MOLEKYLÆRBIOLOGI OG BIOKEMI Vejledende løsninger

Transkript

1 1 Kapitel 1 Kapitel 1 1. Alle celler er omgivet af en membran. De har et indre, der hedder cytoplasma; de har en arvemasse, der kan kopieres og videregives til næste generation. Celler består af de samme stoffer og kan optage og omsætte næring. De kan tillige formere sig selvstændigt. 2. Eukaryote celler har en cellekerne, som rummer det meste af cellens DNA, hvorimod de prokaryote er uden cellekerne, og DNA et findes i cytoplasmaet. De eukaryote celler er meget større end de prokaryote (bakterierceller). Eukaryote celler har organeller som mitokondrier, endoplasmatisk reticulum og Golgi-kompleks. 3. De grønne planteceller har de samme organeller som dyreceller, og derudover har de kloroplaster, hvor fotosyntesen finder sted. Planteceller er desuden omgivet at en cellevæg. 4. Se figur 1.8 for opbygning. I mitokondrier foregår de aerobe nedbrydningsprocesser i stofskiftet. 5. Kromosomerne indeholder arveanlæggene, som består af DNA. Der opbevares alle opskrifter på proteiner og de kontakter, der tænder og slukker for syntesen af det enkelte protein. 6. Ribosomer er proteinfabrikker. 7. Analytiske metoder er laboratoriemetoder, hvor produktet f er et tal eller et billede. Det vil sige, at der ikke er et håndgribeligt produkt. Ved anvendelse af en præparativ metode får man et produkt, som man kan arbejde videre med, eksempelvis et oprenset protein, som kan undersøges eller anvendes.

2 2 Kapitel 2 Kapitel 2 1. a) og b) og d) kovalente bindinger, c) ionbindinger. 2. De deltagende atomer skal have forskellig elektronegativitet. 3. a) tetraeder, b) plan, c) lineær. 4. R=O H-O-R. Hydrogenbindinger dannes, når hydrogen er kovalent bundet til et elektronegativt atom, og der i nærheden findes et andet elektronegativt atom med et lone pair. Der opstår en tiltrækning mellem det positivt ladede hydrogenatom og de elektroner i nabomolekylet, der ikke er bundet i en kovalent binding. 5. b) Ligevægtskonstanten er et mål for forholdet mellem producenter og reaktanter i en reaktion, som er i ligevægt. 6. Surhedsgraden ph er log [H + ]. 7. b) Tilstedeværelsen af en buffer vil reducere ændringen af ph ved tilsætning af en syre eller base til en opløsning. 8. Det er vigtigt, at blodet har bufferegenskaber, bl.a. fordi biomolekyler opretholder struktur og funktion indenfor et snævert temperatur-interval. 9. a) Skal man bruge en buffer med ph 6,2 skal man vælge f MES. b) 19,5 g afvejes og opløses i ca. 1,8 L vand af passende renhedsgrad, og ph indstilles efterfølgende. Til slut justeres volumen til 2 L. 10. a) ph=6,75, b) ph= 7,0.

3 3 Kapitel 3 Kapitel 3 1. a) Ved ph=3 positiv; ved ph = 7, neutral til negativ; ved ph = 9 negativ 2. a) Valin (og alle andre aminosyrer) optræder som amfoion (zwitterion) ved ph 6, fordi aminogruppen ved dette ph har optaget en proton, carboylsyregruppen har afgivet en proton. 3. a) Peptidbindinger grønne: b) Aminosyrerester røde: c) GQDC. d) Det er overvejende et polært peptid. e) Negativ.

4 4 Kapitel 3 4. a) Peptidbindinger grønne: b) Aminosyrerester røde: c) Tyr-Met-Phe. d) Det er overvejende et upolært peptid. e) nneutralt. 5. a) 0,5*10-3 M. b) 0,5*10-4 M. 6. C-B-A. 7. Rigtigt: Forkert: a) glycin* b) isoleucin c) lysin d) valin e) phenylalanin * I glycin udgør hydrogen sidekæden. Den er så lille, at den ikke rigtig bidrager til hydrofobe vekselvirkninger. Så begge svar er rigtig eller forkerte!

5 5 Kapitel 3 8. Aminosyre (skriv bogstav) 2.1 Indeholser en hydroylgruppe i sidekæden H 2.2 Kan danne disulfidbindinger E 2.3 Indeholder den mindste sidekæde F 2.4 Har en netto positiv ladning ved fysiologiske ph B 2.5 Findes næsten altid gemt i den centrale del af proteiner 2.6 Indeholder en amidgruppe i dets sidekæde C 2.7 Giver automatisk en bøjning af peptidkæder A 2.8 Har en netto negativ ladning ved fysiologisk ph D G 9. A og 2, B og 4, C og 1, D og 3. Ved 1 forstås tredimensionel organisering af hele polypeptidkæden. 9. a) Gelen består af polyacrylamid. b) DTT reducerer disulfidbindinger, så de brydes. c) SDS tilfører en ensartet negativ ladning omkring proteinet, og virker samtidig denaturende. d) Opvarmning bevirker, at de svage, ikke kovalente bindinger i proteinet brydes. e) Nej, proteinerne er denaturerede. f) Det er molvægten af proteinerne der bestemmer, hvor hurtigt de vandrer i geleen. g) Molvægten af proteinerne kan bestemmes ved at medtage en molvægtsmarkør, som består af proteiner med kendt molvægt, og ud fra disse proteiners vandringslængde kan der optegnes en standardkurve med vandringslængde på -aksen og log molvægt på y-akse. h) Ved dialyse fjernes salte fra proteinopløsningen, ellers ville salte optage pladser på ionbyttermaterialet, så binding af proteiner ville mindskes. i) Efter 2. saltfældning ses det, at flere proteiner er fjernet fra opløsningen.

6 6 Kapitel 4 Kapitel 4 1. Det uspecifikke og det specifikke immunforsvar. 2. Det uspecifikke: Macrofager; det specifikke: b-lymfocytter (B-celler). 3. Et antigen er et stof, der bindes specifikt til et antistof. 4. Et antistof er et protein, der specifikt genkender og binder sig til et antigen, hvorefter det kommunikerer med cellerne i immunforsvaret. 5. Immunoglobuliner. 6. B-celler har i deres overflade indbygget modeller af de antistoffer, de kan producere. Når en B-celle præsenteres for et antigen, der passer til den pågældende model af antistoffet, aktiveres den. B-cellen begynder at dele sig; den differentieres og danner to forskellige celletyper: hukommelsesceller, som er magen til den oprindelige B-celle og plasmaceller, som producerer det pågældende antistof. 7. Svage (ikkekovalente) bindinger. 8. Ved ELISA-metoder kan alle stoffer/substanser som kan fungere som antigen, måles eller påvises 9. Hvis ikke alle pladser på overfladen af en ELISA-brønd er optaget, ville antistofferne, som jo også er proteiner, bindes uspecifikt til overfladen. Man ville dermed får et kraftigt falsk positivt signal. 10. Et konjugeret antistof er koblet sammen med et enzym, der kan omdanne et farveløst substrat til et farvet produkt. 11. Det antistof, der bindes til antigenet, og som man ønsker at undersøge, kaldes det primære antistof. Det sekundære antistof er det, der bindes til det primære antistof. 12. Hvis det konjugerede antistof er et sekundært antistof er metoden indirekte. 13. Jo mere antigen, der er i prøven, jo mere konjugeret antistof bindes til denne og jo kraftigere er signalet. 14. Ved Westernblotting kan man identificere et protein i en blanding af proteiner. 15. Ved chemiluminiscens sker der en kemisk reaktion, der afstedkommer udsendelse af lys. 16. Epitoper på bakteriecellers overflader bindes til polyklonale antistoffer.

7 7 Kapitel 5 Kapitel 5 1. a) Fordi aktiveringsenergien er høj. b) Fordi enzymerne i cellerne formindsker aktiveringsenergien. 2. Enzymer skal have en fastlagt struktur. Hvis miljøet som enzymet befinder sig i er for surt eller for basisk, kan aminosyrerester i enzymet skifte ladning, og det kan påvirke især den tertiære og evt.kvaternære struktur af enzymet. 3. Ved højere temperaturer denaturerer proteiner og dermed enzymer. 4. Enzymkatalyserede reaktioners hastighed øges i takt med, at der tilsættes mere substrat ([E]=konstant), når substratkoncentrationen er lav. Men når substratkoncentrationen er så høj at alle pladser på enzymernes aktive centre er besat, nytter det ikke at tilsætte mere substrat, reaktionshastigheden vil ikke kunne øges yderligere. 5. Som det fremgår af Michealis-Menten-ligningen behøver et enzym med en relativt høj K m en højere substratkoncentration for at opnå en given reaktionshastighed end et enzym med en lav K m. På den baggrund kan man konkludere, at lysozym er det hurtigste enzym. 6. a) V ma ½ V ma K m I dette diagram kan man anslå V ma til ca. 0,019 µmol/min. Ved ½ V ma altså ved 0,009 µmol/min er K m ca. 7,5 µm

8 8 Kapitel 5 b) For y = 0 er = 0,092 => K m = - (-1/0,092) = 11 µm For = 0 er y = 1/45,416 => Vma = 0,022 µmol/min Ingen af bestemmelserne er særlig præcise. Hvis man vil have en præcis bestemmelse skal man bruge et program, der kan bestemme hyperblens grænseværdi. 7. a) Der tegnes en progressionskurve, og hældningen bestemmes til 0,295 U. Der er udtaget 0,300 ml af enzymopløsningen, så i hele opløsningen på 1,00 L var: 0,295*1000/0,3=983 U. b) 0,0393 U/mg protein. c) 830 U (i 100 ml oprenset enzym). d) Den specifikke aktivitet er 0,166 U/mg protein. e) Oprensningsgraden er 4,2. f) Recovery 84 %. 8. Volumen ml Proteinkoncentration mg/ml Total Enzymaktivitet Unit Specifik aktivitet U/mg protein Recovery % Råekstrat ,0 0, Oprensningsgrad Ammoniumsulfatfældning 55 0,85 0,084 1, ,8 84 Gelfiltrering 30 3,1 0, ,9 25 Ionbytning 10 2,0 0,060 0, ,1 6

9 9 Kapitel 6 Kapitel 6 1. a) b) c) D-glucose (se a) d) dihydroyacetone 2.

10 10 Kapitel a) b ) I vandig opløsning indstiller der sig en ligevægt mellem α- og β-formerne med den ligekædede form som intermediær. Uden enzymer tager det tid at for ligevægten at indstille sig. c) fordi ligevægtsblandingen er den samme uanset hvilken form, man starter med at opløse. 5) Der er tale om et disaccharid, der har en reducerende ende, dvs. har et frit anomert D-atom. Det har kun maltose. 6) Vi forudsætter, at stænglen kun vokser om dagen, og at dagen varer 12 timer. Så skal cellulosefiberen vokse med molekyler i sekundet. 7) Det er hydrofilt og bindes til vandmolekyler. 8 a) Fordi ligevægten mellem α-og β-formen skal indstilles og det tager tid. b) Koncentrationen af glucose er 0,288 g/ml.

11 11 Kapitel 7 Kapitel 7 1. Fisk fra de arktiske vande behøver fedtstoffer med lave smeltepunkter for at opretholde deres mobilitet ved de lave temperaturer 2. 16:1 Δ10 3. Der kan tegnes 6 triacylglyceroler (PPP, OOO, POO/OOP, OPO, PPO/ OPP, POP). Jo flere oliesyrer fedstoffet indeholder, jo lavere smeltepunkt (OOO, POO=OOP=OPO, PPO=OOP=POP, PPP). 4. Lecitins amfile karakter fremmer dannelsen af emulsioner. Det vil sige, at en oliedråbe omgives af en hinde af lecitin, hvor de hydrofobe haler putter sig ind i olien, mens de hydrofile hoveder danner en kugleformet overflade, der bindes til vandmolekylerne. 5. Phospholid er langt mere hydrofilt. Den hydrofile ende af phospholider indeholder flere polære enheder og er i øvrigt ofte ladet. Kolesterol har kun en polær OH-gruppe. 6. De vandopløselige vitaminer udskilles med urinen, hvis man indtager for meget vitamin, mens de fedtopløselige opløses i fedtvævet. 7. En kombination af vekselvirkningen mellem vand og de hydrofile ender af membranlipider, kombineret van der Waalske kræfter mellem de hydrofobe haler. 8. Triacylglyceroler findes ikke i cellemembranerne. 9. c) Både a og b er korrekte. 10. a) og b) er sande. c) Kan diskuteret. F er kokosolie er en triacylglycerol baseret på fedtsyrer med 12 carbonatomer. Dette fedtstof er fast ved ca. 20 grader. Hvis fedtsyrerne er kortere end 12, vil fedtstoffet være flydende ved stuetemperatur..

12 12 Kapitel 8 Kapitel 8 1. Et deoyribonucleotid er opbygget af en base (A,T, G eller C), et deoyribosemolekyle og en phosphatgruppe. 2. Ribonucleotider indeholder ribose, og deoyribonucleotider indeholder deoyribose. Basen thymin findes i DNA, men er erstattet af uracil i RNA. 3. Ribose har et H-atom og en OH-gruppe på C2. Deoyribose har 2 H- atomer på C2. 4. RNA-molekyler indeholder baserne C, G, A, U og ribose. DNA-molekyler indeholder baserne C,G, A,T og deoyyribose. Desuden er RNAmolekyler enkeltstrengede og DNA-molekyler dobbeltstrengede. 5. Cytosin, thymin og uracil. 6. Rygraden i DNA består af skiftevis phosphat- og deoyribosemolekyler. I RNA består rygraden af skiftevis phosphat- og ribosemolekyler. 7. Nucleotiderne sammenholdes i rygraden af phosphodiesterbindinger (som er kovalente bindinger) enden af en DNA streng afsluttes med et nucleotid, hvor der er bundet en phoshatgruppe til C5 på deoyribose. 3 -enden afsluttes med et nucleotid, hvor der er bundet en OH-gruppe til C3 på deoyribose. 9. De to strenge i DNA-heli er modsat orienterede, således at en 5-3 -streng baseparrer med en komplementær 3-5 -streng. 10. De to strenge i en DNA-heli er sammenholdt af hydrogenbindinger mellem de komplementære baser. Desuden stabiliseres dobbelthelien af hydrophobe kræfter mellem baserne phosphodiesterbindinger i rygraden er stærke, kovalente bindinger. Bindingerne internt i nucleotider er kovalente bindinger. Hydrogenbindinger og hydrophobe kræfter i DNA-molekylets indre er svage bindinger. 12. Adenin hydrogenbinder til thymin eller uracil, og guanin hydrogenbinder til cytosin. 13. Komplementære baser danner hydrogenbindinger med hinanden og sidder overfor hinanden i DNA-helien. A er komplementær til T eller U, og G er komplementær til C.

13 13 Kapitel G og C bindes stærkest sammen i DNA-heli, fordi de danner tre hydrogenbindinger til hinanden. 15. I basepar (bp) eller i kilobasepar (kb). 16. Negativt ladede, idet phosphatgruppen i rygraden er deprotoniseret (har afgivet H + ) ved ph mrna (messenger-rna), trna (transfer-rna) og rrna (ribosomalt- RNA). 18. Cirkulært Lineært 19. Hvis DNA-helien snoes mere end 10,4 basepar pr. snoning, vikles DNA-strengen sammen om sig selv og danner supercoils. Denne snoning katalyseres af enzymer, som kaldes topoisomeraser. 20. I cytoplasma. 21. Histoner anvendes til at sno DNA op som sytråd på en rulle, så DNAstrengene kan pakkes sammen på en organiseret måde. Histoner findes i cellekernen i eukaryote celler. 22. Bakterier har et kromosom, som findes i cytoplasmaet. Eukaryote celler har flere kromosomer, som er placeret i cellekernen, og DNA er snoet op omkring histoner. 23 og 24. Plasmider er små, cirkulære DNA-molekyler, der er supercoiled i levende bakterier. 25. Det centrale dogme beskriver DNA s funktioner i celler, hvor DNA kan kopieres til nye identiske DNA-molekyler ved replikation, og DNA kan kopieres til RNA ved transskription, som kan oversættes til en rækkefølge af aminosyrer ved translation.

14 14 Kapitel 9 Kapitel 9 1. Replikationen foregår under celledeling. 2. Ved replikation kopieres cellens DNA-molekyler til to ny identiske DNA-molekyler. 3. DNA-polymeraser. 4. Deoyribonucleotid-triphosphater, dntp (datp,dttp, dctp og dgtp). 5. En primer består af et kort stykke RNA. 6. I prokaryot DNA findes ori ét sted, og i eukaryot DNA flere steder. Ori er startsted(er) for replikation. 7. Primeren udgør fundamentet for DNA-polymeraser, da disse enzymer ikke kan starte syntesen af DNA uden en fri 3 -OH-gruppe. 8. DNA-polymeraser starter altid syntesen af DNA ved en fri 3 -OH-gruppe, som findes i primeren. De aflæser således template DNA-strengen i retningen 3 5, og den ny streng syntetiseres antiparallelt, dvs Fordi den tøvende DNA-streng åbnes i modsat retning (3 5 ) af DNA-syntese-retningen (5 3 ). 10. DNA-ligase danner de manglende phospodiester-bindinger i rygraden på den tøvende streng. 11. RNA-primerne fjernes af DNA-polymeraser, som har 5 3 eonuclease-aktivitet. De fjerner ribonucleotiderne og erstatter dem med deoyribonucleotider. 12. Replikation tilføres energi, når der fraspaltes diphosphat under DNAsyntesen. 13. DNA-polymeraser indsætter ca. et forkert nucleotid for hver 10 5 indsatte nucleotider. 14. Fejlene rettes først af DNA-polymeraser, der har 3 5 eonucleaseaktivitet. Dernæst kan DNA mismatch repair systemet rette de fleste af fejlene, så den endelige fejlrate bliver

15 15 Kapitel 10 Kapitel Ved transskription oversættes en basesekvens i DNA til en basesekvens i RNA. 2. RNA-polymeraser. 3. Slutprodukter ved transskription er RNA-molekyler, f mrna, rrna, trna. 4. Et gen er en DNA-sekvens, som bliver transskriberet. Defineres også som en DNA-sekvens, der indeholder koden til et protein eller sekvensen til et RNA-molekyle AUCCGAAGUUA En promotor består af DNA-sekvenser, som er placeret upstream startstedet for transskription. Den består af flere konsensussekvenser, som genkendes af RNA-polymeraser. 7. RNA-polymeraser bindes til DNA-strengen i promotorområdet. 8. Triphosphat-ribonucleotider, hvor de to phosphatgrupper fraspaltes under frigivelse af energi. 9. Et operon er en samling af gener, som styres af én promotor. Findes i bakterier. 10. Et gen er reguleret, hvis dets ekspression (udtrykkelse til protein) kan opeller nedreguleres, alt efter forholdene for cellen. 11. Inducere i lac-operon kan opregulere transskription ved at binde sig til repressorproteinet, som blokerer RNA-polymerasens syntese af mrna. Inducere fjerner således repressorproteinet fra DNA-strengen, så det bliver muligt for RNA-polymerasen af syntetisere mrna. 12. Ved translation oversættes koden i mrna til en aminosyrerækkefælge, og proteinet syntetiseres. 13. Slutproduktet ved translation er en polypeptidkæde. 14. En codon er tre baser i bestemt rækkefølge på mrna. En codon oversættes i den genetiske kode til en aminosyre. Findes i mrna. 15. En anticodon er tre baser i bestemt rækkefølge, og anticodon er komplementær til codon på mrna. Anticodon er placeret på trna.

16 16 Kapitel Ribosomer er de organeller, hvor proteinsyntesen foregår. De består af to dele, en lille og en stor subunit, og mrna er under proteinsyntesen placeret mellem de to subunits. I ribosomet er der tre pladser til trna, A-site, P-site og E-site. trna bringer aminosyrer til ribosomet, hvor anticodon i trna baseparrer med codon i mrna. Således sammenkobles aminosyrerne i den rækkefølge, som er fastlagt af basesekvensen i mrna (codons). 17. Ribosomer består af proteiner og rrna. 18. Peptibindingen dannes i ribosomet mellem aminosyren i A-site og peptidkæden i P-site. 19. UAA, UAG og UGA. Når der ikke er nogen trna, der baseparre med de tre stopcodon. Når de optræder i mrna afsluttes syntesen af polypeptidkæden. 20. Codons for cystein: 5 UGU 3 og 5 UGC 3. Anticodons i trna: 3 ACA 5` og 3 ACG 5`.

17 17 Kapitel 11 Kapitel Man kan sikre sig mod nedbrydning af DNA med nucleaser ved at arbejde med nucleasefri utensilier og reagenser. Man kan bremse enzymaktivitet af nucleaser ved at arbejde ved lave temperaturer, f på isbad og ved tilsætning af EDTA, hvor det er muligt. ph-værdien holdes som regel omkring 7-8 for at sikre stabilitet af DNA. 2. Ved denaturering af DNA-molekyler adskilles DNA-dobbelt heli i to enkeltstrenge, når de svage bindinger i DNA-helien brydes. 3. Opvarmning til temperaturer over smeltetemperaturen og stærk base, hvor ph-værdien er ca Enzymer, der skærer tilfældige steder i DNA kaldes DN-aser 5. Bakterieceller kan lyseres ved behandling med SDS og stærk base (alkalisk lysis) og ved kogning. 6. Ved behandling med stærk base vil kromosomalt DNA denaturere hurtigere end plasmid-dna og filtre sammen med resterne af cellevægge og -membraner. Plasmid-DNA kan opsamles fra supernatanten. 7. Supercoiled DNA denaturerer langsommere end DNA-strenge, hvor der er brud i rygraden. 8. Silica binder DNA og RNA. 9. Renheden kan bestemmes spektrofotometrisk ved at måle absorbans ved 260 nm og 280 nm. Hvis A260/A280 er 1,8 eller højere, er opløsningen ren. 10. Alkoholer sænker opløseligheden af nucleinsyrer og anvendes ved udfældning og opkoncentrering af opløsninger af nucleinsyrer. 11. Aktiviteten af restriktionsenzymer afhænger af temperatur, ph-værdi, ionstyrke og tilstedeværelse af cofaktorer. 12. HindIII : AAGCTT TTCGAA Sticky ends A TTCGA AGCTT A 13. Alle udsagn er rigtige. 14. SYBR kan synliggøre DNA, idet SYBR bindes til DNA. Ved belysning med f UV-lys anslås SYBR og efterfølgende udsendes synligt lys, som kan detekteres med fotoudstyr. 15. Template-DNA: Skabelon for kopieringen af DNA, primere: Bindes komplementært til template-dna i targetområdet, og udgør startsted for syntesen af DNA, dntp: Deoyribonucleotider, som udgør byggesten i de nye DNA-strenge, og som leverer energi til syntesen, varmestabil DNA-poly-merase: Katalyserer syntesen af DNA, PCR-buffer: Leverer den optimale ph-værdi, ionstyrke og Mg ++ -koncentration.

18 18 Kapitel Denaturering: DNA adskilles i enkeltstrenge. Annealing: Primerne bindes komplementært til yderområderne af target på de to strenge med hydrogenbindinger. Polymerisering: DNA-polymerasen bindes til primernes fri 3 -OH ender og syntesen af DNA finder sted. 17. Annealingstemperaturen fastlægges ud fra primernes smeltetemperatur T m. Oftest vælges en annealingstemperatur 3-5 grader under T m. 18. Agarose gelelektroforese, hvor DNA synliggøres med et fluorescerende stof eller ved Real-Time PCR, hvor DNA under syntesen bindes til et fluorescerende stof, som kan måles med det samme. 19. Real-Time PCR er en PCR metode, hvor syntesen af DNA følges samtidig med den foregår. Se også spørgsmål Prøve 1, som har den laveste C t -værdi. Jo mere target DNA, der er i en prøve, jo tidligere i PCR programmet kan syntesen af DNA måles. 21. cdna syntetiseres ud fra en RNA template, og reaktionen katalyseres af enzymet revers transskriptase. Når den første cdna-streng er dannet, foregår kopiering ved PCR. 22. Rekombinant-DNA kan bestå af donor-dna og vektor-dna. 23. Phosphodiesterbindinger. 24. Ved at udså bakterierne på et ampicilinholdigt medium, så kun bakterier, der er resistente overfor ampicillin, kan vokse. Kun de transformerede bakterier har optaget vektor-dna, som indeholder genet for betalactamase. 25. IPTG er inducer for lac-operon, og X-gal er en lactoseanalog, som farves blå ved tilstedeværelse af enzymet β-galactosidase. Anvendes til at skelne mellem rekombinante og ikke-rekombinante E.coli. 26. Oplysning om rækkefølgen af baser i DNA. 27. Man kan undersøge, om en prøve indeholder en specifik DNA-sekvens. 28. En probe består af DNA eller RNA, som indeholder den sekvens eller dele af den sekvens, man ønsker at påvise i prøven. 29. Alle er rigtige. 30. Oplysninger om hvilke gener, der transskriberes i en prøve eller undersøgelse af om en prøve indeholder DNA fra mange forskellige mikroorgaanismer.

19 19 Kapitel 12 Kapitel 12 1) a) 2 ATP-molekyler pr. glucose molekyle. 2) b) 2 ATP-molekyler pr. glucose molekyle. Andre stoffer end glucose kan gå ind i glycolysen på intermediære stadier Glucose omdannes til succinate, som oideres i citronsyrecyklus en For hvert molekyle glucose, er omdannes, dannes der netto 2 ATP-molekyler Glucose omdannes til pyruvat, som kan oideres i citronsyre cyklussen Sandt Falsk 3. Trykfejl, der er ingen opgave, det er det ovenstående skema, der burde hedde a) 1 og 4 5. Der frigives 2 mol ATP i både anaerob og aerob omdannelse, altså lige meget. Men hvis energien i NADH + H + også inddrages i overvejelserne, så vil der frigives mere energi ved den aerobe nedbrydning. Derfor må svaret være c). 6. Glycolysen genererer energi i form af ATP og NADH Glycin nedbrydes i glycolysen Oidationen i glycolysen foregår ved omsætning af frit oygen Fructose nedbrydes i glycolysen Fructose foregår i mitochondierne Sandt Falsk 7. Begge stoffer bindes til citratsyntethase, hvorefter de indgår i en kondensationsreaktion. Så ingen af de foreslåede svar er rigtig. 8. c) 9. a) 10. b) 11. c)

20 20 Kapitel a) C1 og C4 frigøres i den oidative decarboylering. Resten i citronsyrecuklus. b) Frigivelsen i citronsyrecyklus foregår i 2. og 3. runde af citronsyrecyklus efter at puryvatgruppen er afleveret i til oaloacetat: 13 c) 15. Om citronsyrecyklus gælder følgende Sandt Falsk Den foregår i cytoplasma Der indgår reaktioner i citronsyrecyklus, hvor en af reaktanterne er fri O 2. For hvert mol glucose, decarboyleres 6 mol CO 2 Der indgår citronsyre eller citrat i citronsyrecyklus Der indgår også ascorbinsyre 16. a) NAD + b) NADH + H + afleverer hydrogenatomerne i respirationskæden. Hvis oygenen ikke kommer hurtigt nok frem til muskelvævet, kan NADH + H + ikke hurtigt nok gendannes til NAD +, der anvendes i glycolysen. Det afleverer derfor hydrogenatomerne til pyruvat, som derved omdannes til mælkesyre. NAD + gendannes således og kan returnere til glycolysen. c) 2. d) Fordi det er en irreversibel reaktion med et stort negativt ΔG.

21 21 Kapitel 13 Kapitel 13 1) Planter har brug for nitrogen til opbygning af proteiner. Imidlertid kan planter ikke optage nitrogen direkte fra luften, de får deres nitrogen fra nitrogenholdige salte. Disse findes kun i begrænsede mængder, og hvis der skal opretholdes høje udbytter er det nødvendigt at tilføre ekstra nitrogen i form af kunstgødning (visse planter lever dog i symbiose med bakterier, der kan omdanne nitrogen fra luften til nitrogenholdige salte). 2) Kroppen vil nedbryde nitrogenholdigt væv, f muskler. 3) Proteiner kan ikke direkte optages i tarmen, det er nødvendigt at nedbryde proteinerne til aminosyrer, før de optages. I cellerne foregår en uafbrudt opbygning og nedbrydning af proteiner, det er derfor nødvendigt at der også i cellerne findes proteaser. 4) Fordi det er opløseligt, og dette ville ødelægge fostret i ægget. 5) 6) a) 2 ATP (=1 AMP) i selve cyklus. b) I den del af citronsyrecyklus, der er koblet til ureacyklus, dannes NADH + H +, som senere omsættes til ATP.

22 22 Kapitel 14 Kapitel Der overføres en eksiteret elektron fra P700 til NADP + 2. Der overføres en elektron fra vand til P680 +, derved spaltes vand til O 2 og H + 3. Forbruges: Vand, NADP + og ADP; produceres: NADPH, ATP og O 2 4. O 2 dannes fra vand. 5. Der forbruges CO 2, og der dannes carbohydrater. 6. Luften. 7. En protongradient driver dannelsen af ATP.

23 23 Litteraturliste Litteraturliste Alberts, B. et al (2010): Essential Cell Biology. Garland Science Alberts, B. et al (2008): Molecular Biology of the Cell. 5 th ed. Garland Science Baynes, J.W and M.H. Dominiczak (ed.)(2005): Medical Biochemistry. 3 th ed. Mosby, Elsevier Brandon, C. and J. Tooze (1999): Introduction to Protein Structure. 2 th ed. Garland Publishing Brown, T.A. (2010): Gene Cloning and DNA Analysis, an Introduction. Wiley- Blackwell Burmester, G. and Pezzutto A. (2003): Color Atlas of Immunology. Georg Thierne Verlag/Thieme New York Bustin, S.A. (2006) A-Z of Quantitative PCR. International University Line Collingwood (1974): Carbohydrates. A Unilever Educational Booklet Casali, N. og Preston, A. (2010): E.coli Plasmid Vectors, Methods and Applications. Methods in Molecular Biology, volume 235. Humana Press Champe, C.C. And R. A. Harvey (1994): Biochemistry. 2 th ed. Luippincott s Illustrated Reviews Collins, P.M. and R. Ferrier (1995): Monosaccharides. Their Chemistry and Their Roles in Natural Products. John Wiley and Sons Ltd Denniston, K.J. and J. J. Topping (1998): Foundations of General, Organic and Biochemistry. McGraw-Hill Companies. Dey, P.M. and J.B. Harborne (Ed.) (1997): Plant Biochemistry. Academic Press Dressler, D. & H. Potter (1991): Discovering Enzymes. Scientific American Library Series GE Healthcare (2011): Life Sciences Handbook Collection and Animations of Purification Techniques ( Hart, H.; D.J. Hart and L.E. Craine (1995): Organic Chemistry. A Short Course. Houghton Mifflin Company Jensen. M.G. et. Al (2009): Gennembrud i forståelsen af Insulin fibrillering. Dansk Kemi 90, 2, 2009 Damhus, Ture et. Al (red.) (2008): Kemisk ordbog. 3. udgave. Nyt Teknisk Forlag Kielberg V. og Rasmussen L. (2010): Proteiner oprensning og karakterisering. Gyldendal Koolman, J. and K. Röhm (1996): Color Atlas of Biochemistry. Georg Thierne Verlag/Thieme New York Janeway, C.A. and P. Travers (1996): Immuno Biology. The Immune System in Health and Disease. Current Biology Ltd. / Garland Publishing Inc. Mathews, C. K. et al (2013): Biochemistry. 4 th ed. Pearson Moran, L.A. et al (2012): Principles of Biochemistry. 5 th ed. Pearson Møllmann, S. (2004): Problematiske proteiner. Dansk Kemi 85, 6/7, 2004 Nelson, David L. and Co, Michael M (2008): Lehninger Biochemistry 5 th ed. W.H. Freeman and Company Palmer, T. (1993): Principles of Enzymology for Technological Applications. Butterworth-Heinemann Ltd

24 24 Litteraturliste Parham, P. (2000): The Immune System. Garland Publishing/Elsevier Science Ltd Petsko. G.A. and D. Ringe (2004): Protein Structure and Function. New Science Press Ltd Simonsen F. et al (2010): Analyseteknik. 3. udgave. Nyt Teknisk Forlag Stone, Bruce A. and Clarke, A. E. (1992): Chemistry and Biology of (1 3)-β-Glucans. La Trobe University Press Thorup Niels (2005): Elementær fysisk kemi 5. udgave. Polyteknisk Forlag Turner P. et al (2005): Molecular Biology. Taylor & Francis Group Walker, S., Ph.D. D. McMahon (2008): Biochemistry Demystified., a self-teaching guide. McGraw-Hill Companies Websider