STAMCELLER OG HELBREDELSE AF SUKKERSYGE

Transkript

1 Mads Bonde. STAMCELLER OG HELBREDELSE AF SUKKERSYGE Version /5-09 AF MADS BONDE Introduktion Denne øvelse er tilknyttet Biotech Academy s undervisningsprojekt af samme navn (se Øvelsen består af en række opgaver hvis besvarelser leder til opdagelsen af signalstoffer, der kan differentiere stamceller til flere forskellige celler. Til øvelsen hører et virtuelt stamcellelaboratorium, der kan findes på projektets hjemmeside. Her er det muligt at tilsætte forskellige stoffer til en stamcellekultur, og se hvordan cellerne udvikler sig. Opgaverne baserer sig på de forsøg der foregår i forskningsverdenen, men både historien, forsøg og forsøgsdata er fiktive. Flere steder i materialet er der derfor faktaboxe, med fakta om det pågældende emne. Hvis du har spørgsmål af enhver art til øvelsen, er du meget velkommen til at kontakte forfatteren via Biotech Academy s site. Så vil vi forsøge at hjælpe hurtigst muligt. Rigtig god fornøjelse! Rapportvejledning og opgaver Side 1 af 15

2 Rapportvejledning Efter at øvelsen er lavet, udarbejdes en skriftlig rapport hvori alle nedenstående opgaver besvares. BEMÆRK: opgaverne skal kun bruges som guide til din besvarelse. I rapporten er det godt at skrive en sammenhængene tekst til hver overopgave, der indeholder svar på spørgsmålene. Introduktion: Udforskning af død topforskers laboratorium Den kendte topforsker Dr. Jekyll er død under mystiske omstændigheder. Du er selv en dygtig forsker og har derfor fået til opgave at videreføre den forskning, Dr. Jekyll var i gang med, da han døde. I forskningsmiljøet går der rygter om, at Dr. Jekyll havde lavet en perfekt betacelle fra stamceller, der kan bruges til celleterapi af diabetes. Et patent på en metode til at lave funktionelle betaceller fra stamceller er et svimlende beløb værd, og vil give en stor anerkendelse i forskningsverdenen. Derfor er det meget muligt, at Dr. Jekyll havde planer om at holde sine forskningsresultater hemmelige, indtil de var blevet patenterede. Det er din opgave at videreføre Dr. Jekyll s forskning. Du får adgang til hans laboratorium, og til opgave at tolke og anvende forskningsresultaterne som du finder i laboratoriet. Dit mål er at differentiere stamceller til forskellige terapeutiske celler, i særdeleshed betaceller. I det følgende præsenteres forskellige ting du finder i Dr. Jekyll s laboratorium. FAKTABOX: Hemmeligholdt forskning Det sker af og til at forskere holder deres resultater hemmelige i en længere periode. Da Shinya Yamanaka og Kazutoshi Takahashi fra Kyoto Universitetet i Japan opdagede hvordan indsættelse af 4 gener i en hudcelle kunne omprogrammere den til en pluripotent stamcelle, holdt de det hemmeligt i næsten 6 måneder. Derudover stoppede de deres ugentlige laboratoriemøder med resten af deres afdeling, og løj til deres kollegaer om projektets status. De lavede alle disse krumspring, fordi processen som de havde opdaget var så simpel; hvis nogen fandt ud af det, kunne de have indhentet os lynhurtigt udtaler Takahashi. Hvis andre havde fundet ud af hvad de arbejde på, kunne de have lavet et forsøg magen til, og taget æren og pantentet på processen. Kilde: Nature News Feature: 5 things to know before jumping on the ips bandwagon Det første du ser når du kommer ind i laboratoriet, er en stor plakat: Rapportvejledning og opgaver Side 2 af 15

3 Fig. 1 Det er dette laboratoriums erklærede mål, at omdanne stamceller til alle de viste celler. Derfor forsker vi intensivt i at finde de signalproteiner, der kan omdanne stamceller til de viste celler ved direkte tilsættelse til en stamcellekultur. 1. Stamcellelaboratoriet Du udforsker herefter stamcellelaboratoriet, hvor der står en række reagensglas. Det ser ud som om stofferne i reagensglassene er blevet tilsat til forskellige stamcellekulturer for at differentiere dem til bestemte celler. På bordet ligger følgende to figurer: Fig. 2 Forklaring af symboler der bruges til at vise genregulering og genudtryk. Rapportvejledning og opgaver Side 3 af 15

4 Fig. 3 En stamcelle modtager signalproteinet BMP4 (gul firkant). BMP4 binder til BMP4-receptorproteinet, der findes på stamcellens overflade. Dette aktiverer en bestemt transkriptionsfaktor. (Forklar selv detaljerne i spørgsmål 1) 1. Forklar hvad der sker på figuren (brug numrene i din forklaring). 2. Er transkriptionsfaktoren ved nr. 5 en aktivator eller en repressor? (TIP: Bliver generne den binder til aktiveret?) Når stamcellen har modtaget signalstoffet BMP-4 udtrykker den mange gener, heriblandt de viste på figuren. Alle disse ændringer i cellen gør, at cellen bliver forandret til en mesodermal celle. En mesodermal celle er bl.a. karakteriseret ved at udtrykke generne nederst på fig. Fig. 3 (EPO-rec, GM- CSF-rec, TGF-BETA1-rec og EMD-2-rec) 3. Kan du ud fra figuren give et bud på hvilke stoffer der kan binde til overfladen af en mesodermal celle? Den mesodermale celle undersøges i detaljer, ved at teste hvad der sker når EPO-receptoren aktiveres. EPO-receptoren kan aktiveres vha. signalstoffet EPO. På nedenstående figur, er resultater af forsøget skitseret. Rapportvejledning og opgaver Side 4 af 15

5 Fig. 4 En mesodermal celle modtager signalstoffet EPO. Bemærk at en streg der afsluttes som, betyder at transkriptionsfaktoren er en repressor. Således forhindrer repressoren ved 3b, at telomerase-genet (3d) udtrykkes. 4. Forklar hvad der sker på figuren (brug numrene i din forklaring). 5. Kan du alene ud fra figuren regne ud, hvilken celle der dannes, når du tilsætter EPO til en mesodermal celle? (TIP: I hvilke celler findes hemoglobin?) 6. Passer svaret med forsøgsresultater i det virtuelle laboratorium? (Det virtuelle laboratorium findes på projektets hjemmeside under øvelsen). Du beslutter dig nu for at prøve at finde signalproteiner, der kan differentiere en mesodermal celle til andre celletyper. 7. Giv forslag til andre signalstoffer end EPO, som måske kan differentierer en mesodermal celle til nye celletyper. Brug informationen i de to figurer (især Fig. 2). Beskriv hvordan du kommer frem til dit svar. 8. Virker de foreslåede signalstoffer som forventet i det virtuelle laboratorium? BONUSSPØRGSMÅL: Følgende behøves ikke at blive besvaret i rapporten, men kan evt. diskuteres med andre elever. Besvarelsen kræver information der ikke findes i det teoretiske materiale. a) EPO kan misbruges som doping især i cykelsport. Hvorfor kan det hjælpe cykelrytterne til at yde en bedre præstation, og hvordan er sammenhængen med udviklingen af de mesodermale celler. Rapportvejledning og opgaver Side 5 af 15

6 b) Det ses at telomerase-genet ikke længere udtrykkes efter at den mesodermale celle har modtaget signalstoffet EPO. Forklar hvorfor det er fornuftigt, og hvordan det kan hænge sammen med kræft. (spørgsmålet kan kun besvares hvis du ved hvad enzymet telomerase gør find evt. oplysninger om det på nettet). 2. Laboratorierapport På en hylde finder du en laboratorierapport, der ligner den har ligget der længe. Rapporten indeholder følgende: En befrugtet muse ægcelle opsat i livmoderen på en mus blev analyseret. Efter at de 3 kimlag (ectoderm, mesoderm og endoderm) er udviklet udtages embryoet. Cellerne skilles fra hinanden og de stoffer, der ligger mellem cellerne i embryoet isoleres. Blandt disse stoffer er flere signalstoffer. De adskilte stoffer tilsættes ét ad gangen til hver sin skål med stamceller. Herefter analyseres cellerne på mrna-chips, for at se hvilke mrna-strenge der findes i cellerne, efter at et bestemt signalstof er tilsat. Det er hypotesen, at hvis en celle har et meget forskelligt genudtryk fra en stamcelle, betyder det i mange tilfælde, at der er dannet en ny celletype. På nedenstående figur er vist i %, hvor forskelligt genudtrykket i de dannede celler, er fra genudtrykket i stamcellen. Fig. 5 De signalstoffer der medførte størst ændring i genudtryk fra en stamcelle er angivet her. Det formodes at en del af de celler der udtrykker nogle helt andre gener end stamceller, er blevet til en ny celletype pga. signalstoffet. 1. Hvilken sammenhæng er der mellem hvilke mrna-strenge der findes i cellen, de gener der bliver udtrykt, og de proteiner der bliver dannet? 2. Kan du ud fra ovenstående konkludere hvilke stoffer der vil give en effekt når de tilsættes stamcellekulturen i det virtuelle laboratorium? Beskriv herefter hvad der sker når du tilsætter stofferne, i det virtuelle laboratorium. Vis de celler der kan dannes, på en figur, startende med en stamcelle hvorfra en pil tegnes til de nye celler du danner (ligesom Rapportvejledning og opgaver Side 6 af 15

7 plakaten du så da du kom ind i laboratoriet, Fig. 1). Over pilen skriver du signalstoffet. 3. Hvad sker der når H 2 SO 4 tilsættes i det virtuelle laboratorium og hvorfor? Giv et bud på hvorfor dette stof giver en høj ændring i hvilke mrna-strenge der observeres på mrna-chippen. 3. Mikroskop I laboratoriet står et mikroskop, hvorunder der ligger et museembryo isoleret fra livmoderen. Musefosteret kan ses i mikroskopet: Svag zoom Kraftig zoom på bugspytkirtlen (grøn) Kilde: Billeder fra forskningen på Hagedorn Research Institute, Novo Nordisk. Ved siden af mikroskopet ligger følgende figur og tekst: Fig. 6 En udviklende bugspytkirtel i mus. (1) er tidligst i udviklingen (2) senere osv. På alle billederne vises transkriptionsfaktoren Pdx1 med en grøn farve. Den røde farve angiver det protein der står til venstre for billederne (f.eks. RA- FGF i første række). Den gule farve betyder at cellerne lyser både grønt og rødt på en gang, altså at der både er Pdx1 og proteinet til venstre til stede. Rapportvejledning og opgaver Side 7 af 15

8 Proteiner kan ses vha. GFP og RFP. OBS: Dette billede er fiktivt og inspireret fra billeder fra Hagedorn Research institute. Billedet er lavet til denne opgave, og er ikke et rigtigt forsøgsresultat. For at finde den signalfaktor der aktiverer pdx-1 i de umodne betaceller, er der lavet en række forsøg med regnbuemus. Her er forskellige proteiner i forstadiet til bugspytkirtlen farvet. Ved hjælp af et mikroskop ses på figuren forstørrede billeder af en bugspytkirtel i et udviklende foster. Den grønne farve er transkriptionsfaktoren Pdx-1, mens den røde farve er det protein, der står skrevet til venstre, ud for billederne. Celler der lyser gult, indeholder både det grønne og det røde protein. Nogle af billederne er lidt forskellige på samme udviklingstrin, da der er tale om forskellige gensplejsede mus, der udvikler sig nogenlunde ens, men ikke identisk. 1. Findes transkriptionsfaktoren pdx1 inden i eller uden for cellerne (brug din viden om transkriptionsfaktorer). 2. Kan du se af figuren om proteinet TGF-beta1 er tilstede i eller omkring den udviklende bugspytkirtel eller ej? Tror du TGF-beta1 spiller en rolle for aktiveringen af Pdx1? 3. Findes RA-FGF-receptoren i de samme celler som udtrykker Pdx1 (Husk at gul = grøn+rød)? Det ses af figuren at den røde farve i første billedrække (RA-FGF), kun findes uden for cellerne. 4. Kan du give et kvalificeret gæt på om et af proteinerne, kan være et signalstof, der aktiverer Pdx1? Kan dit svar bekræftes i det virtuelle laboratorium? Du kan teste det ved at se om det formodede signalstof kan differentiere en endodermal celle til en Pdx1-positiv celle. 5. Hvilken rolle tror du RA-FGF-receptoren spiller for aktiveringen af Pdx1? 6. Hvorfor er det kun de endodermale celler der danner pdx-1, når signalstoffet er ved deres overflade, og ikke også f.eks. mesodermale celler? (TIP: Er der nogle bestemte proteiner på overfladen af henholdsvis meso- og endodermale celler der er forskellige?) 4. Fluorescensgrafer På en opslagstavle hænger følgende forsøgsbeskrivelse: Formålet med dette forsøg er at få udtrykt neurogenin3 (Ngn3) i en Pdx1- positiv celle differentieret fra en stamcelle. Dette gøres for at nå et skridt på vejen mod en betacelle. I forsøget er anvendt en shotgun metode, hvor en masse proteiner testes, uden at det vides om de har en effekt. For at det ikke skal tage 100 år (bogstaveligt talt!), er der lavet et system, så det kan gøres automatisk. En stamcellekultur er gensplejset, så cellerne lyser rødt hvis transkriptionsfaktoren neurogenin3 (Ngn3) udtrykkes. Dette gøres ved at gensplejse stamceller med RFP (rødt fluorescerende protein) så det udtrykkes samtidig med neurogenin3-genet. Fra et proteinfirma, er købt 2000 forskellige Rapportvejledning og opgaver Side 8 af 15

9 proteiner, som firmaet påstår har mange ligheder med kendte signalproteiner. Det er håbet at ét af dem er det protein der ledes efter, nemlig det der kan omdanne en pdx-1-positiv celle til en Ngn3-positiv celle. Hvert af stofferne er tilsat til hver sin stamcellekultur. Derefter er cellekulturene kørt igennem en såkaldt cytometri-maskine. Denne maskine analyserer cellerne enkeltvis, og kan måle om de lyser rødt. Herefter viser maskinen en graf over hvor mange celler der lyser, og hvor kraftigt de lyser. På nedenstående figur er afbilledet de 14 stoffer, der gav den højeste lysintensitet med flest celler. Derudover er H 2 SO 4 også vist. X-aksen viser hvor kraftigt de enkelte celler lyser intensiteten af lyset. Jo større tallet er, jo kraftigere lyser cellen. På Y-aksen vises hvor mange celler, der lyser med den pågældende intensitet. Det ses ofte, at et gen er en smule aktivt, selvom det ikke er blevet stimuleret. Det ses også at en lille del af cellerne differentierer sig spontant, uden at den rigtige signalfaktor er tilsat. Derfor vil de fleste cellekulturer have nogle celler der lyser lidt. Det må så vurderes hvor meget og hvor mange af cellerne der skal lyse, før signalproteinet bør afprøves eksperimentelt. 1. Analyser figuren, og fremhæv udvalgte grafer. Forklar herunder graferne for RFP og H 2 SO Forklar hvilke stoffer du vil afprøve i det virtuelle laboratorium, og hvorfor. (Husk at formålet med forsøget er at finde et stof der kan omdanne Pdx1+ celler til Ngn3+ celler) 3. Beskriv dine resultater i det virtuele laboratorium. 5. Mail om ips celler På Dr. Jekyll s computer finder du et kodeord til en skjult ekstern hard-disk, som er mærket Mr. Hyde s secrets. Du finder følgende dokument: Til Dr Jekyll. Her er resultaterne fra 3. forsøgsrunde, samt de foregående resultater. Det ser endelig ud til at det er lykkedes! Jeg ved at du tidligere har kritiseret min forskning som uetisk og umenneskelig, men tænk på hvad disse resultater kan betyde for barnløse par, og hvilken anerkendelse resultatet vil give i forskningsverdenen! Rapportvejledning og opgaver Side 9 af 15

10 Myndighederne og de behandlede er begyndt at blive mistænksomme, pga. de mange misdannede børn og ufrivillige aborter. Men der er intet der tyder på at nogen har mistanke om at der er brugt ips-celler i stedet for de æg der er udtaget fra patienterne og sædprøverne. Og med de nye resultater, vil der nok ikke blive stillet flere spørgsmål. Mvh. Mr. Hyde FORSØGSBESKRIVELSE OG RESULTATER ips-celler lavet fra hudceller blev behandlet med signalstoffer, der differentierede dem til hhv. æg- og sædceller. Disse æg- og sædceller blev (ulovligt) brugt til kunstig befrugtning af kvinder. Hudcellerne blev i de fleste tilfælde taget fra manden og kvinden der ønskede børn, men i enkelte tilfælde blev ægceller og sædceller lavet fra ips-celler fra 2 forskellige mænd sat op i en rugemor. Ingen af de par der fik foretaget kunstig befrugtning blev informeret om, at der var tale om en (ulovlig) eksperimentel behandling, for at undgå at psykiske faktorer spillede ind. Abort inden 12. uge Abort inden 30. uge Dødfødte Misdannelser Raske I alt 1. runde runde runde Fig. 7 Forsøgsresultater i tabelform og som søjlediagram. 1. Analyser figuren/tabellen (samme indhold). Er der sket forbedringer i resultaterne siden 1. forsøgsrunde? Rapportvejledning og opgaver Side 10 af 15

11 2. Giv en vurdering af om resultaterne i 3. runde er så tilfredsstillende, at du vil anbefale teknikken til kunstig befrugtning af mænd og kvinder med defekte sæd- eller ægceller. 3. Diskuter de etiske aspekter i forsøget. a. Hvorfor er det ikke i orden at udføre dette forsøg? Anfør dine argumenter. b. Selom man er imod udførelsen af dette forsøg, kan det ikke gøres om forsøget er udført. Er det i orden at bruge forsøgsresultaterne? Eller bør brug af resultaterne bandlyses fuldstændigt, selvom det i så fald ikke kan lade sig gøre at hjælpe mange barnløse par? c. Diskuter perspektiverne i sætningen ægceller og sædceller lavet fra ips-celler fra 2 forskellige mænd sat op i en rugemor både etiske og medicinske. FAKTABOX: Eksperimenter udført på jøder under 2. verdenskrig Under anden verdenskrig blev der udført grusomme forsøg på jøder. Efter krigen, var der stor debat om resultaterne fra de uetiske forsøg skulle anerkendes af forskningsverdenen eller forkastes. F.eks kommer en del af den viden der findes i dag, om hvor længe mennesker kan tåle at være eksponeret i ekstrem kulde inden de dør, fra eksperimenter på jøderne under 2. Verdenskrig. Kilde: David Bogod "The Nazi Hypothermia Experiments: Forbidden Data?", Anaesthesia, Volume 59 Issue 12 Page December Antisense RNA forsøg I en mappe med etiketten banebrydende forsøg finder du følgende: Antisense RNA-teknik er brugt til at undersøge hvordan fosterudviklingen påvirkes, hvis bestemte signalproteiner ikke bliver udtrykt som normalt. 4 antisense RNA-strenge er brugt til at blokere for udtrykkelsen af bestemte gener. Gen-sekvenser for udvalgte gener er vedlagt. En antisense RNA-streng er komplementær til en bestemt mrna streng, og kan derfor bruges til at forhindre udtrykkelsen af et gen, som vist på figuren. Dobbeltstrenget RNA vil ikke kunne translateres, og vil samtidigt blive nedbrudt af cellen. Et gen bliver ikke udtrykt pga. tilsat antisense mrna. Rapportvejledning og opgaver Side 11 af 15

12 Følgende antisense RNA blev brugt i forsøget: Antisense RNA Ændringer i fosterudviklingen Stort set ingen udvikling af nervesystemet, (1) UACAGUCCCCAGCCCC kun dysfunktionelle nerveceller. (2) CGGCACCAGACCGU Fosteret udvikles slet ikke. Stort set ingen udvikling af nervesystemet, (3) ACAGGGGAAGGU kun dysfunktionelle nerveceller. (4) CGGCGGGCGGCACCG Ingen dannelse af hudceller. 1. Forklar på baggrund af figuren, hvordan tilsættelse af en bestemt antisense mrna-streng kan påvirke udtrykket af et bestemt gen. 2. Hvilke mrna-sekvenser vil de 4 angivne antisense RNA-molekyler binde sig til? Opskriv sekvenserne. På projektets hjemmeside under øvelsen er angivet DNA-sekvenserne for 4 gener. Her er et direkte link: antisense-sekvenser.html. Genernes navne står foran de enkelte sekvenser og generne har samme navn som deres proteinprodukter (f.eks. koder genet FGF8 for proteinet FGF8, der findes i det virtuelle laboratorium). Den viste sekvens for generne er pr. definition altid den kodende streng på DNA'et. Det betyder at den viste streng, er magen til mrna-strengen der dannes under transkriptionen, bortset fra at DNA indeholder T i stedet for U. Et gen med sekvensen "GCAT..." vist i sekvensen, vil altså transkripteres til mrna-strengen "GCAU..." 3. Hvilke gener vil de enkelte antisense RNA-strenge påvirke? TIP: brug søge-funktionen i internetbrowseren (control-b eller control-f). Det er ikke sikkert at alle antisense RNA binder til mrna lavet fra et af de viste gener. (Husk at generne består af DNA U er erstattet med T) Du ved nu hvilke gener der blokeres af de enkelte antisense-rna-strenge. Samtidig ved du fra tabellen ovenfor hvad det betyder for fosterudviklingen, at bestemte signalproteiner ikke udtrykkes i cellen. 4. Findes de signalproteiner, der koder for de blokerede gener i det virtuelle laboratorium (se på forkortelserne i parantes)? Udvikles hudceller og nerveceller fra endo- meso- eller ectodermale celler? 5. Kan du ud fra oplysningerne, og dit svar i 4 og 5, konkludere hvilke stoffer der skal tilsættes for at danne 2 nye celletyper? Kan du bekræfte dit svar i det virtuelle laboratorie? FAKTABOX: Bioinformatik Computeren er blevet et uvurderligt værktøj for biologerne. I bioinformatikken, behandles DNA og proteiner på computeren, og det er meget normalt at søge efter DNA-sekvenser i store databaser. Det vil f.eks være muligt at søge på de gen-sekvenser som du søger efter i det lille tekstdokument, i store databaser med mange tusinde sekvenser på nettet. En af de største hedder Genbank ( og alle generne i tekstdokumentet er hentet derfra. Rapportvejledning og opgaver Side 12 af 15

13 7. Blokeret fosterudvikling I mappen med banebrydende forsøg findes også følgende: Dette forsøg er udført, for at undersøge effekten af 4 formodede signalproteiner på fosterudviklingen. Udtrykket af 4 forskellige gener der koder for de formodede signalproteiner, er blevet blokeret vha. antisense-teknik i 4 mus: a. % SAGM b. % Wnt c. % Ngn3 d. % Wnt3a Det undersøges nu hvordan de 4 musefostre, der hver har fået blokeret det angivne gen udvikler sig. Følgende observeres: a. Musen trækker ikke vejret, og dør få minutter efter at være blevet født. b. Musen dør hurtigt af infektioner, da dens hud og pels er meget misdannet. c. Bugspytkirtlen udvikles ikke d. Musens lever udvikles ikke. 1. Kan det konkluderes ud fra forsøget at alle 4 gener er signalproteiner? 2. Hvis der er tale om signalproteiner, hvad forventer du de kan bruges til i det virtuelle laboratorium. Beskriv dine resultater i laboratoriet. 8. Proteinchip-analyse af blodprøver I en notesbog i laboratoriet fremgår det, at Mr. Hyde har foretaget forsøg med indsprøjtning af Ngn3+ celler i blodet på diabetespatienter. For at fremme modningen af disse celler til netop betaceller, er indsprøjtet et protein, beskrevet som protein X i notesbogen. Det lader til at dette protein kan differentiere Ngn3+ celler til betaceller i cellekulturer, men at Dr. Jekyll har holdt det hemmeligt, af frygt for at nogen skulle opdage proteinet, inden at han fik udgivet en artikel og lavet et patent. Ud fra optegnelserne finder du blodprøver fra en patient, både før og efter han har fået indsprøjtet protein X i blodet. For at finde frem til protein X, beslutter du derfor at analysere de to blodprøver, og se om der er forskel på proteinindholdet. Til det bruger du proteinchips, hvor du undersøger hvilke proteiner der er i de 2 blodprøver. Proteinanalyse-rapport: Proteinanalyse af de to prøver udtaget lige før og 10 minutter efter injektion af protein X. Hver firkant repræsenterer et protein. Farven indikerer hvor meget af det givne protein, der findes i prøven. Rapportvejledning og opgaver Side 13 af 15

14 Proteinkoncentration: Før indsprøjtning af protein X 4 timer efter indsprøjtning Protein-chip analyse af blod fra diabetes patienter før og efter indsprøjtning af protein X. Denne repræsentation kaldes et HeatMap, og hvert felt repræsenterer et protein, mens farven indikerer hvor meget af det pågældende protein der findes i blodprøven. I nedenstående tabel findes en oversigt med alle proteinernes protein data bank -ID. Alle kendte proteiner har et ID, og information om proteinet kan fremsøges på ved at angive protein-id et i søgefeltet for oven. Fx vil ID et 2ARV give information om det humane protein Activin (vist i Title ). Alle proteiner på heatmappet ovenfor kan fremsøges på tilsvarende måde. For information om fremsøgte proteiner kan (eller evt. anvendes. Proteinernes ID findes i nedenstående tabel, hvor hvert felt svarer til et et protein på heatmap et. (TIP: slå proteinnavnet i Title op på wikipedia, så du får en beskrivelse og en kendt forkortelse) OPGAVER: 1. Kan du identificere bestemte proteiner, der har en ændret koncentration efter indsprøjtningen? Der findes 2 ændringer i alt. 2. Kan du identificere hvilket der er protein X vha. det virtuelle laboratorium? 3. Giv en mulig forklaring på, hvorfor patienten har større indhold af det andet protein i blodet. I optegnelserne er angivet at patienten dyrker professionel langrend-skisport, og har været alene med kemikalierne i laboratoriet mellem de to blodprøver. Rapportvejledning og opgaver Side 14 af 15

15 Rapportvejledning og opgaver Side 15 af 15