Diskussion af det udvidede mikrobiologiske prøvesvar og tilhørende tabeller Modificeret oplæg + konklusioner efter Miba IT-gruppemøde 21/6-2012
Dagsorden Projekt status overordnet Subtypetabel XRPT udvidelsen Ændringer i MADS Ændringer i MiBa Milepæle og datoer? Økonomi
Status MiBa II projekt Okt 11 Jan 12 Apr 12 Jul 12 Okt 12 Jan 13 Apr 13
Input fra Henrik West 1. Det er vigtigt at vi samarbejder, ikke bare om struktur, men også om valg af metoder nationalt og internationalt. 2. Tabellen bør udvides med en angivelse af om metoden / egenskaben er anbefalelsesværdig. Konklusion fra mødet: Dette er en vigtig pointe. Men information skal ikke være i denne tabel. Diskussioner om relevans af typningsmetoder til forskellige formål og valg af egenskaber til fx indberetning, hører til i anden sammenhæng og udgivelse af Standard metoder skal findes et andet sted.
Input fra Flemming Scheutz Hvad vi end finder på, så skal det være nemt at indberette til Tessy Har ECDC ikke allerede beskrevet en struktur? Konklusion fra mødet: Vi skal kunne udtrække relevante data fra MiBa til Tessy. Metadatafilen fra EDEC er noget af en mundfuld. Vi vil se det igennem, men regner ikke med at der bliver problemer med at strukturerer vores resultater så de kan udtrækkes til Tessy. Tessy metadata kan tjene som inspiration til indhold i vores tabeller.
Input fra Ulla Magdal Mulighed for at angive et givet resultats validitet/kvalitet/præcision. Konklusion: Det er for kompliceret at gå ind i nu
Forslag til svartabeller - ultimo juni 2012 Resultat tabeller UdførtAnalysis Kode tekst MikroorganismeFund Kode tekst Egenskabstabeller Egenskab Kode text m/a Metode k t Udfald K* t Assay K t Håndtering k t m/a: egenskab er tilknyttet mikroorganisme eller analyse *Det skal muligt at sende noget som en u-kodet tekst. Der er over 10.000 spa-typer, som det ikke giver mening at om-kode
Svartabeller og nye terminologier A. Mikroorganism: lokal (as is) eller MikroTerm/SnoMed Klassifikation (kode + tekst) (ny) B. Analyse: Lokal (as is) eller fælles Miba Klassifikation (kode + tekst) (ny) C. Egenskabs/Subtype tabeller 1) Metode: (kode + kort tekst/lang tekst) (ny) 2) Egenskabstabel (kode + kort tekst/lang tekst) (ny) 3) Udfald (kode + tekst = internationalt accepterede termer angivet, som de nu er) (ny) 4) Håndtering (kode + tekst) (ny) Anbefaling af egenskaber eller metode, skal findes i en uafhængig tabel, der udarbejdes i et andet regi
Eksempler på svartabeller (terminologier) Udført analyse Tabel Mikroterm Tabel Udf_Analyse_k Udf_Analyse_t MikroTerm_k MikroTerm_t 1 Chlamydia trachomatis PCR 2 Bordetella parapertussis PCR 3 Bordetella pertussis PCR 4 Borrelia IgG 5 Borrelia IgM 6 Borrelia IgG Intrathecaltest 7 Borrelia IgM intrathecaltest 8 Influenza A PCR 9 Influenza B PCR 10 Mycoplasma pneumoniae PCR 17403 Serratia marcescens 17404 Serratia odorifera 17405 Serratia plymuthica 17406 Serratia rubidaea 17407 Serratia species 17501 Shewanella algae 17502 Shewanella putrefaciens 17503 Shewanella species 17601 Shigella boydii 17605 Shigella species
1. Egenskabstabeller: Egenskab Egenskab_k Egenskab_t_kort Egenskab_t_lang 1 Toxin A C. dificile toxin A 2 Toxin B C. dificile toxin B 3 Binært Toxin C. dificile binært toxin 4 Ribotype Ribotype 5 meca meca gen 6 spa-type spa-type 7 spa-repeats spa-repeats 8 CC-gruppe 9 PVL 10 meca-lga251 meca gen lga251 11 Serotype Serotype 12 HLY 14 EAE eae gen (E.coli attaching and effacing gene) 15 VT1 E.coli Verotoxin 1 20 EAST1 21 VTEC E.coli Verotoxin 22 Fagtype Fagtype 27 MRSA Meticillin resistent Staphylococcus Aureus
2. Egenskabstabeller: Metode Metode_k Metode_t 1 Konklusion 5 Ribotypning 6 Antigenpåvisning 7 Serotypning 8 spa-typning 9 MLST 10 PCR 11 Analyse af genomsekvens Undertabeller hvor man for hver metode kan specificere metoden eller angive assay (eller skal det være én stor?) Serotypning_k PCR assays_k Serotypning_k 1 E.Coli panel fra SSI 2 Dako kit XX PCR assays_k 1 In house 2 Klamydia kit XX
3. Egenskabstabeller: Udfald Udfald_k Udfald_t 1 Påvist 3 Ikke påvist 4 027 5 non-027 9999 t024 9999 11-12-21-17-34-24-34-22-25 6 O157 9 H- 10 Ent 11 U292 9999: kode for fritext 12 1 13 Olda/Oxford 14 1,4,3,1
4. Egenskabs tabel: Håndtering Håndtering_k Håndtering_t 1 Send ikke med på svar 3 MiBa, vis ekspert + kliniker 4 MiBa, vis ekspert ej kliniker 5 MiBa, vis ej på svar? 6
Gør det noget at der er to forskellige slags i samme tabel? Egenskabs-tabellen indeholder to slags Specifikke egenskaber (meca gen) Generelle egenskaber (Ribotype) Udfaldstabellen indeholder to slags Påvist / ikke påvist En konkret udfald (0127) Diskussion på mødet: Mange alternative muligheder blev diskuteret indgående. Men vi endte med foreløbigt at gå videre med den model, der er skitseret ovenfor, hvor et udfald kan være påvist/ikke påvist eller et stort antal variable.
Hierarki og de vigtigste objekter i prøvesvaret (XRPT) Simple undersøgelser Analyse udført (x flere) Resultat Tolkning Header Afsender KMA Patient identifikation Rekvirent identifikation og rekvisitionsnummer Krydshenvisning til andet prøvesvar * Klin oplysninger, prompt svar Prøvenumre Ønsket Undersøgelse /MDSu Materiale + lok/mdsl+m Resultat Overordnet tolkning Antibiotikum Isol 1 Isol 2 Penicillin R R Gentamicin S R Komplekse undersøgelser Microorganism (x flere) Microscopy Tolkning Subtype tabel En for hver analyse Metode Egenskab Resultat Subtype tabel En for hvert isolat Metode Egenskab Resultat * Fx Reference-svar,der skal kobles til primærprøvens lokale prøvenummer
IdentificationBasicType Object xx xxcode CodeType Code responsible Protected/non-protected Text Indhold Selve koden, et tal/bogtstav-kode Lokal, SKS, MDS Ansvarlig for kode (hvis lokal anføres sygehus bogstav kode) Angivelse af om hele dette objekt skal vises a. kun til mikrobiologer / dataudtræk/ overvågning b. Både på kliniker og på specialist niveau teksten der er knyttet til koden. Kan information i subtypetabellen kolonne 4 oversættes til protected/non-protected?
De andre ting til XRPT udvidelsen 1. Prompt koder 2. Mikroskopifund Konklusion: AD 1. Aktuelt indlæses teksten fra prompten på ADBaktsvar, mens hverken tekst eller kode medsendes fra MADSsvar. Fremover vil vi nu kopierer Strukturen/beskrivelsen fra webreq rekvisitionen og sætte den ind i vores XRPT, så man kan overfører dette element fra rekvisitionen til svaret til MiBa. Ad 2. Muligheden for at medsende mikroskopifund som et kodet element findes allerede i standard XRPT05. MADS medsender det allerede. Peter vil nu indlæse dette element og finde ud af hvordan han kan få ADBakt KMA til at kode deres mikroskopifund. Det skal være et krav at man bruger mikroorganismetabellen
Noter til fra diskussion af struktur og indhold i den nye udvidede XRPT Vi havde først lidt begrebsafklaring: Hvad skal kalde den nye MiBa XRPT og hvordan skal vi definerer den i forhold til standarden? Det blev besluttet at definerer den som en extention til den til en hver tid gældende standart XRPT05. Det er vigtigt at sikre at Mi Ba versionen og standart versionen ikke udvikler sig i hver sin retning. Man kan herefter godt navngive den: superxrpt05, for at angive at den indeholder ekstra objekter i forhold til standarden. Strukturen følger generelt den gældende struktur i mikrobiologiske prøvesvar hvor svaret enten kan følge strukturen for specifikke undersøgelser (biokemi-type) eller komplekse undersøgelser (klassisk mikrobiologi). Jeg har tilføjet to nye elementer (A og B) til svaret: A. Et objekt, der hedder Krydshenvisning til andet prøvesvar, * Fx Reference-svar,der skal kobles til primærprøvens lokale prøvenummer. Kunne dette felt også bruges til forløbsprøver? Fx kammebiopsier, MRSA screening? Det kunne være et generelt felt til at angive prøver, der hører sammen? B. En tabel, der hedder SubType, som er knyttet til Mikroorg eller Analysis. Der skal udfyldes én subtype tabel for hvert isolat/ analysis, der er blevet subtypet i svaret. Det skal være et krav at samme klassifikationstabel bruges til at udfylde felterne i under subtype, hvad enten den knytter sig til et analyse resultat eller et microorganism fund.
MiBa og prøvesvar på udenlandske Patienter Færøerne klar til at sende svar Ny national ecpr service
Relationer mellem oplysninger i ecpr service Person Navn Evt udenlandsk adresse Nationalitet Udenlandsk Person ID Udenlandsk CPR ecpr 1 Forsikringsnr. PAS-nummer ecpr 2 Dansk CPR Datoer for tildeling