Besvarelse af opgaverne til den Spm.A: efter TGA TCA Spm. B:
|
|
- Anne Andersen
- 6 år siden
- Visninger:
Transkript
1 Besvarelse af opgaverne til den Spm.A: Her vil vi gerne sætte et relativt lille stykke DNA (FLAG) sammen med et relativt stort stykke (PRB1). Det lille stykke er for lille til at vi kan PCR amplificere det. Derfor vil vi vælge at indsætte den FLAG kodende del ved at påhæfte denne sekvens til vores down primer. Nu skal vi huske, at det er den kodende streng der er vist af både PRB1 og FLAG DNAet. For at vi ikke vender primerne forkert er det en god ide at opskrive DNA sekvensen omkring fusionsstedet for FLAG epitopen. Sekvensen efter fusionen skal se således ud 5 GACGAGAGCGAAAATTCCAGAGACTACAAAGACGACGACGACAAATGCTGA 3 Hvor den understregede sekvens er fra PRB1, den kursiverede fra FLAG delen og den fede er stopkodon for translation. Den understregede sekvens har vi valgt så primeren får en smeltetemperatur på 58 o C (Tm = 4 x (G + C) + 2 x (A + T)).Vores down primer skal nu være komplementær til hele sekvensen som vi opskrev. D.v.s. 5 TCAGCATTGTCGTCGTCGTCTTTGTAGTCTCTGGAATTTTCGCTCTCGTC 3, Med samme nomenklatur som før. Opprimeren vil vi vælge, så der er noget sekvens med før ATG kodon (for at sikre en effektiv translation, vi kommer tilbage til dette senere) Opprimeren : 5 CTTTACCCCAAAATATAAATCAG 3 Vi vil vælge længden af primeren, så vi får en smeltetemperatur den er den samme som downprimeren ± 2 o C. Dette opnår vi med ovenstående primer da den har en Tm = 60 o C. PCR på PRB1 DNA med ovenstående primere vil give den ønskede fusion. Spm. B: Når vi skal knock-oute et gen i en organismes genom bliver vi nødt til at anvende cellens mulighed for at lave homolog rekombination. Det er meget forskelligt, hvor effektive forskellige organismer er til at lave homolog rekombination i forhold til illigitim rekombination. For at kock-oute PRB1 genet i gær må vi have fremstillet et PCR fragment indeholdende en selektiv markør flankeret af sekvenser identiske med de gærsekvenser, der flankerer PRB1 på kromosomet. Det kan vi gøre ved at sætte 50 basepar kromosomal gærsekvens i enderne af vores PCR primer, som kan anneale til en selektionskasette. Det kunne se ud som følger:
2 A G418R B A-halen er så magen til de 50 nukelotider opstrøms for ATG kodon i PRB1 genet og B-halen er komplementær til de 50 nukleotider nedenstrøms for stop kodon i PRB1 genet. Vi transformerer nu gær med dette PCR fragment og selekterer for G418 resistens. De G418 resistente transformanter må vi så screene for om de har integreret G418 kasetten i PRB1 genet. Dette kunne vi gøre v.hj.a. PCR. Kigger vi på nedenstående figur kan vi se hvor primerne skal ligge. C E G418R D F Det vigtige er her, at C primeren ligger længere opstrøms end den hale sekvens, der var med i vores A primer fra foregående figur og at F primeren ligger længere nedenstrøms end halen på vores B primer fra foregående figur. Primer A + D og primer E + F kan så kun give et PCR fragment af den rigtige længde, hvis G418R er krydset ind det rigtige sted i genomer (har erstattet PRB1 genet) Spm. C: Vi kan udtrykke vores FLAG taggede PRB1 gen i gærstammen der har fået fjernet sin kromosomale PRB1 allel. Det FLAG taggede PRB1 protein vil så in vivo binde til de andre RNA polymerase II subunits. Fordi Prb1 proteinet indeholder FLAG epitopen kan vi immunoprecipitere det FLAgG taggede Prb1 protein. De proteiner, der sidder og binder til Prb1 in vivo vil blive immunfældet sammen med Prb1. Tager vi vores immunprecipitat og separerer på en SDS-PAGE gel vil protein interaktionerne bliove ødelagt på grund af detergentet SDS, og vi kan efter farvning af
3 gelen se de proteiner, der blev immunfældet sammen med Prb1. Identiteten af disse proteiner kan vi bestemme ved at spalte dem med trypsin og bestemme de genererede trypsinfragmenters molekylvægt ved massespektrometri. Ud fra de opnåede masser kan vi få computeren til at bestemme, hvilke proteiner, som gæresn genom kan kode for, der passer med vores eksperimentelt bestemte masser. Spm. D: Data i figur 2 stammer fra et EMSA assay. Dette assay kan bruges til at undersøge om et bestemt protein kan binde til et bestemt DNA eller RNA fragment, eller til at bestemme om der i et kerneekstrakt findes protein som kan binde til et bestemt oligonukleotid. Data som de i Figur 2 kan bruges til at undersøge i hvilken rækkefølge forskellige proteiner i et stort kompleks binder til et specifik DNA sekvens (her en promotor region). Hver gang et nyt protein binder til oligoen eller de proteiner der binder til oligoen vil komplekset få en større molekylvægt. Kigger vi på lane 1 kan vi se at D + A binder til oligoen da vi observerer et band shift. Fra lane 2 kan vi se at B kan binde til oligo som i forvejen har bundet D +A. Tilsætter vi derimod yderligere F, som vist i lane 3 ser vi ikke et yderligere shift i forhold til lane 2. Det må betyde at F ikke kan binde til komplekset bestående af oligoen og D + A+ B. Tilsætter vi derimod stigende mængder af RNA polymerase II til oligo + D + A+ B + F ser vi, at vi nu får et yderligere shift som tegn på at PolII ihvert fald binder. Da fjernelse af F fra en blanding af D + A + B + polii fører til at protein-oligo komplekset bliver mindre må det betyde at binding af F og polymerase II er indbyrdes afhængige. Den ene kan ikke binde uden tilstedeværelse af den anden. Fra lane 13 kan vi se at D er helt essentiel for at vi kan få et bandshift. Dette er i overensstemmelse med at D binder først. Fjerne vi B får vi det samme bandshift som hvis A + D er tilsted alene. Så Polymerse II og F kan ikke binde, hvis B ikke er tilstede. Hvis vi mangler A får vi bandshift som svarende til det nederste bånd i lanes Dette må altså representere D + B + F + PolII. Så A er ikke essentiel for at F og PolII kan binde. Lane 16 er det samme som vi ser i lanes Spm. E: En måde at finde ud af hvorledes de forskellige komponenter binder til vores promotorsekvens er at udføre et footprint eksperiment, hvor vi tilsætter flere og flere af vores komponenter til vores footprint eksperiment.som vi kan se i Figur 4 giver D alene et stort footprint, hvorimod tilsætning af A eller A + B ikke udvider det beskyttede område særligt meget. Kun tilsætning af F + polii udvider kraftigt det beskyttede område. Hvilke nukleotider er det så det er beskyttede? Til at bestemme deres lokalisering kan vi udføre en sekvensreaktion med den i figur 3 viste primer. Her er det vigtigt at den radioaktive mærkning sidder i 5 enden af det viste fragment og at sekventeringsprimeren har sin 5 ende samme sted. Kan vi bestemme hvilket nukleotid der ligger ud for det sidste bånd før den beskyttede region, ved vi hvor footprintet starter. Tilsvarende kan vi bestemme hvor det sidste nukleotid i footprintet er lokaliseret. Vi skal nu huske på at sekvensen er magen til det understregede skvens i figur 3. Vi genererer derfor den i figur 3 viste streng under vores sekvensreaktioner. Vi skal derfor i figur 4 finde en sekvens der er magen til sekvensen i figur 3. Læser vi sekvensen nede fra og op får vi : 5 gtggtgggctataaaaaggggcgggtccttggtcttcatcgctttcttctacttcgctgtttacgagc 3. For footprintet med protein D finder vi således at footprintet starter ved det understregede, fede c og slutter ved det understregede fede g.
4 Spm F: Dette eksperiment går ud på at undersøge, om et protein binder til major eller minor groove i DNAet. For at undersøge bindingen til TATA sekvensen kan vi anvende en TATA holdig oligo og en CICI holdig oligo. Argumentet herfor kan ses ud fra strukturformlerne for thymin i forhold til cytosin og adenin i forhold til inositol. Det kan ses at udskiftning af T med C og A med I ikke forandrer noget i minor grove, men ændrer på de funktionelle grupper i major grove. Kan vi observere et bandshift med både TATA og CICI oligoerne, må det betyde, at vores protein binder til minor groove. Det er netop, hvad vi ser i EMSA assayet i Figur 5.
5 Svar til opgave 1 juni 1998 Denne opgave fokuserer på teknikker til at undersøge om proteiner kan interagere med hinanden in vivo. Spm. A: I dette forsøg har vi fået nogle 193 celler til at producere to versioner af TβRII receptoren. Den ene version er tagged med en myc epitop, den anden med en flag epitop. Det betyder at den ene kan genkendes af et anti-myc-antistof og den anden kan genkendes af et anti-flag-antistof. Når vi laver immunoprecipitaion med anti-myc-antistoffet får vi fældet det protein der genkendes af anti-myc-antistoffet samt det som er associeret med protein, der genkendes af dette antistof. Kan vores receptorer danne mindst dimerer med hinaden kan vi få følgende kombinationer; mycmyc, flag-flag eller myc-flag. Der vil i såfald være nogle flag taggede receptorer der bliver immunoprecipiteret af anti-myc-antistioffet. I fald dette er tilfældet vil et western blot af det immunoprecipiterede protein give et bånd med anti-flagantistoffet. Da dette i følge figur 2 er tilfældet må receptorerne mindst danne dimerer med hindanden (homodimerer). Det ses også at homodimer-dannelsen er uafhængig af om der er TGFβ tilstede eller ej. Spm.B: Her udtrykker vi nu bare to forskellige typer receptorer i vores 293 celler. Cellerne producerer altså alle tre receptorer. Konceptet er som i Spm. A, at når vi immunoprecipiterer med et antistof får vi fældet alt det som antistoffet direkte reagerer med, samt de proteiner der interagerer med et protein der gendes af antistoffet. Disse andre proteiner siges at co-immunoprecipitere. Hvilke proteiner der findes i co-immunproecipiatet kan bestemmes hvis man antistoffer mod mulige kandidater. Her ser vi i figur 3 A det samme som i figur 2, nemlig at receptor type II mindst homodimeriserer uafhængigt af TGFβ. I B ser vi at receptor I kan binde til receptor II i tilstedeværelse af TGFβ. Der dannes altså mindst heterodimerer i tiulstedeværelse af TGFβ. SPm. C: Her vil vi undersøge om receptorerne bliver fosforyleret i tilstedværelse af TGFb. Dette kan vi undersøge ved at udtrykke vores receptorer i celler der dyrkes i tilstedeværelse af radioaktivt fosfat, [ 32 P]-PO 4 3 I figur 4 ses det, at der kun inkorporeres radioaktivitet i receptorerne (hvilken kan ikke ses), hvis de begge findesi den samme celle og hvis cellerne er behandlet med TGFβ. Spm. D: Disse plasmider kan anvendes til en 2-hybrid screening. Konceptet er at en transkriptionsfaktor (her GAL4) har mindst to funktionelle domæner. Den ene er et DNA bindende domæne det andet er et transkriptionsaktiverende domæne. Det DNA bindebde domæne sørger for at transkriptionsfaktoren binder det rigtige sted i genomet, medens det transkriptionsaktiverende domæne interagerer med det generelle transkriptionsapparat og forårsaget initiering af transkriptionen. Indsætter vi foreksempel Smad1 cdna ipsmadx-gal4tr plasmidet vil det DNA bindende domæne af GAL kun kunne fange det transkriptionsbindende domæne hvis Smad1 proteinet og smad3 proteinet kan interagere (se værktøjskasse). Kun hvis disse kan interagere vil vi fp transkriptionen aktiveret fra phis3 plasmidet og få gærceller, der kan gro i fravær af histidin. SPm. E: I figur 6 kan det ses at Smad3 proteinet ændrer lokalisering i celler efter stimulation af denne med TGFβ. I fravær af TGFβ er Smad3 lokaliseret i cytosollen,
6 medens tilsætbing af TGFβ forårsager translokation ind i kerne, hvor transkriptionsfaktorer jo har deres aktivitet. Det er meget normalt at genekspression er reguleret ved at en transkriptionsfaktor ændrer lokalisering. Dette kan bl. a. ske ved, at det kernelokaliseringssignal, transkriptionsfaktorer har, er gemt i proteinstrukturen under omstændigheder, hvor transkriptionsfaktoren ikke skal være aktiv, men er eksponeret til omgivelserne når transkriptionsfaktoren skal være aktiv. Det kan også være, at transkriptionsfaktoren under ikke-inducerende omstændigheder er bundet til et andet protein og denne binding maskerer kernelokaliseringssignalet. Denne binding kan så ødelægges under inducerende omstændigherer, og der kan efterfølgende ske kernelokalisering. Spm. H: Igen et typisk EMSA assay. Går vi fra venstre mod højre kan vi se at der i tilstedeværelse af TGFβ opstår nogle specifikke bandshifts, som tegn på at der er proteiner som kun findes i kernen når cellerne stimuleres med TGFβ. Vi kan i næste lane se at denne binding er reversibel idet den ukonkurreres af 50 ganges overskud af kold oligo. Vi kan i de næste 6 lanes se at bindingen er specifik, idet en muteret oligo ikke kan konkurrere med den rigtige om oligoer som genkendes af andre transkriptionsfaktorer ikke kan udkonkurrere bindingen. I det højre forsøg kan vi se at kun anti-smad3-antistof og anti-smad4-antistof kan supershifte vores bandshift. Derfor er disse to proteiner en del af det kompleks, der binder til vores oligo. At bindingen mellem antistoffet og proteinkomplekset er specifik indikeres af, at det peptid, der blev brugt til immunisering, kan udkonkurrere antistof bindingen. Sma3 og smad 4 kunne således have en rolle i at aktivere transkriptionen fra deres target-gener i tilstedeværelse af TGFβ.
Løsninger til opgaverne den Spm. A: Spm. B Spm. C:
Løsninger til opgaverne den 12-9-07 Spm. A: Her er vi i en situation at det eneste der kendes til vores receptor er, at den kan binde en ligand, som vi har til rådighed i en radioaktiv mærket version.
Læs mereFigur 1: A, nukleotidsekvensen af starten og slutningen af RPB1 genet. Initierings- og terminerings
Opgave 2 juni 2004 Eukaryote celler indeholder 3 forskellige RNA polymeraser. Hver RNA polymerase er ansvarlig for transkription af bestemte klasser af gener. Ud fra mutationsanalyse i bagegær (Saccharomyces
Læs mereCYP7A1 (0,1 nm) CYP7A1 (0nM) UBIC (0,1 nm)
Opgave 1 Leveren spiller en central rolle i lipid metabolismen og i opretholdelse af lipid homeostasen i hele kroppen. Lipidmetabolismen er fejlreguleret hos blandt andet svært overvægtige personer samt
Læs mereSpm. A: Hvad viser data i Figur 1?
Opgave 1 Leptin er et plasma proteinhormon der primært produceres af og secerneres fra fedtceller (adipocytter). Leptin, der er kodet af ob (obecity) genet, er 16 kda stort. Leptins fysiologiske funktion
Læs mereBesvarelse til opgave 1 januar 1999 Spm. A: Spm. B:
Besvarelse til opgave 1 januar 1999 Spm. A: Vi må lave et genomisk bibliotek i en lambdafag, cosmid, BAC eller YAC plasmid. Til dette vil vi skære det genomiske DNA partielt med Sau3A, så vi får stykker
Læs mereFigur 1: Strukturelt kort over plasmiderne pyeast og pmamal anvendt til undersøgelse af
Opgave 2 juni 1999 DNA rekombination er vigtig for eukaryote celler i forbindelse med meiosen. Samtidig er rekombination mellem fremmed DNA og endogen DNA essentiel i fremstillingen af transgene organismer
Læs mereLøsninger til opgaverne den Opgave 2 januar 2003 Spm. 1:
Løsninger til opgaverne den 6-9-06 Opgave 2 januar 2003 Spm. 1: Fidusen er her at vi kender den primære struktur af glukoamylasen fra tre forskellige svampe, en ascomycet, en basidiomycet og en zygomycet.
Læs meredatp, dctp, dgtp, dttp, [α 32 P]-dCTP urinstofholdig polyacrylamid gel røntgen film
Opgave 1 Denne opgave omhandler osteoblast differentiering. Osteoblast celler er involveret i opbygning af knoglevæv. Osteoblast celler dannes ud fra såkaldte calvarial celler. For at forstå det molekylære
Læs mereAugust Krogh Building Copenhagen University. Universitetsparken 13 2100 Copenhagen OE PAPedersen@aki.ku.dk
Per Amstrup Pedersen Institute of Molecular Biology August Krogh Building Copenhagen University Universitetsparken 13 2100 Copenhagen OE PAPedersen@aki.ku.dk En genteknologisk værktøjskasse. Version 2007
Læs mereVelkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere:
Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Hvilke baser indgår i DNA? A. Adenin, Guanin, Cytosin,
Læs merePCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA
PCR (Polymerase Chain Reaction): Opkopiering af DNA PCR til at opkopiere bestemte DNA-sekvenser i en prøve er nu en af genteknologiens absolut vigtigste værktøjer. Peter Rugbjerg, Biotech Academy PCR (Polymerase
Læs mereEn forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et:
F2011-Opgave 1. En forsker har lavet et cdna insert vha PCR og har anvendt det følgende primer sæt, som producerer hele den åbne læseramme af cdna et: Forward primer: 5 CC ATG GGT ATG AAG CTT TGC AGC CTT
Læs mereVelkommen. Test dit eget DNA med PCR. Undervisningsdag på DTU Systembiologi. Undervisere: Sebastian, Louise og Ana
Velkommen Test dit eget DNA med PCR Undervisningsdag på DTU Systembiologi Undervisere: Sebastian, Louise og Ana Hvem er I? 2 DTU Systembiologi, Danmarks Tekniske Universitet Dagens program 9:00 10:00 Introduktion
Læs mereSpm. B: Hvad viser data i Figur 2?
Opgave 1 Kernereceptorer (nuclear receptors) udgør en familie af ligandaktiverede transkriptionsfaktorer, der regulerer transkription af en række gener, som respons på tilstedeværelse af f.eks.lipofile
Læs mereBiologi opgave Opsamling: Cellebiologi (Bioanalytiker modul3)
1 Delphine Bonneau Biologi opgave Opsamling: Cellebiologi 1-6 Pelle har spist en kæmpe stor kage, og efterfølgende stiger hans blodsukker. Derfor sender kroppen besked til de endokrine kirtler i bugspytkirtlen
Læs mereUdarbejdet af Anna-Alexandra Grube Hoppe
METODER - BIOKEMI For medicinstuderende - Panuminstituttet UDARBEJDET AF ANNA-ALEXANDRA GRUBE HOPPE RESTRIKTIONSENZYM ANALYSE (E: 329-330) Restriktionsenzym analyse er en metode, der bruges til at kortlægge
Læs mereOpgave 1 Spm. A: Spm. B:
Opgave 1 Familien af TM7 receptorer (receptorer med 7 transmembrane segmenter) udgør ud fra genomsekvensen den største proteinfamile i C. elegans. Det samme må forventes at gælde i pattedyr. Imidlertid
Læs mereat du trænes i at genkende aminosyrer i en simpel proteinstruktur (pentapeptid = lille protein bestående af 5 (penta) aminosyrer)
Elevvejledning til det Virtuelle Kræftlaboratorium Det Virtuelle Kræftlaboratorium stiller krav til en grundig forståelse af det centrale dogme inden for molekylærbiologien, hvordan DNA oversættes til
Læs mereSide%1%af%14% Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13
Side1af14 Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Navn: Studie nummer: Dette eksamenssæt vil også kunne ses som en pdf fil nederst på kursus-hjemmesiden udfor den sidste dag d. 27 Jan
Læs mereBanan DNA 1/6. Formål: Formålet med øvelsen er at give eleverne mulighed for at se DNA strenge med det blotte øje.
Banan DNA Formål: Formålet med øvelsen er at give eleverne mulighed for at se DNA strenge med det blotte øje. Baggrundsviden: Om vi er mennesker, dyr eller planter, så har alle organismer DNA i deres celler.
Læs mereBioteknologi A. Gymnasiale uddannelser. Vejledende opgavesæt 1. Mandag den 31. maj 2010 kl. 9.40-14.40. 5 timers skriftlig prøve
Vejledende opgavesæt 1 Bioteknologi A Gymnasiale uddannelser 5 timers skriftlig prøve Vejledende opgavesæt 1 Mandag den 31. maj 2010 kl. 9.40-14.40 Side 1 af 8 sider pgave 1. Genmodificeret ris Vitamin
Læs mereBilag A Ordforklaringer
Bilag A Aldersstandardisere Justere talmateriale, så kræftudvik- 16, 17, 18 lingen kan sammenlignes uanset forskelle i aldersfordelingen, f.eks. mellem to lande. Allel De to "ens" genkopier i alle celler
Læs mereGAPDH PCR modul Manual
GAPDH PCR modul Manual Katalog nr. 166-5010EDU explorer.bio-rad.com Kopiering kun tilladt til undervisningsbrug Bemærk: Kittet indeholder temperaturfølsomme dele. Åbn derfor straks kassen og læg de pågældende
Læs mere1. Hvad er kræft, og hvorfor opstår sygdommen?
1. Hvad er kræft, og hvorfor opstår sygdommen? Dette kapitel fortæller om, cellen, kroppens byggesten hvad der sker i cellen, når kræft opstår? årsager til kræft Alle levende organismer består af celler.
Læs mereMenneskets væskefaser
Menneskets væskefaser Mennesket består af ca. 60% væske (vand) Overordnet opdelt i to: Ekstracellulærvæske og intracellulærvæske Ekstracellulærvæske udgør ca. 1/3 Interstitielvæske: Væske der ligger mellem
Læs mereDeoxyribonukleinsyre
DNAs Forunderlige struktur Ved Rebecca E.-Sørensen stud.scient i medicinalkemi ved Aarhus Universitet Deoxyribonukleinsyre Strukturen af DNA findes af James D. Watson og Francis H. Crick i 1953 1 Nuklein
Læs mereTest dit eget DNA med PCR
Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA sekvens,
Læs mereDanmarks Tekniske Universitet
Side 1 of 13 Danmarks Tekniske Universitet Skriftlig prøve, den 22/2-2013 Kursus navn: Introduktion til SystemBiologi Tilladte hjælpemidler: Alle "Vægtning" Angivet ved de individuelle opgaver. Kursusansvarlig
Læs mere27611 Eksamen Sommer 2007
- Side 1 af 10-27611 Eksamen Sommer 2007 Dette sæt indeholder 4 opgaver. En online version af opgavesættet vil være tilgængeligt fra kursets lektionsplan, under selve eksamen (25. Maj 2007 klokken 9:00
Læs mereKlip-og-kopier DNA: reparér mutationer med 'genom-redigering' DNA, RNA og protein
Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Klip-og-kopier DNA: reparér mutationer med 'genom-redigering' Forskere kan lave præcise ændringer
Læs mereStruktur og funktion af gener
Molekylærbiologi og genetik S4, F2008 f Malene Munk Jørgensen Emne: Struktur og funktion af gener Link: undervisningsplanen for S4-molekylærbiologi og genetik MMJ, VI niversity ollege Bioanalytikeruddannelsen
Læs mereSide 1 of 11. Kursus navn: Kursus nr Introduktion til Bioinformatik
Side 1 of 11 Danmarks Tekniske Universitet Skriftlig prøve, den 22/1-2015 Kursus navn: Kursus nr. 27633 Introduktion til Bioinformatik Tilladte hjælpemidler: Alle "Vægtning" Angivet ved de individuelle
Læs mereOpgave 1 Listeria. mørkviolette bakteriekolonier, se figur 1a. og b. 1. Angiv reaktionstypen for reaktion. 1 vist i figur 1b.
Opgave 1 Listeria Bakterien Listeria monocytogenes kan være sygdomsfremkaldende for personer, der i forvejen er svækkede. For at identificere Listeria kan man anvende indikative agarplader. Her udnyttes
Læs mereGenetiske Aspekter af HCM hos Kat. - en introduktion til forskningsprojektet
Genetiske Aspekter af HCM hos Kat - en introduktion til forskningsprojektet Cand. scient. Mia Nyberg, ph.d. stud. mnje@life.ku.dk IMHS, Det Biovidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet, Klinisk Biokemisk
Læs mere# Problemet med genetisk ustabilitet
Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Et DNA-reparerende protein ændrer stabiliteten af lange CAG-områder i det muterede gen for Huntingtons
Læs mereDansk resumé for begyndere
Dansk resumé for begyndere Dansk resumé for begyndere Dette afsnit introducerer bakteriel genregulation for enhver uden forudgående kendskab til dette emne. Alle nødvendige, videnskabelige betegnelser
Læs mereRestriktionsenzymer findes Genkendelsessekvens
Restriktionsenzymer Skanning Restriktionsenzymer findes i bakterier (forsvarsmekanisme) IKKE i eukaryote celler 3-5 - 5-3 - Restriktionsenzyme Genkendelsessekvens Palindromisk Otto, Anna, radar Madam I
Læs mereSide 1 af 13. Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13
Side1af13 Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Navn: Studie nummer: Dette eksamenssæt vil også kunne ses som en pdf fil nederst på kursus-hjemmesiden udfor den sidste dag d. 27 Jan
Læs mereTest dit eget DNA med PCR
Test dit eget DNA med PCR Forsøgsvejledning Navn: Side 1 af 7 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA
Læs mereFaktor V Leiden mutation
Faktor V Leiden mutation Formål: finde ud af om individ har mutation i faktor V Leiden gen (missense: arginin glutamin) Materiale: oprens DNA fra leukocytter Metode: PCR med specifikke primere, oprens,
Læs mereBiologiske signaler i graviditeten - Genetisk information
Biologiske signaler i graviditeten - Genetisk information 2 I forbindelse med vores studie af graviditeten ønsker vi at foretage undersøgelser af arvematerialet (DNA og RNA). Disse genetiske undersøgelser
Læs mereSide 1 af 14. Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13
Side 1 af 14 Eksamen: Bioinformatik It og Sundhed 27 Jan 2011 kl 9-13 Navn: Studie nummer: Dette eksamenssæt vil også kunne ses som en pdf fil nederst på kursus-hjemmesiden udfor den sidste dag d. 27 Jan
Læs mereDanmarks Tekniske Universitet
Side 1 of 14 Danmarks Tekniske Universitet Skriftlig prøve, den 21/1-2013 Kursus navn: Kursus nr. 27633 Introduktion til Bioinformatik Tilladte hjælpemidler: Alle "Vægtning" Angivet ved de individuelle
Læs mereBioteknologi A Kommentarer til opgaveformuleringer i opgavesættet 31. maj 2011
Bioteknologi A Kommentarer til opgaveformuleringer i opgavesættet 31. maj 2011 Spørgsmålene i opgavesættene stilles som udgangspunkt i den betydning der fremgår af listen over typeord, som findes på ministeriets
Læs mereOpgave 1 november 2004
Opgave 1 november 2004 Nedenfor er vist nukleotidsekvensen af cdna kodende for eif2α genet fra mus. Serin nummer 51 (S51) kan fosfoyleres af en eller flere eif2α kinaser. For at undersøge den biologiske
Læs mereCellekernen (Nucleus) Sebastian Frische Anatomisk Institut
Cellekernen (Nucleus) Sebastian Frische Anatomisk Institut Cellekernen Cellekernens overordnede struktur kernemembranen/nucleolemma kromatin nucleolus Cellecyklus faser i cellecyklus faser i mitosen Størrelse:
Læs mereForårseksamen Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering
Studienummer: 1/10 Forårseksamen 2014 Titel på kursus: Det hæmatologiske system og immunsystemet Uddannelse: Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering Semester: 2. semester Eksamensdato:
Læs meredobbelt strenget DNA hvor de enkelte nukleotider er komplementære. Tm: Smeltetemperaturen for en given DNA sekvensmængde hvoraf 50% er denatureret.
Titel: Sporadiske DNA mutationer og sensitiviteten af målemetoder. Undertitel: Screening af DNA for sporadiske mutationer stiller store krav til sensitiviteten af de anvendte målemetoder. I en prøve der
Læs mere4. Onkogener og tumorsuppressorer
4. Onkogener og tumorsuppressorer Kræftcellernes svar på speeder og bremse Dette kapitel fortæller, hvorfor kræftceller deler sig ukontrolleret hvad et onkogen er hvad en tumorsuppressor er hvad denne
Læs mereTest dit eget DNA med PCR
Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA
Læs mereBIOLOGI A-NIVEAU NY ORDNING. Tirsdag den 19. august 2008. Kl. 09.00 14.00 STX082-BIA STUDENTEREKSAMEN AUGUST 2008
STUDENTEREKSAMEN AUGUST 2008 BIOLOGI A-NIVEAU Tirsdag den 19. august 2008 NY ORDNING Kl. 09.00 14.00 Af opgaverne 1, 2, 3 og 4 skal tre og kun tre af opgaverne besvares STX082-BIA Undervisningsministeriet
Læs merePå grund af reglerne for copyright er det ikke muligt at lægge figurer fra lærebøger på nettet. Derfor har jeg fjernet figurerne fra slides ne, men
På grund af reglerne for copyright er det ikke muligt at lægge figurer fra lærebøger på nettet. Derfor har jeg fjernet figurerne fra slides ne, men skrevet hvorfra de er taget. De tre bøger, hvorfra illustrationerne
Læs mereTest dit eget DNA med PCR
Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA-sekvens,
Læs mereHuntingtinproteinet: lad os komme til sagens kerne
Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab På fisketur: nye lægemiddelmål for Huntingtons Sygdom identificeret ved screening af proteinnetværk
Læs mereForsvundet ved oversættelsen? Ny viden om hvordan proteinet for Huntingtons Sygdom dannes Du siger kartoffel. huntingtingenet
Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Forsvundet ved oversættelsen? Ny viden om hvordan proteinet for Huntingtons Sygdom dannes Dannelsen
Læs mereProteiner. Proteiner er molekyler der er opbygget af "aminosyrer",nogle er sammensat af få aminosyrer medens andre er opbygget af mange tusinde
Proteiner Proteiner er molekyler der er opbygget af "aminosyrer",nogle er sammensat af få aminosyrer medens andre er opbygget af mange tusinde Der findes ca. 20 aminosyrer i menneskets organisme. Nogle
Læs mereTest dit eget DNA med PCR
Test dit eget DNA med PCR Navn: Forsøgsvejledning Side 1 af 8 Formål med forsøget Formålet med dette forsøg er at undersøge jeres arvemateriale (DNA) for et transposon kaldet Alu. Et transposon er en DNA-sekvens,
Læs mereEr der flere farver i sort?
Er der flere farver i sort? Hvad er kromatografi? Kromatografi benyttes inden for mange forskellige felter og forskningsområder og er en anvendelig og meget benyttet analytisk teknik. Kromatografi bruges
Læs mereExonuklease 1 s funktion i DNA reparation ved homolog rekombination.
Exonuklease 1 s funktion i DNA reparation ved homolog rekombination. Frederik H. Aidt, Jon E. Carlé, Christian M. Hagen, Mark A. Hammond og Rebecca Pedersen. Vejleder Sascha E. Liberti 1. Modul Molekylærbiologi
Læs mereMit æble rådner - journalark
Mit æble rådner - journalark Hypotese: Et æble vil blive brunt når det kommer i kontakt med oxygenet i luften. Dette kan dog forhindres eller mindskes med antioxidanter, som citronsyre, askorbinsyre og
Læs mereNye og traditionelle metoder i planteforædling. Søren K. Rasmussen Institut for Plante- og Jordbrugsvidenskab, 27. september 2016
Nye og traditionelle metoder i planteforædling Søren K. Rasmussen Institut for Plante- og Jordbrugsvidenskab, 27. september 2016 12-10-2016 2 Traditionel forædling Vælge forældrene Krydse forældrene Selektere
Læs mereCisgen byg med bedre fosfatudnyttelse
Cisgen byg med bedre fosfatudnyttelse Seniorforsker Inger Bæksted Holme Aarhus Universitet, Science and Technology, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Afgrødegenetik og Bioteknologi Hypotese Det
Læs mereEpigenetik Arv er andet end gener
Epigenetik Arv er andet end gener Indhold Indledning Afsnit1: Epigenetik og DNA Afsnit 2: DNA, nukleosomer og kromatin Afsnit 3: Epigenetik og celledifferentiering Afsnit 4: Genetisk ens individer kan
Læs mereFra mutationer til sygdom
Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Nyt antistof afslører farlige dele af huntingtinproteinet Et nyt antistof gør forskere i stand
Læs mereRe- eksamen 2014. Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering. kl. 09.00-11.
1/10 Re- eksamen 2014 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Eksamensdato: Tid: Bedømmelsesform Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin med industriel specialisering
Læs mereHjælpemenu tasten åbner for forskellige muligheder for redigering, alt afhængig af, hvilket et program der arbejdes med.
Tastaturet er et input værktøj til computeren. Et standard tastatur har 102 taster, men samtidig med at Windows95 blev offentliggjort, blev der lavet et 105 tasters tastatur med 2 ekstra Windows funktioner.
Læs mereBIOLOGI A-NIVEAU NY ORDNING. Tirsdag den 20. maj 2008. Kl. 09.00 14.00 STX081-BIA STUDENTEREKSAMEN MAJ 2008
STUDENTEREKSAMEN MAJ 2008 BIOLOGI A-NIVEAU Tirsdag den 20. maj 2008 NY ORDNING Kl. 09.00 14.00 Af opgaverne 1, 2, 3 og 4 skal tre og kun tre af opgaverne besvares STX081-BIA Undervisningsministeriet Side
Læs mereOpgave 1 Slankemidler
Opgave 1 Slankemidler Overvægt er et stigende problem i den vestlige verden, og der er derfor udviklet forskellige slankemidler. Et eksempel på et slankemiddel er Orlistat. Den kemiske struktur af Orlistat
Læs mereBiosensor Niveau 1. Teori
Biosensor Niveau 1 Teori Inden du starter... For at kunne forstå teorien som ligger til grund for en biosensor er det vigtigt at du har styr på nogle generelle mikro/molekyler biologiske principper, begreber
Læs mereSpm. 1.: Hvis den totale koncentration af monomer betegnes med CT hvad er så sammenhængen mellem CT, [D] og [M]?
DNA-smeltetemperaturbestemmelse KemiF2-2008 DNA-smeltetemperaturbestemmelse Introduktion Oligonucleotider er ofte benyttet til at holde nanopartikler sammen med hinanden. Den ene enkeltstreng er kovalent
Læs mereDNA origami øvelse 2013. DNA origami øvelse
DNA origami øvelse Introduktion I denne øvelse bruger vi DNA origami teknikken til at samle en tavle af DNA med dimensioner på 70 nm x 100 nm. Tavlen dannes af et langt enkeltstrenget DNA molekyle, der
Læs mere27611 Eksamen Sommer 2008
27611 Eksamen Sommer 2008 Dette sæt indeholder 10 opgaver. En online version af opgavesættet vil være tilgængeligt fra kursets lektionsplan under selve eksamen ( juni 2008 klokken 15:00-19:00). DNA/Protein
Læs mereEkstraordinær re-eksamen 2015
Ekstraordinær re-eksamen 2015 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Introduktion til basalfagene Bachelor i Medicin og Medicin med Industriel Specialisering 1. semester Eksamensdato: 04-08-2016 Tid: kl.
Læs mereDeltagermateriale 43230 OGM. PCR-teknikker 1
Deltagermateriale 43230 OGM PCR-teknikker 1 POLYMERASE KÆDE REAKTION (PCR) Indholdsfortegnelse 04/02 2 af 36 1. INDLEDNING... 4 DNA's opbygning... 5 DNA-replikation.... 7 2. PCR METODEN... 10 PCR en oversigt...
Læs mereDet innate virusforsvar. TLR7, TLR8, TLR9, MDA5, RIG I og type I interferoner
Det innate virusforsvar. TLR7, TLR8, TLR9, MDA5, RIG I og type I interferoner A kursus i teoretisk og immunologi TLR3 og LGP 2 Odense, 13. april 2015 Søren T. Lillevang Klinisk Immunologisk Afdeling Odense
Læs mereAnvendelse af DNA markører i planteforædlingen
Anvendelse af DNA markører i planteforædlingen Forsker Gunter Backes, Afdeling for Planteforskning, Forskningscentret Risø DNA-markører på kontaktfladen mellem molekylær genetik og klassisk planteforædling
Læs mereTo modeller af NDRG2 proteinet: RCSB Protein Data Bank
2009 Roskilde Universitet Naturvidenskabelige Basisstudium 4. Semesters Projekt To modeller af NDRG2 proteinet: RCSB Protein Data Bank Bassam Tawfik Florian Malte Hermann Kenneth Ege Jørgensen Lena de
Læs mereOste-kemi. Størstedelen af proteinerne i mælken findes som små kugleformede samlinger, kaldet miceller.
Man behøver ikke at sætte sig ind i de mere tekniske eller kemiske forhold for at lave ost selv, men for dem som gerne vil vide mere om hvad der grundlæggende sker ved forvandlingen af mælk til ost, så
Læs mereTyngdekraft i Scratch
Tyngdekraft i Scratch Nogle gange er det nemmere at forstå nogle ting, når man ser det ske. Derfor kan vi nu prøve at lave et spil med tyngdekraft. Det gør også at man får nogle meget federe spil! 1) Figur
Læs mereElevvejledning pglo transformation
Introduktion til transformation Elevvejledning pglo transformation I denne øvelse skal du lære fremgangsmåden ved genetisk transformation. Husk på, at et gen er et stykke DNA, der indeholder informationer
Læs mereForsvar mod meldug i byg 8/1-07
Forsvar mod meldug i byg 8/1-07 Meldugsvampens angreb på bygplanten aktiverer en række interessante gener der fungerer i reguleringen af plantens forsvar. Modtagelig David B. Collinge, Michael K. Jensen
Læs mereSyv transmembrane receptorer
Syv transmembrane receptorer Receptoren som kommunikationscentral Cellemembranen definerer grænsen mellem en celles indre og ydre miljø, der er meget forskelligt. Det er essentielt for cellens funktion
Læs mereAfrapportering for projektet Molekylær analyse af nye stivelseskartofler Slutrapport
Afrapportering for projektet Molekylær analyse af nye stivelseskartofler Slutrapport Projektperiode april december 2012 Deltagere Andreas Blennow (projektleder), Susanne L. Jensen (PhD studerende), Lisbeth
Læs mereHvad i alverden er zinkfingre?
Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab At give fingeren til Huntingtons Sygdom - to forskningsgrupper har succes med zinkfingerlægemidler
Læs mereBakteriers immunsystem
FORSKNING 25 Bakteriers immunsystem åbner døren til en ny æra for biologien Bakteriers immunforsvar mod virus kaldet CRISPR-Cas viser vejen til en teknologi, der rummer et enormt potentiale indenfor bioteknologien.
Læs mereBIOLOGI HØJT NIVEAU. Tirsdag den 15. maj 2001 kl. 9.00-14.00
STUDENTEREKSAMEN MAJ 2001 2001-6-1 BIOLOGI HØJT NIVEAU Tirsdag den 15. maj 2001 kl. 9.00-14.00 Af de store opgaver 1 og 2 må kun den ene besvares. Af de små opgaver 3, 4, 5, 6 og 7 må kun to besvares.
Læs mereOrddeling. Automatisk orddeling. Manuel orddeling. Word 2010 18 thoremil.dk. Vælg fanebladet [Sidelayout] Vælg [Orddeling] Markér Automatisk orddeling
Orddeling Automatisk orddeling Vælg [Orddeling] Markér Automatisk orddeling Manuel orddeling Vælg [Orddeling] Klik [Manuelt] For hvert ord, som vises, kan der gøres følgende: Accepter det foreslåede orddelingssted
Læs mereEnzymer og katalysatorer
Enzymer og katalysatorer Reaktionsligningen: viser den kemiske reaktion, der leverer energi til alle stofskifteprocesser i cellerne i kroppen. Kemisk er der tale om en forbrændingsproces, hvori atmosfærisk
Læs mereBachelor i Medicin og Medicin med Industriel Specialisering
Eksamen 2015 Titel på kursus: Uddannelse: Semester: Introduktion til basalfagene Bachelor i Medicin og Medicin med Industriel Specialisering 1. semester Eksamensdato: 09-02-2016 Tid: kl. 09.00-13.00 Bedømmelsesform:
Læs mereForskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Ofte stillede spørgsmål, januar 2011
Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Ofte stillede spørgsmål, januar 2011 Svar på ofte stillede spørgsmål om HD - den første i en
Læs mereHvad kan knurhår og haler fortælle os om HS?
Forskningsnyheder om Huntingtons Sygdom På hverdagssprog Skrevet af forskere. Til det globale HS-fællesskab Mus eller mand: brug af dyremodeller til at studere Huntingtons Sygdom Dyremodeller for HS: hvad
Læs mereGældende fra: April 2014 (Hold SB512) Version: Endelig Side 1 af 5
Molekylærbiologiske analyser og teknikker har viden om teorien og principperne bag udvalgte molekylærbiologiske analyser og teknikker Analyser og analyseprincipper på biomolekylært, celle- og vævs- samt
Læs mereDanmarks Tekniske Universitet
Side 1 of 17 Danmarks Tekniske Universitet Skriftlig prøve, den 21/1-2013 Kursus navn: Kursus nr. 27633 Introduktion til Bioinformatik Tilladte hjælpemidler: Alle "Vægtning" Angivet ved de individuelle
Læs mereDifferentieret genekspression
Differentieret genekspression Hvordan fås differentieret genekspression udfra samme genrepertoire? Differentieret gentranskription (DNA-methylering, dosage compensation) Selektiv RNA processering i kernen
Læs mereGenvejstaster. Brugerfladen. Filhåndtering. Navigation i præsentationen. Aktiver adgangstaster
Genvejstaster Brugerfladen Hjælp Vis/skjul båndet Aktiver adgangstaster Afslut PowerPoint Aktiver genvejsmenu (højreklik) Hop til næste dokumentvindue Hop til forrige dokumentvindue Filhåndtering Gem Gem
Læs mereBiologien bag epidemien
Biologien bag epidemien Af Niels Kristiansen, biologilærer, Grindsted Gymnasium Sygdomme kan smitte på mange måder. Enten via virus, bakterier eller parasitter. I det følgende vil vi koncentrere os om
Læs mereSommereksamen 2012 Med korte, vejledende svar
1 Sommereksamen 2012 Med korte, vejledende svar Titel på kursus: Uddannelse: Semester: ksamensdato: Tid: Bedømmelsesform Det hæmatologiske system og immunsystemet Bacheloruddannelsen i Medicin/Medicin
Læs mereSpecifik mutation med nålestiksoperation
Specifik mutation med nålestiksoperation Mutanter af byg er vigtige i forskningen og benyttes også, når der forædles nye sorter til dyrkning. Hidtil har det kun været muligt at inducere mutationer tilfældige
Læs mere