Introduktion til Chemsketch

Transkript

1 Intrduktin til Chemsketch ChemSketch fra ACD er et kemisk rienteret tegneprgram, sm kan hentes via internettet fra webadressen Prgrammet er gratis, men du skal registreres sm bruger ved at plyse adresse, navn g pstadresse til ACD. Den indbyggede hjælp i ChemSketch er udmærket g desuden kan du hente meget instruktive animerede ChemSketch tutrials fra ACD s websted. I ChemSketch kan brugeren tegne strukturfrmler g verføre dem til 3D-mdeller. Der findes skabelner (i prgrammet kaldet templates) med tegninger af mere kmplekse mlekyler, sm fx aminsyrer, carbhydrater g DNA fragmenter. Prgramdelen ChemSketch indehlder et strukturmdul g et tegnemdul (se Figur 2). 3D-viewer er et selvstændigt prgram (se Figur 3). Figur 1. Ved start af ChemSketch afvikles en reklame fr ACDs prdukter. Efter 10 sekunder bliver Cancel-knappen aktiv, g man kan stppe reklamen. Figur 2. ChemSketch med aktivt strukturmdul. Fr at skifte til 3D-vieweren trykkes på knappen 3D. Figur 3. 3D-viewer. Prgrammet skal startes uafhængigt af Chemsketch. Derefter kan 3d Viewer aktiveres fra Chemsketch ved at der trykkes på knappen 3D. Omvendt i 3D Viewer. Strukturmdulet i ChemSketch I strukturmdulet tegnes kemiske strukturer, g der er mulighed fr at gemme g hente strukturer sm filer af typen *.sk2. Desuden kan man imprtere filer af frskellige andre typer, g der findes strukturskabelner, sm kan anvendes ved pbygning af strukturer. Det er simpelt at tegne carbnhydrider g simple rganiske mlekyler, hvr bindingsfrhldene er enkle. Side 1 af 1

2 Vælg strukturmdulet i ChemSketch: Tryk Hvis knapperne ikke allerede er aktive: Tryk g Klik på tegnefladen. Den kndenserede strukturfrmel fr methan, CH 4, tegnes Klik på C-atmet i frmlen fr methan Klik på et C-atm i frmlen fr ethan Nu skulle der gerne være tegnet strukturfrmler fr methan, ethan g prpan. Methan, ethan g prpan. Fr at tegne salte sm HNO 3 eller iner sm NO 3 - må man anvende frmelle ladninger i strukturen. I standardindstillingen viser ChemSketch ikke alle atmer. Visning af alle atmer indstilles sådan: Vælg menuen Tls Structure Prperties Dialgvinduet på figur 5 fremkmmer. Sæt flueben ved Shw Carbns Tryk Apply Indstillingen gælder nu fr strukturer, sm var markerede frinden g fr senere tegnede strukturer. Hvis indstillingen skal være standardindstilling i ChemSketch, definerer man den sm en typgrafi. Skriv Nrmal alle atmer Tryk Save Tryk Set Default Når mlekylets strukturfrmel er tegnet i strukturmdulet, kan frmlen verføres til en 3Dptimeret tegning i strukturmdulet: Tryk g Markér mlekylet med musen Tryk 3D ptimizatin Strukturen kan rteres: Tryk eller g Træk med musen Tegning af 2-chlrprpan efter 3Dptimering i strukturmdulet. Side 2 af 2

3 Reaktinsskemaer Ved brug af ChemSketch skriver du reaktinsskemaet fr en ligevægt således: Vælg et stf Vælg strukturmdul i ChemSketch. Placer t kpier af mlekylet ud fr hinanden på en tm side. Sørg fr plads til en reaktinspil mellem dem Tryk pil-iknen i skærmens venstre side Du får nu adgang til en pil-værktøjskasse: Klik på den lille nedad-pil fr at få adgang til at vælge pil-type. Vælg en dbbelt-pil (reaktinspil) Indsæt den valgte reaktinspil mellem de t mlekyler ved at hlde venstre musetast nede g trække en lille firkant ud. Heri fremkmmer så den ønskede reaktinspil. I strukturmdulet ser du i værktøjsbjælken til venstre på skærmen en ikn. Lad musen hvile på A + et øjeblik g se teksten: Increment (+) Charge (frøg (+) ladning). Markøren bliver til et + inde på tegnefladen. Klik på A + (men klik uden fr den lille hvide trekant den prøver vi lige m lidt). Klik på det atm, der mdtager prtnen ved prtnverførslen (altså basen). Atmsymblet frsynes med et + g et hydrgenatm bliver tilføjet. Klik nu på den lille hvide trekant i A + -iknen: Vælg A (Decrement (-) Charge) Tip: Hvis du vil have de t strukturfrmler g reaktinspilen til at stå pænt i frhld til hinanden, så kan du i Draw Mde markere alle tre bjekter ved at trække en kasse uden m dem med musen. Vælg først den hvide pil til venstre på værktøjsbjælken fr at kunne markere bjekterne. Når alle tre bjekter er markeret (vist med srte håndtag), klikker du på iknen vist til højre. De markerede bjekters centre bliver lagt på linie. Du kan i Draw Mde slå de tre bjekter sammen til ét bjekt, så bliver det nemmere at flytte eller kpiere. Vælg Object Grup (eller tast Ctrl+G). Side 3 af 3

4 Tryk Apply Indstillinger gælder fr markerede bjekter. Hvis ingen bjekter er markerede, bliver indstillinger gemt sm standardindstillinger. En kedelig grå figur dækker nu den fltte strukturfrmel. Flyt plygnen bag ved strukturfrmlen: Vælg Object Send t Back Det kan være nyttigt at samle strukturfrmel g baggrunden til ét bjekt. Marker dem begge g tast Ctrl+G Sådan gemmer du din mlekylmdel Fr at gemme en mlekylefrmel, sm er lavet i ChemSketch, skal du vælge File Save. Mlekylet bliver gemt sm en fil i ChemSketch s eget filfrmat (.sk2) g kan senere åbnes i ChemSketch. Hvis du vil anvende mdellen i andre prgrammer, skal du gemme i et filfrmat (fx MDL MOL-file), sm kan genkendes i andre prgrammer. Her skal du anvende exprtfunktinen: Vælg File exprt File frmat: MDL MOL-file (*.ml) 3D-visning 3D-viewer kan startes fra ChemSketch. Det gøres på følgende måde: Vælg ACD/Labs 1 3D Viewer Du kan skifte mellem at vise en strukturfrmel i tegnefeltet i ChemSketch g en rumlig mdel af mlekylet i 3D-viewer. Når begge prgrammer er indlæst, ptræder t knapper nederst til venstre i ChemSketch s vindue. De kan bruges til skift mellem prgrammerne. Fr at få den fulde 3D-effekt må man verføre strukturen til 3D-viewer: Markér struktur Tryk Strukturen verføres til 3D-viewer. Tryk fr at 3D-ptimere strukturen Strukturen kan vendes g drejes vha. musen: Mdel af 2-chlrprpan i 3D-viewer. Side 4 af 4

5 Tryk fr at autrtere mdellen Man kan verføre flere markerede strukturer fra strukturmdulet i ChemSketch til 3Dviewer. Strukturerne bør da frinden én fr én være udsat fr 3D-ptimering i strukturmdulet g være pænt arrangeret på tegnefeltet. Det er bedst at udføre 3Dptimering i 3D-viewer med et mlekyle ad gangen. Tryk Tryk fr at verføre strukturen til 3D-viewer Tryk i knappanel eller højreklik på mdellen g vis mdellen på frskellig måde (pinde-, stav-, kaltmdel). Mlekylet kan rteres ved hjælp af musen: Mdel af prpan i 3D-viewer. Klik g træk med musen Bindingsvinkler g bindingslængder I ChemSketchs 3D-viewer er det muligt at måle bindingsvinkler g bindingslængder i mlekyler. Tegn methylcyclbutan g verfør tegningen til 3D-viewer. Optimer strukturen Måling af bindingslængden mellem atmer: Tryk g klik på t nabatmer Atmerne farvemarkeres g nederst i skærmbilledet ser man bindingslængden. Måling af bindingsvinklen mellem 3 atmer: Methylcyclbutan i 3D-viewer. Tryk g klik på tre atmer, der definerer en bindingsvinkel Man ser bindingsvinklen nederst i skærmbilledet. Side 5 af 5

6 Sådan indsættes mlekylmdellen i tekstbehandlingsprgram Indsættelse af stregfrmel (2D) Øverste venstre hjørne af værktøjslinien skal have dette udseende inden du markerer stregfrmler. Bemærk de t knapper, der er trykket ind. Herefter markerer du mdellen ved at trække med venstre museknap hen ver det ønskede. Kpier på sædvanlig vis til udklipshlderen. Markering i Structure Mde Markering i DRAW Mde Kpieret til tekstdkument Indsættelse af rumlig mlekylmdel (3D) Tegn først en strukturfrmel (fx prpansyre). Sørg fr, at 3D-viewer er aktiv (Menuen ACD/Labs 3D-viewer) Vend evt. tilbage til ChemSketch I nederste venstre hjørne har du følgende knapper. Ved at trykke på Cpy t 3D verføres det aktuelle mlekyle til 3Dvieweren. Fr at få de rigtige rumlige frhld g fr at hydrgenatmerne kan vises i 3D-mdellen, skal denne 3D ptimeres. Dette gøres ved at aktivere knappen 3d-Optimize. Iknet er et lille tetraeder. Fr at skifte til hvid baggrundsfarve i 3D aktiveres Set clrs. (Knappen med et A). Her vælges baggrundsfarven hvid. Vælg Edit Cpy Side 6 af 6 Mlekylmdellen fra 3D viewer er nu anbragt i udklipshlderen g kan indsættes i tekstdkumentet. Du ser resultatet her til venstre. I et tekstbehandlingsprgram kan du fremstille en tabel g placere frmler, strukturer etc. af udvalgte stffer i tabellen ver fr hinanden. Det vil være en gd ide at frsyne hvert billede med stffets navn. Brug evt. "Indsæt speciel" i Wrd, når de kpierede figurer skal

7 indsættes i et Wrd dkument. Tegnemdulet i ChemSketch I tegnemdulet kan man tegne linier, pile, kurver, kasser, cirkler g tekstbbler samt skrive tekst g manipulere disse billedelementer. Man kan på denne måde skabe en baggrundstegneflade fr mlekylstrukturer, der tegnes i strukturmdulet. Tegninger kan eksprteres i frskellige filfrmater eller kpieres til andre windwsprgrammer gennem Windws klippebrd. Strukturer g tegninger kan gemmes g anvendes sm skabelner. Frantz W. S. Pedersen, Syddansk Universitet, Odense har fx lavet en skabeln med detaljerede tegninger af labratrieudstyr. Skabelnen er til fri afbenyttelse g kan hentes fra hans hjemmeside ( sammen med en vejledning. Vejledning til labratrieudstyrsskabeln Installatinsvejledning Dkumentet labudstyr.sk2 (i templates flderen) indehlder tegninger af labratrieudstyr, dvs. de "byggekldser" sm bruges ved fremstillingen af illustratiner af labratriepstillinger, fx til øvelsesvejledninger. Det er meningen, at dkumentet labudstyr.sk2 skal installeres sm en skabeln. Fremgangsmåden er: Flyt dkumentet Labudstyr.sk2 til mappen Template i din ChemSketch-mappe. Start ChemSketch. Sørg fr at knappen Structure er aktiv. Vælg menupunktet Templates Template Organizer Tryk på New i dialgbksen. Skriv Labudstyr i feltet Template. Brwse frem til filen \Template\LabUdstyr.sk2, så den står i feltet Dcument. Klik på OK. Sæt flueben ved Labudstyr i listen. Klik på OK. Tryk på knappen Draw i værktøjslinien. Side 7 af 7

8 Nu er du klar til at bruge templaten (skabelnen): Tryk template-knappen. Vælg Labudstyr i listen til venstre. Nu ser du en af de fire sider templaten består af. Du kan skifte mellem siderne øverst i dialgbksen. Find vaskeflasken g klik på den. Venstreklik g højreklik et sted i dkumentvinduet. Marker bjektet g tryk Ungrup-knappen ud. Objektet falder fra hinanden i t naturlige dele sm kan benyttes hver fr sig. En lang række af bjekterne har denne egenskab - så prøv dig frem! Når bjekterne skal sættes nøjagtigt sammen (f.eks. slibudstyr), er det en frdel at arbejde i 400%. Slå Snap n Grid fra i menuen Optins, så du har fuld kntrl ver placeringen af de enkelte bjekter. Til sidst et lille hint til brugen af "gummislanger". Slangen er tegnet sm en gruppe af 4 elementer; dvs. at du efter at have valgt den g have trykket på, kan flytte enderne hen, hvr de skal være. Selve slangen består af 2 Bezier-kurver, hvis længde g frm kan redigeres, når du har valgt. Side 8 af 8