Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit

Oktober 2013 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit Version 1 72 Kvalitativ in vitro-diagnostik Til brug sammen med QIAsymphony SP/AS- og Rotor-Gene Q-instrumenter 4572366 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, TYSKLAND Fremstiller R2 for QIAGEN 1075376DA Sample & Assay Technologies

QIAGEN Sample and Assay Technologies QIAGEN er den førende leverandør af innovative prøve- og analyseteknologier, der muliggør isolation og detektion af indholdet i enhver biologisk prøve. Vores avancerede højkvalitetsprodukter og -service garanterer succes fra prøve til resultat. QIAGEN sætter standarder i: Oprensning af DNA, RNA og proteiner Nukleinsyre- og proteinanalyser mikrorna-undersøgelser og RNAi Automatisering af prøve- og analyseteknologier Vores opgave er at sætte dig i stand til at opnå enestående succes og gennembrud. For yderligere information henvises der til www.qiagen.com.

Indhold Tilsigtet anvendelse 4 Resumé og forklaring 4 Patogeninformation 4 Funktionsprincip 4 Medfølgende materialer 6 Kittets indhold 6 Påkrævede materialer, der ikke medfølger 6 Advarsler og forholdsregler 8 Sikkerhedsoplysninger 8 Almene forsigtighedsregler 10 Opbevaring og håndtering af reagenser 10 Håndtering og opbevaring af prøver 10 Procedure 12 Kontroller 13 Klargøring af bærer-rna (CARRIER) og intern kontrol (C. difficile Internal Control) 13 Analysekontrolsæt og analyseparametersæt 15 Protokol DNA-isolering og analyseopsætning på QIAsymphony SP/AS 16 PCR på Rotor-Gene Q-instrument 27 Tolkning af resultater 32 Fejlfindingsguide 37 Kvalitetskontrol 42 Begrænsninger 43 Ydeevnekarakteristikker 43 Litteraturhenvisninger 43 Symboler 43 Kontaktinformation 44 Bestillingsinformation 45 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 3

Tilsigtet anvendelse artus C. difficile QS-RGQ-kittet er en in vitro-polymerasekædereaktionsanalyse (PCR-analyse) til anvendelse sammen med QIAsymphony SP/AS- og Rotor Gene Q-instrumenter til kvalitativ detektion af toksikogent Clostridium difficile toksin A- og toksin B-gener i humane væsker eller blød afføring fra patienter, som er under mistanke for at have Clostridium difficile-associeret sygdom. Testen er beregnet til anvendelse direkte på patientprøver. artus C. difficile QS-RGQ-kittet er beregnet som en hjælp ved diagnosticering af Clostridium difficile-infektion. Resumé og forklaring Artus QS-RGQ-kittet udgør et brugsklart system til detektion af C. difficile-dna ved hjælp af polymerasekædereaktion (PCR) på Rotor-Gene Q-instrumenter med prøveklargøring og analyseopsætning ved hjælp af QIAsymphony SP- og AS-instrumenter. Patogeninformation Clostridium difficile (C. difficile) er den mest almindelige årsag til nosokomiel diarré og har vist sig at udgøre 48 % af alle nosokomielle gastrointestinale infektioner i Europa (1). Infektion med C. difficile kan føre til mere alvorlige komplikationer, hvis den ikke behandles korrekt, herunder pseudomembranøs colitis og toksisk megacolon. Patienter, som har risiko for en C. difficileinfektion, er patienter med høj alder, patienter, som har været indlagt på hospital i længere tid, og patienter med tidligere eksponering for antibiotika (2). Patogeniciteten af toksikogene stammer af C. difficile skyldes 2 proteintoksiner, toksin A (tcda) og toksin B (tcdb). Både toksin A og toksin B bidrager til diarré ved at forårsage inflammation af colon og væsketab på grund af beskadigelse af epitelet. Desuden er de sværere C. difficile-infektioner og den øgede mortalitet som følge heraf henført til fremkomsten af en hypervirulent stamme, klassificeret som NAP1/027/B1, efterhånden som denne stamme bliver mere udbredt over hele verden (2). Funktionsprincip C difficile Master A og C. difficile Master B indeholder reagenser og enzymer til specifik amplifikation af målregioner i generne tcda, tcdb og tcdbv i toksikogen 4 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

C. difficile-genomer og til direkte detektion af det specifikke amplikon i fluorescenskanalerne Cycling Orange og Cycling Green på Rotor-Gene Q- instrumenter. Desuden indeholder artus C. difficile QS-RGQ-kittet et ekstra heterologt kontrolsystem til identifikation af mulige fejl under hele analyseprocessen. Dette detekteres som en intern kontrol (IC) i fluorescenskanalen Cycling Crimson på Rotor-Gene Q-instrumenter. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 5

Medfølgende materialer artus C. difficile QS-RGQ-kittets indhold er tilstrækkeligt til 72 test i et til tre batch af 24 reaktioner på QIAsymphony RGQ. Rotor-Gene Q-instrumentets rotor kan indeholde op til 72 reagensglas. Kittets indhold artus C. difficile QS-RGQ-kit (72) Katalognr. 4572366 Antal reaktioner 72 Blåt C. difficile Master A 3 x 330 µl Violet C. difficile Master B 3 x 600 µl Grønt Rødt C. difficile Internal Control (C. difficile intern kontrol) C. difficile Positive Control (C. difficile positiv kontrol) 3 x 540 µl 3 x 330 µl Hvidt C. difficile Negative Control (C. difficile negativ kontrol) 3 x 330 µl artus C. difficile QS-RGQ Kit Handbook (Håndbog til artus C. difficile QA-RGQ-kit) (engelsk version) 1 Påkrævede materialer, der ikke medfølger Når der arbejdes med kemikalier, skal der altid bæres egnet laboratoriekittel, engangshandsker og beskyttelsesbriller. Der findes mere information i de tilhørende sikkerhedsdatablade (safety data sheets, SDS'er), som kan fås hos den pågældende leverandør. Forbrugsartikler og reagenser til forbehandling af prøver PurFlock Ultra Flocked Swab (PurFlock Ultra-børstepodepind) (Puritan Medical Products Company LLC, katalognr. 25-3306-U) Buffer ATL, 4 x 50 ml (katalognr. 939016) 6 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Adaptere til QIAsymphony SP Elueringsmikrorørsrack QS (Cooling Adapter, EMT, v2, Qsym, (køleadapter, EMT, v2, Qsym) katalognr. 9020730) i kombination med QIAsymphony SP/AS-overførselsrammen Rørindsats 3B (Insert, 2.0 ml v2, samplecarr. (24), Qsym (indsats, 2,0 ml v2, prøveholder), katalognr. 9242083) Forbrugsartikler og reagenser til QIAsymphony SP QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini-kit) (katatalognr. 937036) Buffer ATL, 4 x 50 ml (katalognr. 939016) Sample Prep Cartridges, 8-well (prøveklarg. beholdere, 8-brønds) (katalognr. 997002) 8-Rod Covers (8-stavs dæksler) (katalognr. 997004) Filter-Tips, 1500 µl (filterspidser, 1.500 µl) (katatalognr. 997024) Filter-Tips, 200 µl (filterspidser, 200 µl) (katalognr. 990332) Elution Microtubes CL (EMTR) (elueringsmikrorør CL (EMTR)) (katalognr. 19588) Tip disposal bags (spidsaffaldsposer) (katalognr. 9013395) Micro tubes 2.0 ml Type H (mikrorør 2,0 ml type H) uden krave (katalognr. 72.693) eller Micro tubes 2.0 ml Type I (mikrorør 2,0 ml type I) med krave (Sarstedt, katalognr. 72.694, www.sarstedt.com) til brug sammen med prøver og interne kontroller Tubes (rør) 14 ml, 17 x 100 mm af polystyren med rund bund (Becton Dickinson, katalognr. 352051) til brug sammen med interne kontroller Adaptere og reagensholdere til QIAsymphony AS Reagensholder 1 QS (Cooling Adapter, Reagent holder 1, Qsym (køleadapter, reagensholder 1, Qsym), katalognr. 9018090) RG-striprør 72 QS (Cooling Adapter, RG Strip Tubes 72, Qsym (køleadapter, RG-striprør 72, Qsym), katalognr. 9018092) Forbrugsartikler til QIAsymphony AS Strip Tubes and Caps 0.1 ml (striprør og hætter, 0,1 ml) (katalognr. 981103) Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 7

Tubes, conical, 2 ml, Qsym AS (rør, koniske, 2 ml, Qsym AS) (997102) Tubes, conical, 5 ml, Qsym AS (rør, koniske, 5 ml, Qsym AS) (997104) Filter-Tips, 1500 µl (filterspidser, 1.500 µl) (katatalognr. 997024) Filter-Tips, 200 µl (filterspidser, 200 µl) (katalognr. 990332) Filterspidser, 50 µl (katalognr. 997120) Tip disposal bags (spidsaffaldsposer) (katalognr. 9013395) Almindeligt laboratorieudstyr Pipetter (justerbare)* og sterile pipettespidser med filtre Vortex-mixer* Bordcentrifuge* med rotor til 2 ml reagensglas Udstyr til for prøve klargøring og analyseopsætning QIAsymphony SP (katalognr. 9001297),* softwareversion 4.0 eller højere QIAsymphony AS (katalognr. 9001301),* softwareversion 4.0 eller højere Udstyr til PCR Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-instrument Rotor-Gene AssayManager version 1.0 eller højere Advarsler og forholdsregler Til in vitro-diagnosticering Sikkerhedsoplysninger Når der arbejdes med kemikalier, skal der altid bæres egnet laboratoriekittel, engangshandsker og beskyttelsesbriller. Der henvises til de relevante sikkerhedsdatablade (SDS'er) for yderligere information. De findes online i bekvemt og kompakt pdf-format på www.qiagen.com/safety, hvor * Sørg for, at instrumenterne regelmæssigt kontrolleres og kalibreres efter producentens anvisninger. Hvis relevant, Rotor-Gene Q 5plex HRM-instrument med produktionsdato i januar 2010 eller senere. Produktionsdatoen kan ses af serienummeret bag på instrumentet. Serienummeret har formatet mmåånnn, hvor mm er produktionsmåneden med tal, åå er de to sidste cifre i produktionsåret, og nnn er det unikke instrument-id. 8 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

sikkerhedsdatabladene til hvert QIAGEN-kit og hver kitkomponent kan læses og udskrives. Vedrørende sikkerhedsinformation for QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Minikittet henvises der til Brugsanvisning (håndbog) til QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini-kittet (QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit Instructions for Use (Handbook)). Vedrørende sikkerhedsinformation for instrumenterne henvises der til QIAsymphony SP/AS Brugervejledning Generel beskrivelse (QIAsymphony SP/AS User Manual General Description), QIAsymphony SP/AS Brugervejledning Betjening af QIAsymphony SP (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP), QIAsymphony SP/AS Brugervejledning Betjening af QIAsymphony AS (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS), QIAsymphony Management Console Brugervejledning (QIAsymphony Management Console User Manual), Rotor-Gene AssayManager Core Application Brugervejledning (Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual), artus Basic Plug-in Brugervejledning (artus Basic Plug-in User Manual) og brugervejledningen, som følger med Rotor-Gene Q-instrumentet. Prøvepræparat- og analyseaffald bortskaffes ifølge de lokale sikkerhedsregler. Følgende risiko- og sikkerhedssætninger (R- og S-sætninger) gælder for komponenterne i artus C. difficile QS-RGQ-kittet: C. difficile Positive Control (C. difficile positiv kontrol): Xi Indeholder ProClin : Lokalirriterende. Risiko- og sikkerhedssætninger:* R43, S24-36/37/39-46. 24-timers nødoplysninger Hjælp i forbindelse med et kemisk nødstilfælde eller uheld er tilgængelig døgnet rundt hos: CHEMTREC Uden for USA & Canada Tlf.: +1-703-527-3887 (også modtager betaleropkald) * R43: Kan give overfølsomhed ved kontakt med huden, S24: Undgå kontakt med huden, S36/37/39: Brug særligt arbejdstøj, egnede beskyttelseshandsker og briller/ansigtsskærm, S46: Ved indtagelse, kontakt omgående læge og vis denne beholder eller etiket. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 9

Almene forsigtighedsregler Du skal altid være opmærksom på følgende: Brug sterile pipettespidser med filtre. Hold om muligt rørene lukket under manuelle trin, og undgå kontaminering. Optø alle komponenter omhyggeligt ved stuetemperatur (15-25 C) før start af en analyse. Efter optøning skal komponenterne blandes (ved at pipettere op og ned flere gange eller ved impuls-votex) og centrifugeres kort. Sørg for, at der ikke er noget skum eller nogen bobler i reagensglassene. Bland ikke komponenter fra kit med forskellige lotnumre. Følg universelle forholdsregler. Alle patientprøver skal betragtes som potentielt smittefarlige og håndteres i henhold hertil. Sørg for, at de nødvendige adaptere forkøles til 2-8 C. Arbejd hurtigt, og hold PCR-reagenserne på is eller i køleblok før påfyldning. Fortsæt kontinuerligt fra den ene del af arbejdsgangen til den næste. Overskrid ikke 30 minutters overførselstid mellem QIAsymphony AS- og Rotor-Gene Q-instrumentet). Kontrollér, at der er udført vedligeholdelse, og at de dele, som kan udskiftes (f.eks. spidsbeskyttere), er sat på igen. Opbevaring og håndtering af reagenser Komponenterne i artus C. difficile QS-RGQ-kittet skal opbevares ved 10 til 30 C og er stabile indtil den udløbsdato, der er angivet på etiketten. Gentagne optøninger og nedfrysninger (>3 x) bør undgås, da det kan reducere analysens nøjagtighed. Alle reagenser, som er sat i QIAsymphony AS, må kun anvendes i den pågældende kørsel. Restkomponenterne må ikke fjernes og anvendes til en ny PCR. Håndtering og opbevaring af prøver Information om håndtering og opbevaring af prøver af humane væsker eller blød afføring er anført i tabel 1. Alle prøver skal behandles som potentielt infektiøst materiale. 10 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Tabel 1. Håndtering, opbevaring og klargøring af prøver af humane væsker eller blød afføring Prøveudtagning Prøvetransport Prøveopbevaring (herunder tid til transport) Prøveklargøring Prøver af humane væsker eller blød afføring tages med en børstepodepind (PurFlock Ultra Flocked Swab (Puritan Medical Products Company LLC, katalognr. 25-3306-U)) Knusningssikker transport Forsendelse senest 24 timer efter udtagning Forsendelse med post i henhold til de lovbefalede vejledninger for transport af patogent materiale* Prøverne skal sendes på køl (2 til 8 C) 2-8 C i op til 7 dage 10 til 30 C i op til 30 dage 1. Indfør en børstepodepind (PurFlock Ultra Flocked Swab (Puritan Medical Products Company LLC, katalognr. 25-3306-U)) i afføringsprøven. 2. Anbring podepinden i et Sarstedt 2.0 ml Micro tube Type H (2,0 ml mikrorør, type H) uden krave (katalognr. 72.693) eller Sarstedt Micro tube 2.0 ml Type I (mikrorør 2,0 ml, type I) med krave (katalognr. 72.694) fyldt med 1.500 µl Buffer ATL (ATL). Roter for at fjerne prøve fra podepinden. 3. Fjern og bortskaf podepinden. 4. Sæt hætte på røret. Puls-vortex og centrifuger kort. *International Air Transport Association (IATA). Dangerous Goods Regulations (Regler vedrørende transport af farligt gods). Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 11

Procedure Tabel 2. Generel information Kit artus C. difficile QS-RGQ Kit, 4572366 Prøvemateriale Front-end-oprensning Prøvevolumen (inklusive overskydende volumen) Analyseparametersæt Human væske eller blød afføring (defineret som afføring, der antager beholderens form) QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (katatalognr. 937036) 1.500 µl artus_c.diff_stool200_v1 Standardanalysekontrolsæt ACS_Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile Elueringsvolumen 110 µl Krævet QIAsymphonysoftwareversion Krævet QIAsymphony SP/AS-konfigurationsprofil Version 4.0 eller højere Standardprofil 1 Masterblandingsvolumen 25 µl Skabelonvolumen 15 µl Antal reaktioner Kørselstid på QIAsymphony SP/AS Kørselstid på Rotor-Gene Q- instrument 24-72* (inkl. alle kontroller, som skal sættes i QIAsymphony SP og QIAsymphony AS) Til 24 reaktioner: ca. 90 minutter Til 72 reaktioner: ca. 280 til 290 minutter Ca. 120 minutter * Sørg for, at grænsen på 72 reaktioner og 1 analyserackadapter ikke overskrides. Undgå forlænget inkubationstid (>30 minutter) mellem gennemførelse af analysekørslen og overførsel til Rotor-Gene Q-instrumentet. 12 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Kontroller Positiv kontrol C. difficile Positive Control (som følger med artus C. difficile QS-RGQ-kittet) monitorerer effektiviteten af prøveklargøring og downstsreamanalysen. Denne positive kontrol sættes i QIAsymphony SP før DNA-oprensning (se side 21 for nærmere oplysninger om isætning af den positive kontrol). Negativ kontrol C. difficile Negative Control (som følger med artus C. difficile QS-RGQ-kittet) sættes i QIAsymphony SP før DNA-oprensning i stedet for en patientprøve og hjælper med at identificere kontaminering under prøveklargøring og/eller downstreamanalyse (se side 21 for nærmere oplysninger om isætning af den negative kontrol). Klargøring af bærer-rna (CARRIER) og intern kontrol (C. difficile Internal Control) Brug af QIAsymphony DSP Virus/Pathogen-kit i kombination med artus C. difficile QS-RGQ-kit kræver indføring af den interne kontrol (C. difficile Internal Control), som består af inaktiveret, intakt Geobacillus stearothermophilus, i oprensningsproceduren for at monitorere effektiviteten af prøveklargøringen og downstreamanalysen. Den interne kontrol (C. difficile Internal Control), som følger med artus C. difficile QS-RGQ-kittet, skal tilsættes ved bærer-rna (CARRIER) Buffer AVE (AVE)-blanding. Det totale volumen af intern kontrol-bærer-rna (CARRIER) Buffer AVE (AVE)-blandingen er 120 µl pr. prøve. Bærer-RNA (CARRIER) Buffer AVE (AVE)-blandingen klargøres ved at tilsætte 1.350 µl Buffer AVE (AVE), som følger med QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini-kittet, for at resuspendere det lyofiliserede bærer-rna (CARRIER). Vend røret for at blande. Til beregning af intern kontrol (IC) anvendes IC Calculator (IC-kalkulatoren) i QIAsymphony Management Console (QMC). Tabel 3 viser tilsætning af intern kontrol til prøven i et forhold på 0,1 µl pr. 1 µl elueringsvolumen. Vi anbefaler at klargøre friske blandinger til hver kørsel umiddelbart før brug. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 13

Tabel 3. Klargøring af bærer-rna (CARRIER) og intern kontrol (C. difficile Internal Control) Komponent n = antal prøver og kontroller n 13 Volumen (µl) (Sarstedt-rør)* n 13 Volumen (µl) (BD-rør) Stambærer-RNA (CARRIER) (n + 3) x 3 (n + 5) x 3 Intern kontrol (C. difficile Internal Control) (n + 3) x 14 (n + 5) x 14 Buffer AVE (AVE) (n + 3) x 103 (n + 5) x 103 Endeligt volumen pr. prøve (eksklusive dødvolumen) 120 120 Samlet volumen for n prøver (n + 3) x 120 (n + 5) x 120 * Micro tubes 2.0 ml Type H (mikrorør 2,0 ml type H) og Micro tubes 2.0 ml Type I (mikrorør 2,0 ml type I) (Sarstedt, katalognr. 72.693 og 72.694). Hvis den interne kontrol klargøres som en stamopløsning i et større rør, multipliceres det samlede volumen for hver komponent med det antal rør med intern kontrol, der anvendes. Intern kontrolblanding, der svarer til 3 yderligere prøver (dvs. 360 µl), er påkrævet. Fyld ikke mere end 1,92 ml i alt i (svarende til maksimalt 13 prøver). Hvis der anvendes mere end 13 reaktioner i mikrorør 2,0 ml, sættes reaktionerne op i et større rør og fyldes i flere rør. Sørg for, at det krævede overskydende volumen på 3 yderligere reaktioner tilsættes. Tubes (rør) 14 ml, 17 x 100 mm af polystyren med rund bund (Becton Dickinson, katalognr. 352051) Intern kontrolblanding, der svarer til 5 yderligere prøver (dvs. 600 µl), er påkrævet. Beregning af blanding med IC Calculator 1. Åbn QMC. 2. Vælg IC Calculator-ikonet. 3. Vælg ACS_Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile i ACS-rullelisten. 4. Indtast det krævede antal prøver. 5. Vælg den labware, der anvendes til den interne kontrol. 6. Vælg et elueringsvolumen på 110 µl. 7. Vælg Internal Control/Eluate (Intern kontrol/eluat) og 0.1 µl (0,1 µl) for intern kontrol-funktion. 8. Tryk på Calculate (Beregn) for at starte beregningen af den interne kontrolblanding. 14 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

IC-kalkulatoren viser forskellige reagensvolumener til den interne kontrolblanding og den rørtype, der skal anvendes, til højre på skærmen. Analysekontrolsæt og analyseparametersæt Analysekontrolsæt er kombinationen af en protokol plus supplerende parametre, f.eks. intern kontrol, til prøveoprensning på QIAsymphony SP. Der er på forhånd installeret et standardanalysekontrolsæt for hver protokol. Analyseparametersæt er kombinationen af en analysedefinition med supplerende parametre defineret, f.eks. replikatælling og antal analysestandarder, til analyseopsætning på QIAsymphony AS. Til den integrerede kørsel på QIAsymphony SP/AS er analyseparametersættet, artus_c.diff_stool200_v1, direkte knyttet til upfront-analysesættet, Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile, som angiver den tilknyttede prøveoprensningsproces. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 15

Protokol: DNA-isolering og analyseopsætning på QIAsymphony SP/AS Vigtige anvisninger før start Sørg for, at du er bekendt med betjeningen af QIAsymphony SP/ASinstrumenterne. Se betjeningsvejledning i de brugervejledninger, der leveres sammen med instrumenterne, og de opdaterede versioner, som er tilgængelige online på www.qiagen.com/products/qiasymphonyrgq.aspx Download applikationspakken fra Protocol Files (Protokolfiler) på fanen Resources (Ressourcer) på webkatalogsiden for artus C. difficile QS-RGQkittet (www.qiagen.com/p/artus-c-difficile-qs-rgq-kit-ce). Før en reagensbeholder (RC) bruges første gang, skal det kontrolleres, at bufferne QSL2 og QSB1 i reagensbeholderen (RC) ikke indeholder et præcipitat. Fjern om nødvendigt de brønde, der indeholder bufferne QSL2 og QSB1, fra reagensbeholderen (RC), og inkuber i 30 minutter ved 37 C med jævnlig omrystning for at opløse præcipitatet. Sørg for at sætte brøndene ind på de rigtige pladser igen. Hvis reagensbeholderen (RC) allerede er gennembrudt, skal du sikre dig, at brøndene er forseglet med genbrugsforseglingsstrips, og derefter inkuberes hele reagensbeholderen (RC) i 30 minutter ved 37 C med jævnlig omrystning i vandbad.* Lad prøverne køle ned til stuetemperatur (15-25 C). Kontrollér, at Buffer ATL (ATL) ikke indeholder et præcipitat. Hvis der er dannet præcipitat, opløses det ved at opvarme bufferen ved 70 C med forsigtig omrøring i vandbad.* Aspirer bobler fra overfladen, og lad bufferen køle ned til stuetemperatur (15-25 C). Forsøg at undgå for voldsom omrystning af reagensbeholderen (RC). Ellers kan der dannes skum, hvilket kan medføre problemer med detektion af væskestanden. Arbejd hurtigt, og hold PCR-reagenserne på is eller i køleblok før påfyldning. Reagensvolumenerne er optimeret til 3 af 24 reaktioner pr. kit pr. kørsel. Sørg for, at eluater fra prøveklargøringen og alle komponenter af artus C. difficile QS-RGQ-kittet bliver på instrumentet i højst den tid, der normalt kræves til prøveoprensning og analyseopsætning af 72 analysereaktioner, inklusive op til 30 minutters overførselstid fra QIAsymphony AS til Rotor- Gene Q-instrumentet. * Sørg for, at instrumenterne regelmæssigt kontrolleres og kalibreres efter producentens anvisninger. 16 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Ting, der skal gøres før start Før hver brug skal alle analysereagenser i artus C. difficile QS-RGQ-kittet tøs helt op, blandes (ved gentagen op- og nedpipettering eller hurtig vortexblanding) og centrifugeres i mindst 3 sek. Undgå, at der dannes bobler eller skum i reagenserne. Klargør alle nødvendige blandinger. Klargør om nødvendigt blandinger, der indeholder bærer-rna (CARRIER) og interne kontroller, lige før start. Der henvises til Klargøring af bærer-rna (CARRIER) og intern kontrol (C. difficile Internal Control), side 13 for yderligere oplysninger. Før en integreret kørsel startes, skal det kontrolleres, at alle instrumenter er rene, og at de dele, der kan udskiftes, er monteret (f.eks. spidsbeskyttere) som beskrevet i vedligeholdelsesvejledningen i QIAsymphony SP/AS Brugervejledning Generel beskrivelse, QIAsymphony SP/AS Brugervejledning Betjening af QIAsymphony SP, QIAsymphony SP/AS Brugervejledning Betjening af QIAsymphony AS og QIAsymphony Management Console Brugervejledning, som følger med. Sørg for at udføre vedligeholdelse jævnligt for at minimere risikoen for krydskontaminering. Sørg for, at QIAsymphony-procesprofilen Default Profile 1 (Standardprofil 1) er aktiv. Den valgte profil er vist nederst til højre på berøringsskærmen. Profilen kan ændres i menuen Configuration (Konfiguration) på fanen Tools (Funktioner) af en bruger, der er logget ind som Supervisor (Supervisor). Procedure 1. Luk alle skuffer og stinkskabene på QIAsymphony SP/AS. 2. Tænd for instrumentet, og vent, til skærmen Sample Preparation (Prøveklargøring) vises, og initialiseringsproceduren er færdig. Afbryderkontakten sidder i nederste venstre hjørne af QIAsymphony SP. 3. Log ind på instrumentet. 4. Klargør skuffen Waste (Affald) på QIAsymphony SP. Åbn Waste -skuffen. Tøm og indsæt flaske til flydende affald. Husk at fjerne låget, før flasken til flydende affald anbringes i skuffen. Indsæt spidsskakten. Bemærk: Der skal anvendes forskellige spidsskakter til bordbrug og til QIAsymphony Cabinet SP/AS-brug. Isæt spidsparkeringsstation. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 17

Indsæt tomme enhedsbokse (se tabel 4 og figur 1). Sørg for, at der er mindst én tom enhedsboks i plads 4 (nærmest dig). Isæt en tom spidsaffaldspose (under affaldsskuffen til bordbrug eller i affaldsbeholderen til QIAsymphony Cabinet SP/AS-brug). Luk Waste -skuffen, og udfør en indholdsscanning. Tabel 4. Nødvendige plastartikler til 1-3 prøvebatch Tomme enhedsbokse Et batch, 24 prøver To batch, 48 prøver Tre batch, 72 prøver 2 3 4 Figur 1. Enhedsbokses placering. 5. Fyld skuffen Eluate (Eluat) Anbring adapteren (elueringsmikrorørsrack QS) på overførselsrammen. Åbn Eluate -skuffen. Anbring adapteren og overførselsrammen samlet på plads 1 i Eluate - skuffen. Vælg Elution Slot 1 (Elueringsplads 1) på berøringsskærmen. Fjern bunden fra elueringsmikrorørs-cl-racket ved at dreje racket, indtil bunden kommer ud. Scan stregkoden på elueringsmikrorørs-cl-racket ved hjælp af den håndholdte stregkodescanner. Sæt racket i adapteren på Elution Slot 1. Tag låget af elueringsmikrorørs-cl-racket. Luk Eluate -skuffen. 18 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Tryk på OK. Vent, indtil scanningen er slut. 6. Indsæt skuffen Reagents and Consumables (Reagenser og forbrugsartikler) (figur 2). Åbn skuffen Reagents and Consumables. Før reagensbeholderen (RC) bruges første gang, skal det kontrolleres, at bufferne QSL2 og QSB1 i beholderen (RC) ikke indeholder et præcipitat. Hvis buffer QSL2 og QSB1 indeholder et præcipitat, følges vejledningen på side 16. Bemærk: Forsøg at undgå for voldsom omrystning af reagensbeholderen (RC), ellers kan der dannes skum, hvilket kan medføre problemer med detektion af væskestanden. Anbring reagensbeholderen (RC) i den grå holder til reagensbeholderen. Kontrollér, at magnetpartiklerne er fuldt resuspenderede. Vortex brønden med magnetpartiklerne kraftigt i mindst 3 minutter før brug. Anbring brønden med magnetpartiklerne i reagensbeholderen (RC) igen. Før reagensbeholderen (RC) isættes, fjernes dækslet fra brønden, der indeholder magnetpartiklerne. Åbn enzymrørene. Anbring enzymrørenes låg på hætteholderne på den grå holder til reagensbeholderen. Bemærk: Hvis enzymrørene indeholder luftbobler, skal de aspireres fra overfladen. Anbring enzymracket (ER) på reagensbeholderen (RC). Anbring gennembrydningslåget (PL) på reagensbeholderen (RC), og klik det forsigtigt på plads. Anbring de(n) klargjorte reagensbeholder(e) på position RC 1 og/eller RC 2. En ny reagensbeholder (RC) er nok til op til 96 prøver. Tryk på knappen R+C på berøringsskærmen. Tryk på knappen Bottle ID (Flaske-id). Tryk på tekstfeltet, og scan stregkoden på Buffer ATL (ATL)-flasken ved hjælp af den håndholdte stregkodescanner. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 19

Figur 2. Reagensers og forbrugsartiklers placering på QIAsymphony SP. Åbn flasken med Buffer ATL (ATL), og kontrollér, at den ikke indeholder et præcipitat. Hvis Buffer ATL (ATL) indeholder et præcipitat, følges vejledningen på side 16. Anbring flasken med Buffer ATL (ATL) på position B1, som er ved siden af reagensbeholderplads 1 (RC 1) (position 1 på ovenstående foto). Isæt tilstrækkeligt med rack med 200 µl filterspidser til engangsbrug i spidsrackholderposition 1-4 (se tabel 5 side 21). Isæt tilstrækkeligt med rack med 1.500 µl filterspidser til engangsbrug i spidsrackholderposition 5-18 (se tabel 5 side 21). Sørg for at klikke alle rack på plads. Bemærk: Vi anbefaler, at der isættes flere filterspidser end krævet i hver størrelse, så der er tilstrækkeligt med filterspidser til rådighed til automatisk fejlhåndtering. Tag låget af enhedsboksene til prøveklargøringsbeholderne, og isæt tilstrækkeligt med prøveklargøringsbeholdere i enhedsboksholderposition 1-3 (se tabel 5 side 21). Tag låget af enhedsboks til 8-stavs dækslerne, og fyld enhedsboksen med tilstrækkeligt med 8-stavs dæksler i enhedsboksholderposition 4 (se tabel 5 side 21). Bemærk: Forbrugsartikler af plast kan flytte sig under transport eller opbevaring. Kontrollér, at alle plastartikler sidder korrekt i enhedsboksen, før den sættes i QIAsymphony SP. Tryk på OK på forbrugsartikelskærmen. Luk skuffen Reagents and Consumables. 20 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Tabel 5. Nødvendige plastartikler til 1-3 prøvebatch Et batch, 24 prøver* To batch, 48 prøver* Tre batch, 72 prøver* Engangsfilterspidser, 200 µl 34 (1 rack) 60 (2 rack) 86 (3 rack) Engangsfilterspidser, 1.500 µl 123 (4 rack) 205 (7 rack) 295 (10 rack) Prøveklargøringsbeholdere 18 36 54 8-stavs dæksler 3 6 9 *Der skal bruges flere engangsfilterspidser til udførelse af mere end en indholdsscanning. Der er 32 filterspidser/spidsrack, 28 prøveklargøringsbeholdere/enhedsboks og 12 8- stavs dæksler/enhedsboks. Antal nødvendige filterspidser indeholder filterspidser til en indholdsscanning pr. reagensbeholder. 7. Fyld Sample -skuffen (rørholder) med de positive og negative kontroller. Anbring røret med C. difficile Positive Control (som følger med artus C. difficile QS-RGQ-kittet) i position 1 i den første prøveholder (brug rørindsats 3B til 2 ml mikrorør). Anbring røret med C. difficile Negative Control (som følger med artus C. difficile QS-RGQ-kittet) i position 2 i den første prøveholder (brug rørindsats 3B til 2 ml mikrorør). Bemærk: Sørg for at anbringe positive og negative kontroller i den korrekte position. Rotor-Gene AssayManager importerer ikke resultatfilen, hvis de positive og negative kontroller anbringes i en anden position. Sæt ikke kontroller i flere holdere til det samme AS-batch. 8. Fyld Sample -skuffen (rørholder) med prøver. Sæt de klargjorte prøver (se side 11) i 2 ml mikrorør i den prøverørsholder, kontrollerne allerede er anbragt i (brug rørindsats 3B til 2 ml mikrorør). Hvis det er nødvendigt, klargøres yderligere prøverørsholdere på samme måde, men uden kontroller. Bemærk: Hvis prøverne indeholder stregkoder, skal rørholderen vende, så stregkoderne er fuldt synlige. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 21

Kontrollér, at prøve- og kontrolrørene er korrekt isat og klikket på plads. Sæt alle prøveholdere på plads 1-4 i Sample -skuffen. LED-lampen bliver orange, hvis de er isat korrekt. 9. Brug opsætningen Integrated run (Integreret kørsel) på QIAsymphonyberøringsskærmen til at indlæse de nødvendige oplysninger for hvert prøvebatch, der skal behandles. Tryk på fanen Integrated Run på berøringsskærmen. Tryk på Define run (Definer kørsel). Vælg SP Batch 1 (eller det relevante batchnummer for prøveholder med Full Process Controls (Fulde proceskontroller), hvis der udføres kontinuerlig isætning). Tryk på Edit samples (Rediger prøver). Sørg for, at den korrekte labware er knyttet til prøverne. Ret labwaretilknytningen, hvis det er nødvendigt. Tryk på ID/Type (Id/type). Vælg den første position, og tryk på Sample ID (Prøve-id). Tryk på tekstfeltet, indtast C. difficile Positive Control, og tryk på OK. Vælg den første position, og tryk på EC+. Vælg den anden position, og tryk på Sample ID. Tryk på tekstfeltet, indtast C. difficile Negative Control, og tryk på OK. Vælg den anden position, og tryk på EC. Ret eventuelle stregkodefejl for prøve- og indsats-id'er. Tryk på OK. Bemærk: Knyt ikke prøvetypen EC+ eller EC til andre rør end den positive og negative kontrol, der følger med artus C. difficile QS-RGQ-kittet. Rotor-Gene AssayManager afviser kørsler med forkerte kontrolmønstre. Hvis du yderligere behandler tidligere karakteriserede prøver sammen med testprøverne, skal du huske at knytte sample type (prøvetype) sample (prøve) til disse prøver. 10. Definer de(n) analyse(r), der skal køres. Tryk på den tilsvarende SP Batch -knap. Tryk på Define assays (Definer analyser). Vælg de prøver, der skal behandles med analysen. 22 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Vælg analysen artus_c.diff_stool200_v1 under kategorien artus QS- RGQ. Tryk på OK. Gentag trin 10 for alle batch og prøver, der skal behandles. 11. Definer QIAsymphony AS-batchet. Vælg alle batch, der skal behandles som en integreret QIAsymphony RGQ-kørsel. Tryk på Create AS batch (Opret AS-batch). Bemærk: Alle QIAsymphony SP-batch, som er knyttet til det samme QIAsymphony AS-batch (integreret QIAsymphony RGQ-kørsel) behandles i den samme analyseopsætningsprocedure. Tryk på OK for at sætte kørslen i kø. 12. Fyld Sample -skuffen med den interne kontrolblanding. Anbring de(t) tidligere klargjorte rør med intern kontrolblanding (se side 13) i prøveholderen (brug rørindsats 3B til 2 ml mikrorør). Sæt prøveholderen på plads A i Sample -skuffen. 13. Definer de interne kontrolpositioner. Tryk på knappen Define ICs (Definer interne kontroller). Vælg positionerne til den interne kontrolblanding. Vælg den tilsvarende interne kontrol Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile fra mappen Required (Kræves). Sørg for, at den korrekte labware er tilknyttet. Hvis ikke, rettes labwaretilknytningen ved at trykke på IC Tubes (Interne kontrolrør). Tryk på OK. 14. Start kørslen. Tryk på knappen Run (Kør) for at starte kørslen. Læs og bekræft den viste meddelelse. Vi anbefaler, at du venter ved siden af instrumentet, indtil det har udført væskeniveaudetektion i de interne kontrolrør (QIAsymphony SPholderstatus ændres til running (kører)). Bemærk: Du må ikke holde pause i eller stoppe kørslen under behandling (medmindre der opstår en nødsituation), da det vil føre til, at prøverne og analysereaktionerne markeres som unclear (uklare). Rotor-Gene AssayManager gør unclear -analysereaktioner ugyldige. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 23

Bemærk: Det er muligt at isætte prøver kontinuerligt og føje dem til den aktuelle kørsel (indtil der er isat reagenser) eller til en ny QIAsymphony RGQ-kørsel. Fyldning af QIAsymphony AS-skufferne til analyseopsætning 15. Isæt en tom spidsaffaldspose og spidsskakter. Isæt en tom spidsaffaldspose under Waste -skuffen til bordbrug eller i affaldsbeholderen til QIAsymphony SP/AS-brug). Åbn skufferne Eluate and Reagents (Eluat og reagenser) og Assays (Analyser) i QIAsymphony AS. Åbn stinkskabet, og indsæt spidsskakten i instrumentet. Bemærk: Der skal anvendes forskellige spidsskakter til bordbrug og til QIAsymphony Cabinet SP/AS-brug. Luk stinkskabet, og læs og bekræft meddelelse. 16. Fyld Assays -skuffen med analyserack. Tryk på plads 5 Assay (gul). Fyld det krævede antal striprør (4 rør = 1 segment) i en forkølet Rotor- Gene Strip Tubes 72 QS-køleadapter som angivet på berøringsskærmen. Bemærk: Isæt hele striprør. Knæk ikke striprørene. Isæt adapter med striprør på plads 5 i Assays -skuffen. Tryk på Rack ID (Rack-id) på berøringsskærmen, indtast et brugerdefineret rack-id, og tryk på OK. Bemærk: Det er også muligt at benytte den automatiske id-funktion. Tryk på "Load" (Isæt). 17. Fyld Assays - og Eluate and Reagents -skuffen med filterspidser. Isæt mindst det antal filterspidser, der er anført på skærmen Assay Setup Loading Information (Analyseopsætning Fyldningsinformation). Bemærk: Begynd at isætte spidsrack fra positionerne bagest (ved køleadapterne). I sjældne tilfælde kan pipetteringshovedet måske ikke nå nogle positioner mod stinkskabet, og det kan få instrumentet til automatisk at holde pause. Vi anbefaler, at der isættes flere filterspidser i hver størrelse end krævet, så der er tilstrækkeligt med filterspidser til rådighed til automatisk fejlhåndtering. 24 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

18. Fyld Eluate and Reagents -skuffen med reagenser. Før hver brug skal alle analysereagenser tøs helt op, blandes og centrifugeres i mindst 3 sek. Undgå, at der dannes bobler eller skum i reagenserne (se proceduren i afsnittet Vigtige anvisninger før start på side 16). Tryk på plads 3 Reagent (Reagens) (gul) på berøringsskærmen. Klargør en forkølet reagensholder som krævet på berøringsskærmen. Vælg rørpositionerne på berøringsskærmen, isæt et tomt rør til masterblandingen, og fyld mindst det krævede volumen af de korrekte reagenser i de krævede rør på de tilsvarende positioner som angivet på berøringsskærmen. Bemærk: Det kan være nødvendigt at kombinere de samme reagenstyper (C. difficile Master A eller C. difficile Master B) i et rør, hvis det krævede volumen er større end fyldningvolumen for de tilsvarende reagenser. Et rør af C. difficile Master A og af C. difficile Master B er tilstrækkeligt til 24 QIAsymphony SP-eluater (inkl. kontroller). Bemærk: Viskøse reagenser kan være svære at håndtere med manuelle pipetter. Sørg for at overføre hele volumen af C. difficile Master A og C. difficile Master B i de respektive rør. Bemærk: Du kan også vælge List View (Listeoversigt) på berøringsskærmen og klargøre reagensadapteren i henhold til denne. Der kan også downloades en Loading Information File (Fyldningsinformationsfil) via QMC eller USB-porten (og udskrives), efter at QIAsymphony AS-batchet er defineret og sat i kø. Tryk på knappen Scan Kit Barcode (Scan kitstregkode) på berøringsskærmen, og tryk på den lyseblå kitstregkodelinje. Tryk på tekstfeltet, og scan kitstregkoden på oversiden af artus C. difficile QS-RGQ-kittet ved hjælp af den håndholdte stregkodescanner. Isæt den klargjorte reagensadapter på plads 3 i Eluate and Reagents - skuffen. Tryk på knappen Load (Isæt). Luk begge skuffer. Tryk på Scan for at åbne scanningsdialogboksen. Tryk på Scan for at udføre en indholdsscanning af alle QIAsymphony AS-komponenter. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 25

Bemærk: Vi anbefaler, at du venter ved instrumentet, indtil scanningen er færdig. Analyseopsætning starter automatisk, når prøveklargøringen på QIAsymphony SP er færdig. 19. Kontrollér tidspunktet for afslutningen af QIAsymphony AS-batchet for at fjerne analyseracket. Når QIAsymphony AS-scanningen er færdig, vises den beregnede tid for den integrerede kørsel på skærmen Integrated Run Overview (Oversigt over integreret kørsel). Den maksimalt tilladte tid fra QIAsymphony AS-kørslens afslutning til start af Rotor-Gene Q- instrumentkørslen er 30 minutter. Sørg for at overføre analyseracket til Rotor-Gene Q-instrumentet senest 30 minutter efter, at analysekørslen er færdig. Fjernelse af analyserack og overførsel af resultatfil 20. Fjern QIAsymphony AS-batchet og analyseracket. Åbn skufferne Assays og Eluate and Reagents. Fjern adapteren med striprørene, og luk rørene med de relevante hætter. Tryk på plads 5 Assay. Tryk på knappen Remove (Fjern). Fjern reagensadapteren, og bortskaf reagenserne ifølge de lokale sikkerhedsregler. Tryk på plads 3 Reagent. Tryk på Remove -knappen. Luk skufferne Assays og Eluate and Reagents. Tryk på Scan for at åbne scanningsdialogboksen. Tryk på Scan for at udføre en indholdsscanning til venstre og til højre (typisk forvalgt). Tryk på knappen Integrated Batch (Integreret batch) (grøn) for at fjerne den integrerede kørsel. Læs og bekræft meddelelsen. Den endelige QIAsymphony AS-resultatfil oprettes og kan overføres til en USB-pen eller til en defineret mappe (\log\results\as) via QMC. 26 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

21. Overfør resultatfilen til en defineret mappe. Følg trin 21a for at overføre resultatfilen ved hjælp af en USB-pen. Følg trin 21b for at overføre resultatfilen ved hjælp af QMC. 21a. Overfør resultatfil ved hjælp af en USB-pen. Indsæt USB-pennen. Vælg Tools. Vælg File Transfer (Filoverførsel). Vælg Result Files (Resultatfiler) i kolonnen Save to USB Stick (Gem på USB-pen). Tryk på knappen Transfer (Overfør). Læs og bekræft meddelelsen. Når overførslen er udført, trykker du på OK og fjerner USB-pennen. Gå videre til Protokol: PCR på Rotor-Gene Q- på side 27. 21b. Overfør resultatfil ved hjælp af QMC. Log ind på den korrekte QIAsymphony SP/AS. Vælg filoverførselsikonet. Vælg filformatet Result File AS (Resultatfil AS). Vælg resultatfilen med det korrekte tidsstempel og batch-id på listen med Remote Site -filer (Ekstern lokation) (højre kolonne). Overfør resultatfilen til Local Site (Lokal lokation) (filen gemmes under den sti, der er defineret i Tools, Options, File Transfer (Funktioner/Valgmuligheder/Filoverførsel) under \log\results\as). Bemærk: Hvis der er konfigureret flere batch i en integreret kørsel på QIAsymphony AS, genfyldes QIAsymphony AS-skufferne startende med trin 15. Gå videre til Protokol: PCR på Rotor-Gene Q- på side 27. Bemærk: Vi anbefaler, at striprørshætterne mærkes, for at sikre korrekt placering, og at der anvendes en kølet transportramme for at undgå kontaminering. Protokol: PCR på Rotor-Gene Q-instrument Vigtige anvisninger før start Brug tid på at blive fortrolig med Rotor-Gene Q-instrumentet, før protokollen startes. Se instrumentets brugervejledning. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 27

Rotor-Gene AssayManager gør det muligt at tolke PCR-resultaterne automatisk. artus C. difficile QS-RGQ-kittet skal køres på Rotor-Gene Q-instrumentet med automatisk tolkning af resultater med Rotor-Gene AssayManager. Cyklusparametrene er låst for kørslen. Download applikationspakken fra Protocol Files (Protokolfiler) på fanen Resources (Ressourcer) på webkatalogsiden for artus C. difficile QS-RGQkittet (www.qiagen.com/p/artus-c-difficile-qs-rgq-kit-ce). Når plug-in'en er installeret, og analyseprofilen er importeret (se Ting, der skal gøres før start nedenfor), kan Rotor-Gene AssayManager bruge oplysningerne i QIAsymphony AS-resultatfilen til at opsætte en kørsel til realtids-pcr-amplifikation og efterfølgende automatisk tolkning af resultater. For at opnå processikkerhed på hele systemet er det nødvendigt at aktivere følgende indstillinger for den lukkede funktion: Material number required (Materialenummer kræves), Valid expiry date required (Gyldig udløbsdato kræves) og Lot number required (Lotnummer kræves). Ting, der skal gøres før start Hvis resultaterne af artus C. difficile QS-RGQ-kittet skal tolkes automatisk med Rotor-Gene AssayManager, skal den seneste artus Basic-plug-in være installeret på Rotor-Gene AssayManager. Start installationsprocessen ved at dobbeltklikke på ArtusBasic.Installation.msi, og følg installationsvejledningen. En detaljeret beskrivelse kan findes i Installing Plug-ins (Installation af plug-ins) (se den medfølgende Rotor-Gene AssayManager Core Application Brugervejledning). Hvis artus C. difficile QS-RGQ-kittet til humane væske- eller bløde afføringsprøver skal anvendes, skal filen AP_artus_C.diff_stool200_QS_V1_0_0.iap importeres til Rotor-Gene AssayManager. Analyseprofilen importeres til Rotor-Gene AssayManager ved at navigere til Configuration Environment (Konfigurationsmiljø) og skifte til fanen Assay Profile (Analyseprofil). Klik på Import (Importer), og vælg filen AP_artus_C.diff_stool200_QS_V1_0_0.iap i den åbne fildialogboks. Klik på Open (Åbn), og analyseprofilen indlæses og føjes til listen over tilgængelige analyseprofiler. Bemærk: Den samme version af en analyseprofil kan ikke importeres to gange. 28 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Procedure 1. Klargør rotoren, og start kørslen på Rotor-Gene Q-instrumentet. Anbring en 72-brønds rotor på rotorholderen. Fyld rotoren med striprør. Sørg for at starte i position 1 og at fylde striprørene i i den rigtige retning. Brug tomme striprør med hætte til at fylde alle ubrugte positioner. Monter låseringen. Klargør Rotor-Gene Q-instrumentet med rotoren og låseringen. Hvis du anvender en USB-pen til dataoverførsel direkte fra QIAsymphony SP/AS, pakkes resultatfilen fra QIAsymphony AS ud. Resultatfilerne ligger under \log\results\as. Bemærk: På de fleste computere kan man pakke en fil ud ved at højreklikke på den og derefter klikke på Extract (Pak ud) i den åbnede menu. Start Rotor-Gene AssayManager. Log ind på den lukkede funktion. Vælg miljøet Setup (Opsætning), hvis det ikke allerede er forvalgt. Importer QIAsymphony AS-resultatfilen nederst på skærmen. Vælg kilden QIAsymphony som Import type (Importtype). Åbn den tilsvarende QIAsymphony AS-resultatfil i dialogboksen Select file (Vælg fil), og klik på Open. Læs og bekræft meddelelsen. Når importen er udført, vælger du den tilsvarende arbejdsliste på arbejdslisteadministratorlisten og klikker på knappen Apply (Anvend). Indtast et eksperimentnavn. Vælg den cycler, der skal anvendes, i dialogboksen Cycler selection (Vælg cycler). Kontrollér korrekt påsætning af låseringen, og bekræft på skærmen, at låseringen er påsat. Luk Rotor-Gene Q-instrumentlåget. Klik på knappen Start run. Bemærk: Hvis der anvendes flere cycler-kørsler, skal du skifte til det tilsvarende cycler-miljø for at se, hvordan det går med kørslen. Når kørslen er færdig, klikker du på Finish run (Afslut kørsel). Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 29

Til brugere, der er logget på som operatør: Klik på Release (Frigiv). Til brugere, der er logget på som godkender: Klik på Release and go to approval (Frigiv, og gå til godkendelse). 2. Frigiv og rapportér resultater. Hvis du har brugt Release før, skal du vælge Approval -miljøet (Godkendelse). Tryk på Apply filter (Anvend filter) (eller vælg egne filterindstillinger på forhånd). Vælg eksperiment. Klik på Start approval (Start godkendelse). Godkend resultaterne af hver testprøve. Brug knappen Accepted (Accepteret) for testprøver, hvis resultater, som er analyseret af Rotor- Gene AssayManager, du er enig i. Brug knappen Rejected (Afvist), hvis det testprøveresultat, der er evalueret af Rotor-Gene AssayManager, af en eller anden grund ikke er acceptabelt. Bemærk: Et resultat, der automatisk sættes til Invalid (Ugyldigt) af Rotor- Gene AssayManager, kan ikke konverteres til et gyldigt resultat, heller ikke, selvom resultatet afvises. Valgfrit: Indtast bemærkninger. Click Release /report data (Frigiv/rapportér data). Vælg en rapportprofil, og klik på OK. Rapporten genereres og gemmes automatisk. Bemærk: Brugeren skal have rettigheder til at godkende for at kunne to frigive en analyse. Tøm Rotor-Gene Q-instrumentet, og bortskaf striprørene ifølge de lokale sikkerhedsregler. 3. Udfør vedligeholdelse. Når alle QIAsymphony AS-batch i den integrerede QIAsymphony SP/AS-kørsel er færdige, udføres almindelig vedligeholdelse som beskrevet i QIAsymphony SP/AS Brugervejledning Generel beskrivelse. Bemærk: Dette kan udføres til hver en tid, før den næste integrerede kørsel startes, og skal udføres i henhold til lokale regler eller prioriteringer. 30 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

Udfør daglig, ugentlig og årlig forebyggende vedligeholdelse som beskrevet i QIAsymphony SP/AS Brugervejledning Generel beskrivelse. Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 31

Tolkning af resultater Dette afsnit beskriver tolkning af resultater på Rotor-Gene Q-instrumentet. Gennemgå også prøvestatusoplysningerne fra QIAsymphony SP/ASresultatfilerne for at analysere det samlede workflow fra prøve til resultat. Kun prøver med gyldig-status må anvendes. artus C. difficile QS-RGQ-kitanalyseprofilen for humane væske- eller bløde afføringsprøver indeholder regler for automatisk tolkning af resultaterne. Hver prøve og kontrol viser et uafhængigt resultat for hvert mål: tcda, tcdb og intern kontrol. Hvert resultat rapporteres som Signal detected (Signal detekteret), No signal (Intet signal) eller INVALID (Ugyldigt). Positive/negative kontrolresultater: Alle mål for den positive kontrol ( Positive Control ) og den negative kontrol ( Negative Control ) skal være gyldige for at bekræfte, at analysestatus er vellykket, og testresultaterne kan rapporteres. Hvis et mål i den positive kontrol eller den negative kontrol er ugyldigt, viser resultaterne for hver prøve i kørslen INVALID. Hele analysekørslen skal testes igen. Den positive kontrol skal rapportere et Signal detected -resultat for tcda, tcdb og intern kontrol. Den negative kontrol skal rapportere et Signal detected -resultat for intern kontrol og No signal eller "Signal detected" for de specifikke mål. Prøveresultater: Se tabel 6 (side 33) for en oversigt over tolkning af resultater. Da resultaterne for målene tcda og tcdb rapporteres uafhængigt af hinanden, betragtes en prøve som positiv for toksikogen C. difficile, hvis enten tcda eller tcdb detekteres. Det interne kontrolsignal skal detekteres i prøver, hvor der ikke detekteres noget tcda- og/eller tcdb-signal. Hvis det interne kontrolsignal ikke detekteres eller er INVALID, vises alle mål for prøven som INVALID. Prøven skal testes igen. Det interne kontrolmål kan rapporteres som No signal eller INVALID i prøver, hvor der detekteres et tcda- og/eller tcdb-signal. I disse tilfælde rapporteres resultaterne for tcda og tcdb. Det er ikke nødvendigt at teste igen. Bemærk: Det forventes, at den interne kontrol-pcr i nogle positive C. difficile-prøver kan være hæmmet, hvilket vil give et No signal - eller INVALID -resultat for den interne kontrol. 32 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013

I nogle prøver kan et resultat for tcda eller tcdb blive rapporteret som INVALID. Hvis det er tilfældet anbefaler vi, at prøven testes igen. Hvis tcda eller tcdb rapporteres som INVALID, og indikatoren siger CT_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE, skal denne prøve ikke testes igen og betragtes som negativ, hvis den interne kontrol er gyldig. Tabel 6. Oversigt over tolkning af resultater Målresultat tcda tcdb Intern kontrol Signal detected Signal detected Signal detected/ No signal/invalid Toksikogen C. difficile detekteret i prøve Ja Signal detected No signal Signal detected/ No signal/invalid Ja No signal Signal detected Signal detected/ No signal/invalid Ja No signal No signal Signal detected Nej Tabel fortsættes på næste side Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013 33

Tabel 6. Fortsat Målresultat tcda tcdb Intern kontrol No signal No signal No signal/invalid Toksikogen C. difficile detekteret i prøve Fejl, test prøve igen Signal detected/ No signal INVALID* Signal detected/ No signal/invalid Fejl, test prøve igen INVALID* Signal detected/ No signal Signal detected/ No signal/invalid Fejl, test prøve igen * Hvis tcda eller tcdb rapporteres som ugyldig med indikatoren CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE, betragtes målet som gyldigt, men negativt. Denne automatiske analyse kan give følgende tilsvarende indikatorer. Indikator Adfærd Beskrivelse ASSAY_INVALID Ugyldig Analyse ugyldig, fordi mindst en ekstern kontrol er ugyldig. CT_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE CT_BELOW_ ACCEPTED_RANGE CURVE_SHAPE_ ANOMALY Ugyldig Ugyldig Ugyldig Den detekterede CT-værdi er højere end den definerede cut-off-ct. Den detekterede CT-værdi er lavere end den definerede cut-off-ct. Rådataamplifikationskurven viser en form, som afviger fra den etablerede adfærd for denne analyse. Der er stor sandsynlighed for forkerte resultater eller fejltolkning af resultater. 34 Håndbog til artus C. difficile QS-RGQ-kit 10/2013