Faculty of Health Sciences. Basal Statistik. Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard. 5. marts 2018
|
|
- Morten Kirkegaard
- 5 år siden
- Visninger:
Transkript
1 Faculty of Health Sciences Basal Statistik Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard 5. marts / 22
2 APPENDIX vedr. SPSS svarende til diverse slides: To-gange-to tabeller, s. 3 Plot af binære data med loess-udglatning, s. 4 Logistisk regression, s. 5-7 Modelkontrol, s. 8-10, 16 Diagnostics, s. 11 Overspredning, s. 12, 15, 20 Alternative links, s Ordinale data, s Tælletal, s / 22
3 To-gange-to tabeller Slide 7-10 Da vi ikke har individ-data, men en kolonne med antal, skal vi lave en vægtet analyse. Der benyttes Data/Weight Cases/, afkrydses i Weight cases by, hvorefter antal flyttes over i Frequency Variable. Herefter tabelanalysen i Analyze/Descriptive Statistics/Crosstabs, hvor gender sættes i Row(s) og farveblind sættes i Column(s). Det er vigtigt, hvad der er rækker og søjler Herefter går man i Statistics og afkrydser Chi-square og Risk samt i Cells, hvor man afkrydser Expected samt under Percentages: Row 3 / 22
4 Figurer Slide 13 Benyt Graph/Chart Builder/Scatter/Grouped Scatter, sæt infektion i Y, alder i X og over2timer i Set color. Herefter OK, hvorved figuren fremkommer uden udglattet kurve. For at lægge den udglattede kurve på ser det ud til at være nødvendigt først at lave variablen infektion om til en scale-variable, hvis den ikke var det i forvejen. Dette gøres i Variable View. Når man så laver grafen, kan man efterfølgende dobbeltklikke på den, klikke Add Fit Line at Subgroups, afkrydse Loess og Apply/Close. Det kommer dog ikke helt til at ligne den tilsvarende SAS-figur 4 / 22
5 Logistisk regression i SPSS Slide For at lave den logistiske regression benytter vi Analyze/Regression/Binary Logistic, hvor vi sætter infektion som Dependent, begge forklarende variable (alder og over2timer) i Covariates. Herefter går vi ind i Categorical Covariates og sætter over2timer ind her, da den ikke indeholder numerisk information. Her kan man vælge, om referencen skal være første eller sidste kategori. Vælg f.eks. First og klik Change/Continue. Herefter går vi ind i Options og afkrydser CI for exp(β). 5 / 22
6 Andre metoder til logistisk regression Slide Der finde i SPSS en meget generel indgang til analyse af mange forskellige slags data, nemlig Generalized Linear Models, hvor man skal udfylde en del faneblade (dem foroven i det grå felt) Først udfylder man på indgangssiden, hvor man afkrydser Custom, vælger Binomial under Distribution og Logit under Link function. Derefter benyttes de andre faneblade: 6 / 22 Response: Her sættes infektion ind under Dependent Variable, og under Reference category vælges First (lowest value), fordi dette bevirker, at vi vurderer udfald 1 mod udfald 0, altså risikoen for at få en infektion, ikke for at gå fri af en infektion.
7 Andre metoder til logistisk regression, II Slide Fortsættelse af faneblade fra s. 6 Predictors: Her sættes alder i Covariates og over2timer sættes i Factors (og her kan man i Options afkrydse descending under Category Order for Factors for at få 0 som reference. Model: Her sættes begge variable ind som Main Effects Senere også som Interaction Statistics: Afkryds Include exponential parameter estimates 7 / 22
8 Goodness of fit Slide I opsætningen af den logistisk regressionsanalyse (se s. 5) benyttes Options, hvor man afkrydser Hosmer-Lemeshow Goodness-of-fit 8 / 22
9 Check af linearitetsantagelsen for alder Slide Alderseffekt modelleret med både alder og ln(alder) (output s ). Definer: lnalder50=ln(alder)/ln(1.1)-ln(50)/ln(1.1); og indsæt denne variabel i Covariate(s) sammen med de øvrige, se s. 5 Alderseffekt modelleret som lineær spline (output s ): Definer alder_over60=(alder>60)*(alder-60) og alder_over75=(alder>75)*(alder-75) og indsæt denne variabel i Covariate(s) sammen med de øvrige, se s. 5 9 / 22
10 Plot af standardiserede residualer Slide 43 Modellen er den på s. 23, og i opsætningen af den logistiske regression (se s. 5 her i appendix), og man gemmer diverse størrelser ved at klikke Save og afkrydse de ønskede størrelser, f.eks. Predicted probabilities, Cook s, Standardized residuals og DfBeta(s) Datasættet indeholder nu disse ekstra størrelser, så man kan nu selv styre plottene ved at benytte Graph/Chart Builder/Scatter/Grouped Scatter Slide 44 Plot af kumulerede residualer synes ikke at være tilgængeligt i SPSS 10 / 22
11 Diagnostics Slide Modellen er den på s. 23 (øverste del), se vejledning her i appendix, s. 5, hvor vi har yderligere har gemt diverse størrelser ved at klikke Save og afkrydse de ønskede størrelser, her Cook s, og DfBeta(s), se s. 10 Ud fra det udbyggede datasæt kan man nu selv styre plottene ved at benytte Graph/Chart Builder/Scatter/Grouped Scatter, hvor man sætter enten cook eller DfBetas i Y, alder i X og over2timer i Set color. Herefter OK, hvorved figuren fremkommer uden udglattet kurve. For at lægge kurver på, se s / 22
12 Overspredning i SAS Slide 53 Under Generalized Linear Models (se s. 6-7), går man ind under fanebladet Estimation og skifter Scale parameter Method fra Fixed value til Pearson Chi-square 12 / 22
13 Relativ risiko for farveblindhed Slide Da vi ikke har individ-data, men en kolonne med antal, skal vi lave en vægtet analyse. Der benyttes Data/Weight Cases/, afkrydses i Weight cases by, hvorefter antal flyttes over i Frequency Variable. Risk Ratio (relativ risiko) estimeres ved at benytte log-link, og vi må derfor benytte den generelle metode Generalized Linear Models, (se s. 6-7), men hvor man denne gang vælger Log under Link function. 13 / 22
14 Test for trend Slide Her benytter vi Generalized Linear Models, hvor man afkrydser Custom, vælger Binomial under Distribution og Identity under Link function. Under Response sættes kejsersnit over i Dependent Variable, og der afkrydses i Number of events occurring in a set of trials samt i Variable, hvor man så sætter total over i Trials Variable. Under Predictors sættes skonummer i Covariates og ellers fortsættes som s / 22
15 Test for trend, overspredning Slide 61 Under Generalized Linear Models (se s. 14), går man ind under fanebladet Estimation og skifter Scale parameter Method fra Fixed value til Pearson Chi-square 15 / 22
16 Modelkontrol af lineariteten, kejsersnit Slide Check af linearitet kan foretages ved at lave en kopi af skonummeret: Benyt Transform/Compute og definer skostr=skonummer. I modellen fra s. 14 tilføjes nu skostr som Factor, og under Statistics/Chi-square Statistics skiftes fra Wald til Likelihood Ratio. 16 / 22
17 Proportional odds model Slide Logistisk regression for hver tærskel, med samme afhængighed af kovariaterne, som her alle er log 2 -transformerede. Dette udføres nemt i SPSS ved at benytte Analyze/Regression/Ordinal, hvor vi sætter degree_fibr som Dependent og alle 3 forklarende variable (lha, lpiiinp og lykl40) i Covariates. For at få tilbagetransformeret til Odds Ratio er, er man nødt til at benytte Generalized linear models (se s. 6-7), hvor man vælger Ordinal Response og videre Ordinal logistic 17 / 22
18 Proportional odds model, fortsat Slide For at få et test for proportional odds, går vi ind i Output og afkrydser Test of parallel lines. Herved får vi dog ikke helt det samme, da SPSS laver et Likelihood Ratio test, mens SAS laver det som et score-test. Man kan endvidere afkrydse Estimated response probabilities og Predicted category 18 / 22
19 Poisson analyse Slide Vi skal her igen benytte Analyze/Generalized Linear Models/Generalized Linear Models hvor man går videre med Counts/Poisson loglinear. Herefter udfylder man fanerne således Response: total sættes i Dependent Variable Predictors: gender sættes i Factor og years_from_2004 sættes i Covariates Model: husk interaktion her, hvis den skal med Estimation: giver mulighed for overspredning i modellen, hvis man afkrydser Robust estimator 19 / 22 Statistics: Afkryds Include exponential parameter estimates
20 Poisson analyse Slide Korrektion for overspredning foregår ved at afkrydse Robust estimator under Estimation. Ellers helt som s / 22
21 Normalfordelingsmodel for tælletal Slide 80 her benytter vi logaritmetransformerede data (logtotal=lg10(total)): og derefter blot Analyze/General Linear Model/Univariate, hvor vi sætter logtotal i Dependent Variable, gender i Fixed Factor(s) og years_since_2004 i Covariate(s) For at undgå at få interaktionen med i modellen, klikkes nu på Model, hvorefter man vælger Custom, markerer begge kovariater, skifter fra Interaction til Main Effects og klikker på pilen og Continue. Husk også i Options at vælge Parameter Estimates 21 / 22
22 Opdelte plot (panels) Slide 82 Benyt Graph/Chart Builder/Groups/Point ID, afkryds Rows panel variable og sæt gender ind i denne, og sæt nu antal i Y, years_from_2004 i X og age i Set color. Herefter OK Slide 83 Benyt Graph/Chart Builder/Groups/Point ID, afkryds Rows panel variable og sæt year ind i denne, og sæt nu antal i Y, age i X og gender i Set color. Herefter OK 22 / 22
Basal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences Basal Statistik - SPSS Kovariansanalyse. Lene Theil Skovgaard 3. oktober 2017 1 / 12 APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides Bland-Altman plot,
Læs mereBasal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences Basal Statistik - SPSS Kovariansanalyse. Lene Theil Skovgaard 1. oktober 2018 1 / 12 APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides Bland-Altman plot,
Læs mereBasal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences Basal Statistik - SPSS Multipel regression. Lene Theil Skovgaard 10. oktober 2017 1 / 12 APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides Figurer: s.
Læs mereFaculty of Health Sciences. Basal Statistik. Overlevelsesanalyse. Lene Theil Skovgaard. 12. marts 2018
Faculty of Health Sciences Basal Statistik Overlevelsesanalyse Lene Theil Skovgaard 12. marts 2018 1 / 12 APPENDIX vedr. SPSS svarende til diverse slides: Kaplan-Meier kurver, s. 3 Kumulerede incidenser
Læs mereBasal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences Basal Statistik - SPSS Regressionsanalyse. Lene Theil Skovgaard 5. februar 2018 1 / 12 APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides Indlæsning og
Læs mereBasal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides Basal Statistik - SPSS Den generelle lineære model. Lene Theil Skovgaard 24. oktober 2017 Biokemisk iltforbrug,
Læs mereBasal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences Basal Statistik - SPSS Den generelle lineære model. Lene Theil Skovgaard 26. februar 2018 1 / 28 APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides Biokemisk
Læs mereBasal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences Basal Statistik - SPSS Korrelerede målinger. Lene Theil Skovgaard 8. april 2019 1 / 21 APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides Plots: s. 3, 4,
Læs mereBasal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences APPENDIX Basal Statistik - SPSS Korrelerede målinger. Lene Theil Skovgaard 8. april 2019 med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides Plots: s. 3, 4, 7, 11-12
Læs mereSPSS appendix SPSS APPENDIX. Box plots. Indlæsning. Faculty of Health Sciences. Basal Statistik: Sammenligning af grupper, Variansanalyse
Faculty of Health Sciences SPSS APPENDIX SPSS appendix Basal Statistik: Sammenligning af grupper, Variansanalyse Lene Theil Skovgaard 12. september 2017 med instruktioner til SPSS-analyse svarende til
Læs mereFaculty of Health Sciences. SPSS appendix. Basal Statistik: Sammenligning af grupper, Variansanalyse. Lene Theil Skovgaard. 22.
Faculty of Health Sciences SPSS appendix Basal Statistik: Sammenligning af grupper, Variansanalyse Lene Theil Skovgaard 22. januar 2018 1 / 20 SPSS APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende
Læs mereSPSS appendix SPSS APPENDIX. Box plots. Indlæsning. Faculty of Health Sciences. Basal Statistik: Sammenligning af grupper, Variansanalyse
Faculty of Health Sciences SPSS APPENDIX SPSS appendix Basal Statistik: Sammenligning af grupper, Variansanalyse Lene Theil Skovgaard 11. februar 2019 med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle
Læs mereBasal Statistik - SPSS
Faculty of Health Sciences Basal Statistik - SPSS Begreber. Parrede sammenligninger. Lene Theil Skovgaard 5. september 2017 1 / 16 APPENDIX med instruktioner til SPSS-analyse svarende til nogle af slides
Læs mereVejledende besvarelse af hjemmeopgave, forår 2018
Vejledende besvarelse af hjemmeopgave, forår 2018 Udleveret 12. februar, afleveres senest ved øvelserne i uge 10 (6.-9.marts) I forbindelse med reagensglasbehandling blev 100 par randomiseret til to forskellige
Læs mereOpgave 1: Graft vs. Host disease
Opgave 1: Graft vs. Host disease Denne opgave er baseret på opgave 12.3 fra DG Altman, p. 361. Data omhandler knoglemarvstransplantation af 37 leukæmipatienter, og outcome er forekomst af graft versus
Læs mereVejledende besvarelse af hjemmeopgave, forår 2017
Vejledende besvarelse af hjemmeopgave, forår 2017 På hjemmesiden http://publicifsv.sund.ku.dk/~lts/basal17_1/hjemmeopgave/hjemmeopgave.txt ligger data fra 400 fødende kvinder. Der er tale om et uddrag
Læs mereOpgavebesvarelse, Basalkursus, uge 3
Opgavebesvarelse, Basalkursus, uge 3 Opgave 1: Udskrivning af astma patienter (DGA s. 273) I en randomiseret undersøgelse foretaget af Storr et. al. (Lancet, i, 1987) sammenlignes effekten af en enkelt
Læs mereVejledende besvarelse af hjemmeopgave, forår 2019
Vejledende besvarelse af hjemmeopgave, forår 2019 Udleveret 4. marts, afleveres senest ved øvelserne i uge 13 (26. marts.-28. marts). På hjemmesiden http://staff.pubhealth.ku.dk/~lts/basal19_1/hjemmeopgave.html
Læs mereVejledende besvarelse af hjemmeopgave, efterår 2018
Vejledende besvarelse af hjemmeopgave, efterår 2018 Udleveret 1. oktober, afleveres senest ved øvelserne i uge 44 (30. oktober.-1. november). Der er foretaget en del undersøgelser af krigsveteraner og
Læs mereOpgavebesvarelse, Basalkursus, uge 3
Opgavebesvarelse, Basalkursus, uge 3 Opgave 1: Udskrivning af astma patienter (DGA s. 273) I en randomiseret undersøgelse foretaget af Storr et. al. (Lancet, i, 1987) sammenlignes effekten af en enkelt
Læs mereFaculty of Health Sciences. Basal Statistik. Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard. 31. oktober / 112
Faculty of Health Sciences Basal Statistik Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard 31. oktober 2017 1 / 112 Logistisk regression mm. Modeller for binært outcome Repetition vedrørende tabeller Logistisk
Læs mereBasal Statistik. Logistisk regression mm. Typer af outcome. Eksempel fra tidligere: Farveblindhed og køn. Faculty of Health Sciences
Faculty of Health Sciences Logistisk regression mm. Basal Statistik Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard 29. oktober 2018 Modeller for binært outcome Repetition vedrørende tabeller Logistisk regression
Læs mereFaculty of Health Sciences. Basal Statistik. Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard. 29. oktober / 117
Faculty of Health Sciences Basal Statistik Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard 29. oktober 2018 1 / 117 Logistisk regression mm. Modeller for binært outcome Repetition vedrørende tabeller Logistisk
Læs mereOpgavebesvarelse, logistisk regression
Opgavebesvarelse, logistisk regression Data ligger i rop.xls på kursushjemmesiden: http://staff.pubhealth.ku.dk/ jufo/courses/logistic/ Når du har gemt data på din computer, kan det indlæses i SAS med
Læs mereBasal Statistik. Logistisk regression mm. Eksempel fra tidligere: Farveblindhed og køn. Typer af outcome. Faculty of Health Sciences
Faculty of Health Sciences Logistisk regression mm. Basal Statistik Logistisk regression mm. i R Lene Theil Skovgaard 25. marts 2019 Modeller for binært outcome Repetition vedrørende tabeller Logistisk
Læs mereFaculty of Health Sciences. Basal Statistik. Logistisk regression mm. i R. Lene Theil Skovgaard. 25. marts / 114
Faculty of Health Sciences Basal Statistik Logistisk regression mm. i R Lene Theil Skovgaard 25. marts 2019 1 / 114 Logistisk regression mm. Modeller for binært outcome Repetition vedrørende tabeller Logistisk
Læs mereLineær og logistisk regression
Faculty of Health Sciences Lineær og logistisk regression Susanne Rosthøj Biostatistisk Afdeling Institut for Folkesundhedsvidenskab Københavns Universitet sr@biostat.ku.dk Dagens program Lineær regression
Læs mereStatistikøvelse Kandidatstudiet i Folkesundhedsvidenskab 28. September 2004
Statistikøvelse Kandidatstudiet i Folkesundhedsvidenskab 28. September 2004 Formål med Øvelsen: Formålet med øvelsen er at analysere om risikoen for død er forbundet med to forskellige vacciner BCG (mod
Læs mereFaculty of Health Sciences. Logistisk regression: Kvantitative forklarende variable
Faculty of Health Sciences Logistisk regression: Kvantitative forklarende variable Susanne Rosthøj Biostatistisk Afdeling Institut for Folkesundhedsvidenskab Københavns Universitet sr@biostat.ku.dk Sammenhæng
Læs mereBesvarelse af opgave om Vital Capacity
Besvarelse af opgave om Vital Capacity I filen cadmium.txt ligger observationer fra et eksempel omhandlende lungefunktionen hos arbejdere i cadmium industrien (hentet fra P. Armitage & G. Berry: Statistical
Læs mereVi ønsker at konstruere normalområder for stofskiftet, som funktion af kropsvægten.
Opgavebesvarelse, Resting metabolic rate I filen T:\rmr.txt findes sammenhørende værdier af kropsvægt (bw, i kg) og hvilende stofskifte (rmr, kcal pr. døgn) for 44 kvinder (Altman, 1991 og Owen et.al.,
Læs mereLogistisk regression. Basal Statistik for medicinske PhD-studerende November 2008
Logistisk regression Basal Statistik for medicinske PhD-studerende November 2008 Bendix Carstensen Steno Diabetes Center, Gentofte & Biostatististisk afdeling, Københavns Universitet bxc@steno.dk www.biostat.ku.dk/~bxc
Læs mereVejledende besvarelse af hjemmeopgave, efterår 2017
Vejledende besvarelse af hjemmeopgave, efterår 2017 Udleveret 3. oktober 2017, afleveres senest ved øvelserne i uge 44 (31. okt.-2. nov. 2017) På hjemmesiden http://publicifsv.sund.ku.dk/~lts/basal17_2/hjemmeopgave/hjemmeopgave.txt
Læs mereMPH specialmodul i epidemiologi og biostatistik. SAS. Introduktion til SAS. Eksempel: Blodtryk og fedme
MPH specialmodul i epidemiologi og biostatistik. SAS Introduktion til SAS. Display manager (programmering) Vinduer: program editor (med syntaks-check) log output reproducerbart (program teksten kan gemmes
Læs mereOpgavebesvarelse, brain weight
Opgavebesvarelse, brain weight (Matthews & Farewell: Using and Understanding Medical Statistics, 2nd. ed.) For 20 musekuld er der i tabellen nedenfor anført oplysning om kuldstørrelsen (fra 3 til 12 mus
Læs mereLøsning til opgave i logistisk regression
Løsning til øvelser i logistisk regression, november 2008 1 Løsning til opgave i logistisk regression 1. Først indlæses data, og vi kan lige sørge for at danne en dummy-variable for cml, som indikator
Læs mereOverlevelse efter AMI. Hvilken betydning har følgende faktorer for risikoen for ikke at overleve: Køn og alder betragtes som confoundere.
Overlevelse efter AMI Hvilken betydning har følgende faktorer for risikoen for ikke at overleve: Diabetes VF (Venticular fibrillation) WMI (Wall motion index) CHF (Cardiac Heart Failure) Køn og alder betragtes
Læs mereVejledende besvarelse af hjemmeopgave i Basal Statistik, forår 2014
Vejledende besvarelse af hjemmeopgave i Basal Statistik, forår 2014 Garvey et al. interesserer sig for sammenhængen mellem anæstesi og allergiske reaktioner (se f.eks. nedenstående reference, der dog ikke
Læs mereBasal Statistik Logistisk Regression. Dagens Tekst E Sædvanlig Linear Regression (Repetition) Basal Statistik - Logistisk regression 1
Basal Statistik Logistisk Regression Judith L. Jacobsen, PhD. Lene Theil Skovgaard http://staff.pubhealth.ku.dk/~lts/basal13_ jlj@statcon.dk Dagens Tekst Logistisk regression Binære data Logit transformation
Læs mereMorten Frydenberg 26. april 2004
Introduktion til Logistisk Regression Morten Frydenberg, Inst. f. Biostatistik RESUME: 2 2. gang: 2002 Institut for Biostatistik, Århus Universitet MPH. studieår Specialmodul 4 Cand. San. uddannelsen.
Læs mereProgram. Logistisk regression. Eksempel: pesticider og møl. Odds og odds-ratios (igen)
Faculty of Life Sciences Program Logistisk regression Claus Ekstrøm E-mail: ekstrom@life.ku.dk Odds og odds-ratios igen Logistisk regression Estimation og inferens Modelkontrol Slide 2 Statistisk Dataanalyse
Læs mereSimpel og multipel logistisk regression
Faculty of Health Sciences Logistisk regression Simpel og multipel logistisk regression 16. Maj 2012 Analyse af en binær responsvariabel. syg/rask, død/levende, ja/nej... Ud fra en eller flere forklarende
Læs mereGenerelle lineære modeller
Generelle lineære modeller Regressionsmodeller med én uafhængig intervalskala variabel: Y en eller flere uafhængige variable: X 1,..,X k Den betingede fordeling af Y givet X 1,..,X k antages at være normal
Læs mereOpgavebesvarelse, korrelerede målinger
Opgavebesvarelse, korrelerede målinger I 18 familier bestående af far, mor og 3 børn (i veldefinerede aldersintervaller, med child1 som det ældste barn og child3 som det yngste) har man registreret antallet
Læs mereLog-lineære modeller. Analyse af symmetriske sammenhænge mellem kategoriske variable. Ordinal information ignoreres.
Log-lineære modeller Analyse af symmetriske sammenhænge mellem kategoriske variable. Ordinal information ignoreres. Kontingenstabel Contingency: mulighed/tilfælde Kontingenstabel: antal observationer (frekvenser)
Læs mereLogistisk Regression - fortsat
Logistisk Regression - fortsat Likelihood Ratio test Generel hypotese test Modelanalyse Indtil nu har vi set på to slags modeller: 1) Generelle Lineære Modeller Kvantitav afhængig variabel. Kvantitative
Læs mereMan indlæser en såkaldt frequency-table i SAS ved følgende kommandoer:
1 IHD-Lexis 1.1 Spørgsmål 1 Man indlæser en såkaldt frequency-table i SAS ved følgende kommandoer: data ihdfreq; input eksp alder pyrs cases; lpyrs=log(pyrs); cards; 0 2 346.87 2 0 1 979.34 12 0 0 699.14
Læs mereStatistiske Modeller 1: Kontingenstabeller i SAS
Statistiske Modeller 1: Kontingenstabeller i SAS Jens Ledet Jensen October 31, 2005 1 Indledning Som vist i Notat 1 afsnit 13 er 2 log Q for et test i en multinomialmodel ækvivalent med et test i en poissonmodel.
Læs mereØvelser til basalkursus, 5. uge. Opgavebesvarelse: Knogledensitet hos unge piger
Øvelser til basalkursus, 5. uge Opgavebesvarelse: Knogledensitet hos unge piger I alt 112 piger har fået målt knogledensitet (bone mineral density, bmd) i 11-års alderen (baseline værdi). Pigerne er herefter
Læs mereFaculty of Health Sciences. Basal Statistik. Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard. 1. november / 107
Faculty of Health Sciences Basal Statistik Logistisk regression mm. Lene Theil Skovgaard 1. november 2016 1 / 107 Logistisk regression mm. Modeller for binært outcome Repetition vedrørende tabeller Logistisk
Læs mereBasal statistik for lægevidenskabelige forskere, forår 2014 Udleveret 4. marts, afleveres senest ved øvelserne i uge 13 (25.
Hjemmeopgave Basal statistik for lægevidenskabelige forskere, forår 2014 Udleveret 4. marts, afleveres senest ved øvelserne i uge 13 (25.-27 marts) Garvey et al. interesserer sig for sammenhængen mellem
Læs mereLineær regression i SAS. Lineær regression i SAS p.1/20
Lineær regression i SAS Lineær regression i SAS p.1/20 Lineær regression i SAS Simpel lineær regression Grafisk modelkontrol Multipel lineær regression SAS-procedurer: PROC REG PROC GPLOT Lineær regression
Læs mereMultipel Linear Regression. Repetition Partiel F-test Modelsøgning Logistisk Regression
Multipel Linear Regression Repetition Partiel F-test Modelsøgning Logistisk Regression Test for en eller alle parametre I jagten på en god statistisk model har vi set på følgende to hypoteser og tilhørende
Læs mereMPH specialmodul i epidemiologi og biostatistik. SAS. Introduktion til SAS. Eksempel: Blodtryk og fedme
MPH specialmodul i epidemiologi og biostatistik. SAS Introduktion til SAS. Display manager (programmering) Vinduer: program editor (med syntaks-check) log output reproducerbart (program teksten kan gemmes
Læs mereStatistik og Sandsynlighedsregning 2. IH kapitel 12. Overheads til forelæsninger, mandag 6. uge
Statistik og Sandsynlighedsregning 2 IH kapitel 12 Overheads til forelæsninger, mandag 6. uge 1 Fordelingen af én (1): Regressionsanalyse udfaldsvariabel responsvariabel afhængig variabel Y variabel 2
Læs mereAnalysestrategi. Lektion 7 slides kompileret 27. oktober 200315:24 p.1/17
nalysestrategi Vælg statistisk model. Estimere parametre i model. fx. lineær regression Udføre modelkontrol beskriver modellen data tilstrækkelig godt og er modellens antagelser opfyldte fx. vha. residualanalyse
Læs mereMorten Frydenberg 14. marts 2006
Introduktion til Logistisk Regression Morten Frydenberg, Inst. f. Biostatistik 1 RESUME: 2 2. gang: 2006 Institut for Biostatistik, Århus Universitet MPH 1. studieår Specialmodul 4 Cand. San. uddannelsen
Læs mereKommentarer til øvelser i basalkursus, 2. uge
Kommentarer til øvelser i basalkursus, 2. uge Opgave 2. Vi betragter målinger af hjertevægt (i g) og total kropsvægt (målt i kg) for 10 normale mænd og 11 mænd med hjertesvigt. Målingerne er taget ved
Læs mereIntroduktion til GLIMMIX
Introduktion til GLIMMIX Af Jens Dick-Nielsen jens.dick-nielsen@haxholdt-company.com 21.08.2008 Proc GLIMMIX GLIMMIX kan bruges til modeller, hvor de enkelte observationer ikke nødvendigvis er uafhængige.
Læs mereStatistik ved Bachelor-uddannelsen i folkesundhedsvidenskab. Eksamensopgave E05. Socialklasse og kronisk sygdom
Statistik ved Bachelor-uddannelsen i folkesundhedsvidenskab Eksamensopgave E05 Socialklasse og kronisk sygdom Data: Tværsnitsundersøgelse fra 1986 Datamaterialet indeholder: Køn, alder, Højest opnåede
Læs mereOpsamling Modeltyper: Tabelanalyse Logistisk regression Generaliserede lineære modeller Log-lineære modeller
Opsamling Modeltyper: Tabelanalyse Logistisk regression Binær respons og kategorisk eller kontinuerte forklarende variable. Generaliserede lineære modeller Normalfordelt respons og kategoriske forklarende
Læs mereBasal Statistik Kategoriske Data
Basal Statistik Kategoriske Data 8 oktober 2013 E 2013 Basal Statistik - Kategoriske data Michael Gamborg Institut for sygdomsforebyggelse Københavns Universitetshospital michael.orland.gamborg@regionh.dk
Læs mereDag 6: Interaktion. Overlevelsesanalyse
Dag 6: Interaktion. Overlevelsesanalyse How does CHD depend on gender and hypertension? Males: hypertension chd01 Females: Frequency Row Pct 0 1 Total ---------+--------+--------+ 0 352 95 447 78.75 21.25
Læs mereStatistik II Lektion 3. Logistisk Regression Kategoriske og Kontinuerte Forklarende Variable
Statistik II Lektion 3 Logistisk Regression Kategoriske og Kontinuerte Forklarende Variable Setup: To binære variable X og Y. Statistisk model: Konsekvens: Logistisk regression: 2 binære var. e e X Y P
Læs mereLøsning til øvelsesopgaver dag 4 spg 5-9
Løsning til øvelsesopgaver dag 4 spg 5-9 5: Den multiple model Vi tilføjer nu yderligere to variable til vores model : Køn og kolesterol SBP = a + b*age + c*chol + d*mand hvor mand er 1 for mænd, 0 for
Læs mereStatistik Lektion 4. Variansanalyse Modelkontrol
Statistik Lektion 4 Variansanalyse Modelkontrol Eksempel Spørgsmål: Er der sammenhæng mellem udetemperaturen og forbruget af gas? Y : Forbrug af gas (gas) X : Udetemperatur (temp) Scatterplot SPSS: Estimerede
Læs mereStatikstik II 2. Lektion. Lidt sandsynlighedsregning Lidt mere om signifikanstest Logistisk regression
Statikstik II 2. Lektion Lidt sandsynlighedsregning Lidt mere om signifikanstest Logistisk regression Sandsynlighedsregningsrepetition Antag at Svar kan være Ja og Nej. Sandsynligheden for at Svar Ja skrives
Læs mereEksamen ved. Københavns Universitet i. Kvantitative forskningsmetoder. Det Samfundsvidenskabelige Fakultet
Eksamen ved Københavns Universitet i Kvantitative forskningsmetoder Det Samfundsvidenskabelige Fakultet 14. december 2011 Eksamensnummer: 5 14. december 2011 Side 1 af 6 1) Af boxplottet kan man aflæse,
Læs mereStatistik II 4. Lektion. Logistisk regression
Statistik II 4. Lektion Logistisk regression Logistisk regression: Motivation Generelt setup: Dikotom(binær) afhængig variabel Kontinuerte og kategoriske forklarende variable (som i lineær reg.) Eksempel:
Læs mereVejledende besvarelse af hjemmeopgave i Basal statistik for lægevidenskabelige forskere, forår 2013
Vejledende besvarelse af hjemmeopgave i Basal statistik for lægevidenskabelige forskere, forår 2013 I forbindelse med reagensglasbehandling blev 100 par randomiseret til to forskellige former for hormonstimulation.
Læs mereStatistik Lektion 17 Multipel Lineær Regression
Statistik Lektion 7 Multipel Lineær Regression Polynomiel regression Ikke-lineære modeller og transformation Multi-kolinearitet Auto-korrelation og Durbin-Watson test Multipel lineær regression x,x,,x
Læs mereAnvendt Statistik Lektion 9. Variansanalyse (ANOVA)
Anvendt Statistik Lektion 9 Variansanalyse (ANOVA) 1 Undersøge sammenhæng Undersøge sammenhænge mellem kategoriske variable: χ 2 -test i kontingenstabeller Undersøge sammenhæng mellem kontinuerte variable:
Læs mereOpgavebesvarelse, Basalkursus, uge 3
Opgavebesvarelse, Basalkursus, uge 3 Opgave 1: Udskrivning af astma patienter (DGA s. 273) I en randomiseret undersøgelse foretaget af Storr et. al. (Lancet, i, 1987) sammenlignes effekten af en enkelt
Læs merePostoperative komplikationer
Løsninger til øvelser i kategoriske data, oktober 2008 1 Postoperative komplikationer Udgangspunktet for vurdering af den ny metode må være en nulhypotese om at der er samme komplikationshyppighed, 20%.
Læs mereAnvendt Statistik Lektion 9. Variansanalyse (ANOVA)
Anvendt Statistik Lektion 9 Variansanalyse (ANOVA) 1 Undersøge sammenhæng Undersøge sammenhænge mellem kategoriske variable: χ 2 -test i kontingenstabeller Undersøge sammenhæng mellem kontinuerte variable:
Læs mereAfdeling for Anvendt Matematik og Statistik December 2006
Københavns Universitet Statistik for Biokemikere Det naturvidenskabelige fakultet Inge Henningsen Afdeling for Anvendt Matematik og Statistik December 2006 i SAS (Zar kapitel 23) PROC FREQ PROC CATMOD
Læs mereMorten Frydenberg Biostatistik version dato:
Caerphilly studiet Design og Data Biostatistik uge 14 mandag Morten Frydenberg, Afdeling for Biostatistik Poisson regression En primær tidsakse og ikke stykkevise konstante rater Cox proportional hazard
Læs mereVi vil analysere effekten af rygning og alkohol på chancen for at blive gravid ved at benytte forskellige Cox regressions modeller.
Løsning til øvelse i TTP dag 3 Denne øvelse omhandler tid til graviditet. Et studie vedrørende tid til graviditet (Time To Pregnancy = TTP) inkluderede 423 par i alderen 20-35 år. Parrene blev fulgt i
Læs mereBasal statistik. 30. januar 2007
Basal statistik 30. januar 2007 Deskriptiv statistik Typer af data Tabeller Grafik Summary statistics Lene Theil Skovgaard, Biostatistisk Afdeling Institut for Folkesundhedsvidenskab, Københavns Universitet
Læs mereBasal statistik for lægevidenskabelige forskere, forår 2012 Udleveret 6.marts, afleveres senest ved øvelserne i uge 15 (
Hjemmeopgave Basal statistik for lægevidenskabelige forskere, forår 2012 Udleveret 6.marts, afleveres senest ved øvelserne i uge 15 (10.-12. april) I et randomiseret forsøg sammenlignes vitamin D behandling
Læs mereMPH specialmodul i biostatistik og epidemiologi SAS-øvelser vedr. case-control studie af malignt melanom.
MPH specialmodul i biostatistik og epidemiologi SAS-øvelser vedr. case-control studie af malignt melanom. For at I skal kunne regne på tallene fra undersøgelsen har vi taget en delmængde af variablene
Læs mereLogistisk regression og prædiktion
Faculty of Health Sciences Introduktion Logistisk regression og prædiktion 16. Maj 2012 Julie Forman Biostatistisk Afdeling, Københavns Universitet Hvad er en god diagnostisk model? En model med god overensstemmelse
Læs mereLogistisk regression
Logistisk regression Anvendt statistik Anders Tolver Jensen Institut for Grundvidenskab og Miljø Onsdag d. 25/2-2009 ATJ (IGM KU-LIFE) Logistisk regression Anvendt statistik 25/2-2009 1 / 12 (Multinomial)
Læs mereBasal Statistik. Simpel lineær regression. Simpel lineær regression. Data. Faculty of Health Sciences
Faculty of Health Sciences Simpel lineær regression Basal Statistik Regressionsanalyse. Lene Theil Skovgaard 5. februar 2018 Regression og korrelation Simpel lineær regression Todimensionale normalfordelinger
Læs mereKursus i varians- og regressionsanalyse Data med detektionsgrænse. Birthe Lykke Thomsen H. Lundbeck A/S
Kursus i varians- og regressionsanalyse Data med detektionsgrænse Birthe Lykke Thomsen H. Lundbeck A/S 1 Data med detektionsgrænse Venstrecensurering: Baggrundsstøj eller begrænsning i måleudstyrets følsomhed
Læs mereEksamen Efterår 2013
Eksamen Efterår 2013 Opgave En måde at sammenlægge svarene fra de fem EQ-5D items er igennem et indeks, der angiver værdien samfundet giver en bestemt svarkombination. EURV = 1-0.081*(D=1) 0.069*(MOVE=2)
Læs mereProgram. Modelkontrol og prædiktion. Multiple sammenligninger. Opgave 5.2: fosforkoncentration
Faculty of Life Sciences Program Modelkontrol og prædiktion Claus Ekstrøm E-mail: ekstrom@life.ku.dk Test af hypotese i ensidet variansanalyse F -tests og F -fordelingen. Multiple sammenligninger. Bonferroni-korrektion
Læs mereBesvarelse af vitcap -opgaven
Besvarelse af -opgaven Spørgsmål 1 Indlæs data Dette gøres fra Analyst med File/Open, som sædvanlig. Spørgsmål 2 Beskriv fordelingen af vital capacity og i de 3 grupper ved hjælp af summary statistics.
Læs mereDet kunne godt se ud til at ikke-rygere er ældre. Spredningen ser ud til at være nogenlunde ens i de to grupper.
1. Indlæs data. * HUSK at angive din egen placering af filen; data framing; infile '/home/sro00/mph2016/framing.txt' firstobs=2; input id sex age frw sbp sbp10 dbp chol cig chd yrschd death yrsdth cause;
Læs mereBasal statistik. Overlevelsesanalyse. Eksempel: Lungecancer blandt krigsveteraner. Faculty of Health Sciences
Faculty of Health Sciences Overlevelsesanalyse Basal statistik Overlevelsesanalyse Lene Theil Skovgaard 5. november 2018 Levetider og censurerede observationer Kaplan-Meier kurver Log-rank test Cox regression
Læs mereOpgavebesvarelse, brain weight
Opgavebesvarelse, brain weight (Matthews & Farewell: Using and Understanding Medical Statistics, 2nd. ed.) Spørgsmål 1 Data er indlagt på T:/Basalstatistik/brain.txt og kan indlæses direkte i Analyst med
Læs mereFaculty of Health Sciences. Basal Statistik. Regressionsanalyse. Lene Theil Skovgaard. 26. september 2017
Faculty of Health Sciences Basal Statistik Regressionsanalyse. Lene Theil Skovgaard 26. september 2017 1 / 85 Simpel lineær regression Regression og korrelation Simpel lineær regression Todimensionale
Læs mereAnvendt Statistik Lektion 8. Multipel Lineær Regression
Anvendt Statistik Lektion 8 Multipel Lineær Regression 1 Simpel Lineær Regression (SLR) y Sammenhængen mellem den afhængige variabel (y) og den forklarende variabel (x) beskrives vha. en SLR: ligger ikke
Læs mereFaculty of Health Sciences. Basal statistik. Overlevelsesanalyse. Lene Theil Skovgaard. 1. april 2019
Faculty of Health Sciences Basal statistik Overlevelsesanalyse Lene Theil Skovgaard 1. april 2019 1 / 92 Overlevelsesanalyse Levetider og censurerede observationer Kaplan-Meier kurver Log-rank test Cox
Læs mereLogistisk regression
Logistisk regression http://biostat.ku.dk/ kach/css2 Thomas A Gerds & Karl B Christensen 1 / 18 Logistisk regression I dag 1 Binær outcome variable død : i live syg : rask gravid : ikke gravid etc 1 prædiktor
Læs mereOpgavebesvarelse vedr. overlevelsesanalyse
Opgavebesvarelse vedr. overlevelsesanalyse Opgaven går ud på at vurdere effekten af azathioprine på overlevelsen hos 216 patienter med primær biliær cirrhose (PBC), ref. Christensen et al. (1985). Data
Læs mereBesvarelse af juul2 -opgaven
Besvarelse af juul2 -opgaven Spørgsmål 1 Indlæs data Dette gøres fra Analyst med File/Open, som sædvanlig. Spørgsmål 2 Lav regressionsanalyser for hvert køn af igf1 vs. alder for præpubertale (Tanner stadium
Læs mereFilen indeholder 45 linier, først en linie med variabelnavnene (bw og rmr) og derefter 44 datalinier, hver med disse to oplysninger.
Opgavebesvarelse, Resting metabolic rate I filen rmr.txt findes sammenhørende værdier af kropsvægt (bw, i kg) og hvilende stofskifte (rmr, kcal pr. døgn) for 44 kvinder (Altman, 1991 og Owen et.al., Am.
Læs mereOpgavebesvarelse, brain weight
Opgavebesvarelse, brain weight (Matthews & Farewell: Using and Understanding Medical Statistics, 2nd. ed.) For 20 nyfødte mus er der i tabellen nedenfor anført oplysning om kuldstørrelsen (fra 3 til 12
Læs mereVejledende besvarelse af hjemmeopgave, forår 2018
Vejledende besvarelse af hjemmeopgave, forår 2018 Udleveret 12. februar, afleveres senest ved øvelserne i uge 10 (6.-9.marts) I forbindelse med reagensglasbehandling blev 100 par randomiseret til to forskellige
Læs mere