Variansanalyse i SAS 1. Institut for Matematiske Fag December 2007

Transkript

1 Københavns Universitet Statistik for Biokemikere Det naturvidenskabelige fakultet Institut for Matematiske Fag December 2007 Variansanalyse i SAS 1 Ensidet variansanalyse Bartlett s test Tukey s test PROC NPAR1WAY Dette notat er baseret på overheads til forelæsningerne i efteråret 2007.

2 Ensidet variansanalyse og Kruskal-Wallis test i SAS Eksempel 1.1: Dette er eksempel i Biostatistics regnet ved hjælp af SAS. Sammenlign udskriftsresultaterne med tabel 12.1, 12.3 og (Normalfordelte data. Brug af PROC GLM. ANOVA, Bartletts test, Tukeys test.) PROGRAM: /*Her kommer data og SAS-program*/ DATA biost12_1; INPUT group $ CARDS; surgery 32 surgery 28 surgery 22 surgery 25 surgery 20 surgery 20 surgery 28 surgery 28 surgery 20 surgery 29 surgery 22 surgery 37 surgery 18 surgery 29 surgery 22 surgery 32 surgery 21 surgery 34 surgery 19 surgery 23 surgery 23 surgery 26 surgery 41 surgery 20 surgery 33 contr1 32 contr1 26 contr1 31 contr1 39 contr1 34 contr1 33 contr1 29 contr1 41 contr1 35 contr1 33 contr1 33 contr1 43 contr1 25 contr1 39 contr1 36 contr1 37 contr1 28 contr1 34 contr1 27 contr1 45 contr1 22 contr1 29 contr1 51 contr1 28 contr1 35 contr2 31 contr2 35 contr2 26 contr2 28 contr2 22 contr2 29 contr2 27 contr2 21 contr2 22 contr2 27 contr2 24 contr2 44 contr2 21 contr2 25 contr2 27vcontr2 18 contr2 27 contr2 36 ; CLASS group; MODEL age=group/solution; MEANS fage/hovtest=bartlett TUKEY; /*Bartlett og Tukeys test*/ UDSKRIFT: group 3 contr1 contr2 surgery Dependent Variable: age Number of Observations Read 68 Number of Observations Used way ANOVA Model Error Corr. Total R-Square Coeff Var Root MSE age Mean Source DF Type I SS Mean Square F Value Pr > F group

3 Standard Parameter Estimate Error t Value Pr > t Intercept B <.0001 group contr B <.0001 group contr B group surgery B... Bartlett's Test for Homogeneity of age Variance group Tukey's Studentized Range (HSD) Test for age NOTE: This test controls the Type I experimentwise error rate. Alpha 0.05 Error Degrees of Freedom 65 Error Mean Square Critical Value of Studentized Range Comparisons significant at the 0.05 level are indicated by ***. Difference Simultaneous group Between 95% Confidence Comparison Means Limits contr1 - contr *** contr1 - surgery *** contr2 - contr *** contr2 - surgery surgery - contr *** surgery - contr Eksempel 1.2: Dette er data fra eksempel 1.1 analyseret ved ikke-parametrisk test. (Brug af PROC NPAR1WAY. Kruskal Wallis test.). PROC NPAR1WAY WILCOXON DATA=biost12_1; CLASS group; VAR age; UDSKRIFT: The NPAR1WAY Procedure Wilcoxon Scores (Rank Sums) for Variable age Classified by Variable group Expected Std Dev Mean group N Scores Under H0 Under H0 Sc surgery contr contr Average scores were used for ties.

4 Kruskal-Wallis Test Chi-Square DF 2 Pr > Chi-Square Eksempel 1.3: Data er lavglykosyleret PrP fra Collinge et al. Først sammenlignes de tre kontrolgrupper. Derefter sammenlignes type 4 PrP med den sammenslåede kontrolgruppe. (Normalfordelte data. Brug af PROC GLM.) PROGRAM: /*Her indlæses data fra Collinge et al*/ DATA cd4_lav; INPUT type CARDS; ; /*Her sammenlignes de tre kontrolgrupper (type 1-3).*/ DATA kontrol; SET cd4_lav; IF type LE 3; CLASS type; MODEL lav_glyc=type; MEANS type/ HOVTEST=bartlett; /*De tre grupper kan antages at være ens. Se udskrift 1*/ /*Sammenligning af type 4 med samlet kontrolgruppe*/ DATA nycd4_lav; SET cd4_lav; IF type LE 3 THEN nytype=0; ELSE nytype=1; CLASS nytype; MODEL lav_glyc=nytype/solution; MEANS type/ HOVTEST=bartlett; /*Konklusion: Type 4 kan antages at have same varians som kontrolgruppen, men middelværdierne er forskellige.*/ /*Man kan her diskutere, om man indledningsvis skulle have sammenlignet alle 4 varianser*/ /*Normalfordelingshypotese kunne være kontrolleret med PROC UNIVARIATE.*/ /*Tukeys test udføres ikke da hypotesen om ens middelværdier godkendes*/ /*Ikke-parametrisk test PROC NPAR1WAY udføres ikke, da normalfordelingshypotesen godtages*/ /*Udskrifterne er af pladhensyn redigerede*/

5 UDSKRIFT 1 (Sammenligning af de tre kontrolgrupper.) type Number of observations 28 Dependent Variable: lav_glyc Model Error Corrected Total R-Square Coeff Var Root MSE lav_glyc Mean Bartlett's Test for Homogeneity of lav_glyc Variance type UDSKRIFT 2 (Sammenligning af type 4 med sammenslået kontrolgruppe.) Dependent Variable: lav_glyc nytype Number of observations 37 Model <.0001 Error Corrected Total R-Square Coeff Var Root MSE lav_glyc Mean Standard Parameter Estimate Error t Value Pr > t Intercept B <.0001 nytype B <.0001 nytype B... Bartlett's Test for Homogeneity of lav_glyc Variance nytype