DTU Veterinærinstituttet. Specialekatalog. Veterinærstuderende

Transkript

1 DTU Veterinærinstituttet Specialekatalog Veterinærstuderende

2 Specialekataloget kan også findes online på vet.dtu.dk Følg DTU Veterinærinstituttet på Facebook Få sidste nyt fra DTU Veterinærinstituttet på Facebook - alt fra specialeforslag til forskningsnyheder og invitationer til arrangementer. Søg efter DTU Veterinærinstituttet på Facebook eller scan QR-koden med din smartphone.

3 Skriv speciale ved DTU Veterinærinstituttet Som veterinærstuderende har du en oplagt mulighed for at skrive speciale ved DTU Veterinærinstituttet. Vi forsker i infektiøse sygdomme hos dyr og ligger på Bülowsvej lige ved siden af KU s campus på Frederiksberg samt på forskningsøen Lindholm ved det sydsjællandske. Her i kataloget kan du se nogle af de forslag til specialer, som forskerne ved DTU Veterinærinstituttet har. Ved hvert forslag står, hvem du kan kontakte, hvis du vil høre mere. Forskerne tager også meget gerne en snak, hvis du selv har forslag til specialeprojekter. DTU Veterinærinstituttets mere end 220 medarbejdere forsker, rådgiver myndighederne, har ansvaret for en stor del af det danske veterinære beredskab, udfører diagnostik, underviser og samarbejder med erhvervslivet. Vi har desuden flere nationale og internationale referencelaboratorier. Vi arbejder med infektionssygdomme hos alle former for produktionsdyr inklusiv kvæg, svin, fjerkræ, mink og fisk, og har indsigt i smitsomme sygdomme hos vildt og kæledyr. Instituttet har opbygget et stort internationalt netværk med forskere i hele verden og har indgået aftaler om fælles forsknings- og udviklingsprojekter med en række af verdens førende laboratorier og universiteter. Vores forskningsaktiviteter koncentrerer sig inden for fire indsatsområder: Virologi, med fokus på alvorlige virusinfektioner, herunder virusinfektioner der smitter fra dyr til mennesker (zoonotiske infektioner). Immunologi og vaccinologi, herunder udvikling og optimering af nye vacciner og andre biologiske produkter. Epidemiologi, herunder sygdomsmodellering og klimabetingede ændringer i sygdomsudbredelse. Bakteriologi og patologi, med fokus på fiskebakteriologi, ikke-fødevarebårne bakterielle zoonoser og aktiviteter med henblik på at reducere antibiotikaforbruget. Herudover metoder til karakterisering af multibakterielle samfund. Veterinærinstituttet er en del af DTU - Danmarks Tekniske Universitet, som har hovedsæde i Lyngby. Universitetet har ca medarbejdere og over 7000 studerende. Og vi samarbejder selvfølgelig tæt med DTU s øvrige institutter - blandt andet inden for bioinformatik, molekylærbiologi, matematisk modellering, nantoteknologi og kemisk procesoptimering. Sammen har vi blandt andet etableret platforme til understøttelse af forskningen inden for eksempelvis proteinkemi, mikroskopi og sekventering. Vi går meget op i at have adgang til det nyeste og mest effektive udstyr, da det er vores erfaring, at det er med til at drive forskningen fremad. Der er således rig mulighed for at få fingrene i lige præcis den dyreart eller den sygdom, som du har drømt om under studierne, mens du også får indsigt i de nyeste metoder og udstyr. Og du har ikke mindst chancen for at frembringe resultater, som får praktisk betydning og bliver brugt. Du kan eksempelvis udvikle nye diagnostiske metoder. Så skriv speciale hos os og få endnu et universitet på eksamensbeviset - samtidig med at du får udvidet dit værdifulde netværk. Vi glæder os til at høre fra dig, Kristian Møller, institutdirektør 3

4 Populært at skrive speciale på DTU Veterinærinstituttet Siden 2011 har det været muligt for dyrlægestuderende at skrive speciale på DTU Veterinærinstituttet, og det glæder både de studerende og vejlederne. I studieåret har godt 20 specialestuderende haft deres gang i DTU Veterinærinstituttets laboratorier og stalde. Vi er meget glade for, at flere og flere vælger DTU Veterinærinstituttet, når de skal skrive speciale, for vi sætter stor pris på de studerende - både fordi de er et ungt, friskt pust, og fordi de bidrager med vigtig forskning på det veterinære område, siger professor i innat immunologi Peter Heegaard, der vejleder specialestuderende. Også seniorforsker i parasitologi Heidi Enemark har allerede været vejleder for flere dyrlægestuderende, og det glæder hende, at denne mulighed har åbnet sig. Hos os kan man skrive speciale om mange forskellige infektiøse sygdomme inklusiv zoonoser. Projekterne vil kunne involvere kontakt med praktiserende dyrlæger, besætningsundersøgelser, eksperimentelle infektioner i dyremodeller, diverse laboratoriemetoder eller analyse af epidemiologiske data det er næsten kun fantasien, der sætter grænsen, siger hun. På DTU Veterinærinstituttet har de dyrlægestuderende eksempelvis kastet sig over specialer som Cryptosporidium og Giardia infektioner hos danske katte Forekomst, risikofaktorer og genotypisk variation i en selekteret population Prevalence of gastrointestinal nematodes and anthelmintic resistance in gastrointestinal nematodes of goats in Denmark Kvalitativ sammensætning af antistoffer i råmælk Prevalence of Influenza A virus in Danish dogs Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus (PRRSV) in Oral Fluid 4

5 Dyrlæge fra DTU Veterinærinstituttet med speciale i katte-parasitter Trine Parsberg Starostka blev færdig som dyrlæge i juni 2012 efter at have forsvaret sit speciale om parasitter hos katte. Hun skrev speciale på DTU Veterinærinstituttet, hvor hun fik fingrene helt ned i skidtet bogstavelig talt. Hun fik 12 for sit speciale, som omhandlede forekomsten af to parasitter, Cryptosporidium og Giardia, i katte på Sjælland. Desuden undersøgte hun, hvilke risikofaktorer der er forbundet med parasitinfektionerne. Jeg er glad for, at jeg fik noget praktisk laboratorieerfaring. Laboranterne var så søde og hjalp mig med nogle af analyserne, så prøverne ikke hobede sig op, for i perioder fik jeg prøver ind to gange dagligt, fortæller hun. Trine indsamlede fæcesprøver fra katte ude på flere dyreklinikker og internater/pensionater. Prøverne analyserede hun for de to parasitter Giardia og Cryptosporidium ved immunofluorescens-mikroskopi. De positive prøver undergik efterfølgende PCR-analyse, for at bestemme om den givne art af parasitten potentielt kunne smitte til mennesker. Udvider netværket For Trine var det rart at skrive speciale et andet sted end der, hvor hun ellers havde haft sin daglige gang med studierne. Det er dejligt at udvide sin horisont og møde nye mennesker. Man får også et større netværk, som man kan bruge senere hen. Hun er også glad for det overskud og den venlighed, hun blev mødt med fra sin vejleder seniorforsker Heidi Enemark ved DTU Veterinærinstituttet. Heidi har været rigtig sød og forstående hele forløbet igennem og har taget sig tid til at vejlede mig. Hvis jeg havde et spørgsmål om et konkret problem, kunne jeg altid stikke hovedet ind på hendes kontor og spørge. Det er planen, at Trines resultater skal publiceres i det videnskabelige tidsskrift Veterinary Parasitology. 5

6 Specialeprojekter Bakteriologi og Patologi - København 8 Hvilken rolle spiller Mycoplasma hyorhinis ved forekomst af bronchopneumoni og otitis media hos gris? 8 Colitis X i danske svin? 9 Colitis hos svin er enterocytproliferation associeret til Brachyspira spp. infektion? 9 Komparativ undersøgelse af konventionelle og molekylære metoder for diagnostik af Mycoplasma hyopneumoniae 10 Udvikling af PCR test til detektion af Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 4, 9 og Characterization of the bacterial microflora and reservoir of pathogenic bacteria in swine tonsils by molecular methods 11 Brachyspira hos fugle 11 Karakterisering af Brachyspira spp. ved multi locus sekvens typning (MLST) 12 Udvikling af et VNTR-typningssystem for Actinobacillus pleuropneumoniae 12 Bakteriofag-terapi en ny metode til at bekæmpe fiskesygdomme 13 Karakterisering af Flavobacterium psychrophilum isoleret fra forskellige fiskearter 14 Tilsætning af essentielle olier til fiskefoder hvordan påvirker det overlevelsen af fiskepatogener? 14 Immunologi - København 15 Lav speciale i Faggruppen for Adaptiv Immunologi 15 Skriv speciale i Faggruppen for Innat Immunologi 16 Karakterisering af genekspression i grise med tarmbetændelse 18 Virologi - København 19 Udvikling af receptor bindings assay til at bestemme receptor specificiteten af forskellige influenza A virus 19 Hurtig subtypning af influenza A virus stammer fra svin ved real time PCR 20 Subtypning af influenza A virus stammer fra svin ved brug af Fluidigm teknologi 21 6

7 Inficeres lunge epithelceller lige effektivt af influenza A virus fra fugl, svin og mennesker? 22 Etablering af Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assays (ELISA) til test for antistoffer mod influenza A virus 23 Subtypning af influenza A virus stammer fra fugle ved brug af Fluidigm teknologi 24 Fylogenetiske undersøgelser af infektiøs laryngotracheitis virus (ILTV) 25 Karakterisering af Newcastle disease (ND) virus fra danske fugle 26 Molekylær karakterisering af Porcin reproduktions og respiratorisk syndrom virus (PRRSV) 27 Etablering af real time PCR assay til påvisning af Porcin reproduktions og respiratorisk syndrom virus (PRRSV) 28 Forekomst af Hepatitis E virus (HEV) i fødevarer i Danmark 29 TT virus og andre små DNA virus - de nye hotte infektioner 30 Andre projekter: Gode ideer - virusinfektioner hos hest mm! 30 Virologi - Lindholm 31 Modulation of virus translation initiation efficiency 31 Characterization of bioengineered pestiviruses 32 Monitoring the determinants of pestivirus replication 33 Undersøgelse af muligheden for anvendelse af stabiliseret blod til diagnostik af mund og klovesyge ved PCR-metode 34 Afrikansk svinepest 35 African Swine Fever diagnosis based on FTA cards 35 Mælk som diagnostisk materiale til antistof undersøgelse 36 Inaktivering af svinepest virus i blod og væv fra grise 37 Mikrobiel økologi 38 Optimering af DNA oprensningsmetode til brug ved state-of-the-art sekventering 38 7

8 Bakteriologi og Patologi - København Hvilken rolle spiller Mycoplasma hyorhinis ved forekomst af bronchopneumoni og otitis media hos gris? M. hyorhinis er en hyppig kommensal i de øvre luftveje og det eustakiske rør hos gris. Organismen er i stand til at forårsage akut serofibrinøs polyserositis og arthritis hos unge grise op til 10 ugers alderen og kan ofte isoleres fra porcine bronchopneumonier. M. hyopneumoniae har i mange år været anerkendt som primært agens ved enzootisk pneumoni, derimod har der været den opfattelse, at M. hyorhinis alene ikke kan forårsage pneumoni, men kun agere som sekundær patogen efter M. hyopneumoniae har banet vejen. I de senere år er der fundet indikationer på at M. hyorhinis også kan fungere som primært agens og forårsage bronchopneumoni samt otitis media hos gris. Formålet med dette speciale er at undersøge forekomsten af M. hyorhinis i lunger og mellemører fra grise for at belyse organismens rolle ved udvikling af bronchopneumoni og otitis media. Metodik: Mikroskopi, histopatologi og in situ detektion af organismen (fluorescens in situ hybridisering/fish ), samt isolering af M. hyorhinis (ved dyrkning). Materiale: Svaber-prøver og formalin fikseret væv fra grise med bronchopneumoni og/eller otitis media, samt materiale fra kontrolgrise. Henvendelse: Seniorforsker Tim K. Jensen, tije@vet.dtu.dk 8

9 Colitis X i danske svin? Lawsonia intracellularis, E. coli, PCV2 samt spirochæter er hyppige årsager til diarré og tarmbetændelse hos svin. I forbindelse med et igangværende projekt har forskere fra Veterinærinstituttet for nyligt påvist en intracellulær bakterie i tyktarmensslimhindens epitel i fravænnede grise, hvori der ikke kunne påvises andre tarmpatogener. Bakterien forsøges identificeret ved molekylærbiologiske metoder, og der udvikles in situ hybridiseringsmetodik til diagnostisk identifikation i vævssnit. Bakteriens betydning som primær eller sekundær tarmpatogen er ikke undersøgt. Formålet med denne undersøgelse er at belyse betydningen og forekomsten af X bakterien i tarmen fra grise med og uden diarré for at klargøre om den er associeret til colitis. Metodik: Mikroskopi, histopatologi og fluorescens in situ hybridisering på vævssnit af colon. Materiale: Projektindsamlet vævssnit af colon fra grise med eller uden diarré findes allerede. Point: 30 ECTS Henvendelse: Seniorforsker Tim K. Jensen, tije@vet.dtu.dk Colitis hos svin er enterocytproliferation associeret til Brachyspira spp. infektion? Lawsonia intracellularis, E. coli og PCV2 er hyppige årsager til diarré og tarmbetændelse hos svin, mens betydningen af Brachyspira spp. endnu ikke er fuldt ud afklaret. I forbindelse med et igangværende projekt har forskere fra DTU Veterinærinstituttet for nyligt påvist en sammenhæng mellem forekomst af Brachyspira spp. og en øget tykkelse af colonslimhinden i fravænnede grise, hvori der ikke kunne påvises andre tarmpatogener. Formålet med denne undersøgelse er at belyse, om kolonisering af tyktarmen med Brachyspira spp. er associeret med en øget proliferation og afstødning af enterocytter for derved at sandsynliggøre bakteriernes patogene betydning. Enterocytproliferationen vil blive undersøgt ved hjælp af immunohistokemiske undersøgelser på vævssnit. Metodik: Mikroskopi, histopatologi, immunohistokemi og fluorescens in situ hybridisering på vævssnit af colon. Materiale: Projektindsamlet vævssnit af colon fra grise med eller uden diarré findes allerede. Point: 30 ECTS Henvendelse: Seniorforsker Tim K. Jensen, tije@vet.dtu.dk 9

10 Komparativ undersøgelse af konventionelle og molekylære metoder for diagnostik af Mycoplasma hyopneumoniae Mycoplasma hyopneumoniae er det primære agens ved svinets enzootiske pneumoni, og er dermed den mykoplasma, som er af størst økonomisk betydning for svineproduktionen i verden. I Danmark søges infektionen med M. hyopneumoniae holdt ude af SPF-systemet, men reinfektionsprocenten er relativ høj. For tiden er den laboratoriemæssige bekræftelse af reinfektionen af SPFbesætningerne baseret på dyrkning som referencemetode. Da M. hyopneumoniae er en langsomvoksende art, kan en dyrkningsbaseret identifikation tage op til 4-5 uger. Ved Veterinærinstituttet blev der for nylig udviklet en ny real-time PCR for identifikation af M. hyopneumoniae. Testen viste sig at være meget sensitiv og bruges i dag for påvisning af M. hyopneumoniae direkte i lungeprøver. Testen blev dog aldrig sammenlignet med dyrkning og kunne derfor ikke bruges som erstatning til dyrkning ved mistanke om reinfektion af SPF besætningerne. Dette projekt har til formål at undersøge sensitiviteten af Veterinærinstituttets standard dyrkningsprocedure og sammenligne denne med sensitiviteten af den nyudviklede real-time PCR test for diagnostikken af M. hyopneumoniae. Udførelse af projektet forudsætter indsamling af svinelunger fra slagteriet. I løbet af projektet skal den studerende opnå viden om og praktisk erfaring med de konventionelle teknikker og procedurer for påvisning og identifikation af Mycoplasma samt viden om og praktisk erfaring med mikrobiel identifikation og kvantitativ bestemmelse ved brug af real-time PCR. Resultater af undersøgelsen skal publiceres i et internationalt tidsskrift med referee. ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Branko Kokotovic, bkok@vet.dtu.dk, tlf Udvikling af PCR test til detektion af Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 4, 9 og 10 Veterinærinstituttet har tidligere udviklet multiplex PCR test for PCR-serotypnng af A. pleuropneumoniae serotype 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8 og 12. Testene er rettet mod de gener, der bestemmer produktionen af de serotypespecifikke kapselpolysaccharider (cps-gener). Baseret på tilgængelige cps gener fra serotype 4, 9 og 10 skal en ny multiplex PCR test udvikles og valideres på referencestammer samt udenlandske og danske feltisolater. Resultater af projektet forventes at danne basis for en publikation i et internationalt tidsskrift med referee. ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Øystein Angen, oang@vet.dtu.dk 10

11 Characterization of the bacterial microflora and reservoir of pathogenic bacteria in swine tonsils by molecular methods A number of important bacterial pathogens of pigs can reside as a commensal flora in the upper respiratory tract. Under conditions that are poorly understood, these organisms can be activated and cause disease in the colonized animal or be spread to other animals, particularly if they are of a different age or health status. For a number of bacteria, the tonsils are the primary site of both colonization and initial contact between the bacteria and the host immune system. As many of the bacteria residing in the tonsils of the host can not be grown by traditional methods, it is not practicable to determine the composition of the bacterial population by cultivation. Furthermore, some of the microorganisms, permanently colonizing the host tonsils, may be in a dormant stage in which they are equally difficult to cultivate. The objective of this study is to determine the tonsillar microbiota in a population of clinically healthy pigs from different herds by using culture-independent molecular methods such as comparative 16S rrna gene sequence analysis and fluorescence in situ hybridization (FISH). By these methods, the diversity, phylogeny, prevalence and spatial distribution of these unclassified bacterial populations can be determined. The variation within and between swine herds will also be assessed. Furthermore, the amount of potentially pathogenic bacteria will be evaluated by quantitative Real-Time PCR methods (qpcr), using tonsils from clinically infected animals. Some of these qpcr tests will be designed and evaluated during the project. Knowledge of the reservoir of pathogenic bacteria residing in tonsils of healthy pigs will provide significant insight into the dynamics of bacterial infections and facilitate future studies regarding the interaction between the lymphatic tissue of the tonsils and the residing bacterial flora. ECTC: 30 Supervision: The project will be performed at DTU VET (Veterinærinstituttet, Copenhagen) under supervision of senior researcher Kirstine Klitgaard Schou kksc@vet.dtu.dk and senior researcher Øystein Angen oang@vet.dtu.dk. Brachyspira hos fugle Bakterier inden for slægten Brachyspira kan findes inden for en række pattedyr og fugle. Flere arter er årsag til diarre hos svin. Undersøgelser fra Sverige har vist, at lignende arter også kan findes hos en række fuglearter. I projektet vil der indsamles svaberprøver fra fugle i forbindelse med ringmærkning. Brachyspira vil dyrkes på selektive medier og isolaterne karakteriseres biokemisk og genetisk. Bakterierne skal videre sammenlignes med danske isolater fra svin og fjerkræ samt isolater fundet hos svenske fugle. ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Øystein Angen, oang@vet.dtu.dk 11

12 Karakterisering af Brachyspira spp. ved multi locus sekvens typning (MLST) En række forskellige species af Brachyspira kan findes i tarmen hos svin, men fenotypisk adskillelse kan være meget besværlig. Brachyspira hyodysenteriae forsårsager svinedysenteri, og B. pilosicoli forårsager colitis, men for de øvrige species inden for slægten er den patogene betydning uafklaret. Der synes at være stor genetisk variation inden for de forskellige grupper, og for mange isolater er artsbestemmelsen behæftet med stor usikkerhed. Sekvensering af husholdningsgener har vist sig at være en god metode til at karakterisere stammer indenfor denne bakterieslægt. I projektet vil MLST blive brugt til to formål: 1) At karakterisere stammer der er genetisk tæt beslægtet med B. hyodysenteriae for at evaluere speciesidentifikation baseret på PCR og FISH. 2) At karakterisere variationen blandt danske stammer tilhørende de forskellige Brachyspira spp. ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Øystein Angen, oang@vet.dtu.dk Udvikling af et VNTR-typningssystem for Actinobacillus pleuropneumoniae A. pleuropneumoniae er en bakterie, der forårsager pleuropneumoni hos svin og har stor betydning for økonomi og dyrevelfærd i alle europæiske lande. Isolater af A. pleuropneumoniae er vist at have en klonal populationsstruktur og begrænset genetisk variation. For at gennemføre epidemiologiske studier og spore smittespredning er det nødvendig at benytte højt diskriminative typningsmetoder. Den fulde genomsekvens er nu tilgængelig for flere referencestammer inden for denne species. I dette projekt vil genomsekvensen af A. pleuropneumoniae serotype 2 og 6 blive brugt til at udvikle et variable number tandem repeat (VNTR) typningssystem for denne bakterie. Metoden er baseret på at korte, repeterende genetiske elementer forekommer i nærtbeslægtede bakteriers genomer med forskelligt antal kopier. Egnede repeterende sekvenser skal identificeres fra de foreliggende genomsekvenser og bruges til at lave en egnet typningsprotokol. De variable områder skal amplificeres ved PCR og kopitallet bestemmes ved sekvensering. Metoden vil blive evalueret på en kollektion af referencestammer, inklusiv stammer der tidligere er undersøgt ved andre typningsmetoder. Resultater af projektet forventes at danne basis for en publikation i et internationalt tidsskrift med referee. ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Øystein Angen, oang@vet.dtu.dk 12

13 Bakteriofag-terapi en ny metode til at bekæmpe fiskesygdomme Virus der inficerer bakterier, de såkaldte bakteriofager, kan potentielt udnyttes til at bekæmpe sygdomsfremkaldende bakterier, som et alternativ eller supplement til antibiotika. I samarbejde med KU, Chr. Hansen A/S, BioMar A/S og Dansk Akvakultur gennemfører vi et projekt, der undersøger potentialet i denne nye behandlingsform kaldet bakteriofag-terapi til behandling af fiskesygdomme. Projektets formål er at udvikle en ny metode til behandling af infektioner i regnbueørred med bakterien Flavobacterium psychrophilum, som er årsag til sygdommen yngeldødelighedssyndromet (YDS), et af de største sygdomsproblemer i dansk dambrug. I en tid med stigende problemer med antibiotikaresistens er der er stort behov for at forske i alternative behandlingsformer. Projektet vil undersøge potentialet i at udnytte bakteriofager (bakterievirus) til at dræbe F. psychrophilum i inficerede fisk samt grundlaget for en kommerciel udnyttelse af en egentlig behandlingsmetode mod sygdommen. Rent praktisk betyder det arbejde med isolering og karakterisering af bakteriofager, samt at teste for effekter af fagtilsætning på overlevelse af regnbueørreder. Henvendelse til seniorforsker Inger Dalsgaard inda@vet.dtu.dk eller seniorforsker Lone Madsen loma@vet.dtu.dk, Reference: Stenholm, AR, Dalsgaard, I & Middelboe, M. (2008). Isolation and characterization of bacteriophages infecting the fish pathogen, Flavobacterium psychrophilum. Appl. Environ. Microbiol. 74:

14 Karakterisering af Flavobacterium psychrophilum isoleret fra forskellige fiskearter Sygdommen yngeldødelighedssyndromet forårsaget af bakterien Flavobacterium psychrophilum har siden midten af 80erne forårsaget store tab ved produktion af regnbueørreder i dambrug i Danmark såvel som i andre europæiske lande. Bakterierne, der er isoleret fra regnbueørreder, er gennem tidligere forskningsarbejde karakteriseret ved hjælp af biokemiske, serologiske og molekylær mikrobiologiske metoder. Bakterien er i enkelte tilfælde isoleret fra aborrer, bækørreder og laks i opdræt. Projektets formål er at undersøge om bakterierne, der er isoleret fra de forskellige fiskearter, er beslægtede, og dermed kan udgøre en mulig smittekilde. Metodik: Fænotypiske (biokemi og serologi) og molekylærbiologiske metoder, f.eks. pulsed-field gel elektroforese (PFGE). ECTC: 30 Henvendelse til seniorforsker Inger Dalsgaard inda@vet.dtu.dk eller seniorforsker Lone Madsen loma@vet.dtu.dk, Tilsætning af essentielle olier til fiskefoder hvordan påvirker det overlevelsen af fiskepatogener? Forskellige tilsætninger til fiskefoder, eksempelvis probiotika, menes at kunne styrke regnbueørredens immunforsvar. Essentielle olier af forskellig oprindelse kunne tænkes at have samme effekt. Det ønskes at belyse, om overlevelsen af forskellige fiskepatogener påvirkes ved tilsætning af essentielle olier. I første omgang foretages undersøgelsen i laboratoriet, da et positivt resultat her er obligatorisk, før der vil blive foretaget en afprøvning i foder til fisk. Metodik: Under laboratorieforhold undersøges hvordan tilsætning af forskellige essentielle olier påvirker en bouillon kultur af et fiskepatogen, eksempelvis Flavobacterium psychrophilum (årsag til Yngeldødelighedssyndromet) eller Yersinia ruckeri (årsag til rødmundsyge). ECTS: 30 Henvendelse til seniorforsker Lone Madsen loma@vet.dtu.dk eller seniorforsker Inger Dalsgaard inda@vet.dtu.dk, 14

15 Immunologi - København Lav speciale i Faggruppen for Adaptiv Immunologi I Faggruppen for Adaptiv Immunologi på DTU Veterinærinstituttet forsker vi i vaccineudvikling og lokalt og systemisk immunrespons på en række infektionssygdomme i køer og grise. Herunder også udvikling af nye og bedre tests til måling af såvel humoralt som cellemedieret immunrespons ved eksempelvis flow cytometri, ELISPOT, cytokinanalyser, genekspression eller dannelsen af rekombinate MHC klasse I tetramer molekyler. I de senere år har vi sat fokus mod anvendelse af den immunologiske viden til udvikling og afprøvning af nye vacciner, hvor vi har særlig opmærksomhed på at udvikle og følge relevante immunologiske korrelater for en beskyttende immunitet. Der er næsten altid en mulighed for at gå i dybere detaljer med de projekter, vi har kørende, så hvis du er interesseret i anvendt immunologi, er du velkommen til at kontakte professor Gregers Jungersen og høre nærmere om, hvilke muligheder der er netop nu. Blandt de infektionssygdomme. vi har arbejdet med, er: paratuberkulose (Mycobacterium paratuberculosis), brucellose (Brucella suis), yersiniose (Yersinia enterocolitica O:9), porcin Mycoplasma arthritis (Mycoplasma hyosynoviae), porcin proliferativ enteropati (Lawsonia intracellularis), ascaridiose i kyllinger (Ascaridia galli), toxoplasmose (Toxoplasma gondii), og porcin ascariose (Ascaris suum). Eksempler på nylige bachelor- og specialeprojekter i faggruppen: Etablering af porcine T-celle kloner med specificitet over for Lawsonia intracellularis Characterization of interferon-gamma producing CD8+ T cells in the porcine immune response to Lawsonia intracellularis infection Quantitative measurements of antigen-specific cell-mediated immune responses by interferongamma assay, ELISpot and intracellular flow cytometry Prediction and Identification of Virally Derived Peptides for the Binding and Complex Formation of Swine Leukocyte Antigen Molecules SLA-1*04:01, SLA-1*07:01, SLA-1*07:02 and SLA-2*04:01 Flowcytometrisk påvisning af regulatoriske T-celler i kalve eksperimentelt smitte med paratuberkulose Characterization of cellular interactions during in vitro assays for cell mediated immunity in cattle vaccinated against Mycobacterium paratuberculosis Kloning og karakterisering af bovine integriner Henvendelse til Gregers Jungersen, professor, dyrlæge og faggruppeleder for adaptiv immunologi, ved Afdeling for Veterinær Diagnostik og Forskning på DTU Veterinærinstituttet, Bülowsvej 27, 1870 Frederiksberg C, direkte telefon , mobil , grju@vet.dtu.dk 15

16 Skriv speciale i Faggruppen for Innat Immunologi Faggruppen for Innat Immunologi forsker i de basale, ikke-specifikke immunreaktioner, der optræder i det tidlige værtsrespons på infektion og/eller vævsskade og som omfatter inflammation, akut-fase protein responset, feber osv. Dette er vigtigt for at forstå sådanne innate (medfødte) responsers rolle i infektionsbiologi, infektionspatogenese, modtagelighed kontra modstandsdygtighed mod infektion osv., hvilket kan bidrage til udviklingen af biomarkører for disse tilstande (diagnostik baseret på værtsreaktioner) og til at identificere nye targets for intervention. Dette arbejde danner også baggrunden for at arbejde med dyremodeller for specifikke infektioner og for ernæringsinduceret fedme-relateret sygdom (metabolic syndrome), samt for etablering af nye objektive metoder til måling af dyrevelfærd, baseret på biomarkører for stress og sygdom. Endvidere danner det baggrund for forsøg med udvikling af nye typer af molekylære adjuvanser baseret på en forståelse af, hvordan specifik (adaptiv) immunitet styrkes af den rette dosering og kombination af innate immunfaktorer. Vores basis er proteinkemi, immunologi, high-throughput molekylærbiologiske metoder og organisk kemi, specielt peptid- og dendrimerkemi. Vi er metodeorienterede og udvikler ofte nye metoder og koncepter fra bunden, men har samtidigt et stærkt biologisk, biokemisk og immunologisk fundament. Tværfagligt speciale Vi er ikke permanent bemandet med dyrlæger i vores faggruppe, men rigtigt mange af vores projekter er baseret på tværdisciplinært samarbejde med dyrlæger på universiteter og i industrien, foruden naturligvis på vores eget institut, herunder især med vores søsterfaggruppe Adaptiv Immunologi. Vores projekter giver dig derfor som dyrlægestuderende lejlighed til at arbejde tværfagligt og med et stort selvstændigt ansvar for evt. dyrlægefaglige dele af projektet. Som eksempler på områder med dyrlægefaglig relevans som mange af projekterne ligger inden for, kan nævnes Akut-fase responset ved infektion hos svin, kvæg, heste og andre husdyr Aiagnostikudvikling baseret på kemisk fremstillede ligander eller antigener Fibrilleringsprocessen hos prionproteinet Inflammationsmarkører ved overvægt i svinemodeller for fedme Transkriptionsanalyser af værtsrespons på infektion i diverse infektionsmodeller (herunder modeller for humane infektioner) Funktionel karakterisering af proteiner og andre faktorer i cellekultursystemer mhp. belysning af pro- eller præbiotiske effekter Storskala oprensning og derivatisering af immunglobuliner til passiv immunisering af produktionsdyr 16

17 Eksempler på nylige bachelor- og specialeprojekter i Faggruppen for Innat Immunologi: Development of a Laser capture Microdissection protocol targeting adipose tissue macrophages for mrna extraction and analysis High-throughput gene expression analysis of host and pathogen in porcine lung infection Characterization of microrna in human in vitro stimulated blood samples Effekt af kolostrum på porcine tarmepithelceller som model for nekrotiserende enterocolitis The effect of functionalized dendrimers on fibrillated alpha-synclein Expression in Drosophila S2 cells, purification and biological characterization of recombinant bovine serum amyloid A (SAA) isoforms Karakterisering af immunrelateret genekspression i slagtesvin med akut ledbetændelse forårsaget af infektion med Mycoplasma hyosynoviae Mulige specialeprojekter Stikord til nye projekter som står åbne for interesserede og dygtige veterinære specialestuderende med lyst og mod på tværdisciplinært arbejde i et dynamisk miljø med spændende og relevante forskningsområder: Optimering af metoder til konjugering af antistoffer med fluorophorer Undersøgelse af fluktuationer i cirkulerende mikrorna i blod under infektion Porcint alpha-1-acid glycoprotein: karakterisering af gen ekspression og serumproteinniveauer under infektion of i fedmemodelelr Stabilisering af immunglobulin til oral dosering og aftestning i svin (besætninger) og kyllinger (eksp. campylobacterinfektion) Udvikling af turbidimetrisk, dendrimer-baseret metode til koncentrationsbestemmelse af C-reaktivt protein Fremstilling af antistoffer mod dendrimerer Udvikling af selected reaction monitoring mass spektrometri til analyse af proteiner i blod og væv Undersøgelse af det murine lunge SAA respons på nanopartikeleksponering Etablering af spyt-baserede assays til måling af stress-relaterede faktorer hos svin Karakterisering af proteiner og/eller microrna i exosomer hos husdyr Nogle af disse emner er brede og kan rumme flere specialprojekter med forskelligt sigte, og vi er også åbne over for andre projektforslag, som ligger inden for vores generelle områder. Henvendelse til Peter Heegaard, professor, biokemiker, studieleder (Farmateknologi), faggruppeleder for Innat Immunologi ved, telefon og pmhh@vet.dtu.dk 17

18 Karakterisering af genekspression i grise med tarmbetændelse - High throughput gene expression analysis of host response during Lawsonia intracellularis infection in pigs Bakterien Lawsonia intracellularis er den hyppigst diagnosticerede årsag til diarré hos slagtesvin i Danmark og er dermed en af de vigtigste årsager til det store antibiotikaforbrug i svineproduktionen. Bakterien lever inde i celler i tarmen, hvilket fører til fortykkelse af tarmen, nedsat fødeoptag, utrivelighed og nedsat dyrevelfærd. På Veterinærinstituttet er der udført eksperimentelle infektionsforsøg, som viser, at en primær infektion kan beskytte mod gentagen infektion. Disse og andre forsøg viser, at det celle-medierede immunforsvar har stor betydning for bekæmpelse af L. intracellularis infektion. Men lokalt i tarmen kan innate (medfødte) forsvarsmekanismer være af stor betydning for om bakterien får mulighed for at etablere sig (dvs. kolonisere tarmepitelceller) og udvikle infektion. Lawsonia intracellularis er ud fra en cellebiologisk betragtning en meget interessant bakterie. Den er obligat intracellulær, dvs. fuldstændig afhængig af en værtscelle. Men samtidig er bakterien i stand til at modstå cellens forsvarsmekanisme - måske ved at flygte ud i cellecytoplasmaet og derved modstå diverse drabsmekanismer. Projekt Eksisterende vævsprøver fra tarm og lever udtaget fra eksperimentelt L. intracellularis inficerede grise og ikke inficerede kontrolgrise danner grundlag for dette projekt. Den studerende skal måle ekspressionen (det niveau, hvor et bestemt gen er udtrykt) af udvalgte immunologiske gener som bla. defensiner, cytokiner, og kemokiner vha. RT-qPCR. Disse resultater skal korreleres med allerede eksisterende data, som beskriver infektionsgraden og immunsvaret i disse grise. Den studerende skal selv designe og indkøre nogle enkelte primere til RT-qPCR men fortrinsvis benytte sig af indkørte og validerende primer assays. Spørgsmål der ønskes belyst Hvordan påvirker L. intracellularis genekpression lokalt i tarmen samt i leveren hos svin inficeret med L. intracellularis? Kan der påvises en sammenhæng imellem ekspression af immunfaktorer og infektionsgrad/sygdom? Andet Projektet vil give den studerende kendskab til og erfaring med ekstraktion og kvalitetsmåling af RNA, real time PCR (high throughput systemet Fluidigm), primer design og validering samt ekspressionsdataanalyse. Herudover vil det give den studerende indblik i anvendelse af forskellige analysemetoder til at karakterisere immunsvaret ved infektion/og vaccineudvikling. Arbejdet vil blive udført i faggrupperne for Innat og Adaptiv Immunologi på Veterinærinstituttet, hvor der blandt andet forskes i immunrespons, vaccineudvikling, og udvikling af ny diagnostik. Hvis det er muligt, skal resultater af undersøgelsen publiceres i et internationalt tidsskrift med referee. Henvendelse til seniorforsker Ulla Riber (urib@vet.dtu.dk) eller Kerstin Skovgaard (tlf. nr.: ; kesk@vet.dtu.dk) 18

19 Virologi - København Udvikling af receptor bindings assay til at bestemme receptor specificiteten af forskellige influenza A virus Forskellige subtyper af influenza A virus kan foretrække at binde til forskellige receptorer ved infektion af værtsceller. Undersøgelse af receptor specificiteten af influenza virus kan undersøges ved at anvende et receptor bindings assay, som i det pågældende projekt skal udvikles og anvendes på interessante influenza stammer. Baggrund Når influenza A virus inficerer en celle binder den sig først og fremmest til bestemte receptorer (glycosaccharider) på overfladen af cellen. Om et influenza virus har succes med at inficere en celle, er meget afhængig af det pågældende virus specificitet til de receptorer, værtscellen udtrykker på overfladen. Influenza virus fra forskellige dyrearter har forskellige receptorpræferencer, og fordelingen af receptorer i vævene hos forskellige dyrearter er ligeledes forskellige. Normalt binder menneske influenza til en receptor, der hedder sialic acid-alpha-2,6-terminal saccharide, og fugleinfluenza binder normalt til sialic-acid-alpha-2,3-terminal saccharides. Men det lader til, at nogle virus kan binde til begge receptorer. Den pandemiske H1N1 svineinfluenza en ser ud til at inficere atypisk i luftvejene og giver anledning til mere alvorlig sygdom hos nogle mennesker. Årsagen kan muligvis ligge i, at receptorspecificiteten af den pandemiske H1N1 influenza virus er anderledes end normalt forekommende menneskeinfluenza. Projekt Projektet vil gå ud på at udvikle et assay til at undersøge influenza virus bindingsaffinitet til forskellige mulige receptorer og undersøge receptorspecificiteten af en række virus af fugle og svine oprindelse. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, Faggruppen for virologi, 19

20 Hurtig subtypning af influenza A virus stammer fra svin ved real time PCR Subtypning af influenza A virus er normalt en meget krævende proces. I dette projekt udvikles real time PCR assays baseret på PriProET kemien til hurtigt subtypning af positive influenzavirus prøver fra svin. Baggrund Influenza A virus er en gruppe af virus, der kan inficere en lang række dyr, herunder svin, fugle og mennesker. Influenzavirus subtypes ud fra generne HA og NA og svømmefugle, der anses for at være reservoir for influenza A virus, indeholder alle subtyper af de to gener (H1 til H16 og N1 til N9), men dog ikke alle kombinationer. Hos mennesker og svin er det hovedsagligt subtyperne H1N1, H1N2 og H3N2, der er isoleret. Hos svin er der således reelt tale om fire gener, der skal kunne detekteres, nemlig H1, H3, N1 og N2, men da influenzavirus er et RNA virus findes der stor sekvensvariation for de enkelte gener, hvilket gør det vanskeligt at detektere alle f.eks. H1 varianter i et real time PCR assay. Normalt types influenzavirus ved HI-test (hemagglutinin inhibition test), hvor virus isolatet testes imod relevante HA antisera for HA subtype bestemmelse. NA subtypes efterfølgende i et assay imod alle relevante NA antisera. En anden metode til subtypning er partiel eller fuldlængde Sangersekventering af HA og NA generne. Fælles for alle disse metoder er, at de er tidskrævende. Projekt I dette projekt skal der designes og valideres et eller flere real time PCR assays til detektion af alle varianter af H1 gen, der forekommer i svin. Nye real time PCR assays skal designes ved sammenligning (alignment) af kendte svine influenzavirus H1 sekvenser samt ved brug af et real time PCR design software. Det er vigtigt at de nye H1 real time PCR assays virker under samme PCR betingelser som de øvrige svineinfluenzavirus subtypningsassays. Projektarbejdet vil indebære oprensning af influenzavirus RNA-genom, opsætning og udførelse af real time PCR, test af sensitivitet og specifitet overfor kendte svine influenzavirus subtyper. Omfanget af projektet kan tilpasses ved at udvælge, hvor mange H1 varianter der skal kunne subtypes. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, Faggruppen for virologi, 20

21 Subtypning af influenza A virus stammer fra svin ved brug af Fluidigm teknologi Subtypning af influenza A virus er normalt en meget krævende proces. I dette projekt udvikles derfor en PCR array chip Fluidigm chip der kan subtype alle relevante kombinationer af H og N for svine influenzavirus på en gang, samt genets fylogenetiske tilhørsforhold. Baggrund Influenza A virus er en gruppe af virus, der kan inficere en lang række dyr, herunder svin, fugle og mennesker. Influenzavirus subtypes ud fra generne HA og NA, og svømmefugle, der anses for at være reservoir for influenza A virus, indeholder alle subtyper af de to gener (H1 til H16 og N1 til N9), men dog ikke alle kombinationer. Hos mennesker og svin er det hovedsagligt subtyperne H1N1, H1N2 og H3N2, der er isoleret. Ud over subtype bestemmelse er der også fokus på hvilken vært genet oprindeligt kommer fra, hvilket kan belyses ved fylogenetiske analyser. I svin opdeles H1 genet f.eks. i tre varianter kaldet; klassisk, aviær-lignende samt human-lignende. Normalt types influenzavirus ved HI-test (hemagglutinin inhibition test), hvor virus isolatet testes imod relevante HA antisera for HA subtype bestemmelse. NA subtypes efterfølgende i et assay imod alle relevante NA antisera. En anden metode til subtypning er partiel eller fuldlængde sanger sekventering af HA og NA generne. Fælles for alle disse metoder er, at de er tidskrævende. Projekt I dette projekt vil en PCR array chip, baseret på Fluidigm teknologien, blive udviklet. En Fluidigm chip kan analysere 48 forskellige prøver (virus isolater) overfor 48 forskellige PCR assays i en analyse, eller 96 prøver overfor 96 PCR assays ved at bruge en større chip. Projektarbejdet vil omhandle litteratursøgning efter PCR assays til detektion af alle relevante HA og NA gener. Endvidere ville det være interessant at påsætte PCR assays, der kunne detektere genets fylogenetiske tilhørsforhold. For at Fluidigm chippen kan virke er det vigtigt, at alle udvalgte PCR assays: i) virker under de samme PCR betingelser; ii) de enkelte assays er genspecifikke; iii) at der er flere assays for hvert gen. Arbejdet vil derfor involvere; oprensning af influenzavirus RNA genom, optimering af adskillige PCR assays, test af specificitet for udvalgte PCR assays samt opsætning og udførelse af Fluidigm analyser. Omfanget af projektet kan tilpasses ved at udvælge, hvilke specifikke HA og NA gener Fluidigm chippen skulle indeholde. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, Faggruppen for virologi, 21

22 Inficeres lunge epithelceller lige effektivt af influenza A virus fra fugl, svin og mennesker? Det har vist sig, at fugleinfluenza virus foretrækker at inficere bestemte celler i lungerne hos grise og mennesker, de såkaldte alveolær type II epithelceller. Årsagen hertil er ukendt og vil blive forsøgt belyst i projektet ved at anvende cellekultursystemer. Baggrund Lungevævet er beklædt med to typer af epithelceller: type I og II alveolære epithelceller. Almindelige svineinfluenza virusser inficerer både type I og II alveolære epithelceller. Et interessant fund på DTU Veterinærinstituttet har vist, at fugleinfluenza infektion hos grise, ligesom hos mennesker, foretrækker type II cellerne. Årsagen til, at fugleinfluenza foretrækker at inficere type II epithelcellerne, er ukendt. Men da infektion med fugleinfluenza hos mennesker har vist sig at give svære infektioner med høj dødelighed, kan denne forkærlighed for type II celler være en vigtig faktor for den aggressive sygdomsudbredelse. En af grundene kan være, at type II celler producerer vigtige stoffer som f.eks. surfactant proteiner, der medvirker til at forsvare lungerne mod infektion. Projekt For at undersøge mekanismerne, der ligger bag prædilektionen af fugleinfluenza for alveolære type II epithelceller, vil vi benytte komercielt tilgænglige humane lunge epithelcellelinier. Den humane alveolær epithelcellelinie A549 er kendt for at være yderst modtagelig overfor influenza A virus infektion af alle typer. Andre humane epithelcelleliner som SW-1573, NCI-H358 og NCI-H1404, hvoraf de to sidste udtrykker surfactant proteiner, er så vidt vides ikke undersøgt ved influenza A virus infektion. Forskelle ved infektion med influenza A virus fra forskellige kilder vil blive beskrevet ved at kigge på den cytopathogen effekt og TCID/50 bestemmelser til forskellige tidspunkter efter infektion. Infektionsforskelle vil blive yderlig belyst ved forskellige behandlinger af cellerne som f.eks. tilsætning eller fjernelse af surfactant proteiner, tilsætning af et enzym, der fjerner receptorer, mv. Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, Faggruppen for virologi, 22

23 Etablering af Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assays (ELISA) til test for antistoffer mod influenza A virus Udvikling af bredspektrede og specifikke Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assays (ELISA) til påvisning af antistoffer mod influenza A virus. Baggrund Antistoffer mod influenzavirus har hovedsagligt været bestemt ved Hæmagglutinations Inhibitionstests (HI-test), hvor man har benyttet sig af influenza virus evne til at hæmagglutinere (binde) røde blodlegemer. HI-tests kan dog ofte give meget varierende resultater, da testen er afhængig af specificiteten af de dannede antistoffer overfor virus antigenet, man anvender i testen. Dog kan HItesten være meget sensitiv under de rette betingelser. I diagnostiske sammenhænge vil man have ukendte prøver, og derfor er det vigtigt, at man får et pålideligt resultat. Enzymelinked immunosorbent assays (ELISA) kan designes med mere generelle antigener, som kan detektere en bredere vifte af specifikke antistoffer dannet overfor forskellige virus subtyper. Samtidigt er det også muligt at gøre testen mere specifik ved at anvende specifikke antigener fra viruspartiklen. Projekt Projektets formål vil gå ud på at udvikle og validere forskellige influenzaantistof specifikke ELISA assays på serumprøver fra svin og fjerkræ og sammenligne resultatet med HI-testen. Projektet udføres i samarbejde med afdelingens forskere og laboranter samt de involverede EUpartnere. Projektet er et meget velegnet specialeprojekt, og der er driftsmidler til rådighed. Specialet er egnet til en eller to studerende. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, Faggruppen for virologi, 23

24 Subtypning af influenza A virus stammer fra fugle ved brug af Fluidigm teknologi Subtypning af influenza A virus er normalt en meget krævende proces. I dette projekt udvikles derfor en PCR array chip Fluidigm chip der kan subtype alle kombinationer af H og N for aviær influenzavirus på en gang. Baggrund Influenza A virus er en gruppe af virus, der kan inficere en lang række dyr, herunder svin, fugle og mennesker. Influenzavirus subtypes ud fra generne HA og NA, og svømmefugle, der anses for at være reservoir for influenza A virus, indeholder alle subtyper af de to gener (H1 til H16 og N1 til N9), men dog ikke alle kombinationer. Normalt types aviær influenzavirus ved HI-test (hemagglutinin inhibition test), hvor virusisolatet testes imod alle 16 HA antisera for HA subtype bestemmelse. NA subtypes efterfølgende i et assay imod alle 9 NA antisera. En anden metode til subtypning er partiel eller fuldlængde Sanger sekventering af HA og NA generne. Fælles for alle disse metoder er, at de er tidskrævende. Projekt I dette projekt vil en PCR array chip, baseret på Fluidigm teknologien, blive udviklet. En Fluidigm chip kan analysere 48 prøver (virusisolater) overfor 48 PCR assays i en analyse, eller 96 prøver overfor 96 PCR assays ved at bruge en større chip. Projektarbejdet vil omhandle litteratursøgning efter PCR assays til detektion af alle 16 HA gener og alle 9 NA gener. Det er vigtigt for alle udvalgte PCR assays: i) at de virker under de samme PCR betingelser; ii) at de enkelte assay er genspecifikke; iii) at hvert gen bliver testet i mere end et assay. Arbejdet vil derfor involvere; oprensning af influenzavirus RNA genom, optimering af adskillige PCR assays, test af specificitet af udvalgte PCR assays samt opsætning og udførelse af Fluidigm analyser. Projektet vil kunne opdeles i projekter af forskellig størrelse, ved kun at udvælge specifikke HA og NA gener til Fluidigm chippen. Projekttype: Alle ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, Faggruppen for virologi, 24

25 Fylogenetiske undersøgelser af infektiøs laryngotracheitis virus (ILTV) ILT virus (et herpesvirus) kan give anledning til voldsomme luftvejslidelser og er et problem i fjerkræ globalt. Det foreslåede projekt vil lave en molekylær biologisk karakterisering af ILTV virus diagnostificeret i Danmark med henblik på epidemiologien af ILTV i Danmark. Denne viden er essentiel i bestræbelserne for at holde dette virus ude af de kommercielle besætninger. Baggrund I Danmark er sygdommen anmeldepligtig. Siden 1. juni 2010 har DTU Veterinærinstituttet modtaget i alt 20 indsendelser fra besætninger i forbindelse med klinisk mistanke om ILTV og 13 (65%) af ind-sendelserne var ILTV positive. Årsagen til de konstaterede udbrud i Danmark er ikke kendt. Hovedparten af de stammer, der isoleres fra udbrud i Europa og USA, stammer fra vaccinestammer, der har reverteret til virulens, men da de danske virus ikke er blevet karakteriseret nærmere, ved vi ikke, om de kliniske udbrud af ILTV i Danmark skyldes vaccinevirus. Formålet med projektet er at implementere en metode til detaljeret karakterisering af ILTV virus isolater. Denne molekylærbiologisk karakterisering vil kunne anvendes som et molekylært fingeraftryk, som er unikt for et givent virusisolat og kan dels anvendes til at udrede, om et givent udbrud skyldes vildtstammer eller reverterede vaccinestammer, og dels til at spore oprindelsen af et udbrud. Projekt Etablering af metode til karakterisering af ILT virus. På baggrund af publicerede assays og alignments af gener fra gendatabaser vil et PCR assay blive designet, som ideelt amplificerer et område af genet på baser, idet dette område direkte kan sekventeres med PCR primerne. Hvis 500 baser ikke er nok til at give en valid karakterisering, vil et større område af viruset blive inkluderet. Metoden vil i første omgang blive etableret ved analyse af det kendte isolat, der pt anvendes som positiv kontrol i laboratoriet. Metoder til DNA-ekstraktion og PCR af ILTV er etablerede rutiner i laboratoriet. Når metoden er etableret og valideret på et kendt positiv isolat, vil vaccinestammen blive sekventeret direkte fra vaccinepreparationen. Endvidere vil arkiveret virus fra de 13 indsendelser, der har været positive siden vaccination blev indført i 2009, blive sekvenseret. Endelig vil ældre positive ILTV fra tiden før vaccination blive sekvenseret. Sekvenserne vil blive analyseret med standard bioinformatiske metoder (alignments og fylogenetiske træer), der er etablerede og anvendes rutinemæssigt i laboratoriet. Projekttype: Speciale ECTS: Fleksibelt Henvendelse: Professor Lars Erik Larsen, lael@vet.dtu.dk, Faggruppen for virologi, 25