artus HI Virus-1 QS-RGQ-kithåndbog

Maj 2012 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kithåndbog 24 (katalognr. 4513363) 72 (katalognr. 4513366) Version 1 Kvantitativ in vitro-diagnostik Til brug sammen med QIAsymphony SP/AS og Rotor-Gene Q-instrumenter 4513363, 4513366 1060923DA QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, D-40724 Hilden R3 1060923DA Sample & Assay Technologies

QIAGEN Sample and Assay Technologies QIAGEN er den førende leverandør af innovative prøve- og analyseteknologier, der muliggør isolation og påvisning af indholdet i enhver biologisk prøve. Vores avancerede højkvalitetsprodukter og -service garanterer succes fra prøve til resultat. QIAGEN sætter standarder i: Oprensning af DNA, RNA og proteiner Nukleinsyre- og proteinanalyser mikrorna-undersøgelser og RNAi Automatisering af prøve- og analyse-teknologier Vores opgave er at sætte Dem i stand til at opnå enestående succes og gennembrud. Læs mere på www.qiagen.com.

Indhold Tilsigtet anvendelse 4 Resumé og forklaring 4 Patogeninformation 5 Medfølgende materialer 6 Kittets indhold 6 Nødvendige materialer, der ikke er vedlagt 7 Advarsler og forholdsregler 8 Almene forsigtighedsregler 8 Opbevaring og håndtering af reagenser 9 Prøvehåndtering og -opbevaring 9 Procedure 10 Kom godt i gang med QIAsymphony SP/AS-instrumenter 10 Viral RNA-oprensning 10 Brug af en intern kontrol og bærer-rna (CARRIER) 10 Analysekontrolsæt og analyseparametersæt 10 Ydelser af nucleinsyrer 11 Opbevaring af nucleinsyrer 11 Protokoller RNA-isolering og analyseopsætning på QIAsymphony SP/AS 11 RT-PCR på Rotor-Gene Q 16 Tolkning af resultater 17 Fejlfindingsvejledning 17 Kvalitetskontrol 22 Ansvarsbegrænsninger 22 Ydelsesegenskaber 22 Referencer 23 Symboler 23 Kontaktoplysninger 24 Bestillingsinformation 25 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 3

Tilsigtet anvendelse artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit er en in vitro nucleinsyre-amplifikationstest til kvantitering af humant immundefektvirus type 1 (HIV-1) RNA i humane biologiske prøver. Dette diagnostiske testkit benytter revers transkriptions polymerasekædereaktion (RT-PCR) og er konfigureret til brug sammen med QIAsymphony SP/AS og Rotor-Gene Q-instrumenter. Prøve indeholdende Gruppe M undertyperne A H er blevet valideret til brug i analysen. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit er beregnet til brug i forbindelse med klinisk præsentation og andre laboratoriemarkører for sygdomsprognose og til brug som hjælp ved vurdering af viralt respons på antiretroviral behandling målt ved ændringer i EDTA-plasma HIV-1 RNA-niveauer. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit'et er ikke beregnet til brug som screeningstest for HIV eller som diagnostisk test til bekræftelse af tilstedeværelse af HIV-infektion. Læs mere om specifikke humane biologiske prøver, som kittet er valideret med, i Applikationsark, der er tilgængelige online på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. QIAGEN overvåger løbende analysens ydelse og validerer nye påstande, og derfor skal brugerne sikre sig, at de arbejder med den seneste revision af brugsanvisningen. Se efter nye elektroniske etiketteringsrevisioner på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx før udførelse af testen. Alle kits kan bruges med de pågældende instruktionselementer, når blot håndbogens og andre etiketteringsoplysningers versionsnummer passer med versionsnummeret. Versionsnummeret ses på hvert kits boksetiket. QIAGEN sikrer kompatibilitet mellem alle testkitlots med samme versionsnummer. Resumé og forklaring artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit udgør et brugsklart system til detektion af HIV-1 RNA ved hjælp af polymerasekædereaktion (PCR) på Rotor-Gene Q- instrumenter med prøveklargøring og analyseopsætning ved hjælp af QIAsymphony SP/AS-instrumenterne. HI Virus-1 RG Master A og B indeholder reagenser og enzymer til revers transkription og specifik amplifikation af en 93 bp-region af HIV-1-genomet og til direkte detektion af det specifikke amplikon i fluorescenskanalen Cycling Green af Rotor-Gene Q. Desuden indeholder artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit et ekstra heterologt amplifikationssystem til identifikation af mulig PCR-hæmning. Denne detekteres som en intern kontrol (IC) i fluorescenskanalen Cycling Orange på Rotor- Gene Q. Detektionsgrænsen for den analytiske HI Virus-1 RT-PCR er ikke reduceret. Der leveres eksterne positive kontroller (HI Virus-1 RG QS 1 4), der 4 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

tillader bestemmelse af mængden af viralt RNA. Læs mere i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. Patogeninformation Det humane immundefektvirus (HIV) er et retrovirus, der forårsager erhvervet immundefektsyndrom (AIDS). Der er to typer HIV, der er ansvarlige for humane infektioner, HIV-1 og HIV-2, som adskiller sig i deres virulens og prævalens. De fleste rapporterede tilfælde af AIDS rundt om i verden har været tilskrevet HIV-1. Infektion med HIV forekommer ved overførsel af inficeret blod, vaginalvæske, modermælk og andre kropsvæsker. Inden for disse kropsvæsker er HIV til stede både som frie viruspartikler og virus i inficerede immunceller. De tre vigtigste overførselsveje er ubeskyttet samleje, kontaminerede kanyler og overførsel fra en inficeret moder til hendes barn eller via modermælk. HIV inficerer primært celler i det humane immunsystem, så som hjælpe-t-celler (specifikt CD4 + ). HIV-infektion medfører lave niveauer af CD4 + T-celler. Når antallet af CD4 + T-celler falder til under et kritisk niveau, går den celleformidlede immunitet tabt, og kroppen bliver stadigt mere følsom over for opportunistiske infektioner. AIDS-symptomer forekommer i et fremskredet stadium af HIV-infektion, når det kompromitterede immunsystem ikke kan bekæmpe opportunistiske infektioner. På dette stadium udvikler den inficerede person i stigende grad symptomer udløst af sådanne infektioner. De mest almindelige infektioner omfatter kronisk cryptosporidiumdiarré, cytomegalovirus-induceret øjeninfektion, pneumocystispneumoni, toxoplasmose og tuberkulose samt infektioner med medlemmer af Mycobacterium avium-komplekset. Der ses desuden hyppigt udvikling af forskellige typer cancer, såsom invasiv cervikal cancer, Kaposis sarkom eller lymfom. For øjeblikket findes der ingen helbredelse af AIDS, og det menes, at de fleste personer med HIV-infektion med tiden vil dø af en AIDS-relateret sygdom. Men fremskridt inden for HIV/AIDS-behandlinger, inklusive dem, der bekæmper selve viruset og dem, der forebygger eller behandler opportunistiske infektioner, har drastisk forbedret den forventede levetid og livskvaliteten for mange HIV/AIDS-patienter. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 5

Medfølgende materialer Kittets indhold artus HI Virus-1 QS-RGQ Kit (24) (72) Katalognr. 4513363 4513366 Antal reaktioner 24 72 Blåt HI Virus-1 RG Master A 4 x 144 µl 8 x 144 µl Violet HI Virus-1 RG Master B 4 x 216 µl 8 x 216 µl Rød HI Virus-1 RG QS 1* (1x 10 4 IE/µl) 200 µl 200 µl Rød HI Virus-1 RG QS 2* (1x 10 3 IE/µl) 200 µl 200 µl Rød HI Virus-1 RG QS 3* (1x 10 2 IE/µl) 200 µl 200 µl Rød HI Virus-1 RG QS 4* (1x 10 1 IE/µl) 200 µl 200 µl Grøn HI Virus-1 RG IC 1.000 µl 2 x 1.000 µl Hvid Water (PCR grade) (Vand (PCRkvalitet)) 1.000 µl 1.000 µl Handbook (Håndbog) 1 1 * Kvantiteringsstandard. Intern kontrol. 6 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Nødvendige materialer, der ikke er vedlagt Når der arbejdes med kemikalier, skal der altid bæres egnet laboratoriekittel, engangshandsker og beskyttelsesbriller. Der findes mere information i de tilhørende sikkerhedsdatablade (material safety data sheets, MSDSs), som kan fås hos den pågældende leverandør. Pipetter (justerbare)* og sterile pipettespidser med filtre Vortex-mixer* Bordcentrifuge* med rotor til 2 ml reagensglas, centrifugeringshastighed 6.800 x g Til prøveklargøring QIAsymphony SP instrument (QIAsymphony SP-instrument) (kat. nr. 9001297)* QIAsymphony AS instrument (QIAsymphony AS-instrument) (kat. nr. 9001301)* Til PCR Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM eller Rotor-Gene Q 5plex HRM-instrument* Rotor-Gene Q software version 2.1 eller højere Ekstraudstyr: Rotor-Gene AssayManager version 1.0 eller højere Bemærk: Læs mere om de materialer, der skal bruges til bestemte anvendelser, i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. * Sørg for at instrumenterne regelmæssigt kontrolleres og kalibreres efter producentens angivelser. Rotor-Gene AssayManager er efter planen tilgængelig ved udgangen af 2012. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 7

Advarsler og forholdsregler Til in vitro-diagnosticering Når der arbejdes med kemikalier, skal der altid bæres egnet laboratoriekittel, engangshandsker og beskyttelsesbriller. For at få yderligere oplysninger konsulteres de behørige sikkerhedsdatablade (MSDSs). De findes online i bekvemt og kompakt PDF-format på www.qiagen.com/support/msds.aspx, hvor sikkerhedsdatabladene for hvert QIAGEN-kit og hver kit-komponent kan læses og udskrives. Se i det pågældende kits håndbog for at få sikkerhedsoplysninger om det oprensningskit, der bruges. For sikkerhedsinformation vedrørende instrumenterne henvises til det pågældende instruments brugervejledning. Prøvepræparat- og analyseaffald bortskaffes ifølge de lokale sikkerhedsregler. 24-timers nødoplysninger Medicinske oplysninger vedrørende nødstilfælde kan fås på engelsk, fransk og tysk 24 timer i døgnet fra: Giftinformationscentralen, Mainz, Tyskland Tlf.: +49-6131-19240 Almene forsigtighedsregler Du skal altid være opmærksom på følgende: Brug sterile pipettespidser med filtre. Hold om muligt rørene lukket under manuelle trin, og undgå kontaminering. Optø alle komponenter omhyggeligt ved stuetemperatur (15 25 C) før start af en analyse. Efter optøning skal komponenterne blandes (ved at pipettere op og ned flere gange eller ved impuls-votex) og centrifugeres kort. Kontrollér, at der ikke er skum eller bobler i reagensglassene. Bland ikke komponenter fra kit med forskellige lotnumre. Sørg for, at de nødvendige adaptere forkøles til 2 8 C. Arbejd hurtigt, og opbevar PCR-reagenserne på is eller i køleblok før påfyldning. Fortsæt kontinuerligt fra den ene del af arbejdsgangen til den næste. Overskrid ikke 30 minutters overførselstid mellem hvert modul (QIAsymphony SP til QIAsymphony AS til Rotor-Gene Q). 8 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Opbevaring og håndtering af reagenser Komponenterne i artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit skal opbevares ved 20 C og er stabile indtil den udløbsdato, der er angivet på etiketten. Gentagne optøninger og genfrysninger (>2 x) bør undgås, da det kan reducere analysens nøjagtighed. Prøvehåndtering og -opbevaring Læs mere om prøvehåndtering og -opbevaring i forbindelse med bestemte anvendelser i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 9

Procedure Kom godt i gang med QIAsymphony SP/AS-instrumenter Luk alle skuffer og hætter. Tænd for QIAsymphony SP/AS-instrumenterne og vent, til skærmen Sample Preparation (Prøveklargøring) vises, og initieringsproceduren er færdig. Log på instrumentet (skuffernes lås vil åbnes). Viral RNA-oprensning artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit er valideret med et viralt RNA-oprensningsskridt, der udføres på QIAsymphony SP ved hjælp af et QIAsymphony DSP Virus/patogen-kit. Se QIAsymphony DSP Virus/Pathogen-håndbogen vedrørende alle oplysninger om klargøring af reagensbeholderen til oprensningen af prøven på QIAsymphony SP. Brug af en intern kontrol og bærer-rna (CARRIER) Brug af QIAsymphony DSP Virus/patogen-kits i kombination med artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit kræver indføring af den interne kontrol (HI Virus-1 RG IC) i oprensningsproceduren for at overvåge effektiviteten af prøveklargøringen og efterfølgende analyse. Derudover kan QIAsymphony DSP Virus/patogen-kits kræve klargøring af bærer-rna (CARRIER). Læs mere om intern kontrol og brugen af bærer-rna (CARRIER) i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. Analysekontrolsæt og analyseparametersæt Analysekontrolsæt er kombinationen af en protokol plus supplerende parametre, såsom intern kontrol, til prøveoprensning på QIAsymphony SP. Der er på forhånd installeret et standard-analysekontrolsæt for hver protokol. Analyseparametersæt er kombinationen af en analysedefinition med supplerende parametre defineret, såsom replikatælling og antal analysestandarder, til analyseopsætning på QIAsymphony AS. I forbindelse med integrerede kørsler på QIAsymphony SP/AS er Analyseparametersæt direkte forbundet med et foranliggende Analysekontrolsæt, der angiver den dermed forbundne prøveoprensningsproces. 10 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Ydelser af nucleinsyrer Eluater, der er klargjort med bærer-rna (CARRIER), kan indeholde meget mere bærer-rna (CARRIER) end target-nucleinsyrer. Vi anbefaler at bruge kvantitative amplifikationsmetoder til bestemmelse af ydelserne. Opbevaring af nucleinsyrer Ved korttidsopbevaring på op til 24 timer anbefaler vi at opbevare oprensede nucleinsyrer ved 2 8 C. Ved langtidsopbevaring på mere end 24 timer anbefaler vi opbevaring ved 20 C. Protokol: RNA-isolering og analyseopsætning på QIAsymphony SP/AS Følgende beskrivelse er en generel protokol for brug af QIAsymphony DSP Virus/patogen-kits. Læs mere om en bestemt anvendelse, inkl. volumener og rør, i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. Vigtige anvisninger før start Sørg for, at du er bekendt med betjeningen af QIAsymphony SP/ASinstrumenterne. Læs brugervejledningerne i de brugermanualer, der følger med dine instrumenter, og de nyeste versioner online på www.qiagen.com/products/qiasymphonyrgq.aspx. Før en reagensbeholder (RC) bruges første gang, skal det kontrolleres, at bufferne QSL2 og QSB1 i beholderen (RC) ikke indeholder et præcipitat. Fjern om nødvendigt de brønde, der indeholder bufferne QSL2 og QSB1, fra reagensbeholderen (RC), og inkuber i 30 minutter ved 37 C med jævnlig omrystning for at opløse præcipitatet. Sørg for at sætte brøndene ind på de rigtige pladser igen. Hvis reagensbeholderen (RC) allerede er gennembrudt, skal man sikre sig, at brøndene er forseglet med genbrugsforseglingstrips. Derefter inkuberes hele reagensbeholderen (RC) i 30 minutter ved 37 C med jævnlig omrystning i vandbad.* Forsøg at undgå for voldsom omrystning af reagensbeholderen (RC), ellers kan der dannes skum, hvilket kan medføre problemer med detektion af væskestanden. Arbejd hurtigt, og opbevar PCR-reagenserne på is eller i køleblok før påfyldning. * Sørg for, at instrumenterne regelmæssigt kontrolleres, vedligeholdes og kalibreres efter producentens vejledning. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 11

Reagensvolumenerne er optimeret til 24 eller 72 reaktioner pr. kit pr. kørsel (hhv. kat. nr. 4513363 og 4513366). Hver gang før brug skal alle reagenser tøs helt op, blandes (ved gentagen op- og nedpipettering eller hurtig vortex-blanding) og centrifugeres i mindst 3 sek. ved 6.800 x g. Undgå, at reagenserne danner skum. Eluater fra prøveklargøringen og alle komponenter af artus HI Virus-1 QS- RGQ-kit har vist sig at være stabile på instrumentet i mindst den tid, der normalt kræves til prøveoprensning for 96 prøver og analyseopsætning af 72 analyser, inkl. op til 30 minutters overførselstid fra QIAsymphony SP til QIAsymphony AS og op til 30 minutters overførselstid fra QIAsymphony AS til Rotor-Gene Q. Ting, der skal gøres før start Klargør alle nødvendige blandinger. Klargør evt. blandinger, der indeholder bærer-rna (CARRIER) og interne kontroller lige før start. Læs mere i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. Før proceduren startes, skal man sikre sig, at magnetpartiklerne er fuldt resuspenderede. Hvirvl brønden med magnetpartiklerne kraftigt i mindst 3 minutter første gang før brug. Før reagensbeholderen (RC) isættes, fjernes dækslet fra brønsen, der indeholder magnetpartiklerne, og enzymglassene åbnes. Kontrollér, at enzym-racket er afbalanceret til stuetemperatur (15 25 C). Sørg for, at gennembrydningslåget (PL) placeres på reagensbeholderen (RC), og at låget til magnetpartikelbrønden er fjernet, eller hvis der benyttes en delvist brugt reagensbeholder (RC) sørg da for, at genbrugsforseglingsstrips er fjernet. Hvis prøverne er forsynet med stregkoder, vendes prøverne i rørholderen sådan, at stregkoderne vender mod stregkodelæseren i skuffen Sample (Prøve) i venstre side af QIAsymphony SP. 12 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Procedure Viral RNA-oprensning på QIAsymphony SP 1. Luk alle skuffer og hætter på QIAsymphony SP/AS-instrumenterne. 2. Tænd for instrumenterne og vent, til skærmen Sample Preparation vises, og initieringsproceduren er færdig. Afbryderkontakten sidder i nederste venstre hjørne af QIAsymphony SP. 3. Log ind på instrumenterne. 4. Klargør følgende skuffer i henhold til det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrtpcrkitce.aspx. Skuffen Waste (Affald): Foretag en indholdsscanning efter klargøringen. Skuffen Eluate (Eluat): Foretag en indholdsscanning efter klargøringen. Skuffen Reagents and Consumables (Reagens- og forbrugsstoffer): Foretag en indholdsscanning efter klargøringen. Skuffen Sample 5. Brug opsætningen Integrated run (Integreret kørsel) på berøringsskærmen QIAsymphony til at indlæse de nødvendige oplysninger for hvert batch af prøver, der skal behandles. Vælg et Analyseparametersæt for kørslen, og tildel den og den tilhørende AS-batch til prøverne. Oplysninger om analyseparametersættet og den forvalgte elueringsvolumen findes i det pågældende Applikationsark. Læs mere om integrerede kørsler på QIAsymphony SP/AS i instrumentets brugervejledninger. 6. Ved opsætning af en integreret kørsel skal korrekt tildeling af prøvelaboratorieudstyr, prøvetype (prøve, EC+ og EC ), og volumener. Oplysninger om forbrugsstoffer og komponenter, der skal lægges i hver skuffe, findes i det pågældende Applikationsark. 7. Når oplysninger om alle batches i den integrerede kørsel, skal der klikkes på knappen Ok for at gå ud af opsætningen Integrated run. Status for alle batches i oversigten over den integrerede kørsel skifter fra LOADED (Opfyldt) til QUEUED (I kø). Så snart et batch er sat i kø, vises knappen Run (Kørsel). Tryk på Run -knappen for at starte proceduren. Alle behandlingstrin er fuldt automatiserede. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 13

Opfyldning af QIAsymphony AS-skuffer til analyseopsætning 8. Åbn QIAsymphony AS-skufferne, når en integreret kørsel er sat i kø. De komponenter, der skal opfyldes, vises på berøringsskærmen. 9. Sørg altid for at gøre følgende før den integrerede kørsel. Indsæt spidsskakten. Kassér kanyleposen. Indsæt en tom kanylepose. 10. Definér og udfyld analyse-rack(s). Analyse-rack(s) i forkølede adapter(e) lægges i pladsen Assay (Analyse). Læs om analyseracks i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. 11. Kontrollér temperaturen på kølepladserne. Når de tilsigtede køletemperaturer er nået, vil den lille stjerne ud for hver plads være grøn. 12. Kombinér alle rør i HI Virus-1 RG Master A i et enkelt kit i ét rør før brug. Kombinér alle rør i HI Virus-1 RG Master B i et enkelt kit i ét rør før brug. Bemærk: Viskøse reagenser kan være svære at håndtere med manuelle pipetter. Sørg for at overføre hele volumenen af Masteren til røret. 13. Fyld hvert reagensglas med den nødvendige volumen passende reagens i henhold til den fyldningsinformation, der er angivet i instrumentets software. Bemærk: Hver gang før brug skal alle reagenser tøs helt op, blandes (ved gentagen op- og nedpipettering eller hurtig vortex-blanding) og centrifugeres i mindst 3 sek. ved 6.800 x g. Undgå bobler eller skum, som kan medføre detektionsfejl. Arbejd hurtigt og hold PCR-komponenterne på is eller i køleblok før påfyldning. 14. Anbring reagensrørene uden låg i de rette positioner på forkølede adaptere til reagenser i henhold til de pågældende Applikationsark. 15. Læg engangsfilterspidser i skufferne Eluate and Reagents (Eluat og reagenser) og Assays (Analyser) efter det nødvendige antal af hver spidstype i henhold til det pågældende Applikationsark. 16. Luk skufferne Eluate and Reagents og Assays. 17. Når hver enkelt skuffe er lukket, trykkes på Scan for at starte indholdsscanningen for hver af skufferne. Indholdsscanningen kontrollerer pladser, adaptere, filterspidser og spidsskakt samt korrekt opfyldning af bestemte reagensvolumener. Kontrollér om nødvendigt, om der er nogen fejl. 14 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Analyseopsætningen starter automatisk, når oprensningsskridtet på QIAsymphony SP er afsluttet, og eluatracks er overført til QIAsymphony AS. 18. Når kørslen er færdig, trykkes på Remove (Fjern) på analyseopsætningsskærmen Overview (Oversigt). Åbn skuffen Assays og tag analyse-racket/ene ud. 19. Download resultat- og cyklusfiler. 20. Hvis der konfigureres flere batches på QIAsymphony AS i en integreret kørsel, genfyldes QIAsymphony AS-skufferne fra og med trin 8. 21. Gå videre til Protokol: RT-PCR på Rotor-Gene Q, side 16. 22. Gennemfør den regelmæssige vedligeholdelse af QIAsymphony AS under PCR-kørslen på Rotor-Gene Q eller senere. Eftersom arbejdsgangen er en integreret operation, rengøres alle instrumenter, når arbejdsgangen er afsluttet. Følg vedligeholdelsesvejledningen i Brugervejledningen til QIAsymphony SP/AS Generel beskrivelse. Sørg for at udføre vedligeholdelse jævnligt for at minimere risikoen for krydskontamination. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 15

Protokol: RT-PCR på Rotor-Gene Q Vigtige anvisninger før start Brug tid på at blive fortrolig med Rotor-Gene Q, før protokollen startes. Se instrumentets brugervejledning. Ved automatisk tolkning af PCR-resultaterne kan Rotor-Gene AssayManager* bruges i stedet for Rotor-Gene Q-softwaren. Sørg for, at alle 4 kvantiteringsstandarder samt mindst en negativ kontrol (vand, PCR-kvalitet) er med i hver PCR-kørsel. For at generere en standardkurve bruges alle 4 kvantiteringsstandarder, der medfølger (HI Virus-1 QS 1 4) for hver PCR-kørsel. Procedure 1. Luk PCR-rørene og anbring dem i den 72 brøndes rotor på Rotor- Gene Q. Sørg for at overføre Rotor-Gene Q 4-strip rør i den rigtige retning, så positionen viser køleadapter og rotor-match. Sørg for, at låseringen (tilbehør til Rotor-Gene-instrumentet) er placeret oven på rotoren for at forebygge utilsigtet åbning af rørene under kørslen. 2. Overfør cyklusfilen fra QIAsymphony AS til Rotor-Gene Q- computeren. 3. For at detektere HIV-1 RNA skal der oprettes en temperaturprofil og kørslen startes i henhold til det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. Softwarespecifikke oplysninger om programmering af Rotor-Gene Q findes i det pågældende Protokolark Settings to run artus QS-RGQ Kits (Indstillinger til kørsel af artus QS-RGQ-kit) på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. * Rotor-Gene AssayManager er efter planen tilgængelig ved udgangen af 2012. 16 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Tolkning af resultater Læs mere om tolkning af resultaterne i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. Fejlfindingsvejledning Denne fejlfindingsvejledning kan være nyttig til at afhjælpe eventuelle problemer. For yderligere information henvises også til siden Frequently Asked Questions [Ofte stillede spørgsmål] hos vort Technical Support Center: www.qiagen.com/faq/faqlist.aspx. Derudover svarer personalet fra QIAGENs tekniske service gerne på spørgsmål vedrørende enten informationen og protokollerne i denne håndbog eller prøve- og analyseteknologier (kontaktinformation: se bagsiden eller besøg www.qiagen.com). Generel håndtering Fejlmeddelelse vist på berøringsskærmen Kommentarer og forslag Hvis der vises en fejlmeddelelse under en protokolkørsel, se da de brugervejledninger, der leveres sammen med instrumenterne. Præcipitat i reagensbeholderen med åbnet beholder i QIAsymphony DSP Virus/patogen-kit a) Bufferfordampning For stærk fordampning kan medføre øget saltkoncentration eller nedsatte alkoholkoncentrationer i buffere. Kassér reagensbeholderen (RC). Sørg for at forsegle bufferbeholderne med en delvist brugt reagensbeholder (RC) med genbrugsforseglingsstrips, hvis de ikke bruges til oprensning. b) Opbevaring af reagensbeholder (RC) Opbevaring af reagensbeholder (RC) under 15 C kan medføre dannelse af præcipitater. Fjern om nødvendigt de brønde, der indeholder bufferne QSL2 og QSB1, fra reagensbeholderen (RC) og inkuber i et vandbad* i 30 minutter ved 37 C med jævnlig omrystning for at opløse præcipitatet. Sørg for at sætte brøndene ind på de rigtige pladser igen. Hvis reagensbeholderen (RC) allerede er gennembrudt, skal man sikre sig, at brøndene er genlukket med genbrugsforseglingstrips, derefter inkuberes hele reagensbeholderen (RC) i vandbad* i 30 minutter ved 37 C med jævnlig omrystning. * Sørg for, at instrumenterne regelmæssigt kontrolleres, vedligeholdes og kalibreres efter producentens vejledning. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 17

Lav ydelse af nucleinsyrer a) Magnetiske partikler blev ikke fuldstændigt resuspenderet Kommentarer og forslag Før proceduren startes, skal man sikre sig, at magnetpartiklerne er fuldt resuspenderede. Hvirvles i mindst 3 minutter før brug. b) Nedfrosne prøver blev ikke opblandet korrekt efter optøning c) Bærer-RNA (CARRIER) ikke tilsat d) Nedbrudte nucleinsyrer e) Ufuldstændig prøvelyse f) Tilstopning af pipettespids på grund af uopløseligt materiale Optø frosne prøver med let omrystning for at sikre omhyggelig blanding. Opbland bærer-rna (CARRIER) i Buffer AVE (AVE), og bland med den passende volumen Buffer AVE (AVE) som beskrevet i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrtpcrkitce.aspx. Gentag oprensningsproceduren med nye prøver. Prøverne blevopbevaret ukorrekt er udsat for for mange frysnings/optøningscyklusser. Gentag oprensningsproceduren med nye prøver. Kontrollér før brug, at Buffer QSL2 og QSB1 ikke indeholder præcipitater. Fjern om nødvendigt de brønde, der indeholder bufferne QSL1 og QSB1, fra reagensbeholderen (RC), og inkuber i 30 minutter ved 37 C med jævnlig omrystning for at opløse præcipitatet. Hvis reagensbeholderen (RC) allerede er gennembrudt, skal man sikre sig, at brøndene lukkes igen med genbrugsforseglingstrips. Derefter inkuberes hele reagensbeholderen (RC) i 30 minutter ved 37 C med jævnlig omrystning i vandbad.* Uopløseligt materiale blev ikke fjernet fra prøven før starten på QIAsymphony oprensningsproceduren. For at fjerne uopløseligt materiale ved virale applikationer centrifugeres prøven ved 3.000 x g i 1 minut, og supernatanten overføres til et nyt prøveglas. * Sørg for, at instrumenterne regelmæssigt kontrolleres, vedligeholdes og kalibreres efter producentens vejledning. 18 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Kommentarer og forslag QIAsymphony AS detekterer utilstrækkeligt Master Ikke alt Master overført til rør Kombinér alle rør i HI Virus-1 RG Master A i et enkelt kit i ét rør før brug. Kombinér alle rør i HI Virus-1 RG Master B i et enkelt kit i ét rør før brug. Viskøse reagenser kan være svære at håndtere med manuelle pipetter. Sørg for at overføre hele volumenen af Masteren til røret. For viskøse reagenser anbefaler vi at aspirere en ekstra volumen på 5 %, når der anvendes manuelle pipetter (f.eks. justér pipetten til 840 µl til en 800 µl volumen). Alternativt fjernes spidsen fra væsken, efter langsomt at have dispenseret væsken og udført en udblæsning af målrørets vægge, der gives slip på pipettestemplet, og der ventes yderligere 10 sekunder. Overskydende væske vil flyde ned ad spidsen og kan blæses ud ved at trykke på pipettestemplet endnu en gang. Anvendelsen af filterspidser af PCR-kvalitet mærket som lav tilbageholdelse kan forbedre udbyttet af væske. Intet signal ved positive kontroller (HI Virus-1 RG QS 1 4) i fluorescenskanal Cycling Green a) Den valgte fluorescenskanal for PCRdataanalyse stemmer ikke overens med protokollen Ved dataanalyse vælges fluorescenskanalen Cycling Green for analytisk HI Virus-1 PCR, og fluorescenskanalen Cycling Orange for intern kontrol PCR. b) Ukorrekt programmering af temperaturprofilen for Rotor-Geneinstrument Sammenlign temperaturprofilen med protokollen. Læs mere i det pågældende Applikationsark og Protokolark på www.qiagen.com/products/artushivirusrtpcrkitce.aspx. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 19

c) Ukorrekt konfiguration af PCR d) Opbevaringsbetingelserne for en eller flere kitkomponenter var ikke i overensstemmelse med de instruktioner, der er angivet i Opbevaring og håndtering af reagenser, (side 9) e) artus Hi Virus-1 QS-RGQ-kit er udløbet Kommentarer og forslag Sørg for, at analyseopsætningen er foretaget korrekt, og at der blev anvendt korrekt analyseparametersæt. Gentag om nødvendigt PCR. Læs mere i det pågældende Applikationsark på www.qiagen.com/products/artushivirusrtpcrkitce.aspx. Kontrollér opbevaringsbetingelserne og udløbsdatoen (se kit-etiketten) for reagenserne, og brug om nødvendigt et nyt kit. Kontrollér opbevaringsbetingelserne og udløbsdatoen (se kit-etiketten) for reagenserne, og brug om nødvendigt et nyt kit. Svagt eller intet signal fra den interne kontrol af en negativ plasmaprøve underkastet oprensning med QIAsymphony DSP Virus/patogen-kit i fluorescenskanalen Cycling Orange og samtidigt fravær af signal i kanalen Cycling Green. a) PCR-betingelserne stemmer ikke overens med protokollen Kontrollér PCR-betingelserne (se ovenfor), og gentag om nødvendigt PCR med korrigerede indstillinger. b) PCR blev hæmmet Sørg for, at du bruger den godkendte isoleringsmetode (se Protokol: RNA-isolering og analyseopsætning på QIAsymphony SP/AS, side 11), og følg nøje vejledningen. 20 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

c) RNA gik tabt under ekstraktionen d) Opbevaringsbetingelserne for en eller flere kitkomponenter var ikke i overensstemmelse med de instruktioner, der er angivet i Opbevaring og håndtering af reagenser, (side 9) e) artus Hi Virus-1 QS-RGQ-kit er udløbet Kommentarer og forslag Et fraværende signal fra den interne kontrol kan indikere tab af RNA under ekstraktion. Sørg for, at du bruger den godkendte isoleringsmetode (se Protokol: RNA-isolering og analyseopsætning på QIAsymphony SP/AS, side 11), og følg nøje vejledningen. Se også Lav ydelse af nucleinsyrer ovenfor. Kontrollér opbevaringsbetingelserne og udløbsdatoen (se kit-etiketten) for reagenserne, og brug om nødvendigt et nyt kit. Kontrollér opbevaringsbetingelserne og udløbsdatoen (se kit-etiketten) for reagenserne, og brug om nødvendigt et nyt kit. Signaler med de negative kontroller i fluorescenskanal Cycling Green af det analytiske PCR a) Der forekom kontamination under klargøring af PCR Gentag PCR med nye reagenser i replika. Luk om muligt PCR-rørene direkte efter tilsætning af den prøve, der skal testes. Sørg for, at arbejdsområdet og instrumenterne dekontamineres med jævne mellemrum. b) Der forekom kontamination under ekstraktion Gentag ekstraktionen og PCR af den prøve, der skal testes, med nye reagenser. Sørg for, at arbejdsområdet og instrumenterne dekontamineres med jævne mellemrum. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 21

Kvalitetskontrol I overensstemmelse med QIAGENs ISO-certificerede kvalitetsstyringssystem testes hvert lot af artus HI Virus-1 QS-RGQ-kits efter fastlagte specifikationer for at sikre en ensartet produktkvalitet. Ansvarsbegrænsninger Alle reagenser må udelukkende anvendes til in vitro-diagnostik. Produktet må kun anvendes af personale, som er specielt instrueret og uddannet i in vitro diagnostiske procedurer. Det er nødvendigt nøje at følge brugervejledningen for at opnå optimale PCRresultater. Bemærk nøje udløbsdatoer, der er trykt på æsken og etiketterne til alle komponenter. Brug aldrig for gamle komponenter. Selv om det er sjældent, kan mutationer i de stærkt konserverede områder af det virale genom, der dækkes af kittets primere og/eller probe, resultere i underkvantitering eller manglende evne til at detektere tilstedeværlsen af viruset i disse tilfælde. Analysedesignets gyldighed og ydeevne revideres med jævne mellemrum. Ydelsesegenskaber Se ydelsesegenskaberne for artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx. 22 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Referencer QIAGEN opretholder en stor, opdateret online-database over videnskabelige publikationer, der benytter QIAGENs produkter. Omfattende søgemuligheder gør det nemt at finde de artikler, der er brug for, enten ved en enkel søgning på nøgleord eller ved at specificere anvendelse, forskningsområde, titel, etc. En fuldstændig referenceliste kan fås ved at besøge QIAGENs referencedatabase online på www.qiagen.com/refdb/search.asp eller kontakte QIAGENs tekniske service eller den lokale forhandler. Symboler <N> Indeholder tilstrækkelige reagenser til <N> reaktioner Anvendes inden Medicinsk udstyr til in vitro-diagnosticering Katalognummer Lotnummer Materialenummer Komponenter Indeholder Nummer Temperaturbegrænsninger Fremstiller Læs brugsvejledningen Forsigtig artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 23

Kontaktoplysninger For teknisk bistand og yderligere information henvises til vort tekniske supportcenter på www.qiagen.com/support på tlf. +1 (00)800-22-44-6000, eller du kan henvende dig til en af QIAGENs tekniske serviceafdelinger eller lokale forhandlere (se bagsiden eller besøg www.qiagen.com). 24 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Bestillingsinformation Produkt Indhold Kat.nr. artus HI Virus-1 QS-RGQ Kit (24) Til 24 reaktioner: 2 Masters, 4 kvantiteringsstandarder, intern kontrol, vand (PCR-kvalitet) 4513363 artus HI Virus-1 QS-RGQ Kit (72) Til 72 reaktioner: 2 Masters, 4 kvantiteringsstandarder, intern kontrol, vand (PCR-kvalitet) 4513366 QIAsymphony RGQ-system QIAsymphony RGQ, System QIAsymphony SP, QIAsymphony AS, Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM, nødvendigt tilbehør og forbrugsartikler, installation og uddannelse 9001850 For opdateret licensinformation og produktspecifikke ansvarsfraskrivelser henvises til den aktuelle QIAGEN-kit-håndbog eller brugervejledning. QIAGEN-kit-håndbøger og brugervejledninger kan findes på www.qiagen.com eller kan rekvireres fra QIAGENs tekniske serviceafdeling eller den lokale leverandør. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 25

Denne side er med vilje tom 26 artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012

Denne side er med vilje tom artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbog 05/2012 27

Ved købet af dette produkt erhverver brugeren tilladelse til at bruge det til udførelse af diagnostiske serviceydelser til human in vitro-diagnostik. Derved gives intet generelt patent eller nogen anden tilladelse af nogen art ud over denne specifikke ret til anvendelse. Varemærker: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group). artus HI Virus-1 QS-RGQ.kit er et CE-mærket diagnosticsk kit i overensstemmelse med Rådets direktiv 98/79/EF om medicinsk udstyr til in vitrodiagnostik. Ikke tilgængeligt i alle lande. Aftale om begrænset licens Brug af dette produkt betyder, at enhver køber eller bruger af artus HI Virus-1 QS-RGQ-kittet accepterer følgende vilkår: 1. artus HI Virus-1 QS-RGQ-kittet må kun bruges i overensstemmelse med artus HI Virus-1 QS-RGQ-kit-håndbogen, og kun med de komponenter, der følger med kittet. QIAGEN giver ingen licens, under nogen intellektuel ejendomsret, til at bruge eller inkorporere komponenterne i dette kit med komponenter, der ikke er inkluderet i dette kit, undtagen som beskrevet i artus HI Virus-1 QS-RGQ-kitnhåndbogen og yderligere protokoller, som er tilgængelige på www.qiagen.com. 2. Ud over de udtrykkeligt givne licenser giver QIAGEN ingen garanti for, at dette kit og/eller brugen af det ikke overtræder tredjeparts rettigheder. 3. Dette kit og dens komponenter er under licens til engangsbrug og må ikke genbruges, genoprettes eller videresælges. 4. QIAGEN afviser specifikt alle andre licenser, udtrykte eller underforståede, end dem, der udtrykkeligt er angivet. 5. Køberen og brugeren af kittet indvilliger i ikke at tage eller lade andre tage skridt, der kunne føre til eller fremme handlinger, der forbydes ovenfor. QIAGEN kan håndhæve forbudene i denne begrænsede licensaftale i enhver domstol og vil inddrive alle undersøgelses- og retsomkostninger, herunder advokatsalærer, i ethvert søgsmål for at håndhæve denne begrænsede licensaftale samt alle deres intellektuelle ejendomsrettigheder i forbindelse med kittet og/eller komponenterne deri. For opdaterede licensbetingelser henvises til www.qiagen.com. 2010 12 QIAGEN. Alle rettigheder forbeholdes.

www.qiagen.com Australia techservice-au@qiagen.com Austria techservice-at@qiagen.com Belgium techservice-bnl@qiagen.com Brazil suportetecnico.brasil@qiagen.com Canada techservice-ca@qiagen.com China techservice-cn@qiagen.com Denmark techservice-nordic@qiagen.com Finland techservice-nordic@qiagen.com France techservice-fr@qiagen.com Germany techservice-de@qiagen.com Hong Kong techservice-hk@qiagen.com India techservice-india@qiagen.com Ireland techservice-uk@qiagen.com Italy techservice-it@qiagen.com Japan techservice-jp@qiagen.com Korea (South) techservice-kr@qiagen.com Luxembourg techservice-bnl@qiagen.com Mexico techservice-mx@qiagen.com The Netherlands techservice-bnl@qiagen.com Norway techservice-nordic@qiagen.com Singapore techservice-sg@qiagen.com Sweden techservice-nordic@qiagen.com Switzerland techservice-ch@qiagen.com UK techservice-uk@qiagen.com USA techservice-us@qiagen.com 1060923DA 142321914 Sample & Assay Technologies