Mikroorganismer i havvandet omkring Sisimiut

Transkript

1 Forord: Formålet med denne rapport er, at undersøge, hvilke svampe og gærceller, der findes i havnen og i nærområdet omkring, samt væk fra byen. Disse undersøgelser skal anvendes til at opstille et kort, som skal kunne anvendes for at se hvor stor forureningen er, og hvor det er lokaliseret. Projektet er et 20 points kursus, over 2 gange 13 uger på DTU og 1 gang 3 uger i Grønland. Projektet er udført ved BioCentrum, Danmarks Tekniske Universitet kgs. Lyngby og Arktisk Teknologi samt Sanaartornermik Ilinniarfik. Jeg skal takke Ingrid Villadsen for råd og hjælp under hele projekt perioden. Don Juul Madsen c Videregående Arktisk teknologi projekt 1

2 Indholdsfortegnelse: DANSK SAMMENFATNING:...5 ENGELSKE SAMMENFATNING:...5 FORMÅLET...6 KONKLUSION:...7 EN KORT BESKRIVELSE AF SISIMIUT OG SISIMIUTS HISTORIE:...8 SISIMIUTS HISTORIE...8 BYGDERNE I SISIMIUT KOMMUNE...9 INDLEDNING TIL MIKROBIOLOGIEN:...10 HISTORISK OVERSIGT OVER MIKROBIOLOGI:...12 OPDAGELSEN AF DNA'S MOLEKYLÆRE STRUKTUR...14 DNA, RNA, ARV OG GENETISK KODE...18 CELLELIVES RAMME:...20 Celledeling:...21 RIBOSOMER:...22 NOGLE GRUNDBEGREBER I SYSTEMATIK...24 SVAMPE:...25 Cytologi...27 Myceliet...28 Hyfe...28 Telemorfer...29 GÆRSVAMPEN:...30 GÆRERENS OPBYGNING (SACCHAROMYCES)...30 BAKTERIER:...32 BAKTERIECELLENS OPBYGNING:...33 BAKTERIERS FORMERING ENERGI...37 Videregående Arktisk teknologi projekt 2

3 NEDBRYDNING...38 METODER:...39 FILTRERING AF VANDPRØVER:...39 PLADER ANVEND TIL PLADESPREDNING:...40 RENDYRKNING AF MIKROORGANISMER...41 ISOLERING AF DNA FRA GÆR...42 ADSKILLELSE AF DNA MOLEKYLER EFTER STØRRELSE VED AGAROSE GEL ELEKTROFORSES...47 RESTRIKTIONSENZYMER:...49 MARKERS:...50 POLYMERASE CHAIN REACTION...51 UNDERSØGELSER I GRØNLAND:...54 PRØVEOPTAGNINGSSTEDER:...55 BEHANDLING AF PRØVER:...57 RESULTATER AF ISOLERING AF DNA...58 Prøve qq 1-qq Prøve qq 22 til qq PRØVE QQ 68-QQ 103-QQ RESULTATER FRA QQ 69 TIL QQ qq 69 til qq qq 90 til qq ANTALLET AF KOLONIER FORSKELLIGE STEDER I OMRÅDET:...62 SPILDEVANDSUDLEDNINGS TILFØJELSE AF MIKROORGANISMER TIL HAVMILJØET...63 BILLEDE AF QQ 6, QQ19, QQ 20 OG QQ 22, TAGET I ET MIKROSKOP...64 Svampe:qq 6 og Film 7, biledet nr. 9 og Gærsvampe: qq Bakterie: qq 19 og qq EGNE ERFARINGER MED PROJEKTET:...66 KILDER:...67 LISTE OVER FORKORTELSER:...69 LISTE OVER FORSØGSNAVNE Videregående Arktisk teknologi projekt 3

4 LISTE OVER PRØVERNES OPTAGNINGSSTED:...71 ORDBOG:...72 BILAGSOVERSIGT:...75 BILAG 1 KLASSER AF SVAMPELIGNENDE PROTISTER OG ÆGTE SVAMPE, EN OVERSIGT OVER DE VIGTIGSTE KARAKTERER...75 FILM NR FILM NR FILM NR FILM NR FILM NR FILM NR FILM NR BREV TIL DANMARKS MILJØUNDERSØGELSER 1/ Videregående Arktisk teknologi projekt 4

5 Dansk Sammenfatning: Formålet med rapporten er at undersøge havmiljøet, ved at undersøge mikrobiologi, i havområdet omkring. Der er optaget vandprøver i sommeren 2002 Der er anvendt pladespredning til opformering af mikroorganismer. Der er sket en opformering af udvalgte kolonier. Disse kolonier er blevet oprenset og undersøgt i mikroskop. Der er foretaget en oprensning af koloniernes DNA og RNA. Der er udvalgt to prøver til arts bestemmelse, dette er sket ved en PRC opformering. Der er ved pladespredning fundet et stort antal mikroorganismer i havområdet i nærheden af byens to udløb. Disse mikroorganismer kan udgøre et sundhedsmæssigt problem, og kræver en nærmer undersøgelse, for at fastlægge deres farlighed for beboer i området. Det viser sig at der er et større antal af mikroorganismer i havområdet nær, dette skyldes en forurening med næringsstoffer og en forurening med mikroorganismer. Engelske sammenfatning: The aim of the report is to examine the environment of the ocean, by examined the microbiology in the ocean surrounding. Water samples have been taken in the summer of There is employed disc spreading for increased reproduction of microorganisms from selected Colonies. Threes colonies have been cleaned out and examinad in the microscope. The DNA and the RNA of the colonies have been cleaned out. There has been selected two samples for species determination by PCR reproduction. The disc spreading resulted in findings of a large number of microorganisms in the ocean area near the two outflows of the town. These microorganisms can constitute a health risk and calls for further investigation in order to determine the hazard for the inhabitants of the area. Appearantly there is a greater amount of microorganisms in the ocean near. This is due caused by contamination of nutrients and microorganisms. Videregående Arktisk teknologi projekt 5

6 Indledning: Grønlands kyst er med dens smukke og varierende natur et bevaringsværdigt område, der som følge af en teknologisk udvikling, en øget befolkning samt en laissey faire holdninger blevet udsat for øget mængder af miljøfremmede stoffer. Da Havmiljøet har stor betydning for landet, er det interessant, om det er muligt at se en forskel på organismer i forurenet havvand og ikke forurenet havvand. Denne rapport laves for at undersøge hvordan by påvirker det omgivende havmiljø. Så undersøges der om der kan konstateres nogle forskelle på mikrobiologien i havnen/nær by og mikrobiologien i et rent havområde væk fra by De typer af mikroorganismer som er valgt som indikator er svampe og gærsvampe. Det praktiske arbejde bestod blandet andet i at optage vandprøver og dyrke de svampe vandprøverne indeholdt. Formålet Formålet med projektet er at bestemme svampene, gærceller i vandmiljøet, og undersøge om bestemte svampe og gærceller findes i områder med forurening, så man på den måde kan anvende dem som indikatorer på forurening. Der undersøges også, om der er en forskel i antallet af mikroorganismer i rent havvand og havvand omkring. Typen af mikroorganismer der er valgt som indikator, er gærsvampe samt svampe. Svampe og gærsvampe er valgt for at begrænse mængden af organismer, der skal undersøges og bestemmes. Der findes meget lidt data om hvilken mikroorganismer, der findes i havvand i arktiske egne, herunder Grønland. Videregående Arktisk teknologi projekt 6

7 Konklusion: Konklusionen på dette projekt er at det er muligt at foretage en mikrobiologiske analyse, af havvand, under de forehold, som findes under et feltarbejde. Det kan konkluderes, at et kursus ikke er nok til at bestemme og kortlægge svampe og gærceller i havmiljøet omkring. Det kan dog bevises, at der er et større antal af mikroorganismer i havområdet nær end længere væk fra. Dette skyldes forurening med næringsstoffer og forurening med mikroorganismer fra. Videregående Arktisk teknologi projekt 7

8 En kort beskrivelse af og s historie: Klimaet er arktisk med temperaturer ned til - 35ºC om vinteren og op til + 20ºC om sommeren. Kommune havde pr. 1. januar indbyggere, heraf i by, 136 i bygden Itilleq, 117 i bygden Sarfannguaq og 485 i bygden Kangerlussuaq. Det vigtigste erhverv er fiskeri, og flere store kuttere samt små og store trawlere findes i havn i byen. Der fiskes især rejer, krabber og torsk. Derudover fanges laks og hellefisk, foruden fangst af hvalros, en betydelig mængde sæl og hvidfisk. Der jages også på land. Det er rensdyr og moskusokser. Royal Greenland fiskefabrikken er den største af sin art på Grønland og den mest moderne i verden. s historie De tidligste spor af menneskelig aktivitet i kommune er år gamle. De stammer fra Saqqaqkulturen, hvis mennesker levede i Grønland i 1800 år. Efterfølgende var distriktet beboet af folk fra Dorsetkulturen. Denne kultur deles op i 2 perioder Dorset I (år 500 f.v.t e.v.t.) og Dorset II. Der er kun spor efter Dorset I-kulturens mennesker i Kommune. Thulekulturens mennesker - forfædrene til s nulevende befolkning kom hertil omkring tallet. Ligesom de tidligere indvandrere kom de fra Nordamerika. Deres økonomi var hovedsageligt baseret på fangst af hvaler, sæler og rensdyr. Specielt var sælen vigtig for deres overlevelse i den arktiske natur. Udover det nærende kød blev skindet brugt til fremstilling af klæder og betræk til kajakker og konebåde. Desuden blev spæk fra sælen brugt som brændstof til lampen, der både gav varme og lys. Ved Hans Egedes ankomst til Grønland i 1721 begyndte den danske kolonisation af landet. Efter nogle mislykkede forsøg på oprettelse af hvalfangststeder i distriktet i slutningen af 1720-erne blev der i 1756 oprettede: kolinien Sydbay på lokaliteten Ukiivik ud for Isortoq-fjorden. Stedet var tidligere de hollandske hvalfangeres tilholdssted. Senere blev det besluttet at kalde stedet Holsteinsborg efter præsten i missionskollegiet Greve Johan Ludvig Holstein. Efter nogle år stod det klart, at stedet ikke var det ideelle for en koloni. I 1759 blev der opført et missionshus ved hvalfangerlogen i Asummiut og i 1764 blev kolonien Holsteinsborg flyttet til lokaliteten. Videregående Arktisk teknologi projekt 8

9 Først ved missionshusets (det nuværende turistkontor) flytning til i 1767 blev kolonien på et sted. I 1801 hærgede en voldsom koppeepidemi Grønlands vestkyst, som i bortrev en stor del af befolkningen. Grundet de gode fangstmuligheder blev distriktet dog hurtigt genbefolket. Indtil de store rethvalers forsvinden, i slutningen af 1700-tallet, var koloniens økonomi baseret på hvalfangst. Senere var det eksporten af spæk og skind fra sæler samt tørrede og saltede fisk, der holdt gang i økonomien. Selvom der blev etableret henkogningsfabrik og skibsværft - de første i Grønland i henholdsvis 1924 og 1931 var byens udvikling indtil afslutningen af Anden Verdenskrig meget langsom., hvor indbyggertallet er mere end fordoblet siden 1960, er i Grønland en vigtig industri- og uddannelsesby. Henkogningsfabrikken, som både har produceret forskellige fiskeprodukter og rejer er med tiden kraftigt udbygget og producerer nu udelukkende rejer. Produktionsanlægget ejes nu af Royal Greenland og er landets største. Bygderne i kommune I Kommune befinder der sig 2 bygder, Sarfannguaq og Itilleq. Tidligere var der en del bygder og bosteder omkring. I 1948 var der i Kommune 9 beboede steder - inkl. by. I 1976 var der kun de to bygder tilbage, som der er i dag: Itilleq og Sarfannguaq. [//1//] Videregående Arktisk teknologi projekt 9

10 Indledning til mikrobiologien: Mikroorganisme (græsk-latin): en- eller flercellet organisme, som kun eller næsten kun er synlig gennem mikroskop, f.eks. bakterier, mange svampe og alger samt protozoer og mange orme. For at kunne se dem, skal man anvende en eller anden form for mikroskop. Man kan med det blotte øje skelne partikler af en størrelse ned til ca. 200 µm ( 0,2 mm). Med et almindeligt lysmikroskop kan man skelne partikler af en størrelse ned til ca. 0,2 µm. Med et elektronmikroskop kan der ske en yderligere forøge af forstørrelsen med ca gange. [//2//] Sammen med udforskningen af mikroorganismerne, er der opstået flere selvstændige videnskabsgrene som: Protozoologi Læren om encellede dyr Mykologi Læren om svampe Fykologi Læren om alger Bakteriologi Læren om bakterier Virologi Læren om virus Hvert af disse videnskabsgrene er så igen delt op i en række discipliner som: Systematik Morfologi Anatomi Biokemi Fysiologi Genetik Økologi Molekylær biologi Inddeling, benævnelse Ydre form og bygning Indre bygning Kemiske processer i organismer Livsfunktioner Arvelighed Organismers tilpasning til omgivelserne Organismers molekylær opbygning Den viden, som er opnået gennem mikrobiologien, er anvendt inden for en lang række vigtige områder som f.eks. i: Videregående Arktisk teknologi projekt 10

11 Medicinske mikrobiologi, der omfatter de mikroorganismer, der angriber mennesker og dyr og forårsager sygdomme hos disse. Levnedsmiddelmikrobiologien, der behandler problemer om smittespredning gennem levnedsmidler, samt om levnedsmidlers kvalitet og holdbarhed. Jordbundsmikrobiologien, hvorigennem man forsøger at skaffe sig kendskab til kemiske/biologiske omsætninger i jordbunden. Teknisk mikrobiologi, der er et område, hvor den tekniske udnyttelse af mikroorganismerne studeres, til f.eks. penicillin. Teknisk hygiejne, der beskæftiger sig med mikroorganismer i drikke, bade- og spildevand. Mikroorganismerne er ikke synlige med det blotte øje, hvis man skal se mikroorganismer, er man nød til at anvende en eller anden form for mikroskop. [//2//] Videregående Arktisk teknologi projekt 11

12 Historisk oversigt over mikrobiologi: I oldtiden havde man ingen ide om eksistensen af mikroorganismer. Man mente dengang, at de store sygdomsepidemier, var en straf sendt af guderne, eller at det var et astronomiske fænomen som fremkomsten af en komet eller sol/måne formørkelse som var skyld i sygdomsepidemier. Andre mente, at det var giftige uddunstninger fra de syge, der forårsaget de smitsomme sygdomme. Tanken at de smitsomme sygdomme kan fremkaldes af usynlige organismer blev fremført af den italienske læge Girolamo Fracastoro( ). Han kaldte disse organismer for sygdomsfrø. Hollænderen Antonie van Leuwenhoek( ) var den første, der direkte så mikroorganismer. Leuwenhoek var klædehandler, det var dog ikke i det arbejde han opdagede mikroorganismer. I hans fritid morede han sig med at slibe linser, som han satte sammen, han var på den måde den første, der konstruerede et egentligt mikroskop. Grundlæggeren af den egentlige mikrobiologiske videnskab var Carlsbergs Emil Chr. Hansen ( ). Franskmanden Louis Pasteur ( ) modbeviste ved en række forsøg selvavlsteorien, og fastslog hermed at alt levende opstår af levende. Pasteur lærte sig selv at dyrke mikroorganismer. Han var således den første til at udarbejde en bakteriel dyrkningsteknik. Carlsberg s Emil Chr. Hansen kom først med at dyrke enkeltceller Rober koch ( ) var sammen med Pasteur dem, der har haft størst betydelse for mikrobiologiens første udvikling, Det lykkedes for Koch, som den første at fremstille renkulturer af forskellige sygdomsfremkaldende bakterier, han påviste at man kunne overføre sygdommen til et forsøgsdyr ved at indpode den pågældende mikroorganisme. I 1867 indførte Joseph Lister( ) antisepikken, desinfektion (rensing) af udstyr og patientens hud. Elie Metshnikoff( ) påviste de hvide blodlegemers evne til at optage og dræbe bakterier. Videregående Arktisk teknologi projekt 12

13 Kort før 1900 blev et nyt smitstof der var mindre end bakterier opdaget. Dette smitstof blev benævnt virus. I 1928 opdagede Alexander Fleming ( ) penicillinen. Den danske læge Chr. Gram( ) er kendt fra gramfarvningen af bakterier O. T. Avery havde i 1944 i eksperiment med mus og bakterier vist, at det var muligt at ændre på bakteriernes arvemasse ved at overføre DNA med dødelige egenskaber (lungebetændelse) fra en bakterie til en anden. Det bevirkede at løsningen af DNAs molekylære struktur fik topprioritet indenfor biologien, (molekylær biologi) [//2//] Videregående Arktisk teknologi projekt 13

14 Opdagelsen af DNA's molekylære struktur Opdagelsen af DNA s molekylære struktur skete ved et eksperiment udført af James Watson, der ved hjælp af molekylmodeller lavet i pap, fandt DNA s struktur. Konventionelle laboratorieeksperimenter havde i 1952 vist: - at DNA var sammensat af phosphat, pentosen (5 carbon sukkermolekyle) deoxyribose og 4 nucleotid baser: Adenin, Cytosin, Guanin og Thymin (forkortet A, C, G og T) - at den kemiske struktur af alle disse komponenter (phosphat, sukker og baser) var kendt - at sukkermolekylerne (S) og phosphat (P) var forbundet med hinanden, og at de dannede en slags "rygrad" i molekylet. Man vidste, at nucleotid baserne (B) stak ud til siderne, og at de var bundet til sukkermolekylerne via et af deres nitrogen-atomer. Se figur 1 Figur 1 Rosalind Franklin havde via en lang række røntgenanalyser af DNA-krystaller påvist, at phosphat har negative ladninger ved de ph-værdier, der findes i celler. Da disse negative ladninger ville frastøde hinanden, tolkede hun sin krystalstrukturen, at sukker-phosphat rygraden sad på "ydersiden" af molekylet. Hydrogenbindinger, havde man tidligere påvist, var meget vigtige i bestemmelsen af proteiners sekundære og tertiære struktur, og man havde en idé om (hypotese), at H- bindingerne måtte spille en lige så stor rolle i DNAs molekylære struktur. Rosalind Franklin havde optaget nogle fremragende røntgendiffraktion-billeder af DNA. Billederne havde en karakteristisk struktur, som var kendt fra en teori (udviklet af Francis Videregående Arktisk teknologi projekt 14

15 Crick) om, at de gengivne strukturer skyldtes en spiralstruktur (helix-struktur) - 2 eller flere strenge var spiraliseret rundt om hinanden i DNA. Erwin Chargaff havde foretaget en række meget præcise målinger over basesammensætningen i DNA hos mange forskellige arter af levende organismer. Han havde herved observeret et iøjnefaldende forhold: I alle tilfælde var mængden af A = T og mængden af C = G. Sent i 1952 arbejdede adskillige personer med at løse DNAs struktur. Linus Pauling ved Cal Tech havde publiceret en forkert model med 3 DNA kæder snoet i en helix. Rosalind Franklin og Maurice Wilkins lavede røntgen-diffraktioneksperimenter ved King's College i London. Erwin Chargaff mente, at hemmeligheden i strukturen skulle søges i basesammensætningen af DNA, og han foretog mange meget tidskrævende kemiske analyser ved Columbia University. Og endelig ved Cambridge University var Francis Crick og en ung phd-studerende, James Watson, meget interesserede i DNAs molekylære struktur. De udgjorde et atypisk par, fordi de ikke lavede deres egne laboratorieeksperimenter. I stedet snakkede de med alle de andre deltagere og byggede kemiske modeller, ud fra hvad de opsnappede af detaljer. Efter et antal mislykkede modelforsøg, bestilte de hos univeristetets værksted et sæt metalmodeller af de 4 baser. Modellerne lod imidlertid vente på sig, så en eftermiddag mistede Watson tålmodigheden, og han besluttede at tegne basernes molekylære struktur på et stykke pap og at klippe dem ud. Næste morgen vendte han tilbage til sine modeller, og flyttede dem rundt parvis for at se, om han kunne få et mønster ud af det. Han var nemlig begyndt at spekulere over, om DNA mon kun bestod af to molekylære strenge og han ville efterprøve, om baserne eventuelt kunne passe sammen to og to. Det var umiddelbart tydeligt at interaktion mellem baserne ville involvere hydrogenbindinger. I løbet af få minutter blev DNAs molekylære struktur klarlagt, og Watson havde samtidig forklaringen på Chargaff's resultater (A = T and C = G) og til og med en god idé (hypotese) om, hvordan DNA gentager (replikerer) sig selv! [//3//] Videregående Arktisk teknologi projekt 15

16 Figur 2, Når DNA deler sig Videregående Arktisk teknologi projekt 16

17 Figur 3. Her vist med base par og bindningerne mellem Thymine- Adenine og Cytosine-Guanine En gruppe på 3 nucleotid-baser (triplet) udgør et kodeudtryk (codon) Grupper på hver 3 nucleotid-baser dannner en codoner som koder for en aminosyre. For en kode på 3 baser ud af 4 mulige er der mulighed for 64 forskellige arrangementer af codoner sekvenser, rækkefølgen af basserne bestemmer således aminosyresammensætninger. Videregående Arktisk teknologi projekt 17

18 DNA, RNA, arv og genetisk kode Information ligger gemt i DNAs kodebogstaver Al arveinformation er gemt i gener, som er de dele af store DNA molekyler der koder for aminosyrer Gener kan koder for proteinerne og for RNA DNA er kodearkivet som ligger beskyttet i kernen (nucleus), hvor de også kan repareres (kun i eukaiyader) Under proteinsyntesen dannes der en arbejdskopi af DNA i form af mrna Overordnet ser proteinsyntesen sådan ud: DNA -> RNA -> protein Eksempler på DNA codoner: o Start-koden hedder ATG (denne kode bruges også til aminosyren methionin) o Stop-koderne er TAA, TAG eller TGA o aminosyre Valine har f.eks. codonerne CAA, CAC, CAG og CAT o Glutaminsyre har codonerne CTT og CTC Til proteinsyntesen laves der en arbejdskopi af DNA-koden. Den opbygges af RNA (transkription) o DNA og RNA har koder som specificerer rækkefølgen af aminosyrer i proteiner o DNA = arkivet for den genetiske kode, opbevares i kærnen, beskyttet o mrna = arbejdskopi af den genetiske kode, bruges til at oversætte (translatere) et specifikt gen til et protein, flytter sig ud i cytoplasma og hen til ribosomer, nedbrydes hurtigt efter brug Nucleinsyrer er opbygget af 4 nucleotid baser, sukker og phosphatgrupper baser sekvensen bestemmer koden; phosphatmolekylerne og sukkermolekylerne opbygger rygraden RNA er et molekyle med en enkelt streng Videregående Arktisk teknologi projekt 18

19 RNA-kopien af koden er komplementær: DNA base A C G T RNA base U G C A U erstatter T i RNA (U = Uracil) mrna forlader nucleus og glider ud i cytoplasma; hæfter sig til et ribosom, hvor der laves protein (translation) Eksempel på RNA codoner o Start hedder AUG o Stop hedder UAA, UAG eller UGA o Valin koden er GUU, GUG, GUC og GUA o Glutaminsyre koden er GAA og GAG Den genetiske kode er universel Alle skabninger på jorden har den samme genetiske kode (dog findes få mindre codonundtagelser) Tages som bevis på at livet kun er opstået en gang, og at vi alle er beslægtede. [//4//] Videregående Arktisk teknologi projekt 19

20 Cellelives ramme: Tilstedeværelsen af en kerne placerer svampene blandt de eukaryote organismer, dette adskiller svampe fra bakterierne og cyanobakterierne, da disse er kerneløse, prokaryoter. celle (latin): lille lukket kammer Alle levende organismer er opbygget af en eller anden form for celle. Sædvanligvis begynder organismens udvikling med et éncellestadium. De fleste celler er kugleeller tenformede med en diameter mellem 0,1 og 0,01 mm. Den typiske eukaryote celle består af en cellekerne omgivet af cytoplasma. I den levende celle foregår der til stadighed strømninger i cytoplasmaet, hvori findes mange forskellige organeller, bl.a. vakuoler (saftrum) med nærings- og affaldsstoffer, mitokondrier og plastider, der udveksling af nærings- og affaldsstoffer. I cytoplasmaet foregår størsteparten af cellens stofskifteprocesser. Ved celledelingen fordeles cytoplasmaet nogenlunde ligeligt til begge datterceller. I cellekernen findes generne, som er strukturerede i kromosomer, der er opbygget af deoxyribonukleinsyre ( DNA). Videregående Arktisk teknologi projekt 20

21 Celledeling: Den egentlige celledeling hos eukaryoter mitosen, kan inddeles i faser: profasen (forstadiet), metafasen (midtstadiet), hvorunder kromosomerne ligger samlet i ét plan, anafasen (fordelingsstadiet), hvor de føres til modsatte poler i cellen, og telofasen (slutstadiet), hvor ny cellevæg dannes. I profasen begynder kromosomerne at tage form af tråde, kromatider, der hænger sammen 2 og 2 i et enkelt punkt (centromér). Hvert kromatid par består af en blanding af det oprindelige kromosom og det nye, der er replikerede i interfasen. Fordobling af hvert enkelt kromosom, er en forudsætning for, at dattercellerne efter delingen bliver identiske, hvad kromosomer og dermed arveanlæg angår. I interfasen er kromosomerne ikke synlige. I slutningen af profasen forsvinder den membran, der omgiver kernen, samtidig med at kromatiderne forkortes og fortykkes. I to diametralt modsatte punkter af cellen (polerne) dannes et lille legeme, pollegemet, hvorfra i metafasen en række tråde (tentråde) udgår. Det hele kaldes spindel- eller tentrådsapparatet. Til hvert kromosompar udgår fra hver pol en tråd, som hæfter sig i kromosomparrets centromér, og kromosomparrene ordner sig langs cellens ækvator. I anafasen skilles hvert kromosompar, og et kromosom fra hvert bevæger sig langs tentrådene mod hver af de to poler. Det ser i mikroskopet ud, som om kromosomet bliver trukket mod polen af tentråden, der er tilhæftet i centroméret, og som om resten af kromosomet slæber efter. I telofasen dannes en ny kernemembran omkring hvert af de to nye sæt kromosomer. Selve kromosomerne bliver atter mere trådformede, deres konturer udviskes, og kernen bliver mere ensartet i strukturen. Samtidig deler cytoplasmaet sig, og hermed er celledelingen løbet til ende og to nye celler opstået. Delingsprocessen varer fra én til flere timer. Dannelsen af kønsceller sker efter en særlig form for celledeling, reduktionsdeling. Videregående Arktisk teknologi projekt 21

22 Ribosomer: Ribosomer er bittesmå organeller, der består af en lille og en stor underenhed, begge enheder er opbygget af protein og RNA. Det er i ribosomerne hvor dannelsen af protein foregår. Ribosomerne sørger for at den genetiske kode som messenger-rna'et indeholder oversættes til en kæde af aminosyrer, der til slut har form af et protein. Se nedenstående figur. Figur 4 Ribosomal s lille enhed bestå af 16s RNA Ribosomal s store enhed består af 23S rrna. Alle ribosomer har to områder hvor trna kan binde sig til ribosomet, et P og A område. Figur 5. P området der binder trna der bære polypeptide, og A området der binder trna til den næste amino syre. Se figur 6. Videregående Arktisk teknologi projekt 22

23 figur 6. Ribosomalt RNA er en kopi af cellens DNA og bære derfor på organismens genetiske kode, RNA koden kan anvendes til at undersøge hvilket rige, række, klasse, orden samt familie organismen tilhøre. Denne viden anvendes til PCR bestemmelse. For at give et eksempel på hvor stor betydning ribosomerne har for organismer, vil jeg beskrive en E.coli Celle. En E.coli under hurtigt vækst kan indeholde op til ribosomer dette svare til næsten 1/3 del af cellens masse. Videregående Arktisk teknologi projekt 23

24 Nogle grundbegreber i systematik. Grundenheden i al systematik er arten. under arten findes en lang række andre niveauer f.eks. familie, orden, klasse og række. I bunden af systemet ligger riget. Ved navngivningen af de højere niveauer, skal man anvende bestemte endelser på navnene, så det af navnet fremgår, hvilket niveau det tilhører. Systematisk navn Dansk navn Endelse Regium Rige - Phylum Række -mycota Subphylum Underrække -mycotina classis Klasse -mycetes Subclassis Underklasse -mycetidae Supraordo Overorden -anae Ordo Orden -ales Familia Familie -aceae Som det ses har, er systemet opdelt i 3 riger. Videregående Arktisk teknologi projekt 24

25 Svampe: Definitioner på svampe: En organisme, som optager næringsstoffer ved diffusion, som består af hyfer, og hvis spredning sker ved hjælp af sporer. Vægklædte klorofylløse organismer, hvis celler har celler har cellekerner og kan optage næring ved diffusion. Heterotrofe organismer, som svampe, skal have tilført organisk stof, for at kunne leve (primært kulstof). De fleste svampe har de bedste vækstbetingelser ved temperaturer mellem 10 og 30 C, og myceliernes største aktivitet ligger derfor i Danmark fra foråret til efteråret. Dog er visse arter også aktivitet om vinteren, og kan vokse ved temperaturer under 0 C. Sådanne svampe kaldes psychrofile Svampene hører til de eukaryote mikroorganismer, hvilket vil sige, at de er udstyret med en egentlig cellekerne og med mitokondrier. Alle svampene er heterotrofe, hvorved de adskiller sig fra de fotospecialligeret algerne, og de er forsynet med en stiv cellevæg, hvilket gør dem forskellige fra protozoerne. Svampes plantelegeme, myceliet, gennemtrænger substratet, f.eks. vand, jord samt døde eller levende organismer. Myceliet består af hyfer, langstrakte, ofte grenede celletråde. Hos mange arter kan myceliet danne kompakte frugtlegemer, der er formeringsorganer, f.eks. de såkaldte paddehatte som er dannet af tæt sammenflettede hyfer; de består som regel af kitinagtige stoffer. De mest primitive svampe, myce myceter, mangler skillevægge i hyferne b). figur 7 Videregående Arktisk teknologi projekt 25

26 Som oplagsnæring indeholder cellerne glykogen og fedt. De fleste svampe har kønnet formering og næsten alle tillige ukønnet formering ved hjælp af sporer af mangfoldige typer, f.eks. nøgne, selvbevægelige zoosporer eller ubevægelige konidier med cellevæg, eller ved frigørelse af stykker af løv. Svampe findes overalt, hvor organisk stof forekommer. De spiller en vigtig rolle i naturens kredsløb ved nedbrydning af dødt organisk stof, bl.a. i skovbruget som mykorrhiza; men som snyltere kan mange svampe forårsage store ødelæggelser. De ca arter inddeles i 3 klasser. Algesvampe, Phycomycetes, antages at være udviklet fra visse alger; myceliet er encellet, hos de højere former med mange cellekerner. Den kønnede formering sker ved sammensmeltning af hanlige og hunlige gameter eller af hyfer. Mange arter lever i vand. Til disse hører bl.a. bladskimmelsvampene samt ferskvandsskimmelsvampene, visse mugsvampe og insektskimmelsvampe. De højere svampe, har tværvægge i hyferne. Hos sæksporesvampe, Ascomycetes, basidicmyceler og ascemyceler dannes sporesække med 8 sporer. Hertil hører skivesvampe, bl.a. bægersvampe, trøffelsvampe, skive- og rensdyrlav og kernesvampe, f.eks. skimmelsvampe, meldugsvampe og gærsvampe. Basidie- og stilksporesvampene, Basidiomycetes, menes at være udviklet af sæksporesvampe. Her er sporesækken omdannet til en basidie, en kølleformet celle, hvori der ved reduktionsdeling dannes og afsnøres fire stilkede basidier. Basidierne sidder på kønscellerne, paddehatte. Hertil hører bl.a. poresvampe; hatsvampe, bl.a. rørhatte, bladhatte og skørhatte; bugsvampe, bl.a. støvbolde og stinksvampe, foruden rustsvampe og brandsvampe. Nogle svamp er Fungi inperfecti, hvis kønsforplantning er ukendt og som ikke kan henføres til nogen bestemt gruppe. [//6, 7,8//] Disse frugtlegemer består af sammenvævede hyfer. I frugtlegemerne sker svampenes kønnede formering og dannelsen af svampenes sporer. Svampenes sporer er små, ofte en- eller fåcellede spredningsenheder, der generelt spredes med vinden, således at sporen kan spire til et nyt mycelium. Svampenes vindspredte sporer er uhyre effektive spredningsenheder, og det er grunden til, at der findes svampe praktisk taget alle vegne hvor noget kan leve. De findes overalt i landskabet, under iltfri forhold i madvarer og i organismer, i det koldeste arktis, i søer og i havet. Der findes ca kendte arter af svampe, men det skønnes, at der mindst findes endnu Videregående Arktisk teknologi projekt 26

27 ubeskrevne arter, hvilket gør svampene til den næststørste gruppe af organismer kun overgået af dyreriget, hvor der forventes at være 10 millioner arter. [//7, 8//] Figur 8 Nogle svampearter danner aldrig hyfer a), men blot afrundede celler, gærceller hvoraf få er sammenhængende. Se figur 8 Cytologi De fleste svampe, (dog ikke slimsvamp), har cellevægge, med undtagelse af zoosporer. Væggene er karakteristiske for de enkelte klasser[se bilag 1). De vigtigste vægstoffer er cellulose, kitin og glucan.kitin findes ikke i planter, men ellers er svampe i hovedtrækkene finstrukturelt opbygget som de fleste eukaryote planter, men de mangler kloroplaster, og hyferne vokser ved spidsevækst. Den mitotiske deling af cellekernerne afviger fra mitosen hos dyrene og de grønne planter ved, at kernemembranen ikke bliver opløst under delingen. Der findes dog nogle undtagelser fra denne regel hos de ægte svampe, og hos myxomycetes opløses kernemembarnen ved mitotiske delinger i sværmeceller og amøber. [//7, 8//] Videregående Arktisk teknologi projekt 27

28 Myceliet Hvis man lægger svampesporer på et passende næringssubstrat, vil sporerne spire. Nogle sporer spirer villigt på næsten enhver kulstofkilde, mens andre kræver tilstedeværelse af bestemte stoffer for at starte sporespiring. Andre skal udsættes for en særlig påvirkning, før de vil spire, men efter en passende initiering spirer sporerne og danner en hyfe. [//7, 8//] Hyfe Den nydannede hyfe kan vokse med en hastighed på op imod 0,5 mm i timen. Hyfens spids drives frem gennem substratet af et indre tryk, der muligvis opstår ved dannelsen af vakuoler længere bagude i hyfen. Hyfen begynder at forgrening sig et stykke bag selve hyfespidsen. De enkelte hyfer er typisk mellem 2 og 20 µm (0,002 til 0,02 mm) tykke. Svampehyfer er derfor ikke synlig med det blotte øje. Svampenes mycelier er i deres basal tilstand et netværk af hyfer spredt i substratet. I forskellige sammenhæng ændres hyfernes vækst sig imidlertid, så der dannes tæt sammenvævede synlige strukturer. Sådanne hyfesammenvævninger kan deles i to typer. Hyfesammenvævninger, der varetager svampens vegetative liv, og strukturer, der har med svampens formering og spredning at gøre. I svampenes vegetative liv dannes adskillige, distinkte former for hyfesammenvævninger, bl.a. dannelse af hyfestrenge, dannelse af hyfekapper ved ektomykorrhiza samt dannelse af sklerotier. [//7, 8//] Videregående Arktisk teknologi projekt 28

29 Telemorfer Den struktur, en svamp danner til at varetage den kønnede formering, kaldes svampens teleomorf. Dannelsen af teleomorfer varierer meget mellem de forskellige svampegrupper. Hos nogle svampe færdigudvikles cellerne til dannelse af kønnede sporer, Meiosporer, direkte på myceliet som i gær. Hos andre svampe sker dannelsen af meiospore i højt specialiserede frugtlegemer, som f.eks. paddehatten. Et frugtlegeme kan defineres som en specialiseret struktur af hyfer, der omgiver eller støtter det væv, hvori meiosporerne dannes. Frugtlegemernes funktion er dels, at sørge for produktionen af så mange meiosporer som muligt, og dels, at sørge for en effektiv spredning af disse. Nogle svampe kan lave kønnet formering med sig selv, de er homothalliske. Hos andre svampe skal to forskellig mycelier mødes, før den kønnede formering kan ske. De svampe kaldes heterothalliske. Det er kartrakteristisk for svampe, at de ikke kan opdeles i morfologiske hanner og hunner. [//7, 8//] Videregående Arktisk teknologi projekt 29

30 Gærsvampen: De vigtigste kulturgærcelle-arter er Saccharomyces. Navnet kommer fra det græske ord mukus, hvilket betyder svamp. Første del af ordet kommer fra det græske sahkaron (= sukker). Så ordet Saccharomyces kan oversættes som "sukker-fortærende svamp". Saccharomyces- slægten har omkring 40 arter, og er klassificeret som en del af Endomycetalesorden. Gærcellerne tilhørende ascomycetes. Hvor de fleste ascomycetes (f.eks. morkler, penicillium, ergot, brødmug, skimmel, trøske og råd etc.) spreder sig ved hjælp af sporer, reproducerer de fleste gærceller sig vegetativt ved hjælp af knopskydning. Spaltningsgærceller, deler sig ved hjælp af spaltning. Sporedannelse ses også i gærceller. Gærerens opbygning (Saccharomyces) Indsigten i gærcellernes biologi blev kraftigt forøget i forrige århundrede. Emil Chr. hansen beskrev, hvorledes gærcellen indgik i gæringsprocessen, der altså ikke var et rent kemisk fænomen, som man troede i samtiden. Den senere biologiske forskning har endnu mere præcist kunne vise, hvad der forårsager gæringen. Det er enzymer i gærcellerne, der omdanner sukker til alkohol. Gær danner ingen hyfer, og har derfor intet mycelie, men har enkelte isolerede, ofte 10µm store celler, der kan leve anaerobt og formerer sig ukønnet ved knopskydning. Gærsvampe kan dog også hænge sammen i kæder, men hyppigere falder fra hinanden Hos arter af slægten gær forekommer både anamorfer og telemorfer. Formering: Cellerne buler ud som en bold på et sted, kærnen deles, og en dattercelle udstødes. Med en god tilførsel af næring og ilt, vil gæren knopskyde adskillige steder samtidigt. Dattercellerne knopskyder igen, og egentlige små cellekolonier dannes. knopskydening kan være bipolar, knopskydening kan ske fra begge ender eller multipolar allevejne på overfladen. Videregående Arktisk teknologi projekt 30

31 Figur 9 reproduktion af gærceller Inddeling af gærsvampe. Ved inddeling af gærsvampene bruges både morfologiske og fysiologiske karaktertræk. Nogle af de vigtigste morfologiske karaktertræk er cellernes form og størrelse, om de danner ascosporer, pseudomyceliedannelse og hindedannelse. De vigtigste fysiologiske karaktertræk er gærarternes evne til forgæring af forskellig sukkerarter. Gærsvampene med kønnet formering er karakteristiske ved at selv gærcellen danner hylsteret (ascus) omkring sporerne. Der kan være fra 1- til 8 sporer i en ascus. Se figur. Figur 10. Videregående Arktisk teknologi projekt 31

32 Bakterier: Bakterierne er prokaryoter, (uden egentlig kærne) de mindste celler, der findes. Set i et mikroskop fremtræder de enkelte bakterieceller med en veldefineret morfologi, der er karakteristisk for de enkelte bakterier. Der skelnes mellem 3 grundformer, der er Kokker, stave og skruer, se figur 11 neden for. Kokker eller coccer = kugleformer Stavformer med mere eller mindre regelmæssig cylindriske celler. Skrueformer hvor cellen er udformet som en skrue eller spiral. Figur 11. Der findes dog også alle mellemstadier mellem disse 3 grundformer, som f.eks. kokoide stave, der er en mellemting mellem kokker og stave. En enkelte bakteriecelle har en størrelse, i de fleste tilfælde, mellem 0,5-5,0 µm. Videregående Arktisk teknologi projekt 32

33 Bakteriecellens opbygning: En generel beskrivelse af en bakteriecellens opbygning ses her neden for i figur 12 Figur 12 Nogle bakterier er yderst omgivet af et større eller mindre slimlag. Der er nogle bakterier, hvor slimlaget er så tykt og så fast knyttet til cellevæggen, at det danner en slimkapsel. Det er blandet andet bakterieslægten Klebsiella, som danne en slimkapsel. Slimlaget har ikke altid nogen påviselig betydning for cellens normale livsfunktioner, og kan derfor på flere måder betragtes som et affaldsprodukt. Visse bakterier danner kun slim, når de vokser på bestemte substrater. Der findes dog eksempler på, at slimlaget har en stor betydelse for bakteriens egenskaber. Der er nogle bakterier, der kun er patogene, når de er i besiddelse af en slimkapsel. Cellevæggens funktion er, at virke som beskyttelse mod fysiske og kemiske påvirkninger.. Cellevæggens væsentligste bestanddel udgøres af stoffet Murein, der som et kompliceret netværk omslutter cellen. Videregående Arktisk teknologi projekt 33

34 I det geleagtige cytoplasma inden for cytoplasmamembranen findes kernematerialet, der først og fremmest består af et enkelt ringformet kromosom. Dette ringformet kromosom indeholder hovedparten af cellens DNA. Der kan desuden i bakteriecellerne findes plasmider, det er små, selvreptikerende enheder af DNA. I cytoplasmaet findes endvidere ribosomerne, hvor proteinsyntesen foregår. Der kan også forekomme reservenæring i form af små korn eller dråber. Mange bakterieceller er forsynet med flageller, svingtråde, på cellens overflade. Dette gør cellerne i stand til at bevæge sig. Efter antallet og placeringen af flagellerne bruger man udtrykkene monotrich, lophotrich og peritrich se figur 13 a) Monotrich hvor bakteriecellen kun har en flagel, som er anbragt i den ene ende af cellen. b) Lophotrich hvor bakteriecellen har et bundt flageller i den ene ende af cellen. c) Pritrich hvor bakterierne er forsynet med flere eller færre flageller, fordelt over hele overfladen. Figur 13 Nogle af stavbakterierne er i stand til at danne endosporer (sporer). Det er en overlevelse- og hvileform, men det er ikke en formering, idet en bakterie danner en spore, som igen spirer ud til en bakterie. Videregående Arktisk teknologi projekt 34

35 Sporerne dannes ind i de vegetative celler ved at kernematerialet og den del af cytoplasmaet koncentreres i et området, der omgives af en tyk væg. Når dette er sket går den vegetative del af cellen til grunde, så der kan ske en frigivelse af sporerne. Hvis der igen kommer passende forhold, kan sporen herefter spirer og danne vegetative celler, så bakterien igen kan starte sin vækst og formering. Det er dog kun bakterier fra slægterne Bacilus og Clostridium, der er i stand til at danne sporer. Bakteriesporernes placering i den vegetative celle bruges ved beskrivelse af bakterien. Man anvender følgende placeringen Se figur 14 Central, uden opsvulmet celle Endestillet, uden opsvulmet celle Central, med opsvulmet celle Endestillet, med opsvulmet celle Figur 14 Videregående Arktisk teknologi projekt 35

36 Bakteriers formering. Bakteriernes formering sker ved delingsproces, hvorved en bakterie bliver til to. Efter delingen hænger bakterierne ofte sammen og danner bestemte lejringsformer, som er karakteristiske for bakterien. Se figur 15 Stafylokoklejring Kokker i uregelmæssig drueklaselejring Kokker i diplokoklejring to og to. Tetrakoklejring fire og fire. Varepakkelejring 8 og 8 i varepakker Streptokoklejring Kokker der ligger i kæder. Stavbakterier i enkeltlejring kædelejring. Stavbakterier i vinkellejring. Figur 15 [//2//] Videregående Arktisk teknologi projekt 36

37 Energi Alle levende organismer har brug for energi til at opretholde livet. Energien bruges bl.a. til: Opbyggelse af nye stoffer til vækst eller reperation. Et eksempel er dannelsen af proteiner. Aktiv transport ind og ud af celler. Levende organismer kan inddeles i 4 ernæringskategorier i forhold til deres behov for energi og kulstof. I tabellen nedenfor kan man se hvilken kategori, forskellige organismegrupper hører til. De 4 ernæringskategorier levende organismer Kulstofkilde kan inddeles i Autotrofe Herterotrofe Uorganisk kulstofkilde Organisk kulstofkilde (kuldioxid) Energikilde Fototrofe Fotoautotrofe Fotoherterotrofe Lysenerig fx blå-grønne bakterier, fx purpur og grønne (fotosyntese) alger og planter bakterier Kemotrofe Kemisk energi (kemosyntese) Kemoautotrofe fx nitrificerende bakterier Kemoheterotrofe fx dyr, bakterier, svampe, encellede dyr Tabel 1 [//9//] Som det ses af tabel 1. er det de fotoautotrofe organismer, der direkte eller indirekte er grundlaget for alle andre levende organismers eksistens. Den energi, der bliver bundet i glukosen ved fotosyntesen, kan dog ikke udnyttes direkte til livsprocesserne, den skal først frigøres. Svampenes næringsoptagelse sker gennem det vegetative thallus. Dette mangler klorofyl og kan af den grund ikke udnytte lysenergien fra solen. I stedet dækker svampene deres energibehov ved nedbrydning af organiske stoffer, som skaffes udefra. Dette betyder, at svampene har en kemoorganotrof energiforsyning, hvilket også ses i tabel 1. [//9//] Videregående Arktisk teknologi projekt 37

38 Nedbrydning Aerob nedbrydning betyder nedbrydning under tilstedeværelse af ilt. Hvis respirationen i cellerne foregår under aerobe forhold, udvikles der betydeligt mere energi, end hvis den foregik under anaerobe forhold, fordi nedbrydningen er fuldstændig. Dvs. at det stof der nedbrydes, nedbrydes til H 2 O og CO 2. F.eks. nedbrydningen af glukose: C 6 H 12 O O 2 6 CO H 2 O (+ 38 ATP * ) Denne forbrænding kaldes også for respiration. Anaerob nedbrydning betyder som sagt, nedbrydning uden tilstedeværelse af ilt. Ufuldstændig nedbrydning. Dvs. at der stadig er organiske stoffer tilstede, når processen stopper. Anaerob nedbrydning frigiver meget lidt energi i forhold til aerob nedbrydning. Eksempler på anaerob nedbrydning er: Mælkesyregæring og alkoholgæring. Gæring kan beskrives på følgende måde: C 6 H 12 O 6 2 C 2 H 5 OH + 2 CO 2 (+ 2 ATP * ). Der sker også en anaerob nedbrydning af organisk materiale i havnen i. Videregående Arktisk teknologi projekt 38

39 Metoder: Filtrering af vandprøver: Udvalgte vandprøver er blevet filteret. Prøverne er valgt ud fra et ønske et opkoncentrere mængden af DNA i filterprøven, nogle af de prøver der er valgt fra har indeholdt for mange urenheder til at kunne blive filteret, det drejer sig om SIS 6. Der er også udtaget vandprøver,hvor der ikke var optaget nok væske til at der var nogle fordele ved at filtrere disse prøver, det drejer sig om SIS 10, SIS 11, SIS 12 og SIS 13. Den metode er der anvendt er simpel. Den optaget vandprøven rysteres for at sikker at organismerne er fuldt opblandet i vandprøven. Vandprøven hældes op i en filter tragt, hvor en varkumpumpe sikre en hurtigt gennemstrøm tid igennem filteret. Der anvendes mellem 2,5-5 liter vandprøve pr. filter, alt efter hvor mange urenheder og organismer der er i vandprøven. Filter overføres sterilt til et sterilt reagensglas, hvorefter det fryses ned. Filterholder og filtertragten, samt filter var sterilt, dette skete for at der ikke skulde ske en forurening af prøverne. Filter der var anvendt var et mikroporre filter type GV 0,22µm. Gennemløbnings tiden for en vandprøve var ca. 1 time pr. liter alt efter urenheder i vandprøven. Nedfrysning sker for at der ikke skal ske en nedbrydning af den opsamlet DNA. Videregående Arktisk teknologi projekt 39

40 Plader anvend til pladespredning: Der er anvendt 3 typer at vækstmedier til projektet: LB YPD samt AMP (50 og 100) LB LB består af Trypton, gærekstrakt samt salt(nacl), der skal anvendes 10g Trypton, 5g gærekstrakt samt 10g Salt(NaCl) til 1000 ml vand. YPD YPD består af peton, gærekstrakt, glukose samt agar, der skal anvendes 20g peton, 10g gærekstrakt og 15g agar til 750 ml vand. Samt 20g glukose til 250 ml vand. AMP AMP består af LB der er tilsat ampencillin. 50+ og 100+ fortæller koncentrationen af ampencillin i vækstmediet. Der skal anvendes 100 µ g/ml ampicillin til af danne 100+AMP. AMP vækstmediet anvendes til bestemmelse af organismer evne til at tåle antibiotika. Videregående Arktisk teknologi projekt 40

41 Rendyrkning af mikroorganismer. En rendyrkning består af 3 trin. En isolering af en celle. En opformering af denne celle til en population. En kontrol af renheden. Det første trin i undersøgelsen er, at få isoleret mikroorganismen (svampen, bakterien, gærcellen) i prøven. Her anvendes udstrygning på et fast substrat. Hvis prøven inden holder mange organismer, kan prøven fortyndes, og derefter udstryges på substratet. For at give flest mulig mikroorganismer mulighed for at vokse frem, skal der anvendes et næringsrigt, neutralt substrat. Der skal ligeledes tages hensyn til mikroorganismer temperaturkrav. Næste trin er opformering af de udvalgte kolonier, dette kan ske i et flydende substrat eller et fast substrat, hvis der ønskes en helt ren opformering. Ved opformering skal der anvendes de samme temperatur, som ved isolering. Sidste trin er en kontrol af, at det virkelig er en renkultur, der er opdyrket. Dette kan ske ved en pladespredning, samt ved mikroskopi af den flyende substrat. Videregående Arktisk teknologi projekt 41

42 Isolering af DNA fra Gær. Materialer: Glasperler. Centrifuge. Bordryster (til vortex). Eppendorf rør. Opløsninger: Breaking buffer: 2 % (v/v) triton x-100 1% (v/v) SDS. 100 mm NaCl TE RNase A+T. Phenol-chloroform-mix 4 M ammonium acetat 70% og 96% ethanol. Behandling af gærceller til analyse. Kolonierne udvælges fra pladerne (YPD, LB,) De enkelte kolonier enkelt podes for at være sikker på, at der kun er en type mikroorganisme man arbejder med. En koloni, fra enkelpodningen, opformeres for at sikre, at der er DNA nok til undersøgelsen. Opformeringen sker i et centrefugeglas. Efter opformeringen centrifugeres glasset i 5 minutter ved 3500 rpm. ved stuetemperatur. Resuspender pellet i 0,5 ml Milli-Q vand. Overfør Pellet/Milli-Q blandningen til 1,5 ml Eppendorfrør og Centrifugerer i 5 minutter ved g. Videregående Arktisk teknologi projekt 42

43 Resuspender cellerne i 200 µl Breaking buffer og tilsæt 0,3 g glasperler (omkring 200 µl) og 2000 µl phenol/chloroform/isoamyl alkohol. Vortex i 3 minutter ved højeste hastighed. Herefter tilsættes 200 µl TE, vortex derefter for at sikre en fuldstændig opblanding. Centrifugere i 5 minutter ved g ved stuetemperatur, og overfører derefter vandfasen til et nyt Eppendorf rør. Tilsæt 1 ml 96 % ethanol ved stuetemperatur og bland forsigtigt. Centrifugerer i 3 minutter ved g ved stuetemperatur. Resuspender pellet i 0,4 ml TE. Tilsæt herefter 30 µl 1 mg/ml Rnase A+T.(et restriktionsenzyme) Inkuber ved 37 C i 5 minutter tilsæt nu 10 µl 4 M ammonium acetat og 1 ml 96% ethanol og bland forsigtigt. Centrefuger nu opløsningen i 3 minutter ved g ved stuetemperatur og fjern supernatanten. Vask herefter pellet i 70 % kold ethanol, lufttør og opløs DNAét i 100 µl TE og tjek 1 µl på gelen. Nu tilføres den blå markør, og prøverne kommes i hvert sit hul i agarose-gelen, hvor et tungt stof i markøren sørger for, at det falder til bunds. Så tilsluttes strømmen i elektroforesekaret og DNA-stykkerne vandrer i 2 timer. Efter de 2 timer tages agarose-gelen op med handsker, og lægges over på UV-lys- Videregående Arktisk teknologi projekt 43

44 transilluminatoren for at se om DNAstykkerne har lagt sig i klatter/streger efter størrelser. Der tages et billede med polaroidkameraet eller med et digital kamera. Videregående Arktisk teknologi projekt 44

45 Et billede fra polaroidkameraet se således ud. Videregående Arktisk teknologi projekt 45

46 Fremgangsmåde til fremstilling af gelen: Gelen fremstilles ved at tilsætte 1,5 g agarose til 150 ml 1x TBE, der tilsættes 5 µl Ethidiumbromid pr. 100 ml, dette betyder at der skal tilsættese 7,5 µl. Ethidiumbromid skal håndteres med handsker, da stoffet kan give kraft. Blanding opvarmes under omrøring, når blandingen koger slukkes for varmen. Når agarosen blandingen er håndkold, hældes den i støbeformen til gelen Når gelen er størknet, overføres den til elektroforesekaret, der hældes TBE over gelen, der dog huskes at tilføre Ethidiumbromid til vandet, så der ikke sker en difudering af ethidimbromid. Gelen er nu klar til brug. Videregående Arktisk teknologi projekt 46

47 Adskillelse af DNA molekyler efter størrelse ved agarose gel elektroforses. Gel-elektroforese: Agarosegelen kommes i et elektroforesekar og en TBE opløsning hældes i, så gelen ligger under 2mm. væske. DNA der analyseres bliver negativt ladet i TBE og vandrer derfor mod plus ved strømtilslutning. Forsøgsopstilling til forsøg Videregående Arktisk teknologi projekt 47

48 Vandringslængden bestemmes bl.a. af DNA-stykkernes størrelse, jo større de er, jo mere modstand får de i gelen, og jo kortere bliver deres vandringslængde. Deres præcise længde kan beregnes ved at sammenligne vandringslængden med en standard. Vandringslængden afhænger også af agarosegelens koncentration, fordi den er bestemmende for DNA -stykkernes vandringshatighed. Agarosegelen indeholder desuden Ethidiumbromid, et kemisk stof, som binder sig til DNAstykkerne og flouriserer ved belysning af UV-lys. Videregående Arktisk teknologi projekt 48

49 DNA s Vandringshastighed. DNA s vandringshastighed i agarose geler er afhængig af følgende parametre: a) Størrelsen af DNA molekylet: Lineære dobbeltstrengede DNA molekyler bevæger sig gennem geler med hastigheder, der indenfor et givent molekylvægtsområde er omvendt proportionale med logaritmen til deres molekylvægt. b) Agarosekoncentrationen: Vandringshastigheden af et givent DNA molekyle, og det molekylvægtsområde som separeres, afhænger af agarosekoncentrationen, således at højere agarosekoncentrationer giver lavere vandringshastigheder. c) DNA Molekylets konformation: Supercoilet cirkulært DNA (uskåret DNA), relakseret cirkulært DNA og lineært DNA (skåret DNA) af samme molekylvægt vandrer med forskellige hastigheder. d) Spænding i volt: Ved lave spændinger er vandringshastigheden af lineært DNA proportional med spændingen. Dette gælder ikke ved højere spændinger, hvor større DNA frakmenter løber differentielt hurtigere. Restriktionsenzymer: Restriktionsenzyme er et enzym, der genkender restrations symmetriske DNA sekvensen og klipper ved disse genetiske kode over bestemte steder. Man kan sammenligne det med, at man klipper alfabetet over efter hver vokal, der er så noget, der skal være opfyldt for at restriktionsenzymet gå ind og klipper DNA kæden over. Videregående Arktisk teknologi projekt 49

50 Markers: Der er anvendt en Lambda DNA/EcoR I + Hind III Markers. Marker anvender man som målestok for at kunne anvende dataen fra gelen. Markeren danner et forudbestemt mønster, hvor man kender afstanden mellem de forskellige bånd. Da man kender afstanden på de bånd, som markeren danner, kan man sammenligne de andre bånd fra prøverne med markeren. Videregående Arktisk teknologi projekt 50

51 Polymerase Chain Reaction Polymerase Chain Reaction, polymerase kædereaktion. PCR er en laboratoriemetode, der anvendes for at mangfoldiggøre DNA, RNA i de prøver som man ønsker at analyseret. PCR går ud på at anvende en kendt DNA sekvens (primer), samt en termoresistens DNA polymerase Taq, der beholder sit enzym aktivitet efter at have været opvarmet til mere end 90 C, og en masse syntetiske produceret DNA basepar (short single stranded DNA mplecules). DNA basepar. Man ønsker ikke at opformere alt DNAet, så man anvender en primer, som går ind steder, der er specifik for f.eks. svampe. Metoden går ud på at tilsætte en blanding af enzymer, DNA Polymerase Taq, primer samt en masse frie DNA basepar til en prøve. Når dette er sket, opvarmes prøven med DNA Primers og Taq Polymerase til 94 C. Bliver temperaturen højere, vil den forhindre dannelsen af hydrogen bindinger, eller brint bindinger mellem primer og DNAet i prøven. Opvarmningen sker for at dele DNA strengen i to. Prøven køles ned for at DNA primer, kan danne til prøvens RNA, DNA. Den køles ned til ca. 55 C. Videregående Arktisk teknologi projekt 51

52 Figur 16 Temperaturen er hævet til ca. 72 C hvor Taq polymerase aktiveres. Når dette er sket, vil de frie basepar i prøven, ved hjælp af Taq, danne en kopi af prøvens DNA eller RNA streng. Det er den blå streng i figur 16. Der sker dog kun en kopi af det DNA, RNA som findes mellem dem som primeres, se figur 17. Prøven opvarmes nu igen op til 94 C for at få DNA stregningen til at dele sig. På denne måde forsætter man, indtil man har den mængde RNA,DNA, man har brug for Videregående Arktisk teknologi projekt 52

53 Figur 17 Videregående Arktisk teknologi projekt 53

54 Undersøgelser i Grønland: Undersøgelserne blev foretaget i perioden 24 juli til den 12 august i Grønland. Prøveoptagelsesstederne er, så vidt det er muligt vist på kort 1. Der er blevet taget nogle prøver, der ligger uden for kortet. Det drejer sig om SIS 4, SIS 9 samt SIS 11, SIS 4 som er taget mellem Ulkebugt og 1.fjord. SIS 9 er taget syd for byen. SIS 11 er taget ud for Teleøen. Disse 3 prøver er rene. Ved det menes, at der ikke er nogen påvirkning fra by, på denne måde kan disse anvendes som kontrolprøver for de prøver taget ved byen. Kort 1 SIS 7 og SIS 13 er taget uden for byens udløb og indeholder organismer, der er resistente over for antibiotika. Disse prøver er blevet bortskaffet på grund af sikkerheds problematikken. Vi havde ikke tilladelse til at behandle organismer, der kan udgøre en sundhedsmæssig risiko. Der blev også fundet resistente organismer i SIS 6. Videregående Arktisk teknologi projekt 54

55 Prøveoptagningssteder: Der er optaget prøver i havn, ved tanken og i midten af havnen, der er SIS 5, SIS 6, SIS 8 og SIS 10. SIS 5, SIS 8 SIS 10 optaget i midten af havnen SIS 6 vandprøve optaget fra slamprøve. Videregående Arktisk teknologi projekt 55

56 Der er optaget rentvandsprøver uden for byen SIS 4 og SIS 9. SIS 4. Der er optaget vandprøver ved byens spildevandsudløb. SIS 13 Videregående Arktisk teknologi projekt 56

57 Behandling af prøver: Prøve SIS 4, SIS 5, SIS 7, SIS 9 og SIS 12 er blevet filtreret gennem et mikropore filtrer. Der er filtreret min 5 liter pr. prøve. Filterne er frosset ned til senere analyse, samt som forsikring for at få noget DNA med hjem, i tilfælde af at mikroorganismerne ikke kunne overleve flyrejsen til Danmark. Der er optaget en 100 ml vandprøve fra alle prøvelokaliteter, disse er taget med hjem til Danmark. Der er foretaget pladespredning af alle prøver, disse plader er taget med til Danmark, og der er foretaget oprensning af pladerne fra prøverne i Danmark. Disse plader er grundlaget for DNA undersøgelsen. Kolonierne fra pladerne er sener blevet ren strøet og opformeret, så der ville være DNA/RNA nok til gel analyse. Videregående Arktisk teknologi projekt 57

58 Resultater fra undersøgelser af havvandet: Slot Prøve navn. Slot Prøve navn. Slot Prøve navn. Slot Prøve navn. 1 λ DNA * 11 qq λ DNA * 31 λ DNA * 2 qq 1 12 qq qq qq 61 3 qq 2 13 qq qq qq 63 4 qq 3 14 qq qq qq 64 5 qq 4 15 qq qq qq 65 6 qq 5 16 qq qq qq 66 7 qq 6 17 qq qq qq 67 8 qq 7 18 λ DNA * 28 qq qq 69 9 qq qq qq qq λ DNA * 40 λ DNA * *) λ DNA/ EcRI + HindIII Resultater af isolering af DNA Prøve qq 1-qq 20 Her ses det, at det kun er Slot nr.: 4, 9, 13, 14, 16 og 17, der indeholder DNA, svarende til at der er DNA i qq3, qq8, qq15, qq16, qq19 og qq20. For qq 19 er der dog kun DNA i selve slottet. Videregående Arktisk teknologi projekt 58

59 Prøve qq 22 til qq 70 Her ses det, at det kun er Slot nr.: 22, 23, 24, 27, 28, 29, 32, 33, 34, 35, 36 og 37, der indeholder DNA. Dette betyder at der er DNA i prøve: qq22, qq24, qq25, qq47, qq49,qq60, qq61, qq63, qq64, qq65, qq66 samt qq67. For qq22, qq24, qq47 og qq64 er der dog kun DNA i selve Slotet. I de resterende prøver er der ikke noget DNA. Videregående Arktisk teknologi projekt 59

60 Prøve qq 68-qq 103-qq 6 Slot Prøve navn. Slot Prøve navn. Slot Prøve navn. Slot Prøve navn. 1 λ DNA * 11 λ DNA * 21 λ DNA * 31 qq qq qq qq qq qq qq qq qq 1A 4 qq qq qq qq 5 5 qq qq qq 94,14 C 35 qq 6 LB 6 qq qq qq 94,25 C 36 qq 6 YPD 7 qq qq qq 95,25 C 37 λ DNA * 8 qq qq qq 96,14 C 38 9 qq qq qq 96,25 C qq λ DNA * 30 λ DNA * 40 Resultater fra qq 69 til qq 6 qq 69 til qq 89 Her ses det, at det er Slot nr.: 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 15, 16, 17, 18 og 19 der indeholder DNA. Dette betyder at der er DNA i qq74, qq75, qq76, qq77, qq78, qq79, qq84, qq85,qq86, qq88 og qq89 Der er dog kun DNA i selve Slottet i qq86. Videregående Arktisk teknologi projekt 60

61 qq 90 til qq 6 Her ses det, at der er bånd i slot nr. 22, 23,28 samt 35. Dette betyder, at der er DNA i Prøve qq90, qq92, qq96,14 C samt qq6 LB. Resten af prøverne er der ikke noget DNA i. Ud fra de 63 prøver er der kun 34 prøver, der viser indhold at DNA. Ud af de 34 prøver er der valgt 2 prøver, som stammer fra svampe eller gær. Videregående Arktisk teknologi projekt 61

62 Antallet af kolonier forskellige steder i området: 100 µl prøve pr vækstpladerne Prøve navn LB YPD 50+ AMP 100+ AMP sted SIS 11 5/ 6/ 151* 7/ 12/ 9 0 / 0 /0 0/ 0/ 0/ Ud for byen SIS 10 53/ 32/ 55 5/ 3/ 2 0 /1 /0 5/ 6/ 1 Midten af havnen SIS / 8 1/ 2/ 3 3/ 2/ meter fra udløb SIS meter fra udløb SIS4 9/ 1** 18** - - Ved 1. fjord SIS SIS SIS meter fra udløb Tabel 2 *87 hvide kolonier og 64 gule kolonier, gule kolonier kan skyldes senere forurening af prøven. ** centrifugeret prøver Inkoberet tid 2 dage ved grader. Videregående Arktisk teknologi projekt 62

63 Spildevandsudlednings tilføjelse af mikroorganismer til havmiljøet Prøve navn LB YPD 50+ AMP 100+ AMP sted Celler pr 100 µl Celler pr ml Celler pr 100 µl Celler pr ml Celler pr 100 µl Celler pr ml Celler pr 100 µl Celler pr ml Sygehuset / 8 40/ 80 1/ 2/ 3 10 /20 /30 3/ 2/ 2 30/ 20/ meter fra udløb Dump meter fra udløb Tabel 3 Videregående Arktisk teknologi projekt 63

64 Billede af qq 6, qq19, qq 20 og qq 22, taget i et mikroskop Svampe:qq 6 og Film 7, biledet nr. 9 og 8. Prøve qq6 ved 400 gang forstørrelse. Film 7, biledet nr. 9 og 8. Videregående Arktisk teknologi projekt 64

65 Gærsvampe: qq 22 Prøve nr. qq22 ved 400 gang forstørrelse. Bakterie: qq 19 og qq 20 Prøve qq gang forstørrelse forstørrelse prøve qq gang Videregående Arktisk teknologi projekt 65

66 Egne erfaringer med projektet: Som studerende med de fleste kurser inden for geologi, var der et stort spring at gå fra sten til mikroorganismer. Dette gav flere problemer, idet man ikke kan behandle mikroorganismer på samme måde som sedimentprøver. Jeg har fået et indblik i, hvorledes analysemetoder indenfor mikrobiologi fungerer. Det har vist sig at projekt vokser undervejs, samt at mine forhåbninger til resultatet, måtte nedjusteres da det viste sig at det tog længere tid at få opformeret og analyseret prøverne end jeg troede. Projekt ideen med at danne et katalog over hvilken mikroorganismer der findes i rent havvand, samt i forurenet havvand, måtte ligge på hylden, da der efter et halvt år kun var to prøver, der kunne anvendes. Dette betyder, at hvis der er andre, der interesser sig for at lave et sådan katalog, skal de også medtage bakterier i deres analyse, idet der er mange bakterier i havvand omkring. Den anden gren af rapporten med undersøgelsen af smitterisikoen med mikroorganismerne, mangler en vigtig brik, nemlig en undersøgelse af sygdomstilfældene i. Videregående Arktisk teknologi projekt 66

67 Kilder: //1// //2// Elementær mikro-biologi Teknisk forlag A/S, københavn udgave, 6 oplag 1994 //3// //4// //5// //6// Lademanns 97 multimedia leksikon //7// introduktion til svampe Nucleus 3. udgave 1992 //8// Svamperiget Det naturvidenskabelige fakultet Aarhus universitet 1. udgave, 1. oplag 1995 //9// //10// Videregående Arktisk teknologi projekt 67

68 //11// Hygiejnisk kvalitet af spildevand fra renseanlæg; Spildevandsforskning fra Miljøstyrelsen; nr 21; 1991 Videregående Arktisk teknologi projekt 68

69 Liste over forkortelser: UD Ukoncentreret direkte, der udtages materiale direkte fra vandprøven, ingen behandling. UB Ubehandlet SIS2,1 Anden vandprøve fra, første prøve, havde der stået 2,2 havde det været 2 prøve taget fra vandprøve 2 SIS1,1 Anden vandprøve, første prøve,100x koncentreret, fortyndet med 0,9% NaCl b SIS1,1 Anden vandprøve, første prøve,100x koncentreret, fortyndet med 0,5 M SIS1,1 b B vandprøve 2 første prøve NaCl UF Ufortyndet Ubehandlet LB F10X Betyder 10 gang fortyndet podet på LB Videregående Arktisk teknologi projekt 69

70 Liste over forsøgsnavne. Prøve Prøvetagetings stedet hvor prøven er taget navn datoen H1,1 25/2 Havnevand fra Hornbæk. H1,2 25/2 Havnevand fra Hornbæk. SIS 1 Ukendt (24-25/2) Havnevand fra Grønland, ved værft. SIS 2 Ukendt (7-8/3) Havnevand fra Grønland i midten af havnen. SIS 3 ukendt (9-10/4) Havnevand fra Grønland i midten af havnen. SIS 4 27/7 lørdag Havvand fra området mellem og 1. fjord. SIS 5 31/7 onsdag Havne fra s havn overflade, ved tank. SIS 6 1/8 torsdag Prøve fra opgravet slam fra havnen i (bundprøve). SIS 7 3/8 lørdag Prøve taget ved udløb fra byen, ved sygehuset. SIS 8 9/8 fredag Optaget i havnen samme sted som SIS 5. SIS 9 10/8 lørdag Prøve optaget i en fjord syd for. SIS 10 30/7 tirsdag havn i midten, ud for tanken SIS 11 30/7 tirsdag Havet ud for mellem Ulkebugt og Dumpen, ved teleøen SIS 12 30/7 trisdag Ved sygehuset udløbet 30 meter væk SIS 13 30/7 tirsdag Prøve taget ved s udløb, ved dumpen, (20-30 meter fra) Videregående Arktisk teknologi projekt 70

71 Liste over prøvernes optagningssted: SIS 4: qq 1 qq 6, qq 92 SIS 5 qq 7 qq 12 SIS 6 qq 13 qq16, qq 60 qq 69 SIS 7 Ingen prøver* SIS 8 qq 97 qq 111 SIS 9 ** SIS 10 qq 17 qq 38, qq 70 qq 91 SIS 11 qq 39 qq 50, qq 94 qq 96 SIS 12 Ingen prøver* SIS 13 Ingen prøver* * Der var ikke søgt tilladelse til af arbejde med organismer fra spildevand. ** Der var nok rene prøver i SIS 4, SIS 11. Videregående Arktisk teknologi projekt 71

72 Ordbog: Anamorf Ukønnet formeringsstadie Bakteriologi Læren om bakterier Cyanobakterierne Blågrønalgerne. Diploid Betegnelse for kerner eller organismer med dobbelt kromosom besætning. Modsat haploid. Endomycetales Gærsvampordenen Endomycetidae Gærsvampe Endotoxiner Væsker/stoffer som mikroorganismen udskiller, for at ødelægge andre organismer, pincillin er et sådan stof. Eukaryoter Betegnelse for organismer med en kerne. Flageller Svingtråde Videregående Arktisk teknologi projekt 72

73 Fykologi Læren om alger Haploid Betegnelse for kerner, celler, organismer eller livsstadier med halvt kromosomtal, oftest et enkelt kromosom af hver slags. Modsat diploid. Kemoorganotrof Ernæringsform, hvor organismen udnytter kemisk energi, som er bundet i organisk stof. Kitin Polysaccharid opbygget af N-acetylglucosamin-enheder. Mannan Polysaccharid opbygget af glucose- og mannoseeheder; vægstof hos Gær og i gæragtige celler af andre svampe. Morfologi Ydre form Murein Mucopepid= peptidoglycan Mykologi Læren om svampe nucleotid-baser A = adenin; C = cytosin; G = guanin; T = thymin Patogene Videregående Arktisk teknologi projekt 73

74 Sygdomsfremkaldende Polysaccharider Polysaccharider er kulhydrater som kan inddeles i de strukturelle polysaccharider som cellulose, pektin, xylan (hemicellulose) og kitin og i "eneriglager" eller "oplagrings" polysacchariderne som stivelse, inulin og glycogen. De strukturelle polysaccharider benævnes når de optræder i fødevarer for kostfibre. Prokaryoter Betegnelse for organismer uden en kerne, kerneløse. Protozoer Encellede dyr Protozoologi Læren om encellede dyr Selvavsteorien Spontan dannelse af levende ud fra livløst. Teleomorf Kønnet formeringsstadie Vegetative celler Celler uden sporer Virologi Læren om virus Videregående Arktisk teknologi projekt 74

75 Bilagsoversigt: Bilag 1 Klasser af svampelignende protister og ægte svampe, en oversigt over de vigtigste karakterer Klasser af svampelignende protister og ægte svampe, en oversigt over de vigtigste karakterer Klasse De vigtigste cellevægstof fer Zoosporer Befrugtnin g Myxomycetes Cellulose 2 fremadrettede plasmogam piskesvingtråde i Acrasiomycete s Plasmodiophor omycetes Oomycetes Chytridiomycet es Hyphochytrio mycetes Trichomycetes Zygomycetes Ascomycetes Deuteromycete s Basidiomycete s Ukønnet kønnet Kernefaseskifte Antal arter myxoamøber sporangi Haploid-diploid 600 esporer Cellulose mangler? myxamøber Haploid-diploid 50 Glycogen Kitin 2 fremadrettede plasmogam zoosporer piskesvingtråde i Cellulose Glucan Kitin Glucan Cellulose Kitin Polygalactos amin og glucan Kitin,Kitosa n, sjældent glucan Kitin Glucan hvilespor Haploid-diploid 60 er Heterokonte Oogami zoosporer oosporer Haploid-diploid 600 eller manglende 1 bagudrettet piskesvingtråd Planogami Somatoga mi Oogami zoosporer hvilespor er 1 fremadrettet planogami zoosporer hvilespor fjersvingtråd er mangler zygogami Myxamøber Konidier trichosporer zygospor e mangler zygogami konidier zygospor e mangler gametangio konidier ascospor gami er Kitin mangler mangler konidier mangler Haploid Kitin mangler Somatoga konidier Glucan mimen Haploid-diploid 600 Sjældent haploiddikaryo-diploid Haploid-diploid 20 Haploid-diploid 60 Haploid-diploid 650 Haploid-dikayrodiploid basidiesp Haploid-dikayrodiploid orer Videregående Arktisk teknologi projekt 75

76 Billedet nr. Film nr. 1 1 SIS 5 40x 2 SIS 5 40x 3 SIS 5 40x 4 SIS 5 40x 5 SIS 5 40x 6 SIS 5 40x 7 SIS 5 40x 8 SIS 5 40x 9 SIS 5 40x 10 SIS 5 40x 11 SIS 5 40x 12 SIS 6 40x 13 SIS 6 40x 14 SIS 6 40x 15 SIS 6 40x 16 SIS 6 40x 17 SIS 6 40x 18 SIS 6 40x 19 SIS 6 40x 20 SIS 6 40x 21 SIS 6 40x 22 SIS 6 40x 23 SIS 6 40x 24 SIS 6 40x 25 SIS 6 40x 26 SIS 6 40x 27 SIS 6 40x 28 SIS 6 40x 29 SIS 6 40x 30 SIS 6 40x 31 SIS 6 40x 32 SIS 6 40x 33 SIS 6 40x 34 SIS 6 40x 35 SIS 6 40x 36 SIS 6 40x Dato 1/ Videregående Arktisk teknologi projekt 76

77 Billedet nr. Film nr.2 1 SIS 6 100x 2 SIS 6 100x 3 SIS 6 100x 4 SIS 6 100x 5 SIS 6 100x 6 SIS 6 100x 7 SIS 6 100x 8 SIS 6 100x 9 SIS 6 100x 10 SIS 7 100x 11 SIS 7 100x 12 SIS 7 100x 13 SIS 7 100x 14 LB Dump hvidlig cirkulær med fordybning i midten 40x 15 LB Dump hvidlig cirkulær med fordybning i midten 40x 16 LB Dump hvidlig cirkulær med fordybning i midten 40x 17 LB Dump hvidlig cirkulær med fordybning i midten 40x 18 LB Dump Hvid uregelmæssige i kanten prikket i overfladen 40x 19 LB Dump Hvid uregelmæssige i kanten prikket i overfladen 40x 20 LB Dump Hvid uregelmæssige i kanten prikket i overfladen 40x 21 YPD Havnen 40x 22 YPD Havnen 40x 23 YPD Havnen 40x 24 YPD Havnen 40x 25 YPD Havnen 40x 26 YPD Havnen 40x 27 LB Havnen 40x 28 LB Havnen 40x 29 LB Havnen 40x 30 LB Havnen 40x 31 LB Havnen 40x 32 LB Havnen 40x 33 LB Havnen 40x 34 SIS 4 LB 40x 35 SIS 4 LB 40x 36 SIS 4 LB 40x Dato 31/7 4/8 Videregående Arktisk teknologi projekt 77

78 Billedet nr. Film Nr. 3 1 SIS 4 vandprøve 40x 2 SIS 4 vandprøve 40x 3 SIS 4 vandprøve 40x 4 SIS 4 vandprøve 40x 5 SIS 4 vandprøve 40x 6 SIS 4 vandprøve 40x 7 SIS 5 vandprøve 40x 8 SIS 6 LB rød cirkulær konveks foto 1 40x 9 SIS 6 LB rød cirkulær konveks foto 2 40x 10 SIS 6 LB hvid cirkulær konveks foto 1 40x 11 SIS 6 LB hvid cirkulær konveks foto 2 100x 12 SIS 6 LB hvid cirkulær konveks foto 3 100x 13 SIS 6 LB hvid uregelmæssig flad foto 1 40x 14 SIS 6 LB hvid uregelmæssig flad foto 2 40x 15 SIS 6 LB hvid uregelmæssig flad foto 3 100x 16 SIS 6 LB hvid uregelmæssig flad foto 4 100x 17 SIS 6 LB rød med gennemsigtig kant uregelmæssig konveks foto 1 40x 18 SIS 6 LB rød med gennemsigtig kant uregelmæssig konveks foto 2 100x 19 SIS 6 LB rød med gennemsigtig kant uregelmæssig konveks foto 3 100x 20 SIS 6 LB klar cirkulær flad foto 1 40x 21 SIS 6 LB klar cirkulær flad foto 2 40x 22 SIS 6 LB klar cirkulær flad foto 3 100x 23 SIS 6 LB klar cirkulær flad foto 4 100x 24 SIS 6 LB klar cirkulær flad foto 5 100x 25 SIS 6 LB gul cirkulær konveks foto 1 40x 26 SIS 6 LB gul cirkulær konveks foto 2 100x 27 SIS 6 LB gul cirkulær konveks foto 3 100x 28 SIS 6 YPD gul/rød uregelmæssig flad foto 1 40x 29 SIS 6 YPD gul/rød uregelmæssig flad foto 2 40x 30 SIS 6 YPD gul/rød uregelmæssig flad foto 3 100x 31 SIS 6 YPD gul/sort cirkulær flad foto 1 40x 32 SIS 6 YPD gul/sort cirkulær flad foto 2 40x 33 SIS 6 YPD gul/sort cirkulær flad foto 3 100x 34 SIS 6 YPD gul/sort cirkulær flad foto 4 100x 35 SIS 6 YPD gul/sort cirkulær flad foto 5 100x 36 SIS 6 YPD gul/sort cirkulær flad foto 6 100x Dato Videregående Arktisk teknologi projekt 78

79 Billedet nr. Film Nr. 5 Dato 1 SIS 4 LB cen. Gullig cirkulær konkav foto 1 40x 2 SIS 4 LB cen. Gullig cirkulær konkav foto 2 40x 3 SIS 4 LB cen. Gullig cirkulær konkav foto 3 100x 4 SIS 4 LB cen. hvidlig cirkulær konkav foto 1 40x 5 SIS 4 LB cen. hvidlig cirkulær konkav foto 2 100x 6 SIS 4 YPD cen. Hvid trådet konveks foto 1 40x 7 SIS 4 YPD cen. Hvid trådet konveks foto 2 40x 8 SIS 4 YPD cen. Hvid trådet konveks foto 3 100x 9 SIS 4 YPD cen. Hvid trådet konveks foto 4 100x 10 SIS 4 YPD cen. Hvid cirkulær med trådet kant konveks foto 1 40x 11 SIS 4 YPD cen. Hvid cirkulær med trådet kant konveks foto 2 100x 12 SIS 4 YPD cen. rød cirkulær konveks foto 1 40x 13 SIS 4 YPD cen. rød cirkulær konveks foto 2 100x 14 SIS 5 LB Hvid Uregelmæssige flad foto 1 40x 15 SIS 5 LB Hvid Uregelmæssige flad foto 2 100x 16 SIS 5 LB Hvid Uregelmæssige flad foto 3 100x 17 SIS 5 LB Hvid cirkulær konveks foto 1 40x 18 SIS 5 LB Hvid cirkulær konveks foto 2 100x 19 SIS 5 LB klar cirkulær flad foto 1 40x 20 SIS 5 LB klar cirkulær flad foto 2 100x 21 SIS 5 YPD gul cirkulær konveks foto 1 40x 22 SIS 5 YPD gul cirkulær konveks foto 2 100x 23 SIS 5 YPD gul cirkulær konveks foto 3 100x 24 SIS5 YPD klar/hvid uregelmæssige flad foto 1 40x 25 SIS5 YPD klar/hvid uregelmæssige flad foto 2 40x 26 SIS5 YPD klar/hvid uregelmæssige flad foto 3 100x 27 SIS5 YPD klar/hvid uregelmæssige flad foto 4 100x 28 SIS5 YPD hudfarve uregelmæssige konveks foto 1 40x 29 SIS5 YPD hudfarve uregelmæssige konveks foto 2 40x 30 SIS5 YPD hudfarve uregelmæssige konveks foto 3 100x 31 SIS5 YPD hudfarve uregelmæssige konveks foto 4 100x 32 HAV LB Rød cirkulær konveks foto 1 40x 33 HAV LB Rød cirkulær konveks foto 2 100x 34 HAV LB gul cirkulær flad foto 1 40x 35 HAV LB gul cirkulær flad foto 2 100x 36 HAV LB gul cirkulær flad foto 3 100x Videregående Arktisk teknologi projekt 79

80 Billedet nr. Film Nr. 6 1 Olympus objective micrometer 0,01mm foto 1 40x 2 Olympus objective micrometer 0,01mm foto 2 40x 3 HAV LB hvid cirkulær konveks foto 1 40x 4 HAV LB hvid cirkulær konveks foto 2 100x 5 HAV LB hvid trådet flad foto 1 40x 6 HAV LB hvid trådet flad foto 2 100x 7 HAV LB hvid trådet flad foto 3 100x 8 HAV LB gul cirkulær konveks foto 1 40x 9 HAV LB gul cirkulær konveks foto 2 100x 10 HAV LB gul uregelmæssige konveks foto 1 40x 11 HAV LB gul uregelmæssige konveks foto 2 40x 12 HAV LB gul uregelmæssige konveks foto 3 100x 13 HAV LB gul uregelmæssige konveks foto 4 100x 14 HAV LB hvid cirkulær konveks foto 1 40x 15 HAV LB hvid cirkulær konveks foto 2 100x 16 HAV LB rød uregelmæssige konveks foto 1 40x 17 HAV LB rød uregelmæssige konveks foto 2 100x 18 HAV YPD trådt konveks hvis kant /brun mitte foto 1 40x 19 HAV YPD trådt konveks hvis kant /brun mitte foto 2 40x 20 HAV YPD trådt konveks hvis kant /brun mitte foto 3 100x 21 HAV YPD rød uregelmæssige flad foto 1 40x 22 HAV YPD rød uregelmæssige flad foto 2 100x 23 HAV YPD rød uregelmæssige flad foto 3 100x 24 HAV YPD hvid/gullig med klar kant cirkulær konveks foto 1 40x 25 HAV YPD hvid/gullig med klar kant cirkulær konveks foto 2 40x 26 HAV YPD hvid/gullig med klar kant cirkulær konveks foto 3 100x 27 HAV YPD gul cirkulær flad foto 1 40x 28 HAV YPD gul cirkulær flad foto 2 100x 29 HAV YPD gul uregelmæssige konveks foto 1 40x 30 HAV YPD gul uregelmæssige konveks foto 2 40x 31 HAV YPD gul uregelmæssige konveks foto 3 100x 32 HAV YPD gul uregelmæssige konveks foto 4 100x 33 HAV YPD rød uregelmæssige konveks foto 1 40x 34 HAV YPD rød uregelmæssige konveks foto 2 100x 35 HAV YPD hvid cirkulær flad foto 1 40x 36 HAV YPD hvid cirkulær flad foto 2 100x Dato Videregående Arktisk teknologi projekt 80

81 Billedet nr. Film Nr. 7 Dato 1 Havn LB hvid med gullig midte cirkulær konveks Foto 1 40x 2 Havn LB hvid med gullig midte cirkulær konveks Foto 2 40x 3 Havn LB hvid med gullig midte cirkulær konveks Foto 3 100x 4 Havn LB hvid uregelmæssige konkav Foto 1 40x 5 Havn LB hvid uregelmæssige konkav Foto 2 100x 6 Havn LB gullig/rød trådet flad Foto 1 40x 7 Havn LB gullig/rød trådet flad Foto 2 100x 8 Havn LB hvid trådet flad mat Foto 1 40x 9 Havn LB hvid trådet flad mat Foto 2 100x 10 Havn LB hvid trådet flad mat Foto 3 100x 11 Havn LB hudfarvet uregelmæssige flad mat Foto 1 40x 12 Havn LB hudfarvet uregelmæssige flad mat Foto 2 100x 13 Havn LB rødlig uregelmæssige flad vandglans Foto 1 40x 14 Havn LB rødlig uregelmæssige flad vandglans Foto 2 40x 15 Havn LB rødlig uregelmæssige flad vandglans Foto 3 100x 16 Havn LB hvid cirkulær konveks vandglans Foto 1 40x 17 Havn LB hvid cirkulær konveks vandglans Foto 2 100x 18 Havn LB gul cirkulær konveks vandglans Foto 1 40x 19 Havn LB gul cirkulær konveks vandglans Foto 2 100x 20 Havn LB gul cirkulær konveks vandglans Foto 3 100x 21 Havn LB klar uregelmæssige flad vandglans Foto 1 40x 22 Havn LB klar uregelmæssige flad vandglans Foto 2 100x 23 UB SIS4 LB brun/sort mitte hvid kant trådet flad mat Foto 1 40x 24 UB SIS4 LB brun/sort mitte hvid kant trådet flad mat Foto 2 40x 25 UB SIS4 LB brun/sort mitte hvid kant trådet flad mat Foto 3 40x 26 UB SIS4 LB brun/sort mitte hvid kant trådet flad mat Foto 4 100x 27 UB SIS4 LB brun/sort mitte hvid kant trådet flad mat Foto 5 100x 28 UB SIS4 LB brun/sort cirkulær konveks mat Foto 1 40x 29 UB SIS4 LB brun/sort cirkulær konveks mat Foto 2 40x 30 UB SIS4 LB brun/sort cirkulær konveks mat Foto 3 100x 31 UB SIS4 LB sort med hvid kant cirkulær mat Foto 1 40x 32 UB SIS4 LB sort med hvid kant cirkulær mat Foto 2 40x 33 UB SIS4 LB sort med hvid kant cirkulær mat Foto 3 100x 34 UB SIS4 LB sort med hvid kant cirkulær mat Foto 4 100x 35 UB SIS4 LB sort med hvid kant cirkulær mat Foto 5 100x 36 UB SIS4 LB sort med hvid kant cirkulær mat Foto 6 100x Videregående Arktisk teknologi projekt 81

82 Billedet nr. Film Nr. 8 Dato 10/8 1 Havn YPD hvidlig uregelmæssige flad svag glans Foto 1 40x 2 Havn YPD hvidlig uregelmæssige flad svag glans Foto 2 100x 3 Havn YPD sort uregelmæssige konveks Foto 1 40x 4 Havn YPD sort uregelmæssige konveks Foto 2 100x 5 Havn YPD sort uregelmæssige konveks Foto 3 100x 6 Havn YPD hvid cirkulær flad vandglans Foto 1 40x 7 Havn YPD hvid cirkulær flad vandglans Foto 2 100x 8 Havn YPD gullig cirkulær flad vandglans Foto 1 100x 9 Havn YPD gullig cirkulær flad vandglans Foto 2 40x 10 Havn YPD hvid uregelmæssige tråde mitte mat Foto 1 40x 11 Havn YPD hvid uregelmæssige tråde mitte mat Foto 2 100x 12 Havn YPD klar /grå uregelmæssige konveks svag glans Foto 1 40x 13 Havn YPD klar /grå uregelmæssige konveks svag glans Foto 2 100x 14 Havn YPD klar /grå uregelmæssige konveks svag glans Foto 3 100x 15 Havn YPD gullig cirkulær konveks vandglans Foto 1 40x 16 Havn YPD gullig cirkulær konveks vandglans Foto 2 100x AMP hvid/gullig cirkulær flad vandglans Foto 1 40x AMP hvid/gullig cirkulær flad vandglans Foto 2 100x AMP hvid/gullig cirkulær flad vandglans Foto 3 100x AMP gul uregelmæssige svag konveks mat Foto 1 40x AMP gul uregelmæssige svag konveks mat Foto 2 100x AMP hvidlig cirkulær flad mat Foto 1 40x AMP hvidlig cirkulær flad mat Foto 2 100x AMP klar / hvidlig cirkulær flad vandglans Foto 1 40x AMP klar / hvidlig cirkulær flad vandglans Foto 2 100x AMP klar / hvidlig cirkulær flad vandglans Foto 3 100x AMP hvidlig uregelmæssige svag konveks mat Foto 1 40x AMP hvidlig uregelmæssige svag konveks mat Foto 2 100x 29 VP SIS4 LB brun med hvide tråde flad mat Foto 1 40x 30 VP SIS4 LB brun med hvide tråde flad mat Foto 2 100x 31 VP Hav YPD Lys brun med hvid kant uregelmæssige konveks mat Foto 1 40x 32 VP Hav YPD Lys brun med hvid kant uregelmæssige konveks mat Foto 2 40x 33 VP Hav YPD Lys brun med hvid kant uregelmæssige konveks mat Foto 3 40x 34 VP Hav YPD Lys brun med hvid kant uregelmæssige konveks mat Foto 4 100x 35 VP Hav YPD Lys brun med hvid kant uregelmæssige konveks mat Foto 5 100x 36 VP Hav YPD Lys brun med hvid kant uregelmæssige konveks mat Foto 6 100x Videregående Arktisk teknologi projekt 82

83 Brev til Danmarks miljøundersøgelser 1/10 Jeg ville høre om, der findes data om udledningen af resistente organismer fra spildevandsrensningsanlæg, og i så fald, hvor man finder data. Jeg spørger fordi jeg under et kursus på DTU, var i Grønland i og undersøgte havmiljøet for mikroorganismer. Ved byens to udløb(urenset spildevand) fandt vi, at der var ca. 60 % antibiotika resistente organismer. Vi spurgte på hospitalet i byen og fik det svar, at de ikke anvender mere antibiotika end i Danmark. Så problemet må også findes i Danmark, hvis de kan overleve rensningen af spildevandet. Jeg håber at I kan hjælpe mig. Med venlig hilsen Don J Madsen. Der er desværre ikke kommet noget svar fra Danmarks miljøundersøgelser. 21/11 Videregående Arktisk teknologi projekt 83