cobas HCV GT Til in vitro-diagnostik HCV-genotyping-test til brug på cobas 4800-systemet cobas HCV GT 120 Tests P/N:

Transkript

1 HCV-genotyping-test til brug på cobas 4800-systemet Til in vitro-diagnostik cobas HCV GT 120 Tests P/N: cobas HCV GT Control Kit 10 Sets P/N: cobas 4800 System Sample Preparation Kit Tests 960 Tests P/N: P/N: cobas 4800 System Wash Buffer Kit 240 Tests 960 Tests P/N: P/N: cobas 4800 System Lysis Kit Tests 960 Tests P/N: P/N:

2 INDHOLDSFORTEGNELSE Tilsigtet brug Oversigt og forklaring af testen Baggrund... 4 Begrundelse for HCV-genotype-test... 4 Forklaring af testen... 4 Principper for proceduren... 5 Materialer og reagenser Reagenser... 6 Krav til opbevaring og håndtering af reagenser Yderligere nødvendige materialer Nødvendige, men ikke medfølgende instrumenter og software Krav til forholdsregler og håndtering Advarsler og forholdsregler God laboratoriepraksis Håndtering af reagenser Kontaminering Integritet Bortskaffelse Spildt materiale og rengøring Indsamling, transport og opbevaring af prøver Brugsanvisning Resultater Indsamling af prøver Opbevaring og stabilitet af prøver under transport Kørsel af testen Kørselsstørrelse Arbejdsgang Kvalitetskontrol og validitet af resultater Fortolkning af resultater Begrænsninger ved procedurerne Vurdering af ikke-klinisk performance Vigtige egenskaber for performance Nøjagtighed Detektionsgrænse (LoD) Repeterbarhed Blandede genotype-infektioner Doc. Rev

3 Specificitet Analytisk specificitet Analytisk specificitet interfererende stoffer Metodekorrelation Systemfejlfrekvens Krydskontaminering Yderligere oplysninger Vigtige analysefunktioner Symboler Producent og distributører Varemærker og patenter Copyright Referencer Dokumentrevision Doc. Rev

4 Tilsigtet brug cobas HCV GT er en in vitro-nukleinsyreamplifikationstest til kvalitativ identifikation af hepatitis C-virus (HCV), genotyperne 1 til 6 samt genotype 1 undertype a og b i humant plasma eller serum fra personer med kronisk HCVinfektion ved hjælp af cobas 4800-systemet: cobas x 480-instrumentet til automatisk prøvebehandling og cobas z 480- analyseinstrumentet til automatisk amplifikation og detektion. cobas HCV GT er beregnet til brug ved udvælgelse af patienter med kronisk HCV-infektion til antivirusbehandling og ved bestemmelse af behandlingens varighed i henhold til ordinationsoplysningerne for antivirusbehandlingen. Oversigt og forklaring af testen Baggrund HCV betragtes som det vigtigste ætiologiske stof, der er skyld i 90 % til 95 % af tilfældene med smitte med hepatitis efter transfusion. 1-4 HCV er en enkeltstrenget, positiv-sense RNA-virus med et genom, der består af ca nukleotider, som koder for aminosyrer. HCV-genotyper og -undertyper findes over hele verden, hvor de forskellige genotyper er dominerende i bestemte geografiske områder. Diversiteten blandt de HCV-genotyper, som kan være til stede på et bestemt geografisk sted, kræver identifikation af den inficerende genotype, før der kan ordineres antivirusbehandling. Begrundelse for HCV-genotype-test Historisk set har patienter med kronisk HCV-infektion fået tildelt forskellige behandlingsvarigheder med pegyleret interferon og ribavirin efter bestemmelse af den inficerende HCV-genotype på baggrund af sandsynligheden for at opnå en varig virusrespons (SVR) efter antivirusbehandlingen. 5 Patienter med genotype 2 og 3 blev tildelt 24 ugers pegyleret interferon og ribavirin sammenlignet med patienter med genotype 1, som udviste højere succesrater med 48 ugers behandling. Med godkendelsen af en lang række direkte virkende antivirusstoffer (DAA) siden 2011 er der nu flere godkendte behandlingsmuligheder pr. genotype 6 med specifikke retningslinjer for kombinationen af medicin og behandlingens varighed. Brug af en specifik behandling afhænger mere af den lokale og nationale registrering af medicin samt mulighederne for tilskud til medicin. Det er almindeligt accepteret, at HCV-genotypen og genotype 1, undertype (1a/1b) skal vurderes forud for behandlingens påbegyndelse og bestemmer valget af behandling. Forklaring af testen cobas HCV GT er en kvalitativ nukleinsyreamplifikationstest, der udføres på cobas 4800-systemet. cobas HCV GT bruger en real-time revers transkriptions-polymerase-kædereaktion (RT-PCR) til at identificere HCV-genotype 1 til 6 samt undertype 1a og 1b ved hjælp af genotype- og undertypespecifikke primere og fluorescerende og farvemærkede oligonukleotide prober. Testen detekterer også HCV, uanset genotypen, ved hjælp af primere og prober i den bedst konserverede region i HCV-genomet, der fungerer som en intern kontrol til at overvåge hele prøveforberedelsen og RT-PCR-processen. Doc. Rev

5 Principper for proceduren cobas HCV GT er baseret på fuldt automatiseret prøveforberedelse (ekstrahering af nukleinsyrer og oprensning) efterfulgt af real-time RT-PCR-amplifikation og -detektion. cobas 4800-systemet består af cobas x 480-instrumentet til automatisk prøvebehandling og cobas z 480-analyseinstrumentet til automatisk amplifikation og detektion. Automatiseret dataadministration udføres ved hjælp af cobas 4800-softwaren, som tilknytter testresultater til alle test som én eller flere genotyper og undertyper, tvivlsomme (HCV RNA detekteret men ingen genotype eller undertype identificeret) eller invalide (HCV RNA ikke detekteret). Resultaterne kan gennemses direkte på skærmen, eksporteres eller udskrives i en rapport. Nukleinsyrer fra patientprøver og eksterne kontroller frigives ved tilsætning af proteinase og en kaotropisk lysisreagens i prøven. De frigivne nukleinsyrer binder sig til siliciumoverfladen på de magnetiske glaspartikler. Ubundne stoffer og urenheder, som f.eks. denaturerede proteiner, cellepartikler og potentielle PCR-hæmmere, fjernes med efterfølgende vasketrin, og oprensede nukleinsyrer elueres fra de magnetiske glaspartikler med elueringsbuffer ved forhøjet temperatur. Hver prøve amplificeres i tre real-time RT-PCR-reaktioner. Genotype- og undertypespecifik RT-PCR-amplifikation og detektion af HCV-genotype 1 til 6 samt undertype 1a og 1b opnås via brugen af genotype- og undertypespecifikke primere og fluorescerende farvemærkede prober. Hver reaktion indeholder desuden primere og prober mod en højt konserveret region i HCV-genomet, for amplifikation og detektion af HCV, uanset genotype, som en intern kontrol. Proberne er mærket med fire forskellige fluorescerende rapportfarvestoffer, hvilket giver mulighed for samtidig detektion af HCV og op til tre genotyper eller undertyper i hver reaktion. Der anvendes en termostabil DNA-polymerase til både revers transkription og PCR-amplifikation. Master mixblandingerne indeholder deoxyuridintrifosfat (dutp) i stedet for deoxythymidin trifosfat (dttp), som indarbejdes i det nyligt syntetiserede DNA (amplikon). 7-9 Ethvert kontaminerende amplikon fra tidligere PCR-kørsler inaktiveres som PCR-templates via AmpErase, der er til stede i master mix-blandingerne, forud for det første PCR-denatureringstrin. AmpErase katalyserer fjernelsen af uracil fra DNA men har ikke nogen aktivitet mht. RNA eller naturligt forekommende DNA, som ikke indeholder uracil. Amplikon dannet under efterfølgende cyklusser af PCR inaktiveres ikke, da AmpErase er inaktiv ved bindings- og denatureringstemperaturerne for PCR. Hver oligonukleotidprobe i cobas HCV GT master mix-blandingerne er mærket med et ikke-fluorescerende farvestof og et fluorescerende rapportfarvestof. Når proberne er intakte, undertrykkes rapportfarvestoffets fluorescens af quencherfarvestoffet. Under PCR-amplifikation hybridiseres proberne til deres target-områder mellem primerbindingsområder, og DNA-polymerase forlænger primerne. 5'-3'-nukleaseaktiviteten i DNA-polymerasen spalter de hybridiserede prober, hvilket medfører en separation af rapport- og quencher-farvestofferne samt genereringen af et fluorescenssignal. For hver PCR-cyklus genereres øgede mængder af spaltede prober, og det samlede signal fra rapportfarvestoffet forøges. Real-time detektion og diskrimination af PCR-produkter opnås ved at måle fluorescensen i de frigivne rapportfarvestoffer i hver PCR-cyklus, hvilket udføres automatisk af cobas z 480-analyseinstrumentet. Doc. Rev

6 Materialer og reagenser Reagenser Alle uåbnede reagenser og kontroller skal opbevares som anbefalet i tabellen Krav til opbevaring og håndtering af reagenser. Kit Indholdsstoffer i komponenter og reagenser Antal pr. kit Sikkerhedssymbol og advarsel a MMX R1 Ikke relevant (cobas Master Mix-reagens 1) Manganacetat, kaliumhydroxid, < 0,1 % natriumazid 10 x 1,75 ml HCV GT MMX R2A Ikke relevant (cobas HCV GT Master Mix Reagent 2A) Tricinbuffer, kaliumacetat, 18 % dimethylsulfoxid, glycerol, < 0,1 % Tween 20, EDTA, < 0,12 % datp, dctp, dgtp, dutp, < 0,01 % HCV-primere, < 0,01 % fluorescensmærkede oligonukleotide prober, < 0,01 % oligonukleotid aptamer, < 0,01 % polyadenylsyre, < 0,01 % Z05D DNApolymerase (mikrobiel), < 0,01 % AmpEraseenzym (uracil-n-glycosylase) (mikrobielt), < 0,1 % natriumazid 10 x 0,5 ml HCV GT MMX R2B Ikke relevant cobas HCV GT 120 test (P/N: ) (cobas HCV GT Master Mix Reagent 2B) Tricinbuffer, kaliumacetat, 18 % dimethylsulfoxid, glycerol, < 0,1 % Tween 20, EDTA, < 0,12 % datp, dctp, dgtp, dutp, < 0,01 % HCV-primere, < 0,01 % fluorescensmærkede oligonukleotide prober, < 0,01 % oligonukleotid aptamer, < 0,01 % polyadenylsyre, < 0,01 % Z05D DNApolymerase (mikrobiel), < 0,01 % AmpEraseenzym (uracil-n-glycosylase) (mikrobielt), < 0,1 % natriumazid 10 x 0,5 ml HCV GT MMX R2C (cobas HCV GT Master Mix Reagent 2C) Tricinbuffer, kaliumacetat, 18 % dimethylsulfoxid, glycerol, < 0,1 % Tween 20, EDTA, < 0,12 % datp, dctp, dgtp, dutp, < 0,01 % HCV-primere, < 0,01 % fluorescensmærkede oligonukleotide prober, < 0,01 % oligonukleotid aptamer, < 0,01 % polyadenylsyre, < 0,01 % Z05D DNA-polymerase (mikrobiel), < 0,01 % AmpErase-enzym (uracil-nglycosylase) (mikrobielt), < 0,1 % natriumazid 10 x 0,5 ml Ikke relevant Doc. Rev

7 Kit Indholdsstoffer i komponenter og reagenser Antal pr. kit Sikkerhedssymbol og advarsel a HCV GT (+)C (cobas HCV GT Positive Control) cobas HCV GT Control Kit 10 Sets (P/N: ) < 0,001 % syntetisk (armored) HCV RNA, indkapslet i MS2-bakteriofag proteinkappe, normalt humant plasma, ikke-reaktivt med godkendte test til antistoffer mod HIV 1/2, antistoffer mod HCV, HBsAg, antistoffer mod HBc; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA kan ikke detekteres ved hjælp af PCR-metoder. 0,1 % ProClin 300, konserveringsmiddel ( ) C (cobas Negative Control) Normalt humant plasma, ikke-reaktivt med godkendte test til antistoffer mod HIV 1/2, antistoffer mod HCV, HBsAg, antistoffer mod HBc; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA kan ikke detekteres ved hjælp af PCR-metoder. 10 x 0,75 ml 10 x 0,75 ml Advarsel H317 Kan forårsage allergisk hudreaktion. P261 Undgå indånding af pulver/røg/gas/ tåge/damp/spray. P272 Tilsmudset arbejdstøj bør ikke fjernes fra arbejdspladsen. P280 Brug beskyttelseshandsker. P333 + P313 Ved hudirritation eller udslæt: Søg lægehjælp. P362 + P364 Forurenet tøj tages af og vaskes, før det bruges igen. P501 Indholdet/beholderen bortskaffes til et godkendt affaldsmodtagelsesanlæg. < 0,1 % ProClin 300, konserveringsmiddel MGP 2 Ikke relevant cobas 4800 System Sample Preparation Kit test (P/N: ) (cobas 4800 MGP Reagent 2) Magnetiske glaspartikler, Tris-buffer, 0,1 % methyl-4 hydroxybenzoat, < 0,1 % natriumazid EB 2 10 x 8 ml (cobas 4800 Elution Buffer 2) 10 x 17 ml Tris-buffer, 0,2 % methyl-4 hydroxybenzoat MGP 2 Ikke relevant (cobas 4800 MGP Reagent 2) cobas 4800 System Sample Preparation Kit test (P/N: ) Magnetiske glaspartikler, Tris-buffer, 0,1 % methyl-4 hydroxybenzoat, < 0,1 % natriumazid EB 2 10 x 16 ml (cobas 4800 Elution Buffer 2) 10 x 17 ml Tris-buffer, 0,2 % methyl-4 hydroxybenzoat cobas 4800 System Wash Buffer Kit 240 test (P/N: ) WB Natriumcitratdihydrat, 0,05 % N-methylisothiazolon-HCl 10 x 55 ml Ikke relevant cobas 4800 System Wash Buffer Kit 960 test (P/N: ) WB Natriumcitratdihydrat, 0,05 % N-methylisothiazolon-HCl 10 x 200 ml Ikke relevant Doc. Rev

8 Kit Indholdsstoffer i komponenter og reagenser Antal pr. kit Sikkerhedssymbol og advarsel a P 2 (Protease 2 til cobas 4800-systemer) Tris-buffer, < 0,05 % EDTA, kalciumklorid, kalciumacetat, 8 % (w/v) proteinase 10 x 1,0 ml Fare H302+H332 Farlig ved indtagelse eller indånding. H315 Forårsager hudirritation. H318 Forårsager alvorlig øjenskade. H334 Kan forårsage allergi- eller astmasymptomer eller åndedrætsbesvær ved indånding. cobas 4800 System Lysis Kit test (P/N: ) H412 Skadelig for vandlevende organismer, med langvarige virkninger. EUH032 Udvikler meget giftig gas ved kontakt med syre. P261 Undgå indånding af pulver/røg/gas/ tåge/damp/spray. LYS 2 (Lysisbuffer 2 til cobas 4800-systemet) 43 % (w/w) guanidinthiocyanat, 5 % (w/v) polydocanol, 2 % (w/v) dithiothreitol, natriumcitratdihydrat 10 x 27 ml P280 Bær beskyttelseshandsker/ øjenbeskyttelse/ansigtsbeskyttelse. P284: Anvend åndedrætsværn. P305 + P351 + P338 + P310 VED KONTAKT MED ØJNENE: Skyl forsigtigt med vand i flere minutter. Fjern eventuelle kontaktlinser, hvis dette kan gøres let. Fortsæt skylning. Ring omgående til en GIFTINFORMATION eller en læge. P342 + P311 Ved luftvejssymptomer: Ring til en GIFTINFORMATION/læge. P362 + P364 Forurenet tøj tages af og vaskes, før det bruges igen. Doc. Rev

9 Kit Indholdsstoffer i komponenter og reagenser Antal pr. kit Sikkerhedssymbol og advarsel a cobas 4800 System Lysis Kit test (P/N: ) P 2 (Protease 2 til cobas 4800-systemer) Tris-buffer, < 0,05 % EDTA, kalciumklorid, kalciumacetat, 8 % (w/v) proteinase LYS 2 (Lysisbuffer 2 til cobas 4800-systemet) 43 % (w/w) guanidinthiocyanat, 5 % (w/v) polydocanol, 2 % (w/v) dithiothreitol, natriumcitratdihydrat a Produktsikkerhedsmærkningen følger primært EU GHS-retningslinjerne. 10 x 1,0 ml 10 x 84 ml Fare H302+H332 Farlig ved indtagelse eller indånding. H315 Forårsager hudirritation. H318 Forårsager alvorlig øjenskade. H334 Kan forårsage allergi- eller astmasymptomer eller åndedrætsbesvær ved indånding. H412 Skadelig for vandlevende organismer, med langvarige virkninger. EUH032 Udvikler meget giftig gas ved kontakt med syre. P261 Undgå indånding af pulver/røg/gas/ tåge/damp/spray. P280 Bær beskyttelseshandsker/ øjenbeskyttelse/ansigtsbeskyttelse. P284: Anvend åndedrætsværn. P305 + P351 + P338 + P310 VED KONTAKT MED ØJNENE: Skyl forsigtigt med vand i flere minutter. Fjern eventuelle kontaktlinser, hvis dette kan gøres let. Fortsæt skylning. Ring omgående til en GIFTINFORMATION eller en læge. P342 + P311 Ved luftvejssymptomer: Ring til en GIFTINFORMATION/læge. P362 + P364 Forurenet tøj tages af og vaskes, før det bruges igen. Doc. Rev

10 Krav til opbevaring og håndtering af reagenser Reagens Opbevaringstemperatur Opbevaringstid cobas HCV GT 2-8 C Holdbar til den angivne udløbsdato cobas HCV GT Control Kit 2-8 C Holdbar til den angivne udløbsdato cobas 4800 System Sample Preparation Kit C Holdbar til den angivne udløbsdato cobas 4800 System Wash Buffer Kit C Holdbar til den angivne udløbsdato cobas 4800 System Lysis Kit C Holdbar til den angivne udløbsdato Reagenser må ikke nedfryses. Yderligere nødvendige materialer Materialer Ekstraheringsplade (deepwell) 2,0 ml til cobas 4800-systemet AD-plade (microwell) 0,3 ml til cobas 4800-systemet Hjælpespartel til forseglingsfilm CORE-spidser, 1000 µl, rack med ml reagensreservoir ml reagensreservoir positions carrier positions carrier Pose til fast affald Hamilton STAR-plastikslidske Engangsbeskyttelseshandsker, uden talkum Vortex-mixer (enkelt rør) Centrifuge udstyret med en "swinging bucket"-rotor med minimum RCF på 1500 P/N (lille) eller (stor) Alle engangsbeskyttelseshandsker uden talkum kan bruges. Alle vortex-mixere kan bruges. Alle egnede centrifuger kan bruges. Ønskes yderligere oplysninger om de materialer, der sælges separat, kontaktes den lokale Roche-repræsentant. Doc. Rev

11 Nødvendige, men ikke medfølgende instrumenter og software Nødvendige instrumenter og software, ikke medfølgende cobas 4800-system cobas x 480-instrumentet cobas z 480-analyseinstrument Kontrolenhed cobas 4800-systemsapplikationssoftware (Core) version eller nyere cobas 4800-systemet cobas HCV GT AP v1.0.0 eller nyere Se cobas 4800-systemets brugermanual softwareversion 2.1 eller nyere til cobas HCV GT for oplysninger om brugen af cobas 4800-systemet (herefter kaldet cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT) for at få yderligere oplysninger om primære eller sekundære prøverør, der er godkendt på instrumenterne. Bemærk! Kontakt den lokale Roche-repræsentant for at få en detaljeret ordreliste for de prøveracks, racks med spidser, reagensracks og pladecarriers, som er godkendt til instrumenterne. Krav til forholdsregler og håndtering Advarsler og forholdsregler Som ved alle testprocedurer er det vigtigt med god laboratoriepraksis, for at analysen skal kunne fungere korrekt. På grund af testens høje analytiske sensitivitet skal man være omhyggelig med at undgå, at reagenser, prøver og amplifikationsblandinger kontamineres. Kun til in vitro-diagnostik. cobas HCV GT er ikke beregnet til brug ved screening af blod eller blodprodukter for tilstedeværelsen af HCV eller som en diagnostisk analyse til bekræftelse af HCV-infektion. Alle patientprøver skal håndteres som smittefarligt materiale ved brug af gode laboratorieprocedurer som dem, der er beskrevet i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories og i CLSI-dokumentet M29-A4. 10,11 Denne procedure må kun udføres af medarbejdere, der er uddannet i brugen af cobas HCV GT og cobas systemet og i håndteringen af smittefarligt materiale. Alt materiale, der stammer fra mennesker, skal betragtes som potentielt smittefarligt og skal håndteres med generelle sikkerhedsforanstaltninger. cobas HCV GT-kontrolkittet indeholder plasma, der stammer fra humant blod. Kildematerialet er blevet testet ved hjælp af godkendte serologiske test og fundet ikke-reaktivt for antistoffer mod HCV, antistoffer mod HIV-1/2, HBsAg og antistoffer mod HBc. Test ved hjælp af PCR-metoder påviste ingen forekomst af HIV-1, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA. Ingen kendte testmetoder kan helt udelukke, at produkter, der stammer humant blod, kan overføre smitstoffer. Undgå, at MGP udsættes for kilder med magnetisk felt. Fuldblod eller andre prøver, der er opbevaret i primære rør, må ikke nedfryses. Brug kun medfølgende eller specificerede forbrugsartikler for at sikre testens optimale performance. Der kan rekvireres sikkerhedsdatablade (SDS'er) ved henvendelse til den lokale Roche-repræsentant. Doc. Rev

12 Bemærk! Følg de angivne procedurer og retningslinjer nøje, så testen udføres korrekt. Eventuelle afvigelser fra procedurerne og retningslinjerne kan påvirke den optimale performance for testen. cobas HCV GT Der kan forekomme falsk-positive resultater, hvis krydskontaminering ikke kontrolleres tilstrækkeligt under håndtering og behandling af prøver. I cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT findes der yderligere advarsler, forholdsregler og procedurer til reduktion af risikoen for kontaminering af cobas x 480-instrumentet eller cobas z 480- analyseinstrumentet. Hvis der er mistanke om kontaminering, skal der udføres rengøring og ugentlig vedligeholdelse som beskrevet i cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT. Se "Indsamling, transport og opbevaring" for en specifik brugervejledning. God laboratoriepraksis Brug ikke mundpipettering. Der må ikke spises, drikkes eller ryges i laboratoriets arbejdsområder. Vask hænderne grundigt efter håndtering af prøver og kitreagenser og efter aftagning af handskerne. Anvend beskyttelsesbriller, særligt arbejdstøj og engangsbeskyttelseshandsker ved håndtering af alle reagenser. Undgå kontakt med huden, øjnene og slimhinderne. Ved kontakt skylles straks med store mængder vand. Der kan opstå ætsninger, hvis området ikke behandles. Hvis der spildes, skal der fortyndes med vand, før det tørres op. Rengør og desinficer alle arbejdsflader i laboratoriet grundigt med blegemiddel fortyndet med deioniseret eller destilleret vand til en 0,5 % opløsning af natriumhypoklorit (fortyndet blegemiddel 1:10). Opløsningen skal være nyfremstillet. Tør overfladen efter med 70 % ethanol. Håndtering af reagenser Håndter alle reagenser, kontroller og prøver i overensstemmelse med god laboratoriepraksis for at undgå krydskontaminering af prøver eller kontroller. Inspicer hver reagensflaske visuelt før brug for at sikre, at der ikke er tegn på utætheder. Materialet må ikke anvendes til test, hvis der er tegn på utætheder. Lysisbuffer 2 til cobas 4800-systemet indeholder guanidinthiocyanat, der er et potentielt farligt kemikalie. Undgå, at hud, øjne og slimhinder kommer i kontakt med reagenser. Ved kontakt skylles straks med rigelige mængder vand. Ellers kan der opstå ætsninger. cobas HCV GT og prøveforberedelseskit 2 til cobas 4800-systemet indeholder natriumazid som konserveringsmiddel. Undgå, at hud, øjne og slimhinder kommer i kontakt med reagenser. Ved kontakt skylles straks med rigelige mængder vand. Ellers kan der opstå ætsninger. Hvis disse reagenser spildes, fortyndes med vand, før de tørres op. Lysisbuffer 2 til cobas 4800-systemet, som indeholder guanidinthiocyanat, må ikke komme i kontakt med natriumhypoklorit (blegemiddel). Denne blanding kan danne en meget giftig gas. Kontaminering Der skal bæres handsker, og de skal skiftes mellem håndtering af prøver og cobas HCV GT-reagenser for at forhindre kontaminering. Undgå at kontaminere handsker ved håndtering af prøver og kontroller. Anvend beskyttelseshandsker, særligt arbejdstøj og beskyttelsesbriller ved håndtering af prøver og kitreagenser. Undgå bakterie- og ribonukleasekontaminering af reagenser. Der kan forekomme falsk-positive resultater, hvis krydskontaminering ikke undgås under håndtering af prøver. Doc. Rev

13 Integritet Brug ikke kittene efter deres udløbsdato. Reagenserne må ikke pooles. Anvend ikke engangsartikler efter deres udløbsdato. Alle engangsartikler må kun bruges én gang. De må ikke genbruges. Alt udstyr skal vedligeholdes korrekt i henhold til producentens anvisninger. Bortskaffelse Bemærk! cobas HCV GT og prøveforberedelseskit 2 til cobas 4800-systemet indeholder natriumazid (se "Advarsler og forholdsregler"). Natriumazid kan reagere med bly- og kobberinstallationer og danne højeksplosive metalazider. Når natriumazidholdige opløsninger hældes ud i laboratorievasken, skal afløbet skylles med store mængder koldt vand for at undgå ophobning af azider. Reagenser og affald skal bortskaffes i overensstemmelse med nationale, regionale og lokale bestemmelser. Se den relevante systemmanual til cobas 4800-systemet angående bortskaffelse af flydende affald. Spildt materiale og rengøring Lysisbuffer 2 til cobas 4800-systemet indeholder guanidinthiocyanat. Rengør med egnet laboratorierengøringsmiddel og vand, hvis der spildes væske, som indeholder guanidinthiocyanat. Hvis den spildte væske indeholder potentielt smittefarlige stoffer, skal det berørte område FØRST rengøres med laboratorierengøringsmiddel og derefter med 0,5 % natriumhypoklorit. Hvis der spildes materiale på cobas 4800-instrumentet, skal vejledningen i den relevante systemmanual til cobas 4800-systemet følges ved rengøring. Anvend ikke en opløsning af natriumhypoklorit (blegemiddel) til rengøring af cobas x 480-instrumentet eller cobas z 480-analyseinstrumentet. Rengør cobas x 480-instrumentet eller cobas z 480-analyseinstrumentet i henhold til de procedurer, der er beskrevet i den relevante systemmanual til cobas 4800-systemet. Indsamling, transport og opbevaring af prøver Bemærk! Alle prøver skal håndteres som potentielt smittefarlige. Opbevar alle prøver ved de angivne temperaturer. Prøvens stabilitet påvirkes af forhøjede temperaturer. Hvis der benyttes frosne prøver i sekundære rør, skal prøverne placeres ved stuetemperatur (15-30 C), indtil de er fuldstændigt optøede, og derefter blandes kort (f.eks. på en vortex-mixer i 3-5 sekunder) og centrifugeres for at samle hele prøvevolumen i bunden af røret. Indsamling af prøver Blod skal indsamles i SST -rør (Serum Separation Tubes), BD Vacutainer PPT -rør (Plasma Preparation Tubes) til molekylære diagnosticeringstestmetoder eller i sterile rør med EDTA som antikoagulerende middel. Bemærk! Brugeren skal følge producentens retningslinjer for forberedelse af serum/plasma. Doc. Rev

14 Opbevaring og stabilitet af prøver under transport Fuldblod, der er indsamlet i SST (Serum Separation Tubes), BD Vacutainer PPT (Plasma Preparation Tubes) til molekylære diagnosticeringstestmetoder eller i sterile rør med EDTA som antikoagulerende middel, kan opbevares og/eller transporteres i op til 24 timer ved 2 C til 25 C før forberedelse af plasma/serum og efterfølgende test. Plasma-/serumprøver kan opbevares i sekundære rør i op til 24 timer ved 2 C til 25 C, i op til 72 timer ved 2 C til 8 C eller i op til 6 uger ved -18 C. Separerede plasma-/serumprøver i sekundære rør kan holde til op til tre nedfrysninger/optøninger, når de opbevares nedfrosset ved -18 C. Hvis prøverne skal sendes, skal de pakkes og mærkes i overensstemmelse med de gældende nationale og/eller internationale bestemmelser for transport af prøver og ætiologiske stoffer. Brugsanvisning Kørsel af testen Figur 1: cobas HCV GT-arbejdsgang 1 Start systemet op 2 Udfør instrumentvedligeholdelse 3 Fjern prøver og reagenser fra lagerstedet 4 Start kørsel 5 Indsæt prøver 6 Med LIS: bekræft arbejdsordre Uden LIS: opret arbejdsordre 7 Indsæt forbrugsartikler (deepwell-plade, microwell-plade, rack med spidser) 8 Indsæt reagenser 9 Start kørslen af prøveforberedelsen 10 Udtag og forsegl microwell-plade 11 Indsæt microwell-pladen i analyseinstrumentet 12 Fjern prøver, brugte reagenser og deepwell-plade 13 Gennemse resultaterne 14 Med LIS: send resultaterne til LIS 15 Udtag analyseinstrument Bemærk! Se cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT for at få en detaljeret brugsanvisning. Doc. Rev

15 Kørselsstørrelse De generiske prøveforberedelsereagenser (prøveforberedelseskit 2 til cobas 4800-systemet, lysiskit 2 til cobas systemet og vaskebufferkit til cobas 4800-systemet) fås i to kitstørrelser, som begge rækker til 10 kørsler på enten 24 eller 96 prøver, som omfatter de kontroller og prøver, der skal køres. cobas HCV GT fås i en enkelt kitstørrelse, der rækker til test med op til 120 (10 12) prøver, herunder kontroller og prøver. cobas HCV GT-kontrolkittet fås i en enkelt kitstørrelse på 10 sæt negative og positive kontroller og kan understøtte alle kørselskonfigurationer. For hver testbatch skal der anvendes én HCV GT-positiv kontrol og én negativ kontrol. For en enkelt testkørsel af cobas HCV GT er det tilladte maks. antal prøver 30 prøver og to kontroller. Testproceduren er beskrevet i detaljer i cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT. Figur 1 opsummerer proceduren. Bemærk! Arbejdsgang For optimal brug af reagenserne kan de generiske prøveforberedelsesreagenser anvendes til en kørsel med 1-22 samlet antal prøver (10 24 testkitstørrelse) eller 1-30 samlet antal prøver (10 96-testkitstørrelse). De forskellige størrelser af vaskebufferkittet til cobas 4800-systemet, prøveforberedelseskit 2 til cobas systemet og lysiskit 2 til cobas 4800-systemet kan ikke kombineres. Hvis en reagensflaske med vaskebuffer til 96-testen scannes i starten af kørslen, skal der også bruges reagenser med 96-teststørrelse fra de andre reagenskit med prøveforberedelse. cobas HCV GT udføres ved hjælp af den fulde arbejdsgang i cobas 4800-softwaren. Den består af prøveforberedelse på cobas x 480-instrumentet efterfulgt af amplifikation/detektion på cobas z 480-analyseinstrumentet. Kørslen kan være HCV GT alene eller i blandede batches med test, der deler den samme automatiske prøveekstraheringsproces samt PCRprofil til amplifikation og detektion. Softwaren viser test, der er kompatible med blandede batches med cobas HCV GT ved valg af test. Se detaljerede oplysninger i cobas 4800-systemets brugermanual. 1. Udfør systemets opstarts- og vedligeholdelsesprocedurer ved at følge vejledningen i cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT i afsnittet "Udførelse af vedligeholdelse". 2. Indsaml alle nødvendige reagenser og forbrugsartikler. Alle reagenser med undtagelse af HCV GT MMX R2A, HCV GT MMX R2B, HCV GT MMX R2C og MMX R1 skal have opnået den omgivende temperatur, før de indsættes i cobas x 480-instrumentet. Reagenserne HCV GT MMX R2A, HCV GT MMX R2B, HCV GT MMX R2C og MMX R1 kan tages direkte fra opbevaring ved 2-8 C, da de vil blive tempereret til den omgivende temperatur i cobas x 480-instrumentet, når de bruges i processen. Bemærk! Alle reagenser og reagensreservoirer er stregkodet og beregnet til engangsbrug. cobas 4800-softwaren sporer brugen af reagenser og reagensreservoirer og afviser reagenser eller reagensreservoirer, der tidligere har været brugt. 3. Start en ny kørsel, og vælg arbejdsgangstypen HCV GT. Der er tre måder at oprette en arbejdsordre på: Ved at bruge prøveeditoren før prøverack'et indsættes i cobas x 480-instrumentet (knappen "Editor" i højre side af hovedmenuen). Arbejdsordrer kan om nødvendigt gemmes, redigeres og genindlæses. Ved at følge softwareguiden for den nye kørsel og indlæse prøveoplysningerne i cobas x 480-instrumentet, når der gives besked om dette. Prøvestregkoderne scannes automatisk, og de påkrævede resultater for hver prøve skal defineres. Ved brug af institutionens LIS-system. Se flere oplysninger i cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT. Når man vælger de ønskede resultater, skal man markere "HCV GT". 4. Indlæs prøver, og definer/vælg arbejdsordre, eller brug LIS efter behov. Den mindste prøvevolumen afhænger af rørtypen og -størrelsen. Se flere oplysninger i cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT. Doc. Rev

16 5. Følg softwareguiden, og indsæt forbrugsartikler. Indsæt eller fjern ikke individuelle spidser i et delvist brugt rack med spidser, da softwaren registrerer det tilbageværende antal spidser. Hvis der ikke er nok spidser til, at kørslen kan udføres, giver softwaren brugeren besked. 6. Indsæt prøveforberedelsesreagenserne i de stregkodede reagensreservoirer. Reagensreservoirerne fås i to størrelser: 200 ml og 50 ml. Følg softwareguiden for at vælge den korrekte reagensreservoirstørrelse. Stregkoderne på reagensreservoirer skal vende mod højre side af carrieren. Brug metoden scan-scan-hæld-placér til at indsætte prøveforberedelsesreagenser: Bemærk! Bemærk! Scan stregkoden på reagensflasken Scan stregkoden på reagensreservoiret Hæld reagensen i reservoiret Placér det fyldte reagensreservoir i den angivne position i reagens-carrieren cobas 4800-systemet har et internt ur, der overvåger, hvor længe reagenserne er om bord. Når LYS 2 eller WB er scannet, har man 1 time til at fuldføre isætningsprocessen og trykke på knappen Start. Der vises et nedtællingsur på fanen "Workplace". Systemet tillader ikke, at kørslen går i gang, hvis isætningstimeren er udløbet. Bland MGP-røret på en vortex-mixer, eller ryst det grundigt, umiddelbart før det tilsættes reagensreservoiret, for at sikre en nøjagtig overførsel af MGP. 7. Isæt flasker med amplifikations-/detektionsreagens (HCV GT MMX R2A, HCV GT MMX R2B, HCV GT MMX R2C og MMX R1) og kontrolflasker [HCV GT(+)C og ( )C] direkte på reagens-carrieren. For at forhindre kontaminering skal der skiftes handsker efter håndteringen af positive kontroller. 8. Efter en succesfuld kørsel af prøveforberedelsen bliver knappen "Sample Preparation results" og knappen "Unload" tilgængelige. Vælg om ønsket knappen "Sample Preparation results" for at gennemse resultaterne, og vælg derefter "Unload" for at udtage pladecarrierne. Man kan også vælge "Unload" for at udtage pladecarrieren uden at gennemse resultaterne. Se cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT. 9. Følg vejledningen i cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT for at forsegle microwell-pladen, transportere pladen til cobas z 480-analyseinstrumentet og starte amplifikations- og detektionskørslen. Bemærk! cobas 4800-systemet har et internt ur, der overvåger tiden fra tilsætningen af de forberedte prøver til aktivering af master mix'et. Amplifikation og detektion skal startes så hurtigt som muligt og ikke senere end 40 minutter, efter cobas x 480-instrumentkørslen er afsluttet. Der vises et nedtællingsur på fanen "Workplace". Systemet afbryder kørslen, hvis timeren er udløbet. 10. Tag microwell-pladen ud af cobas z 480-analyseinstrumentet, når amplifikations- og detektionskørslen er fuldført. 11. Følg vejledningen i cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT for at gennemse og acceptere resultaterne. Doc. Rev

17 Resultater cobas 4800-systemet bestemmer automatisk HCV-genotypen og undertype 1a og 1b for prøverne. Kvalitetskontrol og validitet af resultater Der behandles én negativ kontrol, ( ) C, og én positiv kontrol, HCV GT(+), med hver batch. I cobas 4800-softwaren og/eller rapporten skal man kontrollere batchens validitet. Resultater erklæres automatisk invalide af cobas 4800-softwaren på baggrund af fejl i negative og positive kontroller. Kontrolmarkeringer Tabel 1: Kontrolmarkeringer for negative og positive kontroller Negativ kontrol Flag-id Resultat Fortolkning ( ) C R21 Invalid Den negative kontrol er invalid. Positiv kontrol Flag-id Resultat Fortolkning HCV GT (+)C R20 Invalid Den positive kontrol er invalid. Hvis batchen er invalid, skal man gentage testen af hele batchen, herunder prøver og kontroller. Fortolkning af resultater Bemærk! Al validering af analyser og batches foretages af cobas 4800-softwaren. Bemærk! En valid batch kan indeholde både valide og invalide prøveresultater. Hvis batchen er valid, skal prøveresultaterne fortolkes som vist i Tabel 2. Tabel 2: Resultater og fortolkning Invalid Tvivlsom cobas HCV GT Resultatrapport og -fortolkning Én, to eller alle tre reaktioner er invalide. Hele HCV-kontrollen detekteres ikke i én, to eller alle tre reaktioner Hele HCV-kontrollen detekteres i alle tre reaktioner, men ingen genotype eller undertype er identificeret 1; 1a; 1b; 2; 3; 4; 5 eller 6 Identificerede genotyper rapporteres i alfanumerisk rækkefølge, adskilt med et semikolon. Doc. Rev

18 Begrænsninger ved procedurerne 1. cobas HCV GT er kun evalueret til brug sammen med cobas HCV GT-kontrolkittet, prøveforberedelseskit 2 til cobas 4800-systemet, lysiskit 2 til cobas 4800-systemet og vaskebufferkit til cobas 4800-systemet. 2. Pålidelige resultater er afhængige af korrekte procedurer for prøvetagning, transport, opbevaring og behandling. Følg procedurerne i denne brugervejledning (også kaldet et pakningsindlæg) og cobas 4800-systemets relevante brugermanual til cobas HCV GT. 3. Denne test er kun valideret til brug med EDTA-plasma og serum. Test af andre prøvetyper kan medføre unøjagtige resultater. 4. Identifikation af HCV-genotyper afhænger af de viruspartikler der der findes i prøven, og kan påvirkes af prøvetagningsmetoder, patientfaktorer (dvs. alder, forekomst af symptomer) og/eller infektionsstadiet. 5. Selvom de er sjældne, kan mutationer inden for bindingsregionerne til primerne og proberne i cobas HCV GT påvirke primer- og/eller probebindingen og medføre fejl i identificeringen af prøvens genotype. 6. Tilsætningen af AmpErase-enzym i cobas HCV GT Master Mix aktiverer den selektive amplifikation af targetnukleinsyren. Kontaminering af reagenser og amplifikationsblandinger kan dog kun undgås med god laboratoriepraksis og nøje overholdelse af de procedurer, der er angivet i denne brugervejledning. 7. Dette produkt må kun anvendes af medarbejdere, som er uddannet i brugen af PCR-teknikker og brugen af cobas 4800-systemet. 8. Kun cobas x 480-instrumentet og cobas z 480-analyseinstrumentet er godkendt til brug sammen med dette produkt. Ingen andre prøveforberedelsesinstrumenter eller PCR-systemer må bruges sammen med dette produkt. 9. På grund af naturlige forskelle mellem teknologier anbefales det, at brugeren udfører metodekorrelationsundersøgelser i laboratoriet for at påvise teknologiske forskelle, før der skiftes fra en teknologi til en anden. Brugerne bør følge de aktuelle politikker/procedurer. 10. Krydskontaminering kan forårsage falsk-positive resultater. Krydskontamineringsforholdet fra prøve til prøve for cobas HCV GT er bestemt til 0,0 % i en ikke-klinisk undersøgelse. Der er ikke observeret krydskontaminering fra kørsel til kørsel. 11. cobas HCV GT er ikke beregnet til brug ved screening af blod eller blodprodukter for tilstedeværelsen af HCV eller som en diagnostisk analyse til bekræftelse af HCV-infektion. 12. Identifikationen af genotype 6 med cobas HCV GT er begrænset til undertype 6a og 6b. Doc. Rev

19 Vurdering af ikke-klinisk performance Vigtige egenskaber for performance Nøjagtighed Nøjagtigheden af cobas HCV GT blev evalueret ved at teste 379 HCV-positive prøver og sammenligne resultaterne med genotyper, der blev bestemt ved nukleinsyresekventering (Tabel 3). Undersøgelsen blev foretaget med to lot af cobas HCV GT. Genotype-resultater med cobas HCV GT og nukleinsyresekventering var overensstemmende for 352 ud af 353 prøver, hvilket gav en samlet genotype-nøjagtighed på 99,7 %. Nøjagtigheden i cobas HCV GT for identifikation af genotype 1 undertype 1a og 1b blev evalueret på 99 genotype 1a-prøver og 50 genotype 1b-prøver (Tabel 4). Den samlede nøjagtighed for undertyperne var 100 % (148/148). Tabel 3: Nøjagtighed for genotype 1 til og med 6 HCVgenotype via sekventering a b c d e f g h cobas HCV GTresultater i overensstemmelse 95 % CI d Antal test a Blandede genotyperesultater Tvivlsomme resultater b Inkluderede resultater c med sekventering Procentdel korrekt identificeret (nøjagtighed) LL UL 1 e (149/149) 97, (62/62) 94, f ,9 (46/47) 88, g (55/55) 93, (24/24) 85, h (16/16) 79,4 100 Samlet ,7 (352/353) 98,4 100 Omfatter alle prøver med valide cobas HCV GT-resultater. cobas HCV GT viser et resultat som tvivlsomt, hvis HCV detekteres, men der ikke detekteres nogen genotype. Antal test (blandede genotype-resultater + tvivlsomme resultater) 95 % tosidet konfidensinterval. Omfatter 99 genotype 1a-, 50 genotype 1b- og 2 genotype 1l-prøver med nukleinsyresekventering. Én genotype 3-prøve gav et genotype 1a-resultat med cobas HCV GT. Omfatter 43 genotype 4a-prøver, 9 genotype 4-prøver, der ikke var undertype a, og 5 genotype 4-prøver af uidentificeret undertype. Omfatter 18 genotype 6a-prøver og én genotype 6b-prøve. Tabel 4: Nøjagtighed for genotype 1, undertype 1a og 1b HCVgenotype via sekventering a b c d e cobas HCV GTresultater i overensstemmelse 95 % CI d Antal test a Blandede undertyperesultater Tvivlsomme og genotype 1- resultater b Inkluderede resultater c med sekventering Procentdel korrekt identificeret (nøjagtighed) LL UL 1a (99/99) 96, b e (49/49) 92,8 100 Samlet (148/148) 97,5 100 Omfatter alle genotype 1a- og 1b-prøver med valide cobas HCV GT-resultater. cobas HCV GT viser et resultat som tvivlsomt, hvis HCV detekteres, men der ikke detekteres nogen genotype. Ved beregning af nøjagtigheden i undertypen blev et resultat på "gt 1" uden identifikation af genotype 1a eller genotype 1b anset for at være tvivlsomt. Antal test (blandede genotype-resultater + tvivlsomme resultater) 95 % tosidet konfidensinterval. Én genotype 1b-prøve gav et resultat på "gt 1" med cobas HCV GT uden identifikation af genotype 1a eller genotype 1b. Doc. Rev

20 Detektionsgrænse (LoD) Detektionsgrænsen for cobas HCV GT blev bestemt ved at teste fortyndinger af HCV-positive prøver forberedt i HCVnegativt serum eller EDTA-plasma (Tabel 5). For hver genotype blev en enkelt HCV-prøve fortyndet i HCV-negativt EDTA-plasma eller serum til koncentrationer på 1000, 500, 250, 125, 50 og 25 internationale enheder/ml (for genotype 5 var koncentrationerne 1000, 750, 500, 250, 125 og 50 IE/ml). Paneler med seks koncentrationer for hver genotype og HCV-negativt plasma eller serum blev testet med flere kørsler, dage, brugere og instrumenter ved hjælp af tre lot med cobas HCV GT, med 20 til 24 målinger pr. reagenslot til i alt 60 til 72 målinger pr. prøve. De laveste koncentrationer, der gav det korrekte genotype-resultat i 95 % af testene, er vist i Tabel 5. Tabel 5: Detektionsgrænse* (IE/ml) af cobas HCV GT HCV-genotype Prøvetype 1a 1b Plasma Serum *Lavest testede koncentrationer med korrekte genotype-resultater i mindst 95 % af testene Repeterbarhed Reperterbarheden af cobas HCV GT blev bestemt ved at teste et blindet, randomiseret panel på 15 medlemmer med 2 bestemmelser pr. kørsel, 2 kørsler pr. dag, 5 dage pr. reagenslot og 3 reagenslot ved hjælp af ét instrument og én bruger til i alt 60 test pr. prøve (Tabel 6). Panelet bestod af to fortyndinger af én klinisk prøve af hver genotype, forberedt i HCVnegativt, humant serum eller EDTA-plasma, og en prøve med HCV-negativt humant serum eller plasma. Hver genotype blev medtaget i panelet i to koncentrationer: lav ( IE/ml) og enten medium ( IE/ml) eller høj ( IE/ml). Den samlede frekvens af korrekte resultater for cobas HCV GT var 99,8 % (890/892). Tabel 6: Repeterbarheden af cobas HCV GT Genotype Koncentration (IE/ml) Prøvetype Samlet antal resultater a Antal korrekte resultater Procentdel korrekte resultater b 1a 910 Serum c 100 (60/60) 1a Plasma (60/60) 1b 970 Serum (58/58) 1b Plasma (59/59) Serum (59/59) Plasma (60/60) Plasma (60/60) Serum (60/60) Serum (59/59) Plasma (59/59) Serum d 96,6 (57/59) Plasma (60/60) Plasma (60/60) Serum (59/59) HCV-negativ 0 Plasma (30/30) HCV-negativ 0 Serum (30/30) Samlet ,8 (890/892) a b c d Otte af i alt 900 test gav ingen resultater på grund af tilstopning. Procentdel korrekte resultater = antal korrekte resultater/samlet antal resultater. 58 ud af 60 test gav et resultat på 1; 1a, og to test gav et resultat på 1a. Én test gav et tvivlsomt resultat, og én test gav et resultat på 1; 5. Doc. Rev

21 Blandede genotype-infektioner Identifikationen af blandede genotype-infektioner blev evalueret ved at teste alle de mulige kombinationer af to genotyper blandt genotyperne 1a, 1b og 2 til 6 ved tre forskellige koncentrationsrater: 1:1 (1000:1000 IE/ml), 1:1 (1E+06:1E+06 IE/ml), 10:1 (1E+04:1E+03 IE/ml) og 100:1 (1E+05:1E+03 IE/ml). Hver prøve blev testet i tredobbelt bestemmelse. cobas HCV GT identificerede begge genotyper i 100 % (63/63) af testene med 1:1-blandinger ved 1E+06 IE/ml og i 95,2 % (60/63) af testene med 1:1-blandinger ved 1000 IE/ml (Tabel 7). cobas HCV GT identificerede minoritetsgenotypen i 85,7 % (108/126) af testene med 10:1-blandinger og i 63,5 % (80/126) af testene med 100:1-blandinger. cobas HCV GT identificerede majoritetsgenotypen i 100 % af testene (252/252) med 10:1- og 100:1-blandinger. Tabel 7: Identifikation af blandede genotype-infektioner a b c d e Koncentrationer a (IE/ml) Koncentrationsrate Antal kombinationer testet Samlede test Identifikation af begge genotyper b 1x10 6 : 1x10 6 1: % (63/63) 1x10 3 : 1x10 3 1: ,2 % (60/63) c 1x10 4 : 1x : ,7 % (108/126) d 1x10 5 : 1x : ,5 % (80/126) e 1:1-blandingerne med høj koncentration indeholdende genotype 5 blev testet ved 1 x 10 5 IE/ml. I blandingerne af ulige koncentrationer (10:1 og 100:1) blev majoritetsgenotypen identificeret i 100 % (252/252) af testene. I 1:1-blandingerne med 1x10 3 IE/ml blev genotype 3 identificeret i 83 % (15/18) af testene. Alle andre genotyper blev identificeret i 100 % af testene. I 10:1-blandingerne blev genotype 3 identificeret i 0/18 test, når det var minoritetsgenotypen. Alle andre genotyper blev identificeret i 100 % af testene, når de var minoritetsgenotypen. I 100:1-blandingerne blev genotype 1b, 2, 3 og 6 identificeret i henholdsvis 83 % (15/18), 44 % (8/18), 0 % (0/18) og 17 % (3/18) af testene, når de var minoritetsgenotypen. Genotyperne 1a, 4 og 5 blev identificeret i 100 % af testene, når de var minoritetsgenotypen. Specificitet Specificiteten for cobas HCV GT blev bestemt ved at teste 52 EDTA-plasmaprøver og 52 serumprøver fra 104 individuelle, normale, HCV-negative donorer ved hjælp af to lot med cobas HCV GT. cobas HCV GT er beregnet til brug på patienter med kronisk HCV-infektion. Testen detekterer HCV, uanset genotype, som en intern kontrol. Når HCV ikke detekteres, giver cobas HCV GT et invalidt resultat. Alle 104 test i specificitetsundersøgelsen gav invalide resultater som forventet for HCV-negative prøver. Doc. Rev

22 Analytisk specificitet Den analytiske specificitet for cobas HCV GT blev evalueret ved at fortynde et panel på 27 patogener (Tabel 8) med HCV-negativt EDTA-plasma og teste prøverne med og uden HCV-genotype 1a tilsat i ca IE/ml. HCV-genotype 1a blev identificeret i alle prøver med HCV og patogenerne, hvilket påviste, at patogenerne ikke havde nogen indvirkning. Invalide resultater (det forventede resultat for HCV-negative prøver) blev opnået med cobas HCV GT for alle patogenprøver uden HCV, hvilket påviste, at patogenerne ikke krydsreagerede med cobas HCV GT. cobas HCV GT detekterer HCV, uanset genotype, som en intern kontrol. Når HCV ikke detekteres, giver cobas HCV GT et invalidt resultat. Tabel 8: Patogener testet for krydsreaktivitet Vira Bakterier Gær Adenovirus, type 5 Herpes simplexvirus, type 1 og 2 Propionibacterium acnes Candida albicans Cytomegalovirus Human papillomavirus Staphylococcus aureus Dengue-virus, type 1, 2, 3 og 4 Influenzavirus A Epstein Barr-virus Murray Valley encephalitis-virus TBE-virus (Tick Borne Encephalitis Virus) FSME-virus (stamme HYPR) Hepatitis A-virus Hepatitis B-virus Human immundefektvirus-1 St. Louis encephalitis-virus Varicella-Zoster-virus West Nile-virus Gul feber-virus Zika-virus Human T-celle lymfotropisk virus, type 1 og 2 Human herpesvirus, type 6 Doc. Rev

23 Analytisk specificitet interfererende stoffer Plasmaprøver med forhøjede niveauer af triglycerider (27,9-30,0 g/l), konjugeret bilirubin (0,18-0,22 g/l), ukonjugeret bilirubin (0,19-0,2 g/l), albumin (57,8-60,6 g/l), hæmoglobin (1,8-2,3 g/l) og humant DNA (2 mg/l) blev testet med cobas HCV GT ved tilstedeværelse og fravær af HCV-genotype 1a, tilsat i ca IE/ml. HCV-genotype 1a blev identificeret i alle prøver med HCV, og resultaterne var invalide (det forventede resultat for HCV-negative prøver) for alle prøver uden HCV, som påviste, at stofferne ikke påvirker performance af cobas HCV GT. Plasmaprøver fra HCVnegative donorer med markører for autoimmune sygdomme såsom systemisk lupus erythematosus (SLE), rheumatoid arthritis (RA) og antinukleært antistof (ANA) blev testet med cobas HCV GT ved tilstedeværelsen og fraværet af HCVgenotype 1a, tilsat til ca IE/ml og havde ingen indvirkning på performance af cobas HCV GT. Plasmaprøver med de lægemidler, der er angivet i Tabel 9 ved tre gange C max, blev testet med cobas HCV GT ved tilstedeværelsen og fraværet af HCV-genotype 1a, tilsat i ca IE/ml. HCV-genotype 1a blev detekteret i alle prøver med HCV, og resultaterne var invalide (det forventede resultat for HCV-negative prøver) for alle prøver uden HCV, hvilket påviste, at lægemidlerne ikke påvirker performance af cobas HCV GT. Tabel 9: Lægemiddelstoffer, der er testet for interferens med genotype-identifikation ved hjælp af cobas HCV GT Lægemiddelklasse Lægemidlets generiske navn Immunmodulatorer Peginterferon -2a Ribavirin HIV-entryhæmmer Peginterferon -2b Maraviroc HIV-integrasehæmmere Elvitegravir/cobicistat Raltegravir Ikke-nukleosid HIV-revers transkriptasehæmmere Efavirenz Etravirin Nevirapine Rilpivirin HIV-proteasehæmmere Atazanavir Nelfinavir Darunavir Fosamprenavir Lopinavir Ritonavir Saquinavir Tipranavir HCV-protease Boceprevir Simeprevir Revers transkriptase- eller DNApolymerasehæmmere Abacavir Aciclovir Ganciclovir Lamivudin Forbindelser til behandling af opportunistiske infektioner Adefovir dipivoxil Cidofovir Emtricitabin Entecavir Foscarnet Azithromycin Clarithromycin Ethambutol Fluconazol Isoniazid Sofosbuvir Telbivudin Tenofovir Valganciclovir Zidovudin Pyrazinamid Rifabutin Rifampicin Sulfamethoxazol Trimethoprim Doc. Rev

24 Metodekorrelation Performance-evaluering af cobas HCV GT sammenlignet med et in vitro-diagnostisk produkt, der er CE-mærket Performance for cobas HCV GT og et in vitro-diagnostisk HCV genotyping-produkt, der er CE-mærket, blev sammenlignet til identifikation af HCV-genotyper 1 til 6 ved test af 379 HCV-positive prøver med begge metoder (Tabel 10). Der blev opnået valide, enkelt-genotype-resultater med begge metoder på 334 ud af 379 prøver i undersøgelsen. To prøver gav ikke resultater med sammenligningsproduktet på grund af systemfejl, og 43 prøver gav tvivlsomme eller blandede genotype-resultater med én eller begge metoder. Procentoverensstemmelsen mellem cobas HCV GT og sammenligningsproduktet til identifikation af HCV-genotype 1 til 6 var 99,7 % (333/334). Overensstemmelsen mellem sammenligningsproduktet og cobas HCV GT til identifikation af undertype 1a og 1b af genotype 1 blev bestemt på basis af resultaterne for 99 genotype 1a-prøver og 50 genotype 1b-prøver ved hjælp af nukleinsyresekventering. Valide resultater, der identificerede undertypen, blev opnået med begge metoder for 142 ud af 149 prøver. Én genotype 1a-prøve og 4 genotype 1bprøver (ved hjælp af nukleinsyresekventering) gav genotype 1-resultater med sammenligningsproduktet uden at identificere undertype 1a eller 1b. Én genotype 1b-prøve (ved hjælp af nukleinsyresekventering) var tvivlsom med sammenligningsproduktet, og én genotype 1b-prøve gav et genotype 1-resultat med cobas HCV GT. Procentoverensstemmelsen mellem cobas HCV GT og sammenligningsproduktet til identifikation af HCV-genotype 1a og 1b var 100,0 % (142/142). Tabel 10: Metodesammenligning af cobas HCV GT med en IVD-enhed med CE-mærket til identifikation af HCV-genotype 1 til 6 a b c Antal resultater a cobas HCV GT-resultater i overensstemmelse med sammenligningsproduktet Genotype-resultat af sammenligningsprodukt Procentoverensstemmelse LL 95 % CI b c 149 c 99,3 (149/150) 96, ,0 (52/52) 93, ,0 (44/44) 92, ,0 (50/50) 92, ,0 (24/24) 85, ,0 (14/14) 76,8 100 Samlet ,7 (333/334) 98,3 100 Omfatter alle prøver med valide, enkelt genotype-resultater med både sammenligningsproduktet og cobas HCV GT. Prøver med mislykkede, tvivlsomme eller blandede genotype-resultater med den ene eller begge metoder blev udelukket. 95 % tosidet konfidensinterval. Én prøve med et genotype 1-resultat med sammenligningsproduktet var genotype 6 ved hjælp af cobas HCV GT og nukleinsyresekventering. Én prøve med genotype 1-resultater med både sammenligningsproduktet og cobas HCV GT var genotype 3 ved hjælp af nukleinsyresekventering. UL Tabel 11: Metodesammenligning af cobas HCV GT med en IVD-enhed med CE-mærket til identifikation af undertype 1a og 1b af genotype 1 a b Antal resultater a cobas HCV GT-resultater i overensstemmelse med sammenligningsproduktet Genotype-resultat af sammenligningsprodukt Procentoverensstemmelse 95 % CI b 1a ,0 (98/98) 96, b ,0 (44/44) 92,0 100 Samlet ,0 (142/142) 97,5 100 Omfatter alle genotype 1a- og 1b-prøver ved hjælp af nukleinsyresekventering med valide resultater med både sammenligningsproduktet og cobas HCV GT. Prøver med mislykkede, tvivlsomme eller blandede genotype-resultater med den ene eller begge metoder blev udelukket. 95 % tosidet konfidensinterval. Doc. Rev LL UL

25 Systemfejlfrekvens Den generelle systemfejlfrekvens, som medførte falsk negative resultater for cobas HCV GT blev bestemt ved at teste i alt 200 bestemmelser af EDTA-plasma og serum med HCV-genotype 1a tilsat i 375 IE/ml, ca. 3 gange detektionsgrænsen for genotype 1a. cobas HCV GT identificerede genotype 1a korrekt i alle 200 prøver, hvilket gav en generel systemfejlfrekvens på 0,0 % (øvre ensidet 95 %-konfidensgrænse på 1,49 %). Krydskontaminering Krydskontamineringsforholdet for cobas HCV GT blev bestemt ved at udføre otte test-batches af cobas HCV GT, hver med 15 bestemmelser af EDTA-plasma indeholdende den HCV GT-positive kontrol armored RNA ved en koncentration svarende til 1,0E+08 IE/ml og 15 bestemmelser af HCV-negativt EDTA-plasma. Prøverne blev sat i prøveracks i de relevante positioner til et checkerboard-mønster på prøveekstraheringspladen på cobas x 480-instrumentet. Alle 120 bestemmelser af det HCV-negative EDTA-plasma gav invalide resultater, det forventede resultat for HCV-negative prøver, hvilket gav et krydskontamineringsforhold på 0,0 % (øvre ensidet 95 % konfidensgrænse på 2,47 %). Yderligere oplysninger Vigtige analysefunktioner Prøvetype Mindste påkrævede prøvemængde Prøvebehandlingsvolumen 400 µl EDTA-plasma, serum Se cobas 4800-systemets brugermanual til cobas HCV GT. Identificerede genotyper og undertyper HCV-genotype 1-6 og genotype 1 undertype a og b. Nøjagtighed Til identifikation af HCV-genotype 1 til 6: 99,7 % Til identifikation af HCV-genotype 1 undertype 1a og 1b: 100 % Analytisk sensitivitet Serum: 50 til 125 IE/ml (genotyperne 1a, 1b, 2, 3, 4 og 6), 500 IE/ml (genotype 5) Plasma: 125 til 250 IE/ml (genotyperne 1a, 1b, 2, 3, 4 og 6), 1000 IE/ml (genotype 5) Doc. Rev

26 Symboler Følgende symboler anvendes ved Roche PCR-diagnostiske produkter. Tabel 12: Symboler, der er anvendt ved Roche PCR-diagnostiske produkter Hjælpesoftware Medicinsk udstyr til in vitro-diagnostik Autoriseret repræsentant i EF Nedre grænse for tildelt interval Stregkodedataark Producent Lotnummer Opbevares mørkt Biologisk fare Indeholder tilstrækkeligt til <n> tests Katalognummer Temperaturbegrænsning Se brugsanvisning Testdefinitionsfil Indhold i pakning Øvre grænse for tildelt interval Distribueret af Sidste anvendelsesdato Kun til evaluering af IVD-performance Global Trade Item Number Dette produkt overholder kravene i det europæiske direktiv 98/79/EF om medicinsk udstyr til in vitro-diagnostik. Teknisk kundesupport i USA Doc. Rev

27 Producent og distributører Tabel 13: Producent og distributører Produceret i USA Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse Mannheim, Germany Roche Diagnostics (Schweiz) AG Roche Diagnostics Industriestrasse 7 201, boulevard Armand-Frappier 6343 Rotkreuz, Switzerland H7V 4A2 Laval, Québec, Canada (For Technical Assistance call: Roche Diagnostics GmbH Pour toute assistance technique, Sandhofer Strasse 116 appeler le: ) Mannheim, Germany Roche Diagnostics Roche Diagnostics, SL 2, Avenue du Vercors Avda. Generalitat, Meylan, France E Sant Cugat del Vallès Barcelona, Spain Distributore in Italia: Roche Diagnostics S.p.A. Roche Diagnostica Brasil Ltda. Viale G. B. Stucchi 110 Av. Engenheiro Billings, Monza, Milano, Italy Jaguaré, Building São Paulo, SP Brazil Distribuidor em Portugal: Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Estrada Nacional, Amadora, Portugal Varemærker og patenter Se Copyright 2016 Roche Molecular Systems, Inc. Doc. Rev