Referat Møde i Mikroterm gruppen Sundhedsstyrelsen Torsdag 10/11-2011 kl. 12:30-15:50 Deltagere: Dennis, Brita, Palle, Marianne Afbud: Jørgen Prag, Camilla, Ulla Agenda: 12:30 12:35 Velkomst 12:35 12:45 Gennemgang af indsendte regneark fejl 12:45 13:15 Gennemgang af disk 13:15 13:25 Gennemgang af OK m kommentar 13:25 13:40 Diskussion af species begreb 13:40 15:00 Disk af grænse til sub-typer Herunder streptokok grupper 15:00 15:15 Næste skridt / næste møde 15:15-15:30 Kommissorium kan det sendes? Referat: Palle bød velkommen og bød på sandwich. Vi valgte at gennemgå et excel ark ad gangen. Vi fik gennemgået kommentarer fra Brita og Niels, men nåede ikke dem fra Dennis. Beslutning om diverse rettelser blev tilføjet i ny kolonne til højre. Palle styrede tasterne. Der blev undervejs taget følgende generelle beslutninger: 1. Officielle ændringer i navngivning. Hvis et bakterienavn er ændret for relativ kort tid siden og denne ændring ikke er blevet opdateret i SCT, vil vi ikke anmode om ændringer til SCT. Kun hvis begrebet ikke findes i SCT, vil vi rette henvendelse. I de tilfælde vi her var igennem, valgte vi at bevare SCT termen indtil videre. Så generelt vil vi ikke være foran SCT.
Men, hvis en KMA har brugt en nyere term på deres svar vil vi indføre denne, som foretrukken term i den danske oversættelse. (se endvidere nedenfor) 2. Subspecies. Generelt er vi ikke tilhængere af at oprette koder/termer til subspecies. Det er sjældent at de har klinisk relevans og usikkert hvad grundlaget er for at stille disse diagnoser. Hvis en KMA har sendt et svar ind med en subspecies diagnose vil vi foreløbigt oprette både species niveau og subspecies niveau. 3. Branhamella er en subgenus, som svarer til et moraxella komplex. Der er derfor ikke noget der hedder Branhamella species. 4. Udestående detaljer. Ud fra listen med MiBa termer (kolonne B+C i excel ark) kan man ikke vide, hvilke navne KMA erne oprindeligt har sendt ind. MiBa termen i vores excelark er Mariannes bedste gæt på en korrekt term. Derfor skal Marianne finde de oprindelige lokale navne, der er mappet til termerne: Pasturella trehalosi Pasturella volantium Blautia producta Vi vil gerne se hvilke KMA, der har stillet disse diagnoser og diagnoser med subspecies. Mycobacterier. Vi tog ingen beslutninger om mycobacterierne. Hvem sætter species navne på, er det kun SSI? Skejby vil begynde at sende mycobacterie navne ud. I MiBa skal vi have termer for både de enkelte species og for komplekserne. Men vi vil gerne vide, hvad der er mest hensigtsmæssigt at svare ud. Er de fleste species navne klinisk irrelevante? Vibeke Østergaard Thomsen skal spørges om hvad de enkelte mycobacterium komplekser indeholder; hvad den mest korrekte navngivning er og hvad der er klinisk relevant at have på et svar. Marianne retter henvendelse til VØT og forklarer hvad Mikroterm gruppens arbejde går ud på. Herefter kan VØT enten være kort med på næste møde eller bare tage en dialog med Niels/Brita. Vi vælger at vi opererer med begreberne Achromobacter xylosoxidans og Achromobacter denitrificans. Vi vil ikke bruge modellen med A. xylosoxidans subspecies xx. Vi opretter en term, der hedder Achromobacter denitrificans, så kan Marianne bedre huske denne beslutning, når/hvis en denitrificans dukker op. Blastocystis. Er der noget der hedder Blastocystis species? Niels har læst at alle blastocycter fundet i humane prøver per definition kaldes for Blastocystis hominis. Eskild, Kurzhals og måske ph.d stud spørges til råds. Plasmodium I MiBa findes termer som: Plasmodium vivax gametocyt. Første del er et species navn, sidste del er en angivelse af livscyklus stadium.
Vil vi have denne sidste angivelse i en tabel over mikroorganisme navne? Det har jo strengt taget ikke noget med navnet at gøre? Er det klinisk relevant at have denne oplysning med på svaret? I SCT findes begreberne P.vivax og gametocyt i to forskellige hierarkier (hhv. parasit navne og parasit livscyklus). Kan man i snomed lave en forbindelse med de to typer af begreber og danne et kombi-begreb? Skal oplysningen gametocyt over i en anden tabel i MiBa-svaret? Hvad synes en parasitolog? Niels spørger Eskild. Generelle diskussioner: Komplekser. Vi vil have en bredere diskussion af subgruppering af arter inden for en genus. Vi skal have en fælles definition af begrebet kompleks. Vi skal blive enige om en term (kompleks/gruppe/subgenus). Når der er angivet et fund, hvor en species diagnose ikke er ført helt til ende, men hvor man dog kan udelukke nogle species; svarer dette til et kompleks. Der findes f.eks: Burkholderia cepacia kompleks eller Mycobacterium tuberculosis complex; og subgenus (Moraxella subgenus). Det er desuden ikke sikkert at det, vi i DK plejer at putte ind i et kompleks, er det samme, som det SCT har puttet i det tilsvarende kompleks. (cepacia- komplekset i SCT indeholdt nogle andre species end dem Niels normalt forbinder med denne term). Der er andre tilfælde, hvor en species diagnose ikke er ført helt til ende: F.eks. bruger flere KMA begrebet Campylobakter jejuni/coli - skal vi her oprette en term, hvor ordet kompleks indgår? Campylobakter. I øvrigt vil det være interessant at vide hvilken diagnostik, der ligger bag diagnosen Campylobakter jejuni eller C coli. Hvilke KMA bruger disse navne? Steen Ethelberg (SSI) har i anden sammenhæng lovet Marianne at lave en oversigt over hvilken diagnostik de enkelte KMA bruger og hvilke overvejelser, der ligger bag deres navngivning. Species >< genus Genus begrebet kan bruges på flere måder. (Genus -) Klebsiella kan bruges om alle klebsiella (ligesom når man taler om menneskeheden) eller om én enkelt bakterie, der tilhører slægten Klebsiella, men som kan være hvilken som helst Klebsiella art. På et prøvesvar er det underforstået at der er tale om ét fund og dermed at der er tale om én konkret mikroorganisme. Dette bliver på et svar normalt angivet med termen: Klebsiella species. Termen: genus Klebsiella bruges ikke. Det er uklart hvordan SCT bruger disse termer. Det ser ud til at SCT i hvert fald nogle gange bruger termen svt Klebsiella species, som en klebsiella art, der ikke tilhører et antal specificerede arter angivet i sammen liste. Altså en slags rest gruppe.
Camilla har sent en forespørgsel vedr. dette til SCT. For at gøre det meget forvirrende, så bruger KMA erne termen XX species forskelligt fra KMA til KMA og forskelligt afhængig af mikroorganisme. F.eks. vil mange KMA med termen Staphylococcus species, underforstået mene en ukendt Stafylokok, der dog ikke er en aureus. Jeg ved ikke om vi helt nåede til enighed på dette punkt. Men jeg mener (!) at vi i MiBa/den danske terminologi skal vedtage at XX species angiver én mikroorganisme, der tilhører genus XX, men som kan være hvilken som helst species indenfor denne genus. Hvis man så har brug for at angive f.eks, en Stafylokok species, der ikke er en aureus; må vi oprette et begreb, der hedder Staph. species non aureus. Dette er også relevant i forbindelse med Candida species non albicans. Afgrænsning af begreber i MiBas microorganism tabel. Dette blev meget kort. Der er ingen tvivl om at listen/tabellen skal indeholde begreber/termer sv.t. species og grupper her af. Desuden vil vi i begrænset omfang inkludere subspecies. Det er hensigten at tabellen skal være en ren mikroorganisme tabel uden oplysninger om bakterieegenskaber, resistensegenskaber, subtypninger osv. Disse oplysninger skal bo i en eller flere selvstændige tabeller, som findes eller på sigt skal indbygges i MiBa og lokalt i KMA. Men praktiske hensyn vil kræve at vi gør undtagelser. F.eks. Salmonella serovar, streptokok Lancefelt grupper, Malaria livscyklus. Mere nåede vi ikke. Kommissoriet blev ikke nævnt. Næste skridt. Vi vil prøve at mødes igen snarest. Vi skal gennemgå kommentarer fra Dennis og forhåbentlig Prag. Herunder skal vi diskutere streptokok navngivning meget spændende Hvis Prag ikke kan levere sit inden 2-3 uger, må vi fordele hans opgave på BB, NN, BH. Vi skal også have fordelt de nye termer, der er løbet ind i MiBa siden vi lavede vores arbejdsdokument i jan-2011. Vi skal have afklaret de spørgsmål, der er angivet i referatet ovenfor. Vi skal have sendt et kommissorium til DSKM Vi skal så småt begynde at tage hul på de funktionelle grupper. Vi kan starte med Streptokokkerne og derefter Stafylokokkerne. Foreløbige arbejdsopgaver: (flere kan følge senere ) 1. Palle: a. Opdatere excel ark og sende det til Marianne. b. Tænke over om vi skal ligge det hele ind i Acces. 2. Marianne: a. Sende mail om næste møde dato (20,21dec). b. Kontakte VØT
c. Aftale hvornår Prag senest kan sende sit bidrag. Efter denne dato vil opgaven blive fordelt på NN, DH og BB. d. Rykke Steen for campylobakter oplysninger e. Laver oversigt hvilke over lokale KMA-termer, der er mappet til ovennævnte MiBatermer. f. Lave oversigt over nye navne, der er kommet til siden vores nuværende excel ark blev lavet. Sender denne til Palle. g. Søge for at rette teksten for MiBa termer sv.t beslutningskolonne i MiBa. 3. Niels: a. Spørge Eskild om Malaria og Blastocystis spørgsmål. 4. Brita: a. Evt dialog med Vibeke Østergaard om mycobakterier 5. Prag : a. Op på hesten