Basal statistik for lægevidenskabelige forskere, forår 2012 Udleveret 6.marts, afleveres senest ved øvelserne i uge 15 (

Transkript

1 Hjemmeopgave Basal statistik for lægevidenskabelige forskere, forår 2012 Udleveret 6.marts, afleveres senest ved øvelserne i uge 15 ( april) I et randomiseret forsøg sammenlignes vitamin D behandling med placebobehandling, for 30 hoftefrakturpatienter. Vi skal her interessere os for målinger af PINP: ved baseline (dvs. ved behandlingsstart), samt 1, 3 og 12 måneder efter behandlingsstart. Der er således 4 observationer af PINP for hver patient. På hjemmesiden ligger to datasæt: lang.txt: består af 120 linier, idet de 4 målinger for hver patient har hver deres linie. Til gengæld er der en kolonne, der holder styr på tiden. De variable står i følgende rækkefølge: id: patientidentifikation treat: behandling (0 eller 1) time: tid efter behandling (0,1,3,12) pinp: den observerede værdi af PINP til det pågældende tidspunkt bred.txt: består af 30 linier, idet alle målinger for den enkelte patient står på samme linie, i rækkefølgen: id: patientidentifikation treat: behandling (1 eller 2) pinp0: PINP ved behandlingsstart (baseline) pinp1: PINP til tid 1 efter behandling pinp3: PINP til tid 3 efter behandling pinp12: PINP til tid 12 efter behandling 1

2 OBS: Meget vigtigt!!: I skal benytte hver jeres datasæt, idet hver enkelt kursist skal slette en enkelt måling. Dette er desværre nødvendigt pga. tidligere problemer med afskrift. Det fremgår af en liste på hjemmesiden hvilken det drejer sig om for hver enkelt. I skal desuden benytte forsiden, som er vedhæftet denne opgave, og den skal udfyldes korrekt med holdnummer, angivelse af evt. samarbejdspartnere og underskrift. Overordnet går opgaven ud på at vurdere effekten af vitamin D behandlingen. I den forbindelse er det vigtigt at vide, at en lille PINP-værdi er bedst. De to datasæt indeholder selvfølgelig principielt samme information, men i nogle af nedenstående spørgsmål er det lettere at bruge det ene frem for det andet. HUSK dog, at I sletter den angivne observation i begge datasæt, såfremt I benytter begge. Spørgsmål: 1. Lav et spaghettiplot, altså en figur af forløbene for den hver enkelt patient. Del op efter behandlingsgruppe, dvs. i to figurer, meget gerne med samme akser. Giv jeres umiddelbare kommentarer til udseendet af disse plot, f.eks: er der linearitet over tid, følger patienterne det samme mønster, ser grupperne forskellige ud? 2. Udfør for hver af de to behandlingsgrupper en tosidet variansanalyse med time og id som forklarende variable (faktorer). Giv en beskrivelse af tidsforløbet ud fra de fremkomne estimater og evt. supplerende sammenligninger af tider. Lav også passende modelkontrol, uden at gå over gevind og uden på dette tidspunkt at begynde at transformere. 3. Er der signifikant forskel på grupperne ved baseline? Ville vi forvente,at dette kunne være tilfældet? 2

3 4. Udregn de tre successive ændringer over tid (altså fra tid 0 til 1, fra 1 til 3, og fra 3 til 12 måneder) for hver patient, og undersøg (for hver gruppe for sig) om middelværdien af disse er 0 (kan gøres simpelt vha probt-keyword i proc means). Hvordan passer det med jeres konklusioner fra spm. 2? De følgende tre spørgsmål besvares uden at logaritmetransformere: 5. Kvantificer forskellen på grupperne ved tid 12, med konfidensinterval. Er der signifikant forskel på grupperne på dette tidspunkt? Ville vi forvente, at dette kunne være tilfældet? 6. Er der signifikant forskel på ændringerne fra start til slut (altså fra tid 0 til tid 12) i de to grupper? Kvantificer igen forskellen med konfidensinterval, og kommenter forskellen til resultatet fra forrige spørgsmål. 7. Foretag en lineær regressionsanalyse af PINP12, med PINP0 som forklarende variabel, uden hensyntagen til grupperingen. Inddrag derefter gruppen som en kovariat (faktor, class-variabel) i ovenstående analyse, og kvantificer igen forskellen på grupperne. Kommentarer? Giver modelkontrollen indtryk af problemer? 8. Nu gentages spørgsmål 5-7 med logaritmeret outcome. Husk at tilbagetransformere jeres kvantificeringer til procentuelle forskelle på den oprindelige skala. 3

4 Regler for hjemmeopgave i basal statistik 1. Opgaven er individuel. Gruppebesvarelser modtages ikke. Det er naturligvis tilladt at snakke sammen om opgaven, men den endelige udformning skal være selvstændig. 2. Opgaver skal afleveres på papir, enten til øvelserne, på mit kontor ( ), eller sendes som almindeligt brev. Elektroniske besvarelser modtages ikke!! Det er simpelthen for arbejdskrævende med al den printning og sortering, beklager. Opgavebesvarelsen skal benytte en korrekt udfyldt forside (som også kan udprintes fra hjemmesiden). 3. Opgaven er obligatorisk. Godkendelse af opgavebesvarelsen er en forudsætning for udstedelse af kursusbevis. 4. Opgavebesvarelser med væsentlige fejl vil ikke blive godkendt. Det er altså ikke tilstrækkeligt at besvare halvdelen af opgaven korrekt. I tilfælde af betydelige fejl i opgaven vil I få en chance til at lave de relevante dele om. 5. Ukommenteret computer output er ikke godt nok. I skal også med egne ord formulere hvad man kan aflæse på outputtet. 6. Der er intet krav om brug af specifikt statistikprogrammel, men der kræves dokumentation for udførte analyser i form af computer output. 7. Skriftlig standardbesvarelse udleveres først efter at alle opgavebesvarelser er i hus og er godkendt. (Ellers kan man jo bare skrive af!) Gode råd Start tidligt. Det tager ofte længere tid end man tror, og det kan være en fordel at benytte lejligheden til at stille spørgsmål ved de mellemliggende øvelsesgange. Man kan med fordel med det samme påbegynde et Word dokument med opgavebesvarelse og løbende kopiere relevant output ind her og kommentere. Det er også væsentligt lettere at rette opgaven, hvis output står på de relevante steder og ikke i appendix. 4

5 Hjemmeopgave, forår 2012 Basal statistik for sundhedsvidenskabelige forskere Navn Hold Jeg har undervejs i opgaveløsningen diskuteret problemerne med følgende personer: Jeg erklærer, at jeg egenhændigt har udført analyserne og formuleret besvarelsen. Dato Underskrift