DTU Veterinærinstituttet Projekter Life Science Studerende 2012-13
Velkommen til DTU Veterinærinstituttet Som Life Science studerende har du en oplagt mulighed for at skrive speciale, bachelor eller fagprojekt ved DTU Veterinærinstituttet. Vi forsker i infektiøse sygdomme hos dyr og ligger på Bülowsvej på Frederiksberg samt på forskningsøen Lindholm ved det sydsjællandske. Her i kataloget kan du se nogle af de forslag til projekter, som forskerne ved DTU Veterinærinstituttet har. Ved hvert forslag står, hvem du kan kontakte, hvis du vil høre mere. Forskerne tager også meget gerne en snak, hvis du selv har forslag til et projekt. DTU Veterinærinstituttet forsker i infektiøse sygdomme hos dyr som svin, kvæg, fisk og vildt - og dækker alt fra undersøgelser af basale molekylære sygdomsmekanismer til udvikling af vacciner, behandling og diagnostik. Vores forskningsaktiviteter koncentrerer sig inden for fire indsatsområder: Virologi, med fokus på alvorlige virusinfektioner, herunder virusinfektioner der smitter fra dyr til mennesker (zoonoser). Immunologi og vaccinologi, herunder udvikling og optimering af nye vacciner og andre biologiske produkter. Epidemiologi, herunder sygdomsmodellering og klimabetingede ændringer i sygdomsudbredelse. Bakteriologi, patologi og parastiologi, med fokus på fiskebakteriologi, ikke-fødevarebårne bakterielle zoonoser og aktiviteter med henblik på at reducere antibiotikaforbruget. Herudover metoder til karakterisering af multibakterielle samfund. Veterinærinstituttet samarbejder selvfølgelig tæt med DTU s øvrige institutter - blandt andet inden for bioinformatik, molekylærbiologi, matematisk modellering, nantoteknologi og kemisk procesoptimering. Sammen har vi bl.a. etableret platforme til understøttelse af forskningen inden for eksempelvis proteinkemi, mikroskopi og sekventering. Vi går meget op i at have adgang til det nyeste og mest effektive udstyr, da det er vores erfaring, at det er med til at drive forskningen fremad. Instituttet har også opbygget et stort internationalt netværk med forskere i hele verden og har indgået aftaler om fælles forsknings- og udviklingsprojekter med en række af verdens førende laboratorier og universiteter. Vores 220 medarbejdere rådgiver desuden myndighederne, har ansvaret for en stor del af det danske veterinære beredskab, udfører diagnostik, underviser og samarbejder med erhvervslivet. Vi har ligeledes flere nationale og internationale referencelaboratorier. Der er således rig mulighed for at få fingrene i lige præcis den disicplin, som du har drømt om under studierne, mens du også får indsigt i de nyeste metoder og udstyr. Og du har ikke mindst chancen for at frembringe resultater, som får praktisk betydning for landbrug, dyrevelfærd, økonomi og sundhed hos mennesker og dyr. Så skriv dit projekt hos os og få endnu et institut på eksamensbeviset - samtidig med at du får udvidet dit værdifulde netværk. Vi glæder os til at høre fra dig, Kristian Møller, institutdirektør 2
Populært at skrive projekt ved DTU Veterinærinstituttet Flere og flere studerende fra både DTU og KU vælger at skrive speciale, bachelor- eller fagprojekt ved DTU Veterinærinstituttet, og det glæder både de studerende og vejlederne. Eksempelvis har godt 20 specialestuderende haft deres gang i DTU Veterinærinstituttets laboratorier og stalde I studieåret 2011-2012. Vi er meget glade for, at flere og flere vælger DTU Veterinærinstituttet, når de skal skrive projekt, for vi sætter stor pris på de studerende - både fordi de er et ungt, friskt pust, og fordi de bidrager med vigtig forskning på det veterinære område, siger professor i innat immunologi Peter Heegaard, der vejleder specialestuderende. Også seniorforsker i parasitologi Heidi Enemark glæder sig over at de studerende har fået øjnene op for mulighederne på Veterinærinstituttet. Hos os kan man skrive speciale om mange forskellige infektiøse sygdomme inklusiv zoonoser. Projekterne vil kunne involvere eksperimentelle infektioner i dyremodeller, diverse laboratoriemetoder eller analyse af epidemiologiske data det er næsten kun fantasien, der sætter grænsen, siger hun. På DTU Veterinærinstituttet har de studerende eksempelvis kastet sig over projekter som Subtyping of avian influenza A virus by Fluidigm technology Prevalence of gastrointestinal nematodes and anthelmintic resistance in gastrointestinal nematodes of goats in Denmark Characterization of cellular interactions during in vitro assays for cell mediated immunity in cattle vaccinated against Mycobacterium paratuberculosis Kloning og karakterisering af bovine integriner Karakterisering af immunrelateret genekspression i slagtesvin med akut ledbetændelse forårsaget af infektion med Mycoplasma hyosynoviae Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus (PRRSV) in Oral Fluid 3
Nicoline fangede fugleinfluenzaen på chippen Nicoline Andersen arbejdede på en hurtigere og bedre metode til at diagnosticere fugleinfluenza i sit bachelorprojekt ved DTU Veterinærinstituttet. Når hendes metode er færdigudviklet, kan den indgå i Danmarks veterinære beredskab. Det er lækkert at lave noget, der skal bruges i virkeligheden. Man giver det lige en ekstra skalle, når man ved, at der rent faktisk er et behov for det, der kommer ud af ens projekt. Og det er spændende at sætte sig ind i noget, som alle kender til og som er så virkelighedsnært som fugleinfluenza, fortæller Nicoline Andersen om sit bachelorprojekt i Teknisk Biomedicin. Hun lavede projektet ved Sektion for Virologi, der havde brug for en ny diagnostikmetode, der let kan fortælle hvilken type fugleinfluenza, der er i en prøve fra for eksempel en and eller en høne. Der findes nemlig mange forskellige varianter af fugleinfluenza, og der kommer hele tiden nye til, da virusset løbende muterer og får nye gener indbygget. Så der er brug for en effektiv og hurtig metode til at teste for forskellige typer af influenzavirus på en gang. Nicoline så derfor nærmere på muligheden for at bruge en ny molekylær metode i form af en Fluidigm-chip baseret på real time PCR, der kan screene for flere varianter af influenzavirus på samme tid. Faktisk kan 48 prøver undersøges for 48 gener på samme tid. Jeg udførte litteratursøgning, bioinformatik, laboratoriearbejde og resultatanalyse. På den måde fik jeg både identificeret hvilke assays, der skal bruges i chippen for at påvise fugleinfluenza, samt vist at den nye metode opfylder kravene og altså godt kan indgå i det daglige arbejde, fortæller Nicoline. 4
Lærte nye metoder af speciale om ondartet lungesyge i svin Louise Brogaard forskede i den antibiotikakrævende og smitsomme svinesygdom ondartet lungesyge ved DTU Veterinærinstituttets Sektion for Immunologi og Vaccinologi. Hun lærte nye avancerede metoder og var glad for at arbejde med et samfundsmæssigt problem. Jeg valgte mit specialeprojekt, fordi jeg havde fået et virkelig godt indtryk af DTU Veterinærinstituttet fra nogle kurser, jeg havde taget der, og så var det en mulighed for at lave noget meget håndgribeligt, fortæller Louise, som studerede Bioteknologi på DTU. Der er behov for større viden om, hvilke gener grisens lungevæv og den sygdomsforårsagende bakterie udtrykker under en infektion med ondartet lungesyge, så formålet med Louises speciale var i første omgang at validere en ny metode, som kan sammenligne genudtryk i grisens lungevæv og i bakterierne samtidig. Vævsprøverne blev taget henholdsvist 6 og 24 timer efter, at grisene var blevet inficeret med sygdommen, for at se om der var forskel i grisens immunforsvar, alt efter hvor fremskreden sygdommen var. Nogle af resultaterne kunne Louise sammenligne med tidligere forsøg beskrevet i litteraturen, som var udført med andre Hvis man vil skrive om udvikling af medicin og genteknologi, kan jeg klart anbefale andre at kigge nærmere på Veterinærinstituttet, fortæller Louise. metoder, og på den måde kunne hun verificere metoden. Jeg undersøgte både genudtrykket fra grisen og fra bakterien samtidig. Hovedformålet var nemlig at se, om man kunne måle parallelt på begge organismer og det kunne man godt, siger hun. For at belyse hvilke gener der blev op- og nedreguleret i svin og bakterie, blev der brugt en relativ ny teknik, hvor aktiviteten af et stort antal nøje udvalgte gener kunne måles på samme tid. Metoden kombinerer 48 primerpar og 48 prøver, der indeholder materiale fra både grisen og bakterierne. Systemet (Fluidigm) er unikt, fordi det kan generere store mængder kvantitativ information meget hurtigt. Metoden viste sig da også at virke og være meget følsom. En anden del af specialet omhandlede at teste en mikroskopimetode, laser capture micro disection. Med mikroskopet kunne Louise nøje udvælge et bestemt vævssnit, som hun kunne se var meget inficeret med bakterier og derefter teste den i Fluidigm-systemet, for at se om resultatet blev det samme. For mig er det vigtigt at vide, at det jeg forsker i, kan bruges til noget og gøre gavn i den virkelige verden. Jeg er glad for, at jeg har lært så mange nye metoder, og jeg føler ikke, at der var nogen begrænsninger. Der har været god plads til mig, og folk har været meget villige til og ivrige for at lære fra sig, fortæller hun. Louise Brogaard er i dag ansat som videnskabelig assistent ved DTU Veterinærinstituttet for at optimere metoderne yderligere. 5
Projektkatalog Velkommen til DTU Veterinærinstituttet 2 Populært at skrive projekt ved DTU Veterinærinstituttet 3 Nicoline fangede fugleinfluenzaen på chippen 4 Lærte nye metoder af speciale om ondartet lungesyge i svin 5 Bakteriologi, Patologi og Mikrobiel Økologi - København 8 Hvilken rolle spiller Mycoplasma hyorhinis ved forekomst af bronchopneumoni og otitis media hos gris? 8 Colitis X i danske svin? 9 Colitis hos svin er enterocytproliferation associeret til Brachyspira spp. infektion? 9 Karakterisering af Brachyspira spp. ved multi locus sekvens typning (MLST) 10 Udvikling af PCR test til detektion af Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 4, 9 og 10 10 Characterization of the bacterial microflora and reservoir of pathogenic bacteria in swine tonsils by molecular methods 11 Brachyspira hos fugle 11 Udvikling af et VNTR-typningssystem for Actinobacillus pleuropneumoniae 12 Optimering af DNA oprensningsmetode til brug ved state-of-the-art sekventering 13 Karakterisering af Flavobacterium psychrophilum isoleret fra forskellige fiskearter 14 Tilsætning af essentielle olier til fiskefoder - hvordan påvirker det overlevelsen af fiskepatogener? 14 Bakteriofag-terapi en ny metode til at bekæmpe fiskesygdomme 15 Immunologi og Vaccinologi - København 16 Skriv speciale i Innat Immunologi 16 Lav speciale i Adaptiv Immunologi 18 Karakterisering af genekspression i grise med tarmbetændelse 19 Towards understanding the function of an important acute phase protein - Expression of SAA isotypes in Drosophila melanogaster, purification and biological characterization 20 6
Virologi - København 21 Udvikling af receptor bindings assay til at bestemme receptor specificiteten af forskellige influenza A virus 21 Hurtig subtypning af influenza A virus stammer fra svin ved real time PCR 22 Subtypning af influenza A virus stammer fra svin ved brug af Fluidigm teknologi 23 Inficeres lunge epithelceller lige effektivt af influenza A virus fra fugl, svin og mennesker? 24 Etablering af Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assays (ELISA) til test for antistoffer mod influenza A virus 25 Subtypning af influenza A virus stammer fra fugle ved brug af Fluidigm teknologi 26 Fylogenetiske undersøgelser af infektiøs laryngotracheitis virus (ILTV) 27 Karakterisering af Newcastle disease (ND) virus fra danske fugle 28 Molekylær karakterisering af Porcin reproduktions og respiratorisk syndrom virus (PRRSV) 29 Etablering af real time PCR assay til påvisning af Porcin reproduktions og respiratorisk syndrom virus (PRRSV) 30 Forekomst af Hepatitis E virus (HEV) i fødevarer i Danmark 31 TT virus og andre små DNA virus de nye hotte infektioner? 32 Gode ideer til andre projekter 32 Virologi - Lindholm 33 Modulation of virus translation initiation efficiency 33 Characterization of bioengineered pestiviruses 34 Monitoring the determinants of pestivirus replication 35 Undersøgelse af muligheden for anvendelse af stabiliseret blod til diagnostik af mund og klovesyge ved PCR-metode 36 Afrikansk svinepest 37 African Swine Fever diagnosis based on FTA cards 37 Mælk som diagnostisk materiale til antistof undersøgelse 38 Inaktivering af svinepest virus i blod og væv fra grise 39 7
Bakteriologi, Patologi og Mikrobiel Økologi - København Hvilken rolle spiller Mycoplasma hyorhinis ved forekomst af bronchopneumoni og otitis media hos gris? M. hyorhinis er en hyppig kommensal i de øvre luftveje og det eustakiske rør hos gris. Organismen er i stand til at forårsage akut serofibrinøs polyserositis og arthritis hos unge grise op til 10 ugers alderen og kan ofte isoleres fra porcine bronchopneumonier. M. hyopneumoniae har i mange år været anerkendt som primært agens ved enzootisk pneumoni, derimod har der været den opfattelse, at M. hyorhinis alene ikke kan forårsage pneumoni, men kun agere som sekundær patogen efter M. hyopneumoniae har banet vejen. I de senere år er der fundet indikationer på at M. hyorhinis også kan fungere som primært agens og forårsage bronchopneumoni samt otitis media hos gris. Formålet med dette speciale er at undersøge forekomsten af M. hyorhinis i lunger og mellemører fra grise for at belyse organismens rolle ved udvikling af bronchopneumoni og otitis media. Metodik: Mikroskopi, histopatologi og in situ detektion af organismen (fluorescens in situ hybridisering/fish ), samt isolering af M. hyorhinis (ved dyrkning). Materiale: Svaber-prøver og formalin fikseret væv fra grise med bronchopneumoni og/eller otitis media, samt materiale fra kontrolgrise. Henvendelse: Seniorforsker Tim K. Jensen, tije@vet.dtu.dk Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. 8
Colitis X i danske svin? Lawsonia intracellularis, E. coli, PCV2 samt spirochæter er hyppige årsager til diarré og tarmbetændelse hos svin. I forbindelse med et igangværende projekt har forskere fra Veterinærinstituttet for nyligt påvist en intracellulær bakterie i tyktarmensslimhindens epitel i fravænnede grise, hvori der ikke kunne påvises andre tarmpatogener. Bakterien forsøges identificeret ved molekylærbiologiske metoder, og der udvikles in situ hybridiseringsmetodik til diagnostisk identifikation i vævssnit. Bakteriens betydning som primær eller sekundær tarmpatogen er ikke undersøgt. Formålet med denne undersøgelse er at belyse betydningen og forekomsten af X bakterien i tarmen fra grise med og uden diarré for at klargøre om den er associeret til colitis. Metodik: Mikroskopi, histopatologi og fluorescens in situ hybridisering på vævssnit af colon. Materiale: Projektindsamlet vævssnit af colon fra grise med eller uden diarré findes allerede. Point: 30 ECTS Henvendelse: Seniorforsker Tim K. Jensen, tije@vet.dtu.dk Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. Colitis hos svin er enterocytproliferation associeret til Brachyspira spp. infektion? Lawsonia intracellularis, E. coli og PCV2 er hyppige årsager til diarré og tarmbetændelse hos svin, mens betydningen af Brachyspira spp. endnu ikke er fuldt ud afklaret. I forbindelse med et igangværende projekt har forskere fra DTU Veterinærinstituttet for nyligt påvist en sammenhæng mellem forekomst af Brachyspira spp. og en øget tykkelse af colonslimhinden i fravænnede grise, hvori der ikke kunne påvises andre tarmpatogener. Formålet med denne undersøgelse er at belyse, om kolonisering af tyktarmen med Brachyspira spp. er associeret med en øget proliferation og afstødning af enterocytter for derved at sandsynliggøre bakteriernes patogene betydning. Enterocytproliferationen vil blive undersøgt ved hjælp af immunohistokemiske undersøgelser på vævssnit. Metodik: Mikroskopi, histopatologi, immunohistokemi og fluorescens in situ hybridisering på vævssnit af colon. Materiale: Projektindsamlet vævssnit af colon fra grise med eller uden diarré findes allerede. Point: 30 ECTS Henvendelse: Seniorforsker Tim K. Jensen, tije@vet.dtu.dk Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. 9
Karakterisering af Brachyspira spp. ved multi locus sekvens typning (MLST) En række forskellige species af Brachyspira kan findes i tarmen hos svin, men fenotypisk adskillelse kan være meget besværlig. Brachyspira hyodysenteriae forårsager svinedysenteri, og B. pilosicoli forårsager colitis, men for de øvrige species inden for slægten er den patogene betydning uafklaret. Der synes at være stor genetisk variation inden for de forskellige grupper, og for mange isolater er artsbestemmelsen behæftet med stor usikkerhed. Sekvensering af husholdningsgener har vist sig at være en god metode til at karakterisere stammer indenfor denne bakterieslægt. I projektet vil MLST blive brugt til to formål: 1) At karakterisere stammer der er genetisk tæt beslægtet med B. hyodysenteriae for at evaluere speciesidentifikation baseret på PCR og FISH. 2) At karakterisere variationen blandt danske stammer tilhørende de forskellige Brachyspira spp. ECTC: 30 Henvendelse til Seniorforsker Øystein Angen, oang@vet.dtu.dk Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. Udvikling af PCR test til detektion af Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 4, 9 og 10 Veterinærinstituttet har tidligere udviklet multiplex PCR test for PCR-serotypnng af A. pleuropneumoniae serotype 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8 og 12. Testene er rettet mod de gener, der bestemmer produktionen af de serotypespecifikke kapselpolysaccharider (cps-gener). Baseret på tilgængelige cps gener fra serotype 4, 9 og 10 skal en ny multiplex PCR test udvikles og valideres på referencestammer samt udenlandske og danske feltisolater. Resultater af projektet forventes at danne basis for en publikation i et internationalt tidsskrift med referee. ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Øystein Angen, oang@vet.dtu.dk Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. 10
Characterization of the bacterial microflora and reservoir of pathogenic bacteria in swine tonsils by molecular methods A number of important bacterial pathogens of pigs can reside as a commensal flora in the upper respiratory tract. Under conditions that are poorly understood, these organisms can be activated and cause disease in the colonized animal or be spread to other animals, particularly if they are of a different age or health status. For a number of bacteria, the tonsils are the primary site of both colonization and initial contact between the bacteria and the host immune system. As many of the bacteria residing in the tonsils of the host can not be grown by traditional methods, it is not practicable to determine the composition of the bacterial population by cultivation. Furthermore, some of the microorganisms, permanently colonizing the host tonsils, may be in a dormant stage in which they are equally difficult to cultivate. The objective of this study is to determine the tonsillar microbiota in a population of clinically healthy pigs from different herds by using culture-independent molecular methods such as comparative 16S rrna gene sequence analysis and fluorescence in situ hybridization (FISH). By these methods, the diversity, phylogeny, prevalence and spatial distribution of these unclassified bacterial populations can be determined. The variation within and between swine herds will also be assessed. Furthermore, the amount of potentially pathogenic bacteria will be evaluated by quantitative Real-Time PCR methods (qpcr), using tonsils from clinically infected animals. Some of these qpcr tests will be designed and evaluated during the project. Knowledge of the reservoir of pathogenic bacteria residing in tonsils of healthy pigs will provide significant insight into the dynamics of bacterial infections and facilitate future studies regarding the interaction between the lymphatic tissue of the tonsils and the residing bacterial flora. ECTC: 30 Supervision: The project will be performed at DTU VET (Veterinærinstituttet, Copenhagen) under supervision of senior researcher Kirstine Klitgaard Schou kksc@vet.dtu.dk and senior researcher Øystein Angen oang@vet.dtu.dk. Brachyspira hos fugle Bakterier inden for slægten Brachyspira kan findes inden for en række pattedyr og fugle. Flere arter er årsag til diarre hos svin. Undersøgelser fra Sverige har vist, at lignende arter også kan findes hos en række fuglearter. I projektet vil der indsamles svaberprøver fra fugle i forbindelse med ringmærkning. Brachyspira vil dyrkes på selektive medier og isolaterne karakteriseres biokemisk og genetisk. Bakterierne skal videre sammenlignes med danske isolater fra svin og fjerkræ samt isolater fundet hos svenske fugle. ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Øystein Angen, oang@vet.dtu.dk Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. 11
Udvikling af et VNTR-typningssystem for Actinobacillus pleuropneumoniae A. pleuropneumoniae er en bakterie, der forårsager pleuropneumoni hos svin og har stor betydning for økonomi og dyrevelfærd i alle europæiske lande. Isolater af A. pleuropneumoniae er vist at have en klonal populationsstruktur og begrænset genetisk variation. For at gennemføre epidemiologiske studier og spore smittespredning er det nødvendig at benytte højt diskriminative typningsmetoder. Den fulde genomsekvens er nu tilgængelig for flere referencestammer inden for denne species. Projektet I dette projekt vil genomsekvensen af A. pleuropneumoniae serotype 2 og 6 blive brugt til at udvikle et variable number tandem repeat (VNTR) typningssystem for denne bakterie. Metoden er baseret på at korte, repeterende genetiske elementer forekommer i nærtbeslægtede bakteriers genomer med forskelligt antal kopier. Egnede repeterende sekvenser skal identificeres fra de foreliggende genomsekvenser og bruges til at lave en egnet typningsprotokol. De variable områder skal amplificeres ved PCR og kopitallet bestemmes ved sekvensering. Metoden vil blive evalueret på en kollektion af referencestammer, inklusiv stammer der tidligere er undersøgt ved andre typningsmetoder. Resultater af projektet forventes at danne basis for en publikation i et internationalt tidsskrift med referee. ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Øystein Angen, oang@vet.dtu.dk Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. 12
Optimering af DNA oprensningsmetode til brug ved state-of-the-art sekventering Laboratorievant studerende søges til specialeprojekt om indflydelsen af forskellige DNA oprensningsmetoder på high throughput sekvens data. Moderne high-throughput sekventeringsteknikker så som Ilumina og 454-pyro sekventering bliver i stigende grad brugt til at kortlægge sammensætninger af bakterielle samfund i biologiske prøver fra f.eks. fæces eller væv fra mennesker og dyr. En pålidelig karakterisering beror imidlertid på, at der ikke er bias i den foregående DNA oprensing og PCR amplifikation af bakteriernes 16S rdna gen. Grundet forskelle i cellevæggens strukturer er udbyttet af DNA fra forskellige grupper af bakterier afhængigt af oprensningsmetoden. I tråd hermed har vi observeret, at valget af metode til DNA oprensning med stor sandsynlighed afspejles i resultatet for den bakterielle sammensætning. Derfor har vi brug for systematisk at undersøge hvilken oprensningsmetode, der giver bedst grundlag for en pålidelig karakterisering af komplekse bakterielle samfund ved hjælp af high throughput sekevensering. Formålet med denne undersøgelse er at optimere oprensningen af DNA fra forskellige typer af prøver med henblik på at få en så repræsentativ gengivelse af den bakterielle sammensætning som muligt efter sekventering af DNA et. Metodik: Du vil stifte kendskab med forskellige molekylærbiologiske teknikker såsom DNA oprensning, PCR og sekvensanalyse. Herudover forventer vi, at arbejdet kan publiceres i et internationalt tidsskrift, hvorfor du også kommer til at arbejde med den videnskabelige formidling af dit arbejde. Materiale: I arbejdet vil der indgå både renkulturer af bakterier fra forskellige taksonomiske grupper samt biologiske prøver f.eks. fæcesprøver og/eller tarmvæv. Point: 30 ECTS Henvendelse: Postdoc Hans-Christian Ingerslev (hain@vet.dtu.dk), postdoc Anders Daniel Andersen (adaan@vet.dtu.dk) og postdoc Malene Cilieborg (mskci@vet.dtu.dk) Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg 13
Karakterisering af Flavobacterium psychrophilum isoleret fra forskellige fiskearter Sygdommen yngeldødelighedssyndromet forårsaget af bakterien Flavobacterium psychrophilum har siden midten af 80erne forårsaget store tab ved produktion af regnbueørreder i dambrug i Danmark såvel som i andre europæiske lande. Bakterierne, der er isoleret fra regnbueørreder, er gennem tidligere forskningsarbejde karakteriseret ved hjælp af biokemiske, serologiske og molekylær mikrobiologiske metoder. Bakterien er i enkelte tilfælde isoleret fra aborrer, bækørreder og laks i opdræt. Projektets formål er at undersøge om bakterierne, der er isoleret fra de forskellige fiskearter, er beslægtede, og dermed kan udgøre en mulig smittekilde. Metodik: Fænotypiske (biokemi og serologi) og molekylærbiologiske metoder, f.eks. pulsed-field gel elektroforese (PFGE). ECTC: 30 Henvendelse Seniorforsker Lone Madsen loma@vet.dtu.dk eller seniorforsker Inger Dalsgaard inda@vet.dtu.dk, Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. Tilsætning af essentielle olier til fiskefoder hvordan påvirker det overlevelsen af fiskepatogener? Forskellige tilsætninger til fiskefoder, eksempelvis probiotika, menes at kunne styrke regnbueørredens immunforsvar. Essentielle olier af forskellig oprindelse kunne tænkes at have samme effekt. Det ønskes at belyse, om overlevelsen af forskellige fiskepatogener påvirkes ved tilsætning af essentielle olier. I første omgang foretages undersøgelsen i laboratoriet, da et positivt resultat her er obligatorisk, før der vil blive foretaget en afprøvning i foder til fisk. Metodik: Under laboratorieforhold undersøges hvordan tilsætning af forskellige essentielle olier påvirker en bouillon kultur af et fiskepatogen, eksempelvis Flavobacterium psychrophilum (årsag til Yngeldødelighedssyndromet) eller Yersinia ruckeri (årsag til rødmundsyge). ECTS: 30 Henvendelse Seniorforsker Lone Madsen loma@vet.dtu.dk eller seniorforsker Inger Dalsgaard inda@vet.dtu.dk, Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. 14
Bakteriofag-terapi en ny metode til at bekæmpe fiskesygdomme Virus der inficerer bakterier, de såkaldte bakteriofager, kan potentielt udnyttes til at bekæmpe sygdomsfremkaldende bakterier, som et alternativ eller supplement til antibiotika. I samarbejde med KU, Chr. Hansen A/S, BioMar A/S og Dansk Akvakultur gennemfører vi et projekt, der undersøger potentialet i denne nye behandlingsform kaldet bakteriofag-terapi til behandling af fiskesygdomme. Projektets formål er at udvikle en ny metode til behandling af infektioner i regnbueørred med bakterien Flavobacterium psychrophilum, som er årsag til sygdommen yngeldødelighedssyndromet (YDS), et af de største sygdomsproblemer i dansk dambrug. I en tid med stigende problemer med antibiotikaresistens er der er stort behov for at forske i alternative behandlingsformer. Projektet vil undersøge potentialet i at udnytte bakteriofager (bakterievirus) til at dræbe F. psychrophilum i inficerede fisk samt grundlaget for en kommerciel udnyttelse af en egentlig behandlingsmetode mod sygdommen. Rent praktisk betyder det arbejde med isolering og karakterisering af bakteriofager, samt at teste for effekter af fagtilsætning på overlevelse af regnbueørreder. Henvendelse til seniorforsker Inger Dalsgaard inda@vet.dtu.dk eller seniorforsker Lone Madsen loma@vet.dtu.dk, Sektion for Bakteriologi, Patologi og Parasitologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. Reference: Stenholm, AR, Dalsgaard, I & Middelboe, M. (2008). Isolation andcharacterization of bacteriophages infecting the fish pathogen, Flavobacterium psychrophilum. Appl. Environ. Microbiol. 74:4070-4078. 15
Immunologi og Vaccinologi - København Skriv speciale i Innat Immunologi Inden for Innat Immunologi forskes i de basale, ikke-specifikke immunreaktioner, der optræder i det tidlige værtsrespons på infektion og/eller vævsskade og som omfatter inflammation, akutfase protein responset, feber osv. Dette er vigtigt for at forstå sådanne innate (medfødte) responsers rolle i infektionsbiologi, infektionspatogenese, modtagelighed kontra modstandsdygtighed mod infektion osv., hvilket kan bidrage til udviklingen af biomarkører for disse tilstande (diagnostik baseret på værtsreaktioner) og til at identificere nye targets for intervention. Dette arbejde danner også baggrunden for at arbejde med dyremodeller for specifikke infektioner og for ernæringsinduceret fedme-relateret sygdom (metabolic syndrome), samt for etablering af nye objektive metoder til måling af dyrevelfærd, baseret på biomarkører for stress og sygdom. Endvidere danner det baggrund for forsøg med udvikling af nye typer af molekylære adjuvanser baseret på en forståelse af, hvordan specifik (adaptiv) immunitet styrkes af den rette dosering og kombination af innate immunfaktorer. Vores basis er proteinkemi, immunologi, high-throughput molekylærbiologiske metoder og organisk kemi, specielt peptid- og dendrimerkemi. Vi er metodeorienterede og udvikler ofte nye metoder og koncepter fra bunden, men har samtidigt et stærkt biologisk, biokemisk og immunologisk fundament. Vores projekter er ofte baseret på tværdisciplinært samarbejde inden for områder som Akut-fase responset ved infektion hos svin, kvæg, heste og andre husdyr Aiagnostikudvikling baseret på kemisk fremstillede ligander eller antigener Fibrilleringsprocessen hos prionproteinet Inflammationsmarkører ved overvægt i svinemodeller for fedme Transkriptionsanalyser af værtsrespons på infektion i diverse infektionsmodeller (herunder modeller for humane infektioner) Funktionel karakterisering af proteiner og andre faktorer i cellekultursystemer mhp. belysning af pro- eller præbiotiske effekter Storskala oprensning og derivatisering af immunglobuliner til passiv immunisering af produktionsdyr Eksempler på nylige bachelor- og specialeprojekter: Development of a Laser capture Microdissection protocol targeting adipose tissue macrophages for mrna extraction and analysis High-throughput gene expression analysis of host and pathogen in porcine lung infection Characterization of microrna in human in vitro stimulated blood samples Effekt af kolostrum på porcine tarmepithelceller som model for nekrotiserende enterocolitis The effect of functionalized dendrimers on fibrillated alpha-synclein Expression in Drosophila S2 cells, purification and biological characterization of recombinant bovine serum amyloid A (SAA) isoforms Karakterisering af immunrelateret genekspression i slagtesvin med akut ledbetændelse forårsaget af infektion med Mycoplasma hyosynoviae 16
Mulige specialeprojekter Stikord til nye projekter som står åbne for interesserede og dygtige studerende med lyst og mod på tværdisciplinært arbejde i et dynamisk miljø med spændende og relevante forskningsområder: Optimering af metoder til konjugering af antistoffer med fluorophorer Undersøgelse af fluktuationer i cirkulerende mikrorna i blod under infektion Porcint alpha-1-acid glycoprotein: karakterisering af gen ekspression og serumproteinniveauer under infektion of i fedmemodelelr Stabilisering af immunglobulin til oral dosering og aftestning i svin (besætninger) og kyllinger (eksp. campylobacterinfektion) Udvikling af turbidimetrisk, dendrimer-baseret metode til koncentrationsbestemmelse af C-reaktivt protein Fremstilling af antistoffer mod dendrimerer Udvikling af selected reaction monitoring mass spektrometri til analyse af proteiner i blod og væv Undersøgelse af det murine lunge SAA respons på nanopartikeleksponering Etablering af spyt-baserede assays til måling af stress-relaterede faktorer hos svin Karakterisering af proteiner og/eller microrna i exosomer hos husdyr Nogle af disse emner er brede og kan rumme flere specialprojekter med forskelligt sigte, og vi er også åbne over for andre projektforslag, som ligger inden for vores generelle områder. Henvendelse Peter Heegaard, professor, biokemiker, studieleder (Farmateknologi) Tlf. 3588 6241 og pmhh@vet.dtu.dk Sektion for Immunologi og Vaccinologi, DTU Veterinærinstituttet, Bülowsvej 27, Frederiksberg C 17
Lav speciale i Adaptiv Immunologi Inden for Adaptiv Immunologi forsker vi i vaccineudvikling og lokalt og systemisk immunrespons på en række infektionssygdomme i køer og grise. Herunder også udvikling af nye og bedre tests til måling af såvel humoralt som cellemedieret immunrespons ved eksempelvis flow cytometri, ELISPOT, cytokinanalyser, genekspression eller dannelsen af rekombinate MHC klasse I tetramer molekyler. I de senere år har vi sat fokus mod anvendelse af den immunologiske viden til udvikling og afprøvning af nye vacciner, hvor vi har særlig opmærksomhed på at udvikle og følge relevante immunologiske korrelater for en beskyttende immunitet. Der er næsten altid en mulighed for at gå i dybere detaljer med de projekter, vi har kørende, så hvis du er interesseret i anvendt immunologi, er du velkommen til at kontakte professor Gregers Jungersen og høre nærmere om, hvilke muligheder der er netop nu. Blandt de infektionssygdomme, vi har arbejdet med, er: paratuberkulose (Mycobacterium paratuberculosis), brucellose (Brucella suis), yersiniose (Yersinia enterocolitica O:9), porcin Mycoplasma arthritis (Mycoplasma hyosynoviae), porcin proliferativ enteropati (Lawsonia intracellularis), ascaridiose i kyllinger (Ascaridia galli), toxoplasmose (Toxoplasma gondii) og porcin ascariose (Ascaris suum). Eksempler på nylige bachelor- og specialeprojekter: Etablering af porcine T-celle kloner med specificitet over for Lawsonia intracellularis Characterization of interferon-gamma producing CD8+ T cells in the porcine immune response to Lawsonia intracellularis infection Quantitative measurements of antigen-specific cell-mediated immune responses by interferongamma assay, ELISpot and intracellular flow cytometry Prediction and Identification of Virally Derived Peptides for the Binding and Complex Formation of Swine Leukocyte Antigen Molecules SLA-1*04:01, SLA-1*07:01, SLA-1*07:02 and SLA-2*04:01 Flowcytometrisk påvisning af regulatoriske T-celler i kalve eksperimentelt smitte med paratuberkulose Characterization of cellular interactions during in vitro assays for cell mediated immunity in cattle vaccinated against Mycobacterium paratuberculosis Kloning og karakterisering af bovine integriner Henvendelse Professor Gregers Jungersen, tlf. 3588 6234, mobil 2224 0164, grju@vet.dtu.dk Sektion for Immunologi og Vaccinologi, DTU Veterinærinstituttet, Bülowsvej 27, Frederiksberg C. 18
Karakterisering af genekspression i grise med tarmbetændelse - High throughput gene expression analysis of host response during Lawsonia intracellularis infection in pigs Bakterien Lawsonia intracellularis er den hyppigst diagnosticerede årsag til diarré hos slagtesvin i Danmark og er dermed en af de vigtigste årsager til det store antibiotikaforbrug i svineproduktionen. Bakterien lever inde i celler i tarmen, hvilket fører til fortykkelse af tarmen, nedsat fødeoptag, utrivelighed og nedsat dyrevelfærd. På Veterinærinstituttet er der udført eksperimentelle infektionsforsøg, som viser, at en primær infektion kan beskytte mod gentagen infektion. Disse og andre forsøg viser, at det celle-medierede immunforsvar har stor betydning for bekæmpelse af L. intracellularis infektion. Men lokalt i tarmen kan innate (medfødte) forsvarsmekanismer være af stor betydning for om bakterien får mulighed for at etablere sig (dvs. kolonisere tarmepitelceller) og udvikle infektion. Lawsonia intracellularis er ud fra en cellebiologisk betragtning en meget interessant bakterie. Den er obligat intracellulær, dvs. fuldstændig afhængig af en værtscelle. Men samtidig er bakterien i stand til at modstå cellens forsvarsmekanisme - måske ved at flygte ud i cellecytoplasmaet og derved modstå diverse drabsmekanismer. Projekt Eksisterende vævsprøver fra tarm og lever udtaget fra eksperimentelt L. intracellularis inficerede grise og ikke inficerede kontrolgrise danner grundlag for dette projekt. Den studerende skal måle ekspressionen (det niveau, hvor et bestemt gen er udtrykt) af udvalgte immunologiske gener som bla. defensiner, cytokiner, og kemokiner vha. RT-qPCR. Disse resultater skal korreleres med allerede eksisterende data, som beskriver infektionsgraden og immunsvaret i disse grise. Den studerende skal selv designe og indkøre nogle enkelte primere til RT-qPCR men fortrinsvis benytte sig af indkørte og validerende primer assays. Spørgsmål der ønskes belyst Hvordan påvirker L. intracellularis genekpression lokalt i tarmen samt i leveren hos svin inficeret med L. intracellularis? Kan der påvises en sammenhæng imellem ekspression af immunfaktorer og infektionsgrad/sygdom? Andet Projektet vil give den studerende kendskab til og erfaring med ekstraktion og kvalitetsmåling af RNA, real time PCR (high throughput systemet Fluidigm), primer design og validering samt ekspressionsdataanalyse. Herudover vil det give den studerende indblik i anvendelse af forskellige analysemetoder til at karakterisere immunsvaret ved infektion/og vaccineudvikling. Arbejdet vil blive udført i Sektion for Immunologi og Vaccinologi på Veterinærinstituttet, hvor der blandt andet forskes i immunrespons, vaccineudvikling, og udvikling af ny diagnostik. Hvis det er muligt, skal resultater af undersøgelsen publiceres i et internationalt tidsskrift med referee. Henvendelse: Seniorforsker Ulla Riber (urib@vet.dtu.dk) eller Kerstin Skovgaard (tlf. nr.: +45 88 63 62; e-mail: kesk@vet.dtu.dk) 19
Towards understanding the function of an important acute phase protein - Expression of SAA isotypes in Drosophila melanogaster, purification and biological characterization Serum amyloid A (SAA) proteins are a family of small apolipoproteins, which are able to bind highdensity lipoproteins. Their expression is dramatically up-regulated during the acute phase response, which is the systemic part of an inflammatory reaction. The best known isoforms are the SAA1, SAA2, and SAA3. SAA1 and SAA2 are induced during the acute phase response in the liver, whereas SAA3 is predominantly expressed locally. Although the importance of SAA proteins is stressed by its high degree of evolutionary conservation amongst a large number of different organisms, it is very tight regulation of expression during the acute phase response and the presence of isoforms with different tissue tropisms, their exact physiological role is yet to be discovered. It may play a beneficial role during inflammation and tissue injury and in cholesterol transport. Project In this master thesis, our focus is on bovine SAA1 and SAA3 as well as porcine SAA1. In bovine, SAA3 can be readily measured in milk samples, for which reason it can be used as a biochemical marker for different diseases. Porcine SAA1 has not been rigorously defined yet on the protein level so this part of the project will provide completely new data on this. The final objective of this project is to characterize SAA isoforms biologically with regards to innate immune functions. Prior to the biological characterization, we need to produce high yields of recombinant SAA isoforms, which is done by expression systems with Drosophila melanogaster in collaboration with Danish company Expres(2)ion. Furthermore, a purification step has to be carried out to obtain clean products for the biological characterization. Biological characterization will be done in collaboration with a Belgian collaborator (2-3 months stay). There is also a possibility to pursue mass spectrometry development based on the defined isoforms produced in the project. Contact Professor Peter Heegaard phone 3588 6241 and e-mail pmhh@vet.dtu.dk Section for Immunology og Vaccinology, DTU Vet, Bülowsvej 27, Frederiksberg C Note - We need you as soon as possible! This project has already been initiated and the three SAA isoforms have been expressed in the D. melanogaster system, however the student had to leave the project (for health reasons). There is plenty of room for 1-2 new students in the project. 20
Virologi - København Udvikling af receptor bindings assay til at bestemme receptor specificiteten af forskellige influenza A virus Forskellige subtyper af influenza A virus kan foretrække at binde til forskellige receptorer ved infektion af værtsceller. Undersøgelse af receptor specificiteten af influenza virus kan undersøges ved at anvende et receptor bindings assay, som i det pågældende projekt skal udvikles og anvendes på interessante influenza stammer. Baggrund Når influenza A virus inficerer en celle binder den sig først og fremmest til bestemte receptorer (glycosaccharider) på overfladen af cellen. Om et influenza virus har succes med at inficere en celle, er meget afhængig af det pågældende virus specificitet til de receptorer, værtscellen udtrykker på overfladen. Influenza virus fra forskellige dyrearter har forskellige receptorpræferencer, og fordelingen af receptorer i vævene hos forskellige dyrearter er ligeledes forskellige. Normalt binder menneske influenza til en receptor, der hedder sialic acid-alpha-2,6-terminal saccharide, og fugleinfluenza binder normalt til sialic-acid-alpha-2,3-terminal saccharides. Men det lader til, at nogle virus kan binde til begge receptorer. Den pandemiske H1N1 svineinfluenza en ser ud til at inficere atypisk i luftvejene og giver anledning til mere alvorlig sygdom hos nogle mennesker. Årsagen kan muligvis ligge i, at receptorspecificiteten af den pandemiske H1N1 influenza virus er anderledes end normalt forekommende menneskeinfluenza. Projekt Projektet vil gå ud på at udvikle et assay til at undersøge influenza virus bindingsaffinitet til forskellige mulige receptorer og undersøge receptorspecificiteten af en række virus af fugle og svine oprindelse. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, DTU Veterinærinstituttet, Sektion for Virologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C 21
Hurtig subtypning af influenza A virus stammer fra svin ved real time PCR Subtypning af influenza A virus er normalt en meget krævende proces. I dette projekt udvikles real time PCR assays baseret på PriProET kemien til hurtigt subtypning af positive influenzavirus prøver fra svin. Baggrund Influenza A virus er en gruppe af virus, der kan inficere en lang række dyr, herunder svin, fugle og mennesker. Influenzavirus subtypes ud fra generne HA og NA og svømmefugle, der anses for at være reservoir for influenza A virus, indeholder alle subtyper af de to gener (H1 til H16 og N1 til N9), men dog ikke alle kombinationer. Hos mennesker og svin er det hovedsagligt subtyperne H1N1, H1N2 og H3N2, der er isoleret. Hos svin er der således reelt tale om fire gener, der skal kunne detekteres, nemlig H1, H3, N1 og N2, men da influenzavirus er et RNA virus findes der stor sekvensvariation for de enkelte gener, hvilket gør det vanskeligt at detektere alle f.eks. H1 varianter i et real time PCR assay. Normalt types influenzavirus ved HI-test (hemagglutinin inhibition test), hvor virus isolatet testes imod relevante HA antisera for HA subtype bestemmelse. NA subtypes efterfølgende i et assay imod alle relevante NA antisera. En anden metode til subtypning er partiel eller fuldlængde Sangersekventering af HA og NA generne. Fælles for alle disse metoder er, at de er tidskrævende. Projekt I dette projekt skal der designes og valideres et eller flere real time PCR assays til detektion af alle varianter af H1 gen, der forekommer i svin. Nye real time PCR assays skal designes ved sammenligning (alignment) af kendte svine influenzavirus H1 sekvenser samt ved brug af et real time PCR design software. Det er vigtigt at de nye H1 real time PCR assays virker under samme PCR betingelser som de øvrige svineinfluenzavirus subtypningsassays. Projektarbejdet vil indebære oprensning af influenzavirus RNA-genom, opsætning og udførelse af real time PCR, test af sensitivitet og specifitet overfor kendte svine influenzavirus subtyper. Omfanget af projektet kan tilpasses ved at udvælge, hvor mange H1 varianter der skal kunne subtypes. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, DTU Veterinærinstituttet, Sektion for Virologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C 22
Subtypning af influenza A virus stammer fra svin ved brug af Fluidigm teknologi Subtypning af influenza A virus er normalt en meget krævende proces. I dette projekt udvikles derfor en PCR array chip Fluidigm chip der kan subtype alle relevante kombinationer af H og N for svine influenzavirus på en gang, samt genets fylogenetiske tilhørsforhold. Baggrund Influenza A virus er en gruppe af virus, der kan inficere en lang række dyr, herunder svin, fugle og mennesker. Influenzavirus subtypes ud fra generne HA og NA, og svømmefugle, der anses for at være reservoir for influenza A virus, indeholder alle subtyper af de to gener (H1 til H16 og N1 til N9), men dog ikke alle kombinationer. Hos mennesker og svin er det hovedsagligt subtyperne H1N1, H1N2 og H3N2, der er isoleret. Ud over subtype bestemmelse er der også fokus på hvilken vært genet oprindeligt kommer fra, hvilket kan belyses ved fylogenetiske analyser. I svin opdeles H1 genet f.eks. i tre varianter kaldet; klassisk, aviær-lignende samt human-lignende. Normalt types influenzavirus ved HI-test (hemagglutinin inhibition test), hvor virus isolatet testes imod relevante HA antisera for HA subtype bestemmelse. NA subtypes efterfølgende i et assay imod alle relevante NA antisera. En anden metode til subtypning er partiel eller fuldlængde sanger sekventering af HA og NA generne. Fælles for alle disse metoder er, at de er tidskrævende. Projekt I dette projekt vil en PCR array chip, baseret på Fluidigm teknologien, blive udviklet. En Fluidigm chip kan analysere 48 forskellige prøver (virus isolater) overfor 48 forskellige PCR assays i en analyse, eller 96 prøver overfor 96 PCR assays ved at bruge en større chip. Projektarbejdet vil omhandle litteratursøgning efter PCR assays til detektion af alle relevante HA og NA gener. Endvidere ville det være interessant at påsætte PCR assays, der kunne detektere genets fylogenetiske tilhørsforhold. For at Fluidigm chippen kan virke er det vigtigt, at alle udvalgte PCR assays: i) virker under de samme PCR betingelser; ii) de enkelte assays er genspecifikke; iii) at der er flere assays for hvert gen. Arbejdet vil derfor involvere; oprensning af influenzavirus RNA genom, optimering af adskillige PCR assays, test af specificitet for udvalgte PCR assays samt opsætning og udførelse af Fluidigm analyser. Omfanget af projektet kan tilpasses ved at udvælge, hvilke specifikke HA og NA gener Fluidigm chippen skulle indeholde. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, DTU Veterinærinstituttet, Sektion for Virologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C 23
Inficeres lunge epithelceller lige effektivt af influenza A virus fra fugl, svin og mennesker? Det har vist sig, at fugleinfluenza virus foretrækker at inficere bestemte celler i lungerne hos grise og mennesker, de såkaldte alveolær type II epithelceller. Årsagen hertil er ukendt og vil blive forsøgt belyst i projektet ved at anvende cellekultursystemer. Baggrund Lungevævet er beklædt med to typer af epithelceller: type I og II alveolære epithelceller. Almindelige svineinfluenza virusser inficerer både type I og II alveolære epithelceller. Et interessant fund på DTU Veterinærinstituttet har vist, at fugleinfluenza infektion hos grise, ligesom hos mennesker, foretrækker type II cellerne. Årsagen til, at fugleinfluenza foretrækker at inficere type II epithelcellerne, er ukendt. Men da infektion med fugleinfluenza hos mennesker har vist sig at give svære infektioner med høj dødelighed, kan denne forkærlighed for type II celler være en vigtig faktor for den aggressive sygdomsudbredelse. En af grundene kan være, at type II celler producerer vigtige stoffer som f.eks. surfactant proteiner, der medvirker til at forsvare lungerne mod infektion. Projekt For at undersøge mekanismerne, der ligger bag prædilektionen af fugleinfluenza for alveolære type II epithelceller, vil vi benytte komercielt tilgænglige humane lunge epithelcellelinier. Den humane alveolær epithelcellelinie A549 er kendt for at være yderst modtagelig overfor influenza A virus infektion af alle typer. Andre humane epithelcelleliner som SW-1573, NCI-H358 og NCI-H1404, hvoraf de to sidste udtrykker surfactant proteiner, er så vidt vides ikke undersøgt ved influenza A virus infektion. Forskelle ved infektion med influenza A virus fra forskellige kilder vil blive beskrevet ved at kigge på den cytopathogen effekt og TCID/50 bestemmelser til forskellige tidspunkter efter infektion. Infektionsforskelle vil blive yderlig belyst ved forskellige behandlinger af cellerne som f.eks. tilsætning eller fjernelse af surfactant proteiner, tilsætning af et enzym, der fjerner receptorer, mv. Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, DTU Veterinærinstituttet, Sektion for Virologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C 24
Etablering af Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assays (ELISA) til test for antistoffer mod influenza A virus Udvikling af bredspektrede og specifikke Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assays (ELISA) til påvisning af antistoffer mod influenza A virus. Baggrund Antistoffer mod influenzavirus har hovedsagligt været bestemt ved Hæmagglutinations Inhibitionstests (HI-test), hvor man har benyttet sig af influenza virus evne til at hæmagglutinere (binde) røde blodlegemer. HI-tests kan dog ofte give meget varierende resultater, da testen er afhængig af specificiteten af de dannede antistoffer overfor virus antigenet, man anvender i testen. Dog kan HI-testen være meget sensitiv under de rette betingelser. I diagnostiske sammenhænge vil man have ukendte prøver, og derfor er det vigtigt, at man får et pålideligt resultat. Enzymelinked immunosorbent assays (ELISA) kan designes med mere generelle antigener, som kan detektere en bredere vifte af specifikke antistoffer dannet overfor forskellige virus subtyper. Samtidigt er det også muligt at gøre testen mere specifik ved at anvende specifikke antigener fra viruspartiklen. Projekt Projektets formål vil gå ud på at udvikle og validere forskellige influenzaantistof specifikke ELISA assays på serumprøver fra svin og fjerkræ og sammenligne resultatet med HI-testen. Projektet udføres i samarbejde med afdelingens forskere og laboranter samt de involverede EUpartnere. Projektet er et meget velegnet specialeprojekt, og der er driftsmidler til rådighed. Specialet er egnet til en eller to studerende. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, DTU Veterinærinstituttet, Sektion for Virologi, Bülowsvej 27, Frederiksberg C 25