MiSeq i den daglige rutine. MRSA og VRE Isolater.
|
|
- Else Paulsen
- 7 år siden
- Visninger:
Transkript
1 MiSeq i den daglige rutine. MRSA og VRE Isolater. 4. juni 2014 DTU Peder Worning, KMA Hvidovre
2 Hvorfor Genomsekventere i Rutinen?
3 Hvad bruger vi DNA-sekvenser til? Typning og bestemmelse af MRSA PCR baserede prøver: nuc: Er det en stafylokok? meca: Er det en MRSA? PVL: Er den PVL positiv? ACME: Er den ACME positiv? spa: Hvilken klon er det? SCCmec: Hvilken cassette har den? MLST, dru, MLVA,... Alle disse resultater kan findes med en komplet genomsekvens. Tilsvarende med VRE, Pneumokokker og Listeria monocygotes.
4 Hvad får vi ud af det? Alle virulens og resistens gener Søge efter alle typer sekvenser Fremtidssikret søgning. Slægtskabsanalyse SNP-Træer Smitteveje Udbrud
5 MRSA workflow KMA Hvidovre Modtagelse af prøven Opformering PCR screen Udpladning PCR konfirmation MiSeq Laboratoriet Jesper Boye Nielsen Dag 1 Dag 2 Dag 3 Registrering Opformering DNAoprensning Qubit Library prep Dag 4 Dag 5 PCR cleanup Bioanalyzer Library norm. Library pooling MiSeq Sequencing Dag 6 Dag 7 Dag 8
6 DNA oprensning og koncentrationsmåling -Oprensning af overnatskultur -Qiagen, DNeasy Blood & Tissue -Koncentrationsmåling af oprenset DNA -Qubit
7 Library preparation og QC -Library preparation Nextera xt -Library QC Agilent Bioanalyzer High Sensitivity kit -
8 MiSeq sekventering af MRSA -24 isolater sekventeres samtidigt -300 cycles -150bp Paired End reaktion -24 timer -5 Gb data -Fastq filer
9 MiSeq Platformen
10 Det kræver omhu og påpasselighed!
11 MiSeq Rummet
12 Bioinformatik
13 Databehandling! Data på Harddisk linux computer Taste ind i Databasen Dataanalyse Assembly at samle skidtet. Typning spa & MLST Finde gener meca, nuc, PVL,... Lave slægskabstræer Finde Smitteveje Hvorfor have genomerne i en database? Finde isolater Finde specifikke DNA-sekvenser
14 Computer - Hvad kræves Software!
15 Vores Linux Computere
16 Vores pipeline En pipeline er en serie af programmer, der laver databehandling. Vores kommer fra Oxford - skrevet i python. De novo Assembly og SNP-calling. Velvet, VelvetOptimiser, Stampy, Mapcall og MySql database. Tilføjelser: MLST, spa-typning, Blast-søgning Isolatsøgning, sekvensudtræk, oversigtstabel, artsbestemmelse.
17 Taste ind i databasen: Det er kedeligt og tidskrævende: Men det er hele besværet værd
18 Indtastning til MiSeq
19 DNA Assembly At samle de 3 millioner bp! Jeg tror jeg har fundet en hjørnebrik
20 t5973 en giftig type Fejl-typninger med lange spa-typer t5973 en helvedestype på 13 repeats t t t t t032 en lang type, 16 repeats t t t t
21 Test: Så meget sekvens skal vi bruge! 50bp paired reads ST22, t1041, dt10a overage 10x: ST22(3%), t1041, t7757, dt10a, dt7f, dt9g overage 20x: ST22(27%), t1041(66%), dt10a, dt7f, dt11g overage 30x: ST22(64%), t1041(83%), dt10a(83%), dt11g overage 50x: ST22(91%), t1041(96%), dt10a(94%), dt7f overage 75x: ST22(100%), t1041(99%), dt10a(100%)
22 Databehandling: Standard MRSA Diagnostik
23 MLST typer 3 fejl
24 Resultater for VRE
25 Resultater for VRE? V142 er en Staph epidermidis med meca Altså en MRSE og ikke en VRE. V40 er en kombination af to genomer: Et helt S. epidermidis plus 1.5 Mbp fra en Leuconostoc citreum.
26 Den Store Tabel: ~2725 sekvenser (22. maj 2014)
27 SNP Træer Enkeltbase Forskelle Mapning mod Reference Genom. Vælg Reference Genomet omhyggeligt. Brug det samme reference genom i hele træet. Undgå dårlige sekvenser (de ender midt i træet). Meget mere nøjsomt end de novo assembly.
28
29
30 Pas på dårlige sekvenser.
31 Pas på dårlige sekvenser. Se på afstandene
32 Uden dårlige sekvenser.
33 Databasen med vores Genomer
34 Primers til nuc. ~1300 Sekventerede Staph aureus isolater mest MRSA Et udtræk gav 1318 nuc sekvenser, heraf 63 forskellige.
35 Biocidresistens: qaca genet Af 1004 forskellige MRSA isolater havde 7 qaca/b. 66 MLST og 159 spa-typer. Fra 100 coagulase negative isolater fandtes 5 qaca/b
36 Tolv qaca sekvenser, 3 forskellige
37 MRSA Videns Center Established February 2009 Registrates and types MRSA isolates Consults and advices medical personnel Outbreak surveillance and infection follow up Tak for Opmærksomheden
SMITTESPORING MED MIKROBIOLOGISKE METODER nye muligheder med fuldgenom-sekvensering
SMITTESPORING MED MIKROBIOLOGISKE METODER nye muligheder med fuldgenom-sekvensering Eva Møller Nielsen cand.brom., PhD Sektionsleder, Fødevarebårne Infektioner Afdeling for Mikrobiologi og Infektionskontrol
Læs mereIntroduktion til mikrobiel genomsekventering. mikrobiologer
Introduktion til mikrobiel genomsekventering (NGS) for kliniske mikrobiologer Mette Voldby Larsen DTU Center for biologisk sekvensanalyse Henrik Hasman DTU - Fødevareinstituttet Presentation Henrik Hasman
Læs merePåvisning av methicillinresistens i Stafylokokker. Truls Leegaard NordicAST workshop Göteborg 27. mai
Påvisning av methicillinresistens i Stafylokokker Truls Leegaard NordicAST workshop Göteborg 27. mai Bakgrunn Methicillin/oxacillin resistente stafylokokker, både Staphylococcus aureus (MRSA) og koagulase
Læs mereÅrsrapport: MRSA i Danmark STAFYLOKOKLABORATORIET, STATENS SERUM INSTITUT
Årsrapport: MRSA i Danmark 2012 Indledning Denne rapport beskriver kliniske og mikrobiologiske data samt epidemiologiske oplysninger for danske førstegangstilfælde med MRSA diagnosticeret i 2012. Et førstegangstilfælde
Læs mere20. december 2018 Proj.nr Nye mikrobiologiske metoder
Årsrapport 2018 20. december 2018 Proj.nr. 2000207 Nye mikrobiologiske metoder Anita Forslund Version 1 ANFO/MT Sammendrag I projektet Nye mikrobiologiske metoder sikres virksomhederne adgang til den nyeste
Læs mereAfholdt d. 18. maj 2017
Diagnostiske muligheder: SSI perspektiv Anette M. Hammerum, Seniorforsker Referencelaboratoriet for Antibiotikaresistens Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe Statens Serum Institut eller Brug af
Læs mereLABORATORIEBASERET OVERVÅGNING AF SALMONELLA. Mia Torpdahl Fødevarebårne Infektioner Mikrobiologi & Infektionskontrol
LABORATORIEBASERET OVERVÅGNING AF SALMONELLA Mia Torpdahl Fødevarebårne Infektioner Mikrobiologi & Infektionskontrol SALMONELLA OVERVÅGNINGEN Registrering: Laboratoriet: Registrering af patienter i TarmBakteriologisk
Læs mereÅrsrapport: MRSA i Danmark STAFYLOKOKLABORATORIET, STATENS SERUM INSTITUT
Årsrapport: MRSA i Danmark 2011 Indledning Denne rapport beskriver kliniske og mikrobiologiske data samt epidemiologiske oplysninger for danske førstegangstilfælde med MRSA diagnosticeret i 2011. Et førstegangstilfælde
Læs mereNext Generation Sequencing
Next Generation Sequencing For 60 år siden blev DNA opdaget. I øjeblikket afprøver vi NGS, og til sommer kører vi BRCA-gener med den nye metode I år er det 60 år siden, at DNA s struktur blev erkendt,
Læs mereRegional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2010
Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2010 Indholdsfortegnelse Indholdsfortegnelse S. 1 Kontaktoplysninger S. 1 Definitioner og forkortelser S. 2 Baggrund S. 3 Førstegangs
Læs mereAnmeldelse af MRSA. Robert Skov Stafylokoklaboratoriet Statens Serum Institut
Anmeldelse af MRSA Robert Skov Stafylokoklaboratoriet Statens Serum Institut Hvad skal anmeldes Fund af MRSA hos personer, der ikke tidligere er anmeldt, per 1. november 2006 Også personer kendt med MRSA,
Læs merePCR-baserede typningsmetoder anvendt i tarmbakteriologien eller Erfaringer med brug af MLVA i overvågningen af bakterielle zoonoser
PCR-baserede typningsmetoder anvendt i tarmbakteriologien eller Erfaringer med brug af MLVA i overvågningen af bakterielle zoonoser teen Ethelberg, set@ssi.dk eniorforsker i epidemiologi Typningscenteret,
Læs mereHovedpunkter fra MRSA-mødet den 5. december 2006.
Hovedpunkter fra MRSA-mødet den 5. december 2006. MRSA vejledningen. Lovgivningen Med MRSA vejledningen er der sket en udvidelse af risikosituationer for MRSA og af tidsperioden hvor patienterne skal isoleres/screenes
Læs mereDanish Consortium for Neuromuscular Diseases. Genomsekventering klinisk anvendelse
Danish Consortium for Neuromuscular Diseases Genomsekventering klinisk anvendelse Odense, 2. september, 2013 Jens Michael Hertz, MD, DMSc Professor, consultant Phone: +45 6541 3191 (dir.), or +45 2027
Læs mereMRSA i Danmark. Årsrapport 2014
MRSA i Danmark Årsrapport 2014 Udgiver: RAS Referencelaboratoriet for antibiotikaresistens og stafylokokker Ansvarlig institution: Statens Serum Institut Design: Statens Serum Institut Copyright: Statens
Læs mereAfholdt d. 23. maj 2019
DANMAP monitorering af antibiotikaforbrug og resistens - Og hvorfor det er så vigtigt at få infektionshygiejnen med Veterinary & food populations Design, adjustment & optimisation Laboratory analysis Data
Læs mereDiskussion af det udvidede mikrobiologiske prøvesvar og tilhørende tabeller. Modificeret oplæg + konklusioner efter Miba IT-gruppemøde 21/6-2012
Diskussion af det udvidede mikrobiologiske prøvesvar og tilhørende tabeller Modificeret oplæg + konklusioner efter Miba IT-gruppemøde 21/6-2012 Dagsorden Projekt status overordnet Subtypetabel XRPT udvidelsen
Læs mereMRSA i Danmark. Årsrapport 2013
MRSA i Danmark Årsrapport 2013 Udgiver: RASK Referencelaboratoriet for antibiotikaresistens og stafylokokker Ansvarlig institution: Statens Serum Institut Design: Statens Serum Institut Copyright: Statens
Læs mereFaktor V Leiden mutation
Faktor V Leiden mutation Formål: finde ud af om individ har mutation i faktor V Leiden gen (missense: arginin glutamin) Materiale: oprens DNA fra leukocytter Metode: PCR med specifikke primere, oprens,
Læs mereEsben N. Flindt, platformskoordinator Danske Regioner Personlig Medicin 10. december 2014. Danske Regioner - Personlig Medicin 10/12-2014
Esben N. Flindt, platformskoordinator Danske Regioner Personlig Medicin 10. december 2014 Danske Regioner - Personlig Medicin 10/12-2014 GenomeDenmark Platformen En national platform for stor-skala sekventering
Læs mereIntroduktion til de praktiske øvelser
Introduktion til de praktiske øvelser Vi vil i dag fokusere på tre forskellige online software til SNP analyser snptree NDtree CSIphylogony Introduktion til SNP analyser http://cge.cbs.dtu.dk/services/all.php
Læs mereBioinformatik Open Source Software i biologiens tjeneste
Bioinformatik Open Source Software i biologiens tjeneste Kenneth Geisshirt kneth@silex.dk Silex Science ApS Bioinformatik p.1/19 Om Silex Science ApS Grundlagt maj 2002 Ejeren er Cortex Holding Fokusområderne
Læs mereVelkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Sebastian, Louise og Ana
Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Sebastian, Louise og Ana Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Dagens program 9:00 10:00 Introduktion
Læs mereDNA analyse af mulige odderekskrementer
DNA analyse af mulige odderekskrementer indsamlet på Sjælland Notat fra DCE - Nationalt Center for Miljø og Energi Dato: 7. august 2017 Liselotte Wesley Andersen & Bjarne Søgaard Institut for Bioscience
Læs mereValidering af molekylærbiologiske analyser. Marianne Antonius Jakobsen Afsnitsleder for molekylærbiologisk lab. Klinisk Immunologisk afdeling, OUH.
Validering af molekylærbiologiske analyser Marianne Antonius Jakobsen Afsnitsleder for molekylærbiologisk lab. Klinisk Immunologisk afdeling, OUH. Hvordan laver man en god validering? Standarden: Mere
Læs mereFlemming Scheutz Collaborating Centre for Reference and Research on Escherichia and Klebsiella
WGS af IpaH positive stammer: E. coli/shigella klassifikation Flemming Scheutz Collaborating Centre for Reference and Research on Escherichia and Klebsiella Fødevarebårne infektioner Afdeling for bakterier,
Læs mereMRSA udvikling I Danmark. Robert Skov Stafylokoklaboratoriet Statens Serum Institut
MRSA udvikling I Danmark Robert Skov Stafylokoklaboratoriet Statens Serum Institut MRSA i Danmark 1965-2000 50 45 40 35 30 25 20 15 10 5 0 MRSA bakteriæmi MRSA alle isolater Fra 1984 har prævalensen i
Læs mereIntroduktion til de praktiske øvelser
Introduktion til de praktiske øvelser Vi vil i dag fokusere på tre forskellige online so4ware 6l SNP analyser snptree NDtree CSIphylogony Introduktion til SNP analyser h@p://cge.cbs.dtu.dk/services/all.php
Læs mereDansk Selskab for Medicinsk Genetik s (DSMG) politik vedrørende klinisk anvendelse af genomisk sekventering
Dansk Selskab for Medicinsk Genetik s (DSMG) politik vedrørende klinisk anvendelse af genomisk sekventering De sidste 10 års store fremskridt indenfor gensekventeringsteknologi har gjort det muligt at
Læs mereResultater af DNA-analyser udført på indsendte spytprøver fra nedlagte husdyr fra 2. og 3. kvartal 2015
Resultater af DNA-analyser udført på indsendte spytprøver fra nedlagte husdyr fra 2. og 3. kvartal 2015 Notat fra DCE - Nationalt Center for Miljø og Energi Dato: 19.oktober 2015 Liselotte Wesley Andersen
Læs mereInstallation af en virtuel maskine
Installation af en virtuel maskine Hvad er en virtuel maskine? Du skal se en virtuel maskine som en ekstra computer, som kører inde i maven på din computer. Det vil sige du kan have en windows computer
Læs mereÅrsrapport 2017: Luftvejsinfektioner og meningitis
Årsrapport 2017: Luftvejsinfektioner og meningitis Infektionsberedskabet - Bakterier, Parasitter og Svampe Årsrapport for modtagne isolater i 2017 ved afsnit for Luftvejsinfektioner og Meningitis (indeholder
Læs mereGenomics og big data sikrer ny indsigt i sygdom og nye muligheder for sundhedsvæsenet
Genomics og big data sikrer ny indsigt i sygdom og nye muligheder for sundhedsvæsenet Exiqons cloud-løsning hjælper forskere med at analysere og forstå genomics og big data Hvad er genomics? Genomics er
Læs mereRegional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2011
Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2011 Indholdsfortegnelse Indholdsfortegnelse S. 1 Kontaktoplysninger S. 1 Definitioner og forkortelser S. 2 Baggrund S. 3 Førstegangs
Læs mereNyhedsbrev Nr Juni 2015
Nyhedsbrev Nr. 2 2015 Juni 2015 Redaktion: Marianne Nielsine Skov marianne.skov@rsyd.dk, Michael Kemp: michael.kemp@rsyd.dk, Janne Kudsk Klitgaard: jkklitgaard@health.sdu.dk, Lone R. Ejrnæs (Redaktør):
Læs mereDesinfektion risiko for resistens? Hvad er evidensen og hvordan fremtidssikrer vi?
Desinfektion risiko for resistens? Hvad er evidensen og hvordan fremtidssikrer vi? Hanne Ingmer Institut for Veterinær og Husdyrvidenskab Sundhedsvidenskabelig fakultet Københavns Universitet April 2019
Læs mereSlutrapport. Titel DNA-markører til forældreudvalg
Slutrapport Titel DNA-markører til forældreudvalg Projektansvarlig og deltagere Projektansvarlig: Hanne Grethe Kirk, Landbrugets Kartoffelfond (LKF), Grindstedvej 55, DK-7184 Vandel, tlf. +45 7588 5533,
Læs mereSammenfatning af case-kontrol studie til afklaring om MRSA CC398 er associeret til landbrug/husdyrsproduktion
Sammenfatning af case-kontrol studie til afklaring om MRSA CC398 er associeret til landbrug/husdyrsproduktion Robert Skov, Kåre Mølbak (Statens Serum Institut) og Frank Aarestrup (Fødevareinstituttet,
Læs mereMODERNE METAGENOMANALYSER MIKROBIEL NEDBRYDNING AF MILJØFREMMEDE STOFFER I JORD OG GRUNDVAND
AARHUS UNIVERSITY DEPARTMENT OF ENVIRONMENTAL SCIENCE ENVIRONMENTAL MICROBIAL GENOMICS GROUP MODERNE METAGENOMANALYSER MIKROBIEL NEDBRYDNING AF MILJØFREMMEDE STOFFER I JORD OG GRUNDVAND Aarhus Universitet,
Læs mereSusanne Mansdal Teamleder Mikrobiologisk laboratorium
Årsrapport 2012 31. marts 2013 Proj.nr. 2000207 SUM/JUSS Mikrobiologisk beredskab Sammendrag I projektet Mikrobiologisk beredskab sikres opdateret viden om mikrobiologiske analysemetoder. Virksomhederne
Læs mereEPIDEMIOLOGISKE UNDERSØGELSER FOR AT UDPEGE FØDEVAREN DER FORÅRSAGER SYGDOM
EPIDEMIOLOGISKE UNDERSØGELSER FOR AT UDPEGE FØDEVAREN DER FORÅRSAGER SYGDOM IDA Levnedsmiddelselskabet Mandag d. 27. april 2015 Luise Müller Afd. for infektionsepidemiologi Statens Serum Institut DENNE
Læs mereVelkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere:
Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Hvilke baser indgår i DNA? A. Adenin, Guanin, Cytosin,
Læs mereAfholdt d. 18. maj 2017
MRSA udbrud: Erfaringer fra Region Syddanmark Spredning af en CC398 t034 PVL+ klon på en fødeafdeling hvad lærte vi? Jens Kjølseth Møller, Ledendeoverlæge, professor dr.med. KliniskMikrobiologiskAfdelingogInfektionshygiejniskEnhed,
Læs mereÅrsrapport 2016 Regional Koordinerende Enhed for MRSA
Årsrapport 2016 Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark Vælg farve Indholdsfortegnelse Indholdsfortegnelse... 1 Kontaktoplysninger... 1 Definitioner og forkortelser... 2 Baggrund... 3
Læs mereNon-invasive prænatale screeninger er et felt i
Non-invasiv prænatal test for føtale trisomier Non-invasive prænatale screeninger er et felt i rivende udvikling. Screeningen mindsker brugen af moderkagebiopsier og fostervandsprøver og derved den medfølgende
Læs mereVejledning om aktørers indberetning af oplysninger til Nationalt Genom Center. 1. udgave
Vejledning om aktørers indberetning af oplysninger til Nationalt Genom Center 1. udgave Indholdsfortegnelse 1. Indledning... 3 1.1. Personlig Medicin og formålet med Nationalt Genom Center... 3 2. Krav
Læs mereLA-MRSA = Husdyr associeret MRSA
Udvalget for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri 2010-11 FLF alm. del Bilag 171 Offentligt LA-MRSA = Husdyr associeret MRSA Robert Skov, overlæge Bakteriologisk Overvågning og Infektionshygiejne Statens Serum
Læs mereRegional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2012
Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2012 Indholdsfortegnelse Indholdsfortegnelse S. 1 Kontaktoplysninger S. 1 Definitioner og forkortelser S. 2 Baggrund S. 3 Førstegangs
Læs mereNye(re) metoder til karakterisering af den potentielle mikrobiologiske eksponering i svinestalde
P r æ s e n t a t i Nye(re) metoder til karakterisering af den potentielle mikrobiologiske eksponering i svinestalde John Kerr White-Ph.D. studerende Introduktion Eksponering for støv med mikroorganismer
Læs mereMRSA. Status, smittemåder og. Robert Skov, overlæge. Statens Serum Institut
MRSA Status, smittemåder og begrænsning af smitte Robert Skov, overlæge Statens Serum Institut MRSA MRSA er S. aureus, der er resistente = modstandsdygtige overfor alle antibiotika i penicillinfamilien
Læs mereResistente bakterier
Resistente bakterier Udgør fødevarer en væsentlig risiko? Robert Skov, overlæge Statens Serum Institut BAGGRUND OM MIG SELV Læge, speciallæge i klinisk mikrobiologi Områdechef for bakteriologisk overvågning
Læs mereMULIGHEDER FOR SMITTE TIL SYGEHUSPATIENTER GENNEM VASKETØJ. Brian Kristensen, overlæge Central Enhed for Infektionshygiejne Statens Serum Institut
MULIGHEDER FOR SMITTE TIL SYGEHUSPATIENTER GENNEM VASKETØJ Brian Kristensen, overlæge Central Enhed for Infektionshygiejne Statens Serum Institut HOSPITALSINFEKTIONER EKSISTERER dr.dk, mandag 28. okt 2013
Læs mereDNA analyse til artsidentifikation af spytprøver fra to dødfundne får
DNA analyse til artsidentifikation af spytprøver fra to dødfundne får Notat fra DCE -Nationalt Center for Miljø og Energi Dato: 22. oktober 2013 Liselotte Wesley Andersen Institut for Bioscience Rekvirent:
Læs mereHåndtering af tilfældighedsfund ved genomsekventering
Håndtering af tilfældighedsfund ved genomsekventering Dansk Selskab for Good Clinical Practice Torsdag den 1. november 2018 Jens Michael Hertz Professor, overlæge, dr.med. Tlf.: 6541 3191 eller 2027 7159
Læs mere2018 DSMG. Policy paper: Klinisk anvendelse af omfattende genomisk sekventering. Dansk Selskab for Medicinsk Genetik
Policy paper: Klinisk anvendelse af omfattende genomisk sekventering 2018 DSMG Dansk Selskab for Medicinsk Genetik Arbejdsgruppens medlemmer: Allan Højland, reservelæge, Klinisk Genetisk Afdeling, Aalborg
Læs mere23. Netværksanalyser af regionale udbrud et redskab til infektionskontrol
Camilla Holten Møller MD, Ph.d. studerende Af ho ld t Afdeling for Infektionsepidemiologi & Forebyggelse Central Enhed for Infektionshygiejne - CEI Statens Serum Institut d. aj 20 19 m 23. Netværksanalyser
Læs mereIdentifikation af DNA-sekvenser fra ulv og hund i spytprøver fra bidsår på husdyr og vildt samt i ekskrementer
Identifikation af DNA-sekvenser fra ulv og hund i spytprøver fra bidsår på husdyr og vildt samt i ekskrementer Notat fra DCE - Nationalt Center for Miljø og Energi Dato: 11. april 2014 Liselotte Wesley
Læs mereDIAGNOSTISKE TEKNIKKER VED PGD (PGT) - MOLEKYLÆRBIOLOGI FOR LÆGER OG ANDRE
DIAGNOSTISKE TEKNIKKER VED PGD (PGT) - MOLEKYLÆRBIOLOGI FOR LÆGER OG ANDRE I N GE SØKILDE P E D E RSEN, K L I N I S K L A B ORATORIEGENETIKER, P H D AFSNIT FOR MOLEKYLÆR DIAGNOSTIK - AAUH PGT ARBEJDSGANG
Læs mereUndersøgelse af contrast MRSA bouillon til hurtigere identifikation af MRSA
Undersøgelse af contrast MRSA bouillon til hurtigere identifikation af MRSA 29-05-2013 Forfatter: Sabrina L. L. Christensen (122027) Klinisk vejleder: Bioanalytikeruderviser Erica Bracher Jørgensen Intern
Læs mereDANRES: DSKM-resistensovervågningsmøde, KMA, Amtsygehuset i Herlev,
DANRES: DSKM-resistensovervågningsmøde, KMA, Amtsygehuset i Herlev, 3.10.2006 Til stede: Jens Otto Jarløv, Magnus Arpi, Hanne Wiese Hallberg (Herlev), Ole Heltberg (Næstved), Hanne Holt (Odense), Alice
Læs mereGAPDH PCR modul Manual
GAPDH PCR modul Manual Katalog nr. 166-5010EDU explorer.bio-rad.com Kopiering kun tilladt til undervisningsbrug Bemærk: Kittet indeholder temperaturfølsomme dele. Åbn derfor straks kassen og læg de pågældende
Læs mereEn forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et:
F2011-Opgave 1. En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et: Forward primer: 5 CC ATG GGT ATG AAG CTT TGC AGC CTT
Læs mereDNA analyse til artsidentifikation af spytprøver fra kalve, får og lam
DNA analyse til artsidentifikation af spytprøver fra kalve, får og lam Notat fra DCE Nationalt Center for Miljø og Energi Dato: 5. september 2013 Liselotte Wesley Andersen Institut for Bioscience Rekvirent:
Læs mereOpgave 1 Listeria. mørkviolette bakteriekolonier, se figur 1a. og b. 1. Angiv reaktionstypen for reaktion. 1 vist i figur 1b.
Opgave 1 Listeria Bakterien Listeria monocytogenes kan være sygdomsfremkaldende for personer, der i forvejen er svækkede. For at identificere Listeria kan man anvende indikative agarplader. Her udnyttes
Læs mere16S PCR til diagnostik af infektioner problemer og muligheder
16S PCR til diagnostik af infektioner problemer og muligheder Marianne Voldstedlund Lisbeth Nørum Pedersen og Kurt Fuursted KMA, Skejby Sygehus Oversigt Indledning 16S PCR til klinisk brug. Generelle betragtninger.
Læs mereStatus for udvikling af molekylær medicin ved Molekylær Medicinsk Afdeling, Aarhus Universitetshospital.
Regionshuset Viborg Sundhedsplanlægning Skottenborg 26 DK-8800 Viborg Tel. +45 87 28 5000 www.regionmidtjylland.dk Status for udvikling af molekylær medicin ved Molekylær Medicinsk Afdeling, Aarhus Universitetshospital.
Læs mereAdgang til den mikrobiologiske sorte boks via DNA analyser
Workshop Aarhus, 15. maj 2017 Adgang til den mikrobiologiske sorte boks via analyser Per Halkjær Nielsen CENTER FOR MICROBIAL COMMUNITIES INSTITUT FOR KEMI OG BIOVIDENSKAB AALBORG UNIVERSITET, DANMARK
Læs mereMarkør-assisteret indkrydsning af brokresistens
Markør-assisteret indkrydsning af brokresistens 2015-2020 Delrapport 2016 Projektansvarlig: Jens Kr. Ege Olsen, jko@lkfvandel.dk, Landbrugets Kartoffelfond Deltager: Kåre Lehmann Nielsen, kln@bio.aau.dk,
Læs mereTestet i udlandet. Oversigt af udenlandske analyser rekvireret fra Færøerne i 2013 11-11-2013. Forfatter: Janus Vang, Ph.D.
11-11-2013 Testet i udlandet Oversigt af udenlandske analyser rekvireret fra Færøerne i 2013 Forfatter: Janus Vang, Ph.D. ANSVARLIG: REGIN W. DALSGAARD, BESTYRELSESFORMAND FOR VINNUFRAMI INTRODUKTION Færøernes
Læs mereSpecialiseringen Rapport Lavede Af Rasmus R. Sørensen Side 1 af 6
Side 1 af 6 Indholdsfortegnelse INDHOLDSFORTEGNELSE 1 INTRO 3 STARTEN AF SPECIALISERINGEN 3 ANKOMST TIL SKOTLAND 4 DATABASER 5 NETVÆRK 5 INTERAKTION 5 AFSLUTNING AF SPECIALISERINGEN 5 KONKLUSION 6 Side
Læs mereMRSA-enheden i Region Midtjylland. Årsberetning Aarhus Universitetshospital Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Infektionshygiejnisk Afsnit
MRSA-enheden i Region Midtjylland Årsberetning 2013 Aarhus Universitetshospital Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Infektionshygiejnisk Afsnit Indholdsfortegnelse MRSA-enheden... 3 Udvidelse af MRSA-enheden...
Læs mereSvine-MRSA i RegionHovedstaden MRSA Knowledge Center Department of Clinical Microbiology Hvidovre Hospital University of Copenhagen Denmark
Svine-MRSA i RegionHovedstaden MRSA Knowledge Center Department of Clinical Microbiology Hvidovre Hospital University of Copenhagen Denmark Helle Neustrup, Heidi Meiniche, Ulla Kehlet, Mette Bartels, Henrik
Læs mereDSKM tarmbak årsmøde
DSKM tarmbak årsmøde C. difficile tværsnitsanalyse Udvidet C. difficile overvågning (SSI.dk) 2. juni 2016 Søren Persson C. difficile overvågning Nuværende overvågning og indsendelses-kriterier: Sundhedsstyrelsens
Læs mereDYNAMIK AF PRRS-VIRUS I 3 FORVENTLIGE PRRS-VIRUS-FRIE SOBESÆTNINGER
DYNAMIK AF PRRS-VIRUS I 3 FORVENTLIGE PRRS-VIRUS-FRIE SOBESÆTNINGER NOTAT NR. 17XX PRRS-virus blev påvist i alle tre sobesætninger på trods af diverse tiltag for at kontrollere PRRS. Ved nærmere undersøgelse
Læs mereIndholdsfortegnelse for kapitel 1
Indholdsfortegnelse for kapitel 1 Forord.................................................................... 2 Kapitel 1.................................................................. 3 Formål............................................................
Læs mereRegional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2013
Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2013 Indholdsfortegnelse Indholdsfortegnelse S. 1 Kontaktoplysninger S. 1 Definitioner og forkortelser S. 2 Baggrund S. 3 Førstegangs
Læs mereMed Fokus på Fremtiden
Med Fokus på Fremtiden Din guide til MJ Vision videoovervågning i HD Tlf.: +45 70 20 82 12 Email.: Info@mjvision.dk Web.: www.mjvision.dk Hvorfor vælge? Herunder en guide 1 2 3 4 5 6 7 8 Hvad er Økonomi
Læs mereRegional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2014
Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2014 Indholdsfortegnelse Indholdsfortegnelse S. 1 Kontaktoplysninger S. 1 Definitioner og forkortelser S. 2 Baggrund S. 3 Organisering
Læs mereÅrsrapport 2017 Regional Koordinerende Enhed for MRSA
Årsrapport 2017 Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark Vælg farve Indholdsfortegnelse Indholdsfortegnelse... 1 Kontaktoplysninger... 1 Definitioner og forkortelser... 2 Baggrund... 3 Organisering
Læs mereAfholdt d. 23. maj 2019
FAGLIGT FORUM CPO-VEJLEDNINGEN ANMELDELSE OG IMPLEMENTERING HVAD ER STATUS? Mette Bar Ilan, Lone Jannok Porsbo og Anne Kjerulf 23. maj 2019 ANMELDELSE/INDBERETNING AF CPO JF. VEJLEDNING Der skelnes mellem
Læs mereVejledning om forskning i menneskets arvemasse
Vejledning om forskning i menneskets arvemasse De videnskabsetiske komiteers Uddannelsesdag 2018 Kirsten Ohm Kyvik, professor, medlem af Den Nationale Videnskabsetiske Komité (NVK) og Maj Vigh, specialkonsulent
Læs mereAntibiotika resistens Antibiotika forbrug Afbrydelse af smitteveje. På vej med handleplanen, SHS Steen Lomborg, ledenede ovl, Mikrobiologi, SHS
Antibiotika resistens Antibiotika forbrug Afbrydelse af smitteveje På vej med handleplanen, SHS Steen Lomborg, ledenede ovl, Mikrobiologi, SHS WHO: Svært bekymrende udvikling! Bakterie og resistens mod:
Læs mereSide 1 af 13. Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13
Side1af13 Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Navn: Studie nummer: Dette eksamenssæt vil også kunne ses som en pdf fil nederst på kursus-hjemmesiden udfor den sidste dag d. 27 Jan
Læs mereSmitteopsporing af plasmacytoseudbrud i ved partiel NS1 sekvensanalyse
Smitteopsporing af plasmacytoseudbrud i 2015-16 ved partiel NS1 sekvensanalyse Pia Ryt-Hansen Ph.D. studerende, Dyrlæge Sektion for diagnostik og beredskab Plasmacytose Aluetian mink disease virus (AMDV)
Læs mereDNA analyse af mulige odder-ekskrementer indsamlet på Fyn
DNA analyse af mulige odder-ekskrementer indsamlet på Fyn Notat fra DCE - Nationalt Center for Miljø og Energi Dato: 12. juni 2017 Liselotte Wesley Andersen & Bjarne Søgaard Institut for Bioscience Rekvirent:
Læs mereResistente bakterier (MRSA) hvordan og hvorfor og fra resistens til ikke-resistens
Udvalget for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri 2014-15 FLF Alm.del Bilag 87 Offentligt Resistente bakterier (MRSA) hvordan og hvorfor og fra resistens til ikke-resistens Seniorforsker Yvonne Agersø Hvad er
Læs mereAntibiotikas betydning i forebyggelsen af sygehuserhvervede infektioner. Mona Kjærsgaard Klinisk Mikrobiologisk Afdeling
Antibiotikas betydning i forebyggelsen af sygehuserhvervede infektioner Mona Kjærsgaard Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Antibiotika og bakterier Antibiotika påvirker ikke kun patientens infektion, men
Læs mereOpformeringsmedie til identifikation af MRSA
Opformeringsmedie til identifikation af MRSA Contrast MRSA broth fra Oxoid versus ChromID MRSA fra Biomerieux Forfatter: Sofie Skov Frost (60080212) Fødselsdato: 24/7 1988 Periode for bachelorprojekt:
Læs mereCPO udbrud: erfaringer fra Region Nordjylland
CPO udbrud: erfaringer fra Region Nordjylland Fagligt Forum 18. maj 2017 David Fuglsang-Damgaard, specialeansvarlig overlæge Klinisk Mikrobiologi, Aalborg Universitetshospital CPO udbrud/spredning i Region
Læs mereKvalitetskontrol i molekylærbiologisk rutinediagnostik
i molekylærbiologisk rutinediagnostik Respirationsvejsvirus som model Mette Høgh, cand. scient, ph.d. Klinisk Mikrobiologisk Afdeling, Hvidovre Hospital Mette.hoegh@hvh.regionh.dk Oversigt Introduktion
Læs mereStaphylococcus aureus (MRSA) i
Effektiv og økonomisk rentabel påvisning af methicillinresistente Staphylococcus aureus (MRSA) i svinebesætninger Summary To identify a cost-effective and practical method for detection of methicillin
Læs mereSTOP SMITSOM YVERBETÆNDELSE
STOP SMITSOM YVERBETÆNDELSE Stafylokokker og B-streptokokker: Hvordan finder vi køer, der smitter, og hvilken betydning har bakterier på pattehuden for yverbetændelse? Line Svennesen Dyrlæge og Ph.d.-studerende
Læs mereMacab ST2300 IP. Gert Kaae Hansen
Macab ST2300 IP Gert Kaae Hansen 2012 Den nye software indeholder nye funktioner som gør det muligt at afspille filer direkte fra et NAS drev, kigge på video klip fra Youtube og se eller høre POD cast
Læs mereHåndinfektioner. Bente Gahrn-Hansen, overlæge, dr.med. Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Odense Universitetshospital
Håndinfektioner Bente Gahrn-Hansen, overlæge, dr.med. Klinisk Mikrobiologisk Afdeling Odense Universitetshospital Håndinfektioner Mekanisme Skærende/stikkende traume i.v.misbruger halofile infektioner
Læs mere27611 Eksamen Sommer 2007
- Side 1 af 10-27611 Eksamen Sommer 2007 Dette sæt indeholder 4 opgaver. En online version af opgavesættet vil være tilgængeligt fra kursets lektionsplan, under selve eksamen (25. Maj 2007 klokken 9:00
Læs mereArtsidentifikation og slægtskabsanalyse af to dødfundne guldsjakaler (Canis aureus) i Danmark
Artsidentifikation og slægtskabsanalyse af to dødfundne guldsjakaler (Canis aureus) i Danmark Notat fra DCE - Nationalt Center for Miljø og Energi Dato: 20. april 2017 Liselotte W. Andersen Institut for
Læs mereMRSA-enheden i Region Midtjylland
MRSA-enheden i Region Midtjylland Årsrapport 2011 Baggrund MRSA-enheden Den regionale MRSA-enhed i Region Midtjylland blev etableret pr. 1. januar 2010. MRSA-enheden er organiseret på følgende måde: 1
Læs mereMiBAlert. Afholdt d. 19. maj Overlæge ph. D Bente Olesen, klinisk mikrobiologisk afdeling, Herlev og Gentofte Hospital
MiBAlert Overlæge ph. D Bente Olesen, klinisk mikrobiologisk afdeling, Herlev og Gentofte Hospital Hospitalserhvervede infektioner medfører Større sygelighed, Større dødelighed Flere dage i isolation
Læs mereAfholdt d. 4. juni 2019
1,2,3, mange.. MRSA udbrud på Neonatal afdelingen C74 Sjællands Universitetshospital Roskilde Hvad gik godt? Hvad kunne vi havde gjort bedre? De første positive patienter.. Patient 1- Notat fra søndag
Læs mereÅrsrapport 2018 Regional Koordinerende Enhed for MRSA
Årsrapport 2018 Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark Vælg farve Regional Koordinerende Enhed for MRSA Region Syddanmark ÅRSRAPPORT 2018 Indholdsfortegnelse Indholdsfortegnelse... 1 Kontaktoplysninger...
Læs mere