Step-by-Step vejledning til brug af PC-programmet HerdView til detailanalyse af hændelser i en dynamisk (kvæg) population

Transkript

1 Step-by-Step vejledning til brug af PC-programmet HerdView til detailanalyse af hændelser i en dynamisk (kvæg) population INDHOLD Installation af programmet... 1 Start af HerdView... 2 Overførsel af HerdView-analyser til Word... 3 Koder og definitioner i HerdView s definitionsfiler... 3 Diverse vedr. opsætning af program og output til print... 5 Installation af programmet En detaljeret beskrivelse af brugen HerdView-programmet til analyse af en malkekvægbesætning findes per på HerdView-hjemmesiden Undlad at bruge det program, der kan findes her. Den seneste version kan hentes sammen med hjælpefiler, vejledninger mv. og datafiler fra en konkret besætning via Adgang til denne hjemmeside kræver adgangskode, som kan rekvireres af kvægdyrlæger ved -henvendelse til Carsten Enevoldsen, ce@life.ku.dk. Efter login på (efterfølgende benævnt VPR ) skal du vælge besætning. Her antager vi, at besætningen er oprettet og aktuelle data er trukket ud fra Kvægdatabasen og uploadet til VPR. Vejledninger til denne proces er angivet på VPR ved de relevante menuer. Du vælger nu på den lille pil ved menupunktet Udtræk data. I menuen vælger du derefter HerdView-pakke. Der skal nu fremkomme en tekst, der beskriver indholdet i den pakke af filer, du kan bestille. Klik nu på Send. Efter få sekunder fremkommer en tabel under titlen Batch-analyser, hvor der øverst efter få sekunder vil stå en tekst som følgende: Siden opdateres automatisk ca. hvert 10. sekund Analyse Bestilt Type Status HerdView_filer 04FEB09:05:47:34 zip Vis Herefter skal du højreklikke på Vis og vælge Gem som på den fremkomne menu. Du skal herefter vælge en placering af HerdView-pakken på din egen PC. Vælg en placering i en mappe, der er tæt på toppen i mappe-hierarkiet. Fx C:\HerdView. Gem pakken. Den vil have et navn som fx 99999HerdView_03FEB09.zip. Gå nu til mappen med den netop gemte filpakke. Klik på fil-navnet. I de fleste PC-opsætninger vil du nu få mulighed for at udpakke filerne. De vil som regel blive gemt i en nydannet mappe, der har samme navn som filpakken; i eksemplet ovenfor altså 99999HerdView_03FEB09. Dannes der ikke en sådan mappe, så skal du ændre opsætning af din PC, således at det sker. I Windows XP vil følgende fremgangsmåde give det ønskede resultat (engelsk version): Højreklik på navnet for filpakken, vælg menupunktet Open with, vælg Compressed (zipped) Folders. Nu ser du indholdet af filpakken. Yderst til venstre kan du nu vælge Extract all files. Nu dukker en Extraction Wizard op, som du følger slavisk. Såfremt du har valgt Show extracted files, vil du automatisk blive placeret i den nu udpakkede mappe med alle de nødvendige filer. I den nydannede mappe finder du frem til en fil med navnet HV137.EXE. Muligvis er navnet angivet uden efternavn, altså blot med HV137. Klik på denne fil. Muligvis vil dit antivirusprogram reagere på denne operation ved fx at meddele Security Warning. Du kan 1

2 imidlertid være sikker på, at der ikke er tale om en virus, hvorfor du med sindsro kan klikke på Run. Det gælder generelt, at programmet virker mest tilfredsstillende på computere med Windows2000 eller XP det virker dog også på alle andre styresystemer, men især grafikken efter overførsel til fx Word er noget utilfredsstillende ved Windows 98 og lavere. Programmet virker tilsyneladende fint på Windows 7 medmindre der er tale om en såkaldt 64-bit version. I så fald kan der installeres software, der får Windows 7 til at fungere som DOS eller XP se link på HerdView-hjemmesiden. Som nævnt ovenfor er den videre brug af programmet i hovedtrækkene beskrevet her: Du ser her mange detaljer vedr. praktisk brug af programmet samt noget om tolkning af diverse output. Kort teknisk orienteret version følger nedenfor. Start af HerdView Efter klik på HV137 i fillisten åbnes et vindue på skærmen. På bjælken i toppen af vinduet skal stå den fulde beskrivelse af drev, mappe og filnavn. Fx C:\HerdView\99999H~1\HV137.EXE. Den sære forkortelse af mappenavnet med ~ skyldes at programmet kun kan operere med 8 karakterer i fil- og mappenavne. Klik nu på menu-punktet Filer på bjælken øverst. På nogle computere virker musen ikke. I så tilfælde trykke på funktionstasten F10, der normalt findes øverst på tastaturet. Nu bliver menu punktet Filer grønt. Tast enter. På en såkaldt rullemenu fås nu nogle valgmuligheder. Vælg Definitioner. Det er VIGTIGT, at dette ALTID gøres først! Fra en liste af navne vælges indledningsvis SYMBOL.DEF. Klik på OK. I boksen under Valg skal der nu stå SYMBOL.DEF. Såfremt musen ikke virker, så skal man bruge Tab-tasten til at hoppe fra valgmulighed til valgmulighed. Den aktive komponent vil være med hvid tekst. Efter korrekt valg af DEF-fil (DEF=definition) ses navnet SYMBOL.DEF i nederste højre hjørne af HerdView-vinduet. Der SKAL stå et navn på en DEF-fil på dette sted. Det er den hyppigste begynderfejl, at denne proces ikke forløber korrekt. Nu vælges igen menu-punktet Filer, hvor der vælges Data. I en boks med titlen Hent data ses en liste med en række filnavne, der alle ender på hvd. Disse er datafiler. Medmindre def-filen med navnet UNGDYR.DEF er valgt, så skal man nu vælge en HVD-fil med et navn, der starter med KO eller LAK. Filnavne med LAK er anvendt i store besætninger (over ca. 500 køer), hvor førstekalvs (LAKT1..) er adskilt fra øvrige (LAK2..). Vælg nu én af disse, hvorefter programmet er klar til at analysere data som beskrevet i detaljer på BEMÆRK, at navnet på datafilen nu skal være anført på den nederste bjælke i programvinduet. Bemærk, at andre udbydere af datafiler kan bruge andre navngivninger af datafiler. Såfremt der er behov for at analysere data vedr. opdræt (kalve/kvier), så skal der indledningsvis vælges en def-fil ved navn UNGDYR.DEF. Herefter vælges fx en datafil, hvor navnet starter med én af følgende: UNG, KAL, KVI eller TYR. 2

3 Bemærk, der ikke er noget til hinder for at have flere vinduer med HerdView åbne samtidigt. Det kan være meget hensigtsmæssigt, såfremt du har en bred skærm og ønsker at sammenligne analyser af fx to eller flere pariteter. Overførsel af HerdView-analyser til Word Metoden til at printe direkte fra HerdView er beskrevet på Bemærk, at man skal afslutte programmet, før print-filen dannes. Den bedste metode til at få output i en form, der ligner skærmbilledet, er dog flg.: Klik i HerdView-vinduets øverste venstre hjørne, hvor drev-bogstavet for programmets placering er anført. Fx C:\. Nu fås en menu, hvor der vælges Rediger. Herefter vælges Marker. Man kan nu placere musen i det øverste venstre hjørne af den del af skærmbilledet, der ønskes overført til Word. Venstre museknap holdes nede. Og musen trækkes ned til nederste højre hjørne at det parti, der ønskes overført. Herefter tastes Enter. Alternativt vælges Kopier ved at bruge musen i menuen helt oppe i øverste venstre hjørne af HerdView-vinduet. Nu er det valgte skærmparti overført til Klippebordet på pc-en. Herefter åbnes et tomt Worddokument. Her holdes tasten Kontrol nede og du taster V, eller du vælger Sæt ind under menupunktet Rediger. Nu indsættes skærmbilledet i Word. Det er dog sandsynligt, at teksten fremtræder som kaos. Dette afhjælpes ved at markere hele dokumentet (hold Kontrol nede og tast A ). Du ændrer nu skrifttypen til Courier New og skriftstørrelsen sættes til 9 punkt. Der er andre metoder til at få HerdView-output til Word, men disse er mindre hensigtsmæssige. Eksempler er vist efterfølgende. Der er også angivet metoder til at indstille redigeringsfaciliteter. Koder og definitioner i HerdView s definitionsfiler Med HerdView har du meget stor frihed til at designe dine helt egne analyser samt grupperinger af hændelser. HerdView s præsentation af hændelser defineres vha. de såkaldte definitionsfiler. Disse filer giver samtidig mulighed for en fuldstændig fleksibel gruppering af enkelthændelser. Opbygningen af og redigering i definitionsfilerne er beskrevet i detaljer på HerdView-hjemmesiden på Definitionsfiler skal redigeres med en teksteditor som fx Notepad. Brug af et egentligt tekstbehandlingsprogram som fx Word kan give utilsigtede virkninger, fordi der kan blive inkluderet skjulte koder. Efterfølgende gennemgår jeg kort den biologiske og tekniske definition af de hændelser, der ikke repræsenterer faktiske registreringer. Fx er sygdomsdiagnosen venstresidig løbedrejning er faktisk hændelse, mens Akut celletal er en hændelse, der er defineret ud fra et celletalsforløb. Overskrifterne på de følgende afsnit er udklip af de pågældende linier i definitionsfilen SYMBOL.DEF. Det første tal i linien er den kodeværdi, der er tilknyttet den pågældende hændelse i input-data. Fx er tallet 11 koden for Akut yverbetændelse. Det næste tal er en såkaldt ASCIIkode, der i HerdView oversættes til et bestemt symbol. Fx vil talværdien 89, der er tilknyttet hændelseskoden 11 (Akut yverbetændelse) blive oversat til et Y for Yverbehandling. Du kan fx finde ASCII-talkoden for et givet bogstav på link: 3

4 'Akut yd.fald' I programmet, der danner input til HerdView laves besætningslaktationskurver baseret på data fra kurante køer. Disse er køer uden sygdomsbehandling og fødselsproblemer samt med lave celletal. Laktationskurverne er herefter anvendt til at beregne en ydelse for de enkelte køer, som den ville være, såfremt koen var kurant. Derefter kan forskellen mellem den forventede og den aktuelle ydelse beregnes. Såfremt denne ydelse for første gang er mindre end den forventede ydelse minus 1,65 gange spredningen på den forventede dagsydelse, så angives den pågældende ydelseskontrol som Akut yd.fald.. Denne forskel kan herefter betegnes som statistisk signifikant på 10%- niveauet (eensidig test) 'Yd.diff <- -9', 'Yd.diff -5 til -8', 'Yd.diff -4 til +4' og 'Yd.diff +5 ->' Disse hændelser er ligeledes baseret på afvigelser fra den forventede ydelse hos de enkelte køer (såfremt de var kurante). Bemærk her, at den aktuelle ydelse altså også kan ligge over den forventede ydelse 'Afgang, ufriv.' En udsætning gives hændelseskoden Afgang, ufriv. ( ufrivillig afgang ), såfremt følgende kriterier er opfyldte: Selvdød/aflivet eller ydelsen før udsætning var under forventet (for kurante køer) minus 1,65 gange spredningen på den forventede ydelse 'Akut celletal' Denne beregnede hændelse er baseret på den såkaldte Hitliste, som er beskrevet på LandbrugsInfo Hitlisten er primært baseret på celletal for har til formål at rangere køerne yversundhedsmæssigt. På Hitlisten findes en scoreværdi for akut celletal. Herved forstås, at stigende scoreværdi fra minimum (sjældent under -3) til maksimum (sjældent over 3) udtrykker stigende tendens til at celletallet pludseligt er steget. Denne kontinuerte score for akut mastitis (celletal) er omdannet til en hændelse ved at definere Akut celletal som akut-scores over eller lig med 1, 'Kronisk celletal' Denne hændelse er analog til Akut celletal, idet en kontinuert score for kronisk celletal er omdannet til hændelsen Kronisk celletal, der er defineret som kronisk score over eller lig med 1, 'Inficeret' Denne hændelse er også afledt af en score på Hitlisten. Her er beregnet en sandsynlighed for at påvise mastitisbakterier ved en enkeltkirtelprøve. Såfremt denne sandsynlighed er på 50% eller derover, så fremkommer hændelsen Inficeret i HerdView 'Patogen fri' Denne hændelse er ligeledes afledt af en score på Hitlisten. Her er beregnet en sandsynlighed for at koen er fri for væsentlige mastitisbakterier ( major pathogens ) ved en enkeltkirtelprøve. Såfremt denne sandsynlighed er på 90% eller derover, så fremkommer hændelsen Patogen fri i HerdView. 4

5 Diverse vedr. opsætning af program og output til print Resultat ved brug af Alt + PrintScrn når HerdView er aktiv. Derefter skiftes til et åbent Word-dokument, hvor der er tastet Ctrl + V 5

6 Resultat ved brug af Ctrl + PrintScrn når HerdView er aktiv OG den anvendes i Fuld Skærm (Full Screen) tilstand. Derefter anvendes Alt + Tab for at komme ud af Fuld Skærm tilstand. I et åbent Word-dokument, tastes herefter Ctrl + V HUSK, der skal anvendes en skrifttype som fx Courier. I Windows95 skal man sandsynligvis anvende Alt + PrintScrn Filer Rediger Statistik Udskriv Hjælp 09:00: YKTR_dato: Jens Anders Jensen 1 *--.¹ ==.¹===.¹===+.--.¹---.¹--.¹ , X_ *-.¹- =9\¹z} 1763X_ *----.¹=.¹KK=.¹==.¹==.¹==.¹o==o.¹z 1808X_ Y*---.==.====.===.===.===9\z} 1806S_ *----.C!o:!=.!o=.!==.!oY.C^!o.^!z 1676S_ *Y--o. o.==== !----.!---.!--.!- 1787S_ *i.¹-.¹=o=.¹+-.¹--.¹--.¹----:¹---.¹--.¹- 1783X_ *3.¹--.¹o=.¹?=.¹M=.o=o.!====.!z 1760X_ *.---.¹=o.?==o.¹Y.===.=o===.=z 1802S_ *---.¹ o=.?=o.=o= ! !- 1780S_ * ¹--.¹--.¹--.¹----.¹---.¹--.¹- 1813X_ *DA$} 1772X_.. 1. *Y-.C! =.^!=.o=+.!y-6!----.!---.¹ X_ *--.¹ =.¹ !--.!- 1797S_ *---.¹ =.¹=o.¹o===.¹o=o.¹==.¹= 1824X_ *-.C!.^! ¹--.¹- 1822X_ *YA.C!.==.=o===.= o=.!o=.c! 1827X_ *^.-- o.c!y.r Y6\!z} 1833S_ *----.¹ o.¹o=o=.¹==o.¹==:== 1829X_ *---.¹ =o.¹+--.c!--.!--.!- 1861X_ *YA9\C! 6!===9!z} 1766S_ YA*3Y.¹ =======z 1845X_ *.¹--.¹+--.¹---.¹--.¹- 1856X_ *.C^!Y.^!o6\^!+.! X_ *md6\¹.o==.¹o=o.¹==.¹= 1864X_ *DY--.¹ o=o.¹+--.¹--.¹- 1839X_ *DYz} 1840X_.. 1. *--.- ===.o=o=.=o=.== 1761S_ *.--- o.¹===.¹ o.¹= 1825X_ *----o.¹=o=.¹==.¹= 1828X_ *-----.C!=.!o=o.! 1811S_ *D3F$} 1872X_.. 1. *---. =+-.¹ S_ *V-Y9\¹ z} 1873X_ Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar 2001 Ugentlig forekomst af Kælvning 1-10 # Paritet: 1-2 _ _ _ _ _ _ _ _ -Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar 2001 F7 Afslut F10 Funktioner Data: KO01MA~1.HV Def: SYMBOL.DEF 6

7 Resultat ved brug af HerdViews Print-menu. Husk, at her skal først bestemmes Destination. Derefter vælges Print. Endelig HUSK, at filen først udskrives, når HerdView afsluttes. I dette eksempel er filen indlæst i Word vha. Indsæt-menuen. Det største problem med denne metode er, at symbolerne ændres i forhold til PCprogrammet HerdView YKTR_dato: Jens Anders Jensen Page Ugentlig forekomst af K lvning # * * - 4 Paritet: 1 * * * * ** * ** ** * * * * * *** - 2 * ** ** **** * * **** *** ** ***** *** -Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar K lvning *--.û ==.û===.û===+.--.û---.û--.û , X_ *-.û- =9\ûz}³ 1763X_ *----.û=.ûkk=.û==.û==.û==.ûo==o.ûz³ 1808X_ Y*---.==.====.===.===.===9\z}³ 1806S_ *----.C!o:!=ö.!o=.!==ö.!oY.C^!o.^!z³ 1676S_ *Y--o. o.==== !----.!---.!--.!- 1787S_ *i.û-.û=o=.û+-.û--.û--.û----:û---.û--.û- 1783X_ *3.û--.ûo=.û?=.ûM=.o=o.!====.!z³ 1760X_ *.---.û=o.?==o.ûy.===.=o===.=z³ 1802S_ *---.û o=.?=o.=o= ! !- 1780S_ * û--.û--.û--.û----.û---.û--.û- 1813X_ *DA$}³ 1772X_.. 1. *Y-.C! =.^!=.o=+.!y-6!----.!---.û X_ *--.û =.û !--.!- 1797S_ *---.û =.û=o.ûo===.ûo=o.û==.û= 1824X_ *-.C!.^! û--.û- 1822X_ *YA.C!.==.=o===.=öo=.!o=.C! 1827X_ *^.-- o.c!y.röy6\!z}³ 1833S_ *----.û o.ûo=o=.û==o.û==:== 1829X_ *---.û =o.û+--.c!--.!--.!- 1861X_ *YA9\C! 6!===9!z}³ 1766S_ YA*3Y.û =======z³ 1845X_ *.û--.û+--.û---.û--.û- 1856X_ *.C^!Y.^!o6\^!+.! X_ *md6\û.o==.ûo=o.û==.û= 1864X_ *DY--.û o=o.û+--.û--.û- 1839X_ *DYz}³ 1840X_.. 1. *--.- ===.o=o=.=o=.== 1761S_ *.--- o.û===.ûöo.û= 1825X_ *----o.û=o=.û==.û= 1828X_ *-----.C!=.!o=o.! 1811S_ *D3F$}³ 1872X_

8 *---. =+-.û S_ *V-Y9\û z}³ 1873X_ *Y-.û ==.û?o.û= 1836X_ Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar

9 HerdView YKTR_dato: Jens Anders Jensen Page 2 -Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar *-.û- o.û==.û= 1838X_ *----+.û -.û---.û û û S_ *-.û- =.ûo=.ûr 1870X_ *--z}³ 1805S_.. 1. *Y--Y.C!.C? 1875X_ *----.û o.û= 1834X_ *Dr.û =.ûk 1884X_ *MM.û =o.û 1889S_ *3.C!.C! 1896X_ Y*.C-.û= 1857X_ *-.û-- oû 1882X_ *-6\û-.û 1876X_ *----.= 1891X_ *--.û oo.û?+-.û---.c!-.!---.! !4---,y X_ Feb-Mar-Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar Vejledning i indstilling af redigeringsfaciliteter til DOS-program fx HerdView 1) Find short cut ikon til programmet fx på desktop siden som vist her. Højreklik på ikon. Vælg egenskaber (dansk version) eller properties (engelsk version) 9

10 10

11 2) På det herefter fremkomne skærmbillede vælges Misc sandsynligvis Forskelligt på dansk 11

12 3) Tjek om der er markeret flueben I Windows shortcut keys 12

13 4) Resultatet ved brug af Alt + Print Scrn - i denne screen dump kan man ikke redigere 13

14 5) Et resultat ved brug af Ctrl + Print Scrn i denne screen dump kan man redigere Filer Rediger Statistik Udskriv Hjælp 16:55: YKTR_dato: Bxxxx Bxxxx Lxxx, ! *----.C! =.^!==o:^!+.^!.!----.!--.!----.!--.!- 1200S_ *--.- ==.= Y6C!--.^--:!----.^!-.^! 1298S_ !--.^!-.^!--,.^!4Y*39\^! 9!==9===o6!+9!----.!--9!----6!--6!- 1181S_ ^!-9^! *-.!- o6=y c!---9!--9!- 1220S_ *-.---.====.===.¹==.=====.C!=:====o.===.= 1255S_ !--.^!-.^!---.4,---*Y---.C! +.!--.!--.!----.!--.C!---.!--.!- 1195S_ *ry-- ======z 606Sk ,--.!--.!----.!4-----*--.- =+.---.C!-Y9\C!-.^!-.^! S_ *--.C! o.=o=.===.y^bo=.===.c! ==.C^!.^! 1267S_ \--6!----6!--,-9!1-*D9! ! C!---.!--.!- 1023Sk \C!2-----, *9!-- 6========================z 1234X_ ,------*SY---.o=.===.===== S_ C!-.!----.!--,--G----*$} 492Sk *---.¹ =.¹==.=o===.= S_ *---.-Y.===.=o== S_ *K.---.¹=.=====.=== ¹--.¹- 1310S_ d *D.¹--.==.=====.===.!===+.!--.!- 1335S_ C! ,:! *.---.==.o====6! o.!o===.= =.== 1249S_ ¹---,.¹ *---.¹ =.==o==.c!=.! ===.C!o6!= 1191S_ *---. ==.==bo=.===.! bo=.!==.! 1289S_ *---.¹o.¹====. ==.¹bo==.¹==.¹ 1309S_ Y *---- ==================.===.¹= 1723Sk , Y *--6- =9o====6===.=====. ==9¹= 610Sk ,-*---- ================.===.== 1803Sk *Dr6\¹A ===$} 1314S_ r*.--- ========z 1318S_ !--.!----.!----.!---.!4d-,--*:---.=c==6!+-9\C!--9!--9!- 1189S_ d *---.C! ==.===.=====.===.== 1345S_ d *m---- ==============z} 1316S_.. 1. d *---.- ===.C!=.C!===.^!o.^! 1313S_ d *--.- ===.C!o.C!===. ==.== 1300S_ d c!--,.c!---.!---9\!2g-----*y-.c! YY9C^!6^!===.=o==== 932S_ ^!-.C^!--.^!,--.^!--.^d *-.^!Y +9^!Y6C!---6C^!6^! 1236S_ d *-.¹-- =.=o=.c!o=+.c^!.c! 1343S_ Apr-Maj--Jun-Jul--Aug-Sep-Okt--Nov-Dec-Jan--Feb-Mar-Apr Tidsanalyse af Insemination % uge fra Kælvning F7 Afslut F10 Funktioner Data: KO01AP~1.HV Def: SYMBOL.DEF Indstilling af skærmopsætning i HerdView: Enkeltklik i øverste venstre hjørne af HerdView-skærmen vælg properties (egenskaber) 14

15 Under menupunktet Font eller Skrifttyper kan du indstille skærmstørrelsen 15