Reference Manager ver. 11 Minivejledning Conni Skrubbeltrang Medicinsk Bibliotek Forskningens Hus November 2005
1
INDHOLDSFORTEGNELSE Indholdsfortegnelse... 2 Reference Manager... 4 Om denne vejledning... 4 Databasefunktioner (Menu File)... 4 Navngiv en ny database (New Database)... 5 Vælg en eksisterende database (Open Database)... 6 Ændring af standardopstæningen (Menu Tools)... 6 Options... 6 Oprettelse af databaser i Reference Manager... 9 Import af referencer fra en tekstfil... 9 SØGNING I PUBMED DIREKTE FRA REFERENCE MANAGER... 13 Manuel indtastning af referencer... 14 Søgning (Search)... 14 Litteraturlister (Bibliography)... 15 Udskriv en litteraturliste direkte til printer... 15 Udskriv en litteraturliste til en fil... 16 Manuskripter (Cite While You Write)... 17 Instant formatting... 17 Vælg outputstyle... 18 Udveksling af dokumenter... 20 Traveling Library... 20 Revert to Original Text... 21 Remove Field Codes... 21 2
3
REFERENCE MANAGER OM DENNE VEJLEDNING Denne vejledning er tænkt som en enkel indføring i de vigtigste funktioner i Reference Manager. For en mere udførlig gennemgang af programmet henvises til : Skrubbeltrang, C. og Christensen, H. Introduktion til Reference Manager ver. 11. Aalborg. 2005 eller programmets manual. Hvad er Reference Manager Reference Manager er et referencehåndteringsprogram dvs. et databasesystem, hvor man har mulighed for at registrere information om artikler og andre referencetyper som f.eks. afsnit i bøger eller bøger. Referencerne kan importeres til Reference manager fra en fil, man downloader fra elektroniske databaser som f.eks. PubMed, CINAHL eller EMBASE. Reference Manager kan integreres direkte i Word og bruges som hjælpemiddel, når man skriver manuskripter med litteraturreferencer. Programmet kan automatisk fremstille litteraturlister til forskellige tidsskrifter. Programmet har indbygget en hjælpefunktion som aktiveres via menulinien eller ved at taste F1. DATABASEFUNKTIONER (MENU FILE) I Reference Manager er det muligt at oprette og bruge mere end én database. Mindre databaser er hurtigere at arbejde med, fordi de indeholder færre informationer. Der kan arbejdes med flere databaser på samme tid, og mange af programmets funktioner kan udføres på én gang i alle åbne databaser. F.eks. kan man søge referencer, generere bibliografier og checke for dubletter i flere databaser på én gang. Før man opretter en database, bør man overveje, om man ønsker at arbejde med én stor database, hvor man vælger referencer ud på baggrund af veldefinerede emneord, eller man hellere vil arbejde med mindre emneopdelte databaser. For ikke at få blandet sine databasefiler med selve programfilerne anbefales det, at oprette en særlig databasemappe. En database i Reference Manager består af to filer. Programmet skaber selv de nødvendige databasefiler ved at tilføje.rmd og.rmx til databasenavnet. Hvis databasen skal kopieres/flyttes, så husk at medtage begge filer (f.eks. via Stifinder). 4
NAVNGIV EN NY DATABASE (NEW DATABASE) 1. Fra menuen File vælges New Database. 2. Vinduet New Reference Manager Database åbnes. Hvis man ikke på forhånd har oprettet en databasemappe, klikkes på ikonet for opret ny mappe Kald f.eks. den nye mappe Baser 3. Dobbeltklik på mappen Baser, og angiv filnavn på den nye database. Navnet kan i princippet været lige så langt, man ønsker, men for at undgå problemer med servere, der ikke understøtter lange filnavne, anbefales det at skrive et navn på max. 8 karakterer. I eksemplet er valgt navnet cold. Klik på New, når databasen har fået navn. 4. Databasevinduet åbnes og angiver, at databasen er tom. 5
VÆLG EN EKSISTERENDE DATABASE (OPEN DATABASE) 1. Fra menuen File vælges Open Database. 2. I dialogvinduet Open Reference Manager Database vælges en database enten ved at dobbeltklikke på den eller ved at indtaste navnet. 3. I dialogboksen Access rights vælges Read-Write Exclusive. 4. Klik på Åbn når basen er valgt, eller navnet indtastet. Det er muligt at have flere databaser åbne på én gang. Det ses på fanebladene nederst i vinduet, hvor mange baser, der er åbne. ÆNDRING AF STANDARDOPSÆTNINGEN (MENU TOOLS) Reference Manager leveres med en standard-opsætning af programmets funktioner og felter. Fra menuen Tools har man mulighed for at ændre i standardopsætningen og tilrette den til egne behov. OPTIONS Under Options har man mulighed for at ændre nogle parametre i standardopsætningen, som kommer til at gælde for alle ens databaser. Disse parametre findes på fanebladene: General, Retrieval, Duplicate Search, Import, Reference Edit. I flerbrugermiljøer, skal man således være enige om opsætningen, inden man foretager ændringer. I det følgende gennemgås hvordan man ændrer udvalgte funktioner i standardopsætningen. 6
Fanebladet Retrieve (Ændring af søgefelter) Man kan ændre i standardopsætningen for, hvilke felter, der anvendes i forbindelse med søgning. Der kan vælges mellem Complete List og Customized. 1. Fra menuen Tools vælges Options. 2. Vinduet Options åbnes. 3. På fanebladet Retrieval markeres Customized og, der klikkes på Customize for at udvælge søgefelter. 4. Vinduet Customize Field Search List åbnes. Vinduet indeholder en værktøjslinie og 3 kolonner. Generic Label, er det feltnavn, som anvendes i Reference Manager. Custom Label, her har man mulighed for at omdøbe feltet. Shortcut angiver hvilken forkortelse, man kan anvende ved angivelse af søgefelt ved søgning. 5. Felter tilføjes ved klik på hvorefter vinduet Add Field åbnes, og man kan vælge hvilket felt man ønsker tilføjet listen over søgefelter. 6. Brug til at flytte felter op og ned på listen. 7. Når listen er tilrettet klikkes på OK. Fanebladet Duplicate Search (Ændring af standardopsætningen for dubletsøgning) 1. I Menubjælken vælges menuen Tools og funktionen Options. 2. Vælg fanebladet Duplicate Search for at få vist følgende dialogboks. 3. Klik på OK for at acceptere standardopsætningen, eller markér eventuelle ændringer. Hvis man søger i forskellige databaser anbefales det, at man ikke sammenligner på tidsskriftnavn (Periodical). 7
Fanebladet Import (Ændring af standardopsætningen for håndtering af dubletter) 1. I Menubjælken vælges menuen Tools og funktionen Options. 2. Vælg fanebladet Import for at se, hvad programmet gør med eventuelle dubletter. Der er følgende valgmuligheder: Import alle referencerne læses ind i databasen, og man får ikke besked på, om de alle eller enkelte findes i forvejen. Do not import - dubletterne importeres ikke, og man får ikke besked om, hvor mange dubletter, der evt. var. Put in duplicates database dubletterne importeres til en særlig database. Når import er afsluttet, vil der komme et faneblad frem for denne database. Vælger man at placere dubletter i den særlige base til dubletter, som leveres sammen med programmet, anbefales det at slette indholdet med jævne mellemrum. 8
OPRETTELSE AF DATABASER I REFERENCE MANAGER Der er forskellige metoder til at oprette databaser i Reference Manager. Man kan vælge at importere referencer fra eksterne databaser ved først at gemme dem som en tekstfil, foretage søgninger på Internettet direkte fra Reference Manager, enten i ISI Web of Science (kun ved licensaftale), PubMed eller i én eller flere af de biblioteks-databaser med Z39.50 adgang, som Reference Manager giver adgang til. Endelig kan man vælge at registrere sine referencer manuelt. IMPORT AF REFERENCER FRA EN TEKSTFIL Gem referencer fra PubMed som en fil Lav en søgning i PubMed. Find referencer vedrørende Vitamin C og Common Cold. Begræns søgningen til de sidste 10 år. 1. Start med at skrive Vitamin C Common Cold i søgefeltet. 2. Klik på Limits for at begrænse søgningen. I feltet Entrez Date vælges 10 Years 3. Klik på Go for at starte søgningen Man kan nu vælge mellem at få gemt hele søgesættet, eller man kan udvælge enkelte referencer. 9
Gem hele søgesættet 1. Vælg fremvisningsformat. I feltet Display vælges f.eks. formatet MEDLINE. Dette format skal bruges, hvis referencerne skal genanvendes i et referencehåndteringsprogram. Vælg File i rullemenuen Send to. 2. I vinduet filoverførsel vælges Gem. 3. Angiv filnavn, og hvor filen skal gemmes. Som default er valgt filnavnet pubmed-result.txt. Import af tekstfil (Import Text File) 1. Fra menuen File vælges funktionen Import Text File. 2. Start med at vælge den database, som referencerne skal importeres til. Hvis man har mere end én database åben, kan man klikke på pilen for at få en liste over åbne databaser. Vælg databasen cold. 3. Det næste felt, der skal udfyldes, er Filter. Vælg navnet på den database/databasevært som filen er downloaded fra. Det er muligt at få en liste over tilgængelige databaser/databaseværter ved at klikke på ikonet Browse. I dette eksempel vælges PubMed. 4. Det næste felt, der skal udfyldes, er Text file. Her angiver man navnet på den fil, der indeholder referencerne. Brug funktionen Browse til at finde filen. Når den er fundet, dobbeltklikkes på navnet. 10
5. Det skal angives, om man ønsker at importere alle referencer eller kun nogle enkelte. Her vælges All. 6. I felterne Additional keywords har man mulighed for at tilføje sin egne emneord. Her angives f.eks. PubMed. 7. Hvis man vil være sikker på, at der ikke importeres dubletter, kan man klikke på knappen Options og fanebladet Import. Under Duplicate references vælges Do not import. 8. Klik på Import for at importere referencerne. Under importen vises referencerne i vinduet Import Text File i den rækkefølge, de bliver importeret. Når alle referencer er importeret, får man følgende meddelelse Import successfully completed. Klik på OK for at fjerne meddelelsen og få vist logfilen. 9. Klik på Save Log, for at gemme logfilen, eller klik på Close hvis filen ikke skal gemmes. Hvis man klikker på Save Log, åbnes dialogboksen Save Log As, og man får mulighed for give logfilen et navn. Filen kan evt. gemmes ved at klikke på Save Log. 10. De importerede referencer er blevet tilføjet direkte til databasen. De er også placeret i fanebladet Imported i Referenceliste-vinduet. Det giver mulighed for hurtigt at rette i de importerede referencer eller tilføje emneord Fanebladet Imported er en midlertidig fane, der forsvinder, når man lukker databasen. 11
Redigering af Importfiltre Det er muligt at lave mindre rettelser i et Importfilter (*.cap). En del felter placeres f.eks. automatisk i feltet Notes, når man importerer referencer fra PubMed. I det følgende gennemgås, hvordan Importfilteret til Pubmed redigeres, så man undgår at få placeret de mange felter i feltet Notes. 1. Fra menuen File vælges funktionen Import Text File. 2. Klik på browse-ikonet i feltet Filter og vælg PubMed 3. Klik på Edit Filter. Nu åbnes vinduet Filter - PubMed.cap. 4. Man har mulighed for f.eks. at ændre, hvilke felter der placeres i notefeltet eller markere, at man ikke ønsker at importere keywordsfeltet. 5. Filen gemmes under et nyt navn. Fra og med version 9.0 af Reference Manager, har man mulighed for at lave sine egne importfiltre med programmet Import Filter Editor. Der findes en manual til Import Filter Editoren på den CD- Rom, Reference Manager leveres på. 12
SØGNING I PUBMED DIREKTE FRA REFERENCE MANAGER I det følgende gennemgås, hvordan man hurtigt importerer en kendt reference til Reference Manager: Eks.: Hirsh J. Antithrombotic therapy in deep vein thrombosis and pulmonary embolism. Am Heart J. 1992 Apr;123(4 ):1115-22. 1. Fra menuen Tools vælges Internet Search. Vinduet Search åbnes. 2. Fra rullemenuen vælges PubMed. 3. I vinduet Search placeres markøren i feltet Field. Feltet indeholder en rullemenu med en liste over søgbare felter. Fra rullemenuen vælges Author. I feltet Parameter skrives Hirsh J. 4. Hvis man søger på mere end én parameter, skal man vælge en logisk (Boolesk) operator - Connector. Der kan vælges mellem AND, OR og NOT. Tast Enter eller brug tabulatortasten for at komme til feltet Connector. 5. Vælg AND som connector og Journal som søgefelt. Skriv Am Heart J. Tast Enter eller brug tabulatortasten for at komme til feltet Connector. 6. Vælg AND som connector og Publication date som søgefelt. Skriv 1992. Klik på ikonet for Start Search eller brug F12 for at starte søgningen i PubMed. 13
7. Når søgningen i PubMed er afsluttet, kommer vinduet Internet Search Result frem på skærmen. Referencen placeres som et midlertidigt søgeresultat i fanebladet Search1. Man kan kopiere referencen til en eksisterende database ved hjælp af funktionen Copy Between Databases. Man kan kopiere eller flytte referencen mellem databaser med funktionen Drag and Drop MANUEL INDTASTNING AF REFERENCER Manuel indtastning af referencer er som regel sidste udvej. Det er tidsbesparende og enklere at importere referencer fra en bibliografisk database men f.eks. bøger og afsnit i bøger kan det være vanskeligt at importere. Fremgangsmåde ved manuel indtastning 1. Fra menulinien References vælges New. 2. Vælg først RefType eks. Book Whole eller Book Chapter. 3. Følg det selvinstruerende indtastningsskema. 4. Brug TAB til at flytte mellem felterne. 5. Gem posten ved at klikke på diskette-ikonet. SØGNING (SEARCH) Søgefunktionen i Reference Manager gør det muligt at finde referencer frem ved at søge på forskellige felter i databasen. Der kan søges på ord fra alle felter, der indeholder data. * er et trunkeringstegn, der anvendes, når man ønsker at søge på ordstammen og all variationer af et ord. Eks: ved søgning på infect* vil man finde poster, hvor f.eks. ordene infectious, infected, infection og infections forekommer Man kommer til søgevinduet ved at vælge menuen References og funktionen Search, eller ved at taste F4. Når man har gjort det, åbnes søgevinduet Search. 14
LITTERATURLISTER (BIBLIOGRAPHY) Det er muligt at få udskrevet en liste over udvalgte referencer sorteret efter f.eks. første forfatter. Listen udskrives til en fil eller direkte til printeren. UDSKRIV EN LITTERATURLISTE DIREKTE TIL PRINTER 1. Først udvælges de referencer, der skal indgå i listen. Det gøres ved at søge dem frem ved hjælp af funktionen Search References. 2. De fundne referencer vises efter første forfatter. Hvis de ikke er sorteret efter første forfatter kan man midlertidigt ændre sorteringsordenen ved at dobbeltklippe på ordet Authors i overskriften til kolonnen med forfatternavne. 3. Gå til menuen Tools og vælg Bibliography. Vælge Generate from Reference List. Dialogboksen Bibliography Setup åbnes. 4. Fanebladet General skal være aktivt. Marker All References in list under References to include. Vælg Printer som Destination. Klik på browse-knappen for at få en liste over forskellige Output Style. Angiv format eller tidsskrift. Til denne øvelse vælges Vancouver. Font og størrelse kan ændres. Optional Fields er valgfrie felter, dvs. man kan selv bestemme om indholdet i felterne skal udskrives. I eksemplet medtages felter ikke. 15
5. Klik på fanebladet Bibliography. Her har man mulighed for at angive, hvordan referencelisten skal se ud. Teksten i feltet Bibliography Title ændres til Litteraturliste. Under Numbering kan man angive om referencerne skal nummereres, om der skal tilføjes et præfiks: f. eks Nr., og om der skal være et suffiks: f.eks. et punktum efter nummeret. I feltet Alignment kan man vælge mellem Right, Left eller None. 6. Vælg fanebladet Page. Her kan man angive margin og sidenummerering. Som default er top- og bundmargin sat til 1.000 inches, og højre og venstre margin til 1.250 inches. 7. Klik på OK for at få udskrevet litteraturlisten UDSKRIV EN LITTERATURLISTE TIL EN FIL 1.-3. Som ovenfor. 4. Som punkt 4 ovenfor, bortset fra feltet Destination. Her vælges File. 5. Som ovenfor. 6. Som ovenfor. 7. Klik på OK. Vinduet Gem som åbnes. Angiv filnavn og filtype. Der kan vælges mellem følgende filtyper: Microsoft Word(Rich Text Format) WordPerfect(Rich Text Format) HTML Text Only 8. Filen kan nu hentes ind i et tekstbehandlingsprogram og udskrives derfra. Eller hvis filen er gemt som et html-dokument, læses med en Internetbrowser. 16
MANUSKRIPTER (CITE WHILE YOU WRITE) En af Reference Managers stærkeste funktioner er programmets evne til at generere en litteraturliste direkte fra et manuskript, og formatere den til det tidsskrift, man ønsker at få optaget sin artikel i. Litteraturhenvisningerne - citationerne - nummereres og alfabetiseres automatisk i overensstemmelse med udgiverens krav. Cite While You Write funktionen er en tillægsfunktion til tekstbehandlingsprogrammet, der gør det muligt at citere referencer, mens man skriver sit manuskript. Reference Manager kan arbejde sammen med: Microsoft Word 2000, XP, 2003. Det er vigtigt at installere tekstbehandlingsprogrammet, før man installerer Reference Manager. Ved installation af Reference Manager indlægges automatisk en værktøjslinie i tekstbehandlingsprogrammet. Er den ikke synlig, hentes den via menuen Vis i tekstbehandlingsprogrammet. Vælg Værktøjslinier og markér Reference Manager 11. Er det ikke muligt er det nødvendigt at geninstallere Cite While You Write filen på følgende måde: 1. Luk Word og Reference Manager 2. Åbn Windows Explorer 3. Find Reference Managers programmappe. 4. Dobbeltklik på filen CWYWsetup.exe INSTANT FORMATTING Ved udarbejdelse af manuskripter er det muligt at bruge Instant Formatting. Dvs. hver gang man indsætter en reference i sit manuskript formateres den i overensstemmelse med den valgte outputstyle og dokumentets bibliografi (litteraturlisten) udarbejdes med det samme. Dvs. referencen vises i formateret form. Eks.: (1) eller (Baker, 1988; Hall, 1988) Instant-Formatting er aktiveret som default. Dette kan ændres ved at klikke på ikonet for Instant Formatting Enable Instant Formatting for this document skal være markeret. 17
Når Cite While You Write er installeret, bliver mange Reference Manager kommandoer synlige under Funktioner - Referencer Manager 11 VÆLG OUTPUTSTYLE Når man har sikret at Instant Formatting er aktiveret, vælges litteraturlistens outputstyle f.eks. Vancouver. 1. Vælg Funktioner - Reference Manager 11 - Generate Bibliograpy, eller klik på ikonet i værkstøjslinen. 2. Vinduet Reference Manager Generate Bibliography åbnes. 3. Klik på browse I feltet Output styles for at få en liste over mulige Output Styles 4. Vælg Vancouver. I feltet Font vælges den ønskede skrifttype og skriftstørrelse. I Bibliography title skrives evt. overskrift til litteraturlisten. Feltet Bibliography order udfyldes automatisk i overensstemmelse med den valgte Output Style. 5. Aktiver fanebladet Fields for at sikre, at der ikke udskrives f.eks. abstract i litteraturlisten. 6. Klik på OK. 18
Indsæt citationer i et manuskript Insert Marked References 1. Reference Manager aktiveres, og den ønskede database åbnes. Tekstbehandlingsprogrammet aktiveres, og manuskriptfilen åbnes. 2. Markøren flyttes til det sted i teksten, hvor citationen skal indsættes. 3. Skift til Reference Manager. Den eller de referencer, der skal citeres, søges frem og markeres. 4. Skift til tekstbehandlingsprogrammet. Vælg Funktioner - Reference Manager 11 og Insert Marked References eller vælg ikonet for Insert Marked References på værktøjslinien. Citationen flyttes over i manuskriptet, og litteraturlisten genereres. Her er vist, hvordan det ser ud når man bruger funktionen Insert Marked References. Her har vi brugt Insert Citation Reference List (1) Drewes AM, Rossel P, Le PD, rendt-nielsen L, Valeriani M. Cortical neuroplastic changes to painful colon stimulation in patients with irritable bowel syndrome. Neurosci Lett 2005 Mar 3;375(3):157-61. (2) Fischer T, Johnsen SP, Pedersen L, Gaist D, Sorensen HT, Rothman KJ. Seasonal variation in hospitalization and case fatality of subarachnoid hemorrhage - a nationwide danish study on 9,367 patients. Neuroepidemiology 2005;24(1-2):32-7. (3) Glavind K, Kempf L. Colpectomy or Le Fort colpocleisis-a good option in selected elderly patients. Int Urogynecol J Pelvic Floor Dysfunct 2005 Jan;16(1):48-51. Eksempel på manuskript i Vancouver format. 19
Insert Citation Det er også muligt at finde referencer ved at søge på Author, Keyword eller Year direkte fra tekstbehandlingsprogrammet. 1. Placer cursoren i dokumentet, hvor citationen skal indsættes. 2. Vælg Funktioner - Reference Manager 11 - Insert Citation eller klik på ikonet for Insert Citation på værktøjslinien. Dialogboksen Reference Manager Insert Citation åbnes. Dialogboksen viser altid den seneste søgning. 3. I boksen Search for skrives søgeordene - her Hemila. 4. Klik på Perform Search. 5. Man vil nu få et sæt referencer fra databasen indeholdende det anvendte søgeord. 6. Markér den eller de referencer, der skal citeres (hold Ctrl nede mens der klikkes med musen på de ønskede referencer). Klik på Insert og citationerne flyttes over i manuskriptet. Hvis der kun er én reference, der matcher, flyttes den automatisk over i manuskriptet. 7. Når manuskriptet er færdigt, gemmes det. UDVEKSLING AF DOKUMENTER TRAVELING LIBRARY Der er muligt at udveksle dokumenter med kollegaer. Hver citation indeholder feltkoder med de fuldstændige bibliografiske oplysninger (Traveling Library). Det betyder at flere forfattere kan skrive på det samme dokument uden nødvendigvis at have adgang til de samme Reference Manager databaser. Eksport af Word s Traveling Library til en Reference Manager database Det er muligt at kopiere alle de referencer, der er brugt i et Word dokument til en Reference Manager database. F.eks. hvis man har modtaget et formateret Word dokument, og ønsker at oprette en database til senere brug. Eller hvis man har én stor database og ønsker at oprette mindre databaser kun indeholdende de referencer, der er brugt i det pågældende manuskript. 20
1. Åbn dokumentet i Word. 2. Fra menuen Funktioner, vælges Reference Manager 11 og Export Traveling Library eller klik ikonet i værktøjslinien. 3. Export Traveling Library dialogboksen åbnes. Vælg enten: En eksisterende Reference Manager database Eller en ny Reference Manager database. REVERT TO ORIGINAL TEXT Hvis man skal bruge sit dokument i en ældre version af Word, skal formateringerne fjernes ved hjælp af funktionen "Revert to Original Text. Hvis man er to, der skriver på det samme dokument skal man både have en kopi af dokumentet, med de uformaterede citationer og en kopi af databasen. 1. Åbn dokumentet i Word. 2. Fra menuen Funktioner, vælges Reference Manager 11- og Revert to Original Text, eller klik på ikonet i værktøjslinien. 3. Nu optræder citationerne som vist nedenfor: Her er vist, hvordan det ser ud når man bruger funktionen Insert Marked References {Drewes, 2005 4 /id;fischer, 2005 36 /id}. Her er brugt Insert Citation {Glavind, 2005 38 /id} REMOVE FIELD CODES Før man sender et dokument i elektronisk form til en udgiver skal man bruge funktionen Remove Field Codes til at fjerne Cite While You Write feltkoderne. Når funktionen aktiveres åbnes en kopi af dokumentet uden koder. De formaterede citationer og bibliografien gemmes herefter som almindelig tekst og kan ikke længere ændres. Det originale dokument forbliver uændret. 21