Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Årsberetning 2013

Transkript

1 Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Årsberetning 2013

2 2 Forord 4 Medarbejdere på KMA 5 Produktion 6 Sådan finder du KMA midt i en byggeplads 9 Brug af UV-lys til at nedsætte biofilminfektioner på centrale venekatetre 10 Forenkling af prøvemodtagelse og transport med genetisk undersøgelse af fæcesprøver 12 Bioanalytiker holder foredrag på ECCMID i Berlin 13 ScandTick et samarbejde mod flåtbårne sygdomme 14 CFB-infect Cystisk Fibrose Børneinfektionsprojekt 16 Fagocytlaboratoriets beskrivelse af et forskningsprojekt fra Det erhvervsrettede uddannelseslaboratorium (UddX) 20 LUA Forum KMA og ISIM - et samarbejde om undervisning og forskning 24 Valgt til RegionH, Regionsrådet (Niels Høiby) 25 Professor i Klinisk Parasitologi (Jørgen Kurtzhals) 26 Bevilling: 2,5 mio. kr. til forskning i luftvejsinfektioner hos CF patienter (Helle Krogh Johansen) 27 Forskning i kroniske infektioner udløser pris og bevilling (Thomas Bjarnsholt) 28 EUROBIOFILMS Bedst i lysmikroskopi (Casper Hempel) 29 Publikationer Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Årsberetning 2013 Ansvarlig for indhold: konstitueret klinikchef Liselotte Højgaard og ledende bioanalytiker Annette Dreyer Redaktion: Kommunikationsmedarbejder Mie Hørbo Layout: Eckardt ApS Print: Sangill Grafisk Udgivet maj 2014

3

4 Forord Tak til alle, der i 2013 har bidraget til den gode, faglige udvikling på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling (KMA). Driften er blevet afviklet med høj faglig kvalitet til fordel for patienterne på Rigshospitalet, og forskningen er af høj kvalitet til gavn for morgendagens patienter nationalt og internationalt. KMA udførte analyser i 2013 og publicerede 60 videnskabelige arbejder (peer review artikler). KMA har et tæt samarbejde med Københavns Universitets Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi, ISIM, både i relation til forskning og uddannelse af lægestuderende. Det gode samarbejde er meget værdsat. Overlæge Ph.d. Jørgen Kurtzhals blev udnævnt til professor i klinisk parasitologi 1. maj 2013 ved ISIM, KU Sund. Civilingeniør Thomas Bjarnsholt, laboratorieleder på KMA, forsvarede sin doktordisputats 31. maj 2013 på KU Sund. Disputatsen er udarbejdet i et samarbejde mellem KMA og ISIM. Thomas er pr. 1. marts 2014 udnævnt til professor ved ISIM, KU Sund. I året der er gået, blev overlæge Michael Tvede udnævnt som klinikchef pr. 1. februar 2013 og gik på pension 31. januar Professor Niels Høiby blev i november 2013 valgt til medlem af Regionsrådet i Region Hovedstaden, og KMA siger tillykke med den betydningsfulde post. I slutningen af året blev det besluttet, at rutinefunktionen på afsnit 7602 skulle lægges sammen med afsnit 9301 primo 2014 for at gøre det daglige arbejde mere hensigtsmæssigt for prøvetransport og personale på KMA. Det har været en stor logistisk udfordring, men takket være den brede opbakning fra alle ansatte på KMA, har flytning og ombygning forløbet ganske effektivt. Tak til alle på KMA for den store indsats i Tak for godt samarbejde til henvisende afdelinger på Rigshospitalet og tak for godt forskningsmæssigt samarbejde nationalt og internationalt. Annette Dreyer Ledende bioanalytiker Liselotte Højgaard, Professor, dr. med. Konstitueret klinikchef KMA fra Klinikchef Klinisk Fysiologi, Nuklearmedicin & PET 2 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

5 Konstitueret klinikchef med stil og power Medio oktober 2013 tiltrådte Liselotte Højgaard som konstitueret klinikchef på KMA. Liselotte er klinisk fysiolog, klinikchef og professor på klinik for Fysiologi- Nuklearmedicin på Rigshospitalet, en afdeling der tegner ca. 200 ansatte. Liselotte har været, og er, en fantastisk hjælp og støtte i den periode hvor afdelingen har været uden en klinikchef, der er klinisk mikrobiolog. Der er pågået en stor udvikling i afdelingen, med organisatoriske ændringer og planlægning af opsætning af mulige analyser både inden for parasitologi og virologi. Afdelingen har fået den støtte der skulle til, for at sikre den gode udvikling på afdelingen kunne fortsætte inden for diagnostik, forskning og uddannelse. Afdelingen glæder sig over klinikchefstillingen blev opslået d. 8 marts 2014, og ser frem til ansættelse af den kommende klinikchef. På vegne af KMA, ledende bioanalytiker Annette Dreyer ÅRSBERETNING

6 Medarbejdere på KMA Afdelingsledelse Konstitueret klinikchef, professor, overlæge, dr. med. Liselotte Højgaard Ledende bioanalytiker, Annette Dreyer Overlæger Professor, overlæge, dr. med. Niels Høiby Professor, overlæge, Ph.d. Jørgen Kurtzhals Overlæge, dr. med. Helle Krogh Johansen Konstitueret overlæge, Ph.d. Claus Moser Overlæge Michael Tvede (indtil ) Læger Afdelingslæge, Ph.d. Claus Bohn Christiansen Vikarierende afdelingslæge, Ph.d. Zhijun Song 6 reservelæger i uddannelsesstillinger Forsknings- og laboratorieledere Professor, Ph.d. Thomas Bjarnsholt Peter Østrup Jensen, Ph.d. Nikolai Kirkby, Ph.d. Arsalan Kharazmi, Ph.d. Forskningsassistenter, Ph.d.-studerende og specialestuderende Bioanalytikere og hospitalsmedhjælpere Afdelingsbioanalytiker Vibeke Clausen Afdelingsbioanalytiker Maria Björnsdottir Konstitueret afdelingsbioanalytiker, Ala Nassereddin Bioanalytikerunderviser, Mette Jørgensen Bioanalytikerunderviser, Louise Thomsen 38 bioanalytikere/laboranter 2 Hospitalsmedhjælper Sekretariatet Kommunikationsmedarbejder og leder af sekretariatet Mie Hørbo 3 sekretærer Infektionshygiejnisk Enhed (selvstændig afdeling med laboratorier på KMA 7602) Overlæge Leif Percival Andersen Hygiejnesygeplejersker: Lisbeth Bergen (orlov til , vikar Suzanne Pollas) Helle Neustrup, vikar Anni Juhl-Jørgensen til 01/07/14. Sekretær Tanja Møller Andersen

7 Produktion Oversigt over afdelingens produktion gennem de sidste fem år som antal udførte analyser pr. år. Oversigten indeholder følgende områder: Bakteriologi, virologi, parasitologi og hospitalshygiejne. Analyser i alt ÅRSBERETNING

8 Sådan finder du KMA midt i en byggeplads RegionH udvider Rigshospitalet, ved at opføre en Nordfløj til behandling og forskning, et patienthotel, et parkeringshus og en sterilcentral. Den omfattende byggeproces medfører, at tilkørslen til Klinisk Mikrobiologisk Afdeling på Juliane Maries Vej 22 vil være ændret i 2014 og en del år frem. 6 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

9 Universitetsparken JAGTVEJ Jagtvej Øster Allé Nørre Allé Henrik Harpestrengs Vej Fælledparken Frederik V s Vej Rig igshospitalet t Tagensvej Blegdamsvej Adgang fra Nørre Allé Kør ad Universitetsparken Drej til højre og følg Edel Sauntes Allé Drej til venstre ad Frederik V s Vej Drej til højre ad Henrik Harpestrengsvej Adgang fra Blegdamsvej Kør ad Frederik V s Vej Drej til venstre ad Henrik Harpestrengsvej Læs mere om Det Nye Rigshospital her: nythospital/menu/projektet/nordfloejen/ Nordfløjen.htm

10 8 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

11 Brug af UV-lys til at nedsætte biofilminfektioner på centrale venekatetre V/ Konstitueret overlæge, Ph.d. Claus Moser Medicinske biofilminfektioner på fremmedlegemer er et velkendt problem. Særligt fremmedlegemer med kontakt til huden er udsatte, herunder urinvejskatetre, vejrtrækningstuber og centrale venekatetre. Biofilminfektioner kan ofte holdes nede med lokal antibiotika, eller ikke antibiotiske strategier som ethanoleller saltsyreskylning. Men oftest kan infektionerne ikke elimineres helt og på sigt, er man derfor tit nødt til helt at fjerne fremmedlegemet. 30 mill. kr. til konceptudvikling med UV-lys En ny strategi til at forebygge biofilminfektioner er udviklet fra lyslederteknologi og lysdioder, hvor viden om fototeknik og optik (drevet af hurtigere telekommunikation) kan bruges til udvikling af nyt medicinsk udstyr. UVlys er effektivt til at slå mikroorganismer ihjel, men har været teknisk vanskeligt at benytte. Den nyeste lyslederog polymerteknologi giver nu i samspil med udvikling af lysdioder mulighed for at lede UV-lys til netop de steder på udstyret, hvor biofilmen sidder - også inde i patientens krop. Lige inden jul 2013 har Forsknings- og Innovationsstyrelsen bevilget 30 mill. Kr. til at videreudvikle dette koncept ved en række innovative virksomheder samt én stor kateter producent, Teknologisk Institut og, Klinisk Mikrobiologisk Afdeling på Rigshosptalet.. Figur med angivelse af, hvor biofilminfektioner findes. Delt op i fremmedlegeme relaterede og i vævsrelaterede biofilminfektioner (fra Lebeaux et al. 2013). ÅRSBERETNING

12 Forenkling af prøvetagning og transport med genetisk undersøgelse af fæcesprøver V/ Cand.scient i parasitologi Anna Kildemoes og professor, overlæge, Ph.d. Jørgen Kurtzhals Klokken er kvart over tre og prøvemodtagelsen er lukket. Trafikproppen på Jagtvej vandt. Den stadig kropsvarme fæcesprøve gemt godt helt inde på maven er gået til spilde. Om igen i morgen. Kropstemperatur og kort transporttid er nemlig nødvendig for at bevare de skrøbelige tarmamøber, så de kan ses i mikroskop. Disse prøvekrav er en logistisk udfordring for både patienter og personale, som vi gerne vil gøre mere fleksible uden at give køb på kvaliteten. Verdenspremiere på parasit-panelkit til PCR-robot Detektion af parasit-dna med PCR-metoden er en oplagt og udbredt metode til at omgå behovet for intakte mobile amøber og et godt supplement til mikroskopi af tarmparasitter. Fæcesprøver er dog fulde af DNA fra mange kilder bl.a. mad, mikroflora og andre patogener, og desuden kan de indeholde stoffer, der hæmmer DNA-påvisningen. Begge dele kan give udfordringer for PCR-metodens følsomhed og specificitet. Derfor afprøver parasitlaboratoriet i samarbejde med Becton Dickinson i øjeblikket et parasit-panelkit til PCR platformen Giardia trofozoitter 10 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

13 Kongres: Tropemedicin og International Sundhed mødtes i Tivoli kongrescenter 1100 deltagere var med, da de to traditionsrige kongresser slog pjalterne sammen i Tivoli Kongrescenter, til 4 intensive dage med 6 parallelle spor. kaldet BD-MAX. BD-MAX er en fleksibel kasettebaseret PCR-robot, som allerede bruges på daglig basis til detektion af toxin fra bakterien Clostridium difficile. Faktisk er der tale om en verdenspremiere, da vi er blandt de allerførste til at afprøve panelkittet, som tidligst lanceres på markedet i april De foreløbige resultater med BD-MAX Panelkittet detekterer tarmparasitterne Giardia lamblia, Cryptosporidium hominis/parvum og Entamoeba histolytica. Disse tre tarmparasitter forårsager typisk symptomer som diarré, som kan være langvarig og livstruende hos immunsvækkede personer, og de ses også hyppigt efter udlandsophold i områder med dårlige sanitære forhold. Vi afprøver kittet på fæcesprøver, som allerede er fundet positive ved mikroskopi for en række af forskellige tarmparasitter. De foreløbige resultater viser god følsomhed og specificitet for Giardia lamblia og Cryptosporidium hominis/parvum. Derimod viser Entamoeba histolytica sig lidt genstridig, og vi arbejder i øjeblikket på at forbedre sensitiviteten ved blandt andet at inkorporere et opkoncentreringstrin, inden prøven overføres til PCR robotten. Hvis vi opnår god følsomhed og specificitet for de tre protozoer vil panelkittet i fremtiden blive brugt som supplement til mikroskopi i rutinediagnostikken. Forhåbentlig vil dette betyde at behovet for friske varme fæcesprøver, leveret inden for få timer, daler til fordel for både patienter og personale. V/ Professor, overlæge, Ph.d. Jørgen Kurtzhals Tropemedicin og International sundhed har traditionelt fokuseret på infektionssygdomme, ikke mindst parasitinfektioner som malaria, bakterielle sygdomme som tuberkulose og virusinfektioner som HIV. Men verden i dag står overfor store udfordringer med ikke-smitsomme sygdomme som diabetes, hjerte-kredsløbssygdomme og cancer. Kongressen (den sep. 2013) afspejlede denne spændvidde i global sundhed. Antibiotikaresistente bakterier i Afrika Jørgen Kurtzhals, professor, overlæge, Ph.d. på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Rigshospitalet, fortæller: Kongressen havde en session om antibiotikaresistente bakterier i Afrika. Det var en nyskabelse i en tropemedicin kongres, og præsentationerne bevidnede, at det er på høje tid, at der bliver gjort en indsats på området. Det afrikanske marked er oversvømmet med antibiotika af dårlig kvalitet og fødevarer med antibiotikarester. Ikke mindst importerede varer, som afspejler, at Afrika stadig bruges til at skille sig af med produkter, som ikke kan sælges i andre dele af verden. Resultatet er blevet en skræmmende høj forekomst af multiresistente bakterier, som i mange tilfælde gør det næsten umuligt at behandle livstruende infektioner. Klinisk Mikrobiologisk Afdeling på Rigshospitalet havde en stor aktie i kongressen via medlemskab af den lokale organisationskomité og med chairpersons og præsentationer ved flere af sessionerne. p Læs mere om kongressen på

14 Bioanalytiker holder foredrag på ECCMID i Berlin ECCMID: European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases Hos alvorligt syge voksne og børn kan en influenza være dødelig, og det er vigtigt, at lægerne har en behandling der virker. Influenzavirus kan imidlertid udvikle resistens overfor tamiflu, som er et af de lægemidler, der findes til behandling af influenza. Konstitueret afdelingsbioanalytiker på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Alá Nassereddin, fortæller: -Jeg blev meget glad, da vores abstract blev optaget på ECCMID i Berlin. Det er første gang bioanalytikere fra vores afdeling får abstracts optaget på denne kongres, og så fik vi endda to abstracts med fra Klinisk Mikrobiologisk Afdeling. Men det var endnu større, da vi også blev inviteret til at holde foredrag. Det var noget af en mundfuld, at skulle stå overfor så mange læger og bioanalytikere og fremlægge resultater. Jeg var nervøs, men jeg gjorde det, og jeg vil til hver en tid gøre det igen, for det var en oplevelse! Alá Nassereddin har været med til at lave en undersøgelse af forekomsten af tamifluresistens hos patienter med længerevarende influenza A. Alá siger yderligere: -Det har virkelig været spændende og meningsfuldt at dykke ned i patienternes sygehistorier, indsamle og analysere data og dermed være med til at forsøge at optimere behandlingen hos alvorligt syge voksne og børn med Influenza. Jeg har desuden fået meget opbakning fra afdelingen og især min vejleder, afdelingslæge Claus Bohn Christiansen, har været en rigtig god vejleder. Det var også ham, samt den ledende bioanalytiker Annette Dreyer, der opfordrede mig til at sige ja til at præsentere vores resultater ved et foredrag på ECCMID. Og det er jeg rigtig glad for. 12 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

15 ScandTick - et samarbejde mod flåtbårne sygdomme Seminar om flåtoverførte infektioner V/ Afdelingslæge, Ph.d. Claus Bohn Det er vigtigt, at vi deler vores forskningsresultater i ScandTick gruppen og også med øvrige interessenter, for på den måde at forbedre diagnostik og behandling af de patienter der bliver ramt af borrelia eller øst-europæisk hjernebetændelse. Torsdag d. 5. september 2013 afholdt arbejdsgruppen ScandTick seminar om flåtoverførte infektioner i Øresund-Kattegat-Skagerak regionen. Afdelingslæge på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Claus Bohn Christiansen var med til at arrangere programmet og fortæller: -Formålet med seminaret var at samle alle de personer der arbejder med flåtoverførte sygdomme i ScandTick regi for at udveksle idéer og planlægge det fremtidige samarbejde. Det er vigtigt, at vi deler vores forskningsresultater i ScandTick gruppen og også med øvrige interessenter, for på den måde at forbedre diagnostik og behandling af de patienter der bliver ramt af borrelia eller øst-europæisk hjernebetændelse. ÅRSBERETNING

16 CFB-infect Cystisk Fibrose Børneinfektionsprojekt Der ligger et mangeårigt forskningssamarbejde mellem Institut for System Biologi på DTU og KMA på Rigshospitalet til grund for projektet. Tilbage i 00 erne fokuserede vi på den kroniske Pseudomonas aeruginosa lungeinfektion hos cystisk fibrose (CF) patienterne. Her viste vi, at mange voksne CF patienter er inficeret med en af de to dominante kloner, som findes i CF-klinikken på Rigshospitalet, enten DK1 eller DK2. De to kloner har i mere end bakteriegenerationer tilpasset sig livet i CF lungerne. Den ene klon, DK1, har løbende tilpasset sig via genetiske forandringer så som hypermutabilitet, stor klon diversitet og sameksisterende kloner. Det er i modsætning til DK2 klonen, som har tilpasset sig ved helt fra begyndelsen af lungeinfektionen ved at akkumulere mutationer i 4 meget vigtige regulatoriske gener: muca og algt (mukoiditet), rpon (alternativ σ-faktor som er vigtig for transkriptionen) og lasr (quorum-sensing). For at undersøge hvad der sker i de første generationer før bakterier etablerer sig kronisk i lungerne hos CF patienterne, har vi i de sidste 8-10 år samlet de første og efterfølgende P. aeruginosa isolater fra øvre og nedre luftveje hos CF patienterne. Blandt de ca. 80 patienter som vi har longitudinelle isolater fra, har vi ud fra kliniske data, laboratorieoplysninger og antallet af isolater fra hver patient valgt 41 modelpatienter, hvorfra vi har hel-genomsekventeret mere end 500 isolater (Figur 1). CFB-infect gruppen består af 2 post.doc, 6 Ph.d.- studerende og 2 seniorforskere. I løbet af 2013 har vi etableret en række nationale og internationale samarbejder bl.a. med kolleger på DTU - Novo Nordisk Center for Biosustainability i Hørsholm (CfB) og på Nano-DTU, i Oxford, i Exeter, på Imperial College i London, på Stanford University, i San Diego, i Argentina, i Firenze, i Greifswald, i Madrid og i Grenoble. Hovedformålet med vores CFB-infect aktiviteter er at arbejde så translationelt som muligt. Det betyder, at de resultater vi opnår gerne skulle kunne bruges i klinikken, Figur 1. Prøve-flow fra A) patient til B) genomsekventering til C) bioinfomatiske analyser og fylogenetiske træer som illustrerer slægtskabet mellem de forskellige bakterielle kloner hos CF patienterne. 14 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

17 V/ Overlæge, dr. med., Novo Nordisk Fonds Klinisk Forskningsstipendiat Helle Krogh Johansen, post.doc, Ph.d. Rasmus Lykke Marvig og professor, Ph.d. Søren Molin. Hovedformålet med vores CFB-infect aktiviteter er at arbejde så translationelt som muligt. Det betyder, at de resultater vi opnår gerne skulle kunne bruges i klinikken, fx til tidligere diagnostik af bakterieinfektioner samt give os større viden om persistens med særlig fokus på patho-adaptive mutationer hos bakterierne. fx til tidligere diagnostik af bakterieinfektioner samt give os større viden om persistens med særlig fokus på patho-adaptive mutationer hos bakterierne. De bioinformatiske resultater for de første 500 genomsekvenser er ved at være færdiganalyseret. Derudover har vi fokuseret på persistente versus non-persistente kloner, patho-adaptive mutationer og diversitet i de 53 forskellige klontyper som vi har fundet i vores børnepatienter (Figur 2). Desuden har vi arbejdet med mikrobiomer blandt de kronisk inficerede patienter og har fokus på resistensudvikling og kendte og ukendte mutationer i relation til de antibiotikabehandlinger, som benyttes i CF-klinikken. I det kommende år planlægger vi et stort projekt om metabolisme og Genome Scale Models (GSM) samt transkriptom undersøgelser på udvalgte isolater, hvor vi vil se nærmere på two-component switch systemer. Figur 2. Oversigt over 474 longitudinelt indsamlede og genomsekventerede P. aeruginosa isolater fra 34 cystisk fibrose patienter. Hvert symbol repræsenterer et sekventeret isolat. Akserne angiver dels årstallet hvor isolatet er dyrket dels fra hvilken CF patient isolatet stammer. Vi vil gerne takke alle bioanalytikere og sekretærer på KMA for den store hjælp og interesse, som I alle udviser for at få dette projekt til at fungere tusind tak. ÅRSBERETNING

18 Inside out. Udsigt fra den anaerobe bænk, hvor Fagocytlaboratoriet undersøger betydningen af host-depleted og host-derived elektron-acceptorer for udviklingen af infektion. 16 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

19 Fagocytlaboratoriets beskrivelse af et forskningsprojekt fra 2013 V/ Forskningsleder Ph.d. Peter Østrup Jensen I 2013 fik Fagocytlaboratoriets antaget et studie om lattegas (N 2 O) produktion i sputum fra cystisk fibrose (CF) patienter med kronisk Pseudomonas aeruginosa lungeinfektion til publikation. Vores opdagelser I CF sputum har vi tidligere vist, at aktive neutrophilocytter accelererer iltsvindet ved at danne reaktive oxygen og nitrogen arter, samt at aerob respiration kun forbruger ilt i ringe grad. Derfor mener vi, at det intensive neutrophilocyt respons påvirker mikromiljøet i CF patienters inficerede endobronkiale mukus ved at skabe iltsvind og øge mængden af nitrat (NO 3- ) og nitrit (NO 2- ). Da der er observeret vækst af P. aeruginosa i CF sputum, forventede vi at, P. aeruginosa i CF sputum kan opnå energi til vækst, ved anerob respiration vha. dentrifikation. For at demonstrere denitrifikation brugte vi mikrosensorer til at undersøge dynamikken af N 2 O indholdet i sputum fra inficerede CF patienter. Vi fandt lokal produktion og forbrug af N 2 O i iltfrie områder af sputum. Desuden fandt vi et forbrug af NO 3 - og NO 2-, der er nødvendige som elektron acceptorer ved denitrifikation. På baggrund heraf foreslår vi, at P. aeruginosa tilpasser sig neutrophilocytternes fjernelse af ilt og forsyning af NO 3 - og NO 2-, ved at anvende denitrifikation for at opnå energi. Bakteriers evne til at tilpasse sig til iltsvind kan have konsekvens for forløbet af infektionen. Vi har allerede vist, at tilgængeligheden af ilt påvirker aktiviteten af antiobiotika, idet den baktericidale aktivitet af ciprofloxacin nedsættes ved dentrifikation under iltfrie forhold, mens den baktericidale aktivitet af colistin øges. Desuden er vi færd med at undersøge, om P. aeruginosa kan anvende denitrifikation ved fysiologiske koncentrationer af NO 3 - til at opnå vækstrater, der tilsvarer vækstrater observeret i CF sputum og lunger, og om dentrifikation kan bidrage til CF pathogeners evne til at forårsage lungeskader. Undersøgelserne foregår på KMA og er baseret på samabejde med kliniske mikrobiologer, pædiatrikere, civilingeniører, farmaceuter, mikrobiologer, marinbiologer og zoologer fra bla. Rigshospitalets Børneafdeling GGK- 5003, Københavns Universitet, Tyskland, England, USA og Japan. Microsensor måling af N 2 O og O 2 gradienter i sputum. (A) Nærbillede af microsensor i sputum prøve fra cystic fibrosis patient med kronisk P. aeruginosa lunge infektion. (B) Repræsentative microprofiler af N 2 O og O 2 i en CF sputum prøve. (C) Model af de involverede PMN- and biofilm processer i CF sputum til forklaring af microprofilerne. ÅRSBERETNING

20 Det erhvervsrettede uddannelseslaboratorium (UddX) Undervisning, uddannelse samt nye metoder og arbejdsgange Klinisk Mikrobiologisk Afdeling (KMA) deltager gennem projektet det erhvervsrettede uddannelseslaboratorium aktivt i uddannelsesudvikling og strategisk ledelse med de 4 andre laboratoriemedicinske specialer - Klinisk Biokemisk Afdeling, Klinisk Immunologisk Afdeling, Klinisk Fysiologi & Nuklearmedicin og Patologi Afdelingen - under Diagnostisk center, Rigshospitalet, samt tværfagligt med Professionshøjskolen Metropol. KMA er med til at udvikle og styrke samarbejdet i forbindelse med uddannelse/kompetenceudvikling i egen afdelingen samt på tværs af de laboratoriemedicinske specialer både i forbindelse med bioanalytikerstuderende og fast personale. Hvad er det erhvervsrettede uddannelseslaboratorium Det erhvervsrettede uddannelseslaboratorium - UddX er et forandringsprojekt, der har til formål at udvikle innovative løsninger, der knytter sig til de erhvervsrettede uddannelser bl.a. professionsuddannelser, indenfor læring, undervisning, organisation og ledelse. Initiativet til forandringsprojektet er taget af Teknisk Erhvervsskole Center og Professionshøjskolen Metropol og er støttet af Region Hovedstaden og Den Europæiske Socialfond. Projektet startede i januar 2012 og løber frem til udgangen af Rigshospitalet samarbejder med Professionshøjskolen Metropol, begge indenfor bioanalytikeruddannelsen. Projektets metoder består af uddannelseseksperimenter indenfor 5 overordnede programmer, hvoraf Rigshospitalet deltager i følgende 2 programmer samt et eksperiment udenfor program; kk Program 2: Nye samspilsformer mellem uddannelse og erhverv. Praksislæring på nye måder kk kk Program 3: Den eksperimenterende organisation. Nye ledelsesformer og samarbejdsrelationer Eksperimentpuljen: Makkerpar. Transfer mellem studerende og færdiguddannet bioanalytiker. Ideen er at arbejde med en eksperimenterende tankegang via hypoteser. KMA s rolle i det det erhvervsrettede uddannelseslaboratorium Annette Dreyer, ledende bioanalytiker, Mette Jørgensen, bioanalytikerunderviser og Louise Thomsen, bioanalytikerunderviser er alle med i Rigshospitalets interne styregruppe for uddannelseslaboratoriet. KMA er aktive i eksperimenterne strategisk ledelse, videnswop og makkerpar. Christine Dao Pedersen, bioanalytiker er repræsenteret som ambassadør for uddannelseslaboratoriet. Fremtidsperspektiv KMA håber på, at den eksperimenterende tankegang vil kunne leve videre og udbredes i afdelingen efter projektets afslutning, således at de indsatser der har været i fokus i det erhvervsrettede uddannelseslaboratorium vil styrke de eksisterende samarbejdsflader på Rigshospitalet og med Professionshøjskolen Metropol, samt at KMA s studerende og faste personale vil underbygge et uddannelsesmiljø, der generer ny viden til fremtidens diagnostik og behandling. R Læs mere om Det erhvervsrettede uddannelseslaboratorium på: Kort beskrivelse af projektet: uploads/2013/03/det-erhvervsrettedeuddannelseslaboratorium-folder.pdf 18 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

21 V/ Bioanalytikerunderviser Louise Thomsen Eksperimenthjulet illustrerer de fire faser i uddannelseseksperimentets flow og er et centralt værktøj for den eksperimenterende metode i Uddannelseslaboratoriet. Metodetilgangen er at arbejde ud fra en forandringsteori til uddannelsessektoren som eksperimenterende tilgang fra tænkning til konkrete metoder. VIDEN/HANDLING/PRAKSIS DER VIRKER Planlæg transformation (Formulering og målsætning) Hvilke hypoteser testes? Hvad skal eksperimentet forbedre/forandre? VIDEN/HANDLING/PRAKSIS DER UDVIKLES Revidering eller implementering Hvad skal udbredes? Hvad skal stoppes? Hvad skal korrigeres? Hvad skal fastholdes? Hvad kan implementeres? Udfør eksperiment Hvad sker der? Hvordan sker det? VIDEN/HANDLING/PRAKSIS DER UDFORDRES Evaluer (analyser) eksperiment Hvad blev bedre (effekter)? Hvordan blev det bedre? Hvad blev anderledes? Hvordan blev det anderledes? Hvilke barrierer opstod? VIDEN/HANDLING/PRAKSIS AFPRØVES

22 LUA Forum 2013 netværk for bioanalytikere på mikrobiologiske afdelinger i Danmark PCR metoder, kommunikation i hverdagen og kickstart af nationalt mikrobiologisk vidensnetværk for bioanalytikere. Sådan lød de centrale emner til dette års LUA Forum, der blev afholdt 7. og 8. november 2013 med Rigshospitalets Klinisk Mikrobiologisk Afdeling (KMA) som vært og arrangør. LUA-Forum er et årligt tilbagevendende møde for ledende bioanalytikere, bioanalytikerundervisere og afdelingsbioanalytikere på landets klinisk mikrobiologiske afdelinger. Vi sætter kommunikation og netv ærk på dagsorden Ledende bioanalytiker Annette Dreyer, KMA Rigshospitalet fortæller; -LUA Forum er noget jeg ser meget frem til, da vi her får mulighed for at netværke og dele viden med de andre KMA er i landet. Der er meget at hente, da vi langt hen ad vejen står med de samme faglige og organisatoriske udfordringer. Men ét årligt møde er ikke meget til alle de løbende udfordringer som f.eks. indkøb af nyt apparatur, 20 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

23 Som bioanalytikere kan vi helt sikkert bruge hinanden meget mere og dele ny viden og erfaringer. Derfor greb vi chancen og satte kommunikation og netværk på dagsorden til LUA-forum nye molekylærbiologiske metoder og organisationsudvikling. Som bioanalytikere kan vi helt sikkert bruge hinanden meget mere og dele ny viden og erfaringer. Derfor greb vi chancen og satte kommunikation og netværk på dagsorden til LUA-forum Nyhedsbrev som begynderplatform for mere netværk Kommunikationsmedarbejder, KMA Rigshospiatalet, Mie Hørbo fortæller; -På LUA Forum var der god opbakning til ideen om at skabe mere netværk mellem bioanalytikerne på de mikrobiologiske afdelinger. I første omgang vil vi i 2014 søsætte et elektronisk nyhedsbrev, hvor det er bioanalytikerne selv, der byder ind med relevante nyheder fra egen afdeling med undertegnede som redaktør. Det er et forsøg, og vi er spændte på om en øget indsigt i hvad der rører sig på de andre KMA er, kan skabe grobund for mere samarbejde på tværs af landet. Hvis der opstår behov for andre platforme, f.eks. et webforum, en vidensdatabase eller mere fagspecifikke netværksgrupper, evt. også med andre faggrupper på KMA erne, så tager vi den derfra og handler på de reelt erfarede behov. I første omgang skyder vi ressourcerne efter et nyhedsbrev for bioanalytikere på de 12 mikrobiologiske afdelinger. Øvrige LUA emner: Dengue diagnostik, PCR, ledelse og motivation LUA Forum 2013 bød også på spændende faglige oplæg om Dengue Diagnostik samt PCR til parasit diagnostik og opsætning af multiplex-pcr til undersøgelse af fæcesprøver for patogene tarmbakterier. På den mere humanistiske bane var der oplæg fra KMA s bioanalytikerundervisere Mette Jørgensen og Louise Thomsen, om kommunikation og motivation i undervisningen. Institutchef på Professionshøjskolen Metropol i København, Tue Sanderhage, bød ind med et oplæg om ledelsestendenser i et uddannelsesperspektiv. ÅRSBERETNING

24 KMA og ISIM - et samarbejde om undervisning og forskning V/ Professor, overlæge, Ph.d. Jørgen Kurtzhals og Bioanalytiker Christine Huong Dao Pedersen KMA har igennem en lang årrække haft et tæt parløb med Institut for International Sundhed, Immunologi og Mikrobiologi (ISIM, på Københavns Universitet. Dette samarbejde drejer sig om både forskning og undervisning. KMA har to professorer og en række andre forskningsmedarbejdere involveret i biofilmforskning sammen med ISIM, og de involverede forskningsgrupper hører internationalt til i den absolutte elite. Ligeledes har KMA en professor og et malariaforskningsteam, som indgår i ISIMs Center for Medicinsk Parasitologi (CMP, CMP er internationalt anerkendt for sin malariaforskning og er desuden dybt engageret i opbygning af universiteter i Afrika. På undervisningsområdet er KMAs professorer ansvarlige for den obligatoriske undervisning i klinisk mikrobiologi på lægestudiet på Københavns Universitet, og en række af afdelingens øvrige læger tager del i forelæsninger og øvelseskurser. Dertil kommer en række vejlederopgaver på bachelor-, kandidat- og PhD-niveau. Sidst men ikke mindst spiller KMAs bioanalytikere en vigtig rolle for øvelseskursus i klinisk mikrobiologi, idet de i semestermånederne løbende forbereder bakteriekulturer, reagenser og sørger for gode rammer til de lægestuderende. En af de bioanalytikere er Christine Huong Dao Pedersen, der fortæller: Nødvendigt at være et skridt foran Vi starter allerede forberedelserne til de medicinstuderendes øvelseskurser en uge før kursus start, så vi er sikre på, at vores kollektion af bakteriekulturer er vokset godt frem og uden forurening. Under forberedelserne tænker vi hele tiden et skridt foran og laver ekstra bakteriekulturer/dyrkningsmedier i tilfælde af bakteriekulturer, som ikke vokser frem, som forventet. Herudover skal der også tænkes på de øvelser, de studerende skal lave dagen efter, da de bakteriekulturer ligeledes skal forberedes og indkuberes i varmeskab natten over. Udfordrende arbejde Arbejdet på Panum er utroligt udfordrende, da der er ca. 90 medicinstuderende, som er afhængig af, at det forberedende arbejde man har lavet, er 100% i orden. Er det forberedende arbejde ikke i orden, vil de studerende få svært ved at udføre deres øvelser. Det giver en stor tilfredshed, når et semester er veloverstået og alt gik som det skulle. 22 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

25 ÅRSBERETNING

26 Professor, overlæge, dr. med. Niels Høiby RegionH, Regionsrådet Prof. overlæge dr. med Niels Høiby blev valgt til medlem af RegionH - Regionsråd ved valget d. 19 november 2013, og tiltrådte pr. 1 januar KMA siger hjertelig tillykke og tak fordi Niels vil stille op for almenvellet. Liselotte Højgaard Annette Dreyer 24 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

27 Professor, overlæge og Ph.d. Jørgen Kurtzhals Professor i Klinisk Parasitologi Overlæge og Ph.d. Jørgen Kurtzhals blev udnævnt til professor i klinisk parasitologi. ÅRSBERETNING

28 Overlæge, dr. med. Helle Krogh Johansen Bevilling: 2,5 mio. kr. til forskning i luftvejsinfektioner hos cystisk fibrose patienter 1. februar 2013 tog overlæge dr. med. Helle Krogh Johansen den bevilling i brug, som blev givet i Bevillingen var et femårigt klinisk forskerstipendium fra Novo Nordisk Fonden på 2,5 mio kr. til projektet Etablering og persistens af luftvejsinfektioner hos cystisk fibrose patienter. Projektet foregår på klinisk mikrobiologisk afdeling og på CF-klinikken på Rigshospitalet og på Novo Nordisk Fondens Center for Biosustainability i Hørsholm. 26 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

29 Professor, Ph.d. Thomas Bjarnsholt Forskning i kroniske infektioner udløser pris og bevilling i 2013 Civilingeniør, og nu også professor, Thomas Bjarnsholt fra Klinisk Mikrobiologisk Afdeling modtog i 2013 Young Investigator Award for sin forskning i klinisk mikrobiologi og infektionssygdomme. Professor, Ph.d. Thomas Bjarnsholt forsvarer sin medicinske doktordisputats The role of bacterial biofilms in chronic infections (2013). Prisen uddeles af The European Society of Clinical Microbiology and infectious diseases (ESCMID). Thomas Bjarnsholt har modtaget prisen for sit enestående arbejde med kroniske infektioner, hvor han og hans kolleger har demonstreret innovative resultater i bekæmpelsen af resistente bakterier. Thomas Bjarnholt modtog desuden en bevilling på 10 mio. kr. fra Lundbeckfonden til videre forskning i behandling af kroniske infektioner var også året hvor Thomas Bjarnsholt forsvarede sin medicinske doktordisputats The role of bacterial biofilms in chronic infections. Thomas blev 1. marts 2014 udnævnt til professor ved ISIM, KU, Sund. ÅRSBERETNING

30 EUROBIOFILMS 2013 I september 2013 blev den 3. europæiske mikrobiologiske kongres om biofilm afholdt i Ghent, Belgien. Professor Niels Høiby (tv) og professor Thomas Bjarnsholt (th) fra Klinisk Mikrobiologisk Afdeling var medarrangører af kongressen. Bedst i lysmikroskopi Core faciliteten for integrated microscopy på Panum, arrangerede en konkurrence i 2013 hvor post.doc Casper Hempel, Klinisk Mikrobiologisk Afdeling, vandt i kategorien lysmikroskopi. Billede viser sukkerstoffer i hjernens blodkar, taget med elektronmikroskopi. Den lille bjælke nederst til højre har en længde af 0,0001 (en titusindedel) millimeter 28 RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

31 Publikationer Rådgivning og information Klinisk Mikrobiologisk Afdeling deltager dagligt i 2-5 konferencer på kliniske afdelinger (22/uge) samt fører tilsyn af patienter og har telefonkontakt til klinikerne. Afdelingen rådgiver også i klinisk mikrobiologiske spørgsmål til Grønland og Færøernes sundhedsvæsener. Udvikling og forskning Ph.d. afhandlinger i 2013: Hengzhuang Wang: Pharmacodynamics and Pharmacokinetics of antibiotics on Pseudomonas aeruginosa biofilms. Klinisk Mikrobiologisk Afd., Rigshospitalet, 10. april Lone Rasmussen: Helicobacter pylori. Susceptibility testing and screening for antibacterial and antiadhesive effects in extracts from tea mushroom and fish. Klinisk Mikrobiologisk Afd., Rigshospitalet, 13. december Doktordisputatser i 2013: Thomas Bjarnsholt: The role of bacterial biofilms in chronic infections Københavns Universitet den 31. maj A Artikler trykt i 2013: 1 Adjei GO, Goka BQ, Kitcher E, Rodrigues OP, Badoe E & Kurtzhals JAL: Reversible audiometric threshold changes in children with uncomplicated malaria. Journal of Tropical Medicine. E-pub , Amnitzbøl SE & Høiby N: Fireårsreglen har spillet fallit. Jyllands-Posten (debatindlæg), Arendrup MC, Dzajic E, Jensen RH, Johansen HK, Kjældgaard P, Knudsen JD, Kristensen L, Leitz C, Lemming LE, Nielsen L, Olesen B, Rosenvinge FS, Røder BL, Schønheyder HC: Epidemiological changes with potential implication for antifungal prescription recommendations for fungaemia: data from a nationwide fungaemia surveillance programme. Clin. Microbiol. Infect. 19:E343-53; Aanaes K, Buchwald C, Hjuler T, Skov M, Alanin M, Johansen HK: The effect of sinus surgery with intensive follow-up on pathogenic sinus bacteria in patients with cystic fibrosis. Am. J. Rhinol. Allergy 27:1-4; Aanæs K, Johansen HK, Poulsen SS, Pressler T, Buchwald C von, Høiby N: Secretory IgA as a diagnostic tool for early Pseudomonas aeruginosa colonization. J. Cystic Fibrosis 12:81-87; Aanæs K, Johansen HK, Skov M, Buchwald FF, Hjuler T, Pressler T, Høiby N, Nielsen KG, Buchwald C von: Clinical effects of sinus surgery and adjuvant therapy in cystic fibrosis patients can chronic lung infection be postponed? Rhinology 51: ; Bjarnsholt T: The role of bacterial biofilms in chronic infections (Doctoral thesis). APMIS Suppl.136:1-58; Bjarnsholt T, Alhede M, Alhede M, Eickardt-Sørensen SR, Moser C, Kühl M, Jensen PØ, Høiby N: The in vivo biofilm. Trends in Microbiology 21:466-74; Bjarnsholt T, Ciofu O, Molin S, Givskov M, Høiby N: Applying insights from biofilm biology to drug development can a new approach be developed? Nature Reviews Drug Discovery. 12: ; Buhl M, Thybo S, Kurtzhals JAL, Møller NE, Vestergaard LS, Gade K, Andersen PH & Christiansen AH: Beskyttelse af den gravide rejsende. EPI-nyt 2013; uge 26A. 11 Buhl M, Thybo S, Kurtzhals JAL, Møller NE, Vestergaard LS, Gade K, Andersen PH & Christiansen AH: Opdatering af SSIs forslag til vaccination ved udlandsrejse. EPI-nyt 2013; uge 26A. 12 Buhl M, Thybo S, Kurtzhals JAL, Møller NE, Vestergaard LS, Gade K, Andersen PH & Christiansen AH: Vaccinationsforslag ved udlandsrejse. EPI-nyt 2013; uge 26B. 13 Cavanagh P, Granslo HN, Freidheim EA, Christophersen L, Jensen PØ, Thomsen K, van Gennip M, Klingenberg C, Flaegstad T, Moser C: Efficacy of a synthetic antimicrobial peptidomimetic versus vancomycin in a Staphylococcus epidermidis device-related murine peritonitis model. JAC 68: ; Chiang W-C, Nilsson M, Jensen PØ, Høiby N, Nielsen TE, Givskov M, Tolker-Nielsen T: Extracellular DNA shields against aminoglycosides in Pseudomonas aeruginosa biofilms. Antimicrob. Agents Chemother. 57: ; Chiduo M, Theilgaard ZP, Bakari V, Mtatifikolo F, Bygbjerg I, Flanholc L, Gerstoft J, Christiansen CB, Lemnge M, Katzenstein TL: Prevalence of sexually transmitted infections among women attending antenatal clinics in Tanga, north eastern Tanzania. Int. J. STD AIDS 23:325-9; Christensen L, Breiting V, Bjarnsholt T, Eickhardt S, Høgdall E, Janssen M, Pallua N, Zaat SA: Bacterial Infection as a Likely Cause of Adverse Reactions to Polyacrylamide Hydrogel Fillers in Cosmetic Surgery. Clin. Infect. Dis. 56: ; Christensen LD, van Gennip M, Rybtke MT, Wu H, Chiang W-C, Alhede M, Høiby N, Nielsen TE, Givskov M, Tolker- Nielsen T: Clearance of Pseudomonas aeruginosa foreign body biofilm infections through reduction of the c-di-gmp level in bacteria. Infect. Immun. 81: ; Ciofu O, Hansen CR, Høiby N: Respiratory bacterial infections in cystic fibrosis. Curr. Opin. Pulm. Med. 19:251-8: Ciofu O, Johansen HK, Aasnæs K, Wassermann T, Alhede M, Buchwald C von, Høiby N: ÅRSBERETNING

32 P. aeruginosa in the paranasal sinuses and transplanted lungs have similar adaptive mutations as isolates from the chronically infected CF lungs. J. Cystic Fibrosis 12: ; Claussen A, Jakobsen TH, Bjarnsholt T, Givskov M, Welch M, Ferkinghoff-Borg J, Sams T: Kinetic Model for Signal Binding to the Quorum Sensing Regulator LasR. Int. J. Mol. Sci. 14: ; Dahl A, Rasmussen RV, Bundgaard H, Hassager C, Bruun LE, Lauridsen TK, Moser C, Søgaard P, Arpi M, Bruun NE: Enterococcus faecalis infective endocarditis: a pilot study of the relationship between duration of gentamicin treatment and outcome. Circulation. 127:1810-7; Dalbøge C, Pressler T, Høiby N, Nielsen KG, Johansen, HK: A cohort study of the Copenhagen CF centre eradication strategy against Staphylococcus aureus in patients with CF. J. Cystic Fibrosis 12:42-48; DellaValle B, Staalsoe T, Kurtzhals JAL, Hempel C: Effects of hydrogen sulfide gas on Plasmodium falciparum growth and the development of cerebral malaria. PLoS One 8: e59271, Duus LM, Høiby N, Wang M, Schiøtz O, Nørskov-Lauritsen N: Bacteria of the genus Dyella can chronically colonize the airways of patients with cystic fibrosis and elicit a pronounced antibody rtesponse. Internat. J. Med. Microbiol. 303: ; Eickhardt S, Braendstrup P, Clasen-Linde E, Jensen KE, Alhede M, Bjarnsholt T, Høiby N, Vindeløv L, Moser C: A non-fatal case of invasive zygomycete (Lichtheimia corymbifera) infection in an allogeneic haematopoietic cell transplant recipient. APMIS 121:456-9; Goetz LL, Cardenas DD, Kennely M, Bonne Lee BS, Linsenmeyer T, Moser C, Pannek J, Wyndaele JJ, Biering- Sørensen F: International Spinal Cord Injury Tract Infection Basic Data Set. Spinal Cord 51:700-4; Gutu A, Sgambati N, Strasbourger P, Brannon M, Jacobs M, Haugen E, Kaul R, Johansen HK, Høiby N, Moskowitz S: Polymyxin resistance of Pseudomonas phoq mutants is dependent on additional two-component regulatory systems. Antimicrob Ag Chemother. 57: ; Hansson HH, Kurtzhals JA, Goka BQ, Rodriques OP, Nkrumah FN, Theander TG, Bygbjerg IC, Alifrangis M: Human genetic polymorphisms in the Knops blood group are not associated with a protective advantage against Plasmodium falciparum malaria in Southern Ghana. Malaria J. 12:400; Hartmeyer GN, Høgh S, Chen M, Holt H, Skov MN, Kemp M: Need for species-specific detection for the diagnosis of amoebiasis in a non-endemic setting. Scandinavian Journal of Infectious Diseases. 45:868-71; Holler JG, Röser D, Nielsen HV, Eickhardt S, Chen M, Lester A, Bang D, Frandsen C, David KP: A case of human Babesiosis in Denmark. Travel Med. Infect. Dis. 11:324-8; Høiby N: Alle angreb tilbagevises. Berlinske Tidende (debatindlæg), Høiby N: Diskrimination af læger. Jyllands-Posten (debatindlæg), Høiby N: Prioritering eller rationering i hovedstadsregionen. Jyllands-Posten (debatindlæg), Høiby N: Sundhedsministerens kvalifikationer igen. Jyllands-Posten (debatindlæg), Høiby N, Elborn S, Heijerman H, Dubois C, Worlitzsch D: Orbituary for professor dr. Gerd Döring. J. Cystic Fibrosis 12: ; Høiby N, Geertsen M, Abildgaard M: Verdens bedste sundhedsvæsen 40 år efter. Berlingske Tidende (debatindlæg), Iversen K, Høst N, Bruun NE, Elming H, Pump B, Christensen JJ, Gill S, Rosenvinge F, Wiggers H, Fuursted K, Holst-Hansen C, Korup E, Schønheyder HC, Hassager C, Høfsten D, Larsen JH, Moser C, Ihlemann N, Bundgaard H: Partial oral treatment of endocarditis. Am. Heart J. 165:116-22; Jacobsen TH, Bjarnsholt T, Jensen Ø, Givskov M, Høiby N: Targeting quorum sensing in Pseudomonas aeruginosa biofilms: current and emerging inhibitors. Future Microbiology 8: ; Jakobsen TH, Hansen MA, Jensen PØ, Hansen L, Riber L, Cockburn A, Kolpen M, Hansen CR, Eickhardt S, Hansen M, Kerpedjiev P, Alhede M, Qvortrup K, Burmølle M, Moser C, Kühl M, Ciofu O, Givskov M, Sørensen SJ, Høiby N, Bjarnsholt T: Complete Genome Sequence of the Cystic Fibrosis Pathogen Achromobacter xylosoxidans NH Complies with Important Pathogenic Phenotypes. PLOS One 8 (7):1-17; 2013, published , e Jia W, Xiao X, Zhijun Song Z, Hong Wu H: Basis of Medical Microecology. In: Xuedong Zhou & Wenyuan Shi (ed): Oral Microecology (in Chinese), p 1-12, Chapter One. People s Health Publishing House, Beijing 2013 July. ISBN Jørgensen KM, Wassermann T, Jensen PØ, Wang H, Molin S, Høiby N, Ciofu O: Sub-lethal cicprofloxacin treatment leads to rapid development of high-level ciprofloxacin resistance during long-term experimental evolution of Pseudomonas aeruginosa. Antimicrob. Agents Chemother.57: ; Karlsson M, Hempel C, Sjövall F, Hansson MJ, Kurtzhals JAL, Elmér E: Brain mitochondrial function in a murine model of cerebral malaria and the therapeutic effects of rhepo. Int. J. Biochem. Cell Biol. 45: ; Kruse AY, Chuong T, Phuong CN, Duc DT, Stensballe LG, Prag J, Kurtzhals JAL, Greisen G, Pedersen FK: Neonatal Blood Stream Infections in a Pediatric Hospital in Vietnam: A cohort study. Journal of Tropical Pediatrics 59: ; Larsen T, Ciofu O, Moesby L, Kirkevang L, Poulsen AH: Anvendelse af antibiotika i Tandlægepraksis. Tandlægebladet. 117: ; Nonnemann B, Tvede M, Bjarnsholt T: Identification of pathogenic microorganisms directly from positive blood vials by matrix-assisted laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry. APMIS 121:871-7; Rammer P, Calum H, Moser C, Björnsdottir MK, Smedegaard H, Høiby N, Bjarnsholt T: Dietzia papillomatosis bacteriemia. J. Clin. Microbiol. 51:1977-8; Rostved AA, Sassi M, Kurtzhals JAL, Sørensen SS, Rasmussen A, Ross C, Gogineni E, Huber C, Kutty G, Kovacs JA, Helweg-Larsen J: Outbreak of Pneumocystis pneumonia in renal and liver transplant patients caused by genotypically distinct strains of Pneumocystis jirovecii. Transplantation 96: ; RIGSHOSPITALET, KLINISK MIKROBIOLOGISK AFDELING

33 48 Salomonsen CM, Boye M, Høiby N, Jensen TH, Hammer AS: Comparison of histopathological lesions in acute hemorrhagic penumonia in mink associated with Pseudomonas aeruginosa or Escherichia coli. Canadian Journal of Veterinary Research, 77: ; Salomonsen CM, Chriél M, Jensen TH, Rangstrup- Christensen L, Høiby N, Hammer AS: Effect of infectious dose and season on development of hemorrhagic pneumonia in mink caused by Pseudomonas aeruginosa. Can. J. Veterinary Research, 77: ; Salomonsen CM, Themudo GE, Jelsbak L, Molin S, Høiby N, Hammer AS: Typing of Pseudomonas aeruginosa from hemorrhagic pneumonia in mink. Veterinary Microbiology 163: ; Song Z, Borgwardt L, Høiby N, Wu H, Sandberg Sørensen T, Borgwardt A: Prosthesis infections after orthopedic joint replacement. The possible role of bacterial biofilms. Orthopedic Reviews 5:65-71; Søe NH, Jensen NV, Nürnberg BM, Jensen AL, Koch J, Stehen Poulsen SS, Pier GB, Johansen HK: A novel knee prosthesis model of implant-related osteomyelitis in rats. Acta Orthop. 84:92-7; Tan SY, Chua SL, Liu Y, Høiby N, Andersen LP, Givskov M, Song Z, Yang L: Comparative genomic analysis of rapid evolution of an extreme-drug-resistant Acinetobacter baumannii clone. Genome Biol. Evol. 5:807-18; Trøstrup H, Bjarnsholt T, Kirketerp-Møller K, Høiby N, Moser C: What is new in the understanding of non healing wounds. Epidemiology, pathophysiology, and therapies. Ulcers2013, 1-8, 2013 (doi: /2013/ ) 55 Trøstrup H, Thomsen K, Christophersen LJ, Hougen JP, Bjarnsholt T, Jensen PØ, Kirkby N, Calum H, Høiby N, Moser C: Pseudomonas aeruginosa biofilm aggravates skin inflammatory response in BALB/c mice in a novel chronic wound model. Wound Rep. Reg. 21: ; Wang H, Ciofu O, Yang L, Wu H, Song Z, Oliver A, Høiby N: High beta-lactamase levels change the pharmacodynamics of beta-lactam antibiotics in Pseudomonas aeruginosa biofilms. Antimicrob. Agents and Chemother. 57: ; Wang H, Ridderberg C, Hansen CR, Høiby N, Jensen- Fangel S, Olesen HV, Skov M, Lemming LE, Pressler T, Johansen HK, Nørskov-Lauritsen N: Early treatment with inhaled antibiotics postpones next recurrence of Achromobacter in cystic fibrosis. J. Cystic Fibrosis 12: ; Wolff T, Eickhardt S, Björnsdottir M, Moser C, Bjarnsholt T, Høiby N, Thomsen T: Direct sequencing and RipSeq interpretation as a tool for identification of polymicrobial bacteremia. J. Clin. Microbiology 51: ; Xie Y, Xiao X, Jia W, Song Z, Wu H: The succession of oral microflora. In: Xuedong Zhou & Wenyuan Shi (ed): Oral Microecology (in Chinese), p 22-26, Chapter Three: People s Health Publishing House, Beijing 2013 July. ISBN Zhang LB, Gao QG, Chen WY, Qin HY, Wang HZ, Chen YC, Yang L, Zhang G: Regulation of pqs quorum sensing via catabolite repression control in Pseudomonas aeruginosa. Microbiology 159:1931-6; B Artikler i trykken 2013: 1 Alhede M, Bjarnsholt T, Givskov M, Alhede M: Pseudomonas aeruginosa Biofilms. Mechnisms of Immun Evasion. Accepted Alhede M, Er Ö, Eickhardt-Sørensen s, Kragh K, Alhede M, Christensen LD, Poulsen SS, Christensen LH, Høiby N, Tvede M, Bjarnsholt T: Bacterial biofilm formation and treatment in soft tissue fillers. Pathogens and Disease. Accepted Bjarnsholt T, Kirketerp-Møller K, Høiby N, Moser C: What is new in the understanding of non-healing wounds. Special issue Chronic Ulcers: Updating Epidemiology, Physiopathology, and Therapies Ulcers. Accepted Brochmann RP, Toft A, Ciofu O, Hempel C, Bjarnsholt T, Høiby N, Jensen PØ: Bactericidal effect of colistin on planktonic Pseudomonas aeruginosa is independent of hydroxolyl radical formation. Intern. J. Antimicrob. Agents. Accepted Burmølle M, Ren D, Bjarnsholt T, Sørensen SJ: Interactions in multispecies biofilms: do they actually matter? Trends in Microbiology. Accepted Calum H, Høiby N, Moser C: Burn Mouse Models. Chapter 57 in: Methods in Pseudomonas aeruginosa. Eds: Alain Filloux, A., Ramos, J.L., Springer Verlag. Accepted Ciofu O, Hansen CR, Høiby N: Respiratory bacterial infections in cystic fibrosis. Current Opinion in Pulmonary Medicine. In press Dalbøge CS, Nielsen XC, Alffenaar JWC, Dalhoff K, Dunø M, Buchard A, Uges DRA, Jensen AG, Pressler T, Johansen HK, Høiby N: Pharmacokinetic variability of clarithromycin and differences in CYP3A4 activity in patients with cystic fibrosis. J. Cyst. Fibros. In press Friman VP, Ghoul M, Molin S, Johansen HK, Buckling A: Pseudomonas aeruginosa adaptation to lungs of cystic fibrosis patients leads to lowered resistance to phage and protist enemies. PLOS ONE. PONE-D R1. In press Gottrup F, Apelqvist J, Bjansholt T, Cooper R, Moore Z, Peters EJG, Probst S: EWMA Document: Antimicrobials and Non-healing Wounds Evidence, controversies and suggestions. (Consensus report). Journal of Wound Care. Accepted Hansen CR, Pressler T, Johansen HK, Skov M: Achromobacter xylosoxidans in cystic fibrosis: indirect patient-to-patient contact can lead to cross-infection. J. Cyst. Fibros. In press Hansen F, Johansen HK, Østergaard C, Arpi M, Hansen DS, Littauer P, Holm A, Heltberg O, Schumacher H, Fuursted K, Lykke MAD, Tønning B, Hammerum AM, Justesen US: Characterisation of carbapenem non-susceptible Pseudomonas aeruginosa in Denmark; a nationwide, prospective study. Microbial Drug Resistance. In press Hempel C, Kohnke H, Maretty L, Jensen PØ, Staalsø T, Kurtzhals JAL: Plasmodium falciparum avoids change in erythrocytic surface expression of phagocytosis markers during inhibition of nitric oxide synthase activity. PLoS ONE. Submitted Høiby N: Lægers ytringsfrihed er stadig under pres. Ugeskr. Læger (kronik). Accepted ÅRSBERETNING