Elucigene QST*R -produkter Brugervejledning

Elucigene QST*R -produkter Brugervejledning Produkt Størrelse Katalogkode Elucigene QST*Rplusv2 50 test AN0PLB2 Elucigene QST*R 50 test AN003B2 Elucigene QST*R-XYv2 50 test AN0XYB2 Elucigene QST*R-13 10 test AN013BX Elucigene QST*R-18 10 test AN018BX Elucigene QST*R-21 10 test AN021BX Til in vitrodiagnostisk brug Fremstillet af: Elucigene Diagnostics Greenheys House Pencroft Way Manchester Science Park Manchester M15 6JJ, Storbritannien For salgsafdeling, kundeservice og teknisk support: T: +44 (0) 161 669 8122 F: +44 (0) 161 669 8129 E: enquiries@elucigene.com E: techsupport@elucigene.com Elucigene Diagnostics is the trading name of Delta Diagnostics (UK) Limited., a company registered in England and Wales, registration number 8696299. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 1 af 35

Elucigene QST*R Elucigene QST*R-produktområdet er DNA-baserede multiplekse assay til hurtig prænatal bestemmelse af aneuploid status for de tre mest almindelige levedygtige autosomale trisomier og kønskromosomerne X og Y. Elucigene QST*R-sættene findes i nedenstående formater. Besøg www.elucigene.com/productswww.gen-probe.com/global/productsservices/ for at få flere oplysninger om sættene i QST*R-serien. Tilsigtet anvendelse QST*Rplusv2 Til rutinemæssig in vitro kvantitativ diagnose af de tre mest almindelige levedygtige autosomale trisomier: trisomi 13 (Pataus syndrom), trisomi 18 (Edwards syndrom) og trisomi 21 (Downs syndrom). Sættet indeholder også X- og Y-kromosommarkører og TAF9L-markøren til bestemmelse af kønsstatus. Metoden, som Elucigene QST*Rplusv2- sættet benytter, er teknikken QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction) (kvantitativ fluorescens-polymerasekædereaktion). Produkterne er beregnet til at blive brugt på DNA, der er udtaget fra enten fostervand eller moderkageprøver (CVS), som er taget under en fostervandsundersøgelse. Den tilsigtede målpopulation er gravide kvinder, der via enten biokemiske eller diagnostiske procedurer vurderes at have stor risiko for at bære et angrebet foster eller vurderes til at være i risikogruppe på grund af enten tidligere familieanamnese eller egen alder. Produktet er beregnet til at blive brugt sammen med andre diagnostiske procedurer for at understøtte eller udelukke den foreslåede kliniske diagnose. Produktet er kun til professionel brug i et molekylært eller cytogent laboratoriemiljø. QST*R Til rutinemæssig in vitro kvantitativ diagnose af de tre mest almindelige levedygtige autosomale trisomier: trisomi 13 (Pataus syndrom), trisomi 18 (Edwards syndrom) og trisomi 21 (Downs syndrom). Metoden, som Elucigene QST*R-sættet benytter, er teknikken QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction) (kvantitativ fluorescens-polymerasekædereaktion). Produkterne er beregnet til at blive brugt på DNA, der er udtaget fra enten fostervand eller moderkageprøver (CVS), som er taget under en fostervandsundersøgelse. Den tilsigtede målpopulation er gravide kvinder, der via enten biokemiske eller diagnostiske procedurer vurderes at have stor risiko for at bære et angrebet foster eller vurderes til at være i risikogruppe på grund af enten tidligere familieanamnese eller egen alder. Produktet er beregnet til at blive brugt sammen med andre diagnostiske procedurer for at understøtte eller udelukke den foreslåede kliniske diagnose. Produktet er kun til professionel brug i et molekylært eller cytogent laboratoriemiljø. QST*R-XYv2 Til rutinemæssig in vitro kvantitativ diagnose af kønskromosomstatus herunder de almindelige aneuploidier Klinefelters syndrom og Turners syndrom aneuploidi. Metoden, som Elucigene QST*R-XYv2-sættet benytter, er teknikken QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction) (kvantitativ fluorescenspolymerasekædereaktion). Produkterne er beregnet til at blive brugt på DNA, der er udtaget fra enten fostervand eller moderkageprøver (CVS), som er taget under en fostervandsundersøgelse. Den tilsigtede målpopulation er gravide kvinder, der via enten biokemiske eller diagnostiske procedurer vurderes at have stor risiko for at bære et angrebet foster eller vurderes til at være i risikogruppe på grund af enten tidligere familieanamnese eller egen alder. Produktet er beregnet til at blive brugt sammen med andre diagnostiske procedurer for at understøtte eller udelukke den foreslåede kliniske diagnose. Produktet er kun til professionel brug i et molekylært eller cytogent laboratoriemiljø. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 2 af 35

QST*R-13, QST*R-18, QST*R-21 Suppleringssæt, der indeholder yderligere autosomale markører til anvendelse sammen med QST*R eller QST*Rplusv2 til rutinemæssig kvantitativ in vitro diagnose af de tre mest almindelige levedygtige autosomale trisomier: henholdsvis trisomi 13 (Pataus syndrom), trisomi 18 (Edwards syndrom) og trisomi 21 (Downs syndrom). Disse sæt er beregnet til udvidet kromosomtestning, når der er behov for det, eller til bekræftelse af positive resultater. Metoden, som disse sæt benytter, er teknikken QF- PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction) (kvantitativ fluorescenspolymerasekædereaktion). Produkterne er beregnet til at blive brugt på DNA, der er udtaget fra enten fostervand eller moderkageprøver (CVS), som er taget under en fostervandsundersøgelse. Den tilsigtede målpopulation er gravide kvinder, der via enten biokemiske eller diagnostiske procedurer vurderes at have stor risiko for at bære et angrebet foster eller vurderes til at være i risikogruppe på grund af enten tidligere familieanamnese eller egen alder. Produktet er beregnet til at blive brugt sammen med andre diagnostiske procedurer for at understøtte eller udelukke den foreslåede kliniske diagnose. Produktet er kun til professionel brug i et molekylært eller cytogent laboratoriemiljø. Resume og forklaring Downs syndrom, Edwards syndrom og Pataus syndrom er de tre mest almindelige levedygtige autosomale trisomier. Incidensen for levende fødte børn er henholdsvis ca. 1 ud af 700, 1:3000 og 1:21.700. Turners syndrom hos kvinder og Klinefelters syndrom hos mænd er de mest almindelige kønskromosomaneuploidier. Den mest almindelige årsag til Turners syndrom er monosomi for X-kromosomet (45, X-karyotype) og for Klinefelters syndrom et ekstra X-kromosom (47, XXY-karyotype). Incidensen for levende fødte børn er mellem 1:2000 til 1:5000 kvinder for Turners syndrom og mellem 1:500 og 1:650 mænd for Klinefelters syndrom. Risikoen for at føde et barn med Downs syndrom øges signifikant med moderens alder fra ca. 1:1600 i alderen 20-24 til 1:200 i alderen 35 og 1:19 i alderen 45 og ældre. Gravide kvinder tilbydes rutinemæssigt screening for Downs syndrom i graviditetens første trimester. En standardtest er den såkaldte OSCAR -test, One Stop Clinical Assessment of Risk (et stop for klinisk vurdering af risiko), der foretages mellem uge 10 og uge 13,5 i graviditeten. Denne kombinerer to biokemiske markører, frit beta hcg (human Chorionic Gonadotrophin) og PAPP-A (Pregnancy Associated Plasma Protein-A) med måling af tykkelsen af fosterets nakkefold (nakkefoldsscanning) (1). Kombinationen af resultaterne af disse tre test giver et generelt risikotal. Kvinder, som identificeres at have øget risiko for at føde et barn med Downs syndrom, tilbydes derefter fostervandsundersøgelse for at teste direkte for abnormitet. En fostervandsundersøgelse er en invasiv test, der indebærer indføring af en kanyle i fosterhinden omkring fosteret under ultralydsvejledning. Der udtrækkes og testes en lille prøve, typisk 10-20 ml, af fostervand med fosterceller. Downs syndrom blev opkaldt efter Dr. John Langdon Down i 1866, selvom syndromet er beskrevet tidligere. Det forårsages af trisomi for alle eller en del af kromosom 21 (2). Personer med Downs syndrom har lige så vel som en kognitiv funktionsnedsættelse af varierende grad typisk et antal fælles træk, herunder hypotoni (nedsat muskelkraft), en fremstående tunge, mandelformede øjne, der skyldes en epikantisk fold, opadgående palpebrale fissurer, enkelt fure i hånd og ekstremiteter, der er kortere end normalt. De har også øget risiko for medfødte hjertedefekter og for senere i livet at udvikle en form for Alzheimers sygdom. Edwards syndrom blev først beskrevet af Dr. John Edwards i 1960. Det forårsages af trisomi for alle eller en del af kromosom 18. Ligesom med Downs syndrom er moderens alder relateret til en forøget risiko for at få et barn med Edwards syndrom. Typiske kliniske træk omfatter lav fødselsvægt, hjertedefekter, gastrointestinal deformation, AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 3 af 35

urogenital deformation, neurologiske problemer og kraniofaciale abnormiteter. Medianlevetiden er ca. 4 dage. Pataus syndrom er opkaldt efter Dr. Klaus Patau, som beskrev sygdommen med den kromosomale association. Det forårsages af trisomi for alle eller en del af kromosom 13. Spædbørn med Pataus syndrom er alvorligt angrebet med multiple abnormiteter. Typiske træk omfatter intrauterin vækstbegrænsning, lav fødselsvægt, medfødte hjertedefekter, mikrocefali, holoprosencefali med ganespalte og mikroftalmi, central apnø, polydaktyli og gængefod. Medianlevetiden er ca. 2,5 dage. Turners syndrom hos kvinder er forårsaget af monosomi for X-kromosomet. Ca. 98 % af Turner-fostrene aborteres spontant. Overlevende børn udviser en række typiske træk, herunder kort statur, primær amenorrhea, hals med svømmehud (afledt af cystisk hygrom, en væskefyldt sæk i uterus). De lider også typisk af medfødt hjertesygdom og kan have hesteskoformede nyrer. Klinefelters syndrom hos mænd er forårsaget af forekomsten af et ekstra X-kromosom. Klinefelter-mænd er infertile og kan have en mild kognitiv funktionsnedsættelse. De er typisk højere end gennemsnittet, kan udvikle gynækomasti, der kræver kirurgisk reduktion, og har en øget risiko for at udvikle osteoporose på grund af mindskede niveauer af testosteron. QST*Rplusv2 omfatter markører for alle tre autosomer og både X og Y. Det er designet til at påvise hele kromosomaneuploidier i disse kromosomer, men påviser ikke afbalancerede strukturelle ændringer og skelner ikke mellem aneuploidi, der er forårsaget af en ikke-sammenhængende hændelse eller en ikke-afbalanceret ændring. Procedureprincip Metoden, som Elucigene QST*R-sættene anvender, er teknikken QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction) (kvantitativ fluorescenspolymerasekædereaktion) (3-7). Ved anvendelse af PCR-amplifikation rettes fluorescensfarvemærkede primere er rettet mod højpolymorfe områder af DNA-sekvens, der kaldes STR (short tandem repeats korte tandemgentagelser), som er placeret på kromosomerne af interesse. Hver målrettet STR-markør er specifik for det kromosom, den sidder på, og derfor kan STR-markørens kopinummer være diagnostisk for kromosomets kopinummer. Der er blevet valgt informative STR-markører, der påviser en høj heterogenitet, således at kopinummeret let kan bestemmes. En normal diploid prøve har det normale komplement af to af hver af de somatiske kromosomer. To alleler af en kromosomspecifik STR-markør bestemmes derfor af QF-PCR-teknikken som to spidser i et 1:1 forhold. Observationen af en ekstra STR-allele som enten et mønster med tre spidser i et 1:1:1 forhold eller et mønster med to spidser i et 2:1 eller 1:2 spidsforhold er diagnostisk for forekomsten af en ekstra sekvens, som igen kan repræsentere et ekstra kromosom, som i tilfældet af en trisomi. QF-PCR-teknikkens amplificerede produkter analyseres kvantitativt på en genetic kapillærelektroforese-analyzer for at bestemme de analyserede STR-markørers kopinummer. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 4 af 35

Advarsler og forholdsregler 1. Den normale DNA-kontrol, der medfølger i sættene, er blevet testet uafhængigt og konstateret negativt for Hepatitis B virus (HBV), Hepatitis C virus (HCV) og human immundefektvirus (HIV) 1 og 2. 2. Vær forsigtig ved håndtering af materiale af human oprindelse. Alle prøver bør anses som potentielt smittefarlige. Ingen testmetode kan give fuld sikkerhed for, at HBV, HCV, HIV eller andre smitstoffer ikke er til stede. 3. Håndtering af prøver og testkomponenter, deres brug, opbevaring og bortskaffelse skal ske i overensstemmelse med de procedurer, der er defineret af de relevante nationale bestemmelser og regulativer vedrørende biologisk risikomateriale. 4. I overensstemmelse med aktuel god laboratoriepraksis bør laboratorier behandle deres egne interne kvalitetskontrolprøver af kendt genotype i hvert assay, så procedurens validitet kan vurderes. 5. Hvis æsken med kittet er beskadiget, kan indholdet være beskadiget. Anvend ikke kittet, og kontakt kundeservice. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 5 af 35

Symboler anvendt på etiketter Symbolerne anvendt på alle etiketter og emballage er i overensstemmelse med den harmoniserede standard ISO 15223 Producent Antal test Se brugervejledning X C Opbevares under den angivne temperatur Anvend før den angivne dato Katalogkode Lot- eller batchnummer Medicinsk udstyr til in vitro diagnostik AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 6 af 35

Materialer der følger med Opbevar alle komponenter under -20 C. Hvert sæt indeholder: (TA): 2 x 250 µl (50 test) eller 1 x 100 µl (10 test) QST*R-reaktionsblanding med primere for at amplificere et antal STR- (short tandem repeat kort tandemgentagelse) markører. Se yderligere oplysninger om markører i hvert sæt i bilag 2. QST*R-reaktionsblandingen indeholder også DNA-polymerase og deoxynukleotidtrifosfater i buffer. Sæt 0,2 ml PCR-hætteglas Komponentvarenr. Elucigene QST*Rplusv2 Klar 404454 Elucigene QST*R Orange 404442 Elucigene QST*R-XYv2 Pink 404457 Elucigene QST*R-13 Grøn 404445 Elucigene QST*R-18 Violet 404448 Elucigene QST*R-21 Gul 404451 (DC): 1 x 50 µl hætteglas DNA-kontrol, diploid for de markører, der er påvist af Elucigene QST*R: Sæt Komponentvarenr. Elucigene QST*Rplusv2 404485 Elucigene QST*R 404485 Elucigene QST*R-XYv2 404485 Elucigene QST*R-13 404485 Elucigene QST*R-18 404485 Elucigene QST*R-21 404485 50 (10) x 0,2 ml PCR-hætteglas, farvekodet som angivet ovenfor. Klargøring af sæt og opbevaring Ved åbning af sættet anbefales det at dispensere reaktionsblandingen ned i de medfølgende 0,2 ml PCR-hætteglas (eller tilsvarende) i mængder på 10 µl og at fryse dem ved -20 C. Sørg for, at hætteglassenes indhold er helt optøet og blandet før dispensering. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 7 af 35

Påkrævede, men ikke medfølgende, materialer Generelt Laboratorieforbrugsvarer handsker, pipettespidser. Laboratorieudstyr præcisionspipetter (2 sæt: 1 til håndtering før amplifikation og 1 til håndtering efter amplifikation: helst positive displacement-pipetter), beskyttelsestøj, vortex-mixer, mikrofuge, centrifuge til mikrotiterplade med 96 brønde. DNA-ekstraktion Forberedelse af DNA InstaGene Matrix (Bio-Rad Laboratories, katalognr. 732-6030), sterilt deioniseret vand. PCR-amplifikation Termisk variator, der rummer mikrotiterplader med 96 brønde eller 0,2 ml hætteglas med en temperaturnøjagtighed på +/-1 C mellem 33 C og 100 C og statisk temperaturensartethed på +/-1 C. Kapillærelektroforese Kapillærelektroforese GeneScan 500 LIZ størrelsesstandard (ABI katalognr. 4322682), GeneScan 600 LIZ (ABI katalognr. 4366589) eller GeneScan 600v2 LIZ (ABI katalognr. 4408399), DS-33 (farvestofsæt G5) matrixstandard (ABI katalognr. 4345833), POP-7 Polymer (ABI katalognr. 4352759), 10x Genetic Analyzer Buffer (ABI katalognr. 402824) og Hi-Di-formamid (ABI katalognr. 4311320). Applied Biosystems ABI 3130 og 3500 genetic analyzere (med GeneMapper-software), 36 cm kapillærarray (50 cm kapillærarray for 3500 genetic analyzer), 96-brønds optiske plader, 96-brønds septa, 96-brønds kassetter. Data-analyse Der kræves én af følgende data-analysesoftwarepakker: GeneMapper 3.7 (Applied Biosystems Inc.) eller nyere eller GeneMarker 1.65 (SoftGenetics LLC) eller nyere. Yderligere dokumentation for Elucigene QST*R Disse brugervejledninger indeholder et basisafsnit om fortolkning af de opnåede resultater. En supplerende Guide to Interpretation (Fortolkningsvejledning) med eksempler og ordliste og en Guide to Analysis (Vejledning til analyse) findes på Gen-Probes hjemmeside: www.gen-probe.com/global/products-services/ Prøvetagning og opbevaring Der skal anvendes prøver af moderkage (CV Chorionic Villus) eller fostervand (AF Amniotic Fluid). Prøveudtagningsudstyr har til tider vist sig at være skadeligt for integriteten af visse analytter og kan derfor interferere med nogle metodeteknologier. Det anbefales, at hver bruger sikrer, at det valgte udstyr anvendes i overensstemmelse med producentens anvisninger, og at både prøvetagningsudstyr og DNAforberedelsesmetoder er forenelige med denne test. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 8 af 35

DNA-ekstraktion Elucigene QST*R-sæt er valideret på InstaGene-matrixmetoden med DNA-ekstraktion og kan udføres i et enkelt reagensglas, hvilket gør det unødvendigt at overføre fra reagensglas til reagensglas. Der er vist andre ekstraktionsmetoder for at opnå lige pålidelige resultater f.eks. Qiagen QIAamp-sæt. InstaGene-metoden til DNA-ekstraktion er beskrevet herunder. InstaGene-ekstraktionsmetode Fostervand (AF Amniotic Fluid) Der skal anvendes ca. 1-2 ml fostervand. Moderkage (CV Chorionic Villus) CV-prøver skal rengøres omhyggeligt for at fjerne eventuel påsiddende livmoderslimhinde. Det er vigtigt at teste celler fra mere end et område af prøven og at der er repræsenteret celler fra den mesenchymale kerne. En lille alikvot med cellesuspension, der er forberedt til konventionel opsætning af cellekultur, anbefales til QST*R-analyse. Dette sikrer, at QST*R-resultatet opnås fra den samme cellepopulation, der anvendes til analyse af karyotypen. 1. Resuspender InstaGene-matricen på det magnetiske røreapparat ved mediumhastighed i mindst 5 minutter. 2. Centrifuger prøven (AF eller CV) ved 12.000 g i 1 minut for at pellettere cellerne. 3. Fjern prøverne fra centrifugen og efterse pelleten for blodpletter. Noter procentdelen af blodpletter, hvis de forekommer. 4. Fjern og bortskaf forsigtigt supernatanten fra pelleten og sørg for, at pelleten er uforstyrret. Lad ca. 10-20 µl supernatant være tilbage for at resuspendere pelleten. 5. Bland prøven grundigt på vortexmixer. 6. Fortsæt til trin 7, hvis der observeres mere end 50 % blodpletter. Fortsæt til trin 8, hvis der observeres mindre end 50 % blodpletter. 7. Tilsæt 200 µl sterilt deioniseret vand til cellepelleten. Bland grundigt på vortexmixer. Centrifuger ved 12.000 g i 1 minut. Fjern supernatanten og lad 10-20 µl supernatant være tilbage for at resuspendere pelleten. Bemærk: Dette ekstra vasketrin er med til at lyse de røde blodceller og fjerne hæm, der kan hæmme PCR en. 8. Tilsæt 200 µl InstaGene-matrix fra trin 1 til prøverne med en pipettespids med en stor indvendig diameter, som f.eks. 1.000 µl. Bemærk: Til optimimering af ekstraktionsprotokollen kan den tilsatte mængde InstaGene-matrix (Chelex-100 resin) varieres med 100 µl InstaGene-matrix til små AFcellepelleter (knap synlige) eller 300 µl til store pelleter (der dækker bunden af reagensglasset), CV og vævsprøver. Noter den mængde InstaGene-matrix, der til tilsat hver prøve. 9. Bland prøverne omhyggeligt på vortexmixer, og inkuber ved 100 C i 8 minutter i en varmeblok eller et vandbad. 10. Bland igen omhyggeligt på vortexmixer ved høj hastighed i 10 sekunder. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 9 af 35

11. Centrifuger prøverne ved 12.000 g i 3 minutter. Supernatanten indeholder den udtagne DNA. 12. Fortsæt til opsætning af PCR, eller opbevar den udtagne DNA ved -20 C, indtil det er påkrævet. DNA-koncentration Det anbefales, at alternative metoder til udtagning af DNA og prøvetyper nøje evalueres med Elucigene QST*R-testen, inden resultaterne anvendes til diagnostik. Under optimale PCR-forhold og med de anbefalede prøveinjektionsindstillinger*, der er angivet i kapillærkolonnens kørselsmodul (side 12), opnås konsistent acceptable resultater med DNA-mængder på 1,25 ng til 10 ng. *Bemærk: Prøveinjektionsindstillingerne kan ændres, så de passer til den mængde amplikon, der dannes under PCR-reaktionen, hvilket kan variere afhængig af den mængde af genomisk DNA, der blev tilsat. Der kan anvendes mindre amplikon til den kolonne, der skal analyseres, ved at reducere injektionstiden. Omvendt kan der anvendes mere amplikon til den kolonne, der skal analyseres, ved enten at øge injektionens tid eller spænding. Tidligere amplificerede prøver kan injiceres igen multiple gange til ny analyse. Testprotokol Amplifikationsprocedure Hvor prøver er blevet udtaget med InstaGene-metoden, anbefales det at bruge ufortyndet supernatant direkte i PCR-reaktionen. Bemærk: For at minimere risikoen for kontaminering skal trin 3-5 udføres i et område uden DNA. Sørg desuden for at undgå kontaminering med PCR-produktet. 1. Programmer den termiske variator til en éttrinscyklus, som aktiverer DNA-polymerasen ved 95 C i 15 minutter, forbundet til et amplifikationscyklusprogram på 30 sekunder ved 95 C (denaturering), 1 minut og 30 sekunder ved 59 C (annealing) og 1 minut og 30 sekunder ved 72 C (udvidelse) i 26 cyklusser. Dette bør forbindes med en 30-minutters tidsforsinkelsesfil ved 72 C (udvidelse) i den endelige cyklus. Enzymaktivering Cyklusprogram Endelig udvidelse 95 C 95 C 15 min. 30 sek. 72 C 72 C 1 minut 30 sek. 30 min. 59 C Omgivelsestemperatur 1 minut 30 sek. 26 cyklusser AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 10 af 35

2. Der skal inkluderes en negativ (vand-) kontrol i hver PCR-kørsel. Det kan også være relevant at medtage andre kontroller, f.eks. positiv normal (DNA-kontrol medfølger) og positiv trisomikontrol (DNA medfølger ikke). 3. Optø et tilstrækkeligt antal hætteglas med præalikvotet QST*R-reaktionsblanding til antallet af prøver og kontroller, der skal køres (se note under Materialer der følger med), og centrifuger hætteglassene ved 12.000 g i 10 sekunder. 4. Anvend separate pipettespidser, og tilsæt 2,5 µl test-dna til et prøvehætteglas med 10 µl QST*R-reaktionsblanding og bland ved at pipettere op og ned. Gør dette for alle prøver, der skal testes. Der må ikke tilføjes DNA til PCR-hætteglasset til negativ kontrol. Tilsæt i stedet 2,5 µl sterilt destilleret vand. Bemærk: Der skal udvises forsigtighed for ikke at kontaminere PCR-reaktionen med InstaGene-resin. 5. Centrifuger hætteglassene kort, indtil al væske er i bunden af hvert hætteglas. 6. Sæt alle hætteglas godt fast i den termiske variatorblok. Start 95 C aktiveringsprogrammet efterfulgt af amplifikationsprogrammet (se trin 1). 7. Når amplifikationsprogrammet er fuldført, kan prøverne opbevares ved stuetemperatur natten over eller ved 2-8 C i op til 7 dage inden analyse med kapillærelektroforese. Kapillærelektroforese Det anbefales, at hver bruger sikrer, at det valgte udstyr anvendes i overensstemmelse med producentens anvisninger, og at prøvetagningsudstyret er foreneligt med denne test. I denne sammenhæng er de vigtigste parametre polymeren og kapillærarrayet. Der kan opnås optimale resultater med følgende kapillærelektroforeseforhold på en ABI3130 eller ABI3500 genetic analyzer. 1. Kombiner 6,85 μl i størrelsesstandard med 250 μl Hi-Di formamid, og bland godt (tilstrækkelig blanding til 16 brønde). Dispenser 15 µl blanding ned i det påkrævede antal brønde på en 96-brønds optisk plade. 2. Tilsæt 3 µl testprøve-pcr-produkt til den størrelsesstandardblanding (fra trin 1), der allerede er dispenseret ned i pladen, og bland med pipetten. Forsegl pladen. 3. Denaturer det PCR-produkt, der er dispenseret ned i den optiske plade på en termisk variator, med følgende parametre: 94 C i 3 minutter forbundet med 4 C i 30 sekunder. 4. Centrifuger pladen ved 1.000 g i 10 sekunder for at fjerne eventuelle bobler i brøndene, og sæt den i genetic analyzer. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 11 af 35

ABI3130 GENETIC ANALYZER Opret et prøveark med 3130 dataindsamlingssoftwaren med følgende indstillinger: Sample Name (prøvenavn): Dette skal være det samme prøvespecifikke navn eller nummer. Run Owner (kørselsejer): Vælg laboratoriets standardejer. Run Protocol (kørselsprotokol): QSTR (indeholder QST*R 3130-kørselsmodul se herunder).* *Bemærk: Det er nødvendigt at oprette et kørselsmodul, der oplyser instrumentindstillingerne og efterfølgende tildele dette til en kørselsprotokol, hvor Dye Set (farvestofsættet) G5 er blevet valgt. For yderligere oplysninger om oprettelsen af kørselsmoduler henvises der til instrumentets brugervejledning. 3130 RUN MODULE (KØRSELSMODUL) TIL POP7-POLYMER 36 cm kapillærmodul: QSTR # Parameter Name Value Range 1 Oven Temperature 60 int 18 65 Deg.C 2 Poly_fill_Vol. 6500 6500 38000 steps 3 Current Stability 5.0 int 0 2000 uamps 4 PreRun_Voltage 15.0 0 15 kvolts 5 Pre_Run_Time 180 1 1000 sec. 6 Injection_Voltage 3.0 1 15 kvolts 7 Injection_Time 15 1 600 sec. 8 Voltage_Number_of_Steps 20 1 100 nk 9 Voltage_Step_Interval 15 1 60 sec. 10 Data_Delay_Time 60 1 3600 sec. 11 Run_Voltage 15.0 0 15 kvolts 12 Run_Time 1200 300 14000 sec. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 12 af 35

ABI3500 GENETIC ANALYZER Der skal oprettes en QSTR-instrumentprotokol, som herefter kan bruges til hver QSTRkørsel. Opret QSTR-instrumentprotokollen via 3500 Instrument Protocols Library (instrumentprotokolbiblioteket). Sørg for at følgende er valgt: Run Module (kørselsmodul): FragmentAnalysis50_POP7 Indlæs de indstillinger, der er angivet i billedet nedenfor: Opret en prøveplade for at køre prøverne ved at klikke på Create Plate from Template (opret plade fra skabelon) på Dashboard (instrumentbrættet), og sørg for, at den korrekte instrumentprotokol er blevet tildelt QSTR (se ovenfor). AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 13 af 35

Analyse og fortolkning af resultater Det anbefales, at hvert laboratorium udvikler sin egen fortolknings- og rapporteringsprocedurer og kriterier. Retningslinjer for den bedste praksis for QF-PCR er dokumenteret af Storbritanniens Clinical Molecular Genetics Society og Association of Clinical Cytogeneticists og er tilgængelig til reference på: www.cmgs.org.uk PCR-produkter observeres som et 5-farvestofmærket system ved brug af filtersæt G5. Filtersæt G5 påviser de 6-FAM (blå), VIC (grønne), NED (gule) og PET (røde) mærkede fragmenter plus markøren Size Standard (størrelsesstandard), der er mærket med LIZ (orange) på et elektroforetogram og i GeneMapper- eller GeneMarker-programmet. Softwareanalysevejledninger til GeneMarker og GeneMapper findes på Gen-Probes hjemmeside: www.gen-probe.com/global/products-services/ GeneMapper-analysevejledningen giver oplysninger om softwareindstillinger og instruktioner i import af analyserede data til en Excel-rapportskabelon. GeneMarker har et trisomianalyseprogram, der er kompatibelt med Elucigene QST*R. Vigtig bemærkning: Forskellige kombinationer af instrument, polymer og størrelsesstandard kan forårsage, at størrelsessøgningen varierer let. Under validering af sættet skal brugerne kontrollere, at standard-bin-indstillingerne resulterer i nøjagtig spidsmærkning og justere dem, hvis det er nødvendigt. Kontakt teknisk support for at få hjælp i tilfælde af eventuelle problemer. Retningslinjer for generelle analyser for alle QST*R-sæt 1. Den negative kontrol må ikke vise skarpe spidser inden for aflæsningsområdet fra 100 til 510 bp. 2. Den positive kontrol skal vise de forventede resultater, og alle spidser skal opfylde nedenstående kriterier. 3. Ved analyse af DNA-prøver skal der observeres mindst 1 spids for hver testet markør. Det acceptable område for markørspidser, der analyseres på 3130 genetic analyzer, er mellem 50 og 6000 relative fluorescensenheder (rfus relative fluorescent units) og for 3500 genetic analyzere mellem 175 og 32000 rfus. Spidshøjder, der falder uden for dette område, må ikke analyseres. 4. Elektroforetogrammer af dårlig kvalitet, der skyldes for stor gennemblødning mellem farvestoffarverne (også kaldet pull-up ), og elektroforetiske skarpe stigninger (skarpe spidser, der forekommer i mere end et farvestof) må ikke fortolkes. PCR-produkterne skal injiceres og analyseres igen. 5. Der foretages analyse ved at vurdere spidsforholdene (A1/A2), hvor A1 er det korteste længdefragments spidsområde, og A2 er det længste længdefragments spidsområde. Det resulterende forhold er diagnostisk for locus-kopinummer. For disomiske kromosomer skal heterozygote markører vise to spidser med lignende højder. Der foretages en komplet analyse af kromosomets kopinummerstatus ved sammenligning med spidsområdeforholdene. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 14 af 35

6. Heterozygote dialleliske (dvs. to alleler) markører skal falde inden for et forholdsvindue på 0,8 til 1,4. For to alleler, der er adskilt med mere end 24 bp i størrelse, er et forhold op til 1,5 imidlertid acceptabelt. Alle værdier, der falder inden for dette område, refereres til som havende et 1:1 forhold. Hvis forholdsbalancen falder uden for dette vindue, kan det skyldes flere faktorer som f.eks.: Fuld kromosomtrisomi Delvis kromosomtrisomi (inklusive submikroskopiske duplikationer) Mosaicisme Kontaminering af anden genotype (f.eks. moder, tvilling, eksternt) Stuttere, der forårsager forvrængning Selektiv amplifikation af én allele, der forårsager forvrængning Polymorfismer på primersted Somatiske mikrosatellitmutationer Guide to Interpretation (Fortolkningsvejledningen) giver eksempler på typiske profiler for mange af disse. Homozygote markører er ikke informative, da der ikke kan bestemmes et forhold. 7. For at fortolke et resultat som unormalt (dvs. der forekommer trisomi) kræves mindst to informative markører, der er forenelige med en triallelisk genotype sammen med alle andre markører, der ikke er informative. Det frarådes at fortolke et resultat som unormalt på basis af information fra kun én markør. Hvis det er påkrævet, kan opfølgende testning med de enkelte kromosomsæt (dvs. Elucigene QST*R-13, Elucigene QST*R-18, Elucigene QST*R-21) give tilstrækkelige oplysninger til fortolkning. Trisomi bestemmes af både: 7.1. To spidser af forskellig højde, der skyldes, at den ene af spidserne repræsenterer to alleler, som er fælles for den ene eller begge forældre. I dette tilfælde klassificeres forholdet mellem de to spidser som 2:1 eller 1:2, således at A1/A2 vil give et resultat i området 1,8 til 2,4, når spidsen, der repræsenterer den korte allele, er større i område end den spids, der repræsenterer den længste allele, eller hvor A1/A2 vil give et resultat i området 0,45 til 0,65, når spidsen, der repræsenterer den korteste allele, er mindre i område end den spids, der repræsenterer den længste allele. 7.2. Der forekommer tre spidser af sammenlignelig højde. Spidsforholdet vil være klassificeret som 1:1:1, og deres værdier falder inden for normalområdet på 0,8-1,4 (selvom for alleler, der er adskilt med mere end 24 bp, er et alleleforhold på op til 1,5 acceptabelt). Hvis disse ikke forekommer, kan det skyldes en af de faktorer, der er nævnt i trin 6. 8. For at fortolke et resultat som normalt kræves mindst to informative markører, der er forenelige med en diallelisk genotype sammen med alle andre markører, der ikke er informative. Et normalt resultat angiver det normale komplement af to for de testede kromosomer. 9. Spidsområdeforhold, der falder mellem de normale og unormale områder, klassificeres som utilstrækkelige. Utilstrækkelige resultater kan gøres tilstrækkelige ved at anvende enkelte kromosomsæt. 10. Hvis der opnås både normale og unormale allelemønstre for et enkelt kromosom, anbefales det at foretage opfølgende studier for at identificere årsagen til de uoverensstemmende resultater, før der drages eventuelle konklusioner. 11. Allelestørrelsesområder for markører kan i sjældne tilfælde overlappe hinanden. Hvis der er mistanke om dette, kan en analyse med det enkelte kromosomsæt løse det. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 15 af 35

Specifikt for QST*R-XYv2 og kønskromosommarkørerne i QST*Rplusv2 1. AMEL-markøren amplificerer ikke-polymorfe sekvenser på X- (104 bp) og Y- (110 bp) kromosomer og kan anvendes til at bestemme forekomsten eller fraværet af et Y- kromosom og repræsenterer den relative mængde af X- til Y-sekvensen. Bemærk, at der i sjældne tilfælde er rapporteret om amplifikationsfejl på grund af mutation af AMEL-Ysekvensen. 2. TAF9L er en invariant paralog markør med sekvenser på kromosomerne 3 og X. Den specifikke spids for kromosom 3 (116 bp, repræsenterer 2 kopier af kromosom 3) kan derfor anvendes som en referencespids til hjælp ved bestemmelsen af antallet af tilstedeværende X-kromosomer (121 bp spids). Analyseret sammen med amelogenin og de andre kønskromosommarkører er den særligt nyttig ved diagnose af kønskromosomaneuploidi, f.eks. Turners syndrom. Hos en normal kvinde skal markørerne falde inden for et forholdsvindue på 0,8 til 1,4. Hos en normal mand eller monosomi-x giver markørerne et forhold 1,8. Yderligere oplysninger om fortolkning af TAF9L-markøren kan findes i fortolkningsvejledningen. 3. DXYS267 og DXYS218 polymorfe STR-markører forekommer på både X- og Y- kromosomer og repræsenterer det samlede antal kønskromosomer. For informative manderesultater er det ikke muligt at bestemme hvilken allele, der repræsenterer X- eller Y-kromosomet. 4. De informative X-specifikke markører DXS981, DXS1187, XHPRT, DXS6807, DXS7423, DXS6803 og DXS6809 repræsenterer antallet af X-kromosomer. 5. Den Y-specifikke markør, SRY, giver en enkelt spids hos normale mænd og amplificeres ikke hos normale kvinder. 6. Den Y-specifikke markør, DYS448, giver i de fleste tilfælde en enkelt spids hos normale mænd og amplificeres ikke hos normale kvinder. Det er bemærket, at denne markør i sjældne tilfælde kan påvise et arveligt diallelisk mønster (submikroskopisk duplikation efterfulgt af gradvis replikationstilbagegang) eller ikke vise amplifikation (ingen allele). 7. Et resultat, der ikke påviser amplifikation for Y-specifikke markører og som er homozygote for alle andre markører, er ikke nødvendigvis diagnostisk for Turners syndrom. Baseret på offentliggjorte data er ca. 1 ud af 170.000 kvinder homozygote for alle 7 X-specifikke polymorfe markører. Dette giver en bayesisk sandsynlighed på ca. 1 ud af 1400 for, at en profil, der er homozygot for alle X-specifikke markører, repræsenterer en sand monosomi-x-genotype frem for en normal homozygot kvinde. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 16 af 35

Funktionskarakteristika INTERN VALIDERING QST*Rplusv2 98 prøver blev blindtestet med Elucigene QST*Rplusv2. Af disse var 22 normale/xy, 17 var normale/xx, 12 var trisomi 21/XY, 7 var trisomi 21/XX, 9 var trisomi 18/XY, 8 var trisomi 18/XX, 2 var trisomi 13/XY, 4 var trisomi 13/XX, 8 var normal/x0, 1 var normal/xyy og 1 var triploid for alle testede kromosomer. En prøve gav et ikke-informativt resultat. Seks prøver kunne ikke give analyserbare resultater på grund af dårlig prøvekvalitet. Alle analyserbare resultater viste 100 % specificitet og sensitivitet med resultater, der tidligere var opnået med en alternativ etableret metode. QST*R 312 prøver blev blindtestet med Elucigene QST*R. Af disse var 286 normale, 2 viste trisomi 13, 7 viste trisomi 18, 13 viste trisomi 21 og 2 var triploide for alle 3 testede kromosomer. Én prøve påviste modercellekontaminering, der forhindrede analyse, og én prøve kunne ikke give et fortolkeligt resultat trods gentagen amplifikation. I alt gav 310 prøver analyserbare resultater. Alle analyserbare prøver viste 100 % specificitet og sensitivitet med resultater, der tidligere var opnået med karyotyping. QST*R-XYv2 321 prøver blev blindtestet med Elucigene QST*R-XYv2. Af disse var 160 normale mænd, 147 var normale kvinder, 3 viste monosomi X, 2 viste XXY, 2 viste XYY og 1 viste XXX. Seks prøver kunne ikke give et fortolkeligt resultat trods gentagen amplifikation. I alt gav 315 prøver analyserbare resultater. Alle analyserbare prøver viste 100 % specificitet og sensitivitet med resultater, der tidligere var opnået med karyotyping. QST*R-13 152 prøver blev blindtestet med Elucigene QST*R-13. Af disse var 144 normale og 2 viste trisomi 13. Seks prøver kunne ikke give et fortolkeligt resultat trods gentagen amplifikation. Alle analyserbare prøver viste 100 % specificitet og sensitivitet med resultater, der tidligere var opnået med karyotyping. QST*R-18 152 prøver blev blindtestet med Elucigene QST*R-18. Af disse var 143 normale og 4 viste trisomi 18. Fem prøver kunne ikke give et fortolkeligt resultat trods gentagen amplifikation. Alle analyserbare prøver viste 100 % specificitet og sensitivitet med resultater, der tidligere var opnået med karyotyping. QST*R-21 152 prøver blev blindtestet med Elucigene QST*R-21. Af disse var 148 normale og 2 viste trisomi 21. To prøver kunne ikke give et fortolkeligt resultat trods gentagen amplifikation. Alle analyserbare prøver viste 100 % specificitet og sensitivitet med resultater, der tidligere var opnået med karyotyping. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 17 af 35

BILAG 1: EKSEMPLER Elucigene QST*Rplusv2 Markørerne er mærket på følgende måde: 6-FAM VIC NED PET DXS6803 DXS1187 AMEL D21S1409 D21S1435 D21S1446 TAF9L D13S252 D21S11 XHPRT D18S978 D21S1442 D21S1437 D18S386 SRY D18S819 D13S634 D13S305 D13S800 D18S535 D18S390 D13S628 Se bilag 2 for at få yderligere oplysninger om STR-markører inklusive størrelsesområder. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 18 af 35

Elucigene QST*Rplusv2 - GENEMAPPER Et eksempel på en normal QST*Rplusv2-mandeprofil, der viser den relative position for de påviste markører. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 19 af 35

Elucigene QST*R Markørerne er mærket på følgende måde: 6-FAM VIC NED PET D21S1435 D18S391 D18S978 D21S1409 D21S11 D18S325 D21S1411 D13S252 D21S1437 D18S386 D18S390 D18S819 D13S634 D13S305 D13S628 D18S535 Se bilag 2 for at få yderligere oplysninger om STR-markører inklusive størrelsesområder. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 20 af 35

Elucigene QST*R - GENEMAPPER Et eksempel på en normal QST*R-profil, der viser den relative position for de påviste markører. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 21 af 35

Elucigene QST*R-XYv2 Markørerne er mærket på følgende måde: 6-FAM VIC NED PET DXS6803 DXS1187 AMEL DXYS267 DXS981 XHPRT SRY DYS448 DXS6807 DXS7423 DXS6809 DXYS218 Se bilag 2 for at få yderligere oplysninger om STR-markører inklusive størrelsesområder. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 22 af 35

Elucigene QST*R-XYv2 - GENEMAPPER Et eksempel på en normal QST*R-XYv2-mandeprofil, der viser den relative position for de påviste markører. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 23 af 35

Elucigene QST*R-21 Markørerne er mærket på følgende måde: 6-FAM VIC NED PET D21S1435 D21S1446 D21S1411 D21S1409 D21S11 D21S1442 D21S1437 Se bilag 2 for at få yderligere oplysninger om STR-markører inklusive størrelsesområder. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 24 af 35

Elucigene QST*R-21 - GENEMAPPER Et eksempel på en normal QST*R-21-profil, der viser den relative position for de påviste markører. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 25 af 35

Elucigene QST*R-18 Markørerne er mærket på følgende måde: 6-FAM VIC NED PET D18S847 D18S391 D18S978 D18S977 D18S1002 D18S386 D18S390 D18S819 D18S535 Se bilag 2 for at få yderligere oplysninger om STR-markører inklusive størrelsesområder. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 26 af 35

Elucigene QST*R-18 - GENEMAPPER Et eksempel på en normal QST*R-18-profil, der viser den relative position for de påviste markører. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 27 af 35

Elucigene QST*R-13 Markørerne er mærket på følgende måde: 6-FAM VIC NED PET D13S797 D13S325 D13S800 D13S252 D13S762 D13S305 D13S628 D13S634 Se bilag 2 for at få yderligere oplysninger om STR-markører inklusive størrelsesområder. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 28 af 35

Elucigene QST*R-13 - GENEMAPPER Et eksempel på en normal QST*R-13-profil, der viser den relative position for de påviste markører. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 29 af 35

BILAG 2: TABELLER OVER ANVENDTE MARKØRER Bemærk: NED-farvestoffet, der er anvendt i sættene, identificeres spektralt som et gult farvestof. Det vises konventionelt med sort skrift for tydelighedens skyld. Observerede heterozygositeter er baseret på et antal alleler, der er observeret med Gen- Probes valideringspanel. Disse tal kan derfor adskille sig fra offentliggjorte data og kan også variere efter den population, der testes. Tabel 1. Markører i Elucigene QST*Rplusv2 Markør Placering Observeret heterozygositet* Allelestørrelsesområde (bp) Markørfarvestoffarve D13S252 13q12.2 0,74 274-311 rød D13S305 13q13.3 0,79 424-466 grøn D13S634 13q21.33 0,84 380-428 blå D13S800 13q22.1 0,72 284-320 gul D13S628 13q31.1 0,75 426-465 gul D18S819 18q11.2 0,73 400-425 rød D18S535 18q12.3 0,77 466-498 blå D18S978 18q12.3 0,71 207-223 gul D18S386 18q22.1 0,92 332-405 grøn D18S390 18q22.3 0,69 356-394 gul D21S11 21q21.1 0,82 228-279 blå D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 blå D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 rød D21S1442 21q21.3 0,85 332-389 rød D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 blå D21S1446 21q22.3 0,76 205-235 grøn AMEL Xp22.22/Yp11.2 ikke relevant 104/110 gul TAF9L 3p24.2/Xq21.1 ikke relevant 116/121 gul DXS6803 Xq21.31 0,86 131-153 blå XHPRT Xq26.2 0,72 266-298 grøn DXS1187 Xq26.2 0,73 123-165 grøn SRY Yp11.31 ikke relevant 248 gul AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 30 af 35

Tabel 2. Markører i Elucigene QST*R Markør Placering Observeret heterozygositet* Allelestørrelsesområde (bp) Markørfarvestoffarve D13S252 13q12.2 0,74 274-311 rød D13S305 13q13.3 0,79 424-466 grøn D13S325 13q14.11 0,80 272-309 grøn D13S634 13q21.33 0,84 380-428 blå D13S628 13q31.1 0,75 426-465 gul D18S391 18p11.31 0,70 205-225 grøn D18S819 18q11.2 0,73 400-425 rød D18S535 18q12.3 0,77 466-498 blå D18S978 18q12.3 0,71 207-223 gul D18S386 18q22.1 0,92 332-405 grøn D18S390 18q22.3 0,69 356-394 gul D21S11 21q21.1 0,82 228-279 blå D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 blå D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 rød D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 blå D21S1411 21q22.3 0,83 283-344 gul AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 31 af 35

Tabel 3. Markører i Elucigene QST*R-XYv2 Markør Placering Observeret heterozygositet* Allelestørrelsesområde (bp) DXYS218 Xp22.32/Yp11.3 0,74 376-392 blå AMEL Xp22.22/Yp11.2 ikke relevant 104-110 gul DXYS267 Xq21.31/Yp11.31 0,75 240-280 rød DXS6807 Xp22.3 0,66 326-351 blå DXS981 Xq13.1 0,73 226-260 blå DXS6803 Xq21.31 0,86 131-153 blå DXS6809 Xq21.33 0,78 392-436 gul DXS1187 Xq26.2 0,73 123-165 grøn XHPRT Xq26.2 0,72 266-298 grøn DXS7423 Xq28 0,67 360-388 grøn SRY Yp11.31 ikke relevant 248 gul DYS448 Yq11.223 ikke relevant 349-372 rød Tabel 4. Markører i Elucigene QST*R-21 Markør Placering Observeret heterozygositet* Allelestørrelsesområde (bp) Markørfarvestoffarve Markørfarvestoffarve D21S11 21q21.1 0,82 228-279 blå D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 blå D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 rød D21S1442 21q21.3 0,85 290-349 grøn D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 blå D21S1411 21q22.3 0,83 283-344 gul D21S1446 21q22.3 0,76 205-235 grøn AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 32 af 35

Tabel 5. Markører i Elucigene QST*R-18 Markør Placering Observeret heterozygositet* Allelestørrelsesområde (bp) D18S391 18p11.31 0,70 205-225 grøn D18S1002 18q11.2 0,76 337-365 blå D18S819 18q11.2 0,73 400-425 rød D18S847 18q12.1 0,71 204-232 blå D18S535 18q12.3 0,77 466-498 blå D18S978 18q12.3 0,71 207-223 gul D18S977 18q21.31 0,70 248-285 rød D18S386 18q22.1 0,92 332-405 grøn D18S390 18q22.3 0,69 356-394 gul Tabel 6. Markører i Elucigene QST*R-13 Markør Placering Observeret heterozygositet* Allelestørrelsesområde (bp) Markørfarvestoffarve Markørfarvestoffarve D13S252 13q12.2 0,74 274-311 rød D13S305 13q13.3 0,79 424-466 grøn D13S325 13q14.11 0,80 272-309 grøn D13S634 13q21.33 0,84 380-428 blå D13S800 13q22.1 0,72 284-320 gul D13S628 13q31.1 0,75 426-465 gul D13S762 13q31.3 0,75 302-331 blå D13S797 13q33.2 0,77 178-250 blå AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 33 af 35

Procedurens begrænsninger Denne test er designet til at påvise specifikke kromosomale trisomier og kønskromosomaneuploidier som beskrevet i Instructions for Use (brugervejledning). Den kan ikke påvise strukturelle ændringer, der involverer de testede kromosomer og påviser ikke abnormiteter i andre kromosomer. Mosaicisme for de testede kromosomer påvises muligvis ikke. Et QST*R-resultat kan kun anvendes direkte på det testede væv og repræsenterer muligvis ikke den føtale karyotype. Modercellekontaminering (MCC Maternal cell contamination) og begrænset placental mosaicisme (CPM confined placental mosaicisme) kan resultere i uoverensstemmelser mellem QST*R- og karyotyperesultaterne. Bemærk: Heterozygositeter af de anvendte markører stammede fra et vilkårligt prøvesæt, der var sendt til rutineanalyse fra en overvejende nordeuropæisk kaukasisk population. Eventuelle beregninger, der anvender disse heterozygositeter, vedrører udelukkende den population, som prøverne blev taget fra. Der kan foretages et lille studie, der anvender lokale prøver, som en del af et valideringsstudie for at etablere heterozygositeter i den population, der skal testes. Det forventes ikke, at populationsvariationen ændrer assayets generelle informativitet signifikant. Ansvarsfraskrivelse Resultater fra dette og andre diagnostiske assays skal fortolkes sammen med andre laboratorie- og kliniske data, der er tilgængelige for klinikeren. Disse Elucigene reagenser leveres til in vitro diagnostik. Yderligere oplysninger om Elucigene QST*R-produkter findes på: www.gen-probe.com/global/products-services/ AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 34 af 35

Referencer 1. CG Antenatal Care: full guidelines (Corrected June 2008) UK National Institute for Health and Clinical Excellence 2. O Connor, C. (2008) Trisomy 21 Causes Down syndrome. Nature Education 1(1). 3. Mansfield E S. Diagnosis of Down syndrome and other aneuploidies using quantitative polymerase chain reaction and small tandem repeat polymorphisms. Human Molecular Genetics 1993 2(1): 43-50 4. Mann K, Fox SP, Abbs SJ, Yau SC, Scriven PN, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Development and implementation of a new rapid aneuploidy diagnostic service within the UK National Health Service and implications for the future of prenatal diagnosis. The Lancet 2001 358 (9287): 1057-1061 5. Mann K, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Strategies for the rapid prenatal diagnosis of chromosome aneuploidy. European Journal of Human Genetics 2004 12: 907-915 6. Mackie Ogilvie C, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mann K. Rapid prenatal diagnosis of an aneuploidy using Quantitative Fluorescence-PCR (QF-PCR). Journal of Histochemistry and Cytochemistry 2005 53(3): 285-288 7. Deutsch S, Choudhury U, Merla G, Howald C, Sylvan A, Antonarakis SE. Detection of aneuploidies by paralogous sequence quantification. Journal of Medical Genetics 2004 41: 908-915 ELUCIGENE og QST*R er varemærker, der tilhører Gen-Probe Life Sciences Ltd. GENEMAPPER, GENESCAN, VIC, PET, NED, LIZ, 6-FAM, POP-7 og HI-DI er varemærker, der tilhører Life Technologies Corporation. QIAAMP er et varemærke tilhørende Qiagen Group. GENEMARKER er et varemærke tilhørende SoftGenetics Corporation. INSTAGENE er et varemærke, der tilhører Bio-Rad Laboratories Inc. Meddelelse til køberen: Begrænset licens Polynukleotider mærket med farvestoffet VIC, NED og PET og/eller deres brug, kan være beskyttet af et eller flere patenter tilhørende Applied Biosystems, LLC. Købsprisen af dette produkt inkluderer begrænsede, ikke-overdragelige rettigheder under visse krav i visse patenter tilhørende Applied Biosystems, LLC om kun at bruge denne mængde produkt og kun til køberens aktiviteter til detektion af mål inden for human diagnostik. Der gives ingen andre rettigheder. Yderligere oplysninger om købslicens med hensyn til de ovenfor anførte farvestoffer kan rekvireres hos Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California, 94404, USA. Copyright 2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd. AN000BYDA 001 Aug-2014 Side 35 af 35