Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser

Transkript

1 SOP_24 Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser Initialer Navn Dato Udarbejdet af: TvOH Thomas v. O. Hansen 29. august 2013 Sidst revideret af: BB Birgitte Bertelsen 22. marts 2017 Gennemlæst af: AYS Ane Y. Schmidt 1. maj 2017 Godkendt af: LAB Lukas A. Berchtold 4. oktober 2017 Revisionsskema Udgave Ikrafttrædelses-dato: 1 3. sept marts januar april sept okt Distribution: Elektronisk V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 1 af 10

2 INDHOLDSFORTEGNELSE 1 FORMÅL OG MÅLGRUPPE FREMGANGSMÅDE Svarafgivelse Transcript og variant nomenklatur Variant vurdering Variant klassifikation Godkendelse og/eller afgivelse af analyseresultater Forsinkelse af svar Afgivelse af korrigerede svar DOKUMENTATION ANSVAR BILAG... 8 V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 2 af 10

3 1 FORMÅL OG MÅLGRUPPE Formålet med procedurevejledningen er at vejlede akademikere/læger på GM i afgivelsen af svar af genetiske analyser. 2 FREMGANGSMÅDE 2.1 Svarafgivelse Svar udarbejdes af 1. underskriver (akademiker/læge) på baggrund af data indleveret af bioanalytiker eller akademiker (sekventeringsskema, NGS skema, sekvensudskrifter fra ABI 3730 sekvenator eller Seqscape, TaqMan data, NGS data og/eller MLPA data). Sagen, som er samlet i chartek, indeholder også original rekvisition. Alle data gennemgås (ved NGS data gennemses JSI rapport - V:\NGS\RESULTATER\), ved NGS analyse gennemses og godkendes endvidere NGS skema (se eksempel i Bilag 1), og svar skrives. Alt efter analyse og data udfyldes svarskabelon som ligger på V:\4113- Patientsvar, og svaret gemmes på samme drev med glasnummer fra patientens screeningsprøve som unik identifikation. Alternativt afgives svar via WinLab ( 1. underskriver er defineret som den akademiker/læge, der starter med gennemgang af data. Svaret påføres patient data (navn, CPR nummer, prøvemodtagelsesdato, registernummer (B-nummer ved brystkræftpatient og H-nummer ved tarmkræftpatient), evt. eksternt nummer (f.eks. ON-nummer) og rekvirent). Svaret udskrives, og 1. underskriver kontrollerer svaret, underskriver svaret og videregiver sagen til 2. underskriver (akademiker/læge). 2. underskriver kontrollerer følgende før underskrift: Svarskabelon NGS skema (som underskrives med initialer) JSI rapport, hvis man ikke selv har analyseret data (V:\NGS\RESULTATER\) Sanger sekvens Oplysninger (navn, cpr nummer, glas-nummer, rekvirent, gen-analyse, stavning og opsætning) Eventuelle mutationsfund Nomenklatur Konklusion For at sikre ensartethed bruges forskellige standardformuleringer (bl.a. fortrykt på svarskabeloner). Man bør af samme grund genbruge formuleringer/mutationsnomenklatur fra patienter fra samme familie. V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 3 af 10

4 Sagen afleveres nu af 2. underskriver til sekretariatet (dueslag), som fremsender svaret til rekvirenten via post eller Transkript og variant nomenklatur Reference transcript for undersøgte gen(er) skal angives i svar. Transcriptet skal repræsenterer enten det længste kendte transcript og/eller det klinisk mest relevante transcript. Reference transcripter kan ofte findes via Locus Reference Genomic ( eller Concensus CDS ( databaserne. Ved fund af variation anvendes retningslinjer angående nomenklatur fra Human Genome Variation Society (HGVS) Det vil sige at A i start ATG angives som position 1. Ved enkelte gener bruges også gammel nomenklatur, hvor mutationen angives med start fra f.eks. transkriptions start site. Svar afgives altid på både DNA og protein niveau ( c. for kodende DNA sekvens og p. for protein sekvens). Det vil dog ofte ikke være muligt at angive protein nomenklatur for intron varianter. Trebogstav koden bruges ved protein nomenklatur. 2.3 Variant vurdering Vurderingen af en variant ved screeningssvar bør indeholde følgende: En beskrivelse af varianten (er den beskrevet før, database søgning i f.eks. BIC og LOVD, samt litteratursøgning (Pubmed og Google søgning) evt. med reference). Frekvens i normal population (f.eks Genomes, ESP eller ExAC databasen). Hvis en variant er observeret 1% i en befolkningsgruppe, klassificeres varianten som en polymorfi og angives ikke i svar (se variant klassifikation nedenfor). In silico data (Alamut) på både protein og splejsnings niveau. Funktionelle data, hvis udført (Validerede assays foretrækkes). Konklusion på variantfund (sygdomsfremkaldende, formodentlig sygdomsfremkaldende, variant af ukendt betydning, formodentlig neutral, eller neutral, samt klasse). Kun klasse 3, 4, og 5 varianter/mutationer inkluderes i det endelige svar. 2.4 Variantklassifikation Variantklassifikationen er baseret på en kombination af IARC og ACMG guidelines (Plon et al., Hum Mutat. 2008, 29: ; Richards et al., Genet Med. 2015, 17:405-24), splejsnings-klassifikation guidelines (Walker et al., Hum Mutat. 2013, 34: ), guidelines fra InSiGHT (Thompson et al., Nat Genet. 2014, 46:107-15) og ENIGMA. V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 4 af 10

5 Formålet med klassifikationen er at adskille høj-risiko germline mutationer fra lav-/ingenrisiko varianter. Variantklassifikation fra ekspertpaneler (ENIGMA for BRCA1/BRCA2 gener eller InSiGHT for MMR gener) følges. Tjek derfor altid BRCA1/BRCA2 og MMR genvarianter i ClinVar databasen. Klasse 5 - Sygdomsfremkaldende (patogen) mutation. Som udgangspunkt er alle nonsense og frameshift varianter sygdomsfremkaldende. Dog skal man være opmærksom på situationer, hvor der på trods af frameshift dannes funktionelle transkripter. Varianter undersøgt for mrna ændringer ved in vitro assays, som producerer et transkript med præmaturt stop codon, eller in-frame deletion som ødelægger kendt funktionelt domæne eller proteinets struktur. Variant som ændrer translations start site (Methionine), hvor det er vist eksperimentelt, at der ikke bruges et alternative in-frame Methionine site, uden at der ødelægges et kendt funktionelt domæne eller proteinets struktur. Copy number deletion som introducerer et frameshift og præmaturt stop codon, eller en in-frame deletion som ødelægger kendt funktionelt domæne eller proteinets struktur. Copy number duplikation som via laboratorieanalyse er blevet vist at introducere et frameshift og præmaturt stop codon. Varianter med en sandsynlighed for patogenicitet >0.99 ved brug af multifactorial likelihood modeller. Klasse 4 - Formodentlig sygdomsfremkaldende (patogen) mutation. Missense variant som koder for den samme aminosyre ændring som tidligere er klassificeret som en klasse 5 mutation, men som skyldes en anden nukleotid ændring, og hvor der ikke er evidens for, at varianten påvirker mrna splejsning ud fra in vitro mrna assays. Derudover skal variant være rapporteret <0,1 % i kontrolpopulation. Mindre in-frame deletion som fjerner missense variant, som tidligere er klassificeret som en klasse 5 variant. Derudover skal variant være rapporteret <0,1 % i kontrolpopulation. V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 5 af 10

6 Varianter som med høj sandsynlighed ændre splejsning uden at være undersøgt funktionelt (IVS+-1, IVS+-2), og som ikke medfører naturligt forkomne in-frame RNA transcripter. Ændring fra G til ikke-g i sidste base af exon (med mindre de første 6 baser i intron er GTRRGT), og som ikke medfører naturligt forkomne in-frame RNA transkripter. Variant som ændrer translations start site (Methionine) uden klinisk eller eksperimentel evidens. Varianter med en sandsynlighed for patogenicitet mellem ved brug af multifactorial likelihood modeller. Klasse 3 - Variant af ukendt betydning Varianter som mangler klinisk eller molekylær evidens for at blive klassificeret som high-risk variant eller variant uden klinisk betydning. Variant hvor data viser modsatrettede evidens, og som kræver yderligere undersøgelser. Varianter (missense eller inframe deletioner/duplikationer) undersøgt for mrna ændringer ved in vitro assays, som producerer et transkript som koder for fuldlængde proteinet og/eller transkript isoformer, som ikke ødelægger kendte funktionelle domæner eller proteinets struktur. Varianter med en sandsynlighed for patogenicitet mellem ved brug af multifactorial likelihood modeller. Klasse 2 - Formodentlig benign Missense variant som koder for den samme aminosyre ændring, som tidligere er klassificeret som en klasse 1 mutation, men som skyldes en anden nukleotid ændring,og hvor der ikke er evidens for at varianten påvirker mrna splejsning ud fra in vitro mrna assays. Synonym variant med en lav bioinformatisk sandsynlighed for at ødelægge normal splejsning (ødelæggelse af native donor/acceptor splice sites eller dannelse af kryptiske donor/acceptor splice sites - undersøges ved brug af MaxEntScan). Missense variant eller lille in-frame insertion/deletion (3-bp/1 aminosyre) med en lav bioinformatisk sandsynlighed for at ødelægge normal splejsning (ødelæggelse V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 6 af 10

7 af native donor/acceptor splice sites eller dannelse af kryptiske donor/acceptor splice sites - undersøges ved brug af MaxEntScan), og med en allel frekvens på mellem og < 0.01 (0.1-1%) i en kontrol gruppe (gælder kun for varianter i MLH1, MSH2, MSH6 og PMS2, og BRCA1/BRCA2 gener). Intron variant (> +/- 6 bp) med en lav bioinformatisk sandsynlighed for at ødelægge normal splejsning (ødelæggelse af native donor/acceptor splice sites eller dannelse af kryptiske donor/acceptor splice sites - undersøges ved brug af MaxEntScan). Varianter med en sandsynlighed for patogenicitet mellem 0,001-0,049 ved brug af multifactorial likelihood modeller. Klasse 1 - Benign Varianter som forekommer i store kontrolreferencepopulationer med en allel frekvens på 0,01 (1 %). Varianter med en sandsynlighed for patogenicitet < 0,001 ved brug af multifactorial likelihood modeller. Der afgives kun svar på klasse 3, 4, og 5 varianter/mutationer i det endelige svar. 2.5 Godkendelse og/eller afgivelse af analyseresultater Sekretærer og bioanalytikere må sende svar pr. fax til rekvirenter, men ikke afgive svar telefonisk. Telefoniske svar må afgives af akademiker/læge og skal altid efterfølges af et fax- eller brevsvar. Svar må - efter aftale med rekvirent - fremsendes som PDF via mail af analyseansvarlig akademiker/læge. Alle komplicerede genetiske analysesvar afgives efter godkendelse af akademikere med relevant uddannelse, som har fået tildelt denne kompetence. 2.6 Forsinkelse af svar Ved forsinkelse af svar kontaktes rekvirent med en forklaring på forsinkelsen. Alternativt kan følgebrev med forklaring medsendes svar. 2.7 Afgivelse af korrigerede svar Hvis der efter afsendelse af analyseresultater konstateres afvigelser i prøvetagning eller analysearbejdet, der har haft betydning for de enkelte resultater, eller konstateres andre fejl i svarrapporten, rettes svaret og nyt svar fremsendes sammen med følgebrev som forklarer hvorfor nyt svar fremsendes. Kun godkendte akademikere har ret til at afgive korrigerede svar. Det først angivne svar stemples med Korrigerende svar fremsendt ). På det korrigerede svar påskrives, at det erstatter tidligere fremsendte svar fra pågældende dato. V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 7 af 10

8 Kopi af det nye svar arkiveres i sagen (chartek). Der laves desuden en afvigelse på fejlen, som derefter vil blive vurderet i kvalitetsudvalget. 3 DOKUMENTATION Kopi af svar opbevares i chartek sammen med rekvisitionsseddel, sekventeringsskema, NGS skema og laboratoriedata i aflåst arkivskab. 4 ANSVAR Den analyseansvarlige akademiker/læge, som er 1. underskriver, har ansvar for, at svaret er korrekt. 2. underskriver, som er en anden akademiker/læge, kontrollerer svar før underskrift. Den ledende overlæge har det endelige ansvar. 5 BILAG Bilag 1: NGS skema til svarafgivelse V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 8 af 10

9 Bilag 1: Genomisk Medicin, GM 4113 Blegdamsvej 9, 2100 København Ø Tlf.: Fax: BCP Pool nr: Internt nr: Glas nr: Kontrol nr: Dataanalyse udført af: Gennemset af bioanalytiker: Gennemset af AC: Dækning kontrolleret: BRCA1 BRCA2 CDH1 PTEN RAD51C TP53 GAP filling, exons sanger sekventeret pga. dårlig dækning: Gen Exon Seqscape projekt/print Polymorfi Første aflæser Anden aflæser Human Identifier kontrolleret (ingen varianter med allel frekvens mellem 60-80% undtaget rs /c.21_22insg hvor den som homozygot mindst skal være 75%): CNV er kontrolleret: CNV kaldt Gen Exons BRCA1 BRCA2 CDH1 PTEN RAD51C TP53 MLPA lavet: Mutationsfund: Gen Exon Nukleotid Baseændring Aminosyre Intronvariant Seqscape projekt Database dato Afleverings dato V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 9 af 10

10 Logbog for SOP_24 Revideret/ændret/gennemset Udgave/dato Init. Årsag til revision 2/ TvOH Mindre rettelser 3/ TvOH 2; bilag 1. 4/ TvOH 2 5/ TvOH 2 6/ TvOH 2.3; 2.4 7/ LAB Mindre rettelser V:\Akkreditering\SOP'er\SOP_24_Svarafgivelse af komplicerede genetiske analyser_gm_7 Side 10 af 10