cobas TaqScreen MPX Test for use on the cobas s 201 system

Transkript

1 cobas TaqScreen MPX Test for use on the cobas s 201 system TIL IN VITRO-DIAGNOSTIK. cobas TaqScreen MPX Test MPX 96 Tests P/N: cobas TaqScreen MPX Control Kit MPX CTL 6 Sets P/N: cobas TaqScreen Wash Reagent TS WR 5.1 L P/N: Ved test af prøver fra afdøde med cobas TaqScreen MPX-testen, skal brugeren anvende følgende kit ud over ovennævnte kit: cobas TaqScreen Cadaveric Specimen Diluent Kit CADV SPEC DIL 96 Tests P/N: TILSIGTET BRUG cobas TaqScreen MPX-testen til brug med cobas s 201-systemet er en kvalitativ in vitro-test til direkte påvisning af human immundefektvirus type 1 (HIV-1) gruppe M RNA, human immundefektvirus type 1 gruppe O RNA, human immundefektvirus type 2 (HIV-2) RNA, hepatitis C-virus (HCV) RNA og hepatitis B- virus (HBV) DNA i humant plasma. Testen er beregnet som donorscreeningtest til detektion af HIV-1 gruppe M, HIV-1 gruppe O, HIV-2, HCV RNA og HBV DNA i plasmaprøver fra individuelle bloddonorer, herunder donorer af fuldblod og blodkomponenter, plasma samt andre levende donorer. Denne test er også beregnet til screening af individuelle organ- og vævsdonorer, når prøverne tages, mens donorens hjerte stadig slår, og i blodprøver fra afdøde organ- og vævsdonorer (hvor hjertet ikke slår). Plasma fra alle donorer kan screenes som individuelle prøver. I forbindelse med donation af fuldblod og blodkomponenter kan plasmaprøver testes individuelt eller i pools, der består af lige store afmålte mængder af individuelle prøver sammen med serologiske test for HIV, HCV eller HBV. Testen er ikke beregnet som en hjælp ved diagnostik. OVERSIGT OVER OG FORKLARING AF TESTEN En større bekymring i forbindelse med transfusion af blod og blodkomponenter er den potentielle risiko for overførsel af virusinfektioner, især af human immundefektvirus type 1 (HIV-1) og human immundefektvirus type 2 (HIV-2), hepatitis C-virus (HCV) samt hepatitis B-virus (HBV). Disse stoffer overføres primært i forbindelse med eksponering over for kontamineret blod eller blod- og plasmaprodukter, eksponering over for bestemte kropsvæv eller -væsker, ved seksuel kontakt eller fra en inficeret mor til det nyfødte barn. HIV-1 forekommer globalt med en generel forekomst på 1,1 % (0,56 % i Nordamerika og 0,25 % i Vesteuropa). Personer, der er smittet med HIV-1 kan opleve en kortvarig, i første omgang akut, influenzalignende sygdom med høj koncentration af viræmi i perifert blod inden for 3-6 uger efter første smitte. 1 Der findes i øjeblikket tre vigtige gengrupper for HIV-1: Gruppe M (primær), gruppe N (ikke-m-ikke-o) og gruppe O (sekundær). Gruppe M er hyppigt forekommende og er opdelt i 9 undertyper samt flere cirkulerende rekombinanter (CRF'er). 2 HIV-2 blev første gang isoleret i 1986 fra patienter i Vestafrika. Både HIV-1 og HIV-2 har samme overførselsmåder og forbindes med lignende opportunistiske infektioner og AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). 3 Forekomsten af HIV-2 er over 1 % i visse afrikanske lande, og bekymringen for HIV-2 er stigende i visse dele af Europa og Indien. 4 HCV betragtes som det vigtigste ætiologiske stof, der er skyld i % af smittetilfældene af non-a og non-b hepatitis efter transfusion. 5,6 HCV optræder globalt, men forekomsten er ikke velkendt, da infektionen normalt er symptomfri. Den rapporterede forekomst varierer imidlertid fra 0,5-2,0 % i Vesteuropa til 20 % i Egypten. Over 2 milliarder mennesker, som er i live i dag, har været inficeret med HBV på et tidspunkt i deres liv. Af disse er cirka 350 millioner mennesker på verdensplan kroniske bærere af virussen Tre fjerdedele af verdens befolkning bor i områder, hvor der er høje infektionsniveauer. Hvert år er der over 4 millioner akutte kliniske tilfælde af HBV. Afsnittet med oplysninger om dokumentrevision findes sidst i dette dokument DA 1 Doc Rev. 6.0

2 Serologiske screeningsanalyser har i stort omfang reduceret, men ikke fuldstændigt elimineret risikoen for at overføre virusinfektioner via transfusion af blod og blodprodukter. Test af fuldblod og plasmaportioner for HBV blev påbegyndt med HBsAg-analyser i starten af 1970'erne og anti-hbc i 1980'erne. Ud over HBVscreening testes blod- og plasmaportioner rutinemæssigt for HIV-1 og HIV-2 ved screening med immunanalyser (EIA-test) samt for anti-hcv med EIA-test. Offentlighedens efterspørgsel efter bedre standarder for screening af smitsomme stoffer i transfusionsprodukter har drevet udviklingen af nukleinsyretest (NAT). Undersøgelser har vist, at nukleinsyrebaserede virustest (HIV-1 RNA, HCV RNA 5,13-16 og HBV DNA ) yderligere kan reducere overførselsrisikoen af disse stoffer i bloddonationer, der er foretaget i serokonversionsvinduet. Dette vindue er vurderet til 22 dage i gennemsnit, men kan være op til 6 måneder for HIV Med implementeringen af HIV-1 mini-pool NAT-test er smittevinduet blevet væsentligt formindsket, og den aktuelle risiko for overførsel af HIV-1 er beregnet til at være 1 tilfælde for hver 2 millioner donationer Introduktionen af HCV RNA NAT-test har reduceret det antistofnegative vindue med ca. 60 dage 13-16, hvor den aktuelle risiko for overførsel er beregnet til 1-2 tilfælde for hver 1 million donationer. HBV DNA NATscreening bliver anvendt i stigende grad. Undersøgelser fra lande med lav, moderat og høj forekomst af HBV har vist NAT-tilfælde fra HBV-inficerede donorer i vinduesperioden og i det senere forløb, hvilket indikerer en reduceret forekomst af HBV-smitte via transfusion. 15,19,20,22,23 For at øge effektiviteten af test for flere targets er der udviklet en multiplex (MPX) PCR-reaktion (Polymerase Chain Reaction) til samtidig detektion af flere vira. I MPX PCR amplificeres og detekteres mere end én targetsekvens ved hjælp af flere primer- og probepar i samme reaktionsrør. cobas TaqScreen MPX-testen er en kvalitativ multiplex-test, der muliggør screening og samtidig detektion af HIV-1 gruppe M og O RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA samt HBV DNA i inficerede poolede og individuelle plasmaprøvedonationer. cobas TaqScreen MPX-testen benytter en generisk nukleinsyreforberedelsesteknik på COBAS AmpliPrep-instrumentet. HIV-1 gruppe M og O RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA amplificeres og detekteres ved hjælp af automatiseret real-time PCR på COBAS TaqMan - analyseinstrumentet. I testen indgår en intern kontrol, der overvåger testens performance for hver enkelt test, samt AmpErase-enzymet (uracil-n-glycosylase), der reducerer potentiel kontaminering af tidligere amplificeret materiale (amplikon). cobas TaqScreen MPX-testen skelner ikke mellem, hvilken virus der påvises i en prøve. COBAS AmpliScreen HIV-1-testen, v1.5, COBAS AmpliScreen HCV-testen, v2.0 og COBAS AmpliScreen HBV-testen er tilgængelig for diskriminatorisk test af HIV-1 gruppe M, HCV og HBV. Diskriminatoriske test for HIV-1 gruppe O og HIV-2 fås ikke hos Roche. PRINCIPPER FOR PROCEDUREN cobas TaqScreen MPX-testen, der anvendes på cobas s 201-systemet, er baseret på 4 hovedprocesser: 1. Automatiseret prøvepooling og kontrolpipettering med Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor 2. Automatiseret prøveforberedelse med COBAS AmpliPrep-instrumentet 3. Automatiseret amplificering af nukleinsyrer og automatiseret real-time-detektion af PCR-produkter med COBAS TaqMan -analyseinstrumentet 4. Automatiseret dataadministration med PDM-software (Pooling and Data Management) Automatiseret pooling og pipettering af prøver med Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor automatiserer pipettering af individuelle donorprøver, pooling af flere donorprøver, overførsel af afmålte mængder til dybbrøndsplader (valgfrit) og pipettering af testkontroller. cobas s 201-systemet opdeler reaktive pools i individuelle komponentprøveresultater. cobas s 201-systemet er designet til at behandle prøver i batches. En batch er defineret som en samling af prøver og kontroller, der pipetteres, ekstraheres, amplificeres og detekteres sammen. Når pipetteringen af en batch er fuldført med Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor, overføres hele prøveracket til COBAS AmpliPrep-instrumentet for at fortsætte til næste trin i processen. Bemærk! Ved test af prøver fra afdøde skal prøven først fortyndes manuelt 1:5 i cobas TaqScreenprøvediluent fra afdøde [CADV SPEC DIL], inden du pipetterer ved hjælp af Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor DA 2 Doc Rev. 6.0

3 Automatiseret prøveforberedelse med COBAS AmpliPrep-instrumentet Nukleinsyrer fra targets og tilsatte Armored RNA IC-molekyler (Internal Control) (som fungerer som en kontrol af prøveforberedelsen og amplifikationen/detektionen) behandles samtidigt. cobas TaqScreen MPX-testen indeholder reagenser, der udfører fem fortløbende trin på COBAS AmpliPrep-instrumentet. Proteinaseopløsningen fordøjer proteiner for at fremme lysis, inaktivere nukleaser samt gøre det lettere at frigøre RNA og DNA fra viruspartikler. Tilsætningen af lysisreagens til prøven medfører lysis af virus og inaktivering af nuklease ved hjælp af denaturering af proteiner. RNA og DNA frigøres og beskyttes samtidig mod nukleaser. De frigivne nukleinsyrer binder sig til siliciumoverfladen på de tilsatte magnetiske glaspartikler. Dette skyldes hovedsageligt den positive nettoladning på glaspartiklernes overflade og den negative nettoladning i nukleinsyrerne under lysisreaktionens kaotropiske saltkoncentration og ionstyrke. Vaskereagens fjerner ubundne stoffer og urenheder, f.eks. denatureret protein, cellepartikler og potentielle PCR-hæmmere (f.eks. hæmoglobin osv.), og reducerer saltkoncentrationen. Oprensede nukleinsyrer frigives fra de magnetiske glaspartikler ved forhøjet temperatur med elueringsbuffer. Automatiseret amplifikation af nukleinsyre med COBAS TaqMan -analyseinstrumentet Efter isolering af de oprensede nukleinsyrer fra humant plasma under automatisk prøveforberedelse anvendes cobas TaqScreen MPX Master Mix (MMX) til amplifikation og detektion af HIV-1 (gruppe M og O), HIV-2 og HCV RNA, HBV DNA samt IC RNA. Når cobas TaqScreen MPX Master Mix aktiveres efter tilsætningen af manganacetat, kan der foretages revers transkription (for RNA-targets) efterfulgt af PCR-amplifikation af de bedst konserverede regioner af HIV-1 (gruppe M og O), HIV-2 og HCV RNA, HBV DNA samt IC RNA ved hjælp af specifikke primere. Samtidig detektion af den amplificerede nukleinsyre opnås ved generering af fluorescerende signaler fra 5'-nukleolytisk forringelse af HIV-1 (gruppe M og O), HIV-2, HCV, HBV og IC-specifikke prober, der også er til stede i Master Mix. Der anvendes to fluorescerende farvestoffer: Én farve mærker IC-proben, mens en anden farve mærker alle targetspecifikke prober, hvilket giver mulighed for multiplex-kombineret identifikation af virustargets og en uafhængig identifikation af IC. Revers transkription og PCR-amplifikation Der udføres revers transkriptions- og amplifikationsreaktioner med et termostabilt rekombinant enzym, Z05 DNA-polymerase. Ved tilstedeværelse af mangan (Mn 2+ ) har Z05 DNA-polymerase revers transkriptase- og DNA-polymerase-aktivitet. Dermed kan både revers transkription og PCR-amplifikation foregå samtidig i samme reaktionsblanding. Der opnås PCR-amplifikation ved hjælp af Z05 DNA-polymerase, som forlænger de annealede primere langs targetskabelonen og danner en dobbeltstrenget DNA-sekvens (amplikon). Denne proces gentages flere gange, hvor mængden af amplikon-dna fordobles for hver cyklus. Amplifikationen foregår kun i området mellem primerne på targetgenomet. Hele genomet amplificeres ikke. Selektiv amplifikation Selektiv amplifikation af target-nukleinsyren fra prøven opnås i cobas TaqScreen MPX-testen ved hjælp af AmpErase (uracil-n-glycosylase)-enzym og deoxyuridintrifosfat (dutp). AmpErase-enzymet (uracil-nglycosylase) genkender og katalyserer nedbrydningen af DNA-strenge, der indeholder deoxyuridin 24, men ikke DNA, der indeholder deoxythymidin, eller RNA, der indeholder ribouridin 25,26. Deoxyuridin findes ikke i naturligt forekommende DNA, men findes altid i amplikon på grund af, at deoxyuridintrifosfat bruges i stedet for thymidintrifosfat som en af dntp'erne i Master Mix-reagenset. Det er derfor kun amplikon, der indeholder deoxyuridin. Deoxyuridin gør kontaminerende amplikon modtagelig for nedbrydning med AmpErase-enzym (uracil-n-glycosylase) før amplifikationen af target-dna'et. Desuden vil alle ikke-specifikke produkter, der dannes efter den første aktivering af Master Mix ved hjælp af mangan, blive ødelagt af AmpErase-enzymet (uracil-n-glycosylase). AmpErase-enzymet (uracil-n-glycosylase), der findes i Master Mix-reagenset, katalyserer spaltningen af deoxyuridinholdigt DNA ved deoxyuridin-residues ved at åbne deoxyribosekæden ved positionen C1. Ved opvarmning i den første termiske cyklus brækker amplikonets DNA-kæde ved positionen for deoxyuridin, og dermed kan DNA'et ikke amplificeres. AmpErase-enzymet (uracil-n-glycosylase) forbliver inaktivt i længere tid, når det udsættes for temperaturer over 55 C, og derfor ødelægges targetamplikonet, der dannes efter PCR-reaktionen, ikke. Automatiseret real-time detektion af PCR-produkter med COBAS TaqMan -analyseinstrumentet Under PCR-amplifikationen denatureres target og IC-amplikonet pga. den intermitterende høje temperatur under cyklussen, så der dannes enkeltstrenget DNA. Den specifikke oligonukleotid-detektionsprobe hybridiseres til enkeltstrenget form af det amplificerede DNA. Amplifikation, hybridisering og detektion foregår samtidigt DA 3 Doc Rev. 6.0

4 Detektion af PCR-produkter 27,28 cobas TaqScreen MPX MMX indeholder detektionsprober, som er specifikke for HIV-1 (gruppe M og O), HIV-2, HCV, HBV eller IC-nukleinsyre. Hver detektionsprobe mærkes med 1) én af to fluorescensfarver, som fungerer som rapportfarvestof, og 2) en anden farve, som fungerer som quencher-farvestof. Ét specifikt rapportfarvestof forbindes med de virusspecifikke prober og måles ved en defineret bølgelængde. Et andet rapportfarvestof forbindes med den IC-specifikke probe og måles ved en anden bølgelængde. Der anvendes en enkelt type quencher-farvestof i alle prober. Dette system tillader detektion af alle amplificerede virustargets ved én bølgelængde og samtidig detektion af amplificeret IC-nukleinsyre ved en anden bølgelængde. Før PCR-amplifikationen starter, er proberne intakte, og rapportfarvestoffets fluorescens undertrykkes af quencher-farvestoffet på grund af Förster-energioverførselseffekten. Under PCR-amplifikationen hybridiseres proberne til specifikke enkeltstrengede DNA-sekvenser og spaltes af 5'-3'-nukleaseaktiviteten i Z05 DNApolymerasen samtidig med forløbet af amplifikationen. Når rapport- og quencher-farvestofferne adskilles ved denne spaltning, afmaskeres rapportfarvestoffets fluorescensaktivitet. For hver PCR-cyklus genereres øgede mængder af spaltede prober, og det samlede signal fra rapportfarvestoffet forøges tilsvarende. Der opnås real-time detektion af PCR-produkter ved at måle fluorescensen i de frigivne rapportfarvestoffer, der repræsenterer virustargets og den interne kontrol uafhængigt af hinanden. Automatiseret dataadministration ved hjælp af PDM Brugeren kan gennemse og rapportere resultater med Roche PDM Data Manager. Roche PDM Data Manager tilknytter testresultater til alle test som ikke-reaktive, reaktive eller ugyldige. Ud over at hente og undersøge PCR-resultater giver Roche PDM-softwaren brugeren mulighed for at udskrive rapporter, søge efter resultater, godkende donorresultater og eventuelt overføre resultater til LIS. MATERIALER LEVERET AF ROCHE Der kræves tre kit, som medfølger, til detektion af HIV-1 (gruppe M og O), HIV-2, HCV RNA og HBV DNA i plasmaprøver: 1) cobas TaqScreen MPX-test, 2) cobas TaqScreen MPX-kontrolkit og 3) cobas TaqScreenvaskereagens. Der kan rekvireres leverandørbrugsanvisninger (MSDS) hos Roche. cobas TaqScreen MPX Test (P/N: ) MPX CS1 (MPX-reagenskassette med magnetiske glaspartikler) MPX CS2 (MPX-lysisreagenskassette) MPX CS3 (MPX-multireagenskassette) MPX CS4 (MPX-testspecifik reagenskassette) cobas TaqScreen MPX Control Kit cobas TaqScreen MPX-kontrolkit (P/N: ) HIV-1 M (+) C (HIV-1 M-positiv kontrol) HIV-1 O (+) C (HIV-1 O-positiv kontrol) HIV-2 (+) C (HIV-2-positiv kontrol) HCV (+) C (HCV-positiv kontrol) HBV (+) C (HBV-positiv kontrol) MPX MPX CTL 96 test 6 sæt TS ( ) C [cobas TaqScreen negativ kontrol (humant plasma)] DA 4 Doc Rev. 6.0

5 cobas TaqScreen Wash Reagent cobas TaqScreen-vaskereagens (P/N: ) TS WR (cobas TaqScreen-vaskereagens) TS WR 5,1 l Bemærk! Til detektion af HIV-1 Group M RNA, HIV-1 Group O RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA i prøver fra afdøde skal følgende kit anvendes ud over ovennævnte kit: cobas TaqScreen-prøvediluent fra afdøde. cobas TaqScreen Cadaveric Specimen Diluent Kit cobas TaqScreen-prøvediluentkit fra afdøde (P/N: ) CADV SPEC DIL (cobas TaqScreen-prøvediluent fra afdøde) CADV SPEC DIL 96 test ANDRE NØDVENDIGE MATERIALER, DER SÆLGES SEPARAT (KAN KØBES HOS ROCHE) Denne test skal køre på cobas s 201-systemet. cobas s 201-systemet skal installeres og anvendes som en komplet systemkonfiguration. Individuelle cobas s 201-systemkomponenter kan ikke bruges som enkeltstående enheder, og de øvrige komponenter må heller ikke erstattes. cobas s 201-systemet anvender nedenstående komponenter. Instrument og software til cobas s 201-systemet Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor, Pooling Manager-arbejdsstation og -software COBAS AmpliPrep-instrument COBAS TaqMan -analyseinstrument AMPLILINK-datastation og -software Roche PDM Data Manager-server, Data Manager-arbejdsstation og -software Racks og forbrugsartikler COBAS AmpliPrep-prøveracks (SK24) (P/N: ) COBAS AmpliPrep SPU-racks (P/N: ) COBAS AmpliPrep-reagensracks (P/N: ) SPU'er (Sample Processing Units): (P/N: ) S-tubes (Sample Input Tubes) med barkodeclips (P/N: ) Racks med K-tips (P/N: ) K-tubes, æske med 12 x 96 (P/N: ) COBAS TaqMan K-carrier (P/N: ) CO-RE-spidser med høj kapacitet (1000 μl), filter (P/N: ) Dybbrøndsplader med barkodemærkater (P/N: ) Forsegling til dybbrøndsplader (P/N: ) Prøve-carrier til 24 testrør (P/N: ) Prøve-carrier til 32 testrør (P/N: ) Tip-carrier (P/N: ) Dybbrøndsplade-carrier (P/N: ) SK24-rack-carrier (P/N: ) Hamilton-desinfektionsspraykit (P/N: ) Hamilton MICROLAB -detergentkit (P/N: ) Beskyttelseshandsker, uden talkum DA 5 Doc Rev. 6.0

6 REAGENSER cobas TaqScreen MPX Test (P/N: ) MPX CS1 MGP (magnetiske glaspartikler) Magnetiske glaspartikler 93 % isopropanol Xi 93 % (w/w) isopropanol MPX 96 test 2 x 48 test 2 x 7,0 ml Lokalirriterende F 93 % (w/w) isopropanol Meget brandfarlig MPX CS2 LYS (lysisreagens) Natriumcitratdihydrat 42,5 % guanidinthiocyanat < 14 % polydocanol 0,9 % dithiothreitol Xn 42,5 % (w/w) guanidinthiocyanat 2 x 48 test 2 x 78 ml Sundhedsskadelig MPX CS3 Pase (proteinaseopløsning) TRIS-buffer < 0,05 % EDTA Kalciumklorid Kalciumacetat 7,8 % proteinase Glycerol Xn 7,8 % (w/w) proteinase 2 x 48 test 2 x 3,8 ml Sundhedsskadelig EB (elueringsbuffer) TRIS-buffer 0,2 % methylparaben, konserveringsmiddel 2 x 7,0 ml DA 6 Doc Rev. 6.0

7 MPX CS4 MPX MMX-R1 (MPX Master Mix-reagens 1) Trisbuffer Kaliumacetat Glycerol Manganacetat Betain 0,08 % natriumazid MPX MMX-R2 (MPX Master Mix-reagens 2) Tricinbuffer Kaliumklorid Kaliumhydroxid < 21 % dimethylsulfoxid Glycerol EDTA Tween 20 Igepal CA630 < 0,09 % datp, dgtp, dctp, dutp, dttp < 0,01 % upstream- og downstream-primere, HIV-1 gruppe M, HIV-1 gruppe O, HIV-2, HCV, HBV < 0,01 % fluorescensmærkede prober, HIV-1, HIV-2, HCV, HBV < 0,01 % fluorescensmærket probe til intern kontrol < 0,01 % oligonukleotid aptamer < 0,07 % Z05 DNA-polymerase (mikrobiel) < 0,4 % AmpErase (uracil-n-glycosylase)-enzym (mikrobielt) 0,08 % natriumazid MPX IC (MPX-intern kontrol) TRIS-buffer 0,002 % Poly ra RNA (syntetisk) EDTA 0,05 % natriumazid < 0,001 % ikke-smitsomt syntetisk intern kontrol RNA, indkapslet i MS2-bakteriofag proteinkappe 2 x 48 test 2 x 3,0 ml 2 x 2,5 ml 2 x 15 ml cobas TaqScreen MPX Control Kit cobas TaqScreen MPX-kontrolkit (P/N: ) MPX CTL 6 sæt HIV-1 M (+) C (HIV-1 M, positiv kontrol) < 0,001 % ikke-smitsomt syntetisk HIV-1 gruppe M RNA, indkapslet i MS2-bakteriofag proteinkappe Negativt humant plasma, ikke-reaktivt med test til antistoffer mod HCV, antistoffer mod HIV-1/2 og HBsAg; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA kan ikke detekteres ved hjælp af PCR-metoder 0,1 % ProClin 300, konserveringsmiddel Xi (3:1) blanding af 5-chlor-2-methyl-2H-isothiazol-3-on og 2-methyl-2H-isothiazol-3-on 6 x 1,6 ml Lokalirriterende R36/38: Irriterer øjnene og huden. R43: Kan give overfølsomhed ved kontakt med huden DA 7 Doc Rev. 6.0

8 HIV-1 O (+) C (HIV-1 O, positiv kontrol) < 0,001 % ikke-smitsomt syntetisk HIV-1 gruppe O RNA, indkapslet i MS2-bakteriofag proteinkappe Negativt humant plasma, ikke-reaktivt med test til antistoffer mod HCV, antistoffer mod HIV-1/2 og HBsAg; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA kan ikke detekteres ved hjælp af PCR-metoder 0,1 % ProClin 300, konserveringsmiddel Xi (3:1) blanding af 5-chlor-2-methyl-2H-isothiazol-3-on og 2-methyl-2H-isothiazol-3-on 6 x 1,6 ml Lokalirriterende R36/38: Irriterer øjnene og huden. R43: Kan give overfølsomhed ved kontakt med huden. HIV-2 (+) C (HIV-2, positiv kontrol) < 0,001 % ikke-smitsomt syntetisk HIV-2 RNA, indkapslet i MS2-bakteriofag proteinkappe Negativt humant plasma, ikke-reaktivt med test til antistoffer mod HCV, antistoffer mod HIV-1/2 og HBsAg; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA kan ikke detekteres ved hjælp af PCR-metoder 0,1 % ProClin 300, konserveringsmiddel Xi (3:1) blanding af 5-chlor-2-methyl-2H-isothiazol-3-on og 2-methyl-2H-isothiazol-3-on 6 x 1,6 ml Lokalirriterende R36/38: Irriterer øjnene og huden. R43: Kan give overfølsomhed ved kontakt med huden. HCV (+) C (HCV, positiv kontrol) < 0,001 % ikke-smitsomt syntetisk HCV RNA, indkapslet i MS2-bakteriofag proteinkappe Negativt humant plasma, ikke-reaktivt med test til antistoffer mod HCV, antistoffer mod HIV-1/2 og HBsAg; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA kan ikke detekteres ved hjælp af PCR-metoder 0,1 % ProClin 300, konserveringsmiddel Xi (3:1) blanding af 5-chlor-2-methyl-2H-isothiazol-3-on og 2-methyl-2H-isothiazol-3-on 6 x 1,6 ml Lokalirriterende R36/38: Irriterer øjnene og huden. R43: Kan give overfølsomhed ved kontakt med huden. HBV (+) C (HBV, positiv kontrol) 0,001 % ikke-smitsomt syntetisk HBV DNA, indkapslet i Lambda-bakteriofag proteinkappe Negativt humant plasma, ikke-reaktivt med test til antistoffer mod HCV, antistoffer mod HIV-1/2 og HBsAg; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA kan ikke detekteres ved hjælp af PCR-metoder 0,1 % ProClin 300, konserveringsmiddel Xi (3:1) blanding af 5-chlor-2-methyl-2H-isothiazol-3-on og 2-methyl-2H-isothiazol-3-on 6 x 1,6 ml Lokalirriterende R36/38: Irriterer øjnene og huden. R43: Kan give overfølsomhed ved kontakt med huden DA 8 Doc Rev. 6.0

9 TS ( ) C [cobas TaqScreen negativ kontrol (humant plasma)] Negativt humant plasma, ikke-reaktivt med test til antistoffer mod HCV, antistoffer mod HIV-1/2 og HBsAg; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA og HBV DNA kan ikke detekteres ved hjælp af PCR-metoder 0,1 % ProClin 300, konserveringsmiddel Xi (3:1) blanding af 5-chlor-2-methyl-2H-isothiazol-3-on og 2-methyl-2H-isothiazol-3-on 6 x 1,6 ml Lokalirriterende R36/38: Irriterer øjnene og huden. R43: Kan give overfølsomhed ved kontakt med huden. cobas TaqScreen Wash Reagent cobas TaqScreen-vaskereagens (P/N: ) TS WR (cobas TaqScreen-vaskereagens) Natriumcitratdihydrat 0,1 % methylparaben, konserveringsmiddel TS WR 5,1 l cobas TaqScreen Cadaveric Specimen Diluent Kit cobas TaqScreen-prøvediluentkit fra afdøde (P/N: ) CADV SPEC DIL (cobas TaqScreen-prøvediluent fra afdøde) EDTA CADV SPEC DIL 96 test 4 x 100 ml KRAV TIL OPBEVARING OG HÅNDTERING A. Stuetemperatur er defineret som C. B. Reagenser og kontroller må ikke nedfryses. C. Opbevar MPX CS1, MPX CS2, MPX CS3 og MPX CS4 ved 2-8 C. Uåbnet kan disse reagenser holde sig til den angivne udløbsdato. D. Disse reagenser kan i åbnet tilstand holde sig i 30 dage ved 2-8 C eller indtil udløbsdatoen, afhængigt af hvad der indtræder først. E. Reagenser kan anvendes til op til 6 instrumentkørsler og op til maksimalt 40 timer i alt på COBAS AmpliPrep-instrumentet. Reagenser skal opbevares ved 2-8 C mellem brug. AMPLILINK-softwaren overvåger det samlede antal timer for reagenskassetterne på COBAS AmpliPrep-instrumentet og forhindrer kassetterne i at blive brugt, når der er blevet brugt 40 timer i alt. F. Reagenser kan holde til i alt 24 timers uafbrudt brug på COBAS AmpliPrep-instrumentet. AMPLILINKsoftwaren overvåger ikke de uafbrudte timer for reagenskassetterne på COBAS AmpliPrep-instrumentet og heller ikke det antal instrumentkørsler, som kassetterne har været brugt til. Det er brugerens ansvar at kassere reagenskassetterne, når der er gået 24 uafbrudte timer eller udført 6 instrumentkørsler. G. Opbevar HIV-1 M (+) C, HIV-1 O (+) C, HIV-2 (+) C, HCV (+) C, HBV (+) C og TS ( ) C ved 2-8 C. Kontrollerne kan holde sig til den angivne udløbsdato. Efter åbning skal ubrugt materiale kasseres. H. Opbevar TS WR ved C. Uåbnet TS WR kan holde sig indtil den angivne udløbsdato. Disse reagenser kan i åbnet tilstand holde sig i 30 dage ved C eller indtil udløbsdatoen, afhængigt af hvad der indtræder først. I. Opbevar CADV SPEC DIL ved C. Diluenten kan holde sig til den angivne udløbsdato. Efter åbning skal alle ubrugte diluenter i beholderen kasseres DA 9 Doc Rev. 6.0

10 FORHOLDSREGLER TIL IN VITRO-DIAGNOSTIK. A. Prøverne kan være smittefarlige. Der skal træffes generelle sikkerhedsforanstaltninger ved udførelse af testen. 29,30 Denne procedure må kun udføres af medarbejdere, der er uddannet i brug af cobas TaqScreen MPX-testen og i håndtering af smittefarligt materiale. Rengør og desinficer alle arbejdsflader i laboratoriet grundigt med en nyfremstillet 0,5 % opløsning af natriumhypoklorit i deioniseret eller destilleret vand (blegemiddel). Tør overfladen efter med 70 % ethanol. B. FORSIGTIG! HIV-1 M (+) C, HIV-1 O (+) C, HIV-2 (+) C, HCV (+) C, HBV (+) C og TS ( ) C indeholder humant plasma, der stammer fra humant blod. Kildematerialet er ved test fundet ikke-reaktivt for tilstedeværelsen af antistoffer mod HIV-1/2, antistoffer mod HCV samt HBsAg. Kildematerialet er desuden testet ved hjælp af cobas TaqScreen MPX-testen. Test af negativt humant plasma ved PCR-metoder påviste ikke forekomst af HIV-1 (gruppe M og O) RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA eller HBV DNA. Ingen kendte testmetoder kan helt udelukke, at produkter, der stammer humant blod, kan overføre smitstoffer. Alt materiale, der stammer fra mennesker, skal betragtes som potentielt smittefarligt og håndteres efter de generelle sikkerhedsforanstaltninger. Hvis der spildes materiale, skal det berørte område straks desinficeres med en nyfremstillet 0,5 % opløsning af natriumhypoklorit (blegemiddel), eller de relevante procedurer for laboratoriet følges. C. Følg de gældende forholdsregler for laboratoriet. Brug ikke mundpipette. Der må ikke spises, drikkes eller ryges i de angivne arbejdsområder. Anvend engangsbeskyttelseshandsker, særligt arbejdstøj og beskyttelsesbriller, ved håndtering af prøver og reagenser. Vask hænderne grundigt efter at have håndteret prøver og testreagenser. D. MPX MMX-R1, MPX MMX-R2 og MPX IC indeholder natriumazid som konserveringsmiddel. Der må ikke anvendes metalrør til overførsel af reagenser. Hvis opløsninger, der indeholder azider, bortskaffes via afløbet, skal de fortyndes og skylles ud med rigelige mængder vand. Disse forholdsregler anbefales for at undgå ophobning af aflejringer i metalrør, der kan medføre risiko for eksplosion. E. Det er påvist, at heparin hæmmer PCR-reaktionen. Brug derfor ikke hepariniseret plasma med denne procedure. F. Det anbefales at bruge sterile engangspipetter og nukleasefri pipettespidser. Der kan forekomme falskpositive resultater, hvis krydskontaminering ikke undgås under håndtering og behandling af prøver. G. Brug kun medfølgende eller nødvendige engangsmaterialer for at sikre testens optimale performance. H. Håndter alle materialer, der indeholder prøver eller kontroller, i overensstemmelse med god laboratoriepraksis for at undgå krydskontaminering af prøver eller kontroller. I. Inspicer alle reagenskassetter, kontrolrør og vaskereagenser før brug for at sikre, at der ikke er tegn på utætheder. Materialet må ikke anvendes til test, hvis der er tegn på utætheder. J. Alt materiale, der har været i kontakt med prøver og reagenser, skal bortskaffes i overensstemmelse med nationale, regionale og lokale bestemmelser. K. Brug ikke cobas TaqScreen MPX-testkit, cobas TaqScreen MPX-kontrolkit, cobas TaqScreenvaskereagens eller cobas TaqScreen-prøvediluentkit fra afdøde efter udløbsdatoen. Reagenser må ikke byttes, blandes eller kombineres med andre kit- eller lotnumre. Reagenser fra forskellige lotnumre må ikke indsættes i COBAS AmpliPrep-instrumentet. L. Der kan rekvireres leverandørbrugsanvisninger (MSDS) hos Roche. M. Undgå kontakt med huden, øjnene og slimhinderne. Ved kontakt skylles straks med store mængder vand. Ellers kan der opstå ætsninger. Hvis disse reagenser spildes, fortyndes med vand, før de tørres op. LYS, der indeholder guanidinthiocyanat, må ikke komme i kontakt med natriumhypoklorit (blegemiddel). Denne blanding kan danne en meget giftig gas. N. Følg de angivne procedurer og retningslinjer nøje, så testen udføres korrekt. Eventuelle afvigelser fra procedurerne og retningslinjerne kan påvirke den optimale performance for testen. O. Brug af kraftigt hæmolyserede prøver fra levende donorer bør undgås. P. Kontaminering med røde blodlegemer i plasmaprøver (> 2,5 %) kan hæmme cobas TaqScreen MPX-testen. Q. Undgå brug af komponenter med ødelagte barkodemærkater i alle testfaser. R. Ved test af prøver fra afdøde donorer klassificeres prøver, der viser en mørkegrøn til lyserød farve, som moderat hæmolyserede, og prøver, der viser en rød til mørkerød eller brun farve, klassificeres som meget hæmolyserede prøver DA 10 Doc Rev. 6.0

11 KONTROL- OG REAGENSFORBEREDELSE A. cobas TaqScreen MPX-kontrolkittet tempereres til stuetemperatur i 30 minutter, inden det indsættes i Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor. cobas TaqScreen MPX-testreagenser skal tempereres i COBAS AmpliPrep-instrumentet 30 minutter før brug. INDSAMLING, OPBEVARING OG POOLING AF PRØVER Bemærk! Håndter alle prøver som smittefarlige stoffer. Prøver fra levende donorer A. Plasmaprøver, der er indsamlet ved hjælp af EDTA, CPD, CPDA1, CP2D, ACDA og 4 % natriumcitrat, kan anvendes med cobas TaqScreen MPX-testen. Følg instruktionerne fra producenten af prøverøret. B. Blod, der er indsamlet i EDTA, kan opbevares i op til 72 timer ved 2-30 C efterfulgt af 48 timer ved 2-8 C før separation af plasma. Ved opbevaring i mere end fem dage skal plasmaet adskilles fra de røde blodlegemer ved centrifugering ved x g i 20 minutter. Plasma kan efter at være fjernet opbevares ved 2-8 C i op til syv dage efterfulgt af op til 30 dage ved -18 C. EDTA-plasma kan højst nedfryses og optøs tre (3) gange ºC EDTA som antikoagulerende middel Temperatur ( o C) ºC Fuldblod Plasma Dage efter prøvetagning C. Blod, der er indsamlet i CPD, CPDA1 eller CP2D, kan opbevares ved 2-30 C i op til 72 timer før separation af plasma. Ved opbevaring i mere end 72 timer skal plasmaet adskilles fra de røde blodlegemer ved centrifugering ved x g i 20 minutter. Plasma kan efter at være fjernet opbevares ved 2-8 C i op til syv dage efterfulgt af op til 30 dage ved -18 C. CPD-, CPDA1- og CP2D-plasma kan højst nedfryses og optøs tre (3) gange. Temperatur ( o C) ºC CPD, CPDA1 eller CPD2D som antikoagulerende middel ºC Fuldblod Plasma Dage efter prøvetagning D. Aferese-plasma i ACDA eller 4 % natriumcitrat som antikoagulerende middel kan opbevares i op til 72 timer efter prøvetagning ved 2-30 C. Aferese-plasma kan opbevares i op til 30 dage ved -18 C DA 11 Doc Rev. 6.0

12 E. Følgende retningslinjer for plasmamængder er baseret på pipettering fra 13 x 100 mm-donorrør af glas eller plast med Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor. De angivne mængder er for plasma over pakkede røde blodlegemer og skal bruges ved kørsel af cobas TaqScreen MPX-testen. Pool-type Mindste plasmamængde Primær pool * 3 ml Gentaget pool 1,5 ml Opløsnings-pool 2 ml * Omfatter oprettelse af dybbrøndsplade (Library Plate) F. Fuldblod må ikke nedfryses. G. Det er påvist, at heparin hæmmer PCR-reaktionen. Det anbefales ikke at bruge hepariniseret plasma. H. Tildækkede dybbrøndsplader kan opbevares ved 2-8 C i op til syv dage efter det tidspunkt, hvor plasmaet blev fjernet fra de røde blodlegemer. De kan også opbevares ved -18 C i op til 7 dage. I. Der er ikke observeret nogen skadelig indvirkning på testens performance ved nedfrysning/optøning af plasmaprøver tre gange. J. Poolede eller individuelle donorprøver tempereres til stuetemperatur før brug. K. Brugeren skal validere andre indsamlings- og opbevaringsbetingelser. Hvis prøverne skal forsendes, skal de pakkes og mærkes i overensstemmelse med de gældende nationale og internationale bestemmelser for transport af prøver og ætiologiske stoffer. 31 L. Der kan forekomme falsk-positive resultater, hvis krydskontaminering ikke kontrolleres tilstrækkeligt under håndtering og behandling af prøver. Prøver fra afdøde A. Ved test af prøver fra afdøde donorer klassificeres prøver, der viser en mørkegrøn til lyserød farve, som moderat hæmolyserede, og prøver, der viser en rød til mørkerød eller brun farve, klassificeres som meget hæmolyserede prøver. B. Blodprøver fra afdøde, der er indsamlet i EDTA-antikoagulationsrør eller i serumrør, kan bruges sammen med cobas TaqScreen MPX-testen. Følg instruktionerne fra producenten af prøverøret. Prøvens stabilitet påvirkes af forhøjede temperaturer. C. Blod, der er indsamlet i EDTA, kan opbevares i op til 24 timer ved 2-30 C efterfulgt af 24 timer ved 2-25 C før separation af plasma. Ved opbevaring i mere end to dage skal plasmaet adskilles fra de røde blodlegemer ved centrifugering ved x g i 20 minutter. Plasma kan efter at være fjernet opbevares ved 2-8 C i yderligere otte dage. Plasma kan også opbevares ved -18 C i op til 30 dage. EDTA-plasma kan nedfryses og optøs maksimalt tre (3) gange. Temperatur ( C) C 25 C Prøver fra afdøde med EDTA som antikoagulerende middel Fuldblod 2 8 C Plasma Dage efter prøvetagning DA 12 Doc Rev. 6.0

13 D. Blod, der er indsamlet som serum, kan opbevares i op til 24 timer ved 2-30 C efterfulgt af 24 timer ved 2-25 C før centrifugering. Ved opbevaring i mere end to dage skal serum adskilles fra proppen ved centrifugering ved x g i 20 minutter. Serumprøver kan efter at være fjernet opbevares ved 2-8 C i yderligere tre dage. Serum, der er blevet fjernet fra proppen, kan også opbevares ved -18 C i op til 15 dage. Serumprøver fra afdøde kan højst nedfryses og optøs tre (3) gange. Temperatur ( C) C 25 C Fuldblod 2 8 C Serum Serum fra afdøde Dage efter prøvetagning E. Prøver fra afdøde, der er fortyndet 1:5 i cobas TaqScreen-prøvediluent fra afdøde, kan opbevares i op til 1 dag ved 2-8 C og efter opblanding (ved at pipettere op og ned fire (4) gange i hvert rør) og kan testes med cobas TaqScreen MPX-testen. F. Hvis prøverne skal forsendes, skal de pakkes og mærkes i overensstemmelse med de gældende nationale og internationale bestemmelser for transport af prøver og ætiologiske stoffer. 31 G. Der kan forekomme falsk-positive resultater, hvis krydskontaminering ikke kontrolleres tilstrækkeligt under håndtering og behandling af prøver. POOLING OG PIPETTERING AF PRØVER A. cobas s 201-systemet benytter Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor til al pipettering og pooling. Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor foretager barkodescanning og poolinghandlinger fra lige store afmålte mængder af prøve til fremstilling af pools. B. Hvis der påvises reaktive pools med cobas TaqScreen MPX-testen, anvendes Hamilton MICROLAB STAR IVD Pipettor til at pipettere de enkelte prøver fra dybbrøndsplader eller oprindelige prøverør til opløsningstest. C. Hvis der påvises reaktive pools med cobas TaqScreen MPX-testen ved brug af plasma, bruges Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor til at pipettere de individuelle prøver enten ved hjælp af 2D-pooling- eller bekræftelsespoolingprocedurer (se brugerhåndbogen til cobas s 201-systemet) DA 13 Doc Rev. 6.0

14 PROCEDUREBEMÆRKNINGER A. Udstyr 1. Klargør cobas s 201-systemet til brug i overensstemmelse med instruktionerne i brugerhåndbogen til cobas s 201-systemet. 2. Udfør de anbefalede vedligeholdelsesprocedurer på instrumenterne for at sikre, at alt fungerer korrekt. B. Reagenser 1. cobas TaqScreen MPX-testen skal tempereres 30 minutter i COBAS AmpliPrep-instrumentet før brug. cobas TaqScreen MPX-kontrolkittet og cobas TaqScreen-vaskereagens skal have opnået stuetemperatur før brug. Se afsnittet Krav til opbevaring og håndtering for at få oplysninger om opbevaringsbetingelser for reagenser. 2. Hvert cobas TaqScreen MPX-testkit indeholder nok materiale til udførelse af 96 test i alt, som anbefales til kørsel i batches med op til 24 test pr. SK24-rack. Der skal behandles én bestemmelse af den negative kontrol og én bestemmelse af hver positiv kontrol for hver batch eller SK24- rack. Kontrollerne behandles på samme måde som ved test af prøver fra levende donorer og afdøde med cobas TaqScreen MPX-testen. 3. Hvert cobas TaqScreen-prøvediluentkit fra afdøde indeholder nok materiale til udførelse af 96 test i alt, som anbefales til kørsel i batches med op til 24 test pr. SK24-rack. Der skal behandles én bestemmelse af den negative kontrol og én bestemmelse af hver positiv kontrol for hver batch eller SK24-rack. Kontrollerne behandles på samme måde som ved test af prøver fra levende donorer og afdøde med cobas TaqScreen MPX-testen. 4. Alle kontroller er kun til engangsbrug. 5. Systemet forhindrer brug af reagenser fra forskellige lotnumre, reagenser, der har overskredet den tilladte tid på instrumenterne, udløbne reagenser eller blandede kassetter fra et sæt af fire kassetter, der tidligere er brugt på systemet. Reagenser fra forskellige lotnumre må ikke indsættes i COBAS AmpliPrep-instrumentet. C. Prøvebehandling 1. Undgå at kontaminere handsker ved håndtering af prøver og kontroller. 2. Der skal udvises forsigtighed for at undgå kontaminering af prøver og TS ( )-kontrol med positive kontroller. D. Diskriminatorisk test 1. Levende donorer: Før der udføres diskriminatorisk test, skal prøven være identificeret i en gyldig pool og have gyldige individuelle resultater med cobas TaqScreen MPX-testen. Den individuelle reaktive prøve kan køres ved hjælp af diskriminatoriske test med COBAS AmpliScreen HBV-testen, COBAS AmpliScreen HCV-testen, v2.0 og COBAS AmpliScreen HIV-1-testen, v1.5. Se pakningsindlægget til COBAS AmpliScreen HBV-testen, pakningsindlægget til COBAS AmpliScreen HCV-testen, v2.0 og pakningsindlægget til COBAS AmpliScreen HIV-1-testen, v1.5 for at få oplysninger om procedurerne for diskriminatoriske test. Det kan være nødvendigt med yderligere test for at diskriminere HIV-1 gruppe O og HIV-2. Roche leverer ikke diskriminatoriske test for HIV-1 gruppe O og HIV Afdøde donorer: Der kan køres en individuel reaktiv prøve fra afdøde ved hjælp af diskriminatoriske test med COBAS AmpliScreen HBV-testen, COBAS AmpliScreen HCV-testen, v2.0 og COBAS AmpliScreen HIV-1-testen, v1.5. Se proceduren for test af prøver fra afdøde i pakningsindlægget til COBAS AmpliScreen HBV-testen, pakningsindlægget til COBAS AmpliScreen HCV-testen, v2.0 og pakningsindlægget til COBAS AmpliScreen HIV-1-testen, v1.5 for disse diskriminatoriske test DA 14 Doc Rev. 6.0

15 BRUGSANVISNING cobas s 201-systemet omfatter fire hovedprocesser: Prøve- og kontrolpipettering med Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor, prøveforberedelse på COBAS AmpliPrep-instrumentet med cobas TaqScreen MPX-testen, amplifikation/detektion på COBAS TaqMan -analyseinstrumentet og dataadministration. Hvert cobas TaqScreen MPX-testkit indeholder otte kassetter: to MPX CS1-kassetter med magnetiske glaspartikler, to MPX CS2-kassetter med lysisreagens, to MPX CS3-kassetter med proteinase og elueringsbuffer samt to MPX CS4-kassetter med IC, MMX-reagens 1 og MMX-reagens 2. Dette testkit skal bruges sammen med cobas TaqScreen MPX-kontrolkittet og cobas TaqScreen-vaskereagens og til behandling af prøver med cobas TaqScreen-prøvediluentkit fra afdøde. Bemærk! Kassetterne må ikke åbnes. Bemærk! Reagenser fra forskellige lotnumre eller fra forskellige flasker med det samme lotnummer må ikke blandes. Bemærk! Reagenser (herunder kassetter) fra forskellige kit må ikke blandes. Bemærk! Reagenser fra forskellige lotnumre må ikke indsættes i COBAS AmpliPrep-instrumentet. Bemærk! Kontrolrør må ikke adskilles fra adapterne. Udfør alle nødvendige vedligeholdelsesprocedurer som angivet i brugerhåndbogen til cobas s 201-systemet. Se brugerhåndbogen til cobas s 201-systemet for at få en detaljeret brugsanvisning. A. Pipettering af kontroller og prøver med Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor Bemærk! Undgå at kontaminere handsker ved forberedelse af prøver og kontroller. Bemærk! Bland kontrollerne ved at vende dem forsigtigt tre gange, så der ikke dannes bobler. Bemærk! Ved test af prøver fra afdøde er brugen af dybbrøndspladen deaktiveret på det tidspunkt, hvor cobas s 201-systemet installeres. 1. Udfør opstartsprocedurer på Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor, og start derefter guiden Roche PDM Pooling Wizard ved at følge instruktionerne på skærmen. 2. Udvis forsigtighed for at undgå beskadigelse af id-barkoden på prøverør og kontrolrøradaptere. I tilfælde af skader kan systemet ikke genkende prøverne eller kontrollerne. 3. Fjern lågene fra kontrolrørene, og indsæt prøver, forbrugsartikler og kontroller med Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor. Når prøver, forbrugsartikler og kontroller er indsat, overfører instrumentet kontrollerne og prøverne til S-tubes. 4. Til individuelle prøver fra afdøde pipetteres 2000 μl CADV SPEC DIL i relevant mærkede rør på 13x100 mm, og der tilsættes 500 μl fra en prøve fra afdøde i hvert rør. Bland hver af prøverne ved at pipettere op og ned fire (4) gange. Indsæt derefter de fortyndede prøver fra afdøde, forbrugsartikler og kontroller i Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor. Når de fortyndede prøver fra afdøde, forbrugsartikler og kontroller er indsat, overfører instrumentet kontrollerne og de fortyndede prøver til S-tubes. Fortyndede prøver fra afdøde og MPX-kontroller er stabile i op til 6 timer i de åbne rør. 5. Gennemse alarmmeddelelser, og udskriv pooling-rapporter, når pipetteringen er fuldført. Inspicer pools og dybbrøndspladebrønde. Hvis der observeres kontaminering med røde blodlegemer eller inkonsistente prøvemængder, erklæres pools og/eller brønde ugyldige. 6. Sæt låg på S-tubes, og overfør SK24-rackene til COBAS AmpliPrep-instrumentet for ekstrahering af nukleinsyrer. Når alle virustargets og kontroller er overført til S-tubes, kan de holde sig i 6 timer i S-tuben. 7. Sæt låg på dybbrøndspladerne, og opbevar dem (hvis der blev oprettet prøver under pipetteringskørslen). Alle virustargets kan holde sig i dybbrøndspladerne i 7 dage ved 2-8 C eller i 7 dage ved -18 C. 8. Fjern og opbevar donorrørene. Se afsnittet "Indsamling, opbevaring og pooling af prøver" for at få oplysninger om betingelser for opbevaring. 9. Fjern og bortskaf kontrolrørene (kontrolrør er kun til engangsbrug) DA 15 Doc Rev. 6.0

16 B. Forberedelse og indsættelse af cobas TaqScreen MPX-testreagenser Bemærk! Udvis forsigtighed for at undgå beskadigelse af kassettemærkaterne. Barkodelæseren på COBAS AmpliPrep-instrumentet aflæser automatisk barkodemærkaten på hver kassette, når der indsættes reagensracks i instrumentet. 1. Reagenser skal tempereres i 30 minutter i COBAS AmpliPrep-instrumentet, før første prøve behandles. Der kræves ikke yderligere reagensforberedelse. 2. Før start skal der indsættes et tilstrækkeligt antal af alle kassetter for at gøre plads til det samlede antal prøver, der behandles under uafbrudt kørsel på COBAS AmpliPrep-instrumentet. Hver kassette indeholder nok reagens til 48 test. Se brugerhåndbogen til cobas s 201-systemet for at få oplysninger om indsættelse af reagens ved uafbrudt kørsel. 3. Anbring MPX CS1-kassetten i et reagensrack, og kontroller, at kassettens barkode er ud for rackbarkoden på højre side af racket. MPX CS1-kassetter skal indsættes sammen på et separat reagensrack, adskilt fra de andre kassetter. 4. Indsæt reagensracket med MPX CS1 i rackposition A, skub stopstiften op på COBAS AmpliPrepinstrumentet, og vent derefter på, at lysdioden på reagensracket bliver grøn, før du skubber racket på plads i instrumentet. Reagenser fra forskellige lotnumre må ikke indsættes i instrumentet. 5. Anbring ét sæt med MPX CS2-, MPX CS3- og MPX CS4-kassetter for hver MPX CS1- kassette i reagensrack, og kontroller, at kassettens barkode er ud for rackbarkoden på højre side af racket. 6. Indsæt reagensracket/reagensrackene i rackposition B, C, D eller E, skub stopstiften op på COBAS AmpliPrep-instrumentet, og vent derefter på, at lysdioden på reagensracket bliver grøn, før du skubber racket på plads i instrumentet. 7. Lysdioder på COBAS AmpliPrep-instrumentets statuslinje lyser grønt, når alle nødvendige kitkomponenter er indsat og genkendt af systemet. C. Ekstrahering af nukleinsyrer fra pipetterede prøver og kontroller Bemærk! Udfør følgende trin på en ren bordoverflade. 1. Fjern emballagen fra SPU'en (Sample Processing Unit) uden at fjerne tapen og plastikdækslet. 2. Indsæt SPU'en på niveau med højre side af SPU-racket, så den store tap på SPU-racket vender ind mod brugeren. 3. Fjern tapen og plastikdækslet fra de SPU'er, der er indsat i racket. Sørg for, at alle SPU'er er trykket ned, på niveau og helt indsat i racket. Forhøjede SPU'er kan medføre fejl på instrumentet. Undgå at trykke på S-tippen i SPU'en. 4. Skub de isatte SPU-racks ind på SPU-position J, K eller L i COBAS AmpliPrep-instrumentet, indtil racket er helt indsat og er genkendt. Instrumentet har plads til op til 72 SPU'er ad gangen. Indsæt det antal SPU'er, der skal bruges til kørslen, eller indsæt flere efter behov. 5. Fjern cellofanindpakningen fra de af producenten fyldte K-tube- og K-tip-racks, og undgå at vippe rackene. Kontroller, at de er anbragt korrekt. 6. Skub mindst det påkrævede antal K-tube- og K-tip-racks ind på COBAS AmpliPrepinstrumentpositionerne M, N, O eller P. 7. Opret ordrer på arbejdsstationen ved hjælp af AMPLILINK-softwaren. 8. Indsæt SK24-racks med prøver, der er pipetteret med Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipettor, og kontroller i positionerne F, G eller H på COBAS AmpliPrep Instrument Positions F, G eller H. AmpliPrep-instrumentet. Skub rackene ind, indtil de låses fast. Kontroller statusvinduet Sample for at kontrollere, at alle prøver på rackene blev genkendt af systemet. 9. Kontroller AMPLILINK-softwaren for at kontrollere, at der er indsat tilstrækkelige reagenser og forbrugsartikler til den ønskede prøveforberedelse DA 16 Doc Rev. 6.0

17 10. Tryk på Start på den arbejdsstation, hvor AMPLILINK-softwaren er installeret, for at starte prøveforberedelsesproceduren på COBAS AmpliPrep-instrumentet. 11. Eventuelle ubrugte K-tips og K-tubes forbliver låst på COBAS AmpliPrep-instrumentet til brug i næste kørsel. D. Amplifikation og detektion 1. Overfør SK24-racket med behandlede prøver til COBAS TaqMan -analyseinstrumentet. COBAS TaqMan -analyseinstrumentet starter automatisk amplifikation og detektion. Kørslen på COBAS TaqMan -analyseinstrumentet skal påbegyndes inden 1 time efter fuldførelsen af prøveforberedelse på det pågældende SK24-rack. Resultater fra SK24-racks, der ikke overføres inden 1 time, er ugyldige, med undtagelse af reaktive resultater i en gyldig batch, som rapporteres som reaktive. 2. Når amplifikationen og detektionen er udført på COBAS TaqMan -analyseinstrumentet, bortskaffes de analyserede prøver automatisk i affaldsbeholderen. 3. Accepter resultaterne på den arbejdsstation, hvor AMPLILINK-softwaren er installeret. 4. Resultaterne overføres automatisk til PDM-softwaren. E. Gennemsyn og frigivelse af resultater 1. Start Roche PDM-arbejdsstationen. 2. Hent Unevaluated Batches på fanen "Review Batches" på Data Manager-arbejdsstationen. 3. Gennemse alarmmeddelelserne ved at markere en batch og derefter klikke på "Next". 4. Gennemse kontrolresultaterne på fanen "Controls Review". Se afsnittet Kvalitetskontrol for at få oplysninger om kriterier for kontrolvalideringen. 5. Gennemse pool-resultatet på fanen "Alarms Review" for den valgte batch. Ikke-reaktive pools kan erklæres ugyldige af brugeren manuelt, hvis det er nødvendigt. Donorprøver i en ugyldig pool skal testes igen. 6. Gennemse og frigiv donorer på fanen "Donor Review" for den valgte batch. 7. Udskriv rapporter, og send dem til LIS (Laboratory Information System), hvis det er relevant. KVALITETSKONTROL 1. Der skal analyseres én negativ kontrol [TS ( ) C], og der skal behandles én af hver af de fem positive kontroller [HIV-1 M (+) C, HIV-1 O (+) C, HIV-2 (+) C, HCV (+) C og HBV (+) C] for hver batch. 2. Batchstatus: En batchstatus tildeles "Complete, Valid", når kontrollerne i batchen er gyldige. Hvis en vilkårlig kontrol i en batch er ugyldig, er hele batchen ugyldig. Resultater erklæres automatisk ugyldige, hvis PDM-softwaren registrerer kontrolfejl. a. Negativ kontrol Hvis den negative kontrol [TS ( ) C] skal erklæres gyldig, skal det fortolkede resultat være ikke-reaktivt, og den tilknyttede interne kontrol skal være gyldig. Hvis den interne kontrol er ugyldig, er det fortolkede resultat for den negative kontrol ugyldigt. Hvis det fortolkede resultat for den negative kontrol er ugyldigt, er hele batchen ugyldig og skal køres igen. b. Positive kontroller Hvis de 5 positive kontroller (HIV-1 M (+) C, HIV-1 O (+) C, HIV-2 (+) C, HCV (+) C og HBV (+) C) skal erklæres gyldige, skal det fortolkede resultat for hver positiv kontrol være reaktivt, og den tilknyttede interne kontrol skal være gyldig. Hvis den interne kontrol er ugyldig, er det fortolkede resultat for den positive kontrol ugyldigt. Hvis det fortolkede resultat for en vilkårlig positiv kontrol er ugyldigt, er hele batchen ugyldig og skal køres igen DA 17 Doc Rev. 6.0