INFLUENZA SOM EKSEMPEL PÅ ANVENDELSE AF MIBA DATA Hanne-Dorthe Emborg og Marianne Voldstedlund
DATA UDTRÆK FRA MIBA Generelle overvejelser Case definition Udtræksparametre Ønskede variable i udtræk Analyse af data
UDTRÆK FRA MIBA Datastrukturen og kodningen i MiBa er som udgangspunkt ukendt Svarene indeholder følgende relevante udtræksparametre MDSu, MDSm, MDSl koder eller tilsvarende lokale koder Lokale koder for udført Analyse Lokale koder for fund af Mikroorganisme Jeg har mappet lokale koder til fælles koder. Risici: Koden er mappet forkert Koden er ikke mappet Koden findes ikke i svaret
BESKRIVELSE AF DIVERSE KODER Kode Besrivelse Laboratorie kode i MiBa Rekvirentkode MDS koder MDSu MDSm MDSl Mikroorganisme kode Analyse kode Antibiotika Identifikation af afsender laboratorium SKS, SOR, Lokal Rekvisitionskoder Består af 3 søljer (3 x 5 ciffre) Ønsket undersøgelse Beskrivelse af det tilsendte materiale Anatomisk lokalisation, hvorfra prøven er taget. Ikke alle materialer har en lokalisation. Svar kode. I komplekse undersøgelser angives resultatet med et eller flere fund: En mikroorganisme eller en betegnelse for mikroorganismer. Lokal kode, mappes til MikroTerm kode. Svar kode. I simple undersøgelser angives hvilke specifikke analyser, der er udført i laboratoriet og det tilhørende resultat: pos/neg eller mængde. Lokal kode, mappes i MiBa Svar kode. Angiver navnet på et resistens analyse. Lokal kode, mappes i MiBa. Resultat : SIR (disk diffusion); tal værdi (MIC)
DEFINITION AF UDTRÆKSPARAMETRE Data struktur er ukendt og varierende i MiBa Udtræksparametre skal derfor initialt være brede (høj sensitivitet på bekostning af specificitet) Forskellige muligheder for at fange alle prøvesvar med influenza analyser afprøves. Finder cpr numre, slår svareksempler op i MiBa og ser hvordan de er bygget op. Tilretter herefter søgninger, så de bliver mere specifikke
UDTRÆK AF DATA FRA MIBA udtræks parametre Analyse af udtræk Svar eksempler i Miba Mon der forsat mangler svar fra en KMA? Kontakt til KMA for afklaring
EKSEMPLER PÅ OVERVEJELSER PCR for influenza anses almindeligvis som en analyse. Den klassiske opbygning af et sådan svar er: - Rekvisitionskode for influenza eller respirationsvejsviruspakker Lokal kode for hver af de udførte analyser på denne rekvisition Rationelle udtræksparametre er koder for de specifikke udførte analyser man er interesseret i. Men da ikke alle overholder strukturen er dette ikke sensitivt nok.
SVAR MODELLER Den klassiske analyse struktur Undersøgelse (MDSu): Influenza A + B DNA/RNA Analyse kode: Influenza A PCR Resultat: positiv Analyse: kode Influenza B PCR Resultat: negativ Evt overordnet tolkning/kommentar
SVAR MODELLER En alternativ model (ingen analyse koder) Undersøgelse (MDSu): Influenza A+B DNA/RNA Analyse kode: Influenza A PCR Resultat: positiv Analyse: kode Influenza B PCR Resultat: negativ Overordnet tolkning /kommentar: Influenza A positiv, H1N1 negativ.
SVAR MODELLER Endnu en alternativ model (dyrkningsmodellen) Undersøgelse (MDS): Influenza A DNA/RNA Mikroorganisme kode: Influenza A ej påvist
ANALYSE AF DATA Hanne Dorthe
Formål - MiBa data skal være en del af den nationale influenza overvågning med henblik på at få et mere retvisende billede af influenza aktiviteten Indledende overvejelser - Skal data gøres op på person- eller prøveniveau? - Hvordan håndteres flere influenza undersøgelser pr. person indenfor samme uge? - Hvordan håndteres flere influenza fund per person over tid?
Case definition - Data opgøres på person niveau - Data opgøres på uge basis Flere prøver fra samme person indenfor samme uge tæller som én episode fra én person i den pågældende uge Testes en af flere prøver fra samme person positiv tælles det som en positiv episode - Samme person kan indgå i opgørelsen i flere forskellige uger med negative prøver Eks. En person der både er testet negative i uge 45 og uge 52 indgår begge uger med en negativ episode - Samme person indgår ikke i opgørelsen med flere positive prøver Eks. En person der tester positiv for influenza A i ugerne 51, 52, 1 og 2 indgår kun med den første positive influenza A episode i uge 51
Ønsker til Influenza opgørelserne pr. uge - De seneste ugers influenza aktivitet på KMA niveau - Influenza aktivitet i hele perioden på KMA niveau - Influenza aktivitet i hele perioden på nationalt niveau
HVORDAN SER DATA SÅ UD Hvilken analyse er udført? - Tabellen viser hvilke analyser KMA en angiver der er udført - Mange KMA er har en datalinje for hver af følgende analyser: influenza A, influenza B og H1N1 - Nogle KMA er har kun én datalinje for A+B - Nogle KMA har i starten af sæsonen én datalinje med Influenza A, senere i sæsonen kommer der yderligere en datalinje med Influenza B TABANALYSIS_TEXT Antal % Influenza A + B virus RNA 783 6.16 Influenza A virus H1N1 RNA 1454 11.43 Influenza A virus RNA 5405 42.5 Influenza A virus antigen 34 0.27 Influenza A virus subtypning (RNA) 1 0.01 Influenza B virus RNA 5010 39.39 Influenza B virus antigen 32 0.25
Hvordan finder vi resultatet af analysen? - Den samme KMA kan på flere forskellige måder angive hvad der blev påvist i den enkelte analyse data d1; set c1; if QUANTITATIVE_QUANTITY in ('Prøven er..','ubedømmelig,') then delete; if (Tabanalysis_text='Influenza A virus RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('POSITIV','RNA påvist','dna/rna på..')) then A=1; else if (Tabanalysis_text='Influenza A virus RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('negativ','rna ikke p..','dna/rna ik..')) then A=0; if (Tabanalysis_text='Influenza B virus RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('POSITIV','RNA påvist','dna/rna på..')) then B=1; else if (Tabanalysis_text='Influenza B virus RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('negativ','rna ikke p..','dna/rna ik..')) then B=0; if (Tabanalysis_text='Influenza A virus H1N1 RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('POSITIV','RNA påvist','dna/rna på..')) then A=1; else if (Tabanalysis_text='Influenza A virus H1N1 RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('negativ','rna ikke p..','dna/rna ik..')) then A= - Den samme KMA har flere forskellige måder at angive at det er Influenza A eller B f QUANTITATIVE_QUANTITY='IKKE PÅVIST' then A=0; f QUANTITATIVE_QUANTITY='IKKE PÅVIST' then B=0; f quantitative_comment in ('Type A','Subtype H3N2','Type A//Subtype H1N1 pdm09','type A//Subtype H3N2','Type A PÅVIST','Subtype H1N1 pdm09') then A=1; f quantitative_comment in ('Type A','Subtype H3N2','Type A//Subtype H1N1 pdm09','type A//Subtype H3N2','Type A PÅVIST','Subtype H1N1 pdm09') then B=0; f quantitative_comment='type B' then B=1; f quantitative_comment='type B' then A=0;
Hvordan finder vi resultatet af analysen? - Resultatet af analysen findes i forskellige felter - Det samme resultat angives på mange forskellige måder også inden for den enkelte KMA - Derudover er der 2 KMA som opretter influenza svarerne på samme måde som bakterie analyse svar (ikke vist her) QUANTITATIVE_EVALUATIONTEXT Antal QUANTITATIVE_QUANTITY Antal QUANTITATIVE_COMMENT Antal : IKKE UNDERSØGT 6 DNA/RNA ikke påvist 441 Ikke tilstrækkeligt prøvemateriale 2 : INKONKLUSIV 44 DNA/RNA påvist 38 Med henblik på isolation 30 : NEGATIV 2816 IKKE PÅVIST 422 Subtype H1N1 pdm09 1 : POSITIV 163 NEGATIV 262 Subtype H3N2 25 : SENDT TIL SSI 2 POSITIV 83 Type A 42 HÆMNING 8 Prøven er.. 2 Type A PÅVIST 1 IKKE PÅVIST 524 PÅVIST 352 Type A//Subtype H1N1 pdm09 11 INKONKLUSIV 5 RNA ikke påvist 1635 Type A//Subtype H3N2 218 NEGATIV 4715 RNA påvist 135 Type B 55 POSITIV 637 Ubedømmelig, 8 på grund af hæmmende faktorer i prøven. 8 PÅVIST 99 negativ 310 SVAR FØLGER 2 _ 2914 Frequency Missing 748 Frequency Missing 9031 Frequency Missing 12326
Hvordan håndterer vi forskellene mellem KMA erne - Der laves en separat program for hver KMA som opgør og ensretter influenza resultaterne. - Hver uge tjekkes om der er nye influenza svartyper som ikke er med i programmerne - Data fra alle KMA er samles og dubletter fjernes Eks. Positivt influenza fund i en KMA, som er sendt til typning på SSI, forekommer kun én gang
Antal personer med påvist influenza A- og B-virus i de seneste to uger Klinisk mikrobiologisk afdeling 2013 uge 2 2013 uge 3 Influenza A Influenza B Influenza A Influenza B n % N n % N n % N n % N Herlev-Hvidovre 29 17.3 168 4 2.4 168 19 12.9 147 4 2.7 147 Hillerød 7 25.9 27 2 7.4 27 4 20.0 20 4 20.0 20 Odense 44 29.9 147 6 4.1 147 33 28.0 118 7 5.9 118 Region Sjælland 9 19.1 47 2 4.3 47 12 19.7 61 3 4.9 61 Rigshospitalet 6 6.7 90 2 2.2 90 13 13.5 96 6 6.3 96 Skejby 43 29.3 147 4 2.7 147 26 19.3 135 2 1.5 135 Statens Serum Institut 12 26.1 46 6 13.0 46 13 36.1 36 3 8.3 36 Viborg 0 0,0 0 0 0,0 0 0 0,0 0 0 0,0 0 Aalborg 8 23.5 34 0 0.0 34 19 33.9 56 1 1.8 56 Total 158 22.4 706 26 3.7 706 139 20.8 669 30 4.5 669 n=antal positive prøver %=procent positive prøver N=antal testede prøver
Antal personer med påvist influenza A- og B-virus i alt i denne sæson Klinisk mikrobiologisk afdeling Influenza A 2012 uge 40 til 2013 uge 3 Influenza B n % N n % N Herlev-Hvidovre 144 14.6 985 16 1.6 985 Hillerød 50 31.6 158 13 8.2 158 Odense 195 22.0 886 52 5.9 886 Region Sjælland 76 24.5 310 8 2.6 310 Rigshospitalet 98 9.4 1,038 11 1.1 1,038 Skejby 218 22.3 978 20 2.0 978 Statens Serum Institut 75 16.3 459 24 5.2 459 Viborg 1 3.0 33 1 3.0 33 Aalborg 65 26.2 248 2 0.8 248 Total 922 18.1 5,095 147 2.9 5,095 n=antal positive prøver %=procent positive prøver N=antal testede prøver it=ikke testet
Laboratorie påvist influenza A og B samt procent påvist med influenza blandt testede personer 300 Influenza A 80 Antal personer med påvist influenza 250 200 150 100 50 0 Uge Influenza B % influenza A % influenza B 40 42 44 46 48 50 52 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 70 60 50 40 30 20 10 0 Procent påvist med influenza 2012 2013
Laboratorie påvist influenza A og B januar 2010 Januar 2013 Antal personer med påvist influenza 450 400 350 300 250 200 150 100 50 0 60 50 40 30 20 10 0 1 3 5 7 9 1113151719 414345474951 1 3 5 7 9 1113151719 414345474951 1 3 5 7 9 1113151719 414345474951 1 3 2010 2010-2011 2011-2012 2012-2013 Influenza A Influenza B % influenza A % influenza B % A+B total
Formål - MiBa data skal være en del af den nationale influenza overvågning med henblik på at få et mere retvisende billede af influenza aktiviteten Indledende overvejelser - Skal data gøres op på person- eller prøveniveau? - Hvordan håndteres flere influenza undersøgelser pr. person indenfor samme uge? - Hvordan håndteres flere influenza fund per person over tid?
Case definition - Data opgøres på person niveau - Data opgøres på uge basis Flere prøver fra samme person indenfor samme uge tæller som én prøve fra én person i den pågældende uge - Samme person kan indgå i opgørelsen i flere forskellige uger med negative prøver Eks. En person der både er testet negative i uge 45 og uge 52 indgår begge uger med en negativ prøve - Samme person indgår ikke i opgørelsen med flere positive prøver Eks. En person der tester positiv for influenza A i ugerne 51, 52, 1 og 2 indgår kun med den første positive influenza A prøve i uge 51
Ønsker til Influenza opgørelserne pr. uge - De seneste ugers influenza aktivitet på KMA niveau - Influenza aktivitet i hele perioden på KMA niveau - Influenza aktivitet i hele perioden på nationalt niveau
Hvilken analyse er udført? - Tabellen viser hvilke analyser KMA en angiver der er udført - Mange KMA er har en datalinje for hver af følgende analyser: influenza A, influenza B og H1N1 - Nogle KMA er har kun en datalinje for A+B - Nogle KMA har i starten af sæsonen én datalinje med Influenza A, senere i sæsonen kommer der yderligere en datalinje med Influenza B TABANALYSIS_TEXT Antal % Influenza A + B virus RNA 783 6.16 Influenza A virus H1N1 RNA 1454 11.43 Influenza A virus RNA 5405 42.5 Influenza A virus antigen 34 0.27 Influenza A virus subtypning (RNA) 1 0.01 Influenza B virus RNA 5010 39.39 Influenza B virus antigen 32 0.25
Hvordan finder vi resultatet af analysen? - Den samme KMA kan på flere forskellige måder angive hvad der blev påvist i den enkelte analyse data d1; set c1; if QUANTITATIVE_QUANTITY in ('Prøven er..','ubedømmelig,') then delete; if (Tabanalysis_text='Influenza A virus RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('POSITIV','RNA påvist','dna/rna på..')) then A=1; else if (Tabanalysis_text='Influenza A virus RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('negativ','rna ikke p..','dna/rna ik..')) then A=0; if (Tabanalysis_text='Influenza B virus RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('POSITIV','RNA påvist','dna/rna på..')) then B=1; else if (Tabanalysis_text='Influenza B virus RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('negativ','rna ikke p..','dna/rna ik..')) then B=0; if (Tabanalysis_text='Influenza A virus H1N1 RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('POSITIV','RNA påvist','dna/rna på..')) then A=1; else if (Tabanalysis_text='Influenza A virus H1N1 RNA') and (QUANTITATIVE_QUANTITY in ('negativ','rna ikke p..','dna/rna ik..')) then A= Den samme KMA har flere forskellige måder at angive at det er Influenza A eller B f QUANTITATIVE_QUANTITY='IKKE PÅVIST' then A=0; f QUANTITATIVE_QUANTITY='IKKE PÅVIST' then B=0; f quantitative_comment in ('Type A','Subtype H3N2','Type A//Subtype H1N1 pdm09','type A//Subtype H3N2','Type A PÅVIST','Subtype H1N1 pdm09') then A=1; f quantitative_comment in ('Type A','Subtype H3N2','Type A//Subtype H1N1 pdm09','type A//Subtype H3N2','Type A PÅVIST','Subtype H1N1 pdm09') then B=0; f quantitative_comment='type B' then B=1; f quantitative_comment='type B' then A=0;
Hvordan finder vi resultatet af analysen? - Resultatet af analysen findes i forskellige felter - Det samme resultat angives på mange forskellige måder også inden for den enkelte KMA - Derudover er der 2 KMA som opretter influenza svarerne på samme måde som bakterie analyse svar (ikke vist her) QUANTITATIVE_EVALUATIONTEXT Antal QUANTITATIVE_QUANTITY Antal QUANTITATIVE_COMMENT Antal : IKKE UNDERSØGT 6 DNA/RNA ikke påvist 441 Ikke tilstrækkeligt prøvemateriale 2 : INKONKLUSIV 44 DNA/RNA påvist 38 Med henblik på isolation 30 : NEGATIV 2816 IKKE PÅVIST 422 Subtype H1N1 pdm09 1 : POSITIV 163 NEGATIV 262 Subtype H3N2 25 : SENDT TIL SSI 2 POSITIV 83 Type A 42 HÆMNING 8 Prøven er.. 2 Type A PÅVIST 1 IKKE PÅVIST 524 PÅVIST 352 Type A//Subtype H1N1 pdm09 11 INKONKLUSIV 5 RNA ikke påvist 1635 Type A//Subtype H3N2 218 NEGATIV 4715 RNA påvist 135 Type B 55 POSITIV 637 Ubedømmelig, 8 på grund af hæmmende faktorer i prøven. 8 PÅVIST 99 negativ 310 SVAR FØLGER 2 _ 2914 Frequency Missing 748 Frequency Missing 9031 Frequency Missing 12326
Hvordan håndterer vi forskellene mellem KMA erne - Der laves en separat program for hver KMA som opgør og ensretter influenza resultaterne. - Hver uge tjekkes om der er nye influenza svartyper som ikke er med i programmerne - Data fra alle KMA er samles og dubletter fjernes Eks. Positivt influenza fund i en KMA, som er sendt til typning på SSI, forekommer kun én gang
Antal personer med påvist influenza A- og B-virus i de seneste to uger Klinisk mikrobiologisk afdeling 2013 uge 2 2013 uge 3 Influenza A Influenza B Influenza A Influenza B n % N n % N n % N n % N Herlev-Hvidovre 29 17.3 168 4 2.4 168 19 12.9 147 4 2.7 147 Hillerød 7 25.9 27 2 7.4 27 4 20.0 20 4 20.0 20 Odense 44 29.9 147 6 4.1 147 33 28.0 118 7 5.9 118 Region Sjælland 9 19.1 47 2 4.3 47 12 19.7 61 3 4.9 61 Rigshospitalet 6 6.7 90 2 2.2 90 13 13.5 96 6 6.3 96 Skejby 43 29.3 147 4 2.7 147 26 19.3 135 2 1.5 135 Statens Serum Institut 12 26.1 46 6 13.0 46 13 36.1 36 3 8.3 36 Viborg 0 0,0 0 0 0,0 0 0 0,0 0 0 0,0 0 Aalborg 8 23.5 34 0 0.0 34 19 33.9 56 1 1.8 56 Total 158 22.4 706 26 3.7 706 139 20.8 669 30 4.5 669 n=antal positive prøver %=procent positive prøver N=antal testede prøver
Antal personer med påvist influenza A- og B-virus i alt i denne sæson Klinisk mikrobiologisk afdeling Influenza A 2012 uge 40 til 2013 uge 3 Influenza B n % N n % N Herlev-Hvidovre 144 14.6 985 16 1.6 985 Hillerød 50 31.6 158 13 8.2 158 Odense 195 22.0 886 52 5.9 886 Region Sjælland 76 24.5 310 8 2.6 310 Rigshospitalet 98 9.4 1,038 11 1.1 1,038 Skejby 218 22.3 978 20 2.0 978 Statens Serum Institut 75 16.3 459 24 5.2 459 Viborg 1 3.0 33 1 3.0 33 Aalborg 65 26.2 248 2 0.8 248 Total 922 18.1 5,095 147 2.9 5,095 n=antal positive prøver %=procent positive prøver N=antal testede prøver it=ikke testet
Laboratorie påvist influenza A og B samt procent påvist med influenza blandt testede personer 300 Influenza A 80 Antal personer med påvist influenza 250 200 150 100 50 0 Uge Influenza B % influenza A % influenza B 40 42 44 46 48 50 52 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 70 60 50 40 30 20 10 0 Procent påvist med influenza 2012 2013
Laboratorie påvist influenza A og B januar 2010 Januar 2013 Antal personer med påvist influenza 450 400 350 300 250 200 150 100 50 0 60 50 40 30 20 10 0 1 3 5 7 9 1113151719 414345474951 1 3 5 7 9 1113151719 414345474951 1 3 5 7 9 1113151719 414345474951 1 3 2010 2010-2011 2011-2012 2012-2013 Influenza A Influenza B % influenza A % influenza B % A+B total