1381c>t p.(arg461ter)

7 KOBLING AF GENETISKE MARKØRER TIL SYGDOM NF1 D17S1800 NF1 c.1381c>t D17S Syg-rask Rask-rask D17S1800 NF1 c.1381c>t D17S Rask-rask Syg-rask D17S1800 NF1 c.1381c>t D17S / Rask-rask 253/ /276 Syg rask /258 Mulige udfald i embryoner

8 AFLÆSNING AF GENETISKE MARKØRER Mor Far Embryo Farvekode: Sort rask fra far Rød syg Grøn rask Embryo

9 AFLÆSNING AF DEN PATOGENE VARIANT Mor Syg G C T A Sekventering af 1 base Far Rask G C VARIANT C.1381C>T Sygt? embryo G C T A Primer Forward C G Primer Reverse Raskt embryo G C Primer Forward T A Primer Reverse

10 TRANSLOKATIONER

11 TRANSLOKATIONER

12 TRANSLOKATIONER Normal Balanceret translokation Forældre Normal Balanceret translokation Ubalanceret translokation Ubalanceret translokation Børn

13 PGT- SR Translokationer: FISH Flouresent in situ hybridisering NGS Næste Generations Sekventering

14 TRANSLOKATIONER - FISH Normal Balanceret translokation Forældre Normal Balanceret translokation Ubalanceret translokation Ubalanceret translokation Børn

15 NGS SEKVENTERING AF FRAGMENTER AF DNA reads

16 NGS SAMLING AF PUSLESPILLET Hvilken del af det humane genom stammer vores reads fra? 6 reads passer til denne del af genomet 10 reads passer til denne del af genomet

17 HEL GENOM SEKVENTERING MED LAV DÆKNING FOR TRANSLOKATIONER Kræver forudgående hel genom amplifikation 1 kopi af p-arm 2 kopier af q-arm Sekvens reads Dækning <0.5X Kromosom Inddeling i vinduer (500kb) Optælling af antal reads pr vindue Gruppering af vinduer med sammenlignelige antal reads Beregning af kopiantal

18 PGT-SR SAG Par henvender sig til fertilitetsbehandling Nedsat sædkvalitet fører til kromosomanalyse af manden Her ses translokation mellem kromosom 14 og 21.

19 RASK EMBRYON

20 UVENTET KOPITALSVARIATION

21 KROMOSOM 7 DUPLIKATION

22 KROMOSOM 17 DELETION

23 Der er brug for en genetiker!

24 Aneuploidi forekommer hyppigt (data from 15,169 trophectoderm biopsies) Franasiak et al., 2014 Fertil. Steril. 101(3):

25 HVAD HAR VI FUNDET INDTIL NU 139 embryoner testet 32 raske 59 ubalancerede translokationer, der afspejler forældres karyotype 11 med ubalanceret translokation og tilfældighedsfund 25 med tilfældighedsfund 12 inkonklusive

26 TAK FOR OPMÆRKSOMHEDEN - OG NU VIDERE TIL KLINISK GENETIK!