Step-by-Step vejledning til brug af PC-programmet HerdView til detailanalyse af hændelser i en dynamisk kvægpopulation

Transkript

1 Step-by-Step vejledning til brug af PC-programmet HerdView til detailanalyse af hændelser i en dynamisk kvægpopulation INDHOLD Installation af programmet og krav til computer... 1 Start af HerdView... 2 Særligt ved redigering af data fra store besætninger... 3 Særligt ved analyse af tværsnitsdata (fx klovbeskæringer)... 3 Overførsel af HerdView-analyser til Word... 3 Koder og definitioner i HerdView s definitionsfiler... 4 Diverse vedr. opsætning af program og output til print... 6 Installation af programmet og krav til computer En detaljeret beskrivelse af brugen HerdView-programmet til analyse af en malkekvægbesætning findes på HerdView-hjemmesiden (opdateret ). Undlad at bruge det HerdView-program, der kan findes på denne hjemmeside. Den seneste version af HerdView-programmet kan hentes sammen med hjælpefiler, vejledninger mv. og datafiler fra en konkret besætning via Adgang til denne hjemmeside kræver adgangskode, som kan rekvireres af kvægdyrlæger ved -henvendelse til Carsten Enevoldsen, ce@sund.ku.dk. Det gælder generelt, at programmet virker mest tilfredsstillende på computere med Windows2000 eller XP det virker dog også på alle andre Windows-styresystemer, men især grafikken efter overførsel til fx Word er noget utilfredsstillende ved Windows 98 og lavere. Programmet virker tilsyneladende fint på Windows 7, medmindre der er tale om en såkaldt 64-bit version, hvilket vil vise sig ved forsøg på at afvikle programmet. Den ideelle løsning for 64-bit er at installere en såkaldt Virtuel XP eller Windows XP Mode som kan ske herfra: Vha. programmet VMware Fusion kan du på MAC installere Windows-styresystemet (Windows 7 Professional 32-bit version), hvorfra du kan afvikle HV samt endvidere programmet DYREREGISTRERING. En hurtigere løsning er at installere DOSBox - Latest version: 0.74: I denne installation vil dataindlæsning og afvikling nok være langsommere, og du vil mangle nogle faciliteter omkring overførsel af grafer til fx Word. Efter login på (efterfølgende benævnt VPR ) skal du vælge besætning. Her antager vi, at besætningen er oprettet, og aktuelle data er trukket ud fra Kvægdatabasen vha. DYREREGISTRERING og uploadet til VPR. Vejledninger til denne proces er angivet på VPR ved de relevante menuer. Du vælger nu på den lille pil ved menupunktet Udtræk data. I menuen vælger du derefter HerdView-pakke. Der skal nu fremkomme en tekst, der beskriver indholdet i den pakke af filer, du kan bestille. Du kan også se link til den vejledning, som du læser nu. Klik nu på Send. Efter få sekunder fremkommer en tabel under titlen Batch-analyser, hvor der øverst efter en tid (få sekunder til måske et minut) vil stå en tekst som følgende: Siden opdateres automatisk ca. hvert 10. sekund Analyse Bestilt Type Status HerdView_filer 04FEB09:05:47:34 zip Vis 1

2 Herefter skal du højreklikke på Vis og vælge Gem som på den fremkomne menu. Du skal herefter vælge en placering af HerdView-pakken på din egen PC. Vælg en placering i en mappe, der er tæt på toppen i mappe-hierarkiet. Fx C:\HerdView. Gem pakken. Den vil have et navn som fx xxxxxherdview_03feb09.zip, hvor xxxxx er erstattet med besætningens CHR-nr. Gå nu til mappen med den netop gemte filpakke. Klik på fil-navnet. I de fleste PC-opsætninger vil du nu få mulighed for at udpakke filerne. De vil som regel blive gemt i en nydannet mappe, der har samme navn som filpakken; i eksemplet ovenfor altså xxxxxherdview_03feb09. Dannes der ikke en sådan mappe, så skal du ændre opsætning af din PC, således at det sker. I Windows XP vil følgende fremgangsmåde give det ønskede resultat (engelsk version): Højreklik på navnet for filpakken, vælg menupunktet Open with, vælg Compressed (zipped) Folders. Nu ser du indholdet af filpakken. Yderst til venstre kan du nu vælge Extract all files. Nu dukker en Extraction Wizard op, som du følger slavisk. Såfremt du har valgt Show extracted files, vil du automatisk blive placeret i den nu udpakkede mappe med alle de nødvendige filer. I Windows 7 skal du vælge Udpak alle, når du højreklikker på navnet for zip-filen. I den nydannede mappe finder du frem til en fil med navnet HV137.EXE. Muligvis er navnet angivet uden efternavn, altså blot med HV137. Klik på denne fil. Muligvis vil dit antivirusprogram reagere på denne operation ved fx at meddele Security Warning. Du kan imidlertid være sikker på, at der ikke er tale om en virus, hvorfor du med sindsro kan klikke på Run. Som nævnt ovenfor er den videre brug af programmet i hovedtrækkene beskrevet her: Du ser her mange detaljer vedr. praktisk brug af programmet samt noget om tolkning af diverse output. Som supplement ser du nedenfor en kort teknisk orienteret brugsvejledning nedenfor. Start af HerdView Efter klik på HV137 i fillisten åbnes et vindue på skærmen. På bjælken i toppen af vinduet skal stå den fulde beskrivelse af drev, mappe og filnavn. Fx C:\HerdView\xxxxxH~1\HV137.EXE. Den sære forkortelse af mappenavnet med ~ skyldes, at programmet kun kan operere med 8 karakterer i fil- og mappenavne. Klik nu på menu-punktet Filer på bjælken øverst. På nogle computere virker musen ikke. I så tilfælde skal du trykke på funktionstasten F10, der normalt findes øverst på tastaturet. Nu bliver menu punktet Filer grønt. Tast enter. På en såkaldt rullemenu får du nu nogle valgmuligheder. Vælg Definitioner. Det er VIGTIGT, at dette ALTID gøres først! Fra en liste af navne vælger du indledningsvis SYMBOL.DEF. Klik på Open. I boksen under Valg skal der nu stå SYMBOL.DEF. Såfremt musen ikke virker, så skal du bruge Tab-tasten til at hoppe fra valgmulighed til valgmulighed. Den aktive komponent vil være med hvid tekst. Efter korrekt valg af DEF-fil (DEF=definition) ses navnet SYMBOL.DEF i nederste højre hjørne af HerdView-vinduet. Der SKAL stå et navn på en DEF-fil på dette sted. Det er den hyppigste begynderfejl, at denne proces ikke forløber korrekt. Nu vælger du igen menu-punktet Filer, hvor du vælger Data. I en boks med titlen Hent data ser du en liste med en række filnavne, der alle ender på HVD. Disse er datafiler. Medmindre du har valgt DEF-filen med navnet UNGDYR.DEF, så skal du nu vælge en HVD-fil med et navn, der 2

3 starter med KO eller LAK. Filnavne med LAK er anvendt i store besætninger (over ca. 500 køer), hvor førstekalvs (LAKT1..) er adskilt fra øvrige (LAK2.. og evt. LAK3 ). Vælg nu én af disse, hvorefter programmet er klar til at analysere data, som det er beskrevet i detaljer på BEMÆRK, at navnet på datafilen nu skal være anført på den nederste bjælke i programvinduet. Bemærk, at andre udbydere af datafiler kan bruge andre navngivninger af datafiler. Såfremt der er behov for at analysere data vedr. opdræt (kalve/kvier), så skal du indledningsvis vælge en DEF-fil ved navn UNGDYR.DEF. Herefter vælger du fx en datafil, hvor navnet starter med én af følgende: UNG, KAL, KVI eller TYR. Bemærk, der ikke er noget til hinder for at have flere vinduer med HerdView åbne samtidigt. Såfremt du har en bred skærm, så kan det være meget hensigtsmæssigt at placere to åbne programvinduer side om side, så du fx kan sammenligne kurveforløb i 2 pariteter visuelt. Særligt ved redigering af data fra store besætninger Når du arbejder med besætninger, der er så store, at du får flere datafiler (typen.hvd ), så skal du være opmærksom på følgende for datafiler for anden og senere pariteter: Vil du fx have en analyse for tredjekalvs alene, så skal du slette de øvrige pariteter via menuen Rediger. Her vælger du menupunktet Paritet. Vha. Delete eller museklik skal du så vælge 1, 2 samt alle større end 3. Tilbage har du så 3 med sort bogstavsfarve, mens resten er blå. Tilbage på skærmen er der nu kun hændelse for tredje paritet. Særligt ved analyse af tværsnitsdata (fx klovbeskæringer) HerdView blev oprindelig designet til at analysere forekomst af hændelser, der forekommer med variable mellemrum gennem dyrets levetid ( incidens-data ). Til dette formål fungerer det fint, at HerdView-designet kun giver plads til en enkelt hændelse i hver uge. Vi har imidlertid også behov for at beskrive forekomst af registreringer frembragt ved undersøgelse af mange køer på en enkelt dag, som vi fx gør ved ydelseskontrol og ved klovbeskæring ( prævalensdata ). Ved disse data ønsker vi at danne søjlediagrammer ved disse undersøgelsesdatoer. For at undgå at andre hændelser i samme uge skubber fx klovbeskæringsregistreringer frem i tiden er det nødvendigt at slette hændelser, som forekommer i samme uge. Dette kan gøres vha. menuen Rediger og vælge menupunktet Hændelse. Du kan nu slette alle de hændelser, der er irrelevante for din analyse. Vil du fx blot se, hvordan køer bliver klovbeskåret, så beholder du kun hændelserne Kælvning, Afgang og Klovbeskæring. Ved valg af menupunktet Frekvens under hovedpunktet Statistik, vil du få søjler (antal eller procent køer beskåret) på de dage, hvor der er klovbeskåret. Der er i HerdView-pakken fra VPR en særskilt vejledning til analyse af klovbeskæringsdata med HerdView, fordi disse data er specielt komplicerede med deres blanding af sporadiske behandlinger og systematiske klovbeskæringer med mange køer per dag. Overførsel af HerdView-analyser til Word Metoden til at printe direkte fra HerdView er beskrevet på Bemærk, at man skal afslutte programmet, før print-filen dannes. Den bedste metode til at få output i en form, der ligner skærmbilledet, er dog flg. (som dog ikke virker i DOSBOX-versionen): 3

4 Klik i HerdView-vinduets øverste venstre hjørne, hvor drev-bogstavet for programmets placering er anført. Fx C:\. Nu får du en menu, hvor du vælger Rediger. Herefter vælger du Marker. Du skal nu placere musen i det øverste venstre hjørne af den del af skærmbilledet, du ønsker overført til Word. Venstre museknap holdes nede. Og musen trækkes ned til nederste højre hjørne af det parti, du ønsker ønskes overført. Herefter tastes Enter. Alternativt vælger du Kopier ved at bruge musen i menuen helt oppe i øverste venstre hjørne af HerdView-vinduet. Nu er det valgte skærmparti overført til Klippebordet på pc-en. Herefter åbner du et tomt Worddokument eller tilsvarende program til tekstbehandling. Her holder du tasten Kontrol nede, og du taster V, eller du vælger Sæt ind under menupunktet Rediger. Du kan også højreklikke på musen og derefter vælge sæt ind. Nu indsættes skærmbilledet i Word. Det er dog sandsynligt, at teksten fremtræder som kaos. Dette afhjælpes ved at markere hele dokumentet (hold Kontrol nede og tast A ). Du ændrer nu skrifttypen til Courier New, og skriftstørrelsen sætter du til 9 punkt. Der er andre metoder til at få HerdView-output til Word, men disse er mindre hensigtsmæssige. Eksempler er vist nederst i dette dokument, hvor der er også angivet metoder til at indstille redigeringsfaciliteter. Koder og definitioner i HerdView s definitionsfiler Med HerdView har du meget stor frihed til at designe dine helt egne analyser samt grupperinger af hændelser. HerdView s præsentation af hændelser defineres vha. de såkaldte definitionsfiler. Disse filer giver samtidig mulighed for en fuldstændig fleksibel gruppering af enkelthændelser. Opbygningen af og redigering i definitionsfilerne er beskrevet i detaljer på HerdView-hjemmesiden på Definitionsfiler skal redigeres med en teksteditor som fx Notepad. Brug af et egentligt tekstbehandlingsprogram som fx Word kan give utilsigtede virkninger, fordi der kan blive inkluderet skjulte koder. Efterfølgende gennemgår jeg kort den biologiske og tekniske definition af de hændelser, der ikke repræsenterer faktiske registreringer. Fx er sygdomsdiagnosen venstresidig løbedrejning en faktisk hændelse, mens Akut celletal er en hændelse, der er defineret ud fra et celletalsforløb. Overskrifterne på de følgende afsnit er udklip af de pågældende linjer i definitionsfilen SYMBOL.DEF. Det første tal i linien er den kodeværdi, der er tilknyttet den pågældende hændelse i input-data. Fx er tallet 11 koden for Akut yverbetændelse. Det næste tal er en såkaldt ASCIIkode, der i HerdView oversættes til et bestemt symbol. Fx vil talværdien 89, der er tilknyttet hændelseskoden 11 (Akut yverbetændelse) blive oversat til et Y for Yverbehandling. Du kan fx finde ASCII-talkoden for et givet bogstav på link: Du kan opleve at se spørgsmålstegn i skærmbilledet. Det sker, når data i udtrækket fra Kvægdatabasen indeholder koder, som ikke er defineret i DEF-filen. Fænomenet vil forekomme, såfremt der fx bliver oprettet en ny sygdomskode. Den nye diagnose skal defineres og tilføjes et symbol ved redigering i DEF-filen 'Akut yd.fald' I programmet, der danner input til HerdView laves besætningslaktationskurver baseret på data fra kurante køer. Disse er køer uden sygdomsbehandling og fødselsproblemer samt med lave celletal. 4

5 Laktationskurverne er herefter anvendt til at beregne en ydelse for de enkelte køer, som den ville være, såfremt koen var kurant. Derefter er forskellen mellem den forventede og den aktuelle ydelse beregnet. Såfremt denne ydelse for første gang er mindre end den forventede ydelse minus 1,65 gange spredningen på den forventede dagsydelse, så angives den pågældende ydelseskontrol som Akut yd.fald.. Denne forskel kan herefter betegnes som statistisk signifikant på 10%- niveauet (eensidig test) 'Yd.diff <- -9', 'Yd.diff -5 til -8', 'Yd.diff -4 til +4' og 'Yd.diff +5 ->' Disse hændelser er ligeledes baseret på afvigelser fra den forventede ydelse hos de enkelte køer (såfremt de var kurante). Bemærk her, at den aktuelle ydelse altså også kan ligge over den forventede ydelse 'Afgang, ufriv.' En udsætning gives hændelseskoden Afgang, ufriv. ( ufrivillig afgang ), såfremt følgende kriterier er opfyldte: Selvdød/aflivet eller ydelsen før udsætning var under forventet (for kurante køer) minus 1,65 gange spredningen på den forventede ydelse. Dvs. samtidig havde hændelsen akut ydelsesfald jvf. ovenfor 'Akut celletal' Denne beregnede hændelse er baseret på en såkaldt Hitliste, der primært er baseret på celletal til at rangere køerne yversundhedsmæssigt. På Hitlisten findes en scoreværdi for akut celletal. Herved forstås, at stigende scoreværdi fra minimum (sjældent under -3) til maksimum (sjældent over 3) udtrykker stigende tendens til at celletallet pludseligt er steget. Denne kontinuerte score for akut mastitis (celletal) er omdannet til en hændelse ved at definere Akut celletal som akut-scores over eller lig med 1, 'Kronisk celletal' Denne hændelse er analog til Akut celletal, idet en kontinuert score for kronisk celletal er omdannet til hændelsen Kronisk celletal, der er defineret som kronisk score over eller lig med 1, 'Inficeret' Denne hændelse er også afledt af en score på Hitlisten. Her er beregnet en sandsynlighed for at påvise mastitisbakterier ved en enkeltkirtelprøve. Såfremt denne sandsynlighed er på 50% eller derover, så fremkommer hændelsen Inficeret i HerdView 'Patogen fri' Denne hændelse er ligeledes afledt af en score på Hitlisten. Her er beregnet en sandsynlighed for at koen er fri for væsentlige mastitisbakterier ( major pathogens ) ved en enkeltkirtelprøve. Såfremt denne sandsynlighed er på 90% eller derover, så fremkommer hændelsen Patogen fri i HerdView. 5

6 Diverse vedr. opsætning af program og output til print Resultat ved brug af Ctrl + Alt + PrintScrn når HerdView er aktiv. Derefter skiftes til et åbent Word-dokument, hvor der er tastet Ctrl + V 6

7 Resultat ved brug af Ctrl + PrintScrn når HerdView er aktiv OG den anvendes i Fuld Skærm (Full Screen) tilstand. Derefter anvendes Alt + Tab for at komme ud af Fuld Skærm tilstand. I et åbent Word-dokument, tastes herefter Ctrl + V HUSK, der skal anvendes en skrifttype som fx Courier. I Windows95 skal man sandsynligvis anvende Alt + PrintScrn Filer Rediger Statistik Udskriv Hjælp 09:00:21 XXXXX YKTR_dato: JAJensen 1 *--.¹ ==.¹===.¹===+.--.¹---.¹--.¹ , X_ *-.¹- =9\¹z} 1763X_ *----.¹=.¹KK=.¹==.¹==.¹==.¹o==o.¹z 1808X_ Y*---.==.====.===.===.===9\z} 1806S_ *----.C!o:!=.!o=.!==.!oY.C^!o.^!z 1676S_ *Y--o. o.==== !----.!---.!--.!- 1787S_ *i.¹-.¹=o=.¹+-.¹--.¹--.¹----:¹---.¹--.¹- 1783X_ *3.¹--.¹o=.¹?=.¹M=.o=o.!====.!z 1760X_ *.---.¹=o.?==o.¹Y.===.=o===.=z 1802S_ *---.¹ o=.?=o.=o= ! !- 1780S_ * ¹--.¹--.¹--.¹----.¹---.¹--.¹- 1813X_ *DA$} 1772X_.. 1. *Y-.C! =.^!=.o=+.!y-6!----.!---.¹ X_ *--.¹ =.¹ !--.!- 1797S_ *---.¹ =.¹=o.¹o===.¹o=o.¹==.¹= 1824X_ *-.C!.^! ¹--.¹- 1822X_ *YA.C!.==.=o===.= o=.!o=.c! 1827X_ *^.-- o.c!y.r Y6\!z} 1833S_ *----.¹ o.¹o=o=.¹==o.¹==:== 1829X_ *---.¹ =o.¹+--.c!--.!--.!- 1861X_ *YA9\C! 6!===9!z} 1766S_ YA*3Y.¹ =======z 1845X_ *.¹--.¹+--.¹---.¹--.¹- 1856X_ *.C^!Y.^!o6\^!+.! X_ *md6\¹.o==.¹o=o.¹==.¹= 1864X_ *DY--.¹ o=o.¹+--.¹--.¹- 1839X_ *DYz} 1840X_.. 1. *--.- ===.o=o=.=o=.== 1761S_ *.--- o.¹===.¹ o.¹= 1825X_ *----o.¹=o=.¹==.¹= 1828X_ *-----.C!=.!o=o.! 1811S_ *D3F$} 1872X_.. 1. *---. =+-.¹ S_ *V-Y9\¹ z} 1873X_ Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar 2001 Ugentlig forekomst af Kælvning 1-10 # Paritet: 1-2 _ _ _ _ _ _ _ _ -Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar 2001 F7 Afslut F10 Funktioner Data: KO01MA~1.HV Def: SYMBOL.DEF 7

8 Resultat ved brug af HerdViews Print-menu. Husk, at her skal først bestemmes Destination. Derefter vælges Print. Endelig HUSK, at filen først udskrives, når HerdView afsluttes. I dette eksempel er filen indlæst i Word vha. Indsæt-menuen. Det største problem med denne metode er, at symbolerne ændres i forhold til PCprogrammet HerdView XXXXX YKTR_dato: JAJ Page Ugentlig forekomst af K lvning # * * - 4 Paritet: 1 * * * * ** * ** ** * * * * * *** - 2 * ** ** **** * * **** *** ** ***** *** -Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar K lvning *--.û ==.û===.û===+.--.û---.û--.û , X_ *-.û- =9\ûz}³ 1763X_ *----.û=.ûkk=.û==.û==.û==.ûo==o.ûz³ 1808X_ Y*---.==.====.===.===.===9\z}³ 1806S_ *----.C!o:!=ö.!o=.!==ö.!oY.C^!o.^!z³ 1676S_ *Y--o. o.==== !----.!---.!--.!- 1787S_ *i.û-.û=o=.û+-.û--.û--.û----:û---.û--.û- 1783X_ *3.û--.ûo=.û?=.ûM=.o=o.!====.!z³ 1760X_ *.---.û=o.?==o.ûy.===.=o===.=z³ 1802S_ *---.û o=.?=o.=o= ! !- 1780S_ * û--.û--.û--.û----.û---.û--.û- 1813X_ *DA$}³ 1772X_.. 1. *Y-.C! =.^!=.o=+.!y-6!----.!---.û X_ *--.û =.û !--.!- 1797S_ *---.û =.û=o.ûo===.ûo=o.û==.û= 1824X_ *-.C!.^! û--.û- 1822X_ *YA.C!.==.=o===.=öo=.!o=.C! 1827X_ *^.-- o.c!y.röy6\!z}³ 1833S_ *----.û o.ûo=o=.û==o.û==:== 1829X_ *---.û =o.û+--.c!--.!--.!- 1861X_ *YA9\C! 6!===9!z}³ 1766S_ YA*3Y.û =======z³ 1845X_ *DYz}³ 1840X_.. 1. *--.- ===.o=o=.=o=.== 1761S_ *.--- o.û===.ûöo.û= 1825X_ *----o.û=o=.û==.û= 1828X_ *-----.C!=.!o=o.! 1811S_ *D3F$}³ 1872X_.. 1. *---. =+-.û S_ *V-Y9\û z}³ 1873X_ *Y-.û ==.û?o.û= 1836X_ Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar

9 Vejledning i indstilling af redigeringsfaciliteter til DOS-program fx HerdView 1) Find short cut ikon til programmet fx på desktop siden som vist her. Højreklik på ikon. Vælg egenskaber (dansk version) eller properties (engelsk version) 9

10 2) På det herefter fremkomne skærmbillede vælges Misc sandsynligvis Forskelligt på dansk 10

11 3) Tjek om der er markeret flueben i Windows shortcut keys 11

12 Indstilling af skærmopsætning i HerdView: Enkeltklik i øverste venstre hjørne af HerdView-skærmen vælg properties (egenskaber) Under menupunktet Font eller Skrifttyper kan du indstille skærmstørrelsen 12