QIAsymphony SP Protokolside Complex400_V3_DSP protokol Generel information Til in vitro-diagnostisk brug. Kit Prøvemateriale Protokolnavn QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-kit Luftvejs- og urogenitale prøver Complex400_V3_DSP Standard analysekontrolsæt ACS_Complex400_V3_DSP_default_IC Redigerbart Elueringsvolumen: 60 μl, 85 μl, 110 μl Påkrævet software-version Version 3.5 Sample (Prøve) -skuffe Prøvetype Luftvejsprøver (BAL, tørrede swabs, transportmedier, aspirater, spyt) og urogenitale prøver (urin, transportmedier) Prøvevolumen Afhænger af den anvendte type prøverør; for yderligere oplysninger, se www.qiagen.com/goto/dsphandbooks Primære prøverør Se www.qiagen.com/goto/dsphandbooks for yderligere oplysninger Sekundære prøverør Se www.qiagen.com/goto/dsphandbooks for yderligere oplysninger Indsatser Andet Afhænger af den anvendte type prøverør; for yderligere oplysninger, se www.qiagen.com/goto/dsphandbooks Bærer RNA buffer AVE-blanding påkrævet; anvendelse af intern kontrol er valgfri Sample & Assay Technologies
Reagents and Consumables (Reagenser og forbrugsartikler) -skuffen Position A1 og/eller A2 Position B1 Spids-rackholder 1 17 Spids-rackholder 1 17 Enhedsboks-holder 1 4 Enhedsboks-holder 1 4 Reagensbeholder (RC) Buffer ATL (ATL) Engangsfilterspidser, 200 μl Engangsfilterspidser, 1500 μl Enhedsbokse indeholdende prøveklargøringsbeholdere Enhedsbokse indeholdende 8-stavs-dæksler Waste (Affal) -skuffe Enhedsboks-holder 1 4 Affaldssæk-holder Holder til flaske med flydende affald Tomme enhedsbokse Affaldssæk Flaske med flydende affald Eluate (Eluat) -skuffe Eluerings-rack (vi anbefaler at anvende rende 1, køleposition) Se www.qiagen.com/goto/dsphandbooks for yderligere oplysninger QIAsymphony SP Protokolside: Complex400_V3_DSP side 2 af 8
Påkrævede plastmaterialer Et batch, 24 To batches, Tre batches, Fire batches, prøver* 48 prøver* 72 prøver* 96 prøver* Engangsfilterspids er, 200 μl Engangsfilterspids er, 1500 μl Prøveklargøringsb eholdere 34 60 86 112 123 205 295 385 18 36 54 72 8-stavs-dæksler 3 6 9 12 * Brug af mere end en intern kontrol per batch og udførelse af mere end en indholdsscanning kræver ekstra engangsfilterspidser. Brug af mindre end 24 prøver per batch sænker antallet af nødvendige engangsfilterspidser per kørsel. Der er 32 filterspidser/spids-rack. Antallet af påkrævede filterspidser omfatter filterspidser til 1 indholds-scanning per reagensbeholder. Der er 28 prøveklargøringsbeholdere/enhedsboks. Der er 12 8-stavsdæksler/enhedsboks. Bemærk: Det angivne antal filterspidser kan afvige fra de tal, der vises på berøringsskærmen, afhængigt af indstillingerne, for eksempel antallet af interne kontroller, der anvendes per batch. Valgt elueringsvolumen Valgt elueringsvolumen (μl)* Start-elueringsvolumen (μl) 60 90 85 115 110 140 * Det elueringsvolumen, der er valgt på berøringsskærmen. Dette er det mindste tilgængelige eluatvoluen i det sidste elueringsrør. Startvolumen for påkrævet elueringsopløsning til sikring af, at det faktiske eluatvolumen er det samme som det valgte volumen. QIAsymphony SP Protokolside: Complex400_V3_DSP side 3 af 8
Klargøring af intern kontrol bærer-rna (CARRIER) Buffer AVE (AVE) -blanding Volumen stamopløsni ng bærer- Valgt RNA Volumen Volumen elueringsvolumen (CARRIER) intern buffer AVE Slutvolumen (μl) (μl) kontrol (μl)* (AVE) (μl) per prøve (μl) 60 3 9 108 120 85 3 11,5 105,5 120 110 3 14 103 120 * Beregningen af mængden af intern kontrol er baseret på start-elueringsvolumener. Ekstra tom-volumen afhænger af den anvendte type prøverør; se www.qiagen.com/goto/dsphandbooks for yderligere oplysninger. Bemærk: De værdier, der er vist i tabellen, er til klargøring af intern kontrol bærer RNA (CARRIER) blanding til en senere analyse, der kræver 0,1 μl intern kontrol/μl eluat. Rør indeholdende intern kontrol-bærer-rna (CARRIER) Buffer AVE (AVE) -blandinger placeres i en rørholder. Rørholderen med de(n) interne kontrol-bærer-rna (CARRIER) Buffer AVE (AVE)- blanding(er) skal placeres i plads A i prøveskuffen. Afhængig af antallet af prøver, der skal behandles, anbefaler vi at anvende 2 ml-rør (Sarstedt, katalognr. 72.693 eller 72.694) eller 14 ml 17 x 100 mm rør af polystyren med rund bund (Becton Dickinson, katalognr. 352051) til fortynding af den interne kontrol, som beskrevet i tabellen på side 5. Det er muligt at dele volumen i 2 eller flere rør. QIAsymphony SP Protokolside: Complex400_V3_DSP side 4 af 8
Beregning af volumen af den interne kontrolblanding Rørtype Mikrorør 2 ml med hætte; mikrorør 2 ml, PP, MED KRAVE (Sarstedt, katalognr. 72.694) Mikrorør 2 ml med hætte; mikrorør 2 ml, PP, UDEN KRAVE (Sarstedt, katalognr. 72.693) Tube 14 ml, 17 x 100 mm af polystyren med rund bund (Becton Dickinson, katalognr. 352051) Navn på QlAsymphonyberøringsskærm SAR NR. 72.694 T2.0 ScrewSkirt SAR NR. 72.693 T2.0 Screw BD NR. 352051 FalconPP 17x100 Beregning af intern kontrol bærer-rna (CARRIER) Buffer AVE (AVE) -blandingsvolumen pr. rør (n x 120 μl) + 360 μl* (n x 120 μl) + 360 μl* (n x 120 μl) + 600 μl * Brug denne ligning til at beregne den påkrævede mængde intern kontrolblanding (n = antal prøver; 120 μl = mængden af intern kontrol bærer-rna (CARRIER) Buffer AVE (AVE) -blanding; 360 μl = porevolumen påkrævet pr. rør). For eksempel for 12 prøver (n = 12): (12 x 120 μl) + 360 μl = 1800 μl. Fyld ikke røret med mere end 1,9 ml (dvs. maksimalt 12 prøver pr. rør). Hvis der skal behandles mere end 12 prøver, skal der anvendes flere rør, og det skal sikres, at porevolumen tilsættes pr. rør. Brug denne ligning til at beregne den påkrævede mængde intern kontrol bærer-rna (CARRIER) Buffer AVE (AVE) -blanding (n = antallet af prøver; 120 μl = mængde af intern kontrol bærer RNA (CARRIER) Buffer AVE (AVE) -blanding; 600 μl = porevolumen påkrævet pr. rør). For eksempel for 96 prøver (n = 96): (96 x 120 μl) + 600 μl = 12 120 μl. Se www.qiagen.com/goto/dsphandbooks for påkrævede oplysninger. Sådan anvendes FIX-laboratorieudstyr Anvendelse af væskeniveaudetektion (LLD) til prøveoverførsler gør det muligt at anvende primære og sekundære rør. Dette kræver imidlertid visse dødvolumener i de respektive rør. For at kunne minimere dødvolumener skal der anvendes sekundære rør uden væskeniveaudetektion. Der fås specifikt FIX-laboratorieudstyr (f.eks. SAR_FIX_#72.694 T2.0 ScrewSkirt) som også kan vælges på berøringsskærmen på QIAsymphony SP. Denne rør/racktype giver aspirationsbegrænsninger. Prøven aspireres ved en særlig højde i røret, der defineres af prøvemængden, der skal overføres. QIAsymphony SP Protokolside: Complex400_V3_DSP side 5 af 8
Derfor er det vigtigt at mængden, der angives på laboratorieudstyrslisten anvendes. Laboratorieudstyrslisterne kan downloades fra www.qiagen.com/goto/dsphandbooks. Prøverør, der kan anvendes med eller uden væskeniveaudetektion, og påkrævede prøvemængder, er angivet her www.qiagen.com/goto/dsphandbooks. Der må ikke anvendes mængder, der er større eller mindre end den påkrævede mængde, da dette kan føre til fejl under prøveklargøringen. Rør, der skal anvendes sammen med væskeniveaudetektion, og rør, der ikke anvendes til væskeniveaudetektion, kan behandles i én batch/kørsel. Klargøring af prøvemateriale Der skal altid anvendes en egnet laboratoriekittel, éngangshandsker og beskyttelsesbriller, når der arbejdes med kemikalier. Der findes mere information i de tilhørende sikkerhedsdatablade (material safety data sheets, MSDs), som kan fås hos den pågældende leverandør. Urin Urin kan analyseres uden yderligere forbehandling. Overfør prøven til et 2 ml Sarstedt-rør (kat. nr. 72.693 eller 72.694) og anbring prøven i rørholderen. Alternativt kan der bruges primære rør. Det påkrævede minimum-startvolumen kan variere, afhængigt af det anvendte primære rør. Kompatible primære og sekundære rørformater inklusive påkrævet minimum-startvolumen for den enkelte protokol er anført på www.qiagen.com/goto/dsphandbooks. Systemet er optimeret til rene urinprøver, som ikke indeholder konserveringsmidler. For at øge følsomheden over for bakterielle patogener kan prøverne centrifugeres. Efter bortkastning af supernatanten kan pillen resuspenderes i mindst 300 μl Buffer ATL (ATL) (kat. nr. 939016). Overfør prøven til et 2 ml Sarstedt-rør (kat. nr. 72.693 eller 72.694). Anbring prøven i rørholderen og behandl prøven vha. Complex400_V3_DSP-protokollen og det påkrævede FIX-laboratorieudstyr. Isolering af genomisk DNA fra Gram-positive bakterier DNA-oprensning kan forbedres for visse Gram-positive bakterier via enzymatisk forbehandling før overførsel af prøven til QIAsymphony SP og start af Complex400_V3_DSP protokollen. 1. Dan piller af bakterier ved centrifugering ved 5000 x g i 10 minutter. 2. Suspender bakteriepillen i 500 μl af den aktuelle enzymopløsning (20 mg/ml lysozym eller 200 μg/ml lysostaphin; 20 mm Tris HCl, ph 8,0; 2 mm EDTA; 1,2 % Triton). 3. Inkuber ved 37 C i mindst 30 minutter (± 2 minutter). 4. Centrifuger røret kortvarigt for at fjerne dråber fra indersiden af låget. 5. Overfør prøven til et 2 ml Sarstedt-rør (katalognr. 72.693 eller 72.694), anbring prøven i rørholderen og fortsæt med Complex400_V3_DSP-protokollen vha. det påkrævede FIX-laboratorieudstyr. QIAsymphony SP Protokolside: Complex400_V3_DSP side 6 af 8
Viskøse eller mukøse prøver Visse prøver (f.eks. spyt, luftvejsaspirater) kan være viskøse og skal gøres mere flydende for at muliggøre afpipettering. Lavviskøse prøver kræver ingen ekstra forberedelse. Medium- til højviskøse prøver bør klargøres som følger. 1. Fortynd prøven 1:1 med Sputasol* (Oxoid, kat. nr. SR0233) eller 0,3% (w/v) DTT. Bemærk: 0,3% (v/v) DTT-opløsning kan fremstille i forvejen og opbevares i alikvoter ved 20 C. Kassér optøede alikvoter efter brug. 2. Inkuber ved 37 C indtil prøvens viskositet er egnet til pipettering. 3. Overfør mindst 500 μl af prøven til et 2 ml Sarstedt-rør (kat. nr. 72.693 eller 72.694). Behandl prøven efter Complex400_V3_DSP protokollen. Tørrede kropsvæsker og sekret-swabs 1. Dyp den tørrede swab-spids i 750 μl Buffer ATL (ATL) (kat. nr. 939016) og inkuber den ved 56 C i 15 minutter (± 1 minut). med kontinuerlig blanding. Hvis blanding ikke er muligt, vortexes før og efter inkubering i mindst 10 sekunder. 2. Tag swab en op og klem al væsken ud ved at trykke swab en mod indersiden af røret. 3. Overfør mindst 500 μl af prøven til et 2 ml Sarstedt-rør (kat. nr. 72.693 eller 72.694). Behandl prøven med Complex400_V3_DSP protokollen. Bemærk: Denne protokol er optimeret til swabs af bomuldsvat eller polyethylen. Ved brug af andre swabs kan det være nødvendigt at justere mængden af Buffer ATL (ATL) for at sikre, at der er mindst 500 μl tilgængelig som prøvemateriale. * Sputasol (Oxoid, kat. nr. SR0233, www.oxoid.com) eller dithiothreitol (DTT). Dette er ikke en komplet liste over leverandører. QIAsymphony SP Protokolside: Complex400_V3_DSP side 7 af 8
Luftvejs- eller urogenitale swabs Opbevaringsmedier til luftvejs- eller urogenitale swabs kan benyttes uden forbehandling. Hvis swab'en ikke er blevet fjernet, trykkes den mod siden af røret for at klemme væsken ud. Eventuelt overskydende slim i prøven skal nu fjernes ved at opsamle det på swab en. Eventuelt overskydende væske fra slimen og swab'en skal dernæst klemmes ud ved at trykke pinden mod siden af røret. Til sidst fjernes swab en og slimen og kasseres. Hvis prøverne er viskøse, gennemføres et fortyndingstrin (se Viskøse eller mukøse prøver ovenfor), før prøven overføres til QIAsymphony SP. Hvis der ikke er tilstrækkeligt startmateriale, pipetteres der Buffer ATL (ATL) ned i transportmediet for at justere den påkrævede, minimale startmængde og prøven vortexes i 15 30 sekunder i røret (hvis transportmediet indeholder swab en, gennemføres dette trin, før swab en fjernes). Overfør prøven til et 2 ml Sarstedt-rør (kat. nr. 72.693 eller 72.608) og anbring prøven i rørholderen. Alternativt kan der bruges primære rør. Det påkrævede minimum-startvolumen kan variere, afhængigt af det anvendte primære rør. Kompatible primære og sekundære rør, inklusive påkrævet minimum-startvolumen for den enkelte protokol, er anført på www.qiagen.com/goto/dsphandbooks. QIAGEN håndbøger kan rekvireres fra QIAGEN Technical Service eller den lokale QIAGENdistributør. Udvalgte håndbøger kan downloades fra www.qiagen.com/literature. Sikkerhedsdatablade (MSDS) for ethvert QIAGEN-produkt kan downloades fra www.qiagen.com/support/msds.aspx. Varemærker: QIAGEN, QIAsymphony (QIAGEN Group). 2010 QIAGEN. Alle rettigheder forbeholdes. www.qiagen.com France 01-60-920-930 The Netherlands 0800 0229592 Australia 1-800-243-800 Austria 0800/281010 Belgium 0800-79612 Canada 800-572-9613 China 021-51345678 Denmark 80-885945 Finland 0800-914416 Germany 02103-29-12000 Hong Kong 800 933 965 Ireland 1800 555 049 Italy 800 787980 Japan 03-5547-0811 Korea (South) 1544 7145 Luxembourg 8002 2076 Norway 800-18859 Singapore 65-67775366 Spain 91-630-7050 Sweden 020-790282 Switzerland 055-254-22-11 UK 01293-422-911 USA 800-426-8157 Sample & Assay Technologies